La total separación Iglesia-Estado se expresó en una completa libertad religiosa, en la supresión del presupuesto de culto y clero (concesión a la Iglesia católica desde el Concordato de 1851, que remediaba mediante el pago de salarios a obispos y sacerdotes la privación de recursos a causa de la desamortización), en la prohibición de la enseñanza reglada a las órdenes religiosas y en la supresión de la Compañía de Jesús (basándose en su voto de especial obediencia al papa).