Existen dos depuradoras en el término municipal, pero los vertidos de otros municipios afectan a la ciudad de Málaga, provocando un aumento de turbidez que dificulta la penetración de la luz solar necesaria para la fotosíntesis de los organismos vegetales, un desequilibrio en las comunidades acuáticas por exceso de materia orgánica y un aumento de gérmenes en el entorno costero, además de la aparición de espumas y natas en la superficie marina.