La ciudad había quedado sin arzobispo durante seis años, de 1575 a 1581 y estaba en una grave decadencia espiritual con un sistema en que el régimen de patronato facultaba a los virreyes a intervenir en asuntos eclesiásticos, dando origen a frecuentes disputas entre el poder espiritual y el temporal, por lo cual los conquistadores cometían muchos abusos y los sacerdotes no se atrevían a corregirlos.