Pero, en 1542, a su vuelta de un viaje a Perpiñán en compañía de su familia y del tercer duque de Alba, enfermó gravemente y falleció en Barcelona el 21 de septiembre de 1542, dejando sin terminar la edición, por lo que su viuda, Ana Girón de Rebolledo, la acabó e imprimió en 1543 en el taller de Carlos Amorós, en Barcelona, con el título "Las obras de Boscán con algunas de Garcilaso de la Vega".