Tras el portal, se entra en el Sacro Convento que, además de la comunidad de Frailes Menores Conventuales, encargados de la custodia de la basílica, actualmente aloja el Instituto Teológico de Asís (ITA), el Instituto de Ciencias Religiosas (ISSRA), un Centro de documentación y un importante fondo de documentos y libros especializados en temas franciscanos.