Sin embargo, la coyuntura política necesitaba reacciones urgentes, y en este contexto apareció un sistema de Juntas para encargarse de cuestiones específicas, como por ejemplo, la Junta para la reforma del Consejo de Portugal (1606-1607, 1610), la Junta para clasificación de las deudas a la Tesorería (desde 1627) o las Juntas para la organización de las armadas de socorro de Brasil (desde 1637)