Sin embargo, el desarrollo de nuevas tecnologías como la secuenciación de nueva generación (NGS, del inglés: "Next-generation Sequencing") así como de métodos de espectrometría de masas (MALDI-TOF están permitiendo el análisis de todo el genoma, transcriptoma y/o proteoma de microorganismos, aumentando significativamente la resolución, precisión y la fiabilidad de la identificación.