El municipio, en su costado oriental se encuentra asentado sobre el anticlinal de Sopó-Sesquilé, conformado por la cuchilla del cerro que separa a Tocancipá del municipio de Guatavita y los cerros de Canavita, Peña Blanca y La Esmeralda; luego aparece un pequeño sinclinal en el punto donde se localiza el cono de eyección que conforma el punto de encuentro de las microcuencas de Quebrada Honda y Quebrada El Cedro o El Pino.