El regreso del Macará a la Serie A, se produjo oficialmente el 7 de marzo de 1999 con el empate 0 a 0 ante El Nacional en el Estadio Bellavista y el 7 de abril de 1999 jugó su primer partido de local luego de ascender ante el Barcelona en un encuentro que ganó con el marcador de 1 a 0 a favor de los guaytambos en el Bellavista.