Después del mundial, Michel dejó de ser el capitán pasando el gafete a su compañero y gran amigo Hector Reynoso López continuando su carrera deportiva con el , para el apertura 2010 lamentablemente las Chivas no logran pasar a la liguilla tras quedar como 4º de su grupo y 10º de la general solo por debajo de pumas y tigres con los puestos 8º y 9º respectivamente, pero eso no fue un obstáculo para que Guadalajara no peleara por un título más, ya que , estaban colocados en la 2º fase de la Copa Libertadores 2010, llegando hasta instancias finales enfrentando a el Sport Club Internacional de Porto Alegre, final que perderían por marcador global de 5-3 a favor de los brasileños quienes se coronarían por 2º vez en su historia, pero con una favorable actuación de Michel en ambos partidos, evitando los goles del Inter con grandes atajadas, que aún mantenían con vida al club mexicano.