La biodegradación de contaminantes depende de factores abióticos o físico-químicos que agrupan a los que se relacionan con el contaminante (estructura química, concentración y biodisponibilidad) y las condiciones medioambientales (disponibilidad de oxígeno y nutrientes, pH, temperaturas, presión, salinidad, presencia de metales pesados); mientras que los bióticos dependen de los microorganismos (población microbiana: concentración e interacciones).