Mientras en el norte se consolidaba el gobierno de la junta, en el resto del país se instalaba una férrea dictadura bajo la dirección del Ministro Domingo Godoy, dispuesto a aplastar la rebelión sin reparar en los medios: las universidades y algunos liceos fueron cerrados, así como los clubes y centros políticos; las cárceles se llenaron de enemigos del régimen; los diarios fueron cerrados, las cortes fueron reemplazadas por tribunales militares; fueron incautadas arbitrariamente las haciendas de los opositores; además de realizarse en campos y ciudades enrolamientos forzosos, destinados a incrementar el ejército del gobierno.