Después de ese Mundial, volvió a jugar con la selección turca un par de oportunidades, en las clasificatorias a la Eurocopa 2004, en la repesca ante Letonia, la cual Sükür anotó un gol en el segundo partido, sin embargo Letonia remontó hasta ganar en total 3-2, lo que fue un fracaso para Turquía que decidió no jugar hacia años después, regresando para el partido de clasificiación para la Copa Mundial de Fútbol de 2006 de Alemania, donde no pudo evitar la derrota de su selección, aunque contribuyó con un gol en el partido de vuelta.