Nacido en Valentano (actual provincia de Viterbo, en aquella época perteneciente a los Estados Pontificios) en el seno de la influyente Casa de Farnesio, fue hijo de Pedro Luis Farnesio (1503-1547), condottiero destacado en las guerras italianas al servicio de Venecia, del Imperio o al suyo propio, hijo natural, legitimado en 1505, del cardenal Farnesio (1468-1549); Su madre Girolama Orsini (1503-1570), de la no menos ilustre familia Orsini, era hija de los condes de Pitigliano.