La causa o causas del síndrome no se comprenden bien, aunque muchas autoridades en la materia atribuyen el problema a factores bióticos, como una pandemia de ácaros "Varroa" que transmite a las abejas el virus de las alas deformes, o a otras enfermedades de las abejas, incluyendo la "Nosema apis" o el virus de parálisis aguda de Israel.