A diferencia de las audiencias de Guadalajara, Quito, Concepción (Chile) y Panamá, que durante el siglo XVI eran audiencias subordinadas, al virrey de México y de Lima, respectivamente, la Audiencia de Guatemala no dependía de ninguna otra audiencia, sino directamente del Consejo de Indias, siendo la primera audiencia pretoriana en territorio americano; ello explica, por ejemplo, la ausencia de documentación de la Audiencia de Guatemala en los archivos mexicanos.