De este período son también los conventos de San Francisco (siglo ), posterior fuerte fusilero y que alberga el panteón de los Mendoza, realizado a imagen del panteón de los Reyes del monasterio de El Escorial; de la Piedad, antes palacio de Antonio de Mendoza (siglo ); de San José, o de las Carmelitas de Abajo (siglo ), y el del Carmen (siglo ).