El juego empieza desde la perspectiva de Ace y los demás once estudiantes que comienzan la operación Apóstol con la esperanza de convertirse en Agito para salvar al mundo del dictador militar High Commander Cid Aulstyne (シド オールド スタイン, voz de Seiyū Shuichiro Moriyama) y su general de brigada Qator Bashtar (カトル バシュ タール, voz de Hideo Ishikawa).