Andrés Hurtado de Mendoza, marqués de Cañete, quien llegaría a ser virrey de Perú en 1555, le otorgó a Fernández el puesto de cronista del Perú, y en este puesto escribió una narración de la insurrección de Francisco Hernández Girón, de la rebelión de Gonzalo Pizarro, y de la administración de Pedro de la Gasca.