Conciben el universo como formado por tres niveles: el mundo subacuático de donde surgió la humanidad y donde habitan los "Idjassó", entes protectores y antepasados de los Karajá; el mundo terrestre, visible; y el mundo da las lluvias, donde viven seres poderosos y va el alma del chamán, quien en vida asegura la comunicación con ese mundo cósmico.