La CEA (Comisión Estatal del Agua de Jalisco) monitorea constantemente la calidad del Río Santiago en diferentes puntos, algunos de los cuales se encuentran localizados en Ocotlán, presa corona, Ex hacienda Zapotlanejo, El Salto-Juanacatlán, Puente Grande, Matatlán, Paso de Guadalupe, San Cristóbal de la barranca y La Yesca.