El río Yeniséi nace en Kizil (Tuvá), de la confluencia del río Bolshói Yeniséi (Gran Yeniséi) y el río Maly Yeniséi (Pequeño Yeniséi), que provienen de los montes Sayanes Orientales a lo largo de la frontera ruso-mongola, y desemboca en el mar de Kara, océano Ártico, en un estuario de unos 400 km conformado por la bahía de Yeniséi y el golfo de Yeniséi.