La orografía del Mezquital es intrincada y accidentada, en su extenso territorio se pueden distinguir tres diferentes zonas, la del extremo norte donde se encuentra valles que descienden desde la altas serranías, la región media, totalmente ocupada por la Sierra Madre Occidental, y finalmente la región de las quebradas, formada por los abruptos descensos de la Sierra hacia las llanuras costeras del Pacífico, en esta zona destaca la Cañada del río Huazamota.