Tras disputar 2 partidos en octubre de 2006 frente a Perú por la denominada Copa del Pacífico 2006 (ganados por 3-2 en la ida y 0-1 en la vuelta) y el amistoso en noviembre frente a Paraguay ganado por 3-2, Pinilla estuvo casi 4 años sin ser convocado a la selección debido a sus continuos actos de indisciplina, lesiones y a su decepcionante carrera a nivel de clubes.