Del conjunto, la Capilla de San Ildefonso, cuya función era servir de iglesia al Colegio, fue terminada en 1510, y en ella se encuentran enterrados Francisco Vallés de Covarrubias y Elio Antonio de Nebrija; posee asimismo el rico monumento sepulcral de Domenico Fancelli y Bartolomé Ordóñez destinado al Cardenal Cisneros, pero este se encuentra vacío, ya que el cardenal se halla enterrado en la Catedral Magistral.