Ya en época clásica algunas letras desaparecieron del alfabeto; la digamma, que adaptaba la wau fenicia, se utilizaba sólo en algunos dialectos occidentales, y desapareció antes del período clásico; la san, homófona con la sigma, fue desplazada por esta última; la qoppa, una adaptación de la qop fenicia cuyo sonido —una explosiva uvular— no existía en el griego.