Durante el pontificado de Juan Pablo II, Maciel fue parte de varios grupos de trabajo eclesial, entre ellos, la Asamblea Ordinaria del Sínodo de los Obispos sobre la formación de los candidatos al sacerdocio en las circunstancias actuales (1991), la Comisión Interdicasterial para la Justa Distribución del Clero (1991), la IV Conferencia General del Episcopado Latinoamericano (1992), el Sínodo de los Obispos sobre la Vida Consagrada y su Misión en la Iglesia y en el Mundo (1993).