Su etimología parece proceder de la unión de las palabras pozo y agua, aunque otras hipótesis mantienen que se trataría de pozo y Yagüe, entendiendo esta última como derivación o contracción medieval de Iacobe, del nombre latino de Iacobus, por lo que se trataría de Santi Yagüe (Santiago), resultando finalmente Pozo de Santiago, en alusión al dueño o constructor del pozo o antiguo poblador del lugar.