Durante las campañas presidenciales de 2006, durante el conflicto postelectoral que le siguió, realizó protestas contra el fraude electoral, cometido por el PAN y el PRI, denunciado por su partido y su candidato Andrés Manuel López Obrador, así como en lugares en donde se encontraba el entonces presidente Vicente Fox y posteriormente Felipe Calderón Hinojosa, en estas protestas se enfrentó frecuentemente con elementos del Estado Mayor Presidencial y la Policía Federal Preventiva, por los cuales llegó a ser atacado, constantemente realizaba denuncias del fraude electoral y demandas de desconocimiento de cualquier tipo de legitimidad al gobierno de Calderón.