Ante esta situación el Teniente General Vargas apeló a la lealtad de los mandos y subordinados de la FAE, cosa que logró en cierta medida y se trasladó desde Quito a la Base Aérea Eloy Alfaro en Manta junto con decenas de oficiales y soldados en aviones de transporte de TAME y la FAE, en dicho sitio se atrincheró con el apoyo de la población civil, se temió un grave enfrentamiento entre la FAE y el Ejército dado que este último empezó a movilizar tropas de infantería mecanizada desde Portoviejo hacia Manta, los aviones de ataque A-37B basados en Manta sobrevolaron las columnas del ejército pero sin atacarlos, tras varios días de negociaciones se acordó que Frank Vargas Pazzos sería juzgado por el consejo de generales y almirantes en tanto que Luis Piñeiros, Ministro de Defensa, Manuel María Albuja, comandante del ejército, Jorge Andrade, comandante de la FAE, dejarían sus cargos; así el 11 de marzo Vargas Pazzos se entregó y fue conducido prisionero a la Base Aérea de Quito, el 12 de marzo ante contradictorias noticias que el gobierno no estaba cumpliendo el acuerdo de destituir a Piñeiros nuevamente Frank Vargas se declaró en rebeldía con el apoyo de la Base Aéra Mariscal Sucre de Quito y anunció que pretendía derrocar al gobierno, sin embargo en esta ocasión no contó con el apoyo mayoritario de la oficialidad y sobre todo de los escuadrones de combate de la FAE.