Todo el territorio de Coneto forma parte de la "Región hidrológica Nazas-Aguanaval", una de las cuencas cerradas del norte de México, y se divide en dos cuencas, al extremo noroeste del territorio pertenece a la "Cuenca de la Presa Lázaro Cárdenas", también conocida como "El Palmito" y el resto del municipio forma parte de la "Cuenca Río Nazas-Rodeo".