En el Torneo de Clausura 2016, si bien la la «U» tuvo un comienzo prometedor, luego de golear en el Estadio Nacional por 8-1 a O'Higgins en la segunda fecha, su nivel diluyó durante el transcurso de la competencia y terminó en la 10º posición, con 16 puntos y una diferencia de cuatro goles a favor, luego de haber ganado tres partidos, empatado siete y perdido cinco.