Desde ese momento el Atlante recuperó un buen nivel de fútbol, sobre todo bajo la dirección técnica de Miguel Herrera, siendo participantes asiduos de la liguilla por el título en el fútbol mexicano, donde lo más lejos que lograron avanzar fue a las semifinales en los torneos Apertura 2003 y Apertura 2004, donde cayeron en contra del Pachuca y del Monterrey, respectivamente.