Francisco Ortiz de Vergara había nacido en el año 1524 en la ciudad de Sevilla, capital de uno de los cuatro reinos de Andalucía que formaba parte de la Corona española, siendo hijo de Francisco de Vergara y de Beatriz de Roelas, además de hermano del teniente de gobernador del Guayrá, el capitán Ruy Díaz de Melgarejo.