El deán Funes tomó parte activa en la querella; marchó dos veces a Buenos Aires a reclamar denodadamente el cumplimiento de las reales cédulas; pero las nuevas provisiones obtenidas venían a estrellarse ante las dilatorias opuestas por el doctor don Victorino Rodríguez, gobernador de Córdoba, entregado a la influencia de los franciscanos, y enemigo de Funes por celos literarios y rencores de familia.