Juan Nepomuceno Fernández Lindo y Zelaya (Tegucigalpa, Intendencia de Comayagua; 16 de mayo de 1790-Gracias, Honduras; 23 de abril de 1857) fue un abogado y político hondureño; último alcalde mayor de la Provincia de Comayagua en 1821, jefe supremo de Estado de El Salvador en el periodo 1841 a 1842 y primer presidente de ese país.