La nueva Escuela de medicina fue parte de los esfuerzos modernizadores del virrey ilustrado José Fernando Abascal y Sousa, que promovió en Lima varias reformas sanitarias urbanas, como la provisión de agua potable, la limpieza de las calles y los cementerios construidos fuera de los muros de las ciudades que reemplazaron los entierros en las iglesias (catacumbas).