La zona del piedemonte llanero se encuentra deteriorada por la actividad de colonos que se internan desde la región de los llanos orientales en busca de madera, igual ocurre en la zona de bosque alto andino, el cual se encuentra mejor conservado en las zonas del parque en que se traslapa con el resguardo indígena u'wa, en algunas áreas altas del parque se siguen presentando el pastoreo así como la quema del suelo por parte de comunidades u’wa que siguen el mismo proceso que los colonos de tierras altas generando grandes deterioros y deslizamientos de tierra, como parte para la utilización de ciertas áreas del parque como zonas de pastoreo de ovejas y ganado vacuno ha deteriorado esta región.