La cuenca del río original tendría el nombre de Usumacinta-Grijava, debido a que la cuenca del río Mezcalapa y la del río Grijalva eran dos cuencas separadas que antes de la llegada de los españoles no tenían relación alguna y no fue sino hasta el rompido de Nueva Zelanda en la que las dos cuencas se unieron oficialmente, antes de esto se estima que la cuenca del río Grijalva aportaba cerca de 1300 m³/s, y la del río Usumacinta alrededor de 2500 m³/s (esto contando el sistema de la Laguna de Términos), en la actualidad la Secretaría de Recursos Hidráulicos de México toma a la cuenca del río Mezcalapa y a la del Grijalva en una misma cuenca lo que equivaldría a que la cuenca del río Grijalva-Mezcalapa aporta aproximadamente 2750 m³/s, incluyendo el caudal del río Samaria, y el del Usumacinta 2500 m³/s, por esto se le denomina cuenca o sistema fluvial Grijalva-Usumacinta, sin embargo en la unión de los brazos principales del delta que son el Usumacinta y el Grijalva, es el río Grijalva el que desemboca en el río Usumacinta, puesto que es menos caudaloso que este último.