El 15 de marzo de 1882, el presidente Rafael Zaldívar develó un monumento en su memoria, ubicado en la Plaza Francisco Morazán, y, el 14 de marzo de 1887, la Asamblea Nacional de la República de El Salvador sustituyó el nombre del Departamento de Gotera por Departamento de Morazán, «para perpetuar el nombre del gran líder de la Unión Centroamericana».