En su nacimiento, el Carrenleufú tiene un régimen estable, debido a que nace en un lago que regula su caudal; pero a medida que recibe afluentes, aguas abajo, su régimen de caudal se transforma en un régimen pluvial: su escurrimiento es muy sensible a las lluvias y chubascos, y sus variaciones de nivel llegan hasta los siete metros.