A través del siglo XVIII, Tegucigalpa le fue sacando ventaja a Comayagua; se levantaron allí varios edificios de instituciones importantes como "la Academia Literaria, génesis de la actual Universidad." Finalmente, el 30 de octubre de 1880, el presidente Marco Aurelio Soto tomo la "decisión de trasladar para siempre la capital de Honduras de Comayagua a Tegucigalpa.