Para ayudar a formarla, la Comisión Europea publicó una "guía de aplicación de Natura 2000 en el mar" especificando los aspectos jurídicos y políticos (directiva marco del agua, política marítima europea, convenciones regionales e internacionales ...); las definiciones y la identificación (por país) de las especies y los hábitats de importancia comunitaria; las elementos para localizar, evaluar y seleccionar los sitios; las medidas de gestión a proponer y los vínculos con la política pesquera comunitaria.