Luego que Escobar tuviera malos resultados al mando del equipo en el Torneo Apertura, que dejaron al club 'Poderoso' en el último lugar de la tabla de posiciones, Leonel Álvarez es nombrado como entrenador oficial del DIM, en su debut como entrenador llevó al Deportivo Independiente Medellín al título llevándose la quinta estrella para su equipo en el torneo finalización de la copa Mustang 2009 en una campaña sin precedentes donde se clasificó anticipado a los cuadrangulares y ya en estos clasificó anticipado a la final del torneo donde derrotó al Huila como visitante 1 - 0 en el partido de ida y empató 2 - 2 en el cierre de la final como local dándole el título de campeón y posicionándose como unos de los mejores técnicos de Colombia.