El Comando Conjunto y el director del ISSFA negaron la existencia de sobreprecio y se negaron a pagar, provocando que Correa remueva a todo el Comando Conjunto y el directorio del ISSFA en el 2016, colocando uno nuevo, pero sin lograr aplacar las tensiones, ya que tuvo protestas por parte de oficiales en servicio pasivo, además de que el nuevo Comando Conjunto mantuvo la postura de su predecesor.