Eclesiásticamente la intendencia se dividía entre el obispado de Santa Cruz de la Sierra (partidos de Cliza, Mizque, Valle Grande, y Santa Cruz de la Sierra, y gobiernos de Moxos y de Chiquitos) y el arzobispado de Charcas (partidos de Sacaba, Arque, Tapacarí, y Ayopaya, además de la ciudad de Cochabamba).