Sin embargo, al finalizar la primera década de la Conquista, los españoles habían reducido violentamente dos rebeliones indígenas, una en Costa Grande en los astilleros de Zacatula, provocada por las vejaciones y la explotación y otra en San Luis Acatlán en la Costa Chica, donde los yopis trataron de recuperar su independencia y destruyeron el pueblo matando a una gran cantidad de españoles.