En los años siguientes la universidad autónoma, impulsada por el movimiento estudiantil y los profesores nacionalistas, se convertiría en un actor protagónico de las luchas que finalizarán con la recuperación del Canal a partir de los Tratados Torrijos-Carter de 1977, en jornadas muchas veces sangrientamente reprimidas, como el rechazo al Convenio Filós-Hines el 22 de diciembre de 1947, la Operación Soberanía y el movimiento "¡Más Escuelas, Menos Cuarteles!" de mayo de 1958, la Marcha Patriótica a la Zona del Canal del 3 de noviembre de 1959 y el Día de los Mártires en 1964.