La vía intrínseca o mitocondrial de la apoptosis es el resultado de la desaparición de estímulos de supervivencia, esto provoca un aumento en la permeabilidad de las mitocondrias que libera al citoplasmas algunas proteínas como el citocromo c que actúa como cofactor de las proteínas activadoras de la apoptosis (Apaf-1).