Nace en el rancho de Patillos, perteneciente a la Hacienda de Bañón, Fresnillo, Zacatecas, en el día de San Francisco, fue el tercer Francisco de la familia, su abuelo y su padre de nombre Francisco Bollaín y Goitia, de origen vasco, que fue administrador de haciendas, su madre Andrea Altamira, mujer de extraordinaria belleza, muere al nacer Francisco, por lo que no tuvo un sólo recuerdo de ella, de la que guardó una viva imagen fue la mujer que lo amamantó, al igual que de la que se encargó de su crianza.