Encabezó el cismático Conciliábulo de Pisa en el año 1511 con la consecuencia de ser excomulgado y dando fin a sus ambiciones "papables", aunque se retractó el 30 de junio de 1513 ante el Papa, León X, y le fueron restituidos sus cargos, excepto Sigüenza, que sustituyó en 1519 por Plasencia.