Dado el carácter rural y escasa población atendida en algunas de las zonas que atraviesa, así como la longitud de la propia línea, Renfe Cercanías ofrece en en la C-3 servicios de tipo "CIVIS" que no efectúan parada en todas las estaciones o apeaderos en su camino, si bien dicha marca comercial no es utilizada en el núcleo de cercanías bilbaíno.