A partir de 1999, la empresa Aeromar operó diariamente un vuelo directo entre la Ciudad de México y San Cristóbal de Las Casas, con salida del D.F., a las 8:50 y llegada a San Cristóbal de las Casas a las 10:50, con un avión ATR-42-500, con capacidad de 42 pasajeros, después fue realizado con la ruta Ciudad de México-San Cristóbal-Comitán, con la misma ruta de regreso, posteriormente ante el escaso pasaje en la ciudad de Comitán, operó únicamente en la ruta Ciudad de México-San Cristóbal de las Casas, con horario de salida del D.F., a las 10:20 y llegada a San Cristóbal a las 12:20; sin embargo en el 2002 la empresa Aeromar, determinó dejar de prestar el servicio aéreo a este aeropuerto.