Este recinto, además de ser un museo de sitio, presenta temas relacionados con astronomía como telescopios de diferente tipo, artefactos de cohetería civil, junto a una variedad de elementos hallados en el Morro: restos históricos de la Batalla de San Juan y Chorrillos, cuyo punto culminante fue el enfrentamiento en la cima y laderas del Morro, previo al incendio del balneario de Chorrillos (1881) por los soldados chilenos; asimismo, muestras arqueológicas y vestigios de la cultura preinca ichma, algunos fósiles de fauna marina del cretácico inferior y muestras geológicas que presentan la actividad de las capas rocosas del Morro.