No obstante, las disensiones internas en el seno de la coalición, en la que fueron postergados los comunistas (el Partido Comunista sudanés fue disuelto en 1965) y los representantes del Sur, hicieron que entre 1966 y 1969 se sucedieran una serie de gobiernos inestables que fracasaron en su intento de dotar al país de una constitución y de resolver las disidencias internas, y el 25 de mayo de 1969 se produjo un nuevo golpe militar.