En la actualidad, una vez la estación de Toledo ha quedado comunicada exclusivamente con la de Atocha (no siendo ya posible llegar hasta Toledo desde Ciudad Real ni desde Aranjuez -ni, por tanto, desde Cuenca, Levante, Alcázar de San Juan o Andalucía-), la estación de Algodor se utiliza exclusivamente para apartar trenes de mercancías esporádicos o para cargar trenes de balasto.