En mayo de 2012, el Parlamento eligió a Juan Raúl Ferreira para integrar la nueva Institución Nacional de Derechos Humanos del Uruguay (INDDHH), obteniendo la mayor cantidad de votos de los cinco candidatos; los otros fueron Juan Faroppa, Ariela Peralta, Mariana González Guyer y Mirtha Guianze.En septiembre de 2017 anunció su alejamiento del Partido Nacional cuestionando "la falta de wilsonismo" que presenta este partido político.