Las juntas de usuarios de agua se enfrentan a varios desafíos: (i) la presión creciente de los recursos hídricos debido a las demandas en pugna, (ii) la infraestructura de riego en deterioro, (iii) la falta de sostenibilidad financiera, (iv) la carencia de capacidad técnica para el manejo del riego y (v) el papel ambiguo de las juntas, de las comisiones y de los comités entre sí y con el Gobierno.