El clima del municipio de Comondú es mayormente desértico y seco, su clasificación se divide en franjas en sentido norte-sur, la costa del Océano Pacífico y las grandes zonas montañosas de La Giganta tienen un clima clasificado como "muy seco semicálido", mientras que gran parte de los valles centrales del municipio y la costa del Golfo de California registran un clima "seco muy cálido y cálido"; la temperatura media anual del territorio sigue el mismo patrón anterior, la zona central del municipio y la costa del Golfo de California tiene un promedio superior a los 22 °C, dos franjas paralelas a ambos lados de la zona central registran un promedio de 20 a 22 °C, finalmente la costa del Océano Pacífico y su cadena de islas tienen un promedio de 18 a 20 °C; toda la costa oeste del municipio de Comondú forma parte de la zona con menor precipitación pluvial de Baja California Sur, con un promedio anual inferior de 100 mm de lluvia, el promedio anual de precipitación se incremente en medida que se avanza hacia el este, de esta manera la zona central y la costa del Golfo de California tienen un promedio de 100 a 200 mm, y las zonas más elevadas del sureste y el noreste registran un promedio de 200 a 300 mm.