El Seminario de Baeza no pudo resistir la penuria que asoló a la Iglesia española durante el Sexenio: al no haber fondos para las cátedras de 5.º y 6.º de Teología, sus alumnos pasaron al de Jaén, y el de Jaén resistió a base de becas y de una reducción de alumnos, siendo pues éste el más beneficiado de los esfuerzos llevados a cabo por Monescillo, pues el Seminario de Baeza cerró parcialmente.