Fernández aceptó y teniendo escasamente 23 años de edad, se hizo cargo el 5 de marzo de 1906 de la Cátedra de Zoología del Museo de la Plata, donde a partir de 1909 dicta Anatomía Comparada, siendo el primero que la enseña en la Argentina y en el año 1915 inicia el dictado de Genética y Biometría, siendo un pionero en la enseñanza de estas ciencias en Sudamérica.