La película está dividida en dos partes: la primera, Che, el argentino ("The Argentine"), se centra en la Revolución cubana, desde el momento en que Fidel Castro, el Che Guevara y otros combatientes desembarcan en la isla caribeña, hasta que derrocan a la dictadura de Fulgencio Batista dos años después, y la segunda parte, Che: guerrilla ("Guerrilla"), se enfoca en el intento del Che de crear una revolución en Bolivia y en el fracaso de su intento.