En 1766 muere Isabel, siendo enterrada junto a los restos de su difunto marido Felipe V en el Palacio Real de la Granja de San Ildefonso, concretamente en un mausoleo emplazado en la Real Colegiata de la Santísima Trinidad, en la llamada Sala de las Reliquias, templo inserto en el propio palacio, ubicado en la localidad de La Granja de San Ildefonso (provincia de Segovia), a escasos kilómetros de Segovia.