La versión 2009 de la copa tiene tres novedades: la competición se realiza con los equipos divididos en dos grupos que juegan sus partidos en una misma ciudad por grupo, en este caso Potosí y Tarija, la participación de un equipo no "liguero" y una recopa que se jugará entre el campeón de la Copa Aerosur 2009, el campeón de la "Copa Aerosur del Sur 2009" y 2 exipos extranjeros.