Fue centro de una polémica que trascendió el ámbito de lo historiográfico para entrar completamente en el ámbito de lo político, muy intensa entre 2004 y 2006, por la devolución a la Generalidad de Cataluña de los originarios de esta institución y de otras catalanas (los llamados papeles de Salamanca), que se puede considerar como parte de la polémica simultánea en torno a la llamada recuperación de la memoria histórica.