Desde 2009, Gerardo Morales mantiene vigente una causa contra la líder de la Organización Barrial Túpac Amaru, Milagro Sala, basada en la acusación por agresión, por hechos de violencia ocurridos durante una conferencia en el Consejo de Ciencias Económicas de Jujuy, mientras se analizaba el uso de los fondos que manejaban las organizaciones sociales.