Entre sus primeras decisiones en enero de 2006 está también la purga de 50 generales relacionados con la transferencia de 28 misiles tierra-aire MHN-5 de fabricación china, -según aseguró Morales los únicos que poseía Bolivia- que se encontraban en los arsenales bolivianos, a Estados Unidos, con el argumento de que eran obsoletos y debían ser "desactivados".