Emplazada en la parte media del abanico aluvial del río San Juan, formado a partir de su salida por la quebradas de Zonda y Ullum, el relieve de la ciudad es llano cuya pendiente general es de oeste a este-sureste, sin embargo está encerrada por un relieve muy accidentado (montañoso), donde se destacan una serie de serranías pertenecientes al bloque de Precordillera, como las sierras Chica de Zonda y Marquesado al oeste y la de Villicum al noroeste, y al este la de Pie de Palo, que a diferencia de las anteriores, esta pertenece al sistema de Sierras Pampeanas.