La tirantez continuó durante todo el gobierno del emperador y empeoró cuando el emperador plasmó en el Estatuto la absoluta “libertad de cultos”, y en su legislación posterior ratificó algunas leyes reformistas, como las de desamortización de fincas —rústicas y urbanas—, de las corporaciones eclesiásticas, las de nacionalización de los bienes del clero secular y regular, y las de secularización de instituciones que, durante siglos, habían estado en manos de la Iglesia.