Al asumir el teniente general Tito Okello como jefe de la Junta militar, continuaron las hostilidades entre el nuevo gobierno y el NRA, el cual tuvo un alto al fuego, luego de que el NRA tomara la ciudad estratégica de Masaka, por lo que ambos dieron comienzo a una serie de negociaciones y diálogos de paz, y el 17 de diciembre de ese año, Okello y Museveni firman un acuerdo de paz en Nairobi, Kenia, en la que se crearía un ejército nacional unificado, y que Museveni fuese vicepresidente de la Junta, hasta la realización de nuevas elecciones.