Aunque no afectada por la Rebelión Tepehuana de 1616, sí lo fue por la de 1644, en que la misión fue atacada y completamente destruida, aunque repoblada y reconstruida al poco tiempo; la misión perdió en ese episodio el esplendor que había tenido en el periodo intermedio a las rebeliones, pasando a depender finalmente de la parroquia de Indé.