El Arzobispado de Burgos trasladó el culto de la parroquia a la iglesia de San Nicolás, para instalar aquí el Museo del Retablo, cuyos fondos se componen fundamentalmente de retablos renacentistas y barrocos procedentes de diferentes localidades de la diócesis, aunque varias de las piezas expuestas pertenecen a la propia iglesia, empezando por su retablo mayor.