A pesar de reconocer que la influencia de la Inquisición está por evaluar, Juderías afirma que la Inquisición no practicó los abusos de la que se le acusa y que fue "un instrumento en mano de los Reyes para mantener en la Península una cohesión espiritual que faltó por completo en los demás países, [que] impidió que España fuese teatro de guerras de religión que hubieran causado un número de víctimas infinitamente superior al que atribuya a la represión inquisitorial más exagerada de sus detractores".