Murguía se registran tres diferentes tipos de clima: una banda central de territorio en sentido norte-sur, registra una clima "Seco semicálido", todo el resto del territorio hacia el este de esta franja y un sector al oeste de la misma tienen clima "Seco templado", finalmente el extremo oeste del territorio tiene un clima "Semiseco templado"; la temperatura media anual sigue un patrón similar, la franja central ya mencionada, y que corresponde al curso del río Aguanaval, registra un clima entre 18 y 20 °C, el territorio a ambos lados de esta zona tiene un promedio entre 16 y 18 °C, existen además dos zonas, una al este y otra al oeste, en las serranías elevadas, en que la temperatura media anual se encuentra entre 14 y 16 °C; todo el municipio registra una precipitación promedio anual de 300 a 400 mm, a excepción de dos zonas, la más occidental y la zona elevada de la Sierra de Guadalupe, donde el promedio es de 400 a 500 mm.