Se registró como precandidato del PAN al gobierno de Yucatán y compitió en la elección interna junto a Ana Rosa Payán y Luis Correa Mena, el 17 de diciembre de 2006 se llevó a cabo la elección interna en la que oficialmente fue electo candidato, sin embargo sus dos opositores se negaron a reconocer la victoria e impugnaron el resultado, finalmente el comité ejecutivo nacional desechó la impugnación presentada a su elección y el 21 de enero de 2007 Xavier Abreu rindió protesta formal como candidato del PAN a Gobernador de Yucatán.