La fundación de la ONIC fue el resultado del proceso de reorganización autónoma del movimiento indígena en Colombia iniciado por los tres pueblos constituyentes del Consejo Regional Indígena del Cauca (CRIC) en la década de 1970, y apoyado por líderes de las comunidades Arhuaco, Kogui, Sikuani, Emberá, Cañamomo, Pijao, Pasto y de varios pueblos Amazónicos.