Desde el mar los buques del bando independentista, al mando del almirante chileno Manuel Blanco Encalada y compuesta por las flotas combinadas de Chile, Gran Colombia y Perú también atacaron sin pausa el reducto realista con sus cañones, pero los defensores contaban con la Fortaleza del Real Felipe, un bastión artillado para rechazar ataques por mar y que había sido pieza clave del sistema defensivo de España para sus colonias en el océano Pacífico, en tanto el recinto amurallado de la Fortaleza también dificultaba un asalto frontal desde tierra, todo lo cual junto a la voluntad inquebrantable de sus defensores hizo un cerco difícil y prolongado.