Durante la década de 1980 y principios de los 90, Horner también se dedica a películas de animación, escribiendo partituras orquestales para "An American Tail" (1986), "The Land Before Time" (1988), "Fievel va al Oeste" (1991), "Rex, un dinosaurio en Nueva York" (1993), "Casper", "Jumanji" y "Balto" (estas tres de 1995).