Los principales afluentes del Miriñay son, por el oeste, los arroyos Ayuí Grande, Irupé, Yaguary, Yarupé y Curuzú Cuatiá y por el este, los arroyos Hinojito, Pirití Guazú, Pirití Miní, Aguará Cuá, Yutevú, Quiyatí, Mirungá y Ayuí.