Pero tras una decepcionante temporada 2005-06, donde el equipo no pudo pasar del 14º puesto en la Liga, fue eliminado en la liguilla de Champions League y cayó en octavos de final de la Copa UEFA frente al Steaua Bucarest, Serra Ferrer terminó su contrato con el Real Betis Balompié el 30 de junio de 2006.