La Habana del Este limita al norte con las aguas del Estrecho de La Florida; al sur y al oeste, con los municipios de Regla y Guanabacoa, de la propia Provincia La Habana, al sur también con San José de las Lajas, de la Provincia de La Habana; al este con los municipios de Jaruco y Santa Cruz del Norte, de la Provincia de La Habana y al oeste con el Canal de entrada de la Bahía, que lo separa del municipio de Centro Habana.