De hecho, el arranque de los años noventa lo terminó de catapultar como el equipo más importante en la historia de Amazonas, pese a ser uno de los cuatro departamentos que nunca ha tenido fútbol de Primera División (junto a Apurímac, Huancavelica y Madre de Dios): obtuvo el título Departamental en 1996, 1997, 1999, 2000 y 2002, por lo que automáticamente tomó parte de la Etapa Regional; no obstante, en esta instancia su fortuna siempre fue desdichada.