Hijo de Bonifacio Urabayen, un modesto guardabosques que había ayudado a las tropas liberales durante la segunda guerra carlista (1872), y de María Guindo, las convicciones liberales del padre obligaron a la familia a trasladarse de la aldea navarra de Ulzurrun a la más populosa ciudad de Pamplona, donde Félix estudió magisterio, aunque un cambio gubernamental de planes de educación le obligó a terminar la carrera en Zaragoza.