En la temporada 2009-2010 fue segundo entrenador del Cuco Ziganda en el Xerez CD.En enero de 2017 Jon Andoni fue nombrado Director Deportivo del Osasuna, cargo al que accede al dejarlo vacante Petar Vasiljević y comenzar éste último su andadura como entrenador del club rojillo.En junio dejó el cargo alegando desgaste.