Únicamente Allende trató de oponer algún tipo de resistencia, pero en el intercambio de fuego resultó muerto su hijo Indalecio Allende; ante esto, él mismo se rindió y junto con Miguel Hidalgo, Juan Aldama, Mariano Abasolo, Mariano Jiménez y muchos otros, fueron conducidos primero al antiguo presidio de la población y luego enviados a Chihuahua, donde serían juzgados y posteriormente fusilados.