Con las Gobernaciones de Cartagena, Santa Marta, El Nuevo Reino de Granada y la de Popayán, la Corona española autoriza a la Casa de Contratación para la emisión de capitulaciones a españoles para poblar y colonizar las Indias, al igual que enviar los prelados y concordar con la Santa Sede el envío de Obispos, prelados, párrocos y monjas a las Américas, esto se traducía en un lenta desmilitarización de la Administración y la instauración de la burocracia Colonial, a copia de la española.