Las enfermedades tropicales, de pantanos, y la falta de tierras fértiles, la escasez de mano de obra por ser tierras poco aptas para las poblaciones dados los limitados recursos mineros, y lo accidentado del terreno que conforma la mayoría del Valle Central, se unieron para que la colonización española fuera muy lenta y se enfrentara a serias limitaciones económicas para poder llevarse a cabo.