A comienzos del siglo XVIII, el erudito deísta John Toland usó su muerte como base para un extenso panfleto anticatólico titulado «Hipatia, o la historia de una de las damas más hermosas, virtuosas, cultas y distinguidas en todos los aspectos; que fue despedazada por el clero de Alejandría para satisfacer el orgullo, la envidia, y la crueldad de su arzobispo, común pero inmerecidamente llamado san Cirilo», donde la califica de «encarnación de la belleza y el saber», sosteniendo que los varones deberían «avergonzarse para siempre de que pudiera encontrarse entre ellos alguien tan brutal y salvaje como para, en lugar de embriagarse con la admiración de tanta belleza y sabiduría, manchar sus manos de la manera más bárbara con la sangre de Hipatia, y sus almas impías con el estigma de haber cometido un crimen sacrílego».