El Clausura 2003 con Fernando Quirarte al mando del equipo, inicio con 2 derrotas, sin embargo Atlas consiguió regularidad y con un fútbol ordenado consiguió una racha de 15 partidos sin perder (6 victorias y 9 empates), los partidos más destacados fueron el empate 4-4 ante América en el Estadio Azteca y la victoria por 1-3 ante Chivas en el Clásico Tapatio con goles de Juan Pablo Rodríguez, Gerardo Torres y Mario Mendez.