La reina Isabel II le nombró en 1852 caballero de la Orden Civil de San Juan de Jerusalén, y tras la incorporación de la Orden al gran maestrazgo de la Orden de Malta, Manuel Silvela ingresó en esta última en 1889 como caballero de Honor y Devoción, previas pruebas de la legitimidad, cristiandad y nobleza de sus cuatro apellidos.