Tras desembarcar en Brindisi, Federico logra derrotar a las fuerzas pontificias y lombardas expulsándolas de los territorios imperiales y firmando, en 1230, la Paz de San Germano por la que a cambio de que el Papa revocara su excomunión, el emperador aseguraba a la Iglesia sus posesiones territoriales; poco después, en febrero de 1231, Gregorio IX da estatuto jurídico a la Inquisición, en un principio creada transitoriamente apenas unos años antes para combatir el Catarismo o herejía albigense.