Asimismo en 1628 se construía el nuevo templo según traza del arquitecto mercedario fray Pedro Galeano, gracias a los donativos del capitán Bernardo de Villegas y de su esposa Marcela de Montoya, cuya capilla funeraria fue decorada por Pérez de Alesio, en compañía de su discípulo Pedro Pablo Morón; fue quizá su última obra.