Según la tabla histórica de la IFFHS, Cienciano es el mejor equipo del Perú de los últimos 20 años, ubicándose en el puesto 109, por delante del Sporting Cristal (134), Universitario (149) y Alianza Lima (183); y en diciembre de 2003 y septiembre de 2004 fue anunciado por la IFFHS como el mejor equipo del mes del mundo.