En el año 1954, Fernández decide retornar a Caracas y después de conversar con el presidente Marcos Pérez Jiménez sobre la necesidad de contar con un centro de investigación de alto nivel—al estilo norteamericano o europeo— obtiene el apoyo gubernamental para fundar el "Instituto Venezolano de Neurología e Investigaciones Cerebrales" (IVNIC), dándole una magnífica ubicación geográfica en la cumbre de una montaña llamada Altos de Pipe (estado Miranda).