La importancia ecológica del Parque Nacional Río Abiseo radica en que tiene diferentes ecosistemas, tales como el Páramo de Loricaria, el Pajonal de Puna, un gran número de acuíferos (lagos, lagunas, ríos, quebradas), pequeños bosques aislados, el bosque nublado o de neblina y bosques típicos de la Selva Alta.