En enero de 1837, la ciudad santaneca se ve invadida por la epidemia de cólera morbus que produjo gran cantidad de fallecidos tanto en Santa Ana como en el resto de la federación; está epidemia generó en toda la federación un síntoma de malestar que hizo que se suscitaran revueltas de las cuales la principal se produciría en Guatemala liderada por Rafael Carrera, está situación llevaría al fin de la federación.