La decoración de los interiores presenta altares tallados en madera, pintados y cubiertos en pan de oro, que destacan estilos neoclásicos, rococó, y barroco, en su inicio estuvo a cargo de los dominicos, luego llegaron los jesuitas hasta su expulsión del Perú en 1772, para pasar después a manos de los franciscanos y finalmente encargarse los párrocos eclesiásticos.