La Ley de Amnistía fue abrogada al final del gobierno de Fujimori en el 2000 y, el 21 de marzo del 2001, la Fiscal de la Nación, Nelly Calderón, presentó cargos contra Fujimori acusándolo de ser uno de los "coautores" de esta masacre y de la Masacre de Barrios Altos de 1991.