La segunda molestia que sufrió fue cuando resultó encarcelado por un año y medio en Madrid, en 1607, por orden del mismo Felipe III y de su valido el Duque de Lerma a causa de su libro "De monetae mutatione", cuarto de sus "Tractatus septem" (Colonia, 1609), que fue denunciado por las alusiones a los ministros que modificaron el peso de la moneda.