Según el Instituto Nacional de Estadística, en 2002 San Juan Cotzal presentaba un 83.93% de pobreza, con índice de severidad del 20.59%; 29.11% de pobreza extrema y 0.29% de severidad extrema; por su parte, la Secretaría General de Planificación (SEGEPLAN) reportaba un 86.25% con un índice de severidad de 23.25%, de pobreza extrema 38.07%, y de 4.22% de severidad extrema.