El método DALI ha sido también usado para construir una base de datos conocida como FSSP ("Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins", o clasificación de plegamientos basada en alineamientos estructurales de proteínas, y también de "Families of Structurally Similar Proteins", o familias de proteínas estructuralmente similares), en la que todas las estructuras de proteínas conocidas son alineadas unas con otras para determinar sus vecinas estructurales y la clasificación de los plegamientos.