A causa de diferentes desacuerdos y la poca información disponible años atrás se dijo que la construcción de la variante ferroviaria iba a ser solamente en ancho internacional (al igual que la Y vasca) lo que provocaría que no se pudiese utilizar esa variante para transportar mercancías al resto de España y Portugal señalando una clara descoordinación del proyecto y las necesidades que dice viene a suplir aunque posteriormente, en el proyecto definitivo, se confirmó que la variante si incluiría esos anchos: el predominante en España y Portugal (ibérico) y el predominante en Europa (internacional).