Para tratar de revertir esta decisión, las autoridades de la Universidad Militar de El Salvador interpusieron una demanda de amparo ante la Sala de lo Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, la cual, sin embargo, en su sentencia definitiva respaldó todo lo actuado por el Ministerio de Educación, por lo que el cierre de esta institución educativa finalmente se hizo efectivo en 2003.