El altar mayor es obra de Juan Antonio Cuervo, quien se encargó como arquitecto con el consenso de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando de la restauración llevada a cabo en 1826; sigue el modelo del que existía antes de ese incendio, que no era ya el retablo barroco proyectado por Francisco Rizi, y lo ocupa el gran cuadro del "Martirio de San Ginés" firmado por José San Martín, «recreación» del óleo destruido de Rizi, del que la iglesia conserva el boceto.