El 15 de octubre de 2007 el entonces gobernador de Coahuila, Humberto Moreira, quien actualmente enfrenta una dura crítica por la deuda ilícita del estado de Coahuila, lo acusó, junto a al senador Ernesto Saro Boardman y el presidente nacional del PAN, Manuel Espino, de tener vínculos con el narcotráfico, lo cual fue negado por el senador que exigió a Moreira que lo pruebe o en su caso se retracte, sino procedería a demandarlo penalmente.El Semanario Proceso público una coluna en donde supuestamente se confirmaban los lazos familiares del Senador Anaya con uno de los principales lugartenientes del Cártel del Golfo.