El clima del municipio de Santa Catarina se encuentra clasificado en dos zonas, una franja central tiene clima "Cálido subhúmedo con lluvias en verano", mientras que los extremos norte y sur del territorio municipal registran clima "Semicálido subhúmedo con lluvias en verano"; la temperatura media anual de la mitad norte del municipio se encuentra en un rango de 22 a 24 °C, mientras que la mitad sur tiene un promedio de 20 a 22 °C;