Posteriormente, el cabildo limeño enviaría a España a fray Tomás de San Martín y al capitán Juan Jerónimo de Aliaga, quienes —en gran parte gracias a las gestiones del primero— consiguen la orden de fundación de la universidad por parte del emperador Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico y la reina Juana I de Castilla, hija de los reyes católicos, mediante la Real Cédula expedida el 12 de mayo de 1551 en Valladolid; de ese modo se efectuó oficialmente la fundación de la Real Universidad de la Ciudad de los Reyes, también referida como Real Universidad de Lima.