En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a Alejandro Gallejo un juez de línea que ya había tenido un antecedente en un partido entre Deportivo Pasto y Real Cartagena en el Torneo Finalización 2009 que perjudico al equipo nariñense que en la Temporada 2009 descendió a la Categoría Primera B.El equipo ajedrezado Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir.