Mientras que la investigación en biología estructural se centra en la obtención y análisis de una proteína o grupo de proteínas aisladas o formando complejos supramoleculares cuya función es, por lo general, conocida, la genómica estructural enfatiza la identificación y descripción de nuevas conformaciones estructurales y pliegues; la predicción de la función, si es desconocida, tiene lugar mediante métodos bioinformáticos.