La ciudad de Loja cuenta con dos centros hospitalarios de segundo nivel de atención, el Hospital General Provincial "Isidro Ayora" del Ministerio de Salud Pública (MSP) y el Hospital "Manuel Ygnacio Monteros Valdivieso" del Instituto Ecuatoriano de Seguridad Social (IESS), además de varias unidades del primer nivel de atención y múltiples instituciones sanitarias privadas entre las que se encuentran SOLCA, Hospital "UTPL", Hospital Clínica "San Agustín", etc.