Tras escoger a qué equipo quiere pertenecer (Gold Hawk Team para los Digimon Vacuna, Blue Falcon Team para los Digimon Data y Black Swords Team para los Digimon Virus), su misión será detener a todos los Digimon Salvajes que invaden los "Dominios", unos calabozo subterráneos, hogar de los Digimon luego que un cataclismo hiciera inhabitable la superficie de este.