Los límites con los gobiernos de Asunción y Corrientes también fueron problemáticos, en líneas generales se consideraba que el límite con el gobierno de Asunción estaba dado por el río Tebicuary y las cordilleras de Caaguazú, mientras que los límites con Corrientes se suponían en el río Miriñay (lo que explica que una de las capitales de las Misiones fuera hacia 1778 la Reducción de Yapeyú).