Jugaría dos temporadas en primera retornando en el 2008 para jugar con buen suceso en la "B", quedando eliminado en los play-off, igual situación se da al año siguiente, pero en la temporada 2010/2011, ocurre el momento más oscuro de Progreso a nivel deportivo de su historia, el club no puede pagar a tiempo y luego de varias gestiones no se le permite competir en el torneo de Segunda División.