La temporada siguiente en el año 2000 el "Milagroso" vivió uno de sus momentos más difíciles al descender en la lucha con el equipo Deportivo Pasto ya que faltando una fecha para concluir el campeonato el equipo perdió 3-0 ante Deportes Tolima en el Estadio Manuel Murillo Toro y el Deportivo Pasto le ganó 4-2 a Atlético Nacional en el Estadio Departamental Libertad, sin embargo, 10 meses después y de la mano del entrenador Eduardo Lara en el año 2001 durante el marco de la celebración de los 50 años del Deportes Quindío el "Milagroso" regresó a la Máxima Categoría del Fútbol Colombiano al derrotar al Deportivo Rionegro, Unión Magdalena y Bogotá Chicó.