Separada de su marido Julián Arrúa (con el que tuvo cinco hijos), Isabel y Artigas comenzaron una relación amorosa que duró más de diez años, y de la que nacieron cuatro hijos: Juan Manuel (nacido el 3 de julio de 1791), María Clemencia (nacida el 14 de agosto de 1793 —fallecida en la infancia—), María Agustina (nacida el 4 de agosto de 1795 —también fallecida de menor edad—) y María Vicenta (nacida el 24 de octubre de 1804).