En 1976, el jesuita Ignacio Ellacuría, entonces catedrático de la universidad, lanzó duras críticas, al gobierno del presidente Arturo Armando Molina por abandonar un plan de reforma agraria, en un editorial de la revista universitaria ECA, posteriormente el gobierno retiró el pequeño subsidio que otorgaba a la universidad y esta paso a ser blanco de agresiones por parte de grupos de ultraderecha.