En los años siguientes, Orozco construye las esculturas de la fachada, se realiza el coro, y en 1549, Juan de Badajoz terminó la sacristía, en cuyo interior se emplaza actualmente el sepulcro, con estatua orante, del Obispo Juan Quiñones de Guzmán, obra escultórica atribuida a Esteban Jordán.