Una serie de vicisitudes agravan paulatinamente la ya precaria situación del monasterio: en el siglo un incendio acabó con todo el archivo del monasterio; durante la Guerra de Sucesión la iglesia se hace parroquial para poder sobrevivir; en la Guerra de la Independencia sufre considerables mermas económicas y grandes desperfectos materiales; las iras y pasiones de los primeros años del siglo en los pueblos cercanos, condenan al monasterio a la soledad y el silencio a pesar de la ayuda y protección del rey Fernando VII; y finalmente en 1835, cuando apenas quedaban monjes entre sus muros, la desamortización de Mendizábal es prácticamente su sentencia de muerte.