El origen del Parlacen tuvo lugar el 14 de enero de 1986, durante el discurso de toma de posesión del presidente electo de Guatemala para el período 1986-1990, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, formalizando su propuesta a los países del istmo argumentando que dicho organismo fungiría como caja de resonancia política con el fin de analizar entre hermanos centroamericanos las reglas comunes de la convivencia pacífica y desarrollo de la región.