Pasando por una puesta en la pared norte del primer patio, se entra al principal, el cual está rodeado por el oriente, norte y poniente de nichos, con pasillos en los extremos, los cuales fueron cerrados para contener mas nichos, es a su centro que se aprecian las tumbas de varios personajes, algunas resguarda dadas por estatuas, al centro del mismo se halla la tumba de Ignacio Zaragoza, mientras Benito Juárez y su esposa comparten la tumba más grande ubicada al costado nor-poniente la cual fue realizada por mandato de Porfirio Díaz en un estilo neoclásico, en el lado sur se encuentra la de Ignacio Comonfort colindando con la verja de hierro que da a la calle de San Fernando, al oriente se encuentran un pasillo que da al tercer patio, mismo que debió ser usado como extensión del mismo pero el cierre decretado en 1871 por Juárez dejó inconcluso el mismo, por su lado oriente se tiene la entrada principal a panteón que da a la calle de Héroes.