Reconocida la amenaza del filibustero estadounidense William Walker para las naciones centroamericanas, Barrios recibe la comisión en marzo de 1857, por el gobierno de don Rafael Campo, para ir a Guatemala y convencer al caudillo guatemalteco Rafael Carrera sobre la necesidad de enfrentar como bloque a los norteamericanos, a fin de que Guatemala se uniera a los esfuerzos de Costa Rica, Honduras y El Salvador de vencer a los filibusteros, y conseguir la conformación del Ejército Aliado Centroamericano; estos soldados fueron los que a la larga, vencieron al ejército de William Walker.