Tras su paso por la constituyente regresa al sector privado hasta que en 1998, luego de participar en el triunfo de Andrés Pastrana en las presidenciales, éste lo designa presidente de Ecopetrol, cargo que lo proyecta nacionalmente debido a su polémica con el ministro de Minas Luis Carlos Valenzuela debido a diferencias en cuanto a la política petrolera del gobierno; en 2000 Pastrana decide apoyar las tesis de Valenzuela, lo que desencadena la renuncia de Rodado.