La Botánica Sistemática trata de averiguar las afinidades que existen entre los diversos tipos de plantas, basándose en los resultados de todas las disciplinas mencionadas previamente, entre las que, al lado de la Morfología, son importantes la Citología, la Anatomía, la Palinología (el estudio de las esporas y del polen), la Embriología (cuyo campo es el estudio de la generación sexual y del embrión), la Fitoquímica (sustancias producidas y contenidas en las plantas), la Genética y la Geobotánica o Fitogeografía.