El nombre de Sangonera proviene de la palabra "sanguinaria", que proviene de una batalla que tuvo lugar por la zona, entre árabes y visigodos, aunque no se sabe bien de donde proviene el nombre, ya que también puede deber su procedencia a "Sangre Negra", por un enfrentamiento entre Fernando III el Santo y Mohamed Ben Hud, en la zona, o también por la abundancia en estas tierras de unas especies vegetales identificadas como Sanqunayra, ya sea por el color de su fruto o de su savia, se le llama "verde" porque se regaba con las aguas del río en su crecida, así como del aprovechamiento del agua en la zona y así se distingue entre Sangonera la Verde y Sangonera la Seca.