También se le acusa de participar en las masacres de las FARC contra desmovilizados del Ejército Popular de Liberación; de haber asesinado personalmente a camioneros en la Autopista Medellín - Bogotá; de participar en las masacres de La Chinita (1994), Churidó (1995), Carepa (1995) y la de la finca "Osaka" (1996); de comandar uno de los grupos que se tomó el Batallón de Fusileros en Juradó (Chocó) en diciembre de 1999, con un resultado de 25 militares muertos y 12 secuestrados; y de aliarse con integrantes del Ejército de Liberación Nacional y del Ejército Revolucionario Guevarista para asesinar a 8 policías y secuestrar a 30 en diciembre de 2005.