Perteneciente a una poderosa familia de la nobleza rural vizcaína, fue hermano de Simón Bernardo de Zamácola (autor del polémico proyecto del Puerto de la Paz en Abando, que dio motivo al motín de 1804 conocido como Zamacolada), y también de Santiago, Bernardo, Ramona y un sacerdote que marchó a Chile.