De hecho sobre Godunov recayeron las funciones de defender a Rusia de las incursiones tártaras y de asegurar las tierras recién conquistadas por Iván el Terrible, siendo que la única iniciativa importante de Teodoro fue gestionar la instauración del Patriarcado de Moscú en 1589, logrando así un patriarcado de la Iglesia Ortodoxa rusa no sujeto a la dominación otomana (a diferencia de los patriarcados de Alejandría, Estambul, o Jerusalén).