La estrategia de los reyes Católicos, que tenían el tiempo y los recursos combinados de Castilla y Aragón a su favor, comenzaba a producir sus frutos: el perdón negociado con los nobles rebeldes, el asedio de las fortalezas juanistas, la terrible presión militar sobre las tierras fronterizas portuguesas —cuyas fuerzas se encontraban en Castilla—, y finalmente, el comienzo de la guerra naval, para atacar la fuente del poder y financiamiento de Portugal (su imperio marítimo y el oro de Guinea).