Hija de Diego Fernández de Quiñones "el de la Buena Fortuna", señor de Luna y merino mayor de Asturias, y de María de Toledo y Ayala, su mujer; nieta de Diego Fernández Vigil de Aller, señor de Lillo y de la torre de Vigil en Asturias, y de Leonor Suárez de Quiñones, señora de Luna, y materna de Fernando Álvarez de Toledo y Meneses, II señor de Valdecorneja, y de Leonor López de Ayala, señora de Torrejón de Velasco.