El gobierno militar que asumió en 1955 desmanteló el CONITYC y la mayoría de sus instalaciones y lo renombró como Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) en 1958, designando a su frente al Premio Nobel Bernardo Houssay.En su primera etapa el CONITYC congregó a importantes científicos, como el físico José Balseiro, Enrique Gaviola, el ingeniero nuclear Otto Gamba y el astrónomo Juan Bussolini (ver Proyecto Huemul)