Para el Torneo de Invierno 1998 y con la consolidación de futbolistas como César Andrade, Daniel Osorno y Mario Méndez, Atlas supo mantener su buen nivel del torneo pasado, con lo cual logró clasificar de nuevo a fase de liguila, ésta vez en el séptimo lugar general finalizó en séptima posición; todo esto, a pesar de haber perdido 4 de sus últimos 5 encuentros de fase regular.