Geológicamente, la cuenca del río Sumapaz está compuesta por rocas sedimentarias de edades cretáceas, como las formaciones que componen el Grupo Guadalupe y la Formación Conejo; terciarias como la Formación Guaduas (Tkg) y la Formación Fusa, y depósitos cuaternarios coluviales (Qc) y aluviales (Qa).