A su regreso a España, Malaspina presentó el informe "Viaje político-científico alrededor del mundo" (1794), que incluía un informe político confidencial, con observaciones críticas de carácter político acerca de las instituciones coloniales españolas y favorable a la concesión de una amplia autonomía a las colonias americanas y del Pacífico, lo que le valió que, en noviembre de 1795, fuera acusado por Manuel Godoy de revolucionario y conspirador y condenado a diez años de prisión en el castillo de San Antón de La Coruña.