En lo eclesiástico, el territorio del Municipio Lobatera está conformado por dos parroquias: la parroquia matriz de Nuestra Señora del Rosario de Chiquinquirá de Lobatera (creada canónicamente por el Arzobispado de Santa Fe de Bogotá en junio de 1773) y la Parroquia de Santa Rosalía de Palermo, creada el 28 de octubre de 1868 y cuya sede parroquial se encuentra en la población de Borotá.