Comenzó a funcionar el 7 de agosto de 1779 cuando el virrey Juan José de Vértiz y Salcedo, como parte del Protomedicato del Virreinato del Río de la Plata también instituido por él (cuyas funciones comprendían la formación de profesionales, el control de epidemias y la atención de los hospitales), fundó el "Hospital y Casa de Niños Expósitos", en Buenos Aires, en las actuales calles Perú y Alsina, en un edificio que había pertenecido a los desterrados jesuitas y que estaba funcionando como arsenal de guerra.