El principal benefactor de la universidad fue el intelectual y político peruano José de la Riva-Agüero y Osma, quien inicialmente pensaba legar su herencia a su "alma mater": la Universidad de San Marcos, sin embargo, el predominio de ideas liberales y el surgimiento del ateísmo en esta, motivó que dejara su fortuna a una institución entonces más conservadora y ligada a la Iglesia católica: la Universidad Católica del Perú.