También los fenómenos naturales han colaborado en la pérdida de las riquezas ancestrales de los cholultecas, como lo fue el sismo del 15 de junio de 1999, que afectó a la mayoría de templos coloniales, resultando severamente dañadas las iglesias de San Andrés Cholula y el templo dedicado a la Virgen de los Remedios, que se edificó sobre el gran teocalli.