Al día siguiente, Calleja ordenó el saqueo y asesinato de los habitantes de Cuautla, y unos días más tarde regresó a la Ciudad de México, donde el virrey Venegas le recibió en audiencia privada, haciéndole en el acto el ofrecimiento de la comandancia general de la Ciudad de México, y Calleja, tras muchas meditaciones, aceptó.