Es el primer país de la región en peces (1497, las vecinas Costa Rica y Nicaragua albergan 1254 y 1176 especies respectivamente), en aves (1002 especies) y en mamíferos (229 especies, incluyendo el mayor número de primates de la región) con notables endemismos como el mono aullador de Coiba (Alouatta coibensis), el agutí o ñeque de la Isla de Coiba (Dasyprocta coibae) o el perezoso pigmeo de la Isla Escudo de Veraguas (Bradypus pygmaeus).