San Miguel de Cozumel cuenta con el Aeropuerto Internacional de Cozumel, ubicado al norte de la ciudad, con destinos nacionales (dispone de un puente aéreo con Cancún) e internacionales (vuelos directos desde Canadá y ciudades de Estados Unidos como Atlanta, Denver, Dallas, Charlotte y Houston), y un ferry que sirve para la comunicación con Playa del Carmen y el resto de la superficie continental.