En el 2009, Jonny Magallón regresa tras salir de la lesión que padeció y es convocado en los últimos partidos de Sven Göran Eriksson y posteriormente Javier Aguirre lo toma en cuenta para jugar la Copa Oro y finalmente los encuentros restantes del hexagonal, aunque en esta instancia ha experimentado una competencia fuerte debido al desempeño de varios compañeros dentro del equipo.