Después de muchas enfermedades, con las que consideraba que Dios lo purificó, repitiendo siempre las palabras de San Agustín: "Abrasa, corta y castiga aquí, Señor para que me perdones para siempre", murió el 9 de octubre de 1581, un año antes que Santa Teresa de Jesús, con la que mantuvo correspondencia.