El brusco cambio provocado por la derogación de la Constitución de Rionegro de 1863 (que reforzó el modelo federal) por la centralista Constitución de 1886 (establecida bajo el mandato de Rafael Núñez), además de los violentos intentos de cooptación de los conservadores históricos a través de Marroquín, como los intereses liberales de retomar el poder, fueron las principales causas de la guerra.