Pero los triunfos iniciales fueron barridos por una serie de derrotas; en la batalla de Guayabos, departamento de Paysandú, los revolucionarios fueron vencidos por las tropas gubernistas al mando de Nicasio Borges (el jefe de la vanguardia del ejército vencedor, Dionisio Irigoyen, hizo degollar a más de 400 prisioneros y heridos, según las crónicas de la época, entre los cuales al Comandante Carlos Gurméndez, uno de los principistas deportados a La Habana en la Barca Puig).