El municipio cuenta con 42 localidades, las cuales dependen directamente de la cabecera del municipio, las más importantes son: Vanegas (cabecera municipal), Cuatro Milpas, Presa de Santa AnaLa Punta, La Sabanilla, El Salado, Salitrillo, El Salto Colorado, San Juan de Vanegas, Santa Teresa, San Vicente, Tanque de López, El Tepetate, La Trueba, Vanegas de Abajo, Zaragoza (La Vaca), Noria del Cinco, Cerro la Borrega, Rancho el Cuijal y Hacienda el Salado.