A lo largo de toda su trayectoria "El Motín" sufrió numerosos procesos por supuestos delitos de imprenta que le supusieron multas, encarcelamiento de varios directores legales —entre otros, uno de los fundadores, Juan Vallejo— y de repartidores del periódico, especialmente cuando gobernaban los conservadores —por ejemplo, de enero de 1884 a noviembre de 1885 sufrió 84 procesos por delitos de imprenta y catorce multas de 500 pesetas—; es más, diversos obispos dictaron no menos de 47 excomuniones contra sus redactores —que a su vez excomulgaron a los obispos en nombre de "Fray Motín, obispo de la religión del Trabajo en la diócesis del Sentido Común"— Por otro lado utilizaron todo tipo de argucias para evitar el secuestro de los ejemplares por la policía.