Además, se destaca la controversia con grupos protestantes en torno a algunos libros bíblicos, considerados apócrifos por los protestantes (entre ellos, el libro del Eclesiástico y Tobit) los cuales se encuentran definidos como parte del canon original de la Biblia (conocido como Canon alejandrino o Canon católico), conformando la clasificación de los libros bíblicos Deuterocanónicos.