En la ciudad está el Liceo Pacífico Sur con 1500 estudiantes es uno de los más importantes centros de secundaria del sur del país, también cuenta con 3 escuelas entre ellas la Nieborowski con 800 alumnos, la de Ojo de agua con 400 alumnos y la del valle del Diquís con 600 alumnos, también se encuentra en la ciudad la universidad Panamericana ubicada en Barrio Canadá, además se pretende construir la universidad Un TEC (Instituto Tecnológico de Costa Rica) en Puerto Cortés a partir del 2014.