Después de participar en la fundación de San Miguel, cerca de Túmbez, y en los inicios de la conquista peruana, Ruiz de Arce participó también en las negociaciones previas que se llevaron a cabo con el Inca Atahualpa, cuando llegaron a Cajamarca y Pizarro envió una embajada para dar cuenta al Inca de la visita de los españoles.