Kirchner tuvo también una activa política de derechos humanos, impulsando el juzgamiento de los crímenes de lesa humanidad cometidos durante la última dictadura, que habían sido cerrados como consecuencia de las llamadas leyes de impunidad (Ley de Punto Final, Ley de Obediencia Debida) sancionadas por Alfonsín y los indultos militares dictados por Carlos Menem.