Tras el indulto del Virrey de la ciudad de Lima, capital del Virreinato del Perú y la firma de Paz de Sicuani (1782), fue envuelto en nuevas acusaciones, bajo las argucias de los Criollos descontentos y detractores de la Rebelión del Inca Tupac Amaru II, fue arrestado y remitido a España a cumplir condena de diez años de prisión y destierro perpetuo del Virreinato, ya que él y los demás líderes buscaban la independencia del Tahuantinsuyo, en contra de los intereses del Virreinato peruano, y en virtud a la sentencia del 16 de marzo de 1784, fue conducido a la Ciudad de Madrid, del reino de España.