El nombre de Aljafería se documenta por primera vez en un texto de Al-Yazzar as-Saraqusti (activo entre 1085 y 1100) —que transmite además el nombre del arquitecto del palacio taifal, el eslavo Al-Halifa Zuhayr— y otro de Ibn Idari de 1109, como derivación del prenombre de Al-Muqtadir, Abu Ya'far, y de «Ya'far», «Al-Yafariyya», que evolucionó a «Aliafaria» y de ahí a «Aljafería».