La Armada estuvo compuesta en un principio por pequeños barcos, pero debido a que las grandes remesas de plata que se almacenaban en Lima y su posterior traslado hacia Panamá hacían de ella un objetivo permanente de los piratas ingleses y holandeses que, a través del cabo de Hornos, conseguían llegar al Pacífico, se hizo imperativa la necesidad de fortalecer esta flota.