Muchas de sus preocupaciones sobre la eugenesia y la higiene racial estuvieron también presentes en su exterminio sistemático de millones de personas «indeseables», incluyendo judíos, gitanos, testigos de Jehová y homosexuales durante el Holocausto (buena parte del equipo y los métodos de exterminio usados en los campos fueron desarrollados inicialmente en un programa de eutanasia).