A medida van surgiendo sistemas de separación en capas que intentan disciplinar un poco las metodologías de programación envueltas en el desarrollo con PHP, pero que no hacen otra cosa que acercarse más y más a otras herramientas ya existentes en otros entornos de desarrollo más complejos y pensados desde sus orígenes para proyectos más grandes, como pueden ser J2EE (Java), .NET (C#) o Django (Python).