Sin embargo, fue sólo después de la expulsión de todos los integrantes de la Compañía de Jesús de los territorios hispanos en 1767 cuando la necesidad de una universidad en la región de la Nueva Galicia se hizo apremiante; esto era debido a que la Compañía de Jesús administraba los dos colegios más importantes de la ciudad: el Colegio de Santo Tomás y el Colegio de San Juan Bautista.