Mientras que las dos fases siguientes se definen claramente como la rebelión de los encomenderos en contra de la Corona española, motivada por algunas leyes u ordenanzas que iban contra sus intereses: en el caso de la rebelión de Gonzalo Pizarro, por la supresión de las encomiendas hereditarias, y en el caso de la de Francisco Hernández Girón, por la supresión del trabajo personal de los indios, entre otras razones.