Una vez más cambiaba de lugar, y en agosto de 1593 era nombrado visitador de la Real Audiencia de Guatemala, y a continuación ocupaba el cargo de presidente de aquella Real Audiencia, permaneciendo en este puesto hasta 1596 cuando por cédula real se le nombraba presidente de la Real Audiencia de Santafé, además de gobernador y capitán general del Nuevo Reino de Granada (Colombia)