Sin embargo, la sucesión estuvo disputada: un rey rival llamado Amenmeses, quizás otro hijo de Merenptah y hermanastro del propio Seti (o tal vez hijo de Seti), desde el sur, tomó control de Tebas y de parte del Alto Egipto a mediados del reinado de Seti II, quien tuvo que recluirse en Pi-Ramsés.