La Federación obtiene de nuevo representación en las elecciones de 2006: 15 diputados (en solitario: 2,1 %) y 6 senadores (en la coalición "Insieme con l'Unione" con el Partido de los Comunistas Italianos y la Unión de Consumidores, que obtuvo el 4,2 % de los votos), colaborando de nuevo con Romano Prodi en su Segundo Gobierno con Pecoraro Scanio como Ministro de Medio Ambiente y 2 Secretarías de Estado.