Después de la escisión del PNV de la que nació Eusko Alkartasuna (EA) en 1986, y la formación de un nuevo equipo directivo encabezado por José María Gorordo, Amatiño dimitió de su puesto en la televisión pública vasca, pasando a ser director del semanario "Eguna" en 1986 y en 1989 director-adjunto del diario "Deia", hasta que en 1991 vuelve a ETB y es nombrado de nuevo director de la misma, cargo que dejaría para ocupar el primer puesto de la lista del PNV a la alcaldía de su ciudad natal, Éibar, en las elecciones municipales de 1995.