Documentalmente en el siglo XI (1053) la ermita se llamaba Sancti Johannis de Castiello (San Juan del Castillo), en la carta de donación que de ella hicieron Íñigo López, señor de Vizcaya, y su mujer Toda Ortiz a los monjes del Monasterio de San Juan de la Peña (Jaca, Huesca, Aragón), quedando bajo su protección y dominio, cuna de la Corona de Aragón.