La ideología del mestizaje, que ha desdibujado las líneas de raza a nivel institucional, también ha tenido una influencia significativa en los estudios genéticos realizados en México: Como los criterios utilizados en los estudios para determinar si un mexicano es mestizo o indígena a menudo se basan en rasgos culturales como la lengua hablada en lugar de la autoidentificación racial o una selección basada en el fenotipo, existen estudios en los que poblaciones que son clasificadas como indígenas por virtud de la lengua hablada muestran un mayor grado de mezcla genética europea que poblaciones consideradas mestizas en otros estudios.