En Tomsk hay 19 escuelas secundarias de formación profesional (incluyendo tres privadas), escuelas técnicas superiores (politécnicas, comercial-económica, de transporte ferroviario, administración municipal, geodesia, cartografía, automoción, carreteras, silvicultura, agricultura), escuelas universitarias de médica básica, farmacéutica, de magisterio, industrial, cultural y de arte; una Escuela de Música y el Seminario Teológico Ortodoxo Edison Denisov.