El terremoto de 1687 causó mucho daño a la catedral, y no obstante todas las precauciones tomadas en la construcción, el terremoto de 1746 vuelve a dañar la estructura y casi la reduce a ruinas precisándose de una nueva reconstrucción, gobernaba a la sazón el Virrey José Antonio Manso de Velasco, quien dispuso se levantara en el mismo lugar una nueva catedral en 1758.