La tradición señala que la fundación ocurrió en 1585, por los clérigos Andrés Moreno de Zúñiga y Diego de Bermúdez, (para la época estuvieron en Pasto), “quienes trasladaron el pueblo de la loma de Puenes al lugar que hoy ocupa la ciudad” según publicación de 1927, lo anterior es considerado un error por parte de los historiadores El nombre de "San Pedro Mártir de Ipiales" fue dado a la parroquia, y no al poblado.