Tras esto, tomó Cuzco, donde sus soldados (que eran todos de etnias norteñas pastos, caranquis y cayambes) extrajeron la momia del gran Túpac Yupanqui y la quemaron en la plaza cusqueña, desgraciando con su acción la posible unión de los Incas contra el enemigo principal del imperio: Los españoles.