El 21 de enero de 2000, fue derrocado cuando las Fuerzas Armadas del Ecuador le retiraron su apoyo luego de que los miembros de la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador, (CONAIE), se tomaran las calles de Quito y avanzaran al Congreso Nacional, apoyados por un grupo de coroneles de las Fuerzas Armadas quienes actuaban de manera independiente a la institución militar.