En los ciclos o semestres 2006B, 2007A y 2007B, se suman a la oferta del CUCSUR, la Ingeniería en Mecatrónica, la Licenciatura en Nutrición, el Doctorado en Biosistemática y la Maestría en Recursos Naturales; a lo que se añade en el ciclo 2008A, la reactivación de Agronomía, subiendo la matrícula a 2,553 alumnos.