En dicho cargo emprendió la defensa jurídica de los proyectos del gobierno como la Ley de Justicia y Paz y permaneció un año y cuatro meses en dicho cargo para luego ser incluido por el presidente Álvaro Uribe en una terna de candidatos a la Fiscalía General de la Nación presentada a la Corte Suprema de Justicia en la que resultó elegido en parte gracias al apoyo de los conservadores cercanos a Pretelt.