La estructura autónoma de que gozó la Orden desde su inicio la hicieron completamente independiente de otros ordenamientos jurídicos, aunque sólo con la ocupación armada de Rodas, en 1308, bajo el Gran Maestre Foulques de Villaret, la Orden obtiene la estabilidad territorial y empieza a ejercitar sus prerrogativas soberanas según el derecho feudal, ya que hasta entonces la organización institucional estaba orientada solamente a regular la vida interna del convento y no pretendía un relieve externo.