El esfuerzo económico que significó el alistamiento de la Expedición Libertadora afectó gravemente las finanzas de la República y también las de O'Higgins, pero en el campo político empezó a tener problemas, se le criticaba el poder omnímodo que poseía, se le criticaba la designación de Rodríguez Aldea como ministro de Hacienda a quien se le relacionaba con el complot de abril y finalmente el Senado, cuando supo que no le había entregado sus instrucciones a San Martín, con fecha 2 de octubre reprobó completamente su decisión haciéndoselo saber por escrito y representándole los problemas futuros que se podrían presentar.