Nino Konis Santana ascendió, entonces, a comandante operacional de las Falintil (Forças Armadas de Libertação e Independência de Timor-Leste), tendo reorganizado a resistência com o estabelecimento del Conselho Executivo da Luta Armada e da Frente Clandestina, coordinando toda la actividad de la resistencia dentro del territorio.