Un análisis cladístico realizado en 2000 por Pascal Godefroit, Shuqin Zan Liyong Jin, y sobre la base del cráneo, dientes, y las características postcraneales muestra que "Charonosaurus jiayinensis" filogenéticamente está más estrechamente relacionado con "Parasaurolophus" que cualquiera de los otros Lambeosaurinae.