Mediante la técnica de "simulated annealing" (tienen relativamente poco éxito en la literatura en castellano traducciones como "temple" o "recocido" simulado), un alineamiento múltiple de secuencias existente, producido por otro método, se refina por una serie de reordenamientos diseñados para encontrar regiones más óptimas del espacio de alineamiento que la ya ocupada por el MSA previo.