En el primer tercio del siglo XX se restauró el claustro y en los años finales del siglo, con posterioridad a las devastadoras inundaciones de 1983, cuando las aguas del Nervión-Ibaizábal invadieron todo el Casco Viejo bilbaíno y anegaron la Catedral, se actuó en todo el conjunto, reparando y limpiando los interiores y exteriores dañados por la riada.