De estos 9000 soldados, 4000 marcharían al frente de batalla en Guanacaste y Nicaragua en lo que Mora y su Estado Mayor denominaron como Ejército Expedicionario; 1500 quedarían acantonados para defender Puntarenas, el puerto más importante del país, la ciudad de Liberia, la más grande de Moracia, y el puesto fronterizo de Sapoá, para contener una eventual invasión filibustera.