En la Temporada 2007-08, bajo las órdenes de Raül Agné, el equipo logra terminar primero en el Grupo III de Segunda B y asciende a Segunda División, tras 49 años de ausencia, al vencer en el "play-off" de ascenso, en semifinales al Barakaldo CF y en la final a la AD Ceuta el 15 de junio de 2008.Luego de esta hazaña, el Gerona se consolidaría en Segunda División, de tal forma que se mantendría en dicha categoría hasta la temporada 2016-17, en la cual quedaría subcampeón y ascendería a Primera División, por primera vez en su historia.