Tras su derrota en la contienda interna del PRI, fue designado director general del Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores del Estado, en 1998 secretario del Trabajo y Previsión Social, y en 1999 fue electo presidente del Comité Ejecutivo Nacional del Partido Revolucionario Institucional, en una contienda donde su opositor, Rodolfo Echeverría Ruiz, se retiró de la pelea por falta de apoyos, aunque se hizo de una diputación plurinominal para el periodo 2000-2003 como compensación.