Para un sector ultra-conservador de los mandos militares en el ejército salvadoreño, los padres intelectuales jesuitas que ejercían la alta dirección y cátedra dentro del "Alma Mater" eran considerados sospechosos de sostener la teología de la Liberación, por lo que se suponía que serían aliados de la guerrilla izquierdista del FMLN, y por lo tanto, subversivos para el control político, cuyas amenazas hacia los mismos se venían gestando desde mediados de la década de 1980, pero que se aunarían en el año 1989.