El clima que se registra en Francisco León se encuentra clasificado como "Cálido húmedo con lluvias todo el año", las temperaturas promedio registradas en el año, fluctúan entre 24 y 26°C, a excepción de pequeña zonas del oriente en donde son un poco menores, registrando entre 20 y 24°C, la precipitación pluvial promedio anual registra de 4,000 a 3,000 milímetros en las dos terceras partes del norte del territorio, mientras que en la tercera parte ubicada al sur es 3,000 a 2,000 mm.