Junto al tratado se firmó un protocolo complementario que determinaba las condiciones en que quedaría la ocupación militar en el entretanto hasta su retiro: pago por Perú de $300.000 mensuales, abastecimiento desde Chile libre de gravámenes, dos hospitales exclusivos para soldados chilenos y el uso de telégrafos y ferrocarriles en condiciones análogas al gobierno del Perú.