Como consecuencia de la Rebelión de los Pericúes, se estableció el presidio de San José en 1737; como su jefe se designó a Bernardo Rodríguez Larrea; se destinaron a este nuevo cuerpo 30 soldados con la orden de que debía de funcionar independiente del presidente de Loreto y sin injerencia de los misioneros, lo cual provocó grandes contrariedades, entre otras maltrato a los indios por los soldados y un grave retraso en la colonización, por lo que posteriormente se revocó esta orden.