En el territorio de la provincia de Guanacaste existen tres áreas protegidas administradas por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación de Costa Rica: el Área de Conservación Guanacaste, ubicada en la región noroeste; el Área de Conservación Tempisque, que ocupa la península de Nicoya; y el Área de Conservación Arenal-Tempisque, cuyo sector guanacasteco ocupa el sureste de la provincia y la margen oriental del golfo de Nicoya.