Envuelto en numerosas acusaciones de corrupción, narcotráfico (de cuyos cargos fue absuelto por el Poder Judicial), y en base a la teoría de "«autoría mediata»", fue acusado como autor mediato de asesinatos selectivos, desapariciones forzadas, organizar grupos paramilitares que operaban al margen de la ley (Grupo Colina), compra de políticos opositores a Fujimori y escándalos de utilizar las instalaciones del Servicio de Inteligencia Nacional para sus actividades de asesor presidencial fujimorista.