Madryn consiguió quebrar el maleficio que se extendió durante casi 21 años y a partir de allí abrió una nueva etapa que lo posicionó como uno de los clubes chubutenses de mayor crecimiento institucional y deportivo en la década del 2000, convirtiéndose en habitué del elenco de equipos que desde 2004 conforman el Torneo Argentino B, certamen del que finalmente se consagró en la temporada 2013/14, venciendo en la Final a Estudiantes de Río Cuarto y obteniendo el ascenso al Torneo Argentino A.