Bajo las órdenes de Obregón, luchó contra Francisco Villa y secundó su lucha contra Carranza y, al triunfo del sonorense, Enrique Estrada llegó a ocupar los más altos cargos de la jerarquía militar, Secretario de Guerra y Marina y Jefe de las Operaciones Militares en los estados de Jalisco, Aguascalientes y Zacatecas, reuniendo bajo su mando el más numeroso contingente de tropas de su época.