La IERE pasó, durante las distintas etapas políticas de España, por difíciles momentos de intolerancia, persecución, represión e indiferencia, logrando sobrevivir a pesar de todo ello y de otros problemas de índole económica: así, durante la Guerra Civil, padeció la violencia antirreligiosa de un bando, y la discriminación del otro; y durante el franquismo le fueron confiscadas escuelas, terrenos y edificios de culto.