Bertrán fue nombrado, además, el 24 de diciembre de 1774, Inquisidor General; el 22 de abril de 1775, a sus setenta y un años, Felipe Bertrán se instaló en Madrid y tomó posesión de su nuevo empleo, en cuyo cometido tomó dos decisiones fundamentales en la historia de la cultura española; la primera fue autorizar la traducción de la Biblia a la lengua vernácula castellana en 1782, y la segunda, enfrentarse a la Compañía de Jesús recomendando su expulsión de España ya en 1764; eso redundó al cabo en la expansión en el terreno de la enseñanza de las humanidades de los padres escolapios, con los que simpatizaba, (fue un gran protector de uno de ellos, el helenista y erudito Pedro Estala) y en la posterior evolución del jansenismo, entre otras consecuencias no menos y quizá más importantes.