El municipio de San Javier cuenta básicamente con dos tipos de clima, uno semiseco cálido BShw(x)(e), que predomina en este municipio con una temperatura media máxima mensual de 29.9°C en verano y una temperatura media mínima mensual de 14°C en invierno, su temperatura media anual es de 21.7°C, con una precipitación media anual de 508.8 milímetros.