Para el 2006 llega a Deportes Puerto Montt con un muy buen paso en el equipo, sobre todo en el Clausura 2006, donde llegan a los play-off, cayendo con Colo-Colo, en cuartos de final.Tras aquello, fue adquirido por Cobresal para la temporada 2007, con buenos resultados tanto personales como colectivos, en el Apertura logran una buena posición y en el Clausura clasifican a play-offs, eliminados por la Universidad de Chile en cuartos de final, en un torneo en el que Vargas anotó la buena cantidad de 12 goles.