Las áreas protegidas dentro del estado suman 62 229 091.20 hectáreas (incluyendo las 333 768.50 hectáreas del arrecife Alacranes), de los cuales 60 347.82 hectáreas le pertenecen a la reserva de la biosfera de ría Lagartos y 61 706.83 hectáreas a la reserva estatal de Dzilam.