Esta segunda campaña, denominada Campaña del Tránsito, y encomendada al general Máximo Blanco, se escenificó con combates principalmente en el río San Juan: combate de La Trinidad (22 de diciembre de 1856), toma de los vapores del río San Juan (diciembre 1856-enero 1857), toma del Castillo Viejo (24 de diciembre de 1856), combate de las islas Ometepe (1 y 2 de diciembre de 1856), toma del fuerte San Carlos (30 de diciembre de 1856), toma del vapor San Carlos (3 de enero de 1857), batalla de San Jorge (28 de enero de 1857), segunda batalla del Castillo Viejo (22 de febrero de 1857) y dos batallas más en Rivas (23 de marzo y 11 de abril de 1857).