Fue nombrado obispo coadjutor de Ginebra; viajó a Francia y así llegó a hacerse amigo del secretario de Enrique IV, el cardenal de Bérulle, Antoine Deshayes, y del mismo Enrique IV, quien deseaba que Francisco se quedase allí, pero el santo rechazó la oferta volviendo a Ginebra ("prefiero a la "esposa pobre"", dijo).