El 20 de agosto de 1940, después de la derrota del ejército francés y la ocupación alemana de Francia, se estableció en Taizé, donde vivió hasta su muerte, con una interrupción de dos años durante la Segunda Guerra Mundial: se refugió en Suiza ya que tenía que temer la persecución de la Gestapo por haber escondido en su domicilio a judíos y opositores a la ocupación alemana de Francia.