Algunas diferencias genéticas, como la dotación génica (2n=66 en Przewalski y 2n=64 en caballo doméstico), y diferencias morfológicas separan al caballo de Przewalski del caballo doméstico, pero son muchas más las similitudes genéticas y serológicas encontradas entre ambas especies lo que hace pensar en que son dos poblaciones, especies o subespecies que divergieron hace unos 200 000 años.