El 4 de febrero de 1949 se casó con María Lorenza Barreneche (1926-2016) con quien tuvo 6 hijos: Raúl Felipe Alfonsín, Ana María Alfonsín, Ricardo Luis Alfonsín, Marcela Alfonsín, María Inés Alfonsín y Javier Ignacio Alfonsín, nacidos en 1949, 1950, 1951, 1953, 1954 y 1956 respectivamente.