El 11 de septiembre de 1645, Fray Cristóbal de Torres, Arzobispo del Nuevo Reino de Granada, solicitó al Rey autorización para fundar un Colegio Mayor, que sería el tercero religioso, pues ya existían el Mayor de Santo Tomás y el Colegio Javeriano, los cuales al sentirse afectados, opusieron mucha resistencia, hasta que el Arzobispo ayudó al Rey Felipe IV con 40.000 ducados, obviándose así las oposiciones, y el 31 de diciembre de 1651 es firmada en Madrid la «Licencia al Arzobispo de la Iglesia de Santafé para fundar en aquella ciudad un colegio donde se extendiera la doctrina de Santo Tomas, la Jurisdicción y la Medicina».