Los 14 años de su gobierno se caracterizaron por importantes realizaciones, tales como la fundación de la ciudad de Río de Janeiro (segunda a ser creada en Brasil), el 1º de marzo de 1565, por su sobrinho Estácio de Sá; la expulsión de los franceses en 1567, con el auxílio del mismo sobrino, que murió de un flechazo recibido en la lucha, y la organización de tribus indígenas en misiones.