Durante la Guerra Civil Española una milicia anarquista del Batallón Torres de Valdepeñas, llevó a cabo varias acciones anticlericales como la destrucción de parte del patrimonio artístico del templo, como imágenes religiosas, partes del coro, de la silleria y del altar y el retablo de alabastro de la Virgen de Loreto de la Capilla de Alonso de Coca.