En 1908 el Ministro de Colonización y Agricultura, Manuel Vicente Ballivián ordenó el cambio de nombre de Puerto Bahía por el de “Cobija”, en honor al puerto boliviano de Cobija, en el Departamento del Litoral y por que el nombre original causaba confusiones en los embarques y mercaderías llegadas desde Europa, al existir otra ciudad brasileña llamada casi igual.