"Deadly Silence" incluye un «Modo clásico» ("Classic mode"), el juego original con un mínimo de mejoras, una pantalla táctil de apoyo y unos cuantos cambios en detalles visuales, así como un «Modo renacimiento» ("Rebirth mode") que contiene una mayor cantidad de enemigos, con una mayor inteligencia artificial y una serie de nuevos rompecabezas que hacen uso del hardware de características únicas de la Nintendo DS.