Su nombre original es Kinoe (aunque no se sabe cual es su nombre original este es el que le puso Danzō) , ya que Yamato es un nombre en clave que le dio Tsunade, es una parte crucial en el entrenamiento para que Naruto se haga más fuerte e ir en búsqueda de un espía que tenía Sasori con Orochimaru, que resultó ser Kabuto, pero éste ya era fiel al sannin; y no se pudo atrapar debido a la aparición de Orochimaru, Después de haberse reencontrado, Naruto, Sai, Sakura y Yamato regresan a Konoha sin haber logrado completar su misión de recuperar a Sasuke.