Luego de algunas campañas irregulares que llevaron al club a pelear por mantener la categoría, como en la temporada 99/2000, cuando evitó disputar la promoción para revalidar su lugar en la máxima categoría en la última fecha del torneo, al superar por sólo un punto, en la tabla de promedios, a Instituto de Córdoba, Estudiantes se repuso futbolísticamente tras una fugaz conducción de Carlos Bilardo como entrenador entre 2003 y 2004, que volvió a dirigir al club por cuarta vez en su historia; y con dos importantes campañas en el Apertura 2004 y el Clausura 2005 (en ambos torneos ocupó el 4.º puesto), ya con la conducción de «Mostaza» Merlo.