En el AEK, Nikolaidis coincidió con muchos de los mejores futbolistas griegos de su generación, varios de los cuales coincidirían con él también en la selección que logró el triunfo en la Eurocopa de 2004: Vassilis Tsiartas, Theodoros Zagorakis, Michalis Kapsis, Grigoris Georgatos, Traianos Dellas, Ilias Atmatsidis, Vassilis Lakis o Kostas Katsouranis, entre otros.