Prácticamente la totalidad del territorio municipal se encuentra dedicada a la agricultura de temporal y a las zonas urbanas, sin embargo, por estar situado en las faldas del Volcán Malintzin, la flora original de San Pablo del Monte es el bosque de encino, de éste se encuentran restos sobreviviendo en su extremo norte, donde además de encino se pueden encontrar ocote y pino blanco, otras especies menores que se encuentra en el municipio incluyen sauce, fresno, álamo y zapote blanco.