Un rasgo característico del protoindoeuropeo es el sistema de alternancias vocálicas conocido como apofonía, consistente en una serie ordenada de cambios vocálicos que servía para expresar distintas funciones gramaticales (al igual que ocurre en el inglés actual con algunos verbos irregulares, como "write" ‘escribo, -e’ y su pretérito "wrote" ‘escribí, -ió’).