Holbox es parte de la reserva de la biósfera y Área de Protección de Flora y Fauna Yum Balam, y es accesible por vía marítima desde el puerto de Chiquilá, donde se puede tomar el ferry para cruzar la Laguna Yalahau, en un trayecto aproximado de 20 minutos (también hay servicio a bordo de lanchas privadas).