El territorio que ocupa el actual municipio de Puerto Padre, perteneció inicialmente a la jurisdicción de San Salvador de Bayamo, pero a partir de 1753 pasó a formar parte de la jurisdicción de San Isidoro de Holguín, y vecinos de esta villa fueron los primeros en recibir por merced real o cencesión del cabildo las primeras haciendas, hatos, corrales y sitios de labor de la región.