Posteriormente, Moguer mantuvo la actividad marinera y comercial a través del puerto, exportando los vinos producidos en su término y otras mercancías hasta América, Rusia y otros países europeos, hasta que a principios del siglo XX empezó a descender notablemente su actividad, como consecuencia del aterramiento del mismo, momento en el que se construyó el nuevo puerto denominado "Puerto de Santa" situado más hacia la desembocadura del Río Tinto, lo que aceleró la pérdida de toda actividad en el antiguo puerto moguereño.