San Francisco del Rincón se fundó como república de indios, con la facultad de elegir a sus propias autoridades para los asuntos internos, pero supeditados política, administrativa y tributariamente primero al Alcalde Mayor de la Villa de Santa María de los Lagos y, posteriormente, a partir de 1629, al de la Villa de San Sebastián de León, situación que prevaleció por más de doscientos años.