El sistema se encuentra sobre la llanura aluvial formada por el delta de los ríos Grijalva, San Pedrito y Usumacinta; de relieve suave, presentando lomeríos suaves y abundantes depresiones, que convierten la zona en terrenos fácilmente inundables con suelos de drenaje deficiente tipo Gleysol, Fluvisol y Solonchak.