Pero la estrecha relación entre el peronismo y el cristianismo continuaría luego del derrocamiento de Perón, y tomaría nuevas formas a partir del Concilio Vaticano II y el surgimiento de la Teología de la liberación basada en la opción por los pobres, influyendo en la Teología del pueblo donde se destacó el pensamiento de Lucio Gera, el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo y la creación del movimiento de curas villeros.