Junto con Raymond Carr y Paul Preston formó un grupo de hispanistas británicos dedicado al estudio de la historia reciente de España, especialmente a la de la Segunda República y la Guerra Civil Española, si bien Thomas se dedicó ulteriormente a la historia de España en la Edad Moderna, dedicando una trilogía al Imperio español formada por "El Imperio español: de Colón a Magallanes" (2006); "El Imperio español de Carlos V" (2010) y "Felipe II: el señor del mundo" (2013), su último trabajo.