Favorecido por su preparación y los laureles familiares que le circundaban, después de estas jornadas, en 1536, Antonio de Lebrija se enrolaba en la expedición de Jiménez de Quesada, quien además de nombrarlo capitán de una de las ocho compañías que formaban el ejército conquistador, Lebrija tenía el cargo de veedor y contador de la Corona para fiscalizar el quinto real y las cuentas del contingente castrense que llevaban.