Uno de sus turbios asuntos que han indignado de sobremanera a la sufrida afición cadista es la famosa plusvalía por José Manual Flores, alias "Chico" a través de unos acuerdos al margen de la ley con el Almería, equipo que fichó al jugador en 2008 y traspasó dos años más tarde al Genoa italiano; el acuerdo consistía básicamente en que Muñoz aceptaba alegremente un chantaje del Almería de pagarle al Cádiz sólo 500.000 euros en conceptos de derechos de formación del jugador en lugar del 30% del traspaso al Genoa tal y como estipula la ley, bajo "amenaza" de traspasarlo encubiertamente al equipo italiano con una cesión, con lo que no se percibiría dinero alguno.