Durante su gestión uno de los hechos más importantes fue el arresto de Raúl Salinas de Gortari por el asesinato de José Francisco Ruiz Massieu, el arresto de Raúl, hermano del expresidente Salinas de Gortari fue el primero de un familiar de un expresidente, ante esto Salinas se declaró perseguido político de Zedillo e incluso inició una huelga de hambre y terminó por salir del país.