En 1848 Zamora es liberado por la amnistía del presidente electo José Tadeo Monagas, quien rompió con el paecismo, y lo incorporó a sus filas con el rango de primer comandante de las milicias para enfrentar el levantamiento de José Antonio Páez y Carlos Soublette en los llanos centrales, en respuesta al Asalto al Congreso ese año.