Poco antes de que se efectuara el acto legal de fundación de la Villa, la delimitación de espacios, la asignación de solares, la creación del cabildo y la elección de autoridades, hubo un controvertido episodio debido a que otro miembro del grupo pizarrista, Sebastián de Benalcazar, ordenó al mismo tiempo a Pedro de Puelles crear la ciudad en zona de Cancebí, sin claro apoyo legal para hacerlo.