Aunque se tienen pocos datos de sus padres, Juana Inés fue la segunda de las tres hijas de Pedro de Asuaje y Vargas Machuca (así los escribió Sor Juana en el Libro de Profesiones del Convento de San Jerónimo, oriundo de Guipúzcoa en España e Isabel Ramírez de Santillana de Cantillana , se sabe que nunca se unieron en matrimonio legítimo.