Instalada definitivamente la Real Audiencia de los Confines en 1543, creada por real cédula de 1542, se ordenó extinguir la de Panamá, pasando la Tierrafirme propiamente dicha a ser degradada a alcaldía mayor, con el nombre de "Panamá y Nombre de Dios", e incorporándola a la nueva Capitanía General de Guatemala que a su vez pasaba a ser una entidad autónoma dentro del Virreinato de Nueva España.