Con la expulsión de los jesuitas en 1767, los Reales Estudios se cerraron, hasta que Carlos III los reabrió tres años más tarde como Reales Estudios de San Isidro, y estableció quince cátedras –concedidas por oposición, a diferencia de lo estipulado durante el mandato jesuita– inauguradas el 21 de octubre de 1771, y cuya dirección fue encomendada al ministro del Consejo de Castilla, Manuel de Villafaña; también se decidió cambiar el carácter de la biblioteca, abriéndose como biblioteca pública, al cuidado de dos bibliotecarios y el personal de servicio necesario.