En el caso del cromosoma Y transmisible únicamente por vía paterna, es mucho más escaso, en Montevideo la cantidad de personas con ancestros africanos por línea masculina fue estimada entre 4 y 10%, y se determinó un valor entre el 2 y el 4% para la ascendencia indígena; en Tacuarembó, se detectó una prevalencia de aproximadamente el 8 y 13%, respectivamente.En una muestra del total del país mediante el estudio de STRs se detectó que aproximadamente 1% de la población tenía ancestros africanos por vía paterna, y 5% ancestros indígenas.