Pinto Guedes sirvió en el más alto puesto como representante naval en el Consejo Militar del monarca hasta que, en el marco de la guerra con la República Argentina, ante la presión pública motivada por el fracaso del Almirante Ferreira Lobo en vencer a la pequeña Armada Argentina al mando de Guillermo Brown en el Río de la Plata pese a su amplia ventaja de recursos, fue destinado a hacerse cargo personalmente de la campaña.