Entre los premios más importantes que ha conseguido Juan Muñoz destacan el Premio Doncel de cuento infantil 1966 por "Las tres piedras"; el Premio Barco de Vapor 1979 por "Fray Perico y su borrico"; Tercer Premio Gran Angular de novela juvenil 1984 por "El hombre mecánico"; Segundo Accésit de cuento corto Nueva Acrópolis 1984 por "Algún día seré"; Primer Premio Complutense Cervantes chico de Literatura Infantil y Juvenil 1992 como el escritor más leído por los niños.