A partir de esta época dos poderosas familias, los Benavides y los Carvajales se enfrentan entre sí en lo que se puede denominar "guerra civil baezana", cuyo fin estuvo determinado por la actuación decisiva de Isabel la Católica, que para prevenir nuevas pugnas mandó demoler el imponente Alcázar de la ciudad, sito en el cerro homónimo.