El Colegio Médico de Chile es regido por la Mesa Directiva Nacional, el Consejo General y los Consejos Regionales en Arica, Iquique, El Loa, Antofagasta, Atacama, La Serena, Valparaíso, Aconcagua, Santiago, Rancagua, Maule, Chillán, Concepción, Los Ángeles, Temuco, Valdivia, Osorno, Puerto Montt, Coyhaique y Punta Arenas.