En total pasaron por Flossenbürg 96.716 prisioneros, de los que 30.000 de ellos murieron; en esta cifra están incluidos los responsables del atentado del 20 de julio de 1944 contra Hitler: empezando por el Almirante Wilhelm Canaris, pasando por los generales Friederich von Rabenau y Hans Osterel, los capitanes Theodor Strunck y Ludvig Gehre, así como el magistrado Karl Sack y el pastor Dietrich Bonhoeffer, a quienes se les sometió a juicio el 8 de abril de 1945 en Flossenbürg por "alta traición", siendo sentenciados todos ellos a muerte y ejecutados al día siguiente.