El nombre de Quilleco proviene del estero que lo cruza y desemboca en el río Duqueco, sobre el significado de la palabra Quilleco esta tiene tres orígenes, la hispana utilizada hasta la primera mitad del siglo XX que denotaba el nombre de un nenúfar llamado Leona del Agua o Azucena del Agua (fuente: Víctor Domingo Silva; El Mestizo Alejo y la Criollita).