Pariente de Fernando el Católico y miembro de la nobleza andaluza (perteneciente a la Casa de Aguilar), hijo segundo del noble caballero Pedro Fernández de Aguilar, V señor de Aguilar de la Frontera y de Priego de Córdoba, que murió muy mozo, y de Elvira de Herrera y Enríquez, prima de Juana Enríquez, reina consorte de Aragón, ya que era hija de Pedro Núñez de Herrera, señor de Pedraza y de Blanca Enríquez de Mendoza, que fue hija del almirante Alfonso Enríquez (hijo de Fadrique Alfonso de Castilla) y de Juana de Mendoza «la Ricahembra».