La corriente principal que recoge casi todos los arroyos del municipio, es el arroyo de Cuencamé, que tiene un curso más o menos largo, nace en las montañas de la Hacienda de Atotonilco, en el curso de su trayecto existen algunos manantiales más o menos importantes; existe uno en un lugar llamado “El Nogalito”, y otros más en los lugares conocidos como “Tierras prietas” y la “Haciendita”, siguiendo su curso hacia el norte, recibe las aguas de los manantiales de la comunidad de San Pedro de Ocuila, distante de la cabecera municipal aproximadamente a tres kilómetros, poco más adelante, en un punto llamado “Las arrieras” brota otro manantial, en años anteriores toda el agua de estos manantiales que se encuentran en el curso del arroyo, llegaban hasta la cabecera municipal y era aprovechada para regar pequeños huertos situados en la parte norte; en la actualidad, estos manantiales han disminuido su capacidad, incluso la vertiente de aguas broncas del arroyo también han disminuido considerablemente; delante de la población de Cuencamé, en su curso hacia el norte, existen dos represas derivadoras que fueron construidas en la década de los años 50, para desviar las avenidas de aguas broncas de este arroyo y aprovecharla en las parcelas que se encuentran arroyo abajo en los predios ejidales llamados “al alto”, “el acevaleño” y el “castreño”.