Los amniotas se diferenciaron muy tempranamente en dos grandes líneas evolutivas; por un lado, los sinápsidos que culmina en los mamíferos e incluye también a sus parientes extintos, los reptiles mamiferoides; por otro, los saurópsidos, el linaje que culmina en los reptiles actuales (tortugas, lagartos y cocodrilos) y las aves, pero que también incluye muchos grupos extintos como los dinosaurios, los pterosaurios, plesiosaurios, ictiosaurios, etc.