En 1838, dos años después de que Charles Darwin había regresado de su viaje en el "Beagle", Peale tomó licencia en su trabajo en el museo, para navegar a bordo del "USS Peacock" como naturalista jefe para la Expedición Exploratoria de los Estados Unidos, 1838-1842, (United States Exploring Expedition, 1838-1842) comandada por el Teniente, Charles Wilkes.