Jamás regresó el Padre Kino a la Baja California, cuando por tercera vez iba a formar parte de una expedición evangelizadora hacía esas tierras, expedición que iba a ser encabezada por el mismo Kino y el Padre Juan María de Salvatierra, casi al zarpar rumbo a la península, en otoño de 1697, una rebelión de los indios nativos en el norte de Sonora impidió a Kino acompañarlos, prefirió permanecer allí para ayudar en la pacificación.