Carrillo es el responsable de recuperar la soberanía política de Costa Rica al separarla definitivamente de la República Federal de Centroamérica el 14 de noviembre de 1838, y erigirla como un Estado soberano e independiente, según el primer artículo de la Ley de Bases y Garantías, texto constitucional promulgado en 1841 en el cual también, además de otorgarle amplios poderes como Jefe de Estado, reorganizó la administración de la justicia, reestructuró al país en cinco departamentos (San José, Alajuela, Cartago, Heredia y Guanacaste), administrados por un Jefe Político Superior, y suprimió las municipalidades.