Tras la independencia de Centroamérica en 1821 se inició la Guerra Civil Centroamericana entre los conservadores que querían mantener el poder de las órdenes regulares y los liberales que querían expulsarlas, lo que consiguieron en 1829, tras el derrocamiento del gobernador conservador Mariano de Aycinena y Piñol y la derrota del Clan Aycinena.