El gobierno de Porfirio Díaz decidió terminar con aquella situación, resolviendo combatir a los mayas rebeldes y para lograrlo estableció definitivamente los límites con Honduras Británica en el Río Hondo, de acuerdo a un tratado firmado en 1893, además separó del estado de Yucatán el nuevo Territorio Federal de Quintana Roo y envió al ejército a combatir a los mayas.