Durante la existencia de la Gran Colombia, vuelve a la vida pública y ocupa diversos cargos públicos, especialmente participa en el Congreso de Cúcuta y la Convención de Ocaña y en la Comisión de Educación creada por el vicepresidente Santader la cual funda las primeras universidades republicanas de Bogotá, Quito, Caracas, Popayán, Cartagena y Panamá por su iniciativa, además de multitud de colegios de educación media que abarcaron toda la república.