Los defensores del diseño inteligente tratan de explicar el problema del mal diseño en la naturaleza al insistir en que simplemente no hemos logrado comprender la perfección del diseño (por ejemplo, proponiendo que los órganos vestigiales tienen propósitos desconocidos), o proponiendo que los diseñadores no producen necesariamente el mejor diseño que pueden y pueden tener motivos desconocidos para sus acciones.