Biológicamente existen seis bases nitrogenadas relevantes (en realidad hay muchas más), que se clasifican en tres grupos: bases isoaloxazínicas (derivadas de la estructura de la isoaloxazina), bases púricas o purinas (derivadas de la estructura de la purina) y bases pirimidínicas, también llamadas bases pirimídicas o pirimidinas (derivadas de la estructura de la pirimidina).