Por eso Leopoldo Zea acusa que Justo Sierra pretende hacer de la ciencia positiva una metafísica nueva, porque ya en esta visión que el Maestro de América tiene en su proyecto, la consideración metafísica y su religiosidad, a veces también interpretadas como “escepticismo”, comienzan a marcar otra etapa en su filosofía y, de la misma forma, encaminan el proyecto de Sierra a la figura de Universidad que desea realizar.