Con la llegada de los Manrique, Amusco, pierde su relevante papel, al dejar de ser el centro de las nueve villas y se convierte en Señorío de los Manrique de Lara, con Pedro Manrique de Lara y su esposa doña Leonor de Castilla, quien fundó un convento de monjas que años más tarde será trasladado a Calabazanos.