San Pedro Zacapa es bañado por varios ríos y quebradas como ser El Río Ulua, El Río Jaitique, El Río Zacapa y el Río Canjel La Quebrada Zunsucuapa, Quebrada El Cacao, Quebrada Caranola, Quebrada El Limón, Quebrada Zuntulin, Quebrada Calan, Quebrada El Platanito, Quebrada Jimililares (Agua Tibia) y la Quebrada El Calichon.