En 1543 o 1544 el capitán español Juan Bohón funda, en las cercanías de la desembocadura del río Elqui, la localidad de Villanueva de la Serena, poblado que cinco años más tarde fue destruido por una sublevación indígena; el 26 de agosto de 1549, por orden de Pedro de Valdivia, el capitán Francisco de Aguirre es refundada bajo el nombre de San Bartolomé de La Serena.