Aunque Php-nuke cuenta con algunas herramientas de seguridad como bloqueo de usuarios, bloqueo de IPs y restricciones de acceso, son conocidos sus fallas en la seguridad, como inyecciones en la base de datos, ataques de robots que colocan múltiples mensajes en las noticias, foros y encuestas con enlaces a sitios de venta de artículos sexuales, lo que puede llevar a colapsar al sitio mismo y, aunque dichos ataques se evitan bloqueando la opción de colocar comentarios en los módulos de noticias y encuestas y deshabilitando el foro Phpbb, ha desanimado a muchos usuarios y desarrolladores a utilizarlo.