Inició estudios universitarios en ingeniería civil, pero los abandonó en 1976, al verse forzado a ocuparse de los negocios familiares debido al arresto de su padre José Manuel Zelaya Órdoñez, que fue implicado y condenado por los asesinatos que se cometieron en propiedad del acusado en el hecho conocido como la masacre de los Horcones.