En 1965, la fundación de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas (UCA), gestionada por la orden jesuita, abrió un modelo diferente de universidad con orientación social, bajo los postulados de la Teología de la liberación, especialmente bajo el rectorado del padre Ignacio Ellacuría, asesinado junto a otros sacerdotes el 16 de noviembre de 1989.