Al mismo tiempo, mientras fray Tomás estuvo en Lima, cumplió con varios encargos de otra índole menos escabrosa, tales como adelantar las obras del convento de San Domingo de Lima y dar a conocer las providencias que traía a favor de los indios, además de fiscalizar la administración en cuanto a la liquidación del quinto real y demás gravámenes que pertenecían a la Corona.