El templo tuvo actividad durante siglos, siendo muy visitado por toda clase de peregrinos, hasta que en el año 391, el patriarca cristiano de Alejandría, Teófilo, asoló el edificio al frente de una muchedumbre enfurecida que pretendía desterrar de la ciudad los cultos paganos, y destruir el monumento que como dios se había hecho erigir Diocleciano, el mayor impulsor de las persecuciones contra los cristianos.