El municipio es cruzado por varias corrientes menores, entre las que se encuentran el Río de Yundoo, Río del Hígado, Río del Gallinero y el Río de la Junta; todos ellos afluentes del Río Mixteco y pertecenecientes a la "Cuenca del río Atoyac" y a la "Región hidrológica Balsas".