Durante el mandato de Francisco de Magaña -y debido a que fue disuelta la Real audiencia de Los Confines 1563 y todo lo que hoy es Guatemala, Belice y El Salvador quedaron integrados en la gobernación de Guatemala (dependiente de la real audiencia de Nueva España, y dirigida por Francisco Briceño)- el ayuntamiento de Santiago de Guatemala a través de sus procuradores Francisco del Valle Marroquín y Diego de la Cerda envió un memorial al rey y su consejo en donde dio aviso de que el alcalde mayor realizaba funciones que no debía (específicamente visitar y ejercer justicia en los pueblos de los encomenderos vecinos de Santiago, dicha tarea les había sido encomendada a los alcaldes mayores por la real audiencia de los confines, y al ser disuelta está se reclamaba que el alcalde mayor no siguiera ejerciendo tal función), por lo que suplicaban que el alcalde mayor fuese nombrado por el gobernador y no por el rey; pero el rey haría caso omiso de dicha petición y seguiría nombrando a la persona que en calidad de propietario ejercería como alcalde mayor.