Sus críticos lo consideran instigador de genocidios sistemáticos de grupos políticos, estando ligado a varios regímenes totalitarios latinoamericanos, tales como la dictadura militar chilena de Augusto Pinochet o el Proceso de Reorganización Nacional de Argentina, así como por ser el responsable de planes represivos como lo sería la Operación Cóndor, cuya célula de origen habría sido la Escuela de las Américas.