Tras dos temporadas, seis goles en 37 partidos, alcanzó un acuerdo con el candidato a la presidencia del Athletic Club, Fernando García Macua, y al ser elegido éste como nuevo presidente en las elecciones, que se celebraron el 12 de julio de 2007, su fichaje quedó prácticamente cerrado a falta de algunos flecos.Sin embargo, el FC Barcelona pretendía recibir un traspaso de 3 millones de euros, inasumibles por el Athletic, ya que Ezquerro había salido del club rojiblanco con la carta de libertad por finalización de contrato.