En su segunda temporada alcanzó el subcampeonato liguero jugando todos los partidos, lo que le permitió jugar en la Liga de Campeones 1998/99.El 11 de marzo de 2000 disputó su último partido con el Athletic en la derrota (0-4) ante el FC Barcelona.A partir de entonces, Luis Fernández prefirió alinear a Iñaki Lafuente.