La comuna de San Javier limita al oeste con las comunas de Constitución y Empedrado (ambas en la provincia de Talca); al norte con las de Pencahue y Maule, en la misma provincia que las anteriores; al este, Yerbas Buenas, Villa Alegre y Linares (en la provincia de este último nombre); al sureste, con Longaví, al sur, con Retiro (ambas también en la provincia de Linares); y, finalmente, al suroeste, con Cauquenes (en la provincia homónima).