Tras su muerte, acaecida en Hamburgo el 26 de octubre de 1929, a causa de un infarto, y ante el ascenso al poder del nazismo, Fritz Saxl (joven historiador de arte que había llevado a efecto la organización del Instituto desde 1913), logró, con el apoyo del gobierno británico, trasladar los 60.000 volúmenes que en aquel entonces conformaban la biblioteca de Warburg hasta su actual sede en la Woburn Square de Londres.