El municipio se encuentra ubicado en la cuenca “A” de la región hidrológica RH-28 correspondiente a la cuenca del Papaloapan, es regado por diversos ríos y arroyos, entre los que destacan el río Papaloapan que sirve de límite natural con los municipios de Chacaltianguis, Tuxtilla, Tlacojalpan y Otatitlán; el Tonto que marca el límite con el estado de Oaxaca; al norte del municipio se encuentran los ríos Hondo y Chino que corresponden a los límites territoriales con Ixmatlahuacan y Tierra Blanca.