Las heterodoxas ideas expresadas en estas obras lo hacen tremendamente impopular, hasta el punto de que el 9 de junio el Parlamento de París da orden de arrestarlo por su "Emilio"; avisado previamente, Rousseau decidió refugiarse en su natal tierra suiza, más en concreto en Yverdon; allí se entera de que además el arzobispo de París Christophe de Beaumont ha escrito una carta pastoral contra sus obras; el 19 de junio el cantón de Ginebra le expende orden de arresto por sus obras "Emilio" y "Contrato social" y el 10 de julio es expulsado de Yverdon por el cantón de Berna; así que atraviesa la sierra del Jura y se refugia en Môtiers-Travers bajo la protección de Julie Emélie Willading, nacida Boy de la Tour (1751-1826); en 1763 escribe una "Carta a Christophe de Beumont" para defenderse de la persecución del arzobispo católico y después renuncia a la ciudadanía ginebrina; en septiembre de 1764 recibe una oferta de Pasquale di Paoli para redactar una constitución para la efímera República Corsa (1755-1769).