Durante el año 2006 el Saprissa participó en una nueva edición de la Copa de Campeones de la Concacaf del mes de febrero al mes de abril, en la fase de cuartos de final enfrentó a Los Angeles Galaxy al cual eliminó con un global de 3-2, en la fase de semifinales el equipo morado enfrentó al Deportivo Toluca, abriendo la serie en México, el Toluca obtuvo la victoria sobre el Saprissa con marcador de 2-0, y en el partido de vuelta el Saprissa tenía la obligación de darle la vuelta a la serie, pero el cuadro morado no lo logró, terminando el partido de vuelta a favor de Saprissa 3-2, con el global con 4-3 a favor del Deportivo Toluca dejando así al campeón defensor fuera de la final de la Copa de Campeones de la Concacaf 2006.