Pronto, sin embargo, y de la mano de San Juan de Ávila (patrono de la institución desde 1540) se convirtió en universidad en 1542, obteniendo licencia para impartir estudios de humanidades, lo que abrió la puerta a la expedición de los grados de bachiller, licenciado y doctor en artes y teología, nuevas enseñanzas de cuya organización se encargó Juan de Ávila.