Los cargos que se le imputan, incluían la no celebración del culto católico, la falta de cruces y pilas bautismales en las iglesias de su jurisdicción, el permitir que los curas de su encomienda se quedaran con los bienes de las personas que fallecían, arrebatándoselos a sus herederos, la negligencia en la que se tenía la evangelización de los indígenas, el cobro de tributos excesivos a los indígenas encomendados, el no pagar a los indios que trabajaban a su servicio, el haber permitido que su madre maltratara a los indígenas y no les diera sustento ni comida, y finalmente, el haber dado numerosas palizas y azotes a los indios, causándoles graves heridas.