El municipio cuenta con 558 localidades, las cuales dependen directamente de la cabecera del municipio, las más importantes son: Santa María del Río (cabecera municipal)(13099 hab), El Fuerte (1744 hab), Enramadas (1388 hab), Ojocaliente (1283 hab) Santo Domingo (1197 hab), La Yerbabuena (1110 hab) Presa de Dolores (1057 hab), y fracción Sánchez (1008 hab), Bernalejo (539 hab)