La subsistencia de la población de Mapimí fue difícil por las frecuentes insurrecciones de los grupos indígenas tobosos, tarahumaras y tepehuanes quienes se sentían amenazados por la presencia española en la zona; dichos grupos indígenas se alzaron en varias ocasiones en los siglos XVII y XVIII arrasando la población al igual que varias otras de lo que hoy son lo estados de Durango y Chihuahua.