Fernando Sanseverino quedó huérfano de padre con solo un año y antes de cumplir los siete perdió a su madre, Mariana de Aragón y Sotomayor (Zaragoza, 1485-Piombino, 1513), hermana del II duque de Villahermosa, Alfonso de Aragón y de Sotomayor, muerto en 1513 sin descendencia legítima, por lo que el título ducal pasó también a Fernando.