En el tránsito del Mioceno Superior al Inferior -hace 20 millones de años- se va a producir un nuevo fenómeno compresivo con la orogenia Alpina, que afecta -en la parte más meridional- al zócalo que constituye el Macizo antiguo y a la cobertera de materiales secundarios y terciarios, y en el resto (subbético y prebético) solamente a dicha cobertera.