Batken se convirtió en la sede administrativa del más reciente de los siete oblasts de Kirguistán, creado a partir de los tres "raions" más occidentales del antiguo oblast de Osh en 1999, tras surgir la preocupación por la actividad de islamistas radicales en Tayikistán y Uzbekistán, que condujo a demandas de más presencia visible del gobierno en esta región remota y montañosa.