Nótese que diversos taxones de la clasificación linneana tradicional son parafiléticos: Agnatha (Myxini + Cephalaspidomorphi), Osteichthyes (Actinopterygii + Sarcopterygii), Reptilia (Testudines + Lepidosauria + Crocodilia), y que las aves son un clado más dentro de los "reptiles"; si se tienen en cuenta las formas fósiles, grupos como los anfibios aparecen también como parafiléticos.