En su primer año el Departamento contó con dos Secretarías de Estado: La de Investigación, ocupada sucesivamente por Carlos Martínez Alonso (2008-2009) y Felipe Pétriz Calvo (2009-2011), y la de Universidades, que en 2009 pasó de nuevo a Educación y que hasta entonces tuvo como titular a Márius Rubiralta i Alcañiz.