La mayoría de los presos de la insurrección del 17 de noviembre fueron liberados poco tiempo después de su captura, a excepción de Francisco Reyna, quien junto a otros próceres salvadoreños serían encarcelados en Guatemala donde estuvieron presos hasta 1818 cuando todos los próceres centroamericanos fueron liberados por un indulto dado por el presidente de la real audiencia, gobernador y capitán general de Guatemala Carlos Urrutia y Montoya.