La nave central se cubriría con una gran cañón corrido con lunetos y las laterales con bóvedas de arista, mientras que el crucero lo haría con una cúpula vaída (el cimborrio que aparece en algunos dibujos no se debe a Herrera y se añadió a los planes del proyecto avanzado el , buscando una silueta más movida y barroca al exterior).