La época como presidente del Consejo de Italia, estuvo guiada por el mismo espíritu de tecnócrata y buen administrador a la vez que filántropo, pero estuvo a la vez marcada por las intrigas palaciegas que se urdían en torno al conde, y que tenían como protagonista a su cuñado, el Duque de Uceda, que, junto al Conde-Duque de Olivares, conspiraba contra su padre, el Duque de Lerma, y contra su gran protegido, el Conde de Lemos, de tal manera que conseguía que las continuas reivindicaciones del Conde, solicitando el voto en cortes para Galicia, cayeran en saco roto, lo cual provocaba la frustración de este último, que acaba renunciando y recluyéndose en su palacio de Monforte de Lemos, reclusión que más tarde, se volvió forzosa, al perder el favor real, caído en desgracia ya el Duque de Lerma.