Tras su entronización, y debido al enfrentamiento, iniciado por su antecesor, con el Senado romano que le exigía la renuncia al poder temporal, se vio obligado a abandonar Roma para instalarse en Viterbo ciudad en la que en 1145, se reúne con Arnaldo de Brescia llegando a un precario acuerdo por el que se mantiene el Senado pero reconociendo la superioridad pontificia, lo que permite el regreso de Eugenio a la Ciudad Eterna.