Aunque ambas clases de polisacáridos comparten tienen la misma estructura básica, estando formadas por unidades alternadas de D-galactosa y de 3,6-anhidro-L-galactopiranosa, unidas por enlaces α-(1-3) and β-(1-4) , la agaropectina está modificada con grupos ácidos, tales como sulfato y piruvato.