En el interior se construyeron varias dependencias palaciegas, como las caballerizas, los llamados “cuarto viejo”, con portadas góticas, y “cuarto nuevo”, donde se localiza el escudo de don Juan de Zúñiga, y el patio al que dan ambas estancias, del que se conservan dos alas, ambas porticadas con columnas toscanas La última fase constructiva corresponde a mediados del siglo XVII, justo antes de la guerra con Portugal, en la que la muralla se refuerza exteriormente con cinco grandes baluartes, dos en diamante y tres triangulares, construidos con mampostería y con el objetivo de ampliar la superficie amurallada y facilitar la defensa.