Pero sin duda, las mejores páginas en la historia de Ingeniería se escribirían en la campaña 2006, donde con un equipo formado con jugadores jóvenes y experimentados, aferrados a un sistema ordenado y táctico lograron coronarse de manera consecutiva campeones distritales, provinciales y departamentales, además de obtener el sub campeonato de su región y acceder con esto a la etapa nacional de la Copa Perú.