En Ayutuxtepeque se encuentran diversas Iglesias y Religiones entre las cuales son la Iglesia católica San Sebastian Mártir, Iglesia Altar De Dios Filial La Trinidad, Iglesia Cristiana De Edificación Familiar, Iglesia De Avivamiento Jerusalem, Iglesia Huerto del Edén, Misión Bautista La Trinidad, Tabernáculo Bíblico Bautista Amigos de Israel.