Al ganar las elecciones y asumir la presidencia, Fox designó a Salazar como Coordinador del Plan Puebla-Panamá, un plan internacional para el desarrollo económico y social del sureste de México y Centroamérica, y en 2003 pasó a ser titular de la Secretaría de la Reforma Agraria, cargo que ocupó hasta el 21 de abril de 2006 cuando renunció para integrarse a la campaña del candidato del Partido Acción Nacional a la presidencia Felipe Calderón Hinojosa como Secretario General Adjunto del PAN.