Sin embargo, en 1565, a la muerte de su madre, heredó el mayorazgo de Gines (Sevilla), fundado por su abuela Leonor Manrique de Castro, y refundado por su madre, quien creara señoríos para sus tres hijos menores aún vivos, por lo que comenzó a llamarse Álvaro Manrique de Zúñiga y Sotomayor, de acuerdo a una cláusula del citado mayorazgo.