Ya con 17 años, Zabaleta fue convocado a la selección sub-20 con la cual, en el 2003, participó del Sudamericano Sub-20 de ese año y en el Mundial Juvenil de 2003, jugado en los Emiratos Árabes Unidos, en donde se hizo presente en la mayoría de los partidos a pesar de su corta edad (era uno de los más jóvenes del plantel).