Hasta el final de la guerra civil, la UES sufrió un período de decadencia, sumado al daño de la infraestructura de la Ciudad Universitaria producido por el terremoto del 10 de octubre de 1986.En el campus central de la UES quedaron destruidas casi en su totalidad las Facultades de Ciencias Económicas, de Odontología y de Química y Farmacia, en tanto que otras cinco resultaron con daños graves, además de la Administración Central.