No existen corrientes fluviales de importancia en el territorio, siendo la mayoría pequeños arroyos estacionales cuyas se unen al Arroyo de Naicha en el municipio vecino de San Luis del Cordero; el territorio de San Pedro del Gallo se divide en tres diferentes cuencas y en dos regiones hidrológicas, el noroeste del territorio pertenece a la "Cuenca Arroyo La India-Laguna Palomas" y a la "Región hidrológica Mapimí", la zona noreste pertenece a la "Cuenca río Nazas-Torreón" y la mitad sur del territorio a la "Cuenca río Nazas-Rodeo" ambas pertenecientes a la "Región hidrológica Nazas-Aguanaval".