Durante las Guerras napoleónicas las Tremiti fueron ocupadas por los muratistas quienes se atrincheraron en la fortaleza de San Nicola resistiendo en 1809 un fuerte ataque de la flota inglesa — testimonio de ello son los huecos dejados por los cañonazos ingleses en los muros de la abadía — Joaquín Murat concedió una amnistía a los deportados que colaboraron con él siendo de este modo que se produjo la primera colonización moderna de las islas.