De la primera fábrica se conservan elementos de la nave meridional, el tramo de los pies con la fachada occidental, que presenta un óculo tardorrománico, y, adosados al costado norte, los restos recubicados de la antigua portada del transepto medieval, con dos estatuas-columnas tardorrománicas que retratarían a Alfonso VII y el abad Florencio y que sostienen un tímpano semicircular con el Pantocrátor, inserto en la mandorla mística y rodeado de los símbolos del Tetramorfos; a su lado, la capilla funeraria de los García Rodríguez de Valcárcel, gótica de los siglos XIII y XIV, que contiene las hornacinas que guardaron sus sarcófagos.