Análisis genéticos han probado la existencia de tres de estas subespecies; un estudio del año 2005 mediante el examen del genoma mitocondrial de biopsias de muestras de piel tomadas de trece localizaciones geográficas, considerando la diversidad genética y la estructura entre las poblaciones de hipopótamos a través del continente, mostró una baja pero significativa diferenciación genética entre "H.