Tras ascender en 1989, Universidad de Chile volvió a disputar los primeros lugares de la máxima categoría en la década de 1990 y en la de 2000, logrando dos y el Torneo de Apertura 2004, además de dos Copas Apertura; no obstante, dificultades tributarias terminaron por desencadenar la quiebra de la institución en 2006.