En las elecciones presidenciales de 1999 la fórmula de la Alianza debía elegir un candidato de una de las dos fuerzas principales para la boleta presidencial; Fernández Meijide perdió las elecciones internas frente a de la Rúa, se postuló a gobernadora de la provincia de Buenos Aires, secundada por el radical Melchor Posse.