La ópera nunca estrenada "Le valet de ferme" (El gañán), el poema sinfónico "Redención", dos "Misas" y varias piezas de inspiración religiosa, entre ellas el famoso "Panis angelicus", pertenecen a una etapa cuya cima, las "Seis piezas para órgano" de 1862, supone el comienzo de su reconocimiento fuera de los muros de Sainte-Clotilde, la iglesia de cuyo órgano Cavaillé-Coll sería titular hasta su muerte.