La novela gira en torno a las dificultades de Botchan para dar clase debido a la hostilidad de sus alumnos (que le ponen motes aun sabiendo que es novato y se ríen de su gusto por la tempura), la mala relación con sus compañeros y sus problemas para adaptarse a la vida en una pequeña ciudad muy diferente al Tokio del que proviene sin contar con la protección de Kiyo, con la que se mantiene en contacto mediante cartas.