Una vez ocupada Guayaquil, las fuerzas peruanas que se encontraban en la parte de la sierra ecuatoriana ocupada por estas partirían desde Loja, que esta a menos de 600km de la capital, e iniciarían la ocupación militar de Quito, operación que, considerando que las fuerzas armadas ecuatorianas prácticamente habían dejado de existir en septiembre, duraría un tiempo máximo de 10 días.