La Colección de Historia posee seis fondos especiales: Fondo Marceliano Vélez, Fondo Recaredo de Villa, Fondo Fidel Cano, Fondo Restauración del Paraninfo, Fondo Berta Zapata Casas y Fondo Digar (Diego García); los cuales corresponden a conjuntos de elementos donados por los descendientes de estos personajes y que han enriquecido particularmente la Colección.