Pero el 21 de agosto se firmó la paz entre El Salvador y Guatemala y la secretaría de Relaciones Exteriores de Guatemala giró órdenes a los puertos de Ocós, Champerico, San José y Livingston para que procedieron con la captura de Barrundia, no sin antes enviar una nota al consulado de los Estados Unidos informándoles que Barrundia había cometido el crimen de alta traición y debía ser capturado.