La CoNEAU está integrada por 12 miembros: tres de ellos se encuentran designados por el Consejo Interuniversitario Nacional —universidades nacionales—, uno por el Consejo de Rectores de Universidades Privadas, uno por la Academia Nacional de Educación, tres por el Senado de la Nación, tres por la Cámara de Diputados de la Nación y uno por el Ministerio de Educación.