Por tanto, los péptidos que presentan las moléculas del CMH provienen de microbios que están en el interior celular, y ésta es la razón por la cual los linfocitos T, que sólo identifican péptidos cuando están asociados a moléculas del CMH, sólo detectan microbios asociados a células y desencadenan una respuesta inmune contra microbios intracelulares.