Consiguió también que Clemente VII legitimara a tres hijos naturales de Hernán Cortés (Martín Cortés, Luis de Altamirano y Catalina Pizarro), le otorgara el patronato del hospital de la Concepción o de Jesús, y los diezmos y primicias de las propiedades de Cortés para construir templos y hospitales, cosa esta que la Corona no aceptó por atentar con lo convenido en el Regio Patronato.