A pesar de la proliferación de estudios en cultivos celulares para drogas basadas en RNAi, existen algunas preocupaciones en relación a la seguridad del RNAi, especialmente debido a los posibles efectos "off-target" (ver Efectos inespecíficos (off-target)), en los que un gen con una secuencia similar al gen diana es también silenciado.