La Comisión contará con una Contraloría Interna, Organo de Control Interno, al frente de la cual el contralor interno, designado en los términos del artículo 37, fracción XII, de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, en el ejercicio de sus facultades se auxiliará por los titulares de las áreas de auditoría, quejas y responsabilidades designados en los mismos términos.