Entre la multitud de tesoros artísticos que contuvo se pueden destacar: el retablo cuatrocentista adquirido a principios del siglo XVI, la "Verónica" y retablo de alabastro representando el "Bautismo" que hizo traer de Italia Jerónimo Vich y Valterra (conservado hoy en el Museo de Bellas Artes de Valencia), el retablo de la "Crucifixión", preciados objetos litúrgicos donados por Juan Vich y Manrique de Lara en 1593, el órgano de 1597, el retablo mayor y la sillería del coro, magníficos azulejos, el retablo de San José, el retablo de la Capilla de los Reyes, el retablo de la Natividad de Cristo, el retablo de San Jerónimo, el retablo de San Pedro y San Pablo, el "Calvario","Cristo abrazando la cruz" y "Cristo en el Limbo" de Sebastiano del Piombo, que se conservan en el Museo Nacional del Prado, una tabla de El Greco, un "Salvador" de Juan de Juanes y multitud de obras pictóricas de grandes maestros pintores como Durero, Jacopo Bassano, el paisajista flamenco Paul Bril, Francisco y Juan Ribalta (de las cuales se conservan 31 retratos de valencianos ilustres de Juan Ribalta y su taller en el Museo de Bellas Artes de Valencia), Pedro de Orrente, Divino Morales, José de Ribera "el españoleto o Lorenzo Castro.