La película comienza como acabó la anterior: Shao Kahn, al no poder conquistar la Tierra en el torneo a través de Shang Tsung y Goro, este decide invadirla en compañía de Sheeva, Sindel (Quien es la madre de Kitana, resucitada por Kahn), Rain, Ermac y Motaro, saltándose las normas de los dioses ancianos.