Poco a poco, las fuerzas guatemaltecas cercaban al gobierno de Barrios por el occidente, y las fuerzas de Nicaragua por el Oriente, para el 28 de septiembre los ejércitos invasores se encuentran en posición de atacar San Salvador, dando inicio al sitio, los enfrentamientos llegaron a su clímax en octubre, cuando Carrera ordena fuego contra San Salvador, a más de un mes, y sin agua en la capital, la plaza de San Salvador cae el 26 de octubre, abandonando Barrios ese mismo día la ciudad, aunque su idea fue siempre morir en el sitio.