Se casó el 7 de enero de 1869 con Juana Quezada del Río, con quien tuvo 5 hijos, de los cuales destacaron Eduardo Schmidt Quezada, quien fue alcalde de Temuco, y Teodoro Schmidt Quezada, quien fue ministro de Obras Públicas en 1931 y en cuyo honor se denominó la comuna de Teodoro Schmidt.