Los muros y las bóvedas están revestidos de alabastro o con decoración de mosaico, con escenas relativas a las advocaciones de los altares (Virgen María Auxiliadora, san Antonio de Padua, Jesús Sacramentado, san José y la Virgen de Montserrat) y a la propia historia de la basílica (la "Solemne entrega de los terrenos a Don Bosco en 1886 en la basílica de la Merced", la "Romería del Ramo" y los "Ángeles ofreciendo el templo a Dios en señal de sumisión y ofrenda").