En su territorio se encuentran 51 escurrimientos naturales, de los cuales el Río Almoloya es el más importante por la distancia que este recorre por la superficie municipal (11 kilómetros aproximadamente), de esta forma, sus afluentes más relevantes son: El Rosario, La Pila, San Agustín, Oyamel, Las Cebollas y Ojo de Agua.