Uno de los principales recursos de San Miguel de Los Bancos es el hídrico, en su territorio originan un sin número de riachuelos y pequeñas vertientes que dan paso a ríos de considerable tamaño como por ejemplo nacen los Ríos Santa Rosa, Río Nambillo, Río Mindo, Río Cinto, Río Saloya, Rio Canchupí, Estero la Sucia, Río Bagasal, Río San Antonio los que confluyen para formar el Río Blanco además Río Caoní alimentado por el Río Jordan, Río Achiote.