Existe una amplia variedad de lenguas indígenas habladas en Cajeme, incluso algunas que no son autóctonas de ésta región de Sonora; principalmente por el fenómeno de la migración de trabajadores agrícolas de muchas partes del país, principalmente del centro y sureste, para trabajar en las plantaciones del Valle del Yaqui y que en ocasiones se quedan definitivamente a residir en la zona, aun así la representatividad de éstas lenguas es muy pequeña; la lengua indígena más hablada es el yaqui con 999 hablantes, seguido del mayo con 657 y muy lejanamente con el guarijío con 38, le siguen con grupos muy pequeños idiomas como tarahumara con 19 hablantes, el náhuatl con 12, el purépecha con 11 y las lenguas zapotecas con 9 y aún otras más con aún menor cantidad de hablantes, sin embargo, existen 924 hablantes que no especifican cual es el idioma materno que hablan.