Shia LaBeouf nació en Los Ángeles, California, el 11 de junio de 1986, siendo el hijo único de Shayna (nacida Saide), una bailarina que se volvió artista visual y diseñadora de joyería, y de Jeffrey Craig LaBeouf, un veterano de la Guerra de Vietnam que "iba a la deriva" de trabajo en trabajo, personificando a un mimo y un payaso de rodeo en un circo; su abuelo materno, que compartió su primer nombre, fue un comediante que trabajó en el Borscht Belt de las montañas Catskill, y su abuela era una poeta drogadicta beatnik y lesbiana que se asoció con Allen Ginsberg.