Conforme dejaba la edad madura y entraba en la vejez, Pfitzner fue volviéndose más nacionalista, y al principio fue mirado con simpatía por importantes figuras del régimen nazi (en particular por Hans Frank, con quien siempre se mantuvo en buenos términos) Pero pronto cayó en desgracia ante los jefes del tercer Reich, que no aprobaban su larga asociación musical con el director de origen judío Bruno Walter.