La Fundación fue obligada por el Departamento de Bienestar del Gobierno de Navarra a la devolución de las ayudas concedidas e intereses, por detectar irregularidades en varios de sus proyectos en la República Dominicana y Bolivia, siendo la primera de estas resolucionnes confirmada por el Tribunal Superior de Justicia de Navarra el 24 de enero de 2007.