Por otro lado, tras quedar fuera de la Copa Chile 2009 ante San Luis, en el Torneo de Clausura 2009, pese a lograr un tibio arranque en la , la «U» bajó su nivel y tras sufrir negativos resultados en las últimas fechas, por primera vez en su historia en campeonatos nacionales cortos quedó eliminada antes de llegar a los "play offs", tras terminar en el décimo lugar de la tabla, con 21 puntos, lo que junto a la eliminación de la Copa Sudamericana 2009, significó que José Basualdo pusiera su cargo a disposición de Azul Azul S.A., que resolvió por desvincularlo de la institución.