La orografía tequixquense está conformada por cerros de baja altura y pequeños lomeríos separados por arroyos o barrancas, sobresale una meseta de altura llamado Cerro Mesa Ahumada, los asentamientos humanos se encuentran al extremo oriente del Cerro Mesa Ahumada, que es una vertiente de la Sierra de Tepotzotlán y sobre los lomeríos al descender hacia el Valle del Mezquital de composición rocosa extrusivas del Cuaternario que se le conoce popularmente como tepetate; el valle o la vega se extiende al norte del municipio, es ocupado principalmente por matorrales y pastizales, está compuesto por un suelo de tipo Durisol, Vertisol y Phaeozem.