En el departamento es muy rica, se destacan: el anta o tapir; jaguar o tigre americano; puma o león americano; taitetú o jabalí americano; varias especies de cérvidos; capihuara; tamandúa u oso hormiguero; tejón; agutí o coatí; gato montés; zarigüeya; iguana; varias especies de simios; lagartos de río: caimán; serpientes y boas constrictoras como la sicuri o anaconda que llega a medir hasta 12 metros de largo; tortugas de tierra y acuáticas; cientos de variedades de aves; los ríos de Pando albergan una fauna ictiológica de gran variedad.