Se inició en las divisiones menores de Independiente Santa Fe y debutó en primera en el 2001, al transcurrir los años Nájera no se afirmaba en la titular, entonces para el año 2006 Francisco Nájera fue a México para jugar en Querétaro Fútbol Club, luego de estar allá un año completo volvió para jugar con Independiente Santa Fe el torneo clausura del año 2007, en poco tiempo Nájera se mantuvo en la titular, pero fue así hasta que en mitad de torneo fue remplazado en varias ocasiones, cuando el equipo estaba ya eliminado casi al final de los 18 partidos (todos contra todos) Nájera de nuevo volvió a ser titular, partido tras partido fue mejorando y en el partido contra su rival de patio Millonarios marcó un gol de cabeza en el minuto 91' permitiéndole a su equipo empatar 2-2, gracias a esto fue tenido en cuenta de nuevo para el partido final contra Deportes Tolima.