En noviembre de 1939, Sáenz fue designado por el gobierno de Cárdenas como Embajador Especial en Perú, y un mes después fue llamado a México para colaborar en la organización del Primer Congreso Indigenista Panamericano, que tuvo lugar en abril de 1940 en Pátzcuaro, Michoacán, del que fungió como Secretario General.