Seducido por el deseo de catequizar a los infieles de otros mundos, pasó a las Indias (1566); en Bogotá dialogó largamente con el conquistador Gonzalo Jiménez de Quesada; en Quito (1574) inició "los primeros borradores" de una crónica general; fue solicitado para apaciguar la provincia de Esmeraldas, que hacía 25 años era centro de negros esclavos e indios alzados (1577), e investido como vicario de Ávila, en la gobernación de los Quijos (1578), se enfrentó a una rebelión de los indios.