El misoprostol es algo menos efectivo que los antagonistas H2 de histamina (especialmente durante la noche), como por ejemplo la ranitidina, o que los inhibidores de la bomba de protones, como el omeprazol (que actúan directamente sobre las células oxínticas de la mucosa gástrica), pero más eficaz que el sucralfato (Urbal) en el tratamiento de las úlceras gástricas y duodenales.