Fue por eso que el presidente Pedro José Escalón, en su mensaje leído ante el congreso salvadoreño en 1905, expresó que las facultades profesionales organizadas en virtud del decreto legislativo de disolución de la UES funcionaban con toda regularidad.De este modo, la UES fue sustituida por esta clase de instituciones educativas durante casi seis años, hasta que finalmente fue restablecida a partir del 1 de enero de 1909 mediante Decreto Ejecutivo del 15 de diciembre de 1908, publicado en el Diario Oficial No.