Debido a que el estado guatemalteco se estaba viendo afectado tanto por el cólera morbus como por la sublevación de la facción de la montaña liderada por Rafaél Carrera que ya había logrado deponer al jefe supremo de Mariano Gálvez, el 9 de marzo de 1838, siendo jefe supremo del Estado Timoteo Menéndez, el presidente de la federación Francisco Morazán partió desde Santa Ana con un contingente de 1300 soldados, llegando a Guatemala el 14 de abril de ese año en donde logró varias victorias tras las cuales regresó a San Salvador en los últimos días de junio, dejando al mando del ejército de operaciones al coronel José Antonio Carballo.