Al fondo, en el lateral sudeste de la edificación, se encuentra un segundo patio, denominado Patio de las Flores, el cual es el original de una de las casas que se readaptaron para convento, uno de los lados está formado por el muro de cierre con la calle, los otros tres presentan galerías de arcos de medio punto sobre pilares enfoscados y enjabelgados en la planta baja, y en la planta superior una terraza en forma de L.