Esta bandera nunca fue suprimida o cambiada en forma oficial por los gobiernos republicanos de México, tanto los de corte federalistas como centralistas entre 1823 y 1879, aunque en la práctica existieron multitud de diseños, tamaños y hasta disposiciones de color, por ejemplo la bandera del Batallón de San Blas tiene los colores rojo y verde intercambiados, otro cambio menor pero que aún causa controversias, ocurrió durante la revolución de Ayutla y la Guerra de Reforma los grupos liberales mostraban al águila mirando hacia el color verde, a la izquierda del observador, para diferenciarse de los grupos conservadores, en cuyos escudos las águilas miraban al rojo o a la derecha, tal y como era oficialmente.