Desechada la Constitución de 1824 y aprobadas las Siete Leyes que creaban la República centralista, sustento del partido conservador, fue llamado nuevamente a gobernar del 19 de abril de 1837 al 20 de marzo de 1839, siendo electo Presidente constitucional para el período 1837-1844, pues en el nuevo régimen impuesto por el Partido Conservador, del que Bustamante era un fiel militante, el período presidencial tenía una duración de 8 años, en este período es larga la sucesión de ministros en su gabinete.