Stone ha apoyado a fundaciones caritativas como la Fundación para la Investigación sobre el Sida, Lupus LA, la Fundación Dalai Lama, la Asociación Estadounidense del Corazón, LIVESTRONG, YouthAIDS, el Centro Peres por la Paz, Catalina Island Conservancy, la Fundación Cinema for Peace, la Fundación Clinton, Homeless Not Toothless, Habitat for Humanity y Planet Hope, entre muchas otras.