Nacido en el Protectorado francés de Marruecos, e hijo de un militar muerto en la Segunda Guerra Mundial, Morillon ingresó en 1956 en la Escuela Militar Especial de Saint-Cyr, y participó en los últimos años de la Guerra de Argelia, mostrándose crítico con la decisión de retirarse del país tomada por el gobierno francés.