San Pedro del Gallo tiene un territorio que es mayoritariamente plano, aunque existen pequeñas serranías de escasa importancia que lo atraviesan en sentido norte-sur, la principal de ella es la Sierra del Rosario que se encuentra en el extremo occidental del territorio municipal, otras elevaciones son las serranías de Peñoles, el Volcán de los Berrendos y la sierra de Huachichiles.