A su vez la historia de este templo se enmarca en la historia de la Iglesia Emeritense y en su singular relación con los Papas; además esta iglesia, martyrium o basílica desde el siglo XIII, reerigida entonces por la Orden de Santiago como su Iglesia Capitular, hasta finales del siglo XIX formó parte del "Patrimoni Petri", es decir el Patrimonio de la Santa Sede.