A partir de 1939 Meisinger pasó a dirigir los "Referat" PP II H "Angelegenheiten der NSDAP, ihrer Gliederungen und angeschlossenen Verbände" («asuntos del partido nazi, su estructura y sus grupos asociados») y PP II S "Bekämpfung der Homosexualität und der Abtreibung" («lucha contra la homosexualidad y el aborto») en la sede central de la Sicherheitspolizei.