El 3 de diciembre de 1823 la Junta Suprema de Chiapas convocó al referéndum sobre la anexión de Chiapas a México o a Centroamérica, como representante del Partido de Tuxtla, Gutiérrez Canales no se siente con suficiente apoyo en su partido por lo que regresa a Tuxtla para saber el sentido del cabildo, las discusiones se vuelven muy acaloradas pero al final el cabildo se decide y el 8 de enero de 1824 el cabildo de Tuxtla da su voto por la anexión a México, misma que se oficializa con la firma del Acta Declaratoria de la Federación de Chiapas a México el 15 de septiembre de 1824, a la que asiste Gutiérrez Canales como diputado por la ciudad de Tuxtla.