Terminada la conquista e iniciada la reconstrucción de México-Tenochtitlan se mandó reparar el acueducto pero con técnicas europeas, mientras en la cima del cerro se edificó una pequeña capilla dedicada a arcángel San Miguel, como único punto alto de la zona y fuente de agua Chapultepec fue el centro de una pequeña disputa entre Hernán Cortés y la Corona Española, este lo consideraba como parte de su Marquesado del Valle de Oaxaca pero al parecer en buenos términos dejó que el rey Carlos V lo tomara bajo su protección así que el cerro y el bosque inmediato a él fue asignado al cuidado del Ayuntamiento de México en 1530, aunque hay que aclarar que esto solo comprendía más o menos lo que hoy se conoce como primera sección del bosque.