Durante la dictadura militar de Alfredo Stroessner, las fuerzas armadas al igual que en todo el Cono Sur cometieron violaciones graves de los derechos humanos y fueron protagonistas de varias desapariciones forzosas de personas consideradas opositoras al régimen, su estructura estuvo ligada al Partido Colorado (en el poder desde 1947, construyendo de esta manera el triple eje: FF. AA.