Chile era miembro no permanente del Consejo de Seguridad entre 2003 y 2004 cuando Muñoz presidió el Comité de Sanciones a Al-Qaeda y el Talibán, viajando a países como Afganistán, Camboya, Indonesia e Irán, según las resoluciones del Consejo de Seguridad, para verificar la implementación de actividades para el congelamiento de activos, embargos de armamiento y prohibiciones de viajar de esos grupos.