El nombre «MADS-box» es un acrónimo formado a partir de los nombres de los genes en cuya secuencia fue identificada la caja MADS por primera vez: "M"CM1 (procedente de "Saccharomyces cerevisiae"); "A"GAMOUS (de "Arabidopsis thaliana" e implicado en su desarrollo floral); "D"EFICIENS (de "Antirrhinum majus", donde interviene también en el desarrollo floral), y "S"RF (de "Homo sapiens").