El 29 de julio de 2006, Stroessner fue ingresado para ser operado de dos hernias inguinales en el Hospital Santa Lucía de Brasilia, con resultados satisfactorios en los primeros días, pero luego sufrió una complicación pulmonar que derivó en neumonía y lo mantuvo en estado crítico hasta el 16 de agosto de 2006, cuando falleció.