El Partido se vio sacudido por los escándalos de corrupción durante el 2004-2005, cuando altos funcionarios del Partido, y dos expresidentes; Rafael Ángel Calderón Fournier y Miguel Ángel Rodríguez, se vieron envueltos y bajo investigación judicial en un caso de presunto enriquecimiento ilítico conocido como Caso Caja-Fischel, muy similar al Caso ICE-Alcatel que involucró a altos dirigentes del PLN y a su expresidente José María Figueres.