Para la eliminatoria de 2006, el 19 de junio de 2004 Borgetti fue convocado por Ricardo La Volpe para la primera fase de la clasificación, inició la eliminatoria marcando dos dobletes en los dos partidos contra la Selección Dominicana y clasificó a la segunda ronda finalizando los encuentros 10-0 y 8-0 para un marcador de 18-0, el 8 de septiembre de 2004 disputó el partido en el que México derrotó 3 por 1 a Trinidad y Tobago.