Cuando tenía tres años su padre fue asesinado en una escaramuza entre güelfos y gibelinos; su madre contrajo nuevas nupcias con Baldassarre Zambeccari, patricio de Bolonia, mientras Pompeo y sus hermanos varones fueron educados en Monte Compatri bajo la protección de su tío Prospero, reputado condottiero, que junto con su otro tío Giovanni, cardenal de Santa Maria in Aquiro desde 1480, encabezaban ahora la familia.