En Alto Lucero de Gutiérrez Barrios se registran diferentes tipos de clima, influidos principalmente por las diferencias de altitud del terreno, el clima mayoritario es el "Cálido subhúmedo con lluvias en verano" que se registra en la costa y toda la zona sur del municipio; en el norte es donde se da la mayor diversidad de climas, en el centro norte existe una zona con clima "cálido subhúmedo con abundantes lluvias en verano" y hacia el suroeste de esta zona se registra clima "Semicálido húmedo con abundantes lluvias en verano", al noroeste continúa una zona con clima "Semicálido húmedo con lluvias todo el año" y finalmente en el extremo noroeste se registra clima "Templado húmedo con abundantes lluvias en verano"; la temperatura media anual que se registra en la zona costera va de los 24 a los 26°C, la zona central y oeste tiene un rango de los 22 a 24°C y la zona noreste de 20 a 22°C y de 18 a 20°C; la precipitación promedio anual de la zona noroeste es de 1 500 a 2 000 mm, la de la zona costera y central es de 1 200 a 1 500 mm y la zona sureste es de 1 000 a 1 200 mm.