La universidad permaneció como institución, pero fue cerrada en 1829 y en 1834 fue convertida en la «Academia de Ciencias»; y en 1840 nuevamente en la «Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo»; incluso por un corto período entre 1918 y 1920, se llamó «Universidad Estrada Cabrera», en honor al entonces presidente de la República, licenciado Manuel Estrada Cabrera.