Varias teorías han intentado atribuir las diversas olas de extinciones de megafauna de los últimos 50.000 años a causas no antropogénicas como cambios climáticos, enfermedades desconocidas (ninguna enfermedad conocida ha causado la extinción simultánea de familias, órdenes e incluso infraclases totalmente distintas, discriminando además las especies en función de su tamaño), un posible impacto extraterrestre (no registrado por los geólogos), entre otras.