Luego jugó en Peñarol, donde fue parte del Segundo Quinquenio de Oro de Peñarol, lo que fue un hecho histórico para el conjunto Carbonero, Alexis estuvo presente en el cuarto y penúltimo Campeonato antes de la llegada del Quinquenio, al ganar el Campeonato Uruguayo de 1996, gracias a que su equipo venció en las finales del Campeonato de dicho año a su clásico rival, a Nacional, siendo uno de los logros más grandes de su carrera, a posterior defendió a River Plate y a Nacional.