Cuando la Unión Soviética, tras el llamado "Pacto de no Agresión" firmado entre Alemania y la Unión Soviética, invadió el territorio polaco con la intención de incorporar la mitad oriental de Polonia a Bielorrusia, tal como preveían los acuerdos firmados con la Alemania nazi, Anders fue hecho prisionero por el Ejército Rojo y encarcelado en la prisión de Lubianka, en Moscú.