En abril del 2007, el entrenador del Nantes comentó una refriega que tuvo Barthez con aficionados del club, muy descontentos con la marcha de la entidad, al día siguiente, Barthez confirmó su marcha del club, pero no afirmó que se retiraba, dijo que planeaba buscar un nuevo contrato por 2 años de duración, pero al no encontrar club, Barthez definitivamente se retiró.