La fauna de los pantanos es también muy abundante; predomina la fauna acuática y anfibia, con especies de peces, como la mojarra, el bagre y el pejelagarto, símbolo de la fauna endémica de Tabasco; hay una gran variedad de reptiles; entre los que destacan los quelonios con especies locales como el pochitoque, la hicotea, guao y tres lomos; los cocodrilos y lagartos y gran variedad de serpientes.