La laguna Guerrero Negro, junto con la laguna Ojo de Liebre (al Sur) y la laguna Manuela (al Norte), forman parte del complejo lagunar Ojo de Liebre, dentro de la bahía de Sebastián Vizcaíno que se extiende de sur a norte desde playa Malarrimo, en Baja California Sur, hasta el cerro de Santo Domingo, en Baja California.