La sustitución de los consejeros del IFE, que constitucionalmente tienen carácter de innamovibles, pero que sin embargo por una misma reforma constitucional pueden ser removidos, fue el primer punto que causó conflicto político, por la oposición de los propios consejeros, encabezados por el presidente, Luis Carlos Ugalde, así como de un importante sector de intelectuales, investigadores, académicos y periodistas que consideran que dicho hecho vulnera la independencia del instituto y sienta un precedente de control de los partidos por el IFE y que fue publicado el 5 de septiembre de 2007.