El gobierno del municipio de Badiraguato le corresponte al Ayuntamiento que se encuentra formado por el Presidente Municipal y el cabildo que lo forman seis regidores electos por mayoría y cuatro regidores electos por el principio de representación proporcional, todos son electos por voto popular, directo y secreto para un periodo de tres años no reelegibles de manera continua pero si para periodos alternados y entran a ejercer su cargo el día 1 de enero del año siguiente a su elección.