Lo que hoy es la ciudad de Hecelchakán fue fundado aproximadamente entre los años de 1500 y 1600 por pobladores mayas de la antigua ciudad de Xkalumkin, en los alrededores de un cenote, que como en el resto de la península de Yucatán son los únicos cuerpos permanentes de agua dulce de los cuales se pueden abastecer las poblaciones.