Dentro de la hipótesis estándar de que los miembros de Dinosauromorpha son los parientes más cercanos de los pterosaurios dentro del grupo Ornithodira, "Eudimorphodon" tampoco ayuda a establecer relaciones dentro de Pterosauria entre las formas más primitivas y las posteriores debido a que sus dientes multicúspides se consideran como un rasgo altamente derivado, comparados a los dientes de una sola cúspide de los pterosaurios del Jurásico, y una fuerte indicación de que "Eudimorphodon" no está cercanamente relacionado con los pterosaurios posteriores.