Más tarde, en la segunda mitad del 2006, Eduardo Vargas fue seleccionado en un club "amateur", el cual participó en un torneo realizado en Puerto Montt y en el que se consagró como el goleador (junto a Arturo Vidal), llamando la atención del entrenador Osvaldo Hurtado, el cual, lo recomendó para probarse en Cobreloa, por entonces a cargo del director técnico Jorge Aravena quien tomó la decisión de incorporarlo al club.