El 9 de abril de 2006 se enfrentaron a la Universidad de Chile por la undécima jornada del Apertura y los albos golerían por 3 a 1 de visita en un partido difícil que recién cerraron al minuto 90+2' con gol de Gonzalo Fierro, dos fechas después su equipo caería en el otro clásico frente a la Católica a pesar de ir ganando por dos a cero de local, al minuto 25' sería expulsado, minutos antes se había dirigido a las cámaras del CDF y decir de forma pública que el árbitro Rubén Selmán lo iba a expulsar, curiosamente ese mismo árbitro lo expulsión contra La Serena en la Fecha 3, debido a este incidente recibió una fecha de castigo, transcurridas la dieciochos fechas de la fase regular Colo-Colo terminaría primero en el Grupo C con 40 puntos logrando 13 triunfos, sacándole diez puntos de ventaja al sub-líder Cobreloa y siendo candidato al título.