Los fonemas implosivos /*ɓ, *ɗ, *ʄ, *ɠ/, eyectivos /*pʼ, *tʼ, (*sʼ), *cʼ, *kʼ/ así como las prenasales /*b, *d, (*t), *ɟ, *g/ sólo parecen reconstructibles para la protolengua que dio lugar al núcleo y el grupo satélite, pero no para el proto-nilo-sahariano, aunque no están muy claras las innovaciones que ocurrieron para que este grupo desarrollara esos fonemas.