En su II Congreso, celebrado en Madrid en 2002, se amplían los objetivos de la Federación, que pasa a denominarse Federación Estatal de Lesbianas, Gays y Transexuales (FELGT), reconociendo así el trabajo realizado por las asociaciones transexuales.También se introducen novedades en el funcionamiento interno de la Federación como la potenciación de la alternancia de género, la introducción de la limitación de mandatos en la presidencia y la paridad en los órganos de gobierno.