Sin embargo, la rebeldía estudiantil se ganó la simpatía de la opinión pública, lo que obligó a Rafael Antonio Gutiérrez a rectificar su conducta, reabriendo la alma máter y otorgándole la autonomía universitaria mediante decreto ejecutivo del 28 de septiembre de 1898, el cual nunca fue aplicado por impedirlo el golpe de Estado del 14 de noviembre de 1898 que llevó a ocupar el despacho presidencial al general Tomás Regalado y que obligó a cerrar la UES nuevamente.