Hidrológicamente el territorio pertenece a dos distintas cuencas y regiones hidrológica, la zona norte y oeste pertenece a la "Cuenca del río San Pedro" y a la "Región hidrológica Presidio-San Pedro", la zona sur y este del municipio a vez pertenece a la "Cuenca del río Huaynamota" y a la "Región hidrológica Lerma-Santiago".