Nuevamente, la inestabilidad política, consecuencia de la Revolución de 1868 (la Gloriosa) y la proclamación de la Primera República Española, fructifica en nuevos enfrentamientos en toda la comarca, en el marco de la III Guerra Carlista, que tampoco alcanza directamente a Boniches, aunque sufre indirectamente las consecuencias debido a la exigencia de las partidas carlistas a los ayuntamientos del pago triplicado de las contribuciones.