En su labor docente, Marroquín se dedicó a la elaboración de textos didácticos; se destacan entre ellos, Lecciones de urbanidad, adaptado a las costumbres colombianas; Tratados de Ortología y Ortografía de la Lengua castellana, con numerosas ediciones en Colombia y en otros países de Hispanoamérica; Lecciones elementales de retórica y poética; Diccionario ortográfico y Exposición de la Liturgia.