En 1536 llegó al cargo de gobernador y capitán general de las provincias de las Hibueras (la actual Honduras) el adelantado Francisco de Montejo, el cual mostró particular interés en incluir a la provincia de San Miguel en su territorio ya que quería establecer una ruta comercial entre los océanos atlántico y pacífico, este interés de añadirse San Miguel a su territorio tal lo demuestra su carta enviada al rey Carlos V de España desde la villa de gracias a Dios en 1539 donde menciona que la villa de San Miguel de la Frontera fue fundada por Gil González Dávila en 1524 (lo cual es falso).