El jardín botánico y arboreto se encuentra enclavado dentro de la Reserva de la Biosfera El Cielo, lugar de paso de las mariposas monarca en su migración anual hacia el centro de México, y área donde se albergan numerosos endemismos, o sea plantas y animales únicos como la orquídea blanca (Euchile mariae), el arce o maple mexicano (Acer skutchii), la magnolia de El Cielo (Magnolia cieloensis) o el moquito (Podocarpus recheii).