Finalmente a mediados del año 2016 la federación es suspendida por la FIFA debido a que en la federación de fútbol existían casos de corrupción encubiertos entre sus propios dirigentes, además que los dirigentes de la Federación se negaban a aprobar los nuevos estatutos de la FIFA debido a que estos afectaban sus intereses particulares y como consecuencia de la expulsión fueron excluidos de todo tipo de competición internacional entre ellas la copa centroamericana, torneos de eliminatorias Sub 17 y Sub 20, selección mayor y clubes, también surge como consecuencia de esas acciones la renuncia de los dirigentes de la Federación Guatemalteca de Fútbol y la renuncia del técnico nacional Walter Claveri.