Sin embargo, diferencias entre las autoridades y conflictos en el interior de la Iglesia ocasionaron que los líderes decidieran separar sus caminos, con la división de la entonces única Iglesia Metodista Pentecostal de Chile en tres entidades: la Iglesia Metodista Pentecostal de Chile de Derecho Público, mantenida por el obispo Cartes Venegas y correspondiente a 300 iglesias a nivel nacional; la Iglesia Metodista Pentecostal de Chile con Personalidad Jurídica de Derecho Privado (también conocida por Corporación Iglesia Metodista Pentecostal de Chile), liderada por el pastor vicepresidente gobernante de la Iglesia Nueva San Ramón, Roberto López Rojas, el que fue sindicado como antiguo agente de la Central Nacional de Informaciones (CNI) durante la dictadura militar, correspondiente a 62 iglesias; y la Primera Iglesia Metodista Pentecostal o Catedral Evangélica de Chile, liderada por el pastor Eduardo Durán Castro, con 65 templos y locales.