Después de intensas oraciones, entonces en un trance profundo —según relato de San Buenaventura— el mismo Nazareno se le presentó, crucificado, rodeado por seis alas angélicas, y le imprimió las señales de la crucifixión en las manos, los pies y el costado; posteriormente, sus hermanos vieron los estigmas de Francisco, que él conservó por el resto de su vida.