Durante los años sesenta, al tiempo que dirigía obras de beneficencia en favor de drogadictos y personas sin hogar y apoyaba el movimiento de derechos civiles en favor de la población negra, Jones entró en pugna con otras denominaciones religiosas protestantes debido a su abierta filiación comunista, al punto de rechazar la "Biblia" y proclamar que él mismo era una divinidad al mismo nivel que Jesucristo.