Enrique III intervino en las elecciones papales, que se hallaban en manos de las familias rivales de los condes tusculanos y de los Crescencios, y sujetas a revueltas de la población; así, en el Sínodo de Sutri de diciembre de 1046 depuso a tres papas rivales e impuso sucesivamente a varios papas alemanes como Clemente II (1046-1047), Dámaso II (1048), León IX (1049–1054) o Víctor II (1055-1057), que iniciaron medidas contra la simonía y el nicolaísmo.