Tras su pasó por Japón regresó a Brasil donde tras pasar por varios clubes fichó con el São Paulo FC, junto a ellos aumentó su palmarés ganando la liga brasileña en 2007 y 2008, su pasó por este club también tuvo una mancha, pues Hugo fue castigado con 120 días de suspensión por conducta antideportiva después de que escupió al rostro del defensa del Paraná Daniel Marques da Silva durante un encuentro en que el São Paulo ganó 6-0.