Ahora Ruri Hoshino es la capitana de la nave Nadesico-B y mientras ella y su tripulación investigan una colonia de la que se tienen sospechas de rebelión a la Unión Tierra-Júpiter, un ataque informático a ese lugar dará inicio a la investigación de un misterio que atormenta a todos los antiguos tripulantes del Nadesico: ¿Quienes fueron los responsables del ataque aéreo que, dos años antes, aparentemente acabó con las vidas de Akito Tenkawa, Yurika Mitsumaru e Inés Freezange?, ¿cuál fue el propósito de ese ataque?, ¿qué pasó con sus cadáveres?, ¿o acaso ellos siguen con vida? y, si lo anterior es cierto, ¿qué ha pasado con ellos en los dos años en los que se les creía muertos?.