El terreno sobre el que se desarrolló la batalla dificultó a sus comandantes controlar y seguir los acontecimientos que se producían en otros sectores del campo de batalla, y el cuartel general de McClellan estaba a más de una milla de distancia en la retaguardia (en la casa de Philip Pry, al este del riachuelo de Antietam), dificultando el control de las distintas divisiones de su ejército.