Luego de la Independencia de Centroamérica en 1825, la Asamblea del Estado de Guatemala dividió los territorios del país y asignó a San Antonio Huista al departamento de Totonicapán/Huehuetenango; ahora bien, a partir del 3 de abril de 1838 San Antonio fue parte de la región que los criollos liberales establecieron como el Estado de Los Altos, hasta que este fue reintegrado a la fuerza por el general conservador mestizo Rafael Carrera en 1840.