No llegó a tomar posesión del cargo, ya que fue nombrado virrey del Perú en el mismo año, cargo que no desempeñó hasta 1806, debido a que en su viaje a Lima fue apresado por los ingleses, lo que le obligó a realizar un periplo alargado y costoso que supuso el traslado de Abascal a su último destino, causado por los rápidos cambios que se dieron en la política internacional de entonces.