Un año más tarde se ofreció como misionero al nuevo obispo de Tlaxcala (Nueva España, actual México), Julián Garcés, que habría de marchar para América en 1527 desde el puerto de Sevilla; con tal propósito se trasladó allí con su compañero de estudios en Alcalá, Fernando de Contreras, quien habló de su proyecto con el arzobispo de Sevilla, Alonso Manrique; éste ordenó a Juan de Ávila que abandonara esa idea y evangelizase Andalucía, labor a la que desde entonces se consagró de pleno y por la que será llamado "Apóstol de Andalucía".