Así mismo el partido verde se ha convertido en el principal instituto político acreedor de quejas y denuncias por desacato a la autoridad electoral y violación a la ley; en cinco meses el partido verde acumuló 27 quejas electorales por violación a la ley electoral y financiamiento ilegal, veinte fueron promovidas por distintos partidos, cuatro desde el poder legislativos y dos quejas ciudadanas, con lo que ha acaparado las denuncias en el proceso electoral, y derivado de las elecciones de 2012, el partido ha sido multado por 194 millones de pesos, la multa más grande contra un partido desde el caso Pemexgate.