Bernáldez es enjuiciado por el nuevo gobernador que le acusa de haber permitido el comercio de los piratas y sería condenado a que fuera preso a España, pero en Santo Domingo pudo defenderse de la acusación alegando que en aquel momento, cuando le obligaron los piratas, era mejor dejarlos comerciar a que arrasaran la ciudad y acabaran con vidas y haciendas de los vecinos.