Junto con las exhibiciones permanentes, el museo también es anfitrión de otras pequeñas y de gran escala, algunas veces en colaboración con otras instituciones.En 2002 fue anfitrión de una exhibición llamada En busca de Teotihuacán: Arqueología y ciencia, dedicado a la ciencia relacionada con excavaciones y la interpretación de los restos de las ciudades antiguas.