En 1990 el Brøndby contrató al ex capitán de la selección nacional Morten Olsen como entrenador, y bajo su dirección la Copa de la UEFA 1990-91 se convertiría en el punto más alto en la corta historia del club, destacando las victorias sobre el Eintracht Frankfurt, el Bayer 04 Leverkusen, y el FC Torpedo Moscú; en este torneo el club logró alcanzar las semifinales, partido en el que se enfrentó al AS Roma italiano, y en el que un gol en el minuto 88 de Rudi Völler impidió al Brøndby jugar la final.