Por el territorio del municipio descienden desde la sierra de los vecinos estado de Durango y Jalisco grandes ríos que por su importante caudal son aprovechados en presas hidroeléctricas, el principal es el río San Pedro Mezquital que irriga un aproximado al 62% del territorio del municipio y proviene del estado de Durango, irriga el noroeste del territorio y desciende posteriormente hacia el municipio de Rosamorada, el segundo es el río Huaynamota que desciende en sentido norte-sur desde el estado de Durango atravesando todo el municipio, hacia el sur del territorio tuerce hacia el oeste y se une al río Grande de Santiago, el río Huaynamota también recibe en el municipio las aguas de los ríos Jesús María Santiago y Atengo, desde el sureste y hacia el noroeste se encuentra el Río Grande de Santiago que señala los límites municipales del Nayar con Tepic y Santa María del Oro, en el oeste del municipio se localiza la Presa de Aguamilpa, sobre éste río, compartiéndola con el municipio de Tepic.