En marzo de 2006, fue nombrado técnico de Universitario de Deportes, alcanzando la quinta posición en la tabla general del Campeonato Descentralizado 2006, A las pocas fechas de iniciado el Torneo Apertura 2007, Nunes fue cesado por dirigencia del club por los malos resultados y por la oposición que generaba su presencia entre los principales referentes del plantel, asumiendo el cargo de entrenador el colombiano Édgar Ospina.