Tras facilitar la batalla entre Sasuke y Danzo, en la que este último acaba derrotado, poco después del atender una cirugía ocular para trasplantar los ojos de Itachi Uchiha a Sasuke debido a que este último se quedó ciego por el uso excesivo de su Mangekyo Sharingan, es visitado por Kabuto Yakushi, quien llega a ofrecerle sus servicios a cambio de Sasuke, sin embargo este se niega a hasta que Kabuto le muestra que a perfecionado el justu del Edo tensei y le saca 4 ataúdes que contienen a los miembros fallecidos de Akatsuki, pero Obito no parece nada sorprendido de ello, hasta que Kabuto le saca un ataúd en particular el cual deja sorprendido a Obito por lo que ve, resulta que Kabuto lo había chantajeado con el cuerpo verdadero Madara Uchiha en forma de Edo Tensei, pero admite que guardara el secreto de su verdadera identidad si acepta, por lo que Obito de mala gana acepta, tras la captura de Yamato por parte de Kabuto, Obito por su parte acaba con su antigua aliada, Konan, recupera el Rinnegan de Nagato, para trasplantarse uno de sus ojos en su ojo izquierdo.