Eugenia desempeñó la regencia del imperio en tres ocasiones: La primera de ellas, durante las campañas de Italia en 1859, cuando el Emperador interviene en apoyo al Conde de Cavour, Ministro de Piamonte, en la guerra de unificación de Italia, donde se opuso a apoyar la unificación saboyana de Italia, al opinar que implicaría la disminución del poder del Papa.