Del Renacimiento del siglo y del Barroco del siglo , coincidiendo con el esplendor nobiliario de Guadalajara, son la mayor parte de las iglesias antiguas de la ciudad, como la iglesia de San Ginés (siglo ), la iglesia de San Miguel (siglo ), de la que tan solo queda en pie la capilla de Luis de Lucena, o la iglesia de los Remedios (siglo ), parte de un antiguo convento y actual aulario de la Universidad de Alcalá de Henares.