A partir de esta fecha su trabajo científico disminuye, pero alcanza una profunda influencia a través de su magisterio a futuros grandes científicos como David Starr Jordan (1851-1931), Joel Asaph Allen (1838-1921), Joseph Le Conte (1823-1901), Nathaniel Southgate Shaler (1841-1906), Alpheus Spring Packard (1839-1905), Temple Prime (1832-1905), su hijo Alexander Emanuel Agassiz (1835-1910), Charles Frédéric Girard (1822-1895), Frederic Ward Putnam (1829-1915), Samuel Garman (1843-1927) o Samuel Hubbard Scudder (1837-1911).