Estas dependerán operativa, militar y administrativamente de los Mandos de las Regiones, Zonas y Sectores Navales, de la jurisdicción donde se encuentren establecidos y se apegarán a las leyes, reglamentos y doctrina de operación en Materia de Protección Marítima y Portuaria; así como a las directivas que gire el Estado Mayor General de la Armada.