Afortunadamente los ingenieros respiraron aliviados al comprobar que el puente seguía de una pieza, las inspecciones iniciales no revelaron ningún daño, sin embargo, días posteriores realizando un examen más detallado, encontraron que en el lecho marino se había abierto una falla justo en medio de las dos torres del puente, esto produjo un hecho alarmante: el anclaje y la torre de la costa de la isla de Awaji se habían corrido más de un metro hacía un lado y lo que era más preocupante, el terremoto había estirado más de un metro la longitud del puente, convirtiéndose en un duro golpe para los diseñadores, ya que este contratiempo pudo suponer un retraso importante en la construcción.