La calidad de las aguas de unos y otros ríos son muy diferentes: minetras los ríos Jarama y Sorbe atraviesan materiales metamórficos de pizarra, cuarcita y gneis; el Bornova, Salado y Cañamares, materiales más pesados que merman la calidad, y el Henares, Dulce y Badiel, materiales más calizos y arcillosos.