Parecía que la carrera de Bodo se había estancado en un club que no tenía aspiraciones a ganar ningún título en los próximos años y fue justo en ese momento cuando recibió una oferta del Real Madrid, entrenado en ese momento por Fabio Capello, para jugar en España, equipo en el que militó desde 1996 hasta 2001, ayudando a éste a la consecución de dos títulos de la Liga de Campeones en 1998 y 2000, enfrentándose en la final contra la Juventus de Turín y contra el Valencia C.F., respectivamente.