Las diligencias de Goyeneche fueron cortas, habiendo el presidente Ramón García de León y Pizarro reconocido la autoridad de la Junta Central y despachadas las comunicaciones de la infanta Carlota, por lo que el plenipotenciario siguió camino de Lima, en donde el virrey del Perú, José Fernando de Abascal, lo confirmó en el rango de brigadier y le concedió la presidencia provisoria de la Real Audiencia del Cuzco, donde desde 1807 se desempeñaba su hermano Pedro Mariano como oidor.