Quistes de dinoflagelados se encuentran como microfósiles a partir del período Triásico hace 245 a 208 millones de años, aumentando su número y diversidad y formando una parte importante de la microflora marina del Jurásico medio, aunque se encuentran restos químicos de dinosporina (sustancia que compone a los dinoflagelados) en rocas del Silurico.