En octubre de 2012 Naranjo fue nombrado negociador plenipotenciario del gobierno colombiano para las negociaciones de paz con las FARC junto a Humberto de la Calle, el Alto Comisionado para la Paz, Sergio Jaramillo, el ministro de Defensa, Luis Carlos Villegas, el general (r) Jorge Enrique Mora y Frank Pearl.