En el inicio del sexenio de Ernesto Zedillo en 1994, la Secretaría de Pesca recibió facultades del área de Ecología, para convertirse en Secretaría del Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca; con ello la de Agricultura y Recursos Hidráulicos se convirtió en Secretaría de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural.