Cuando se erige el obispado de la diócesis de la Ciudad de México, recien conquistada por Hernan Cortes, Carlos I propone a la Santa Sede el nombre de Fray de Zumárraga para el mismo así como, recordando el Testamento de su abuela la reina Isabel, lo nombra, también, Protector de los indios y así lo nombra el 12 de diciembre de 1527.