La principal red hidrográfica del departamento está representada en los ríos Magdalena y Cauca, vertientes de las 13 cuencas que conforman el departamento, las más importantes de estas son la de los ríos La Miel y Chinchiná, las más grandes respectivamente y a su vez las más ricas hídricamente, otros ríos importantes y cuencas a la vez son el Arma, Guarinó, Samaná Sur, Pácora, Pozo, Tareas, Tapias, Supía, Risaralda, San Francisco y Campo Alegre.