Desde el CASP6, para el modelamiento de estructuras proteicas, Robetta primero busca la estructura homóloga usando BLAST, PSI-BLAST y 3D-Jury, luego analiza la secuencia objetivo en sus dominios individuales, o independientemente en unidades plegables de proteínas, igualando las secuencias a familias estructurales en la base de datos Pfam.