Es importante destacar que la zonificación del CTM sólo se aplica en Azuqueca de Henares para los trenes de cercanías y la línea VAC-044 de autobuses interurbanos operada por la empresa "ALSA" (con servicios a Madrid y a Alcalá de Henares desde Guadalajara), no siendo aplicable a los servicios urbanos e interurbanos gestionados por la administración castellano-manchega