Durante diciembre de 2000, cuando la Fiscalía General de la Nación estaba llevando a cabo las investigaciones contra el sargento del Ejército Evangelista Basto Bernal por el atentado contra el presidente de Fenaltrase, Wilson Borja, se hallaron en su casa (la cual fue ubicada gracias a un celular que uno de los sicarios que intentó matar a Borja había dejado en el lugar del atentado) documentos de inteligencia y órdenes codificadas de asesinatos contra determinadas personas, entre estas, dos investigadores de la unidad de derechos humanos del CTI y dos testigos clave en el magnicidio de Gómez Hurtado, quienes componían la investigación sobre la participación de militares en el magnicidio.