La Compañía de Jesús, influyente y poderosa también tenía sus detractores y enemigos, a raíz de acusaciones y traiciones fue expulsada de los dominios españoles en 1767, los misioneros jesuitas trabajaron en forma pacífica durante siete décadas en la península de Baja California, hasta que en febrero de 1768 les llegó a orden de expulsión de todos los dominios españoles decretada por Carlos III.