Como espacio oficial de la Red, la Secretaría Ejecutiva trabaja de manera conjunta con las diversas instancias de Mercociudades, convocando y presidiendo específicamente las reuniones de trabajo del Consejo (órgano compuesto por dos ciudades de cada país miembro del MERCOSUR, por una ciudad de cada país asociado y la Comisión Directiva), y las de la Asamblea General de Socios.