El área de la Gobernación de Los Andes perteneció en épocas coloniales al corregimiento de Atacama con cabecera en San Pedro de Atacama, hasta que por la aplicación de la Real Ordenanza de Intendentes de 1782 pasó a ser el partido de Atacama dentro de la intendencia de Potosí del Virreinato del Río de la Plata.