A pesar de estas estadísticas, en diciembre de 2006, el entonces presidente Saca lo confirmó en sus funciones al nombrarlo titular del nuevo Ministerio de Seguridad Pública y Justicia, quedando con aun mayores responsabilidades en la dirección del combate de la delincuencia, posición que mantuvo hasta expirar el mandato de Elías Antonio Saca el 1 de junio de 2009.