Las rocas que vemos actualmente en las paredes del Cañón del Sumidero, se comenzaron a formar hace unos 136 millones de años a base de sedimentos y minerales de calcio (calizas), el cual es formado por la acción de algunos animales marinos como los corales, esto supone que, en la antigüedad, ésta región de Chiapas estaba sumergida por un mar poco profundo.