El Departamento recibe el nombre de uno de los principales tributarios fluviales del Río Amazonas: el río Putumayo, que nace en el páramo de Bordoncillo, recorre parte del departamento y después se vuelve frontera nacional con Ecuador y Perú, para seguir así con el departamento del Amazonas y adentrase en el territorio del Brasil en búsqueda del Río Amazonas.