La ENEE está dirigida por una junta directiva presidida por la Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente (SERNA) y completada por la Secretaría de Obras Públicas, Transporte y Vivienda, la Secretaría de Finanzas, la Secretaría de Industria y Comercio, la Secretaría Técnica y de Cooperación Internacional y un representante del Consejo Hondureño de la Empresa Privada (COHEP).