Entre las cruces caben destacar: la profesional o de altar, hecha en latón, mozárabe con influencias visigodas del siglo X, procedente de Villorobe; el crucifijo de aplique en cobre dorado, grabado y esmaltado, románica del siglo XII, procedente de Terrazas; el pequeño (13 cm.) crucifijo de marfil del Monasterio de San Juan de Ortega, románico del siglo XII; la procesional de cobre dorado y placas esmaltadas, gótica del siglo XIV, procedente de Urrez; la de plata dorada gótica del siglo XV, procedente de la parroquia de Santa María la Real y Antigua de Gamonal, en el mismo Burgos; y la procesional de plata con detalles dorados, gótica del siglo XVI, procedente de San Adrián de Juarros.