Poco después la unión llegó a su fin debido al golpe de Estado del general Tomás Regalado (1898-1903), quién depuso el 13 de noviembre de 1898 al Presidente de la República, general Rafael Antonio Gutiérrez, y de inmediato declaró la separación de este país; rompiéndose el pacto firmado en Amapala y finalizando el ideal de unidad centroamericana del general José Santos Zelaya López, por lo que El Salvador volvió a usar su bandera y escudo nacionales anteriores.