El origen del nombre "Atrato" es incierto; varias fuentes indican que esta era la denominación que los indígenas chocoes y citaraes le daban al curso bajo del río (es decir, desde su nacimiento hasta la actual localización de Quibdó), mientras otras señalan que este nombre fue dado por los comerciantes y contrabandistas neerlandeses e ingleses que surcaban este río, denominándolo primigeniamente como el "Río de la Trata" (al menos a su curso alto), que derivó posteriormente en "Río Atrato".