Juan Mariano, durante la época virreinal fue Miembro de la Sala Capitular de Arequipa, Síndico Procurador del Cabildo y miembro de la diputación de Arequipa del Consulado limeño, pero tras la independencia del Perú, al ser conocida la adhesión a España de la familia Goyeneche, sufrió la persecución de los patriotas al igual que sus hermanos Pedro Mariano (Oidor de la Real Audiencia de Charcas) y José Sebastián (Obispo de Arequipa).