Manuel estudió en el Colegio de la Inmaculada y siguió estudios superiores en la facultades de Ciencias y Ciencias Políticas de la Universidad de San Marcos, donde se recibió de bachiller en 1907 con su tesis sobre «Los centros de presión hidrostática», y de doctor en 1910 con la tesis «Ensayo sobre el régimen pluviométrico de Lima».