Su elección no contó con la aprobación de todo el colegio cardenalicio ya que parte del mismo se opuso a la misma al alegar que se había producido mediante precio (simonía); por lo que los disconformes se reunieron con el cardenal Hildebrando, futuro papa Gregorio VII, que no había participado en la elección por encontrarse en ese momento en Alemania, y procedieron a elegir en la ciudad de Siena, en diciembre de 1058, como sucesor de Esteban IX al obispo de Florencia, Gerhard de Borgoña, quien adoptó el nombre de Nicolás II.