Fundación Belén Educa fue fundada en 1999 por el empresario Jorge Cisternas Larenas, el Vicario para la Educación de la época, Padre Juan de Castro Reyes y el teólogo Juan Enrique Guarachi García-Huidobro, quienes respondieron al llamado del IX Sínodo de Iglesia de Santiago, que instaba a crear colegios católicos en sectores de pobreza.