Anunció su renuncia el 13 de febrero de 2007 después de que fue acusado por la Alta Oficina de Acusadores de Taiwán por el presunto mal manejo de fondos de la alcaldía durante su gestión como alcalde de Taipéi; Ma resultó elegido presidente de Taiwán para el periodo 2008-2012, resultando reelegido en las elecciones presidenciales del 14 de enero de 2012 para el periodo 2012-2016.