Arce regresó a Guatemala a reorganizarse para una nueva batalla, pero tras perder el combate, mostrarse lento y desconfiado de los oficiales guatemaltecos y por estar de acuerdo con que el sacerdote Matías Delgado fuera nombrado como obispo de El Salvador en completa oposición al gobierno eclesiástico conservador de Guatemala su figura quedó por un lado completamente.