En la ciudad de Guayaquil existían tres facciones dentro de la población y sus autoridades; estaban los que preferían una anexión a Colombia, mientras otros veían más favorable que el territorio forme parte del Perú, y por último, los que consideraban que la provincia permanezca independiente y autónoma, entre los que se encontraban José Joaquín de Olmedo y demás miembros de la Junta de Gobierno.