Además, cuenta con algunos centros de investigación dentro de la ciudad de Cuernavaca y en otros sitios del estado de Morelos: el Centro de Investigaciones Químicas (CIQ), el Centro de Investigaciones Biológicas (CIB), el Centro Nacional de Investigación y Desarrollo Tecnológico (CENIDET), el Instituto de Investigaciones Eléctricas (IEE), el Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA) y el Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP) entre otros.