Una investigación posterior por el Comité Church del Senado (véase más abajo) afirmaba que "COINTELPRO comenzó en 1956, en parte por la frustración de los fallos del Corte Suprema limitando el poder del gobierno a proceder de manera patente contra grupos disidentes..." Más tarde el Congreso y varios casos en la corte concluyeron que las operaciones de COINTELPRO contra los grupos comunistas y socialistas excedían los límites estatutarios de las actividades del FBI y violaba las garantías constitucionales de libertad de expresión y asociación.