El gobierno del presidente Santiago González había fundado en 1874 las Universidades de Occidente y de Oriente, con sus respectivas sedes en las ciudades de Santa Ana y San Miguel.Pero con la decisión del gobierno del presidente Rafael Zaldívar de suprimir estas dos universidades públicas en 1885,la UES volvió a ser hasta 1965 la única institución de estudios superiores del país y la que concentraba la mayor parte de la comunidad intelectual de El Salvador.