Después de su participación en los Juegos Olímpicos de Sídney 2000 continuo siendo parte de la Selección de fútbol de Chile disputando nuevamente los partidos de las Eliminatorias Sudamericanas 2002 donde su equipo finalizaría último y después las Eliminatorias Sudamericanas 2006 donde nuevamente no lograrían la clasificación al mundial, además durante el proceso para la Copa Mundial de Fútbol de 2006 se auto marginaría de la "Roja" debido a las indisciplinas de algunos jugadores como Mauricio Pinilla o Jorge Acuña y al poco profesionalismo que existía en ese entonces, siendo su último partido un empate a cero goles frente a Ecuador en Santiago.