Yoshitsune pertenecía al clan Minamoto, específicamente a la rama Seiwa Genji, una de las más poderosas y exitosas de samuráis de la historia japonesa, cuyo fundador, Minamoto no Tsunemoto, era nieto del emperador Seiwa (850-880); de esta rama Yoshitsune provenía de la línea Kawachi Genji, una de las tres líneas derivadas del Seiwa Genji y cuyo fundador fue Minamoto no Yorinobu, nieto de Tsunemoto y tatarabuelo en segundo grado de Yoshitsune.