Posteriormente, el 10 de marzo de 1881, tras la entrada y ocupación de Lima por parte del ejército chileno durante la Guerra del Pacífico, la tropa chilena comenzó a ocupar diversos recintos culturales, entre ellos la Biblioteca de Lima, lugares desde los cuales se incautaron objetos y bienes científicos y culturales, tales como instrumentos, herramientas, mobiliario y libros con el fin de ser llevados a Chile, por vía marítima.