Son muchas las amenazas que se ciernen sobre este espacio natural protegido: incendios provocados (como el que arrasó miles de hectáreas, que incluían masas importantes de pinsapos, en 1991), visita incontrolada en zonas de pinsapar y matorral de alta montaña, afluencia masiva de visitantes en época de nevadas, erosión asociada al pastoreo y turismo, sobre todo en las zonas más altas de la sierra (Quejigal de Tolox y Pico Torrecilla), apertura de nuevas sendas sin criterio científico por zonas con flora amenazada, tránsito de vehículos no autorizados -quads- por caminos forestales, organización de actividades deportivas en zonas sensibles (pinsapar de Yunquera), expolio de rapaces, etc.