Actualmente el museo cuenta con 11 salas de exhibición permanente entre ellas el estudio del pintor Joaquín Clausell en la planta alta del edificio, donde se encuentra el mural conocido como "La torre de las mil ventanas" una de las obras más representativas del pintor impresionista mexicano, una sala de música, una capilla y una sacristía que funcionan como museo de sitio para narrar la historia del recinto.