Durante esta época también las Facultades de la Universidad comienzan a destacarse por sus investigaciones y adelantos: los académicos de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas Luis Zegers y Arturo Salazar obtuvieron en 1895 la segunda radiografía hecha en el continente y la séptima en el mundo, se reconoce el trabajo de Diego Barros Arana y José Toribio Medina en historiografía, de Luis Risopatrón en geografía por la confección de la Carta General de Chile, y los aportes de los profesores Miguel Cruchaga Montt y Zorobabel Rodríguez en economía.