Con 14 especies, el PNCA es la primera área protegida a nivel nacional con mayor número de especies amenazadas, así, destacan: "Leucopternis occidentalis" (gavilán Dorsigris), "Brotogeris pyrrhoptera" (perico macareño), "Synallaxis tithys" (colaespina cabecinegra), "Onychorhynchus occidentalis" (mosquero-real del Pacífico), "Ortalis erythroptera" (chachalaca), el cóndor de la selva ("Sarcoramphus papa"), el venado gris ("Odocoileus virginianus"), el sajino ("Tayassu tajacu") y la ardilla de nuca blanca ("Sciurus stramineus").