La pareja se separó en 1996.El 10 de febrero de 2003, Fernández se casó con la abogada Margarita Cedeño Lizardo, colaboradora en su primer gobierno (1996-2000), quien dio a luz a Yolanda América (nacida en septiembre de 2003).Fernández es políglota y además de español, habla inglés y francés.