Después de haberse encontrado, a su regreso a la ciudad de Oaxaca establece una pequeña tienda en Etla, pero los problemas no acabaron en ese momento, pues poco tiempo después de publicadas las Leyes de Reforma, donde Juárez limitaba el poder de la iglesia Católica, confiscando sus propiedades (entre ellas casas de usura, asilos y hospitales), exclaustrando a monjas y religosos, y separándola del gobierno, el clero decide pedir ayuda a las potencias Europeas.