El objetivo de la CSFMEU es trabajar sobre una base binacional para mejorar la salud, realizando acciones nacionales y binacionales, la Comisión posee la ventaja distintiva de ser el punto de encuentro para que responsables estatales de salud y personalidades de la comunidad, así como sus contrapartes federales, quienes comparten la información y crean los acuerdos progresivos, los temas específicos relacionados con la salud, tomando en cuenta su infraestructura para avanzar y combatir las enfermedades en la frontera norte.