Durante su participación en el mundial de Corea-Japón, Lee Woon-jae jugó los 7 partidos como titular recibiendo un total de 6 goles y parando un penalti, sus actuaciones más destacadas fueron en los partidos contra Portugal y España, una curiosidad en el partido por el tercer puesto; el recibió el que ha sido el gol más rápido en la historia de los mundiales fue frente a Turquía, el gol lo marcó el delantero Hakan Şükür a los 11 segundos de juego.