El caudal del río originalmente no incluía al río Mezcalapa, puesto que no existía el río González, que en la actualidad es el que une las dos cuencas, y no fue después del rompido de Nueva Zelanda que las dos cuencas se unieron a través del río Viejo Mezcalapa, se estima que originalmente el río Usumacinta en la barra de Frontera desfogaba casi 3000 m³/s, de los cuales el Grijalva acarrea alrededor de 1300 m³/s y el Usumacinta aportaría cerca de 1700 m³/s, pero desde la desviación del río Mezcalapa su caudal ha variado alcanzando los 4500 m³/s, para descender poco a poco hasta aproximadamente 3250 m³/s en la barra de Frontera, la barra del río Samaria desfoga en la actualidad aproximadamente 1100 m³/s, finalmente el San Pedro y San Pablo, y el río Palizada desfogarían cerca de 600 m³/s lo cual indicaría que el sistema Usumacinta-Grijalva-Mezcalapa acarrearían al mar aproximadamente 5250 m³/s lo que lo convierte en el sistema hidrológico más caudaloso de México y Centroamérica.