Al final las elecciones darían la victoria a Ortega con 62.46% y 31% para Gadea Mantilla, 5.91 para el PLC de Alemán y menos del 1% para los dos partidos minoritarios.En abril de 1999, el descontento con la Administración de Alemán, revivió con fuerza en una ola de disturbios y protestas laborales, sobre todo en el sector del transporte, de tal magnitud que el presidente ordenó al Ejército intervenir.