El Yali ha sido considerado como un sitio importante de nidificación de diversas especies de aves de la zona central de Chile y lugar de protección, descanso y alimentación para especies migratorias, esto lo ha convertido en el área con mayor concentración de avifauna de la zona centro del país, contándose más de 115 especies, entre las que destaca: el cisne coscoroba, cisne de cuello negro, flamenco chileno, gaviota de Franklin y gaviota Cahuil, diversos tipos de patos, la garza cuca y pequenes, entre otros.