El 30 de noviembre de 2006 el magistrado Ricardo Paredes Calderón, del Segundo Tribunal Unitario de Primer Circuito de Procesos Penales Federales le decretó auto de formal prisión por el delito de genocidio por las matanzas de estudiantes en 1968 y 1971, pero el 20 de marzo de 2007 un tribunal federal le concedió la suspensión definitiva del auto.