La fauna tiene como principales exponentes al yaguar (animal focal del bioma), el puma, los pecaríes, tapires, ocelotes, aguará guazú, el yaguarundí, el aguarachay, ciervos como el guazuncho, el ciervo de los pantanos, en las zonas despejadas se encuentran ejemplares de ñandú, y en los ríos y bañados, carpinchos, yacarés y nutrias gigantes.