La misión del Museo consiste en adquirir, conservar, investigar, comunicar y exhibir para fines de estudio, educación y contemplación, piezas, conjuntos y colecciones de valor histórico, artístico, científico y técnico relacionados con la actividad naval, a fin de difundir la historia marítima de España, contribuir a ilustrar, relevar y salvaguardar sus tradiciones y promover la conciencia marítima nacional.