Durante aquellos meses de 1808 Villamil permaneció en Madrid y presidió las sesiones de la Real Academia de la Historia, que dirigía; estuvo presente en las del 20 y 27 de mayo, 17 de junio, 1 de julio, 19 de agosto, 9 y 16 de septiembre; sin embargo, a partir de la del 18 de noviembre y también en la del 1 de diciembre aparecía como ausente; las sesiones tuvieron un paréntesis de dos años y en el primera siguiente, del 1 de marzo de 1811, el puesto de director aparecía ya vacante, pues Villamil había sido cesado del cargo el 27 de noviembre de 1810 –al consumir su trienio correspondiente-, que quedó vacante por la falta de suficientes numerarios para la elección.