En 1810 es destinado a la Capitanía General de Guatemala, en una época de gran actividad independentista; desarrolla una política reformista de corte ilustrado, pero ante la revolución de Hidalgo y Morelos en la Nueva España preparó tropas en Guatemala y creó el "cuerpo de voluntarios de Fernando VII" y desde su puesto se enfrentó a los constitucionalistas locales, reprimiendo duramente a los insurgentes; se opuso a la constitución liberal de 1812, denunció a su sucesor nombrado Juan Antonio de Tornos, Intendente de Honduras, por supuestas tendencias liberales y así logró su confirmación en su puesto por Fernando VII en 1814.