San Juan del Río se fundó como villa de indios el día 24 de junio de 1531 (aunque para algunos autores, como Agustín Ruiz Olloqui la fecha verdadera de la fundación es el 24 de junio de 1526, la cual aparece en un documento de la colonia que trata sobre un asunto de aguas y que actualmente permanece en el Archivo Histórico Municipal), y fue denominada así por ser ese día la festividad de san Juan Bautista, y por quedar a orillas de un caudaloso río, se le aplicó también el "del Río".