Durante los siglos XVI y XVII, Panamá fue blanco de constantes ataques por parte de piratas, corsarios, filibusteros y bucaneros, como Francis Drake quien sufriría una derrota definitiva frente a tropas españolas en 1596, y Henry Morgan, así como algunos intentos escoceses de colonizar el Darién, en territorios denominados por ellos como Nueva Caledonia.