Esta segunda temporada cuenta cómo la investigación del agente Cooper sobre el asesinato de Laura Palmer es interrumpida cuando recibe la orden del FBI por haber realizado una operación sin autorización en el burdel ""Jack el Tuerto""; además, al volver de esta operación le dispara un misterioso asaltante al llegar a su habitación de hotel (fin de la primera temporada), pero sobrevive al ataque.