Contrajo matrimonio con Juana Izuel Labad y fue padre de César Alierta, presidente de Telefónica; del diputado por la Unión de Centro Democrático y senador por el Partido Popular Mariano Alierta y de Juana Alierta, viuda de Ramón Sainz de Varanda, político socialista y alcalde de Zaragoza (1979-1986).