Massoud, que en ese entonces tenía 48 años, fue el blanco de un ataque suicida por dos extremistas árabes, que se cree que tenían fuertes conexiones con Ayman al-Zawahiri y Osama Bin Laden, en Khwaja Bahauddin, provincia de Takhar en el noreste de Afganistán el 9 de septiembre de 2001.