Las regiones naturales de San Gregorio son la Costa, que comprende la árida franja adyacente al río Chamán, donde se ubican los caseríos Mirador, Las Viejas, Talambito y otros; la Yunga Marítima, que comprende la capital y la mayor parte de centros poblados, la Kwchwa, constituida sólo por 2 pequeñas fracciones en los extremos N.