En 1557 se comienzan a sufrir las primeras incursiones de los piratas en las costas de Centla, y en 1558 los piratas se apoderan de la Isla de Tris (hoy Isla del Carmen), intensificando sus ataques a la capital provincial de Tabasco, la cual incendian y destruyen en muchas ocasiones, destacando los ataques de 1597, 1600, 1614 y 1639, lo que provoca que poco a poco los habitantes de la villa de Santa María de la Victoria vayan abandonando la ciudad, hasta que el 24 de junio de 1641 las autoridades españolas por decreto firmado por el Virrey Diego López Pacheco trasladan los poderes de la provincia a la villa de San Juan Bautista (hoy Villahermosa), con lo que los pocos habitantes que quedaban abandonan la villa de Santa María de la Victoria.