Siglos después, la iglesia, salvo la parte superior la torre, se salvó del destrozo bélico que afectó a Villamuriel en 1520, cuando el alcázar contiguo a la misma, usado desde largo tiempo atrás por los obispos palentinos como residencia estival, fue asaltado y destruido en el curso de la levantamiento comunero y rigiendo la prelatura de Pedro Ruiz de la Mota, limosnero particular del emperador Carlos V y por lo tanto enemigo de los comuneros.