La UTE cuenta con varios centros de investigación en Informática, Mecatrónica y Alimentos en la facultad de ingeniería e industrias y varios centros especializados en su facultad de ciencias de la salud, entre los que destacan el Centro Colaborador Cochrane Ecuador, el Centro de Investigación de Genética y Genómica (CIGG), el Centro de Investigación en Salud Pública y Epidemiología Clínica (CISPEC), el Centro de Investigación de Enfermedades Crónicas no transmisibles (CENIEC), el Centro de Investigación en Salud Oral (CISO) y el Centro de Investigación Biomédica (CENBIO).