Sobre el centro del crucero se levanta una importante cúpula realizada por Lorenzo de Oviedo en 1596, delante del Retablo Mayor, obra neogótica donde aparecen una serie de pinturas realizadas en 1927 por Gustavo Gallardo que copia las de los paneles del tríptico del Hospital de las Bubas, actualmente en el Museo de Bellas Artes de Sevilla, obra de Frans Francken I.