Su legado educativo en el país sería reconocido por la Asamblea Legislativa con un retrato que debía colocarse en el Alma Mater de la Universidad de El Salvador el año 1857 y, al pie de él, la siguiente leyenda: ""El Cuerpo Legislativo de 1857 acordó colocar este retrato del ilustre presbítero Don José Miguel Alegría, como un testimonio de gratitud, por la constancia, celo y desinterés con que por más de 20 años se ha ocupado en difundir las luces a la juventud salvadoreña"".