Una de las primeras desviaciones que experimentó el Colegio de la Santa Cruz fue el incumplimiento de la selección de becarios con la "solidaridad regional" o concentración de colegiales de la misma región, especialmente de la diócesis de Calahorra en la primera mitad del siglo XVIII, y la "solidaridad familiar", por la que los parientes de los antiguos colegiales tenían más facilidades de acceso al Colegio.