Así pues, el topónimo «San Pedro Pinula» se debe al apóstol Simón Pedro, mientras que «Pinula», proviene de la raíz náhuatl «Pinul» (español: «harina de maíz tostado») y el apócope «atl» (español: «agua»), refiriéndose a «una bebida a base de maíz tostado» o «pinol».