Pardo Vergara continuó la construcción de la catedral, amplió el número de cátedras en el seminario, trajo a las Monjas de la Enseñanza, las cuales fundaron el colegio y convento de la Enseñanza, y a las del Buen Pastor para que atendieran la cárcel de mujeres; viajó dos veces a Roma, una fue para la visita Ad-Limina en 1886, la primera de la que se tiene noticia, pues la de Montoya fue obligada por el destierro y en 1899 para el Concilio Plenario Latinoamericano.