Finalmente, se decidió disolverlo, incorporando sus fondos al Museo del Prado, en el año 1872, provocando en éste una situación paradójica, pues si bien la colección de pintura de tipo religioso se vio completada de forma magnífica, por otro lado aumentó aún más la ya de por sí crónica saturación de espacios de que adolecía la institución, lo que dio inicio a la política de depósitos y cesiones que se ha mantenido hasta el presente (al Prado se incorporaron menos de 200 obras, mientras que 650 fueron depositadas en otras instituciones).