Para el Clausura 2006 pasa a formar parte de las filas del Club Guadalajara, equipo con el que lograría el título en el Torneo Apertura 2006; Sergio fue considerado un cambio de lujo, pues debido a la alta competitividad que existía en la delantera "Chiva" este fue relegado a la banca por detrás de Adolfo Bautista, Omar Bravo y Alberto Medina.