José María Morelos se encuentra hacia el interior del estado de Quintana Roo, en la región centro-occidente, por lo cual es el único de los 11 municipios quintanarroenses que no tiene costas, Su superficie total es de 6.739 km², limita al este con el municipio de Felipe Carrillo Puerto y al sur con el municipio de Bacalar en el mismo estado de Quintana Roo; el oeste con los municipios de Calakmul y Hopelchén en el estado de Campeche; y al noroeste con los de Tekax, Tzucacab y Peto en el de Yucatán.