Geológicamente, la localidad de Torre de Don Miguel se asienta sobre el llamado batolito granítico de Casillas de Flores-Cadalso (Hassan Mohamud et al., 1998), que representa un macizo intrusivo en los materiales metamórficos preordovícicos del complejo esquisto-grauváquico que lo rodea, por su extremo sur, y lo separa del vecino plutón de Santibáñez.