Entre los años 2006 y 2008, Copa Airlines agregó 15 destinos a su red de conexiones, entre los que se destacan: Manaus, Maracaibo, Montevideo, Río de Janeiro, San Pedro Sula y Santiago De Los Caballeros, Córdoba, Guadalajara, Punta Cana y Washington-Dulles, al tiempo que se vuelve miembro asociado de la alianza SkyTeam.