La publicación del famoso editorial "A sus órdenes, mi capital" ocasionó la retirada del apoyo económico del Gobierno salvadoreño a la UCA, provocando además una clara violencia paramilitar contra la Universidad, a la que siempre Ignacio Ellacuría quiso autónoma, respecto del poder civil y del poder eclesiástico, sobre todo a partir del año 1979 en el que es nombrado Rector, dos años después del asesinato del P.