En esta edición de la Copa Colombia Deportivo Pasto se enfrentó en el Grupo E a Universitario de Popayán, Cortuluá, América de Cali, Deportivo Cali y Depor Fútbol Club donde no empezó muy bien y que en las fechas intermedias estaba en duda la clasificación a octavos de final y en algunas fechas terminaron en los últimos puestos del grupo sin embargo al final ganó los partidos que tenía que ganar y se clasificó como uno de los mejores terceros a los Octavos, en Octavos de Final le tocaría jugar contra Atlético Nacional uno de los favoritos al título, los dos ya habían jugado en esta competición en la Final del 2012 esta vez empezaría en el Estadio Libertad con una caída de 0-3 con nóminas alternas y en el juego de vuelta volvería a ganar Atlético Nacional por 1-0 en el Estadio Atanasio Girardot de Medellín también con nóminas alternas, así terminaría la Copa Colombia 2013 para Deportivo Pasto.