En Cuba se encontró Claret con un cúmulo de problemas eclesiales y sociales: un clero escaso, mal formado y, en muchos casos, moralmente relajado, un seminario desorganizado e ineficaz, gran abandono pastoral del pueblo, pobreza de los campesinos, explotación inhumana de los esclavos negros por europeos sin escrúpulos, desprotección de las mujeres mulatas, legislación civil discriminatoria, escasez de instituciones educativas, revueltas y movimientos por la independencia de la isla, etc.