Su estrecha supervisión del complejo aparato burocrático le permitió controlar con firmeza las respuestas a los múltiples desafíos que surgían en todos los escenarios conflictivos, entre los que destacaron la revuelta de Flandes (desde 1566), la rebelión de las Alpujarras (1568-1571), en parte relacionada con los enfrentamientos contra el Imperio Otomano en el Mediterráneo (batalla de Lepanto, 7 de octubre de 1571), la crisis sucesoria que le permitió convertirse en rey de Portugal (1578-1580), y los enfrentamientos contra Inglaterra en el Atlántico (fracaso de la Armada Invencible, 1588).