Después de los encargos previos y de haberse realizado las obras de arte requeridas, los elementos del futuro retablo pasaron a la espera de ser montados y colocados en la antigua capilla mayor pero no hubo lugar porque en 1509 el obispo Juan Rodríguez de Fonseca decidió trasladar esta capilla al emplazamiento donde se encuentra ahora, espacio que estaba ocupado por el coro conventual.