El bajo rendimiento de la moto hizo que para 2007 Checa decidiese volver a Honda y fichó por el equipo privado LCR Honda de Lucio Cecchinello donde pilotó la nueva Honda RCV212V de 800cc pero no tenía el trato preferente de fábrica que si tenía por ejemplo el equipo Repsol Honda de Pedrosa, esto unido con el bajo rendimiento de los neumáticos de Michelin en la mayoría de las carreras frente a los Bridgestone hizo que Checa poco pudiera hacer ante pilotos oficiales y con neumáticos Bridgestone.