Siguiendo un análisis cladístico de 27 taxones de saurópodos con 154 caracteres anatómicos, Rauhut "et al." asignaron a "Brachytrachelopan" dentro de Dicraeosauridae, proponiendo que, dentro de este clado, debe ser considerado en un grupo hermano con el taxón africano "Dicraeosaurus" del Jurásico superior, en vez de "Amargasaurus" del Cretácico inferior sudamericano.