Con la caída de Fernández Durán se produjo una nueva reorganización al dividirse su Secretaría en dos: por un lado Guerra, y por otro la de Marina e Indias; quedando la organización en las cinco secretarías de Despacho especializadas y diferenciadas hasta el siglo XIX, aunque se diera el caso que la misma persona ocupara simultáneamente dos o más secretarías, como en el caso de José Patiño Rosales, José del Campillo y Cossío, Zenón de Somodevilla, o Leopoldo de Gregorio.