Hasta el año 2010, la Dirección Superior de la Comisión le correspondió a un Consejo Directivo, compuesto por: un representante del Presidente de la República, con el título de Presidente de la Comisión Nacional de Energía, que lo preside, por el Ministro de Minería, por el Ministro de Economía, Fomento y Reconstrucción, por el Ministro de Hacienda, por el Ministro de Defensa Nacional, Ministro Secretario General de la Presidencia y Ministro de Planificación y Cooperación.