El crucero, que no sobresale al exterior, está conformado por la prolongación de las naves, estructurado en tres espacios, el central cubierto por bóveda semiesférica y los laterales por bóvedas con decoración de molduras de escayola; esta parte, y el pequeño cuerpo rectangular de la cabecera se construyeron en el siglo XVII, y son de estilo renacentista.