Esta institución se organiza por medio de la Dirección Nacional máxima jefatura dentro de la institución, a la que le sigue en jerarquía la Subdirección Operativa, y a su vez estas últimas dos se subdividen en las respectivas Direcciones Regionales, las que se interrelacionan junto a las unidades penales con las Seremias de Justicia, Intendencias, Gobernaciones Provinciales, Cortes de Apelaciones, Municipalidades, Fiscalías Regionales, etc.