Para estas eliminatorias la selección arranco mal, luego de la derrota en Quito frente a la Selección de Venezuela por 1-0 y las derrotas consecutivas 5-0 frente a Brasil y 5-1 frente a Paraguay en 3 partidos, la selección tenía 1 gol a favor y 11 en contra; cuando se dio la goleada en Asunción el técnico de ese entonces Luis Fernando Suárez renunció y se dio paso al técnico ecuatoriano Sixto Vizuete y en su debut en eliminatorias en el Estadio Olímpico Atahualpa venció a Perú por 5-1, tuvo una buena campaña hasta que prácticamente se perdió la clasificación tras perder 2-1 contra Uruguay en el Estadio Olímpico Atahualpa el 10 de octubre de 2009 esto lo hizo caer a la sexta posición y ahogándose en una lucha al repechaje, aunque este inalcanzable puesto se iba a desvanecer para la tricolor; ya que perdió el siguiente partido 1-0 en Santiago contra la selección de Chile con un gol de Humberto Suazo en el minuto 52 desvaneciendo toda oportunidad de clasificar a la Copa Mundial Sudáfrica 2010.