La palabra "mixe" es una derivación de "mixy" ("hombre", "varón"), pero el autónimo "mixe" es "Ayuukjä'äy", compuesto por las raíces "a" ("idioma", "palabra"), "yuuk" ("montaña", "florido") y "yä'äy" ("gente"), es decir, los mixes se llaman a sí mismos, en su lengua (el idioma mixe), "pueblo de la lengua florida" (una denominación similar a la de los pueblos nahuas).