El 6 de abril de 2013 y a falta de seis jornadas de finalizar la temporada, Javi Martínez se coronó campeón, con el Bayern Múnich, de la 50.ª edición de la Bundesliga, convirtiéndose en el campeón más tempranero de la Bundesliga de la historia y de haber liderado el campeonato desde el principio.El 25 de mayo se proclamó con el FC Bayern campeón de la Liga de Campeones de la UEFA 2012-13 tras imponerse al Borussia Dortmund (1-2) en la final.El 1 de junio logró el título de Copa al vencer al Stuttgart por 3-2.