Además se le nombra Comandante General de los bajeles del Río de la Plata con la misión de poner en marcha su plan de defensa de la América meridional, planteado tras el citado viaje político-científico; es al regresar a España en el año 1804 al mando de una flotilla de cuatro fragatas, "Nuestra Señora de las Mercedes", "La Clara", "La Medea" y "La Fama", cuando fue interceptado al llegar frente a las costas del Algarve (Portugal), el 5 de octubre de 1804, por una escuadra inglesa al mando del comodoro Graham Moore e, inexplicablemente, pues España estaba en paz con Gran Bretaña, se entabló un combate naval conocido como la batalla del Cabo de Santa María.