Con el desarrollo del régimen polisinodial por la nueva dinastía de los Austrias, algunos de los nuevos consejos —singularmente el Consejo de Estado y el Consejo Supremo de Guerra, encargados de asesorar a los monarcas en la política exterior y en la organización militar, respectivamente— trataron cuestiones que afectaban a los Estados de la Corona de Aragón, por lo que el Consejo de Aragón dejó de ser el único que trataba los asuntos de la Corona.