Sus grandes deseos de volver a las regiones que había visitado unido a cierto desencanto producidos por motivos políticos en su país lo decidieron a renunciar a su cátedra y volver a la Argentina donde el presidente Bartolomé Mitre y su ministro Domingo Faustino Sarmiento, a quien siempre admiró y apreció, lo nombraron Director del Museo de Buenos Aires en febrero de 1862.