El ejército permanente, constituido esencialmente por los Tercios organizados por Gonzalo Fernández de Córdoba ("el Gran Capitán"); y la marina, desplegada en el Mediterráneo y el Atlántico, absorbieron un porcentaje cada vez mayor del presupuesto (que pasó del 15% al 50%, cifra que aumentará todavía más en los reinados siguientes).