Tras la caída de Constantinopla, de acuerdo con las capitulaciones del Imperio Otomano con la República de Génova, la iglesia, que entonces era conocida por los turcos con el nombre de "Mesa Domenico", permaneció en manos genovesas, aunque entre 1475 y 1478, fue transformada, con modificaciones menores, en una mezquita por orden del sultán otomano Mehmed II y pasó a conocerse como "Galata Camii" (mezquita de Gálata) o "Camikebir" (Gran Mezquita).