La iglesia La Merced fue construida con maderas finas traídas de los Estados Unidos y de Europa, y muchos de los elementos de construcción eran importados desde otros países y permanecieron intactos hasta antes del terremoto ocurrido el 4 de agosto de 1998, el cual afectó a muchas de sus estructuras arquitectónicas por lo que se decidió readecuarla manteniendo su diseño arquitectónico, vitrales y elementos decorativos, no así sus colores que fueron cambiados.