En 1979, un golpe de estado dirigido por una junta compuesta de militares y civiles permitió a Duarte acceder a la cabeza del Estado el año siguiente (fue elegido presidente en mayo de 1984), sin que cesaran por tanto los combates entre los guerrilleros del FFMLN Frente Farabundo Martí de Liberación Nacional y el ejército salvadoreño, sostenido financieramente en lo sucesivo por los Estados Unidos Estados Unidos.