Dos eran los principales puntos de discordia de estos presidentes: quién sería el líder de la Unión Centroamericana una vez concretada ésta y, con la victoria de Estados Unidos sobre España en la guerra de 1898, quién se beneficiaría con la construcción del canal entre el Atlántico y el Pacífico, que se pensaba construir a lo largo del río San Juan, en la frontera entre Nicaragua y Costa Rica.