En los refugios de invierno, el murciélago patudo comparte hábitat con varias especies de quirópteros, como el murciélago grande de herradura ("Rhinolophus ferrumequinum"), el murciélago mediterráneo de herradura ("Rhinolophus euryale"), el murciélago ratonero grande ("Myotis myotis") y el murciélago de cueva ("Miniopterus schreibersii").