El 22 de febrero de 1855, es sancionado por el presidente José María San Martín el decreto legislativo por el cual se divide el departamento de Sonsonate en dos, por un lado algunos municipios continuaron constituyendo el departamento de Sonsonate y por el otro se creó el Departamento de Santa Ana, siendo su primero gobernador el coronel Teodoro Moreno, y además del municipio homónimo, el departamento contenía los municipios de: Chalchuapa, Metapán, Coatepeque, Masahuat, Texistepeque, Atiquizaya, Ahuachapán, Tacuba, San Lorenzo y Ataco; a estos se les uniría Jujutla y San Pedro (que antes formaban parte del departamento de Sonsonate) por decreto legislativo de 8 de febrero de 1859; todos estos municipios conformaron este departamento hasta el 9 de febrero de 1869 cuando por decreto legislativo, los municipios de: Ahuachapán, Jujutla, San Pedro, Atiquizaya, San Lorenzo, Tacuba y Ataco se segregaron del departamento santaneco para conformar el departamento de Ahuachapán.