Cuenta además con diversos convenios,entre dichos Hospitales y clínicas las principales son la Fundación Hospital de la Misericordia, líder de la atención en pediatría en el país e históricamente ligado en su desarrollo y produccion académica a la universidad, así como el Instituto Materno Infantil de Bogotá, el cual ha sido el hogar de la escuelas de Ginecología y Obstetricia de la UN, teniendo lugar allí desarrollos tan relevantes como la invención del programa Canguro para nacimientos prematuros.Entre otros convenios se cuenta con el Hospital de Engativá, el Hospital de Suba, el Hospital de Kennedy, el Instituto Nacional de Cancerología, y el Instituto Dermatológico Federico Lleras así como la disponibilidad de plazas de internado para los estudiantes de medicina en otras áreas del país.