Para comprender la historia de Sevilla y de la región en general es aconsejable realizar un itinerario cronológico que puede completarse en un margen de tiempo de dos horas haciéndose con tranquilidad, y así están ordenadas las salas en el museo, comenzando por el Paleolítico Inferior, pasando por la importante época del Imperio romano y terminando en la Edad Media donde se encuentran los restos árabes y mudéjares.