Tras la conquista de Córdoba por los cristianos, éstos utilizaron la mezquita para celebrar su culto, pero en el siglo XVI, cuando el islam fue definitivamente expulsado de la península Ibérica, los vencedores quisieron adecuarla a sus creencias: construyeron una catedral renacentista en sus naves centrales, a cargo de Hernán Ruiz, llamado "el viejo", y luego, de su hijo, en pleno corazón de la mezquita, alterando la perspectiva original.