BART tiene conexiones directas a dos servicios regionales de ferrocarril: el Caltrain (que provee servicio entre San Francisco, San José, y Gilroy) en la estación de Milbrae, y los trenes de Amtrak "Capitol Corridor" (Corredor Capitalino), que van desde San José a Sacramento, en las estaciones de Richmond y Coliseum/Oakland Airport (Coliseo/Aeropuerto de Oakland).