Finalmente, ante los pedidos del Virrey Conde de Nieva y el Arzobispo de Lima, Fray Jerónimo de Loayza, O.P., declinó su negativa, y fue consagrado en la iglesia de Santo Domingo de Lima por el mismo arzobispo Loayza, su compañero del movimiento lascasiano, el 26 de diciembre de 1563.