Ganji ha ganado varios premios internacionales por su trabajo, incluyendo la Pluma de Oro de la Libertad de la Asociación Mundial de Periódicos, el Premio Internacional de Prensa por la Libertad de los Periodistas Canadienses por la Libertad de Expresión, el Premio Martín Ennals para los Defensores de los Derechos Humanos, el Premio de la Libertad John Humphrey y el Premio Milton Friedman.