Al llegar a las cercanías de los actuales confines de las provincias de Mendoza, San Luis y San Juan ingresa en un área de hundimiento, en donde recibe las aguas del río San Juan —y a través de éste del río Mendoza— y las aguas de ambos han formado el sistema de las lagunas de Guanacache, un humedal prácticamente desecado desde fines del siglo XIX.