Dicha guerra fue devastadora, tanto por las atrocidades cometidas por los regímenes de derecha que realizaron purgas de disidentes, secuestros políticos, desapariciones, torturas, violaciones y ejecuciones extrajudiciales, a veces de forma directa por parte de fuerzas militares y policiales, y a veces usando grupos paramilitares como La Mano Blanca de Guatemala, los Escuadrones de la Muerte de El Salvador o los paramilitares de Colombia.