Sobre la cuestión de las autonomías también ganó la alternativa impulsada por Morales del "No" con una minoría relativa de los votos, imponiéndose en cinco departamentos (Chuquisaca, La Paz, Cochabamba, Potosí y Oruro), mientras que el "Sí" ganó en los restantes cuatro departamentos (Santa Cruz, Tarija, Pando y Beni).