Con la publicación de la nueva Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República el 29 de mayo de 2009, se hace una primera referencia a la Policía Federal Ministerial como nuevo auxiliar directo del Ministerio Público de la Federación, sin embargo, en el artículo sexto transitorio del decreto se dispone la aplicación del Reglamento de la Ley Orgánica publicado en el Diario Oficial de la Federación el 25 de junio de 2003 en todo aquello que no se oponga a la nueva ley, y en el cual se contemplaba aún a la Agencia Federal de Investigación.