El edificio actual fue construido bajo la dirección de los padres franciscanos Juan Bautista Velderrain y Juan Bautista Llorenz principalmente con mano de obra nativa, la cual realizó el trabajo en el periodo de 1783-1797, con un préstamo de 7,000 pesos y es utilizada principalmente por la comunidad cristiana del Distrito de Tohono O'odham.A diferencia de las otras misiones españolas en Arizona, San Xavier continua activa y dirigida por Franciscanos; continua asimismo sirviendo a la comunidad nativa para la cual fue construida.