Es el organismo que formula, dirige y coordina la política de inspección, vigilancia y control del sector salud y del sistema general de seguridad social en salud, además liquida y recauda la tasa que corresponde sufragar a las entidades sometidas a su vigilancia, autoriza la constitución o habilitación de EPS e IPS, y supervisa el monopolio rentístico de juegos de suerte y azar y de licores; así como a la oportuna, eficiente explotación, administración y aplicación del IVA cedido al sector salud entre otros.