En 2013, el CNIO estableció una Unidad Pediátrica de Ensayos Clínicos en colaboración con el Hospital Niño Jesús, y en 2014, creó una nueva modalidad de Unidades de Investigación Clínica lideradas por oncólogos del Hospital 12 de Octubre: la de Cáncer Pulmón y la de Tumores Hematológicos.