Dicho Protocolo ha generado acervadas críticas por una parte de la comunidad científica en tanto que otorga inmunidad a los Jefes de Estado y de Gobierno y mantiene un inaudito mutismo en su relación con la Corte Penal Internacional (CPI), más teniendo en cuenta que 33 Estados Africanos miembros de la UA son a su vez Estados parte en la CPI.