Actualmente el Seminario Mayor está ubicado en la sede construida por el arquitecto José María Montoya Valenzuela entre 1943 y 1946, en tiempos del arzobispo Ismael Perdomo y en un predio que fue donado por don Enrique Pérez Hoyos y doña Mercedes Sierra de Pérez, en los cerros orientales de la ciudad de Bogotá.