Al morir su padre en 1516, en el testamento, quedó como Lugarteniente General de Aragón, con los demás territorios de la Corona Aragonesa, hasta la llegada de su sobrino Carlos como gobernador general de la reina Juana; pero esta voluntad no fue aceptada por las instituciones aragonesas, y el vacío de poder se subsanó en noviembre de 1518 con la jura de los fueros de Carlos I, como rey en su nombre y en el de su madre Juana.