Además del equipo de Tercera División, el CD Hernani tiene equipos masculinos en las categorías 1º Regional, Liga Nacional Juvenil, Juvenil de Honor, 1º Juvenil, Cadete de Honor, 1º Cadete, Infantil de Honor, Infantil Txiki, Infantil Participación y Alevín y equipos femeninos en Territorial, Cadete e Infantil.