La presidencia de este Consejo de Gobierno debía ejercerla el mariscal José de La Mar, pero por ausencia de éste, Unanue se encargó de presidirla, de 10 de abril de 1825 a 5 de enero de 1826; fue así como este sabio ariqueño estuvo a la cabeza del poder ejecutivo en el Perú, hasta que La Mar asumió dicha función.