Calificado como "el más sabio de los antropólogos vascos", y "el patriarca de la cultura vasca", tras el fin de la dictadura su figura fue reconocida, principalmente por el Gobierno Vasco: varios edificios públicos llevan su nombre como el Instituto de Enseñanza Secundaria José Miguel Barandiarán de Lejona (Vizcaya), el Barandiarán Lizeoa de San Sebastián (demolido en 2017 y sustituido por la Urbanización Barandiarán Berri) o la Biblioteca Municipal Joxe Miel Barandiarán de Bermeo, además de un museo en Ataun, su localidad natal, dedicado a su persona y a la cultura y mitología vasca.