La pérdida de la nao almiranta y el hecho de no haber podido encontrar las islas Salomón provocaron un creciente descontento entre los expedicionarios, que derivó en un motín, lo que fue seguido por la hostilidad de los nativos y por una epidemia de malaria que causó la muerte de varios españoles, entre ellos el mismo Mendaña, el 18 de octubre de 1595.