Muchos gobernadores sólo usaban a las tropas para recaudar los diezmos o tributos, otros les daban permisos para que encontraran trabajos con los que subsistir.Los soldados eran guardias pero también vigilantes, sobre todo de los indios, nunca completamente fiables.La población indígena durante el siglo XVI sufrió traslados masivos al continente, pasando después a una situación más estable.Los pleitos entre españoles e indios llegan a los tribunales, estos últimos son acusados de hacer juntas en lugares remotos para organizar la obstaculización de varias obras.Muchos siguen en encomiendas, tanto que en 1768 por orden del virrey Manuel de Amat y Junyent se les ofrece liberarlos de servir en la construcción del fuerte San Carlos.El armamento de las tropas incluía picas armadas con pólvora en sus astas, lanzas, arcabuces y mosquetes, a parte de la artillería.