Las críticas a los Institutos han incluido preocupaciones básicas sobre la financiación, viabilidad académica, cuestiones legales, y relaciones con la universidad china asociada, al igual que preocupaciones ideológicas acerca de influencia inapropiada sobre la enseñanza e investigación, industria y espionaje militar, vigilancia de chinos en el extranjero, y debilitamiento de la influencia taiwanesa.