Más tarde, sufrió varios y serios reveses militares, el primero fue en Pisagua (2 de noviembre de 1879) que no pudo contener el establecimiento de una cabeza de playa y luego en San Francisco o Dolores (18 de noviembre) donde la indisciplina, deserción boliviana y poca calidad de la tropa proporcionaron un triunfo categórico a la invasores a pesar de estar sobrepasados en número, este resultado fue gravitante para Buendía y su posterior declive.