La capilla ha sufrido diversas vicisitudes a lo largo de su historia: durante la Guerra de la Independencia Española (1811-1812) el edificio sufrió graves daños, al igual que el monasterio y el santuario; a partir de los muros principales que quedaron de pie, el arquitecto Francisco de Paula del Villar y Lozano realizó en 1857-1859 la restauración de la capilla.