Esta reafirmación en las recomendaciones, las cuales fijaban con toda claridad sus responsabilidades para la expedición de la Santa Liga contra los turcos, afirmaba que «"todo lo que hubiera de despacharse por escrito, debía llevar la firma tanto del capitán general como la suya"» y aún insistía más al decirle en esa instrucción reservada adjunta «"todo lo que ordenare e hiciese debía ser de acuerdo, sin poder don Juan apartarse de él de ninguna manera y en caso de que se apartara alguna vez de su parecer, le facultaba para hacer discretamente las diligencias que creyera convenientes, para acudir a su regia autoridad, todo ello, sin demostraciones públicas y guardando la consideración que al príncipe se debía"».