Está dividida en cuatro Direcciones Nacionales (Interior, General de Coordinación Administrativa, Conservación de Áreas Protegidas y Asuntos Jurídicos) y una Unidad de Auditoría Interna, a la vez cada Dirección Nacional cuenta con direcciones inferiores (1) Dirección Nacional de Interior: Dirección de Coordinación Operativa e Intendencias de cada área protegida - (2) Dirección General de Coordinación Administrativa: Dirección de Administración, Dirección de Recursos Humanos y Capacitación, Dirección de Obras e Inversión Pública, Dirección de Aprovechamiento de Recursos - (3) Dirección Nacional de Conservación de Áreas Protegidas: Dirección de Conservación y Manejo, Dirección de Interpretación y Extensión Ambiental, (4) Delegaciones Regionales (Noroeste, Noreste, Centro y Patagonia) y un Coordinación Regional Patagonia Austral).