A este siglo corresponden las intervenciones de los maestros Simón de Colonia (coro alto, en 1502-1506), Nicolás de Vergara (triforio, arcos del órgano, escalera del coro, sepulcros, chimenea del claustro, etc.), Juan de Castañeda, o Juan de Vergara, y Domingo de Veytia (quienes actuaron en la torre).