Tiempo después, los aparoides aparecerían y el equipo Star Fox sería requerido una vez más por el General Pepper, Peppy no volvería como piloto pero asesoraría al equipo en las diversas misiones que enfrentarían, además de una breve aparición en Corneria a los mandos del Arwing, para salvar de una muerte segura al General Pepper; eventualmente el equipo Star Fox llegaría hasta la donde Peppy se sacrificaría de forma casi suicida, estrellando el Great Fox contra el escudo de la base aparoide para permitir que el equipo Star Fox ingrese, el Great Fox estalló por completo, sin embargo Peppy y lograron escapar poco antes de la explosión.