Reapareció en la vida pública en el año de 1950 como presidente de la Federación de Partidos del Pueblo Mexicano (FPPM), organismo político que postuló la candidatura del general Miguel Henríquez Guzmán a la Presidencia de la República, esta vez ya fuera del PRI; en las elecciones resultó oficialmente electo Adolfo Ruiz Cortines, pero los henriquistas reclamaron fraude electoral e iniciarion los preparativos para un levantamiento armado, Marcelino García Barragán fue partidario de este levantamiento, que sin embargo nunca se llegó a producir, tras lo cual a la FPPM se le canceló el registro como partido político y él se retiró de la actividad pública.