En 1816 renunció a la comandancia y al ser derrotado el ejército republicano el 29 de junio, en La Cuchilla de El Tambo, partió para su hacienda y se ocultó, siendo capturado y llevado a Popayán, en donde lo juzgaron verbalmente, le confiscaron sus bienes y lo fusilaron el 19 de agosto de 1816.