Su tesis doctoral se titulaba "Boundary Functions" (funciones de frontera), y con ésta resolvía en menos de un año un problema matemático que uno de sus profesores en Michigan no fue capaz de resolver, George Piranian, quien más tarde realizó unos comentarios sobre Kaczynski en los que decía que, "No es suficiente decir que era listo." Maxwell Reade, un profesor de matemáticas retirado miembro del comité de disertación de Kaczynski, también dijo de su tesis que, "Es posible que únicamente unas 10 o 12 personas en todo el país la entendieran o la aprecien." En 1967, Kaczynski ganó el premio de $100 Sumner B.