Ascendiendo en su carrera, a partir de 1920 Smirnov entró al Comité Central del Partido Comunista de la Unión Soviética y lideraba el aparato del partido en Siberia, dirigiendo masacres de campesinos hostiles al nuevo régimen en las Montes Altái y en la región de Tiumén, gracias a sus cercanos contactos con la Cheka (antecesora de la NKVD), organizando también en 1921 la captura del general zarista ruso Román Ungern von Sternberg en Mongolia.