La zona magallánica fue la más apartada de la gobernación y donde prácticamente no llegaron misioneros, quedando a merced de sus creencias ancestrales, y una vez que llegaron las misiones, se dieron cuenta de la extinción de los aborígenes de la zona, principalmente por el intercambio cultural, de especies y el contagio de enfermedades, producto de los navegantes de los barcos aventureros que atravesaban el estrecho de Magallanes.