Les relations faunistiques entre l'Atlantique et la Méditerranée sont complexes, affectées par les bouleversements tectoniques du Miocène, les vicissitudes climatiques du Pleistocène et la dis-continuité des régimes hydrologiques. Nous utilisons l'approche génétique infra-spécifique pour aborder la biogéographie de la faune marine méditerranéenne et en particulier pour décrire le niveau des échanges récents ou actuels avec l'Atlantique. Les taux de différenciation génétique entre populations ont été estimés à partir des données de la littérature ou de données non publiées sur seize espèces de l'Atlantique nord-est et de la Méditerranée. Ceux-ci révèlent un gradient génétique très fort, voire une quasi-absence de flux génique de part et d'autre de la région de Gibraltar chez une majorité d'espèces, qu'il s'agisse de poissons tropicaux, subtropicaux ou boréaux, ou d'invertébrés côtiers. Une telle situation est également observée, pour une proportion des espèces, de part et d'autre du seuil siculo-tunisien. Dans un petit nombre de cas, la structure géographique paraît cependant conforme aux at-tendus du modèle d'isolement par la distance. La phylogéographie moléculaire du flet Platichthys flesus permet d'inférer la séquence des mouvements de colonisation et des isolements géographiques des populations chez une espèce à affinités boréales. Une approche similaire est utilisée chez une espèce tropicale (la sardinelle ronde Sardinella aurita) et une espèce cosmopolite (le mulet cabot Mugil cephalus), qui révèle des affinités entre les populations méditerranéennes et celles de l'Atlantique tropical est. Nous analysons les implications possibles pour la systématique des populations méditerranéennes et spéculons sur le devenir des populations de certaines espèces à affinités boréales vis-à-vis du réchauffement climatique actuel. Nous engageons une réflexion sur les hypothèses du maintien des différences génétiques entre populations de part et d'autre des zones de transition en milieu marin.

The faunal relationships of the Atlantic and the Mediterranean have been affected by tectonic change in the Miocene, by climate change in the Pleistocene and by hydrological discontinuity. We use a population genetics approach to the biogeography of the Mediterranean marine fauna, in particular to describe the level of recent or present-day exchanges with the Atlantic. The level of genetic differences between populations was estimated from published and unpublished data on sixteen species from the northeastern Atlantic and the Mediterranean. For a majority of species, either tropical or subtropical or boreal fishes, or coastal invertebrates, a moderately-strong to strong genetic cline across the Gibraltar strait area was observed. Such a pattern was also observed in a proportion of species across the siculo-tunisian strait. In a limited number of cases, the geographic patterns of population genetic structure however conformed with the expectations from an isolation-by-distance model. The molecular phylogeographic approach in a boreal species, the flounder Platichthys flesus, led to the inference of the historical movements of colonisation and geographic isolation of the populations. A similar approach in a tropical species (the Spanish sardine Sardinella aurita) and a cosmopolitan species (the grey mullet Mugil cephalus) revealed close genetic relationships between Mediterranean and tropical eastern-Atlantic populations. We analyse the possible implications of these findings to the systematics of the Mediterranean populations and we speculate about the future of boreal species vis-à-vis the present climate change. We debate on various hypotheses for the maintaining of abrupt genetic clines in the marine environment.