Por lo que la ciudad fue fundada el 12 de marzo de 1535 por el Capitán Francisco Pacheco, bajo las órdenes de Diego de Almagro y con el nombre sugerido y modificado por parte de Francisco Pizarro de Villa de Villa Nueva de Puerto Viejo jurándose fidelidad al rey Carlos I de España, quien después supo que la villa había sido fundada en nombre suyo, además sorprende saber que en el contexto de su fundación fue curiosamente la villa que no conservó integro ni el nombre de su localidad indígena, el del cacique donde se asentara la población o el de alguna deidad famosa de la población, a diferencia de Quito con Guayaquil con "Santiago del Quito", Pasto, Cali, Piura, Arequipa, Lima y otras tantas.