Las divisiones menores del Junior son reconocidas a nivel nacional e internacional porque de sus filas han salido jugadores para la escuadra "Tiburona" tales como: Teófilo Gutiérrez, Carlos Bacca, Macnelly Torres, Iván René Valenciano, Vladimir Hernández, Guillermo Celis, Jarlan Barrera, Oswaldo Mackenzie, Alexis Mendoza, Jose Amaya, Jorge Bolaños, Luis Carlos Ruiz, y Víctor Danilo Pacheco.