Tras la victoria de Kirchner fue designado ministro de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos, desde donde emprendió una campaña por la transparencia de la justicia federal, promoviendo el juicio político a los miembros de la Corte Suprema sospechados de corrupción y estableciendo el método de autolimitación de la designación de jueces por el Poder Ejecutivo Nacional a través del sistema de impugnaciones y audiencias públicas, que permitieron mayor transparencia y participación ciudadana.