Sin embargo, y en contra de las tendencias más avanzadas de la época, no rechazaba la pena capital, no admitía la igualdad frente a la ley penal ni creía que la prevención fuera la justificación de la pena, pues Lardizábal basaba el castigo en un fin principal (la corrección del delincuente) y en unos fines subordinados (el escarmiento, la seguridad y la reparación).