El 20 de septiembre de 2012, y tras casi 9 meses, Vargas convierte sus primeros goles desde su llegada al equipo "napolitano", convirtiéndole una tripleta al AIK Estocolmo por la UEFA Europa League 2012/13, dándole el triunfo por 4-0 al Napoli, y siendo reemplazado en el minuto 79.