En su obra impresa, en castellano o latín, aparece como "Francisco Vallesio Covarruviano" o "Francisci Vallesii Covarrubiani", que significaría 'Francisco del Valle natural de Covarrubias': Valle o Valles es apellido habitual en Castilla (Vallés lo es en Cataluña, Valencia e Islas Baleares).