Varios ríos más pequeños, el Matola, el Umbeluzi, y el Tembe (que nacen en las montañas Lebombo), se encuentran hacia la mitad de la bahía, en el estuario de Espíritu Santo, y el río Maputo, que tiene a su cabecera en el Drakensberg, desagua por el extremo sur, como también hace el río Umfusi.