En 1999 volvió a la política activa al ser nombrado por el PRI como su coordinador del proceso de selección del candidato a la presidencia para las elecciones de 2000, un proceso inédito en ese partido político que nunca había realizado unas elecciones primarias; a pesar de las acusaciones de falta de equidad pudo llevar a buen término el proceso con la elección como candidato de Francisco Labastida Ochoa, que sería derrotado en las elecciones presidenciales por el panista Vicente Fox Quesada terminando 71 años de gobierno priista.