En 1582 junto al jesuita Prudencio de Montemayor, fray Luis intervino en la polémica "De auxiliis" que había levantado en la Universidad la publicación de la obra del jesuita Luis de Molina "Concordia"; de nuevo se enfrentó a los dominicos hablando sobre la libertad humana, lo que lo llevó a ser denunciado nuevamente ante la Inquisición, aunque esta vez sin otra consecuencia que una suave amonestación del Inquisidor general, arzobispo de Toledo y cardenal, Gaspar de Quiroga.