Poco después renunció por tener que ausentarse a Guayaquil, y en noviembre nuevamente fue Prefecto del Departamento de Guayaquil; como tal autorizó la toma de posesión de las islas de archipiélago de las Galápagos y viajó a Bogotá en calidad de Comisionado de Límites para solucionar un conflicto con la Nueva Granada por la anexión de Pasto, hasta 1833, cuando prosiguió estas negociaciones en Quito.