En su 11ª temporada el veterano espacio volvió a contar, como colaborador fijo, con el periodista y escritor Javier Sierra (que ya participó en la primera emisión de Milenio 3, el 1 de junio de 2002, y, desde entonces, en otras muchas colaboraciones esporádicas), y con nuevas secciones: "El informativo del misterio", ideada por Javier Sierra, Carmen Porter y Fermín Agustí; "Milenio Red", coordinada por Diego Marañón; "Biografías", a cargo de Javier Sierra, y "Basado en hechos reales", con Javier Pérez Campos.