Ya en los años noventa, Santaolalla se volvió un apellido clave durante la explosión del rock latino de aquel momento, siendo productor musical de importantes bandas y artistas del continente como Caifanes, Maldita Vecindad, Los Prisioneros, Café Tacuba, Divididos, Fobia, Molotov, Bersuit Vergarabat, Julieta Venegas, Juanes, Jorge Drexler, La Vela Puerca, Árbol, Puya, entre otros, cuyos discos producidos por él se han ganado un lugar dentro de los mejores del rock en español y han dado forma a un mapa continental de música alternativa.