El primer documento histórico que menciona a "Uilla Bacrin" (Villavaquerín) se remonta al año 1095, en cuya fecha, el conde Don Pedro Ansúrez y su esposa la condesa Doña Eylo donaron tres solares, en este pueblo, a favor de la iglesia de Santa María la Mayor, de la abadía de Valladolid, dichos solares habían pertenecido anteriormente y respectivamente a los abades don Vela y don Cristóbal y a Domingo Reviélez.