El distinto comportamiento de las ciudades, según Antonio Domínguez Ortiz y Bernard Vincent, se explica por la mayor presencia de «cristianos viejos» y la mayor integración de los moriscos en ellas —en las Alpujarras y en otras áreas donde prendió la rebelión, por el contrario, había pueblos en los que el único «cristiano viejo» era el párroco—.