Consta de tres altares principales; el altar mayor en madera roja con ojilla de oro, estilo netamente colonial, tiene en su parte central la imagen de Nuestra Señora de la Merced patrona principal de Santiago de Cali, las joyas que adornan la imagen de la Virgen y el Niño Dios están elaboradas en oro de 18K y con gemas preciosas; el rosario de la Virgen fue un obsequio de su Santidad el Papa Juan Pablo II durante su visita episcopal a la ciudad en julio de 1986.