Los tres aparatos restantes, fueron vendidos a las fuerzas aéreas del ejército sublevado; se comprobó que la planta motriz no respondía con la suficiente rapidez a los cambios en la potencia por lo que no resistía bien las condiciones de combate real y también que su mantenimiento era complicado por lo que el aparato resultaba notablemente inferior al Heinkel He 111, lo que llevó a la construcción del más fiable Ju 86E-1, con motores radiales BMW 132F, y del Ju 86E-2, con BMW 132N; las mejoras que se introdujeron en su fabricación motivaron la redesignación de los 40 últimos Ju 86E como Ju 86G-1, con morros acristalados y redondeados, la producción finalizó en 1938.