Los colonos europeos no pudieron colonizar de manera inmediata los terrenos de las encomiendas, hubo una fuerte hostilidad por parte de los indígenas otomíes en contra de los colonizadores; sin embargo, las enfermedades traídas por los españoles, como la viruela, fue reduciendo el numero de indígenas en toda la región, lo que ayudó a establecer a numerosas familias ibéricas en haciendas y rancherías.