Se desempeñó como ministro de Defensa en el gobierno de Fernando de la Rúa entre 1999 y 2001 y posteriormente, durante marzo de 2001, como ministro de Economía, a pesar de que De la Rúa había prometido no designarlo como tal en caso de ganar las presidenciales de 1999 debido a unas declaraciones de López Murphy en las que sostenía que debían rebajarse los salarios en un 10 % (luego Machinea terminó rebajándolos un 12 %, y Cavallo un 15 %).