Promovidos por el arzobispo de Lima fray Jerónimo de Loayza, se celebraron los dos primeros concilios limenses en 1551 y 1567 y, como fray Jerónimo falleció en 1575, su sucesor en la silla arzobispal fray Toribio de Mogrovejo convocó el tercero en 1582.