Además, debido a que es un programa fundamentalmente para escritura de guitarra, y hablando de instrumentos graves, bajo eléctrico, y siendo que éstos dos instrumentos son transpositores; Guitar Pro escribía siempre una octava más arriba que el sonido real que producía cuando se escribía en la notación clásica, sin importar si se escribía para un instrumento transpositor o no, e incluso ofrecía afinaciones de las cuerdas con respecto a algunos instrumentos no transpositores, pero no escribía en la clave que resultaría cómoda ni óptima para dicho instrumento.