Unas semanas antes de su muerte, ocurrida el 20 de diciembre de 2002, Eftim III dimitió de su cargo como forma de protesta ante el acercamiento que estaba teniendo lugar entre el gobierno turco y el Patriarcado ecuménico y los preparativos para el ingreso de Turquía en la Unión Europea, algo a lo que él se oponía abiertamente.