En Múgica se registran dos tipos diferentes de climas, la mitad norte y una pequeña extensión al sur, junto al río Tepalcatepec, tiene un clima "Semiseco muy cálido y cálido", mientras que la mitad sur registra clima "Seco muy cálido y cálido", de la misma manera, la mitad norte del territorio tiene una temperatura media anual que va de los 24 a los 28 °C, mientras que el promedio de la mitad sur del municipio es de 28 a 30 °C; la precipitación promedio anual se encuentra dividida en tres bandas sucesivas que del norte avanzan hacia el sur a lo ancho de todo el territorio, la franja más al norte tiene un promedio de 700 a 800 mm, la zona central de 600 a 700 mm y finalmente la franja del sur de 500 a 600 mm.