En 1992, Martín Almada ―opositor a la dictadura― y el diario "Noticias" ―a través de los periodistas Christian Torres, Zulia Giménez, Alberto Ledesma y José Gregor, entre otros―, descubrieron los llamados «Archivos del Terror», unos documentos que demostraban que Stroessner había participado en la Operación Cóndor, un acuerdo militar anticomunista para la persecución de exiliados, con apoyo de las dictaduras militares de Argentina, Brasil, Bolivia, Chile, Ecuador y Uruguay, que propició la tortura, secuestro y asesinato de miles de paraguayos y ciudadanos de los países mencionados.