El conflicto de competencias se haría visible con su crisis más aguda: las Alteraciones de Aragón de 1591, en las que Felipe II hizo intervenir al ejército imperial tras la rebeldía del gobierno aragonés al considerar desafuero la detención en el Palacio de la Aljafería, sede de la Inquisición, de Antonio Pérez, antiguo secretario real, que se acogió, en virtud de su ascendencia aragonesa, al Fuero de este reino ante la orden de captura que pesaba sobre él.