Tras la muerte de Mendoza, renuncia a su puesto en la Universidad para pasar a residir en el deanazgo de Santiago de Compostela que poseía desde 1494,administrando, además, la imprenta de Valladolid, interviniendo en la fundación del Estudio Viejo de Compostela, erigiendo el Hospital de los Reyes Católicos y escribiendo, además, diversos ensayos de corte humanista.