Desde su inicio, el CIPO-RFM ha reportado sufrir varios niveles del hostigamiento y la persecución de funcionarios dentro del gobierno de Oaxaca y por los paramilitares que sospechan asociados al gobierno del estado de Oaxaca, los miembros del CIPO-RFM tienen por su propia cuenta de difamación pública, allanamientos de hogares y amenazas de la muerte.