Sus problemas legales comenzaron con el enfrentamiento con el nuevo gobierno de México que encabezaba Ernesto Zedillo, sobre todo hacia el final de su gobierno, cuando los problemas sucesorios lo distanciarion seriamente de dos secretarios generales de su partido, el PRI, Carlos Rojas Gutiérrez y Esteban Moctezuma, además del entonces Secretario de Gobernación Francisco Labastida Ochoa.