El clima de Uxpanapa es tropical, oficialmente está clasificado como "Cálido húmedo con abundantes lluvias en verano", la temperatura media anual en la mayor parte del territorio fluctúa entre los 24 y 26 °C, a excepción de dos zonas del sur y sureste que registran entre 22 y 24 °C; su precipitación pluvial es de las mayores del país, el promedio anual en la mayoría del municipio es de 1,500 a 2,000 mm y en dos zonas una al extremo sur y otra al este registra un promedio de 2,500 a 3,500 mm.