El "Chanticleer", fue examinado, y no fue encontrado apto para esta comisión por lo que con fecha 27 de junio de 1831 se le designó comandante del HMS "Beagle", nave que fue dada de alta pasando al servicio activo con fecha 4 de julio de 1831 para que fuera preparada para un largo período de servicio en el extranjero pues el Almirantazgo había decidido continuar con los trabajos hidrográficos en Sudamérica y tenía entre sus prioridades determinar la longitud exacta de Río de Janeiro, establecer la posición del bajo Abrolhos y luego continuar con los levantamientos de la costa de la Patagonia oriental entre el río de La Plata y el estrecho de Magallanes, del canal Beagle y el seno Ballenero, terminar algunos trabajos en el estrecho de Magallanes y seguir a Concepción o Valparaíso.