El gobierno de Sanguinetti intentó dilatar las citaciones a los militares implicados en los hechos denunciados, habilitando que la Justicia Militar (dependiente del Poder Ejecutivo) reivindicara su competencia para entender en éstos, lo que dio lugar a contiendas de competencia entre la Justicia Militar y la común, las que debieron dirimirse ante la Suprema Corte de Justicia.