Hidrológicamente en el municipio se encuentran varias cuencas, la mayor es la "Cuenca del Arroyo Venancio-Arroyo Salado", que ocupa todo el sur y centro del municipio, así como la "Cuenca Arroyo Mezquital-Arroyo Comondú", que ocupa el tercio norte del territorio, ambas cuencas pertenecen a la "Región hidrológica Baja California Sur-Oeste (Magdalena)"; el extremo noroeste forma parte de la "Cuenca de la Laguna San Ignacio-Arroyo San Raimundo" de la "Región hidrológica Baja California Centro-Oeste (Vizcaíno)"; un muy pequeño sector del extremo noreste de Comundú forma parte de la "Cuenca Arroyo Frijol-Arroyo San Bruno" y otro pequeño sector del extremo sureste a la "Cuenca Isla Coronados-Bahía de La Paz", ambas de la "Región hidrológica Baja California Sur-Este (La Paz)".