El topónimo Fúquene proviene de dos vocablos del "muysc cubun" (idioma muisca), "Fo" y "Quyny", que quieren decir «lecho de la zorra» o «lecho del dios Fo, o Fu», a quien se le rendía culto en la isla grande de la laguna de Fúquene, que en época de la conquista española sirvió de como refugio indígena.