En Santa Fe de Antioquia Juan Jaramillo contrajo matrimonio con Juana de Zafra Centeno (nacida el 7 de mayo 1572 en Tunja, Boyacá, Colombia), Cuñada esta de García Jaramillo y mayor que este algunos años, pero cuyo matrimonio fue impulsado por su cuñada y su suegra que encontraron en Juan un maravilloso partido para su hermana e Hija.