Sin embargo, aun destacando que realmente no existe hoy una sólida teoría alternativa desarrollada, algunos científicos sí han reclamado la necesidad de realizar una reforma o ampliación de la Teoría Sintética, con nuevos modelos capaces de integrar la biología del desarrollo o incorporar una serie de descubrimientos biológicos cuyo papel evolutivo se está debatiendo, tales como ciertos mecanismos hereditarios epigenéticos, la transmisión horizontal; o propuestas como la existencia de múltiples niveles jerárquicos de selección o la plausibilidad de fenómenos de asimilación genómica para explicar procesos macroevolutivos (incremento de complejidad por integración en complemento al incremento en complejidad por transformación —gradual—).