En todo el municipio prevalece el clima clasificado como "Templado subhúmedo con lluvias en verano", la temperatura media anual registrada en el Municipio de San Pablo del Monte es superior a los 14 °C en prácticamente todo el territorio, única excepción de su extremo más oriental, en las faltas del Volcán Malintzin, donde el promedio es de 12 a 14 °C; mientras que la precipitación promedio anual en todo el territorio es de 800 a 1,000 mm.