En el torneo derrotó a Guadalajara y a Toluca, y perdió ante Morelia, quedó empatado en el liderato del grupo con Toluca, pero pasó a la final por mejor diferencia de goles y su siguiente rival fue el Atlas, el partido terminó empatado a 2 goles y se tuvo que ir al desempate por medio de tiros penales, donde Santos ganó la serie 4-3 y se clasificó a la Copa Libertadores 2004.