En San Miguel se encuentran 32 cantones: Altomiro; Anchico; Cerro Bonito; Concepción Corozal; El Havillal; El Jute; El Niño; El Papalón; El Progreso; El Sitio; El Tecomatal; El Volcán; El Zamorán; Hato Nuevo; Jalacatal; La Canoa; La Puerta; La Trinidad; Las Delicias; Las Lomitas; Miraflores; Monte Grande; San Andrés; San Antonio Chávez; San Antonio Silva; San Carlos; San Jacinto; Santa Inés; El Amate; El Brazo; El Delirio; y El Divisadero.