Los hechos objeto de las pesquisas inquisitoriales, una mezcla de anhelos místicos e histeria colectiva por la cual muchas de las monjas del convento creían recibir revelaciones de los demonios anunciando la reforma de la iglesia, a lo que se sumaban los excesos sensuales del principal implicado, el capellán fray Francisco García Calderón, nombrado prior por Villanueva, comenzaron a ser investigados por el Santo Oficio de la Inquisición en 1628, con las detenciones y procesos de fray Francisco, doña Teresa, buena parte de las monjas del convento y algún otro religioso de San Martín.