Como dice su título, se llama "Disk Version" porque Nintendo quería darle una versión en disco magnético a Super Mario 64, debido al gran éxito que se volvía el juego en esa época, así que Miyamoto y su equipo empezaron a desarrollar este parche, pero debido al fracaso del 64DD, el juego sólo llegó a ser únicamente lanzado en Japón, pero sin un modo multijugador de 2, que iba a aparecer en el juego.