A petición también de Carlos de Anjou, quien pretendía hacer resurgir el Imperio Latino de Oriente establecido como consecuencia de la Cuarta Cruzada, Martín IV excomulgó, el 18 de noviembre de 1281, al emperador bizantino Miguel VIII Paleólogo con lo que provocó la ruptura de los lazos de unión que con la Iglesia ortodoxa se habían establecido tras el XIV Concilio Ecuménico celebrado en 1274 en Lyon.