También recibían el nombre de junta las reuniones de teólogos y juristas que debatían una cuestión concreta, con el fin de emitir un dictamen o asesorar la toma de decisiones complejas, siendo famosas las que debatieron cuestiones trascendentales para la colonización de América: la Junta de Burgos (1512) y la Junta de Valladolid (1550-1551); o la Junta de Valencia (1528, véase Pragmática de conversión forzosa) que justificó la política hacia los moriscos.