El 1 de febrero de 2017 empezaba la travesía de los "albos" en la Conmebol Libertadores 2017 contra Botafogo en el Estadio Olímpico Nilton Santos de Brasil por la Fase 2, a pesar del buen partido del conjunto chileno cayeron por 2-1 con goles de Airton y autogol de Esteban Pavez, Esteban Paredes descontó para la visita, en aquel partido Valdés recibió amarilla al minuto 34', la vuelta el 8 de febrero en el Estadio Monumental, chilenos y brasileños empataron 1-1 lo que marcó una nueva eliminación del cacique en el máximo torneo continental, un autogol de Emerson Silva adelanto a los locales al minuto 3, después Rodrigo Pimpão aprovecho un error entre Justo Villar y Claudio Baeza al minuto 80' para anotar el 1-1 final, en el partido de vuelta Valdés tuvo un discreto partido salió al minuto 79' por Pedro Morales.