Tiene una superficie de 75,2 km² y una población de 9,687 habitantes según el censo de 2001 (de 4 personas que vivían en la Isla Comandante), gracias a un profundo canal natural, y a pesar de que carecen de una infraestructura moderna, Amapala ha sido durante muchos años el principal puerto de Honduras en el Golfo de Fonseca y Océano Pacífico.