Genscher también participó activamente en el desarrollo de la Unión Europea, tomando parte en las negociaciones del Acta Única Europea de 1986, así como en la elaboración del «Plan Genscher-Colombo», junto al primer ministro italiano Emilio Colombo, que apoyaba una mayor integración y profundización de las relaciones en la Unión Europea y el camino hacia un Estado europeo federalista.