El santuario proporciona hábitat a una gran cantidad de especies de aves residentes y migratorias, tanto terrestres como acuáticas, que están en peligro de extinción o en riesgo, tales como la Tortuga golfina (Lepidochelys olivacea), Tortuga laúd (Dermochelys coriacea), Tortuga verde (Chelonia mydas), Tortuga carey (Eretmochelys imbricata), Caimán (Caiman crocodilus), Cocodrilo americano (Crocodylus acutus), Ocelote (Leopardus pardalis), Tigirllo (Leopardus wiedii), Mapache (Procyon lotor), Oso hormiguero (Tamandua mexicana), Iguana negra (Ctenosaura pectinata), Tortuga gravada (Trachemys scripta), cigüeña americana (Mycteria americana), garceta rojiza (Egretta rufescens), garza morena (Ardea herodias), garza-tigre Mexicana (Tigrisoma mexicanum), rabijunco pico rojo (Phaethon aethereus), paíno mínimo (Oceanodroma microsoma), garza agami (Agamia agami) gavilán cabeza gris (Leptodon cayanensis), aguililla rojinegra (Parabuteo unicinctus), halcón fajado (Falco femoralis), Perico frente naranja (Aratinga canicularis), Aguililla negra menor (Buteogallus anthracinus), Pato cucharón norteño (Anas clypeata), Cerceta ala azul, pato media luna (Anas discors), Pato golondrino (Anas acuta), así como algunos anfibios y reptiles.