En el interior, se destacan las pinturas gótico-flamencas atribuidas a Fray Alonso de Zamora y, entre ellas, son apreciables diversas muestras heráldicas que se repetirán con profusión en el templo y que hacen alusión a los condes fundadores, Sancho Garcés III de Pamplona, Sancho II de Castilla, así como un escudo único con las armas de los Reyes Católicos.