Sin embargo, Blanco Encalada ante la falta exigió un cargo efectivo para poder luchar en la guerra por lo que al acordarse definitivamente una alianza con el gobierno peruano del general Mariano Ignacio Prado Ochoa y al firmarse un tratado el 14 de enero de 1866, se le dio el 23 de abril el mando de la escuadra combinada chileno-peruana, pero no pudo tomar el mando de esta fuerza inmediatamente ya que el capitán de navío Juan Williams Rebolledo que ejercía provisoriamente el mando de esta escuadra aliada desde antes del nombramiento de Blanco Encalada, se encontraba en la ensenada de Huito esperando la llegada de los blindados peruanos "Huáscar" e "Independencia" para equilibrar las fuerzas y enfrentar abiertamente en el mar a los españoles.