Durante el viaje se perdieron el patache "Santiago", que llegó a la Nueva España y la "San Lesmes" de la que no se supo, pues se cree que pudo recalar en Tahití, en la isla de Amanu, en las Tuamotu o que llegaran hasta Nueva Zelanda y naufragaran en la costa meridional de Australia; desde allí la tripulación habría costeado la isla hasta pasar el cabo York, siendo después apresados, probablemente, por la segunda expedición del portugués Gomes de Sequeira.