Las principales publicaciones científicas de la Universidad de San Marcos se realizan en las revistas académicas Alma Máter —humanidades, ciencias sociales, y ciencias empresariales— y Theorema —ciencias básicas, ciencias de la salud, e ingenierías—, y en las 20 revistas oficiales de cada una de las facultades de la universidad, las cuales se listan a continuación —es precio indicar que además de las revistas listadas abajo, cada escuela académico-profesional cuenta también con una revista académica propia: