Los monjes adujeron al carácter regio que tendría a partir de ese momento el monasterio, incompatible, por tanto, con la carencia de jurisdicción propia:"y en este negocio tuvo prinçipio de quererse los de Lupiana asentar de la jurisdiçion de Guadalajara y hacerse villa y porque pareçia ser negoçio muy perjudiçial a esta casa estar en termino y jurisiçion de tan Ruyn lugar y Ruyn gente procurose suplicar a su majestad que nos diese jurisdiçion de manera que el monasterio estuviese libre con todas sus cosas".El monasterio encargó la tarea de llevar las escrituras al rey a los frailes Juan de la Cruz, secretario del prior, Jerónimo de Almonacid y Bernardino de Salas.