La obra fue publicada en dos partes, ambas separadas en tiempo, título, y contenido: en la primera 1609, en 9 libros de 262 capítulos, se refiere a los hechos de los incas y su civilización; en la segunda, en 8 libros de 268 capítulos, póstumamente publicada en 1617 como "Historia General del Perú", se aboca a la guerra de conquista del Perú y a las guerras civiles fratricidas por los restos del imperio y sus riquezas que surgen entre los conquistadores.