Las tareas para lograr la conversión se realizaron mediante una gran variedad de procedimientos y una considerable cantidad de misioneros de distintas órdenes partieron de la Península Ibérica hacia América a tal fin, en el marco de un movimiento renovador de la Iglesia española iniciado por Cisneros, y en el que destacaron místicos como Santa Teresa de Jesús o San Juan de la Cruz y religiosos como San Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús.