Posteriormente, cuando Antonio López de Santa Anna regresó por undécima ocasión a la Presidencia de México en 1853, cambió el nombre del Estado Mayor por el de “Estado Mayor de su Alteza Serenísima”, denominación que al caer Santa Anna volvería a ser la de 1851, fundamentada además con la publicación de un Reglamento firmado por el General Ignacio Comonfort en 1857 en su calidad de Presidente de la República.