En 1941 el club es federado por primera vez, en la Federación Regional Sur, durante los años 40 y 50 pasa por diferentes categorías tanto provinciales como regionales, principalmente 1ª y 2ª regional, debutando en esta segunda categoría según aparece reflejado en el anuario oficial de la RFEF del año 1942, obteniendo su primer título como campeón provincial en la temporada 1945–46 con la recordada alineación formada por los Cuesta, Mateo, Zapata, Fernández, Villanueva, Reyes,Pérez, Perico, Hilario, Natalio y Ortega, que los aficionados veleños se sabían de memoria.