Entre 1958 y 1964, Jameneí prosiguió con sus estudios en los seminarios de Qom, donde se benefició de las enseñanzas de ulemas de gran prestigio, como los "grandes ayatolás" ‪‪Seyyed Hosein Boruyerdí y Allamé Tabatabaí y del ayatolá Ruhollah Jomeini, que en aquellos años empezaba a destacar por su activismo político contra los proyectos modernistas del Shah.