Asociados a la Facultad de Medicina, se encuentran diversos centros de investigación sanitaria: el Instituto de Oftalmología Aplicada (IOBA), creado en 1994 centrado en el diagnóstico y métodos terapéuticos relativos a las enfermedades oculares y su aplicación práctica; el Instituto de Farmacoepidemiología (IFE), dedicado a la investigación sobre la seguridad y los efectos de los medicamentos en la población; el Instituto de Ciencias Médicas (ICIME); el Instituto de Biología y Genética Molecular (IBGM), centro mixto adscrito al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) que desarrolla alrededor de veinte líneas de investigación, centradas en el estudio de la fisiopatología molecular y celular de enfermedades cardiovasculares, respiratorias, metabólicas, neurodegenerativas y tumorales de alta incidencia o el Centro Nacional de la Gripe.