Aunque originalmente publicada como un solo libro de 918 páginas, el editor español, Ediciones B, tomando el ejemplo de la edición francesa dividió la obra en tres tomos, cortando en las páginas 320 y 620 del original estadounidense: Criptonomicón: El código Enigma, Criptonomicón: El código Pontifex, y Criptonomicón: El código Aretusa.