La lealtad de Yagoda a Stalin era incuestionable y ordenó el traslado de miles de presos políticos para la construcción del Canal Mar Blanco-Báltico en el norte de Rusia, cuidando que la mayoría de ellos pereciera por culpa de los maltratos, el frío, y la pésima alimentación, de forma que la prestación de mano de obra para los proyectos de Stalin cimentaba la influencia de Yagoda ante el dictador.