Las obras se prolongaron durante bastante tiempo, hasta el punto que en 1544 la capilla mayor de la iglesia estaba sólo comenzada y prácticamente no había nada construido de las dependencias conventuales; el cerramiento lo hace el maestro Francisco Montiel en 1580 y la obra termina en 1590 con las trazas originales del convento alteradas, dando como resultado una iglesia original para esta zona.