En verano de 1944, ante la carencia de recursos y repuestos y debido a la baja reputación de los submarinos del tipo II en cuanto a los bajos resultados obtenidos y a los accidentes, el "U 3" fue dado de baja y quedó arrumbado en Gdynia con una tripulación de mantenimiento, y usándose algunos de sus componentes como fuente de repuestos.