Hay que destacar también el altar mayor, que está presidido por una imagen de la Virgen del Carmen tallada en madera de cedro, obra del imaginero sevillano Alarcón, que la esculpió siguiendo el modelo de la escuela genovesa del siglo XVIII y el que se puede leer la siguiente inscripción: «"Todos los marinos independientemente de su graduación que han servido con honestidad y honor a la Armada"».