En la 4.ª temporada, Alexander Mahone descubre que Wyatt Mathewson ha asesinado a su hijo en nombre de La Compañía y ha amenazado de muerte a su esposa, en venganza se asocia con Michael Scofield y Lincoln Burrows para desbaratar a la compañía e ir en busca de lo que esconde los secretos de la compañía contenidos en el proyecto Scylla.