Durante las últimas etapas de la guerra civil, las críticas a Zachariadis en cuestiones de doctrina militar y en particular la exigencia de Vafiadis, de priorizar la guerra de guerrillas, para evitar la derrota del DSE, condujo a su destitución del liderazgo (agosto de 1948) y después de todos sus cargos (enero de 1949).