Carlos Rojas es miembro del PRI desde 1979, ha ocupado en la Secretaría de Programación y Presupuesto el cargo director de atención a zonas marginadas y coordinador de descentralización, ocupó también la dirección del Instituto Nacional Indigenista, en 1993, fue designado subsecretario de Desarrollo Regional de la Secretaría de Desarrollo Social y como tal coordinador general del Programa de "Solidaridad", al ser postulado candidato del PRI a la presidencia el titular de la Secretaría, Luis Donaldo Colosio, el presidente Carlos Salinas de Gortari lo nombró secretario de Desarrollo Social, en este cargo fue ratificado por Ernesto Zedillo y permaneció en él hasta 1998 cuando fue nombrado secretario general del PRI, se le consideró uno de los principales adversarios del entonces gobernador de Quintana Roo, Mario Villanueva Madrid en el periodo que llevó al encarcelamiento de éste.