Los cambios de forma y de fondo introducidos en la estructura del PPP hicieron necesario modificar el Acta que lo institucionaliza, incluyendo entre otros: la introducción en los considerandos de la evolución del PPP hacia un programa de integración y desarrollo; la sustitución del esquema de coordinación de las Iniciativas Mesoamericanas por el de proyectos y programas con base en planes de trabajo anuales; así como las modificaciones estructurales y funcionales indicadas en los párrafos anteriores.