Firpo la corona se le hizo esquiva en el primer torneo con dicha modalidad, perdiendo la final 1-0 con [[Alianza Fútbol Club (El Salvador)|Alianza F.C.]], sin embargo para el [[Torneo Clausura 1999 (El Salvador)|Clausura 1999]] el club vuelve a ser protagonista de una final esta vez venciendo en los penaltis 5-4 (1-1 tiempo regular) a [[C.D.