Durante 2007 se realizó una modificación profunda de la Ley de Educación Superior que incluyó cambios en la conformación y el modo de funcionamiento de la CoNEAU, haciendo que la mayoría de los miembros pasaran a ser designados por el Poder Legislativo (y no el Ejecutivo como hasta entonces), por lo que se le brindó una mayor autonomía, además de que se logró cambiar el paradigma neoliberal y mercantilista que tenía la CoNEAU de acuerdo a las exigencias de las universidades nacionales de poder tener mayor representatividad y peso en sus decisiones.