La serie y el videojuego inicia cuando Colette Brunel, la elegida de Sylvarant, inicia su viaje para regenerar el mundo, en un principio con su profesora Raine Sage y con el mercenario Kratos Aurion, luego se unen Lloyd Irving y Genis Sage tras haber conseguido completar la mitad del ritual conocen a Sheena Fujibayashi una asesina enviada por Tethe'alla para liquidar a la elegida y así evitar el declive de su mundo, sin embargo Sheena no tiene la fuerza para terminar con otra vida y se aleja por un tiempo.