Hijo de Alonso Quemado y María Sánchez Chacón, pertenecientes a la nobleza de Baeza, empezó sus estudios en el convento de dominicos de su ciudad natal, los prosiguió en la universidad de Baeza y en 1553 se doctoró en Teología y Artes en el Colegio de Santo Tomás de Sevilla, del que fue rector en dos ocasiones.