Nació en el año 1968 como una institución filial de la Universidad Católica Santiago de Guayaquil en la ciudad de Cuenca bajo el nombre de " Instituto de Filosofía de la Universidad Católica Santiago de Guayaquil en Cuenca" y con la autorización de la Santa Sede, sin embargo la inauguración oficial de la institución se llevó a cabo el 2 de mayo de 1969.