Lo cierto es que, desde el comienzo el edificio se quedó pequeño, y aunque la instalación completa tenía una extensión de 600 metros cuadrados, Américo Vespucio, cuando fue nombrado piloto mayor en 1508, tuvo que dar clases en su domicilio particular y cuando se creó en la institución la cátedra de Cosmografía tuvo que asignarse como aula la capilla.