Por mediados de los años 90s sucesos como la inestabilidad política y la devaluación de la moneda, hicieron daño a Saeta, lo que provocó una reducción de los pasajeros, sumado a la cancelación de vuelos a los Estados Unidos debido a la pérdida de la categoría 1 de la autoridad aeronáutica ecuatoriana desde 1993, acelerando su caída.