Su fichaje se cerró por una cantidad cercana a 4 millones de euros, en un momento en el que el equipo de la costa del sol, auspiciado por el jeque Abdullah ben Nasser Al Thani, realizaba una gran inversión deportiva Joaquín completó una excelente primera temporada, en la que el Málaga se clasificó en cuarta posición de la liga y obtuvo el pase a la UEFA Champions League.