Mega Man Battle Network 6 es la sexta y última entrega de Capcom en cuanto a la serie de Malcom de una de sus más afamadas franquicias que es Mega Man, en esta nueva entrega al igual que las anteriores se sitúa en el año 20XX (se dice que es aproximadamente el año 2030) donde la humanidad ha llevado la tecnología de la Net/Internet a extremos nunca antes vistos, en este juego tomamos el control de Lan Hikari, un joven estudiante de 6.º grado que tiene como amigo a un programa de inteligencia artificial llamado MegaMan.exe, MegaMan es un Netnavi, los Netnavis son programas que pueden surcar la Net/Internet para interactuar con otros como ellos, combatir virus y entre ellos mismos o simplemente usarlos para negocios y otras cosas personales, estos programas se almacenan en aparatos llamados PET's (PErsonal Terminal) en donde dichos aparatos similares a móviles de hoy en día, se pueden recibir y mandar correos, llamadas, etc.