Con la anulación de los nombramientos de Sánchez Badajoz por la Corona española, fue desautorizada la expedición, que luego fue interrumpida en 1541 por el codicioso gobernador de Nicaragua, Rodrigo de Contreras, quien sin tener autoridad o jurisdicción en la zona aludida, sorpresivamente llegó al poblado de Badajoz y atacó militarmente al fundador destruyendo su obra colonizadora.