De la comandancia de la Frontera dependían las poblaciones de: Nuestra Señora de los Remedios de Rocha (fundada el 21 de noviembre de 1793 por Rafael Pérez del Puerto, tenía un alcalde de hermandad), Villa de Nuestra Señora de la Concepción de Minas (fundada en 1783 por Rafael Pérez del Puerto), Villa de San Carlos (desde 1771 dejó de depender en los asuntos políticos del comandante de Maldonado), la Fortaleza de Santa Teresa (fue una comandancia separada desde 1763, antes de depender de Maldonado.