El gobierno del condado de Harju está estructurado en departamentos: el departamento general organiza el trabajo de las diferentes comisiones; el departamento de alimentación se encarga del registro y almacenaje de los productos alimenticios destinados a la población, a los militares…; el departamento de carreteras; el departamento de atención sanitaria; el departamento de administración; y el gobierno de escuelas rurales, que más tarde se convirtió en el departamento de educación.