En el desempeño de su cargo de visitador general de las provincias del sur, Ruiz de Aguilar, a quien la Real Audiencia había recomendado que no reconociese al obispo de la Imperial más jurisdicción que la que le competía en su Catedral, hubo de proveer los curatos, y más tarde, cuando la sede vacante le eligió por provisor, con motivo de la guerra, mantuvo soldados y les suministró armas y caballos.