Bajo la dirección técnica de Osvaldo Zubeldía Atlanta continuó realizando buenas campañas en el campeonato argentino, destacando el cuarto puesto en 1961, temporada en la que Luis Artime finalizó como segundo máximo anotador del torneo con 25 tantos, y la quinta ubicación en 1963, año en que el club se convirtió además en el primer conjunto argentino en realizar una gira por Israel, en la que disputó dos encuentros; frente al seleccionado local y ante el Maccabi Tel Aviv.