El órgano interno de mayor relevancia, para los fines militares del instituto armado, es el "Estado Mayor de la Defensa Nacional"; pues es el instrumento técnico operativo, encargado de diseñar los planes, proyectos y programas destinados a establecer las estrategias de defensa y seguridad nacional, inteligencia militar, seguridad interior y colaboración del personal militar en situaciones de desastre en la población civil.