Los grupos cristianos protestantes en El Salvador son la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días y la Comunidad de Cristo; están los Testigos de Jehova y también hay doctrinas no cristianas como el bahaísmo, islamismo, budismo, judaísmo, grupos relacionados con el hinduismo, rosacrucismo, movimientos psiquicoespiritualistas de la "Nueva Era" y religión popular o sincrética de tradiciones nativas y catolicismo.