A partir de esta edición cambió el formato de calificación a la Copa Libertadores como México 1, ese lugar correspondió al club que terminó en el primer lugar de la Tabla General de Competencia del Torneo Apertura 2008, excepto los clubes que estuvieran participando en la CONCACAF Liga Campeones, de ser así su lugar sería tomado por el siguiente club en la clasificación.