Pérez cayó en desgracia en julio de 1579, detenido a la vez que la Princesa de Éboli, sería sometido a un largo proceso judicial con potro de tortura incluido, huyendo en abril de 1590 a Aragón para refugiarse en sus Fueros primero y cruzando la frontera a Francia después, sin poder ser cumplida su sentencia de muerte.