En 2006, con motivo de la restauración de la Cartuja de Miraflores, la Dirección General de Patrimonio y Bienes Culturales de la Junta de Castilla y León decidió realizar el estudio antropológico de los restos mortales de Juan II y su segunda esposa, quienes estaban enterrados en la cripta bajo el sepulcro real, en una pequeña urna, así como el estudio de los restos depositados en el interior del sepulcro del infante Alfonso de Castilla, el cual se encuentra en un lateral de la misma iglesia.