Tiene en su interior uno de los órganos tubulares más grandes del país, con un bellísimo mueble de madera tallada, construido por la firma alemana Walcker y puesto en funcionamiento por el ingeniero alemán Oscar Binder en 1928, el órgano de la catedral de Cali fue entregado oficialmente en su última restauración en 2010 a delegados de la Arquidiócesis de Santiago de Cali, a el Párroco y a el maestro Luis García quien hizo la interventoría de la obra, el restaurador de este instrumento es el también colombiano Juan Carlos Ángel Gallo.