El gobierno del municipio de San Pablo del Monte le corresponde a su Ayuntamiento, éste está conformado por el Presidente Municipal, un Síndico y un cabildo formado por siete regidores electos mediante el principio de la representación proporcional, el ayuntamiento es electo para un periodo de tres años no reelegibles para el periodo inmediato pero si de forma no continua, comenzando a ejercer su cargo el día 15 de enero del año siguiente a su elección.