Algunos cenotes poseen rica variedad en flora y fauna de agua dulce en vías de extinción: el pez ciego de Yucatán ("Typhliasina pearsei"), la damablanca ciega ("Ogilbia pearsei"), la anguila ciega ("Ophisternon infernalis"), la anguila de lodo ("Ophisternon aenigmaticum"), esponjas, bivalvos, camarones y crustáceos despigmentados (como el "Speleonectes tulumensis") y plancton.