El municipio cuenta con 35 localidades, las cuales dependen directamente del municipio, siendo las más importantes: Aguililla (cabecera municipal), Bonifacio Moreno (El Aguaje), General Lázaro Cárdenas (El Limón), Naranjo De Chila, El Naranjo Viejo, El Limoncito, Las Ánimas, Arroyo Seco, El Barbasco, La Barilera, Barranca del Aguacate, El Blanqueadero, La Bocanita, La Cabra, La Calabaza, Las Canoas, El Capire, La Cebadilla (Barranca de la Cebadilla), El Cedral, Peña Colorada (La Peña), Corral de Piedra, Las Crucitas, El Charapo (Palo Alto), El Chino, Dos Aguas, El Puente del Encinal, Los Manguitos