Este dominio contiene 9 residuos de cisteínas susceptibles de formar nueve puentes de sulfuro intramoleculares; además todas las proteínas Cerberus-like tienen una larga cadena polipeptídica en el amino terminal precedente al dominio CT que parece ser responsable de la unión a Wnt (genes involucrados en el diseño de varias regiones de sistema nervioso central en vertebrados), actuando como un potente antagonista de estos.