La vegetación predominante en los valles corresponden a árboles (perennes y caducifolios) como el ahuehuete ("Taxodium mucronatum"), casuarina ("Casuarina equisetifolia"), framboyán ("Delonix regia"), salvia ("Salvia officinalis"), hinojo ("Foeniculum vulgare"), palo mulato ("Bursera simaruba"), tomillo ("Thymus"), huamúchil ("Pithecellobium dulce"), cazahuate ("Ipomoea arborea"), laurel ("Ficus nitida") y huaje ("Leucaena leucocephala"), del cual proviene el nombre de la ciudad.