Vallejo también ha cultivado el ensayo: en 1983, el Fondo de Cultura Económica publicó en México "", un ambicioso proyecto investigativo sobre la escritura literaria, en el que resaltan puntos de vista originales y críticos sobre el lenguaje, su uso y sus límites; en "La tautología darwinista" (1998) intenta refutar la teoría darwinista de la selección y adaptación como causas de la evolución, que acepta pero teniendo como causa exclusiva las modificaciones que aleatoriamente pueden producirse en el ADN a nivel molecular, sin intervención ni influjo del medio ambiente ni de ninguna causa exterior.