Varios años más tarde, Bonilla fue ascendido a coronel de brigada, lo que le permitió ser nombrado Comandante de Armas de Trujillo entre los años de 1877 a 1880; en 1877 recayo en su persona en cargo de Juez de un Tribunal Ad-hoc en el caso por los delitos de "Traición y de atentar contra la administración" que se le incoaba al ex gobernante José María Medina en la ciudad de Santa Rosa de Copán, Medina fue encontrado culpable y después ejecutado mediante fusilamiento en aquella localidad.