Las cordilleras forman varios pequeños valles selváticos por los cuales corren caudalosos pero cortos y rápidos cursos fluviales entre los cuales se destacan el Labuk, Kinabatangan, Padas (que atraviesan el centro del territorio) y el Sagama que corre sinuosamente por el este de Sabah, el Kinabatangan es navegable por embarcaciones de gran y medio calado por un trecho de 193 kilómetros.