A pesar de haber hecho quizá uno de sus mejores torneos en su historia como franquicia en su paso por la Liga MX, en la jornada 16 tras haberse consumado el empate a uno del Puebla (su rival directo en el descenso) ante el Atlas de Guadalajara en los últimos minutos del encuentro, los Gallos Blancos del Querétaro descenderían por tercera vez en su historia, a pesar de haber derrotado 2-1 a las Chivas Rayadas del Guadalajara, lo cual le quitó la posibilidad de haber disputado por segunda vez en su historia la liguilla por el título (terminó el torneo en 8.º lugar, pero por reglamento no pudo disputarla debido a que descendió y su lugar fue ocupado por Monterrey que acabó 9.º de la tabla general) Su último partido de ese torneo fue el 4 de mayo de 2013 en el Estadio Corregidora ante su afición y despidiéndose con una dolorosa derrota ante el Puebla por marcador de 2-3.