Según Domínguez Ortiz y Benard Vincent, en la decisión de Felipe III no sólo influyó el parecer de su valido el duque de Lerma y del Consejo de Estado, sino también el de la reina Margarita de Austria de quien en sus honras fúnebres el prior del convento de San Agustín de Granada dijo que profesaba un ""odio santo"" a los moriscos y que ""la execución de la mayor empresa que ha visto España, donde el interés que rendían estos malditos a los potentados, cuyos vasallos eran, luchaba con su ida y expulsión, y de que no prevaleciese la mayor parte debemos a nuestra serenísima Reina"".