Una vez iniciada la invasión a El Salvador por parte del general Rafael Carrera, Francisco Dueñas se declara Presidente Provisional de El Salvador en junio de 1863 en la ciudad de Santa Ana; y una vez terminado el sitio de San Salvador, y ocupada esta ciudad por el ejército expedicionario de Guatemala y Nicaragua en octubre de 1863, asume completamente la presidencia del país, como líder de la revolución triunfante.