El Comité Pro–FESES se formó a partir de la convergencia de tres organizaciones, a partir de las cuales se había rearticulado el movimiento estudiantil secundario desde 1983: la Coordinadora de Organizaciones de Enseñanza Media (COEM), en torno a la cual se agrupaba la izquierda (las Juventudes Comunistas, la Izquierda Cristiana, la Juventud Rebelde Miguel Enríquez del MIR y la Juventud Socialista-Almeyda); la Asociación de Estudiantes Cristianos (ASEC), formada por la Juventud Demócrata Cristiana; y la Asociación Democrática de Estudiantes (ADE), creada por la Juventud Socialdemócrata con el propósito de incorporarse al proceso de unidad de los estudiantes secundarios.