Una vez en el poder Morazán emite una orden de reclutamiento a fin de marchar a la guerra y restablecer la República Federal, dándole al coronel Barrios uno de los batallones que se constituyen para dicha empresa; debido a esta orden de reclutamiento, y el miedo de muchos contra una posible intervención de Carrera, hace estallar la rebelión en contra de Morazán, la cual culmina con la trágica ejecución de éste, junto al General Villaseñor, en la plaza central de San José el 15 de septiembre de 1842.