Muntadas ha recibido diversos premios y becas por parte de instituciones como la John Simon Guggenheim Memorial Foundation, la Rockefeller Foundation, el "National Endowment for the Arts", el "New York State Council on the Arts", "Ars Electronica" en Linz, "Laser d’Or" en Locarno, el "Premi Nacional d’Arts Plàstiques" concedido por la Generalitat de Catalunya y el "Premio Nacional de Artes Plásticas" 2005.