Después de diferentes enfrentamientos y un corto periodo de tensión entre los grupos de la universidad, el gobierno federal decidió, en el año de 1986, eliminar al exrector Marco Antonio Niño de Rivera de la vida política de la universidad, por lo cual tuvo que abandonar el estado de Oaxaca dando así por concluida una de las etapas más oscuras de la universidad e inaugurando una lucha por el poder de los nuevos grupos y dirigentes con enormes repercusiones en la vida universitaria que actualmente persisten.