Sus afluentes indirectos tienen una carga extrema de contaminación; el río Medellín, una de las fuentes del río Porce, su principal tributario; tiene niveles altos de contaminación industrial, ya que recibe todos los desechos del área metropolitana de Medellín; a su vez el río Grande, la otra fuente del Porce, aunque de mucha mejor calidad, acarrea productos químicos en sus aguas originados de la actividad agropecuaria del Norte Antioqueño.