En 1512 daría comienzo la construcción de la puerta de las Cadenas en pleno renacimiento, en 1515 las obras de la capilla de Junterón (que concluyeron en 1574), la torre-campanario sería levantada a partir de 1521 (quedando paralizada en 1555), con la Sacristía (1522-1531) situada dentro del primer cuerpo de la torre, mientras que la pequeña capilla de la Anunciación (1527) y la capilla del Baptisterio (1541) son algo posteriores.