Con los años, las distintas hipótesis esgrimidas sobre la identidad del «Discípulo Amado» como alguien distinto a Juan el Apóstol mostraron a su vez sus debilidades, mientras que se edificaron nuevas hipótesis sobre el proceso de redacción del Evangelio que, en la opinión de muchos, enmarcaba el grado de responsabilidad del «Discípulo Amado» en el mismo.