Por lo menos seis especies endémicas se han extinguido en el último milenio: múcaro de Puerto Rico"(Tyto cavatica)", caracara puertorriqueño "(Polyborus latebrosus)", perico puertorriqueño "(Aratinga chloroptera maugei)", pájaro carpintero puertorriqueño "(Scolopax anthonyi)", la Perdíz puertorriqueña "(Geotrygon larva)", el gallito de tierra de Puerto Rico "(Nesotrochis debooyi)".