El padre Guillén dio aviso al virrey del alzamiento indígena y ordenó a todos los misioneros concentrarse en la Misión de Loreto para salvaguardar su vida, el capitán Esteban Rodríguez Lorenzo decidió concentrar las escasas fuerzas con que contaba en la misión de San Ignacio en previsión de un levantamiento de los cochimíes.