Según Obito Uchiha, Fugaku lideraba el movimiento del clan para realizar un Golpe de Estado a Konoha, ya que los consejeros del Hokage y Danzo sospechaban que los Uchiha eran los responsables del ataque de Kurama y de la muerte del Cuarto Hokage, Minato Namikaze y su esposa Kushina Uzumaki, Fugaku para llevar adelante el Golpe de Estado infiltró a su propio hijo Itachi como espía en los ANBU, no obstante su plan falló, ya que Itachi prefirió ser leal a Konoha y por orden de Danzo recibió la orden de exterminar a todo su clan, todo esto sin la aprobación del Tercer Hokage.