El significado del topónimo Amatitlán, deriva etimológicamente de la lengua náhuatl, es una palabra aglutinada que se estructura en la forma «Amatl» (español: «amate») y «Titlan» (español: «entre» o «rodeado»); «Amatl», pierde su terminación «tl» para unirse con la palabra «titlan» y, por lo tanto, el topónimo «Amatitlán» se traduce como: «entre amates» o «rodeado de amates»; aunque existen varias interpretaciones etimológicas, todas ellas coinciden en la raíz náhuatl generadora «amatl», vocablo que según Guillermo Salazar, en sus artículos sobre el "Señorío del Indio", es voz nahoa que significa «papel».