Sin embargo, la expedición fue problemática: no habían pasado muchos días cuando dentro del fuerte crecía la escasez de alimentos, y se incrementaba el clima insalubre que afectaba a los colonos, además de la amenaza persistente de los indios urabaes, quienes atacaban a los españoles con flechas envenenadas, de las cuales el mismo gobernador quedó herido en una pierna.