Euskotren funciona bajo cuatro divisiones: Euskotren Trena, que presta servicios de tren de cercanías y metropolitanos en Vizcaya y Guipúzcoa; Euskotren Tranbia, que presta los servicios de tranvía en Bilbao y Vitoria; Euskotren Autobusa, que da servicio de transporte interurbano por carretera integrado en Bizkaibus y Lurraldebus; y Euskotren Kargo, orientada al transporte de cargas por tren.