Fue elegido presidente Constitucional de Haití en las cuestionadas elecciones de junio de 1988, pero fue derribado a los pocos meses por un golpe de Estado militar perpetrado por Henri Namphy, el dictador militar neoduvalierista, antecesor del cargo y propio patrocinante de Manigat, quien no toleró que lo destituyera como comandante en jefe de las Fuerzas Armadas.