El Río de los Ojos es poco susceptible a inundaciones por la pequeñez de su cuenca, normalmente sólo se desborda cuando las aguas del Júcar remontan el río inundando los campos aledaños o cuando se produce una presa de residuos, otro de los problemas que afectan al Río Verde es el alto índice de contaminación, excepto en su nacimiento es un río muy contaminado por desechos agrícolas y sobre todo en el último kilómetro por los vertidos de la empresa Cartonajes Río Verde que han dado lugar a una sanción ambiental.