Para evitarlo, Douglas idea el Cañón Láser, que tiene como objetivo demoler lo restante de Eurasia y del Virus Sigma para lo que los Caza Mavericks deben reunir ciertas partes divididas en los diferentes lugares del juego y evitar el choque de Eurasia en la Tierra, después de vencer a los Mavericks infectados por Sigma en forma de virus, el equipo de X y Zero ahora con nuevos aliados como Signas y Salvavidas esperan el resultado del proyecto de Douglas; al fallar este, Douglas diseña una astronave que derribaría definitvamente la amenaza, Zero es escogido para integrar esta misión y manejar la nave, Zero vuelve exitosamente pero la tierra quedó gravemente dañada y un nuevo virus se creó desde el choque, el virus tiene ahora el aspecto de Zero y es mucho más letal; el virus es llamado Virus Zero por su gran parentesco con él.