Durante los siglos siguientes, el devenir de Villayón estuvo estrechamente ligado con el de Navia, siendo ya en el siglo XIX, concretamente durante la revolución septembrina de 1868, cuando gracias al afán constitucionalista y la racionalidad territorial, se procede a la segregación de Villayón de Navia, creándose un ayuntamiento independiente de cinco parroquias, a las que en 1991 se les sumó otra más.