Hermano del también humanista Juan de Vergara, fue catedrático de griego en la Universidad de Alcalá, donde sustituyó a su maestro, Hernán Núñez de Guzmán, el Pinciano -apodado el "Comendador Griego"-, al tener que huir éste de ella por haber tomado posición junto a los partidarios de los Comuneros.