En el otoño de 1578, participó en una campaña que fue a sofocar una rebelión en Irlanda y en 1580, Frobisher fue destinado como capitán de uno de los buques de la reina en prevención de los planes de España de ayudar a Irlanda en su resistencia frente a la invasión inglesa, y en ese mismo año obtuvo la garantía de la reversión del alistamiento en la Royal Navy.