Como los ataques de los piratas no disminuían, es más, se intensificaban, destacando el terrible ataque de piratas holandeses en 1597, quienes saquearon e incendiaron por completo la villa, poco a poco los habitantes de Santa María de la Victoria comenzaron a abandonar la ciudad, y en 1641 el Virrey Diego López Pacheco autoriza el cambio de los poderes de la Provincia de Tabasco, de Santa María de la Victoria a San Juan Bautista, llevándose a efecto dicho acto el 24 de junio de 1642.