Desde ese momento, el uso de la bandera ha sido controlado conjuntamente por el Consejo de Europa y la Unión Europea hasta que el Consejo de Europa decidió dejar de utilizarla desde mayo de 2009 al haberse convertido en un "símbolo europeo común", para pasar a emplear otro anagrama personalizado; por lo que desde entonces el uso oficial de la bandera lo ejercen las instituciones de la Unión Europea.