Aunque los cusqueños se vieron favorecidos con las leyes comerciales dispuestas por la Confederación, hubo reticencias respecto a una posible hegemonía boliviana, expresadas en el "motín del Señor de los Temblores", recordado por Sebastián Lorente en sus "Pensamientos sobre el Perú" (1855), tumultuoso incidente de 1836, causado por el rumor de que Santa Cruz trasladaría la imagen del Señor de los Temblores a Bolivia.