Desde el 8 de septiembre de 1563 a 1568 la sede de esta Audiencia se trasladó a Panamá por órdenes de una real cédula — siendo esta la segunda instalación de la Audiencia y Cancillería Real de Panamá en Tierrafirme— que abarcó Honduras, Nicaragua y Panamá, mientras que Chiapa, el Soconusco y Guatemala quedaron bajo el control de la Real Audiencia de México.