Una parte de sus instalaciones ocupa solares correspondientes a importantes casonas de época medieval, renacentista y barroca; el conjunto monumental y expositivo se halla, por otra parte, enclavado en terrenos de la antigua judería zaragozana: por estas razones, el Museo aprovecha para integrar también, en una visión conjunta, interesantes restos y muestras de la historia de Zaragoza a través de las épocas antes mencionadas.