La intendencia fue establecida en 1784 durante el gobierno del virrey Teodoro de Croix, en base al obispado de Arequipa, en cuyo territorio, al momento de la creación de la intendencia, estaban los corregimientos de: Arequipa, Arica, Moquegua, Camaná, Collaguas o Cailloma, Condesuyos de Arequipa y Tarapacá.