Los amiloplastos al igual que otros plástidos poseen el genoma del endosimbionte en el núcleo de la célula que los alberga, donde codifican y regulan proteínas estructurales, biosintéticas por lo que actualmente son incapaces de sobrevivir de forma autónoma; de tal manera, el proceso de diferenciación de los amiloplastos, junto con la regulación de la expresión de los genes plastídicos, depende tanto de proteínas codificadas por el genoma organelar, como del importe continuo, coordinado y regulado de proteínas codificadas en el núcleo.