El museo, albergado en uno de los templos que pertenecieron a las comunidades religiosas femeninas del período colonial, no solo posee una amplia colección colonial que cuenta con obras de Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos, Gaspar y Baltazar de Figueroa y Agustín García Zorro de Useche entre otros, sino que también posee muestras de pintura mural esparcidas en los coros, el presbiterio, el arco toral y la sacristía, con motivos zoomorfos, fitomorfos y algunas representaciones de santos y ángeles.