En 1602,toma el cargo de Patriarca de Alejandría, a partir de ese momento empieza a tener contacto con teólogos reformadores europeos, observando y llegando a conclusiones e indicando que la Iglesia Ortodoxa, de la cual es un Patriarca, "conserva prácticas erróneas y tiene supersticiones", que no tienen nada que ver con la sencillez evangélica, que muestra la Biblia.