Pero Hernández no vivió la continuidad de su obra: murió en aquel mismo año de 1517, apenas dos semanas después de regresar de su desgraciada expedición, como resultado de las heridas y la sed sufridas durante el viaje, y decepcionado al saber que Diego Velázquez había preferido a Juan de Grijalva como capitán de la siguiente expedición a Yucatán.