El Torneo Apertura 2009 fue un declive para el club, pues iniciaron con dos derrotas ante Toluca y Tigres, por lo que Ramírez fue dimitido del equipo brevemente, y lo sustituyó Raúl Arias en el partido contra Estudiantes Tecos, más al regreso de Ramírez, San Luis venció 4-0 y se dio su salida definitiva, por lo que Arias se quedó con la dirección técnica, sin embargo después de una derrota contra Morelia (3-1), concluyó su salida.