Cuando el JNA se retiró en mayo, las unidades serbias locales y el ejército serbobosnio volvieron a tomar el control de Višegrad y se inició la limpieza étnica y el desplazamiento masivo de los bosnios.Durante la misma, se han denunciado en la ciudad y sus alrededores los asesinatos de cientos de civiles, violaciones y la destrucción de numerosas casas de los no serbios y de las dos mezquitas de la ciudad.