La guerra y las desamortizaciones del primer tercio del siglo XIX privaron al monasterio de parte de sus bienes y redujeron notablemente el número de miembros de su comunidad monacal, provocando una etapa de decadencia que finalizó con la supresión del monasterio como consecuencia del decreto de exclaustración general de los regulares promulgado en 1835; era entonces abad del monasterio fray Manuel Perea.