Por su calidad de ciudad minera, existen no sólo en la comuna, sino que dentro del propio radio urbano de la ciudad, importantes problemas de contaminación atmosférica, hídrica y del suelo, derivados principalmente del depósito y levantamiento de material particulado de los tranques de relaves mineros activos y abandonados (por ejemplo, Planta Ojancos, en la ribera sur del Río Copiapó, en el centro de la ciudad; Victoria, Papapietro, Porvenir, San Juan y Castellón, en el sector de Viñita Azul), y de la (Fundición Hernán Videla Lira), en la localidad de Paipote.