El municipio de Matamoros fue creado como tal por decreto del Congreso de Chihuahua el 31 de julio de 1874 separándolo del de Allende y con el nombre de San Isidro de las Cuevas, pues esa era el nombre entonces de su cabecera, la actual Villa Matamoros, el 7 de mayo de 1932 se le modifica su nombre al actual; el 18 de julio de 1931 se le suprimió como municipio al considerar que no reunía los requisitos legales para serlo y se le incorporó al de Hidalgo del Parral, sin embargo el 7 de mayo de 1932 fue restituido como tal, al considerarse demostrado su viabilidades como ayuntamiento.