El origen del nombre Canindeyú es de origen guaraní y deriva de "canindé": loro, y "yú": apócope de amarillo, por lo que se podría traducir como "loro amarillo", y hace referencia a una especie de guacamayo llamado Canindé, cuyo plumaje posee colores que varían entre el azul, el rojo y un amarillo que se asemeja al dorado.