Ya en el museo, fue clasificado formalmente dentro de los mesoniquios debido a la similitud en estructura entre su dentadura y cráneo con las especies conocidas de mesoniquios; sin embargo estudios recientes ubican a "Andrewsarchus" lejos de los cetáceos, a los que se creía que estaba estrechamente relacionado, y se excluye de los mesoniquios clasificándolo junto a varios clados de artiodáctilos y más emparentado con los entelodóntidos.