Debido a la explícita relación temática entre las sonatas y los Misterios del Rosario, algunas personas se han dedicado a intentar descubrir cómo el compositor plasmó musicalmente ciertas ideas, pero es arriesgado el intentar encontrar guiños o mensaje ocultos o no ocultos, o ideas plasmadas en obras con un carácter programático, sin saber las intenciones originales de quien las ideó.