La proteína CD1 posee similitud con el MHC clase I (véase Complejo_mayor_de_histocompatibilidad), en cuanto a su organización de subunidades y a su asociación a microglobulina β2, sin embargo se comporta como una molécula de MHC clase II, lo anterior respecto a la forma en la que "carga" o adquiere sus ligandos.