Muy pronto surgieron las divergencias entre los firmantes de Ajuria Enea y se redactó otro documento el 7 de octubre de 1988, que no fue firmado ni por el PNV, ni por EA, conocido como "Pacto de Navarra", en el que se contenían las ideas del de Ajuria Enea, pero se enfatizaba especialmente en la condena de las actividades terroristas y el desprecio que generaban en la sociedad.