La guerra civil de 1462-1472 y posteriormente el Concilio de Trento (1545-1563) tuvieron una notable repercusión sobre la abadía: por uno de sus acuerdos se prohibía la existencia de comunidades femeninas en lugares despoblados, lo que obligó a las monjas en 1573 a ceder parte de sus tierras a gentes venidas de otros lugares, principalmente habitantes de Montesquiu, para que pudieran asentarse en su entorno y crear así un núcleo de población que derivó en el actual Vallbona de las Monjas.