Para cumplir esta condición, en 1464 intercambió Sede con su tío materno Alonso I de Fonseca, arzobispo de Sevilla, yendo cada uno a la sede del otro, como Administradores Apostólicos; arreglados los problemas por Alonso I en menos de cinco años, quiso volver a Sevilla pero su sobrino se negó (1469), y hubo de recurrir a la fuerza, con intervención armada del Duque de Medina Sidonia y de Beltrán de la Cueva apoyado en la visita de Enrique IV a Sevilla para hacerse obedecer, reforzando la bula papal de Pío II de 18 de octubre, de la que Alonso II, enamorado de Sevilla, no hacía caso.