En su obra cumbre, los "Comentarios Reales de los Incas", publicada en Lisboa, en 1609, expuso la historia, cultura y costumbres de los Incas y otros pueblos del antiguo Perú, libro que luego del levantamiento de Túpac Amaru II sería prohibido por la Corona española en todas sus colonias de América, al considerarla sediciosa y peligrosa para sus intereses, pues alentaba el recuerdo de los incas.