Posteriormente, en el siglo XVI, el monasterio tendrá la protección de la familia Borja, siendo la Duquesa de Gandía, María Enríquez de Luna, viuda del duque Juan de Borja y Cattanei y nuera del papa Alejandro VI, la que realizara obras de ampliación en el monasterio, como el claustro superior de estilo gótico tardío o el aljibe medieval del Patio de los Naranjos.