Las diferencias de criterio se debían a la oposición de Bonafini de concurrir a denunciar en la CONADEP, a la aceptación del fallecimiento de sus hijos y la posibilidad de identificar los cuerpos en las exhumaciones de los NN, a la aceptación de la reparación monetaria que ofrecía el Gobierno radical de Raúl Alfonsín y al cuestionamiento de la figura de Bonafini.