Hacia 1893, a pesar de que el Ministro de la Marina era Saigō Tsugumichi, Yamamoto se había convertido en el verdadero líder de la Marina, iniciando con numerosas reformas, tratando de eliminar el favoritismo hacia oficiales que provenían de su provincia natal e intentando igualar el estatus con el ejército dentro del Consejo Supremo de Guerra.