En los regímenes exceptuados del Sistema General como son los de las Fuerzas Armadas, Fondo Nacional del Magisterio, Ecopetrol y universidades, la financiación no es provista por el Fosyga sino por fondos específicos de cada régimen exceptuado, aunque estos deben aportar recursos para la subcuenta de solidaridad con que se financia el Régimen Subsidiado del Sistema General.l.