Ya en la segunda fase Peñarol se enfrentó a Quimsa, (campeón de la Copa Argentina 2009) por la Copa Desafío en un encuentro pendiente de la fecha 12, en la cual el "milrayitas" se impuso por 76 a 63 en el Polideportivo Islas Malvinas, quedándose con la Copa Desafío y consiguiendo así el tercer titulo de la temporada.