CTA ayudará a explicar el mecanismo de los púlsares, la transferencia de materia en sistemas binarios, el funcionamiento de las Galaxias Activas e incluso aportar datos sobre las teorías que apuntan a que los fotones más energéticos viajan a más velocidad que los menos energéticos (se conoce como "no-invariancia Lorentz") o la identidad de la materia oscura.