No obstante, el 25 de septiembre de 1847, el Congreso del Estado de Jalisco decretó el Plan General de Enseñanza Pública que suprimió tanto la Universidad como el Colegio de San Juan Bautista, y restableció la Junta Directora de Estudios y el Instituto de Ciencias, y además fundaba el Liceo de Varones y el Liceo de Señoritas.