La estructura del Libro II sigue en parte el orden de relevancia que se da a cada bien jurídico que es objeto de protección, comenzando por la tipificación de los delitos contra la vida, luego contra la integridad física y psíquica, la libertad, la libertad e indemnidad sexual, la intimidad e inviolabilidad del domicilio, el honor, las relaciones familiares, el patrimonio y el orden socioeconómico, las relaciones laborales, la ordenación del territorio, el patrimonio histórico, los recursos naturales, la seguridad colectiva y la salud pública, la fiabilidad de la moneda y el tráfico documentario, la administración pública, la administración de justicia, el ordenamiento constitucional y las instituciones del Estado, su defensa y seguridad; terminando con los delitos de genocidio, negacionismo y lesa humanidad, y contra la comunidad internacional.