El número de pasajeros disminuyó temporalmente a principios de la década de 1990 debido a la competencia del cercano Aeropuerto Internacional de Viena (que se encuentra a tan sólo 55 km de distancia del Aeropuerto de Bratislava) y luego en el período 1999/2000 debido a cambios realizados por el gobierno de Mikuláš Dzurinda, pero desde entonces está creciendo rápidamente.