La ciudad fue construida sobre el estuario del Pregolya (en ruso: "Преголя"; en alemán "Pregel"), río navegable que desemboca en la laguna del Vístula, un entrante natural del mar Báltico, ocupando las dos riberas del río, así como una isla central, el "Kneiphof", cuya peculiar disposición inspiró el conocido problema matemático de los puentes de Königsberg planteado por Euler, y que aborda la ciencia de recorrer grafos y hallar los llamados caminos eulerianos.