La licencia de construcción de esta ermita fue solicitada en 1712, por el prior de la Cofradía de los Santos Mártires, Fernando Gómez de Velasco, y el mayordomo, Juan Álvarez de Margonsoro, debido al vergonzoso estado de la "antigua cárcel romana" –el lugar donde estuvieron encerrados los mártires Emeterio y Celedonio- y porque tenían dinero para costear los trabajos.