Los métodos para reducir el espacio de búsqueda efectuando inicialmente alineamientos de pares mediante programación dinámica sobre cada par de secuencias en el conjunto problema, y buscando sólo el espacio solución cerca de estos resultados (encontrando de forma efectiva la intersección entre trayectorias locales en los alrededores inmediatos de cada solución óptima de alineamiento por pares) representan la técnica de programación dinámica más eficiente.