Sin duda el elemento más interesante del interior del templo es el Retablo Mayor plateresco del siglo XVI, que no es el original; éste fue un encargo de don Sancho al pintor de origen flamenco Juan de Flandes y consistía en seis pinturas alusivas a pasajes evangélicos las cuales sí se conservan, aunque dispersadas: cuatro se encuentran en el Museo del Prado de Madrid y las dos restantes en la National Gallery of Art de Washington D.C..