En septiembre de 1826 se desató la guerra civil centroamericana entre el presidente de la federación Manuel José de Arce y Fagoaga (apoyado por el partido conservador) y los gobiernos liberales de los estados centroamericanos, tras disolver el presidente arce el congreso y senado federal y sobre todo por mandar el 6 de septiembre de ese año a tomar presos a los liberales guatemaltecos, todo ello debido a la desconfianza que tenía de los liberales.