Aunque la columna de Cañas quedó destrozada, su acción produjo que ambos bandos tomaran posiciones de poder en la ciudad: mientras los costarricenses lograron mantener sus posiciones en el lado occidental, quedándoles libres los caminos hacia La Virgen y San Juan del Sur, los filibusteros se apoderaron de la plaza, la catedral y el cabildo, tomando también posiciones dentro de algunas casas, como en el caso del coronel Sanders, cuyas tropas se refugiaron en el Mesón de Guerra.