Eduardo Obregón falleció el 17 de mayo de 2006 y el gobierno regional decretó dos días de luto y banderas a media asta en señal de duelo.Un día después se celebró su funeral en la iglesia de Nuestra Señora del Carmen, situada en el Barrio Pesquero, ante varios cientos de personas, incluido el presidente de Cantabria Miguel Ángel Revilla, y fue enterrado en el panteón familiar de la localidad cayonesa de Esles.