Después, Aeromar de 1999 hasta el 2002 operó diariamente un vuelo directo entre la Ciudad de México y San Cristóbal de Las Casas, con salida del D.F., a las 8:50 horas y llegada a San Cristóbal de Las Casas a las 10:50 horas, con un avión ATR-42-500, con capacidad de 42 pasajeros, después fue realizado con la ruta Ciudad de México-San Cristóbal-Comitán, con el mismo itinerario de regreso, posteriormente sólo quedó en la ruta Ciudad de México-San Cristóbal de Las Casas, con horario de salida del D.F., a las 10:20 horas y llegada a San Cristóbal a las 12:20.