El torneo siguiente no fue el mejor para los "caleros", ya que no pudieron alcanzar las semis del Clausura 2013 , quedando en 5° lugar apenas a 4 puntos de los puestos de clasificación y aparte de ello, supuso la destitución a mediados del torneo del entrenador Edwin Portillo por malos resultados,quien había permanecido más de seis años como director técnico y siendo este el que más éxitos logró con la entidad calera.