Iniciado ya el reinado, durante la guerra civil (1474-1479) contra los partidario de su sobrina Juana la Beltraneja y Alfonso V de Portugal, Fernando instalará ocasionalmente su cuartel general en Dueñas y, en el contexto de las Cortes de Madrigal de 1476, entre abril y agosto, tendrán lugar una serie de Juntas Generales presididas por el Contador Mayor Alonso de Quintanilla en la iglesia de Santa María con el objetivo de organizar la Santa Hermandad, cuyas ordenanzas están publicadas en Dueñas.