Antes de partir Gorou le da a su hermano Susumu su rifle, que es un tesoro familiar, y su abuelo Juuzou le da la llave para entrar a su laboratorio secreto.Una vez dentro del laboratorio descubre un avanzado submarino de batalla, dentro de él hay una nota donde le encarga la misión de aprenderse de memoria el manual de funcionamiento del Super Submarino 99 para ayudar a la que será la tripulación del Super Submarino dirigida por el capitán Kizuku Ooyama.