Los Tribunales de Fuero Especial, dirigidos por funcionarios desconocidos, civiles o militares, nombrados por el Presidente, y que juzgaron y condenaron, de forma drástica y rápida, de modo paralelo al Organismo Judicial a más de quinientas personas culpadas de pretender violentar las instituciones jurídicas, políticas, económicas y sociales del país eran un órgano judicial sujeto al Poder Ejecutivo y específicamente al ministerio de la Defensa, entonces a cargo del general Óscar Humberto Mejía Víctores.