En 1768 dejó de depender de la Capitanía General de Chile, aunque dicha dependencia se limitaba a que desde Santiago designaban a los gobernadores, pero a mediados del siglo los barcos que viajaban de la isla a Valparaíso o Coquimbo pasaron de uno o dos anuales a cero y se reforzaron los vínculos con el Callao,pasa directamente a manos del Virreinato del Perú y se crea el gobierno de Chiloé.Su estatus era similar a las gobernaciones de Valdivia, Valparaíso y Juan Fernández, aunque sin el carácter presidiario.Ese año, Carlos de Beranger fundó San Carlos de Chiloé (hoy Ancud) con la población de Chacao, más los refuerzos traídos del Perú, agregándose la guarnición que ya tenía el archipiélago.El plan era convertir a la gobernación en un «antemural» para prevenir cualquier intento de las potencias enemigas de colonizar el Estrecho de Magallanes, la isla Madre de Dios o hasta las Malvinas de una potencia rival.