Era hijo primogénito y sucesor de Juan Rodríguez de Ledesma, natural de San Felices de los Gallegos (en la Raya de Salamanca), bautizado en la Asunción el 24 de enero de 1619, y de Francisca Bernal de los Ríos, natural de Madrid, donde casaron el 28 de abril de 1640, hija a su vez de Juan Bernal Ruiz y de Juana de los Ríos.