Otra mala actuación en la primera etapa de la Serie A en 2006, en la cual quedó último lugar, con un doloroso resultado deportivo un equipo de la escuela de la policía tocó fondo a finales de 2004 y descendió nuevamente a la Serie B por segunda vez en su historia, incluso descendió a la Serie B disputando nuevamente su último partido del equipo en ese año ante el Deportivo Cuenca el 14 de mayo de 2006.