Una vez hecho esto fueron a rescatar al Capitán Keyes para obtener los implantes neurales y poder activar el núcleo de fusion del Pillar of Autumn donde el capitán se encuentra en intensa lucha con los covenant y flood en una nave crucero covenant que aparece en el nivel de verdad y reconciliación ahora estrellada por los flood que la arribaron, pero los flood infectaron al capitan keyes y lo hicieron uno de ellos.