Además de como cenobio de clausura, parte de las dependencias conventuales fueron destinadas a usos educativos, dando lugar al Colegio de San Nicolás y al Colegio de señoritas de Nuestra Señora de la Piedad, donde se impartían clases de cultura y varios idiomas a un selecto alumnado femenino, procedente de la burguesía Riojana y de los señoríos norteños.