Ejerció su cargo hasta el año 1564, en que fue nombrado gobernador y comandante general de Milán, donde residió hasta el año 1571, que falleció en el Palacio Real sin dejar sucesión masculina que heredase su Casa, y con él se extinguió la primera línea primogénita más cercana a Beltrán de la Cueva, primer duque, pasando los Estados al sexto hijo de Francisco Fernández de la Cueva, segundo duque.