La principal corriente de Angamacutiro es el río Lerma que marca el límite estatal con Guanajuato, de sur a norte es atravesado por el río Angulo que se una al Lerma en el término municipal; todas las corrientes menores del municipio son tributarias de alguno de estos dos ríos, hidrológicamente todo el territorio pertenece a la misma región hidrológica, la "Región hidrológica Lerma-Santiago", sin embargo está dividido en dos cuencas diferentes, el extremo noreste pertenece a la "Cuenca Río Lerma-Chapala".