El gobierno mexicano de Porfirio Díaz terminó con la rebelión y con tal efecto en la zona dominada por Chan Santa Cruz y que oficialmente pertenecía al estado de Yucatán, creó el Territorio Federal de Quintana Roo e inició el desarrollo y ocupación del territorio y el control de la frontera para evitar el tráfico de armas, razón por la cual en 1899 fue fundada la Ciudad de Payo Obispo, hoy Chetumal, en la desembocadura del Río Hondo, finalmente el Ejército Mexicano mandado por el Gral.