Los orígenes del Mar de Ontígola se remontan a 1552, cuando Felipe II (1527-1598), siendo todavía príncipe, firmó una instrucción en la que instaba a Diego López de Medrano, gobernador de la administración del territorio de Aranjuez, a hacer "una laguna muy grande en el arroyo de Ontígola, y otros dos o tres pequeños en el de hacia Ciruelos, para que vengan a ellas aves para la altanería".