Tras el estallido de la Guerra Civil los frentepopulistas lo convirtieron en prisión y lugar de fusilamiento para los alzados o los simpatizantes de la "causa nacional", haciéndose famoso el Foso de Santa Elena, donde fueron asesinados militares, curas, conservadores, jóvenes falangistas, estudiantes, empresarios, requetés y todos aquellos que fueran considerados de derechas.