En 2008 encabezó la única candidatura alternativa en la VII Asamblea de Ezker Batua y que fue respaldada por los sectores críticos Batzen y Encuentro Plural Alternativo; pero el Partido Comunista de Euskadi, que hasta entonces se había mostrado discrepante con la dirección, optó por apoyar la candidatura principal, con lo que finalmente se ratificó de nuevo a Javier Madrazo como coordinador general, cargo del que dimitió ante los malos resultados electorales que obtuvo su formación en las elecciones al Parlamento Vasco de 2009.