Ponce de León tuvo un importante rol episcopal durante el régimen dictatorial del autodenominado Proceso de Reorganización Nacional que había irrumpido en 1976, y ocultamente y a sangre y fuego desarrolló violencia extrema estatal, siendo uno de los muy pocos miembros de la en criticar sus abusos y crímenes sobre los derechos humanos, tales como el asesinato del obispo Enrique Angelelli por una «fuerza de tareas militar» en 1976.