Hijo de Manuel de Larrañaga, vasco español, integrante del Cabildo en la época virreinal y de Bernardina Pires, natural de Montevideo, hija de Felipe Pires y María Garín (dueños de una estancia entre los arroyos del Sauce y Toledo, y emparentados con la familia Artigas), estudió en Córdoba y Completó sus estudios preparatorios en el Real Colegio de San Carlos, siendo condiscípulo de Gregorio García de Tagle con quien en forma conjunta presentó una tesis que trataba cuestiones de física, química, astronomía —mecánica universal, manchas solares, sistema planetario—, geografía y matemáticas mostrando conocer a Descartes, Newton, Leibiniz, Maupertius, Boscovich —precursor de la teoría de la relatividad—, Nollet y Franklin.Volviendo a Montevideo en 1799, donde se le hizo capellán de las milicias.