El poro del canal de sodio contiene un filtro de selectividad entre los segmentos S5 y S6, en esta zona se encuentran una serie de aminoácidos cargados negativamente que cumplen la función de atraer los iones positivos y repeler los iones negativos, a su vez el poro se vuelve más estrecho (0.2 - 0.3 nm) hacia el interior, en esta zona se encuentra un ácido glutámico (aminoácido) el cual “sensa” el tamaño del ion sodio y permite el paso de este por sobre otros iones positivos, también en esta zona ocurre la deshidratación del ion.