Las FAR se separaron del PGT con un apoyo generalizado de los sectores juveniles, no sólo por los errores tácticos y estratégicos del PGT, sino que también por las diferencias frente a la cuestión indígena: mientras que el PGT sostenía la clásica posición del comunismo ortodoxo, afirmando que la pobreza de los indígenas era una consecuencia directa de las diferencias de clase social, los jóvenes de las FAR, adhiriendo al pensamiento de Ernesto Che Guevara sostenían que los problemas de los indígenas no podían ser abordados solamente mediante los clásicos análisis de clase.