En su primera temporada en el PSV Eindhoven, las cosas le fueron muy bien al equipo, ya que logró hacerse con la Eredivise, y alcanzó los cuartos de final de la Champions League, sin embargo, a nivel personal, tras un prometedor comienzo de temporada, Kluivert vio como poco a poco Koeman le iba apartando del once titular y acabó los últimos partidos de liga saliendo siempre desde el banquillo.