El nombre "Tzapopan" o "Tzapotl" posiblemente le fue dado a la localidad por los grupos indígenas que la fundaron antes de la llegada de los españoles, aunque diversas teorías dicen que no existió tal "Tzapopan" con anterioridad a la llegada de los españoles; no obstante, también se menciona que este pueblo fue fundado por indígenas en algún año de los siglos XIII o XV, pero fue abandonado posteriormente, debido a su decadencia social y a las constantes guerras entre las etnias de la localidad, y que para la llegada de los peninsulares la ciudad era insignificante; inclusive se menciona que pudo haber estado despoblada.