Otros de sus proyectos más destacados son la Iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación —espléndida muestra de la arquitectura de transición del gótico al renacimiento construida entre 1542 y 1573, en la que también participó uno de sus discípulos, Juan de Maeda—, la Iglesia de San Gabriel de Loja y la Sacra Capilla del Salvador de Úbeda, concebida como lugar de enterramiento de la familia Cobos.