El CSIC cuenta con varios órganos directivos: tres Vicepresidencias —Vicepresidencia de Investigación Científica y Técnica (VICYT), Vicepresidencia de Organización y Relaciones Institucionales (VORI) y Vicepresidencia de Relaciones Internacionales (VRI)—, la Secretaría General (SEGE) y el Gabinete del Presidente.