En lo que respecta a gráfica editorial, Manuel Estrada es autor del diseño e ilustraciones de numerosas portadas de libros para editoriales como Marcial Pons, Alianza Editorial o Santillana, así como de buena parte de las colecciones editadas por el diario El País, los libros de la Biblioteca José Saramago de Alfaguara y la colección Espacio Abierto de Anaya, entre otros.