Esta tendencia crítica se acentuó durante el gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, en la que el diario fue uno de los máximos exponentes de las llamadas teorías de la conspiración del 11M, basándose en sus propias especulaciones periodísticas no respaldadas por la instrucción judicial y en la interpretación de diversos indicios del sumario en relación con el atentado.