Esta nueva técnica conlleva numerosas ventajas, como la necesidad de utilizar menor cantidad de reactivos, el empleo de un menor número tiempo de análisis (ya que en menos de una hora se pueden analizar los núcleos, frente a las 2-3 horas que precisa el procedimiento de FISH convencional), su rapidez para la obtención de resultados, su alta sensibilidad o su menor coste, con comparación con la técnica convencional de FISH.