Actualmente existen 2 UNAN, debido a que un Decreto de la Junta de Gobierno de Reconstrucción Nacional (JGRN) en 1982 la dividió en 2, que tienen la misma bandera de franjas horizontales rojo, amarillo y azul junto con el mismo escudo: UNAN-León y UNAN-Managua, ubicadas respectivamente en León y en la capital Managua.