Pedro Sáinz de Baranda y Borreyro falleció en la ciudad de Mérida el 16 de diciembre de 1845 a la edad de 58 años, sus restos fueron trasladados a la ciudad de Campeche y depositados en la catedral de donde fueron exhumados en el año de 1987 para ser trasladados y re-inhumados en la Rotonda de las Personas Ilustres en la Ciudad de México el 13 de marzo de ese mismo año, con los correspondientes honores navales.