Por un tiempo pasó a la administración secular y hacia 1587 fue dado a la orden de los dieguinos, rama de la orden franciscana y una de las primeras en establecerse en el virreinato, fundándolo bajo la advocación de Nuestra Señora de los Ángeles y conocido desde entonces como "Convento de Nuestra Señora de los Ángeles de Churubusco"; en cuanto al poblado el nombre de "San Diego Churubusco" se debió como resultado de que la orden religiosa estableciera dicho convento.