A diferencia del campesinado que había formado su ejército, que terminó siendo mayormente indultado tras feroces represalias contra sus líderes, el veredicto para Pugachov fue el de una muerte cruel en la que se le arrancarían las vísceras, pero finalmente la zarina Catalina ordenó que fuera una "muerte rápida" y fue decapitado públicamente en Moscú el 10 de enero de 1775.