En el sumario contra Herri Batasuna que llevó a cabo el juez Baltasar Garzón, este llegó a la conclusión de que las Gestoras Pro Amnistía llevaban el control y coordinación del colectivo de presos de ETA, así como realizaban también funciones de apología del terrorismo (al organizar actos de homenaje a miembros de ETA o "jornadas de lucha" en favor de los presos).