En la parte de la iglesia reconstruida por los Caballeros Hospitalarios en el siglo XII, de estilo cisterciense, podemos también contemplar un compartimento adosado al crucero norte, de fecha incierta, cubierto por bóveda de aristas con columna central, varias pinturas y esculturas de diferentes periodos, y un osario en el que aún se conservan parte de los miles de esqueletos depositados a lo largo de los siglos XIII al XVIII.