Francisco, nacido en Madrid en 1642, era el hijo natural del primer marqués de Villadarias, Antonio del Castillo y Maldonado, nacido de una relación con María Muñoz de Lorca, que careciendo de hijos legítimos de su matrimonio con Catalina de Argote, lo declaro como sucesor al mayorazgo de la Casa de Arias del Castillo y del Marquesado de Villadarias, Francisco cambió su segundo apellido por Fajardo, apellido procedente de su bisabuela.