Es de una sola nave, con planta de cruz latina, crucero y ábside poligonal, capillas laterales comunicadas y coro alto a los pies, en los laterales de la nave son apreciables las nuevas corrientes renacentistas pues su traza se efectúa ya con arcos de medio punto, pero sobre todo en la sillería del coro, en el mausoleo del fundador Frey Fernando Fernández de Córdova y Mendoza, y en el primitivo altar mayor donde el Renacimiento es manifiesto.