El Municipio El Nayar se localiza en la zona oriental de Nayarit, en la región ocupada por la Sierra Madre Occidental, tiene una extensión territorial de 5,254.31 kilómetros cuadrados que lo convierten en el municipio más extenso del estado; sus límites territoriales son al sureste con el municipio de La Yesca, al sur con el municipio de Santa María del Oro, al suroeste con el municipio de Tepic, al oeste con el municipio de Rosamorada, el municipio de Ruiz y con el municipio de Santiago Ixcuintla y al noroeste con el municipio de Acaponeta; al norte limita con el municipio de Mezquital del estado de Durango, al noreste con el municipio de Valparaíso del estado de Zacatecas y al este con el municipio de Mezquitic del estado de Jalisco.