San José se divide en cuatro regiones geográficas bien diferenciadas: los llanos cristalinos del sur, ricos y constituidos a partir de limos eólicos; las sierras bañadas del noroeste, abundantes en granito y de terminación ahuecada como se aprecia en las Sierras de Mahoma (punto más alto del departamento, con 180 msnm); el oriente arcilloso, circundado por los ríos de Santa Lucía y San José; y el litoral platense, también predominantemente llano y arenoso (como en el Rincón de la Bolsa), pero accidentado en lugares como Mauricio o San Gregorio.