A partir de este momento Ernesto Aguilar comenzó a construir una carrera como realizador de cine independiente que lo ha llevado a convertirse en el director más prolífico de su generación, habiendo realizado más de una docena de largometrajes en todos los formatos (35 mm, 16 mm y video),en los cuales no sólo se ha desempeñado como director, sino que también ha participado como guionista y productor.