Su estructura y funcionamiento estaba dirigida por una Junta Administradora, constituida por el Vicerrector quien ejercía funciones de Presidente, Administrador y representante legal ante el Consejo, el cual estaba conformado por la Junta Administradora y representantes de los ministerios y colegios profesionales de las distintas disciplinas humanísticas y científicas existentes en aquellos momentos, así como un representante de los estudiantes y egresados.