La elección del padre Pedro de Morales parecía haber de ser muy perjudicial al colegio de la Puebla, que le debía todo su ser, especialmente cuando pocos meses después tuvo que sufrir el golpe más sensible en la muerte de su piadoso fundador don Melchor de Covarrubias: según lo que hemos podido entresacar de varios antiguos papeles, parece haber sido sus padres Pedro Pastor de Valencia y Catarina de Covarrubias, de quien tomó el apellido, vecinos uno y otro de un lugar cercano a la ciudad de Burgos en Castilla la vieja.