El Colegio Convento de la Madre de Dios fue fundado por María de Mendoza, hija de los condes de Mélito, en 1565, como parte de la ciudad universitaria de Alcalá, aunque la construcción actual data de los siglos XVII y XVIII, ya que el edificio original se quedó pequeño y además era estructuralmente deficiente, si bien es probable que la portada del convento del inmueble definitivo, por la que actualmente se accede al Museo, esté reutilizada del anterior.