El jugador sigue al equipo Aqua/Magma hasta la montaña y descubre en él que el equipo Aqua/Magma están preparando utilizar el meteorito para alterar el clima de la región —en el caso del equipo Aqua, quieren elevar el nivel de los mares para que los Pokémon agua dominen el mundo, mientras que el equipo Magma quiere llenarlo con magma volcánica para extender los continentes—.