La muerte de su madre Isabel, su único hijo varón y el aborto de la esposa de este, la muerte de su primogénita y de su nieto Miguel (que iba a unificar los reinos de los Reyes Católicos con el de Portugal); la presunta «locura» de su hija Juana (que desafió abiertamente a su madre en Medina del Campo) y los desaires de Felipe el Hermoso; la marcha de su hija María a Portugal tras casarse con Manuel I de Portugal y la incertidumbre de su hija Catalina tras la muerte de su esposo inglés, la sumieron en una profunda depresión que hizo que vistiera de riguroso luto el resto de su vida.