La campaña comienza y transcurre por completo en la Edad Clásica, cuando el padre de Alejandro muere y él tiene que ascender al trono, primero se encarga de reconquistar los territorios que su padre gobernó hasta su muerte, que en ese momento están sumidos en el caos, después de estas victorias Alejandro se enfrenta con los Persas, una de las nuevas civilizaciones de este juego: los Persas están comandados por el rey Darío, Alejandro también conquista Egipto en el camino para después viajar hacia las lejanas tierras de la India, otra nueva civilización.