Al llegar los españoles encabezados por el capitán Francisco de Ibarra, por mediados del año 1554, los españoles exploraron la región y al considerarla como habitable y con buenos recursos naturales decidieron fundar una villa, lo que hicieron en forma oficial el 29 de septiembre de 1554, denominándola como Villa de las Magdalenas, nombre que conservó hasta el año de 1870, cuando se le cambió el nombre por el de San Miguel de Mezquital, debido a la abundancia del árbol llamado mezquite.