Tras la Independencia de Centromaérica, Petén fue un distrito dependiente del departamento de Verapaz en el recién formado Estado de Guatemala en 1825; en la constitución del Estado de Guatemala que se promulgó en 1825, también se menciona a San José como parte del Circuito de Flores para la impartición de justicia, en el Distrito N.º 6 de Petén; junto a San José pertenecían a ese circuito Flores, San Andrés y San Benito.