El 4 de diciembre de 2018 se anunció la destitución de Eduardo Berizzo como entrenador del Athletic Club tras una derrota ante el Levante (3-0).Gaizka se hizo cargo del primer equipo, que se encontraba con once puntos en catorce jornadas (18º clasificado), a partir del 5 de diciembre.Un día más tarde debutó con victoria a domicilio, ante la SD Huesca por 0 a 4, en la vuelta de los dieciseisavos de final de la Copa del Rey.Su estreno en San Mamés también fue con triunfo, aunque en esta ocasión por 1 a 0, ante el Girona en Liga con un gol de penalti de Aduriz en el descuento.En los siguientes encuentros logró dos empates (Alavés y Valladolid) y dos victorias (Celta y Sevilla) para acabar la primera vuelta de la competición con 22 puntos, permitiéndole colocarse como el mejor debutante en el banquillo rojiblanco desde Howard Kendall y sólo por detrás de Iñaki Sáez.El 27 de enero, tras derrotar por 1 a 0 al Real Betis, se convirtió en el tercer entrenador debutante del club sin derrotas en sus primeros siete partidos ligueros tras Fred Pentland y Ferdinand Daučík.