En la siguiente cita electoral foral (1999) el PNV se presentó en coalición con su escisión "Eusko Alkartasuna", sumando 16.512 sufragios (5,57%, séptima fuerza política) que le dieron derecho a tres parlamentarios y aumentando en igual unión a 22.727 votos en 2003 (7,61%) y sumando cuatro representantes forales, siendo la sexta fuerza en Navarra al ser ilegalizadas las opciones políticas de la izquierda "abertzale" vinculadas judicialmente a ETA.