Este acuerdo, sin embargo, produjo una gran polémica en el seno del partido, que produjo, entre otros efectos, el abandono del partido de dos de los tres diputados que Ciudadanos tenía en el Parlamento de Cataluña, Antonio Robles y José Domingo, que rechazaron el modo en el que se había tomado la decisión así como la alianza con un partido conservador y euroescéptico.