Tras tener noticias de la batalla de San Pablo, Lynch dispuso que el comandante Carvallo Orrego con 1.200 soldados bien equipados partiera en busca de Iglesias, ante ello las tropas peruanas se retiraron a las gargantas de la cordillera, las represalias contra la población civil que había apoyado al ejército peruano fueron tremendas, los pueblos de Chota, San Luis, San Pablo y Cajamarca fueron incendiados y destruidos, a esta última ciudad se le impuso un cupo de 50.000 soles y a la de Chiclayo 30.000, montos que no pudieron ser cubiertos a totalidad recibiendo sus habitantes las represalias de la expedición chilena, en Cajamarca fueron también incendiadas y destruidas las Iglesias de la Merced y la Recoleta, en las que Lynch refiere se habían ocultado armas, en San José fueron fusilados un grupo de pescadores, acusados de ser montoneros y haber dado muerte a dos soldados chilenos, tras lo cual la población fue incendiada.