Las principales son: el oso andino o uku mari ¨la vicuña y la alpaca ("Tremarctos ornatus") declarado símbolo del Santuario, el quetzal de altura ("Pharomachrus auriceps") y el gallito de las rocas ("Rupicola peruviana") en fauna y la wacanki ("Masdevallia veitchiana") y wiñay wayna ("Epidendrum secundum") palabras en quechua que significan "siempre joven".