En cuanto a sus ríos, son muy numerosos y establecen el origen de su potencial hidrográfico e hidroeléctrico, cuenta con varias fuentes; entre ellas, los ríos más importantes son el Atrato, que la separa del departamento del Chocó; el Cauca, que la atraviesa por el centro y separa la cordillera Occidental de la Central, en el corazón del departamento, y el Magdalena, que le sirve de límite con el departamento de Santander, en el extremo oriente de la región.