El ejército de Buenos, Aires penetró por fin en Córdoba, y la influencia moral del deán Funes y sus principios empezaron a prevalecer en la ciudad, pudiendo desde entonces extenderse, sin dificultad y sin trabas, sus doctrinas a todas las clases de la sociedad, y diseminarse por las otras provincias, Por esta época su sobrino don Juan Luis Funes, miembro de la rama de su familia establecida en San Juan, siendo oficial de milicias, depuso, meditando un discurso hecho al frente de la tropa cívica, a todos los españoles que aún estaban en el servicio público, con lo cual quedaba consumada en San Juan la revolución iniciada en Buenos Aires y triunfante ya en Córdoba.