El milenio empezó con aspectos negativos tal como fueron las finales del CampeonatoFederal de 1999 y las sanciones que provocaron sobre el club, pero no todo fue malo ya que durante el 2000 se disputaría en Montevideo el VII Campeonato Panamericano de Clubes en el cual Aguada participaría debido a ser finalista del Federal del 99.