A lo largo de su aventura, se unirán junto a una misteriosa princesa llamada Kitana, luchan contra Jade y Mileena, Sub-Zero (que luego se aliará), Scorpion, Baraka, Goro, Reptile, y Kano, para luego liberar a Sonya Blade y desembocar en la arena de lucha del propio Shao Kahn, donde lucharán contra un Shang Tsung rejuvenecido (como en el "Mortal Kombat II"), Kintaro y finalmente el mismo Shao Kahn y su martillo destructor.