Así, tras el descubrimiento de la verdad por parte de los jedis y el intento de asesinato de éste, por parte de Mace Windu, el Canciller dio la orden de acabar con todos los Jedi, ejecutando la Orden 66 a través de los chips que se habían implantado en los clones en su etapa embrionaria, la cual dictaminaba que todos y cada uno de los Jedi eran ahora enemigos de la República.