El segundo enfrentamiento ocurrió en la final del Masters de Madrid 2009 en España (País de Nadal), que a partir de este año es en polvo de ladrillo, en la cual, Federer se impondría a Nadal en dos sets corridos por 6-4 y 6-4 (1 hora y 25 minutos), quedando 2-9 abajo Federer en duelos en arcilla.