En 1897, cuando la Municipalidad de Buenos Aires se hizo cargo de los terrenos vendidos por Ángela Álzaga de Lezama (actual Parque Lezama), el museo se mudó a la mansión que se encontraba en los mismos, quedando el Jardín Botánico en manos de la Municipalidad y el Museo Histórico en manos de la Nación.