Meses después Ignacio de Veintemilla salía del Ecuador y Flores fue electo diputado, asistió al Congreso representando al Pichincha, nuevamente obtuvo una de las dos Vicepresidencias de esa Cámara y presentó un proyecto de Ley pidiendo el voto para las mujeres en igualdad de condiciones con los hombres, moción que no recibió el apoyo de los congresistas.