Harinordoquy empezó a jugar a rugby amateur en el equipo de Union sportiva Nafarroa de Saint Jean Pied de Port, pueblo donde residía, donde coincidió con su futuro compañero Biarrot Damien Traille, se vio obligado a trasladarse a Pau para estudiar ingeniería superior agrícola y allí comenzó a jugar con el Pau, En la temporada 1999-2000 llegaron hasta semifinales del campeonato francés, en la 2000-2001 consigiuen clasificarse para la Copa de Campeones en lo que sería la tercera y última del Pau.