Como se ha explicado, Banderaló tiene su centro en una "loma" o altozano formado por un antiguo médano que se destaca del resto de la llanura pampeana, pero al alejarse de tal "loma" sin embargo el territorio se deprime bastante, especialmente en el sector oeste ya que por allí discurren los caudales del río Quinto durante los ciclos húmedos; durante el período seco suele quedar como remanente una laguna alargada en dirección sursureste.