Los 32 equipos que estaban clasificados automáticamente para esta ronda, más los otros 32 equipos que se clasificaron por la ronda anterior, sumando los 16 perdedores de la tercera ronda clasificatoria de la Liga de Campeones 2008-09 dieron un total de 80 equipos que fueron emparejados en 8 grupos de 5 emparejamientos cada uno, los 40 ganadores de cada emparejamiento se clasificaron para la fase de grupos.Los partidos de ida se jugaron el 18 de septiembre, a excepción del Nordsjælland - Olympiacos, Hertha de Berlín - St.