En las últimas décadas se han incorporado piezas procedentes de las excavaciones efectuadas por la Universidad de Málaga, así como diversos lotes de las intervenciones arqueológicas preventivas y de urgencia que se han desarrollado en el casco urbano de Málaga, como las encontradas en la excavación del Teatro Romano, la Tumba del Guerrero o el "Mosaico de Venus" del siglo II que fue encontrado en Cártama.