Conjuntamente con su actividad artística, Estellés ejerce la docencia en distintos centros, como el Aula de Música de la Universidad de Alcalá —entre 1995 y 2005—, o los centros de música Musikene (San Sebastián) —de la que fue director artístico en el curso 2008/2009— y Codarts (Rotterdam, en los que es profesor desde 2001 y 2003, respectivamente.