En la historia del anticlericalismo también se distingue entre el anticlericalismo de las élites políticas o ideológicas (que en el caso del anticlericalismo contemporáneo se suele denominar anticlericalismo político o institucional) del anticlericalismo popular, que a veces desemboca en diversas formas de violencia (sacrofóbica o iconoclasta) contra los edificios o los objetos de culto, o de violencia física contra los miembros del clero.