La Comisión Corográfica se desarrolló en diferentes etapas, recorriendo primero las regiones circundantes a Bogotá y los Santanderes (1850), luego las provincias de Antioquia, Cauca, Córdoba, Mariquita y Medellín (1852), la región del río Atrato y toda la costa pacífica hasta el Ecuador (1853), el Darién y Panamá (1854), la hoya del río Bogotá (1855), las llanuras de San Martín, Casanare y Caquetá (1856).