El juego tiene 3 antagonistas principales: Darth Traya, un misterioso agresor quien permanece en la oscuridad a lo largo del juego; Darth Sion, un Señor Sith muerto viviente con un terrible deseo y odio asesino en contra de los Jedi y , un Lord Sith cuyo cuerpo fue destruido por su gran afinidad a la fuerza.