El primer juego que el Marathón sostuvo contra equipos suramericanos fue en 1968 y su adversario fue el Cúcuta de Colombia, al que derrotó 3-0 en el Morazán y el último encuentro que ha tenido contra un equipo suramericano fue en el año 2002, cuando venció al poderoso River Plate de Argentina por 3-1 en el Estadio Olímpico Metropolitano.