Posee restos de tumbas de más de 12.000 años procedentes de la sabana de Bogotá, las más antiguas de la región; una colección de mariposas de fines del siglo XVIII recolectada por José Celestino Mutis; dibujos de plantas elaborados por la Comisión Corográfica de 1852; restos prehistóricos de asentamientos humanos en el Amazonas, además de una biblioteca especializada en ciencias con libros procedentes de bibliotecas particulares de los siglos XVIII y XIX.