En la segunda etapa, encargada a un equipo de profesionales de la Facultad de Arquitectura de la Universidad de Chile, se consideró centrar las acciones en la liberación de agregados espurios (eliminación de los adosamientos degradantes sumados en el encuentro de la nave principal y la secundaria, que no permiten leer la cruz original e ignoran la pureza del esquema primitivo), la intervención de la capilla (estabilidad de la torre y su basamento, restauración de sus elementos deteriorados, mutilados o desaparecidos, y sustitución del muro de adobe del ala norte de la cruz latina, por otro de albañilería), y la construcción de una sacristía.