Por el contrario, cuando los recursos son altos, para el diagnóstico del SII se realiza un descarte minucioso de posibles causas orgánicas de los síntomas a través de la realización de una batería completa de pruebas, que incluyen, además de las anteriores, marcadores de inflamación en sangre y heces, pruebas de malabsorción de ácidos biliares, pruebas de función tiroidea, anticuerpos específicos de enfermedad celíaca y biopsias duodenales, colonoscopia con biopsias, y pruebas de intolerancia a la lactosa y de sobrecrecimiento bacteriano intestinal.