Para el Torneo Apertura 2008, Flores siguió al mando pero el Rebaño perdería otra liguilla, entre los encuentros se incluye un Clásico contra América que ganaron por 2-1 en el Azteca, hazaña que no repetían desde el Apertura 2003 cuando se impusieron por el mismo marcador en el Coloso de Santa Úrsula.