En la cripta reposan los restos de las reinas consortes que fueron madres de reyes (exceptuando a Isabel de Borbón, que murió sin dejar sucesor, pero que fue enterrada en la Cripta ya que mostró mucho interés en la construcción de la misma), así como el único rey consorte que ha habido en España desde que existe el monasterio de El Escorial, Francisco de Asís de Borbón, esposo de Isabel II.