Ante esta calamidad pública, el presidente José María San Martín ordenó el 10 de julio de 1854 el traslado de la UES y del Colegio de la Asunción a San Vicente, donde permanecerían durante cuatro años, cuando el presidente Gerardo Barrios ordenó su regreso a San Salvador el 16 de septiembre de 1858, reiniciando las actividades en una casa particular hasta el 9 de abril de 1861, cuando fue inaugurado el antiguo edificio reconstruido.