Ñuflo de Chaves había nacido en el año 1518 en la villa de Santa Cruz de la Sierra de la Tierra de Trujillo, que formaba parte de la entonces Extremadura castellana y que a su vez conformaba a la Corona de España, siendo hijo de Álvaro de Escobar y Tapia ""el Viejo"" y de su esposa María de Sotomayor García de Chaves y Mejía.