En cuanto a los cambios teológicos, Lira afirmó que la teología escolástica de Tomás de Aquino fue casi totalmente abandonada por el Concilio, y que éste dio paso a nuevas teologías evolutivas y cada vez más avanzadas, especialmente de la mano de la teología de la liberación y la teología de la muerte de Dios, lo que se alejaba de la fe tradicional y de la ortodoxia católica.