Probablemente, uno de los eventos de mayor trascendencia durante su presidencia fue el asesinato del obispo guatemalteco, defensor de Derechos Humanos, Juan José Gerardi Conedera, ocurrido el 26 de abril de 1998, dos días después de que había publicado sus conclusiones sobre la documentación de crímenes durante la dictadura militar en el informe "Guatemala, Nunca más", donde se atribuyó al Ejército y a las organizaciones paraestatales a él sujetas, el 93% del total de las violaciones de los Derechos Humanos, correspondiendo un 3% de las mismas a las diversas organizaciones guerrillas, en 36 años durante el período comprendido entre 1960 y 1996.