Terminada la más relevante obra de su biografía política y ante las diferencias con López Portillo por sus crecientes excesos, como el cometido durante la primera visita del Papa Juan Pablo II en enero de 1979, llevándole a celebrar misa a la Residencia Oficial de Los Pinos para el beneplácito de su madre, a pesar de las sanciones administrativas que se comprometía frívolamente a "pagar de su bolsillo" y de los problemas evidentes por la inexistencia de relaciones diplomáticas entre México y la Santa Sede -cuestiones inaceptables para un liberal a ultranza como Reyes Heroles-, además de los constantes altercados con la protegida y caprichosa hermana del mandatario, Margarita López Portillo, directora general de Radio, Televisión y Cinematografía, dependiente de la secretaría de que era responsable, desembocaron en su cese en mayo de aquel mismo año.