Es anunciado de nuevo como entrenador del cuadro bogotano en julio de 2016, con gran aceptación de la afición; y con apenas 3 semanas al frente del equipo, logra el primer título intercontinental de un cuadro colombiano, y también en su propio palmarés como técnico, ganando la copa Suruga Bank 2016 frente al Kashima Antlers japonés el 10 de agosto por marcador de 0-1, en el estadio de la ciudad Kashima.