Durante las horas pico los trenes del servicio de la línea 5 operan entre Eastchester–Avenida Dyre o la Avenida Nereid, el Bronx y Brooklyn College–Avenida Flatbush, Brooklyn y opera como ruta expresa en el Bronx (en direcciones congestionadas), Manhattan y Brooklyn, con servicios limitados de horas pico entre Crown Heights–Avenida Utica o la Avenida New Lots debido a las limitaciones de espacio a lo largo del segmento de la avenida Nostrand al sur de la avenida Franklin.