Pero el hecho es que se le estaba preparando un segundo proceso inquisitorial, frustrado, pero no detenido con este temprano fallecimiento, ya que una bula de 1542 provocó la diáspora de los valdesianos más poderosos (Pier Paolo Vergerio, Pietro Martire Vermigli, Bernardino Ochino) y el procesamiento de otros (entre ellos Pietro Carnesecchi, que terminó en la hoguera en 1567).