Cabe destacar que el aporte genético indígena resultó ser más alto que el africano, pero los indígenas se mestizaron casi totalmente con los colonizadores españoles y los criollos (y en menor medida, con africanos o sus descendientes), y sus descendientes siguieron mestizándose principalmente con descendientes de los europeos, ya sea de los tiempos coloniales o provenientes de las oleadas migratorias de los siglos XIX y XX, lo que hizo que actualmente la casi totalidad de los descendientes de indígenas presente un fenotipo similar al de los europeos del sur o más cercano a éste que al de los indígenas de la región (solo un 0,4% de la población presenta un fenotipo cercano al de los pueblos indígenas americanos), ya que el aporte genético europeo que poseen es mucho mayor.