La Diputación Provincial y el Ayuntamiento de la ciudad financiaron la continuidad de ambas, como facultades libres, instalándose Medicina en el edificio del Colegio del Arzobispo y el llamado Colegio Libre de Ciencias, en el edificio de las Escuelas Menores, hasta que, tras los esfuerzos de los rectores Esperabé y Unamuno, en 1904, vuelven a ser reconocidas como facultades estatales.