De vuelta a España se casó por segunda vez en 1541 con Fernando de Aragón, duque de Calabria y virrey de Valencia (Andria, 15 de diciembre de 1488 - Valencia, 26 de octubre de 1550) —hijo del rey Federico I de Nápoles y viudo a su vez de Germana de Foix, que fue la segunda mujer del rey Fernando el Católico— con el que se instaló en Valencia.