La reconstrucción del metabolismo ha de consistir en la identificación de la ruta más primitiva y del orden en que irán apareciendo, de esta manera, midiendo las características fisiológicas, bioquímicas y moleculares entre individuos, se  han podido establecer aquellas características compartidas, un ejemplo de ellos son las vías metabólicas que se encargan de descomponer el alimento en energía están conservadas en muchos organismos.