Se le asignaron como sufragáneas la Diócesis de Puerto Rico, la Diócesis de Venezuela (con sede en Coro, fundada en 1531; hoy Arquidiócesis de Caracas), la Diócesis de Cuba (con sede en Santiago de Cuba, fundada inicialmente en Baracoa para 1518; hoy Arquidiócesis de Santiago de Cuba), la Diócesis de Honduras (con sede en Comayagua, fundada inicialmente en Trujillo para 1531; hoy Arquidiócesis de Tegucigalpa) y la Abadía territorial de Jamaica (suprimida en 1655).