Al inicio de la Guerra de la Triple Alianza el sector al este del río Paraguay en la zona aún estaba en soberanía paraguaya y Fuerte Olimpo fue una de las bases de operaciones para la exitosa ofensiva paraguaya en el Mato Grosso, luego, en 1866 ante la reversión de la situación paraguaya en esa guerra, el Fuerte Olimpo pasó a ser nuevamente un punto defensivo pero cayó en poder de los brasileños al concluir la contienda, ante esto la Argentina reclamó el Fuerte Olimpo y toda la zona hasta del Chaco Boreal hasta la llamada Bahía Negra, sin embargo, cuando Brasil desalojó el Paraguay, la Argentina cesó con sus reclamos.