El 9 de octubre de 2008, tras apenas un mes de actividad, Flysur anuncia que suspenderá sus vuelos si el aeropuerto de Córdoba no es reformado debido a los problemas experimentados por la compañía cuando las condiciones meteorológicas son adversas (esa misma semana se produjeron fuertes vientos), que le obligaron a suspender varios vuelos y a desviar algunos otros hacia el aeropuerto de Sevilla.