El territorio municipal de Tlaxcala se encuentra mayoritariamente urbanizado y dedicado a la agrilcultura de temporal, por lo que las zonas de vegetación propia son cada vez menores, sin embargo en las zonas del norte del municipio existen áreas boscosas donde las principales especies vegetales son pino blanco, ocote, encino, táscate y cedro blanco, en las zonas bajas abundan el agave, matorral, nopal y jacaranda.