La siguiente temporada 2008-09, las lesiones, que ya el año anterior habían mermado al equipo con la baja de Tony Parker en la parte final de la Regular Season, siendo cubierto por el novato George Hill y con un nivel espectacular de Ginobili, golpearon al equipo, el mismo Ginobili sufre una severa lesión en su pie en la semifinal de los Juegos Olímpicos de Pekín 2008, esa lesión lo obliga a pasar por el quirófano, perdiéndose toda la temporada regular y así también los Play Off donde el equipo es barrido por los Dallas Mavericks en primera ronda, siendo esta una temporada de transición entre lesiones y traspasos.