Según la sistemática evolutiva, dado que las aves han acumulado numerosas autapomorfías, han ocupado un nicho adaptativo totalmente diferente al de los reptiles actuales y poseen muchas más especies que ellos, es justificado separarlas en un taxón propio; el taxón reptiles es monofilético según la sistemática evolutiva (monofilia mínima), pero parafilético según la cladística, ya que no incluye a todos los descendientes del antepasado común de aves y reptiles.