En el paisaje de Valle de Chalco han desaparecido la mayoría de los viejos cauces de agua y manantiales, debido a que aguas arriba, los pueblos serranos captan el agua de los arroyos para dotar de este líquido a sus comunidades, motivo por el cual en el fondo de la cuenca sólo se manifiestan los escurrimientos durante la época de lluvias por que el río de la Compañía lleva un gran caudal y en algunas colonias se presentan encharcamientos, cuando ocurren lluvias fuertes se han presentado inundaciones peligrosas por que se han desbordado las aguas negras que conducen el Río de la Compañía, como ocurrió en los años 2000 y 2010.