El recién nombrado arzobispo llegó a México en la segunda mitad de 1863 y ocupó su lugar en la regencia, pero fue destituido el 17 de noviembre de ese año, fue expulsado por sus diferencias con los franceses respecto a los derechos de la Iglesia, por sus diferencias con Aquiles Bazaine, comandante de las tropas francesas, por la intención de éste de instaurar el programa napoleónico sobre bienes eclesiásticos.