A principios de los noventa, el CD Almazora jugaba en la Tercera División, pero con la reestructuración de la competición perdió la categoría, por lo que tras varias temporadas compitiendo en Preferente, rozó el ascenso a la Tercera División en múltiples ocasiones, ya que en la temporada 2006/07 consiguieron un segundo puesto que les permitió optar por el ascenso por tercer año consecutivo.