Durante el reinado del primer Trastámara, Enrique II el de las Mercedes, Barcarrota fue cedida a Fernán Sánchez de Badajoz por los servicios prestados a la Corona, y permaneció bajo el dominio de esta familia hasta mediados del siglo XV, en que el rey Juan II de Castilla, padre de Isabel la Católica, la entregó al Marqués de Villena.