Benito Juárez cuenta con los dos principales puertos del estado de Quintana Roo en territorio continental, Puerto Juárez conurbado con Cancún, y Puerto Morelos, localizado unos 40 kilómetros al sur de la ciudad, debido a sus costas bajas, Quintana Roo prácticamente no cuenta con puerto que puedan recibir barcos de gran calado, por lo que las actividades de estos son reducidas y dedicadas principalmente a servicios turísticos, sin embargo, Puerto Morelos es el principal punto de embarque y desembarque de bienes en Quintana Roo.