Tras el comienzo de la Segunda Guerra Mundial (y a pesar de las objeciones de Sir Stewart Menzies, director de la Inteligencia británica en tiempo de guerra) el ahora Primer Ministro Winston Churchill envió a Stephenson a los Estados Unidos el 21 de junio de 1940 para que se estableciera de forma encubierta y dirigiera la Coordinación de Seguridad Británica (BSC por sus siglas en inglés) en la ciudad de Nueva York, cerca de un año antes de que los Estados Unidos entraran en guerra.