El origen del Museo se remonta a la donación hecha a la Diputación Foral de Álava por el empresario y mecenas local don Félix Alfaro Fournier, propietario de Naipes Heraclio Fournier S.A., de su colección de armas y objetos relacionados, y a una serie de exposiciones temporales, la última y más importante tuvo lugar en 1963, con motivo del 150º aniversario de la Batalla de Vitoria.