Adicionalmente a la excepción anterior los Reglamentos de protocolo, honores y uniformes militares del Ejército, la Fuerza Aérea y la Armada indican variantes de la bandera para uso exclusivo del personal militar y en el protocolo de honor al presidente de México como mando Supremo y para los Altos Mandos, de estas las más conocidas son las indicadas en el reglamento de la Armada, artículos 11 y 20.