En la Copa Mundial de Fútbol de 2002 Pékerman se desempeñó como Coordinador General de las Selecciones Argentinas y tras la renuncia de Marcelo Bielsa a la selección mayor en 2004 se le ofreció el puesto y lo aceptó después de haberlo rechazado en el año de 1998 tras la salida de Daniel Passarella.