Conserva predominantemente pinturas, distribuidas principalmente en las dos colecciones principales, la Farnesio, de la que forman parte algunos grandes nombres de la pintura italiana e internacional como Rafael, Tiziano, Parmigianino, Brueghel el Viejo, El Greco, Ludovico Carracci o Guido Reni; y la Galería Napolitana, que se compone de obras provenientes de iglesias de la ciudad y de sus alrededores, transportadas a Capodimonte por razones de seguridad tras las supresiones de las órdenes religiosas, y cuenta con obras de artistas como Simone Martini, Colantonio, Caravaggio, Ribera, Luca Giordano o Francesco Solimena.