El territorio de Coneto es más bien montañoso, formado por la estribaciones más orientales de la Sierra Madre Occidental y que reciben los nombres locales de Sierras de San Francisco y Coneto, la Sierra de San Francisco discurre a lo largo del límite occidente y suroccidente del municipio, marcando sus fronteras con los municipios de Nuevo Ideal y Canatlán, al prolongarse hacia el sur recibe el nombre de Sierra de Coneto, llegando a alcanzar 2,800 msnm de altitud en los picachos "El Santo" y "La Ermita", hacia el suroriente se encuentra la principal extensión plana del territorio, en los alrededores del poblado de San Francisco Javier de Lajas.