En 1554, se alzó Francisco Hernández Girón; en 1542, fue capturado y ejecutado en el Cuzco Diego de Almagro el Mozo, fugitivo después de la derrota de Chupas; en 1548, hubo la rebelión de los encomenderos conducida por Gonzalo Pizarro, también ajusticiado en la ciudad; en 1572, fue ejecutado en la plaza mayor cuzqueña el último de los incas rebeldes, Túpac Amaru I, cuya muerte daría lugar al mito de "inkarrí".