Como todo Quintana Roo y la Península de Yucatán, la zona es de gran actividad ciclónica, siendo frecuentemente afectada por huracanes, cuya temporada es de junio a septiembre, siendo los meses de mayor riesgo y actividad septiembre y octubre, los más grandes huracanes que han afectado Benito Juárez han sido el Huracán Gilberto en septiembre de 1988 y el Huracán Wilma en octubre de 2005.