El intendente Carlos Alberto Pueyrredón le encargó el acondicionamiento del edificio existente al arquitecto Manuel Augusto Domínguez, un especialista en arquitectura colonial, quien decidió modificar sus líneas arquitectónicas para adaptarlo al estilo de las quintas aledañas a Buenos Aires de la primera mitad del siglo XIX, lo que incluyó la mutilación de parte de la casona de la chacra, en tanto la decoración y arreglos interiores los realizó la esposa del intendente y bisnieta del brigadier general Cornelio de Saavedra, Silvia Saavedra Lamas de Pueyrredón; el viejo museo reabrió sus puertas con nuevo nombre y sede propia el 25 de mayo de 1942 y las colecciones presentadas en el mismo giraban en torno a Saavedra.