La reserva se encuentra en la zona de mayor escurrimiento de agua en territorio mexicano, en la cuenca baja de los ríos Grijalva y Usumacinta, donde ambos se unen en uno solo hasta desembocar en el Golfo de México, con un escurrimiento de millones de metros cúbicos de agua, así como de otros ríos de menor importancia, como el San Pedro y San Pablo, y el San Pedrito.