Los primeros habitantes que pueblan Baños casi con seguridad pertenecen al tipo de hombres de Lagoa Santa (Brasil), quienes aventurándose se infiltraron por la cuenca del río Pastaza hasta llegar al límite con los Andes (Restos encontrados en las cuevas de San Pedro en 1919, 44 cráneos, artefactos de piedra y barro que hoy se encuentran en el Museo Jacinto Jijòn y Caamaño de la Universidad Católica de Quito; además de restos arqueológicos hallados en Runrún, Machay, etc)