Andrés Peñate fue viceministro de Defensa durante la primera administración del presidente Álvaro Uribe Vélez, encargándose de proyectos claves para la Política de Seguridad Democrática en asuntos políticos, seguridad de carreteras, desmovilización y desarme, inteligencia del sector defensa y la agenda internacional del Ministerio de Defensa Nacional.