Tras la caída de los Dark masters, descubren que el enemigo real es Apokarymon, una entidad que es la materialización a nivel físico del resentimiento de todos los digimons extintos por evolucionar de forma inviable y a pesar que esta entidad destruye los emblemas y borra las bases de datos de los niños y digimons, estos se las arreglan para despertar su poder interior y regresar al digimundo para destruir a su adversario y con ello restaurar el equilibrio en ambos mundos.