El Congreso había decretado el 1 de agosto de 1816 el fusilamiento de los cabecillas de cualquier rebelión armada, por lo que Belgrano lo hizo cumplir rigurosamente el día 28 y Juan Francisco Borges fue fusilado sin juicio ni defensa el 1 de enero de 1817 en el cementerio del convento de Santo Domingo, a donde había sido llevado para recibir la confesión del padre Igarzabal.