El nombre está compuesto por vilca que viene del término indígena "willka", el árbol "Anadenanthera colubrina" con propiedades alucinógenas que los incas y otros pueblos que han habitado la zona consideraban mágico y sagrado, y de bamba, que es una modificación de pampa, terreno descubierto o llanura; por lo tanto, Vilcabamba significa "llanura del huilko".