Las principales corrientes del municipio son dos grandes ríos, el río Mezquital y el río Huazamota, ambos tienen una corriente en sentido norte-sur, el Mezquital proviene desde el municipio de Durango y del de Nombre de Dios y atraviesa toda el municipio continuando hacia el estado de Nayarit, el Huazamota nace el Mezquital de varias corrientes menores y de la misma manera desciende hacia el estado de Nayarit.