A pesar de la excomunión, el Emperador inició de nuevo la Cruzada el 28 de junio de 1228, y ante las noticias de que el Papa había invadido el reino siciliano regresó a Italia en mayo de 1229, derrotó al Papa, y ambos bandos pactaron la paz en los tratados de San Germano el 20 de julio de 1230, y de San Ceprano, el 28 de agosto de 1230, de manera que Federico II devolvía al Papa los territorios pontificios ocupados y las posesiones pontificias en Sicilia, y el Papa levantaba la excomunión al Emperador, y también se acordó la paz con la Liga lombarda.