Aunque en determinados momentos el cocodrilo cubano pobló varias islas del Mar Caribe e incluso parte del litoral de Florida (fósiles de esta especie se han hallado en las Islas Caimán y las Bahamas.), hoy en día su distribución se restringe al sureste de Cuba, en la Ciénaga de Zapata, la Isla de la Juventud y la colonia de Gatorland, en Florida.