Los restos mortales de san Frutos fueron trasladados junto con los de sus dos hermanos en el siglo XI a la antigua catedral de Segovia, y con el tiempo desaparecieron por el templo hasta que Juan Arias Dávila (1436-1497), durante su gobierno de la diócesis como obispo de Segovia, ordenó su búsqueda teniendo en cuenta la tradición que aseguraba estaban enterrados en alguna parte del templo.