Trágicamente, las mismas intrigas y poderes que le sirvieron para llevar a la Casa de Borgia a la cima, aseguraron su destrucción, pues todo el poder que los Borgia habían obtenido, inclusive el éxito militar de César Borgia, giraba en torno a los Estados Pontificios y por ende dependía de la permanencia de Alejandro VI en el poder, por lo cual la vasta red de condados, principados y territorios que los Borgia habían puesto a sus pies, sucumbió "ipso facto" con su muerte, sellando el destino de César Borgia, quien moriría cuatro años después en 1507, y sepultando la era de los Borgia y su dinastía.