Sin embargo, este triunfo era cuestionado por la Alianza Cívica Nacional y Chiapaneca, que argumentaba que un conjunto de irregularidades, como cartografía amañada, aprobación de distritos y casillas atravesando montañas y cañadas en vez de secciones electorales siguiendo la geografía natural para impedir que miles de campesinos e indígenas pudieran votar, recolección de credenciales de elector por parte del Ejército federal; presencia de caciques en las urnas, coacción del voto a través de formas clientelares diversas, amenazas directas y de desaparición o cambio de actas, etcétera, sí afectó los resultados de la elección, modificando la correlación de fuerzas a favor del candidato priísta local.