El grueso de la invernada de águilas pescadoras en Andalucía se da en las provincias de Huelva (Paraje Natural de Marismas del Odiel, aunque también se han observado ejemplares en el Paraje Natural de las Marismas de Isla Cristina), Cádiz (Bahía de Cádiz y embalses interiores) y algunos ejemplares en la provincia de Málaga, Paraje Natural de la Desembocadura del Guadalhorce.