Hijo de Francisco Gilarte "el Viejo", fabricante de pólvora y oriundo de Orihuela, ciudad en la que nacieron los hermanos de Mateo, pero que ya en 1629 se encontraba en Murcia, pudo formarse como pintor en Valencia, quizá en el taller de Jerónimo Jacinto Espinosa, recibiendo también las influencias del murciano Pedro de Orrente como se pone de manifiesto en alguna obra juvenil.