En julio de 1587 renunció al título nobiliario que le correspondía por sus derechos de primogenitura en favor de su hermano Diego, y en noviembre del mismo año fue ordenado obispo de Cádiz a instancias de Felipe II, siendo consagrado por el cardenal Gaspar de Quiroga; durante su obispado mandó levantar a su costa parte de la muralla de la ciudad.