Terminada la conquista, durante el reinado de los Reyes Católicos, llegó al puesto de Arzobispo de Toledo el Cardenal Francisco Jiménez de Cisneros, que inaugurará la Universidad de Alcalá, cuyo territorio pertenecía entonces al arzobispado de Toledo (de hecho, era Archidiócesis Primada de toda España y la provincia eclesiástica en sí se extendía hasta África), y participará activamente en la política del reino.