Emre empezó su carrera futbolística en el Galatasaray, uno de los clubes más importantes de su país, a finales de 1996, pero fue en la temporada 1997-98, a los 17 años, cuando empezó a jugar con el primer equipo y a ganarse, poco a poco, la titularidad, coicidiendo su crecimiento en el club, con la mejor etapa del equipo en su historia; además de ganar 4 Ligas turcas y 2 Copas nacionales, conquistó la Copa de la UEFA y la Supercopa de Europa en el 2000.