Todos estos hechos provocaron el inicio de la llamada mucho después guerra de la Independencia (1808-1814) contra el ejército napoleónico que había empezado la invasión de España en enero de ese año y que también fue una guerra civil pues hubo españoles, entre ellos buena parte de los ilustrados, que apoyaron a la Monarquía de José I, mientras otros muchos no reconocieron las abdicaciones de Bayona y se mantuvieron fieles al "rey cautivo" Fernando VII.