En la actualidad la Junta de Castilla y León ha declarado como reserva natural a este espacio natural por sus elevados valores biológicos, motivo por el que el régimen de protección, uso y gestión de la reserva natural de Lagunas de Villafáfila, es el establecido en la Ley 8/1991, de 10 de mayo, de Espacios Naturales de la Comunidad de Castilla y León, en el Decreto 7/2005, de 13 de enero, por el que se aprueba el Plan de Ordenación de los Recursos Naturales del Espacio Natural de Lagunas de Villafáfila y en los demás instrumentos de planificación y normas que se desarrollen en aplicación de lo dispuesto en la citada Ley.