Las principales características orográficas de su territorio son: lago de Xolotlán al norte; sierras de Managua al sur; sistema de cerros y lagunas que detienen la marcha urbana al oeste, entre ellos el cerro Motastepe y San Carlos; laguna de Asososca y de Nejapa junto al valle de Ticomo (una depresión en lo que alguna vez fuera un lago cratérico), dentro del trazado urbano se encuentra la loma y laguna de Tiscapa; laguna de Acahualinca, al norte de la ciudad.