Tras una serie de desavenencias relativas al incumplimiento de diversas instrucciones del fiscal general, el 2 de febrero de 2006 cesa como fiscal de la Audiencia Nacional, dejando entrever diferencias insalvables y conocidas por todos con el fiscal general del Estado, Cándido Conde-Pumpido, quien efectivamente declaró que había decidido destituir a Fungairiño por razones profesionales, principalmente por la posición de Fungairiño respecto a la negociación con la organización terrorista ETA en 2006, y éste había aceptado dimitir por razones personales.