Quiñones veló por la educación de su sobrino Juan de Quiñones (1506-76), maestrescuela de Salamanca, canciller de su Universidad, obispo de Calahorra y padre del Concilio de Trento, y amparó a sus sobrinos-nietos Claudio Fernández Vigil de Quiñones, IV conde de Luna, embajador de Felipe II en el Concilio de Trento, y de sus hermanos, de los que uno fue Lupercio de Quiñones, obispo titular y capellán de Felipe II.