El enfrentamiento se ha mantenido en diversos frentes durante toda la legislatura, tanto el económico (en el que finalmente se llegó a un nuevo acuerdo de financiación con la Iglesia, a aplicar desde 2007) como el educativo, especialmente en lo referente a la asignatura de Educación para la Ciudadanía, o el de los derechos y libertades (especialmente en lo referente al matrimonio homosexual).