El interior contiene 24 columnas de mármol griego, pero la importancia excepcional radica en el ábside, que culmina en un mosaico verde con prados y ovejas, alegoría estas últimas de los fieles a los que acoge un san Apolinar con los brazos abiertos, bajo la supervisión de los doce apóstoles, presentados igualmente como corderos saliendo de Jerusalén y Belén.