Un árbol filogenético puede reconstruirse con métodos que involucren técnicas de agrupamiento jerárquicas, no solapadas, como son los grupos que se usan en las clasificaciones "lineanas" (Sokal 1986), por lo que un sistema de clasificación lineano con conceptos taxonómicos "naturales" en principio sería, tal como afirmaba el propio Darwin, congruente con la filogenia de las especies: las relaciones entre taxones en las taxonomías naturales fueron reinterpretadas como el resultado de la evolución, y las categorías taxonómicas como indicadoras de la estabilidad evolutiva de los caracteres que los definen.