Después de dar caza y asesinar a todos aquellos que conspiraron contra su familia, logrando eliminar la influencia templaria de los Pazzi en Florencia y ahora en Venecia de los Barbarigo, Ezio se enfrenta al líder de la Orden de los Templarios, Rodrigo Borgia, este último logra eludirlo pero pierde el "Fruto del Edén".