Tras pasar por manos de la Orden de Santiago, primero, y de la basílica de Santa Leocadia de Toledo, después, el monasterio de Santuy fue anexionado en 1510 por el Cardenal Cisneros al Colegio Mayor de San Ildefonso como lugar de retiro y residencia de descanso para estudiantes, profesores y prelados (incluido el propio Cardenal Cisneros) de la Universidad de Complutense, funcionando a tal efecto durante algo más de un siglo.