En 1991 los aurinegros alcanzaron el subcampeonato del campeonato, con 39 puntos, a cinco del entonces campeón de la Copa Libertadores de América Colo-Colo que ganó también el torneo chileno, y así entonces conseguir el mayor logro de Coquimbo Unido, su única participación de un club de la Cuarta Región en la Copa Libertadores.