El alcantarillado presenta deficiencias, pues algunos sectores no cuentan con redes, disponiendo sus vertimientos directamente a las fuentes hídricas, muchos lugares cuentan con pozos sépticos comunitarios; sin embargo las quebradas urbanas presentan una calidad lamentable; destacándose la quebrada Agüitas Claras, que pasa al noroccidente de la ciudad y que además tiene su nacimiento en la misma, entre los sectores de Banqueos, La 33 y Villa Cruz.