Esta misma circunstancia obligó a reconstruir la iglesia de la Compañía de Jesús, una de las más hermosas de América (los jesuitas hicieron importante obra social y educativa, pero fueron expulsados del Perú y de todo el imperio español en 1767); también se reconstruyó la iglesia de La Merced, la iglesia de San Sebastián y el convento de Santa Catalina.