Cuando surgió la idea de agregar este museo a la Universidad Nacional de La Plata, transformándolo en Facultad de Ciencias Naturales, Moreno renunció a su cargo vitalicio de Director del Museo pues no estaba de acuerdo con la anexión propuesta: pensaba que el establecimiento por él creado debía dedicarse a la investigación del territorio y de su naturaleza y no quedar expuesto a los vaivenes de la política universitaria.