En la actualidad, se sabe que la molécula de hemocianina puede adoptar dos conformaciones distintas, la forma agregada y la disgregada, cada una de las cuales posee distinta afinidad por el oxígeno: la desoxi-hemocianina, encontrandose preferentemente en la conformación de poca afinidad hacia el oxígeno (forma disgregada), a saturación intermedia las dos formas conformacionales están presentes, y en soluciones altamente saturadas la conformación de alta afinidad es la predominante (forma agregada).