Las obras avanzaron muy lentamente por falta de recursos económicos y también porque surgieron graves problemas con el tema de la expropiación, ya que se necesitaban los terrenos hacia el sur, debido a que se había cambiado por completo el eje de la nueva planta (la nueva colegiata no se empezó a construir sobre la antigua sino perpendicular a ella): quedaría la cabecera al norte, junto al antiguo claustro de la colegiata anterior y los pies al sur.