Estuvo a punto de ser destruida en la Edad Moderna, ya que al proyectar la Catedral Nueva se pensó en derribarla, pero el amplio espacio de tiempo que transcurrió desde el comienzo de las obras de la Catedral Nueva (en torno a 1520) y la tardía fecha de conclusión (hacia 1733), así como la necesidad de un espacio donde celebrar el culto mientras se terminaba la construcción, hizo que la decisión inicial de derruirla fuera abandonada.