La vinculación con la Escuela de Bellas Artes y las sucesivas gestines de Paulo Vergueiro Leão (de 1932 a 1944) y la de Túlio Mugnaini (de 1944 a 1965) mantuvieron a la Pinacoteca relativamente distante de los movimientos de renovación artística de principios del siglo XX y de los demás muses de arte creados en la década de 1940 (Museo de Arte de São Paulo y Museo de Arte Moderno de São Paulo).