Los seguidores comenzaron a pedir un cambio en la gestión del club, el presidente Petros Theodoridis comenzó a vender la mayor parte los jugadores estrella (Christos Kostis, Giorgos Anatolakis, Savvas Kofidis etc.) El Iraklis jugó en 1990 contra el Valencia FC en la Copa UEFA, siendo eliminado en Mestalla.