En 1862 Burton entró a servir en la carrera diplomática como cónsul británico en la colonia española de la isla de Fernando Poo, actualmente Bioko, en Guinea Ecuatorial, donde el clima y las enfermedades tropicales habían diezmado peligrosamente a la población europea; no era, ciertamente, un buen destino, y por eso Isabel no lo acompañó durante la mayor parte del tiempo, que, además, aprovechó Burton para explorar el África negra; estuvo sin embargo de vacaciones durante un tiempo con Isabel en la isla de Madeira; en esta época realizó un viaje por el río Congo hasta las cataratas de Yellala y más allá, y lo describió en su libro "Dos viajes a la tierra de gorilas..." (1876).