De esta época provienen la mayoría de los monumentos, destacando la Catedral (construida tras ser abatida la vieja mezquita), el palacio episcopal, la iglesia de las Santas Justa y Rufina, los "mojones del Reino" (mandados a poner por Fernando el Católico en la frontera con Castilla (actual lugar de Desamparados), el convento y otros palacios y monasterios.