Cada homeodominio consta de tres α-hélices, dos de ellas en conformación "helix-turn-helix" (HTH, al igual que muchos de los factores de transcripción que se unen al DNA interaccionando con el surco menor), mientras que la tercera hélice (“hélice de reconocimiento”) contacta adicionalmente con las bases del DNA a través del surco mayor.