A partir de entonces Fernández sumó muchos más minutos, y tuvo destacadas actuaciones como ante el Dnipro y el Pandurii por la Europa League, y fue vital en el triunfo de su escuadra ante la imparable Juventus, ya que en dicho encuentro recibió un penal y asistió a Rossi para consolidar el 4-2 definitivo, el 19 de enero de 2014, Matías anotó su segundo gol por el Calcio ante el Catania, abriendo la cuenta tras empalmarla de primera con empeine al borde del área.