Cuando los recursos que son utilizados en la expansión de la vida de los bioroides son destruidos por una facción secreta del ejército regular de Olimpo en un ataque terrorista como parte de una demostración de miedo y odio hacia los bioroides, se forma una crisis que requiere una solución inmediata, y se revela que los datos de Appleseed todavía existen a pesar de haber sido destruidos en gran parte.