A fines de abril y luego de ese partido, en un entrenamiento con la selección, Jonathan sufrió un desgarro en el cuádriceps izquierdo, lo que obligó a que estuviese 40 días sin jugar, su último partido en el campeonato Clausura fue en la fecha 11, contra Godoy Cruz y volvió al primer equipo en el partido de consagración frente a Arsenal de Sarandí.