Los ríos del departamento de Pando corresponden en su integridad a la cuenca del Amazonas los principales son: el Acre, que hace frontera con el Brasil, el Orthon que nace de la unión del Manuripi con el río Tahuamanu, Madre de Dios que nace en el Perú con el nombre de río Manu, hace frontera con el norte del departamento de La Paz Buyumanu Karamanu, el Mapiri o Manu, Manurime, Genechiquia, Chipamanu hace frontera con el Brasil y el Abuná.