Finalmente, el 6 de marzo de 1801, es detenido cuando visita a su editor para entregarle nuevos manuscritos, y es encerrado sin juicio en Sainte-Pélagie como «autor de la infame novela de "Justine"», siendo posteriormente trasladado a Bicétre, institución mitad manicomio mitad cárcel, conocida en aquel tiempo como «la Bastilla de los canallas», donde alienados mentales, mendigos, enfermos de sífilis, prostitutas y peligrosos criminales convivían hacinados en condiciones infrahumanas.