En la tercera parte del Acuerdo se plantea fundar la Comisión para la Comisión Ambiental del Tratado de Libre Comercio de América del Norte, integrada por el Consejo de Ministros, un Secretario y por un Consejo Asesor Conjunto; con ello se provee una estructura política, técnica, administrativa jurídica necesaria para dar curso adecuado a las decisiones de los tres gobiernos en lo que respecta a la protección ambiental regional.