El 31 de enero de 2009, la institución vive uno de los momentos más duros de su historia cuando en un lamentable accidente de tránsito, durante el retorno a la ciudad de Pedro Juan Caballero tras disputar una serie de partidos amistosos de pretemporada, se vuelca el ómnibus en que viajaba el plantel de futbolistas produciéndose el deceso de dos personas: el jugador argentino Mariano Giménez y el gerente deportivo del club, Loreto Jara, resultando heridos además otros tres futbolistas.