En octubre de 2005, el Instituto tuvo un arriesgado emplazamiento a huelga durante la gestión de Santiago Levy Algazi, por lo que este fue relevado del cargo el 3 de octubre de 2005 por Fernando Flores y Pérez, subsecretario de Trabajo, Seguridad y Previsión de la Secretaría del Trabajo y Previsión Social durante el gobierno del presidente Vicente Fox Quesada.