Desde este momento, el jugador comenzará a formar parte de la historia de los personajes principales de la saga de juegos Myst (Atrus, su esposa Catherine y sus tres hijos: Sirrus, Achenar y Yeesha) y a sus enemigos (su abuelo Gehn y Saavedro) con quienes tendrán conflictos relacionados con la destrucción de la biblioteca de Atrus en Myst, y la civilización D'ni, por la que Atrus tendrá la responsabilidad de asegurar su supervivencia.