La andadura del equipo calagurritano en la categoría de bronce empezó en la temporada 1998–99, y se acabó en la temporada 2003–04, pero los aficionados rojillos jamás olvidarán la primavera de 2001, en la que estuvieron a punto de alcanzar la gloria, clasificándose 3º de su grupo ganando al Burgos CF en el último partido de liga por un gol a dos, y jugando la fase de ascenso a la Segunda división, en la liguilla le toco jugar contra los equipos Atlético de Madrid B , RCD Espanyol B y Club Polideportivo Ejido.