Su cuerpo fue enterrado primero en la iglesia de Tiripetío, Michoacán, y trasladado en 1568 por su hija, Leonor Alvarado Xicoténcatl, a una cripta de la catedral de San José de Santiago de Guatemala (hoy Antigua Guatemala), junto al de su mujer, Beatriz de la Cueva, llamada "la sinventura", no sin motivo: enviudó menos de un año después de suceder a su hermana como mujer de Alvarado, y luego sobrevivió a su marido solo otro año.