Fue precisamente a mediados del siglo XIX cuando Mariano Nougués Secall dio la voz de alarma por el deterioro que presentaban los restos andalusíes y mudéjares del palacio en su informe de 1845 titulado "Descripción e historia del castillo de la Aljafería", un riguroso estudio en el que se instaba a preservar este valioso conjunto histórico-artístico.