El juicio se inició el 24 de septiembre de 2001, ante el Tribunal Oral Federal nº 3, integrado por los jueces Gerardo Larrambebere, Miguel Pons y Guillermo Gordo, con la presencia de un observador de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), exigida por Memoria Activa, a raíz de las sospechas planteadas por esa organización contra el Estado argentino.