La APPO acusa al gobernador oaxaqueño Ulises Ruiz Ortiz entre otras cosas, de malversación de fondos para apoyar la campaña presidencial de Roberto Madrazo Pintado (candidato del PRI, partido al que también pertenece, a la presidencia de la República en el año 2006) y de fraude electoral además de asesinatos a sus dirigentes y la fabricación de delitos ficticios a los simpatizantes para encarcelarlos, exigiendo así, la renuncia del primero para finalizar sus manifestaciones y llegar a un acuerdo sobre la situación educativa de la entidad.