Sin embargo a comienzos del siglo XVII, cuando el rey Felipe III trasladó la corte a Valladolid, se hizo cargo junto con su esposa Margarita de Austria-Estiria del patronato y edificación del nuevo monasterio y nueva iglesia con las trazas de su propio arquitecto Francisco de Mora bajo la dirección de Diego de Praves que era el "maestro mayor de la obra de Su Majestad en Castilla la Vieja".