Entre los proyectos culturales trascendentes surgidos o desarrollados desde el Centro de Estudios Montañeses, pueden citarse el Museo de Prehistoria y Arqueología de Cantabria, el Archivo de Arte Montañés, el Museo Etnográfico, el Museo Marítimo del Cantábrico y otras muchas iniciativas, algunas ya plenamente asentadas y otras todavía en largo desarrollo.