Esta desconfianza de Enrique III hacia Gregorio, unida al hecho de que Benedicto IX trataba de recuperar el solio pontificio y que Silvestre III no había renunciado tampoco, de forma explícita, al mismo, decidió al rey alemán, incitado por Odilón de Cluny y por el eremita Guntero, a convocar un sínodo en Sutri, valiéndose de los poderes que le atribuía el "Privilegium Othonis", en el cual depuso a Benedicto IX y a Silvestre III y obligó a abdicar a Gregorio VI quien fue desterrado a Colonia donde falleció en noviembre de 1047.