En 1997 sustituyó a Ramón Jáuregui como secretario general del Partido Socialista de Euskadi-Euskadiko Ezkerra (PSE-EE), con el apoyo de las agrupaciones vizcaína y guipuzcoana, dirigidas por Rodolfo Ares y Jesús Eguiguren, respectivamente, y en 1998, siendo elegido dentro de su partido mediante elecciones primarias, en las que derrotó a Rosa Díez, se presentó por primera vez como candidato a Lehendakari por el PSE-EE.