En su carrera profesional ya cuenta con un título de liga (Apertura 2005) y un Campeón de Campeones de México, Francisco Gamboa debutó en la Primera División de México el domingo 25 de septiembre de 2005 en Zapopan, Jalisco cuando el Club Toluca visitó a los Tecos de la UAG en la jornada 9 del campeonato, partido ganado por el Club Toluca dirigido en ese entonces por el entrenador Américo Rubén Gallego.