Regresó a Chile para dar cuenta de sus actos en el juicio de residencia, del cual salió triunfante, dirigiéndose de nuevo a España, pero en Lima el virrey del Perú le pidió que se hiciese cargo del gobierno de la provincia de Panamá, amenazada entonces por una flota inglesa enviada por la reina Isabel durante la Guerra anglo-española con el objetivo de establecer una colonia permanente en la región centroamericana.