En la década de principios del siglo XXI, la presión por el cambio y la reestructuración de los procesos académicos y administrativos se hicieron más evidentes y posibilitaron la conformación de nuevas facultades, la diversificación de programas, la regionalización mediante el establecimiento de sedes en diferentes municipios de Nariño y Putumayo, la ampliación de la cobertura educativa, la vinculación de la Universidad mediante convenios con instituciones nacionales e internacionales, y la inserción en las redes mundiales del conocimiento.