Durante la gira por [[Estados Unidos]] en [[marzo]], comienza en el primer Masters 1000 del año en [[Anexo:Masters de Indian Wells 2016 (individual masculino)|Indian Wells]], comienza venciendo al estadounidense [[Bjorn Fratangelo]] en 3 sets por 2-6, 6-2, 6-1, en tercera ronda vence al alemán [[Philipp Kohlschreiber]] por doble 7-5 y a continuación se venga de [[Feliciano López]] en octavos por doble 6-3, en cuartos se enfrenta a [[Jo-Wilfried Tsonga]] al que supera en dos tie-break por 7-6 y 7-6 para enfrentarse en las semifinales a su eterno rival [[Rafael Nadal]] por 48° vez, después de un primer set muy equilibrado gana por 7-6 y 6-2 en una hora y 58 minutos, llegando a su tercera final seguida en Indian Wells y también su 10° en fila en Masters 1000 desde [[Anexo:Masters de París 2014 (individual masculino)|París 2014]], al día siguiente, en un partido totalmente controlado desde el inicio venció a [[Milos Raonic]] por 6-2, 6-0, ganando su 5° título en [[Masters de Indian Wells|Indian Wells]] y su tercero consecutivo, igualando a [[Roger Federer]] con 5.