Pero sucedió que el Ecuador entró en un período de anarquía política, ante el inicio de una guerra civil en la que se establecieron cuatro gobiernos provisorios: un triunvirato en Quito, presidido por Gabriel García Moreno, una jefatura suprema en Guayaquil, al mando de Guillermo Franco y que dominaba toda la costa, un gobierno títere de Franco en Cuenca y un gobierno federal en la provincia de Loja, al mando de Manuel Carrión, por lo que el Estado ecuatoriano no tenía un gobierno legítimo.