En cuanto a los jesuitas, acusados de ser los instigadores de la resistencia, pero sobre todo, vistos con malos ojos por los círculos de poder de Lisboa y Madrid, influidos por el despotismo ilustrado, y que los caracterizaron como un estado dentro del estado, incompatible con el absolutismo, poco tiempo les quedaba para maniobrar: en 1758 fueron expulsados de Portugal y sus dominios por el Marqués de Pombal, y en 1767 de España y los suyos por Carlos III, quienes insistentemente pidieron a la Santa Sede la disolución de la Orden, a lo que finalmente accedería el papa Clemente XIV en 1773.