Sin embargo, tras el golpe militar de Osmín Aguirre y Salinas, fue vapuleado y expulsado a Honduras donde estuvo confinado junto a otras personalidades que se hicieron acreedoras de una carta de protesta en la que se exigía su libertad, y la cual fue firmada, entre otros, por Miguel Ángel Asturias, Claudia Lars y Serafín Quiteño el 15 de noviembre de 1944.Puesto en libertad, fundó en Guatemala el Comité Salvadoreño de Liberación Nacional, opuesto al gobierno de Salvador Castaneda Castro, y posteriormente terminó radicándose en México.