Vélez tuvo que embarcar desterrado a la Península y desde su destierro, publicó una protesta y los documentos justificativos de su conducta; pero la persecución llegó a ser tal que estuvo largo tiempo errante de convento en convento, unas veces en Ubrique, otras en Casares y Estepona, de los que se ausentaba para no comprometer a los religiosos.