Para las elecciones de 1996, el partido rechazó su candidatura para apoyar a Freddy Ehlers hasta que finalmente se abandonó la ID para afiliar al naciente movimiento Pachakutik al lanzar su candidatura presidencial por el mismo movimiento indigenista hasta quien quedó en tercer lugar solo en primera vuelta y luego la ID apoyó de forma implícita a la candidatura presidencial por el Partido Roldosista Ecuatoriano de Abdalá Bucaram hasta quién quedó claro vencedor solo en segunda vuelta, ya que la ID fue dividida y fue debilitada al no lanzar un solo candidato.