El 16 de noviembre de 1989, por encontrarse en Tailandia dictando una conferencia, Jon Sobrino escapó de ser asesinado en la masacre de la UCA, perpetrada por agentes del Estado salvadoreño, en la cual seis de sus compañeros jesuitas (Ignacio Ellacuría, Segundo Montes, Juan Ramón Moreno, Ignacio Martín Baró, Amando López, y Joaquín López y López) y una mujer (Elba Ramos ) y su hija menor de edad (Celina) murieron asesinados.