El parque arqueológico funciona como un refugio para diversas especies de flora y fauna de la región menor como roedores, murciélagos, armadillos, tepezcuintles y reptiles, su mayor importancia radica en que es una estación o paso para aves locales y migratorias en su ruta hacia el sur; estudios en áreas protegidas cercanas al sitio indican la abundancia y diversidad de aves que residen y que pasan por Quiriguá cerca de cuatrocientas especies de aves.