Entre otras acciones, ordenó decapitar a Vasco Núñez de Balboa, prometido de su hija María de Peñalosa, y a Francisco Hernández de Córdoba, fundador de las ciudades de León, cuyas ruinas fueron descubiertas en 1967, Granada de Nicaragua y de la villa de Bruselas en las cercanías del golfo de Nicoya, en territorio de la actual Costa Rica.