Los dos grandes ríos de la cuenca, el Paraná y el Uruguay, tienen una densa red de afluentes, subafluentes y tributarios menores, como los ríos Paraguay, Pilcomayo, Bermejo, Salado del norte, Carcarañá, río Tercero, río Cuarto, Iguazú, Salado del sur, Gualeguay, arroyo Nogoyá, Mocoretá, Gualeguaychú, Miriñay, Aguapey, Río Negro, Guaycurú, Pilagá, San Javier, Queguay, Arapey, Guayquiraró y Samborombón, entre otros.