Junto con otros organismos públicos, como el Museo del Prado, la Biblioteca Nacional o el Archivo Histórico Nacional, el nombramiento de su director es discrecional, aunque desde el Real Decreto 570/1999, de 9 de abril, de creación del Patronato del Museo Arqueológico Nacional, el Patronato del Museo puede «emitir su parecer sobre el nombramiento del Director y del Subdirector del Museo» (art.