Entró al campo en el minuto 62 sustituyendo, de nuevo, a Nigel de Jong cuando el marcador mostraba un empate a uno en casa frente al Villarreal y en el último suspiro del partido, cuando ya pasaban unos segundos de los tres minutos añadidos por el árbitro, Agüero empujó al fondo de la portería un centro de Pablo Zabaleta prolongado por David Silva poniendo el definitivo dos a uno en el marcador.