En marzo de 1993 se celebró el VI Congreso de EE, donde una mayoría de afiliados aprobó la fusión con el PSE-PSOE, para dar lugar al nuevo Partido Socialista de Euskadi-Euskadiko Ezkerra (PSE-EE) «con el objetivo de convertirse en una alternativa al PNV en el Gobierno de Euskadi», y en el que algunos dirigentes de EE alcanzaron gran relevancia, como Mario Onaindia, que fue nombrado vicepresidente; mientras que otros, como Xabier Izko de la Iglesia o Roberto Lertxundi, abandonaron la militancia al no aceptar la fusión.