Por otro lado, surgió un conflicto entre la autoridad eclesiástica de la Arquidiócesis de Santiago y la rectoría de la Universidad debido a que el Gran canciller y Arzobispo, el cardenal Raúl Silva Henríquez, lideraba la Vicaría de la Solidaridad, que daba asistencia y protección judicial a los opositores al régimen que sufrían persecución y torturas.