Asimismo, la muerte de su nieta María Antonia de Austria, esposa del elector Maximiliano II Manuel de Baviera, en 1692 fue un terrible golpe para ella; sin embargo, el único hijo sobreviviente de la pareja, el príncipe José Fernando de Baviera, se convirtió en uno de los pocos consuelos que Mariana tuvo durante sus últimos años de vida.