Peu après son arrivée aux USA, Louis Agassiz entre en contact avec Alexander Dallas Bache, le dynamique directeur du Coast Survey. L'amitié qui lie rapidement les deux hommes conduit à une collaboration scientifique durable, particulièrement favorable pour soutenir, à ses débuts, le développement de l'océanographie américaine. Elle se marquera d'abord par les travaux sur les récifs de Floride entrepris par Louis Agassiz et ses élèves. Parmi ceux-ci, Louis François de Pourtalès s'engage ensuite dans la reconnaissance des sédiments couvrant l'ensemble du plateau continental de la côte Est des USA, les prolongeant jusque dans la zone des Caraïbes. Dans ce secteur, il poursuit les investigations sur les récifs. Il se persuade que ceux-ci s'y développent en s'implantant sur des assises calcaires formées par l'accumulation de débris d'organismes qui finissent par réduire la profondeur des eaux. Alexander Agassiz, le fils de Louis, prolonge ces recherches en les amplifiant. Devenu immensément riche par ses investissements miniers et par son activité dans ce domaine, il s'engage, à titre privé, dans d'importantes investigations océanographiques dans les Caraïbes, puis dans le Pacifique dont il devient l'un des meilleurs connaisseurs. Au cours des ans, ses recherches se portent principalement sur la formation des récifs de coraux. Très opposé à la théorie de la subsidence de Darwin, il s'efforce de visiter toutes les principales provinces récifales du monde. Il est persuadé que seule une approche objective lui permettra de saisir la diversité des paysages rencontrés dans ces environnements où les effets de soulèvement s'observent plus fréquemment que ceux de subsidence. Malgré la qualité de ses observations et d'intéressantes propositions, son œuvre a souffert de son attitude par trop négative face à la subsidence. Ses importants travaux sur les faunes et sédiments profonds n'ont pas connu un impact comparable à ceux du Challenger, bien qu'ils en représentent un complément de valeur.

Shortly after his arrival in the United States, Louis Agassiz meets Alexander Dallas Bache, the dynamic director of the Coast Survey. Their friendship rapidly leads to a durable scientific collaboration on the development of the beginnings of American oceanography. It will be marked by Louis Agassiz and his students' work on the Florida reefs. Among them, Louis de Pourtalès later begins the survey of sediments deposited on the entire continental shelf of the eastern coast of the USA, as far as the Caribbean zone. In this area, he also carries out investigations on the reefs. He considers that they develop by implanting themselves on limestone platforms formed by the accumulation of dead organisms, which, in reducing the water depth, make their development possible. Alexander Agassiz, the son of Louis, continues this research by amplifying it. Becoming immensely wealthy through his mining investments and by his activity in this domain, he single-handedly funds important oceanographic investigations. His voyages to the Caribbean and then the Pacific enable him to become one of the most knowledgeable scientists in these regions. As time elapses, he turns principally his attention to the formation of coral reefs. Very much opposed to Darwin's theory of subsidence, he strives to gain first-hand knowledge about all of the most important reef provinces in the world. He is persuaded that only an objective first-hand approach can allow the comprehension of the diversity of the landscapes encountered in these environments where the effects of uplift are more frequently observed than those of subsidence. Despite the quality of his observations and interesting proposals, his work suffered by his very negative attitude to the theory of subsidence. His work on deep fauna and sediments does not have an impact comparable to those of the Challenger, although they represent a useful complement.