Fue primer custodio de la provincia franciscana de Macao-Malaca y cuarto obispo de Paraguay y del Río de la Plata en donde en 1603 convocó el Sínodo de Asunción, considerado "el primer concilio del Río de la Plata en Asunción", en donde se recogían una serie de medidas que protegían a los indígenas y que están consideradas como " la primera doctrina social de la Iglesia" por ello Fray Martín Ignacio de Loyola ha sido considerado por el papa Juan Pablo II como "gran defensor de los indígenas" y "Eje del desarrollo humano y cristiano del Paraguay y regiones vecinas".