Sin duda alguna lo que hizo más famoso al padre Pío fue el fenómeno de los estigmas, llamados pasionarios (por ser semejantes a los de Jesucristo en su Pasión): heridas en manos, pies, costado y hombro, dolorosas aunque invisibles entre 1911 y 1918, y luego visibles durante 50 años, desde septiembre de 1918 hasta septiembre de 1968.