La ARS y el Gobierno Federal de Transición de Somalia pactaron en octubre de 2008 ampliar el Parlamento y constituir un gobierno de unidad, lo que llevó en enero de 2009 a la elección del tercer presidente del Gobierno Federal de Transición de Somalia, Sharif Sheid Ahmed, quien había sido anteriormente miembro de la Unión de Cortes Islámicas, en un intento de crear un gobierno nacional que pacificara finalmente a todas las facciones.