En 1580 Francisco Becerra salió de México llamado por el virrey del Perú para realizar las obras de la catedral de Quito y Cuzco dejando inconclusas las obras de la catedral, que fueron retomadas entre 1587 y 1590 por orden del virrey Álvaro Manrique de Zúñiga sobre la base de una nueva traza y en las que tuvieron que trabajar naturales de Tlaxcala y Cholula.