Durante la corta existencia de la Gran Colombia, las Fuerzas Militares verían su primer conflicto internacional, en la Guerra grancolombo-peruana; posteriormente, los años entre 1830 y 1886 estuvieron caracterizados por numerosos conflictos internos, durante los cuales los gobernantes de turno realizan varias reorganizaciones, fundando, cerrando y refundando escuelas y unidades militares.