La mitad norte del municipio de Soto la Marina registra un clima clasificado como "Semiseco muy cálido y cálido", la mitad sur se divide a su vez en otras dos zonas, la superior con clima "Semicálido subhúmedo con lluvias en verano, de menor humedad" y la inferior con clima "Semicálido subhúmedo con lluvias en verano, de humedad media"; la práctica totalidad de la extensión municipal registra una temperatura media anual entre los 22 y los 24°C, variando únicamente en dos pequeñas zonas, una la noroeste donde la temperatura es superior a los 24° y otra en el extremo suroeste donde el rango es de 20 a 22°C; la precipitación promedio anual se divide en tres zona, la norte registra 700 a 800 mm, la central de 800 a 1,000 mm y la sur es superior a los 1,000 mm anuales.