En esta entrega, Ratchet tiene que luchar por su propia supervivencia, ya que un malvado emperador cragmita, de nombre Percival Tachyon, ha venido a Metrópolis con toda su pandilla (Comandos robóticos, naves, etc.) con el único objetivo de matarle, ya que es el último lombax del universo, y tiene algo especial que a ver con algo llamado "el secreto lombax", una poderosa arma que los lombax usaron para destruir a los Cragmitas, ya que querían dominar el universo.