Su política fue decididamente centralista y pretendió imponer su voluntad por la fuerza a los gobiernos provinciales opositores despreciando a los caudillos como Quiroga; esto y las actividades punitivas contra los federales del general tucumano unitario Aráoz de Lamadrid hizo que, durante plena guerra Guerra del Brasil, cuando Argentina requería el máximo de cohesión, Quiroga se encontrara forzado a liderar la rebelión de las provincias del interior ante el centralismo porteño.