El proyecto -inconcluso- lo reemprendió, a finales del siglo XV, Dª María Enríquez de Luna -viuda tanto de Pedro Luis de Borja, I duque de Gandía, como de su hermano Juan de Borja y Cattanei, II duque de Gandía, asesinado en Roma, 1497-, consigue del Papa Alejandro VI la bula para erigir la parroquia de Santa María de la Asunción en iglesia "colegiada", solicitud que se vería complacida el 26 de octubre de 1499.