El 5 de enero de 2014 Flores marco su primer gol en el Clausura 2014 en el triunfo por 2-1 ante Audax Italiano, el 25 del mismo mes Felipe anotó de penal el 4-0 momentáneo de Colo Colo, en la goleada por 5-2 del "Eterno Campeón" sobre Deportes Iquique en el Tierra de Campeones.