El GOE estaba dividido en seis Grandes Logias Regionales: la Gran Logia Regional del Centro, con sede en Madrid, extendía su influencia a Valladolid, Guadalajara, Bilbao, Irún, Vitoria, Cuenca y Segovia; la Gran Logia del Noroeste con sede en Gijón, abarcaba las provincia de Oviedo, León, Lugo, A Coruña, Ourense , Pontevedra, y Santander; la Gran Logia de Levante extendía su competencia por Alicante y Valencia; la Gran logia de Mediodía con capitalidad en Sevilla, comprendía las provincias de Jaén, Cádiz, Córdoba, Almería, Huelva, Málaga, Granada y Badajoz; la Gran Logia del Sudeste de España ejercía su jurisdicción en Cartagena y Albacete; la Gran Logia del Nordeste comprendía Barcelona y Lleida.