Las etapas del pensamiento de Zubiri están demarcadas por la propia evolución y desarrollo de su filosofía; en la primera etapa abandona la conciencia por la inteligencia sentiente; en la segunda abandona el ser, por la realidad, y en esta última etapa trata de estructurar la filosofía de lo real en cuanto real (etapa metafísica apoyada en las anteriores donde se despliega la estructura desarrollada).