El núcleo urbano de San Fernando se asienta en la margen derecha del Jarama al norte de su confluencia con el Henares, en la parte más elevada y occidental del término que conforma una ladera de suave pendiente en transición entre los cerros con los que hace límite la ciudad y su término, y la vega fluvial dentro de éste en la que se interrumpe el continuo urbano, el casco antiguo se destaca dentro de un pequeño promontorio plano donde se da la cota 585 m.