La cancillería afirmó que Raúl Reyes "dirigía desde hace muchos años operaciones criminales en el sur de nuestro país y clandestinamente, desde territorio ecuatoriano sin el consentimiento de ese Gobierno", agregando que Colombia "nunca ha tenido la pretensión o la disposición de irrespetar o vulnerar la soberanía o la integridad" del Ecuador, y expresó su voluntad de "avanzar en el desarrollo de mecanismos de cooperación en la lucha contra el terrorismo".