Los Guancavilcas tuvieron así un tercer enfrentamiento con los Incas y en esta nueva ocasión fue con Atahualpa con solo 16 años, cuando su padre Huayna Cápac le encargó el mando de una campaña militar para someter a los Punáes (del Golfo de Guayaquil) quienes se negaban a pagar sus tributos, esta guerra duró más de diez años y terminó insoluta ante el apresamiento de Atahualpa por parte de los Españoles.