Don Juan participó con toda la caballería de su Orden de Alcántara y la gente de guerra del duque de Plasencia y Béjar al mando de su medio hermano Francisco de Zúñiga y Manrique de Lara y de su sobrino [[Álvaro II de Zúñiga y Guzmán]] en la [[guerra de Granada]] contra los moros desde sus comienzos en el 1482.