El equipo nace en el año del 2006, como un proyecto de la Universidad Anáhuac México Norte, en unión con el Grupo Pegaso, con el objetivo de brindar la oportunidad a los jóvenes de las fuerzas básicas del Club de Fútbol Atlante, así mismo ofrecer a los estudiantes la oportunidad de desarrollar tanto sus habilidades y capacidades deportivas como académicas, puesto que cada jugador que pertenecía al club se podía inscribir y estudiar una carrera universitaria, al mismo tiempo que participaba con el equipo de fútbol profesional.