Comenzó entonces el período conocido como la reconquista, en el que muchos partidarios de la independencia fueron apresados y exiliados al archipiélago Juan Fernández; entre ellos había partícipes directos en la creación de la Biblioteca Nacional como Francisco Antonio Pérez, Agustín de Eyzaguirre, Juan Egaña y Manuel Egaña, y también personajes que influirían en su historia futura, como Manuel Salas.