La isla era supervisada por el presidente de la Real Audiencia de Santo Domingo que a su vez gobernaba la capitanía general homónima —una entidad autónoma del Virreinato de Nueva España— la cual funcionaba como el tribunal de apelación para la provincia, hasta 1739, cuando estas funciones se transfirieron al restablecido Virreinato de Nueva Granada y la Real Audiencia de Santafé de Bogotá.