La Confederación Perú-Boliviana no logra consolidarse debido a que principalmente Chile, además de la Confederación Argentina y grupos no mayoritarios tanto de peruanos (en el exilio y contrarios al proyecto) como de bolivianos respaldados por grupos económicos de Chuquisaca (ciudad que planteaba una rivalidad comercial a La Paz) quienes se interponen, desatando la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana.