Adams fue derrotado debido a una mejor organización por parte de los republicanos y a la desunión federalista; también por la desaprobación popular de las Actas de Sedición y Extranjeros, por la popularidad de su oponente, Jefferson, y por la politiquería efectiva de Aaron Burr en Nueva York, donde el voto se pasó de Federalista a Demócrata-Republicano sobre la base de unas pocas salas en Nueva York controladas por la máquinaria de Burr.