Ratchet y Clank se ven envueltos en una aventura en la que tendrán que salvar a el capitán Qwark de un viejo enemigo fan de Qwark que ya había aparecido en Ratchet y Clank 2, pero que encontrarlo era opcional al no estar en la historia de ese juego.Durante el juego, Ratchet y Clank deberán luchar contra ese misterioso enemigo juntos al viejo y clásico estilo de la serie, con armas nuevas y antiguas, y combates al estilo Tower defense.