Siguiendo con el ejemplo de la Masacre de las Dos Erres, si bien fueron implementadas las medidas de indemnización y reparación moral ordenadas por la Comisión, el proceso que investiga estos hechos ante los tribunales de Guatemala, es materia de profunda preocupación por la duda que se ha manifestado sobre la aplicación de la Ley de Reconciliación Nacional a su respecto.