El nuevo régimen, encabezado por el ex comandante de la fuerza de defensa General Tito Okello (sin relación con el Teniente General Olara Okello), inició las negociaciones con las fuerzas insurgentes de Museveni, y se comprometieron a mejorar el respeto de los derechos humanos, poner fin a la rivalidad entre los clanes, y la realización elecciones libres y justas.