El municipio de Zacatepec se ubica en la parte más alta de la cuenca del Río Balsas, inmerso en la sub-cuenca del Río Apatlaco y en la parte central del valle de Zacatepec, el cual presenta una inclinación ligeramente hacia el sur, por lo que favorece los cursos fluviales, mismo que es atravesado de norte a sur por el río Apatlaco el cual nace de las estribaciones de la sierra del Ajusco y recorre los municipios de Huitzilac, Cuernavaca, Temixco, Xochitepec, Puente de Ixtla en donde a su paso se le unen varias barrancas.