Más difícil resulta su labor en el asunto de las encomiendas, pues había recibido encargo de revisar los repartimientos efectuados por Francisco Pizarro y de obligar a los encomenderos a cumplir las ordenanzas de contraer legítimo matrimonio, no trasladar indios de una a otra provincia, suprimir impuestos abusivos, no obligar a los indios a trabajar en las minas, etc.