Debido a esta diversidad, y para organizar de forma más eficiente su trabajo, la labor del instituto está organizada tres grandes Divisiones Estratégicas de investigación (Ingeniería Biomédica, Inteligencia Ambiental y Procesos y Reciclado) y tres Líneas Relevantes de investigación (Automoción, Inducción y Sistemas Discretos Distribuidos), de carácter unidisciplinar pero de especial interés.