Tiene su sede en la ciudad de Quito, está constituido por 5 vocales elegidos mediante un concurso de méritos y oposición organizado por el Consejo de Participación Ciudadana y Control Social para un período de 6 años debiendo renovarse una mitad cada 3 años, de entre los vocales se elige a un Presidente y un Vicepresidente; el CNE goza de completa autonomía financiera y administrativa.