La bandera del Club Deportivo El Nacional es de color gris, cruzada diagonalmente de derecha a izquierda por una franja de tres colores: rojo, azul marino y celeste; que representan a las tres ramas de las Fuerzas Armadas del Ecuador: el Ejército, la Armada y la Fuerza Aérea; teniendo en el centro el escudo del club.