Sus colecciones fundacionales procedían principalmente del Real Gabinete de Historia Natural (antecesor del actual Museo Nacional de Ciencias Naturales), a las que se sumaron los fondos del Museo de Medallas y Antigüedades de la Biblioteca Nacional, integrados por alrededor de 100 000 monedas, medallas y entalles, así como por un millar de objetos arqueológicos y artísticos, los de la Escuela Superior de Diplomática, y los de la Real Academia de la Historia.