Luis se casó con su prima María de Zúñiga Manuel y Sotomayor, II Marquesa de Mirabel, hija de Fadrique de Zúñiga y Sotomayor, I Marqués de Mirabel, Señor de Alconchel, Mirabel y Berantevilla, miembro de la Casa de Zúñiga y de su segunda mujer Ana de Castro.