La Audiencia estuvo compuesta al principio de cuatro oidores letrados, luego fue trasladada hacia Gracias a Dios, actual ciudad de Gracias (Lempira), en Honduras, punto fronterizo de las provincias de Guatemala, Honduras y Nicaragua -las cuales originalmente compendrían el moderno territorio de Yucatán, Tabasco, Cozumel, Chiapas, Soconusco, Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica-.