Destacan el conejo de las Marías, el mapache de tres marías, los loros, iguanas, pájaros bobos, ratón de las marías, cenzontles, camaleones, lagartijas, murciélagos, zopilotes, tlacuaches, el marsupial amenazado Tlacuatzin canescens, culebras, serpientes venenosas, insectos tales como escarabajos, mariposas, saltamontes, abejas, avispas, mosquitos y una rica fauna marina en la que destaca varias especies de tiburones; también la ballena gris ha sido divisada cercana a las costas del archipiélago y grandes bancos de peces y moluscos.