Poco a poco algunos de estos grupos aislados irían adquiriendo mayor coherencia, de manera que, en 1538, empezaron a surgir síntomas de una incipiente revuelta, llamada Rebelión de los Caxcanes, pues se dio en la región que se conoce como Caxcanes, en Jalisco y Zacatecas; a la larga, acarrearía serias mortificaciones a los españoles y provocaría cambios sustanciales en el mapa político de Nueva Galicia.