A fines de 2016, una nueva eliminación en la Copa Sudamericana, esta vez ante el Chapecoense por penales en el Arena Condá, más un mal arranque en el campeonato local, llevaron a la renuncia del entrenador Gabriel Milito, que dejó una buena base de jugadores de inferiores, que el siguiente entrenador, Ariel Holan, se encargó de encontrarle el mejor funcionamiento posible.