Durante las siguientes cuatro temporadas, Manning —junto con otros jugadores sobresalientes como el receptor abierto Marvin Harrison y el corredor Edgerrin James— convirtió a los Colts en uno de los mejores equipos ofensivos de la NFL, pero el conjunto tuvo problemas para encontrar consistencia en la defensa y siempre terminaban o con una temporada perdedora o con la eliminación de los playoffs en la primera ronda.