La predicción de clase es más difícil que el descubrimiento de clase, pero permite responder a las preguntas de relevancia clínica tales como, dado este perfil, ¿cuál es la probabilidad de que este paciente va a responder a este medicamento? Esto requiere de muchos ejemplos de perfiles que respondieron y no respondieron, así como de técnicas de validación cruzada para poder discriminar entre ellos.