El problema con los terrenos adquiridos, es que estaban cruzados por la quebrada de Zanguña, que bajaba desde el Pichincha y cruzaba detrás de la Catedral, por lo que el hermano Marcos Guerra construyó varios arcos de ladrillo sobre esta, de tal manera que el suelo quedase al mismo nivel y después podrían levantarse sin mayores problemas los edificios del Colegio, la Universidad, la residencia de los Padres, la Casa de los Estudiantes, el Hospital de Ancianos y el Centro Procura de las Misiones del Mainas en el Amazonas.