Tras una serie de escándalos de corrupción que empañaron a sus expresidentes Miguel Ángel Rodríguez y Rafael Ángel Calderón Fournier (este último líder histórico del partido) y la impopularidad de la administración Abel Pacheco, el partido sufrió una dura derrota en las elecciones del 2006 (su candidato obtuvo 3% de los votos) y muchos de sus miembros destacados desertaron a otros partidos como Víctor Morales Mora y Gloria Valerín al PAC y la Asociación Nacional de Fomento Económico (Think tank de pensamiento liberal dentro del PUSC) al Movimiento Libertario.