Existen dudas respecto a las funciones de las subunidades pequeñas, ya que el sitio catalítico y la zona de unión a la RuBisCO activasa pertenecen a las subunidades grandes, pero las subunidades pequeñas cumplen una función estructural, en el ensamblaje y estabilidad del holoenzima, e indirectamente en la actividad, afectando a la velocidad de carboxilación.