El IEO fue fundado en 1914 por Odón de Buen, partiendo de la integración de la Estación de Biología Marina de Santander, fundada en 1886 y dependiente de la Universidad de Valladolid, el laboratorio de Porto Pi (Mallorca), que él mismo había creado en 1906, desde su posición de catedrático de la Universidad de Barcelona, y la estación de Málaga.