Al iniciarse la rebelión Jordanista el 11 de abril de 1870 —fecha del asesinato del gobernador de la provincia de Entre Ríos, el general Justo José de Urquiza— hizo la campaña contra Ricardo López Jordán participando en la batalla de Rincón del Quebracho (al este del río Paraná) librada el 16 de septiembre del citado año, adonde Villegas resultó herido de gravedad.