Como el resto de ciudades mayas, Uaxactún fue abandonada a finales del siglo VIII por razones que han permanecido largo tiempo en el misterio, habiéndose postulado desde invasiones extranjeras hasta motivaciones derivadas de su religión y mitología, pasando por otras bastante más fantasiosas; si bien al parecer recientemente se han encontrado pruebas geológicas de que la causa del declive de la civilización maya fue una brutal sequía.