Su farmacia fue la mejor del Perú, en principio se estableció para dar servicio a toda la red de colegios y haciendas que tenían los jesuitas en Perú, pero luego se convirtió en la principal farmacia del Virreinato del Perú, de donde salió la primera remesa de quinina a Roma en 1631 gracias a la habilidad del jesuita italiano Agustino Salumbrino primer farmacéutico de esta célebre farmacia de San Pablo quien tras verla aplicada en los indios comenzó a aplicarla en Lima para curación de fiebres y resfríos.