Entre las señales utilizadas para la predicción de genes están las estadísticas resultantes del análisis estadístico de sub-secuencias como k-meros (n-gramas de secuencias de ácidos nucléicos o aminoácidos), la transformada de Fourier de un ADN pseudo-numéricamente codificado, los parámetros de una Z-curva (curva tridimensional relacionada biunívocamente con una determinada secuencia de ADN), y ciertas características de su recorrido.