Entre las desventajas que tiene la investigación con ratones noqueados se pueden mencionar las siguientes: la posible mortalidad de los embriones o de los recién nacidos, en algunos casos, lo que impide el estudio de la función de ese gen particular en los animales adultos; la modificación está presente en todas las células, lo cual no se da en el desarrollo de algunos tipos de cáncer; la modificación está presente desde la fecundación, de forma tal que en algunos casos la plasticidad durante el desarrollo embrionario puede conducir a una interpretación confusa de los resultados por fenómenos de compensación.