El puerto se compone de varias instalaciones diferentes: las originarias del puerto de Algeciras y sus sucesivas ampliaciones, situadas en el frente marítimo de la localidad de Algeciras; los atraques de graneles sólidos, en la orilla perteneciente a Los Barrios; los atraques de graneles líquidos, en la orilla perteneciente a San Roque; la plataforma de Campamento, situada en esta pedanía sanroqueña; y la dársena deportiva de La Línea de la Concepción.