Existe una liga local de fútbol en los que sobresalen equipos con historia no solo local sino regional, como: Defensor la Merced, Deportivo Comercio, Sport Loreto de Huayabamba, Inca Club Juanjuí, entre otros, pero sin lugar a dudas el equipo con que más lauros y gloria cuenta el fútbol juanjuino es el Deportivo Comercio que jugó en Primera División del Fútbol Peruano vía el Torneo Regional del Oriente en 1991.