Sus organismos son: El Ministerio de la Salud y Protección Social (Colombia), la Comisión de Regulación en Salud (CRES) que reemplazó al Consejo Nacional de Seguridad Social en Salud (CNSSS) por la Ley 1122 de 2007, y la Superintendencia Nacional de Salud que vigila y controla a los actores del sistema.