Originalmente, este microorganismo fue denominado "Bacterium pestis" hasta 1900", Bacillus pestis" hasta 1923", Pasteurella pestis," hasta que en 1970 se le denominó "Yersinia pestis" en honor de Alexandre Yersin, bacteriólogo franco-suizo del Instituto Pasteur, codescubridor de la bacteria en 1894 junto a Kitasato Shibasaburō, ambos de manera independiente.