El 29 de octubre de 1939, Bilbao como comandante en jefe de las Fuerzas Armadas de Bolivia, es llamado al Palacio de gobierno para una reunión del consejo supremo con el presidente Carlos Quintanilla Quiroga, apenas entrando al palacio, Bilbao es rodeado por varios hombres y es golpeado severamente con brutalidad hasta dejarlo inconsciente, para luego amarrarlo y llevarlo hasta el Aeropuerto Internacional El Alto, embarcándolo en un avión y exiliándolo a Arica, Chile.