En esta posición mantuvo Vera las paces que había con el reino de Granada, solventando los problemas fronterizos que se desarrollaban, y tuvo que sufrir los ataques e intrigas del II Duque de Medina Sidonia que quería hacerse con el control de la villa aprovechando los conflictos sucesorios de la Corona de Castilla, ya que Vera se mantenía leal al rey Enrique IV.