En la Baja Edad Media, ya se nos presenta Villayón como parte integrante del concejo de Navia, siendo su territorio muy disputado entre diferentes poderes obispales, protagonizando la mitra Ovetense y el monasterio de Corias, una disputada pelea con el fin de obtener el control de la zona, llegando este último a dar un préstamo a Murias en su etapa expansionista con el objetivo de ejercer el dominio sobre toda la zona, cosa que ninguna de las dos obispalías consiguió, pasándose el territorio de uno a otro en infinidad de ocasiones hasta que en tiempos del rey Felipe II tiene lugar la famosa desamortización eclesiástica, comprando las gentes del concejo el territorio de Villayón, situación ésta que no aceptaron ninguna de las dos mitras, y que las hizo interponer infinidad de recursos que finalmente no llegaron a buen puerto para ellas, quedando definitivamente el concejo en poder de sus habitantes.