Después de Chacabuco viajó a Lima, donde fue nombrado gobernador de Chiloé por el virrey Pezuela el 20 de marzo de 1817 en reemplazo del viejo y renunciado coronel Ignacio Justis (o Yutis), en aquella época una gobernación política y militar dependiente del Virreinato del Perú, asentándose en la villa de San Carlos de Chiloé, actual ciudad de Ancud en el norte de la Isla Grande, y allí organizó su defensa frente a las expediciones dirigidas por la República de Chile, derrotando en Agüi la comandada por Lord Cochrane en 1820 y en Mocopulli la de Ramón Freire en 1824, pero en una nueva expedición y tras los combates habidos en los campos de Pudeto y Bellavista (14 de enero de 1826) convino con el jefe del ejército expedicionario chileno el Tratado de Tantauco (15 de enero de 1826), en virtud del cual Chiloé fue anexado a la República de Chile.