Varios desencuentros entre el futbolista y el nuevo técnico, así como la nula participación de Helguera en el equipo -jugando sólo un partido liguero en los cuatro primeros meses de la temporada- motivaron su salida precipitada del club, que se anunció el 12 de diciembre de 2008, tras llegar a un acuerdo para rescindir su contrato.