Etimológicamente su denominación toponímica procede del vocablo romano Palus ("laguna"), y de hecho se llamó únicamente Palos hasta 1642, pero a mediados del siglo XVI los primeros cronistas de Indias, Gonzalo Fernández de Oviedo y Francisco López de Gómara, creyendo que Palos y Moguer eran un solo pueblo, crearon el incorrecto e inexistente "Palos de Moguer", que se extendió con gran velocidad, pasando a enciclopedias y manuales de estudio.