Existen dos versiones del fin de Stumpfegger: la primera versión que había prevalecido es que en la madrugada del 2 de mayo de 1945, entre la 1:30 y las 2:30 a.m., se suicidó junto con Martin Bormann cerca del puente Weidendammer, en Berlín, ante la imposibilidad de poder escapar del cerco ruso.