Tras la conquista otomana, los sultanes se establecieron primero en un palacio construido en el barrio Beyazıt, donde hoy alza la Universidad de Estambul, y posteriormente denominado "Eski Saray" ("Palacio Viejo" en turco) y luego la residencia y las oficinas reales del sultán se trasladaron al Palacio de Topkapı al lado de la antigua acrópolis de Bizancio, en el lado opuesto al Gran Palacio, que estaba completamente en ruinas, y el área de Blanquerna (con la única excepción del Palacio de los Porfirogenetas) cayó en desuso.