La autonomía de la Universidad de El Salvador fue reconocida por primera vez durante el gobierno del presidente Santiago González al ser emitido un Decreto Legislativo de Autonomía Universitaria el 23 de octubre de 1871, la cual fue anulada por el gobierno del presidente Rafael Zaldívar el 30 de enero de 1885, aunque resurgiría el 16 de febrero de 1886, bajo el gobierno del presidente Francisco Menéndez; pero al poco tiempo fue suprimida por este mismo mandatario el 26 de diciembre de 1887, resurgiendo hasta el 23 de mayo de 1927 por decisión del presidente Pío Romero Bosque; solo para ser abolida de nuevo el 2 de febrero de 1932 por el presidente Maximiliano Hernández Martínez después de reprimir el levantamiento campesino ocurrido en enero de ese mismo año, aunque se la devolvería el 2 de mayo de 1933, y si bien esta autonomía universitaria no pasaría de ser puramente teórica, volvería, no obstante, a arrebatársela una vez más el 20 de enero de 1939; recuperándola el 27 de julio de 1944 por medio de un decreto ejecutivo aprobado durante el gobierno provisional del presidente Andrés Ignacio Menéndez; hasta quedar finalmente consolidada la autonomía universitaria el 7 de septiembre de 1950 cuando fue elevada a nivel de norma constitucional con la aprobación de la Carta Magna de esa misma fecha.