La sentencia causó una fuerte reacción del presidente Uribe quien cuestionó las actuaciones del máximo tribunal de justicia y sugirió la complicidad de algunos magistrados con grupos terroristas tanto de extrema izquierda como de extrema derecha, a la vez que anunció que tramitaría la aprobación de un referendo para repetir las elecciones de 2006 con el propósito, según dijo, de "legitimar su mandato" (más tarde desistiría de ello).