El municipio es atravesado por tres corrientes principales de carácter permanente, el Río Verde, el río Santa María y el río Vaqueros; todos los ríos los recorren en sentido oeste-este, proviniendo del municipio de Ríoverde y continuando hacia el de Lagunillas; el río Santa María se localiza en el extremo sur del municipio y señala el límite estatal con Guanajuato y Querétaro, el río Verde por su parte se encuentra en el norte del municipio y también sirve de límite municipal con Lagunillas; todo el territorio de San Ciro de Acosta pertenece a la "Cuenca del río Tamuín" y a la "Región hidrológica Pánuco".