Más arriesgada, su esposa, Luisa Francisca de Guzmán, duquesa de Braganza, le impulsó a ocupar el trono portugués: una poderosa revolución y conspiración dirigida por Juan sustrajo a Portugal, en 1640, de la unión dinástica "aeque principaliter" bajo la Casa de Habsburgo que lo integraba al inmenso Imperio español.