Cuando en septiembre de ese mismo año EA fue expulsado del Gobierno de coalición por haber apoyado las mociones por la independencia presentadas por Herri Batasuna (HB) en algunos ayuntamientos, los parlamentarios de Auñamendi (cinco de los seis de EE) que se opusieron a esta decisión fueron expulsados del partido, entre ellos su anterior secretario general, Kepa Aulestia, junto a varios militantes más y la totalidad de la ejecutiva guipuzcoana.