Aunque el padre Enrique Flórez afirmó que los restos del infante Juan podrían haber sido enterrados en la catedral de Astorga, está plenamente corroborado y la mayoría de los historiadores coinciden en que reposan en la catedral de Burgos, ya que en la "Gran Crónica de Alfonso XI" consta explícitamente que lo sepultaron en la «yglesia de Santa Maria de Burgos, a do se el mando enterrar», en el testamento que el infante otorgó el 21 de enero de 1319 había solicitado que lo enterraran en dicho templo, y en el capítulo XVIII de la "Crónica de Alfonso XI", aunque no se menciona que fuera enterrado en la catedral de Burgos, sí consta que fue sepultado en dicha ciudad, tal y como él había dispuesto en su testamento.