El escrito, que contenía en realidad una defensa de su actuación, fue estudiado por cuatro calificadores del Santo Oficio, que consideraron concordantes que Villanueva no merecía censura, pues no había pecado obrando con buena fe al dejarse guiar por su director espiritual, y en consecuencia el 30 de junio el Consejo de la Suprema decretó que «por lo que toca a este sujeto, no toca al Santo Oficio el proceder en esta causa, por no tener calidad de oficio», lo que equivalía a su libre absolución.