Para eso enviaron en 1553 a Francisco del Valle Marroquín (primo del primer obispo de Guatemala Francisco Marroquín)); él cuál junto con encomenderos de la provincia, como Juan de Guzmán, expulsaron a los mercaderes de los diferentes pueblos de la provincia (que dichos mercaderes estuviesen en los pueblos era considerado un serio problema debido a la ya sobrexplotación laboral que sufrían los indígenas departe de los encomenderos, tal y como lo dejaba entrever la visita en 1552 del prior de Santo Domingo fray Tomás de la Torre; los encomenderos a su vez se verían beneficiados por dichas medidas ya que ello les permitiría monopolizar el cultivo de cacao) y los asentaron juntos a los habitantes de la villa del Espíritu Santo a pocos kilómetros de su lugar original, estableciéndose dicha villa en presencia del oidor de la Real Audiencia licenciado Pedro Ramírez de Quiñónez y del obispo Francisco Marroquín, siendo este último quien la bautizó como: La Trinidad o Santísima Trinidad; mientras que los vecinos de la villa le dieron el sobrenombre de Sonsonate (que era la forma española del nombre indígena original del río que surcaba el área donde se fundó está villa actualmente llamado río Grande de Sonsonate, el nombre de Sonsonate posteriormente se convirtió en el nombre propio de la villa).