En él se pueden ver algunos elementos característicos de la idiosincrasia e historia piposeña, como el mate, que es sinónimo de amistad; un edificio que representa las industrias en sus diferentes rubros: yerbatera, maderera y aceitera; pie y mano que en el idioma guaraní es pipo, es decir, el santo de manos y pies las cuales expresan el origen de nombre del municipio; la cruz, que representa a los antiguos jesuitas que habitaron en la zona; el mapa de Misiones, que indica la posición geográfica de Santo Pipó en el marco de la provincia; las ramas de yerba mate, que simbolizan la mayor fuente de sustento económico de la comuna, y, finalmente, las imprescindibles enseñas de Argentina y de Misiones.