En este tiempo, fue la heredera forzosa al trono de Portugal, a pesar de negarse a ser jurada princesa por las cortes dada su falta de descendencia, pasando dicho honor a su sobrino Jaime I de Braganza, quien fue desplazado en la sucesión por el hijo de Manuel I, Miguel de la Paz; tras la muerte de este, y hasta el nacimiento del infante Juan, volvió a ser la heredera de su hermano, otra vez sin ser reconocida oficialmente.