Los "Diálogos filosóficos en defensa del atomismo" del fraile mínimo Juan de Nájera, publicadas con el pseudónimo Alejandro de Avendaño (1716) iban precedidos de una extensísima "censura" de Zapata que defendía las nuevas corrientes filosóficas, donde se declara antiaristotélico en cuanto a filosofía natural y opone a la misma la nueva física y los criterios empíricos, considerando inútiles las formas sustanciales.