La temporada 2012-13 estuvo marcada por el regreso de Aritz Aduriz y la marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich, quien tras muchas tribulaciones abonó la cláusula de 40 millones de euros que daba por rescindido su contrato con el Athletic, sumado a la decisión de no renovar su contrato de Fernando Llorente.Además, la decisión de no renovar a Fernando Amorebieta, que pedía un salario más alto, llevó a la aparición de un joven llamado Aymeric Laporte.