Jonacatepec viene del náhuatl, de las radicales Xonakat-l "cebolla"; Tepetl, "cerro" y k apócope del adverbio de "lugar" Ko, y quiere decir "en el cerro de las cebollas", como efectivamente existen en los cerritos aledaños a la población, bulbos que producen unas azucenas blancas muy perfumadas.