Con todo, "My Prerogative" se convirtió en el décimo sexto y en el décimo séptimo sencillo de Britney Spears en países importantes de la industria musical, como los Estados Unidos y el Reino Unido, respectivamente; en el segundo sencillo de la cantante producido por el dúo sueco Bloodshy & Avant, después de "Toxic"; y en el segundo cover de Britney Spears lanzado como sencillo, después de "I Love Rock 'N' Roll".