El 13 de agosto de 1973, el señor Rafael Álvarez Pérez, solicitó al Delegado de Iztapalapa el permiso para desenterrar una pirámide en la cúspide del cerro de la Estrella, por lo que obteniendo el permiso y ayuda de algunos trabajadores sacaron a relucir una pirámide,(Hechos que quedaron asentados en las crónicas oficiales de Iztapalapa), en la que celebraban el fuego Nuevo cada 52 años los mexícas; El señor Rafael Álvarez Pérez fundo un pequeño museo que llevaba su mismo nombre, con una gran colección de piezas arqueológicas, algunas de gran tamaño que fueron exhibidas en la colección Dioses del México antiguo.Con la finalidad de resguardar los vestigios prehispánicos encontrados por los primeros habitantes, el jefe de gobierno del Distrito Federal, Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano, manda a construir el museo cuyo diseño queda a cargo del arquitecto David Peña.