Desde su creación Eusko Alkartasuna ha retrocedido electoralmente de manera moderada en un principio, y más acusadamente a partir de finales de la década de 1990, habiendo perdido el 50% de sus votos entre 1986 y 1998 (del 15,84% al 8,69% en el País Vasco y del 7,1% al 4,56% en Navarra), lo que ha contribuido, junto con factores coyunturales (tregua de la banda terrorista ETA en 1998, presión de Jaime Mayor Oreja y Nicolás Redondo Terreros en 2001, Plan Ibarretxe en 2005), a alianzas electorales puntuales con el Partido Nacionalista Vasco, en ambas comunidades.