Gracias a su éxito como negociador en la renovación del Concierto Económico vasco y al apoyo de Xabier Arzalluz, máximo dirigente del PNV como presidente del Euzkadi Buru Batzar, la Asamblea Nacional del PNV designó a Juan José Ibarretxe como candidato a "Lendakari" en las elecciones autonómicas del 25 de octubre de 1998, siguiendo la tradición del PNV en el que la presidencia del partido y la máxima representación institucional están separadas.