La suntuosa pintura de la cúpula es una de las pocas pinturas al temple conservadas en México y que consagra el triunfo de la Eucaristía, es obra del pintor barroco Cristóbal de Villalpando realizada en el año de 1688, por encargo del obispo Manuel Fernández de Santa Cruz, logrando un gran conjunto de figuras en vivos colores a la manera de los grandes maestros italianos del siglo XVII.