Fueron trabajados tres altares: el central continuó dedicado a la Guadalupana, flanqueada por San Joaquín y Santa Ana; el izquierdo dedicado a San Juan Bautista, con sus padres San Zacarías y Santa Isabel; y el derecho que cambió de advocación en 1809, antes con lienzos de Cristo vinculado al Santísimo Sacramento y después dedicado a los jesuitas San Luis Gonzaga, San Estanislao Kostka y San Juan Francisco Regis.