Sin embargo, en este período existieron factores que menoscababan el dinamismo de la economía, tales como: la merma de la población indígena por enfermedades, recesiones provocadas por las guerras en las que se enfrascaba la corona española, pésimas vías de comunicación, plagas de chapulín, y el dominio del comercio en la región por los ricos comerciantes afincados en la ciudad de Guatemala, entre otros.