Para 1996, este equipo logra nuevamente codearse con los principales equipos del país, en 1997 otra vez esta en la gloria y el coqueteo con las competencias internacionales, en un mini-torneo le gana al Barcelona la participación en la Copa Conmebol, ubicados como terceros del Ecuador tienen que enfrentar de rival al Universitario del Perú, en el partido de ida realizado en Perú, Universitario golea de local 3 a 0, mientras que en Ambato se registró un empate 0 a 0, quedando eliminados en octavos de final.