En los últimos años del siglo 20 y en los primeros del siglo 21, el equipo entró en grave crisis económica, el pasivo se agigantó, se atrasaba el pago a los jugadores aunque paradójicamente se realizaron inversiones como la compra de la Casa Club y el fallido desarrollo de la Ciudad Deportiva, sin contenido económico, proyectos que agravaron la situación del equipo.