Durante la colonia la isla quedó prácticamente deshabitada, pues se conjugaron varios factores que limitaron la permanencia y crecimiento del grupo indígena: el azote causado por las enfermedades traídas por los españoles, la explotación a que fueron sometidos, el derrumbe de su sistema económico, su organización social e incluso el colapso de su religión y costumbres.