En lo gubernativo, la relación fue fluctuante, dependiendo del período, las instrucciones que enviaba el rey e incluso las personalidades de las respectivas autoridades (virreyes y gobernadores) y no hubo nunca una anexión formal de la capitanía al virreinato, ya que nominalmente los territorios de Sudamérica española, excepto el territorio de Caracas, y Panamá estaban incluidos inicialmente dentro del mismo, hasta la creación de los nuevos virreinatos de Nueva Granada y del Río de la Plata, quedando por ende bajo su "superior gobierno" (y no bajo su "gobierno directo").