Para el Torneo Clausura 2009 el club vuelve a tener otra regular campaña pero cabe destacar que consigue ingresar por primera vez a un torneo oficial internacional como lo es la Copa Sudamericana en la que debutará contra San Lorenzo de Almagro y en la que quedaría eliminado en esa instancia, aunque eso haría felices a los hinchas del Matador, ya que cumplieron el sueño de jugar un torneo Internacional pese a haber jugado en el Bajo Flores, como muy lejos.