El día 27 de abril de 2009, regresó a la Bundesliga para entrenar al Bayern de Múnich durante las últimas cinco jornadas del torneo alemán tras la destitución de Jürgen Klinsmann.Firmó este contrato temporal a petición de su amigo Uli Hoeneß, y el conjunto bávaro finalizó subcampeón, sólo dos puntos por detrás del VfL Wolfsburgo.