Entre estos se encuentra el río Zahuapan, que nace en el estado de Tlaxcala; el río Nexapa, que baja desde el Iztaccíhuatl por el poniente del estado hasta unirse con el Atoyac; y el río Mixteco que nace en la Mixteca Baja Oaxaqueña y recibe las aguas del río Acatlán, antes de unirse al Atoyac.