Esa misma temporada, debutó con el Barcelona C de la Tercera División de España el 29 de noviembre de 2003, y a los pocos meses con el Barcelona B, contra el Mataró por la jornada 28 del campeonato de la Segunda División B, el 6 de marzo de 2004; jugando además en la recta final de temporada partidos con los juveniles A y B, de la División de Honor Juvenil y Copa del Rey Juvenil de Fútbol.Incluso antes de esos debuts, Messi jugó un partido de exhibición con el primer equipo el 16 de noviembre de 2003 a los 16 años y 145 días ante el Porto.