Si bien desde el año 2002, cuando era Representante a la Cámara, el senador Gustavo Petro venía denunciando la presunta infiltración paramilitar en la Fiscalía General de Luis Camilo Osorio, fue durante el año 2005, en vísperas de las elecciones parlamentarias de 2006, que se generaban varias polémicas alrededor de la presencia de personas cercanas al paramilitarismo en las listas de partidos que apoyaban al presidente Uribe; mientras que en mayo de 2005 Petro denunciaba con nombre propio y documentos judiciales a varios parlamentarios de Sucre, en junio del mismo año, Clara López Obregón miembro del Polo Democrático Alternativo denunciaba ante la Corte Suprema de Justicia la presunta vinculación de congresistas con las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), después de que se conocieran afirmaciones del jefe máximo de dicha organización Salvatore Mancuso en las que aseguraba que un 35 por ciento del Congreso "eran amigos" de su organización.