Con el marco fundamental de un ecosistema paramero, existen en el Parque más de 1000 cuerpos de agua, entre las que se destacan 235 lagunas bien definidas ubicadas sobre sus extensos valles; entre las más importantes están Luspa, Lagartococha, Osohuaycu, Mamamag ó Taitachungo, Quinoascocha, La Toreadora, Sunincocha, Cascarillas, Ventanas, Llaviucu, Angas, Ventanas y Tinguishcocha.