En 2006-07 Nenad estaba cuajando su mejor temporada en la liga, seguía mejorando sus números y su jerarquía en el equipo, pero se rompió el ligamento anterior cruzado frente a Los Angeles Lakers el 22 de diciembre de 2006, perdiéndose toda la temporada y acabando por tanto en 16.4 puntos y 6.8 rebotes.