Ante esto, el comandante de San José, José Manuel Quirós y Blanco, se sublevó a principios de junio, pero la rebelión fue contenida y Quirós exiliado, con lo que el presidente logró consolidar su autoridad sobre los cuarteles al colocar a la cabeza del ejército a hombres de su confianza, como su cuñado el general José María Cañas y luego su hermano José Joaquín Mora Porras, quien inició la modernización del ejército.