Entre los puntos polémicos de su gobierno está la respuesta dada por el Estado chileno a las reivindicaciones territoriales y de autodeterminación de los pueblos indígenas mapuche, su actuación en problemas de índole ambiental, el Caso MOP-GATE, la preparación de ciertas reformas que se implementaron en el gobierno siguiente de Michelle Bachelet como el Transantiago, y la instauración del Crédito con Aval del Estado (CAE).