Dahlgren (1975) movió la familia a las cercanías de las Saxifragaceae, mientras que Takhtajan (1980) colocó las gunneráceas en un orden Gunnerales dentro de las Saxifraganae y, por su parte, Cronquist (1981) las colocó, junto con las haloragáceas en un orden Haloragales dentro de las rósidas, pero sólo el advenimiento de los análisis filogenéticos moleculares permitió dilucidar la cuestión, emplazándola como una línea basal aislada del clado de las rósidas-cariofílidas-astéridas y hermana de las mirotamnáceas.