El topónimo de Palacios de la Valduerna procede de la unión de, por un lado, la palabra latina "palatium", con un significado de «casa señorial», cuya evolución natural derivó en Palacios, y por otro del topónimo Valduerna, en referencia al valle del río Duerna (cuyo nombre deriva del prerromano "Ornia") en el que se asienta el municipio.