La restauración borbónica y el regreso del neoabsolutista Fernando VII cambiaron su suerte; su "Teoría de las Cortes" y el "Examen" fueron prohibidas en noviembre de 1817 por la Inquisición y él mismo fue perseguido y confinado en Lérida entre 1818 y 1820 pese a las protestas de las Academias, entre ellas la de Barcelona, que lo nombró miembro en 1818.