En el contexto educativo superior, la ciudad cuenta con el Instituto Tecnológico José Mario Molina Pasquel y Henríquez Campus Lagos de Moreno, también cuenta con el Centro Universitario de los Lagos de la Universidad de Guadalajara, universidad pública que ha sido el eje educativo y promotor de la cultura de la ciudad desde la década de los ochenta, la Universidad del Valle de Atemajac, así como recientemente los planteles de la UNIVER.