Su sede era la del Seminario San Ramón frente al costado sur de la Catedral de León, contiguo al Palacio Episcopal; años más tarde se pasó al antiguo Convento de La Merced en 1899, donde hasta hoy se encuentra su sede central llamada el Paraninfo, el cual alberga la Rectoría, Vice-rectoría y la biblioteca central de la UNAN-León.