En 1533 amenazaba ruina total y se planeó construir nueva iglesia en 1598, sustituyendo la iglesia románica por una gótica siguiendo trazas del cantero Francisco Collado; compuesta por una espaciosa nave, transepto, cabecera con tres ábsides pentagonales y capillas abiertas a la nave centra en las que estarían enterrados los componentes de las familias más linajudas de Soria, los Veras, Mariscales de Castilla, Barnuevos, Morales y Zapatas, Beltranes, Calderones, Heras y Aguileras.