Saprissa vuelve a retomar el protagonismo a finales de los 80's obtuvo el bicampeonato en 1988 y 1989; y para la década de los 90's ganaron siete títulos (internacionales y nacionales): ganó la Copa de Campeones de Concacaf en dos ocasiones en 1993 y 1995, Grandes de Centroamérica en 1998 y 4 campeonatos nacionales en las temporadas 1993-94, 1994-95, 1997-98 y 1998-99.