Aerolíneas Peruanas fue una de las pocas compañías que, durante su existencia, no sufrió ningún accidente aéreo y el único incidente en donde se vio involucrada ocurrió el 11 de enero de 1969 cuando un Convair 990 Coronado con 108 pasajeros a bordo y que cubría el vuelo 60 con ruta Buenos Aires - Santiago de Chile - Lima - Guayaquil - Panamá - Miami, fue secuestrado faltando pocos minutos para llegar a su destino final por Jesús Anaya (un guerrillero mexicano quien, hasta entonces, trabajaba como periodista y corresponsal de la Agencia Mexicana de Noticias en Quito y había abordado el avión durante su escala en Guayaquil), obligando a que la aeronave se desviara hacia La Habana, Cuba.