Luego del descenso a la segunda división (actual Primera B) que duró hasta 2007 (descendiendo nuevamente el 2008), se fueron haciendo patentes los vicios históricos que acompañaron al club en materia de administración, con pasivos enormes en materia de impuestos, aquí se suman los generados por la rama de básquetbol que quedaron cargados en el RUT del fútbol, y también los previsionales, además de juicios de jugadores.