En Cádiz, donde hacía escala de su viaje con rumbo al exilio africano, se dio a la fuga y permanece por corto tiempo en Europa, antes de regresar en secreto a Santafé, en abril de 1797; una vez allí, y después del acoso de sus familiares por algunos meses, convino en entregarse voluntariamente (en julio del mismo año) al virrey Pedro Mendinueta, confiado en que pronto obtendría su libertad a cambio de la información que ofreció proporcionar.