Ixtaczoquitlán cuenta con una gran variedad de fauna, entre la cual se pueden apreciar serpientes de colarillos, escorpiones, chinches, lagartijas (perrillas), tarántulas (viudas negras) así como animales mamíferos: temazate, armadillo, ardillas, oncilla, gato montes, lechuzas, tejón, tuza, tlacuache, y un gran número de aves entre las cuales pueden mencionarse la primavera, colibrí, golondrinas, garzas, palomas, calandrias, pepes (nombre dado por los habitantes de la región), tecolote, tordos etcétera.