Sus reformas, que incluyen la adopción del sistema de créditos, la reducción del número de materias y del tiempo de las carreras -de 5 a 4 años- y posgrados en el quinto año -con costos prohibitivos para la mayoría de los estudiantes-, entre otras, han tenido una fuerte oposición entre algunos profesores y estudiantes, quienes califican las reformas como un intento de nivelar "por lo bajo" la educación superior en el país y preparar, en condiciones desventajosas para Colombia, para la entrada de las universidades norteamericanas, si se llega a aprobar el Tratado de Libre Comercio con Estados Unidos.