Durante la estancia de la junta en Zitácuaro, la misma intentó dirigir y coordinar a los diferentes líderes insurgentes que hacían la guerra en Michoacán y Guanajuato, así como mantenerse al tanto de las actividades de Morelos en el Sur.Al parecer hubo algunas divergencias entre los miembros de la junta, ocasionadas por el temor de que Rayón se atribuyera el mando supremo, lo que ocasionó algunas tensiones.