Pero cuando el complejo se convirtió en sede de la Junta Militar encabezada por el general Augusto Pinochet, muchas de las obras fueron retiradas y algunas se perdieron, como las de José Balmes, Mario Carreño, Guillermo Núñez, Mario Toral, Eduardo Vilches; desapareció asimismo un mural de dos metros de alto y siete de ancho hecho por las bordadoras de Isla Negra.