Su reputación empieza a crecer, había llamado la atención gracias a sus primeras obras publicadas a partir de 1792, y a propuesta de Fichte («Schelling veía en él al adalid de la causa de la libertad y al que había llevado a su perfeccionamiento la filosofía kantiana, y consideraba que era el campeón de la lucha contra la corrupción del verdadero espíritu crítico, que se había llevado a cabo en los ambientes dogmáticos de Tubinga») y de Goethe, fue nombrado profesor en la Universidad de Jena.