La ontología génica fue originalmente construida en 1988 por un consorcio de investigadores que estudiaban el genoma de tres organismos modelo: "Drosophila melanogaster" (mosca del vinagre, o mosca de la fruta), el "Mus musculus" (ratón casero, o ratón de laboratorio), y el "Saccharomyces cerevisiae" (levadura).