El Desemboque se encuentra localiza en las coordenadas geográficas y a una altitud de 10 metros sobre el nivel del mar; originalmente su asentamiento era a unos dos kilómetros al norte del actual, sin embargo hacia la década de 1930 fue relocalizado al punto actual debido que la zona en que fue asentado ofrece una mejor protección natural para las embarcaciones que los seris utilizan para sus actividades pesqueras.