Los afluentes y sub-afluentes del mismo que riegan a Caguas son: los ríos Turabo, Cagüitas, Cañaboncito, Bairoa y Cañas, y las quebradas Arenas, El Cangle, Janer, Las Bambúas, Maracay, Morena, Naranjito, Beatriz, Sonadora, de las Quebradillas, del Horno y Algarrobo.