Han sido públicas sus diferencias y enfrentamientos con diversos personajes como, entre otros, Jorge Herralde (editor de Anagrama, en la que Javier Marías publicó sus primeras obras y de la que se separó en 1995, después de acusar a los editores de ser "unos ignorantes mercachifles" y de compararlos con proxenetas "dedicados a traficar con putas de postín"), Elías y Gracia Querejeta, por la adaptación cinematográfica de "Todas las almas" (la película, titulada "El último viaje de Robert Rylands" y estrenada en 1994, desfiguraba, según Marías, su libro hasta hacerlo irreconocible, por lo que exigió que se suprimiera toda mención a su nombre y a su novela en los títulos de crédito e inició un largo proceso judicial que, tras dos sentencias favorables al escritor en 1998 y 2002, terminó el 7 de marzo de 2006 con el rechazo, por parte del Tribunal Supremo, del recurso presentado por la productora de Elías Querejeta y ratificó los veredictos a favor de Marías; con Juan Manuel de Prada, a quien prácticamente ha acusado de plagio; con el suplemento de prensa "El Semanal" del Grupo Correo, que se negó a publicar uno de sus artículos; o con la Asociación de Víctimas del Terrorismo, a raíz de la publicación del artículo "Un país demasiado anómalo".