Por una parte, en 1833, en el palacio de Montesclaros se instala el cuartel de San Fernando, destinado como Academia Superior de Ingenieros del Ejército y sede del Tercer Regimiento de Ingenieros; por otra parte, el Alcázar se destina, en un principio, para acuartelar a varios destacamentos de manera temporal hasta que en 1860 se remodelan las instalaciones y se construye un nuevo edificio que servirá como cuartel militar al que se le da el nombre de San Carlos y Santa Isabel.