En 1544, mientras que las tropas inglesas devastaban el reino de Escocia para presionar a los escoceses a fin de que permitiesen el matrimonio de María Estuardo y el hijo de Enrique VIII, la abadía de Melrose quedó una vez más seriamente afectada, y ya nunca llegaría a ser reconstruida tras estos nuevos destrozos, con lo que este período supuso el inicio de la decadencia de la abadía.