Durante éste período sus aulas tuvieron presos a próceres tales como Policarpa Salavarrieta y el mismo Caldas, de hecho cuando este último fue conducido al "cadalso", trazó con carbón su célebre ideograma θ, de thanatos, que quedó inmortalizado en el claustro a través de una posterior grabación en el muro junto a las escaleras principales, y el cual, se ha acuñado como símbolo de la ciencia en Colombia, siendo hasta hace unos años el logo de Departamento Administrativo de Ciencia y Tecnología - Colciencias de la República de Colombia.