El sistema hidrográfico de esta región comprende, por consiguiente tres grupos: el río Chixoy o Negro, el río Lacantún, así como los afluentes y orígenes del río de Chiapas, los ríos Cuilco y Selegua; éstos 2 ríos alimentan las dos represas hidroeléctricas más grandes de Chiapas y de las más grandes de todo México, Presa de la Angostura y Presa del Sumidero, que producen una gran cantidad de energía eléctrica.