La fortaleza de Wily fue alterada también, en "Mega Man", Mega Man se encontraba de nuevo a cada uno de los Robots Maestros en lugares específicos de la fortaleza, mientras que en "Mega Man 2" enfrentarse de nuevo a los ocho Robots Maestros se lleva a cabo en un cuarto con dispositivos de teletransportación, al colocarse en cada dispositivo Mega Man es trasladado a la ubicación del Robot Maestro que corresponde a ese dispositivo (aunque estos no estaban marcados).