El 17 de junio del 2009 fue cedido al Puebla FC por un año, para disputar el Torneo Apertura 2009, jugó quince juegos marcando cinco goles, comandados por Chelis su equipo entró a la fase de liguilla, Borgetti marcó un gol en la ida de los cuartos de final, pero el Cruz Azul eliminó 7-6 al Puebla tras un 4-4 en la ida en el Estadio Cuauhtémoc y un 3-2 en el Azul.