Ante estos fallos, el padre recurrió de recurso extraordinario de Queja ante la Corte Suprema de Chile, la que revocó los fallos anteriores basándose en dos argumentaciones: "aparte de los efectos que esa convivencia puede causar en el bienestar y desarrollo psíquico y emocional de las hijas, atendida sus edades, la eventual confusión de roles sexuales que puede producirles por la carencia en el hogar de un padre de sexo masculino y su reemplazo por otra persona del género femenino, configura una situación de riesgo para el desarrollo integral de las menores respecto de la cual deben ser protegidas" y "la convivencia entre Atala y su pareja, sitúa a las menores en un estado de vulnerabilidad en su medio social, pues es evidente que su entorno familiar excepcional se diferencia significativamente del que tienen sus compañeros de colegio y relaciones de la vecindad en que habitan, exponiéndolas a ser objeto de aislamiento y discriminación que igualmente afectará a su desarrollo personal".