Tras la llegada del poder de Martinelli en julio de 2009, el Partido Panameñista cogobernó en alianza con Cambio Democrático, Unión Patriótica y el Molirena; Varela asumió el rol de vicepresidente y canciller y algunos puestos clave fueron asignados al panameñismo (siendo Alberto Vallarino ministro de Economía).