Tras la capitulación de Miranda en San Mateo en 1812 Labatut huyó de La Guaira y se trasladó a Nueva Granada, donde colaboró con las fuerzas independentistas en tomar la ciudad de Santa Marta en 1813, tras lo cual se retiró del servicio activo por desavenencias con los jefes rebeldes, incluyendo varias pugnas con Simón Bolívar.