La contaminación de agua es debida a descargas de contaminantes orgánicos a través de aguas negras de los sanitarios, vertimiento de detergentes no biodegradables, vertimiento de aceites lubricantes y combustibles por las aguas de las sentinas de embarcaciones, eventualmente también se vierten desechos inorgánicos sólidos como corcholatas, popotes, colillas de cigarros, envases desechables, bolsas de plástico, etc.