Hijo de Pablo Bonet y Bonfill y de Teresa Bonet Guixá, nació en el seno de una familia de importantes científicos (era sobrino de Magín Bonet y Bonfill y de Francisco Bonet y Bonfill), estudió la carrera de farmacia y se doctoró en la Facultad de Farmacia de la Universidad de Madrid (actual Universidad Complutense de Madrid) en 1878.