El pueblo de Santiago Zapotitlán sobrevivió a la violenta congregación de pueblos, pero en 1603 le fue comicionado por parte del rey Felipe III al juez don Alonso de Zúñiga que cogregara a los indígenas de Tláhuac, después de múltiples visitas el juez decidió que los naturales de Zapotitlán tendrían que trasladarse al pueblo vecino de San Francisco Tlaltenco por su distancia a la cabecera, los naturales se manifestaron en desacuerdo porque sus actividades económicas estaban basadas en la laguna de Tempiluli y estar en congregación en la parte alta del cerro les imposiblitaria llevar a cabo su trabajo y al no tener ninguna otra oportunidad laboral quedarían en la pobreza extrema, los naturales estaban de acuerdo con la congregación pero en desacuerdo con que esta se situara en San Francisco Tlaltenco, ellos querían que la reducción se ubicara en Santiago Zapotitlán para así poder seguir con su vida normal y ocupar los tequios que los españoles les exigían, la propuesta fue la de distribuir las chozas a lo largo del camino que iba a Tlaltenco, al final don Alonso de Zúñiga terminó por aceptar esta propuesta.