El río San Pedro se origina al este de la ciudad de Machachi, a más de 3000 msnm y su curso se dirige al norte, casi paralelo con la Carretera Panamericana hasta la parroquia Amaguaña, ahí cruza la Autopista General Rumiñahui y su curso se dirige al noreste, paralelamente a la Autopista, llegando a Sangolquí.