La mayor parte del municipio está cubierto por pastizal, que es aprovechando principalmente para actividades ganaderas, del centro hacia el sureste se encuentra una zona donde la vegetación dominante es el matorral y por el contrario, en el noroeste se llega a registrar pequeñas zona boscosas en las estribaciones de la Sierra Madre Occidental, en esta misma zona, entre el bosque y el pastizal existe una franja dedicada a la agricultura, las principales especies vegetales son las típicas de las zonas mayormente desérticas, como biznaga y mezquite; las especies animales principales que se pueden encontrar en Indé son coyote, liebre, águila, gavilán y conejo.