Dentro del baldaquino se localiza el tabernáculo que guarda la taumaturga imagen de la Virgen de San Juan de los Lagos, nicho de muy bella manufactura de planta circular sostenido por ocho columnas pareadas de orden jónico, con resaltos en los ejes de las columnas y sobre éstos, pares de remates en forma de copa; se cubre el tabernáculo con un cupulino peraltado realizado en plata que culmina en lo alto con la figura simbólica resplandeciente del Espíritu Santo, realizado por el orfebre Don Epitacio Garabito.