En 2003, después de nueve años de investigación, la justicia de la etapa de investigación del sistema judicial argentino -institución diferente y previa a la justicia de enjuiciamiento-, acusó formalmente al gobierno iraní de planificar el atentado y al Hezbolá de ejecutarlo, imputando a ocho funcionarios iraníes y un ciudadano libanés, contra los que ordenó alertas rojas de captura de la Interpol que fueron aprobadas, de ser los autores.