Rafael Hoyos Rubio (Cajamarca, 8 de enero de 1924 - Frontera Perú-Ecuador, 5 de junio de 1981) fue un militar peruano, que ostentó el grado de General de Ejército y ocupó la Comandancia en Jefe del Ejército del Perú desde el 5 de diciembre de 1980 hasta junio de 1981.