En la corte aprovechó para interceder en favor de la creación de la Regia Sociedad de Medicina y demás Ciencias en Sevilla ante Carlos II, que le otorgó ser socio fundador de la misma en 1700 y presidirla dos años después; ésta le encargó en 1701 una "Crisis médica sobre el antimonio", que fue traducida al francés y suscitó no poca polémica, puesto que los galenistas se resistían a usar farmacología química; Zapata abogó por el uso de este tipo de remedios valiéndose de argumentos y experiencias y de autoridades como Luis Mercado, Pedro Miguel de Heredia o Gaspar Caldera de Heredia.