En Tokio, después de derrotar a todos los kaijus alrededor del mundo, Godzilla descubre que un cuerpo celeste enviado por los Xillian para detenerlo se estrellará contra Tokio, por lo que usando todo su poder dispara hacia el espacio desacelerándolo lo suficiente para evitar una destrucción a gran escala; sin embargo el objeto resulta ser el Monstruo X, la más poderosa creación Xillian, quien no solo resulta ileso del disparo, sino también supera por mucho la fuerza del Kaiju con quien inicia una batalla que domina fácilmente; mientras Mothra, quien es invocada por las Shobijin para proteger el mundo, combate a un nuevo Gigan mucho más poderoso liberado por los Xillian.