Al ser un río interior, sus afluentes, en Guadalajara suelen ser arroyos estacionales, llevando caudal, sobre todo en primavera, alimentándose, el resto del año, generalmente por surgencias, ya sea en el cauce o a través de fuentes, del acuífero «"Calizas del Páramo de la Alcarria"» este acuífero de 2.200 km , en Guadalajara (1.600 km) y (600 km) en Madrid, el agua se encuentra a 30-40 m de profundidad y la recarga se realiza por infiltración de lluvia y drena en su mayoría, unos 120 hm/año hacia el Tajuña, con afluentes como el río Ungría en Armuña de Tajuña y en Madrid como el arroyo de la Vega en Villar del Olmo.