Asimismo, el «juicio de Burgos» supuso un nuevo jalón en el distanciamiento entre la Iglesia católica y el franquismo, ya que motivó una pastoral conjunta de los obispos de San Sebastián y de Bilbao criticando la pena de muerte y que se juzgara a los acusados por la jurisdicción militar, y un pronunciamiento de la Conferencia Episcopal Española a favor de la clemencia y las garantías procesales.