Existen al menos tres versiones diferentes acerca de la muerte de Guerrero, Ethel Duffy Turner afirma que fue a causa de una bala accidental de un compañero que lo confundió con un espía al subir Guerrero a una barraca para hacer un reconocimiento; Martínez Nuñez habla de que Guerrero recibió un balazo en el ojo derecho cuando subió una azotea para contrarrestar un ataque de soldados federales; por su parte, Enrique Flores Magón sostiene que Práxedis exponía a la población los ideales del PLM cuando de pronto cayó muerto con un bala en la frente.