Las técnicas de estudio de los microfósiles son diversas, dependiendo del grupo de que se trate y del sedimento o roca matriz ("e.g"., caliza) en el que se encuentren, pero las más habituales son, el estudio microscópico en lámina delgada con el que se obtienen cortes bidimensionales de los organismos fósiles, o el estudio de los microfosiles lavados y levigados cuando se trata de organismos conservados en sedimentos blandos ("e.g"., margas, lutitas).