Otro factor que también favorece al clima de Manta es la orografía irregular en donde se asienta la ciudad, ya que Manta no está ubicada en un suelo plano y a nivel del mar como erróneamente se cree y se difunde en muchas páginas de internet y en ciertos servicios turísticos, al contrario, la ciudad está asentada en una especie de altiplanicie cuya altura oscila entre los 12 y 120 m.s.n.m., en donde la zona más alta es la parte sur de la ciudad con una altura entre los 60 y 120 m.s.n.m., en segundo lugar la mayor parte de la ciudad se sitúa entre los 25 a 60 m.s.n.m., y en tercer lugar el perfil costanero con una altura de entre 7 y 15 m.s.n.m.