Tras décadas de acumular seguidores a través de las "zonas amarillas" y desarrollar nuevas tecnologías, la Hermandad de la Nod dirigida por el reaparecido Kane empieza una nueva guerra tiberiana, con un ataque sorpresivo al centro de mando de armas estratégicas de la GDI, deshabilitando así la capacidad antimisiles de la GDI y dejando el camino abierto a un exitoso ataque a la estación espacial "Filadelfia", eliminando en el proceso a la mayoría del estado mayor de la GDI.