El Congreso lo conminó a regresar a su puesto, pero lejos de obedecer, el doctor Cos publicó en Zacapu un manifiesto expresando su inconformidad al respecto de las políticas adoptadas por dicho organismo, entre ellas la de que sus miembros no habían sido elegidos de forma popular y que estos buscaban ayuda militar en el extranjero comprometiendo la religión y la honra nacional.