En algunos grupos provenientes del linaje de los vertebrados sarcopterigios, tanto el número de genes así como el número de complejos en los que se encuentran distribuidos es variable, por ejemplo, en mamíferos placentarios (como humanos y ratones), al igual que en tortugas, aves, salamandras, cocodrilos, lagartijas y serpientes, se han identificado 39 genes Hox distribuidos en 4 complejos; en [Marsupialia|marsupiales]] (comadreja) y monotremas (ornitorrinco) se cree que el número de genes Hox podría ser el mismo que en mamíferos placentarios, sin embargo, aún no se ha llegado a una conclusión definitiva; en ranas se han identificado 38 genes y en algunos peces pulmonados como "Protopterus annectens", se han identificado 42 genes.