Entre sus mayores legados se destacan la reunificación del Ecuador durante la crisis de 1859-1860, el sufragio universal, la reforma fiscal, el sistema vial basado en la construcción de varias carreteras, el ferrocarril, la instrucción pública, la investigación científica, el concordato con la Santa Sede, la reforma militar y el Panóptico de Quito.Un grupo de liberales lo asesinaron tras su reelección democrática para una tercera presidencia.Jorge Salvador Lara apunta que el magnicidio fue un duro golpe para el Ecuador y el mundo; pero otros como Enrique Ayala Mora lo consideran un tiranicidio.