Numerosas especies de peces autóctonas y endémicas están amenazadas por varias causas, siendo una de las más importante la presencia de especies no autóctonas: algunas de estas especies (especialmente siluros, y también aspios, luciopercas y peces gato) son extremadamente dañinas como depredadores, mientras que otras (como brema, blicca, gardón o rutilo, rodeo, etc.) dañan la fauna local como competidores.