El cancillería peruana protestó ante su par chilena con respecto a algunas cláusulas de dicho tratado, en lo concerniente a la demarcación de la frontera boliviana-chilena y a la construcción del ferrocarril entre Arica y La Paz, ya que afectaban directamente los intereses del Perú (pues legalmente, el Perú seguía siendo el señor y dueño de Tacna y Arica, mientras que Chile era solo el tenedor y ocupante).