La insatisfacción de la Luftwaffe con respecto a las capacidades del Ju 86D a tenor de la experiencia obtenida de su uso operacional en España, a donde fueron enviados cinco ejemplares, llevó a la construcción del más fiable Ju 86E-1 con motores radiales BMW 132F, y del Ju 86E-2, con BMW 132N; las mejoras introducidas durante la fabricación motivaron la redesignación de los 40 últimos Ju 86E como Ju 86G-1, con morros redondeados y acristalados; la producción finalizó en 1938.