No obstante, en 1955 fue hallada una caja de madera en el lado de la Epístola de la iglesia del convento de San Pablo en la que aparecieron unos restos humanos, que fueron identificados por diversos historiadores como los restos de Don Juan Manuel, pues al limpiar el muro de piedra apareció, oculta bajo una espesa capa de yeso la siguiente inscripción, que también fue consignado en siglos pasados por otros historiadores: