Por un lado no podía oponerse a la ejecución del fallo de los tribunales de la República y, al mismo tiempo, comprendiendo que la situación favorecería a sus opositores que buscaban cualquier excusa para alzarse contra su gobierno, pidió, mediante su ministro Antonio Varas, a los eclesiásticos miembros del tribunal y al sacristán retirasen su querella contra el deán.