En 2008, las relaciones con el presidente del Ecuador, Rafael Correa, se deterioraron por cuenta de la Operación Fénix, incursión de las Fuerzas Militares de Colombia dentro de territorio ecuatoriano, en el que fue dado de baja el cabecilla de las FARC alias "Raúl Reyes" y se encontraron lazos de dicha organización con miembros de varios gobiernos internacionales en los computadores de Raúl Reyes.