Durante la colonia y primeros años de la república, el Caquetá perteneció a la provincia de Popayán; en 1821 pasó a formar parte de los departamentos grancolombianos de Boyacá y Cundinamarca; el 2 de mayo de 1845 se creó el territorio del Caquetá, con capital en Mocoa, dentro del Estado Soberano del Cauca, pasando luego a formar parte de los Estados Unidos de Colombia hasta su extinción definitiva en 1886 por la nueva constitución de Colombia de la época..