Dos años más tarde debido a una grave crisis económica se confirmó la desaparición del primer equipo, continuando bajo el nombre de Deportivo Torrelavega, que hasta entonces funcionaba como filial gimnástico, y disputaría durante algunos años el Campeonato de Cantabria, donde se proclamaría campeón en la temporada 1940/41, la Segunda y la Tercera División hasta retomar el nombre de Gimnástica en la temporada 1943/44.