Aunque existen testimonios sobre su buen estado de conservación hasta 1675, con el paso de los años, la ciudadela padeció un largo proceso de deterioro, siendo especialmente dramáticos el terremoto de 1680 y el bombardeo de la ciudad de Málaga que hicieron nueve buques franceses desde la bahía en 1693, en el transcurso de la Guerra de los Nueve Años.