Fue hijo con señorío de naturaleza española del hidalgo Gonzalo Pizarro Rodríguez de Aguilar (ca.1446-1522), llamado "el largo" o "el romano", importante personaje de la época con gran influencia que participó en las campañas de Italia bajo el mando de Gonzalo Fernández de Córdoba, y de Francisca González Mateos, dama de recámara noble de Beatriz Pizarro, la tía de Gonzalo, devota del convento de San Francisco el Real (junto a la Puerta de la Coria).