La despoblación empezó a golpear los asientos misionales de la región sur de la península por lo que fue necesario reagrupar a los sobrevivientes; los pocos pericúes que quedaban en la misión de Santa Rosa (Todos Santos) y la Misión de San José del Cabo Añuití fueron reagrupados en la Misión de Santiago de los Coras Añiñí, en tanto los guaycuras fueron enviados a la "Misión de Santa Rosa" ubicada en el poblado conocido como Todos Santos.