La Segunda Etapa del Proyecto, consistió en trabajos de modernización en la parte baja del puente –el paso deprimido- culminando con varias obras complementarias en la ciudad, como la pavimentación de 11,5 kilómetros de calles aledañas; la repavimentación de 102 mil metros cuadrados; la reconstrucción de la carpeta asfáltica de 9 mil metros cuadrados y 7 mil 200 metros más de concreto hidráulico además del mejoramiento del Puente IV Centenario, que comunica al municipio de Santa Cruz Xoxocotlán con Oaxaca de Juárez.