Después de la independencia de México en 1821, la misión de Nuestra Señora de Loreto entró en decadencia, el Fondo Piadoso de las Californias instituido a favor de los jesuitas por el marqués de Villapuente de la Peña y su esposa la marquesa de las Torres de Rada, para apoyar la evangelización de las californias desapareció con su expulsión, los indígenas de la región desaparecieron por las enfermedades que llevaron los europeos a la península, los franciscanos al marchar hacia la Alta California cedieron el lugar a los dominicos que no traían la enjundia de los primeros misioneros, y sin embargo la misión sobrevivió al abandono, al contrario de muchas otras misiones fundadas en la península de Baja California por jesuitas, franciscanos y dominicos que quedaron abandonadas hasta desaparecer totalmente.