Con todo, y dando de nuevo una muestra de la libertad e independencia de su juicio, tras el Coloquio de Poissy (1561) en que protestantes y católicos trataron de hallar un acuerdo, Ramus apoyó al calvinista Teodoro de Beza contra su protector el Cardenal de Lorena y abjuró de la fe católica para seguir la protestante.