En cuanto a medicina nuclear, CNEA capacita recursos humanos mediante cursos y residencias de Física Médica en la Fundación Escuela de Medicina Nuclear (FUESMEN), en colaboración con el Instituto Balseiro, la Fundación Centro de Diagnóstico Nuclear (FCDN) y los servicios de medicina nuclear de centros hospitalarios públicos que cuentan con el apoyo de CNEA y la colaboración del Instituto Dan Beninson.