En abril de 2010, Gregorio Pérez empieza su carrera como Director Técnico de Libertad, en el cual empieza en la parte media del torneo Paraguayo ya que fue el reemplazante de Javier Torrente el cual dejo a Libertad casi clasificado para octavos de finales de la Copa Libertadores 2010, empieza con una buena campaña y para el 6 de mayo en la jornada de Copa Libertadores logra pasar por encima de Once Caldas de Colombia llegando a Cuartos de final donde más tarde es eliminado por Chivas de Guadalajara por un marcador global de 3-2, igualmente el equipo de Libertad demuestra su poderío en lo ofensivo rematando varias veces por el palo o grandes jugadas en conjunto.