A finales del siglo XX, y por causas ajenas a la investigación arqueológica, Las Cogotas volvió a ser intervenida: En 1983 se aprobó un proyecto de construcción de una Presa de Las Cogotas, cuyo estribo izquierdo y aliviadero se apoyan en la ladera oriental de la parte baja del cerro de Las Cogotas, por lo tanto, una parte del yacimiento arqueológico –el 30 % del “encerradero de ganados”– quedaba cubierto por la aguas cuando estas alcanzasen la cota máxima del embalse.