El ISEN mantiene con la Academia Diplomática del Brasil, el Instituto Rio Branco y con la Academia Diplomática Andrés Bello de Chile, un programa de intercambio por el cual se selecciona entre los jóvenes funcionarios egresados del ISEN con los mejores promedios a quienes a 3 funcionarios que continuarán sus estudios durante un periodo de entre 6 y 12 meses en las mencionadas academias.