Como predicador de reconocido prestigio, pasó el resto de su vida sobre todo entre Évora y Lisboa, donde murió en 1588, según dicen unos, amargado por el gran error que cometió dando validez a las locuras de la llamada "monja de las llagas", ciego y con una salud muy debilitada por ayunos, trabajos, penas y mortificaciones, y según otros refugiado allí de la Inquisición española, que le perseguía por su cercanía a las herejías protestantes, algunos de cuyos textos utilizó en sus obras, o por serlo de hecho.