Michael Guevara se inició en las divisiones menores de Universitario de Deportes, con el cual debutó en Primera en el año 2002 con solo 18 años ese año ganó el Torneo Apertura 2002 logrando así clasificar a la Copa Libertadores 2003, en el 2004 comparte el equipo con experimentados como Jose Luis Carranza, Fernando del Solar y Gregorio Bernales clasificando así a la Copa Sudamericana 2005.