Stewart, la AMORC sufrió diversas escisiones, de los cuales surgieron organizaciones rosacruces minoritarias y similares a la AMORC en su estructura, como la ConFraternitatis Rosae Crucis, fundada en 1996 por el propio Steewart, la Cenacle de la Rose-Croix en Francia, la Ancient Rosae Crucis en EE.UU.