Falleció en su castillo de Magaz de Pisuerga, Palencia el 27 de abril de 1469, siendo todavía muy joven, y fue llevado a enterrar al monasterio de San Francisco de Cuéllar, Segovia, señorío de su hermano Beltrán y panteón del Ducado de Alburquerque, al que por testamento dejó heredero universal de todos sus bienes.