La actual ciudad de Apaseo el Grande, estaba ya habitada en la época prehispánica, seguramente junto con otras localidades de la región tales como Izcuinapan (San Miguel Viejo, cerca de San Miguel de Allende) y Tlachco (la actual ciudad de Querétaro) fue habitada por diversos grupos indígenas de lengua nahuatl, otomi y guamar como una zona de refugio posterior a la ocupación de México-Tenochtitlan.