Tras el prior, la composición orgánica e institucional de la iglesia iba seguida por los beneficiados, que a fines del siglo XV eran cuatro y en la primera mitad del siglo XVI uno de ellos (Pedro Jiménez), era a su vez prior de San Pedro; los capellanes, cuya existencia se justifica en un primer momento como sustitutos de los ausentes beneficiados, que gozaban de la prebenda pero no atendían al culto, y posteriormente como capellanes perpetuos, según la fundación de capellanías, quienes a su vez gozaron de la dote instituida siendo sustituidos en el cumplimiento del culto por los capellanes servidores; tras estos estaba el colector o administrador de la colecturia, el sochantre o maestro de ceremonias, el sacristán y los acólitos, y finalmente el mayordomo, encargado de la administración económica y de llevar la contabilidad de la iglesia, y que generalmente era elegido entre un seglar de la villa de Alcaudete por el provisor o visitador del obispado.