Acompañando a su amigo, el obispo Granero de Ávalos, Martín del Barco asistió como secretario a este concilio y, durante su celebración tuvo diferencias de criterio y hasta enfrentamientos con fray Toribio de Mogrovejo, en el sentido de que tomó partido por los que defendían suavizar ciertos aspectos de la disciplina eclesiástica.