A Aguirre se le imputó haber tomado la Gobernación del Tucumán por la fuerza, sin un mandato legítimo, haber desconocido la designación de Juan Núñez de Prado por el presidente de la Real Audiencia de Lima, Pedro de La Gasca; de desacato, resistencia a la justicia, muertes, malos tratos a los naturales y otros delitos, aunque no se los mencionaba.