A poco de franquear el pórtico el visitante ingresa al amplio nártex donde se encuentran los sarcófagos en los cuales yacen los restos de José María Paz y su esposa Margarita Weild, también se encuentra la urna que guarda los restos del dean Gregorio Funes, en las criptas yacen los restos del obispo Hernando de Trejo y Sanabria -primer rector de la primera universidad argentina: la actualmente llamada UNC- y de Fray Mamerto Esquiú, el 7 de noviembre de 2011 fueron trasladados los presumibles restos de Juan Bautista Bustos desde la iglesia de Santo Domingo en la ciudad de Santa Fe a la ciudad de Córdoba y depositados con honores en la iglesia catedral.