El clima que se registra en Bocoyna se divide en dos clasificaciones, la mayor parte del territorio registra el clima "Semifrío subhúmedo con lluvias en verano" y una pequeña región del suroeste del territorio registra clima clasificado como "Templado subhúmedo con lluvias en verano"; Bocoyna se caracteriza por sus inviernos fríos y con intensas nevadas, así por veranos cortos y de clima templado.