El nuevo papa sólo contaba con el apoyo imperial ya que el pueblo romano no aceptaba un papa extranjero rigiendo los destinos de la Iglesia; por lo que, aprovechando que Otón III volvió a Alemania y que el papa se encontraba en la Lombardía, Crescencio II con el apoyo bizantino nombró papa, en 997, a Juan Filigato, un obispo de origen griego, que tomó el nombre de Juan XVI.