Arrestado y encarcelado en agosto de 1792 en su condición de "sacerdote refractario" al nuevo régimen político, su vida corrió serio peligro hasta que el naturalista Étienne Geoffroy Saint-Hilaire (uno de sus antiguos alumnos) intercedió enérgicamente en su favor (en principio, Haüy se negaba a abandonar la prisión hasta que no se liberase al resto de sacerdotes presos, que fueron masacrados unos días después).