Aunque algunos paleoantropólogos dudan de que sea una especie diferente de "Homo habilis", ésta es la opinión más dominante en la actualidad, debido a unas marcadas diferencias morfológicas, entre las que hay que distinguir las siguientes: forma de la cara (principalmente en la región supraorbital y malar, que presenta muy larga, profunda e inclinada hacia delante); medidas craneales en su conjunto (un 45% de las medidas que se compararon entre las dos especies superan el dimorfismo sexual de los gorilas) y el volumen craneal (alrededor de los 750 cm, frente a los 500 cm del "Homo habilis"), aunque en 2007 la capacidad craneana de "Homo rudolfensis" ha sido estimada por Timothy Bromage, antropólogo de la Universidad de Nueva York en 526 cm.