Durante el alejamiento del poder del Partido Constitucional, en cuyas filas siempre militó, Yrigoyen permaneció recluido en la tranquilidad del hogar, rechazando siempre toda intervención en la gerencia de los asuntos públicos, hasta que en 1902, comisionado por Lino Alarco, estableció las primeras bases de la "Alianza Civil-Constitucional", con Isaac Alzamora y Alejandro Deustua, delegados de aquel otro importante partido.