En la gestión de la rectora María Isabel Rodríguez (1999-2007) se superaron la mayoría de prejuicios sociales hacia la UES, las luchas internas de la Universidad de El Salvador se aplacaron, se luchó por un presupuesto adecuado y un mayor desarrollo académico y científico; y además se firmaron acuerdos de cooperación con el gobierno del presidente Francisco Flores y se obtuvo un préstamo de $25 000 000 a través del BCIE para la reconstrucción de la infraestructura de la alma máter,como resultado de negociaciones iniciadas por la UES con el gobierno del presidente Armando Calderón Sol durante la gestión del rector José Benjamín López Guillén (1995-1999).