En septiembre de 1483 Juan de Foncea, representante del cardenal, firmó con la Universidad y con el Concejo de Valladolid unas capitulaciones en las que se establecían para el Colegio los fuertes privilegios que llevaban a la autonomía jurídica y a la independencia económica de la institución, y al predominio de los futuros colegiales sobre el resto de los estudiantes.