La "Ley que crea la Agencia Espacial Mexicana" establece que cuenta con una Junta de Gobierno integrada por quince miembros que sesionará por lo menos cuatro veces al año, un Director General nombrado para un período de cuatro años nombrado por el Presidente de la República, un órgano de vigilancia y una estructura orgánico-administrativa definida por la Junta de Gobierno.