Además de su tarea pastoral en la entonces Villa del Puerto que ocupaba los terrenos linderos al ferrocarril que rodeaban el edificio de depósito del Correo, en la década del 60 Mugica era asesor espiritual de la Juventud Estudiantil Católica del Colegio Nacional de Buenos Aires y de la Juventud Universitaria Católica de la Facultad de Medicina.