A principios de octubre de 2003, Gutiérrez debió soportar un escándalo que sacudió las estructuras de las Fuerzas Armadas Ecuatorianas: El descubrimiento que -desde hacía varios años- de los cuarteles militares había desaparecido gran cantidad de armamento, y que este podría haber sido “negociado” con las FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia).