Durante su gobierno tuvo lugar en Guadalajara, en mayo de 2004, la cumbre de jefes de estado y de gobierno de América Latina, el Caribe y la Unión Europea, durante su realización ocurrieron en Guadalajara violentas manifestaciones de grupos altermundistas -destruyendo mobiliario urbano, aparadores comerciales, haciendo pintas en los templos coloniales más antiguos de esa ciudad y agrediendo severamente a policías dotados con equipo antimotines- contra la cumbre, la fuerza pública reprimió severamente estas manifestaciones, según varias versiones incurriendo en violaciones a los derechos humanos, por lo cual ha sido acusado por Amnistía Internacional  y por la Comisión Nacional de Derechos Humanos de México  de ser responsable, como Gobernador de Jalisco, de tomar decisiones que derivaran en arrestos injustificados, lesiones y casos de tortura en contra de participantes en dichas manifestaciones.