Tras adquirir la propiedad se iniciaron obras de arreglo de cubiertas y fabricación de nuevas puertas, ventanas… de forma que cuando la obra quedó terminada, el 20 de agosto de 1564, el prior de San Lorenzo, fray Juan Huete, escribía a Felipe II: “…tenemos adereçada la casa que allí estava perdida de manera que su majestad podrá tener en ella más y mejor aposento que en el Escurial” (Zona A).