Su elección no contó con la aprobación de todo el colegio cardenalicio ya que parte del mismo, imbuidos del espíritu reformista de la Orden de Cluny, se opuso a la misma al alegar que se había producido mediante precio (simonía); por lo que los disconformes se reunieron con el cardenal Hildebrando Aldobrandeschi, que no había participado en la elección por encontrarse en ese momento fuera de Roma, y procedieron a elegir en la ciudad de Siena, en diciembre de 1058, como sucesor de Esteban IX al obispo de Florencia, Gerhard de Borgoña, quien adoptó el nombre de Nicolás II.