En los destinos nacionales 2016 operaron cuatro aerolíneas en el AIQ, tres son mexicanas (Aeroméxico, Volaris y TAR) Las aerolíneas mexicanas atendían diez destinos: Monterrey, Cancún, Tijuana, Ciudad de México, Guadalajara, Puerto Vallarta, Zihuatanejo, Acapulco, Tampico y Durango.