Mientras colaboraba objetivamente con la "solución final", como uno de los encargados del aprovisionamiento del letal compuesto Zyklon B utilizado en las cámaras de gas, Gerstein llevaba a cabo inocuos actos de sabotaje -como informar falsamente que el producto se había deteriorado en el transporte y era preciso enterrarlo por razones de seguridad- y, sobre todo, tomaba minuciosa nota de cuantos crímenes presenciaba o le relataban sus compañeros y del funcionamiento general del sistema de exterminio.