Como primera tarea a realizar, Magaña llevó a cabo el juicio de residencia a su predecesor Alonso Gasco de Herrera y a Francisco de Ovalle (es de mencionar que a todos los altos funcionarios -luego de concluir su mandato- se les enviaba a dicho juicio en donde se ventilaban casos de su gestión con la presencia de testigos, tras lo cual si se le le reconocía culpabilidad en algún cargo por lo general se les imponía una multa; dicho juicio era llevado a cabo por su sucesor o por un juez de residencia nombrado por la real audiencia guatemalteca, siendo lo último lo que paulatinamente sería lo usual).