El territorio actual del municipio estaba originalmente habitado por tribus del pueblo indígena yaqui, con la llegada de los españoles para colonizar esta zona norte de la Nueva España, en 1617 llegaron los misioneros jesuitas Andrés Pérez de Rivas y Tomás Basilio al pueblo yaqui de Bácum para evangelizar a los nativos y así poder conquistar y seguir el avance de exploraciones hacia el norte, el pueblo era uno de los ocho históricos pueblos Yaqui, aquí los jesuitas fundaron una misión jesuítica la que nombraron Santa Rosa de Bácum.