El 29 de diciembre de 1990 fue indultado por el entonces presidente Carlos Saúl Menem y recuperó la libertad hasta 1998, cuando fue nuevamente puesto en prisión preventiva por causas relativas al secuestro y denegación de identidad a menores durante su gobierno por la jueza María Servini de Cubría que se basaba en que la apropiación de menores y los restantes cargos imputados por estar considerados delitos contra la humanidad no prescriben.