Para quienes hayan jugado el primer juego "Fullmetal Alchemist and the Broken Angel", descubrirán que pueden realizar combos diferentes al trasmutar el brazo de Ed, y descubrirán nuevas armas con respecto al entorno; también aparecerán enemigos como Scar (en español, "cicatriz"), el sacerdote Cornello, y una breve intromisión al final de Lust ("lujuria"), Gluttony ("gula") y Envy ("envidia").