Aparentemente, Manuel Aguilar escapó de San Salvador el día dos de marzo con rumbo a la ciudad de Guatemala, debido a que las autoridades de dicha metrópoli habían desplegado un batallón a petición de Peinado con rumbo a la ciudad salvadoreña; sin embargo, el religioso terminó reducido a prisión el día 25 de ese mismo mes en el hospital San Pedro.El 24 de agosto de 1815, fue incluido en el informe del teniente letrado Miguel Bustamante a la Real Sala del Crimen de Guatemala, junto a otros acusados salvadoreños.Para el 5 de septiembre de 1818, la Real Audiencia fijó la residencia de los reos, en el cual Aguilar quedó confinado en la ciudad de Guatemala.