En 2001, Brunner fue condenado en rebeldía a cadena perpetua en París al término de un proceso judicial abierto en 1987 por los "cazadores de nazis" Serge y Beate Klarsfeld, por haber enviado el 31 de julio de 1944 a 345 niños judíos de Francia a los campos de concentración y exterminio, a los que ya habían sido deportados sus padres.