Sin embargo, tan sólo cuatro días después, el Presidente de la República decidió pedir tanto a este rector como a José Aguilar Álvarez, designado por el Consejo Universitario, que renunciaran, ya que se había nombrado una junta de avenimiento (la Junta de exrectores) que asumiría el gobierno de la institución y restablecería la organización universitaria.