Casó en Marbella el 22 de diciembre de 1624 con Melchora de Góngora y Córdoba y Ávila, hija de Gabriel de Góngora y Córdoba y Francisca Ávila.Hijos de este matrimonio fueron María, casada en Cartago en 1664 con el capitán Manuel Pérez; sin sucesión; Bartolomé, sargento mayor, casado en Cartago con Sebastiana de Alvarado y Vera Sotomayor, sin sucesión; Rodrigo Gabriel (Rodrigo Arias Maldonado y Góngora), marqués de Talamanca, fraile betlemita con el nombre de fray Rodrigo de la Cruz; y Melchora Francisca, casada en Marbella con Nicolás Sobreda y Sotomayor.