Rodolfo II fue famoso por la inmensa colección de manuscritos y libros raros de magia, alquimia, misticismo y otras rarezas que tanto le gustaban, algunos de ellos del propio Roger Bacon, aunque sin despreciar los de ciencias: fue uno de los primeros en recibir un ejemplar del "Sidereus Nuncius" de Galileo —abril de 1610—, que dejó hojear a su "matemático imperial" Kepler, y el primero en recibir la solución al anagrama en el cual Galileo comunicaba a todos su descubrimiento de los anillos de Saturno, aunque se sospecha que algunos ilustres alquimistas hayan compaginado la transmutación de metales en oro con misiones de espionaje.