En el 2008 "Pepé" vuelve a ponerse el traje de capitán de tormentas y reemplaza a Pedro Troglio como director técnico de Independiente, logrando tras un empate y una derrota, cuatro partidos ganados en serie (en 6 partidos) colocando a Independiente en el quinta posición de campeonato a sólo 4 unidades de los punteros.