Entonces, en el termociclador se programan ciclos rápidos y continuos para iniciar los procesos de separación y desnaturalización de las cadenas de ADN molde a bajas temperaturas, luego a bajas temperaturas el anillamiento e los iniciadores para que luego actúe la polimerasa Taq incorporando los dNTPs de acuerdo al ADN molde durante el proceso de PCR.