Con anterioridad a la república, el ministerio existió entre 1808 y 1931 bajo la denominación de Ministerio de Gracia y Justicia, misma denominación que tuvo la secretaría de Despacho que existió antes que este, aunque su rastro se puede rastrear hasta 1705, cuando se divide la Secretaría del Despacho Universal en dos y la secretaría que asume "todo lo demás", principalmente abarcaba la justicia y los asuntos eclesiásticos.