El municipio cuenta con 69 localidades, las cuales dependen directamente de la cabecera del municipio, las más importantes son: Lagunillas (cabecera municipal), El Ahogado, Buenavista, La Canoa, El Capulín, Carrizal de San Juan de Arriba, El Carrizalito, El Conche, Charco de Agua Fría, El Charco de Piedra, Los Charcos, Chayotillos, Encinillas, El Epazote, La Escondida de Puerto Hondo, Garrillos, La Higuera, Laguna Colorada, Laguna Verde y San Rafael.