En ese mismo año, con la creación del Estado Soberano de Santander, Murillo Toro fue elegido por la Asamblea de Diputados de ese territorio como su primer presidente para el periodo de 16 de octubre de 1857 al 16 de octubre de 1859, pero presentó renuncia a su cargo el 10 de enero de 1859 para ocupar un escaño en el Senado.