Eschenmoser es miembro de la Academia alemana de las ciencias naturales Leopoldina (Halle), Academia Europea (Reino Unido) y la Academia Pontificia de las Ciencias (Vaticano), miembro extranjero de la Academia Americana de las Artes y las Ciencias (Boston), la Academia Nacional de Ciencias (Washington), la Royal Society (Reino Unido), la Academia de Ciencias de Göttingen, la Academia Croata de las Ciencias y las Artes (Zagreb), la Orden pour le Mérito Wissenschaften und für Künste (Berlín), y el Österreichisches Ehrenzeichen für Wissenschaft und Kunst (Viena), es miembro honorario de la Real Sociedad de Química (Londres), Österreichischer Chemiker Gesellschaft (Viena), y la Sociedad Farmacéutica de Japón.