Sin embargo, y a pesar de toda su fama, fue arrestado por el Santo Oficio en Cuenca en 1721 y procesado por judaizar, sometido a tortura, confiscados sus bienes y condenado a doscientos azotes durante el acto público del auto de fe y desterrado por diez años de su ciudad natal, de Cuenca y de la corte; estuvo preso en las cárceles de la Inquisición de Cuenca hasta que se le dictó la sentencia, que no cumplió; a pesar de estar encarcelado, pudo examinarse por el Real Protomedicato, pues contaba con poderosos protectores (tuvo entre sus pacientes a personajes ilustres como los cardenales Portocarrero y Borja, el Marqués de Priego o el Duque de Medinaceli), y pudo vivir a cubierto en Madrid.