El nuevo decreto foral sería igualmente impugnado por los ayuntamientos de Isaba y Pueyo, ELA, Kontseilua, así como por la Mancomunidad de Malerreka, siendo que en este caso el Tribunal Superior de Justicia de Navarra en varias sentencias ratificadas por el Tribunal Supremo declaró conforme a la legalidad el Decreto Foral 39/2003 anulando únicamente los artículos referentes a tres aspectos menores.