Tras esa jornada Fernández vivió los días más dulces de su estancia en Castellón, siguió brillando en la Copa UEFA ahora habilitando a Tomasson frente al Elfsborg y a Mavuba frente al AEK de Grecia, pero en un entrenamiento Matías comenzó a tener problemas musculares y se le detectó una pubalgia, producidad por la falta de descanso de Fernández que desde su llegada de Colo - Colo apenas tuvo un relajo, Mati perdió 7 fechas de la Liga y se perdió la fase decisiva de la Copa UEFA donde el Villarreal le echaría de menos y quedaría fuera de la Copa a manos del Zenit, Mati volvió a un Villarreal que en Liga estaba muy encumbrado y fue entonces donde tras la lesión perdió terreno, además, cierto sector de la hinchada comenzó a criticar su falta de gol, Fernández respondió en la fecha 29 marcando un golazo ante el Levante, recibió, amago y disparó desde 25 metros un tiro raso que el portero no pudo detener, gol que calmaba los ánimos, pero que seguía sin consolidar a Fernández en el club, tras un final de temporada donde pasó muy desapercibido, Fernández se despidió de la temporada con un golazo, frente al Deportivo La Coruña, en la fecha 38, la última, que selló el Subcampeonato del Villarreal, la mejor posición en la historia de ese club.