El Ju 88 V2 retuvo los motores Daimler-Benz DB 600Aa provistos de unos característicos radiadores refrigerantes anulares, pero al Ju 88 V3 se le instalaron motores Junkers Jumo 211A y equipo militar completo, así como una nueva cabina más alta, ametralladora dorsal, otra arma similar de tiro frontal y capacidad para una carga interna de 500 kg de bombas, lanzables con ayuda del visor situado en una barquilla bajo la proa.