En 1840 y por un año se estableció el Estado del Istmo, haciendo una clara constancia de que se reincorporaría a la Nueva Granada si esta adoptaba el régimen federal; y durante parte de la Guerra de los Mil Días (1899-1902), conflicto civil que devastó a Colombia, nación a la que entonces pertenecía Panamá, aunque en estado de rebelión, pues muchos de sus líderes luchaban en contra del gobierno conservador y a favor del Partido Liberal Colombiano.