Lo más sobresaliente del conjunto monástico es el claustro, proyectado por Juan de Badajoz el Mozo en 1537 y concluido en 1604 con la participación de importantes artífices que levantaron sus muros y labraron su profusa ornamentación de padres de la Iglesia, profetas, patriarcas, jueces, sacerdotes, heroínas, así como personajes del Nuevo Testamento -apóstoles y evangelistas — y civiles — reyes, reinas, emperadores y emperatrices — además de pontífices, cardenales, doctores, monjes y santos.