Años más tarde, Narciso Agúndez es diputado federal por el II Distrito Electoral Federal de Baja California Sur, que engloba los municipios de La Paz y Los Cabos, en este segundo municipio gana con el doble de la votación, cargo que ostentó hasta finales del 2004 cuando se retiró para contender por la gobernatura por la Coalición Democrática Sudcaliforniana, integrada por el PRD y por el partido Convergencia por la Democracia.