La figura de máxima responsabilidad en Ben Magec-Ecologistas en Acción es el secretario general, que cumple una función muy importante en una organización que no es presidencialista, y donde también tiene mucho peso la Coordinadora Federal y el Consejo Federal, que son los máximos órganos de decisión entre Asambleas Generales, que suelen realizarse cada 2 o 3 años.