Empujados por las reformas liberales y la propaganda conservadora, movimientos insurgentes se iniciaron en las montañas de Guatemala y Rafael Carrera y Turcios fue el máximo dirigente de las mismas; entre las tropas sublevadas se encontraban numerosos indígenas que lucharon durante dos años para conseguir la secesión guatemalteca de la federación, lo cual se logró en 1838 con la disolución de la federación.