Desde el año del 2006 a la fecha la dirigencia de este sindicato lo ha llevado a pactar con el Gobierno del Perú en repetidas ocasiones, este hecho ha ocasionado el rechazo de un sector de los maestros peruanos los cuales se agrupan en una facción denominada CONARE (Comité Nacional de Reorientación del SUTEP) bajo la dirigencia del profesor huancaíno Robert Huaynalaya Camposano.