La Zona Especial de Conservación Río Agüera es un espacio protegido de Cantabria, declarado Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) por Decisión de la Comisión Europea de 7 de diciembre de 2004, designado posteriormente Zona Especial de Conservación mediante el Decreto 19/2017 del Consejo de Gobierno de Cantabria, e incluido en la por la Ley de Cantabria 4/2006, de 19 de mayo, de Conservación de la Naturaleza.