En 1804 se convirtió en director en jefe del banco nacional y en 1806 Niebuhr retomó su actividad como alto funcionario en Berlín, esta vez al servicio de Prusia, donde apreciaron mucho su habilidad en cuestiones económicas; durante un tiempo fue embajador de Prusia en Holanda pero, incómodo en esas labores, en 1810 obtuvo la cátedra de historia antigua en la nueva Universidad Humboldt de Berlín y en 1813 se incorporó a la revuelta del pueblo alemán contra Napoleón, intentando sin éxito que lo admitieran en el ejército regular.