Los análisis moleculares y genéticos de filogenia solo se pueden hacer sobre representantes vivientes, como circunscripto según Smith "et al." (2006) (ver la ficha), al menos Equisetales es monofilético (Pryer "et al." 2001a y 2004b, Des Marais "et al." 2003, Guillon 2004), pero debido a la arquitectura única del tallo del esporófito, es muy probable que todos los fósiles encontrados pertenezcan a este clado.