La carrera académica de Sacristán estuvo plagada de dificultades, fue expulsado en 1965 de la Universidad a raíz de su postura política antifranquista y fue readmitido como docente después de la muerte del general Franco, siendo nombrado catedrático de Metodología de las Ciencias Sociales de la Universidad de Barcelona, no sin dificultades y vergüenzas múltiples, tras la instauración de la democracia.