Luego de algunas campañas irregulares que llevaron al club a pelear por mantener la categoría, como en la temporada 99/2000, cuando evitó disputar la promoción para revalidar su lugar en la máxima categoría en la última fecha del torneo, Estudiantes se repuso futbolísticamente tras una fugaz conducción de Carlos Bilardo como entrenador entre 2003 y 2004, que volvió a dirigir al club por cuarta vez en su historia; y con dos importantes campañas en el Apertura 2004 y el Clausura 2005 (en ambos torneos ocupó el 4.º puesto), ya con la conducción de «Mostaza» Merlo, que le posibilitaron a Estudiantes volver a las competiciones internacionales, al clasificar para la Copa Sudamericana 2005 y la Copa Libertadores 2006.