En ese tiempo, fue dictador absoluto, con el título de generalísimo del Ejército; presidente desde 1930 hasta 1938 y desde 1942 hasta 1952, y Ministro de Asuntos Exteriores desde 1953 hasta 1961, y durante otros periodos, el poder fue ocupado por familiares o políticos afines a su persona: Jacinto Bienvenido Peynado (1938-1940), Manuel Jesús Troncoso de la Concha (1940-1942) y su propio hermano Héctor Bienvenido Trujillo Molina (1952-1959).