Juan Cuamatzi fue asesinado por el gobierno en Panzacola, Tlaxcala, el 26 de febrero de 1911; su cuerpo fue sepultado en Santo Toribio Xicohtzinco, en septiembre de 1919, sus restos fueron trasladados y sepultados en la Rotonda de los Hombres Ilustres de Tlaxcala.