Castilla no podía dar soluciones e iniciar una conversación ya que el Ecuador se encontraba sumido en una guerra civil, dio un plazo de 30 días para que exista una solución a este conflicto interno; al no producirse se dio la guerra, reiniciando el conflicto con la re-activación del bloqueo a la costa ecuatoriana, la escuadra peruana se presentó en el puerto de Guayaquil el 12 de Noviembre de 1859, permitiendo el desembarco de tropas peruanas, así los 3 gobiernos norteños en disputa se unificaron (Guayaquil, Azuay y Loja) al mando de Guillermo Franco.