Esta denuncia de su enemigo político León Febres-Cordero provocó una orden de prisión que obligó a Noboa a buscar asilo político en la República Dominicana, donde permaneció desde 2003 hasta abril de 2005, en que volvió a Ecuador por la declaratoria de nulidad de su juicio llevada a cabo por la Corte Suprema elegida luego del acuerdo del expresidente Abdalá Bucaram con el presidente Gutiérrez.