Aun cuando el grueso de los militares aconsejaba evacuar la plaza y entregarla al ejército invasor con el propósito de evitar muertes y destrucción, él se opuso y los días 28 y 31 de marzo de 1864 comandó la batalla que se libró entre las fuerzas de la República y el buque de guerra francés "Cordeliere"; en el cual la nave invasora fue humillada y derrotada.