Luego de la muerte de Hernán Cortés, la ya denominada Villa de Coyoacán registró una gran prosperidad, la cual siguió en parte gobernada por su familia, gobierno que durante la colonia le fue abiertamente disputado por otros descendientes de nobles indígenas y españoles, por ejemplo el pleito entre Petronila y Teresa Guzmán contra Juan Hidalgo Cortés Moctezuma y Guzmán, quien debió reintegrar a las mujeres la gubernatura de la república indiana, su descendencia gobernó Coyoacán hasta mediados de 1780 cuando no se encuentran más descendientes y al parecer ya había sido revocada la gubernatura a su familia por las Reformas Borbónicas.