Rei aparece por primera vez en el primer episodio del anime, en un estado bastante lamentable debido a una prueba fallida de activación con su Eva.Cuando sus heridas sanan, ayuda a Shinji Ikari a derrotar a los Ángeles, siendo su primera victoria importante contra Ramiel.El siguiente encuentro significativo con un ángel, se produce durante el ataque de Matarael a Tokio-3, donde Rei trabaja en conjunto con Shinji y Asuka para derrotar al ángel.Más tarde, los tres niños pelean contra Sahaquiel y Leliel.