En un "knockdown transitorio", la unión del oligonucleótido complementario al gen activo o su transcrito de ARNm da lugar a una reducción de la expresión mediante el bloqueo de la transcripción (en el caso de unión al gen), o mediante la degradación del ARNm (como en el caso de utilizar ARN de interferencia (ARNi) o antisentido dependiente de ARNasa H) o mediante el bloqueo de la traducción del ARNm, de los sitios de "splicing" del pre-ARNm o de los sitios sensibles a nucleasas necesarios para la maduración de otros ARN funcionales como el micro ARN (como en el caso de los oligonucleótidos Morfolino u otros antisentido independientes de ARNasa H).