Hijo de Émile Deschanel (1819-1904), profesor en el Collège de Francia y senador, nació en Bruselas, en donde su padre estuvo exiliado entre los años 1851 y 1859, debido a su oposición a Napoleón III, siendo así uno de los dos únicos presidentes franceses nacidos fuera de territorio francés (el otro es Valéry Giscard d'Estaing, que lo hizo en Coblenza, Alemania).