Pese a la fidelidad al rey, demostrada en sus nobles intenciones y demandando de este que reinase en la Nueva Granada o por medio de un representante elegido por voto libre, las cosas comenzaron de otra forma: la independencia de Cartagena de Indias (11 de noviembre de 1811) puso de manifiesto la falta de una forma de gobierno claro en el territorio granadino, degenerándose en la guerra entre centralistas y federalistas.