La institución no vive los mejores años de su existencia, el gobierno ecuatoriano decretó que las Fuerzas Armadas, ni ninguna institución pública puede aportar a una entidad, esta situación afectó mucho al club ecuatoriano, y los problemas económicos no se hicieron esperar, y por si eso fuera poco, uno de los misterios más molestos para el club, el manejo del capital obtenido por transferencias de jugadores de renombre al exterior; situaciones que se han venido acumulando y han salido a luz pública en estos tiempos.