La lavande fine (Lavandula angustifolia) et le lavandin (Lavandula x intermedia) sont des espèces emblématiques de la France et présentent un fort intérêt économique. Grâce à la réduction des coûts des technologies de séquençage et au développement d’outils de bio-informatique adaptés, l’iteipmai, avec l’aide de ses partenaires (INRAE, CRIEPPAM et CNPMAI), a pu mettre en place un projet de développement d’outils moléculaires sur la lavande et le lavandin afin d’améliorer l’efficacité des programmes de sélection. Ainsi, le projet GenoParfum a été mis en place pour créer des ressources génomiques nécessaires au développement de ces nouvelles stratégies en utilisant les dernières technologies de séquençage haut débit. Cet objectif général se décline en trois axes : (i) développer un catalogue de gènes de référence de lavande, (ii) identifier du polymorphisme de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour la lavande et le lavandin et (iii) tester la validité de ce polymorphisme dans le cadre d’une analyse de diversité génétique (variétés clonales et populations naturelles de lavande). Cet article présente les travaux conduits dans l’axe 3 (les résultats des axes 1 et 2 sont présentés dans un article associé : Fopa Fomeju et al., 2018). Une approche de séquençage en mélange a été utilisée pour étudier le polymorphisme de type SNP dans 21 populations naturelles issues de 6 régions géographiques du sud-est de la France et nordouest de l’Italie. Ces populations ont été prélevées à des altitudes allant de 200m à 1500m. A ces populations, 3 variétés populations sélectionnées (Rapido, Carla et Saralia) ont été ajoutées. Les résultats ont indiqué une structuration de la diversité génétique selon l’origine géographique des populations et non selon l’altitude dans le panel étudié. Le taux de polymorphisme dans les populations améliorées était similaire à celui observé dans les populations naturelles. Cette approche a également permis de mettre en évidence la pertinence des outils moléculaires pour la gestion des ressources génétiques. Les résultats obtenus seront exploités pour la constitution d’une core-collection pour amorcer des études de génétique d’association et pour identifier des marqueurs associés à des traits agronomiques d’intérêt pour la lavande et le lavandin.

Fine lavender (Lavandula angustifolia) and lavandin (Lavandula x intermedia) are emblematic species of France and of great economic interest. Thanks to the cost reduction of sequencing technologies and to the development of suitable bioinformatics tools, Iteipmai, with the help of its partners (INRAE, CRIEPPAM and CNPMAI), was able to set up a project to develop molecular tools on lavender and lavandin, in order to improve the efficiency of breeding programs. Thus, the GenoParfum project was set up to create the genomic resources necessary for the development of these new strategies using next-generation sequencing technologies. This general objective is declined in three axes: (i) to develop a catalog of reference lavender genes, (ii) to identify SNP (Single Nucleotide Polymorphism) polymorphism for lavender and lavandin and (iii) to test the validity of this polymorphism within the scope of an analysis of genetic diversity (clonal varieties and natural populations of lavender). This article presents the work carried out in axis 3 (the results from axes 1 and 2 are presented in an associated article (Fopa Fomeju et al., 2018)). A pooled sequencing approach was used to study SNP-type polymorphism in 21 natural populations from 6 geographic regions of southeastern France and northwestern Italy. These populations were collected at altitudes ranging from 200 meters to 1500 meters. To these populations, 3 population varieties selected by Iteipmai (Rapido, Carla and Saralia) were added. The results indicated that genetic diversity was structured according to the geographical origin of the populations and not according to their altitude. The rate of polymorphism in improved populations was similar to that observed in natural populations. This approach also made it possible to highlight the relevance of molecular tools for the management of genetic resources. The results will be used to build a core collection to initiate association genetics studies and to identify markers associated with agronomic traits of interest to lavender.