La ciudad de Ensenada también es sede de dos centros de investigación de la Universidad Nacional Autónoma de México UNAM, el Centro de Nanociencias y Nanotecnología (antes Centro de Ciencias de la Materia Condensada) (CNyN) y una subsede del Instituto de Astronomía, base de operaciones del Observatorio Astronómico Nacional en la sierra de San Pedro Mártir.