En julio de 2008, se confirma su regreso al Independiente Medellín, comenzando así su segundo ciclo por el club "poderoso", durante esta etapa logra el Subcampeonato en el Torneo Finalización 2008 ante el América de Cali y el Campeonato en el Torneo Finalización 2009 consiguiendo así la quinta conquista del "rojo paisa", además, disputa la Copa Libertadores 2009 y la Copa Libertadores 2010.