El GPDG está dirigido por un Gran Maestre Nacional, asistido por un Gran Maestro adjunto y asesorado por un Consejo Nacional, formado a su vez por el Diputado Gran Maestro, el Gran Canciller, el Gran Tesorero, el Gran Capellán, tres visitantes nacionales, así como tres cargos de orden que representan los tres ritos del GPDG.