La primera medida que tomó el Directorio fue la destitución de las autoridades provinciales y locales (gobernadores civiles, alcaldes, presidentes de las diputaciones) que fueron sustituidas por militares, cuya primera misión fue el restablecimiento del orden público por el método expeditivo de declarar el estado de guerra, lo que suponía la suspensión de las garantías constitucionales (como la inviolabilidad del domicilio, la libertad de reunión y asociación, etc.) y la atribución a la jurisdicción militar de los "delitos políticos" (incluidos el de ostentar banderas no nacionales o utilizar en actos oficiales lenguas no castellanas) y buena parte de los delitos comunes.