Posteriormente Chipiona y Rota se segregaron del señorío al formar parte de la dote matrimonial Isabel Pérez de Guzmán, una de las hijas de Guzmán el Bueno, que se casó con Fernán Ponce de Léon, con lo que ambos lugares se incorporaron a las posesiones de la familia Ponce de León, germen de la casa de Arcos.