Otras patologías a considerar incluyen trastornos afectivos (como la depresión), la enfermedad celíaca (poco valorada y conocida, puede causar dolor generalizado y fatiga si no se diagnostica y no se trata; es preciso asumir la importante negatividad de los anticuerpos antitransglutaminasa, que dan falsos negativos hasta en cerca de 48% de los casos), la sensibilidad al gluten no celíaca (que con frecuencia esconde una enfermedad celíaca no reconocida ni diagnosticada), la costocondritis, la hepatitis C (más del 15% de los pacientes presentan criterios de fibromialgia, al inicio de la enfermedad hepática), hipofosfatemia (debida a laxantes o antiácidos; ocasiona debilidad muscular, pero raramente dolor muscular), compresión de alguna raíz lumbar (los síntomas solo ocurren en un miembro inferior y suelen empeorar con la maniobra de Valsalva), meningoencefalitis no virales (con secuelas crónicas, con cefalea y dolor difuso), la apnea del sueño (puede originar dolor y fatiga), enfermedades paraneoplásicas (los tumores de pulmón producen de forma significativa sintomatología neurológica, que suele aparecer bruscamente, y en varones fumadores y de mayor edad), las encefalitis y meningitis postvirales, la distrofia simpático refleja (el dolor se localiza en un miembro y existen síntomas vasomotores), estenosis espinal, trastornos de la articulación temporomandibular, enfermedades metabólicas óseas (osteomalacia/osteoporosis), coexistencia de varios reumatismos de partes blandas, miopatías metabólicas, infecciones virales (parvovirus B19, Epstein-Barr) y el síndrome de fatiga crónica.