Aclamado por Gaspar Gutiérrez de los Ríos en su "Noticia general para la estimación de las artes" (1600) como «nuestro Apeles Español, excelentissimo sobre quantos pintores ha avido» y posteriormente por Antonio Ponz (1724) como el «Tiziano español», Navarrete fue el pintor español más importante que trabajó al servicio de Felipe II en la decoración de El Escorial, nombrándole pintor del rey en 1568.