Excepto en el Pequeño Atlas, donde se documenta deformación paleozoica, el resto de la cordillera se ha formado durante el Cenozoico (últimos 65 Ma) mediante la compresión de cuencas extensivas anteriores (mesozoicas) que seguían una distribución espacial similar al actual Atlas y cuya formación tuvo lugar durante la apertura del océano Atlántico (separación de América y África).