Para 1844 nuestro paladín participa en la incursión a territorio guatemalteco realizada por el entonces presidente Francisco Malespín, tras la fallida incursión, y la mediación del obispo Jorge Viteri y Ungo, Malespín en consonancia con Carrera acuerdan expatriar a Los Coquimbos; Barrios es alertado por su suegro, y en compañía al general Cabañas se alzan en armas en San Miguel, el 5 de septiembre de 1844, luego avanzan hasta Cojutepeque, pero al no encontrar apoyo deciden refugiarse en Nicaragua.