Bavispe tiene un territorio fundamentalmente montañoso, alrededor del 90% del territorio se encuentra cubierto por la Sierra Madre Occidental, existen alguna mesetas de escasa importancia, y finalmente una serie de tierras bajas a lo largo del cauce del río Bavispe en el valle donde se encuentra la cabecera municipal, que tiene por esta situación, una baja altitud con respecto al resto del territorio, las mayores elevaciones del territorio de Bavispe son la Sierra La Charola con 2,520 metros de altitud y la Sierra Hachita Hueca con 2,480 metros de altura y que son respectivamente la cuarta y la séptima altitud del estado de Sonora.