En 1231, ante el fracaso de la Inquisición episcopal, denominada así porque no dependía de una autoridad central, sino que era administrada por los obispos locales, Gregorio IX creó mediante la bula "Excommunicamus" la Inquisición pontificia o Inquisición papal, dirigida directamente por el Papa y dominada por las órdenes mendicantes, especialmente los dominicos.