El 23 de enero de 1995, en vísperas de las elecciones municipales de mayo en las que Ordóñez iba a ser el candidato del PP a la alcaldía de San Sebastián, mientras comía en el bar La Cepa de la Parte Vieja de San Sebastián con sus compañeros del ayuntamiento, entre ellos María San Gil, fue asesinado por un comando de ETA formado por Valentín Lasarte, Francisco Javier García Gaztelu «Txapote», y Juan Ramón Carazatorre «Zapata»; solo este último queda por ser enjuiciado, los otros dos ya fueron condenados.