La historia comienza en la España de 1792 en el Santo Oficio de la Inquisición, se lleva a cabo una discusión acerca de Los caprichos de Goya Acosta que provoca un gran impacto en la forma de ver a la Inquisición, después en el taller de Francisco Goya (Stellan Skarsgård) se encuentra pintando a la hija de un rico mercader llamada Inés Bilbatúa (Natalie Portman) y más tarde al hermano Lorenzo Casamares, quien muestra un gran interés en el cuadro de Inés; poco tiempo después Goya se encuentra en el Palacio del rey Carlos IV trabajando en un cuadro para la reina, cuando el rey regresa de cazar su deseo es quedarse para ver como trabaja Goya pintado a la reina, pero ésta rechaza la presencia del rey, mientras tanto en la Inquisición el hermano Lorenzo (Javier Bardem) manda unos espías para rastrear a los posibles herejes que practiquen rituales judíos o protestantes.