Ethan descubre que la organización Oro está sembrando el caos utilizando extraños artefactos a gran escala de ultra-sonido para enloquecer a la población, en la que varias facciones se ven implicadas, por llamarlo de alguna manera los protestantes (Vanhorn, el comisario y varios más) contra la "secta" Oro, así que Ethan decide ir al centro neurálgico de operaciones de Oro a detenerlos abriendo paso a un final abierto para una tercera entrega.