El colegio-convento de Santo Tomás de los Ángeles se fundó en 1529 por el deán Carlos de Mendoza (en 1601 se trasladó al edificio hoy englobado en el del Parador); el colegio-convento de la Madre de Dios, en 1576, patrocinado por María de Mendoza y de la Cerda (el actual edificio, de 1675-1737, es la actual sede del Museo Arqueológico Regional).