Las ruinas, propiamente dichas, están dentro de un territorio intangible del Sistema Nacional de Áreas Naturales Protegidas por el Estado (SINANPE), llamado Santuario Histórico de Machu Picchu, que se extiende sobre una superficie de 32 592 hectáreas, (80 535 acres o 325,92 km²) de la cuenca del río Vilcanota-Urubamba (el "Willka mayu" o ‘río sagrado’ de los incas).