En los siglos siguientes, el Palacio, provisto de un patio interior de dos pisos con arquerías escarzanas, fue mansión de pernocta habitual de los monarcas españoles cuando hacían parada en Vitoria y de otras personalidades de la nobleza, incluso José Bonaparte durante la retirada napoleónica hizo del palacio su corte en Vitoria antes de su huida a Francia.