Entre 1618 y 1640 se suspendieron las obras a la altura de muros y cornisas, faltando el altar, capillas, bóvedas y el piso que en aquel entonces era de tierra, no obstante Juan Gómez de Trasmonte ya trabajaba desde 1634 en reformar el proyecto de Becerra, pues había sido designado como maestro mayor, pero no fue hasta el arribo del obispo Juan de Palafox y Mendoza que su traza pudo pasar del plano a las obras.