En 1578 publica "Obras de música para tecla, arpa y vihuela de Antonio de Cabeçon/recopiladas y puestas en cifra por Hernando de Cabeçon" (Madrid, "en casa de Francisco Sánchez", 1578), dos libros de música puestos en cifra (tablaturas) con composiciones de su padre Antonio de Cabezón y de él mismo con obras para tecla, arpa y vihuela.