Si bien la historia y la configuración del juego se mantuvieron sin cambios (aunque unas pocas líneas de diálogo se reescribieron para hacerlas parecidas a la versión original en japonés), se añadieron una serie de características que aparecieron en la secuela " Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty", como la vista en primera persona para apuntar y colgarse por las barras en las paredes.