Pese a sus orígenes independientes, el 2 de noviembre de 1936, estando ya Zabalza en la presidencia del CEP, y ante el inminente traslado del Gobierno de la República desde Madrid (por entonces a punto de sufrir la batalla de Madrid) a Valencia (efectuado finalmente el 6 de noviembre) aprobó una serie de resoluciones que supondrán un cambio en su programa de actuaciones, subordinándose formalmente al gobierno central de Largo Caballero, y sugiriendo la vía autonomista como solución futura.