Las primeras referencias a un templo dedicado a San Ginés de Arlés en Madrid datan de comienzos del siglo XII, estimándose que el origen del culto al santo francés podría remontarse al momento mismo de la conquista de Madrid, cuando Raimundo de Borgoña, yerno de Alfonso VI, estableció en 1086 su campamento, con sus huestes formadas por borgoñones y francoprovenzales, en las proximidades del emplazamiento del templo actual.