En el terreno de la química, relacionada todavía con la alquimia medieval, hubo escasos avances: Georgius Agricola fundó la mineralogía moderna, clasificando los minerales según sus caracteres externos ("De Re Metallica", 1556); Paracelso aplicó la alquimia a la medicina, estudiando las propiedades de los minerales como fármacos, en el transcurso de cuyas investigaciones descubrió el cinc; Andreas Libavius escribió el primer tratado sobre química con una mínima base científica ("Alchimia", 1597), e introdujo diversos preparados químicos, como el ácido clorhídrico, el tetracloruro de estaño y el sulfato amónico, así como la preparación del agua regia.