Existe una serie de obligaciones en las ZEPIM: disponer de un régimen jurídico para su protección eficaz; disponer de un plan de gestión y un programa de recogida de datos relevantes; establecer una serie de objetivos y medidas de conservación y de gestión muy bien definidas; disponer de un órgano de gestión con la suficiente dotación de recursos humanos y económicos; así como de un programa de vigilancia continua.