En junio de 2012, la Comisión Investigadora sobre el Funcionamiento de la Educación Superior de la Cámara de Diputados de Chile anunció que la Universidad Santo Tomás, junto con otras seis instituciones de educación superior, presentaban irregularidades en su administración, tales como el incumplimiento del requisito de ser una organización sin fines de lucro, el pago de elevados sueldos a los miembros del directorio o ejecutivos, la externalización de servicios relevantes, el uso de «sociedades espejo» y la incorporación de familiares dentro del directorio.