El sistema hidrográfico del Municipio de La Unión es muy abundante, riegan el Municipio de La Unión los ríos: La Madera, Nacimiento, Sirama, Las Quebradas los Monos, El Salto, Tempisque, Huiscoyol, Las Trancas, Las Pozas, Agua Caliente, Chepegual y Pala Blanco, Estero San Juan, así como también Punta Manglito, Punta La Virgen, Punta Chiquirín, Punta Gorda y punta Negra.