Menos afortunado en la lucha contra los protestantes, no pudo impedir la secesión de las Provincias Unidas del norte de los Países Bajos, en 1579, apoyada por Inglaterra y los numerosos enemigos de la hegemonía española, ni tampoco contener la expansión marítima de Inglaterra que derrotó a la Armada Invencible en 1588, y mantenía piratería a su servicio.