A pesar de la eliminación en el torneo internacional, el equipo a nivel nacional se recuperó y logró ganar la segunda etapa del Campeonato de Clausura 2018, así como la tabla general, lo que le permitió acceder a la final, que disputó con el Club Sport Herediano, al que derrotó en la tanda de penales 4-3 después de que los dos partidos de la final quedaran empatados (1-1 y 0-0), logrando el conjunto saprissista el campeonato número 34 en su historia.