Bahías de Huatulco cuenta con un alto potencial para el ecoturismo, destacan dentro de este tipo de actividades el tour a las Cascadas de Llano Grande o las mágicas de Copalitilla, el tour en bicicleta, el rápel, la tirolesa, el tour a caballo, el temazcal maya Santa Cruz, la observación de aves, etcétera.