La hidrografía de Río Grande del Sur puede ser clasificada en tres grandes regiones: La cuenca del río Uruguay, que tiene como afluente principal al río Uruguay; la Cuenca del Guaíba (donde los afluentes desembocan en el río Guaíba); y la Cuenca del Litoral (cuyas aguas desembocan en la Laguna de los Patos, en la Laguna Merín o simplemente en el océano Atlántico).