Las condiciones de seguridad, administrativas y financieras tenían a Santander en los últimos puestos del país, lo que impulsó a Aguilar a renunciar a su curul en 2002 para presentar su nombre a la Gobernación de Santander para las elecciones de octubre de 2003, en las que derrotó al candidato del Partido Liberal, que llevaba una hegemonía de 17 años controlando a la entidad territorial.