En 1621 se realizaron unos nuevos estatutos que le dieron a la universidad mayor independencia con respecto al colegio que, por su lado, pasó a contar con el apadrinamiento del conde-duque de Olivares y pasó a llamarse Colegio Mayor de Santa María de Jesús, lo que lo diferenciaba más del cercano Colegio de Santo Tomás, regido por los dominicos.