En 1849-1850 y 1860-1861 (patrocinada por Napoleón III), interviene en otras tantas campañas arqueológicas por Italia (Roma, Florencia, Venecia y Padua; mientras prepara su tesis doctoral sobre Averroes y el averroísmo, que publica por primera vez en 1852), Egipto y Oriente Próximo (Tiro, Sidón, Arwad…)