El juego comienza cuando un fal'Cie de Paals llamado Anima, es descubierto en una ciudad costera llamada Bodhum y amenaza con la seguridad del Nido, por lo que el Sanctum ordena la efectuación de un plan de emergencia llamado «La Purga», el cual consiste en el exiliar a todos los habitantes de Bodhum hacia Paals.