Cuando Velasco retornó a Asunción exigió el 18 de octubre de 1809 al comandante general de armas que se pusiera bajo su dependencia, como lo hicieron los subdelegados de Misiones, pero este la desconoció el 3 de noviembre de 1809, por lo que Velasco se quejó al nuevo virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros el 22 de noviembre.