El territorio del municipio está surcado por dos ríos principales: el Suárez y el Chiquinquirá; El río Suárez nace en la laguna de Fúquene en el límite entre Boyacá y Cundinamarca; atraviesa el municipio de San Miguel de Sema, el valle de Chiquinquirá en donde recibe el río del mismo nombre, el municipio de Saboyá, penetrando luego en territorio del departamento de Santander, para desembocar en el río Chicamocha, que a su vez desemboca en el Magdalena.