El nacimiento del nuevo país, no esta exento de problemas pues debe afrontar la decisión de varios procesos de referéndum en los territorios de Abiya, Montes Nuba y Montes Nuba, que aun están bajo control de Jartum y plantean si deciden estar unidos con Sudan o vincularse al nuevo estado, así como de disputas con éste último en materia de recursos naturales como el petróleo, vitales para su desarrollo económico y que están en riesgo de un nuevo conflicto (de carácter limítrofe con su vecino al norte), ya que estos fueron disputados en las guerras civiles recientes en las regiones sudanesas de Darfur y Kordofan del Sur.