Políticamente Coyoacán deja de administrar directamente su vasto territorio por 1653, la Audiencia de México intentando mejorar la recaudación del Reino de Nueva España instala oficinas de control y aduanas entre otros pueblos limítrofes de Coyoacán como en Tlalpan, San Jacinto Tenanitla y San Pedro Cuajimalpa, por lo que su poder político va disminuyendo poco a poco, es así como llega a la Independencia de México.