La primera constancia documental de la existencia de la Doctrina de Rapel es un informe de fray Diego de Medellín en 1585, aun cuando había sido fundada en 1580 como Nuestra Señora del Rosario de los indios de Rapel, transfiriéndola a la clerecía secular en marzo de 1668, en la persona del presbítero Juan Malaquías de Espina.