Además, también dirige y gobierna lo relativo al reparto del agua y a la administración de la misma, tanto de las que corren por el río Segura como las que corren por sus acequias, azarbes, escorretas y demás canales, con la excepción del Canal del Taibilla (que depende de la Mancomunidad de Canales del Taibilla) y el Canal del Trasvase Tajo-Segura, que depende del Ministerio de Medio Ambiente (por medio de las Confederaciones Hidrográficas del Segura y del Tajo).