Ángel María Garibay señala que la palabra "chilaquiles" viene del náhuatl, de la palabra "chīlaquīlli", conformada por "chīl(-li)" "chile", el ingrediente principal, y "aquīlli" sustantivo derivado del verbo "aquia" "estar metido en, entrar en algo", por lo que "aquīlli" significa "[algo] metido en".