La antigua estación de El Puerto de Santa María se encontraba anexa a la actual siendo está una de las más antiguas de Andalucía, ya que el primer tramo de Ferrocarril en Andalucía obra de la Compañía de los Ferrocarriles de Sevilla a Jerez y de Puerto Real a Cádiz, fue el que unía Jerez de la Frontera con esta ciudad y estaba situada donde está hoy en día el túnel que lleva a las Salinas de San José.