Una de ellas continúa una vez que Link venció a Ganon y lo aprisionó en el Reino Sagrado (esta es conocida como «cronología de Link adulto») mientras que la otra sigue los eventos ocurridos una vez que Link es devuelto al pasado y cambió la historia, por lo que Ganon nunca se apoderó de la Trifuerza en su totalidad («cronología de Link niño»).