Iniciando su carrera política desde muy joven en el Partido Popular Cristiano, Flores ocuparía los cargos internos de secretaria nacional de Asuntos Electorales (1984-88), secretaria nacional de Profesionales (1987-89), secretaria nacional de Política (1989-92) y de secretaria general colegiada (1992-99), antes de ser elegida como presidenta del Partido Popular Cristiano en 2003 y reelegida en 2007.