Ya en Estados Unidos, Yoshi vuelve de una larga rutina de trabajo sólo para encontrar a su esposa muerta, asesinada por la katana del hermano de un hombre que mató años atrás; Oroku Saki (el hombre que a la larga seria conocido en Occidente como Shredder), hermano de Oroku Nagi, ahora era el líder del clan y enfundado en una armadura samurái; asesina a Yoshi y Splinter huye de Shredder refugiándose en el alcantarillado de Nueva York, subsistiendo de lo que pudiera encontrar para comer.