Su mandato estuvo marcado con mucha fricción entre él y sus superiores, al parecer debido a las diferencias políticas y a la falta de personal (Lipkin-Shahak se negó a nombrar a Mordechai, un General de División, como su adjunto cuando fue nombrado Jefe de las Fuerzas de Defensa, causando que Mordechai se retirase del ejército y sumara a la política, convirtiéndose con el tiempo en el superior de Lipkin-Shahak.)