La misión genérica de la UOE era llevar a cabo Operaciones Especiales en los ámbitos marítimo y marítimo-terrestre en forma de acciones militares directas o indirectas sobre objetivos estratégicos, operacionales o tácticos de alto valor, tanto en tiempo de paz como en situaciones de crisis o guerra, utilizando tácticas, técnicas y procedimientos diferentes de las fuerzas convencionales.