En 1560 el papa Paulo III autorizó establecer en Guadalajara el obispado de la Nueva Galicia, y en ese mismo año la audiencia del reinado fue trasladada también para esa ciudad, que por la época abrigaba a unos 500 españoles, a otros tantos esclavos negros y unas 2200 familias indígenas esparcidas en un área de cinco km alrededor de los primeros cimientos de la Catedral.