El mote de "Ciudad Blanca" deriva, según investigaciones del historiador Michel Antochiw Kolpa, no por el encalado con que solían pintarse sus muros y fachadas desde la época colonial hasta entrado el siglo XX, usándose para ello la cal derivada de la cocción del carbonato de calcio proveniente de la piedra caliza abundantísima en la región, ni tampoco por la proverbial limpieza de la Ciudad, sino de un hecho que se remonta a la fundación de la Ciudad en 1542: Los Montejo padre, hijo y sobrino, conquistadores de Yucatán y fundadores de Mérida, así como sus acompañantes coetáneos y aún después, a lo largo del primer siglo que siguió a la conquista, quisieron por razones de seguridad y de fundado temor, ante la rebeldía pertinaz de los mayas que nunca pudo abatirse totalmente (según lo demuestra la rebelión de Jacinto Canek a mediados del siglo XVIII y la cruenta y prolongada Guerra de castas estallada en 1848 y no concluida sino hasta empezado el siglo XX), hacer una ciudad ""Blanca"", esto es, para los blancos.