Tras recuperar su equipo y adquirir numerosas mejoras, entre ellas un traje mutado con el propio Phazon, y desbaratar los proyectos de los piratas espaciales Samus se lanza a la búsqueda de los doce artefactos Chozo necesarios para abrir la entrada al cráter del impacto para así encontrarse con el origen de todos los problemas e intentar buscar una solución.