Actualmente cuenta con 12 casas o divisiones académicas, distribuidas de la siguiente manera: Ciencias Agropecuarias (DACA) en el municipio de Teapa; Ciencias Básicas (DACB), Ingeniería y Arquitectura (DAIA), Informática y Sistemas (DAIS) en el municipio de Cunduacán; Ciencias Biológicas (DACBiol), Ciencias Económico Administrativas (DACEA), Ciencias de la Salud (DACS); Ciencias Sociales y Humanidades (DACSyH) y Educación y Artes (DAEA) en el municipio de Centro; Multidisciplinaria de los Ríos (DAMRios) en el municipio de Tenosique; Multidisciplinaria de Comalcalco (DAMC) en el municipio de Comalcalco; Multidisciplinaria de Jalpa de Méndez (DAMJalpa) en el municipio de Jalpa de Méndez.