Después de eso, Eggman atrapa a Sonic, pero con el poder de las Esmeraldas del Caos se transforma en Súper Sonic y destruye su robot, pero Eggman ya tenía eso planeado y escapando lo logra llevar a una sala de operaciones en la que el archi-enemigo del erizo por fin conseguirá capturarlo en una misteriosa máquina y usará la energía de las Chaos Emeralds (Esmeraldas Caos) junto a Sonic para despertar a una criatura que habita en el interior del planeta llamada Dark Gaia.