En el año 1785 se aplicó una reorganización del territorio del reino de Guatemala en virtud de las reformas borbónicas, debido a ello muchas alcaldías mayores se extinguieron y pasaron a ser subdelegaciones de las recién creadas intendencias de provincias (San Salvador, Chiapas, Honduras y Nicaragua), sin embargo debido al hecho a que no se formó intendencia alguna en la provincia de Guatemala (que dentro del reino homónimo, tras la creación de la intendencia de San Salvador, abarcaba el territorio de la alcaldía mayor de Sonsonate y la actual Guatemala y Belice); las alcaldías mayores de tal provincia, incluyendo la de Sonsonate, siguieron existiendo con la única añadidura de que sus gobernantes además de ser nombrados como alcaldes mayores -y en lugar de ser designados como teniente de capitán general- también tendrían el título de subdelegados de la real hacienda (el mismo que ejercían los dirigentes de los partido en que se dividían administrativamente las intendencias) con lo cual conocían dos causas -hacienda y guerra-.