Se encuentra regado por el río Seco, que nace en el Citlaltépetl, pasa por Tomatlán, se inclina hacia el sur y después al norte siguiendo su curso al este, hasta su confluencia con el Río Atoyac; Río San Antonio que nace cerca de Chocamán, pasa a la orilla de la ciudad y desemboca en el Río Seco; y el Río Blanco que tiene su origen en las cumbres de Acultzingo.