Está demostrado que las mujeres que tienen esta enfermedad tienen mayores probabilidades que otras mujeres de sufrir trastornos del sistema inmunitario, en los que el cuerpo ataca sus propios tejidos (enfermedades autoinmunes) y que las mujeres con endometriosis tienen también mayores probabilidades de sufrir síndrome de fatiga crónica y síndrome de fibromialgia.