Ya clasificado anticipado a los cuadrangulares finales del torneo colombiano y de primer puesto con un total de 33 puntos obteniendo así el punto invisible y compartiendo grupo con Millonarios, Deportivo Cali y Once Caldas logró 3 victorias, 2 empates y una derrota, esto le daría el pase directo a la final que disputaría contra Atlético Nacional, en el partido de ida en Medellín Santa Fe logró un valioso empate 0-0 contra el club paisa, pero en la vuelta en Bogotá cayo sorpresivamente 0-2, repitiéndose la historia del Apertura 2005 solo que esta vez los verdolagas dieron la vuelta en El Campín.