En 2003, durante la presidencia de Néstor Kirchner, se inició un proceso de cuestionamiento judicial de la constitucionalidad de los indultos que finalizó en 2010 con un fallo de la Corte Suprema de Justicia confirmando las nulidades de los mismos decididas por los tribunales inferiores y ordenando que los condenados en el Juicio a las Juntas cumplieran las condenas que se les habían impuesto.