Entre los graves conflictos internos, destacaron dos: uno de base étnico-religiosa, que se resolvió drásticamente en 1609 con la expulsión de los moriscos (generando a su vez una verdadera catástrofe demográfica y socioeconómica, especialmente en Valencia); y otro de base particularista, las revueltas de 1640 en Cataluña y Portugal, afrontadas militarmente con resultados opuestos.