De igual modo se debe resaltar que la eficiencia del proceso viene acompañado de estrategias previas a la acción del analizador, por ejemplo para el caso de la secuenciación del genoma de "Crassostrea gigas", se necesita de un método que realice el ordenamiento nucleotídico con fragmentos cortos de pares de bases, puesto que de lo contrario el ensamblaje va a ser inadecuado debido a los altos niveles de polimorfismo y la abundancia de secuencias repetitivas.