Algunos de los principales dirigentes militares y políticos del HVO fueron acusados de crímenes de guerra en abril de 2004 y llevados a juicio durante el verano de 2006: Jadranko Prlić, Bruno Stojić, Slobodan Praljak, Milivoj Petkovic, Valentin Ćorić y Berislav Pušić están actualmente en juicio en el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia, acusados de cargos que incluyen crímenes de lesa humanidad, violaciones graves de los Convenios de Ginebra y violaciones de las leyes o usos de guerra.