El lago es oligotrófico (pobre en nutrientes) y la ictiofauna nativa es relativamente escasa, y las únicas especies endémicas son "Rasbora tobana" (en rigor casi endémica, ya que también se encuentra en algunos afluentes que desembocan en el lago) y "Neolissochilus thienemanni", localmente conocido como el pez Batak.