El sistema estructural de la comuna, lo conforman la localidad de Monte Patria como cabecera comunal y los ríos y valles principales que en ella se encuentran, los cuales son Valle del Río Grande, Valle del Río Ponio, Valle del Río Huatulame, Valle del Río Rapel y Valle del Río Mostazal, comprendiendo en cada uno de ellos un total de 172 poblados que conforman cada uno de ellos.