Francisco de Lorena, con el fin de presentarse como aquel que iba a gobernar mejor que los Médici, trató los restos mortales de Juan Gastón como los de un personaje de mal recuerdo, y en vez de enterrar su cuerpo en la Capilla de los Príncipes en la basílica de San Lorenzo de Florencia, tradicional lugar de enterramiento de todos los grandes duques de Toscana, lo hizo enterrar en una esquina escondida detrás del altar, en la cripta de la Capilla de los Médici.