La toxicología "in silico" engloba una amplia variedad de herramientas informáticas: bases de datos para almacenar la información sobre los compuestos, su toxicidad y las propiedades químicas; software para generar los descriptores moleculares; herramientas de simulación de sistemas biológicos y dinámica molecular; métodos de modelado para la predicción de la toxicidad; paquetes estadísticos y software para generar los modelos predictivos; sistemas especializados que incluyan modelos prediseñados en servidores web o aplicaciones independientes para predecir la toxicidad y finalmente, herramientas de visualización.