Tras la batalla de Villalar (23 de abril de 1521), en la que fueron derrotados los comuneros, se le encargó el proceso contra los caudillos de la revuelta a quienes mandó ejecutar inmediatamente; no fueron ejecutados el caudillo salmantino Pedro Maldonado que, a pesar de su parentesco con el Duque de Benavente sería ejecutado al año siguiente y, por su estado sacerdotal, el obispo Antonio de Acuña que finalmente fue ejecutado en 1526.