Alonso de Montúfar nació en la ciudad de Loja, territorio del arzobispado de Granada en el sur de Andalucía, muy probablemente hacia el año de 1489, poco tiempo después de la reconquista, siendo sus padres hidalgos originarios de Castilla quienes fueron beneficiados con tierras para repoblar la región después de la expulsión de los árabes.