En 1989 ganó unas apretadas elecciones internas, convirtiéndose en el candidato presidencial del PLH para las elecciones generales del 26 de noviembre de aquel año, las cuales, transcurridas entre denuncias de irregularidades, dieron la victoria al candidato del conservador Partido Nacional de Honduras (PNH), Rafael Leonardo Callejas, con el 52,03% de los votos.