Estos momentos de esplendor del monasterio, se vieron eclipsados por sus escasos recursos económicos, hasta tal punto que en 1394 el Cardenal Guillermo, Legado Pontificio en España, anexionó al convento las rentas del monasterio de Santa Tosia (Santa Teodosia) situado cerca de Arauzo de Torre (y no de Santo Domingo de la Calzada, como algunos trabajos afirman), así como a sus monjas, pero esta agregación no solucionó el problema económico.