En 1915 a la entrada de las huestes revolucionarias comandadas por Salvador Alvarado, la Catedral fue saqueada, perdiéndose su invaluable acervo de arte sacro, incluyendo retablos barrocos y churriguerescos que databan de los siglos XVII y XVIII, el tesoro catedralicio y el órgano Walcker, de fábrica alemana, apenas construido en 1902.