En septiembre de 2007, Pastrana volvió a ser crítico del Gobierno Uribe y desató controversia al cuestionar duramente varias políticas y procesos que se habían llevado a cabo durante dicha administración como el proceso de desmovilización de paramilitares; dijo que hay un pacto secreto con los paramilitares y que los éxitos de la política de seguridad democrática de la administración de Álvaro Uribe se debían en gran parte a su gobierno, y criticó la forma en que Uribe permitió la participación del presidente venezolano Hugo Chávez en el tema del acuerdo humanitario.