De acuerdo con el decreto 1735 de agosto de 2001 que fija la Red Nacional de Carreteras, son dos las carreteras troncales cruzan el departamento: la Troncal Central (ruta nacional 45A) que conecta a Bogotá con Chiquinquirá y Saboyá, y sigue hacia el norte al departamento de Santander, y la Troncal Central del Norte (ruta nacional 55), que desde la autopista del norte en Bogotá entra al departamento de Boyacá pasando por los municipios de Ventaquemada, Tunja, Paipa, Duitama y Soatá, siguiendo hacia el departamento de Santander (una variante de esta ruta se desvía en Duitama a Sogamoso).