Al estallar la sublevación contra el gobierno de la República (18 de julio de 1936), el capitán Pérez Pérez permaneció fiel al gobierno de la República y no se adhirió a la sublevación militar, siendo por ello confinado por los sublevados, en septiembre de 1936, junto con su esposa e hijos, en el pueblo gomero de Alajeró (provincia de Santa Cruz de Tenerife) donde permanecieron hasta 1.939, el final de la guerra civil en que por propia voluntad y tras convencer a la autoridad del pueblo de La Gomera, se trasladó a Capitanía de Las Palmas con el objetivo de esclarecer su situación.