En abril de ese mismo año, Stein y su hermana Rosa fueron «fichadas» por la Gestapo como represalia de los nazis a la misión pastoral de los obispos neerlandeses que se posicionaron en contra de la deportación de judíos; Edith Stein y su hermana fueron arrestadas el día 2 de agosto de 1942 por la Gestapo y llevadas con otros religiosos y religiosas al campo de concentración de Amersfoort y, días más tarde, al de Westerbork (Países Bajos).