El poder administrativo quedó en manos de un Concejo de ministros en cabeza del general Domingo Caicedo, quien a su vez nombró como presidente al general Sucre como presidente interino, en vista que Bolívar marchó hacia Perú al presentarse agitaciones por parte de sus pobladores, sin embargo Sucre quien era considerado como el heredero del Libertador fue asesinado el 4 de junio, hecho que suministró todavía más desconcierto al orden político.