El rol de Zepeda en la investigación ha sido severamente criticado, entre otras cosas, por la ausencia de pruebas para asignar responsabilidades en el crimen; por la negligencia en investigar el rol de la Armada en los hechos; por no determinar el lugar de la muerte y emitir información contradictoria al respecto, insinuando que el asesinato no habría ocurrido en el Estadio Nacional, pero contradictoriamente sugerir que sí habría muerto en el Estadio Nacional, de lo que se derivó el procesamiento de Pedro Espinoza, a raíz de lo cual se produjo otra negligencia importante: no haber interrogado al Mayor de Ejército Carlos Meirelles Muller, encargado de la sección Extranjería del Estadio Nacional.