Hernán "Bolillo" Gómez, entrenador de Colombia en aquel entonces, citó a Yepes para que fuera el capitán del equipo durante la Copa América celebrada en Argentina en el año 2011 donde "los cafeteros" fueron vencidos por Perú 2-0 en los cuartos de final luego de haber jugado contra Costa Rica, Argentina y Bolivia en la fase de grupos.