En 1863 dejó de representar a El Salvador ante el gobierno estadounidense, pues se declaró la guerra entre el gobierno liberal de ese país, al mando de Gerardo Barrios, y el conservador de Guatemala, al mando del general Rafael Carrera; los liberales salvadoreños, ansiosos de establecer una federación liberal en toda Centroamérica querían acabar con el régimen pro-catolicismo que imperaba en Guatemala y la acusaron de haber invadido con hordas de forajidos el territorio de Santa Ana en El Salvador.