En la segunda fase se enfrentó al Colo Colo de Chile que era el favorito de la llave, el primer partido se jugó en el Estadio Libertad de Pasto el 22 de agosto de 2013 en donde Deportivo Pasto se impuso por 1-0 con gol de Mauricio Mina y en el partido de vuelta que se jugó en Santiago de Chile, el 28 de agosto de 2013 en el Estadio Monumental David Arellano, Deportivo Pasto daría una sorpresa al ganarle a un grande de Sudamérica y pasar de ronda esta vez por 0-2 los dos goles del Deportivo Pasto fueron hechos por Julián Lalinde quien se convirtió en la figura del encuentro.