Junto con el Museo de Arqueología forma parte de una red museística que completan el de Armería (también en el Paseo de Fray Francisco, junto a Ajuria Enea), el Museo de Ciencias Naturales (en la imponente Torre de Doña Otxanda, siglo XV) y el de Museo Fournier de Naipes (con la mayor colección de naipes del mundo gracias a la aportación de la empresa local Naipes de Heraclio Fournier S.A., fundada en 1868).