En la liguilla le tocó enfrentarse al Cruz Azul que venía de ser líder general, el partido de ida en el Estadio Jalisco La Máquina consiguió una sufrida victoria por 0-1, la vuelta disputada el 2 de diciembre de 2000 Atlas consiguió la hazaña y derrotó al Cruz Azul por marcador de 0-2 con goles de Hugo Norberto Castillo y Miguel Zepeda.