Debido a sus intereses comunes el Ferrocarril Villa María a Rufino y el Ferrocarril Buenos Aires al Pacífico mantuvieron estrechos vínculos comerciales, hasta que finalmente, en el año 1900 el FCBAP se hace cargo, por el término de 20 años de la administración y explotación de este ferrocarril de 227 kilómetros de longitud.