En 1938 se declaró otra huelga que permitió a la institución gozar de autonomía, pero sin el reconocimiento oficial de la misma, por lo que en 1943 surge otro movimiento, al que se sumaron alumnos y profesores, éste consiguió que el gobernador Isidro Fabela enviara al Congreso la Ley de Autonomía del Instituto que fue aprobada el 31 de diciembre de 1943.