Fue nombrada capital del Estado Soberano de Panamá, el 1 de julio de 1862, por el presidente Santiago de la Guardia, para evitar la incursión de Panamá en la guerra civil colombiana, sin embargo, tanto el general Peregrino Santacoloma (designado por Tomás Cipriano de Mosquera) como los liberales liderados por Buenaventura Correoso desconocieron el cambio de la capital y entablaron una batalla en Natá el 19 de agosto, que acabó con la vida del presidente De la Guardia y la caída del gobierno afincado en Santiago.