Sus padres fueron Juan Agustín Santander Colmenares (quien había sido gobernador de la Provincia de San Faustino de los Ríos y cultivador de cacao en sus posesiones rurales) y Manuela Antonia de Omaña Rodríguez, ambos pertenecientes a familias criollas descendientes de funcionarios coloniales llegados al entonces Nuevo Reino de Granada.