En las elecciones legislativas de 2006, Moreno Rojas fue electo senador de la República de Colombia por el Polo Democrático Alternativo con un total de 49.331 votos, lo que le permitió relevar en esa corporación a su hermano Samuel quien había decidido no aspirar a un tercer periodo senatorial para buscar la alcaldía de Bogotá en las elecciones de 2007.