Cuando en octubre de 1641 comenzó la guerra en la isla, French, junto a otros clérigos católicos y burgueses, colaboró organizando a los rebeldes en un movimiento político más cohesivo llamado "Los Confederados Católicos de Irlanda" en marzo de 1642, con la intención de obtener libertad religiosa, igualdad legal y autogobierno de Irlanda.