En abril de 1899 la Asamblea Legislativa envió al presidente licenciado [[Manuel Estrada Cabrera]] (quien obtuvo su título de abogado de la Escuela de Derecho y Notariado de Occidente en 1881) un decreto declarando la autonomía de la Universidad para elegir a sus autoridades; Estrada Cabrera respondió a la Asamblea que dicho decreto no procedía porque «"no cabía la autonomía de las Facultades ya que el Estado proveía a su sostenimiento y manejo en todo sentido [...] por lo que eran dependencias oficiales del gobierno [...]"» Así entonces, las Facultades de la Universidad dependían del Ejecutivo completamente y el [[Ministerio de Educación de Guatemala|Secretario de Instrucción Pública]] incluía a las escuelas facultativas de educación superior en su reporte anual a la [[Congreso de la República de Guatemala|Asamblea Nacional Legislativa]], y también recomendaba al presidente de la república el listado de los docentes de las mismas.