Devastaciones debidas a los bombardeos, y sustracciones de hierro de las estructuras para uso militar, la llegada de población refugiada que pusieron cultivos de berzas de primera necesidad para su consumo, la reconversión de algunas de las estructuras del jardín en almacenes militares, todas estas fueron las consecuencias de la Segunda Guerra Mundial sobre el Jardín Botánico de Nápoles.