Sin embargo, en la elección presidencial de 2009, los integrantes de la fórmula presidencial del FMLN, el periodista Mauricio Funes como candidato a la presidencia, y el profesor Salvador Sánchez Cerén como candidato a la vicepresidencia, recibieron un total de 1,354,000 votos, el 51,32% de los votos válidos;derrotando a la fórmula presidencial del partido Alianza Republicana Nacionalista (ARENA), formada por el ex-director de la Policía Nacional Civil Rodrigo Ávila como candidato a la presidencia y Arturo Zablah como candidato a la vicepresidencia,con 1,284,588 votos, el 48.68% de los votos válidos,y fueron declarados Presidente y Vicepresidente de la República para un mandato de cinco años (para ocupar el cargo en el período comprendido del 1 de junio de 2009 al 1 de junio de 2014), derrotando al partido Alianza Republicana Nacionalista por primera vez, después de que este ocupó la presidencia desde 1989.