Tanto las fuerzas reales como las rebeldes sufrieron grandes bajas, y entre los muchos realistas que murieron en la Batalla de Chupas, que se libró el 16 de septiembre de 1542, perecieron dos de los capitanes más sobresalientes que habían participado en la conquista peruana: Pedro Alvarez Holguín y Gómez de Tordoya