Durante su mandato, Xuárez de Toledo ordenó cerrar las tabernas, a la vez que prohibió la venta de vinos sin licencia y exigió que se bajase el precio del pan; eso molestó a los comerciantes y debido a ello Benito Garcés (quién fuese uno de los alguaciles mayores del alcalde mayor Magaña) y un grupo de mercaderes dirigidos por Goméz Díaz de la Reguera denunciaron a Xuárez de Toledo -de delitos juzgados por el tribunal del santo oficio de la inquisición- ante el obispo guatemalteco Bernardino Villalpando, dicho obispo tenía una fuerte animadversión por Xuárez de Toledo debido a que este era amigo de los monjes y tenía pleitos recurrentes con el clero secular (lo que molestaba al obispo ya que intentaba implementar lo acordado en el concilio ecuménico de Trento, específicamente lo de reducir el poder de las ordenes religiosa y aumentar la influencia del clero secular o diocesano en los pueblos indígenas),