En 1846, en la época de la intervención de los Estados Unidos, el gobierno interino de Mariano Paredes y Arrillaga firmó dicho Decreto por el cual se crearía un Estado Mayor Facultativo, que estaría bajo las órdenes del Poder Ejecutivo, el cual reglamentaría sus funciones, quedando integrado por un General en jefe, 6 ayudantes coroneles y 18 segundos ayudantes capitanes.