Las críticas a la operación se centran en que los miles de millones de dólares y armas dadas a los muyahidines habrían servido para la posterior formación de Al-Qaeda —bin Laden fue muyahidín en Afganistán— y el establecimiento de la República Islámica de Afganistán —gobernada por los talibanes, muchos de ellos antiguos muyahidines—.