Entre los más importantes hallazgos realizados en Loltún se encuentran evidencias de asentamientos humanos que datan del Pleistoceno, pinturas rupestres, (incluyendo manos humanas en negativo, rostros, animales y grecas escalonadas), piezas escultóricas y herramientas mayas e incluso osamentas de bisonte, mamut y tigre dientes de sable, que representan evidencia de los cambios climatológicos a los que la zona ha estado sometida.