Dentro de la marisma destacan las aves acuáticas, cuyas especies más sobresalientes son las presentes en el LIC – "Marismas de Isla Cristina" (ES6150005) y que comprende la misma superficie que la ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves), y se eleva a "propuesta como Zona de Especial Conservación".