El presidente de la Junta de los Confines de la Real Audiencia de Guatemala Alonso de Cerrato, envió el 13 de enero de 1552 a Tomás López Medel como Visitador a la provincia de Yucatán, y se dictaron unas ordenanzas que permanecieron en vigor hasta la Constitución de Cádiz, a principios de 1560 llegó Garci Jofre de Loaisa enviado como segundo Visitador, para intentar reconciliar a encomenderos y frailes; ese mismo año, la provincia de Yucatán que hasta entonces dependía de la Audiencia de los Confines radicada en Guatemala, pasó a depender por decreto de Real Cédula a la Real Audiencia de México; años más tarde se le reconocería como Capitanía General de Yucatán.