Dentro de la región hidrográfica del Papaloapan en la Cuenca del Papaloapan, con las subcuencas del río Tecolapilla, laguna de Catemaco y el río San Andrés, es irrigado por corrientes perennes como el Hueyapan, Zapoapan, Sábalo, Arrecife, Agua Caliente, Dos Diamantes, Huatzinapan, Coxcoapán, Ahuacapan, Chuniapan, Cuetzalapan, Basura, La Palma, El Salvador, Yohualtajapan, Michapan, La Candelaria, Escaceba, La Margarita, El Salado, El Carrizal , San Juan y Huilapan.