El otro punto polémico fue la cuestión religiosa porque finalmente se estableció la libertad de cultos por primera vez en la historia del constitucionalismo español -en la "non nata" de 1856 también figuraba pero nunca se promulgó- al permitir en una alambicada redacción del artículo 21 «el ejercicio público y privado de cualquier otro culto» no católico, lo que levantó las protestas de los diputados carlistas y de la jerarquía eclesiástica, a pesar de que se mantenía la confesionalidad del Estado y el presupuesto de "culto y clero".