Del siglo XVI al siglo XVIII la ciudad entró en una época de inestabilidad, no sólo por las consecuencias que trajo consigo el levantamiento de los moriscos y su posterior expulsión, sino también por las epidemias e inundaciones provocadas por el río Guadalmedina, que se vieron acompañadas de varias malas cosechas sucesivas durante el siglo XVII, así como de epidemias, terremotos, explosiones de molinos de pólvora y las levas de soldados.