Hubo también figuras eminentes en Matemáticas (Sebastián Izquierdo desarrolla el cálculo de la combinación y la permutación y preconiza el empirismo; Juan Caramuel esboza el cálculo de probabilidades; Pedro Nunes descubre la loxodrómica e inventa el nonio; Omerique, Pedro Ciruelo, Juan de Rojas y Sarmiento, Rodrigo Zamorano), Física, Medicina, Farmacología (Andrés Laguna; en 1638 la Condesa de Chinchón, esposa del virrey del Perú Luis Fernández de Cabrera, descubre y divulga las propiedades contra las fiebres y la malaria de la quina, antecesor de la quinina, que los curanderos nativos empleaban), Psicología (Juan Luis Vives, Juan Huarte de San Juan) y Filosofía (Francisco Sánchez el Escéptico formula el punto de partida para el Racionalismo y la filosofía de Descartes; Francisco Suárez comprendía y se replantea toda la filosofía occidental anterior).