El presidio fue extinguido por real decreto de 8 de agosto de 1800, posteriormente pasó a ser en el siglo XIX prisión provincial; después, entre los años 1941 a 1969 fue un almacén de trigo del Servicio Nacional de Cereales; para ser demolida el 5 de mayo del año 1969; en el solar que allí quedó se construyó la actual Escuela de Ingeniería Minera e Industrial de Almadén, perteneciente a la Universidad de Castilla-La Mancha.