El Hércules Club de Fútbol ha tenido a lo largo de su historia diferentes secciones deportivas dentro de su organigrama, como las secciones de balonmano ("Hércules-Calpisa" en 1981-1982), atletismo (creada en 1965 y repescada en el tiempo con el "Hércules-Benacantil" en 1982-1985, hoy ya no existe esta mítica sección), baloncesto (en los años 50), sección de gimnasia (creada en 1965 dirigida por Rasé) o voleibol.