En 1588, Nicoya fue separada del grupo, situación que se mantuvo durante cinco años, pues en 1593 las autoridades españolas decidieron agregarla a Costa Rica, hasta que en 1602, la Alcaldía de Nicoya volvió a obtener su autonomía, condición que mantuvo durante 185 años, hasta 1787, cuando fue incorporada dentro de la intendencia de León, en el llamado Reino de Guatemala.