Para el torneo Invierno 99 Atlas se reforzó con jugadores como Diego Cocca y Jorge Santillana y el equipo siguió logrando excelentes resultados iniciando el torneo con una racha de 10 partidos sin perder, hasta que el Cruz Azul logró romper esa racha al derrotar 2-3 al Atlas en el Jalisco, a pesar de la derrota Atlas logró conseguir otra racha de 8 partidos sin perder y 6 victorias consecutivas, Atlas vivió lo que fue probablemente su mejor torneo en la historia al ser líder general del torneo, conseguir 38 puntos, 11 victorias, solo 1 derrota, finalizar invicto como visitante, ser la mejor ofensiva y ser la mejor defensiva; aparte de conseguir la clasificación a la Pre Pre Libertadores.