Si bien el 23 de septiembre de 1700 el Colegio de Naturales ya comenzaba a funcionar, en 1714 se iniciaron las obras gruesas en el sector de Alto de la Horca, fuera del área cubierta por el Fuerte, hasta que en 1723 fue trasladado a Santiago debido a una Rebelión mapuche, que si bien no afectó la ciudad, se prefirió prevenir ante la posibilidad del hecho.