La última autorización de funcionamiento tenía su alcance hasta julio de 2009, fecha en la cual el Gobierno autorizó una prórroga hasta el 2013 basado en un informe del CSN que establecía una serie de límites y condiciones que la empresa operadora debía cumplir, entre los que destacan importantes obras para la adaptación tras el accidente de Fukushima (mismo modelo de reactor y contención, aunque el diseño de Garoña fue mejorado una vez la central fue puesta en servicio) y los nuevos impuestos aprobados por el Gobierno.