Tras la guerra civil el Centro se reúne en junta ordinaria el día 21 de octubre de 1939 y reanuda su actividad con un concierto el día de Santa Cecilia, mas se ve acuciado por una economía de crisis que lo coloca en una situación extremadamente complicada que conlleva la inoperancia de la propia sociedad y a la pérdida de la independencia gestora pues, el día 26 de agosto de 1943, se firma el “convenio de incorporación transitoria” del Real Centro Filarmónico Eduardo Lucena en la Obra Sindical Educación y Descanso, cuyo objeto es conseguir la supervivencia del Centro, por entonces en trance de disolución.