En el contexto de las conversaciones de paz habidas entre el gobierno socialista presidido por Rodríguez Zapatero y el entorno de ETA, en las que finalmente participó el PNV, a finales de 2006, tras once reuniones se redactó un borrador de unos acuerdos denominado "Bases para el diálogo y acuerdo político" y más conocido como "acuerdos de Loyola", que posteriormente sería sometido a la consideración del resto de partidos e instituciones, en el que se expresaba resumidamente: que, entre otros puntos, planteaban la creación de un órgano interinstitucional entre la CAPV y Navarra, previa la adhesión voluntaria al mismo de los ciudadanos de estos territorios.