Por su parte, los altos mandos de NERV concuerdan que la naturaleza y los fines de los ángeles nunca fueron claros y nadie pareció entenderlos, por lo que deciden dilucidar el misterio y permitir que se presenten abiertamente: un malvado general marciano dirige una legión de «BlackGod-ianos» con el fin de destruir a los humanos.