La comparación de genes y proteínas y el estudio de la ultraestructura, han permitido confirmar que los coanoflagelados son, evolutivamente hablando, el grupo hermano de los animales verdaderos, haciendo que algunos especialistas los incluyan en el reino Animalia, como el filo más basal, con el nombre de Choanozoa (coanozoos), en vez de incluirlos en el reino Protista.