Sin embargo, al ser Cullen un potencial rival del gobernador bonaerense y encargado de las relaciones exteriores de la Confederación, Juan Manuel de Rosas, este buscó y consiguió su captura y fusilamiento tras la negociación de Cullen con las fuerzas francesas que bloqueaban el puerto de Buenos Aires y por ende significaban una crisis para la economía exportadora de Santa Fe.