En desacuerdo con los resultados, el vicepresidente y hombre fuerte de Yemen del Sur, Ali Salem al-Baid, amenazó con una nueva secesión del Sur, lo que produjo una breve guerra civil (mayo-julio 1994), que terminó con la victoria de las fuerzas leales a Saleh, quien en 1999 resultó electo como presidente con el 96,2% de los votos.