El abuelo paterno de Juan Domingo fue Tomás Liberato Perón (1839-1889), un argentino nacido en Buenos Aires que fue médico y tuvo un mandato como diputado provincial mitrista, profesor de Química y de Medicina Legal, vocal del Consejo de Higiene Pública y consejero de la Facultad de Ciencias Físico-Naturales de la Universidad de Buenos Aires.