Juan José Mora continuó su carrera militar sirviendo a los gobiernos que se sucedieron en la Venezuela Republicana del siglo XIX, especialmente con el gobierno de los Monagas, y obtiene el rango de General después de su incorporación a la Guerra Federal, con el general Ezequiel Zamora, con quien participó con el grado de Coronel de la impetuosa batalla de Santa Inés, en Barinas el 9 de diciembre de 1859, muestra del genio militar del "General del Pueblo Soberano".