El 15 de septiembre de 1827 estalló una rebelión encabezada por el capitán Tomás Cóceres, quien fue ejecutado, pero el 27 estalló otra encabezada por los capitanes Blas Martínez y Juan Ignacio Reyes, por lo que Zúñiga dejó el mando y ese día el Congreso eligió a Vicente Zapata por sorteo ante igualdad de votos con López Jordán.