Este que era Don Luis de Velasco, lo mando llamar a la capital de la Nueva España, para encomendarle la misión de conquistar y pacificar la Región del Nuevo México, en el año de 1594, año en que por la fecha de semana santa había fallecido su esposa Doña Leonor López de Lois y González, hecho que fue aprovechado por un enemigo político de Don Francisco de Urdiñola, de nombre Don Juan Bautista de Lomas y Colmenares que ambicionaba encabezar esta expedición, para acusar a don Francisco, de haber asesinado a Doña Leonor, motivo por el cual fue apresado un día antes de partir en la expedición a Nuevo México.