Los Tipo 209 generalmente son armados con 14 torpedos y los usados por Grecia, Corea del Sur y Turquía fueron adaptados para lanzar misiles antibuque "Sub-Harpoon", mientras que los 2 Tipo 209 de la Armada de Chile han sido recientemente actualizados y han sido dotados con la capacidad de lanzar misiles SM39 Exocet, para así homologar este tipo de armamento en su flota de submarinos, junto con los 2 Clase Scorpène que posee su armada.