A tres días de su retorno, el 6 de marzo de 2000, el juez Juan Guzmán Tapia pidió el desafuero parlamentario de Augusto Pinochet, el cual fue aprobado por la Corte de Apelaciones de Santiago el 5 de junio y ratificado el 8 de agosto por la Corte Suprema, debido a las fundadas sospechas de su responsabilidad en la Caravana de la Muerte dirigida por Sergio Arellano Stark.