En 1560 el rey de España Felipe II se dio por enterado de que había un corregidor en Usulután el cual había extendido su jurisdicción a la Provincia de San Miguel y que los alcaldes mayores de Sonsonate se habían añadido la Provincia de San Salvador debido a la falta en ambas de justicia mayor y teniente de gobernador; por tal motivo Felipe II ordenó que tanto San Salvador y San Miguel se siguiesen gobernando por medio de sus alcaldes ordinarios.