A pesar de que se siguieron produciendo, solo quedaban sesenta y cuatro CR.42 en servicio cuando Italia firmó el armisticio con los Aliados en septiembre de 1943; de ellos, algunos siguieron combatiendo con las tropas fascistas de la República Social Italiana y con la Luftwaffe, que siguió construyéndolos en una versión especializada de hostigamiento nocturno, que solía realizar las acciones al amparo de la oscuridad contra las concentraciones de tropas aliadas en territorio italiano, operando desde bases en el norte de Italia, Yugoslavia y Austria.