Nació en la localidad toledana de Tembleque y emigró a la Nueva España a finales de la tercera década del siglo XVI o principios de la cuarta, junto con Fray Juan de Romanones; de acuerdo al historiador Gerardo Bravo Vargas se desconoce su nombre real, pero es casi seguro que no haya sido Francisco, esto considerando que era costumbre entre las órdenes religiosas el uso del nombre del santo al que le gustaría imitar en vida, Francisco de Tembleque lo habría tomado de San Francisco de Asís, agregando como apellido el nombre de su población de origen.