El regionalismo y la búsqueda de intereses personales por parte de los patriotas fue el principal agente de discordia en el nuevo Estado, donde los problemas internos como la exclusión de diferentes actores en la construcción del Estado; el caudillismo burocrático de José María Obando y José Hilario López, conjuntamente con el regionalismo motivaron la ruptura del plan bolivariano de aquella nación grande que se quiso en algún momento implantar.