Como principal enemigo del FPRLZ se encontraba el general Gustavo Álvarez Martínez (asesinado en 1989 por el grupo guerrillero Chinchoneros), Álvarez Martínez conformó el grupo de inteligencia , encargado de combatir con el apoyo de los Estados Unidos, a las fuerzas de los disidentes, amparándose en la doctrina de conflictos de baja intensidad, torturando y «desapareciendo» (asesinando sin juicio legal) no solo a luchadores sociales y de derechos humanos, sino también a opositores políticos.