Tuvieron varios hijos, conociéndose el nombre de algunas de sus hijas: Guayarmina, bautizada como Margarita Fernández Guanarteme y casada con el conquistador Miguel de Trejo Carvajal, y Catalina Hernández Guanarteme "la Canaria", quien formó parte durante un tiempo del séquito de la infanta María de Aragón y casó hasta tres veces.