Por virtud del decreto número 10 expedido en Nogales, Sonora, el 17 de octubre de 1913, creando las Secretarías de Estado que servirían para el despacho de los negocios en los diversos ramos de la Administración Pública, se organizó la Secretaría de Guerra y Marina, pero fue la Primera Jefatura la que atendió personal y directamente todos los servicios de organización de fuerzas, aprovisionamiento de las mismas y formación de los Cuerpos de Ejército y de las divisiones que operaban en el Territorio Nacional, combatiendo contra el Ejército Federal que apoyaba al Gobierno de la usurpación.