Entre estos casos se hallaba el asesinato del arzobispo de San Salvador, Óscar Arnulfo Romero, ocurrida el 24 de marzo de 1980 atribuido a la acción de los escuadrones de la muerte; así como también la matanza de campesinos conocida como Masacre del Mozote y los homicidios de seis sacerdotes jesuitas, acontecidos el 16 de noviembre de 1989, atribuidos a la acción de unidades de la Fuerza Armada; así como las ejecuciones extrajudiciales de alcaldes y miembros del gobierno atribuidos a milicias de la guerrilla del FMLN.