Aunque el emplazamiento está ocupado desde la prehistoria, las primeras referencias a Alcalá como población se remontan a finales del siglo XV cuando tras la toma cristiana de Setenil de las Bodegas en 1484, una parte de la población musulmana decide permanecer bajo dominio cristiano, solicitando el permiso a los Reyes Católicos para fundar una nueva localidad en la que mantendrían su religión, estilo de vida y costumbres.