La historia de la serie salta de "Quake II" a "Quake 4", debido a que "Quake III" no fue una continuación; se centró en el modo multijugador en línea y el modo para un solo jugador estaba muy limitado, ya que era esencialmente el modo multijugador salvo porque los contrincantes eran "bots" (personajes manejados por el ordenador).