El general Domingo Caicedo asumió temporalmente el poder ejecutivo intentando conciliar entre las ideologías, sin embargo esto fracasó, los seguidores de Santander exigían nuevos cambios en la administración gubernamental, las revueltas armadas empezaron a darse pronunciamientos en distintas regiones de la nación dirigidas por dirigentes exaltados o liberales (los supremos) entre ellas Pamplona, Casanare, Ciénaga, Mariquita, Mompós, Santa Marta, Riohacha, Cartagena, a finales de 1840 de las diecinueve provincias, sólo Bogotá, Neiva, Buenaventura y Chocó apoyaban el gobierno de Márquez y Caicedo.