Su fama como "experto" en jeroglíficos movería a uno de los primeros propietarios del Manuscrito Voynich, Georgius Barschius, a pensar en él como el único capaz de interpretar sus extraños caracteres: le escribió una carta, en 1637, en la que le pedía estudiara el texto y tratara de hallar una solución al problema; esta primera carta se ha perdido pero no parece que Kircher le haya dado ninguna importancia u obtenido algún resultado digno de mención.