El gobierno de la UES, de acuerdo con los estatutos del 20 de diciembre de 1847, estaba dividido entre el Claustro Pleno, formado por todos los académicos a nivel nacional; el Claustro de Consiliarios, integrado por los catedráticos universitarios de las distintas secciones y dos representantes de cada una de las clases, quienes eran elegidos por el Claustro Pleno; y el Claustro de Hacienda, compuesto por cinco miembros encargados de los fondos de la UES, los cuales también fueron elegidos por el Claustro Pleno.