El 10 de febrero de 1868, al fundarse la Escuela Nacional Preparatoria, Barreda fue nombrado director general, donde con el lema, ""Amor, Orden y Progreso"", implementó el sistema positivista en su plan de estudios e impartió la cátedra de lógica; continuó impartiendo la cátedra de patología general en la Escuela de Medicina y participó activamente en la política mexicana.