Desembocan en el golfo varios ríos, siendo los más importantes: el río Amatillo, que desagua en la bocana conocida como Bocana del Pecho, que entra en la bahía de la Unión, la más occidental de las bahías en que se divide el golfo; el río Goascorán (130 km), que sirve de frontera entre El Salvador y Honduras y que también desemboca en la bahía de la Unión; el río Nacaome, que desemboca en la bahía de Chismuyo; el río Choluteca (210 km), que pasa próximo a la ciudad del mismo nombre y el río Sumpile.