Al final del juego cuando falta restaurar la energía principal de Aether, el enemigo final no es otro que el Emperador Oscuro, el verdadero enemigo tanto de Samus como de los Luminoth; y cuando es vencido y absorbido la energía restante que yacía en Aether Oscuro, toda la versión del planeta oscuro empieza a colapsar a falta de la energía robada, y en un último intento de detener a Samus, Samus Oscura aparece como Jefe final "Absoluto" del juego, cabe destacar que Samus Oscura es sólo asunto de Samus, no de los Luminoth como tal.