En cuanto tuvieron oportunidad, los jesuitas demostraron su deseo de asentarse en la universidad donde había estudiado su fundador (San Ignacio de Loyola) con una destacada iglesia (Bartolomé de Bustamante, Francisco de Mora y Juan Gómez de Mora, 1567-1625) y el Colegio Máximo de la Compañía de Jesús (el inicial, de 1546, se trasladó al actual de finales del siglo XVII, con traza de Melchor de Bueras -muy modificado tras la expulsión de los jesuitas en 1767, incluyendo una notable escalera de Ventura Rodríguez-).