En su segundo día de trabajo, el 11 de septiembre, se produce el Golpe de Estado en Chile de 1973; los militares allanan la población donde vive Aldunate, allanan su casa y se llevan libros y revistas que les parecen sospechosos, como los volúmenes de la Revista Mensaje; arrestan, además, a todos los sacerdotes obreros menos a él, aunque después son liberados.