Los primeros problemas de la disciplina son la definición de qué sea la ciencia (un problema no historiográfico, sino epistemológico, de filosofía o sociología de la ciencia), su identificación o no con la ciencia moderna surgida de la revolución científica del siglo XVII (un cuerpo de conocimiento empírico y teórico, producido por una comunidad global de investigadores (la comunidad científica) que hacen uso de técnicas específicas y reproducibles para observar y explicar los fenómenos de la naturaleza) y cuáles serían sus objetivos (el puro conocimiento, el autoconocimiento, o la aplicación a finalidades prácticas que mejoren la vida humana —ciencia pura o ciencia aplicada—).