También debieron hacer frente a los inicios de una escalada de extremismo que se profundizaría a fines de los años 1960: los primeros atentados a manos de la guerrilla urbana de los Tupamaros, y una interna militar con un silencioso ascenso de militares con ideas golpistas, como el general Mario Aguerrondo (cuyo ascenso fue resistido por el Presidente del CNG Washington Beltrán Mullin).