La unidad municipal de la Ciudad de Krasnodar surgió al implementarse la Ley federal de 1995 "Sobre los principios generales de la organización de la autonomía local en la Federación Rusa", por la que todos las ciudades y los territorios en cuyos límites se desarrollaba el autogobierno local, con propiedades municipales, presupuestos locales y fueran órganos electivos del autogobierno local, se declaraban unidades municipales.