Durante todo el sexenio de Echeverría, Martínez Manautou quedó fuera del gobierno, pero en 1976 al tomar posesión de la presidencia José López Portillo, lo nombró Secretario de Salubridad y Asistencia, López Portillo apreciaba mucho a Martínez Manautou debido a que había sido su Subsecretario durante el periodo de Martínez Manautou al frente de la Secretaría de la Presidencia, y según contaría posteriormente López Portillo, éste lo habría liberado del compromiso de apoyarlo como precandidato frente al otro competidor, Echeverría, amigo de la juventud de López Portillo y quien finalmente lo haría primero Secretario de Hacienda y luego candidato a la Presidencia.