En 1976 el presidente José López Portillo lo designó Procurador General de la República, desde este cargo Oscar Flores siguió su política de mano dura contra cualquier movimiento opositor y particularmente conocido fue su actuación en contra de su casi homónimo el gobernador de Coahuila Oscar Flores Tapia a quién consiguió desaforar y hacerlo dejar su cargo bajo acusaciones de peculado.