Las buenas relaciones entre ambas partes comenzaron a deteriorarse primero con la llegada de Yevgueni Primakov en 1996 al Ministerio de Asuntos Exteriores ruso, quien inició una política de más acercamiento a China y la India en detrimento de Europa, segundo por los efectos en la UE de la fuerza empleada en las operaciones rusas en la primera Guerra de Chechenia (1994-96) y, tercero, con la intervención de la OTAN en la Guerra de Kosovo (1998-99).