El 20 de diciembre de 2006 la jueza Graciela Gatti lo sometió a proceso también, imponiéndole asimismo prisión preventiva, como imputado de los asesinatos de Ubagessner Chávez Sosa y Fernando Miranda (cuyos restos fueron hallados en 2005 como consecuencia de las excavaciones en predios militares ordenadas por el Poder Ejecutivo en cumplimiento del artículo 4º de la Ley de Caducidad), y de Luis E.