En 1552 fray Juan de San Francisco fue nombrado obispo de Yucatán, pero renunció en 1557 sin haber pisado la nueva diócesis; fray Juan de la Puerta fue nombrado su sustituto, pero murió en Sevilla antes de cruzar el Océano Atlántico, por tales motivos la diócesis de Yucatán funcionó como una prelatura territorial hasta la llegada del obispo Francisco del Toral.