Como su tío fray García de Loaysa era arzobispo de Sevilla, General de los Dominicos y presidente del Consejo de Indias, fray Gerónimo estaba suficientemente apadrinado como para llegar cinco años después hasta el Perú y tomar posesión del obispado de Lima, y como aquella capital también carecía de infraestructura y organización religiosa, lo antes posible se dieron comienzo a las obras de la catedral, auspiciadas por el obispo y financiadas con el patrimonio que había dejado Francisco Pizarro a su hija, con limosnas que contribuían los ricos peruanos de aquel entonces y algunas prebendas más que la Corona proveía.