Su fundación data del 22 de mayo de 1656, cuando Don Francisco Nieto Becerra, su esposa doña Juana de Alvarado y Mendoza y su hermana Leonor, firman la escritura de concesión del Patronato del Convento de Franciscanos Descalzos de San Antonio de Padua, con el prior don Juan de San Agustín, con la concesión del rey Felipe IV.