En 2005, tras dar una charla en la Sociedad de Computación de Harvard, (publicada después como "Cómo Iniciar una Startup" ) él y Morris, junto con Jessica Livingston, con quien Graham se casaría en 2008, y un empleado de Viaweb, Trevor Blackwell, decidieron crear un incubadora de empresas llamado Y Combinator para proveer de capital semilla a nuevas compañías "startup", sobre todo aquellos iniciados por jóvenes con una orientación más técnica.