En cuanto a las instituciones científicas, aparte de la clásica organización de la profesión médica en las Facultades de Medicina, se instauró el Protomedicato en tiempo de Carlos V, aunque no llegó a ser una institución centralizada, manteniéndose colegios locales como el Colegio de San Cosme y San Damián en Pamplona (que ni siquiera tenía jurisdicción en toda Navarra).