En julio de 1869 le encargó además todas las otras carteras ministeriales, lo cual lo convirtió en persona clave de la administración; pero Agapito Jiménez Zamora no demostró el talento y la energía que se requerían en las circunstancias tan difíciles que prevalecían, y no logró evitar el golpe militar del el 27 de abril de 1870, que derrocó a su hermano y llevó a la presidencia a Bruno Carranza Ramírez.