En la Guerra de los tres Años o Guerra de Reforma, combatió al lado del General conservador Miguel Miramón en Jalisco y Colima, hasta que salió de Colima en 1860, cuando fueron desalojados los conservadores, pero luego regreso al estado de Colima y triunfó en batalla, con lo que fue nombrado Gobernador, Jefe Político y Militar del Territorio de Colima, hasta el 24 de marzo de 1860 en que fue desalojado y se fue a Tepic, Nayarit.