La hidrografía de Ostuacán se encuentra dominada por el Río Grijalva, que recibe también el nombre local de Río Mezcalapa que lo recorre de una manera sinuosa de sur a norte, el río proviene de la Presa Malpaso que se encuentra en el vecino municipio de Tecpatán, y en territorio de Ostuacán es embalzado en la última presa hidroeléctrica del sistema Grijalva, la Presa Peñitas o ""Ángel Albino Corzo"", como es llamada oficialmente, ubicada casi en la frontera con Tabasco, en comparación con otras presas chiapanecas, Peñitas es un embalce relativamente pequeño, dedicado fundalmente a la producción de electricidad y el control de avenidas de agua.