Después de consultar el Archivo de Indias, el arqueólogo submarino Franck Goddio, a bordo de un catamarán llamado "Kaimiloa", descubrió el 21 de abril de 1991 a 52 metros de profundidad el pecio del "San Diego", a 1200 kilómetros de la Isla Fortuna, en la Bahía de Manila, Filipinas, y cuyos 6000 objetos, entre los que se encontraban monedas, joyas de oro, porcelanas de la dinastía Ming, armas y cañones, fueron extraídos, siendo depositados el 70% de ellos en el Museo Naval de Madrid y el 30% restante en el Museo Nacional de Filipinas; en el lugar del naufragio aún restan el barco y los restos óseos de los 300 marineros que perecieron en él.