Querétaro entonces presionado por el conservador Tomás Mejía se apoderó de varias ciudades del estado e incluso atacó la ciudad de Querétaro el 2 de noviembre de 1857; Arteaga contaba solamente con trescientos soldados y sólo pudo defender el Palacio de Gobierno y el Convento de San Francisco, donde situó su cuartel general.