Los primeros proyectos de este tipo fueron la Iniciativa para la Estructura de Proteínas ("Protein Structure Initiative" o PSI), financiada por los Institutos Nacionales de la Salud en los Estados Unidos, la Fábrica de Estructura de Proteínas ("Protein Structure Factory") y SPINE en Europa, Protein 3000 y La Iniciativa de Genómica Estructural/Proteómica de RIKEN en Japón.