Aunque inicialmente "Los Pepes" fueron un grupo anónimo cuyos comunicados miembros y métodos permanecían ocultos y continuaron así a lo largo de varios años se ha podido establecer que los jefes militares eran los hermanos Fidel y Carlos Castaño Gil y también Diego Fernando Murillo alias "Don Berna" apoyados desde la rama financiera por los cabecillas del Cartel de Cali y Rafael Galeano, hermano que sobrevivió de los Galeanos.