De resultas de ello, los reyes paralizaron todos los nombramientos papales de nuevos obispos, enfrentamiento que se mantuvo durante años, puesto que los Reyes Católicos también luchaban con la costumbre de nombrar obispos que no iban a sus diócesis y cobraban las rentas (grupo al que pertenecía Meléndez), hasta cierto punto apoyados por la Santa Sede.