Tras desaparecer Atlético Yucatán, los hermanos Arturo y Mauricio Millet Reyes querían mantener un equipo de Primera División 'A' en Mérida, motivo por el cual invitaron a Francisco Ibarra de Quevedo, dueño de Nacional Tijuana, a trasladar su franquicia a Mérida, este acepto y el equipo se convirtió en Mérida Fútbol Club.