Los tres retablos-relicarios de su interior, diseñados también por fray José, albergan, en bustos , arquetas y tecas, la colección de reliquias de la catedral, correspondientes a santos y santas anteriores al siglo , y sustituyen al viejo armario-relicario pintado por Alonso de Sedano y el Maestro de los Balbases, que actualmente se exhibe en el Museo Catedralicio.