En ese tiempo también se destruyeron numerosos códices mesoamericanos —como en el caso del Auto de Maní, donde Diego de Landa quemó alrededor de veintisiete códices yucatecos; o el caso de Juan de Zumárraga que ordenó la destrucción de varios escritos indígenas en Texcoco—, de modo que son muy pocos los documentos indígenas que han llegado a nuestros días.