En 1567 el tío materno de Juan de Garay, el capitán Juan Ortiz de Zárate, fue nombrado adelantado interino por el virrey del Perú —ya que desde el 19 de octubre de 1564 le había sido asignado el cargo de sexto gobernador de Nueva Andalucía del Río de la Plata luego de destituir a Francisco Ortiz de Vergara— y por lo cual Zárate hizo ocupar el cargo de lugarteniente asunceño a Felipe de Cáceres quien a su vez, nombró capitán a Juan de Garay, pidiéndole que "traiga a gentes a la provincia de Paraguay".