El municipio cuenta con 27 localidades, siendo las más importantes: Chiquilistlán (cabecera municipal), Jalpa (delegación), San José de la Peña, Comala, Cofradía de Jalpa, Los Llanitos, El Agostadero, El Limoncito, Capula, Citala, Almazalte, Limoncito, San Cristóbal, Guamúchil, Milpillas, Moralete, Agua Delgada, El Realito, El Mortero, Churinzio y La Mora.