Su despedida de México fue muy suntuosa y espléndida, se embarcó en Acapulco el primero de abril de 1604 estando delicado de salud, arribó a Paita el 24 de mayo y por diversas causas, enfermedad y mal tiempo se vio obligado a proseguir el viaje por tierra, no obstante lo fatigoso de las jornadas y el 14 de julio salió en dirección a Lima, en agosto pasaba por Lambayeque y en octubre salía de Trujillo, en noviembre pasó unos días en Huaura y, finalmente, después de haberse entrevistado con su antecesor, nuevamente Luis de Velasco y Castilla, Marqués de Salinas, hizo su entrada oficial en Lima el 8 de diciembre de 1604.