La Auditoría General de la Nación publicó en 1999 un informe donde señaló que los subsidios que otorgaba el Estado a la empresa Ferrovías eran desviados para otorgar “préstamos” a otras empresas del mismo grupo.Al mismo tiempo que se denunció al grupo por el incumplimiento de los horarios establecidos, las cancelaciones de trenes y las demoras en las salidas de los mismos, que conllevan a brindar un deficiente servicio que lógicamente repercute y afecta a los usuarios.