La institución cuenta con más de veinte escuelas, centros de formación y academias de fútbol a lo largo del país, entre las que destacan: Academia Santos Acapulco, Academia Santos Chiapas, Academia Santos Distrito Federal, Academia Santos Durango, Academia Santos Juárez, Academia Monclova, Academia Monterrey, Escuela de Fútbol Santos Lala, Centro de Formación Santos Laguna, entre otras.