Alemania estaba en llamas con las cuestiones suscitadas por Las 95 tesis de Martín Lutero, y la introducción de Ecolampadio en este ambiente, cuando se volvió el defensor de la posición de Lutero, especialmente en su anónimo "Canonici indocti" (1519), parece haberle inducido a un serio examen de conciencia, por lo que terminó entrando en la vida monástica.