Todavía en vida, 1507, quiso retirarse y promovió como sucesor en la sede a su hijo Alonso de Fonseca y Ulloa, también conocido como Alonso III de Fonseca tras un breve interregno de Pedro Luis de Borja (sobrino del papa Alejandro VI), para soslayar la prohibición de que un hijo sucediera al padre en una silla episcopal.