Debilitado por la fragmentación, el PGT fue duramente reprimido; y el 26 de septiembre de 1972 las fuerzas armadas capturaron a su secretario general, Bernardo Alvarado Monzón, y a otros altos dirigentes como Mario Silva Jonama, Carlos René Valle y Valle, Carlos Alvarado Jerez, Hugo Barrios Klee y Miguel Ángel Hernández -todos miembros del Comité Central-, así como a Fantina Rodríguez Padilla y Natividad Franco Santos.