Fue campeón de la final de ascenso de la Segunda división mexicana, ganándola ante su hermano de institución el equipo de la Universidad del Fútbol, consiguiendo este título por segunda ocasión consecutiva, ya que en 2007 lograría este mismo título ante el Cruz Azul Jasso, por lo que ganó un lugar en el torneo Apertura 2007 de la Primera división 'A' mexicana aunque la franquicia fue vendida a Jaguares de Chiapas para que contará con una filial en la división de ascenso, todo esto debido a que el equipo de Pachuca Club de Fútbol ya contaba con una filial en la Primera división 'A' mexicana, los Indios de Ciudad Juárez.