Šibarġan fue el sitio de la Masacre de Dasht-i-Leili en diciembre del 2001, durante la invasión de los EE.UU a Afganistán fueron entre 250 y 3.000 (depende de fuentes) los prisioneros talibán fueron asesinados y/o ahogados en recipientes de carga metálica, algunos fueron transferidos por soldados norteamericanos y de la Alianza del Norte de Qundūz a la prisión de Šibarġan.