Los recientes avances en la metodología de la filogenia morfológica y, sobre todo, molecular, han permitido asegurarse de que en el árbol evolutivo de la familia existen 3 ramas principales: 1) una rama basal, formada por el género "Anaxagorea", que es el grupo hermano de las otras dos; 2) una rama formada por el llamado "grupo "Ambavia"" ("Ambavia", "Cananga", "Cleistopholis", "Mezzettia", "Tetrameranthus", y 3) una rama terminal que engloba al resto de los géneros, en la que se puede distinguir dos clados principales: uno con poca divergencia molecular y géneros con pocas especies (incluyendo "Malmea", "Piptostigma", "Miliusa" y "Polyalthia"), y otro clado con más divergencia molecular y géneros más especiosos.