La historia se divide en dos secciones, una titulada «Hyrule Under Fire», en la que se relata la Guerra Civil de Hyrule, y la manera en que el padre de Link intenta detener a los detractores causantes de la revuelta interna dentro del reino así como la muerte que sufre al realizar dicha tarea; en tanto que la segunda parte se titula «Escape to the Kokiri», en ella se narra cómo es que la madre del pequeño héroe lo deja bajo los cuidados de la raza Kokiri; a su vez, la trama termina cuando Link despierta de la pesadilla que tuvo sobre el jinete y la princesa, es decir, al inicio del juego.