No obstante el decreto de guerra a muerte que Salaverry había expedido antes de salir a campaña, el coronel Quiroga respetó la vida de los prisioneros bolivianos y las propiedades de los vecinos de Cobija, únicamente fueron incendiados los establecimientos del gobierno boliviano, cuarteles y aduanas, y las baterías dinamitadas embarcando a bordo de sus naves armas, municiones, hierro y plomo.