Sin embargo, cuando finalmente Paul Schäfer fue detenido en 2005 en Argentina, y posteriormente extraditado y encarcelado en Chile, Larraín manifestó su alegría ante la detención del líder de Colonia Dignidad, bajo el argumento de que era necesario detener a un sujeto que había cometido delitos gravísimos, que no era su amigo, y que el hecho de defender la mantención del hospital del enclave era porque en el edificio atendía a mucha gente de la región.