La liquidación del Sacro Imperio romano-Germánico por Napoleón, la caída de Prusia en manos francesas tras la derrota de Jena y Auerstedt, así como la ocupación francesa de Berlín en 1806 encontró a Humboldt en su puesto en Roma, lo que le afectó sobremanera aunque la distancia le protegiera de consecuencias graves.