Hay también una cripta mandada a construir por los mayores benefactores del convento doña María Arias de Ugarte y su tercer esposo don Juan de Capiayn, quienes quisieron ser sepultados en la iglesia (como era costumbre en ese entonces), ya que no existían cementerios; el primer cementerio de la ciudad, el Cementerio Central, se empezó a construir en 1830, y fue ordenada su edificación por el mismo Simón Bolívar con el fin de prohibir la sepultura de cadáveres en las iglesias y patios de los conventos de salubridad.