La cuenca hidrográfica del río Snake incluye una gran diversidad de paisajes: su parte alta se encuentra en las Montañas Rocosas; en la parte central de Idaho el río fluye a través de la amplia llanura del río Snake («Snake River Plain»); a lo largo de la frontera Idaho-Oregón, el río atraviesa la región del cañón Hells Canyon, parte de una región fisiográfica llamada meseta del Río Columbia («Columbia River Plateau»), a través de la que el río Snake fluye por Washington hasta su confluencia con el río Columbia.