La Lista Nacional de sitios Natura 2000 está estructurada en cuatro regiones biogeográficas (alpina (gran parte de los Pirineos) atlántica (España Cantabrica), mediterránea y macaronésica (Islas Canarias) y la han propuesto las Comunidades Autónomas a la Dirección General de Medio Natural y Política forestal, Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino quien actuó como coordinador general de todo el proceso y fue el responsable de su transmisión oficial a la Comisión Europea.