Más de 100 empresas de mercancías operan en JFK, en la lista están: ABX Air, Air France, Alitalia, Asiana, Astar Air Cargo, Atlas Air, Cargo 360, Cargoitalia, Cargolux, China Airlines, Continental Airlines, DHL, Emirates SkyCargo, EVA Air, Evergreen International Airlines, Execaire, FedEx Express, Gemini Air Cargo, Japan Airlines, Kalitta Air, Korean Air, Lufthansa Cargo, Nippon Cargo Airlines, Polar Air Cargo, Prince Edward Air, Singapore Airlines Cargo, United Cargo, UPS, Varig Logística, World Airways y Yantze River Express.