Tras esta obra, vienen muchas otras, como la capilla de los Benavides en el convento de San Francisco de Baeza, una obra maestra —por desgracia perdida en parte tras el terremoto de 1755—; la intervención en la catedral de Baeza o en el Antiguo Convento de Santo Domingo de La Guardia de Jaén, el Hospital de Santiago de Úbeda o la mismísima Catedral de Jaén, obra también iniciada por su padre, Pedro de Vandelvira en 1540, donde ejecutó las obras que su padre había trazado, especialmente la fachada de mediodía, la sala capitular, el panteón, la sacristía y las capillas del lado de la epístola.