En 1951, terminada la fase secreta, fue rebautizada como Junta de Energía Nuclear (JEN), bajo la presidencia del general Juan Vigón y con Otero de Navascués como director general (más tarde sería de nuevo su presidente), y llevó a cabo desde entonces proyectos de investigación y desarrollo tecnológico, sirviendo de referencia para representar técnicamente a España en los foros internacionales y para asesorar a las administraciones públicas en materias de su competencia.