Teodora se opuso al apoyo de su marido a la Iglesia calcedonia en las luchas en curso por la predominancia de cada facción.[12] A pesar de pertenecer Justiniano a la Iglesia ortodoxa, Teodora fundó un monasterio monofisita en Gálata y proveyó refugio a los líderes monofisitas que hicieron oposición a la mayoría cristiana ortodoxa en el propio palacio, como a Severo y al patriarca Antimo I.