También protegió las ciencias tanto experimentales (astronomía, botánica o matemáticas) como especulativas (alquimia, astrología o magia): bajo su reinado fueron nombrados "Matemáticos Imperiales" el danés Tycho Brahe (quien instaló en el castillo de Benatek, cerca de Praga, su observatorio desde 1599 hasta su fallecimiento en 1601) y el alemán Johannes Kepler (1601-1612): este último publicaría las famosas tablas astronómicas 'Tabulae Rudophinae' (Tablas Rudolfinas, 1627), basadas por completo en el trabajo observacional de Brahe y llamadas así en honor del emperador.