La controversia se había iniciado en los albores de la República, pero a mediados del siglo XIX el ejercicio por las autoridades chilenas de prerrogativas respecto de la Iglesia —como el derecho de patronato que reclamaba el Estado de proponer a la Santa Sede los candidatos a obispos y otros cargos eclesiásticos— dio lugar a una cada vez mayor oposición de parte de la jerarquía eclesiástica.