En las elecciones presidenciales de 1898 es elegido vicepresidente, como fórmula del octogenario dirigente del Partido Nacional Manuel Antonio Sanclemente; en un principio Marroquín ejerce la Presidencia de la República provisionalmente durante tres meses, pero el presidente Manuel Antonio Sanclemente no estuvo de acuerdo con las medidas presidenciales que en su ausencia, entre agosto y noviembre de 1898, había tomado el vicepresidente Marroquín.