El crimen de Arbués suscitó el horror y la indignación en todo el reino y acrecentó el odio hacia los conversos —y hacia los judíos—, desatándose una feroz e inmisericorde represión, sobre todo cuando se detuvo a los asesinos y se comprobó que habían sido pagados por conversos —los autores del crimen, sus cómplices e instigadores fueron juzgados y ejecutados entre el 30 de junio y el 15 de diciembre de 1486 tras la celebración de sucesivos autos de fe—.