Sin embargo, una tradición que se inicia en el siglo II con San Ireneo de Lyon ("Adversus Haereses" II, 22, 5; "Adversus Haereses" III, 1, 1) y, después de él, San Agustín ("Comentarios al Evangelio de Juan" LXI, 4), y otros Santos Padres como San Juan Crisóstomo, San Gregorio y, más tarde, Beda identifica al «Discípulo Amado» con Juan, el discípulo del Señor.