Este Francisco de Bobadilla es descendiente de Pedro de Bobadilla, quien perteneció a las huestes de Nuño de Guzmán durante la conquista; Peter Gerard ha realizado el más exhaustivo estudio sobre la institución de la encomienda en el siglo XVII en México e identifica a un Pedro de Bobadilla como encomendero de la región de Tlaltenango asentado en Tepechitlán hacia 1608.