Los caracteres que los Gunnerales comparten con el núcleo de las eudicotiledóneas son: cianogénesis vía fenilalanina, vías metabólicas de la isoleucina o valina, presencia de la secuencia de ADN PI-dB motif, y es común que sufran una pequeña deleción en la secuencia de ADN ribosomal 18S.