Allori recibió sus primeras lecciones de pintura de su padre, Alessandro Allori, pero no estando satisfecho con el duro dibujo anatómico y los colores fríos de su padre, entró en el taller de Gregorio Pagani (1558-1605) que era uno de los líderes del final de la escuela florentina, que buscó unir la riqueza de colores de los venecianos con el dibujo perfecto de las disciplinas de Michelangelo.