Tras el ascenso a la Guardia Real de la Capitana de la División 12 Kirio Hikifune, Urahara es ascendido 110 años atrás a Capitán por recomendación de Yoruichi, tras unos comienzos peliagudos con su subcapitana Hiyori Sarugaki y entablar amistad con el Capitán de la Quinta División Shinji Hirako, Urahara planea crear el Instituto de Desarrollo Tecnológico para lo cual recluta del "Nido de los Gusanos" a Mayuri Kurotsuchi como su segundo al mando de las investigaciones.