Buscando el apoyo de los checos, concedió mediante la Carta de Majestad de 1609 la libertad religiosa a los nobles y las ciudades de Bohemia pero, a pesar de ello, su primo Leopoldo formó un ejército y ocupó parte de Praga (1611), tras lo cual tuvo que abandonar el país en mayo de ese año, para fallecer en enero de 1612.