Después de su ordenación sacerdotal, Juan Subercaseaux continuó sus estudios de Filosofía y Teología en Roma, inicialmente en la Pontificia Universidad Gregoriana y, posteriormente, en el Pontificio Collegio Pío Latino Americano de Roma y en la "Accademia dei Nobili Ecclesiastici" (denominada actualmente "Pontificia Academia Eclesiástica"), donde obtuvo el doctorado en Filosofía y Teología.