Fue electo Presidente Municipal de Benito Juárez que incluye a la ciudad de Cancún en 1990 pero al año siguiente fue postulado y electo Senador por Quintana Roo, tampoco culminó en este cargo pues fue postulado candidato a Gobernador de Quintana Roo y electo en 1993, Mario Villanueva era conocido por su gran cercanía con el entonces presidente de México, Carlos Salinas de Gortari.