Existió un desconcierto general acerca de si WinFS era en sí mismo un sistema de archivos, o si solamente era una extensión del sistema actual, ya que en varios documentos técnicos se habla de que las funciones tradicionales de un sistema de archivos las sigue haciendo NTFS y WinFS solamente lo complementa agregando funciones de búsqueda típicos de una base de datos, basándose en la próxima versión de SQL Server, cuyo nombre provisional es "Yukon".