Córdoba Montoya tampoco sería juzgado o siquiera investigado, durante el sexenio de Zedillo, por sus supuestas ligas al narcotráfico en las conversaciones telefónicas filtradas a la prensa con Marcela Bodenstedt (con la que Córdoba tendría un romance), una expolicía con nexos con el cártel del Golfo de García Abrego.