El 18 de mayo de 1555 se obtuvo autorización por cédula real para edificar la iglesia catedral, cuyo costo sería cubierto por la Real Hacienda, los encomenderos y comunidad indígena (disposición que no se cumplió del todo); así que para el 31 de julio de 1561, fray Pedro de Ayala, a la sazón el segundo obispo de Nueva Galicia, colocó y bendijo la primera piedra de este bello templo.