Yúshchenko también apoya la formación de una sola Iglesia ortodoxa en Ucrania, unificando así las tres ramas existentes de la iglesia ortodoxa en el país: la Iglesia ortodoxa ucraniana del Patriarcado de Moscú (la única reconocida de momento a nivel internacional por la comunidad ortodoxa), la Iglesia ortodoxa ucraniana del Patriarcado de Kiev y la Iglesia ortodoxa ucraniana autocéfala.