Asimismo, ha enfrentado críticas por parte de círculos académicos modernos, que consideran que su intención de eliminar divisiones raciales vía homogenización total es en sí racista, ya que invisibiliza minorías como los afromexicanos y desestima acusaciones de racismo en Mexico bajo el argumento de que "No puede haber racismo en México, ya que todos los mexicanos son mestizos." Otras críticas al mestizaje provienen desde el punto de vista científico, ya que la ciencia genética moderna ha develado que las razas como entidades genéticas "estáticas" no existen, sino que son fluidas a manera de espectros, significando que la humanidad en conjunto ya es producto de la mezcla de diferentes "razas" y son las diferentes proporciones de estas en una determinada persona lo que dicta rasgos como la apariencia, lo cuál invalida los caracteres de excepcionalidad y singularidad que a principios del siglo XX los intelectuales sentaron como las bases del concepto de "ser mestizo" o mezclado.