Montúfar renunció al cargo Presidente de la Junta de Gobierno de Quito el 22 de septiembre debido a las diferencias surgidas en el seno de la misma sobre el rumbo que tomaría la política de la Audiencia, además de ver las difíciles condiciones militares que se avecinaban con las fuerzas que pronto llegarían desde Lima y Santa Fé de Bogotá.