La historia de Bionicle nos habla de la historia de Mata Nui (abordada desde seres que habitan dentro de este, el universo Matoran) y su misión para reparar Spherus Magna, que abarca con una cronología irregular desde los eventos de la Guerra del núcleo, la separación de Spherus Magna (lugar de origen de Mata Nui) en Bara Magna y sus dos lunas (Aqua Magna y Bota Magna), hasta la reunión de estas y la derrota de Makuta Teridax (principal villano de la saga).