En San José se pueden encontrar otros museos destacables como: el Museo de Ciencias Naturales de La Salle, el Museo Postal, Telegráfico y Filatélico de los Correos de Costa Rica, el Museo Para la Paz y el Progreso Humano de la Fundación Arias, el Museo Histórico del Instituto Costarricense de Electricidad, el Museo de Insectos de la Universidad de Costa Rica, el Museo de Criminología del Organismo de Investigación Judicial, el Museo Masónico Rafael Obregón Loría, el Museo de la Comunidad Judía, el Museo de Arte Contemporáneo Italiano, el Museo del Liceo de Costa Rica y el Museo Histórico Dr.Rafael Ángel Calderón Guardia.