En agradecimiento a su labor de europeización y renovación, Sanz del Río, hombre íntegro y religioso, pero considerado como una amenaza al monopolio docente de la Iglesia católica y hereje recalcitrante, fue expulsado de su cátedra por las fuerzas conservadoras, con duras (aunque jurídicamente inconsistentes) campañas orquestadas por sectarios del "neo-catolicismo", una nueva facción ultra propiciada por la reciente encíclica de Pío IX.