Los parientes más estrechos de "Thuja" son "Thujopsis dolabrata", diferenciado por su espeso follaje y sus conos más robustos, y "Tetraclinis articulata" (anteriormente clasificado en el género y por la cual se recibe el nombre de "Thuja"), distintiva en su follaje cuadrangular (no aplanado) y conos con cuatro escamas maderosas y gruesas.