Ya en lo deportivo, Santa Fe se impuso sobre el Unión Magdalena en la final de la edición 1989 de la Copa Colombia; obtuvo en el encuentro de ida disputado en Santa Marta un valioso empate 0-0, y se impuso finalmente en Bogotá por marcador de 2-1, lo que le otorgó su primer título en esta competición, y acabó con 14 años de sequía deportiva para el club.