Tras el referéndum de independencia y mediante un decreto regional promulgado el 28 de septiembre de 1990, se establecía el mando único directo de su TO, creando paralelamente y en secreto una estructura de mando alternativa y oficiosa, denominada "Estructura de Maniobra de Protección Nacional" (en esloveno: "Manevrska Struktura Narodne Zaščite", o MSNZ).