Noel Kempff murió asesinado por narcotraficantes en la Serranía de Caparuch, hoy día parque nacional Noel Kempff Mercado, junto a dos de sus colaboradores, el piloto Juan Cochamanidis y Franklin Parada Auclos, guía de la expedición científica, en el transcurso de una investigación que estaba realizando.