La principal corriente fluvial del municipio es el río Graceros, que nace en la Sierra Michis y se dirige hacia el norte, además proveniente de Zacatecas se tiene al río Súchil, del cual es tributario el Arroyo Chalchihuites; el extremo sur del territorio municipal pertenece a la "Cuenca del río Huaynamota" y a la "Región hidrológica Lerma-Santiago", mientras que todo el resto del territorio es parte de la "Cuenca del río San Pedro" y de la "Región hidrológica Presidio-San Pedro".