Mientras tanto la explotación del territorio se ha exacerbado y una investigación del Carnegie Institute de la Universidad de Stanford ha encontrado que el mercurio contamina gran parte de la cadena alimenticia de Madre de Dios: 9 especies de peces de 15 analizadas contienen metilmercurio en niveles superiores a los permitidos por los estándares internacionales y el nivel promedio de mercurio hallado en el cabello de una muestra de 226 adultos en Puerto Maldonado es el triple de los límites permisibles..