En 1625, Felipe IV concedió a los jesuitas la gestión y explotación de la nueva institución, que a partir de entonces sería conocida indistintamente como los Reales Estudios, el Colegio Imperial de la Compañía de Jesús o el Colegio de San Pedro y San Pablo de la Compañía de Jesús en la Corte, y más tarde, como los Reales Estudios de San Isidro.