Era nieto materno de Diego Ortiz de Zárate y Zárate, señor de la Casa de Zárate que en el año 1521 fuera armado caballero de la Espuela Dorada en Aquisgrán por el emperador Carlos V y luego caballero de la Orden de Santiago en 1543, además de ser contador de la Casa de Contratación de Sevilla desde 1535 hasta 1555, y de su cónyuge María Idiáquez Olano, y por ende, Juan era bisnieto materno del capitán Juan Ortiz de Zárate y su mujer Juana Fernández de Zárate y Ugarte.