En 1858 el sucesor de Mallarino, Mariano Ospina Rodríguez, saca una nueva constitución con excesivas libertades a los estados conformantes, lo que lleva a la guerra civil y termina con la rebelión del Cauca, Bolivar y Magdalena, los cuales le declaran la guerra a la confederación granadina tomándose el poder en 1860 bajo el mando del General Manuel Cipriano Mosquera.