Mientras que el diseño original, planeaba usar un cañón NL-57 de 57 mm montado en la línea central, en el tabique que separaba la toma de aire de los dos motores, la producción de serie del MiG-9 estaba normalmente armada con un cañón Nudelman N-37 de 37 mm y dos cañones NS-23 de 23 mm.