Tras una estancia de año y medio, volvió a la metrópoli, produciéndose entonces (1519) un violento conflicto intelectual con el dominico fray Bartolomé de las Casas, quien lo acusó en Barcelona de ser ""partícipe de las crueles tiranías que en Castilla del Oro se han hecho"." Sus radicales diferencias con Las Casas parten de que el dominico consideraba a los indios seres humanos, con los mismos derechos que los españoles.