Durante estos años, concibió la idea de una nueva proyección aplicable en los mapas, que utilizó por primera vez en 1569, la cual sería conocida posteriormente como proyección de Mercator; lo novedoso en su propuesta del nuevo sistema de proyección era que las líneas de longitud eran paralelas, lo cual facilitaba la navegación por mar al poderse marcar las direcciones de las brújulas con líneas rectas.