El pueblo originalmente se llamaba «Espíritu Santo», y fue fundado en 1813, pero posteriormente se le cambió el nombre a «Chisec», que en dialecto q’eqchi significa «Navajuela» Chisec no figuraba en la nómina de ciudades, villas y pueblos del reino de Guatemala, ni entre los pueblos en que la Asamblea Nacional Constituyente dividió el territorio del Estado de Guatemala, en decreto del 12 de septiembre de 1839.