Ese nombre se mantuvo hasta 1993, cuando recuperó la antigua denominación de Museo Nacional de Antropología mediante Real Decreto 684/1993 de 7 de mayo, que fusionó bajo ese nombre al Museo Nacional de Etnología y al Museo Nacional del Pueblo Español, aunque ambas instituciones siguieron funcionando independientemente con dos sedes distintas, la segunda en el edificio del antiguo Museo Español de Arte Contemporáneo, en la Ciudad Universitaria.