Después de una primera toma de contacto con la plaza fuerte de Cartagena de Indias, hervidero de negreros, piratas e inquisidores, se trasladó, en un lento viaje en champán por el río Magdalena y luego a lomos de mula, hasta Santa Fe de Bogotá, donde no estaban aún organizados los estudios de teología, lo que Pedro aprovechó para servir como hermano coadjutor.