El parque del Cimatario se encuentra en constante amenaza ya que los terrenos aledaños a él, se han venido cediendo de una manera corrupta por intereses de los gobiernos y cada vez es más pequeña su extensión territorial sin que se haga nada, su flora y su fauna están amenazadas, el cerro del cimatario es el último pulmón de la Ciudad de Querétaro misma que se encuentra gravemente contaminada además que es uno de los últimos lugares donde se puede disfrutar de un paisaje silvestre dentro de la Urbe.