Nótese que lo que T-Coffee denomina formato "Clustal" es lo bastante diferente del formato de salida de ClustalW/X como para que muchos programas que soportan el formato de Clustal no puedan leerlo; afortunadamente, ClustalX puede importar salidas de T-Coffee, por lo que una sencilla solución para este punto en cuestión es importar la salida de T-Coffee en ClustalX y re-exportarla.