Tres meses antes de terminar su gobierno, el 25 de agosto de 2004, cuando el PAN ya había logrado conservar la gubernatura con el triunfo de Luis Armando Reynoso Femat, fue designado por el Presidente Vicente Fox como Subsecretario de Gobierno de la Secretaría de Gobernación, cargo en el que permaneció hasta el 9 de enero de 2006.