Sus volúmenes más importantes, en general, eran Catálogo de Reptiles norteamericanos (1853, con Charles Frédéric Girard), Pájaros, en la serie de informes de exploraciones y estudios para una ruta ferrocarril del río de Mississippi al océano de Pacífico (1858) del que el Dr Elliott Coues dice que ejerció una influencia quizás más fuerte y más ampliamente que cualquiera de sus predecesores, Audubon y Wilson no ha exceptuado, y marcado una época en la historia de la ornitología estadounidense; los Mamíferos de América del Norte: las Descripciones se basaron en las Colecciones en la Institución Smithsoniana (Filadelfia, 1859); y el trabajo monumental (con Thomas Mayo Brewer y Robert Ridgway) la Historia de Pájaros norteamericanos (Boston, 1875-1884; los Pájaros de la Tierra, 3 vols., Pájaros de agua, 2 vols).