Ya en la Baja Edad Media, una crisis del monasterio de Villabuena en el siglo XIV, propició que en 1370 a Gonzalo Berciano de Cubillos se le otorgaran en encomienda los lugares de Cubillos, Villabuena o San Justo, lo que constituyó el origen del Señorío de Cubillos, que en el siglo XV estaba en manos de Aldonza Rodríguez.