CONICYT fue creada mediante el decreto supremo nº 13123 del Ministerio de Educación Pública, de 10 de diciembre de 1966, dictado por el presidente Eduardo Frei Montalva, y firmado por el ministro del ramo Juan Gómez Millas, el cual fue publicado en el Diario Oficial el 20 de mayo de 1967, como una comisión asesora del presidente de la República en la formulación y desarrollo de una política integral de fomento de las investigaciones en el campo de las ciencias puras y aplicadas, reemplazando en las funciones de fomento e implementación de infraestructura de investigación que hasta entonces poseía el Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas.