La dinámica del CSIC determinó la construcción de nuevos edificios: también el CSIC integró fundaciones de la JAE, como el Museo de Ciencias Naturales, el Centro de Estudios Históricos (que estuvo ubicado en la calle de Medinaceli) y el emblemático Instituto Rockefeller, hoy Instituto de Química-Física Rocasolano, contribuyendo así a fortalecer, a pesar de tantas circunstancias políticas contrarias, los nexos históricos de unión entre la vieja JAE y el CSIC.