En el Torneo Clausura 2012, el equipo mejora pero es muy irregular durante el torneo, finalmente califican como séptimos con 24 puntos, el rival en turno es América, en el juego de ida las águilas borran al equipo en casa 3-1, lucio bastante mal, para la vuelta, Pachuca trato de vencer al América pero al empatar 1-1 terminan quedando fuera.