En la actualidad, la práctica totalidad de los movimientos independentistas papuanos denuncian que el plebiscito organizado por Indonesia en 1969 fue ilegítimo y reclaman la realización de un nuevo plebiscito, así como también denuncian múltiples violaciones a los derechos humanos contra los nativos de forma sistemática de parte de las fuerzas militares de Indonesia, en lo que ellos entienden es un genocidio teniendo como fin una limpieza étnica.