Francisco Fajardo nació hacia 1528 en la isla de Margarita, siendo el hijo mestizo del conquistador español Francisco Fajardo ""el Viejo"" quien fuera teniente gobernador de la isla de Margarita —en nombre de Isabel Manrique, propietaria interina de la isla— y de la cacica isleña Isabel que era prima hermana del cacique Naiguatá, de la etnia guaiquerí, y nieta de Charaima, cacique del valle de Maya.