Dada dicha circunstancia administrativa y su complejidad, estos tramos nunca han sido considerados seriamente para su transferencia al régimen autonómico vasco, por lo que sigue siendo la principal operadora ferroviaria española (heredera de la antigua RENFE) quien brinda este servicio de pasajeros en ellos, además de gran parte del intenso tráfico de mercancías que soportan.