Su sección de Libros Raros y Manuscritos incluye 37 incunables universales (impresos hasta 1500), varios incunables italianos (hasta 1510) y españoles (hasta 1530), ediciones aldinas y elzevirianas, varios de los primeros impresos colombianos llamados «incunables colombianos» (los libros publicados en el país entre 1738 y 1800), una colección de archivos históricos (como el archivo comercial y personal de Tomás Cipriano de Mosquera) y numerosos fondos privados integrados a la colección general y a la de Libros Raros y Manuscritos, como los de Laureano García Ortiz y Alfonso Palacio Rudas, entre otros, con cerca de 40000 ejemplares cada uno.