En el Torneo Clausura 2009 llegaron a la final y se enfrentaron de nueva cuenta ante Tijuana, Mérida ganó el juego de ida con gol del "Perejita" López y el 24 de mayo, en el juego de vuelta en Tijuana, empataron a ceros lo que fue suficiente para lograr el campeonato de la Primera División 'A'.