Para alejarse de las intrigas, decidió irse a vivir a la andina ciudad de Tunja, y como tenía la obligación de presentarse en Bogotá, ante la Real Audiencia, el capitán de Zafra puso en venta todos los bienes que tenía en Antioquia, y con su familia, en octubre de 1571 llegó a Bogotá, donde la Real Audiencia pudo probar sus leales servicios a la Corona.