Juan de San Martín falleció en la ciudad de Málaga, Reino de España, el día 4 de diciembre de 1796 y sus restos y el de su esposa descansaron en la iglesia de Santiago de la misma ciudad, hasta que fueron trasladados en 1947 a la República Argentina, en donde permanecieron en el cementerio de la Recoleta de Buenos Aires hasta 1998, cuando fueron trasladados al Templete que honra la memoria de su hijo en Yapeyú.