Dentro del humedal El Yali existe una importante diversidad de cuerpos de agua, representados por esteros (estero El Yali, estero Las Rosas, estero El Peuco, estero Tricao, estero Maitenlahue), vegas (El Convento, Vega de Talca), salinas (Salinas El Convento y Salinas de Bucalemu), el Embalse Los Molles, áreas de médanos y cerca de 8 lagunas: laguna Cabildo, laguna Seca (El Yali), laguna La Matanza, laguna Colejuda, laguna Guaraivo (o Guaraibo?), laguna El Rey, laguna Maura y la laguna salobre o albufera, la cual corre paralelamente a la línea de la costa y se encuentra separada del mar por medio de una barrera arenosa la que fue severamente afectada por el , segmentándose en dos lagunas separadas por 500 metros.