Alternativamente, puede producirse por diferentes tipos de mutaciones en el mismo gen, o por mutaciones en diferentes genes de la misma vía, pudiendo producir cambios fenotípicos similares; en este caso, el paralelismo aparecerá solo si uno de los tipos de mutación tiene una tasa de mutación mayor (diferencias intrínsecas en la tasa de sustitución o tamaño de secuencia de ADN), o una probabilidad de fijación mayor.