A pesar del traslado de la imagen de Jesús Nazareno de la Merced a la Nueva Guatemala de la Asunción, la iglesia de Nuestra Señora de las Mercedes siguió en uso, pues no sufrió mayores daños y conservó sus imágenes y retablos hasta 1813, cuando se inauguró la iglesia mercedaria en la nueva ciudad; incluso entonces, los retablos fueron enviado a la Nueva Guatemala pero la iglesia siguió funcionando en Antigua Guatemala.