Con la introducción de la taxonomía molecular, las familias filogenéticamente no relacionadas se han removido gradualmente de las Xylariales a sus respectivos órdenes, y ha habido un ligero progreso en delimitar familias en los 1990s, aún antes de la aparición de los estudios moleculares enfocados en Xylariales (Berbee & Taylor, 1992; Rehner & Samuels, 1995; Spatafora et al., 1998).