En 1994 llega al Senado y releva a su hermano Guillermo Alfonso como jefe de su grupo político; en 1998 es reelecto senador y empieza a perfilarse como máximo líder del liberalismo en su departamento, lo cual se consolida tras el cambio de partido (hacia el Partido de la U) del senador Carlos García Orjuela y su tercera elección senatorial en 2002.