Hacia 1848 la población de Bacalar era de unas 5000 personas, ese mismo año estalló en la península de Yucatán la llamada Guerra de Castas, por la cual los mayas se rebelaron contra el gobierno mexicano, uno de sus primero objetivos fue Bacalar, fue atacada y arrasada, los líderes mayas eran José Venancio Pec, Jacinto Pat y Cecilio Chi, los habitantes que pudieron sobrevivir huyeron a la colonia inglesa de Honduras Británica y Bacalar quedó despoblada hasta que fue vuelta a reconquistar por una columna militar mexicana al mando del Contralmirante Ángel Ortiz Monasterio en 1902.