El municipio se encuentra cubierto por tres diferentes cuencas hidrológicos, el noroeste está cubierto por la "Cuenca del Río San Pedro" que forma parte a su vez de la "Región hidrológica Presidio-San Pedro"; el suroeste del territorio está cubierto a su vez por la "Cuenca del río Santiago-Aguamilpa" y todo el resto del territorio forma la "Cuenca del río Huaynamota", ambas forman parte de la "Región hidrológica Lerma-Santiago".