Respecto a los recursos militares (armas, soldados, etc.) y el abastecimiento comercial, la capitanía siguió con dependencia virreinal aunque la administración de justicia era autónoma de aquél, salvo respecto de la Inquisición que correspondía a un delegado de Lima, al igual que los juicios de comercio que dependieron del Consulado del Virreinato hasta 1795, fecha en la que se crea un Consulado en Santiago.