Restablecida la democracia a fines de 1983, Vilas fue acusado por la CONADEP de varios casos de violaciones de derechos humanos en Tucumán y Bahía Blanca y fue procesado por la Cámara Federal de Bahía Blanca, como autor de crímenes de lesa humanidad en los centros de detención «Escuelita de Bahía Blanca» y Base Naval Puerto Belgrano, que estaban a su cargo.