La colección del Gabinete de Historia Natural, cuyo origen está en dos cajones de minerales y un esqueleto donados por el Gobierno, procedentes del Real Colegio de Medicina y Cirugía de Cádiz; rápidamente se incrementó en los años 50, gracias a la donación de diversas colecciones particulares y especialmente las adquisiciones y donaciones realizadas por Antonio Machado y Núñez, hasta el punto que en 1864 hubo de ser reformado y ampliado.