El 27 de enero de 2012 la compañía preparó la solicitud para suspender su actividad de vuelos al enfrentarse a fuertes pérdidas y un alto endeudamiento tras la negativa de Qatar Airways de entrar en el capital.Finalmente, «Spanair comunicó a Fomento, a través de la Agencia Estatal de Seguridad Aeronáutica, a las 20.16 horas de esa tarde la suspensión de las operaciones que se hizo efectiva a partir de las 02.00 horas del sábado 28 de enero», concluyendo así más de 25 años de vuelos en España.