Para 2007, como parte de la Ley para la Reforma del Estado, en el muy debatido capítulo electoral se aprobó que Luis Carlos Ugalde y cinco consejeros más fuesen destituidos anticipadamente al modificarse el régimen de nombramientos del Consejo General del Instituto, que a partir de entonces sería escalonado, causando reacciones encontradas entre quienes calificaban esta determinación como una vulneración a su independencia e, incluso, un ajuste de cuentas, y los que la catalogaban como medida indispensable para la recuperación de la certidumbre de la autoridad electoral.