Goyeneche huyó a Lima, donde recuperó la prudencia perdida y se puso a órdenes del absolutista virrey José Fernando de Abascal y Sousa, quien ya había rechazado tajantemente las pretensiones que Carlota Joaquina le había enviado por escrito en 1808, siendo que en esa misma fecha Abascal había reconocido como rey de España a Fernando VII.