Adicionalmente, existen archivos de consulta restringida debido a su importancia específica: el Archivo Musical de la Catedral Primada de Bogotá (con miles de libros de coro y cancioneros del período colonial), el Archivo Arquidiocesano, el Archivo del Seminario Conciliar de Bogotá, el Archivo Histórico de la Universidad Nacional de Colombia y el Archivo de la Casa de la Moneda de Bogotá, dependiente del Banco de la República.