El municipio de Pueblo Nuevo se localiza al sureste del estado en las zonas elevadas de la Sierra Madre Occidental; limita al noreste con el municipio de San Dimas, al noreste y este con el municipio de Durango, al sureste con el municipio de Mezquital, al sur con el municipio de Huajícori del estado de Nayarit y al suroeste con el municipio de Mazatlán, el municipio de Concordia y con el municipio de Rosario del estado de Sinaloa.