Durante el gobierno de José María Guido, Onganía se reveló como uno de los líderes de la facción "azul" en el seno del ejército; a diferencia de los "colorados", que consideraban al peronismo un movimiento clasista afín al comunismo y que debía ser erradicado, los "azules" apreciaban su carácter nacionalista y cristiano, y lo consideraban una fuerza moderada, útil para contener el avance de las ideas de extrema izquierda.