Pero el 15 de febrero de 1845, a pesar de retornar victorioso de la campaña en Nicaragua, el Ejército lo desconoció y el Poder Legislativo declaró nula su elección como Presidente de la República, siendo sustituido por el vicepresidente Guzmán; además, debido a los abusos cometidos -a los que se sumaba el fusilamiento del presbítero Pedro Crespín- el obispo Viteri y Ungo lo excomulgó el 23 de febrero de 1845 en la Catedral de San Salvador.