El conjunto de iglesia y colegio debió erigirse en la primera década del siglo XVII, hacia 1610, según lo trazado por el arquitecto post-herreriano Francisco de Praves y bajo el mecenazgo del prelado vallisoletano Diego Romano de Vitoria, obispo de Tlaxcala (México), quien dispuso su enterramiento y el de sus familiares en la capilla mayor.