La máxima autoridad de la Universidad de Guayaquil está compuesta por el Honorable Consejo Universitario y está integrada por el rector de la Universidad, los cuatro vicerrectores en funciones, los ocho decanos delegados de las Facultades; además de los trece representante de los docentes, conco representantes de los estudiantes, un representante de los empleados administrativos, un representante de los graduados, todos electos democráticamente.