Como parte de la Guerra de Independencia poco se puede decir de actividades militares, lo más usual es el paso de los contingentes realistas y de que el pueblo albergo una guarnición militar, era uno de los pasos obligados a la ciudad de México y por eso se puso una garita de revisión de pasaportes para los viajeros que deseaban salir o entrar a la ciudad de México, eso junto a San Pedro Cuajimalpa y Cuautitlan, de lo poco destacable esta la participación de 30 vecinos organizados por los hacendados como parte del ejército realista en la Batalla del Monte de las Cruces en 1810, el asalto a un hijo del hacendado Gabriel de Yermo por parte de un salteador llamado Pedro Rojas "el Negro" quien lo mató, por ese hecho el gobernador mexiquense Lorenzo de Zavala le puso su nombre a un calle de Tlalpan y se llamaron las cuevas que rodeaban a Tlalpan ("Grutas de Pedro el Negro"), Además está el paso y estadía de José María Morelos y Pavón el 21 de noviembre de 1815 luego de ser capturado, cuando era llevado a la ciudad de México para ser juzgado, ese día fue recibido por muchos de los vecinos que vitoreaban a las tropas realistas.