Muñoz también logró la aprobación en el Congreso del proyecto de la modernización de la Cancillería después de muchos intentos de gobiernos anteriores, encabezó la elaboración de una agenda de futuro de la política exterior titulada Política Exterior 2030 y creó y promovió el concepto de la "convergencia en la diversidad" entre la Alianza del Pacífico y el Mercosur.