En la Edad Media, Fresno quedó integrado en el Reino de León, época en que habría sido repoblado por sus monarcas en el contexto de las repoblaciones llevadas a cabo en Sayago, datando su primera referencia escrita del siglo XIII, cuando esta localidad aparece ligada a ciudad de Zamora como posesión eclesiástica hasta mediados del siglo XIX, con la categoría de villa.