Muy reluctante a las demandas de autodeterminación para la ex-colonia portuguesa, anexionada por Indonesia en 1976, Howard mantuvo unas cordiales relaciones con el régimen del presidente Suharto, pero su dimisión forzada en 1998 y el inmediato deterioro de las condiciones en la isla, de la que empezaron a llegar refugiados que huían de la campaña de terror desatada por las milicias proindonesias, le obligaron, primero, a aceptar la ilegalidad de la ocupación indonesia y el derecho a la independencia del territorio, y, segundo, a asumir responsabilidades frente a un foco de inseguridad y desestabilización regional de alcance impredecible.