En 1945 se vuelven a exhumar los restos, se analizan y después se depositan en 1953 a los pies de la portada de la iglesia, en el exterior pero dentro del recinto de ésta, bajo una lápida de mármol blanco que reza así: «César Borgia generalísimo de los ejércitos de Navarra y pontificios muerto en campos de Viana el XI de marzo de MDVII».