Para ello hizo un viaje por río Amazonas hacia Belem do Pará en busca de atención médica, mientras catografiaba en gran detalle el curso de este río, pero fue detenido por el gobernador portugués entre 1689 y 1691 acusándolo de ser un espía al servicio de España; fue liberado gracias al reclamo hecho ante el Consejo de Indias, y por autorización del Rey de Portugal.