Entre 1544 y 1548 (Año de la Tasación), se nota un reordenamiento de las Encomiendas, sufriendo la familia Contreras significativas pérdidas, como las Encomiendas de Tezoatega, Mistega y Nicoya, que pasan a ser propiedad de la Corona española, luego que en noviembre de 1547, Antonio de Valdivieso, Obispo de la ciudad de León, le escribiera a Carlos I, Rey de España y Emperador del Sacro imperio romano germánico, denunciando la esclavitud y opresión de los indígenas, por parte de los encomenderos cercanos al ex-gobernador Rodrigo de Contreras.