Sin embargo la decadencia de la Universidad de Baeza estuvo íntimamente ligada a los hechos históricos que caracterizaron a la provincia de Jaén hasta fechas recientes, determinando la tendencia a la ruralización que, demográficamente, implica el desmantelamiento de las ciudades; del mismo fenómeno se derivó el absentismo aristocrático que al no encontrar incentivos en las ciudades en crisis, se marchó a la Corte, o a otras grandes ciudades donde invertían o gastaban sus recursos; ello, unido a la decadencia económica, en especial la del sector textil baezano, a los pleitos locales y a la falta de innovación académica hicieron posible el decreto de extinción en 1807 de la Universidad de Baeza y su clausura definitiva en 1824.