Durante su gestión como gobernador ha enfrentado diversas polémicas, investigaciones solicitadas por el Senado de México por presuntas irregularidades y protestas multitudinarias nunca antes registradas en el estado por una propuesta de Ley del Agua para el Estado de Baja California que Vega envió al congreso de su estado y que finalmente, ante la presión social, solicitó fuera abrogada.