Entre los principales cargos que Gómez-Pompa ha desempeñado, destaca la asesoría y coordinación académica del Convenio entre la Universidad Veracruzana y la Universidad de California Riverside para el establecimiento del Centro de Investigaciones Tropicales de la Universidad Veracruzana [CITRO]; Profesor de Botánica en la Universidad de California Riverside; Director del Instituto de la Universidad de California para México y los Estados Unidos (UC MEXUS); Fundador y Director General del Instituto de Investigaciones sobre Recursos Bióticos.