Con posterioridad a la gran reforma y ampliación de la Iglesia efectuada en los años cincuenta, se han realizado cinco proyectos de obras en el ámbito del Museo Salzillo, de los cuales el primero fechado en 1965 se refiere a la Iglesia, mientras que el resto lo hacen a la ampliación del nuevo cuerpo del museo y el montaje de la fachada del demolido Palacio Riquelme en el lateral que da a la calle Doctor Quesada.