Además de la presidencia de la cámara legislativa, Rafsanyaní ejerció durante los años 80 como uno de los directores transitorios del rezo colectivo semanal de Teherán; como representante del imán Jomeini en el Consejo Superior de Defensa Nacional al mando del ejército y la seguridad interior durante la guerra Irán-Irak tras el asesinato de Mostafá Chamrán en junio de 1981; y como lugarteniente del comandante en jefe de los ejércitos en los últimos meses de la guerra.