Mientras la Logia Escocesa, fundada por Manuel Condorniú previamente a la independencia en 1813, médico de Juan O'Donojú, es moderada, a diferencia de la logia yorkina esta no era anticlerical ni antiespañola, si no por el contrarío favorecía los intereses del catolicismo, de los criollos mexicanos y del legado español en México, por otro lado los yorkinos tendían hacia el liberalismo radical, proponían combatir la religión católica, y rechazaban todo lo español, lo cual causaría algunos conflictos como el Motín de la Acordada y la expulsión de algunos españoles, que junto con golpes de estado y guerras civiles, como la Rebelión de Vicente Guerrero, acentuarían divisiones e inestabilidad en el país.