Con la llegada del Directorio, Fouché es encarcelado y perseguido por su colaboración en la etapa robesperriana y tiene que esconderse durante tres años en los que vivió en la pobreza extrema, pero usando una vez más su habilidad política comienza a trabajar y a ganarse la confianza de Barras, al que ayuda a acabar con la ""Conspiración de los Iguales"", un intento de derrocar el Directorio y establecer un nuevo régimen, promovido por François Nöel Babeuf.