Carnot estaba en el cénit de su popularidad cuando, el 24 de junio de 1894, tras haber dado un discurso durante la celebración de un banquete público en Lyon, en el que insinuó que, pese a su popularidad, no se presentaría a la reelección, fue acuchillado por un anarquista italiano llamado Sante Geronimo Caserio.