Este desarrollo económico ha convertido al departamento en objetivo de grupos armados ilegales debido al potencial económico que les surgiría producto de la extorsión a empresas y negocios; también para hacerse del control a la minería ilegal de la zona del Bajo Cauca, a los cultivo de hoja de coca y a la fabricación de alcaloides en la zona del Urabá, al microtráfico en el departamento y la capital Medellín y sus alrededores, además del comercio ilegal de cocaína a través de los puertos del golfo de Urabá hacia el exterior.