Con su hermano Diego de Lepe viaja seguidamente a Tierra Firme en 1499, tras los pasos de la expedición de Vicente Yáñez Pinzón que descubre el Brasil, al que sobrepasan cuando Pinzón se detiene en la exploración de la desembocadura del río Amazonas, por lo que fueron Rodríguez Mafra y Diego de Lepe los verdaderos descubridores de esta costa, desde el Amazonas hasta las tierras descubiertas por el Almirante.