Es una escuela de formación dependiente de la Armada Argentina y una de las únicas dos instituciones que forman Oficiales de la Marina Mercante en la República Argentina, siendo la Escuela de Náutica la encargada de formar Pilotos de Ultramar, mientras que la Escuela Nacional Fluvial se encarga de formar a los futuros Oficiales Fluviales de la Hidrovía Sudamericana.