Cuando Belmonte fue ocupado por los milicianos del bando republicano, Melchor hizo que el maestro de estudiantes de los trinitarios escondiera a los religiosos entre las familias del pueblo, pero él no abandonó el convento y permaneció allí con tres de sus hermanos de hábito, Luis de San Miguel de los Santos, Santiago de Jesús y Juan de la Virgen del Castellar.