El aeropuerto está partido en dos: una parte francesa, considerada como la parte del espacio de Schengen, y la otra, que es la que sirve a los suizos; en esta última parte se encuentra una zona aduanera, que está unida con la ciudad de Basilea por una carretera especial, pero esta aduana se eliminó en 2004 cuando Suiza se integró al espacio Schengen.