Yucuaiquín es una palabra nativa que deriva de dos raíces del idioma potón (de origen lenca): "Yuku" que significa fuego y "Aykin" que significa tierra o pueblo, y así el nombre puede ser interpretado como "Tierra de Fuego", de acuerdo al historiador Jorge Lardé y Larín.Históricamente, el nombre ha evolucionado: en 1549 era conocido como Yncuayquín, luego como Inquiaquín (1573), Yoayquín (1577), Yocoaiquín (1689) y Jucuaiquín o Yucquín.