Emitió una serie de decretos que tenían por objetivo controlar el poder de la Iglesia católica, entre los que sobresalen el de Desamortización de Bienes de Manos Muertas, consultado con su Secretario de Hacienda, el futuro Presidente Rafael Núñez (decreto del 9 de septiembre de 1861, firmado por el Secretario de Gobierno, Andrés Cerón).