Como templo catedralicio se escogió el edificio gótico hasta entonces denominado Iglesia Magistral (por ser en el Antiguo Régimen colegiata de una ciudad universitaria sin sede episcopal propia, y estar su cabildo formado por "magister" o profesores de la universidad -condición única en el mundo junto con la de San Pedro de Lovaina-); la nueva denominación es la de "Catedral-Magistral de los Santos Niños Justo y Pastor".