Su padre, Juan de Goyeneche y Aguerrevere, oriundo del valle navarro del Baztán, era Capitán de Caballería y Sargento Mayor de Milicias Disciplinadas, y su madre, María Josefa de Barreda y Benavides, era hija de Nicolás de Barreda y Ovando, que ostentaba el rango de Mariscal de Campo.