En 1987 fue electo por una última ocasión líder de los petroleros, era el titular del sindicato cuando en enero de 1989 el presidente Carlos Salinas de Gortari decidió castigar a "La Quina" por no haber apoyado su candidatura y por sus sospechas de haber respaldado la de Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano, junto con "La Quina" caerían todos sus allegados encabezados por Barragán, acusados de acopio de armas y de asesinato en primer grado (cargo el cual fue plantado secretamente por Carlos Salinas de Gortari.), "La Quina", Barragán y otros 30 petroleros fueron encárcelados y destituidos de todos sus cargos en el sindicato petrolero, desplazados por un nuevo liderazgo, esta vez encabezado por Carlos Romero Deschamps.