Ehret además considera que hipotético el proto-nilo-sahariano es una lengua tonal y reconstruye tres tonos, Bender considera que aunque no se puede descartar que el proto-nilo-sahariano fuera una lengua tonal la evidencia de las lenguas actuales es demasiado irregular y complicada para atreverse a reconstruir el sisema tonal o descartar su presencia.