Primeramente, Tongoy fue un distrito perteneciente al Departamento de Ovalle y alcanzó el rango de comuna en 1894, categoría que mantuvo casi hasta la década de 1930; la decadencia de la minería del cobre y la clausura del ferrocarril que transportaba mineral desde el Tamaya hasta el puerto significó su caída económica y luego administrativa, siendo re-anexada a la ciudad de Ovalle en 1929 y luego a la ciudad-puerto de Coquimbo en 1976, como parte de la reforma a la organización territorial de Chile que se realizó en dictadura.