Con el fin de minimizar el impacto que la limpieza causa sobre la depuración biológica se pueden poner en práctica diferentes soluciones: limpiar las distintas masas en días alternos y utilizando agua del mismo acuario, traer agua de otro acuario cuando la pérdida ha sido considerable o incluso añadiendo bacterias adquiridas en comercios del ramo, caso de necesitar vaciar la cubeta por una rotura y haber conservado pocos litros.