En Egipto, tras la muerte de Timoteo III, Teodora consiguió ayuda de Dioscoros, el Prefecto Augusto, y de Aristómaco, el duque de Egipto, para facilitar el ascenso de Teodosio, un discípulo de Severo, maniobrando así en contra de su esposo, que apostaba por un calcedonio como sucesor del Patriarca; pero Teodosio de Alejandría, incluso con la ayuda de las tropas imperiales, no pudo mantenerse contra los seguidores calcedonios de Justiniano y cuando fue exiliado por Justiniano junto con otros 300 monofisitas a una fortaleza en Tracia, Teodora le rescató y le llevó al palacio Hormisdas, donde vivió bajo su protección, y después de su muerte en 548, bajo la de Justiniano.