Posesionado pues del gobierno virreinal, Álvarez de Toledo permaneció en Lima durante un año, a fin de superar la crítica situación que halló, caracterizada por el enfrentamiento con la Audiencia, los abusos generalizados, el incumplimiento de las normas, la falta de respeto a la autoridad, la inaplicación de las leyes, la miseria y dispersión de los indígenas, el abandono de las minas y las rebeliones de españoles, criollos e indios.