El territorio que ocupa actualmente el Municipio de Bahía de Banderas estuvo habitado durante la época precolonial por pueblos o tribus pertenecientes a la monarquía o Hueytlahtonazgo de Xalisco, el cual se extendía hacia el sur, fuera de los límites de lo que actualmente es el estado de Nayarit, y fue fundado entre los años 559 y 618.