De esta forma el Ganeta es punto de encuentro de tres cuencas: por la cuenca SE discurre el Bentako Errota, que desemboca sus aguas en el Nervión a la altura de Miravalles, por la cuenca SW discurren varios arroyos que van a parar al pantano de Artibeko, y la cuenca N corresponde al valle del Bolintxu, que desemboca en el río Ibaizábal.