Desde el traslado de la universidad, la "Casona" permaneció como un local de gran valor histórico e importancia no solo para la universidad sino para la ciudad, razón por la cual en 1989 la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Agencia Española de Cooperación Internacional y el Instituto Nacional de Cultura suscriben un convenio Perú-España para conseguir la restauración del complejo arquitectónico y adecuándolo a nuevo uso como espacio dedicado a la cultura, investigación y creación artísticas.