En 1997, Schäfer huyó del país, por lo que se realizaron nuevos operativos policiales en el asentamiento, donde no solo se detuvieron a los colaboradores de Schäfer, sino que también se revelaron la presencia de numerosas armas de fuego, más la revelación de que Colonia Dignidad fue centro de tortura y otras violaciones a los derechos humanos perpetrados durante el régimen militar.