Este juego sigue la historia aunque primeramente se había especulado sobre que en esta edición se cerraría la saga de Ash, luego fue desmentido, alegando que dicha saga terminaría con la próxima entrega, en "The King of Fighters XIII"; además de eso, personajes como Iori Yagami y Ash Crimson muestran cambios que tienen qué ver con lo ocurrido en el juego anterior, como el hecho de que Iori ya no posee sus características llamas púrpuras, debido a que Ash robó su magatama.