Durante su periodo en el senado, Houston habló en contra del creciente seccionalismo del país culpando a extremistas tanto del Norte como del Sur, diciendo: “Cualquier intento por debilitar o deteriorar la fortaleza de la Unión, - independientemente de si se origina en el Norte o en el Sur, - o si se origina de la violencia incendiaria de los abolicionistas, o de la coalición de los anuladores (nullifiers; crisis seccional aparecida durante la presidencia de Andrew Jackson y generada por el intento de Carolina del Sur de anular una ley federal del Congreso de los Estados Unidos), nunca contará con mi incondicional aprobación.”