Subsistía, sin embargo, el mensaje primitivo de Jesucristo, apoyado por interpretaciones legitimistas como la de San Francisco de Asís o tomadas como heréticas (las de Prisciliano, los Albigenses, John Wycliff, Jan Hus y otros), hasta que un lento proceso de secularización en Europa, fundado en esos precedentes y acelerado con el Humanismo del Renacimiento y de la Reforma, fue separando cada vez más a la Iglesia del Estado, incluso ya en la Edad Media con la querella de las Investiduras que enfrentó a papas y reyes cristianos entre 1073 y 1122 y cuando los gibelinos tomaron posición contra la asunción de un poder excesivo por parte del Papa y su intromisión en los asuntos políticos y económicos.