El nombre es de origen guaraní: el sufijo "ay" significa ‘río’, mientras que el significado del prefijo "para" no está esclarecido; probablemente sea una mutación de payaguá, nombre peyorativo con el cual los guaraníes apelaban a los integrantes de una etnia pampida del Chaco y el actual Paraguay Oriental, que hacia el habitaba en la zona de confluencia de los actualmente llamados ríos Paraná y Paraguay.