El antecedente más antiguo de la actual Prefectura Naval Argentina fue la Capitanía de Puertos, cuyas funciones fueron establecidas por el Primer Gobierno Patrio en junio de 1810, por medio de dos decretos (del 25 de junio y del 30 de junio), de los cuales, con el segundo decreto se designa primer «capitán de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata» al entonces alférez de fragata de la Armada Real Española Martín Jacobo Thompson —llegado luego a Coronel de Marina en 1815— y secundado por Matías Diz.