En el Torneo Clausura 2009, aún con Flores al mando trataron de esconder el fracaso del torneo anterior pero en la jornada 11 al caer 1-0 ante los Tigres, fue destituido y reemplazado por Omar Arellano, quien tampoco logró que el equipo se levantara, con una duración de solo dos jornadas, así que llegó Francisco Ramírez quien inició bien ganándole un Clásico al América en el Jalisco por 1-0, pero no fue suficiente para que el Rebaño se quedara sin otra liguilla.