San Juan fue reconquistado al mismo tiempo que Alicante por Alfonso X de Castilla hacia el 1246; la mezquita árabe fue consagrada a San Juan Bautista, dándose este nombre no solo a la iglesia sino también al poblado de alrededor sustituyendo el nombre árabe de Beniali y quedando en el recuerdo como nombre de la Torre de los Fernández de Mesa, conquistadores de San Juan.