Además, la política es un factor influyente en la historia de la basílica, dado que se vivía la rivalidad entre las ciudades de Medellín y Santa Fe de Antioquia; esta última pierde en 1826 su condición de capital de la provincia de Antioquia (hoy Departamento de Antioquia) de manos de la segunda, lo que incidió para que más tarde también fuera trasladado el poder religioso.