La Junta de Guerra presidida por el gobernador de la Habana, Juan de Prado Mayera Portocarrero y Luna, ante la manifiesta superioridad de las fuerzas británicas (las fuerzas españolas eran de 12 navíos de línea y 8.700 hombres entre soldados y maríneros), tomó la decisión de echar a pique el "Neptuno" el 11 de junio junto con el "Asia" y el "Europa" en el punto más estrecho del canal, que coincide con el muelle de la Contaduría, próximo al castillo de la Fuerza, para evitar la entrada a la bahía de la escuadra británica al mando del almirante George Pocock.