Para detener el descenso en el tráfico a principios de los años 1990, la compañía se reestructuró en 1998 y se reorganizó en cuatro filiales principales: "CFR Călători", responsable de servicios de pasajeros; "CFR Marfă", responsable del transporte de carga; "CFR Infrastructură", administra la infraestructura de la red ferroviaria rumana; y la "Societatea Feroviară de Turism", o SFT, la cual administra los ferrocarriles en rutas turísticas.