La Albufera, al igual que todos los humedales, son áreas muy sensibles, por lo que se ven gravemente afectadas por distintos problemas como la contaminación de las aguas, la perturbación del régimen hídrico -principalmente en relación con los manantiales-, la colmatación del marjal, la urbanización en el sistema dunar, la presión industrial entorno al parque -fundamentalmente en los municipios de la Huerta Sur y la ciudad de Valencia-, los impactos negativos que generan las distintas infraestructuras, como carreteras o el puerto de Valencia, así como por el aumento de la presión turística y recreativa.Todo esto ha provocado que el agua de la Albufera llegue a ser un 80% más turbia que hace años.