Acostumbraba el padre Virrueta decir misa a las cinco de la mañana en la iglesia de la Merced, y entre los pocos asistentes a ella encontrábase con frecuencia don Pedro Pablo, que en varias ocasiones se brindó a servir de ayudante; que era Su Majestad camaneja hombre devoto y respetuoso con la Iglesia, si bien, como Luis XI y Felipe II, sostenía que los monarcas acatando mucho al Pontífice, no deben cederle un palmo en asuntos temporales de patronato.