Durantes estos meses la función del general Messe fue defender Túnez para demorar el avance aliado tanto tiempo como fuese posible, y tras marzo de 1943 se le otorgó mando efectivo sobre varias unidades del Afrika Korps que aún resistían en Túnez, junto con el general alemán Hans Jürgen von Arnim; durante este periodo Messe se dedicó a reorganizar en lo posible a los tropas italianas y alemanas que se habían desbandado tras la derrota en El Alamein y el avance aliado sobre Libia, siendo el único general italiano a quien el OKW entregó el mando sobre tropas alemanas en combate y recibiendo la Cruz de Caballero.