La bandera yaqui tiene los siguientes significados: el azul, la fortaleza del pueblo cubierto con el manto azul del cielo; el blanco es la pureza de la sangre de raza yaqui; el Sol es el Dios Padre que ilumina y da vida a la raza; la Luna es la Diosa Madre que nos protege de noche y de día, las estrellas son los espíritus que vigilan desde el más allá los cuatro puntos cardinales del territorio Yaqui; la Cruz es la nueva religión del Yaqui y el rojo la sangre que derramaron por la defensa de su territorio y autonomía como nación.