En 1844, tras haberse proclamado la independencia de la República Dominicana, la nueva Junta Central Gubernativa sitúa a Higüey bajo la administración de la provincia de El Seibo, a la que perteneció durante décadas participando de los diversos acontecimientos que han marcado la historia dominicana como la lucha contra la ocupación de Estados Unidos de Santo Domingo (1916 a 1924 y de 1965 a 1966), con épocas de relativa prosperidad o de dificultad económica.