A finales del siglo XVI los puritanos ya se habían escindido en dos ramas: una más próxima a las tesis de Calvino en cuanto al gobierno de la iglesia, denominados presbiterianos, así llamados porque sus iglesias eran gobernadas no por un obispo, sino por presbíteros (ancianos del presbiterio), que impulsaban una centralización paulatina de la estructura eclesial, y otra integrada por los congregacionalistas, que defendían profesar su fe en la más completa libertad.