Ante la amenaza de una nueva incursión de Rafael Carrera, el 13 de junio de 1863 el presidente Barrios estableció su cuartel general en la ciudad (que estaba liderado por los mismo comandantes que sen mencionaron anteriormente en la primera incursión de Rafael Carrera, a excepción del general Manuel Hernándenz quien se encargo de la defensa de San Salvador, y conformado otra vez por alrededor de 4000 efectivos); el 19 de junio, Gerardo Barrios se trasladó de la capital a Santa Ana para comandar el ejército y el 20 de julio de ese año Rafael Carrera entra con su ejército (comandado por los mismos generales de la vez anterior, a excepción de Vicente que se encontraba dirigiendo una campaña en honduras en su lugar estuvo el general José Clara Lorenzana y conformado otra vez con alrededor de 6500 efectivos), invade Chalchuapa y establece su cuartel general en esa población; Barrios se quedó como comandante general del ejército hasta el 27 de julio cuando regresó a la capital y en su lugar dejó como comandante al general Trinidad Cabañas.