La JAE agrupó, desarrolló y dotó con nuevas instalaciones (laboratorios, bibliotecas, etc) a instituciones ya existentes como el Museo de Ciencias Naturales, el Museo Antropológico, el Real Jardín Botánico de Madrid o la Estación Biológica de Santander; asimismo coordinó laboratorios como el de Investigaciones Biológicas, el de Investigaciones Físicas, la Estación Alpina de Biología del Guadarrama, la Misión Biológica de Galicia, o la Comisión de Investigaciones Paleontológicas y Prehistóricas.