Hace muchos siglos un labrador araba cerca de donde hoy está Villarrubio y se encontró una campana enterrada que tenía una inscripción que decía "Soy del Villar", después se comenzó a asentar gente en aquel lugar que fue llamado "Villar" como muchos otros pueblos de Cuenca en los que antes había habido otro pueblo desaparecido (al cual perteneció la campana en este caso) y después se añadió el sobrenombre de "Rubio" debido al color rojizo del barro del suelo (teoría de Heliodoro Cordente Martínez respecto a la palabra "Villar-Rubio".