Para el Torneo Apertura 2011, Efraín Flores se convertiría en el nuevo técnico del club, aunque en la jornada 1 el Santos en la cancha del Hidalgo donde son derrotados ampliamente por cuatro goles a uno, pese a esto los Tuzos califican a la liguilla con siete juegos ganados, cinco perdidos y cinco empatados, además en la Jornada 14 se despidió de la portería Miguel Calero, con un empate a cero goles contra los Pumas.