Durante décadas se creyó que algunos canónigos y autoridades eclesiásticas escondieron el cadáver de García Moreno durante la revolución liberal de Eloy Alfaro dada en el año de 1895, debido al temor de que la tumba sea profanada y así escapase de los estragos causados por los montoneros alfaristas en iglesias, conventos, y demás instituciones relacionadas con el clero.