Obviamente la dictadura presionó fuertemente para que el comité se disolviera desde su fundación misma, primero amenazando a las Iglesias que lo patrocinaban con el revocamiento de su permiso para funcionar en Chile, luego con feroces campañas de desprestigio en la prensa (presentando al Comité como un instrumento del marxismo infiltrado en las Iglesias) sin embargo el Comité prosiguió con su trabajo de defensa de los perseguidos con la interposición de recursos y atención de los familiares de los detenidos.