Después de permanecer durante un tiempo en los campos de concentración de Westerbork en Países Bajos y Auschwitz en Polonia, Ana y su hermana mayor, Margot, fueron deportadas a Bergen-Belsen, donde ambas murieron durante una epidemia de tifus, primero Margot alrededor del 12 de febrero y poco después Ana alrededor del 15 de febrero (el tifus fue causado por la extrema falta de higiene en el campo de concentración).