Posteriormente, mediante la ley 16746, promulgada el 24 de enero de 1968 y publicada en el Diario Oficial el 14 de febrero del mismo año, se convirtió en una corporación autónoma con personalidad jurídica de derecho público, destinada a asesorar al presidente de la República en el planeamiento, fomento y desarrollo de las investigaciones en el campo de las ciencias puras y aplicadas, la cual se relacionaría con el gobierno a través del Ministro de Educación Pública.