Algunas preguntas ontológicas son: "¿qué es la materia?", "¿qué es un proceso?", "¿qué es el espacio-tiempo?", "¿hay propiedades emergentes?", "¿se ajustan todos los eventos a alguna(s) ley(es)?", ¿hay especies naturales?, ¿qué hace real a un objeto?, ¿hay causas finales?, ¿es real el azar?.