Paralelamente a la negociación con las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia), el presidente Pastrana selló una renovada alianza militar con el gobierno Clinton de los Estados Unidos en 1999, conocido como el «Plan Colombia», que comprometió recursos de los dos gobiernos para fortalecer las Fuerzas Armadas y la justicia en su lucha contra las guerrillas y el narcotráfico.