En ese mes cometió traición a su patria cuando aceptó la ayuda militar del Imperio de Brasil ―que había declarado la guerra a Uruguay (gobernado por Bernardo Prudencio Berro)― y de los unitarios de Buenos Aires, Flores ocupó Florida el 4 de agosto de 1864, e hizo fusilar a los defensores de la villa (hoy ciudad, capital del departamento homónimo).