El clima que se registra en Hecelchakán es clasificado como "Cálido subhúmedo con lluvias en verano", la temperatura media anual es siempre superior a los 26 °C, y la precipitación promedio anual en la mayor parte del territorio municipal va de 1,000 a 1,100 mm, a excepción de su zona costera donde es inferior a los 1,000 mm.