Por un testamento del 21 de agosto de 1421 otorgado por el clérigo de Haro Pedro Sánchez, se sabe que en esas fechas ya se había construido en Santo Tomás la capilla de San Miguel con su altar y la capilla de la Claustra, mandada pintar por el otorgante, además de otra edificada por el mismo para su enterramiento "cabo la puerta principal".