El 7 de diciembre de 1639, con motivo de un memorial aparecido bajo la servilleta del rey "Sacra, católica, real Majestad...", donde se denuncia la política del Conde-duque, se le detuvo en casa del VIIº duque de Medinaceli, se confiscaron sus libros y, sin apenas vestirse, es llevado al frío convento de San Marcos en León hasta la caída del valido y su retirada a Loeches en 1643.