Tradicionalmente se han agrupado en dos grupos sobre la base de la estructura y desarrollo de los esporangios: maratiales y ofioglosales son llamados en conjunto "helechos eusporangiados" (pero también son eusporangiados los equisetos y los psilotos), y los polipódidos son llamados "helechos leptosporangiados"; aunque los análisis filogenéticos determinaron que los eusporangiados son en realidad un grupo parafilético en relación a los leptosporangiados.