A pesar de que fue un conflicto corto de 5 semanas las pérdidas económicas fueron muy altas tanto para el Perú como para el Ecuador, "en Ecuador el ministro de finanzas Modesto Correa estimó el costo directo de la guerra en 250 millones de dólares lo que equivalía al 1 % del PIB del Ecuador añadiendo también un egreso de 3 millones de dólares diarios a causa de la presencia de la Momep mientras que el Perú en cambio perdió 400 millones de dólares durante el conflicto, relacionados con el costo de movilización de las tropas y el costo de reposición del equipo perdido.