También en 2009 estalló un conflicto en Velilla de San Antonio, donde IUCM apoyó una moción de censura del PP contra el PSOE, que reabrió una guerra interna que parecía cerrada tras la última asamblea regional, produciéndose varias dimisiones de dirigentes regionales, acompañado de críticas al proceso abierto en el que se pretendía elegir a los cabezas de lista en IU-CM, que se consideró "antidemocrático, dudosamente estatutario, y un boicot al proyecto de Refundación de la Izquierda".