Como quiera que fuese, Huayna Cápac permaneció buena parte de su vida en Tumibamba, fundada por su padre y donde había nacido, y allí enfermó y murió a avanzada edad, aparentemente de viruela, la cual, adelantándose a sus iniciales portadores europeos, también terminó con la vida de Ninan Cuyuchi, sucesor designado por Huayna Cápac.