Las grandes reformas hechas a mediados del siglo XVI fueron comenzadas por el maestro de cantería Juan de Escarza, arquitecto que seguramente provenía de La Rioja o el País Vasco; una vez fallecido este cantero, el cabildo hizo una nuevo contrato en 1587 con Pedro de Escarza, hijo del anterior maestro de cantería y con Pedro de la Torre Bueras, cantero de Trasmiera (Cantabria).