En 2006, un nuevo acuerdo firmado en Córdoba entre el Reino Unido, el gobierno de Gibraltar y España terminó con las, hasta entonces, restricciones en cuanto al uso civil del aeropuerto, permitiendo también vuelos con España, siendo el 16 de diciembre de 2006 cuando un avión de Iberia, procedente de Madrid-Barajas, aterrizó en el peñón, poniendo fin así a años de conflictos.