La Proclamación se aplicó solo a los esclavos en tierras controladas por los confederados; no se aplicaba a aquellos en los cuatro estados esclavistas que no estaban en rebelión (Kentucky, Maryland, Delaware y Missouri, que no estaban nombrados), ni a Tennessee (no nombrado pero ocupado por tropas de la Unión desde 1862) ni a la Louisiana inferior (también bajo ocupación), y específicamente excluyó los condados de Virginia que pronto formarían el estado de Virginia Occidental.