Secundando las orientaciones de Juan Pablo II para el siglo XXI, Monseñor Ceballos promovió el Sínodo Pastoral de la Diócesis de Cádiz y Ceuta en el año jubilar 2000 desde la carta de convocatoria el 14 de septiembre de 1997, fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, hasta el decreto de promulgación de las seis constituciones del Sínodo Diocesano el 12 de octubre de 2000, pasando por los trabajos de preparación, las sesiones y la clausura del Sínodo en la Catedral Nueva de Cádiz el 11 de junio, domingo de Pentecostés.