Desde la época de la colonia la única Iglesia de la religión permitida del cristianismo traída por la conquista española fue el catolicismo, esta Iglesia estuvo arraigada al Estado entre la época colonial hasta 1882, durante en 1821 (independencia de Centroamérica), hasta 1851, hubo luchas políticas entre liberales y conservadores, los liberales deseaban un estado sin arraigo a la Iglesia, los conservadores querían lo contrario, hasta 1882, ya no hubo grupo religioso oficial, en esta oportunidad llegaron misioneros protestantes, desde ese entonces la Iglesia protestante crece en constante crecimiento, también tenían prohibido otras religiones aparte de iglesias que no fueran cristianas católicas.