Los órganos que integran el conjunto coral son tres: el primero cuya decoración principal ve hacia la nave de la epístola o nave procesional derecha corresponde al siglo XVIII, fue construido de 1710 a 1719 por Félix Izaguirre, actualmente ya no funciona, el segundo órgano antiguo fue construido por Inocencio Maldonado en 1737; el tercer órgano que ve hacia al frente del baldaquino y hacia al altar del perdón es el más grande de esta catedral se le ha dado el nombre de "Internacional" por haber participado en su construcción tres naciones: Estados Unidos en el año de 1958, en la ciudad de Búfalo se construyó la parte electrónica con cuatro teclados, Alemania los tubos artísticos y dorados y México el ensamble de madera de cedro y decoración en hoja de oro.