Los centros de detención en los que se confinaba a los «desaparecidos» respondieron a una doble conducción: por un lado el manejo real y de hecho que estaba a cargo generalmente de la fuerza a la que pertenecía el establecimiento en el que funcionaba y por otro lado una dependencia orgánica de los Comandos de Cuerpo o las más altas jefaturas de la zona en la que estuvieran ubicados.