Inicialmente, fue creada el 14 de febrero de 1985 como Facultad de Ciencias Agrarias, con las Escuelas Académicas Profesionales de: Agronomía y Zootecnia; posteriormente en el año de 1999 se convierte en Facultad de Ciencias Agropecuarias Alimentarias y Pesqueras con 05 Escuelas Académicas Profesionales: Agronomía, Zootecnia, Ingeniería en Industrias Alimentarias, Bromatología y Nutrición e Ingeniería Pesquera.