En la base y fondo de las cuencas – especialmente en el municipio de Quetena Grande que corresponde a la mitad occidental de la provincia – abundan las lagunas a las que afluyen radialmente pequeños arroyos, entre las lagunas se destacan la Colorada – cuyo "pelo" o nivel superficial de agua está a 4.378 metros sobre el nivel del mar – la Laguna Verde, la Celeste y la Laguna Busch entre otras, el salar de Chalviri se ubica también en esta zona de Sur Lípez.