Un estudio de 2008 que analizó 53 genes de los tres dominios y que incluye a componentes esenciales de la replicación, transcripción y sistemas de traducción de los ácidos nucleicos eucariotas, utilizó modelos filogenéticos que permiten cambiar las composiciones de nucleótidos o aminoácidos sobre los árboles elaborados; dando como resultado el apoyo a la hipótesis del eocito de James Lake que postula el origen arqueano de los eucariontes, rechazando tanto la monofilia del grupo Archaea (que resulta parafilético respecto a Eucarya), como el árbol de los tres dominios de la vida.