Posteriormente, se reparan las cubiertas de la iglesia y el claustro principal y en 1881 se reemplaza el antiguo altar de características barrocas por el actual, mientras se coloca mármol en las graderías del presbiterio, se repara el artesonado, se instalan figuras de yeso y decoración pintada y finalmente se estuca y decoran los muros internos y externos del templo.