Estrada es miembro de la Sociedad Internacional de Musicología, de la Asociación Regional para América Latina y el Caribe de la misma, de la Academia de Ciencias de New York, de la Academia Mexicana de Ciencias (1996-) y, desde 1984, del Sistema Nacional de Investigadores (SNI), dentro del cual es el artista mexicano con mayor rango desde 1996, Nivel III.