Cuando se produjo el alzamiento militar de 1936 se encontraba en Albarracín en excursión botánica con sus alumnos; para volver a Barcelona tuvo que atravesar la línea del frente, por lo cual después de la guerra sufrió de represalias (bajo la acusación de rebelión militar) con pérdida de todos sus cargos, lo que dificultó la continuidad de su carrera científica.