Aquel espíritu emancipista de los súbditos españoles despierta en la América Guaranítica de 1649, en una prolongada disputa por el control de los servicios de los súbditos indígenas y de los recursos, en un bando acaudillado por fray Bernardino de Cárdenas -fraile franciscano y en ese entonces Obispo de Asunción-, que se enfrentó al otro bando de la Compañía de Jesús, con su ejército de indígenas, siendo finalmente expulsado de las Misiones en el año 1650.