Tras un acuerdo nacional el 9 de agosto de 2006 para tener un solo candidato que enfrentará a Hugo Chávez decidió retirar esa candidatura y apoyar al líder del partido Un Nuevo Tiempo, Manuel Rosales en la elección presidencial de 2006, la cual tuvo como resultado la tercera reelección de Hugo Chávez, donde Primero Justicia obtuvo 1.299.546 votos (11,16%).