Se encuentra geográficamente al norte de Venezuela, en la parte oeste del mar Caribe o mar de las Antillas, dentro del parque nacional puede ubicarse al sur de la Ensenada o Bajos de los Roques, siendo otros cayos cercanos Dos Mosquises y Cayo pelona (ambos ubicados al noroeste de Cayo Sal), dado que el aeropuerto de Gran Roque se encuentra en el extremo opuesto del parque es uno de los cayos relativamente más alejados.