Su acceso debió ser como Maestro de Capilla, según se extrae de una declaración de Francisco Martínez de Espejo: "«[...] Ambrosio Cotes, si no fuera cristiano viejo y limpio de toda rraça y fama de judio no fuera admitido al beneficio de magisterio que tiene en la yglesia de Señor Santiago desta çiudad [...]»".