Cavanilles fue el primer director del RJB con formación científica y aunque su dirección sólo duró tres años reorganizó la institución por completo: Sistematizó y acrecentó los herbarios (en 1804 contaría con 12.000 especies), las colecciones de plantas vivas, semilleros y biblioteca, y gracias a sus numerosos e importantes contactos con científicos internacionales, de la talla de Alexander von Humboldt, Aimé Bonpland y Carl Ludwig Willdenow, el centro adquirió gran relevancia en la escena científica europea.