La SEP tiene control de casi todas las instituciones de educación Media Superior, no obstante existen bachilleratos de las universidades autónomas (como la ENP y el CCH de la UNAM, o el SEMS de la Universidad de Guadalajara) en las que son las universidades las que diseñan los planes de estudio y otorgan el certificado respectivo, sin pasar por la SEP, pero con la misma validez de ésta.