Al poco tiempo tomó como esposa a Curihilpay, hija del líder ayarmaca Tocay Capac; además de su esposa, Cápac Yupanqui tuvo varias concubinas, una de ellas fue Cusi Chimbo, también llamada Mama Micay, quien lo envenenó propiciando que la facción Hanan Cuzco ataque el inticancha encabezados por Inca Roca.