En 1965 Aridjis se casó con Betty Ferber, y de este matrimonio nacieron dos hijas: Eva Aridjis, una cineasta radicada en Nueva York ("Niños de la calle", "La Santa Muerte", "The Favor", "Los ojos azules", "Chuy, el hombre lobo") y la escritora Chloe Aridjis, radicada en Londres ("Topografía de lo insólito," "Book of Clouds/Libro de las nubes, Asunder/Desgarrado)."