Nathalie Quezada ha jugado por la Selección de fútbol femenino de Chile y la Selección de fútbol femenino sub 20 de Chile, totalizando cuatro campeonatos sudamericanos en los que ha participado: Sudamericano Femenino Sub-20 y Campeonato Sudamericano Adulto, ambos en 2006, y el Campeonato Sudamericano Femenino Sub-20 de 2008 y la Copa Mundial Femenina de Fútbol Sub-20 de 2008.