Bonino, como responsable de ayuda humanitaria de la Comisión Europea, realizó diversos viajes a zonas en conflicto: Somalia, denunciando el régimen de los Señores de la Guerra; Sudán; Kurdistán, perjudicado por las sanciones impuestas al régimen de Sadam Husein; Afganistán, para denunciar el régimen de los talibán por sus restricciones a la población, y a la mujer en especial; Guinea-Bisáu, donde media entre el gobierno y la guerrilla; y Sierra Leona.