Al asumir la jefatura de la casa ducal también asumió otros cargos vinculados como el de capitán general de la Mar Océana y Costas de Andalucía (desde el Guadiana a Estrecho de Gibraltar), y por ello al producirse la rebelión de Évora y Algarve en 1637 (entonces bajo dominio español), el duque dirige las operaciones militares para controlar la zona auxiliado por su primo Francisco Antonio de Guzmán y Zúñiga, V marqués de Ayamonte.