A la iglesia se la llama "ad catabumbas (de las Catacumbas)" por las catacumbas de san Sebastián, sobre las cuales fue construida, y el apelativo de "fuori le mura" (extramuros)" que también recibe se refiere al hecho de que la iglesia se encuentra fuera de la Muralla Aureliana y servía para distinguirla de la iglesia de san Sebastián en el Palatino.