Esto afectó a la Iglesia católica de Nicaragua y hubo muchas conspiraciones de los conservadores; el 20 de diciembre de 1909 renunció Zelaya a la presidencia por la Nota Knox, del Secretario de Estado estadounidense Philander Knox, sustituyéndolo José Madriz Rodríguez que a su vez renunció el 19 de agosto de 1910, entregando el poder al liberal José Dolores Estrada Morales, hermano del líder de la sublevación Juan José Estrada Morales.