En el minuto 81 Hernández anotó el gol en un saque de esquina cobrado por Danny Welbeck.Hernández firmó un nuevo contrato de cinco años el 24 de octubre para estar con el Manchester United hasta el 2016.Hernández anotó su cuarto gol en la liga de la temporada en un partido contra el Everton en Goodison Park, en una victoria de 1-0 el 29 de octubre de 2011.Hernández volvió a anotar en el siguiente juego en casa del Newcastle United, cuando un disparo de Wayne Rooney fue bloqueado por un defensa y rebotando contra su cuerpo haciendo así su sexto gol.En el juego ante el Aston Villa sufre una lesión, en el minuto seis del primer tiempo cuando sin tener contacto con ningún oponente su tobillo izquierdo se dobla y cae al suelo con un intenso dolor evidente, después del partido, Sir Alex Ferguson dijo que había sufrido daños en el ligamento del tobillo y será baja durante cuatro semanas.