En verano de 2016, se convierte en el segundo entrenador de la UD Almería de cara a la temporada 2016/17, una vez que ha confirmado al club y a Fernando Soriano que acepta la propuesta que éste le hizo para ser su ayudante, ya que Soriano y Juanito ya coincidieron como jugadores en el Almería, concretamente en las temporadas 2007-2008 y 2008-2009.