El género "Megalania" es incluido como un sinónimo de "Varanus" por varios investigadores debido a las relaciones internas de las muchas especies dentro de "Varanus"; "M. prisca" está muy cercanamente relacionado con los otros varanos australianos clasificados como "Varanus", por lo que excluir a "M. prisca" de "Varanus" haría que este último género se convirtiera en una agrupación no natural.