A finales de 1831, el congreso federal le dio al ejecutivo facultades extraordinarios y le permitió trasladar la capital federal a San Salvador; sin embargo el congreso salvadoreño junto con el jefe supremo José María Cornejo se pusieron en contra de esa resolución al considerarla inconstitucional, por lo que se les negó el pase a las autoridades federales, y se declaró al estado salvadoreño separado de la federación, prohibiéndoles a los diputados federales salvadoreños trasladarse a Guatemala; por lo cual, el presidente federal Francisco Morazán dio un manifiesto en Jalpatagua en donde anunció las traslación de las autoridades a San Salvador.