Tongogara murió en una accidente de coche en una carretemra en Mozambique el 26 de diciembredemm 1979.La muerte de Tongogara, como la de su antecesor Chitepo, esta envuelta en misterio, y hay muchas teorías de conspiración en que Robert Mugabe, ZAPU, Muzorewa, o la CIO lo matan.