En 1993 comienza un proceso de transferencia de titularidad, que culmina en 1998, por el que el Conservatorio se integra en la red pública de enseñanzas del Departamento de Educación del Gobierno Vasco, tras un breve período de tres años entre 1995 y 1998 en el que la titularidad del centro estuvo compartida entre el Ayuntamiento de San Sebastián y el gobierno autonómico.