Entre 2004 y 2006 fue Asesor del Jefe de Gobierno del DF Andrés Manuel López Obrador y Subsecretario de Gobierno, así como posteriormente Coordinador Nacional de la corriente interna perredista Nueva Izquierda, Jesús Zambrano es considerado junto con Jesús Ortega Martínez uno de los dos principales líderes de esta corriente, que por ellos es llamada comúnmente como "Los Chuchos".