Burkart recibió múltiples honores y distinciones, que comenzaron con el Premio Mitre al mejor trabajo de un estudiante en 1928, por su estudio "Las Leguminosas Papilionóideas cultivadas y adventicias en la República Argentina"; el Premio Holmberg (1938), el Premio Sociedad Científica Argentina por el Quinquenio 1952-1957; el Premio Weissmann a la Producción Científica (1963); el Premio Shell Argentina (1968) y el Premio Houssay de la Organización de los Estados Americanos (1974).