Como es lógico, las obras más ambiciosas se destinaron al altar mayor, presidido por sendos grandes lienzos de "San Millán en la batalla de Simancas" y de la "Asunción de la Virgen", advocación del templo, acompañada en su elevación al cielo por su hijo en inusual iconografía, copiada en parte de una de las estampas de Wierix para las "Evangelicae historiae imagines" de Jerónimo Nadal.