Tras concurrir a las elecciones europeas de 2014 como número dos de la lista de UPYD, Pagazaurtundúa comenzó a trabajar en Bruselas como miembro de la comisión LIBE de Libertades Civiles, Justicia y Asuntos de Interior, de la subcomisión DROI de Derechos Humanos y de la comisión DEVE de Desarrollo.