Entonces Megaman en el presente , busca las 4 Llaves que abrirán el Elysium (descrito en el juego como un lugar donde reina la juventud y la paz), que lleva al tesoro del Mother Lode , sin embargo , estas 4 Llaves se encuentran en 4 ruinas ubicadas en las diferentes islas del juego y son custodiadas por un jefe especial.