Tanto Maisch (2008) como Caine y Benton (2011) realizaron análisis cladísticos en los que encontraron que "Hauffiopteryx" era o bien un miembro muy basal de Eurhinosauria o el miembro más primitivo de Thunnosauria (lo cual equivale a una posición como el miembro más basal de Stenopterygiidae sensu Maisch [2008] con la exclusión de "Ichthyosaurus").