El Municipio de Comondú fue uno de los tres primeros municipios creados en el entonces Territorio Federal de Baja California Sur según decreto presidencial de 1971, cuando una reforma constitucional permitió la creación y elección de ayuntamientos en el territorio, hasta entonces divido en delegaciones políticas, el 1 de enero de 1972 se constituyó formalmente el primer Ayuntamiento de Comondú.