Ese mismo año fundó en las cercanías de la costa del Pacífico la efímera ciudad del Espíritu Santo (1574), para lo cual despobló la de Aranjuez fundada por Afán de Ribera, y trasladó la ciudad de Cartago del sitio de Matarredonda, en la confluencia de los ríos Tiribí y Damas, a su actual asiento en el Valle del Guarco.