Sin embargo, en la recta final de su mandato, Portillo acometió a toda prisa una de las tareas pendientes: la disolución del EMP: el 24 de septiembre de 2003 el Congreso aprobó una ley que abolía el Estado Mayor Presidencial (EMP) y transfería sus funciones oficiales a la Secretaría de Asuntos Administrativos y de Seguridad (SAAS), y el 29 de octubre un gozoso Portillo presidió la ceremonia de la disolución formal del cuerpo y la baja de sus quinientos integrantes.