El Atlético Mexiquense nació en la temporada "Invierno 97", cuando la directiva del Deportivo Toluca decide comprar la franquicia de los "Toltécas" del Atlético Hidalgo (equipo que fue creado en la temporada invierno 96 como parte de la expansión de la Primera división 'A' mexicana, para llevarla a jugar a Toluca bajo el nombre del Atlético Mexiquense, convirtiéndose así en el equipo filial de los Diablos Rojos en la Primera división 'A' mexicana.