Academia Fútbol Club surgió en un principio como una escuela de formación de jugadores entre 18 y 25 años por la caja de compensación familiar Compensar en 1999, bajo el nombre de Escuela de fútbol Compensar - Master Card pero ya llevaba dos años de historia siendo finalista de los torneos de fútbol juvenil de la capital bajo el nombre de Compensar Fútbol Club luego con el patrocinio de Master Card empieza a competir en el campeonato aficionado de la Primera C del fútbol colombiano.