Entre otros, se puede encontrar la obra de Harnett en la Addison Gallery of American Art (Andover, Massachusetts), la Albright-Knox Art Gallery (Buffalo (Nueva York), el Museo de Arte Allen Memorial (Oberlin College, Ohio), el Amon Carter Museum (Texas), el Art Institute of Chicago, el Brandywine River Museum (Pensilvania), el Brooklyn Museum of Art, el Carnegie Museum of Art (Pittsburgh), el Cincinnati Art Museum, el Museo de arte de Cleveland, el Detroit Institute of Arts, el Farnsworth Art Museum (Rockland, Maine), los Fine Arts Museums de San Francisco (California), el Harvard Art Museum de la Universidad Harvard, el High Museum of Art de Atlanta, la Academy of Arts de Honolulú, el Museo de Arte Joslyn de Omaha (Nebraska), el Museo de Arte del Condado de Los Ángeles, el Metropolitan Museum of Art de Nueva York, el Museum of Fine Arts de Montgomery (Alabama), la Galería Nacional de Arte (Washington), la Galería Nacional de Canadá de Ottawa, el Museum of American Art de New Britain (Connecticut), el Museo de Arte de Filadelfia, el Museum of Art de San Diego (California), la The Huntington Library de San Marino (California), el Museo Thyssen-Bornemisza de Madrid, el Museum of Art de Toledo (Ohio), el Wadsworth Atheneum de Hartford (Connecticut) y el Westmoreland Museum of American Art de Greensburg (Pensilvania).