Su estancia en Roma habría de prolongarse por casi cinco lustros y le sirvió para proseguir su infatigable búsqueda y adquisición de códices y manuscritos hasta reunir una biblioteca de más de 30.000 volúmenes, émula de la Vaticana; mas fueron tantos los dispendios ocasionados que, a fin de evitarle la total ruina, el papa Alejandro VII hubo de concederle una canonjía de la catedral de Sevilla con dispensa de residencia (22 de mayo de 1664), con 110 escudos de renta.