La Junta Rectora del Parque natural del Estrecho está formada según lo dispuesto en la Ley 2/1989, de 18 de julio y el Decreto 239/1997 de 15 de octubre por 47 miembros entre los que se encuentran los delegados de la Junta en Cádiz, subdelegado en el Campo de Gibraltar, delegado provincial de la Consejería de Medio Ambiente, representantes de diferentes consejerías, de los grupos parlamentarios de Andalucía, de los ayuntamientos de Algeciras y Tarifa, de la Diputación de Cádiz, de la Universidad de Cádiz y de diversas organizaciones de la región.