Quizá antes, y a partir del fin de la Guerras Médicas, se efectuó la reconstrucción a gran escala, con la adición de nuevas obras monumentales, especialmente a partir de la época de Cimón (479-461 a. C.) Sobre todo, con la construcción de stoas grandiosas de múltiples usos, situadas en el perímetro del Ágora, y también con la erección del templo llamado Hefestión.