Los casos más sonados han sido el de la persecución y exterminio físico sistemático de los miembros de la Unión Patriótica, en los años 1980, autoría de grupos paramilitares que contaron con la complicidad de agentes de las Fuerzas Militares y la permisividad del gobierno colombiano, y el más reciente, el denominado Escándalo de los falsos positivos, en el que miembros del Ejército asesinaron a miles de civiles inocentes, presentándolos luego como guerrilleros dados de baja en combate.