Desde junio de 2007, Hernández, bajo la nueva posibilidad de que un director técnico de selección nacional puede trabajar 'part-time' y dirigir un equipo aparte de la selección, fue contratado por el club Peñarol de Mar del Plata, en donde participó en cinco torneos durante la temporada 2007/2008 y logró el primer puesto en la Liga de las Américas.