En 1807 por Real Orden Tarija fue incorporada a la Intendencia de Salta del Tucumán en los aspectos militares y eclesiásticos, pero continuaba dependiendo de Potosí en cuanto a lo administrativo al momento de la Revolución de Mayo, hecho que dio lugar al litigio posterior entre la Argentina y Bolivia sobre la posesión de la ciudad y su territorio (Cuestión de Tarija).