Los principales arroyos afluentes del río Uruguay en el departamento son, de norte a sur: Grande o del Pedernal (límite con el departamento Concordia), Concepción (afluente del anterior), Palmar, Pos Pos, Mármol, Caraballo, Perucho Verna, Urquiza (límite con el departamento Uruguay), El Cordobés (afluente del anterior, también limítrofe).