Al regresar de aquella expedición, Hernando Pizarro pretendió atraer a su bando a Saavedra con sus hombres, pero éste que era enemigo de estas luchas fratricidas, no quiso aceptar lo propuesto y se apartó de ambos jefes; cuando supo que Cristóbal Vaca de Castro había llegado al Perú como gobernador con poderes del Rey, se alistó bajo la bandera de éste, y se distinguió en la batalla de Chupas en 1542, en la que fue vencido Diego de Almagro el Mozo.