Algunos estudios han documentado que el río recibe descargas de 280 industrias, desechos de granjas porcícolas, desechos municipales de Ocotlán, Poncitlán, Atequiza y Atotonilquillo, y desechos crudos de la ZCG –en donde existen al menos diez parques y zonas industriales- a través de los canales de El Ahogado y Arroyo Seco.