En 1990, Ernesto Samper fue nombrado Ministro de Desarrollo Económico, y Ocampo fungió como su principal asesor, participando (junto a Samper y Eduardo Sarmiento Palacio) en un fuerte debate académico-político con el Ministro de Hacienda Rudolf Hommes y el Director de Planeación Armando Montenegro por el manejo de la apertura económica.