Ya que la paroxetina inhibe la enzima CYP2D6 del citocromo hepático P-450, puede traer como consecuencia la elevación de las concentraciones plasmáticas de los fármacos coadministrados que sean metabolizados por esta enzima, como ser algunos antidepresivos tricíclicos (amitriptilina, nortriptilina, imipramina y desipramina), neurolépticos fenotiazínicos (perfenazina y tioridazina), risperidona, algunos antiarrítmicos (propafenona y flecainida) y metoprolol.