Más tarde en Miami, Federer logra pasar la 1.ª ronda (Kevin Kim 6-3, 6-2), 2.ª ronda (R32 Nicolas Kiefer 6-4, 6-1), ronda 16 (Taylor Dent 6-3, 6-2), cuartos de final (Andy Roddick 6-3, 4-6, 6-4 ) y finalmente llega a semifinales donde es derrotado por Novak Djokovic con un épico 6-3, 2-6, 3-6 (en el cual Novak logra cobrar venganza por la derrota que sufrió en semifinales del Abierto de Estados Unidos 2008).