En 1802 pasó a cursar estudios en el Seminario de San Carlos y San Marcelo de Trujillo, pero dejó su inicial vocación religiosa y en 1804 se trasladó a Lima para estudiar Derecho en el Real Convictorio de San Carlos, dirigido entonces por el sacerdote Toribio Rodríguez de Mendoza, otro ilustre precursor de la independencia que difundía por entonces las ideas del liberalismo y que José Faustino supo asimilar.