El CIPO-RFM se constituyó como fuerza social y política en 1997 con la unión de las organizaciones: Comité de Defensa de los Derechos del Pueblo (CODEP), Organizaciones Indias por los Derechos Humanos en Oaxaca (OIDHO), Unión de Comunidades Indígenas de la Zona Norte del Istmo (UCIZONI) y Comité de Defensa Ciudadana (CODECI).