El sistema defensivo desarrollado por Quintanilla era triple: primero estaban las defensas marítimas basadas en las lanchas cañoneras y los corsarios; después, un sistema de fortificaciones bien dispuestos para rechazar ataques por tierra y por mar, especialmente alrededor de San Carlos; y por último, los contingentes terrestres, como el batallón veterano, seis compañías de milicias, un escuadrón de milicianos a caballo, unidades de artilleros y las milicias.