Bernardo Soto también tuvo un papel muy importante en la redacción de un nuevo Código Civil y la redacción de las leyes liberales de 1884, que confiscaron los cementerios propiedad de la Iglesia católica, prohibieron las órdenes religiosas, establecieron el matrimonio civil y el divorcio, anularon el Concordato Lorenzana-Antonelli de 1852, y expulsaron del país a los jesuitas y al obispo de Costa Rica monseñor Bernardo Augusto Thiel.