Sus diferencias con el ministro don Pedro de Varela, al cesar en el cargo el bailío Valdés, considerando Mazarredo que no se atendía debidamente a los buques, y el haberse negado a ampliar los informes expuesto en circunstancias anteriores, como pretendía Varela, para acusar a Valdés de mala administración, le llevó a tener que presentar la dimisión de su mando, dimisión que fue aceptada, siendo destinado a Ferrol, con prohibición expresa de pasar a la corte.