El recurso hídrico es vital para la subsistencia y desarrollo de los seres vivos; sin embargo algunos ríos como: El Rosario, San Vicente, Baboseña, San Román, Río ancho, Naranjo, San Francisco, El paraíso, Las Ánimas, Taltop, Mopa, Quebrada El Relleno y Zin se encuentran contaminados por desechos sólidos, residuos de aguas negras y químicos utilizados en la agricultura, debido a que atraviesan centros poblados que no cuentan con los servicios de drenajes y recolección de basura, mientras que otros ríos como: Masá, Muchzú, La Nopalera, Chupa, Pacayá, Chopá, Coyote, Trompillo, Seco, Talticú, Aguilar, El Campamento, el Cangrejo, Buenos Aires, Flores, Troje, Zanjón y Sequivilla, son utilizados por lo centros poblados que atraviesan y donde se encuentra diversidad de peces que pueden ingerirse.