Luego de decepcionantes actuaciones y problemas con las lesiones, GNK Dinamo Zagreb cedió a Morales a la Club Universidad de Chile por todo el 2012, siendo presentando el 20 de enero junto a las otras incorporaciones azules Raúl Ruidíaz, Paulo Garcés, Eduardo Morante, Roberto Cereceda, Emilio Hernández y Junior Fernandes y el mismo Morales siendo presentando con la dorsal N° "10".