En noviembre de 1815, el ejército realista tomó Cácota de Matanza en la acción de Chitagá, por lo cual Serrano tuvo que establecerse en Piedecuesta y en febrero de 1816 cayó derrotado en la batalla de Cachirí, tras lo cual debió vender sus bienes y partir al Casanare dejando a su familia, para reunirse con los patriotas en donde fue designado Presidente de la República por la junta.