Sin embargo, la posterior separación de la unión colombiana dejó pendiente la suscripción de un tratado de límites que formalizara la frontera heredada de la colonia, lo que durante los años venideros desembocaría en el conflicto de La Pedrera, en la guerra colombo-peruana (1932-1934) y en el largo conflicto entre el Perú y Ecuador (siglos XIX y XX).