Por resolución n.º 126/2011 de la Administración de Parques Nacionales de fecha 19 de mayo de 2011 se dispuso que Pre-Delta encuadrara para los fines administrativos en la categoría "áreas protegidas de complejidad III", por lo cual el parque nacional tiene a su frente un "intendente" designado, del que dependen 4 departamentos (Administración; Obras y Mantenimiento; Guardaparques Nacionales; Conservación y Uso Público) y la División Despacho y Mesa de Entradas, Salidas, y Notificaciones.