El municipio está dentro de la cuenca hidrológica del golfo, en él se encuentran los ríos Hueyapan, Cedazo, Maquixtla, Tepexco, la Ferrería, Tlayaquia y Atlixcala, estos se originan en las estibaciones orientales del altiplano y corren paralelos de oeste a este, para unirse al Laxaxalpan en el Río Cananutla.