Manuel Bonilla nunca contrajo matrimonio, de su relación con la señora Josefa Matute nació en 1870 una hija legítima Concepción Bonilla Matute, sus demás hijos fueron naturales, Josefa Bonilla, Adela Bonilla, Antonio Bonilla, Carlota Bonilla, Carlos Bonilla, Joaquín Bonilla, Marta Bonilla, Manuel Bonilla y Zoila Bonilla.