La elección fue fuertemente criticada por los observadores, así como por los dos principales candidatos de la oposición, Muhammadu Buhari del Partido Popular de Toda Nigeria (All Nigeria Peoples Party - ANPP) y Atiku Abubakar del Congreso para la Acción (Action Congress - AC), quienes alegaron que se había cometido fraude en favor de Yar'Adua.