El gobierno del municipio de Ajalpan le corresponde al Ayuntamiento que tiene su sede en la cabecera municipal, la Ciudad de Ajalpan; el ayuntamiento se encuentra conformado por el Presidente Municipal, un Síndico y el cabildo integrado por ocho regidores, seis de los cuales son electos por mayoría relativa y los dos restantes por mediante el principio de representación proporcional.