Terminada la organización de fuerzas, la junta de Iquique expedicionó al sur, ya que Balmaceda había reunido 32 000 hombres, para rechazar cualquier intento de desembarco, pero divididos en varias fuerzas (Balmaceda se negó a agrupar sus fuerzas).Como Jefe del ejército congresista fue nombrado Estanislao del Canto.