Numerosos arroyos, afluentes de los ríos Manzanares o Guadarrama, atraviesan o rozan el municipio, entre los que destacan tres: el arroyo de las Huertas o de Pozuelo, que da nombre al camino que une Pozuelo-Centro con Pozuelo-Estación en la zona norte del término municipal; el arroyo Meaques, que cruza el límite sur de Pozuelo durante unos metros, recogiendo las aguas de los vecinos Retamares y de Prado del Rey; y el arroyo de Antequina, con nacimiento cercano al barrio de la Avenida de Europa y salida del municipio en la Casa de Campo, tras cruzar el Parque Forestal de Somosaguas.