Comienza entonces, junto a la literaria, la edad de oro de las universidades españolas: la de Alcalá, la de Salamanca y la de Valladolid, con sus colegios universitarios administrados por las órdenes religiosas (dominicos, agustinos, jesuitas) fueron testigo de sonadas polémicas, de clases magistrales que se esperaban con expectación y de publicaciones que se recibían e influían en toda Europa, incluyendo una decisiva intervención española en el Concilio de Trento.