El 30 de junio, aprovechando que el general Cabañas se había retirado al campamento donde estaba el general Osorio, el general Santiago González reúne a las fuerzas que se encontraban en Santa Ana y desconoce la autoridad presidencial de Barrios territorio salvadoreño, tras eso regresa a Santa Ana el general Cabañas quien reprocha la decisión de González y decide retirarse de la ciudad junto con los generales Eusebio Bracamonte y Lucio Alvarado, los coroneles Mejía y Espinoza, entre otros, tras ellos también se retiraron el coronel Bil, el teniente coronel Wenceslao Matamoros con el batallón de San Salvador y poco después el general Rafael Osorio con su división y otros efectivos; mientras que los generales Pedro Escalón y Juan Antonio Chico deciden acuerpar la decisión de Gonzáles, siendo el general Juan Antonio Chico nombrado como jefe del estado mayor por Santiago González, tras ello la brigada de artillería intento abandonar la ciudad pero su intento fue impedido y no pudo realizarlo; en total, las fuerzas militares que continuaron con González fueron alrededor de 1200 efectivos, mientras que 3800 se retiraron de la ciudad para seguir luchando del lado del presidente Barrios.