Los lagos en su mayor parte poseen costas conformadas por canto rodado y arenas gruesas, o placas pétreas de las montañas adyacentes, el gran lago que es núcleo de este parque nacional argentino es el que le da el nombre: lago Nahuel Huapi (en mapudungun «isla del yaguar»), tal lago de origen glaciar posee numerosas islas (en su centro la isla Victoria y entre las menores la afamada isla Huemul), bahías y penínsulas.