Esto suponía una pérdida de jurisdicción de los ayuntamientos tradicionales, ya que antes de la implementación del sistema de intendencias era el propio ayuntamiento de San Salvador quién recibía y administraba justicia a la población española de la localidad en lo referente al buen comportamiento de estos fuera del área rural, por lo que en el año de 1788 el ayuntamiento de San Salvador se queja ante la real audiencia guatemalteca por la pérdida de jurisdicción en la localidad santaneca (a la que consideraba un distrito clave); sin embargo tal sistema subsistiría y se mantendría, y sería el comienzo de la obtención de autonomía de la localidad santaneca (con respecto al ayuntamiento de San Salvador) que se concretaría con la erección del ayuntamiento propio de la población santaneca en el año de 1806.