A su regreso a España en septiembre de 1794 entrega el diario del viaje, es recibido por el rey junto con Alejandro Malaspina y con esos méritos fue ascendido a brigadier; pero Malaspina critica la mala situación y administración de las colonias y Godoy lo encarcela y requisa todo el archivo de la expedición, que permanece confinado y olvidado hasta que en 1885 otro militar, el teniente de navío Pedro Novo y Colson, lo recupera y publica, gracias a lo cual se conocieron muchos detalles de la expedición.