Con la retirada de los jesuitas del Seminario se demuestra que las relaciones entre ellos y el clero, con el prelado a la cabeza, se habían deteriorado: junto a los recelos personales existen razones políticas que ensombrecieron estas relaciones, pues los jesuitas atribuyen el fracaso del Seminario a la remoción de su rector Luis Badal, amigo de estos y conocido carlista.