Se nombró como primer rector del nuevo colegio al padre Pedro Cabrera, mismo que procedió a la compra de las propiedades donde se establecería el Colegio de San Ignacio de Loyola el 20 de agosto de 1625 y que funcionaría como tal hasta el año de 1767, cuando fueron expulsados de Querétaro los miembros de la Compañía de Jesús.