Moriría, gobernando con título de maestre de campo el tercio de don Gonzalo Fernández de Córdoba, en la batalla de Fleurus, el 29 de agosto de 1622: "Del exercito de su majestad, murieron el maestre de campo Don Francisco de Ybarra de un mosquetazo y dos capitanes de cavallos y algunos de infantería, y heridos diferentes capitanes y offiçiales.