Tras el transpaso, delegados de la Asociación del Personal de Dirección de los Ferrocarriles Argentinos (APDFA) denunciaron el vacimiento y militarización de la empresa Ferrobaires, se denunció la designación de militares en diferentes áreas de la empresa, como el encargado del área de Combustible Raúl Alfonso, militar retirado, o el ex subcomisario bonaerense Daniel Eduardo Álvarez (ex candidato a concejal del PRO en San Miguel y donador de fondos a la campaña del actual presidente Mauricio Macri), entre otros.