La primera mención que tenemos de Abajas es en documento guardado en el monasterio de San Millán de la Cogolla del 6 de julio de 1068 por el que el noble navarro don Aznar Sánchez y esposa Gontroda donan a ese monasterio una importante serie de bienes situados en pueblos de esta comarca: Moscadero, Carcedo de Bureba, Castil de Lences, Arconada, Bárcena de Bureba y Abalgas, que así decían a Abajas.