La zona fue declarada Refugio de Caza por iniciativa de la Sociedad Española de Ornitología en junio de 1993, mediante el Convenio de Colaboración con el Ayuntamiento de Miguel Esteban y en 1996 se declaró como Refugio de Fauna el "Humedal de los Charcones", quedando encomendada la administración a la Delegación de Medio Ambiente de la Consejería.