Fue fundado en 1518 por Leonor de Vega y Figueroa, mediante una bula del papa León X, perteneció a la jurisdicción de la provincia franciscana de San Miguel, y fue ocupado por la Orden de las Clarisas Franciscanas que con anterioridad estaban en la ciudad; de su fundadora tenemos datos en su lauda sepulcral que nos ilustra sobre su mandato durante cuarenta años como abadesa hasta su muerte acaecida el 17 de abril de 1558.