El MUSAC es gestionado por la Fundación Siglo para las Artes de la Junta de Castilla y León y forma parte de la Red de Museos Regionales de Castilla y León junto con el Museo de la Siderurgia y la Minería de Castilla y León (situado también en la provincia de León, en la localidad de Sabero), con el Museo Etnográfico de Castilla y León (Zamora) y con el Museo de la Evolución Humana (Burgos).