El PCS actuaba militarmente a través de las Fuerzas Armadas de Liberación (FAL), uno de los grupos más pequeños durante la etapa de la guerra, que concentro sus fuerzas en el Cerro de Guazapa (controlado por la Resistencia Nacional)y en el área metropolitana de San Salvador (comandos urbanos) desde 1981 hasta el final de la Guerra Civil de El Salvador.