Desgraciadamente, las ideas rupturistas e innovadoras de Morales se estrellaron ante la asfixiante tutela ejercida por la Universidad de Chile, quien esgrimió todo tipo de argumentos para impedir que la corporación valdiviana pudiera tomar un rumbo propio; a la vez, el Directorio universitario consideró que el rector estaba adquiriendo visos de autoritarismo administrativo, y también se opuso a su postura contraria a la política curatoria de la Casa de Bello.