La división administrativa de esta alcaldía mayor cambio a lo largo del tiempo de su existencia, en un principio estaba conformada por 15 poblaciones que antes habían sido provincias (estás estaban conformadas por la cabecera de la provincia y las poblaciones tributarias a estás) del Señorío de Cuzcatlán y que estaban en calidad de encomienda y cuyos encomenderos eran nombrados desde Santiago de Guatemala la cual se había apropiado de estás poblaciones a inicios de la época colonial debido a que en estás se cultivaban en gran manera y principalmente cacao.