Luego, en julio de 2003, el club disputó la Liguilla Pre-Sudamericana 2003, jugada por eliminación directa: en la primera ronda venció por 5-1 a Deportes Arica, pero en la segunda ronda perdió frente a Deportes Antofagasta por 1-2, eliminando con ello su opción de participar en la Copa Sudamericana 2003.