En la serie animada ""La liga de la justicia"", aun como nanomáquinas, dota a Luthor de todos sus conocimientos, poderes y cura el cáncer que sufre inducido por la kryptonita que portaba como medio de protección contra Superman, Brainiac se revela ante todos cuando los planes de Luthor son desbaratados, pero Luthor lo convence de unir fuerzas y fusionarse, de esta manera el androide conoce lo que es sentir ambición y creatividad, mientras que Luthor obtiene acceso a los inmensos conocimientos que este ha recolectado convirtiéndose así en una amenaza abrumadora para la Liga.