Paralelamente al declive el viejo palacio, sin embargo, importantes transformaciones habían tenido lugar en sus alrededores con la creación del llamado "Salón del Prado" y la fundación de varias instituciones científicas como el Real Jardín Botánico (1781), el Real Gabinete de Historia Natural (1785, actual Museo del Prado) o el Real Observatorio (1790).