Precisamente el 7 de noviembre de 1843, siendo Supremo Director del Perú Manuel Ignacio de Vivanco, Elías fue nombrado Prefecto de Lima; pero cuando Vivanco tuvo que dirigirse al sur para enfrentarse al movimiento constitucionalista de Castilla y San Román, le dejó encargado a Elías el gobierno de las provincias del norte (30 de noviembre de 1843).