El parque Cueva de los Guácharos protege los biotopos boscosos húmedos subandino, entre 1200-2300 msnm y andino, entre 2300-3800 m de altitud (bioma bosque latifioliado húmedo tropical) y el biotopo páramo húmedo, (bioma praderas y chaparrales montanos tropicales), localizado por encima de los 3500-3800 m.