Así pues, tras la victoria de Isabel en la guerra civil castellana y la ascensión al trono de Fernando, las dos coronas estarán unidas bajo los mismos monarcas, pero Castilla y Aragón estarán separadas administrativamente, cada corona conservará su identidad y leyes, las cortes castellanas permanecerán separadas de las aragonesas, y la única institución común será la Inquisición.