De entre estas disputas ideológicas la más conocida fue, sin duda, la que sostuvo en 1897 con el obispo de Salamanca, Tomás de Cámara, desencadenada como consecuencia de una denuncia de un grupo de alumnos en la que se le acusaba de revolucionario y de seguir doctrinas deterministas y materialistas que "no sólo son groseros errores filosóficos, sino herejías opuestas a los dogmas de nuestra Sacrosanta Religión Cristiana".