En 1526, a raíz de la muerte sin herederos de Luis II, rey de Hungría y Bohemia en la batalla de Mohács (contra Suleiman el Magnífico y los otomanos), Fernando heredó sus territorios, con lo que la parte de Bohemia y de Hungría no ocupada por los otomanos quedó bajo su dominio, aunque pasó a tener un vecino peligroso.