El proceso se realizó en secreto, en el Tribunal del Distrito de Jerusalén, ante el juez presidente Eliahu Noham y los jueces Zvi Tal y Shalom Brener y a Vanunu se le prohibió todo contacto con los medios de comunicación; no obstante, el reo logró revelar a estos la fecha y el lugar de su secuestro, escribiéndose los datos en la palma de la mano, que luego oprimió contra la ventana de una camioneta mientras lo transportaban, para que los periodistas que lo esperaban pudieran contar con la información.