La totalidad de la trama del juego sucede en el mundo de Aio, que está dividido en 3 civilizaciones que el jugador puede jugar: Los Vinci, los Alin y los Cuótl, que se disputan el control del planeta, cada uno posee tecnologías únicas, los Alin están unidos pero sitiados por los genios corrompidos, los Vinci solo comparten la tecnología que usan para destruirse entre ellos y los Cuótl son una raza de la que se presumía extinta hasta que los acontecimientos del juego sucedieron.