De 1789 data el inicio de las obras que supondrán la total reconstrucción del tercio inferior del templo, con la erección de la nueva fachada (de corte neoclásico) articulada en tres calles y tres cuerpos y las dos torres gemelas rematadas por cúpulas gallonadas según la traza dispuesta por Manuel Echanove, al tiempo que se acometen otras reformas para la renovación interior del espacio eclesial.