Poco tiempo después, tuvo que abandonar la empresa conquistadora por cuestiones de salud dejando el mando en manos de su teniente general Sojo y Peñaranda, pero por los presuntos abusos de este último cometidos contra los indígenas, provocó una violenta sublevación y el abandono de la ya citada ciudad de Santiago de Talamanca el 12 de septiembre de mismo año, con lo que quedó de hecho extinguida la tenencia de gobierno homónima y la nueva provincia de Duy y Mexicanos, trayendo como consecuencia su reincorporación nominal a la gobernación de Costa Rica.