Inicialmente, el Albaicín quedó fuera de esta política de transformación, pero como consecuencia de la sublevación de los moriscos (1568), que fue iniciada desde el corazón del barrio, la población del mismo fue expulsada masivamente y, con ello, se produjo el abandono de viviendas, comercios y otros edificios, con lo que el barrio entró en un acelerado proceso de ruina (agravado por la rapiña de las tropas y las fuertes tormentas de 1580), que lo hizo pasar de los 30 000 habitantes de 1560 a los apenas 5000 censados en 1620.