Desde el año 2009, la Comisión se integra por cuatro Direcciones: la Dirección de Evaluación Institucional; la Dirección de Acreditación de Carreras; la Dirección de Desarrollo, Planeamiento y Relaciones Internacionales y la Dirección de Administración, además de un Departamento de Asesoría Letrada (CONEAU, 2012).