Como colofón a la temporada Rafa jugaría en Estocolmo y Madrid sin pasar de octavos y cuartos respectivamente y disputaría su primera Tennis Masters Cup, clasificándose para semifinales tras derrotar a Nikolái Davydenko y Tommy Robredo y caer ante James Blake; en estas no pudo con el suizo Roger Federer y cedería por 4-6 y 5-7.