Su actuación en este caso se vio criticada abiertamente por el Inquisidor General y el Emperador Carlos I por haber actuado contra los paganos conversos como si fueran de otra religión (La Inquisición sólo actuaba con los fieles católicos) al plantear con claridad los alcances de la jurisdicción inquisitorial, determinándose dejar fuera de la misma a los indígenas, al considerarlos neófitos antes que herejes.