Ya en 1809, el virrey Liniers nombraría a Tomás de Rocamora como gobernador interino de Misiones, cargo que éste interpretó como autoridad de una gobernación, con una categoría equivalente a la que había tenido con Velasco entre 1803 y 1805, y como tenían desde hacía años las gobernaciones de Moxos y Chiquitos, mientras que Velasco parece haber interpretado que Rocamora estaba a cargo del gobierno militar, pero subordinado a él en lo político.