Como secretario de Estado (1792-1798) y generalísimo (1801-1808) estuvo al frente del Gobierno de España durante la crisis europea provocada por la Revolución francesa y las ambiciones de Napoleón Bonaparte, que culminó con la invasión francesa de 1808 y la guerra de Independencia, pocos meses después de la caída de Carlos IV y el propio Godoy a causa del motín de Aranjuez.