A partir del último cuarto del siglo XV, San Sebastián, de ser un emporio mercantil, pasará, por su situación estratégica, a ser plaza militar; y su puerto principal, Pasajes, pasará de ser esencialmente comercial, a cumplir las funciones de base naval de la Escuadra Cantábrica, fuerza marítima que mantendrá durante siglos (hasta el XIX) la lucha contra las escuadras francesa, holandesa y británica.