Las estaciones de la provincia de Yonne más allá de Montereau en dirección a Sens y Laroche-Migennes están servidas por los trenes TER Borgoña, aunque en la práctica muchos de ellos son prolongaciones de los servicios Transilien, así no están incluidas en la línea R, sin embargo las estaciones de Loiret de la línea sí están cubiertas por trenes Transilien.