Las divisiones en el interior del Partido, iniciadas antes de la invasión vietnamita, lo resquebrajarían, y Pol Pot sería cuestionado incluso por figuras de su entera confianza como Ieng Sary, quien llegaría a hacerle enteramente responsable de los desmanes del régimen, una posición que seguirían los demás líderes de los Jemeres Rojos, especialmente después de los diálogos de paz con el nuevo Gobierno.