Pachelbel es autor de numerosas obras, entre las cuales destacan "Musikalische Sterbensgedancken" (1683), "Musikalische Ergötzung" (1691), ocho preludios para corales (1693), "Hexachordum Apollinis" (para clavicémbalo, 1699), muchas composiciones para órgano (chaconas, fugas y tocatas), lieder espirituales, diversas piezas para clavicémbalo, corales variados, cantatas, fantasías, magníficats, algunas misas y motetes.