No obstante, si se da un EJC en un punto de la secuencia más allá ("downstream") del codón "sin sentido" (también llamado de parada o terminación), entonces este EJC aún permanecerá unido al ARNm cuando el ribosoma llegue al codón de terminación, y de ese modo servirá para desencadenar la NMD, ya que los factores proteicos implicados en esta función identifican la presencia de un EJC "corriente abajo" como un problema, de modo que el ARNm erróneo se degrada, por ejemplo mediante el exosoma.