Afectado poco a poco por la arterioesclerosis, murió en 1956 y fue enterrado en el Cementerio Civil de Madrid (junto al de La Almudena) como ateo, con gran escándalo de la España oficial, a pesar de las presiones que recibió su sobrino, el antropólogo Julio Caro Baroja, para que renunciase a la voluntad de su tío.