Los ainu tienen orígenes muy antiguos, se les ha atribuido ancestros de tipo caucasoide, sin embargo, actualmente se les relaciona con la expansión de los primeros pobladores de Asia y con los pueblos actuales de Siberia, y especialmente con los nivjis de Sajalín y los coriacos o koryak de Kamchatka, que hablan lenguas paleosiberianas, aunque los ainus tienen características genéticas propias, que demuestran su antigua diferenciación de las demás poblaciones contemporáneas de la región.