El gobierno del presidente Rafael Zaldívar decidió sustituir a la UES por un conjunto de escuelas profesionales totalmente independientes entre sí; pero esa medida fue revertida por el gobierno del presidente Francisco Menéndez, el cual, curiosamente, propuso después este mismo proyecto de creación de las escuelas profesionales a la comunidad universitaria; pero éste no se llevó a cabo ante la oposición de los miembros de la alma máter.