La presidencia del Patronato del Archivo de la Corona de Aragón recae en la ministra de Cultura y cuenta con dos vicepresidencias; una vicepresidencia primera que será ocupada por uno de los consejeros de Cultura de las cuatro Comunidades Autónomas, que ejercerán sus funciones por turno rotatorio anual, y una vicepresidencia segunda, que estará ocupada por el subsecretario del Ministerio de Cultura.