Además, hasta la reforma el Museo tuvo que compartir el edificio con otras instituciones que a partir de 1952 fueron instalándose en él: la parroquia de la Ciudad Universitaria —iglesia parroquial de Santo Tomás de Aquino—, que se instaló en la sala que estaba destinada a exposiciones temporales, el Colegio Mayor Sacerdotal, el Seminario Sacerdotal Hispanoamericano, el Museo Nacional de Reproducciones Artísticas (1961-1990), el Instituto de Conservación y Restauración de Obras de Arte y la Escuela de Restauración.