Además, los análisis moleculares (Moyle, 2006) sugieren que el martín pigmeo de Madagascar está más cercanamente relacionado con el martín pescador malaquita, y que el ordenamiento actual dentro de los géneros "Alcedo" y "Ceyx" necesitaría ser revisado, dado que no parece reflejar las relaciones que se conocen en el presente (por ejemplo "Alcedo azurea" parece tener como especie más próxima a "Ceyx erithaca").