Con la toma de la ciudad por los Reyes Católicos (1489) y especialmente tras el gran terremoto de 1522, la Musalla se convirtió en el epicentro de una ciudad fuertemente clerical, donde se construyeron numerosos conventos e iglesias donde antes había mezquitas; incluso se abandonó la primera Catedral de la Medina, muy dañada por el terremoto, y se construyó la actual Catedral-Fortaleza de la Encarnación y el palacio episcopal en el centro de la Musalla.