Aunque la derrota de la escuadra española junto al cabo de San Vicente el 14 de febrero de 1797 y la conquista inglesa de la isla Trinidad fue compensada por la defensa de Cádiz, Puerto Rico y Tenerife, las intrigas contra el favorito, atizadas por el propio Directorio, que abrió negociaciones de paz con Inglaterra sin contar con España dieron su fruto y Godoy tuvo que retirarse como primer secretario de Despacho el 28 de marzo de 1798.