Tras varios juicios, el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco dictaminó en el mes de octubre de 2006 que el jugador debía pagar 5 millones como cláusula de rescisión a la Real Sociedad, declarando al Athletic Club como responsable subsidiario.El club vizcaíno llegó a un acuerdo con el jugador para pagar a medias con el jugador, a cambio el jugador aumentó la duración de su contrato hasta 2014.Aunque los 5 millones quedaban muy lejos de los 30 que pedía el club donostiarra, convirtieron a Zubiaurre en uno de los fichajes más caros de la historia del Athletic Club.