Desde el punto de vista hidrológico la municipalidad de localiza en la región denominada "cuenca alta del río Lerma" y al sistema hidrológico "Lerma-Chapala-Santiago", comprendida en la cuenca Almoloya del Río, subcuenca río Almoloya-Otzolotepec; este sistema está integrado por el río Lerma que pasa por el oriente del municipio, presenta un alto grado de contaminación por desechos de aguas negras y de las industrias que son arrojadas desde los pueblos de Almoloya del Río, Texcalyacac, Techuchulco, Capulhuac, Tianguistenco, Santa Cruz Atizapán y Metepec.