Su fundación se remonta a la repoblación efectuada por los reyes de León en la Edad Media, quedando encuadrado en el Campo de Yeltes de la Diócesis de Ciudad Rodrigo tras la creación de la misma por parte del rey Fernando II de León en el siglo XII, tomando entonces el nombre de "Martindelryo", nombre que, evolucionado a Martín del Río, tuvo la localidad hasta 1910, año en que cambió el mismo por el actual Martín de Yeltes, en honor, precisamente, al río que cruza el término en su sector occidental, hecho corroborado mediante Real Decreto en 1916.