La principal corriente fluvial del municipio es el río Sonoyta que corre casi paralelo a la Frontera entre Estados Unidos y México pasando por la cabecera municipal de la que recibe su nombre y luego tuerce hacia el sur, internándose en Puerto Peñasco y finalmente desagua en el Golfo de California, existen además algunos otros afluentes del Sonoyta, como el río Guadalupe que cruza el sureste del municipio.