Mientras iba ascendiendo de rango, Buyoya se iba haciendo cada vez más famoso dentro del ejército burundés, por lo que fue nombrado miembro del Comité Central de la Unión para el Progreso Nacional (UPRONA), y que a pesar de que Buyoya no ostentaba ningún cargo político, era considerado como uno de los hombres fuertes del régimen de Jean-Baptiste Bagaza, quién era Presidente de la Segunda República de Burundi.