Yui murió en circunstancias extrañas en el año 2004, a la edad de 27 años, durante un misterioso accidente en un experimento -al parecer intencionado por ella misma- en el que alcanzó un nivel de sincronización del 400% con el Evangelion-01; y su alma fue asimilada por el EVA, quedando aprisionada dentro de él.Así cumplió su objetivo de oposición a SEELE.