Cuando el presidente Hissène Habré y gran parte de su gobierno huyeron el 1º de diciembre de 1990, ante el avance de las fuerzas rebeldes de Idriss Déby, Bawoyeu, como el civil de más alto rango que permanecía en Yamena, llamó a la calma por Radio Chad y anunció que, bajo la protección de las tropas francesas estacionadas en Chad, estaba liderando un gobierno interino formado por miembros de la Asamblea Nacional, y que se mantendrían conversaciones con Déby.