La única corriente de importancia que recorre el municipio es el Río Zahuapan, que lo atraviesa en la zona norte por un cauce de 6.6 kilómetros de longitud y en sentido noreste-suroeste, existen además otras corrientes menores que descienden de los cerros y se dirigen al Zahuapan, en su extremo sureste se encuentra la Laguna de Acuitlapilco, que en épocas pasadas fue un extenso lago y actualmente se encuentra sumamente recuperado.