Para ascender al Ganekogorta la ruta principal es la ascensión previa al Pagasarri, una vez allí se toma la pista forestal rumbo S hasta llegar al collado de Muñagane, donde camino se bifurca: un sendero inicia la ascensión al Ganekogorta y el otro bordea la cresta por la cara S, pudiendo enlazar este último con Zollo y la ladera alavesa.