Por real cédula del 9 de noviembre de 1561, Felipe II comunicó al fray Antonio su próxima promoción.El 22 de marzo de 1563, el Papa Paulo IV erigió la "diócesis de San Miguel de La Imperial" mediante la bula "Súper Specula" y Fray Antonio de San Miguel recibió la consagración episcopal en Lima, de manos del primer arzobispo limeño fray Jerónimo de Loayza, en febrero de 1568.