El jugador es testigo de los muchos giros argumentales que posee el juego: El descubrimiento de varias razas alienígenas (tanto hostiles como pacíficas), la destrucción de una nave de reconocimiento enviada 10 años atrás, y la más dramática de todas, el genocidio masivo provocado por los Taiidan a Kharak, provocado por una tormenta de fuego inducida por los "Misiles de depravación atmosférica" que literalmente queman la atmósfera de un planeta matando a cualquier ser vivo de la superficie.