El interior, muy transformado, responde a un espacio longitudinal, sin crucero y con capilla mayor elevada que, en su día, alojó un retablo churrigueresco procedente del arruinado Monasterio de Santa María de Trianos, en Villamol, y que en la actualidad preside la iglesia del también sahagunense Monasterio de Santa Cruz (de las monjas Benedictinas).