Otras fuentes consideran, que además de los géneros incluidos en las familias Aquificaceae y Hydrogenothermaceae, deberían incluirse en Aquificae los géneros de la familia Desulfurobacteriaceae: "Balnearium", "Desulfurobacterium" y "Thermovibrio" y el incertae sedis (sin clasificar) "grupo EX-H1".