Al norte estaba la sacristía de la Virgen (separada del resto del presbiterio por una balaustrada de 2,3 metros de largo por 1,8 de ancho), el altar mayor con un retablo de alabastro de fines del siglo XV o principios del siglo XVI dedicado a la Inmaculada Concepción, una capilla dedicada a Lanuza donde se encontraba su sepulcro renacentista, hoy día perdido y, en el ángulo noroccidental, el recinto del "Sancta Sanctorum", con la columna empotrada en el muro oeste (que se consideraba levantado por Santiago), pegada al muro norte que daba a la orilla del Ebro.