El centro cuenta con más de 7700 metros cuadrados de aparcamientos y un área ajardinada; en su interior tienen cabida usos tan diversos como la recepción de visitantes, la restauración de piezas arqueológicas, un auditorio, espacios adecuados para el almacenamiento de restos arqueológicos del propio conjunto, oficinas de investigación histórico-artística, una biblioteca para los estudiosos, una cafetería, tienda de libros relacionados con el yacimiento y el arte musulmán, y una zona expositiva donde se exponen las piezas más espectaculares del yacimiento, después de que muchas de ellas, como la famosa cervatilla de Medina Azahara, hayan sido trasladadas desde el Museo Arqueológico de Córdoba.