Pero en la siguiente década, el Cristal revalidó su categoría de grande obteniendo el tricampeonato durante los años 1994, 1995 y 1996, (siendo el segundo club peruano en alcanzar ese logro y primero durante la era profesional) y en 1997 alcanzó la final de la Copa Libertadores donde perdió ante Cruzeiro Esporte Clube de Brasil.