Debido al terremoto de Tehuacán de 1999 que causó graves daños al recinto, la administración central ubicó en nuevas instalaciones a diversas dependencias que albergaba este edificio, entre ellas al AH.En octubre de 2002 el rector en turno inauguró el nuevo edificio que alberga al archivo, ubicado en la avenida Reforma 531 del centro de la ciudad de Puebla.