La hidrología del municipio se divide en tres cuencas, la primera que ocupa el oeste y sur del territorio es la "Cuenca Laguna de Términos" que forma parte a su vez de la "Región hidrológica Grijalva-Usumacinta", las corrientes pertenecientes a esta cuenca, vierten sus aguas en la Laguna de Términos, bahía natural formada por el Golfo de México en territorio de Campeche; el sector este y noreste del territorio forma parte de la cuenca "Cuencas Cerradas", ubicada mayoritariamente en la selva y formada por pequeñas corrientes y lagunas como la Laguna de Silvituc, y las ubicadas en el vecino municipio de Calakmul, finalmente un pequeño sector del norte del municipio pertenece a la "Cuenca Río Champotón y otros", siendo estas dos últimas cuencas parte de la "Región hidrológica Yucatán Oeste (Campeche)".