Cuando la base de NERV es atacada por el ejército Japonés, Misato protege a Shinji, en el transcurso es herida de un balazo en el vientre, pero logra llevar a Shinji hasta un elevador para conducirlo al EVA-01 y le dice que no se rinda, que debe salvar a la humanidad, le entrega su cruz para que lo recuerde e incluso, le daría "un beso de adulto" y diciéndole que harían "el resto" cuando regrese, lo cual nunca pudo suceder.