Miembros del Estado Mayor Presidencial fueron implicados en las muertes de la antropóloga Myrna Mack (1990), del entonces Presidente de la Corte Constitucional, Epaminondas González Dubón (1994), de Pedro Sas Rompich (1996) y de Monseñor Juan José Gerardi (1998), participaron en operaciones antisecuestro con la policía en 1997, llevaron a cabo investigaciones paralelas en los casos de Edgar Ordoñez Porta, Mack y Gerardi, que distorsionaron las investigaciones realizadas por el Ministerio Público y el Organismo Judicial, y han sido implicados en la vigilancia de antropólogos forenses en 2003.