Aunque esto representaba una ventaja con respecto al Neger, lo cierto era que esta versión era más complicada que la anterior por dos razones: primero, la operación del Marder requería toda la atención del operador, ya que las maniobras de inmersión y de soltar el torpedo eran muy complicadas, y segundo, para atacar a su objetivo, la pequeña nave tenía que salir a la superficie, dado que no poseía periscopio, ni ningún instrumento de ataque sumergido.