No obstante, la temporada 2016-17 sería una de las más históricas en los más de 100 años de existencia del Atalanta, alcanzando la clasificación directa (4º puesto) para la Liga Europa de la UEFA de la temporada 2017-2018, una gran proeza para un equipo modesto, superando y dejando atrás a equipos del calibre de la Associazione Calcio Firenze Fiorentina o la Associazione Calcio Milan, equipos asiduos a jugar en Europa.