Sin embargo, el Tribunal de la Inquisición tenía jurisdicción sobre todos los fueros de los reinos, y, por esa causa, fue recluido en calabozos de la sede inquisitorial de la Aljafería, lo que provocó un levantamiento del pueblo ante lo que consideraron una violación del derecho foral, y acudieron al asalto de la Aljafería para rescatarlo.