En lo eclesiástico, la Villa de Colima perteneció la mayor parte del tiempo al Obispado de Michoacán, como la más remota de sus parroquias; por cierto, una de éstas fue la que don Miguel Hidalgo y Costilla se hizo cargo, del 10 de marzo al 26 de noviembre de 1792; período que le sirvió cuando, al iniciar el movimiento de la Independencia, encontró en Colima el apoyo de numerosos simpatizantes que se sumaron a su causa.