Entre 1993 y 1998, el edificio sede sufrió una amplia reforma conducida por el arquitecto Paulo Mendes da Rocha, en conjunto con los arquitectos Weliton Ricoy Torres y Eduardo Argenton Colonelli, de la cual surgió un museo adaptado a las necesidades de las grandes exposiciones internacionales, convirtiendo a la Pinacoteca del Estado en un lugar adecuado para gran parte de las muestras que llegan a São Paulo.