Respecto de la población indígena, la Inquisición fue excluida en las primeras décadas del siglo XVI de abrir juicios contra ella por idolatría o brujería, por el criterio imperial español de considerarse a los indígenas -más que herejes- neófitos en el cristianismo, quedando esos asuntos bajo la directa jurisdicción de los cabildos y en la práctica, sometidos al arbitrio inmediato de los encomenderos.