Cuenta también con tres hospitales de atención médica especializada de segundo nivel dependientes del IMSS, ISSSTE y la SSA, los cuales están certificados como "Hospitales Amigos del Niño y de la Madre", que brindan servicios al municipio de Cuautla y los 16 Municipios de la región oriente del Estado de Morelos además de la población de otros estados vecinos como son Puebla, Guerrero y Estado de México.