El nombre de opistoconto alude a que el flagelo, único cuando está presente, ocupa una posición posterior, avanzando la célula con el flagelo detrás, como se observa en los espermatozoides de los animales y al revés que en la mayoría de los protistas, que son acrocontos (el flagelo "tira" de la célula, de modo que esta avanza con el flagelo por delante).