En 1812 las tropas insurgentes de José María Morelos ocuparon Nochixtlán en su camino hacia Oaxaca, tras la Independencia de México se establece que todas las poblaciones con más de mil habitantes se deben de constituir en ayuntamiento, en la región mixteca de Oaxaca se constituyen como tales Tlaxiaco, Tamazulapam, Santa María Tataltepec y Asunción Nochixtlán, que desde entonces cabecera del municipio del mismo nombre, el 23 de agosto de 1858 fue constituida en cabecera de distrito; en 1863 en las cercanías de la población, Porfirio Díaz y Félix Díaz derrotaron a una brigada de soldados belgas durante la Guerra de Intervención Francesa.