En el siglo XVI Daniele da Volterra y Giorgio Vasari reformaron las capillas del transepto; en el siglo XVII (1605) se levantó la nueva fachada de la iglesia (costeada por el rey Felipe III de España) y hacia 1640 Gian Lorenzo Bernini construyó la capilla del marqués Marcello Raimondi, obra muy interesante por su marcado carácter escenográfico.