La falta de presupuesto, el poco armamento militar con el que se contaba y la inseguridad de ser reconquistados por España, pone en peligro el seguir con la aventura independentista del istmo, por lo que se proponen la unión con algunas de las nuevas naciones americanas, entre ellas los vecinos de la unión centroamericana y la nación del Perú que había sido el principal socio comercial del Istmo en la época colonial.