El biólogo Johann Peter Gogarten sugiere "la metáfora original de un árbol ya no encaja más la información de la investigación genómica reciente." por lo tanto, "los biólogos deben usar la metáfora de un mosaico para describir las diferentes historias combinadas en genomas individuales y usar la metáfora de una red para visualizar el rico intercambio y los efectos cooperativos de TGH entre microbios." Existen varios métodos para inferir dichas redes filogenéticas.