Ante la situación extrema de crisis social y económica, en el año 1995 los gobiernos provinciales de Río Negro y Chubut retomaron a su cargo la operación conjunta y mantenimiento del ferrocarril entre Ingeniero Jacobacci y Esquel, con lo cual se volvió parcialmente a la actividad del mismo, aunque con marcadas interrupciones y desinteligencias entre ambas administraciones.