Durante los primeros días de la Guerra Civil Española, el aeródromo fue utilizado por los militares sublevados, pasando a manos del bando republicano el 26 de julio de 1936, convirtiéndose en la sede del "Estado Mayor de la Aviación Militar Republicana" desde noviembre de ese mismo año, hasta abril de 1938, y de la aviación de transporte republicana hasta marzo de 1939, poco antes de terminar la guerra.