También han desaparecido de las estancias monacales la conocida como la "Virgen del Pimiento", talla gótica de principios del XV entregada por Álvaro de Luna a Juana Pimentel como regalo de boda e igualmente conservada en el Museo Marès, así como tapices, objetos de orfebrería litúrgica y el artesonado que cubría la Sala Capitular.