Repentinamente, y poco tiempo después de la explosión del Tiberio líquido, una poderosa fuerza alienígena (los Scrin) surge del espacio exterior e inician una devastadora invasión a la Tierra desembarcando en las zonas rojas y avanzando sobre las zonas amarillas sin que las menguadas fuerzas de la Nod pudieran contenerlas en su devastador avance, al mismo tiempo los invasores inician la construcción de inmensas torres de propósito desconocido.