Posteriormente, entre el 1 de junio de 1798 y el 28 de octubre de 1802, la ciudad estuvo bajo dependencia directa del virrey del Perú (Ambrosio O'Higgins), conformando el Gobierno de Osorno; retornando luego a la Capitanía General de Chile (el que es considerado igualmente como partido de Osorno para la ; pasando luego entre el periodo de 1811 a 1820 depender nuevamente del Virreinato del Perú, y en 1822 finalmente anexado al gobierno de Valdivia.