Tras la salida de Arturo Salah y el arribo de Sergio Markarián, Felipe tuvo mayor continuidad en el equipo titular de Universidad de Chile, participando tanto en Campeonato Nacional como en la Copa Libertadores de América, destacando su presencia como titular en los dos partidos contra Unión Española en la final del Torneo de Apertura 2009 donde en especial el segundo partido fue uno de los destacados del equipo.