El método de PDLD no es apropiado para el cálculo de estos potenciales, en algunos casos no es razonable usar la ley de Coulomb con una constante dieléctrica de 80 o usar soluciones analíticas basadas en modelos simplificados de la macromolécula, además los efectos en los potenciales eléctricos producidos por el solvente pueden ser muy bajos si se utilizan métodos simplificados.