En el Hexagonal Final de la eliminatoria, el 25 de marzo de 2001, Borgetti marcó un doblete en un encuentro contra , partido que finalizó 4-0 en el Estadio Azteca, después fue convocado por Enrique Meza en una época de crisis del cuadro mexicano, que tras malos resultados corría el riesgo de quedar sin clasificar de la copa del mundo, sin embargo tras la derrota de 3-1 ante en San Pedro Sula, el técnico Javier Aguirre tomó el cargo de entrenador de la selección y los resultados funcionaron, el 1 de julio anotó el único gol contra para la victoria de 1-0 en el Estadio Azteca y dio esperanzas de calificar, después México venció 1-2 a Jamaica en Kingston, a Trinidad y Tobago 3-0, empató 0-0 con y venció 3-0 a Honduras y clasificó al mundial en segundo lugar del hexagonal.