Merx dedicó gran parte de sus investigaciones a la elucidación del Palimpsesto del Sinaí descubierto en 1892 por Agnes Smith Lewis, los resultados ("Die Evangelien des Markus und Lukas nach der Syrischen im Sinaikloster gefundenen Palimpsesthandschrift") forman parte de "Die vier kanonischen Evangelien nach dem ältesten bekannten Texte" (4 vols., 1897-1905).