A pesar de que ya han sido ampliamente superados por otros enfoques más informativos basados en el ADN (como la secuenciación directa del ADN, polimorfismos de un solo nucleótido y microsatélites), aún están entre los sistemas de marcadores más rápidos y más baratos de desarrollar, y son una excelente elección para proyectos que sólo necesitan identificar bajos niveles de variación genética, "e.g" cuantificación de los sistemas de apareamiento.