Las obras de María Fernanda Cardoso están presentes en varias colecciones que incluyen The Arts Centre Gold, Surfers Paradise, Australia; Biblioteca Luis Ángel Arango, Bogotá, Colombia; Cisneros Fontanals Art Foundation (CIFO), Miami, FL, USA; Colección Cisneros, Venezuela; Daros Latinamerica, Zürich, Switzerland; The Fabric Workshop and Museum, Philadelphia, PA, USA; Miami Art Museum, Miami, FL, USA; Museo de Arte Contemporáneo, Bogotá, Colombia; Museo de Arte Moderno de Bogotá, Colombia; Museum of Contemporary Art, San Diego, CA, USA; Museum of Contemporary Art, Sídney, Australia; National Gallery of Australia, Canberra, Australia; San Francisco Museum of Modern Art, San Francisco, CA, USA; and Tate Gallery, London, UK.