Hayao Miyazaki, director y guionista de la película, ha dicho que su inspiración para el filme fue el cuento "La sirenita" de Hans Christian Andersen, pero que su inspiración fue mucho más abstracta que una historia.Junto con el director de animación Katsuya Kondo y el director artístico Noboru Yoshida, Miyazaki ideó un conjunto de objetivos que incluía utilizar animación tradicional en "Ponyo", yendo tras las numerosas posibilidades de animación y arte sin tener que preocuparse sobre las exigencias del programa de producción, mostrando la calidad de la obra de Yoshida, así como también celebrar la inocencia y la alegría del universo de un niño.La producción de "Ponyo" comenzó en mayo de 2006, mientras que la animación oficial comenzó en octubre de ese año.