En el parque los visitantes pueden hacer diversas actividades tales como viajes a lo largo del río Amazonas hacia diversas islas, como la isla de los Micos (en donde pueden encontrar centenares de monos), en la isla de Mocagua (se puede ver la Victoria Regia o flor de loto) y una de las actividades más interesantes: un viaje río arriba al lago Tarapoto, en donde se pueden ver los delfines rosados y grises de agua dulce.