Tras el intento fallido de Eggman de robar la Master Emerald, Rouge decidirá seguir al científico a su base, para hacerle a él y a Shadow una propuesta que no pueden rechazar: sus habilidades para encontrar las Chaos Emerald que desean Shadow y Eggman, a cambio de ser partícipe en la conquista del mundo, que pretenden realizar amenazando a la humanidad con el Eclipse Cannon.