La isla de Ellesmere está bordeada: al sur, por las aguas del Jones Sound (que la separan de isla Devon, a 36 km en su parte más estrecha); al este, por las de bahía Baffin, el estrecho de Nares y el mar de Lincoln (que la separan de Groenlandia, a 27 km); al norte, por las aguas del océano Ártico; al noroeste, por las aguas del océano Ártico y las del Nansen Sound (que la separan de isla Axel Heiberg, a 27 km); al oeste, por las aguas del Eureka Sound (que la siguen separando de Axel Heiberg) y bahía Noruega (frente a isla Graham, a 35 km); al suroeste, por las aguas del Hell Gate (que la separan de isla North Kent, a 5 km, e isla Calf) y las del estrecho Cardigan (que la separan nuevamente de isla Devon, a 13 km).