No obstante, parece ser que entre los siglos y fueron tapiados parte de los ventanales inferiores (de las que solo se conservaron las partes superiores y las rosas originales) y del triforio para dar mayor consistencia al edificio por sus problemas constructivos, si bien estas zonas acristaladas fueron recuperadas en las restauraciones de finales del siglo por Demetrio de los Ríos y Juan Bautista Lázaro con la creación de otras nuevas, usando la técnica constructiva medieval.