Era el hijo primogénito de Gonzalo Yáñez de Mendoza (hijo a su vez de Diego Hurtado de Mendoza, señor de Mendoza, y de María de Rojas) y de Juana de Orozco, señora de Hita y Buitrago —hija de Diego Fernández de Orozco y Mencía Fernández— y hermana de Íñigo López de Orozco, señor de Escamilla.