El territorio municipal de Puebla se encuentras tres tipos de clima, definidos principalmente por la altura, el extremo noreste en las alturas del Volcán Malintzin, el clima es "Semifrío subhúmedo con lluvias en verano", en la mitad norte del valle de Puebla, abarcando en su mayor parte de la cabecera municipal el clima es "Templado subhúmedo con lluvias en verano, de mayor humedad" y en el resto del territorio formado por la mitad sur del valle y sus elevaciones al sur de la Presa Valsequillo el clima es "Templado subhúmedo con lluvias en verano, de humedad media"; la temperatura media anual registrada en la zona del valle es de 16 a 18 °C, descendiendo en la medida que el terreno asciende hacia el Malintzin, siendo las siguientes franjas con rangos que van de 16 a 14 °C, 14 a 12 °C, 12 a 10 °C, 10 a 8 °C y 8 a 6 °C en la cumbre; en similar caso que en los climas, la pluviosidad del territorio es determinada principalmente por su altitud, siendo mayor la pluviosidad a mayor altura, así tenemos que en el sector noreste la pluviosidad es superior a los 1 000 mm al año, mientras que en el sureste es inferior a los 800 mm, el sector intermedio del Valle es entre 800 y 1 000 mm.