La CEH toma también en cuenta el pernicioso efecto de las actividades de inteligencia militar en materia de derechos humanos y en las relaciones civiles-militares, al igual que las graves extralimitaciones cometidas en el pasado mediante comportamientos antidemocráticos y muy serias violaciones de los derechos humanos por fuerzas directamente vinculadas a tales servicios, a menudo a través de acciones encubiertas.