Isidro Huarte nació en el año de 1744 en Goizueta, Navarra como uno de los hijos concebidos dentro de la unión de Juan Francisco de Huarte e Iriarte —o bien Juan Francisco de Ugarte— con Agustina de Arrivillaga y Minondo, quienes contrajeron matrimonio el 13 de diciembre de 1736, en la villa llamada de ¿Juanicotena?, en Navarra.