Magdalena está conformado por cuatro cuencas hidrográficas: La primera corresponde a los ríos que nacen en la ladera septentrional de la Sierra Nevada, la segunda cuenca está compuesta por los ríos que nacen y corren por la ladera sur y suroccidental de la Sierra Nevada, la tercera cuenca está formada por los caños y arroyos que vierten sus aguas a la Ciénaga Grande y esta a su vez al río magdalena la cuarta cuenca corresponde al río Ariguaní.