Luego de la revolución del 6 de marzo de 1845 fue nombrado jefe de aduanas de Manabí; conoció a la dama de 18 años Floresmilla Chávez, con quien tuvo una hija, Dolores Villamil Chávez, quien se casó con el hacendado Domingo Medranda Cedeño, con descendencia que incluye personajes actuales en Manabí y Guayas, especialmente en Guayaquil, como su bisnieto Humberto Alarcón Medranda, su hijo Gaston Alarcón Elizalde, Ministro de la Corte Suprema de Justicia, su nieto Gastón Humberto Alarcón Obando, historiador y criminólogo.