Según la Lista Roja de la UICN se clasifica como una especie diferente, "Lama guanicoe", con dos subespecies: "Lama guanicoe cacsilensis" o "guanaco peruano" y "Lama guanicoe guanicoe" o "guanaco sureño"; según "Mammals Species of the World" los guanacos corresponderían a dos subespecies de "Lama glama": "Lama glama cacsilensis" y "Lama glama guanicoe".