En un principio todo el software que existía para los Macintosh tendría que ser reescrito, pero Apple, para hacer una transición más suave, introdujo en el sistema operativo un emulador por software de las instrucciones 68k a las instrucciones PowerPC, emulador que funcionaba relativamente bien con la mayoría del software, sobre todo aquel que no hacía llamadas directas a funciones del hardware o no utilizaba ciertas características del procesador 68040, como las instrucciones de coma flotante, realmente el emulador no usaba el conjunto de instrucciones completo del 68040 sino las características e instrucciones del 68EC040.