El modelo de "tránscrito naciente" propone que el complejo RITS interviene en la formación de heterocromatina, asociándose con los tránscritos nacientes a través del apareamiento de bases con los siRNAs de hebra simple presentes en el complejo, además de asociarse con los grupos metilo H3K9 de los nucleosomas a través del dominio cromo de su subunidad Chp1.