Dicha jurisdicción estuvo vigente hasta 1543, año en que fuera instalada definitivamente la Real Audiencia de Lima, creada por real cédula de 1542, que suplantó a la de Panamá sobre la mayor parte de América del Sur, hasta que en 1564 se nombraran al primer presidente-gobernador de la Real Audiencia de Bogotá, creada por el emperador en 1549 e instalada y dirigida por oidores desde 1550, y al primer presidente-gobernador de la Real Audiencia de Quito, creada por el monarca español en 1563.