Puesto que la diferencia entre metabolitos primarios y secundarios es solo funcional, es decir, no se distinguen sobre la base de sus moléculas precursoras, ni de su estructura química, ni de su origen biosintético, la diferencia entre las respectivas vías bioquímicas es difusa, y a veces un metabolito primario se convierte en lo que se considera un metabolito secundario por la acción de una sola enzima.