Trece meses después de haber sido detenido, y basados en el testimonio emitido por el comandante paramilitar Salvatore Mancuso, la Corte Suprema de Justicia condenó al coronel Aguilar a 9 años de prisión por el delito de concierto para delinquir agravado, los que cumple bajo libertad condicional, luego de haber permanecido en la cárcel de San Gil hasta marzo de 2015.