Al momento de la llegada de los colonizadores españoles a Chile, el espacio que actualmente ocupa la Región de Aysén se encontraba poblado por tehuelches (también llamados "aonikenk"), kawésqar ("alacalufes") y chonos, quienes habitaban principalmente los canales y la vertiente oriental de la Cordillera de los Andes, manteniendo asentamientos prehispánicos nómades o semi-nómades.