En 1347, los nobles se levantaron contra él y el Papa lo excomulgó acusándolo de criminal, pagano y hereje, y el 15 de diciembre se vio obligado a abdicar y huir de Roma para refugiarse en Nápoles, en un principio, y posteriormente en un monasterio de “fraticelli” en el monte Majella hasta que, en 1350, viajó hasta Praga buscando la protección del emperador Carlos IV tratando de convencerlo de que marchara sobre Italia para liberar Roma.