Cuenta con 4 sedes: "Sede Claustro" (sede principal de la Universidad, ubicada en el barrio de la Candelaria, donde se ubican los principales centros docentes y de investigación), Sede Quinta de Mutis (ubicada en el sector del Siete de Agosto, dispone de aulas de clase e informática, laboratorios de práctica, campos deportivos y una biblioteca médica, es también donde se encuentran todas las carreras relacionadas con la salud), Sede Hospital Universitario Mayor (donde la Escuela de Medicina y Ciencias de la Salud despliega su actividad teórico-práctica junto con otros dos centros de alto nivel pertenecientes a su red hospitalaria), y la "Sede del Emprendimiento y la Innovación" (campus ubicado al norte de la ciudad, sede de la Escuela de Administración.