Sin embargo, la Comisión Nacional de Bellas Artes, de la que depende el Museo desde 1907, libra una guerra mezquina y artera contra el director para ganar poder sin autoridad, y obtiene su exoneración, el 19 de septiembre de 1910, gracias a la torpeza de un ministro que ni siquiera tuvo en cuenta que estaría de vuelta en su casa, por cambio de gobierno, tres semanas más tarde.