El municipio es recorrido por el río Laja, un afluente del río Lerma, que es alimentado por el río Querétaro, prácticamente todo el territorio del municipio de Celaya pertenece a la "Cuenca del río Laja", con excepción de un pequeño sector del extremo sur que pertenece a la "Cuenca río Lerma - Salamanca", ambas de la "Región hidrológica Lerma-Santiago".