El templo alojó un repertorio de esculturas, reliquias, orfebrería y pinturas, piezas de sumo valor adquiridas o regaladas a su fundador, como la famosa "Piedad de Úbeda" de Sebastiano del Piombo (luego llevada a la Casa de Pilatos de Sevilla y actualmente en préstamo en el Museo del Prado de Madrid); un cáliz de oro, regalo de Carlos V; una macolla de cruz procesional de Francisco Martínez de 1542; una cabeza relicario; un calvario de Pieter Coecke (hoy custodiado temporalmente también en la Casa de Pilatos de Sevilla) y un crucifijo de marfil del siglo XVI.