Muñoz Gómez se posesionó el jueves, 22 de enero de 2009 ante el expresidente Álvaro Uribe, como director del Departamento Administrativo de Seguridad, reemplazando en el cargo a Joaquín Polo, quien fue delegado como director encargado del DAS, después de la salida de María del Pilar Hurtado por unos seguimientos ilegales e interceptación telefónica por funcionarios del DAS a varios integrantes del Polo Democrático Alternativo.