Las siguientes temporadas de esa década, pese a contar con grandes jugadores como Juninho (campeón de la Copa Confederaciones con su Selección siendo jugador del Atlético, cuya prometedora carrera fue truncada tras una brutal entrada de Míchel Salgado) o Vieri (quien se alzaría con un trofeo Pichichi y marcaría un espectacular y muy recordado pseudo gol olímpico en Copa de la UEFA), no aportaron más títulos a las vitrinas del Club.