El Al-Ahly repitió el título en 1987, pero no fue hasta los años 2000, cuando volvió a ganar el máximo título continental, en 2001, 2005, 2006 y 2008, todos ellos bajo el mandato del técnico portugués Manuel José, que convirtió a Al-Ahly en el equipo más laureado de África, con seis Ligas de Campeones de la CAF (una más que su rival Zamalek), cuatro Recopas Africanas, cuatro Supercopas y una Copa Afro-Asiática.