Tras la derrota definitiva del Egg Bomber, Sonic logra conseguir la Master Emerald y derrocar a Robotnik de una vez por todas en una espectacular escena final, en donde posteriormente es recogido por Tails con su avión "Tornado", y ambos llevan la "Master Emerald" a Angel Island para regresársela a su dueño legítimo; Knuckles the Echidna, el Guardián de la Esmeralda Principal.