El visitante recorre diferentes secciones: la Historia del museo, en el vestíbulo superior, junto a la biblioteca especializada en escultura barroca española; la Historia de la cofradía de Jesús, en las tribunas de la iglesia de Jesús, donde se muestra la historia y patrimonio de la cofradía fundada en 1600; Sala de audiovisuales; Biografía de Salzillo, la obra desaparecida y Salzillo pintor; Recreación de una taller barroco y Sala de Bocetos; Sala del Belén; y por último la Iglesia de Jesús donde se exponen los pasos.