La II Asamblea General se realizaría en octubre de 1990 y en ella se decide la creación del cargo de "coordinador general", que recaería en Martín Landa, independiente, y se apuesta por una línea de trabajo para recuperar la "hermandad histórica entre las comunidades de Navarra y País Vasco", aunque se decide que IUN-NEB no apoyaría "ningún planteamiento de integración de Navarra en la Comunidad Autónoma del País Vasco a través del vigente Estatuto de Autonomía".