Aprovechando está situación, en el mismo mes de abril de 1840 el general Francisco Cáscaras invade la ciudad santaneca; luego el 10 de mayo de 1840, Rafael Carrera y Joaquín Durán entraron a San Salvador como comisionados de Guatemala seguidos de una columna de 600 hombres, el 13 de mayo se reunieron con los comisionados salvadoreños Manuel Barberena y Juan Lacayo firmando un conjunto un convenio con lo cual y junto con la salida de Morazán del país se de tuvo la guerra tanto con Guatemala como con Honduras y Nicaragua, sin embargo la paz no duraría mucho sobre todo con Guatemala, además de eso quedó como comandante de las armas de El Salvador Francisco Malespín.