Posteriormente, con la ayuda de Barrios, fue nombrado como el Vigésimo Presidente de Honduras en el periodo de 1876 a 1880, seguidamente electo como el Vigésimo primero Presidente constitucional de Honduras en el periodo del 1881 a 1883, y junto con su primo hermano Ramón Rosa Soto, revolucionó a la república de Honduras mediante una gran cantidad de cambios socio-políticos y la apertura a los capitales extranjeros, especialmente de los Estados Unidos.