A continuación, la tercera capilla de occidente a oriente es Nuestra Señora de las Mercedes (actualmente conocida como San José), es la capilla más antigua (construida en 1590), originalmente era la capilla de Santa Ana por el cuadro de Gaspar Figueroa y en ella se encuentra un altar jónico, una estatua quiteña de Nuestra Señora de las Mercedes en el nicho central y la tumba de Eulogio Tamayo.