Respecto a este, queda ligeramente elevado el presbiterio, donde las pilastras de articulación aparecen sutilmente cajeadas; en su testero, el retablo mayor; del lado de la epístola, la reja que da al coro bajo de las monjas –amplia estancia rectangular y de escasa altura, cuyo cielo raso queda materialmente ocupado por un enorme escudo, pintado al fresco por Francisco Rizi, del Cardenal Pascual de Aragón–, y del lado del evangelio, la capilla del Cristo.