La película consistente en dos secciones: "Death", que es una recapitulación de la serie de forma desordenada que gira en torno a un concierto de cuerdas con Shinji, Asuka, Kaworu y Rei donde se van mostrando escenas de la serie relativas a cada personaje; y "Rebirth", una animación totalmente nueva que conforma la primera parte de su nuevo final, sustituyendo los dos últimos episodios de la serie.