Inicialmente los españoles la llamaron "Santa Catalina" al igual que la isla en donde está su núcleo histórico, luego recibió la denominación en español y en portugués de "Santa Catharina" o "Santa Catarina" y oficialmente el nombre de "Nuestra Señora del Destierro", durante el siglo XIX e inicios de siglo XX los brasileños la llamaron "Desterro".