Tras comenzar jugando en la Regional Preferente de La Rioja en la temporada 2003-2004 la subdivisión del Grupo XVI de 3ª División en un subgrupo con equipos de la Federación Navarra de Fútbol y otro Federación Riojana de Fútbol supuso el ascenso de los 9 primeros equipos de Regional, entre ellos el C.D.