Luego, en el Torneo de Apertura 2006 y bajo la dirección técnica de Gustavo Huerta, el club disputó con su archirrival Colo-Colo, la obtención del título: en el Estadio Nacional, los "azules" cayeron por 1-2 en el duelo de ida, sin embargo, en el partido de vuelta jugado en el mismo estadio, se impusieron por 1-0, obligando a una definición a penales, en la cual la «U» perdió por 2-4, sumando con ello su segunda derrota consecutiva, en instancias finales contra sus clásicos rivales.