El 16 de enero de 1945, Barkhorn fue nombrado "Geschwaderkommodore" del Jagdgeschwader 6 (JG 6), una unidad asignada a la Defensa del Reich y equipada con cazas "Focke Wulf Fw-190D" (aunque Barkhorn prefirió seguir pilotando el caza "Bf 109G-6").