Hubieron de pasar años para que se tranquilizara la región, la Corona española estableció en San José del Cabo en 1737 un presidio o fuerte para contener los alzamientos indígenas, se destinaron a este nuevo cuerpo 30 soldados con la orden de que debía de funcionar independiente y sin injerencia de los misioneros, lo cual provocó grandes contrariedades, entre otras maltrato a los indios por los soldados y un grave retraso en la colonización, por lo que posteriormente se revocó esta orden.