En apertura 2006 Grupo Pegaso se hace cargo de la administración para buscar el ascenso, con Juan Carlos Chávez de técnico llega a otra liguilla ubicándose en cuarto lugar del grupo A y noveno general con 25 unidades, enfrenta en cuartos a Salamanca equipo que lo vence 4-1 en el global, algunos jugadores de ese plantel fueron, Cesar Ríos, Juan Carlos "Romita" Rojas, Germán Gords, Ignacio Hierro, Juan Manuel García Zavala, Irving Rubirosa, Diego Garay, José María Cárdenas, Diego Mejía, Ignacio Quinteros y Bardo Fierros.