Tras la victoria electoral, la alianza comenzó a debilitarse cuando Vicente Fox no otorgó ninguna puesto en el Gabinete al PVEM como lo exigía su líder, Jorge González Torres y finalmente terminó el día del Primer Informe de gobierno de Fox, cuando el nuevo líder del PVEM, Jorge Emilio González Martínez rompió públicamente con él y con el PAN, desde entonces el Partido Verde ha tendido a unirse más con el PRI.