En su interior existen 104 habitaciones, entre las que resaltan cuatro salones principales con colores distintivos: el "Salón Rojo", utilizado desde su inauguración hasta la administración del general Maximiliano Hernández Martínez para la ceremonia de presentación de credenciales de embajadores o para las recepciones de la Cancillería Salvadoreña; "Salón Amarillo", empleado como oficina del Presidente de la República; "Salón Rosado", que alojaba a la Corte Suprema de Justicia, y posteriormente al Ministerio de Defensa; y especialmente el "Salón Azul", que fue declarado Monumento Histórico Nacional en 1974.