El convento, fundado por los agustinos Fray Andrés de la Manta y Fray Andrés de Barrios por órdenes de Fray Alonso de la Veracruz en 1550, bajo la advocación de San Miguel Arcángel, pertenecía a la serie de conventos-fortaleza construidos por los agustinos al norte de Mesoamérica como defensa contra los chichimecas y como avanzadillas para la evangelización del norte de México.