Pero el hecho más relevante de su pontificado fue su enfrentamiento con su homónimo, el obispo de Alejandría, Dionisio, a quien exigió que aclarase su posición sobre la acusación que pesaba contra él de haber hecho unas declaraciones heréticas respecto a la doctrina trinitaria al defender el triteísmo, doctrina que propugnaba la separación de la tres personas de la Trinidad en tres deidades distintas.