Las nacientes del río Quemquemtreu están formadas por la confluencia del arroyo Ternero (su principal afluente) y el arroyo Los Repollos, cuyos orígenes a su vez se encuentran en las alturas del Cordón Serrucho, y también con los aportes del arroyo Del Medio, que drena el paraje denominado Mallín Ahogado.