Mugníyah murió por la explosión de un coche bomba en Damasco, Siria, el 12 de febrero de 2008, Hezbolá acusó a Israel de estar detrás del atentado.Israel negó estar detrás del asesinato, aunque el jefe del Mossad, Meir Dagan fue recibido y felicitado por el Primer Ministro israelí Ehud Olmert en las horas siguientes al ataque.El 27 de febrero Al-Quds Al-Arabi informó que varios Estados árabes ayudaron al Mossad a llevar a cabo el atentado.