Limita al oeste con la provincia pakistaní de Khyber Pakhtunkhwa; al norte, con el corredor de Wakhan en Afganistán; al este y noreste, con la región autónoma de Xinjiang en la República Popular China; al suroeste, con Cachemira Azad; y al sureste, con el estado de Jammu y Cachemira, administrado por la India, que reclama Gilgit-Baltistán como parte de ese estado.