Las indicaciones para llevar a cabo la toma de biopsias duodenales en el curso de una endoscopia digestiva alta son muy variadas, e incluyen no solo a pacientes con serología positiva de enfermedad celíaca para confirmar el diagnóstico, sino también a todos los que presentan diarrea crónica o recidivante, estreñimiento, anemia ferropénica de origen oscuro o refractaria al tratamiento sustitutivo por vía oral, osteoporosis prolongada, mala digestión continuada o dolor abdominal de repetición, ardores, anorexia (falta de apetito), intolerancia a la lactosa, pérdida de peso mantenida, dolores músculo-esqueléticos, afectaciones cutáneas, procesos auto-inmunitarios y/o alérgicos, trastornos neurológicos, etc., independientemente de que la serología sea o no, negativa (ausencia de anticuerpos en sangre).