Probablemente, para diferenciarla de otras iglesias que fueron surgiendo en los arrabales de la primitiva ciudad islámica, se conocería al templo como "Santa María de la Almudena", porque en árabe "Al-mudayna" quiere decir "la ciudadela", por estar encerrada en el primer perímetro amurallado de origen árabe, que a modo de ciudadela, quedaba encerrado en la muralla cristiana posterior.