Los principales arroyos del Cerro del Muerto, los cuales inclusive tienen su nacimiento en esta zona montañosa, son los arroyos Xoconoxtle, Los Chivos, Peña Blanca, El Muerto, Las Víboras, Palos de los Fierros, Los Coyotes, Carboneras, La Chorrera y El Barreno (INEGI 1993).