Dimitió en 1803 como jefe del gobierno, (de hecho, sería, no solo el fin de su gobierno sobre el "principado" de Salzburgo, sino también del "Principado de Salzburgo" como tal, pasando estas tierras al poder directo de Viena) y se trasladó vía Brno a su ciudad de origen, Viena, donde renunció en 1809 a su cargo eclesiástico.