Entre ellos destacan el Museo de Bordados, con ropas litúrgicas de entre los siglos XVI y XIX; el Museo de Libros Miniados, donde se exhiben libros realizados en el monasterio entre los siglos XIV y XIX; y el Museo de Esculturas y Pinturas, que cuenta con obras de Goya, el Greco, Zurbarán, Hanequin de Bruselas y Egas Cueman, entre otros.