Finalizada la Guerra Civil y devuelta la imagen al monasterio, en los años posteriores se reinstauró la Hermandad de la Virgen de los Milagros en 1954, en que se redactaron unos nuevos estatutos que fueron aprobados por decreto del primer obispo de la recientemente creada diócesis de Huelva, Pedro Cantero Cuadrado, el 13 de julio de 1954.