Una semana antes de la Masacre llegaba de Montería (Córdoba), dos aviones llenos de pertrechos militares y otros equipos, el armamento fue guardado en un hospedaje en la ciudad de San José de Guaviare, la logística fue coordinada por el coronel Lino Sánchez, el sargento Juan Carlos Gamarra (quien pertenecía a la inteligencia militar) y el paramilitar jefe de zona apodado Rene (Luis Hernando Méndez Bedoya), también se realizaron las gestiones para conseguir los vehículos terrestres y lanchas rápidas que trasladarían a los miembros de las autodefensas al Municipio de Mapiripán, que sería la cabeza de playa para buscar el control del sur de Colombia.