Sin darse cuenta, al tomar las lagunas del oeste, Alsina destruyó las bases de la prosperidad de los indígenas, ya que las lagunas ocupadas eran utilizadas para mantener alimentados a sus caballos y para engordar los animales arreados por los malones; por otro lado, en esos años la población indígena fue atacada por una epidemia de viruela que costó la vida a miles de ellos.