Para 1813 las leyes coloniales habían modificado el régimen político de la Nueva España y habían desaparecido del derecho pero no del hecho las repúblicas indianas, las cuales seguían rigiendo con sus propias costumbres los nuevos ayuntamientos emanados de la Constitución de Cádiz de 1812, por eso al entrar al México Independiente la población de Tlalpan entro como un ayuntamiento y a la vez cabecera del Partido de San Agustín de las Cuevas (formado por los ayuntamientos de Xochimilco, Tulyehualco, Milpa Alta, Coyoacán, San Ángel y el propio San Agustín), perteneciente al Distrito de México cuya capital era la ciudad de México, pero al formalizarse la residencia de los poderes federales en la ciudad de México y formarse el Distrito Federal, el estado de México debió mudar su capital estatal y distrital, de esta manera la ciudad de Texcoco fue elegida capital estatal en 1825 y Tlalpan fue erigida como capital del Distrito de México, pero luego en 1828 la capital estatal fue de nuevo mudada, esta vez a San Agustín de las Cuevas, la cual por decreto de la legislatura estatal y luego la federal recibió el grado de ciudad con un nuevo nombre, Ciudad de Tlalpan convirtiéndose en capital estatal y distrital a la vez.