En principio se proyectó una girola para la cabecera y ábsides poligonales, pero el retraso en la obra hizo cambiar el criterio por el de una cabecera plana, decisión tomada en el año 1584 por el entonces maestro mayor Juan Ribero de Rada, siguiendo el modelo de cabecera diseñado por Juan de Herrera en la Catedral de Valladolid.