Con el apoyo de Venecia, fue elegido el 9 de mayo de 1204, y coronado el 16 de mayo en la iglesia de Santa Sofía en una ceremonia que seguía muy de cerca las prácticas bizantinas.Durante su coronación, Balduino llevó una joya muy cara que el emperador bizantino Manuel I Comneno había comprado por 62 000 marcos de plata.