Sus estatutos propios, cuyo ejemplar más antiguo data de 1998, fue elaborado teniendo a la vista los que regían a la Federación de Estudiantes de la Universidad de Chile, de cuya adaptación rescata, para su estructura, una Mesa Directiva, un Consejo de Representantes por Facultad electo en proporción a los estudiantes que las integran -que fue suprimido el año 2000-, un Consejo que reúne a los presidentes de Centros de Estudiantes y cuerpos de representación que se reúnen en el Pleno de Federación que se dibuja como la instancia extraordinaria de mayor importancia.