En 1989, cuando la destrucción de la Casona parecía algo inminente, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI) y el Instituto Nacional de Cultura (INC) suscriben un convenio de cooperación Perú-España para conseguir la restauración del complejo arquitectónico y su adecuación a nuevo uso como espacio dedicado a la cultura, investigación y creación artísticas.