Entre los síntomas no digestivos, puede aparecer cualquiera de los siguientes: dolor de cabeza o migraña, neblina mental, fatiga crónica, fibromialgia, dolor de articulaciones o muscular, entumecimiento de piernas o brazos, hormigueos en las extremidades, dermatitis (eccema o rash cutáneo), trastornos atópicos, asma, rinitis, alergia a uno o más inhalantes, alimentos o metales (tales como ácaros del polvo, gramíneas, parietaria, pelo de perros o gatos, mariscos o níquel), intolerancias alimentarias asociadas (principalmente intolerancia a la lactosa), depresión, ansiedad, anemia, ferropenia, deficiencia de ácido fólico, trastornos de la alimentación, otros trastornos neurológicos y psiquiátricos (tales como la esquizofrenia, el autismo, la neuropatía periférica, la ataxia, el trastorno por déficit de atención con hiperactividad, alucinaciones, que algunos autores han denominado "gluten psicosis").