La única manera que tiene Sonic de rescatar a Tails de la base secreta del doctor, es consiguiendo las 6 Esmeraldas del Caos (5 de las 6 se encuentran en el acto 2 de las 5 primeras fases, y la 6ª, en el acto 3, tras vencer a Silver Sonic o Sonic Mecánico, que dará acceso a "Crystal Egg Zone").