Sin embargo, el hecho de que en la correspondencia de Ignacio referencias al respecto y que su principal preocupación parezca ser la organización de las iglesias a las que escribe ha llevado a postular asimismo que Ignacio pudo ser detenido a causa de un enfrentamiento habido dentro de la comunidad antioquena entre dos grupos o facciones cristianas representantes de órdenes eclesiales distintos: los así llamados «ministeriales» y los «carismáticos».