No obstante, después de diversas reestructuraciones administrativas, la institución aprovecha que en el año 2006, el Club de Fútbol Pachuca se había interesado en afiliar al Segundo Equipo y trasladarlo a la Tercera división mexicana donde jugó por primera vez en el Torneo Clausura 2006; por lo que al descender el Primer Equipo a la misma División, se toma la decisión de fusionar ambas escuadras y presentar un solo equipo para la temporada 2011-2012.