La principal entidad pública de salud que está presente en la ciudad es el Hospital Regional Docente de Cajamarca, el cual está a cargo del Ministerio de Salud siendo el principal de la región y el de más alta resolución (Nivel III-1), seguido del hospital de Apoyo Materno Infantil Simón Bolívar (Nivel II-1) y el hospital EsSalud de Cajamarca (Nivel II-2), este último regentado por el Seguro Social del Perú.