Fernández de Bobadilla habría de hacer una investigación, basándose en denuncias que se habían hecho llegar a los monarcas, de esa forma recopiló gran cantidad de quejas contra Diego y Cristóbal, descubriendo que habían hecho una pésima administración, y con serios abusos de autoridad, por lo que ordenó su apresamiento y traslado a España.