El 23 de enero de 1932, durante la persecución religiosa llevada a cabo por la Segunda República Española, el gobierno republicano disuelve la Compañía de Jesús y se incauta de todas sus propiedades, incluido el colegio, que destinan a cuartel del Regimiento de Infantería de Montaña Simancas nº 40, lo que conlleva a su total destrucción durante la guerra civil.