Sin embargo, la situación se volvió muy crítica y a mediados de julio supo que las avanzadas realistas llegaban a La Quiaca y decidido a no dejar en manos del enemigo nada que le pudiese ser útil, organizó durante agosto el llamado "Éxodo Jujeño", ordenando a la población civil replegarse junto con el ejército y quemar todo lo que quedase detrás, para entorpecer el avance enemigo.