La historia de HYDRA como se describe en la continuidad del Universo Marvel es larga, tumultuosa e intrincada, abarcando milenios, y remontándose a la Tercera Dinastía de Egipto, con todas las referencias al antiguo grupo desapareciendo alrededor del Renacimiento.La encarnación moderna de Hydra se originó cuando el maestro espía nazi conocido como Red Skull tomó el control de una sociedad secreta asiática, la Hermandad de la Lanza, fusionándola con una organización oculta de los alemanes, la Sociedad Thule.