Fausto Alzati se tituló como licenciado en Derecho en la Universidad Nacional Autónoma de México en 1995, realizó estudios de la licenciatura en ciencias y técnicas de la información en la Universidad Iberoamericana, obtuvo el grado de maestría en administración pública y realizó un doctorado en ciencias políticas en Harvard, para la época en que terminó sus estudios, Alzati fue el segundo mexicano en lograr obtener aquel título en la historia.