Barrot trabajó en la Comisión Europea desde abril de 2004 hasta noviembre de 2009, siendo Comisario de Política Regional en la Comisión Prodi y como Vicepresidente y Comisario de Transportes (hasta octubre de 2008) y como Comisario de Justicia, Libertad y Seguridad, manteniendo la Vicepresidencia, en la primera Comisión Barroso.