Hijo de José Antonio Zarzalejos Altares, Gobernador Civil de Vizcaya y Fiscal del Tribunal Supremo, y hermano de Francisco Javier Zarzalejos (Secretario General de la Presidencia del Gobierno durante los gobiernos de José María Aznar y Secretario general de la Fundación FAES) y de la periodista Charo Zarzalejos.