Si bien el canal puede ser empleado en ambos sentidos de navegación, la prohibición de navegación aguas arriba más allá del puerto de Zárate ("km 114") para buques de gran porte, hace que para entrar al Paraná más allá de esta localidad se emplee el brazo del Paraná Bravo y del Paraná Guazú cuya vinculación al río de la Plata se da por la costa del Río Uruguay.