Muchas personas suelen estar tentadas a utilizar compuestos o estiércol de granjas para abonar sus bonsáis, pero es solo recomendable para árboles bien enraizados, ya que para un árbol que inicia su proceso de enraizamiento o recién trasplantado, esto implicaría introducir agentes patógenos a un árbol confinado a un espacio tan pequeño.