Sin embargo, las circunstancias exactas en que murió Jones han sido fuente de muchas sospechas, y existen todo tipo de teorías conspirativas que afirman que su muerte fue un homicidio y las circunstancias de ello, desde ajustes de cuentas con narcotraficantes a los que Jones debía dinero, hasta un asesinato organizado por parte de mafiosos del mundo de la música que veían a Jones como un peligro ya que, al ser expulsado de The Rolling Stones, fue haciendo proposiciones a algunos músicos importantes de la talla de John Lennon y Jimi Hendrix, para formar un grupo con él, lo que hubiera provocado la ruptura de varios contratos, además de multitud de problemas legales.