Más tarde, fue juzgado en Núremberg por haber promovido las operaciones exterminio contra los judíos y eslavos en Europa Oriental, ante lo cual Rosenberg trató primero de justificar su filosofía racista y luego denegó conocer los planes hitlerianos para el exterminio de judíos (pese a que sus asistentes directos acudieron a la Conferencia de Wannsee en 1942).