El órgano interno de mayor relevancia, para los fines militares del instituto armado, es el "Estado Mayor de General de la Armada"; pues es el instrumento técnico operativo, encargado de diseñar los planes, proyectos y programas destinados a establecer las estrategias de defensa y seguridad nacional marítima, inteligencia militar, seguridad de las aguas interiores, mar territorial y zona económica exclusiva, y la colaboración del personal militar en situaciones de desastre en la población civil.