En la Pinacoteca se pueden encontrar hoy en día obras, provenientes de las colecciones de Federico Borromeo (en los cuatro corredores que circundan la sala de lectura de la Biblioteca Ambrosiana) y de numerosos legados sucesivos, entre los cuales hay cuadros de Leonardo da Vinci ("Retrato de un músico"), Botticelli, Bramantino, Ambrogio Bergognone, Bernardino Luini, Tiziano, Jacopo Bassano, Moretto, Savoldo, Giovanni Paolo Lomazzo, Caravaggio ("Cesto de frutas"), Jan Brueghel el Viejo, Cerano, Morazzone, Daniele Crespi, Anton Raphael Mengs, Andrea Appiani.