En la bahía desembocan el Salado (de 640 km de longitud, sin contar las afluencias del río Quinto procedentes del centro de la argentina y Sur de la Provincia de Córdoba), el Samborombón (de 100 km de longitud), la ría de Ajó y algunos arroyos menores, además de numerosos canales artificiales construidos para drenar los terrenos inundables del este de la provincia de Buenos Aires.