Durante todo este periodo, sin embargo, el territorio no logró imponerse "de facto" desde Quito sino que incluso los misioneros dominicos y franciscanos partían a evangelizar a las diversas etnias desde la ciudad de Moyobamba, que pertenecía a la Real Audiencia de Lima, esta presencia eclesial fue además la única presencia significativa en el llano amazónico de los españoles entonces y aún hasta fundada el Estado republicano.