Traicionados por virtud de un complot fraguado en tierra y que hubo de estallar a vista misma de las autoridades de Valparaíso, el tres de mayo, Johnston fue apresado, logrando escapar milagrosamente de que lo matase un negro, para ser llevado junto con sus compañeros fieles al Gobierno, al Callao, adonde llegaron el dieciocho de aquel mes.