En marzo de ese año vive tal vez el mayor dolor de esa temporada ya que nuevamente cae en "Octavos de Final" de la UEFA Champions League 2016-17 a manos del Bayern Múnich de su compatriota Arturo Vidal quien fue genio y figura de la llave, en el partido de ida Alexis convirtió el empate parcial 1-1 pero luego vendría una caída estrepitosa en lo animico en la cual el equipo cae destruido por un contudente 5-1, en la vuelta en el Emirates Stadium no había mucho que hacer y nuevamente caen por el mismo marcador que en Múnich, Sánchez en esa edición le marcó al PSG en París y gol de vaselina al Ludogorets en Londres y terminó décimo en la tabla de asistidores.