Tras el proceso independentista ecuatoriano, culminado en 1822 con la Batalla de Pichincha, el palacio se convirtió en la sede del Departamento del Sur de la Gran Colombia, recibiendo al mariscal Antonio José de Sucre y al Libertador Simón Bolívar en algunas ocasiones, quien se maravilló con la elegancia y austeridad del edificio, además de quedar encantado con el buen gusto del Barón de Carondelet (principal impulsor de la obra), por lo que fue el propio Bolívar quien le habría llamado Palacio de Carondelet, incluso firmando varios decretos que redactó en el edificio bajo ese nombre.