El desarrollo de la mayoría de los compromisos vinculados a este Acuerdo fue encargado a comisiones con participación de representantes de los pueblos indígenas, según el principio expuesto en el preámbulo donde dice que “todos los asuntos de interés directo para los pueblos indígenas demandan ser tratados por y con ellos, y que el presente Acuerdo busca crear, ampliar y fortalecer las estructuras, condiciones, oportunidades y garantías de participación de los pueblos indígenas”.