El 28 de julio de 2007, el diario galo "Le Monde" relacionó a Contador con el dopaje a raíz de que su nombre apareciera en 2006 en el sumario de la Operación Puerto, a pesar de que en ningún momento y hasta ahora haya sido firmemente imputado, ya que únicamente declaró como testigo, al igual que otros ciclistas, como Isidro Nozal y Joseba Beloki.