Durante los siglos venideros, Mixquic mantuvo disputas por invasión de tierras con los pueblos aledaños; sin embargo los problemas no fueron de magnitud como el que enfrentaron ante los hermanos Iñigo y Remigio Noriega en 1895, año en el que el Estado pone el área del Lago de Chalco a disposición de los Noriega y que poco tiempo después deciden desecarlo para la introducción de ganado y nuevas técnicas de cultivo, afectando gravemente al pueblo de Mixquic.