Sin embargo, su enfrentamiento con la etnia bereber provocó que, en el mismo año de su proclamación como califa, perdiera el trono a manos de su primo segundo Sulaimán al-Mustaín, que, con el apoyo bereber y el del conde castellano Sancho García, derrotó, el 1 de noviembre de 1009, al ejército califal en la batalla de Alcolea, lo que obligó a Muhámmad a refugiarse en Toledo.