Durante el rectorado de Pedro Angel Palou se consolidaron o crearon varios centros de investigación en la institución: el Centro de Estudios en Calidad de Vida y Desarrollo Social (CECAVI), el Centro de Investigación en Tecnología de la Información y Automatización (CENTIA, fundado en 1998), el Centro de Investigación en Economía y Políticas Públicas (CIEPP, que alguna vez fue el Instituto de Políticas Públicas y Estudios del Desarrollo, IPD, creado en la rectoría de Nora Lustig), el Centro de Investigación en Física y Matemáticas Aplicadas (CIFMA) y el Centro de Investigaciones Químico-Biológicas (CIQB).