En septiembre del 2016, se reanudaron las Eliminatorias con las fechas 7 y 8, en la séptima fecha los Bolivianos, recibieron en casa en La Paz a , ganando por 2-0 con goles de los Bolivianos Pablo Escobar y Ronald Raldes y en la octava fecha, viajaron a Santiago para enfrentar a donde empataron a cero, pero en esos 2 partidos eliminatorios de septiembre, los bolivianos utilizaron irreglamentariamente al paraguayo nacionalizado Nelson Cabrera, en el segundo tiempo de ambos partidos, por lo que y denunciaron a Bolivia hacia la FIFA y finalmente, el 1 de noviembre de 2016, la FIFA acogió el reclamo de chilenos y peruanos por lo que castigaron a Bolivia, con la pérdida de 4 puntos, entregándole 3 puntos a los peruanos y 2 puntos a los chilenos, además de los triunfos por secretaría de 3-0 a favor de Chile y Perú, por lo que Bolivia retrocedió al penúltimo lugar de la tabla, además de pagar una multa de 12.000 francos suizos.