Otra intervención se realizó entre 1999-2000 por órdenes del presidente Ernesto Zedillo; en estos trabajos se incluyó la remodelación de la capilla, la demolición de los edificios "Landa" y otros más antiguos con el fin de recuperar 14 000 metros cuadrados, la idea fue habilitar espacios para la instalación de salas destinadas a exposiciones museográficas permanentes, por lo que ahora se contaba con un museo que alberga copias del Acta de Independencia, el Tratado de Córdoba, entre otros documentos.