Tras la última remodelación, llevada a cabo entre los años 2000 y 2005, el hoy llamado MUBAM cuenta con una infraestructura y acondicionamiento técnico afín a la museografía del siglo XXI, contando con dos pabellones, el edificio histórico llamado "Pabellón Celdrán" (donde se encuentran las colecciones), y el "Pabellón Contraste" (donde se localizan las oficinas, salón de actos y sala de exposiciones temporales).