Las más importantes son: Villa de Guadalupe (cabecera municipal), Arroyo Seco, El llano de Jesús María, Buenavista, Ojo de Agua de Rodríguez, Magdalenas, el Puerto de Magdalenas, Morelos, La Biznaga, Puerta Del Rio, La Presa, La Presita, Los Depósitos, Los Chilares, San Bartolo, Santa Maria del Rincón, Santa Rosalía del Centro, La Tinajuela, La Punta, San José de los Orozcos, Santa Rita de Casia, Guadalupito, Santa Rosa la Masita, Palo Blanco, San Francisco, Santa Teresa, El Venadito, Vallejos, El Leoncito, San José del Muerto, El Matorral, La Puerta de la Jara Brava, La Puerta de Coloradillos, Rancho Alegre, Santa Inés de la Obscura, Zaragoza de Solís, San Antonio de la Ordeña, Ojo de Agua de García, San Judas, Santa Rita de los Hernández, Bustamante, Jarillas, La Joya.