Tras el retorno a la democracia, el Cosena fue criticado principalmente por la gobernante Concertación, ya que a juicio de sus personeros sus atribuciones lo hacían «un órgano antidemocrático», ya que bastaba que dos comandantes en jefe de las Fuerzas Armadas acordaran convocarlo y evitaran la autoridad del presidente de la República, pudiendo incluso acusarlo de abandono de deberes al Congreso o al Tribunal Constitucional.