De este sistema polisinodial de Consejos, el Consejo de Estado fue creado en 1521 y organizado en 1526 como un organismo supraterritorial del asesoramiento al monarca con unas competencias indefinidas acerca de cualquier tema que fuera de interés del monarca, pero normalmente caía dentro de su conocimiento la política exterior y los graves problemas que pudieran afectar a la Monarquía.