En el Gobierno de Iyad Allawi que se formó el 1 de junio del 2004 el Partido Islámico tuvo un ministro (el Ministro de Industria Hajim al-Hassani); pero las relaciones del partido con los partidos chiíes del gobierno y con los estadounidenses se iban deteriorando debido a la creciente insurgencia suní contra el nuevo orden.