En el claustro hay unos frescos de los siglos XIII-XIV que decoran los sepulcros y se abre una serie de capillas, entre las que se cuentan la de Talavera, la de Santa Bárbara, con el sepulcro del obispo Juan Lucero, en la que se realizaban los exámenes de grado de la Universidad, la de Santa Catalina y la de San Bartolomé o de Anaya.