En la siguiente temporada consiguió mantenerse para finalmente perder la categoría en la temporada 2006-07 al finalizar 19º, en el campo de la Nueva Ciudad Deportiva, el Estadio Alfredo Di Stéfano pese a contar con una de las mejores generaciones de futbolistas que dio la cantera, con hombres como Juan Mata, Roberto Soldado o Álvaro Negredo.