No existen referencias escritas de los primeros exploradores europeos del siglo XVI, pero la topominia de la palabra Contoy puede tener dos posibles orígenes: de los vocablos mayas "Kom" (bajo o rehollado) y "To´oy" (abrigo) términos relacionados con las aguas bajas aledañas a la Isla que brindaban refugio a los marinos; o del vocablo "Pontó" que en maya significa Pelícano.