En cuanto a la iglesia de La Merced, ésta era prácticamente nueva en 1773, y ha soportado todos los sismos desde entonces; la iglesia no fue abandonada en 1776, pero sí en 1829 cuando los mercedarios fueron expulsados del territorio centroamericano por el general Francisco Morazán junto con el resto de las órdenes regulares y los miembros del partido conservador y del Clan Aycinena.