Caborca fue fundada en diciembre de 1693 por el misionero jesuita Eusebio Francisco Kino en un asentamiento indígena ubicado al pie del Cerro Prieto, bautizándola como la misión de la Purísima Concepción de Nuestra Señora de Caborca, con el propósito de evangelizar a las tribus pimas y pápagas cercanas.