Los mejores años del Alhaurín de la Torre van desde la década de los 2000 hasta la actualidad, donde se proclamó por dos veces campeón de la Primera división de Andalucía, debutando en Tercera División en la temporada 2005/06 jugando con equipos como el Granada CF y llegando a disputar la promoción de ascenso a Segunda División B en la temporada 2010/11, siendo eliminado en la última eliminatoria de ascenso por el Sporting Villanueva Promesas.