En los últimos años de su vida, ve como gran parte de su proyecto es destruido por las autoridades y los atentados perpetrados por sus opositores; así, en mayo de 1902 fue asaltado y saqueado el Centro Vasco; ese mismo mes, Arana fue encarcelado por delito de rebelión por enviar un telegrama al presidente estadounidense Theodore Roosevelt, felicitándole por conceder la independencia a Cuba: