En el siglo V la escuela fue un centro del cristianismo nestoriano, y fue cerrada por el arzobispo Ciro en 489; los maestros y alumnos expulsados regresaron una vez más a Nísibis, bajo la protección de Barsumas, que había sido educado en Edesa, bajo el patronazgo de Narsés, que estableció los estatutos de la nueva escuela.