Debido a sus acciones violentas contra la población indígena (especialmente contra los indígenas de origen guaraní quienes pese a tener un antiguo origen común con los tupíes luego habían pasado a ser sus mayores rivales y enemigos), los bandeirantes fueron condenados por los sacerdotes de la Compañía de Jesús, que se volvieron sus enemigos y con quienes entraron en combate armado muchas veces.