Durante los primeros meses, Juin defendió la causa de Vichy, no sin antes ser nombrado por Petain a comandante de todas las Fuerzas Francesas en Marruecos y, más tarde con la destitución de Maxime Weygand el 18 de noviembre de 1941, Petain nombró a Juin comandante de todas las fuerzas francesas en el Norte de África.