En 1550, cuatro años después de la muerte de su esposa Leonor, ingresó en la Compañía de Jesús y abdicó en su hijo, conocido como Carlos de Borja y Aragón, el cual se casó con Magdalena Centelles i Folch, hermana y heredera del conde de Oliva, y mantuvo Gandía como uno de los núcleos más influyentes y poderosos del panorama, hasta el endeudamiento de la nobleza y las Segundas Germanías.