Aapresid está organizada por una Comisión Directiva que es el órgano máximo de decisiones en la institución, Comité Ejecutivo que es el grupo de socios de referencia en el que la Comisión Directiva delega la ejecución de la agenda diaria institucional, Directores Adjuntos quienes también son socios y cumplen un rol de direccionamiento estratégico en cada uno de los programas institucionales, Staff conformado por un Gerente Coordinador y Gerentes de Programas.