Además se creaba una junta permanente, el Consejo de la Hermandad, al que pertenecían un procurador por cada una de las provincias, que podían cambiar, y cuatro cargos inamovibles nombrados por los reyes: presidente, cargo para el que fue nombrado Lope de Ribas, obispo de Cartagena, tesorero o contador, que recayó en Alonso de Quintanilla, provisor, Juan de Ortega, y capitán general, para el que fue designado Alfonso de Aragón, hermanastro del rey.