Contra todo pronostico los canarios llegan a la gran final del Torneo Apertura 2006 disputándose el día 17 de diciembre frente a los tigrillos de Club Deportivo FAS, y a pesar de comenzar perdiendo con un auto gol de Nelson Nerio, los canarios mostraron más garra y en un partido agónico que se definió en tiempo extra remontando el marcador y venciendo por 3-1, el Once Municipal se vistió de gloria, conquistó su segundo título nacional y terminó una campaña de ensueño con un doblete histórico.