En 1990, y como homenaje a su labor en la creación del mismo, el entonces presidente Carlos Andrés Pérez decreta el cambio del nombre del museo a «Museo de Arte Contemporáneo de Caracas Sofía Ímber»Por casi treinta años, Sofía estuvo a la cabeza del museo, el cual dirigía con gran eficiencia y celo, hasta que fue destituida durante una transmisión del programa de televisión Aló Presidente por el presidente de Venezuela Hugo Chávez, en respuesta a su participación en la firma de una carta que criticaba el antisemitismo del entonces presidente Chávez.