Otro erudito, Colin Dyer, propuso una nueva hipótesis, según la cual el método masónico derivaría parcialmente de las sociedades secretas protestantes del siglo XVI .Entre la lucha de facciones se constituyó una organización secreta en el seno de la Iglesia de Inglaterra para influir sobre la Reina, la cual desembocó en la secta de los independientes (protestantes antijerárquicos).