En la tercera y cuarta temporada de la serie, Magneto se dedica a prevenir el despertar del mutante Apocalipsis, aunque todos sus intentos fracasan y cuando Apocalipsis despierta, Magneto decide luchar contra él, pero es vencido y los X-Men quienes estaban presenciando la pelea lo dan por muerto cuando desaparece en una explosión, poco tiempo después en los 2 últimos episodios de la serie, se revela que Magneto en realidad fue transportado hasta la Esfinge donde Apocalipsis lo transformó en uno de sus Cuatro Jinetes.