Actualmente, existen disputas — avivadas por factores como el abastecimiento de la zona metropolitana de Puebla, la instalación de la planta armadora Audi en San José Chiapa y las concesiones de uso de agua a empresas mineras de la zona— en cuanto al manejo de los recursos hídricos de la región de los Llanos, que corren peligro de sobreexplotación.