Desde su inauguración hasta el 5 de noviembre de 2018, el tramo completo Aranjuez-El Escorial se denominaba como "C-3", pero como gran parte de los trenes terminaban su recorrido desde Aranjuez en Chamartín, en la última reordenación se desdobló la línea en la "C-3", que hace el recorrido Aranjuez-Chamartín y en "C-3a", que continúa hasta El Escorial, continuando algunos incluso hasta Santa María de la Alameda.