Musser and Carleton (2005) dividieron a la subfamilia en 29 subgrupos de géneros, tratando a Otomyinae como una subfamilia independiente, pero análisis moleculares realizados apoyan su inclusión en la subfamilia (Michaux et al., 2001; Jansa and Weksler, 2004; Steppan et al., 2004; 2005; Jansa et al., 2006).