El 21 de marzo de 1847 firmó un decreto proclamando a Guatemala como República soberana e independiente, separándola definitivamente de la patria federada centroamericana, y se hizo llamar «fundador de la Nueva República», pero a pesar de los esfuerzos de Carrera, para agosto de 1848 la situación de Guatemala era caótica: Serapio Cruz (conocido como «Tata Lapo») asaltaba el Quiché promoviendo revueltas en contra del gobierno; había revueltas en el oriente del país; los liberales y conservadores se mantenían en constante pugna, y en medio de todo esto, el presidente Carrera se dio cuenta que su prestigio se esfumaba y que era conveniente renunciar, lo que hizo con el siguiente manifiesto a la Asamblea Legislativa: