En la ciudad de Junín funciona el Rectorado, el Vicerrectorado, la Secretaria Académica, las Escuelas de Tecnología y de Ciencias Económicas y Jurídicas; y los Departamentos de Humanidades, de Ciencias Básicas y Experimentales, de Ciencias Económicas, Jurídicas y Sociales, de Informática y Tecnología y de Afines y Complementarias.