Hijo de Giovanni Antonio (o Giannantonio) de los condes Carafa della Stadera (fallecido en Flandes Occidental, en 1516), —de una de las más nobles familias del reino de Nápoles—, y de Vittoria Camponeschi, hija, a su vez, de Pietro Lalle Camponeschi, último conde de Montorio al Vomano, y de Doña María de Noronha, portuguesa, de la familia noble de Pereira, "Senhores dos Lagares de El-Rei" y "Senhores de Paiva, Baltar e Cabeceiras de Basto".