En 2006 repostuló al cargo, enfrentándose a Riveros y a Jorge Las Heras Bonetto; Riveros y Pérez obtuvieron un 39 y 37,5% de los sufragios respectivamente, pasando ambos a segunda vuelta, votación en la que se impuso Víctor Pérez, quien asumió la rectoría el 14 de junio de ese año.