De la misma manera debido a las características calcáreas del suelo no existen corrientes de agua superficiales de importancia, sin embargo existen numerosos cenotes y aguadas, entre ellos aquellos que le dan el nombre a la región y la cabecera municipal, los "chenes", nombre maya que se tornó gentilicio y que, en el origen, se refiere a los pozos (cenotes) de la Península de Yucatán.