En el siglo XVI se le adosó la capilla del Obispo, luego templo independiente, a la que se trasladó en 1535 el cuerpo del santo por orden del obispo Gutierre de Vargas Carvajal, lo que dio lugar a discordias entre ambas capellanías, hasta que veinticuatro años después el cuerpo retornó a su emplazamiento original.