Durante el proceso se han investigado a varios mandatarios locales, entre ellos el gobernador del departamento de Magdalena Trino Luna quien fue detenido en marzo de 2007 y fue el primer condenado en este escándalo después de que aceptara sus vínculos con los cabecillas paramilitares alias Jorge 40 y Hernán Giraldo Serna; otro de los gobernadores detenidos fue Hernando Molina Araújo gobernador del departamento del Cesar después de que el Fiscal General de la Nación encontrara méritos suficientes para ordenar su captura; el gobierno lo suspendió de su cargo luego de que Molina se entregara voluntariamente al viajar a Bogotá; según la fiscalía las evidencias indican que Molina Araújo habría tenido relación de cercana amistad con alias 'Jorge 40' ex jefe del Bloque Norte de las AUC y que dicha relación era tan estrecha que incluso pertenecía al grupo bajo el alias de Comandante 35.