En la base de los tres cuerpos se abren las tres puertas que corresponden a las tres naves del interior del templo: las dos laterales (la de San José "o del Cabildo" y la de San Juan "o del Concejo") y la central, llamada "Puerta del Perdón" (la cual sólo se abre con ocasión de grandes solemnidades), coronada por una gran hornacina con el grupo escultórico de la Virgen María con los Arcángeles.