No obstante, el rey autorizó que los gobernadores del señorío libraran la cantidad de dinero suficiente para el cumplimento del testamento del duque Juan y la resolución de los pleitos territoriales, abonando 10.000.000 de maravedíes a la Casa de Medinaceli en compensación por Huelva en 1509, y pagando 34.000.000 al Conde de Alba de Liste por Ayamonte y Lepe en 1510.