En un último y desesperado acto por sobrevivir, Eve intenta apoderarse del cuerpo de Aya, pero en el último segundo, una esencia residual de Maya presente en sus células se lo impide permitiendo a Aya destruir a Eve de una vez por todas, en consecuencia sacrificándose y Aya termina perdiendo la mayor extensión de sus poderes, pero a cambio recibiendo unos nuevos de menor intensidad ya que la amenaza de las criaturas mutadas por las Neo-mitocondrias se ha desperdigado por el mundo y alguien debe detenerlas, desatándose de esta manera los eventos de Parasite Eve II.