Tras la creación del Partido de la U se convirtió en su Secretario General y fue el principal promotor del referendo buscando una nueva reforma constitucional para permitir la segunda reelección de Álvaro Uribe, Giraldo renunció a la secretaría del partido a finales de 2008 después de que se desatara un escándalo por la poca claridad en la legalidad de los recursos que permitieron financiar la recolección de firmas para el referendo y las contradicciones en la contabilidad de las mismas.