Tras la derrota de Santa Cruz y la disolución de la Confederación en 1839, en el Perú se continuó considerando al defenestrado Protector como un advenedizo, sin embargo esto no impidió que su figura sea incluida posteriormente en diversas obras biográficas sobre personajes peruanos destacados, como también en Bolivia, donde tiempo después de su caída fue reivindicado en vida, ocupando algunos cargos públicos en ese país, a diferencia del Perú en donde quedó desligado totalmente del gobierno tras su derrota en Yungay.