A los problemas que ya tuvo su padre con la nobleza y por causa de los validos, hay que añadir el de la cuestión sucesoria: ante las dudas sobre la paternidad de su hija Juana la Beltraneja —atribuida al favorito real Beltrán de la Cueva—, se vio obligado a nombrar como sucesor a su medio hermano Alfonso de Trastámara, quien fue proclamado rey (Alfonso XII) en la Farsa de Ávila.