En 2002 fue elegido Rector de la Universidad de Buenos Aires, sucediendo en el cargo a Oscar Shuberoff, con el apoyo de una concertación que abarcaba todo el espectro político; su plataforma se centraba en la defensa de la gratuidad y universalidad de la educación superior, sosteniendo la necesidad de incorporar a la universidad al servicio público y enfatizar su papel en la educación, retomando así los principios de la Reforma Universitaria de 1918.