Al igual que otros archivos y servicios de Windows, todas las claves de registro pueden restringirse mediante listas de control de acceso (ACL), dependiendo de los privilegios del usuario, los tokens de seguridad obtenidos por las aplicaciones, o las directivas de seguridad aplicadas por el sistema (estas restricciones pueden ser definidas por el mismo sistema y configuradas por los administradores locales del sistema o por administradores de dominio).