Kennedy también tomó medidas para llevar disciplina a las operaciones de Guerra Fría y acciones paramilitares de la CIA, haciendo un borrador de directiva presidencial que requeriría un cambio en las operaciones respecto a la Guerra Fría en la Junta de Jefes del Estado Mayor y el Pentágono, así como un cambio radical en el papel de la CIA para que se ocupara exclusivamente de la recolección de inteligencia.