En 1546, Juan de Figueroa dejaba la milicia chilena temporalmente y pasaba a Perú para integrase en las fuerzas reales que combatían contra Gonzalo Pizarro, ya que éste declarado abiertamente en rebeldía, el 18 de enero de 1546, se enfrentaba con el ejército real, y Gonzalo vencedor en la batalla de Añaquito, además de tomar crudas represalias contra los prisioneros, arbitrariamente mandó degollar al primer virrey del Perú, Blasco Núñez Vela.