Debido al alejamiento de los prelados frente al avance o el triunfo de la causa patriota, fue durante algunos años (1826-1835) el único obispo existente en territorio peruano; y con tal carácter dirigió sus preces al papa León XII (1828) para que fuesen reanudadas las relaciones de la Santa Sede con el gobierno del Perú, en atención a la necesidad de sacerdotes y la dificultad de acudir a su consagración en las provincias apartadas.