Tras un breve curso en Yale con el profesor Edward Elbridge Salisbury (1814-1901), entonces el único orientalista de los Estados Unidos, Whitney fue a Alemania (1850) y estudió tres años en Berlín con los comparatistas Albrecht Weber, Franz Bopp y el egiptólogo Karl Richard Lepsius, y en Tubingen (dos semestres del verano) con Rudolf Roth.