Debido a que "Wakinosaurus" recibe su nombre del descubrimiento de un solo diente, el género es considerado como altamente dudoso, es casi imposible asignarle material fósil adicional por lo que su clasificación es difícil de determinar, algunos paleontólogos sugieren que en realidad el diente de "Wakinosaurus" podría ser el diente de otro dinosaurio terópodo japonés llamado "Fukuiraptor", pero algunos análisis hechos en el diente encontrado muestran que "Wakinosaurus" es alguna clase de carnosaurio, posiblemente un alosáurido o un neoterópodo indeterminado.