En la Copa Libertadores 2000, con la dirección técnica de Alfredo Tena y con una gran actuación de Cuauhtémoc Blanco, quien anota 9 goles; El equipo realiza una importante participación, la cual incluye una goleada de 8-2 al Olimpia de Paraguay, amenazas de muerte a Blanco durante la visita a América de Cali y una memorable serie semifinal contra Boca Juniors, con quien perdió 4-1 en la Bombonera.