Riegan al municipio numerosas quebradas y ríos, entre los cuales se encuentran: Grande o Sensunapán, Ceniza, Las Marías, Tepechapa, Apancayo, Chimalapa, Pupulapa, y El Coyol; los accidentes geográficos más importantes son: los esteros de Barra Salada, El Maguey, Barra Ciega, y Dulce; las bocanas de los ríos Bandera, Mandinga y Apancoyo; así como la playa de Los Cóbanos.