El acoso de sus enemigos y del partido Isabelino como el obispo Diego de Muros, los Valladares, Pimentel, Montenegro, Avalle o Sarmiento, obligarían a Sotomayor a un estado permanente de tensión en los años 1478 a 1485, que lo llevaría a tener que capturar al obispo tudense en 1485 en un acto de desesperación por la reclamación económica que Diego de Muros emprendiera en los años anteriores.