Los tiempos siguientes no fueron muy buenos, en el siglo XVII tuvo litigios con su propia orden, principalmente con Santa María de Poblet, los tributos que tenían que pagar dejaban en mal lugar su economía que se unieron a los estragos causados por la Guerra de los Segadores ( 1640-1652), seguida por las guerras de la Sucesión (1705-1717) y la Guerra del Rosellón (1788-1795), mantuvieron numerosos pleitos con las villas pertenecientes a su baronía, a causa de la desamortización de Mendizábal y la Exclaustración, se ausentaron del monasterio durante seis meses con lo que pudieron continuar con la vida monacal y no sufrieron tantos daños como los monasterios de Poblet o de Santes Creus.