En la temporada 2008/09 Deportivo Merlo logra jugar el torneo reducido por un lugar en la promoción para tratar de ascender a la B Nacional, torneo que ganó luego de dejar en el camino a Colegiales, Deportivo Morón y a Defensores de Belgrano y pudo disputar dicha promoción frente a Los Andes donde ganó 1 a 0 el partido de ida y 1-0 el de vuelta por lo cual logra jugar primera vez en su historia jugar en la B Nacional.