Los ríos son: Coatán (nace en Guatemala y entra en México), Suchiate (sirve de frontera con México), Naranjo, Ocosito, Samalá, Sisican, Nahualate, Madre Vieja, Coyolate, Acome, Achiguate, María Linda, Paso Hondo, Los Esclavos, Paz y Ostua-Guija (nacen en Guatemala y entran a El Salvador) y Olopa, que sirve de frontera con El Salvador.