En un primer momento se atribuyó el atentado a ETA, debido a que el día de Nochebuena de 2003 la Policía Nacional detuvo en San Sebastián y Hernani a dos etarras que habían dejado dinamita en un vagón presuntamente preparado para estallar en la estación de Chamartín de Madrid; y el día 1 de marzo de 2004, la Guardia Civil detuvo en la provincia de Cuenca una furgoneta con 536 kg de explosivos, impidiendo un atentado en la capital española.