Finalmente, el juicio comenzó el 17 de octubre de 2013 con 36 personas procesadas de las 43 inicialmente previstas, ya que cuatro fueron excluidas por el fiscal, Josu Urrutikoetxea estaba huido desde noviembre de 2003, Jon Idigoras murió en junio de 2005 y Jon Salaberria estaba preso en Francia desde mayo de 2008.