El 1 de junio de 1999, a la edad de 39 años (hasta ese momento, era el Jefe de Estado más joven de El Salvador, posteriormente sería igualado por su sucesor, Elías Antonio Saca quien también resultara electo como Presidente de la República a los 39 años), Flores se convirtió en Presidente de la República de El Salvador, siendo el tercero del partido ARENA que consigue el cargo de forma consecutiva, sucediendo a su correligionario Armando Calderón Sol.