La conducción del organismo fue asumida por el general Juan Constantino Quaranta, un ferviente antiperonista, su nombre cobró notoria publicidad al ser señalado como instigador del asesinato del abogado Marcos Satanowsky, cometido el 13 de junio de 1957 por miembros de la SIDE a pedido del presidente de facto Pedro Eugenio Aramburu.