El avance del dominio federal fue enfrentado militarmente por el Directorio; tras sucesivos fracasos en sus intentos de aplastar las autonomías provinciales, se ordenó al general José de San Martín —que había iniciado la liberación de Chile— "aplastar con las tropas a su mando a las tropas federales y artiguistas", San Martín desobedeció al gobierno central, completando la campaña del sur de Chile e iniciando la campaña que resultaría en la independencia del Perú y de Ecuador.