En el Clausura 2008, el equipo fronterizo descendería de categoría por sus malos resultados en su primer año en competición, a pesar de haber descendido a la Segunda División, la Federación Mexicana de Fútbol (FMF) decidió aumentar los equipos de la Primera División "A" de 24 a 26 equipos, con lo que el Club Tijuana volvería a ser participe del Torneo Apertura 2008 de la Primera División "A" llegando a semifinales contra los Gallos Blancos del Querétaro, que a la postre perderían con marcador global de 4-1.