Se trabajó con el clero comienza por el Cabildo, ya que a los pocos meses de la toma de posesión consiguió de la Reina el tratamiento de Excelencia para el Cabildo, además de tener frecuentes deferencias con ellos: haciéndoles pequeños regalos, presidiendo algunas de sus sesiones y preocupándose de su situación económica en los años difíciles del Sexenio revolucionario y a comienzos de la Restauración, interponiendo en ocasiones su influencia ante los políticos de Madrid.