El agua brota en tres niveles diferentes formando la cuenca lacustre, que se compone de los riachuelos de Espolla y Usall, la laguna de San Miguel de Campomayor y el lago de Bañolas, pero también discurre agua superficial hacia el lago, a través de los riachuelos naturales de Estunes, Vilà, Deus, Marquès, Tanyers, Castellana, Can Morgat y Lio, que suponen el 10 % de las aportaciones totales de agua al lago.