Además el presidente Ernesto Zedillo es quien emite un reglamento para el uso del palacio determinando la creación de la Conservaduría del Palacio Nacional, compuesta por miembros de diferentes ramas del gobierno federal, lo que limita la preeminencia que había tenido el ejecutivo en la administración del inmueble a través del Estado Mayor Presidencial, por lo que la seguridad, mantenimiento y administración del inmueble se divide entre la Secretaria de Hacienda (que controlan la zona abierta al público en general), la Secretaria de la Defensa Nacional quienes controlan los edificios del oriente que dan a la calle de Correo Mayor pertenecientes entonces a la "Primera Zona Militar"; y la "Presidencia de la República" quienes a través del Estado Mayor Presidencial controlan el Patio de Honor y la zona de oficinas del presidente.