En 1999, Ryosuke Motani instauró el clado Shastasauria para incluir a "Shastasaurus", "Shonisaurus" y varios otros shastasáuridos tradicionales, definiéndolo como un taxón basado en raíces que incluye a "todos los merriamosaurianos más cercanamente relacionados con "Shastasaurus pacificus" que a "Ichthyosaurus communis"." Él también redefinió a Shastasauridae como un taxón basado en nodo que incluye a "el último ancestro común de "Shastasaurus pacificus" y "Besanosaurus leptorhynchus" y todos sus descendientes" y a Shastasaurinae, el cual Merriam nombró en 1908, como un taxón que incluye "al último ancestro común de "Shastasaurus" y "Shonisaurus", y a todos sus descendientes." En un esquema de clasificación alternativa, el paleontólogo Michael Maisch restringió a Shastasauridae al género "Shastasaurus" y situó a "Shonisaurus" y a "Besanosaurus" en sus propias familias monotípicas, Shonisauridae y Besanosauridae.