Los químicos físicos consideran al muonio como un isótopo del hidrógeno, y consideran su uso en una forma modificada de espectroscopia de resonancia de espín electrónico, para analizar las transformaciones químicas y la estructura de compuestos nuevos o de propiedades electrónicas potencialmente valiosas (esta forma de resonancia de espín electrónico se denomina resonancia de espín muónico o μSR).