En la Copa México Clausura 2016 el equipo del puerto obtuvo su segundo título de Copa México dirigidos por el chileno Carlos Reinoso, y lo consiguió al derrotar el miércoles 13 de abril de 2016 a los Rayos del Necaxa por 4 goles a 1, con dos anotaciones del argentino Julio César Furch, una del jarocho Hugo Cid y una más del argentino naturalizado mexicano Rodrigo Javier Noya.