Finalmente, es en 1997 cuando la Diputación Foral de Álava y la Diócesis de Vitoria, con el objeto de preservar el patrimonio histórico-artístico del Territorio Histórico de Álava y la Diócesis, acuerdan crear el Museo Diocesano y ubicarlo de manera permanente en la girola de la catedral de María Inmaculada, espacio semicircular compuesto por dos naves concéntricas y segmentado en siete capillas, en las que se pueden apreciar notables obras escultóricas así como las magníficas vidrieras realizadas por la casa Maumejean de París y Madrid.