En el siglo XVII, en 1765, aparece con el nombre de Villa de San Juan Tzitacuaro y comprendía once pueblos: San Juan, San Andrés, San Mateo del Rincón, San Bartolomé, San Francisco el Nuevo, San Felipe, San Miguel Timbineo, San Francisco Coatepec, San Miguel Chichimiquillas, Santa María y Santa Isabel de Enandio, en donde se encontraban dos iglesias, una que llamaban el Hospital y otra del pueblo.