Para el año 2000, regresó a la escena política como candidato a una segunda elección para alcalde de Bogotá avalado por la ASI Alianza Social Independiente, teniendo que pedir perdón al electorado capitalino por haber abandonado el cargo en su anterior administración; en pocos meses se convirtió en el único rival de la ex ministra María Emma Mejía, a quien terminó derrotando por más de 100.000 votos.