En la temporada 2008/2009 se proclamó, por segunda vez en su historia, en el campeón de la Copa Federación al derrotar en la final al Rayo Vallecano "B" y disputó la promoción de ascenso a 2.ª siendo derrotado por 1 gol a 2, por el Villarreal "B" en el partido de vuelta de la tercera y última eliminatoria, en el Estadio La Victoria.