A pesar de la similitudes mencionadas anteriormente, "Snake Eater" introduce nuevos aspectos de juego nunca antes vistos en títulos anteriores de "Metal Gear", tales como el uso de diversos uniformes con patrones de camuflaje militar, Sistema de Combate Cuerpo a cuerpo (CQC), un indicador de resistencia (o stamina) y un sistema de botiquín para la automedicación y tratamiento de heridas.