Tras la elección de Andrés Pastrana como Presidente en 1998, Lloreda volvió al escenario político como Ministro de Defensa Nacional, si bien en 1999 renunció luego de fuertes discusiones con el mandatario; entonces decidió su retiro definitivo de la vida pública, aún más tras conocerse su padecimiento de cáncer, que le quitó la vida menos de un año después.