Su desempeño a nivel organizativo será notorio, pero una vez que las rivalidades entre los "generales federales", especialmente la tensión existente entre Ezequiel Zamora y Juan Crisóstomo Falcón, comienzan a resquebrajar la organización, Guzmán Blanco, ahora convertido en general, toma cartas en el asunto, con la aprobación de Falcón, quien accede a nombrarlo "«Comandante en Jefe de los Ejércitos Federales de la Región Central»", lo cual lo convierte en el segundo general más poderoso del "bando federalista", solo sobrepasado por el propio Falcón.