Existe un Consejo Técnico responsable, entre otras tareas, de aprobar el presupuesto y las operaciones de la Comisión, aprobar los informes que presente el Director General; nombrar y remover a propuesta del Director General a los Directores Generales de los Organismos de Cuenca; aprobar los términos en que se podrán gestionar y concertar créditos y otros mecanismos de financiamiento; acordar la creación de Consejos de Cuenca y modificar los existentes.