Esta área es la encargada de la conservación y protección de la cuenca media y baja del río Tempisque y algunas lomas y cerros de la península de Nicoya; además protege y conserva la biodiversidad de los recursos marinos, la vida silvestre, el régimen hidrológico, el bosque tropical seco, las fuentes de agua y nacientes naturales, los hábitat de aves acuáticas, los humedales, el desove de las tortugas, la zona marítimo-terrestre, etc.