El departamento de Punilla abarca, entonces, casi la totalidad del Valle de Punilla, y está recorrido de norte a sur (desde la localidad de Villa Giardino) por el Río Grande de Punilla o San Francisco que se convierte en río Cosquín al confluir con el río Yuspe en la zona antiguamente llamada Quisquisacate; mientras tanto, el Sur del departamento está recorrido por Río San Antonio que confluye en la zona de Carlos Paz con los ríos Cosquín, Mojarras y Chorrillos formando el Lago San Roque del cual nace el Río Primero.