A finales 1578 llegó a desempeñarse como alcalde mayor (designado por el monarca español) el capitán Juan de Torres, durante su mandato en 1579 se observó en las costas del golfo de Fonseca de la alcaldía mayor de San Salvador el barco Golden Hind capitaneado por el corsario inglés sir Francis Drake que aunque nunca llegó a tocar tierra (probablemente solo de forma discreta en dicho golfo) alarmó en gran manera a las autoridades españolas por lo que se dispuso una gran concentración de tropas enviadas por varios encomenderos -tanto aquellos que residían de Santiago de Guatemala como los de San Salvador- en el puerto de Acajutla, a la vez que se armaron pequeños barcos en dicho puerto para perseguirlo; sin embargo todo ello fue en vano ya que Drake nunca desembarcó en territorio del reino guatemalteco.