La FES Acatlán cuenta con una Unidad de Investigación Multidisciplinaria (UIM), la cual está dotada de infraestructura y tecnología de punta para la realización de proyectos en las áreas de desarrollo empresarial e intercambio y colaboración institucional; estudios de gobierno y políticas públicas; procuración de justicia y seguridad pública; investigación educativa e intervención psicopedagógica; imagen corporativa e institucional; comunicación y estudios culturales; tecnología ambiental; y de análisis de riesgos naturales y antropogénicos.