Otros de los logros de Elizondo es haber estado presente en las últimas dos finales definitorias de la Copa Libertadores de América, máximo torneo continental de clubes, dirigiendo tanto el encuentro de vuelta de la final 2005 entre el São Paulo y el Atlético Paranaense brasileños, obtenida por los paulistas, como la finalísima de 2006 entre los campeones defensores y el Internacional de Porto Alegre, que se consagró nuevo monarca.