Durante gran parte del conflicto el Consejo Nacional para la Defensa de la Democracia-Fuerzas para la Defensa de la Democracia (CNDD-FDD) fue el principal grupo hutu rebelde que operaba en el país, los rebeldes lograron controlar importantes zonas del noroeste del país, logrando atacar en julio de 2003 la capital, Bujumbura, sin éxito.