Su llegada a la presidencia del Poder Ejecutivo produjo una intensificación del movimiento cantonalista porque los «intransigentes» pensaron que con Salmerón sería imposible ni siquiera alcanzar la República Federal desde arriba, como les había asegurado Pi y Margall, por lo que el mismo día del nombramiento de Salmerón formaron en Madrid un Comité de Salud Pública que se coordinaría con las provincias y una Comisión de Guerra presidida por el general Contreras para organizar la revuelta cantonal.