En la temporada 2013/2014, su quinta y última temporada en el club blanco, ganó su segundo título copero en la Final de Copa del Rey ante el Barcelona y logró la segunda Liga de Campeones de su carrera, «La Décima» del Real Madrid, donde Alonso jugó desde el empate 2-2 ante la Juventus hasta el 4-0 ante el Bayern de Múnich en el partido de vuelta en la semifinal, siendo titular en la mayoría de aquellos encuentros.