Tras la muerte de Antonio de Borbón, en 1562, Juana promulgó una serie de medidas destinadas a implantar la Reforma de Bearne: la publicación de un catecismo de Juan Calvino en bearnés (1563); la fundación de una academia protestante en Orthez (1566); la redacción de nuevas Ordenanzas eclesiásticas (1566-1571); la traducción del Nuevo Testamento al vasco por Joannes Leizarraga (1571); y la traducción al bearnés del "Psautier de Marot", por Arnaud de Salette (1568).