Mientras se mantuvo en el poder, Frank fue cómplice de Kurt Daluege en la matanza de Lídice y Ležáky por orden directa de Hitler en 1942 como represalia por la Operación Antropoide; en esa misma oleada de represión brutal Frank ordenó arrestar a más de 3.000 personas y ejecutar a 1.357 ciudadanos checos, la mayoría inocentes del asesinato de Heydrich, en lo cual fue secundado por el nuevo jefe de las SS en el Protectorado, el brutal Kurt Daluege que actuaba bajo órdenes del nuevo "Reichsprotektor".