La segunda etapa abarca de 1972 a 1999, y está marcada por dos hechos: la inauguración el 12 de mayo de 1972 de una nueva sede en el ala oeste del Monasterio de San Pelayo y la firma del Convenio, en 1988, sobre Gestión del Archivo de Titularidad Estatal entre el Principado de Asturias y el Ministerio de Cultura.