En palabras de José Luis Piñeyro, especialista en temas castrenses de la Universidad Autónoma Metropolitana, "La estrategia del gobierno fue la de establecer un cerco, no clásico, de aniquilamiento a la subversión, sino un cerco de aniquilamiento por aislamiento, y fue lo que se ensayó con mayor éxito y eficacia, para evitar que el movimiento guerrillero se extendiera fuera de territorio chiapaneco." El gobierno federal desarrolló diversas tácticas de cerco, como la introducción de vías de comunicación, carreteras para el ingreso de las tropas y para dividir a las comunidades zapatistas con políticas de combate a la pobreza; el control militar de la entrada y salida de personas en las zonas zapatistas, el paramilitarismo, así como el bloqueo parcial del apoyo extranjero al EZLN a través de las organizaciones no gubernamentales de España e Italia.