El 13 de noviembre de 2003 la jueza titular del Juzgado Central de Instrucción nº 3 de la Audiencia Nacional Teresa Palacios (en 2007 sustituida por el juez Fernando Grande-Marlaska) rechazó la competencia para investigar la denuncia, asegurando que «las irregularidades atribuidas a Defensa tuvieron lugar, en todo caso en territorio nacional» por lo que la investigación correspondería a otros órganos judiciales y, por ende, era ajena de la investigación su sede judicial.