El año 1559 también presenció el extraordinario escándalo que conllevó el proceso del arzobispo de Toledo Bartolomé de Carranza, que a pesar de ser uno de los principales ponentes del Concilio de Trento, y protegido de Felipe II, había publicado en sus "Comentarios sobre el catecismo romano" proposiciones que al Inquisidor Fernando de Valdés le permitieron acusarle de todo un conjunto de desviaciones, en la peligrosa línea que bordea el erasmismo y el luteranismo.