Dado que Gonzalo Rodríguez Gacha mantenía una lucha militar con la guerrilla de las FARC, se atribuye a éste y al Cartel de Medellín, el asesinato del dirigente de la UP (Unión Patriótica); Jaime Pardo Leal, el 11 de octubre de 1986, de José Antequera, el 3 de marzo de 1989, y de miles de muertes selectivas de miembros de este partido político por todo el país, así como el de su candidato a la presidencia Bernardo Jaramillo Ossa, ya que consideraban a este movimiento el brazo político de dicha guerrilla.