En el arrecife Ixlaché se han contabilizado 17 especies de corales duros y 14 gorgonáceas o corales blandos, entre los cuales se pueden nombrar: coral cerebro ("meandrina meandrites", "diploria labyrinthiformis", "diploria strigosa"), el coral estrella ("montastraea annularis"), Coral gran estrella ("montastraea cavernosa"), los corales pilares ("dendrogyra cylindrus"), el cuerno de alce ("Acropora Palmata"), el cuerno de Ciervo ("acropora cervicornis"), el Coral de fuego ("millepora complanata"), el candelabro ("plexaura flexuosa"), el abánico de mar ("gorgonia ventalina"), así como 106 especies de invertebrados bentónicos de arrecife, 14 especies de esponjas, 11 de moluscos, caballitos de mar ("equinodermos"), estrella de mar ("Oreaster reticulatus"), anémonas y zoántidos