Se reiniciaron sus funciones por real cédula del rey Carlos I de España, el 14 de septiembre de 1526, nombrándose como su primer presidente al obispo Sebastián Ramírez de Fuenleal quien ocupó el cargo hasta mediados de la primera mitad de 1527, también asumió funciones que jefaturaban a gobernador de La Española, cabe señalarse que al establecerse el Virreinato de la Nueva España en 1535, quedó como parte de su jurisdicción, aunque como una entidad autónoma llamada Capitanía General de Santo Domingo.