El origen indígena se manifiesta en múltiples testimonios materiales: misteriosos petroglifos, localizados en las zonas montañosas y en las márgenes de los ríos cercanos a la ciudad; complejos arquitectónicos y centros administrativos religiosos, con áreas de terrazas agrícolas y objetos culturales en piedra y cerámica, evidentes en los territorios históricos de Guayquichuma, Chepel y San Antonio.