El patio sufrió reformas en 1603 cambiando Juan de Nates todos los pilares a excepción de los angulares, que se encontraban por entonces muy deteriorados, procediéndose a una nueva reforma del claustro en 1744 cuando los arquitectos Juan de Sagarvinaga y Domingo de Ondátegui sustituyeron por otro nuevo, el último cuerpo del mismo.