De Nebra se han conservado más de ciento setenta obras litúrgicas: misas, salmos, letanías y un "Stabat Mater" en el Archivo Real; compuso varias cantatas, más de una decena de villancicos y alrededor de treinta obras de teclado (órgano y clave), aunque la investigación en distintos archivos sigue descubriendo partituras de José de Nebra.