El sur está protegido del océano Atlántico por un cordón de dunas, formadas por dos penínsulas (la península de Faro, que incluye la playa de Ancão y la playa de Faro, y la península de Cacela, que incluye la playa de Manta Rota) y cinco islas-barreras de arena (Ilha da Barreta - la más meridional del territorio portugués peninsular, Ilha de Culatra, Ilha de Armona, Ilha de Tavira y Ilha de Casetas), que sirven para proteger la totalidad del Parque.