Posteriormente fue consejero antes la junta de guerra de El Salvador en febrero de 1828 y cumplió junto con Joaquín de San Martín funciones de comisionados ante el general Manuel de Arzú siendo comandante de las tropas federales durante la guerra civil centroamericana, luego se integró a las fuerzas militares del general Francisco Morazán teniendo destacadas actuaciones en las batallas de Mixco y Las Charcas, debido a lo cual fue ascendido al grado de coronel.