Los ríos más importantes del estado son: el Apure que le da nombre al estado; el Arauca, de más de 700 km de longitud, que nace en Colombia (forma frontera común entre los dos países durante un trecho) y se une al Apure mediante varios brazos y caños antes de desembocar en el Orinoco; el Caño Orichuna de unos 500 km de longitud; el Capanaparo, el Cinaruco, el Cunaviche, el Matiyure y el Meta.