La nueva catedral es presumiblemente proyectada por Diego de Siloé, en estilo gótico tardío, con un diseño a modo de fortaleza que sirva como defensa contra los ataques de los piratas y los moriscos sublevados, siendo así dotada de almenas, torreones, contrafuertes, así como de muros de menor altura, para soportar mejor impactos de artillería, y una cubierta plana sobre la que pudieran montarse cañones.