El Municipio de Calakmul es el de más reciente creación en el estado de Campeche, ya que fue creado por decreto del 31 de diciembre de 1996, con anterioridad a esto su territorio pertenecía íntegramente a Hopelchén, sin embargo el crecimiento poblacional y desarrollo de la región, además de su lejanía con Hopelchén, localizada un tanto al norte del estado, llevaron a la creación del municipio.