A principios de 1609 emprendió viaje a Lima por tierra para comenzar el reconocimiento de su Arquidiócesis, y tras recibir el palio en Quito, el 3 de mayo, de manos de su obispo fray Salvador de Rivera, tomó posesión de la sede limeña el 4 de octubre de ese año, siendo recibido por el virrey Marqués de Montesclaros.