La mayor variante histórica que presentó el escudo fue en la época que fue propiedad del IMSS (1978-1984), sin embargo se volvió al escudo de siempre, presentando cambios demasiado ligeros en algunos rasgos, pero en términos generales, Atlante es un club cuya tradición de sus escudo ha mantenido prácticamente intacta a lo largo de casi cien años de historia.