En València, su ciudad natal, un instituto de educación secundaria en la Malvarrosa lleva su nombre, "IES Isabel de Villena", una biblioteca municipal de la ciudad de València barrio de Torrefiel lleva por nombre "Isabel de Villena" y una de las principales calles del barrio del Cabanyal paralela a la playa de la Malvarrosa se llama "Isabel de Villena".