En primera instancia, Juárez, su gabinete y la diputación permanente se dirigieron a San Luis Potosí, donde se establecieron los poderes de la nación; después, el Gobierno de la República itinerante iniciaría su largo andar por diversas partes del país, manteniéndose a pesar de mil vicisitudes como el máximo órgano de representación mexicano durante todo el tiempo que duraría la intervención francesa y el imperio de Maximiliano.