Fue reelecto senador en 1994 y en 1998, cuando obtuvo la segunda votación más alta del país, detrás de Íngrid Betancourt; en este año apoyó al ex ministro Juan Camilo Restrepo para la obtención de la candidatura conservadora a la Presidencia, aún sabiendo del amplio favoritismo de Andrés Pastrana; en la convención nacional, Pastrana obtuvo el 60% de los votos, y Restrepo un 40% muy significativo, que le permitió a Valencia Cossio hacer valer su posición al interior del partido, lo cual se confirmó al ser elegido Presidente del Senado para el periodo 1998-1999, correspondiéndole tomarle el juramento al nuevo Presidente de la República, el propio Pastrana.