Mantuvo debates públicos con otros historiadores entre quienes se encuentran Miguel León-Portilla, Lewis Hanke, Marcel Bataillon y Lino Gómez Canedo entre otros, sin embargo, la más conocida de sus polémicas fue la que mantuvo con Silvio Zavala, quien, a ojos de O'Gorman, era un representante de la tradición documentalista que deshumanizaba a la historia.