Tras un desesperado proceso de defensa y reagrupación la GDI logra arrebatarle la iniciativa a la Nod y contraatacar, progresivamente la GDI centra su poder bélico en destruir el nuevo y reconstruido templo Nodita en Sarajevo (el mismo destruido en la Primera Guerra del Tiberio), tras la destrucción del Templo se revela de que el ataque de cañón de iones utilizado para demolerlo había conseguido activar un arma secreta de Kane (la bomba de Tiberio líquido) y generar una reacción cataclísmica de éste a través de todo el planeta, produciendo la muerte de millones de habitantes de las zonas amarillas en el proceso.