En esta primera fase quedaron terminadas la cripta (inaugurada en 1911, la girola, las partes bajas de los pilares de sus cinco naves (hasta una altura de 8 metros) y gran parte de los paramentos exteriores de las fachadas, siendo los materiales de construcción y decoración la piedra natural y el mármol, extraídos en su mayoría de canteras de distintos puntos del País Vasco y Navarra.