Sin el debido control y por haber sido considerado una pila de papeles viejos, el archivo sufrió la sustracción de documentos muchas veces inconsciente y otras interesada, como el hecho de que no existe una sola firma del obispo Palafox, atribuida a que los alumnos más aventajados del Seminario Palafoxiano les era premiado con una firma original del prelado como recuerdo.