No fue sino hasta 1857 cuando Costa Rica volvió a entrar en la guerra, ahora aliada con el resto de los ejércitos centroamericanos, con la decisiva Campaña de la Vía del Tránsito, en la cual toma el río San Juan para cortar la ruta de aprovisionamiento de los ejércitos filibusteros, obligando a Walker a rendirse el 1 de mayo de 1857.