En 1943 es nombrado en el mismo cargo por Juan Antonio Ríos, y el 6 de octubre de 1944 asume como Ministro del Interior de Chile, tras el fracaso de los ministros Morales Beltramí, Hiriart y Allard, todos del sector derechista del partido, el peso de Quintana fue en vano ya que nuevamente el CEN entorpeció su labor y fue obligado a renunciar, en ese cargo fue Vicepresidente por pocos días, producto de una enfermedad de Juan Antonio Ríos, luego sería reemplazado por Hernán Figueroa Anguita, quien no pudo asumir el cargo y fue reemplazado por Luis Álamos Barros en 1945.