En el nuevo gobierno, Bawoyeu fue nombrado para el cargo de primer ministro, un puesto en gran parte vacío de poderes que desempeñó hasta el 20 de mayo de 1992, cuando fue reemplazado por Joseph Yodoyman, un sureño como él; este apartamiento fue sentido por Bawoyeu como un acto de ingratitud política, transformándolo en un acérrimo opositor al presidente.