Cuando el partido girondino va perdiendo su hegemonía, principalmente a partir de la entrada de Robespierre en la convención, Fouché va desplazando sus preferencias hacia el lado más radical jacobino y así pasa de ser un monárquico moderado a uno de los jacobinos más radicales, convirtiéndose en miembro del Comité de Salvación Pública y uno de los que defendió y votó la ejecución de Luis XVI.