Entre sus alumnos han estado el humanista Miguel Servet; el historiador Jerónimo Blancas; el arzobispo Pedro Apaolaza Ramírez; el matemático Julio Rey Pastor; el político y escritor cubano José Martí; Santiago Ramón y Cajal, Premio Nobel de Medicina en 1906; Manuel Azaña, presidente la II República; la bibliotecaria María Moliner, autora del famoso "Diccionario de uso del español"; el cantautor y político José Antonio Labordeta y el dibujante Antonio Mingote.