Tres años después, con la adquisición de una flota de cuatro aviones "Bergamashi Caproni A.P.1", la FAS fue considerada en ese tiempo como la más poderosa de Centro América.Su segunda participación como arma aérea fue durante el conato de insurrección contra el general Hernández Martínez el 2 de abril de 1944, posteriormente, el 10 de junio de 1945 en otro levantamiento armado contra el general Salvador Castañeda Castro; pero es hasta el 14 de julio de 1969 durante la "Guerra de las 100 horas", donde participa con el nombre de Escuadrón Caza y Bombardero del Grupo de Combate.