También ha desafiado las interpretaciones literales del Islam que segregan a las mujeres en las oraciones en las mezquitas y fue la organizadora de una oración musulmana liderada por mujeres en Nueva York el 18 de marzo de 2005, la cual ha sido descrita como "la primera oración mixta liderada por una mujer musulmana en 1.400 años." Sin embargo, Nomani ha reconocido que se han realizado otras oraciones mixtas lideradas por mujeres, incluyendo una oración funeraria en 1997 dirigida por la feminista musulmana sudafricana Shamima Shaikh.