Bolton estuvo involucrado con la Committee for Peace and Security in the Gulf (Comisión para la Paz y la Seguridad en el Golfo, CPSG), Council on Foreign Relations (Consejo de Relaciones Exteriores, CFR), Federalist Society (Sociedad Federalista), National Policy Forum (Foro de Política Nacional), National Advisory Board (Junta Consultiva Nacional), Manhattan Institute for Policy Research (Instituto Manhattan de Investigación Política), New Atlantic Initiative (Nueva Iniciativa Atlántica), Project on Transitional Democracies (Proyecto de Transición de las Democracias), y U.S.