En el Torneo Apertura 2009 se inauguró el nuevo Estadio Corona, el equipo se clasificó a la liguilla como sexto lugar general, en cuartos de final se enfrentó ante Monarcas Morelia, el cual ganó la serie por marcador global de 4-2 y eliminó Santos, tras esto, Bueno fue destituido como técnico y se contrató a Rubén Omar Romano.