Al término de la conquista, en 1521, se inicia con los procesos inquisitoriales en la América hispánica, con la condena del nativo Marcos de Alcoahuacán, que fue acusado de concubinato, éste fue Juzgado por los clérigos que acompañaban a Hernán Cortés, conforme a la bula papal "Alias Felicis" de 1521 en la cual los frailes sustituían a los obispos en sus funciones episcopales, si alguna diócesis quedaba a más de dos días de distancia.