El nuevo milenio marcó un contraste para el América, aunque el equipo logró 4 títulos (2000, 2001, 2002-I, 2008-II), 1 subtítulo (2008-I) y destacadas participaciones en torneos internacionales (Copa Libertadores 2003), la institución entró en una profunda crisis económica, debido en gran parte a las restricciones de la Lista Clinton, lo que tuvo repercusiones en lo deportivo (provocando que América haya estado cerca del descenso en 2007 y en 2010 y finalmente desciende en 2011), así como en lo administrativo pues se vio impedida para manejar cuentas bancarias así como para negociar el patrocinio de su indumentaria con diferentes empresas privadas.