Las principales obras de este periodo incluyen las tres últimas sinfonías ("n.º 39 en mi bemol mayor", KV 543, "n.º 40 en sol menor", KV 550, y "n.º 41 en re mayor", KV 551 "Júpiter"), todas ellas de 1788, y la última de las tres óperas escritas en colaboración con Da Ponte, "Così fan tutte" (KV 588), estrenada en 1790.