En 1893 Bonilla fungía en el cargo de Secretario de Estado en el Despacho de la Gobernación, saliendo más tarde fuera de Honduras, un 24 de diciembre de 1893, apoyado por el gobierno liberal de Nicaragua presidido entonces por José Santos Zelaya, Policarpo Bonilla se proclama Presidente de Honduras en la Costa de los Amates, Nacaome, en rebelión contra el gobierno del General Domingo Vásquez lo que provocó un conflicto bélico entre ambos países.