A petición de Loaysa, el emperador Carlos V se fijó en Vaca de Castro para enviarlo como juez pesquisidor al Perú, con el fin de investigar las causas de la guerra civil que se vivía en esos territorios desde varios años atrás por la muerte de Diego de Almagro y otros muchos desórdenes entre los conquistadores, como la contienda entre Sebastián de Benalcázar y Pascual de Andagoya en la Nueva Granada.