Sin embargo, las frecuentes sublevaciones indígenas conllevaron la destrucción de la misión, por lo que por orden de la autoridad virreinal se establecieron los llamados presidios militares, que eran puntos en los cuales se establecía una compañía militar fija para el combate a los alzados, el 16 de octubre de 1686 se estableció el Presidio de San Felipe y Santiago de Janos por el Gral.