Hecelchakán se encuentra ubicado en la zona norte del estado de Campeche, sus límites son al norte con el municipio de Calkiní, al sur con el de Tenabo, al sureste con el de Hopelchén al este con el estado de Yucatán, particularmente con el municipio de Santa Elena, y al oeste con el Golfo de México Su extensión territorial es de 1,331.99 km² que representan el 2.34% del total del territorio estatal.