Una vez liberada del Reino de España en 1811, confederada con las Provincias Unidas hasta 1814, provocando su aislamiento, y por fin declarada la independencia formal como la República del Paraguay con respecto a la Confederación Argentina, el 25 de noviembre de 1842 y reconocida por esta última, el 17 de julio de 1852, Humaitá siguió el camino de esta nueva república, y ya en el contexto de la Guerra de la Triple Alianza (1864- 1870), esta fortificación controlaba el acceso por vía fluvial a la capital, constituyéndose en el más poderoso y temido complejo de defensa paraguayo.