Para el Apertura 2003, Lobos logró un buen registro de victorias como local y de resultados favorables de visita que ubicaron al club en el liderato de la Zona Sur, calificando a la liguilla, donde eliminarían a Inter Playa de Ciudad del Carmen y a Jaguares de Villa Flores, para afrontar la semifinal en el mundialista Estadio Cuauhtémoc en contra del Club Deportivo Autlán a quien también dejaron en el camino para enfrentarse al Cuautitlán en la final.