En sus años en Segunda, la tónica del equipo fue la medianía de la tabla, sin grandes campañas peleando el ascenso a Primera, pero tampoco sufriendo apuros para no bajar, hasta que en el Campeonato de 1960 el Alianza queda último y sentencia el regreso a su Asociación de Origen y el fin de su historia profesional, la cual nunca volvió a repetir.