Su precedente, la Diputación del Reino de Navarra, apareció en el siglo XV cuando el reino de Navarra era independiente, constituyéndose definitivamente en 1501, con seis diputados, dos por cada brazo de las Cortes de Navarra y con la misión de velar por la administración de las alcabalas, vigilar el cumplimiento de los fueros, etc.