En este título encarnaremos al Cabo Shephard, miembro del Cuerpo de Marines de los Estados Unidos en la unidad conocida como HECU (Hazardous Environment Combat Unit) con el objetivo de eliminar a todos los Xenianos (Aliens) que se crucen en su camino, eliminar a todas las personas para "silenciar" lo que pasó en Black Mesa, (por orden del gobierno) y como principal objetivo, matar a Gordon Freeman, quien en defensa propia ha matado a los soldados que se han cruzado en su camino.