Durante los 80s se formó el Instituto de Investigaciones Sociales y Instituto de Ingeniería en Mexicali (1981), la Faculta de Ingeniería del Campus Ensenada (noviembre de 1982), la Facultad de Arquitectura y Diseño de Mexicali(1983); la Facultad de Ciencias Químicas (1984), la Facultad de Odontología (1985), la Escuela de Humanidades, la Facultad de Medicina (1986), la Facultad de Contaduría y Administración y la Facultad de Economía (mayo de 1987) en Tijuana; la Facultad de Ciencias Marinas en Ensenada (noviembre de 1987), el Centro de Idiomas en Tijuana (febrero de 1988), la Extensión Universitaria (abril de 1988) y la Escuela de Ingeniería (agosto de 1989) en Tecate, y la Facultad de Ciencias de Ensenada (noviembre de 1989).