El Colef está conformado por seis departamentos académicos: Estudios de Administración Pública, Estudios Culturales, Estudios Económicos, Estudios Sociales, Estudios de Población y Estudios Urbanos y del Medio Ambiente, los cuales se complementan con áreas de apoyo estadístico, sistemas de información geográfica, cómputo, comunicación y publicaciones.