Así por ejemplo Bender señala que existe un conjunto de fonemas que incluyen implosivos /*ɓ, *ɗ, *ʄ, *ɠ/, eyectivos /*pʼ, *tʼ, (*sʼ), *cʼ, *kʼ/ así como las prenasales /*b, *d, (*t), *ɟ, *g/ que sólo parecen reconstructibles para la protolengua que dio lugar al núcleo (E, I, J, L) y el grupo satélite (C, D, F, G, H), pero no para el proto-nilo-sahariano, aunque no están muy claras las innovaciones que ocurrieron para que este grupo desarrollara esos fonemas.