El Museo ha sufrido a lo largo del tiempo los diversos avatares de la historia española; el peor capítulo fue el de la Guerra Civil, pues desde 1936, año en que se cierra, sufre una crisis de la que no se recupera hasta su reestructuración en 1984, que comprendió la absorción del Instituto Español de Entomología y del Instituto de Geología de Madrid (antiguo "Lucas Mallada").