Respondiendo a ese reclamo, el 16 de junio de 1859, el Presidente Pedro Santana promulgó una ley que restablecía la antigua Universidad de Santo Domingo, con una composición académica similar a la de las universidades medievales (cuatro facultades: Filosofía, Jurisprudencia, Ciencias Médicas y Sagradas Letras) y como una dependencia del gobierno central a través de la Dirección General de Instrucción Pública y del Secretariado de Estado correspondiente.