En el año 2006 se produce un conflicto de la mayoría de organizaciones miembros del pacto (entre ellos el PC(AP)) con el Partido Comunista de Chile, quien llamó a votar por la candidata socialista Michelle Bachelet en la segunda vuelta de las elecciones presidenciales de 2005-2006, transgrediendo una de las bases del pacto, el cual prohibía aliarse con sectores de la Alianza por Chile o la Concertación.