La capilla conserva también obras pictóricas procedentes de la colección de Isabel la Católica, entre ellas dos tablas recientemente atribuidas a Juan de Flandes, copias del "Tríptico de Miraflores" de Rogier van der Weyden, y una "Oración del huerto" de Sandro Botticelli, además de obras de Pedro Berruguete o Alonso Cano.