El artículo 2º de la Ley de creación de la Universidad establece que la naturaleza jurídica, la organización administrativa y la estructura académica o programas de estudio e investigación de las facultades, institutos, escuelas y departamentos de la Universidad Popular del Cesar serán los mismos de la Universidad Nacional de Colombia de conformidad con la Ley 65 de 1963 y demás disposiciones legales excepto su Consejo Superior Universitario.