Aun así siguió manteniendo sus fueros pese al proceso de deseñorialización desde finales de siglo hasta que fue incluido en la intendencia de Cuenca, primero, y en la de Guadalajara, desde 1802, aunque durante la "guerra de la Independencia" se constituyó en Molina una Junta Superior y en la Constitución española de 1812 se citara como una entidad regional más.