La administración, la gestión y la representación de la FUOC corresponden a los órganos de gobierno siguientes: el Patronato, que es el máximo órgano de representación, gobierno e administración de la FUOC; la Comisión Permanente, que actúa como a órgano permanente en la administración y la gestión de la Fundación; y el Consejo Asesor, que asiste el Patronato como a órgano consultivo o asesor de la Fundación.