El mayor éxito en la historia del club ayalés se consigue en la temporada 2000/2001, tras quedar clasificados en cuarto lugar, se disputa la fase de ascenso a Segunda División, quedando encuadrados en un grupo con: Zamora CF, Cádiz Club de Fútbol y Gimnastic de Tarragona (ganando 1 partido, empatando 3 y perdiendo 2, se quedó en tercera posición).