Hoy en día, los modernos análisis de filogenia basados en estudios de ADN consensuaron en que las psilotáceas como aquí definidas se posicionan como grupo hermano de las ofioglosáceas (que es un grupo de helechos primitivos con quien comparten importantes caracteres únicos que heredaron del ancestro común a las dos familias) en un nodo basal de los helechos en sentido amplio o monilofitas.