Obra que habría de traerle no pocos problemas: en 1577 (o 1578) sus trabajos fueron confiscados por orden real, probablemente por temor a que el valor que Bernardino asignaba al estudio de la cultura de los antiguos mexicanos y a que sus métodos misionales que, en cierta medida, respetaban las costumbres ancestrales, pudieran ser un obstáculo para la evangelización.