En 1979, por amenazas del gobierno del general [[Fernando Romeo Lucas García]], Martínez Peláez tuvo que salir nuevamente al exilio con su familia y continuó su labor investigativa y formativa en la [[Benemérita Universidad Autónoma de Puebla]], en donde participó en seminarios y cursos nuevos en la carrera de historia del Colegio de Historia de esa universidad mexicana y tuvo importantes reuniones con historiadores y exilados guatemaltecos en México.