Sin embargo, Costa Rica, único Estado que se mantuvo en paz durante la federación y cumplió con sus obligaciones tributarias y militares con el gobierno federal, pasó desde el decenio de 1840 a ser el menos convencido de las bondades de la integración regional y modificó significativamente su bandera en 1848, oscureciendo el azul, y añadiendo una banda de doble tamaño con relación a las otras en color rojo, como un homenaje a la bandera de Francia.