El 24 de junio de 2009, el Tribunal Supremo admitió otra querella de la asociación "Libertad e Identidad" presentada el 10 de marzo del mismo año contra Baltasar Garzón por prevaricación en el caso de las desapariciones durante la Guerra Civil y el franquismo y decidió acumularla a la presentada por Manos Limpias.