Perseguido como supuesto adicto a la causa del pretendiente Don Carlos durante la primera guerra carlista, su hermano el gobernador eclesiástico y su sobrino Francisco Javier García Rodrigo se refugiaron con él en Sigüenza, donde el obispo tuvo que permanecer escondido en la planta baja de la casa de un amigo, en la que al poco tiempo murió por una enfermedad adquirida en el viaje.