Tras la caída del Reino nazarí de Granada y su respectiva toma por parte de los Reyes Católicos en el 1492, se llevaron a cabo una serie de políticas para establecer el orden en las zonas fronterizas con dicho reino, por lo que Juana I de Castilla, hija de los Reyes Católicos, llevó a cabo dicha política creando así poblaciones y repoblando dichas zonas fronterizas del Concejo de Jaén, así es como Los Villares fue fundado el 17 de marzo de 1508, por real orden de Doña Juana I de Castilla.