En 1966 llega a la presidencia el gobierno de Julio César Méndez Montenegro, quien se llama así mismo "El tercer gobierno de la Revolución" con el que se logra una breve tregua con la insurgencia, pero esta tregua dura poco tiempo, debido a la fuerte ofensiva contra-insurgente que lanza el Ejército, secundada por el nacimiento de bandas paramilitares de ultraderecha que inician la práctica de la desaparición forzada de opositores de izquierda.