Hijo de Manuel Antonio de Boedo y García, oriundo de Galicia, y de la salteña María Magdalena de Aguirre y de Aguirre Calvo de Mendoza, quien descendía en línea directa por vía paterna y materna de don Francisco de Aguirre, conquistador de Chile y de su madre, Constanza de Meneses, una bisnieta de don Juan Alfonso Téllez de Meneses, IV conde de Barcelos y I de Ourém.