Un aspecto negativo, es que la Junta de Gobierno que gobernó al país durante los 18 meses posteriores a la guerra, lo realizaron de un modo muy dictatorial, ya que controlaron el Poder Ejecutivo y Poder Judicial de Costa Rica; no así con el Poder Legislativo, presentando éste una férrea oposición por considerar muy revolucionaria la agenda de la Junta de Gobierno.