De todas formas, el mejor momento de la temporada llegaría en la Vuelta a España, en la que Samuel Sánchez se convirtió en el primer ciclista de la historia del Euskaltel-Euskadi en subir al podio de la clasificación general de una gran vuelta, al ser tercero en dicha clasificación; además, logró tres victorias de etapa, redondeando una gran actuación.