En sus tramos medio e inferior el río Paraguay divide dos regiones morfológicamente diferenciadas: al este la zona montañosa —que constituye el reborde oriental de la meseta de Brasilia— y al oeste la llanura chaqueña —surcada por ríos de caudal marcadamente estacional de origen local, excepto el Pilcomayo y el Bermejo, que le aportan gran cantidad de sedimentos, en especial el segundo, que transporta anualmente 100 millones de toneladas de sólidos en suspensión—, provenientes de la Cordillera de los Andes.