Sin embargo la joya de la catedral es su grandioso órgano construido en París por el fabricante Aristide Cavaillie-Coll (1811-1899) y aunque en los archivos de la catedral no se señala en que fecha se adquirió este maravilloso instrumento musical, información periodística de la época indica que el día 17 de mayo de 1899 el órgano fue tocado por primera vez, deleitando a la sociedad católica del puerto.