No han faltado voces críticas que subrayan su afán por condicionar, excediendo la tarea de un fiscal, la política antiterrorista de los sucesivos ejecutivos (llegando a afirmar en una ocasión que el gobierno de Aznar «se había bajado los pantalones») o su posición reticente —cuando no directamente contraria— respecto de la investigación judicial de los crímenes cometidos por las dictaduras argentina y chilena en los años 70, llegando incluso a argumentar ante la Junta de Fiscales de Sala que aquellos golpes de Estado y la posterior represión no constituían terrorismo de Estado porque «no subvertían el orden constitucional», sino que precisamente «pretendían preservarlo».