Su "Mando Supremo", y el único facultado para disponer de ella, de forma parcial y total, es el Presidente de México, quien ostenta la denominación de "Comandante Supremo de las Fuerzas Armadas"; No obstante su administración esta a cargo del "Almirante Secretario de Marina" y su operatividad del "Jefe del Estado Mayor General de la Armada".