La historia institucional de la masonería presenta numerosas disidencias, cuyas principales causas, con importantes matices y derivaciones, están relacionadas con la admisión de la mujer en las logias de hombres, la cuestión de las creencias religiosas o metafísicas, la naturaleza de los temas tratados o la forma de trabajar de las logias, así como con las bases sobre las que se fundamenta la regularidad masónica.