En 1906 se planteó un problema delicado entre Estado e Iglesia, pues al fallecer el destacado político liberal Cesáreo Chacaltana, muy conocido por su anticlericalismo, monseñor Tovar se negó a decir la oración fúnebre en su entierro, lo que causó que la cámara de diputados pidiera al ejecutivo la supresión de las ceremonias religiosas en los honores fúnebres oficiales; más aún, exigió el reemplazo del arzobispo.