Encerrados inmediatamente en los calabozos del fuerte de aquella plaza, se les siguió un proceso, en el que prestó Johnston su declaración el veinticuatro, que se creyó había de terminar por ahorcarlos a todos como auxiliares de rebeldes del Rey de España o de piratas; hasta que, después de cinco meses y trece días de cárcel, en cuyo tiempo estuvo varias veces enfermo en el hospital, el trece de octubre recibió orden de embarcarse en el Hope buque que debía dirigirse en derechura a Estados Unidos, según se aseguraba, y que se hizo a la vela al siguiente día.