Muchos otros son anaerobios, pues viven en ambientes pobres en oxígeno como sedimentos o el tracto digestivo de algunos animales, carecen de las mitocondrias "clásicas" y a menudo se les denomina "amitocondriales", aunque la mayoría, a pesar de todo, retienen un orgánulo mitocondrial en una forma grandemente modificada (por ejemplo, un hidrogenosoma o mitosoma).