De acuerdo con la "histórica relación que existe entre Navarra y la Comunidad Autónoma Vasca", IUN-NEB posee, en su estructura de organización, un órgano de encuentro con el referente de Izquierda Unida en el País Vasco, Ezker Anitza, la "Comisión de encuentro entre IUN-NEB y Ezker Anitza".