A diferencia de otros juegos de Metroid, donde Samus se aprovechó de las armas y habilidades disponibles, se desactiva la mayoría de ellos hasta que el Comandante Adam Malkovich autoriza su uso, a pesar de los usos obvios para ellos, por ejemplo, ella no se volvió en su trajes resistentes al calor Varia, que le habría permitido evitar la adopción de los daños causados por altas temperaturas habitaciones, hasta que Adán se aprobó después de haber pasado por varias salas de este tipo.