Gran importancia tuvieron dos instituciones ligadas directamente a la Iglesia: las Órdenes Militares (como la internacional Orden de San Juan y las privativas de Aragón Montesa y Castilla Santiago, Alcántara y Calatrava) y las Universidades (entre las que destacaban las que pasaron a denominarse "mayores": Salamanca, Valladolid y Alcalá, frente al resto de conventos y colegios-universidades, que pasaron a denominarse "menores" cuya función social era mucho más importante que la educativa, mientras que la científica estuvo prácticamente ausente, más allá del Derecho y la Teología.