Los genes homólogos posibilitan el reconocimiento de funciones comunes en distintos organismos, ya sea gracias a los genes ortologos (genes homólogos presentes en distintos organismos que codifican proteínas con la misma función y que han evolucionado mediante descendencia directa) o a los genes parálogos (genes homólogos presentes en un mismo organismo que codifican proteínas con funciones similares, pero no idénticas).