En 1989 se crea y activa la Fuerza Naval Fluvial, con sede en Bogotá dependiente de la Jefatura de Operaciones Navales y se reorganizan las flotillas fluviales de Oriente con Puesto de Mando en Puerto Carreño y del Magdalena con Puesto de Mando en Barrancabermeja, que agrupaban a las diferentes unidades fluviales como nodrizas, patrulleras fluviales, remolcadores de río y elementos de combate fluvial, destacados en las respectivas regiones.