En 1579, con motivo de la reacomodación de los restos reales en la nueva Capilla Real de Sevilla, fueron reconocidos los restos de la reina María de Padilla, que fueron depositados, junto a los de otros miembros de la realeza, en la cripta de la Capilla Real, donde reposan en la actualidad en un sarcófago de madera forrado de terciopelo rojo.