Margarita Gonzaga d'Este, duquesa de Ferrara (Mantua, 27 de mayo de 1564 - Mantua, 6 de enero de 1618) fue una noble italiana, hija del duque Guillermo Gonzaga de Mantua y Montferrato y de la archiduquesa austriaca Leonor de Habsburgo, hija del emperador Fernando I y de Ana de Bohemia y Hungría.