En la siguiente temporada (2006/07) no pudo consolidarse en el plantel titular, principalmente porque esta temporada se caracterizó por la crisis deportiva del club ya que los jugadores en su mayoría no tenían un alto rendimiento y no desplegaban todo su potencial en el campo de juego, cuyas consiguientes repercusiones hicieron que Jorge Burruchaga, por entonces DT de Independiente, renunciara.