La Prefectura Apostólica del Chocó fue creada en 1908 y fue administrada por los Misioneros Claretianos con Juan Gil como su primer prefecto apostólico, que llegó un año después; sin embargo, la prefectura apostólica es suprimida y son creados dos vicariatos apostólicos el 14 de noviembre de 1952, mediante bula papal "Cum Usu Quotidiano" de Pío XII, estos son el Vicariato Apostólico de Quibdó, en donde permanecen los claretianos y Vicariato Apostólico de Istmina, administrado por los Misioneros Javerianos de Yarumal; este último vicariato es el precursor de la actual diócesis, con Mons.