En 1482, bajo la dirección de Martín de Solórzano comenzaron las obras, que duraron hasta 1493, con donativos dispuestos por Don Hernán, y otros otorgados por los Reyes Católicos, quienes eligieron el nuevo convento para residencia de verano y enterramiento del heredero de la corona, el príncipe Don Juan, en el sepulcro realizado años después (1510) por Domenico Fancelli, por encargo de Fernando el Católico.