Entre sus obras más conocidas se encuentran los "Conciertos de Brandeburgo", "El clave bien temperado", la "Misa en si menor", la "Pasión según San Mateo", "El arte de la fuga", "Ofrenda musical", las "Variaciones Goldberg", la "Tocata y fuga en re menor", varios (entre ellas las célebres "BWV 140" y "BWV 147"), el "Concierto italiano", la "Obertura francesa", las "Suites para violonchelo solo", las "Sonatas y partitas para violín solo", los "Conciertos para teclado" y las "Suites para orquesta".