Del río Arapey Grande desemboca el río Arapey Chico y los arroyos de Palomas, arroyo Tangarupá, de las Tunas, Valentín Grande, el Isleta (afluente del Valentín Grande), el Arerunguá (cuyos principales afluentes son el de las Cañas y el Guayabos), el Sopas, el del Sauce, el arroyo Mataojo Grande, que tiene como afluente al Mataojito, el Mataojo Chico y el Sarandí del Arapey.