A pesar de esto, Nowitzki volvió a cumplir con otra gran temporada, con una cifra de media de puntos de 25.9 y de rebotes de 8.4, con grandes partidos a lo largo de la temporada como el que enfrentó a los Mavericks contra Oklahoma Thunder el 13 de diciembre de 2008 en el que Nowitzki anotó 46 puntos, o el 18 de enero de 2009 con Utah Jazz, en el que consiguió 39 puntos.