Mantiene los controles de la saga "Naruto: Ultimate Ninja": el cuadrado es para lanzar los kunais, el círculo para golpear (la combinación del círculo y dirección, marca el combo a realizar), la X permite avanzar dando saltos, el triangulo permite recargar el chakra y realizar jutsu, y el L2 o R2 sirve para bloquear o realizar la técnica del reemplazo (si se aprieta el botón justo antes de ser golpeado).