Se conocen decenas de proteínas mutadas derivadas de la GFP de Aequorea victoria (nativa), cuyas alteraciones producen propiedades físico-químicas distintas a la original, y en las cuales se ha mejorado su expresión (mayor fluorescencia, cambios en el rango de excitación y emisión; cinética de oxidación del cromóforo, fotoestabilidad, etc), pero sin modificar el comportamiento general de la proteína.