El Vizcaíno alberga una importante diversidad faunística y florística, incluidas algunas especies endémicas y otras que se encuentran en peligro de extinción, repartidas entre los múltiples tipos de vegetación de la zona, como son el bosque de encino, los matorrales xerófilos, mezquitales, vegetación de dunas costeras, vegetación hidrófila y manglares.