En la cripta de la basílica descansan los restos de quienes contribuyeron a la reconstrucción del castillo y erección de la basílica: la duquesa de Villahermosa, su marido José Manuel de Goyeneche (conde de Guaqui) y los hermanos María Josefa (duquesa de Goyeneche), Carmen (duquesa de Gamio) y José Sebastián de Goyeneche y Gamio (fundador de la Fundación Goyeneche).