Debía su nombre al ex presidente nicaragüense José Santos Zelaya, quien en 1894 ordenó al general Rigoberto Cabezas Figueroa la ocupación militar y la reincorporación a Nicaragua de la Mosquitia que los ingleses habían usurpado y mantenido durante muchos años como un protectorado británico, y que consistía básicamente en la costa del Atlántico nicaragüense, incluyendo las islas del Maíz ("Big Corn Island & Little Corn Island"), cayos Perlas ("Pearl Cays") y cayos Miskitos.