En sus conclusiones, la CEH señaló que más del 83% de las víctimas fueron mayas y asignó la responsabilidad institucional por el 93% de las violaciones a agentes del Estado, principalmente pertenecientes al Ejército; también concluyó que agentes estatales, en el marco de las operaciones contrainsurgentes realizadas entre los años 1981 y 1983, cometieron actos de genocidio en contra de grupos del pueblo maya.