En 1993 ambas naciones firmaron el "Convenio entre Japón y el estado de Israel para la evitación de los impuestos dobles y la prevención de la evasión fiscal con respecto a impuestos sobre ingresos." en 2000, las dos naciones firmaron el "Acuerdo entre el gobierno de Japón y el gobierno del estado de Israel para los Servicios del aire." allí habían 708 nacionales japoneses en Israel en fecha de los nacionales israelíes de octubre de 1999 y 604 en Japón en fecha de diciembre de 1998.