Con la clasificación a la Copa Libertadores 2008 asegurada tras el título obtenido, Estudiantes mantuvo la base del equipo campeón y volvió a ser protagonista en el Torneo Clausura 2007, cuando terminó en el 3.  lugar de la tabla de posiciones; le ganó al campeón, San Lorenzo, y obtuvo otra victoria en el clásico ante Gimnasia, al que derrotó como visitante después de 12 años, tras ganarle por 2-1 luego de ir en desventaja y de jugar con un futbolista menos, por la expulsión de José Luis Calderón, desde los 3 minutos del primer tiempo.