Cuando el 23 de abril de 1860 su hermano Carlos Luis de Borbón abdicó al ser detenido por las autoridades españolas tras un intento frustrado de insurrección, asumió los derechos de la dinastía carlista, a pesar de la retractación de Carlos Luis una vez liberado, y durante unos meses hubo dos pretendientes carlistas, hasta que la muerte de Carlos Luis en enero dejó a Juan como el único pretendiente.