El Origen del nombre se remonta al año 1780 cuando vinieron los primeros aborígenes de Zacapa en Guatemala que le dieron el nombre de Cacat Atl, que traducido al español significa entre ríos, ya que esta era bañada por el río Zacapa y las quebradas de Zunzucuapa, y Guajiniquil, ya alusivos a estos se le puso el nombre de Zacapa.