Conseguida la tregua con los curacas Chachapoyas, Alonso de Alvarado decidió viajar a Lima para traer refuerzos e informar al marqués sobre su descubrimiento, sin embargo, mientras regresaba con más gente a San Juan de la Frontera se produce la ejecución de Francisco Pizarro por parte de los almagristas dirigidos por Almagro el Mozo, hijo de Diego de Almagro, quien a su vez había sido asesinado en 1538 por los pizarristas.