A pesar de esto, Juan Gastón tuvo fuerzas para efectuar algunas grandes reformas que remediaron, al menos en parte, el mal gobierno de su padre, gestando en parte las bases de las reformas lorenenses: llevó a cabo una política laica y redujo el poder e influencia de la Iglesia; dio impulso a la Universidad de Pisa; hizo tributar grandes honores a Galileo Galilei en la basílica de Santa Croce; derogó el decreto contra las prostitutas, los hebreos y las fiestas laicas; redujo notablemente las cargas fiscales y encargó el gobierno de Pisa a la inteligente Violante Beatriz de Baviera, a la cual les ligaba desde siempre una fraternal amistad (en cambio, odiaba a su hermana a la cual consideraba la responsable de su matrimonio).