El 3 de mayo de 1965 nuevamente San Salvador es sacudido por un violento terremoto que destruyó gran parte de la ciudad y causó gran cantidad de muertos y heridos; con respecto a los instrumentos sismológicos se tuvo que lamentar la destrucción de los instalados en la estación San Salvador (por la cercanía al epicentro) y por ser sus piezas mecánicas y de gran tamaño; razón por la que en el sismograma solo aparece el inicio del terremoto.