Desde entonces, D'Onofrio ha continuado personificando una gran variedad de personajes, incluyendo al famoso director Orson Welles en "Ed Wood" de Tim Burton, el granjero Edgar y la criatura que lo posee en "Men in Black", el socio de Craig Bierko en "The Thirteenth Floor", el padre de un santo en "Household Saints", el fundador de Yippie Abbie Hoffman en "Steal This Movie", un viajero del futuro en "Happy Accidents", y al asesino en serie Carl en "The Cell" junto a Jennifer Lopez.