Probablemente, cuatro mecanismos principales sean los que gobiernen la evolución de este grupo de genes: (1) cambios en la expresión de los genes Hox, por ejemplo causados por una alteración en la secuencia reguladora de los mismos genes Hox, (2) cambios en la regulación de los genes blanco de Hox sin cambios en la expresión de los genes Hox, por ejemplo debidos a un cambio en la secuencia de un gen que antes no era blanco de Hox y tras el cambio se convierte en un blanco de éste, (3) cambios en la función de las proteínas Hox a través de cambios en las secuencias codificantes de dichas proteínas, y (4) cambios en la regulación postranscripcional de los genes Hox, los cuales alteran la función de las proteínas codificadas por estos genes.