2005 se avistaba muy prometedor para Biaggi ya que pasó a ser piloto oficial en el equipo Repsol Honda teniendo como compañero a Nicky Hayden pero fue una de las decepciones de la temporada al finalizar en 5ª posición final, esto provocó su salida del equipo y fue sustituido por el campeón de 250cc, el español Dani Pedrosa.