La altura del territorio regional huanuqueño oscila entre los 250 y 6.632 metros de altitud, siendo los pueblos de menor altitud Tournavista y Yuyapichis (capitales del distrito del mismo nombre, en la provincia de Puerto Inca), en tanto que el pueblo de Yarumayo (capital del distrito de Yarumayo, provincia de Huánuco), está ubicado a 4.100 metros de altitud.