En la planta baja se encuentran la tienda, la cafetería, dos Salas de Exposiciones Temporales, Talleres Didácticos, Almacenes y Laboratorios de Restauración y Fauna Cuaternaria, así como los despachos y dependencias del Servicio de Investigación Prehistórica, mientras que la Iglesia se convierte en Salón de Actos.