Cuenta con los siguientes afluentes en el corregimiento El Cacao: Quebrada Cogollales con 1.8 km, Quebrada El Potrero con 3.8 km, y Quebrada El Tigre con 2.1 km sin embargo el mayor afluente del Río Payita es el Río Grande el cual nace y drena en el corregimiento de Arenas.