En 2003 volvió a ser electo Diputado Federal por el mismo distrito electoral a la LIX Legislatura, siendo en esta ocasión Presidente de la Comisión de Energía e integrante de la de Presupuesto y Cuenta Pública; permaneció en este cargo hasta 2005, cuando solicitó licencia a la Diputación al ser nombrado Presidente de la Comisión Reguladora de Energía el 15 de diciembre de 2005 por el entonces presidente Vicente Fox, cargo en el que fue nombrado nuevamente en 2010 por Felipe Calderón Hinojosa.