Sus riquísimas colecciones incluyen pintura gótica, desde maestros anónimos a autores como Juan Rodríguez de Toledo, Nicolás Francés, Pedro Berruguete y los hispano flamencos Diego de la Cruz, Juan de Flandes y Fernando Gallego y en el ámbito de la Corona de Aragón Jaume Serra, Lluís Borrassà, Jaume Huguet, Pere Lembrí, Miguel Ximénez, Bartolomé Bermejo, Martín Bernat, Rodrigo y Francisco de Osona, Joan Reixach o Jacomart; el Renacimiento español, representado por Pedro Machuca, Alonso Berruguete, Juan de Juanes, Fernando Yáñez de la Almedina, o Juan Correa de Vivar; y el manierismo, con Luis de Morales, Blas de Prado y el protagonismo absoluto de el Greco, del que se exhibe el grupo de obras más numeroso de cuantos existen, incluyendo algunas de las más relevantes.