Aunque se encontraba ausente del país en 1859, cuando se produjo el golpe militar que derrocó a Mora y llevó al poder a su hermano José María Montealegre Fernández, durante el gobierno constitucional de éste (1860-1863) tuvo una importante participación política, ya que fue Secretario de Hacienda y Comercio y Designado a la Presidencia.