Nada más inaugurarse, la administración del presidente Berger persiguió a la plana mayor del gobierno de Alfonso Portillo de manera implacable, señalada de haber promovido actos corruptos; el mismo expresidente Portillo, tras perder su inmunidad como diputado del Parlamento Centroamericano, escapó de Guatemala y se refugió en México; el ex vicepresidente Juan Francisco Reyes pasó varios meses en la cárcel sindicado de intencionalidad de fraude contra el Estado y el ex ministro de Finanzas Públicas, Eduardo Weymann, fue encarcelado por firmar –cuando ya no era funcionario- unas actas que sustentaban una supuesta reunión de la Superintendencia de Administración Tributaria en la cual se habría decidido la transferencia de unos 30 millones de quetzales que fueron robados del erario.