En esta nueva versión de Ninja Gaiden, Ryu sufre algunos cambios en su jugabilidad, ahora salta más lentamente, permitiendo un rango mayor de alcance pero a su vez una mayor dificultad de controlarlo en el aire, ahora no sólo podrá escalar muros sino también subirse a ellos sin hacer tantas maniobras como en Ninja Gaiden II, y también puede colgarse de tubos y desplazarse estando colgado, además de subirse a ellos.