Cuando finalmente César invadió Italia en 49 a. C., Cayo Marcelo, a diferencia de sus parientes Cayo Claudio Marcelo y Marco Claudio Marcelo, y al igual que Cicerón, se oponía a salir de Italia, y cuando el orador y la mayoría del Senado siguió a Pompeyo a Epiro, él decidió permanecer en Italia.