Se han conservado solamente fragmentos de sus libros; amante de las divisiones tripartitas, separó la filosofía en física, ética y lógica, denominación esta última que, según Sexto Empírico, Jenócrates prefería a la de dialéctica, y estimó que la realidad consistía en objetos de percepción, conocimiento y opinión; distinguió también entre mente, cuerpo y alma y sostuvo que todo surge entre "lo uno", que constituye la quietud y el bien, y "lo múltiple", que constituye el movimiento y el mal.