Es posible que Bonaparte previera la bahía de Abukir como un fondeadero temporal: el 27 de julio expresó su deseo de que Brueys hubiese transportado ya sus buques a Alejandría, y tres días después, emitió órdenes de que la flota zarpase hacia Corfú con el objetivo de preparar operaciones navales contra los territorios otomanos en los Balcanes, aunque un grupo de beduinos interceptó y asesinó al mensajero que portaba las instrucciones.