El 10 de septiembre de 2013 la jueza Alaya, titular del juzgado de Instrucción 6 de Sevilla quien tiene a su cargo el caso de los ERE falsos, le ha instruido derechos (es decir, le conmina a designar procurador y abogado para personarse en la causa) tanto a él como a su predecesor como Presidente de la Junta de Andalucía Manuel Chaves y a cinco exconsejeros del Gobierno andaluz: Antonio Ávila, Carmen Martínez Aguayo, Manuel Recio, Francisco Vallejo y José Antonio Viera.