También a principios de 2013, Manos Limpias se incorporó como acusación popular a la causa abierta por la querella de Izquierda Unida (IU) contra Luis Bárcenas, Álvaro Lapuerta y otros dirigentes del Partido Popular, que desembocó en el llamado Caso Bárcenas por diversos delitos relacionados con la supuesta financiación ilegal del PP y la existencia de una contabilidad B del partido.