En febrero de 1829 fue electo fiscal de la Corte Suprema de Justicia de El Salvador, al año siguiente contrajo matrimonio con Rita Guzmán y Cisneros; el 15 de mayo de 1832 fue reelecto para otro período como fiscal de la corte a lo cual renunció pocos meses después, se radicó en San Vicentes desde octubre de 1832 donde fungió como Jefe Político y Comandante Militar del departamento de San Vicente desde donde intentó auxiliar al jefe supremo Mariano Prado de las maniobras del conservador Joaquín de San Martín, posteriormente en febrero de 1833 fue derrotado por las tropas indígenas de Anastasio Aquino lo que lo obligó a escapar hacia la ciudad de San Miguel, desde la cual dirigió un levantamiento contra el gobierno encabezado por Joaquín de San Martín, este levantamiento fue sofocado finalmente en Goascorán, tras esto se exilió voluntariamente en Guatemala durante el resto de gobierno de San Martín y donde se mantuvo cercano al gobierno federal de Morazán, durante ese auto-exilio se decepcionó de las decisiones del partido liberal y se acercó al partido conservador.