Joan Josep Nuet fue muy activo durante la IX Asamblea de Izquierda Unida, que tuvo lugar en noviembre de 2008, y en el proceso de elección del sucesor de Gaspar Llamazares como coordinador general de Izquierda Unida, tras su dimisión a raíz de los malos resultados obtenidos por IU en las elecciones generales de 2008.