Durante la dictadura autotitulada Revolución Libertadora que derrocó a Perón en 1955, Badanelli vivió en la clandestinidad y hubo de exiliarse en Chile al correr peligro su vida.Después del golpe, desde Valparaíso denunció la actitud de los "prelados que se cruzaron de brazos durante las jornadas sangrientas de los fusilamientos"