Su administración (1940-1944) ha sido tradicionalmente polémica, ya que si bien se creó la Universidad de Costa Rica, se solucionó el problema limítrofe con Panamá mediante el tratado Echandi-Fernández y se promulgaron mediante una alianza del gobierno con la Iglesia católica y el Partido Comunista Costarricense, el Código de Trabajo y las Garantías Sociales, también se cometieron serios abusos contra las libertades públicas.