Su oposición al gobierno de Ramón Castillo fue vehemente, y aunque se mostró escéptico ante las intenciones de los militares que lo derrocaron, su firme posición de neutralidad frente a la Segunda Guerra Mundial hizo que saludara al gobierno de Pedro Pablo Ramírez con simpatía, y cuando el Grupo de Oficiales Unidos derrocó a su vez a Ramírez por ceder a las presiones estadounidenses y romper relaciones con el Eje, Jauretche se mostró próximo al ascendente coronel Juan Domingo Perón, Secretario de Trabajo y Previsión.