Dos años después los expedicionarios de Gonzalo volvían a Quito cuando ya habían desaparecido los caudillos peruanos (Francisco Pizarro, Diego de Almagro y su hijo), entonces Gonzalo creyó que a él pertenecía la dirección y gobierno de los territorios, y cuando vuelve de la expedición al País de Canela, es llamado al Cuzco por el gobernador Cristóbal Vaca de Castro, pero entre éste y Gonzalo no hubo acuerdo satisfactorio, y al fin Vaca de Castro tenía que volverse a España.