El género "Inia" a su vez se separó en dos poblaciones hace aproximadamente 2,87 millones de años, debido a la formación de los rápidos Madeira-Marmoré, afluentes principales del sur del Río Amazonas, dando origen a las actuales especies "Inia boliviensis" e "Inia geoffrensis"; esta última con dos subespecies separadas geográficamente dado el levantamiento de la cordillera del Mérida hace 5 - 3,4 millones de años; la especie que para entonces habitaba las cuencas del Amazonas y el Orinoco, quedó separada en dos cuencas que se cree tienen conectividad por el canal del Casiquiare, conectando así, la parte alta del Río Negro (afluente del río Amazonas) con el Orinoco dando lugar a dos subespecies, "Inia geoffrensis geoffrensis" en el Amazonas e "Inia geoffrensis humboldtiana" en el Orinoco.