La colección está organizada de acuerdo a las épocas de la historia peruana; su colección incluye cerámica y textilería de las diversas culturas prehispánicas que existieron en los Andes, muebles coloniales, obras pictóricas de Pancho Fierro, Francisco Laso, Ignacio Merino, Carlos Baca Flor y otros pintores del período republicano, así como su exposición permanente que engloba 3 000 años de arte en el Perú.