Desde el 29 de julio de 1753, cuando era virrey José Manso de Velasco, Conde de Superunda, se había indicado la construcción de un Anfiteatro para la ciudad de Lima, pero no sería hasta que Unanue como catedrático clamara por la creación de un anfiteatro anatómico en el entonces Hospital de españoles de San Andrés (a la usanza española, como el Anfiteatro Anatómico en el Hospital General de Madrid) para una mejor instrucción en el ámbito teórico y práctico de los estudiantes de dicha cátedra.