Mosquera posee una gran variedad de vegetación, principalmente acuática; las principales especies vegetales son el Pasto Kikuyo, el Barbasco, el Botoncillo, el Buchón de agua, el lirio acuático, la Cortadera, la Espadaña, la Guaba, el Helecho de agua, Junco, el Junco pequeño, la Lenguevaca, la Lenteja de agua y la sombrilla de agua