Entre los conventos, además de la Encarnación y las Descalzas Reales, se amplía el monasterio de los Jerónimos y fijan sede en la ciudad la mayor parte de las órdenes religiosas de mayor implantación, como los dominicos (basílica de Nuestra Señora de Atocha), los franciscanos (actual capilla del Hospital de la Orden Tercera de San Francisco), los jesuitas (basílica de San Isidro, Colegio Imperial), convento de las Trinitarias —actual sede del Arzobispado General Castrense—).