Las primeras elecciones democráticas se celebraron el 1 de junio de 1993, en las que participó Buyoya, pero este obtuvo el 32.3% de los votos, siendo derrotado ante Melchior Ndadaye, candidato del Frente para la Democracia en Burundi (FRODEBU), quién obtuvo el 64.7% de los votos, y cuyas principales promesas radicaban en un gobierno de equilibrio entre hutus y tutsis.