El curso 1989-1990 comienza con el trazado de un plan de reforma de los Colegios Mayores, por parte del Rectorado, que desnaturalizaba por completo la idea con la que estaba concebido el Colegio: un gran Pabellón con salas comunes y dos laterales, los llamados Viejo y Nuevo, de habitaciones para los colegiales.