En las elecciones presidenciales de 1999 apoyó la fórmula triunfadora de La Alianza (Fernando de la Rua-Chacho Álvarez), sin integrarla, manteniendo su posición electoral en Santa Fe y logrando dos bancas en la Cámara de Diputados, mediante la reelección de Carlos Caballero Martín y la incorporación de Maria Emilia Biglieri.