Con la llegada de la independencia y tras varios traspasos, el antiguo Marquesado de Aguayo pasó a formar parte de las posesiones de la familia Sánchez Navarro, una de las familias más conocida de influyentes económica y políticamente en el siglo XIX en México; la familia reconoció y apoyó públicamente la intervención francesa y el Segundo Imperio Mexicano, ante ello, el presidente Benito Juárez entonces residente en la ciudad de Chihuaua decretó la expropiación del latifundio y erigió la hacienda de San Francisco de los Patos en la Villa de Patos el 15 de julio de 1865, fecha que se puede considerar como inicio de la población ya como entidad propia; finalmente, el 29 de diciembre de 1892 el Congreso de Coahuila decretó su cambio de nombre por el de Villa de General Cepeda, en honor del Gral.