Matías Romero Avendaño se encuentra casi al centro de la región del istmo de Tehuantepec, limita al norte y al este con el estado de Veracruz, al este también con el municipio de Santa María Chimalapa, al sur con El Barrio de la Soledad, al oeste con San Juan Mazatlán, San Juan Guichicovi y con Santa María Petapa, y al noroeste San Juan Cotzocón.