Tanto el Instituto Geográfico Militar (IGM), encargado de reglamentar la toponimia chilena, como el Instituto Nacional de Estadísticas utilizaron la palabra «Aisén» hasta comienzos del siglo XXI, pero en 2010 el IGM decidió utilizar el nombre «Aysén», al igual que «Coyhaique» en lugar de «Coihaique» para la capital regional, que también presenta esta dualidad gráfica.