La orografía del municipio de Alpoyeca se clasifica en dos diferentes zonas, las accidentadas que se sitúan en las partes poniente y sur alcanzando alturas máximas de 1,700 metros sobre el nivel del mar, estas abarcan aproximadamente un 70% del territorio, y las planas ubicadas al norte con alturas entre los 950 y 1,500 metros sobre el nivel del mar, estas se extienden en un 30 % del municipio.