En 1284 fue nombrado Mayordomo mayor por su primo Alfonso X el Sabio y, en su codicilo testamentario, otorgado el día 10 de enero de 1284 en la ciudad de Sevilla, Alfonso X incluyó a Fernán Pérez Ponce entre sus albaceas testamentarios, junto al infante Juan de Castilla el de Tarifa y Beatriz de Castilla, hijos ambos del soberano castellano-leonés.