La subdelegación de San Salvador era administrado por el propio intendente, mientras que en las otras subdelegaciones se nombraba para su administración a un subdelegado de la real hacienda; por otro lado, cada tenencia era liderada por un teniente subdelegado o por alcaldes ordinarios cuando era sede de un ayuntamiento, la excepción a está regla era la tenencia de Metapán (que era administrado por alcaldes nombrados por el intendente, debido a la riqueza de sus canteras, está situación persistió hasta 1810 cuando se le nombró un teniente subdelegado), otras excepciones a la regla eran las tenencias de Zacatecoluca y Chalatenango, en las cuales se nombraba para su administración a un subdelegado de la real hacienda.