Pero las diferencias más importantes que tienen con la población no sólo africana sino del resto del mundo, están a nivel genético; tal como afirma Sarah Tishkoff, genetista en población africana de la Universidad de Pensilvania, que sugiere que los khoisán son el linaje humano con el ADN más antiguo, debido a que probablemente se produjo una fractura genética en África que habría ocurrido a causa de condiciones áridas que llevarían a una escisión entre los seres humanos del este del continente africano y los del sur, pues se sugiere que el África oriental sufrió una serie de fuertes sequías, entre 135.000 y 90.000 años atrás, que casi provocaron una extinción de la especie humana.