Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra ubicar en el grupo 2 de la copa.