A sus 40 años, aunque en su vida militar había cumplido con su misión sirviendo a la patria en las acciones encomendadas, quizás cansado de tanta aventura y de aquella vida de pendencias y sobresaltos que llevaba, decidió buscar la paz espiritual e ingresó en un convento, siendo admitido en la Orden Capuchina de Tarazona, el día 26 de junio del año de 1637, tomando el nombre de fray Francisco de Pamplona.