Las ventanas, que aportan una iluminación natural al interior, se complementan con vidrieras de diversos temas: las mayores en arco, en los extremos, representan la aparición de la Virgen del Pilar y la conversión de Recaredo al catolicismo; san Fernando y san Hermenegildo ocupan dos vidrieras grandes verticales, mientras las pequeñas situadas sobre la puerta están dedicadas a san Joaquín, san Isidoro, san Antonio y santa Isabel de Aragón, reina de Portugal.