Retirado de la marina, Hernán Cubillos asume en 1962 como Secretario General de Cemento Melón, en la región de Valparaíso, una empresa con mayoría de capitales británicos y luego se desempeña también como asesor ejecutivo de la presidencia de la Empresa "El Mercurio" (1963-1970), empresa de la que fue integrante del Consejo (1970-1973) y posteriormente presidente (1973-1974).