Asimismo, Montesinos organizó desde el SIN el Sistema de Contrainteligencia (SICON) como el "sistema inmunológico" del Estado peruano con el cual ha dirigido las operaciones de contrainteligencia que neutralizaron las acciones encubiertas de espionaje desarrolladas en la década de 1990 por la inteligencia militar chilena para vulnerar la Seguridad Nacional del Perú.