Es cierto que desde el curso 1879 – 80 las lecciones filosóficas y teológicas se adaptan a las enseñanzas de santo Tomás de Aquino, aunque, en realidad, el tomismo se enseñaba en el Seminario Conciliar de Valencia desde su restauración en 1845, cuando fue introducida en el mismo la Facultad de Teología, suprimida de la Universidad civil.