Establecido en la ciudad de Cuzco, participó nuevamente en las batallas contra Girón desde el 12 de noviembre de 1553, ya que este había prendido en la ciudad al corregidor, mientras sus hombres arrasaban su casa y se lo llevaban detenido hasta Lima, pero sería derrotado en la batalla de Pucará el 8 de octubre de 1554, aunque lograba escapar por pocos días y al ser detenido fue llevado a Lima, condenado a muerte y ejecutado en los primeros días de diciembre del mismo año, su cabeza fue clavada y expuesta en la plaza de armas de la misma ciudad, su casa en Cuzco fue derribada.