Hidrográficamente el Municipio de Villeta se encuentra ubicado en la cuenca alta del Río Negro, a la cual pertenecen la subcuenca del río Tobia y la del Río Villeta que comprende las microcuencas de las quebradas Maní, Acatá, Cantarrana, El Cojo y Guanábana; la microcuenca de la quebrada Grande o Curazao en la vereda Iló Grande, la microcuenca del Río Dulce, la microcuenca del Río Namay, la microcuenca de la quebrada la mugrosa, la microcuenca de la quebrada Santibañez con todos sus afluentes, la microcuenca de la Quebrada La Masata y la Microcuenca de la Quebrada Cune con todos sus afluentes.