La película bien podría llegar a representar un preludio a los episodios 25 y 26, pero también se puede interpretar como una relación entre el final de la película y los "flashbacks" de los que se compone el final original de la serie, tomando en consideración el complicado estado mental de Shinji y la posibilidad de que su enfrentamiento con el mundo apocalíptico en el que terminó lo haya hecho replegarse dentro de su subconsciente, lugar donde tendrían lugar los últimos episodios de la serie.