Mahuad se presentó a las Elecciones presidenciales de Ecuador de 1998 en binomio con Gustavo Noboa por el partido Democracia Popular, venciendo en segunda vuelta a Álvaro Noboa del Partido Roldosista Ecuatoriano, siendo este resultado polémico, debido a la corta distancia entre ambos candidatos y acusaciones de Noboa de fraude electoral, los cuales fueron rechazados por el Tribunal Supremo Electoral de Ecuador.