Debido a que la acondroplasia es una enfermedad que tiene manifestaciones similares a otras 19 enfermedades congénitas (osteogénesis imperfecta, displasia epifisaria múltiple tardía, acondrogénesis, osteopetrosis, displasia tanatofórica, etc.), las estimaciones de su prevalencia son difíciles puesto que los criterios diagnósticos son subjetivos y cambian con el tiempo.