De entre los power-ups que se incluyen en el juego, destaca la Morph Ball —«morfósfera» en español—, la cual le permite a Samus enrollarse en una pequeña pelota y poder adentrarse en los túneles de Zebes, y poder utilizar las bombas; el Screw Atack —«ataque espiral»— es un movimiento similar a un salto mortal que puede destruir a los enemigos que interponen en su camino.