Cuando su hermano mayor, el Emperador Go-Kōmyō murió el 5 de enero de 1655, el Príncipe Nagahito se convirtió en el Emperador Go-Sai como una medida temporal, hasta que su hermano menor, el Príncipe Imperial Satohito (識仁親王), quien había sido adoptado por su hermano mayor, el Emperador Go-Kōmyō, podría volverse lo suficiente mayor.