El descontento dentro del propio partido, así como el surgimiento de la figura opositora de Fernando Lugo, que logró unir a casi toda la oposición en la Alianza Patriótica para el Cambio, derivó en una derrota de la candidata colorada frente a Lugo, que logró el 40,8% de los votos contra 30,7% que obtuvo el Partido Colorado, culminando así con seis décadas de hegemonía colorada.