Tras escapar de los ninjas de Kahn, a los guerreros de la Tierra se les asigna una misión: Sonya debe encontrar a Jax, su compañero de las fuerzas especiales americanas; Liu Kang y Kitana van en búsqueda de Nightwolf, quien preparará a Liu Kang para el enfrentamiento con Kahn; mientras tanto, Raiden va al templo de los dioses ancianos para pedir explicaciones por su pasividad ante la invasión de Shao Kahn.