El Consejo Regulador del Pacharán Navarro es, desde 1988, el encargado de regular la elaboración, calidad y embotellado del pacharán, siendo el primer (y de momento único) organismo que certifica la correcta elaboración de este licor, amparando a las empresas adscritas a la Indicación Geográfica Protegida Pacharán Navarro, integrada en la Denominación de Productos Artesanos de Navarra.