En Zestoa se desecha la posibilidad de crear un partido de estructura federalista o una confederación de organizaciones regionales/municipales y así, la Asamblea Nacional de Zestoa define al PNV como "un único partido político, estructurado en organizaciones municipales, territoriales y nacional"., creándose la "Asamblea General" (similar a los "Congresos" que celebran otros partidos) y la "Comisión Nacional de Garantías y Control", cuya función es la de mediación, garantía de derechos de la afiliación; y el control de los procesos electorales internos.