Carlos Salazar Silva, de quien era su secretario privado, lo nombra Secretario General de la institución, cargo desde donde pudo aspirar a la Rectoría, la cual ganó para el periodo 2005-2008 luego de derrotar con 241 por 57 a Gustavo Ceballos Llerenas, (líder del Sindicato de Trabajadores de la Universidad) su único contendiente, después de que el tercer elemento de la terna se pronunciara en favor de Aguayo.