El 26 y 29 de enero de 2006, el club afronta sus primeros partidos internacionales amistosos, San Martín goleó al entonces subcampeón colombiano Real Cartegena de Colombia por 3-0 jugando de visita en el Estadio Arturo Cumplido Sierra, luego cayó por 5-2 frente al Deportivo Pereira en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.