Las JBG, conformadas por uno o dos delegados de los Consejos Autónomos de los MAREZ, estarían vigiladas por el CCRI-CG (Comité Clandestino Revolucionario Indígena-Comandancia General) del EZLN, para evitar actos de corrupción, intolerancia, arbitrariedades, injusticia y desviación del principio zapatista de “mandar obedeciendo”, y tendrían, entre otras, la tarea de contrarrestar el desequilibrio en el desarrollo de los municipios autónomos y de las comunidades; mediar en los conflictos que pudieran presentarse entre municipios autónomos, y entre estos y municipios gubernamentales; atender las denuncias contra los Consejos Autónomos por violaciones a derechos humanos, protestas e inconformidades, investigar su veracidad, ordenar a los Concejos Autónomos la corrección de estos errores y vigilar su cumplimiento; atender y guiar a la sociedad civil nacional e internacional para visitar comunidades, llevar adelante proyectos productivos, instalar campamentos de paz, realizar investigaciones que dejen un beneficio a las comunidades y cualquier otra actividad permitida en comunidades rebeldes.