Los primeros años de las colonias tuvieron una pequeña, pero no menos importante migración de moriscos, esto gracias a que las principales rutas de comercio partían de Andalucía y a que se volvió una ruta de escape para los moros ante la rendición del emirato nazarí de Granada, el primer paso para la expulsión de los moriscos la cual se decretaría en 1609.