En la planta baja, pero usando también zonas del sótano, están colocados los servicios para los visitantes y algunas salas didácticas; en el entresuelo está el Gabinete de Dibujos y Grabados y las exposiciones del "Ottocento" Privado y de los carteles Mele; en la primera planta se encuentra la Galería Farnesio, la colección Borgia, el apartamento real, la colección de las porcelanas, la colección De Ciccio y la armería farnesiana y borbónica; en la segunda planta está la Galería Napolitana, la colección d'Avalos, la sala de los tapices d'Avalos y la sección de arte contemporáneo; esta última continúa también en la tercera planta, donde están también la Galería del Siglo y la galería fotográfica.