Más en detalle, la célula de los apicomplejos presenta las siguientes características: el núcleo es haploide, presenta aparato de Golgi, presenta cuerpos basales (aunque hemosporidios y piroplásmidos presentan en sus cuerpos basales tripletes de microtúbulos normales, coccidios y gregarinas tienen nueve singletes), las mitocondrias tienen crestas tubulares, carece de centriolos, cloroplastos, eyectosomas o inclusiones, en algunas especies presenta plástidos incoloros, y la célula está rodeada por una película de tres capas (la estructura alveolar) penetrada por microporos.