El 19 de abril de 2017 consigue un título más: nuevamente logra que el Club Deportivo Guadalajara sea campeón de Copa (cuarto título en la competición para el “Rebaño Sagrado”; segundo para Almeyda dirigiendo a los tapatíos), adjudicándose la Copa México Clausura 2017, luego de vencer 3-1 en penales al Club Atlético Monarcas Morelia en la final disputada en el Estadio Chivas.