Su siguiente proyecto, era abrir un proceso constituyente a la imagen de los ya establecidos en otros países latinoamericanos como Venezuela o Ecuador, obteniendo el apoyo de un grupo de hondureños seguidos por los menos afortunados, lo que ocasionó la enemistad con los poderes tradicionales del país, políticos de su mismo partido, grandes empresarios, iglesias, instituciones de la sociedad civil, intelectuales, judicatura, quienes, con apoyo del ejército, destituyeron a Manuel Zelaya y declararon ilegal su encuesta el 28 de junio de 2009.