Nacido en Iaşi, pertenecía a la familia Kogălniceanu de boyardos moldavos, siendo hijo del "vornic" Ilie Kogălniceanu, y biznieto de Constantin Kogălniceanu (conocido por haber firmado su nombre en un documento de 1749 emitido por el príncipe Constantine Mavrocordatos, documento que anuló la servitud en Moldavia.) La madre de Mihail, Catinca, de soltera Stavilla (o Stavillă), era, según Mihail, "de una familia rumana de Besarabia".