Cagalli reaparece como miembro activo de la resistencia en los territorios de África del norte ocupados por "ZAFT" llevando el sobrenombre de "Diosa de la guerra", lucha junto al grupo "Amanecer del Desierto", durante este periodo Cagalli se reencuentra con Kira Yamato cuando descubre que él es el actual piloto de uno de los "Mobile suits" construidos en la colonia "Heliopolis", tras este reencuentro Cagalli permanece en el crucero de combate "Archangel" pilotando un avión tipo "FX-550 Skygrasper".