Participó además en este periodo en los extintos torneos internacionales denominados Copa Conmebol y Copa Merconorte, y en la actual Copa Sudamericana siendo sus mejores participaciones en esta última en 2003 y 2005 cuando alcanzó la 3.ª fase en ambas, correspondiendo Cuartos de Final en la versión de 2003 y Octavos de Final en la de 2005.