Black Hole Sun ha sido versionada por Judith Owen, Paul Anka, Mimi Goese, Incubus, Jande, Steeve Lawrecen y Eydie Gormé, Cibo Matto, Brad Mehldau, Alanis Morissette, Anastacia, Copeland, Peter Frampton, Guns N' Roses, U2, Metallica Handsome Hank And His Lonesome Boys y también por el frontman de Soundgarden Chris Cornell en su gira Euphoria Morning y por la ex-banda de Cornell, Audioslave, en sus presentaciones en vivo.