Fernando Elizondo fue designado por la Junta de Coordinación Política de la Cámara de Senadores como Presidente de la Comisión de Educación el 8 de febrero del 2007, así como integrante de las comisiones de Comercio y Fomento Industrial; de Energía; de Hacienda y Crédito Público; de Justicia, así como de la Primera, Segunda y Tercera Comisión de Trabajo del Senado de México.