En 1999 entraron en servicio cuatro nuevas estaciones en dicho tramo: San Mamés (hoy soterrada y parte del complejo intercambiador del barrio), Autonomía, Ametzola y Zabalburu, parte de lo que se denominó "Variante Sur Ferroviaria de Cercanías de Bilbao", un proyecto de Bilbao Ría 2000.