ZoneAlarm ha sido criticado por no desinstalarse limpiamente usando su propio desinstalador, la única manera de eliminar ZoneAlarm propiamente después de la desinstalación es eliminando manualmente ciertos ficheros, carpetas y entradas del registro, habiendo activado primero la vista de ficheros y carpetas ocultas (en Windows XP y Windows 2000, es necesario también activar la vista de ficheros protegidos del sistema operativo).