En 1569, el Papa Pío V concedió al Colegio la categoría plena de Universidad Pública de todas las ciencias y artes para cuantos a ella quisieran concurrir, fueran clérigos o seglares, equiparándola a las Universidades de Salamanca, Alcalá, Valencia y otras, con las mismas prerrogativas y derechos; sin embargo, hay que esperar hasta 1610 para que se inauguren los estudios y hasta 1646 cuando el Rey Felipe IV por Real Cédula de 1646 concedió el título de Real a la Pontificia Universidad de Orihuela, declarándola Universidad Regia, Pública y General, pese a las presiones que tuvo de la Universidad de Valencia que quería para ella esa declaración y no para Orihuela.