Comenzó entonces su lucha por las cátedras: la de "Biblia", que había dejado vacante Gregorio Gallo, más adelante nombrado obispo de la diócesis de Orihuela, cátedra ganada por Gaspar de Grajal; la de Santo Tomás, que ganó al año siguiente, 1561, frente a siete aspirantes y entre ellos el maestro dominico Diego Rodríguez.