Los ríos del Cantón de Naranjal que atraviesan el cantón son el Tura o Boliche, con su afluente el Culebras, que riega el norte del cantón, los ríos Cañar y el Naranjal que atraviesan el cantón y al sur corren los ríos San Pablo, Balao Chico y Jagua en cuyas aguas viven peces como el barbudo, vieja, bocachico y ratón.