A pesar de todo, tras la muerte de Felipe IV (septiembre de 1665), Medina de las Torres sufrió uno de los mayores descalabros políticos de su carrera al no ser tenido en cuenta (como ninguno de los miembros de la gran nobleza) por el rey en su testamento como uno de los miembros de la Junta de Gobierno que debía asesorar a la reina Mariana de Austria en su regencia durante la minoría de edad del rey Carlos II.