En cuanto a la discriminación de los conversos, al ser sus causas de naturaleza social más que religiosa o racial, no acabó por la desaparición de los judíos, sino que subsistió con oscilaciones durante toda la Edad Moderna, siendo sufrida por algunos de los más importantes intelectuales de los Siglos de Oro, como Luis Vives, los hermanos Valdés, los hermanos Vergara, Fernando de Rojas, Andrés Laguna, San Juan de Ávila, Santa Teresa de Jesús, San Juan de la Cruz, Fray Luis de León o Luis de Góngora (cuya condición conversa fue ampliamente ridiculizada por Quevedo); y entre los portugueses Samuel Usque, Pedro Nunes, Garcia de Orta, Francisco Rodrigues Lobo o António Nunes Ribeiro Sanches.