El principal operador ferroviario es la East Japan Railway Company (East JR), empresa pública que gestiona seis líneas que permiten llegar a Tokio desde la estación de Yokohama: la línea Tōkaidō (desde Tokio hasta Kōbe), la Línea Keihin-Tōhoku, Negishi, Shōnan–Shinjuku, Yokosuka y Línea Yokohama (Yokohama-Sagamihara-Tokio).