Tras el fin de la III Legislatura de las Cortes Españolas, Molins fue nombrado por Jordi Pujol consejero de comercio y turismo (1986-1988) y, más tarde, de política territorial y obras públicas (1988-1993), puesto desde el que dirigió el Plan Director para la Gestión de los Residuos Industriales en Cataluña, más conocido como Plan de Residuos, proyecto que, a partir de un estudio técnico, ubicaba en el territorio catalán las infraestructuras necesarias por gestionar los residuos que generaba la industria de la comunidad autónoma.