Hoyo de Manzanares disfruta de un clima mediterráneo continentalizado típico que, gracias a su altura y situación geográfica, presenta unas precipitaciones medias entre los 600 y los 700 litros por metro cuadrado (elevadas para este tipo de clima), y temperaturas mínimas y especialmente máximas mas moderadas que las que se alcanzan en la meseta sur.