Llegó entonces la Guerra Civil de 1891, y el 7 de enero de ese año, Pérez Gacitúa junto a otros capitanes dirigieron sus embarcaciones a Iquique y en ellas a los presidentes de la Cámara de Diputados y del Senado, abrazando así la causa del Congreso, que se oponía a la dictadura de facto instalada por José Manuel Balmaceda y levantándose en armas contra su gobierno.