Este organismo concejil surgió con triple concepción: por un lado era religiosa, al ser los religiosos quienes atendían a los enfermos y, como todo hospital de la época, tenía faceta eclesiástica —realizaba rezos y misas, por lo menos hasta la aprobación de la Compañía de Jesús, que vino a modificar el organigrama eclesial impuesto desde la Edad Media.