Pero en el Clausura 2004 pudo clasificar a cuartos de final, se enfrentaron a Toluca, perdiendo los dos juegos, sobresaliendo el de vuelta ya que un percance ocurrido contra Sao Caetano en la ronda de octavos de final de la Copa Libertadores 2004, provocó el veto del estadio Azteca para dicho juego, en el cual las Águilas sin público se despidieron de Adolfo Ríos (quien se retiró, cediendo su lugar al canterano Guillermo Ochoa), de Leo Beenhakker, y del torneo.