Consecuentemente y siendo todavía diputado por San José, Luis Eduardo Pérez fue nombrado vicepresidente del Primer Congreso Patrio celebrado el 14 de junio de 1825 en la villa de Florida, en el cual se hizo la declaratoria unánime por la independencia de la Provincia Oriental con respecto al Imperio brasileño, así como su reincorporación a las Provincias Unidas del Río de la Plata, por lo cual como vicepresidente firmó el acta el día 25 de agosto.