Kenshin completa su entrenamiento y finalmente está listo para luchar contra Shishio y su organización, pero el cómplice de este último que luchó contra Kenshin, traiciona a su amo al revelar el retorcido plan de conquista del país usando para ello un avanzado (para la época) barco de guerra para bombardear a Tokio desde la costa mientras sus hombres provocaban un incendio en Kioto.