Hijo de Jorge Huneeus Lipmann —ciudadano alemán, oriundo de Bremen— y de la compositora Isidora Zegers —viuda del coronel británico Guillermo de Vic Tupper Brock—, hizo sus estudios secundarios en el Instituto Nacional, donde haría clases de matemáticas y humanidades mientras seguía Leyes en la Escuela de Derecho de la Universidad de Chile.