Luego de la firma del Acta de Independencia, Olmedo fue proclamado presidente de la Provincia Libre de Guayaquil y gestionó la creación del ejército guayaquileño que luchó por la emancipación de los demás pueblos de la antigua Real Audiencia de Quito, obteniendo la ayuda de Antonio José de Sucre, con quien suscribió un convenio de cooperación bélica que unía las tropas locales con las colombianas.