Las unidades Evangelion 02' y 08, pilotadas por Asuka Langley Shikinami y Mari Illustrious Makinami, despegan para realizar una misión de recuperación de un gigantesco contenedor cruciforme en órbita sobre la Tierra, en el que se encuentra la unidad 01, que fue sellada con Shinji Ikari en su interior desde el casi realizado Tercer Impacto.