El poder judicial en la ciudad se encuentra conformado por el Tribunal Superior del Distrito Judicial de Florencia, que cuenta con jurisdicción sobre todo el Caquetá, y además es cabecera de círculo judicial sobre los municipios de Florencia, La Montañita, Puerto Milán y Solano, al cual está asignado el centro penitenciario y carcelario El Cunduy, localizado en el norte de la ciudad.