Al confirmarse este caso de dopaje (pese a la negativa del corredor), el 25 de abril de 2005 fue sancionado con una suspensión de dos años (sanción habitual en los casos de dopaje), La Operación Puerto revelaría después (en la primavera de 2006) que en 2004 Hamilton seguía una planificación de medicamentos y transfusiones (prácticas prohibidas al ser dopaje) dirigida por Eufemiano Fuentes, de quien también era cliente Santi Pérez.