Por esta razón, y seguramente también por su labor en la Real Academia de la Historia y por haber escrito la "Carta sobre el modo de establecer el Consejo de Regencia del Reyno", sería arrestado el 22 de mayo de aquel año y deportado a Francia; se le trasladó primero a Bayona y luego a Orthez, en el departamento francés de los Pirineos Atlánticos, donde permaneció confinado durante dos años.