El significado etimológico de Zapotlán es "lugar de frutos dulces y redondos", aunque no necesariamente deben ser zapotes, sino guayabas, chirimoyas, tunas, tejocotes, capulines, etc., frutas que encontraron en este valle los semisedentarios tzapotecas y las comieron, y que aún las hay en arroyos y barranquillas de los alrededores.