Algunos animales de importancia ecológica por su rareza cuidados en la reserva son el supay pichico ("Callimico goeldii"), tocón negro ("Callicebus torquatus"), huapo ecuatorial ("Pithecia aequatorialis"), hormiguerito de Gentry ("Herpsilochmus gentryi"), tiranuelo de Mishana ("Zimmerius villarejoi"), hormiguero de Allpahuayo ("Percnostola arenarum"), hormiguero de cola castaña ("Myrmeciza castanea centuculorum"), la Cotinga Pompadour ("Xipholena punicea"), saltarín de varillal ("Neopelma chrysocephalum"), entre otros.