El 31 de enero de 1676 por Real Cédula de Carlos II se fundó la Real y Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo, la tercera universidad fundada en América, donde estudiaron muchas figuras importantes del país, entre ellos Fray Francisco Ximénez, descubridor del manuscrito Popol Vuh —y quien además lo tradujo parcialmente al castellano— y el doctor José Felipe Flores, eminente protomédico de Guatemala y médico personal del rey de España.