Había nuevos elementos en el modo de juego de "Shantae Advance", cómo la posibilidad de pasar del primer plano al último plano, la natación, el vuelo en 3D sobre la espalda del pájaro de Sky, Wrench, y nuevas transformaciones para Shantae; incluso un cangrejo y una sirena; esta última transformación ahora es disponible en "Risky's Revenge", mientras que el equipo piensa en devolver el cangrejo en "Half-Genie Hero".