Sin embargo, tres años después la Operación Puerto reveló que Hamilton seguía un plan de dopaje diseñado por el controvertido doctor Eufemiano Fuentes que incluía un programa de extracciones/reposiciones sanguíneas y la toma de EPO, anabolizantes, hormona del crecimiento e IGF-1, por lo que el gran rendimiento del estadounidense, elogiado en su momento por la prensa como un ejemplo de superación personal, quedó bajo sospecha, agrandada por los dos positivos (en 2004 por transfusiones homólogas y en 2009 por DHEA, similar a la testosterona) que dio el corredor años después.