En abril de 1990, Meri fue nombrado ministro de Asuntos Exteriores de la república de Estonia por el gobierno del primer ministro Edgar Savisaar, con el objetivo de crear un cuerpo diplomático, garantizar la seguridad energética, negociar con la URSS y conseguir la aceptación internacional de una futura república, para lo que organizaría una gira con los también ministros de Lituania y Letonia.