En el Torneo Verano 2001, se clasificó en segundo lugar general a la liguilla donde en cuartos de final eliminaron a Tecos 7-2, en semifinal empató en el global a 6 goles con Puebla, pero por su mejor posición en la tabla lo clasificó a la final ante el Pachuca, el juego de ida fue para los hidalguenses por 2-1, pero en la vuelta Santos ganó 3-1 con goles de Jared Borgetti y Mariano Trujillo, mientras que el gol del campeonato lo convirtió el brasileño Róbson Luíz, quien de media vuelta batió a Miguel Calero, logrando así su segundo campeonato de liga.