Es así como el 28 de diciembre de 1828, cuando Bolívar partió al Sur para dirigir personalmente operaciones militares, quedó encargado del ejecutivo al Consejo de Estado, que era presidido por Del Castillo, quien días antes le había respondido al Presidente que le conmutara a Santander la injusta condena a muerte emitida por el Consejo de Guerra que "investigó" la conspiración del 25 de septiembre de ese año.