En 1309, el lugar de Rota se segregó del señorío de Sanlúcar como parte de la dote matrimonial de Isabel Pérez de Guzmán, hija de Guzmán el Bueno, al contraer matrimonio con Fernán Ponce de León, fundador de la casa de Arcos, pasando el castillo a dicho linaje, cuyas armas figuran en él en varios lugares.