Buhari y otros candidatos derrotados, entre ellos Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, líder del secesionismo biafreño de los años 1960, elevaron la acusación de fraude electoral, aunque los observadores internacionales de la Mancomunidad Británica de Naciones no vieron irregularidades que pudieran poner en duda la victoria de Obasanjo.