Estaciones construidas en el Siglo XIX y que nunca fueron reformadas, trenes antiguos y deteriorados, atrasos y falta de seguridad en las estaciones y otros problemas como las invasiones de los pasos de vía de dominio de la empresa, fueron algunos de los principales problemas encontrados después de la transferencia realizada entre el gobierno federal (CBTU) y el Gobierno del Estado de São Paulo (CPTM).