Cuando logran salir de la base, se dirigen a Kingdom Valley para evacuación, pero el punto de extracción es removido a último minuto por la presencia de Eggman que solicita el Cetro de Tinieblas, Shadow y Rouge son emboscados y Rouge por casualidad rompe el Cetro de Tinieblas, Eggman huye y Mephiles, la criatura dentro del cetro, toma la forma de Shadow para enviarlos a ambos al futuro.