Hay dos teorías principales sobre su origen: la primera y más antigua, basada en la morfología de la raza, dice que el Fila se originó de la cruza entre mastín inglés, antiguo bulldog y bloodhound; La segunda teoría, basada en la historia de Brasil y en estudios genéticos, dice que la raza es probablemente un descendiente del Mastín español y tiene parentesco también con grandes razas de perros de Portugal como el Perro de Castro Laboreiro y el extinto perro alano portugués, por ejemplo.