Además, desde finales del siglo XVI en la época de la conquista española hasta mediados del siglo XVII se constituyó en un camino comercial que cubría el eje Panamá-Quito, así se consolidó el contacto más importante entre los puertos del pacífico sudamericano y centroamericano, pero el esplendor de este monopolio se desarticuló en 1629 cuando los virreyes del Perú de la época, tomaron desde la Ciudad de Los Reyes decisiones a favor del puerto y astillero de Santiago de Guayaquil, por encontrarse sus élites mercantes comprometidas con el enriquecimiento y centralismo de la Corona española que se encontraba padeciendo una fuerte crisis monetaria, razón por la cual incluso se prohibió determinadamente la libre empresa de los puertos indianos con embarcaciones europeas que no fueran españolas.