Fueron años de crisis económicas, deportivas e institucionales, incluso descendió a la Serie B por primera vez en su historia, esta racha gloriosa se interrumpió el penúltimo partido del cuadro del inmortal ciclón andino que se disputó en la Serie A del Fútbol Ecuatoriano del año 2002 ante Aucas ocurrió el 6 de octubre de 2002 iba empatando 2 a 2 y todo estaba consumiendo su descenso a la Serie B, Olmedo descendió a la Serie B, cuando Olmedo perdió la categoría después de 30 años y cayó en una profunda crisis económica, deportiva, social e institucional.