Durante este período al frente del Estado de El Salvador, que comprendería del 25 de julio de 1832 al 1 de julio de 1833, introdujo el sistema de jurados y un nuevo impuesto que tenían que pagar todos los ciudadanos, se produjeron levantamientos en Izalco y San Miguel, y ocurrió la sublevación indígena conducida por Anastasio Aquino, estos movimientos hicieron renunciar a Prado y entregar el mando a don Joaquín de San Martín.