El Municipio de Pijiño se encuentra en la Depresión Mompoxina, que hace parte de la Unidad Fisiográfica del Valle Irrigado por la Ciénaga Grande de Pijiño, caracterizada por ser baja, plana e inundable, con una altura que no supera los 80 msnm; y en la Llanura del Bosconia, en el Sector nororiental del Municipio.