El hecho de Justo Rufino Barrios fuera activo Masón no fue antagónico con el protestantismo de ese tiempo; es más poseían rasgos en común, por ejemplo: la defensa de la libertad de culto, declararse en contra del monopolio de la iglesia católica, las ideas de los valore éticos, la democracia y su perspectiva teórica respeto al trabajo.