De regreso en Honduras el doctor Bonilla es nombrado Presidente de la Asamblea Nacional Legislativa en 1921 y en 1923 fue nombrado candidato presidencial en las Elecciones de 1923 por el Partido Liberal Constitucionalista siendo su compañero de fórmula y como Vicepresidente el Abogado Mariano Vásquez; estas elecciones las ganó Tiburcio Carias Andino y que no tomo posesión, debido a que Rafael López Gutiérrez se declaro dictador en febrero de 1924, Más tarde y en el mismo año, una vez vuelto a la normalidad política a Honduras, Policarpo Bonila es candidato presidencial en las Elecciones generales de Honduras de 1924, que ganara el conservador Miguel Paz Barahona y a las cuales se aduce fraude y debido a las persecuciones políticas, es obligado al exilio, radicándose en El Salvador y de allí parte hacia los Estados Unidos de América, nación que sería su última residencia falleciendo el 11 de septiembre de 1926 en la ciudad de Nueva Orleans.