Jung anhelaba estudiar arqueología en la universidad, pero su familia carecía de recursos para enviarlo más lejos de Basilea, donde no dictaban esa carrera, por lo que (contra los deseos de su entorno) decidió estudiar medicina en la Universidad de Basilea, entre 1894 y 1900, y pudo ingresar en una asociación estudiantil, la Zofingia, a la que ya había pertenecido.