Si bien en los años 30 se le veía como candidato al Premio Nobel por su invención de la angiografía, en 1949, Moniz recibió el Premio Nobel de Fisiología o Medicina (fue el primer portugués en ganar un Premio Nobel), junto con el neurólogo suizo Walter Rudolf Hess ""por su descubrimiento del valor terapéutico de la lobotomía en determinadas psicosis"".