El plan de manejo del parque nacional destaca los valores a conservar en el mismo: condiciones atmosféricas excepcionales; sistema hídrico de la ladera occidental de la sierra del Tontal y la biodiversidad asociada; tres ecorregiones representadas: Monte de sierras y bolsones, Puna y Altos Andes; presencia de especies endémicas y especies con algún grado de amenaza; especies de valor funcional; recursos paleontológicos de alto valor científico; recursos culturales.