Después de su arribo a la Isla de Samar la escuadra se dirige a Leyte y luego a Mindanao, recorriendo muchas islas hasta su arribo a Isla de Cebú en la que libraron ligeros combates en tierra con los indígenas del lugar, desembarcando el 5 de mayo de 1565 para iniciar una campaña militar corta que terminó con la ocupación definitiva de la isla, fundando la "Villa de San Miguel", que fundó como la capital de las islas conquistadas hasta 1571.