Por su parte organizaciones ecologistas, asociaciones de productores rurales, iglesias de Misiones, Entre Ríos y Santa Fe, así como movimientos de Brasil y de Uruguay, manifestaron su rechazo al Protocolo aduciendo que intenta avanzar con grandes obras hidroeléctricas sin respetar la Constitución Nacional de la Nación Argentina, que establece en su artículo 41 que todos los habitantes deben gozar de un ambiente sano.