Del artista Arnao de Flandes hay en total 29 vitrales, entre ellos se encuentran en la Sacristía mayor: "La Expulsión de los mercaderes del templo" (1556); en la capilla de la Virgen del Pilar: "La entrada de Cristo en Jerusalén" y "La Caridad" (1552); en la capilla de Los evangelistas: "La resurrección de Lázaro" y "El nacimiento de Cristo" (1553); en el interior de la capilla de San Francisco: la de "San Francisco recibiendo los estigmas" (1554); en la capilla de San Andrés: sobre la reja que cierra la capilla una con el tema de la "Santa Cena" (1555); en la capilla de los Dolores: la que representa el "Lavatorio de los pies" (1555); en el interior de la capilla del Mariscal: "Los Desposorios de la Virgen y San José" (1556); sobre la portada de Campanillas: la de "San Cristóbal" (1546); en la capilla de la Concepción Grande: en su interior la del "Martirio de San Pablo" (1550); en la capilla real: "Los evangelistas" (1541) y "Cristo con la cruz a cuestas" (1551) y sobre la puerta de Palos: "San Sebastián" (1535).