Inicialmente, durante su periodo de dominio americano, fue una tenencia de gobierno de la gobernación de Nueva Castilla y luego de las guerras civiles entre conquistadores, con la consiguiente unificación de facto del Perú por Diego de Almagro el Mozo, fue elevada a gobernación en 1540, y posteriormente, subordinada al nuevo Virreinato del Perú desde 1542 y al de Nueva Granada, de 1717 a 1723 y desde 1739 hasta su independencia.