En este conflicto se destacan episodios como la expropiación de bienes eclesiásticos, llevada a cabo por Tomás Cipriano de Mosquera en 1861-63, la declaratoria de tuición de cultos (1861) extrañamientos de obispos, supresión de comunidades religiosas (1861) o la expulsión de los Jesuitas (en dos oportunidades: 1851 y 1861).