El segundo traslado se da en el siglo XVII, donde Francisco de Toledo virrey de Lima dispone la planificación del nuevo pueblo, sin embargo solo el 5 de junio de 1673 se realiza el traslado de Otavalo hacia su ubicación actual, todo el corregimiento y la capital del mismo se pasó a llamar San Luis de Otavalo, esta vez el traslado de la ciudad se da por cuestiones de desarrollo, ya que el poblado de Saransig prestaba mejores condiciones para el desarrollo urbano, campos más extensos, un clima más cálido y varias afluentes de agua, a diferencia de las zonas pantanosas que dominaban las orillas del lago San Pablo, el suelo del poblado del valle de Saransig era mucho más factible para generar una ciudad.