Otros arqueólogos se muestran renuentes a considerar válidos los hallazgos de Tlapacoya, y atribuyen la asociación del hogar y su forma circular, la obsidiana y los restos orgánicos a factores ambientales como la acción de otros animales, la mecánica del suelo y los flujos acuáticos en este lugar que estuvo en la orilla del lago de Chalco.