Después de que en 2004 se pusiera en marcha la coalición electoral Nafarroa Bai (NaBai) en Navarra, de la que formaba parte Aralar junto con los partidos Eusko Alkartasuna, Batzarre y PNV, fue elegido candidato a la presidencia del Gobierno de Navarra para las elecciones forales de 27 de mayo de 2007, en las que NaBai obtuvo la histórica cifra de 77.625 votos (23,6%) y 12 escaños en el Parlamento de Navarra, convirtiéndose en la segunda fuerza política de Navarra, por delante del PSN y por detrás de UPN.