El hemo tipo "b"transfiere su electrón a través del segundo hemo tipo "b" a una molécula de quinona oxidada, reduciéndola a la forma semiquinona cerca de la superficie del estroma del complejo.Otra secuencia similar de flujo electrónico reduce completamente la plastoquinona, que capta protones de la parte del estroma de la membrana y es liberada del complejo b"6"f como plastohidroquinona.