En marzo de 1905, la tuberculosis había vuelto a afectar la salud de Ceferino Namuncurá, internándose en el hospital de los Hermanos de San Juan de Dios, donde fue atendido por el doctor José Lapponi (médico personal de los papas León XIII y Pío X), falleciendo el 11 de mayo de la citada fecha, a los 18 años de edad, acompañado por monseñor Cagliero.