El 1 de diciembre de 1994, el presidente Ernesto Zedillo lo designa Secretario de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural, cargo en el que no llega a permanecer tres meses pues la inestabilidad del gabinete presidencial provoca su nuevo nombramiento como Secretario de la Reforma Agraria; en 1999 deja la secretaría para pasar a ser Coordinador del Gabinete de Desarrollo Social del presidente Zedillo, cargo al que renuncia a su vez para incorporarse a la campaña del precandidato y posterior candidato del PRI a la presidencia Francisco Labastida Ochoa, al perder las elecciones de 2000 Arturo Warman se retiró de la política y los últimos años de su vida se dedicó a las labores académicas.