Al final de su contrato de Viajero Naturalista, Beauperthuy decide quedarse a vivir en Cumaná en 1841, allí se casaría al año siguiente con la venezolana Ignacia Sánchez Mayz y ejercería la medicina como su profesión y medio de ganarse la vida, para lo cual debió revalidar su título ante la Facultad de Medicina de la Universidad Central de Venezuela en Caracas en 1844.