La impunidad en Guatemala está directamente relacionada con la debilidad administrativa y decisoria de las instituciones de derecho arriba descritas, con la ausencia de interés o deseo por parte de las autoridades estatales de investigar o procesar y con amenazas, actos de intimidación, corrupción y asesinato, particularmente en los casos en que hay acusados que son militares, para debilitar los casos.