Sin embargo, estudios genéticos (ADN mitocondrial) recientes sugieren que el manatí del Caribe se divide en realidad en tres subespecies, cuya distribución geográfica se divide más o menos de la siguiente forma: 1) Florida y las Antillas Mayores, 2) Centroamérica y el norte de Sudamérica, y 3) el noreste de Sudamérica.