En 1969, Traba renunció a la dirección del Museo y se nombró a Gloria Zea como nueva directora, quien sacó al Museo de los predios de la Universidad con el objetivo de construir una nueva sede en el centro de Bogotá, luego de un conflicto entre las directivas del Museo y las directivas de la Escuela de Bellas Artes y de la Universidad Nacional quienes insistían en que el Museo había perdido todo vínculo con la Escuela de Bellas Artes.