Fue además rector de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos en dos oportunidades: de 1886 a 1891 y de 1895 hasta su muerte; a lo largo de esta larga gestión se esforzó por enaltecer la solvencia cultural y moral de la universidad, aumentó el número de cátedras y orientó la actividad docente hacia la comprensión de los hechos ocurridos en la vida social.