En el verano de 2009 cambia su denominación a Club Atlético Malagueño, tras ser aprobado el cambio por la RFEF el 9 de julio, recuperando la denominación que emplease el que fuese antiguo filial blanquiazul, siendo desde el punto de vista deportivo una temporada triste al quedarse con la miel en los labios y no poder promocionar tras ser sexto en Liga.