Lynch también ha colaborado en el mundo de la música con la creación de videoclips, entre los que destacan "Dangerous" de Michael Jackson (1992), "Longing" de Yoshiki (1995), "Rammstein" de Rammstein (1996), "Shot in the Black of the Head" de Moby (2009) y "Came back Haunted" de Nine Inch Nails (2013), entre otros.