El juego comienza a unos kilómetros de la costa pacífica de Panamá donde Nathan y Elena buscan un supuesto ataúd de Sir Francis Drake, son abordados por piratas, Victor Sullivan llega en un hidroavión a rescatarlos, vuelven a tierra firme en Panamá donde se revela en el diario de Drake un mapa muy fiel a la geografía real en el que El Dorado se encuentra cerca a un afluente al Norte del río Napo, en proximidades de Puerto Arica, Perú, entre el capítulo 1 y el 2 al parecer Nathan y Sullivan hacen una escala en Lima antes de llegar a El Dorado, que no aparece en el juego pero si es comentada por los personajes al inicio del capítulo 2.