Originalmente parte del extenso municipio de Ocosingo, la necesidad de crear un nuevo municipio surgió desde inicios de la década de 1980, sin embargo pronto se entró en conflicto entre quienes pretendían establecer la cabecera municipal en Zamora Pico de Oro y los que la querían en Benemérito de las Américas, finalmente se crearon dos municipios, el 28 de agosto de 1998 Zamora Pico de Oro fue constituida en cabecera municipal del nuevo municipio de Marqués de Comillas.