Durante el siglo XIX la universidad acompañó en primera línea a la naciente República de Colombia en la búsqueda de su identidad, luchando a la vez por la preservación de su autonomía y, como se reseña en la propia página web de la institución "a pesar de haber perdido buena parte de su patrimonio, asegurando la continuidad de la tarea educativa, entre el fragor de las batallas ideológicas y de las muchas guerras civiles." Véase: El Modelo Educativo del Colegio Mayor del Rosario durante los siglos XVII y XVIII