Por otro lado, para la refrigeración de la central se emplean las aguas del río Ebro, produciéndose un aumento de su temperatura de más de 15 grados, lo que provoca enormes problemas de eutrofización y alteración en el río, a pesar de que la autorización otorgada a Nuclenor por la Confederación Hidrográfica del Ebro especifica que "en el río -Ebro- el máximo incremento admisible para la temperatura tras la zona de dispersión térmica, respecto a la temperatura aguas arriba, será en cualquier caso de 3 grados".