Durante esa temporada y la siguiente disputan las regatas de la región y en el año 2000 se fusionan con el Club de Remo Ciudad de Santander aportando juntos dos traineras a la ciudad de Santander, se obtienen grandes resultados como la victoria en la XXIV Bandera Sotileza, la XVII Bandera Bansander, la III Bandera Caja Cantabria, la XIII Bandera de Erandio, la XXIII Bandera Villa de Bilbao, la II Bandera la Maruca y sobre todo la XXXI Bandera de Santander.