La misión de San Rafael Arcángel fue fundada en la provincia mexicana colonial de la Alta California por el sacerdote Narciso Durán venido de la misión de San José, el padre Abella de la misión de San Francisco de Asís, el padre Luis Gil y Taboada de la Iglesia de Nuestra Señora Reina de los Ángeles y Fray Junípero Serra, superior de las misiones de California.