En cuanto a la educación superior, en el siglo XVII funcionaron en Chile tres centros de enseñanza superior con categoría de universidades pontificias, que tenían un carácter eminentemente eclesiástico: el Colegio Máximo San Miguel de los jesuitas y la Universidad de Santo Tomás de Aquino de los dominicos, ambas en Santiago; mientras que en Concepción funcionó durante 43 años la Universidad Pencopolitana dirigida por los jesuitas.