La acción más recordada de Puerta, por su trascendencia histórica, es el gol que marcó el 27 de abril de 2006, que permitió abrir una serie de cinco títulos en 15 meses que no pudo ampliarse con la obtención de la segunda Supercopa de Europa Aquella noche, ante el Schalke 04 alemán, un lanzamiento cruzado con la zurda en la prórroga clasificó al Sevilla Fútbol Club para la primera final europea de su historia (1-0).