Mantendrá buenas relaciones con los siguientes papas Urbano V y Gregorio XI, así como con el también aragonés Benedicto XIII (antipapa); de hecho, y siempre según el gran historiador aragonés Jerónimo Zurita, cuando Pedro Martínez de Luna, Cardenal de Aragón y ya papa Benedicto XIII, llegó a ocupar el trono pontificio en el exilio papal de Aviñón, encontró pignorados incluso los ornamentos sagrados de la capilla reservada al titular de la Sede de Pedro y fue don Juan quien, con sus bienes, rescató a don Pedro de tanta necesidad y le permitió, con ello, inaugurar con fuerza su largo y dramático mandato.