Goyeneche restableció el orden en la ciudad La Paz, con alivio de la población, inició rápidamente juicios contra los partícipes de la insurrección de La Paz, siendo condenandos únicamente ocho a pena de muerte, y los otros, quince en total, encarcelados en los presidios de Boca Chica (Cartagena de Indias), Islas Malvinas, Filipinas y Morro en La Habana.