A resultas de las "Cartas", en 1787, recibió la llamada de la Universidad de Jena (actual Universidad Friedrich Schiller) para ser nombrado profesor extraordinario de Filosofía; en 1791 pasó a ser "Professor ordinarius supernumerarius" y, por su popularidad e implicación con la filosofía kantiana, ayudó mucho a hacer de Jena el centro de la filosofía alemana en esos años.