El científico Robert Boyle había dejado una suma de dinero para que se predicase contra el ateísmo y el deísmo y Bentley fue encargado de ello; ese es el origen de su "Refutación del ateísmo" de 1692, en la que usó en parte las teorías de Isaac Newton y otras disciplinas científicas en vez de la teología y la erudición bíblica, hecho que originó las complacidas "Cuatro cartas de Sir Isaac Newton" al mismo.