De su matrimonio con Catalina Bravo de Saravia y Henestroza tuvo los siguientes hijos: 1) Francisco de Meneses y Bravo de Saravia, 2) Miguel Alonso, casado con Josefa Ventura Morales, 3) Alonso, casado con Isabel de Rojas Jaraquemada, con numerosa descendencia, 4) Fernando, Gobernador de Yucatán, 5) Catalina, 6) Marcela, monja del Monasterio de la Encarnación, 7) Rosa María, casada en Lima con Diego Portales Ortiz, con numerosa descendencia (Portales Yrarrázaval, Portales Larraín, Ruiz-Tagle Portales, Portales Palazuelos y descendientes hasta hoy).