Ello no significó el fin de la ocupación del lugar: la construcción, a partir de los restos del templo de Heracles, de una gran basílica paleocristiana del siglo V es testimonio de la ocupación de Dodona en la Antigüedad tardía; al igual que la mención de la ciudad en la lista de Hierocles (siglo VI), y la presencia de varios obispos de Dodona en los concilios ecuménicos, especialmente el Éfeso en 431.