Todo el territorio de Coneto registra un clima que se encuentra clasificado como "Semiseco templado", a excepción de una muy pequeña zona en su límite este con clima "Seco semicálido", la temperatura media anual registrada en la mitad noroeste del municipio se encuentra en un rango que va de 12 a 16 °C y en la mitad sureste de 16 a 18 °C, pequeñas extensiones del límite oeste del municipio llegan a registrar de 18 a 20 °C, la precipitación media anual se divide en dos zonas, en los límites del municipio con los de Nuevo Ideal y Canatlán, es decir una franja longitudinal en sentido noroeste a sureste en el cual se encuentran las principales serranías, el promedio es de 800 a 1,000 mm, en el resto del territorio el promedio se encuentra 400 y 500 mm.