Los primeros 83 episodios fueron adaptados a partir de los de la franquicia, Pokémon Red y Green, que están ambientados en la región Kanto; los siguientes 35 episodios son relatos de relleno que utilizan elementos inéditos que no aparecen en los videojuegos y están ambientados en el Archipiélago Naranja, lugar que también es único y exclusivo del anime; mientras que el resto (158 episodios) están ambientados en la región Johto y basados en Pokémon Gold y Silver, los 2 primeros videojuegos de la segunda saga principal de videojuegos de Pokémon.