Cuando la familia Mendoza, apoyaban la causa de Juana la Beltraneja, Íñigo fue el custodio y administrador de sus bienes, en la villa de Buitrago y quien en 1468, clavó en la puerta de la iglesia de Colmenar de Oreja, donde se hallaban Isabel y Enrique IV, la protesta escrita contra el reconocimiento de Isabel, como heredera del trono de Castilla.