En el Mercadal se encuentran diversas especies endémicas: una de las tres poblaciones de "Aetheorhiza bulbosa willkommii", vulnerable en Menorca, dos de las tres poblaciones menorquinas de "Allium antoni-bolossii" y varias especies protegidas por convenios internacionales (Convenio de Berna, Directiva Hábitats, Convenio de Washington) e incluidas en el Catálogo Balear de Especies Vegetales Amenazadas (CBEVA).