La prematura muerte de su hermano mayor el príncipe Cristián en junio de 1647 hizo que Federico fuese elegido príncipe heredero, al ser el único hijo legítimo sobreviviente del rey, pero la cuestión de la sucesión no quedó resuelta hasta el 6 de julio, fecha de la coronación de Federico, solamente después de firmar un compromiso ("Håndfæstning") que aumentaba considerablemente el poder del Consejo Real en detrimento de la monarquía.