En 1606, tras convertirse al catolicismo en el año 1608 (posiblemente ya en 1606), Elsheimer se casó con Carla Antonia Stuarda da Francoforte (esto es, Estuardo de Fráncfort, tenía antepasados escoceses y como él provenía de Fráncfort) y en 1609 tuvieron un hijo.