Los lienzos del transepto y el presbiterio en la cabecera están decorados profusamente con pinturas murales en grisalla con escenas de la vida de San José y de la Pasión y Muerte de Jesucristo, alternándose con representaciones de las virtudes cardinales y santos agustinos; se las cree realizadas en 1558 por el medinense Luis Vélez.