A juzgar por las cláusulas de su testamento relativas al luto, es muy posible por otra parte que Borgoña sintonizase con los postulados espirituales del cardenal, de los que se habría hecho intérprete en los sucesivos encargos catedralicios: decoraciones de la Sala Capitular y su zaguán (1508-1511), Capilla Mozárabe (1514) y librería catedralicia (1519), de la que nada se conserva.