Antes de que los trabajos se terminaran, el Obispo fue trasladado a Burgos, así que el final de estos trabajos tuvo lugar bajo el episcopado de Juan Fernández de Velasco, desde 1514 a 1520, con el cierre de las bóvedas del claustro, sala capitular y otras del templo que aún quedaban, cuya última piedra fue colocada en 1516 por el maestro Juan de Jaén.