Según el autor de una publicación ya mencionada, la meningococemia crónica debe diferenciarse de la fiebre reumática aguda, de la endocarditis bacteriana subaguda, de la púrpura de Schönlein-Henoch, del edema hemorrágico del lactante, de la malaria, de la fiebre tifoidea, de la tuberculosis miliar, de la brucelosis, de la gonococemia, de la infección por enterovirus, del eritema multiforme, del eritema nudoso, de la sífilis secundaria, de la fiebre de Haverhill (eritema poliartrítico epidémico por "Streptobacillus moliniformis"), de una rickettsiosis, de la fiebre manchada de las Montañas Rocosas, del tifus murino ("Rickettsia typhi"), del tifus epidémico ("Rickettsia prowazekii") y de la enfermedad de Brill-Zinsser (forma leve de tifus epidémico causada por "Ricketssia prowazekii").