Como había ocurrido con el anterior proceso de negociaciones de Belisario Betancur en 1983, la oposición militar a la negociación de Andrés Pastrana se hizo explícita en diversas oportunidades, hasta llegar a la renuncia del Ministro de Defensa Rodrigo Lloreda Caicedo, cuando planteó su desacuerdo con el Comisionado de Paz Víctor G.