Ajuriaguerra participó en la organización de varios "Aberri Eguna" y en las huelgas impulsadas por el Gobierno Vasco en el exilio, que sacudieron el País Vasco en 1947 y 1951, y después de estos incidentes y las presiones del régimen franquista, el Gobierno francés confiscó las oficinas del Gobierno Vasco en París, actual Instituto Cervantes de París.