La Prehistoria reciente del Neolítico a la Edad del Bronce no sólo está documentada en El Castillo y en el Cerro de San Miguel, —al igual que en las cuevas de la sierra de Atapuerca (, Cueva del Mirador y Cueva Mayor)—, sino que hay abundantes yacimientos en el valle del Arlanzón, con numerosos asentamientos del Neolítico (VI al ), Calcolítico () y Edad del Bronce ().