Se salvaron, no obstante, el sarcófago con las reliquias de san Isidro, que se custodia en el retablo mayor, y algunas pinturas y esculturas; así, un excelente retablo presidido por "La Sagrada Familia", también llamado "Las dos Trinidades", de Sebastián Herrera Barnuevo, considerada la obra maestra de este artista, en la capilla del Pilar; o varios cuadros del maestro barroco Francisco Rizi, entre ellos el que representa "La conversión de san Francisco de Borja", en el retablo del brazo izquierdo del crucero.