O'Neille solicitó que el archipiélago fuera puesto bajo jurisdicción del Virreinato de Nueva Granada, acto que se dio el 20 de noviembre de 1803, en el cual la corona española emitió una cédula real que puso al archipiélago de San Andrés y la Costa de Mosquitos desde el Cabo Gracias a Dios hacia el río Chagres bajo jurisdicción de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá y concedió al gobernador Tomas O'Neille un sueldo de dos mil pesos fuertes anuales.