Destacan: el "Tríptico de la Pasión", óleo del último cuarto del siglo XV del denominado Maestro de la Leyenda de Santa Godeliva y que estuvo en la parroquia de Santa María de Villacones de Salinas de Añana; el "Tríptico de la Virgen con el Niño, Santa Catalina y Santa Bárbara", óleo del Maestro de Fráncfort, de entre 1510 y 1520, en depósito del Santuario de Nuestra Señora de la Antigua de la localidad vizcaína de Orduña; conjunto funerario de los Martínez de Salvatierra, integrado por el "Descendimiento", óleo flamenco anónimo sobre tabla, de la escuela de Brujas y hacia 1525, copiado de Hugo van der Goes, más esculturas doradas y policromadas en relieve, procedente todo él de la parroquia vitoriana de San Pedro; la "Crucifixión" de Ambrosius Benson; el "Tríptico de la Epifanía" de Pieter Coecke; los cinco "Bustos Relicarios de Santa Úrsula y sus compañeras mártires", de principios del XVI y procedentes de la iglesia de San Vicente en Vitoria; y una selección de "Vírgenes de Malinas".