El 25 de septiembre de 1828, en Bogotá, se llevó a cabo un atentado contra su vida, conocido como la Conspiración Septembrina, de la cual resultó ileso gracias a la ayuda de su compañera sentimental, Manuela Sáenz, quiteña que recibió en 1821 la orden de "Caballeresa del Sol" del general José de San Martín y que a raíz del suceso con Bolívar fue llamada por él «La Libertadora del Libertador».