Teniendo en cuenta esto, se usa una estrategia que consiste en construir bibliotecas que contienen copias de insertos altamente estables con tamaño muy uniforme (más o menos de 40 kb), los cuales se agrupan, se secuencian y se fusionan de forma superpuesta, y a su vez estos se vinculan con insertos creados del genoma de la ostra y con información de los pares de bases finales y secuenciado terminal usando la tecnología Sanger.