Como Presidente del Parlamento Vasco fue objeto de una querella por un presunto delito de desobediencia a la autoridad judicial por parte de la fiscalía y del sindicato de funcionarios Manos Limpias por negarse a cumplir la orden del Tribunal Supremo de disolver el grupo parlamentario formado por el partido entonces ilegalizado Batasuna, Sozialista Abertzaleak.