El municipio de Mérida tiene una extensión de 858,41 kilómetros cuadrados y se encuentra localizado en la zona noroeste del estado de Yucatán; limita al norte con el municipio de Progreso, al oeste con el municipio de Ucú y con el municipio de Umán, al sur con el municipio de Abalá, al sureste con el municipio de Timucuy, al este con el municipio de Kanasín, el municipio de Tixpéhual y el municipio de Tixkokob, y al noreste con el municipio de Yaxkukul, el municipio de Conkal y el municipio de Chicxulub Pueblo.