En el camino, el refugio 13 y Arroyo son atacados por el Enclave, el sucesor del Gobierno de los Estados Unidos, los del Enclave capturan algunos tribales y habitantes del refugio 13 para probar un virus en ellos y ver qué efecto tiene, pero el jugador (llamado ahora el Elegido) logra destruir su base, y al final los supervivientes usan el G.E.C.K.