El 8 de enero de 1867 llega a Zacatecas y pronuncia un manifiesto contra el presidente Juárez y junto al gobernador de Zacatecas, quien lo había reconocido como presidente sustituto de la república, es aprehendido nuevamente por el ejército mexicano y es sometido a juicio, nuevamente recibe el perdón en julio de 1868 y pronuncia otro manifiesto, ahora de reconocimiento y sumisión al gobierno de la república encabezado por Benito Juárez.