Los planes iniciales para la fundación de la nueva catedral comenzaron en 1562, dentro del proyecto para la edificación de la obra, el entonces arzobispo Alonso de Montúfar habría propuesto una monumental construcción compuesta de siete naves y basada en el diseño de la Catedral de Sevilla; un proyecto que a palabras del propio Montúfar llevaría 10 o 12 años.