Otro dato importante en la formulación del Manierismo musical fue un cambio en la teoría en favor del juicio de las consonancias y disonancias a través de las necesidades expresivas, y no a partir de modelos matemáticos preestablecidos, opinión que se insertó en la misma polémica, entre los seguidores del antiguo contrapunto riguroso y los que abogaban por la libertad para la dramatización de una vasta gama de efectos, realización que les parecía imposible dentro de los cánones del sistema antiguo.