A pesar de los padecimientos sufridos, Bermeo, durante el siglo XVI, mantuvo su prestigio, de lo que dan fe, por ejemplo, la ratificación de las Ordenanzas de la Cofradía de Pescadores el 7 de abril de 1527; la confirmación por el rey Carlos I de anteriores privilegios en el sentido de que "ni los vecinos de Bermeo, ni sus mercancías, ni extranjero que viniese a Bermeo con sus mercancías, fuese prendido sino por deuda propia o por fianza", dado en Madrid el 10 de marzo de 1546; el jubileo concedido al Convento de San Francisco por el Papa Pablo IV por bula fechada el año 1563, etc.