El uso del escudo se mantuvo durante toda la Nueva España, como se puede ver en las banderas realistas de la Guerra de Independencia y en las representaciones de las procesiones del 13 de agosto a San Hipólito, mas en la época independiente éste era constantemente abandonado durante los periodos republicanos, y se prefería entonces el escudo del Ayuntamiento de México, el cual incluía un águila nacional.