La difícil convivencia de Pontificado e Imperio ("regnum et sacerdocium") a lo largo de los siglos siguientes dio origen a la querella de las investiduras y a distintas formulaciones ideológicas (teoría de las dos espadas, "Plenitudo potestatis", "Dictatus papae", condenas de la simonía y el nicolaísmo), en las que el papa pretendía marcar la supremacía de la autoridad religiosa sobre el poder civil (lo que se ha venido denominando agustinismo político), mientras que el Emperador pretendía hacer valer la legitimidad de su cargo, que pretendía derivar del antiguo Imperio romano ("Translatio imperii"), así como el hecho material de su capacidad militar para imponer su poder territorial e incluso tutelar la vida religiosa (tanto en los aspectos institucionales como los dogmáticos), a semejanza de su equivalente en Oriente.