Su gobierno tiene gran trascendencia tanto política como religiosa al haber modernizado Mongolia con una serie de reformas y al convertirse al budismo tibetano (aunque no fue el primero, pues ya antes que él Kublai Kan se había convertido antes al lamaísmo, aunque en la escuela sakia), sin embargo es el apoyo de Altan Kan al budismo tibetano las que lo convirtieron en la religión tradicional de Mongolia y otras regiones pobladas mayoritariamente por pueblos mongoles, así como su cercanía con el dalái lama de aquel entonces, otorgándole gran poder político a dicho líder religioso que se mantuvo hasta la invasión china de 1950.