A la llegada de los españoles en el siglo XVI, los botos habitaban en la región norte del país, en las faldas de la Cordillera Volcánica Central, en las cercanías de los volcanes Poás y Barva, y las llanuras que se extienden de esa cordillera hacia el lago de Nicaragua, en las márgenes de los ríos San Carlos y Sarapiquí.