Si bien incorpora algunos elementos típicos de videojuegos de rol, presentes en las entregas anteriores, "Legend of Mana" tiene un sistema de juego genuino, principalmente porque permite al jugador la habilidad de moldear el mundo ficticio de Fa'Diel a voluntad gracias al uso de artefactos, que se consiguen conforme el jugador avanza por las distintas etapas del juego.