Fue nombrado cónsul general en Zanzíbar en 1885 y gobernador de Mozambique en 1889, cuando organizó una expedición para asegurar las tierras de Shire para Portugal, pero su intención fracasó después del ultimátum británico en 1890, por el «incidente Serpa Pinto», ya que en él intervino el explorador al arriar las banderas inglesas, en un espacio codiciado y seguido por la red de espionaje del Reino Unido, los agentes británicos John Buchanan y H.