Durante su vida, tanto su persona como el Opus Dei despertaron controversias, principalmente debido a las acusaciones de secretismo, elitismo y sectarismo de la organización y su fundador, además del apoyo de la organización a causas de ideología de derechas, como la conocida participación de los llamados «tecnócratas» del Opus Dei en los planes económicos de la dictadura de Francisco Franco.