Para la temporada 2016-2017, se confirmó el fichaje de Pep Guardiola como entrenador del equipo y de los jugadores Ilkay Gundogan, Leroy Sané, John Stones, Nolito y el guardameta chileno Claudio Bravo,terminando 3ro en la Premier League 2016-17, además fueron eliminado en octavos de final en la UEFA Champions League 2016-17 por el AS Monaco, terminando la temporada sin títulos.