Entre los conjuntos perdidos se encuentran la Fuente de Narciso, cuya escultura central se hizo posiblemente a partir de un vaciado traído por Velázquez (1599-1660) desde Italia, y la Fuente del Tritón, conformada por un grupo escultórico de Giovanni Battista Lorenzi (1527-1583) y un pedestal de Juan de Bolonia (1529-1608).