Su obra ha continuado gracias al trabajo de sus hijos Joaquín Barraquer, que continuó su labor al frente del Centro de Oftalmología Barraquer de Barcelona, y José Barraquer, también oftalmólogo conocido como "el padre de la cirugía refractiva moderna", y a sus nietos, Elena Barraquer Compte y Rafael Ignacio Barraquer Compte, que igualmente se han dedicado a la oftalmología.