Después de maniobras rocambolescas se logró comunicar a Frémont su destitución; como no pudo ganar ninguna batalla que lo fortaleciera ante la opinión pública, a Frémont no le quedó más remedio que aceptar la orden del Presidente y renunciar a su cargo el 2 de noviembre de 1861 poniendo fin a una extraña y peligrosa situación que amenazó con dividir a las fuerzas de la Unión.