Noboa se lanzó por primera vez como candidato presidencial en el año 1998 respaldado por el Partido Roldosista Ecuatoriano se distanció lejanamente y en el año 1999 trabajó en el fortalecimiento del incipiente Frente Nacional de Independientes Álvaro Noboa, que dirigía Wilson Sánchez, con quien mantiene una amistad de 25 años.