Ciertas enfermedades crónicas pueden provocar retraso puberal, principalmente enfermedades gastrointestinales y sistémicas, tales como la enfermedad celíaca no diagnosticada ni tratada (que a menudo se presenta sin síntomas digestivos), la enfermedad inflamatoria intestinal, la cirrosis hepática, la fibrosis quística, la insuficiencia renal crónica, la diabetes mellitus, el hipo e hipertiroidismo, la artritis reumatoide juvenil, el lupus eritematoso sistémico, la anemia de Fanconi, la talasemia mayor, la hiperprolactinemia, la anorexia nerviosa, la bulimia y el hipogonadismo, entre otras.