La Colección de Ciencias Naturales cuenta con diferentes piezas, aproximadamente 18.000 piezas entre animales embalsamados, esqueletos, pieles de estudio, minerales, fósiles e ilustraciones científicas, con las cuales se pretende aportar a la divulgación de los recursos ambientales colombianos, especialmente de la fauna, y sensibilizar sobre la importancia de la preservación y conservación ambiental.