La invasión de España por las tropas de Napoleón y los sucesos que ocurrieron el 2 de mayo de 1808 en Madrid durante la Guerra de la Independencia tuvieron una gran repercusión en el Alcázar, ya que el 31 de enero de 1810, cuando los franceses mantenían un gran contingente de hombres y artillería en el Alcázar, este sufre su segundo incendio sin que se sepan las causas, quedando en pie solamente la estructura principal del edificio.