La polémica se volvió acerba tras la publicación de "El hongo sagrado y la cruz" (1970), un libro cuya tesis principal sorprendió a todos e indignó a muchos: según Allegro, el personaje que los Evangelios llaman Jesús nunca tuvo existencia histórica, y es en realidad una forma de referirse en clave a la Amanita Muscaria, enteógeno que los esenios y otros grupos religiosos judíos utilizaban para entrar en comunión con la divinidad.