Fue designado, por parte del Secretario General de las Naciones Unidad como miembro de la Comisión de la Verdad de El Salvador que tomó posesión en julio de 1993 junto con Reinaldo Figueredo Planchart y Thomas Buergenthal, a elección entre los tres comisionados, Betancur fue el presidente de la misma durante los 6 meses de funcionamiento y la redacción del informe final presentado en enero de 1993.