Posteriormente, precisamente por los conflictos de Elba Esther Gordillo Morales con el PRI, el sindicato se desprendería del segundo y fundaría su propio partido político, Nueva Alianza, el mismo que postularía a la hija de Elba Esther, Mónica Arriola Gordillo y al actual secretario de la organización, Rafael Ochoa Guzmán, como diputada y senador respectivamente.