El Monasterio de Suso (de arriba), el más antiguo, inició su construcción a finales del siglo VI, para albergar la tumba de San Millán, ermitaño discípulo de San Felices de Bilibio, mientras que el Monasterio de Yuso (de abajo) tiene sus orígenes en el siglo X, contando con reconstrucciones posteriores en los siglos XVI, XVII y XVIII.