Shephard, un cabo del Cuerpo de Marines de los Estados Unidos de 22 años asignado al Hazardous Environment Combat Unit (HECU, Unidad de combate en entornos peligrosos) de Arizona, es uno de los hombres enviados a Black Mesa Resarch Facility para matar a los aliens y luego silenciar a todos los testigos, especialmente a un científico llamado Gordon Freeman, el protagonista del videojuego original.