En el año 2003, bajo la conducción técnica de Diego Aguirre y con un plantel en el que destacaban el delantero Carlos Bueno y el arquero paraguayo José Luis Chilavert, Peñarol volvió a adjudicarse el Campeonato Uruguayo luego de superar a Nacional por 1-0 el 4 de diciembre de 2003 en el Centenario.