Debido a sus grandes actuaciones con el conjunto atlista, Zepeda fue transferido al Cruz Azul equipo que pago varios millones por el talentoso jugador, la expectación era mucha, sin embargo Zepeda nunca pudo tener el mismo rendimiento con el equipo cementero, por lo cual salió del club; a partir de ahí, Zepeda paso por muchos equipos del fútbol nacional, entre ellos, el Monarcas Morelia, el Toluca, el Club América, el Club San Luis, y los Tiburones Rojos de Veracruz, pero en ninguno tuvo la suerte ni el éxito que había logrado con el Atlas a inicios de su carrera.