Estudios realizados en el área coinciden en que la recarga de los acuíferos en la región de los Lípez es actualmente muy débil o casi inexistente Según Chaffaut, la recarga de esos acuíferos pudo haberse producido en un periodo comprendido entre algunos cientos y varios miles de años, en que las condiciones climáticas eran diferentes a las actuales; estudios realizados han confirmado que la contribución de las aguas de precipitaciones recientes a los flujos de agua que recorren por la superficie de las cuencas es baja, por lo general menor al 10 por ciento.