Participó en la elección interna celebrada el 17 de diciembre de 2006, calificada por algunos medios como "...la más sucia en la historia contemporánea que se recuerde en el PAN" ("La Revista Peninsular", diciembre de 2006) en la cual resultó oficialmente triunfador Xavier Abreu Sierra, Ana Rosa Payán se negó a reconocer los resultados debido a que acusó a Abreu de recibir el apoyo del gobernador Patricio Patrón Laviada e impugnó la elección ante el Comité Ejecutivo Nacional.