El conjuto morado participó en la Copa de Campeones de la Concacaf renombrada en la edición 2008/09 como la Liga de Campeones de la Concacaf, con un formato diferente el torneo se disputaba con fase preliminar, fase de grupos previa que posteriormente daba dos clasificados por grupo a las otras rondas, el Saprissa quedó eliminado en la segunda fase (fase de grupos).