Para el certamen ‘Apertura’ de 1999 a efectuarse entre el 7 de febrero y el 27 de junio, integró el Grupo D (cuadrangulares regionales) al lado de Atlético Junior, Atlético Bucaramanga y Unión Magdalena, el equipo fue obligado a hacer grandes desplazamientos al jugar con los equipos de la zona norte del país.