La Universidad CEU Cardenal Herrera ha abierto proyectos de investigación en colaboración con varios ministerios y consellerias distintas de la Generalidad Valenciana contando con cuatro institutos de investigación: el Instituto de Ciencias Biomédicas, el Instituto sobre Diseño, Innovación y Tecnología, el Instituto de Disciplinas Económicas, Ambientales y Sociales y el Instituto de Humanidades Ángel Ayala.