El nuevo museo integraba en su colección fundacional los fondos del antiguo museo Loringiano, colección arqueológica formada en el siglo XIX por los marqueses de Casa-Loring, así como los fondos arqueológicos del entonces Museo Provincial de Bellas Artes y los procedentes de las diferentes excavaciones realizadas desde los años 30 del siglo XX en la propia Alcazaba de Málaga y otros yacimientos arqueológicos de la provincia.