Cuando MegaMan se enfrenta a un virus o Navi enemigo, pasamos a un plano de 18 cuadros en los cuales 9 les pertenece a MegaMan y 9 al enemigo que se dividen en color Azul que es de MegaMan y Rojo que son del enemigo y estos 9 cuadros están puestos en una formación de 3x3, 3 horizontales y 3 verticales, al comenzar una batalla podemos enviarle a MegaMan chips de batalla que le permiten atacar al enemigo causándole un daño mucho mayor ya sea lanzándole una bomba o un rayo muy potente.