Puelo es un apócope del mapudungún "puel-có", significando en dicho idioma "puel" = este y "co" = agua, es decir "agua -del- este" ya que, en efecto aunque el desagüe del lago se produce en el océano Pacífico a través del río también llamado Puelo, las vertientes o nacientes se encuentran, como el lago, al este de las altas cumbres de la cordillera de los Andes.