La Fundación Manuel Cepeda Vargas ha realizado importantes acompañamientos a víctimas de las amenazas por parte de las autodefensas en San Onofre, Sucre, a víctimas del invierno en Barranquilla en la zona adyacente al Canal del Dique y a desplazados por la violencia de la Hacienda Las Pavas (Sur de Bolívar).