Hecha la paz con Bolivia, Pezet apoyó el levantamiento del general Juan Francisco de Vidal y luchó en la batalla de Agua Santa, librada el 17 de octubre de 1842; por su destacada conducta en el campo de batalla fue ascendido a General de Brigada.Vidal, ya como Presidente del Perú, lo nombró Prefecto de Lima y le confió el mando de una división que debía oponerse a la revolución de Manuel Ignacio de Vivanco; sin embargo, Pezet se pasó a las filas de dicho caudillo, y en su nombre ejerció el poder interinamente, de 27 de marzo a 7 de abril de 1843.