Tras entrar en vigor el 18 de junio de 2006, el Estatuto fue recurrido por considerarlo inconstitucional en siete ocasiones por siete instancias distintas: el Partido Popular a través de la firma de sus diputados y senadores contra 187 artículos y disposiciones; el Defensor del Pueblo contra 112 artículos y cuatro disposiciones adicionales, y cinco comunidades autónomas (Comunidad de Murcia, contra el artículo 117, La Rioja contra 12 artículos y siete disposiciones adicionales, Gobierno de Aragón contra una disposición adicional, Generalidad Valenciana contra ocho artículos y cuatro disposiciones transitorias, Gobierno de las Islas Baleares contra lo que establece el Estatuto sobre el Archivo de la Corona de Aragón).