Tras otros tres años en Tercera, asciende de nuevo a Segunda División B en la temporada 1999-2000 y un año más tarde logra el primer ascenso a Segunda División en la historia del club, tras acabar segundo en la liga regular y disputar la liguilla ante CD Calahorra, Atlético de Madrid B y RCD Espanyol B al final de la campaña 2000-2001.