En 2011 el club sufrió cambios en la directiva, pasó de ser filial de Monarcas a serlo de Atlante (solo por seis meses), el nombre sufrió una pequeña modificación a "Club de Fútbol Mérida" y entonces fue vendido en junio a Fernando San Román Cervantes, quien estuvo 4 años a cargo de la franquicia.