La reforma del Ministerio del Aire de 1963 llevó consigo la supresión de diversas direcciones generales, entre ellas la de Aviación Civil y fue sustituida por la Subsecretaría de Aviación Civil, componiéndose de una Secretaria General y Técnica de Aviación Civil y del Transporte Aéreo; y las direcciones generales de Navegación Aérea y de Infraestructura.