Posteriormente el virreinato fue suprimido por la Real Cédula expedida en San Ildefonso el 5 de noviembre de 1723, con lo que la Audiencia volvió a estar bajo administración desde Lima, sin embargo, el 29 de agosto de 1739, propio Felipe V restituyó al Virreinato de Nueva Granada, cambiando nuevamente la administración de la Audiencia desde Bogotá.