El altar está elevado y se accede a él mediante un gran escalinata, debajo de él se sitúa la cripta que se construyó, elevando el altar mayor, para dar cobijo a los enterramientos de los familiares de Pedro Vélez de Guevara, Señor de Oñate, cuando este vendió los derecho de la capilla que los acogía a Rodrigo Mercado de Zuazola, quien levantó el púlpito renacentista, edificó la Capilla de la Piedad y construyó el claustro.