La planta centralizada del proyecto de Herrera para la basílica, con la cúpula sobre el crucero en el centro geométrico del rectángulo y el esquema de cruz griega encerrada entre las naves laterales, de valor simbólico y concepción barroca, fue sometido de nuevo a examen en 1695, pues el cabildo rechazaba derribar y reconstruir la primitiva capilla, como exigía el proyecto de Herrera, lo que implicaba retornar a la planta longitudinal de Sánchez, como en efecto se hizo a pesar de la defensa que formuló Teodoro Ardemans de lo proyectado por el pintor sevillano.