Luego de varios años de desequilibrio económico, Encarnación volvió a activarse cuando en 1906 ―segregándose del departamento de Misiones― se creó el departamento de Itapúa convirtiéndose en su capital, además conoció nuevamente un gran desarrollo económico propiciado por la llegada del Ferrocarril Carlos Antonio López en 1913, la venida del Carnaval Encarnaceno en 1916 y la fuerte corriente migratoria (principalmente italianos) que marcó un punto de un antes y después de la historia de la ciudad.