Manuel Ugarte fue hijo de Manuel María Ugarte y Menaut, quien tras quedar viudo, perder al menor de sus vástagos y salvarse él mismo milagrosamente de una epidemia de peste que diezmó el sur peruano en la segunda mitad del siglo XIX, Manuel María, que gozaba de una acomodada posición económica, optó en su edad madura por ofrecer su nueva vida al servicio religioso.