Desde junio de 2003 hasta julio de 2010 fue el director deportivo del Fútbol Club Barcelona que, bajo su dirección técnica, en seis temporadas ganó dos ligas de campeones (2005/2006 y 2008/2009; hasta entonces el club solo poseía una), cuatro ligas de España y una copa del Rey, entre otros títulos, después de una larga temporada sin que el Barcelona hubiera logrado ninguno.