En esa década –en concordancia con la Misión de la universidad como espacio donde impera la crítica, la consolidación de una comunidad académica con reconocimiento internacional, el mejoramiento de la calidad, el fortalecimiento de la investigación y la modernización de los modelos pedagógicos– surgieron entre otros los siguientes programas: "De País en País" (1991), la Dirección de Relaciones Internacionales (1992), los semilleros de matemáticas y de otras dependencias (1993), Expo-universidad (1993), se extienden programas a la región de Urabá (1994) y a la región del Bajo Cauca (1996) el Programa Guía Cultural (1995), Agenda Cultural Alma Máter(1995), y el Programa Universidad, Valores y Vida (1996).