Carlos Flores es maestro normalista egresado del Centro Regional de Educación Normal en Ciudad Guzmán, Jalisco y tiene una Maestría en Educación por la Universidad de Colima, ha ocupado diversos cargos políticos, tanto en el gobierno del estado como en la estructura del PRI, durante todo el gobierno de Fernando Moreno Peña se desempeñó como Secretario de Educación del estado, al concluir el sexenio de este fue designado gobernador interino del estado por un periodo de dos meses, debido a que el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación anuló las elecciones constitucionales en las que había triunfado el candidado del PRI Gustavo Vázquez Montes, por acusaciones de que el gobernador Fernando Moreno Peña lo había favorecido desde su cargo.