El territorio de la alcaldía mayor era a la vez la jurisdicción municipal de su respectivo cabildo o ayuntamiento (que contaba con 2 alcaldes ordinarios (quienes ejercían como juez de paz -resolvían asuntos de menor cuantía- y de primera instancia -daban sentencia de inocencia o culpabilidad-; eran llamados alcalde de primer voto y alcalde de segundo voto; de ellos el alcalde de primer voto ostentaba el título de teniente de alcalde mayor, por lo que también era juez de segunda instancia -daba apelación en una sentencia ya dada-, lo que también podía hacer el propio alcalde mayor -quién también se hacía cargo de todo lo que concierne a dirigir política y militarmente la alcaldía mayor-), un alférez, de 4 a 8 regidores, un alguacil mayor y otros cargos que se fueron añadiendo posteriormente; a partir del siglo XVII todos los cargos -excepto el de alcaldes ordinarios, que eran designados por el cabildo anterior (asimismo se hacía con los otros cargos del cabildo antes de dicho siglo) sin posibilidad de ser reelegidos hasta 2 años después- serían vendibles, podían ejercese a perpetuidad y ser heredados, a su vez los funcionarios podían renunciar y transferir dichos cargos a otra persona), por lo que está tenía el derecho de nombrar "alcaldes de la santa hermandad" -quienes se encargaban de administrar justicia en las áreas rurales (ya sean pueblos, haciendas, sitios, etc; en donde ejercían la primera instancia - es decir dictando sentencia de inocencia o culpabilidad- únicamente en casos referentes a españoles)- cuya posición podía ser ocupados por los mismos encomenderos, sin embargo a partir de la década de 1580s el rey Felipe II autorizó que varios puestos de los ayuntamientos (incluido el cargo de alcalde de la santa hermandad) fuese dada al mejor postor, por lo que a partir de entonces la posición de alcalde de la santa hermandad sería ocupado mayoritariamente por mercaderes.