No obstante, por una disputa jurisdiccional entre las diócesis de Barcelona y Tarragona, en la que ambas consideraban tener derecho sobre el territorio de Santes Creus, el asentamiento se demoró hasta que el papa Alejandro III decretó la independencia del monasterio en 1168/1169, quedando exento de la obediencia ordinaria tanto del arzobispado de Tarragona como del obispado de Barcelona.El monasterio de Valldaura daba paso al de Santes Creus, el abad Pere firmó documentos como abad de Valldaura el 17 de julio de 1169 y como abad de Santes Creus el 9 de enero de 1170.