Existen además numerosos arroyos que descienden desde las laderas del Volcán Malintzin y que tras atravesar la mancha urbana de Puebla de Zaragoza desaguan en la Presa de Valsequillo, la mayoría de ellos han formado barrancas en su descenso debido a la naturaleza del suelo que atraviesan, dichas barrancas han sido en muchos casos urbanizadas o presentan grave deterioro ecológico; el principal de estos es el Arroyo Alseseca y al noroeste del territorio el Arroyo Actiopa-Ametlapaneca.