El torneo Verano 2000 con la llegada de nuevos jugadores de las fuerzas básicas como Fernando Salazar y Eduardo Lillingston Atlas empezó el torneo de forma irregular con 3 derrotas y solo 1 victoria, a pesar de eso Atlas fue consiguiendo resultados positivos ante rivales como Toros Neza por 6-1, León por 2-0, el actual campeón Pachuca por 3-1, Monterrey por 1-0 y ganaron el Clásico Tapatio a las Chivas por 3-1, Atlas terminó quinto lugar de la tabla general.