El Consejo Universitario, la máxima autoridad, tenía facultades para realizar en todos los grados la difusión de todos los conocimientos científicos, artísticos y literarios; dictar los planes de estudio de las escuelas universitarias y de todas las que dependían de la Universidad; nombrar y destituir a los profesores; expedir bajo la firma del rector certificados, títulos y grados; decretar grado "ad honorem" a favor de quienes hubieran prestado servicios eminentes a la humanidad y a quienes los merecieran por sus conocimientos; y elegir al rector y vicerrector.