Fue fundada el 18 de junio de 1906 bajo el nombre de "Liga Paraguaya de Football Association", más tarde acortado a "Liga Paraguaya de Football", luego castellanizada a "Liga Paraguaya de Fútbol" y finalmente un 3 de diciembre de 1998, modifica su denominación a la actual "Asociación Paraguaya de Fútbol" (el cual casualmente es uno de los nombres que había adoptado una asociación disidente de fútbol que nucleó a algunos clubes, que luego se unirían a la Liga, y que organizó campeonatos entre 1911 y 1917).