El santuario fue levantado en el año de 1728, junto a la casa donde nació Santa Rosa de Lima, el 30 de abril de 1586, siendo sus padres Gaspar Flores, natural de España, hombre sencillo de pocos medios económicos que servía en la compañía de arcabuceros (eran la seguridad del virrey) y de María de Oliva, una dama criolla.