A pesar de contar con 33 años Lee ya estaba consolidado en la titular de la portería de la selección de corea del sur, fue convocado para participar en el mundial de Alemania en 2006, siendo designado como capitán del equipo nacional, su selección quedó eliminado en primera ronda tras perder 2 a 0 con la selección de suiza, quedando con 4 puntos producto de una victoria 2 a 1 frente a la selección de Togo de Adebayor y un empate 1 a 1 con la selección de Francia de Zidane y Henry, aquella fue su última participación como titular.