Al iniciarse la organización del Estado Dominicano, después de proclamada la Independencia Nacional, los liberales trinitarios y los conservadores afrancesados, conformaron una Junta Gubernativa Provisional, que encabezó Francisco del Rosario Sánchez y de la cual formó parte Bobadilla, para más tarde ser elegido como presidente de la Junta central Gubernativa definitiva, conformada en marzo de ese año.