Según una versión Federico II declaró a Cristo, Moisés y Mahoma un trío de impostores (se atribuye a Averroes un escrito del tema) y desconoció abiertamente la autoridad papal, siendo ésta la verdadera causa por la que fue excomulgado por Gregorio IX e Inocencio IV, y por el primer concilio ecuménico de Lyon (1245), que lo depuso como emperador por perjuro, hereje y perturbador de la paz.