Por otro lado en la década de los 80's el ferrocarril tuvo un gran auge en Oaxaca, ya que era un medio de transporte barato y seguro, aunque muy lento; las principales rutas eran Oaxaca-Tehuacán-Puebla-Ciudad de México y viceversa, sin embargo la construcción y puesta en operación de la súper carretera de cuota Oaxaca-Cuaucnopalan, impactó de manera negativa a este medio de transporte y aunado a la problemática interna dejó de funcionar en la década de los 90, en la ciudad capital; mientras que en las regiones del Istmo y Tuxtepec aún se utiliza para transportar mercancías y diversas cargas hacia el sur-sureste del país.