El territorio del municipio se encuentra dividido en dos subprovincias geológicas denominadas "Llanos de Magdalena" y "Sierras volcánicas y mesetas" que dividen el territorio en sentido longitudinal de norte a sur; las principales elevaciones del municipio se encuentran en la Sierra de La Giganta, que es el nombre local con el que se conoce al sistema que recorre como columna vertebral a toda la Península de Baja California, esta sierra llega a alcanzar una altitud máxima de 1.680 metros sobre el nivel del mar en los límites municipales de Comondú y Loreto.