Hidrológicamente el territorio es complejo, debido a la escasez de precipitaciones que originan que solo existan corrientes menores casi siempre estacionales, y su conformación topográfica, que hace que dichas corrientes desciendan de la serranía central divididas en las vertientes del Océano Pacífico y del Golfo de California y que tras cortos recorridos desagüen en el mar; esto tiene como consecuencia que al presentarse lluvias fuertes casi siempre causadas por huracanes, dichas corrientes son conviertan en torrentes que arrasan con cuanto se encuentra en su cauce, cortando caminos y carreteras; entre los arroyos más extensos se encuentran El Salado o Santa Rita, La Presa, Los Algodones, Las Liebres y Las Pocitas-La Soledad, todos ellos ubicados al norte del territorio; Como se mencionó anteriormente, la Sierra de la Giganta y la Sierra de la Laguna que recorren longitudinalmente al territorio lo dividen en dos vertientes que constituyen dos regiones hidrológicas, hacia el este, al Golfo de California la "Región hidrológica Baja California Sur-este (La Paz)" y al oeste al Océano Pacífico la "Región hidrológica Baja California Sur-oeste (Magdalena)", ambas se dividen en cuencas, que son: en la región Baja California sur-oeste el extremo norte lo forma la "Cuenca Arroyo Venancio - Arroyo Salado" y el sur la "Cuenca Arroyo Caracol - Arroyo Candelaria", en la región Baja California sur-este la mitad norte la constituye la "Cuenca Isla Coronados - Bahía La Paz" y la mitad sur la "Cuenca La Paz - Cabo San Lucas".