Fue elegido presidente en mayo de 1989, mediante una Alianza de Partidos Políticos de Oposición (ADOC) con el 62,5% de los votos contra el 24,9% del candidato del Partido Revolucionario Democrático (PRD) que estaba amparado bajo el dictador Manuel Noriega, quien se negó a reconocer su derrota, y mandó a reprimir a Endara y al Segundo Vicepresidente electo Guillermo Ford cuando éstos andaban en una caravana proclamando su triunfo.