Contiene varios fondos: el denominado Archivo Municipal con documentación del Ayuntamiento desde el año 1481 al 1982; los Protocolos Notariales del Distrito de Moguer (Niebla, Bonares, Lucena del Puerto, Palos de la Frontera y Moguer) con escrituras públicas otorgadas desde 1536; y Juzgados con documentación que van de los años 1843 a 1903.