Ya en el siglo XVI, con posible origen en la anexión del Reino de Navarra a Castilla por parte de Fernando el Católico, en 1512, se llevó a cabo en diversas villas del reino la destrucción de diversas fortalezas y castillos navarros de alto poder estratégico, por orden del mismo rey, siendo el Castillo de San Esteban de Arguedas uno de los afectados por la demolición.