A pesar de ser un claro defensor de la solución negociada al conflicto armado, Gómez se convirtió en un fuerte crítico del proceso debido a la laxitud del gobierno para con la guerrilla, la impunidad creciente y la falta de claridad en los objetivos y procedimientos de la negociación,lo que le genero roces tanto con el Gobierno Nacional como el secretariado de las FARC.