Sin embargo la mayor parte de la flota española pudo sobrevivir a la Batalla de Trafalgar, donde sólo siete de los barcos hundidos fueron españoles, pero posteriormente la invasión de España por Napoleón Bonaparte llevó a la paralización completa en los astilleros españoles de toda la actividad de reparación o construcción naval, y en consecuencia los más de 40 navíos y fragatas de la flota refugiados en los puertos españoles se arruinaron totalmente por falta de mantenimiento, y desguazados, cuyas piezas artillería y armamento se empleaban por el ejército español contra los franceses.