Al llegar a su nueva diócesis, Ramos de Lora se ve enfrentado con la Diócecis de Bogotá por la jurisdicción de Pamplona, lo cual le llevó a un prolongado litigio, que costó a la diócesis de Mérida 7.660 reales de vellón, según el apoderado del obispo en Madrid; esto a pesar de que la jurisdicción de Mérida sobre la demarcación de Pamplona había sido previamente estipulada.