En los libros de obra del templo hay noticias de los trabajos que se iban realizando en los órganos ya fueran de talla o de pintura, así el maestro Pierre realizó el coronamiento del órgano pequeño y Fernando de Carasa las puertas de todos los órganos; Juan de Artega pintó barandillas y tribunas de los órganos y del coro, Villoldo pintó los medianos y su caja, las puertas y el coronamiento del pequeño en el año 1526, Juan Soreda, también en el mismo año, consta que pintó los órganos grandes y nuevamente a los diez años se encargó a Pedro Villanueva la pintura de «las puertas y caja de los órganos grandes».