En 1954, Hoover apoyó la acusación del científico Edward Teller y otros personajes políticos contra el físico nuclear Robert Oppenheimer, considerándole un "espía del comunismo", esto se debía a que Oppenheimer tuvo amoríos con una activista del Partido Comunista llamada Tean Tatlock y a su arrepentimiento por haber participado en el Proyecto Manhattan.