Puesto que en los alrededores aún existía una gran cantidad de pueblos indígenas (muchos de ellos defendidos del avance español), la labor misionera de los jesuitas llegó a su cúspide con la catequización del total de estos pueblos y la edificación de conjuntos misionales que hasta hoy perduran, siendo nombrados por la Unesco como Patrimonio Cultural de la Humanidad, tanto que en Bolivia se constituyó el principal asentamiento de las Misiones Jesuíticas del Nuevo Mundo.