La primera línea aérea que operó este Aeropuerto fue Aerocaribe en 1997 y 1998, ofrecía un vuelo entre semana partiendo de la ciudad de Tuxtla Gutiérrez a San Cristóbal de Las Casas, Chiapas con un avión Cessna 402C Businessliner con capacidad de 12 pasajeros, con salida de Tuxtla Gutiérrez a las 12:30 y llegada a San Cristóbal de las Casas a las 13:00, operando martes y jueves y posteriormente de lunes a viernes.