Se inicia en el lago Junín o Chinchaycocha a 4.080 m en siendo regulado su caudal por la presa Upamayo y en su recorrido cruza los departamentos de Junín (provincias de Junín, Yauli, Jauja, Concepción y Huancayo), Huancavelica y Ayacucho, antes de reingresar al departamento de Junín por la provincia de Satipo donde confluye con el río Apurímac para formar el río Ene en .