Entre los temas doctrinales que presentan mayores diferencias entre los bautistas se encuentran la escatología, la doctrina de la separación del mundo y si asociarse o no con los que están “en el mundo”, la glosolalia, cómo debe ser interpretada la Biblia (hermenéutica), la medida en la que las juntas misioneras deben ser utilizadas para apoyar a los misioneros, la medida en la que los que no son miembros pueden participar en los servicios de la Cena del Señor, qué traducción de la Biblia debe utilizarse en el púlpito y en las clases bíblicas, la naturaleza misma del Evangelio, el papel de la mujer en el matrimonio, diferencias que son por lo general por interpretación inadecuada de la Biblia o son situaciones no doctrinales.