El 12 de septiembre de 1998 Otegi participó en la firma del Pacto de Estella, el cual proponía, para solucionar el conflicto, el inicio de un proceso de diálogo sin «condiciones previas infranqueables» con una segunda fase que exigiría una «ausencia permanente de todas las expresiones de violencia»; propuestas que propiciaron una tregua de ETA.