El municipio de Santa María Quiegolani se rige por el sistema político denominado usos y costumbres vigente en la gran mayoría de los municipios de Oaxaca y que tiene como intención el respeto a las tradiciones y formas de autogobierno propias de los pueblos indígenas, por tanto en las elecciones municipales de Quiegolani no participan los partidos políticos, la forma de elección así como las fechas y periodicidad de los gobiernos son fijados libremente por la comunidad.