Desempeñaba Elías la presidencia de la Corte Suprema cuando renunció la Junta Militar de Gobierno presidida por el teniente coronel Luis Miguel Sánchez Cerro; a falta de sucesor legal, una asamblea de ciudadanos notables reunida por el mismo Sánchez Cerro acordó confiar el ejercicio del Poder Ejecutivo a Elías, como presidente de una Junta de Gobierno Transitoria, de la que también formaban parte el jefe de estado mayor del Ejército, coronel Manuel A.