En la atmósfera de crisis y rebelión que se apoderó de Castilla a la muerte de Isabel la Católica en 1504, los Mendoza se vieron forzados a elegir entre su política tradicional, de apoyo a la dinastía Trastámara, cuyo último representante era Fernando el Católico, que había cimentado el éxito de la familia en el pasado y establecido la nueva política, de apoyo a la nueva dinastía de Borgoña, que se lo aseguraría en el futuro.