Nicolás de Ovando quién no contento con la aniquilación, se percató que faltaba Anacaona por ser asesinada y sometiéndosele a un proceso, en el que no hubo mas pruebas que las declaraciones prestadas en el tormento por sus súbditos, ni otros testigos más que los españoles la condenó a muerte y fue ahorcada en 1504, a la vista de todo el pueblo a quien tanto había amado y protegido.