El mayor problema que ha de afrontar el lago Võrtsjärv es el proceso de eutrofización, con aumentos considerables de nitrógeno en forma de fósforo, debido sobre todo a los desechos de la agricultura, que ha conllevado el reemplazo de algunas especies por otras, y la superpoblación de otras como por ejemplo la colonización del alga myriophyllum spicatum.