Comondú colinda al norte con el municipio de Loreto en una línea que inicia en el cruce de la carretera Transpeninsular y el arroyo Cadejé con rumbo oeste hasta llegar al litoral del Pacífico, con el lugar conocido como La Bocana del Rancho Nuevo; al sur colinda con el municipio de La Paz, en una línea que inicia en el sitio conocido como Los Dolores del Municipio de La Paz, con un rumbo Suroeste y cruzando la Península hasta un lugar conocido como El Cayuco, rada que se ubica en la costa de Bahía Almejas.