Lo que hoy es el pueblo de San Ignacio fue originalmente un asentamiento de indígenas cochimíes denominada como Kadakaamán, con la llegada de los misioneros jesuitas a la región, se convirtió en un pueblo de visita y en el año de 1728 el padre Juan Bautista Luyando fundó oficialmente la misión con el nombre de Misión de San Ignacio de Kadakaamán, asentada en un fértil oasis en medio del desierto formado por el río San Ignacio en que abundan las palmas datileras, el establecimiento de los misioneros y los indígenas que se asentaron en él hicieron prosperar la agricultura, convirtiéndola en su momento en la más próspera misión de la Baja California, su iglesia es una de las más destacadas y mejor conservadas entre las antiguas misiones jesuíticas, su construcción fue iniciada en 1733 por el padre jesuita Fernando Consag, que sin embargo no la vería terminada debido a su fallecimiento y a la posterior expulsión los jesuitas decretada por el rey Carlos III de España, por ello fue terminada en el año de 1786 cuando la misión estaba a cargo del sacerdote dominico Juan Crisóstomo Gómez.