RosettaDock, otro componente de Rosetta, fue usado en conjunto con métodos experimentales para modelar las interacciones entre 3 proteínas —factor letal (LF), factor edema (EF), y antígeno protectivo (PA)— las toxinas que causan el carbunco o ántrax maligno, el modelo computacional predice con precisión los acoplamientos entre LF y PA, ayudando a establecer que dominios de las respectivas proteínas se involucran en el complejo LF-PA.