En el 2009, el San Luis jugó su segundo torneo internacional lográndose calificar a los octavos de final de la Copa Libertadores 2009 pero debido al Brote de gripe A (H1N1) de 2009 la CONMEBOL decidió aplazar una semana los partidos de los clubes mexicanos clasificados a octavos de final, con el fin de encontrar una solución satisfactoria al problema planteado por el grave brote de gripe A (H1N1), luego de que se evaluara la posibilidad de que jugara en el extranjero sus partidos como local.