Apaseo el Alto es mencionado por primera vez el 27 de noviembre de 1538, cuando el influyente español Hernán Pérez de Bocanegra recibió en merced tres molinos en lo que dijeron, llamaban Apaseo el Alto; ese mismo año había recibido del virrey Antonio de Mendoza la encomienda de la zona de Acámbaro y los Apaseos.