En 1939, Stokowski colaboró con Walt Disney para crear la película para la que es más conocido: "Fantasía", dirigiendo la banda sonora con la orquesta de Filadelfia en las 8 composiciones de música clásica de que consta dicho film (con la excepción de una "jam session" en el medio de la película) e incluyó sus propias orquestaciones para los segmentos Toccata y Fugue en Re menor y Noche en el Monte Pelado / Ave María.