Con las categorías inferiores de la selección española fue campeón del Europeo sub-16 en 1997 y campeón del Mundial sub-20 de 1999 junto a Xavi Hernández, donde a pesar de comenzar como suplente del cancerbero Daniel Aranzubia, de mayor edad (20 años por los 17 de Iker) y experiencia, destacó por su actuación en cuartos de final, durante la tanda de penaltis ante el combinado de Ghana.