El padre Palou fue llamado a la Ciudad de México y allí sirvió a su orden hasta 1767 cuando junto con el padre Fray Junípero Serra y catorce misioneros más fueron enviados a la península de Baja California para ejercer su apostolado en sustitución de los sacerdotes jesuitas que fueron expulsados de los territorios americanos por órdenes expresas de la Corona española.