A partir de 1801 y tras la invasión de las Misiones Orientales por parte de los bandeirantes, Yapeyú no sólo perdió sus distritos al este del río Uruguay sino que padeció las continuos ataques portugueses y luego brasileños, de este modo tras las derrotas sufridas por Andrés Guazurary y José Gervasio Artigas la ciudad de Yapeyú quedó reducida a ruinas después de ser saqueada y arrasada por los luso brasileños durante la invasión que se prolongó entre 1816 y 1821, la principal desvastación la llevaron a cabo las tropas al mando del coronel Chagas en 1817.