Los vuelos comerciales regulares se realizan desde el Terminal Principal, hallándose en ese sector las áreas de embarque y desembarque de pasajeros (Passenger Departure & Arrivals), en la primera planta se encuentran los mostradores (Check-in) de las aerolíneas Peruvian Airlines, LC Perú, Lan Perú, y Avianca Perú (subsidiaria de la Colombiana Avianca) y la aerolínea de bajo coste Viva Air Perú.