Entre sus numerosos alumnos se encuentran Erik Satie, Bohuslav Martinů, Albert Roussel, Isaac Albéniz, Joaquín Turina, Jesús Guridi, José María Usandizaga, Arthur Honegger, Darius Milhaud (de familia judía), Guillermo Uribe Holguín, Emiliana de Zubeldía, Alfonso Broqua, y Joseph Canteloube (que más tarde escribió una biografía de d'Indy).