Los dos tratados parecían dejar en claro que ambas potencias aceptaban la ocupación de territorio como fuente para reclamar la soberanía, pero las recuerrentes guerras entre Portugal y España causaban la inestabilidad de los límites, y ningún tratado logró estabilizarlos: durante la Guerra de las Naranjas, en 1801, tropas portuguesas ocuparon las Misiones Orientales, sin que las fuerzas españolas del Virreinato del Río de la Plata pudieran hacer nada para impedirlo o recuperarlas.