El NCBI en cambio, utiliza grupos monofiléticos en su clasificación, por lo que de Chytridiomycota se ha escindido Chytridiomycota "sensu stricto", Neocallimastigomycota, Blastocladiomycota y Olpidiaceae; mientras que Zygomycota se divide en Entomophthoromycota, Kickxellomycotina, Mortierellomycotina, Mucoromycotina, Zoopagomycotina y Nephridiophagidae, definiéndose los siguientes grupos dentro de Fungi: