Otra característica de FFX-2 es que durante la historia uno puede escoger diferentes misiones alternativas las cuales no entran directamente en la historia, pero que servirán de una u otra forma, ya sea consiguiendo vestisferas, nuevos ítems, o conociendo un poco más de la historia, demás de que por momentos uno podrá decidir que misión aceptar o cual no, lo que traerá por consecuencia cambios en la historia, e incluso en el final del juego ya que este presenta cinco finales: