En 1594, tras sólo dos años de pontificado, tuvo que hacer frente a la controversia que enfrentaba a jesuitas y dominicos suscitada por la publicación, en 1588, de la obra del jesuita Luis de Molina “Sobre la concordia del libre albedrío con los dones de la gracia”, en la que abordaba los efectos de la gracia y el libre albedrío.