Era un hijo ilegítimo de las segundas nupcias celebradas en Portugal en el año 1536 del II señor de la Torre de Palencia, Miguel Jerónimo de Cabrera y Zúñiga (Sevilla, 1483 - ib., 4 de diciembre de 1546), quien fuera nombrado caballero de la Orden de Santiago y comendador de Benazuza y Mures —cuyos padres eran el comendador Pedro de Cabrera y Cabrera y su esposa Leonor de Zúñiga, primera señora de la Torre de Palencia y fundadora del mayorazgo, el 30 de septiembre de 1497, con autorización en Granada de los Reyes Católicos— y de María de Toledo y Hernández del Pedroso (Sevilla, ca.