Debido a la constante cooperación de los moriscos con los piratas berberiscos, aumentó la intransigencia de los cristianos viejos y la intolerancia de las autoridades eclesiásticas residentes en Granada; los moriscos finalmente deciden sublevarse y surge un hecho trascendental en la historia de Andalucía Oriental: "La Guerra de Las Alpujarras" (1568-1570).