Hijo de Juana I de Castilla y Felipe I el Hermoso, y nieto por vía paterna de Maximiliano I de Habsburgo y María de Borgoña, de quienes heredó el patrimonio borgoñón, los territorios austríacos y el derecho al trono imperial, y por vía materna de los Reyes Católicos, Isabel I de Castilla y Fernando II de Aragón, de quienes heredó Castilla, Navarra, las Indias, Nápoles, Sicilia y Aragón.