Puede ser dividido en dos sectores: el sector "interior", compuesto por los tramos superior y medio, el cual es de poca profundidad y se encuentra desprovisto de intrusión salina, y el sector "exterior", comprendido entre Punta del Este y la bahía de Samborombón, tramo de mayor profundidad, y con una importante influencia marina al ser ya un estuario del océano Atlántico.