Un tercer método popular basado en la iteración, llamado MUSCLE (de "multiple sequence alignment by log-expectation", o alineamiento múltiple de secuencias por "log-esperanza"; este último término corresponde a una función de puntuación no común basada en la esperanza matemática, y resultado de modificar la función "log-average" o "log-promedio"), mejora en relación a los métodos progresivos con una medida más precisa de la distancia para valorar el parentesco de dos secuencias.