La función principal de la zonulina es regular el flujo de moléculas entre el intestino y el torrente sanguíneo, aflojando las uniones estrechas intercelulares (los "poros" del intestino) para permitir el paso de nutrientes y bloquear el paso de macromoléculas, fragmentos de nutrientes incompletamente digeridos, toxinas y microorganismos del intestino proximal.