Al llegar a Roma recibieron la oposición de muchos monjes y obispos que veían en Francisco y sus hermanos -en lugar de religiosos- a un grupo de pordioseros, pero el papa no los vio así e Inocencio III aprobó la Orden de los Frailes Menores en 1209, siendo esta la segunda orden mendicante ya que en Haifa, Palestina estaba ya constituida la Orden de los hermanos de la Bienaventurada Virgen María del Monte Carmelo, aprobada en 1204, con regla propia, por el Patriarca Alberto de Jerusalén, hoy santo.