Gallardo jugó su primer partido en el seleccionado nacional argentino a los diecisiete años e integró los procesos de Daniel Passarella (Juegos Panamericanos 1995 y ) y Marcelo Bielsa (1998-2002), por lo que participó de los mundiales de Francia '98 y Corea-Japón 2002, aunque llegó lesionado al comienzo de ambos torneos.