A pesar de los ataques que sufrió, que llegaron hasta a acusaciones de jansenismo, debidos principalmente a su actividad crítica, como la que hace sobre las obras de San Agustín; la reputación de Mabillón quedó intacta, y en 1701 es nombrado por el rey Luis XIV miembro de la "Academia real de las Inscripciones y Medallas" (o de las "Bellas Letras").