Para el primer álbum de Dream Theater, "When Dream and Day Unite," John utilizó un bajo Ernie Ball/MusicMan Stingray de cuatro cuerdas ampliamente modificado (con una salida en estéreo que enviaba la señal de la pastilla de puente a un canal limpio de un amplificador y la de la pastilla de mástil hacia un canal de efectos/saturación en otro amplificador) y, por supuesto, su Fender Jazz Bass de cuatro cuerdas.