La flora de este monumento natural se enmarca dentro de la zona ecológica del Bosque Seco Subtropical (Bs-S), aunque en la costa norte de la Bahía de las Calderas colindante con el campo de dunas y en las zonas inundadas, se encuentra el mangle rojo (Rhizophora mangle), seguido del mangle botón o falso mangle (Conocarpus erecta) en terrenos arenosos y secos.