Flynn fue además un gran amante de la navegación a vela, y llegó a tener varios yates oceánicos, tales como el "Flamingo", el "Barbary", el "Sirocco" y el elegante "Zaca" (su última embarcación), con el que recaló en Mallorca en los años cincuenta, visita que sirvió a como argumento para su novela "El ecuador de Ulises".