La altitud en que se encuentra situado Chenalhó influye enormemente en su clima y vegetación, a diferencia de muchos municipios chiapanecos de clima tropical, el de Chenalhó es menos cálido, oficialmente se registran tres variaciones de clima, la mayor parte del territorio tiene un clima "Semicálido húmedo con lluvias todo el año", el extremo norte y noroeste del municipio registran clima "Cálido húmedo con lluvias en verano" y dos zonas del sur registran clima "Templeado húmedo con lluvias todo el año"; La temperatura media anual registrada fluctúa entre los 14 y los 20 °C en casi todo el municipio, con algunos sectores que descienden por debajo de los 14 °C; la precipitación pluvial promedio anual va de los 3,000 a los 2,000 mm.