Este decreto en buena medida no se cumplió ya que desde el inicio el Departamento Forestal y de Caza y Pesca y el Departamento del Distrito Federal acotó a sus anchas los límites del Parque nacional, al punto de que hoy en día solo una parte del área protegida se llama Villa Coyoacán e incluso se le denomina colonia, si no que barrio, por ejemplo se consideró de inicio proteger todo el Pedregal de San Jerónimo al poniente y sur, al norte hasta Río Churubusco, frontera entonces con la Delegación Política General Anaya, pero para 1943 pretextando la creación de la Ciudad Universitaria de la Universidad Nacional Autónoma de México se sacó de los límites la parte occidental del Pedregal de San Jerónimo y se le nombró Pedregal de San Ángel, luego se eliminó la parte norte y al final la parte sur donde se dejó prosperar la invasión de los terrenos que hoy forman al menos la Colonia Pedregal de Santo Domingo, con lo cual hoy queda solo como Parque nacional el llamado informalmente Centro Histórico de Coyoacán y el Vivero de Coyoacán.