Su muestra permanente presenta los más de seis mil años de historia insular de Chiloé, desde Puente Quilo, el asentamiento de cazadores recolectores más antiguo conocido, presentando las comunidades originarias en la época de con los europeos, la colonización española, los corsarios holandeses en los años 1600 y 1643, la llegada e influencia de los jesuitas y la colonización y asentamientos de europeos de finales del siglo XIX, finalizando con la construcción del tren de Ancud a Castro y el terremoto de 1960.