El parque tiene una extensión de 120.000 ha, desde la línea de marea más alta hasta el beril de los 50 metros de profundidad, comprende la plataforma submarina y los arrecifes de coral al occidente de la península de Barú, los arrecifes de los archipiélagos de Nuestra Señora del Rosario y de San Bernardo y la plataforma submarina entre estos dos archipiélagos, además de las islas de Tesoro, Rosario, Múcura y Maravilla.