Iñigo (Ignacio) era el menor de trece hermanos, todos ellos hijos de Beltrán Yáñez de Oñaz y Loyola, VIII señor de la casa de Loyola de Azpeitia, y Marina Sáez de Licona y Balda, natural de la villa vizcaína de Ondarroa, donde nació en la Casa torre Likona perteneciente a su familia.