En marzo de 1946, el Directorado Principal del SMERSH fue resubordinado al Comisariado del Pueblo de las Fuerzas Armadas (Наркомат Вооруженных Сил, "НКВС" en ruso; que luego fue reorganizado y convertido en el Ministerio de Fuerzas Militares, "MBC" en ruso), y descontinuado en mayo de 1946.