Aunque contaba con el apoyo total de la población y las autoridades locales, ante la amenaza de intervención de las tropas imperiales decidió abandonar Waldshut y refugiarse en Schaffhausen, donde escribió el folleto "Concerniente a los herejes y a aquellos que los queman", donde rechazó las persecuciones religiosas de cualquier tipo y proclamó la libertad de culto y la obligación de los cristianos de no usar "la espada o el fuego" para tratar de cambiar las creencias de otros.