Una vez sometido el levantamiento armado de los comuneros y asegurada la supremacía del poder real, el Gran Canciller Gattinara propuso a Carlos I un "Consejo Secreto de Estado" que tendría la supremacía sobre los demás Consejos y sería el eje regulador y supervisor de la política global, en el que él mismo sería el presidente; para tal objetivo emprendió en 1522 la racionalización de la administración española con la reforma de los Consejos existentes y la creación del Consejo de Hacienda en 1523, pero el rey no quiso depender de un solo ministro y tal proyecto de centralizar en un solo Consejo fue desestimado, por lo que la influencia del Gran Canciller, que a fin de cuentas era un cargo de origen borgoñón, se fue eclipsando frente a Francisco de los Cobos, y en consecuencia se mostró crítico por la planificación administrativa colegiada y fraccionada que fue llevada a cabo en esos años de 1523-1529.