Paralelamente, las relaciones entre el papa y el cardenal Colonna se iban enturbiando a medida que el primero abandonaba el partido filoimperial para acercarse al bando francés; todavía en abril celebraban juntos la liga pactada entre la Santa Sede y el reino de Nápoles, pero en octubre se destapaban las verdaderas intenciones de Clemente: su enviado Girolamo Morone trabajaba para formar una alianza entre Francia, los Estados Pontificios, Venecia y Milán contra el imperio, e intentaba atraer a su cuñado el marqués de Pescara prometiéndole el trono de Nápoles, pero éste descubría todo el plan.