"Sonic 3" tenía la opción, nueva en el momento para la serie de Sonic, de grabar el nivel donde un jugador había estado y retomarlo en algún otro momento; esto daba una serie de motivos para seguir jugando, pues muchos niveles tenían pasajes secretos y, aunque no fundamental para el final del juego, permitía adquirir las 7 esmeraldas en otro momento.