Los flood reaparecen en Halo Wars 2 en la expanción Awakening the Nightmare ubicado en la Instalacion 00 (el Arca) cuando Pavium y Voridus son mandados por Atriox, Voridus se muestra confiado en entrar a las ruinas de Gran Caridad, al llegar a los restos de la ciudad y romper el escudo que la contenia se liberan los flood por lo que Pavium tiene como objetivo contener a los flood.