Se ha planteado que más del 90 % del área protegida en la ecorregión se concentra en lugares fuera de las áreas prioritarias, generalmente, en zonas elevadas de la cordillera de los Andes, mientras que las áreas de mayor diversidad de tipos florísticos, máxima concentración de riqueza de especies vegetales leñosas, mamíferos, anfibios y peces de agua dulce permanecen fuera del sistema de áreas protegidas del estado.