La división entre los rebeldes, la superioridad bélica soviética, y las políticas conciliadoras de los bolcheviques, disminuyeron notablemente el atractivo del movimiento basmachí y ello permitió al Ejército Rojo derrotar a los basmachí recalcitrantes liderados por el antiguo Emir de Bujará, que debió huir a Afganistán.