En el suelo, junto a la verja de acceso está sepultado el humanista conquense Juan Maldonado, capellán de esta catedral fallecido en 1554; también en el suelo están enterrados el arquitecto alemán Juan de Colonia, fallecido en 1481, y su esposa María Fernández; en los muros laterales hay arcosolios góticos, con los sepulcros de familiares del prelado, y cuelgan algunos lienzos, entre ellos, uno de Carlos Luis Ribera, de 1890, que representa a los Reyes Católicos ante Granada, antes de la conquista, y en el que los personajes manifiestan una gran expresividad que es visible también en sus manos; preside el testero un buen retablo barroco clasicista que, en 1653, sustituyó a otro gótico y que contiene pinturas inspiradas en el renacimiento italiano y referidas a San Juan Evangelista y a la vida de la Virgen, ocupando la calle central, una que representa la Visitación y otra en la que aparecen la Virgen y el Niño.