El principal río que discurre por la merindad es el Aragón que pasa por ella desde su entrada en Navarra hasta la localidad de Cáseda drenando la mayor parte de su territorio junto con sus afluentes Erro, Urrobi, Irati, Salazar y Esca, además el Valle de Esteríbar situado en la parte Noroeste de la merindad es drenada por el Arga y la parte Suroeste por el afluente de este el Elorz.