Durante su vuelta a España, don Francisco intentará rentabilizar los cuarenta años de servicio de su padre y los diez suyos, así como el aprendizaje de las diversas técnicas agrícolas y mineras, solicitando diversas mercedes al rey Felipe II en Flandes, que le fueron concedidas a partir del año 1554, en forma de un extraordinario y riquísimo repartimiento-encomienda en Perú (Pocona y otros pueblos) con un valor de 20.000 pesos anuales, que se completó a partir de 1556 con su nombramiento como Visitador primero y Administrador después de las Minas de los Reinos y de Guadalcanal (Sevilla), cargo que le reportaba 2.000 ducados anuales.