Nuevos personajes y tramas, como los 4 maestros del juego, se añadieron, y hay más apariciones de Seto Kaiba y de los Duel Monsters (Magic y Wizards en el manga original en japonés) que en el manga correspondiente, y, en algunos casos puntos de la trama los elementos fueron tomados de volumen de 8 en adelante del manga, por ejemplo, ventajas de campo como se ve en el Reino de los Duelistas y la hermana de Jonouchi, Shizuka Kawai, que más tarde se introdujo en el manga.