Las áreas protegidas de Costa Rica dan refugio a cientos de especies de mamíferos, reptiles, aves, anfibios, insectos, peces, plantas y hongos que son objeto de estudio de muchas instituciones a nivel mundial, algunas de estas especies son de gran importancia, porque debido a la destrucción de su hábitat están en peligro de extinción, como varias especies de ranas venenosas, el jaguar, el perezoso de dos dedos, serpientes como la bocaracá o la coral, y aves de gran tamaño como el águila arpía o las lapas verdes, por lo que son necesarios estrictos controles para no afectar el número de ejemplares que quedan.