Hijo de Miguel Antonio de Zamacois y Berreteaga, profesor del Colegio de Humanidades de Vizcaya, y de su segunda esposa, la viuda Ruperta María del Pilar de Zabala y Arauco, Del primer matrimonio de su padre con Juana de Urrutia y Mendiola, tuvo 10 mediohermanos: Juan Ygnacio, Francisco de Paula Pedro, Juan Niceto, Josef Leandro, Brígida, Justa, Remigia Elena, Miguel Bartolomé Dámaso, Adolfo Gregorio y Pantaleón, y 3 mediohermanos por parte de madre.