Durante el siglo XVIII la isla fue usada por piratas y bandidos, durante la Segunda Guerra Mundial y hasta 1952 la isla fue usada por las Fuerzas Armadas de Estados Unidos para realizar pruebas con bombas, entre 1952 y 1965 la Fuerza Aérea Norteamericana usó la isla como zona de entrenamiento, y en 1983 fue designada como "Refugio nacional de vida silvestre de Desecheo" (en inglés: "National Wildlife Refuge").