Estas fuerzas quedarían bajo el mando del vicealmirante chileno Manuel Blanco Encalada que las comandaría hasta junio de 1825, ya que regresaría a su país para contribuir con la Campaña de Chiloé, que como el Callao aún continuaba bajo dominio realista, por lo que tras negociar con el brigadier José Ramón Rodil la liberación de algunos oficiales chilenos presos desde la sublevación de la guarnición independenstista, abandona el sitio para dirigirse con sus naves a Valparaíso, quedando al mando de la restante escuadra de la Gran Colombia y Perú el marino británico Juan Illingworth Hunt.