La toxicidad de la ayahuasca es baja y no hay riesgo de habituación, pero su consumo no está exento de riesgos, tanto por los propios efectos secundarios de la combinación de sus principios activos, como por su efecto alucinógeno, o por la ausencia de control sobre quienes la preparan y difunden fuera de los lugares en los que su uso es tradicional.