La cueva se sitúa en el barrio de Basondo, de Cortézubi, población cercana a la localidad de Guernica y Luno, al pie del monte Ereñozar (448 msnm), a 150 metros sobre el nivel del mar, cerca de la ermita de San Mamés (Santi Mamiñe en euskera), de donde toma el nombre), en la cuenca del parque natural de Urdaibai.