En los primeros meses de gobierno, Menem intentó continuar con el proyecto y nombró un nuevo equipo de funcionarios al frente del ENTECAP, pero en noviembre de 1989, presionado por los sectores liberales (con quienes se alió políticamente) y liderados por el ingeniero Álvaro Alsogaray (quien siempre se había opuesto al traslado de la Capital desde 1986 y según sostiene el politólogo Alfredo Armando Aguirre, Alsogaray dijo: "«aunque se apruebe la ley el traslado no se llevará adelante»") y dentro del plan de reforma del Estado proyectado por estos sectores para superar la crisis y sanear las cuentas estatales, Menem derogó el decreto 1156/87 y disolvió el ENTECAP, liquidando todos sus bienes y propiedades y dejando materialmente sin efecto el proyecto.