El 2 de julio de 2006, Athletic Club y Osasuna llegaron a un acuerdo por Javi Martínez, en el que el club "rojiblanco" abonó al navarro su cláusula de rescisión de 6 millones de euros, una cifra bastante alta para algunos críticos, teniendo en cuenta la juventud del jugador y la inexperiencia en Primera División.Aquel día de principios de julio, Javi saltó directamente desde la 2.ªB a Primera División y se convirtió, de un plumazo, en el jugador más joven de esta categoría y en la gran esperanza del club de Ibaigane.