Francisco Guillermo Flores Pérez (Santa Ana, 17 de octubre de 1959 - San Salvador, 30 de enero de 2016) fue un político salvadoreño, Presidente de la República del 1 de junio de 1999 al 1 de junio de 2004, y miembro activo y expresidente honorario del partido Alianza Republicana Nacionalista (ARENA), de tendencia derechista.