Durante los siglos XIV y XV, y tras las disputas entre Pedro I de Castilla y Enrique de Trastámara, la villa de Miranda pasó de mano en mano; primero al Señorío de Burgos, luego a la Hermandad de Álava (cuando en 1463, Miranda fue parte fundadora de la hermandad) y por último de nuevo al señorío de Burgos en 1493 hasta nuestros días.