En 1858 se radica completamente en Bogotá y se dedica a difundir sus ideas a través del periodismo, llegando en dos ocasiones a ser designado Secretario (hoy Ministro) de Hacienda: en 1868, con el Presidente Santos Gutiérrez y en 1882, con el Presidente Francisco Javier Zaldúa; a pesar de no ejercer demasiados cargos públicos, debido a la polémica que generaba su eventual nombramiento, Samper influyó en las decisiones de política económica de los gobiernos liberales durante años, particularmente como consejero de los gobiernos del Presidente Tomás Cipriano de Mosquera.