Por su situación geográfica la hidrografía de Soto la Marina es muy amplia, destacando grandes lagunas litorales la principal de las cuales es la Laguna Madre y esteros, existen además otras muchas lagunas entre las que destacan la Laguna Bayuco de Oro y la Laguna Morelos, la principal corriente es el río Soto la Marina que desemboca en el Golfo de México, existiendo además numerosos arroyos que descienden desde las serranías y desembocan ya sea en las lagunas litorales o en el Golfo de México y de los cuales existen tanto permanentes como intermitentes.