Posteriormente en 2000 al ser designado Barrio como titular de la Secretaría de Contraloría y Desarrollo Administrativo (hoy Función Pública) por el presidente Vicente Fox, Romero ocupó la Subsecretaría de Atención Ciudadana y Normatividad de la misma dependencia y cuando Francisco Barrio renunció al cargo en 2003 el presidente Vicente Fox lo designó titular de la misma, que al poco tiempo se convirtió oficialmente en la Secretaría de la Función Pública, cargo en el que permaneció hasta el fin del sexenio, en 2006.