El nombre de "San Fernando" es usado en honor al santo patrón del fundador del Real Sitio Fernando VI de España, cuya onomástica corresponde a la de otro rey del medievo Fernando III de Castilla, llamado el Santo; y el complemento "de Henares" proviene del río Henares, si bien río más vinculado al devenir histórico del municipio, ha sido el Río Jarama, que bordea el casco urbano por el Este, no en vano, el municipio se denominó "San Fernando de Jarama" hasta que en 1916, el ayuntamiento pleno, sin una justificación aparente, decide cambiar el apellido fluvial, por el del río Henares.