Desde el año 1941 Heydar Aliyev ocupó el puesto del jefe del departamento del Comisariato del Pueblo de Asuntos Interiores de la República Sosialista Soviética Autónoma de Najicheván y del Consejo de Comisarios del Pueblo de la República Sosialista Soviética Autónoma de Najicheván y en el año 1944 fue enviado a trabajar en los órganos de seguridad estatal.