Durante el periodo en el que Portugal estuvo bajo el gobierno de la Casa de Austria (1580 - 1640), junto con el resto de "las Españas", o de España (nombre dado al conjunto de reinos peninsulares, tanto por ibéricos como por extranjeros), en los que cada reino, y más concretamente el Reino de Portugal permanecía separado de los demás dominios de la Casa de Austria, se mantuvieron las armas y la bandera.