Dos años después, cuando estaba dirigiendo al Guadalajara de Buga, Jorge Luis Bernal asumió la dirección técnica del Deportes Tolima, pero con siete puntos por debajo del Cúcuta y el Magdalena en la tabla del descenso, sus esfuerzos no valieron para nada y el equipo descendió, después dirigió con mucho éxito al Cooperamos Tolima, en 1995 Bernal, con ese equipo, logró el título nacional de la Primera C en Pasto, gracias a ese título Bernal y el Cooperamos Tolima pudieron participar entre 1996 y el 2000 en el campeonato de la Categoría Primera B.