Una vez finalizada la guerra con victoria para el bando isabelino, el apoyo que San Clemente le brindó le sirvió para que los Reyes Católicos decidieran incorporar la villa de San Clemente a la corona, haciéndola de realengo y otorgándole la independencia de la villa de Alarcón; recibiendo la visita de los Reyes Católicos el 9 de agosto de 1488, visita en la que, como símbolo de gratitud por el apoyo prestado, confirmaron los privilegios que anteriormente les habían otorgado, jurando “de facer guardar y facer mandar guardar todas las cosas y mercedes y privilegios que tenía dicha villa”.