El 1 de enero de 1699 fray Antonio fundó en el valle de la Circuncisión, la misión de San Juan Bautista en su segunda ubicación, y el 1 de marzo de 1700 la misión de San Francisco Solano a ocho kilómetros del rio Bravo en Coahuila, aunque esta última fue trasladada de ubicación varias veces hasta transferirla a la futura misión San Antonio de Valero.