Los retablos, muebles e instrumentos de la antigua [[Catedral de San José (Antigua Guatemala)|Catedral de Santiago]] se quedaron en la antigua iglesia, aunque en 1783 fueron removidos y almacenados en el edificio de la [[Universidad de San Carlos de Guatemala|Universidad de San Carlos Borromeo]] en Antigua Guatemala y en la sacristía de la iglesia de El Sagrario, que también funcionaba en el recinto de la catedral.