Ante la evidente falta de oportunidades en el club español era hora de cambiar de aire, el Sporting Clube de Portugal, uno de los clubes con más historia del país luso se interesó en Fernández y propuso su compra al Villarreal, que aceptó y dejó partir al chileno por un contrato de cuatro años, por € 3,635,000, además de € 250.000 variables.