En esos años, la expedición sufrió todo tipo de contratiempos, desde la pérdida de material enviado a España, debido al naufragio del navío San Pedro de Alcántara en 1784, la desaparición de una parte importante del material en un incendio en la población peruana de Máncora en 1785, motines de los dibujantes como Juan Suárez , desencuentros entre los expedicionarios, principalmente entre Ruiz y Dombey, que desembocaron en la marcha de este último en 1784.