A inicios del siglo XVIII la población había alcanzado ser de 10.000 habitantes en su mayoría con orígenes charrúas, bohanes, yaros y chandules (guaraníes de las islas) aunque predominaba la singular síntesis cultural hispanoguaranítica (por ejemplo, el idioma hablado más frecuentemente era el guaraní mezclado con el español e incluso el latín), fue en esos años que Yapeyú pasó a ser la sede del superior de los jesuitas en las Misiones.