Fue fundador y miembro del movimiento de los Hermanos de Plymouth que en 1848 se dividieron entre los exclusivistas dirigidos por Darby y los abiertos entre los que se contaba Müller, quien además no compartía la doctrina de Darby sobre el rapto de la Iglesia antes de la Gran Tribulación, ya que Müller pensaba que la Escritura afirma claramente que el Señor Jesús no vendrá hasta que la apostasía haya tenido lugar y el Anticristo haya sido revelado ("Mrs.