La guerra de Independencia, al contrario de lo que sucedió con otras de la ciudad, no significó pérdidas o destrozos para la fábrica parroquial, sino que ayudó a aumentar el grueso de bienes de ésta, pues como se conserva en los libros de fábrica del archivo histórico parroquial, en el año 1813, y a raíz de la reducción de órdenes religiosas por los Decretos de Chamartín, el cura obrero de la iglesia compra el órgano de las iglesias conventuales de San Agustín y los Padres de Gracia (Trinitarios) y la sillería del coro de la primera para acoger al clero parroquial (bienes no conservados y del que se desconoce su paradero o destino).