Los principales objetivos de la expedición fueron logrados (dominio del Egeo, conquista específica de Naxos, la mayor isla de las Cícladas, y creación de una zona de seguridad entre el Asia Menor y Grecia) pero fracasaron al intentar devolver el poder al antiguo tirano pro-persa depuesto de Atenas, Hipias, al verse derrotados por los atenienses en la célebre batalla de Maratón.