La posterior política económica de los Borbones, que permitió el comercio directo entre los puertos españoles y diversos puertos sudamericanos (Maracaibo, Guayaquil, Arica, Valparaíso, etc.), redujo el tráfico comercial a través del puerto del Callao y afectó a las rentas del Virreinato, que tras la separación del Río de la Plata quedó confinado a las rutas comerciales secundarias del océano Pacífico, mientras que el tráfico comercial más lucrativo (el del océano Atlántico) quedaba bajo dominio de los puertos de Buenos Aires o Cartagena de Indias, fuera de la influencia del virreinato peruano.