Las principales causas de malabsorción son la celiaquía, la atresia biliar, ciertos medicamentos (colestiramina, tetraciclina, algunos antiácidos, algunos medicamentos empleados para tratar la obesidad, colchicina, acarbosa, fenitoína), ciertos tipos de cáncer (linfoma, cáncer de páncreas, gastrinoma), ciertos tipos de cirugía (gastrectomía con gastroyeyunostomía, tratamientos quirúrgicos para la obesidad, extirpación parcial o completa del íleon), colestasis, hepatitis crónica, intolerancia a la proteína de la leche de vaca, enfermedad de Crohn, daño por tratamientos de radiación, infección parasitaria, enfermedad de Whipple y SIDA.