Días después de su divorcio, en enero de 2007 se hizo oficialmente pública su relación con la actriz Evan Rachel Wood, quien protagonizó junto con Manson el vídeo de la canción "Heart-Shaped Glasses (When the Heart Guides the Hand)", el cual suscitó una leve polémica debido a sus escenas de sexo explícito y las escenas en las que ambos aparecen cubiertos de sangre en la cama.