En 1944 llegó nuevamente al campeonato de Primera para jugar en Atlanta Club que lo incorporó en reemplazo de su goleador Norberto Pairoux transferido a Independiente en $ 45.000, Agnolín con fama en el ascenso pero virtual desconocido en el fútbol de los Domingos, debutó con cuatro tantos en la goleada bohemia sobre Rácing Club por 5-2.