Para intentar paliar estas situaciones, las "Instrucciones" de 1561 permitieron que quienes estaban a cargo de los encausados fueran mantenidos también con los bienes confiscados, pero "incluso después de 1561, las personas acusadas tenían a veces poca seguridad sobre la suerte de sus propiedades frente a funcionarios poco honrados, o contra las detenciones arbitrarias y los larguísimos procesos".