Su matrimonio se caracterizó por los continuos litigios entre los cónyuges, por las huidas de la princesa a las villas mediceas de Poggio a Caiano y de Lappeggi; por los continuos viajes de Cosme por Europa para alejarse de su mujer, y por breves períodos de reconciliación, durante los cuales nacieron tres hijos: Fernando de Médici (1663), Ana María Luisa de Médici (1667) y Juan Gastón de Médici (1671).