Actualmente dispone de diversas instituciones de salud; la UMF 59 (unidad de medicina familiar) perteneciente al Instituto Mexicano del Seguro Social y brinda atención a más de 14.266 derechohabientes y 9.291 habitantes, 16 centros de salud dependientes del gobierno estatal (Secretaría de Salud): en la cabecera municipal, Santa Cruz de las Flores, San Agustín, Tulipanes, Tepetates, Santa Cruz del Valle, Concepción del Valle, Cajititlan, Alameda, Zapote del Valle, entre otros; un centro de atención médica de la Secretaría de la Defensa Nacional y del Instituto Jalisciense de Asistencia Social (IJAS), un centro psiquiátrico, además un Hospital de asistencia privada.