El primero estaba a cargo de las cátedras y la elección del rector; el segundo, se conformaba por todas las instancias de gobierno de la corporación, es decir, el rector, el maestrescuela, los claustros de diputados y consiliarios y todos los doctores, en un principio, fue el más relevante, pero con el paso del tiempo, el de diputados tuvo mucho más peso.