La ciudad de Choluteca, ubicada en el municipio del mismo nombre, se encuentra en la región Sur del país y limita al Norte, con los municipios de Pespire, Orocuina y Apacilagua, al Sur con la República de Nicaragua; al Este, con los municipios de Santa Ana de Yusguare y Namasigüe y al Oeste, con los municipios de Marcovia y San Lorenzo, perteneciente al departamento de Valle.