En la hibridación ADN-ADN, el por ciento de similitud de ADN entre dos especies se estima por la disminución de los enlaces de hidrógeno entre nucleótidos de dos hebras imperfectamente complementarias de un ADN heterodúplex (es decir un ADN experimental de doble hebra producido por el apareamiento de las hebras simples de de dos especies diferentes) comparada con los enlaces perfectos entre nucleótidos en un ADN homodúplex (con las dos hebras del ADN provenientes de la misma especie).