La iglesia formaba parte del antiguo monasterio, que fue el más importante del condado de Aragón en el siglo X y fue una de las sedes de los obispos de Aragón (en su etapa itinerante, sin sede episcopal única debido a las incursiones sarracenas del emirato primero y del califato de Córdoba después) hasta 1077, cuando los obispos se trasladaron definitivamente a Jaca.