Fue hijo ilegítimo del capitán Gonzalo Pizarro y Rodríguez de Aguilar, llamado "El Largo" o "El Tuerto", y de María Alonso, criada suya e hija de unos molineros de La Zarza, a unas cuatro o cinco leguas de Trujillo; hermano por parte de padre y madre de Gonzalo Pizarro y hermano paterno de Francisco Pizarro y Hernando Pizarro.