El pacto ha pasado por varias crisis, como la producida a raíz de las conversaciones del líder de ERC, y entonces "conseller en cap" de la Generalidad Josep-Lluís Carod-Rovira con la banda terrorista Euskadi Ta Askatasuna (ETA) a espaldas de Maragall y que produjeron la salida de Carod-Rovira del Gobierno catalán.