Mario Alberto Yepes fue convocado para las Eliminatorias al Mundial de Corea-Japón 2002, a las Eliminatorias del Mundial de Alemania 2006 por el entrenador Reinaldo Rueda, donde logró anotarle un gol a Bolivia el 14 de noviembre de 2004 y también fue citado por Jorge Luis Pinto y Eduardo Lara para encarar las eliminatorias al Mundial de Sudáfrica 2010, portando la cinta de capitán; aunque el sueño de clasificar al mundial siempre se esfumó en las últimas fechas.