Aristágoras no había participado en esta misión, pero había permanecido en Mileto y confió el mando de los jónios a su hermano Charopines y a otro ciudadano llamado Hermofanto, durante el sitio de Sardis, los persas habían ofrecido resistencia, y los jonios y sus aliados se habían retirado hacía sus barcos en Éfeso.