En esa temporada, si bien demostró que era un delantero de calidad, su falta de continuidad, sus lesiones y la escasez de respuestas del club, contribuyeron a opacar su figura enormemente.Es cierto que Owen empezó desde el banquillo y pero con la llegada de Vanderlei Luxemburgo, entrenador brasileño, Owen empezó a gozar de más continuidad en lugar de Luis Figo, saliendo como titular en el segundo clásico de la temporada en el Santiago Bernabeú, marcando el cuarto gol del Real Madrid de bella factura.