Con respecto al sistema de cubierta empleado en San Patricio, se alternan las bóvedas de crucería de tradición gótica empleados en la girola y sus capillas (la parte más antigua del templo), con las bóvedas ya típicamente renacentistas de la Sacristía, la Capilla Mayor y la Capilla del Sacramento, inspiradas en la obra Andrés de Vandelvira, con quien trabajó en su juventud Jerónimo Quijano.