En 1396, Baños de Rioja formó parte -junto a Clavijo, Huércanos, Bobadilla y los núcleos navarros Zúñiga y Mendavia de la dote entregada por Diego López de Zúñiga, Justicia Mayor de Castilla, a su hijo Iñigo Zúñiga con motivo de su matrimonio con una hija natural del rey navarro Carlos III el Noble, Juana.