A partir de ahí, y durante toda la temporada de 2006, serán continuas las referencias de pasada a Torchwood, pero las más explícitas serán en el segundo episodio, "Dientes y garras", que muestra la creación del Instituto Torchwood en 1879 por la Reina Victoria, horrorizada por los eventos de los que ha sido testigo con el Doctor, y poniendo a este como el principal enemigo, así como toda amenaza alienígena o sobrenatural contra el Imperio Británico; y en el cierre de la temporada, en los episodios "El ejército de fantasmas" y "El día del Juicio Final", donde se ve por primera vez el Torchwood contemporáneo en su versión de Londres, y su destrucción.