A medida que el jugador lucha contra los invasores, presencia interacciones entre las tres inteligencias artificiales de la nave (Leela, Durandal y Tycho), y descubre que no todo es lo que parece a bordo: entre otros problemas, Durandal se ha vuelto rampante y parece que está utilizando a los humanos contra los Pfhor para lograr un fin misterioso.