Cuando Samper decide su lanzamiento a la Presidencia de Colombia en el año 1990, Serpa le abre camino en la región de Santander y se convierte en uno de sus lugartenientes; ese mismo año es reelegido Senador, pero tras la convocatoria a la Asamblea Nacional Constituyente, renuncia para encabezar la lista del samperismo, obteniendo la votación más alta de su partido.