Luego, en el Apertura 2006, se consagró campeón con Estudiantes, tras derrotar en la final del torneo a Boca Juniors, por 2-1, partido en el cual, además, Pavone anotó el segundo y decisivo gol para el club de La Plata, aprovechando la mala salida del arquero Aldo Bobadilla y definiendo de cabeza.