Sin embargo, la primera crisis con los militares no tardó mucho tiempo en producirse cuando el general Fernando de Santiago, vicepresidente del gobierno, se manifestó contrario al desmantelamiento de la Organización Sindical franquista que se estaba planeando y sobre todo a los contactos que estaba manteniendo el gobierno con el sindicato clandestino Comisiones Obreras, por lo que fue cesado de su cargo y retirado del servicio activo, siendo sustituido por el general Manuel Gutiérrez Mellado, un militar «aperturista».