Aunque podemos suponer una vinculación con la antigua parroquia de San Clemente situada muy cerca del palacio, lo cierto es que desde antiguo tuvieron el patrocinio de la Capilla Mayor de la iglesia de Santo Tomé (actual Santo Domingo) en la que se puede observar las armas de los San Clemente en los arcosolios realizados en el siglo XV situados en el tramo más antiguo de la nave románica ya que en el siglo XVI se eliminó el antiguo ábside románico al erigir el transepto y cabecera renacentista.