Un año después, en 1820, estando fondeado en el puerto gaditano se vio involucrado en el alzamiento liberal que, dirigido por Rafael de Riego, implantó un nuevo gobierno liberal-progresista en España, más conocido como Trienio Liberal, el cual tuvo su origen en la negativa de las tropas a embarcar hacia América con objeto de sofocar los alzamientos independentistas de las colonias españolas, cabiendo suponer que el "San Justo" fuera uno de los buques en los que estaba previsto realizar el frustrado transporte de tropas.