Wiens "et al." (2005) consideran a Proteidae como el grupo hermano de un clado compuesto por Salamandridae, Ambystomatidae y Dicamptodontidae, mientras que Frost "et al." (2006) lo posicionaron en un clado junto a Sirenidae, siendo esta postura rechazada por Zhang & Wake (2009), los cuales establecieron a Proteidae como el grupo hermano del clado conformado por Rhyacotritonidae, Amphiumidae y Plethodontidae.