En referencia a las aguas subterráneas la CONAGUA tiene delimitados veintiún acuíferos en la entidad: Zimapán, Orizatlán, Atotonilco-Jaltocán, Xochitlán–Huejutla, Atlapexco-Candelaria, Calabozo, Huichapan-Tecozautla, El Astillero, Chapantongo-Alfajayucan, Valle del Mezquital, Ajacuba, Ixmiquilpan, Actopan-Santiago de Anaya, Metiztitlán, Huasca-Zoquital, Tepeji del Río, Valle de Tulancingo, Acaxochitlán, Tecocomulco, Apan y Amajac.