Los expertos estimaron que el tamaño de los restos visibles del Shoemaker Levy 9 abarcaban un rango desde unos pocos cientos de metros hasta un par de kilómetros, lo que sugiere que el cometa original pudo haber tenido un núcleo de hasta 5 km, un poco más grande que el cometa Hyakutake, que se hizo muy brillante al pasar cerca de la Tierra en 1996.