Al caer la Segunda República en diciembre de 1814, vuelve a la isla de Margarita donde el 8 de enero de 1815 una Junta de Notables le confía el gobierno político en un triunvirato con Juan Antonio Silva y Juan Miguel Lares, y aclama a Juan Bautista Arismendi «"Comandante General de todas las Fuerzas de Mar y Tierra"» como respuesta a la amenaza que por conducto del sacerdote José Ambrosio Llamozas, les hiciera el jefe realista Francisco Tomás Morales que se encontraba estacionado con sus tropas en Cumaná.