Tras la independencia, y al establecerse la república federal, la Isla del Carmen y sus alrededores, en los que se encontraba incluida Palizada, fueron parte del estado de Yucatán, sin embargo la falta de definición concreta de las fronteras causaron conflictos con Tabasco; de la misma manera, al establecerse el efímero territorio federal de Isla del Carmen, a mediados del siglo XIX, Palizada formó parte de él; y, desde 1857, al crearse el nuevo estado de Campeche quedó definitivamente integrada a este estado.