Pedro de Peralta "el Joven" era hijo de Pedro Martínez de Peralta y Ruiz de Azagra —también conocido como "mosén Pierres" de Peralta ""el Viejo""— y de Juana de Ezpeleta y Garro, hija del barón de Ezpeleta de la familia de los señores de Ezpeleta y Gallipienzo, y hermana de mosén Beltrán de Ezpeleta, I vizconde de Valderro.