Recientemente, el museo ha sido trasladado a una nueva sede ubicada en plena fachada marítima de la ciudad, en el antiguo Cuartel de Instrucción de Marinería (CIM), un edificio histórico de mediados del siglo XVIII, obra del ingeniero militar Mateo Vodopich, situado en la fachada marítima de la ciudad, frente a la Dársena de Botes.