En junio de 2013 el presidente del Valencia CF, Amadeo Salvo confirma que se contrata a Rufete como mánager deportivo de la escuela y cantera del conjunto valencianista, pero cinco meses después, el 25 de noviembre de 2013, Rufete fue nombrado Mánager General Deportivo del también del primer equipo, con plenos poderes en la parcela deportiva tanto en el primer equipo como en la cantera, tras la destitución del director deportivo Braulio Vázquez.