De su época como ministro se recuerda también su relación con el entonces joven capitán del ejército Vladimiro Montesinos, quien oficiaba como su ayudante o asistente, el cual fue acusado de espiar y vender información a servicios de inteligencia extranjeros, pero en ese entonces (1973) fue perdonado por el mismo Mercado Jarrín, sin duda para evitar un escándalo mayúsculo que comprometiese el prestigio de quien era el ministro más importante del Velascato.