Posteriormente, compitió para ser candidato del PRI a la Presidencia de la República para los comicios del 2000, teniendo como lema la frase "Dale un Madrazo al dedazo" en alusión a las antiguas prácticas de selección del candidato del PRI ante las cuales el Presidente Zedillo intentó marcar diferencia pero todo indicaba a que apoyó a su candidato oficial quien ganó finalmente la elección interna Francisco Labastida Ochoa.