Desde Guadalajara, donde se retiró, levantó formal queja a Carlos IV contra el Cardenal Francisco Antonio de Lorenzana, Inquisidor general: pidió la revisión de las piezas del proceso, y como los vientos eran favorables a sus ideas, logró un decreto, redactado por Mariano Luis de Urquijo, en que se prohibía a los Inquisidores prender a nadie sin noticia del Rey, pero el decreto no llegó a publicarse.