Al cuerpo del edificio se abren, como actuaciones añadidas en diferentes épocas, que exigieron la delicada operación de horadar los muros perimetrales de sustentación, las capillas ya señaladas, dos por cada lado: del Sagrario o Hernán Mejías, y del Bautismo, por el de la Epístola; y del Rosario y San Antonio, por el del Evangelio.