En este proceso, Zero debe enfrentar a los de Neo Arcadia, Reploides creados desde el ADN de X, cada uno con su propio ejército/Gundan: Fighting/Thosho Fefnir(Fafnir en Japón) líder del ejército Jin'en (del fuego), Fairy/Yohso Leviathan, líder del ejército Mekai (de los océanos oscuros) Hidden/Insho Phantom, líder del ejército Zan'ei (de las sombras destructoras) y Sage/Kensho Harpuia, líder del ejército Rekku (del Cielo Feroz).