Operativamente cuenta con siete Comandos Aéreos de Combate (CACOM), un Comando Aéreo de Transporte Militar (CATAM) y un Comando Aéreo de Mantenimiento (CAMAN), que operan en todo el territorio colombiano, y cuatro Grupos Aéreos, a saber: del Caribe (GACAR), del Oriente (GAORI), del Casanare (GACAS) y del Amazonas (GAAMA).