Durante una de las reuniones de esta sociedad que él precedía hizo algunas críticas al gobierno de O'Higgins que no cayeron muy bien en el propio director supremo al enterarse, y sumado al ambiente despótico y de desconfianza que había en el gobierno contra los opositores, Blanco Encalada sería considerado como un conspirador por lo que fue arrestado y se le sometió a un proceso del que finalmente salió absuelto de todo cargo, aunque no volvió a ocupar su puesto de comandante general de armas.