Entre los mamíferos podemos destacar el oso negro asiático, presente en Honshu y Shikoku, aunque extinto en Kyushu, el oso pardo de Hokkaido ("ursus arctos ussuriensis"), isla donde no está presente el oso negro; el jabalí, ausente en Hokkaido, pero presente en el resto del archipiélago, el ciervo sika, el serow japonés (especie de antílope parecido al rebeco, que se encuentra en las montañas de Honshu, y en menor medida en Kyushu y Shikoku); el zorro rojo (ausente de Shikoku), la marta japonesa ("Martes melampus"), el tejón japonés ("Meles anakuma"), presente en las grandes islas, excepto Hokkaido el tanuki, o perro mapache, distribuido por todo el archipiélago.