A la muerte de Isabel la Católica, el rey Fernando se hizo eco de ciertos rumores que acusaban a Fernández de Córdoba de apropiación de fondos de guerra durante el conflicto italiano, lo que unido a los temores de que se hiciese independiente gracias a la gran fama y notoriedad adquiridas, acabó con su destitución del mando, y aunque no está demostrado que le pidiese cuentas, Gonzalo, para justificar que lo que se decía de él no era cierto, presentó unas cuentas (que se conservan en el Archivo General de Simancas) con tal detalle, que han quedado como refrán en la lengua popular.