En los meses anteriores al proceso electoral, el Instituto Electoral de Quintana Roo (IEQROO), implementó un proceso para la redistribución geográfica de los quince distritos electorales uninominales en los cuales serán electos los diputados al Congreso de Quintana Roo, la cual fue aprobada, sin embargo, la inclusión en ella de las poblaciones situadas en la franja territorial que se encuentra en disputa con el estado de Campeche provocó la impugnación ante el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación del proceso, el tribunal ordenó al IEQROO rehacer la distritación dejando fuera la franja de población disputada, sin embargo este respondió que no había tiempo para realizar una nueva, ya que el proceso electoral ya se encontraba en marcha y por tanto no lo haría sin hasta una vez terminado el proceso, esto fue considerado como un desacato a la resolución del TEPJF e impugnado por el PAN, PRD, PT y Alternativa y el TEPJF emplazó al cumplimiento de su resolución por el IEQROO en un plazo de 48 horas, lo cual fue finalmente hecho el 11 de octubre, siendo de esta manera desechado el nuevo mapa electoral, las elecciones de 2008 se llevarán a cabo con la distribución de los distritos tal como se encontrabas en las Elecciones de 2005.