"Faraón" tiene incluido un modo misión o campaña protagonizada por una dinastía, que se divide en cinco partes: Periodo Predinástico, Periodo Arcaico, Imperio Antiguo, Imperio Medio e Imperio Nuevo, cada periodo tiene cinco misiones y para poder avanzarlas se debe seguir con los objetivos especificados, cada uno haciéndose más difícil de lograr a medida que se pasen los periodos, cada una de las misiones individuales tienen una puntuación relativa, de acuerdo a como ha logrado cumplir los objetivos el jugador.