El ferrocarril finalmente pasó a la historia debido a distintos problemas: las locomotoras habían terminado con su vida útil, siendo ya muy viejas para seguir conduciéndolas; los asentamientos de personas a las orillas de las líneas férreas debido al conflicto de la guerra y la extrema pobreza, problema dado desde la administración del "International Railway of Central America" (IRCA) en 1908 y a lo que FENADESAL respondió que los asentamientos eran ilegales.