Días más tarde, fue llamado a rendir indagatoria ante la Corte Suprema de Justicia donde Araújo reconoció que asistió a una reunión con alias ‘Jorge 40’ previa consulta con el alto gobierno, y que su hermano Sergio se reunió varias veces con el ex jefe paramilitar Rodrigo Tovar, por solicitud del gobierno para coadyuvar en la desmovilizacion y desarme, que en efecto se llevó a cabo.