El 23 de abril de 2009, Rosa Aguilar aceptó el cargo como consejera en el nuevo gobierno de la Junta de Andalucía, presidido por el socialista José Antonio Griñán, sucesor de Manuel Chaves en el gobierno de la Junta, abandonando su militancia en Izquierda Unida y en el ayuntamiento de Córdoba, del que era su primer edil y uniéndose al gobierno como independiente.