Esto se hizo en un primer momento por la Orden de Defensa 1076/2005 que ampliaba la estructura poniendo bajo su dependencia el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (CIFAS) y multitud de órgano de asistencia, asesoramiento y auxilio, tales como Gabinetes, un equipo legal y diferentes unidades y jefaturas para el desarrollo de las competencias del JEMAD, además de absorber las competencias de la Junta de Jefes de Estado Mayor que desapareció este mismo año.