Juan Vázquez de Coronado y Rodríguez del Padrón había nacido hacia 1582, posiblemente en la ciudad de Santiago de Guatemala —actual Antigua Guatemala— de la capitanía general homónima que formaba parte del Virreinato de Nueva España, siendo hijo del adelantado Gonzalo Vázquez de Coronado y Arias Dávila y de Ana Rodríguez del Padrón, y nieto paterno de Juan Vázquez de Coronado.