En el año 2006, con el cambio de administración en el gobierno peruano, la titular del Ministerio de Transportes y Comunicaciones (MTC), Verónica Zavala Lombardi, tomó la decisión de asignar el INICTEL a la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI) mediante la figura de "fusión por absorción", transfiriendo sus funciones básicas a la Universidad Nacional de Ingeniería (UNI, manteniendo el INICTEL sus capacidades operativas, de gestión y presupuestales como una unidad ejecutora de la UNI) y las restantes al MTC.