No se salvaban de las críticas instituciones aparentemente intocables, como la Federación Mexicana de Fútbol (por los turbios manejos de sus directivos), la Selección Nacional (por sus magros resultados deportivos), y hasta organismos/personalidades internacionales, como la FIFA cuando fue presidida por João Havelange, entre estos problemas Fernández fue protagonista de uno de los escándalos más grandes en la historia del fútbol mexicano "Los cachirules" que causó la no participación de México en el Fútbol de los Juegos de Seúl 1988 y principalmente la Copa Mundial de Italia 1990 tras haber hecho pública la noticia en su programa DeporTV el propio José Ramón Fernández declaró: "Nosotros descubrimos la trampa, lo sacamos al aire y FIFA nos castigó por eso.