En vista de su extraordinaria capacidad gerencial y en ausencia de Sebastián de Belalcázar, gobernador de Popayán, fue nombrado gobernador interino de aquella provincia a Francisco García de Tovar que ejerció el mando desde 1538 a 1539, pero por una fuerte hambruna y peste se fue despoblando la provincia hasta que llegó Lorenzo de Aldana, teniente de gobernador interino de Quito desde el 9 de noviembre de 1538, que había sido enviado por Francisco Pizarro, y lo sucedió también como gobernador interino de Popayán, interviniendo además en la pacificación y la colonización de su comarca, por lo cual proyectó varias fundaciones de ciudades.