Arnedo se halla en la denominada Hoya de Arnedo, en la que penetra el río Cidacos por Arnedillo y sale por Autol, determinando dos márgenes desiguales: la derecha, mucho más extensa y escarpada, está dominada por la peña Isasa, de 1474 m de altura; y la izquierda, con paredes arcillosas de un rojizo característico, en la que a pesar de su poco espacio se sitúan la mayoría de las poblaciones y las cuevas artificiales horadadas por el hombre.