En su interior se encuentran las estructuras más importantes del sitio, como la Pirámide de la Serpiente Emplumada, edificio de extraordinaria belleza y enorme significado, decorado con relieves por sus cuatro caras; el Templo de las Estelas, donde se descubrieron las tres estelas relacionadas con Quetzalcóatl y que actualmente se exhiben en el Museo Nacional de Antropología, y la Acrópolis, residencia de los principales señores de la ciudad, que se localiza en la parte más alta del sitio.