La crisis institucional se tradujo en una caída en el rendimiento futbolístico del equipo, que terminó noveno de la tabla de posiciones del campeonato nacional de 1985 y octavo en el campeonato nacional de 1986, debido a la desmantelación del plantel, ya que figuras como Martín «Tincho» Gálvez, Carlos «Búfalo» Poblete, Mariano Puyol, Luis Mosquera y Luis Rodríguez fueron transferidos al fútbol mexicano, principalmente para pagar las deudas del club.