Durante el resto del siglo XVI Roma y el Papado lograron mantener su independencia frente a la hegemonía de España, cuyos soberanos se declararon campeones del catolicismo en contra de la Reforma Protestante, no obstante que el Papa Paulo IV volviese a desafiar a la monarquía hispana, siendo Roma nuevamente asediada y tomada por el virrey de Nápoles en 1557; Paulo capituló rápidamente y tuvo que aceptar la supremacía de Felipe II.