El primer acto en contra de la Iglesia Católica fue la destrucción de la Catedral de Nom Pen, sede del Vicariato Apostólico de Phnom Penh, que había sido construida durante la Colonia Francesa; todos los misioneros extranjeros fueron expulsados —entre ellos François Ponchaud quien escribió el primer informe sobre los acontecimientos sangrientos del régimen— y muchos de los religiosos nativos corrieron la misma suerte de los monjes budistas.