La comuna tiene una superficie territorial total de 620,6 km, en donde se encuentra el archipiélago de las Guaitecas, que incluye a más de 40 islas de una altura máxima promedio de 500 m, entre ellas se encuentran las islas Gran Guaitecas, Ascensión, Clotilde, Betecoi, Leucayec, Mulchey, Sánchez, Isla Elvira, entre otras.