Los principales grupos de peces que se encuentran en la cuenca del Inambari son los carácidos (Characiformes), bagres (Siluriformes), peces eléctricos o macanas (Gymnotiformes), cíclidos y corvinas (Perciformes), anguilas de pantano o atingas (Synbranchiformes), "killifish" (Cyprinodontiformes), anchovetas (Engrauliformes), peces aguja (Beloniformes), rayas (Myliobatiformes)y truchas introducidas(Salmoniformes), formando un total de 9 órdenes y 33 familias de peces indígenas.