A partir de este momento la EEHA pasó a depender exclusivamente del CSIC y se convirtió en un centro dedicado a tareas investigadoras, de formación posuniversitaria y a la publicación de revistas y monografías científicas sobre historia de América, además de atesorar una biblioteca de obligada consulta entre los especialistas y considerada de las más completas del mundo en el ámbito de la historia colonial hispanoamericana (63.000 monografías y 2.000 títulos de revistas).