El papel de parte del clero, de teólogos como los de la Escuela de Salamanca y de los propios reyes puede verse en la convocatoria de la Junta de Burgos y la Junta de Valladolid, que discutían sobre la naturaleza y la justificación de la conquista y la explotación económica de América (polémica de los "justos títulos" o de la "guerra a los naturales") y el corpus legislativo de las leyes de Indias.