De mayor altura que la nave central, a la que da remate, y de planta hexagonal, fue, como se explicó arriba, patrocinada por la familia Rojas y acoge los elementos de mayor interés artístico y arquitectónico: el retablo mayor, los sepulcros de los marqueses, la bóveda de crucería estrellada apoyada en dos de los lienzos sobre trompas radiales y parte de la sillería del coro, del siglo XVI.