Después de cinco exitosas temporadas con la Juventus, los resultados decayeron y Lippi dimitió para pasar al Inter de Milán, donde no logra los éxitos obtenidos con el club "bianconero" (el conjunto lombardo fue 4º en la Serie A 1999-2000 y Lippi fue despedido apenas comenzada la temporada siguiente); por lo que regresa a Turín en junio de 2001 y obtiene otro bicampeonato de Liga en las temporadas 2001-02 y 2002-03, y dos Supercopas de Italia en los años 2002 y 2003.