En 1762 emprendió la publicación de su «Flora española o historia de las plantas que se crían en España», con criterios tournefortianos (lo que le llevó a enfrentarse a Carlos Linneo), de la que sólo alcanzó a publicar cuatro volúmenes y que quedó inconclusa a su muerte y terminada por Casimiro Gómez Ortega, uno de sus sucesores y responsable del traslado del Real Jardín desde Migas Calientes a su actual localización junto al Museo del Prado de Madrid.