La pertenece íntegramente a la cuenca del Duero y está cruzada de este a oeste por el río Arlanzón, con diversos afluentes a sus orillas, siendo los más notables por la izquierda, el río Cavia también conocico como "de Arcos" o "de Los Ausines", y el "río Cogollos"; por la derecha el Vena, el Ubierna, el Úrbel y el Hormazuela.