Las más importantes y pintorescas, son la Quebrada de Humahuaca que corre de sur a norte, la del Toro que asciende de sureste a noroeste poniendo así en comunicación los Valles Calchaquíes con la Puna de Atacama, la Quebrada de las Conchas, Quebrada de las Flechas y la de Santa María- Guachipas.