nglaura/hal-summarization huggingface dataset:
L'étude des Phytolithes permet de mieux comprendre les mécanismes de transfert du silicium entre géosphère e t biosphère. Dans la forêt équatoriale du Mayombe (Congo), les Phytolithes de feuilles de Trichillia (Meliaceae) montrent une dissolution sélective e t rapide dans la litière. Le temps de résidence du silicium biogénique dans une litière de forêt tropicale est estimé entre 1 mois et 1 an et demi. Dans les 30 cm supérieurs du latosol, le silicium biogénique, sous forme de Phytolithes partiellement dissous, constitue 0,26 à 0,20 % du poids de sol sec (12,s à 9,6Vha). L'apport en silicium biogènique doit être pris en compte dans les calculs de transferts de matière accompagnant I'évolution d'un sol.

Phytoliths as indicators of the biogeochemical turnover of silicon in equatorial rainforest The mechanism of transfer of silicon between geosphere and biosphere may be discerned using phytoliths. In the equatorial Mayombe forest (Congo), phytoliths from Trichillia (Meliaceae) show rapid, selective dissolution in litter. The estimated residence time of biogenic silicon in a tropical forest litter is between 1 month and 1 a half year. In the upper 30 cm of topsoil, a significant proportion of biogenic silicon is preserved, in the form of partially dissolved phytoliths. Biogenic silicon reaches 0.26 to 0.20% of the bulk material (12.5 t o 9.6 t.ha). Biogenic silicon input should be considered in the calculation of mass transfers during a soil's evolution.
Pour améliorer les modélisations de la phénologie, nous avons besoin de dates de débourrement et de floraison mais aussi de dates de levée de dormance, sur un grand nombre d’espèces. On est à la recherche de méthodes alternatives aux tests classiques, peu onéreuses et permettant de s’approcher du haut débit. La NIRS était potentiellement un bon candidat. Les essais préliminaires montrent une bonne corrélation entre NIRS et paramètre classique de dormance (DMD) sur poudre de bourgeons végétatifs et floraux. La corrélation est moins bonne sur poudre de tige mais pourrait cependant constituer une alternative dans le cas de screening haut débit.
Les sources de Port Miou et du Bestouan (Cassis, France) sont l'exutoire des plus longues rivières souterraines sous-marines explorées en Europe. Elles représentent des sites exceptionnels d'une part pour les études scientifiques sur les ressources en eau en zone karstique côtière, et d'autre part pour l'exploration en spéléo-plongée. Elles émergent en mer, à quelques mètres de profondeur, et à un kilomètre de distance l'une de l'autre dans la baie de Cassis (Bouches-du-Rhône, France). Des repérages par balise électromagnétique précisent aujourd'hui le tracé de la galerie de Bestouan jusqu'à 1850 m de la mer. Des mesures de salinité et de température lors des explorations spéléo-plongées complètent le suivi en continu des sources pour caractériser le mode d'écoulement de l'eau souterraine sujette à l'intrusion saline.

Port Miou and Bestouan springs (Cassis, France) are the outlet of the longest submarine rivers explored in Europe. They are exceptional sites on the one hand for scientific studies on water resources in coastal karst area, and secondly for cave-diving exploration. They flow out at sea, a few meters deep and one kilometer away from each other in the bay of Cassis (Bouches-du-Rhone, France). Vertical location by positioning electromagnetic transmitter was done at the Bestouan subaquatic conduit up to 1850 m from the sea. Measurements of water salinity and temperature during the cave-diving exploration give new data in addition of the continuous monitoring of the springs, to characterize the groundwater flows subject to saltwater intrusion.
Dans ce travail, nous étudions un modèle de deux espèces microbiennes en compétition sur un seul nutriment dans un chémostat avec des taux de croissances densité-dépendants intra et inter-spécifique. Nous démontrons, pour des termes de compétition inter-spécifique assez faibles, la convergence globale vers l'équilibre de coexistence pour toute condition initiale strictement positive. Pour des termes de compétition inter-spécifique assez grands, le système présente une bistabilité, avec exclusion compétitive d'une espèce selon la condition initiale.

In this work, we study a model of two microbial species in competition on a single ressource in a chemostat with intra and inter-specific density dependent growth rates. We show for small enough terms of inter-specific competition, the global convergence to the coexistence equilibrium for any positive initial condition. For large enough terms of inter-specific competition, the system exhibits bistability with competitive exclusion of one species according to the initial condition.
Le contexte technologique de l’agriculture numérique crée de grands espoirs pour la protection des cultures. Cependant, la protection de la vigne contre le mildiou et l’oïdium reste un défi pour la réduction des intrants et est donc un cas d’étude pertinent de l’apport de ces technologies. Nous analysons dans cette communication les enjeux de la précision, et des imprécisions, en pulvérisation, sous l’angle temporel comme sous l’angle spatial. Nous mettons en évidence l’intérêt de la mise en œuvre de systèmes de mesure, de traçabilité, d’aide à la décision, et de partage de données et de connaissances pour donner aux agriculteurs, aux conseillers et à la profession en général, les moyens d’un apprentissage localement appropriable des méthodes de gestion conduisant à une forte réduction des intrants et des risques associés

The technological context of smart and precision agriculture has created great hope for crop protection. Yet, the protection of vine against downy and powdery mildews is still a challenge for the reduction of pesticide input and is thus an adequate case study about contribution of ICT to this objective. We analyse in this communication the stakes of precision, and imprecisions, in spraying, with respect to both temporal and spatial dimensions. We underline the interest of implementing ICT systems, sensors, traceability means, decision support tools and data and knowledge sharing, in order to bring farmers, advisers, and the profession in general, the means of a locally appropriable learning of the methods and risks of low enough input management.
Kubernetes a la réputation d'être un système complexe, qui n'aurait d'utilité que dans le cadre d'infrastructures conséquentes. On entend souvent qu'y exécuter des applications statefull est compliqué, voire inconscient. Et pourtant… Kubernetes apporte certes des concepts nouveaux, mais il n'est rien d'autre qu'un orchestrateur de conteneurs tirant parti de fonctionnalités connues et éprouvées du noyau Linux. En s'appuyant sur l'exemple du maquettage puis de la mise en production de clusters Kubernetes au sein de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), nous démontrerons que cet outil n'est ni opaque ni magique, qu'il est adapté à des organisations de toutes tailles, aussi bien pour des tâches d'administration système que dans le cadre de pratiques DevOps. Nous verrons comment il facilite le travail en équipe et la mise en place d'infrastructures programmables. Nous justifierons le choix de Kubernetes, détaillerons ses concepts puis plongerons dans son fonctionnement interne et son API. Nous présenterons ensuite les choix techniques que nous avons faits pour le provisioning et le déploiement des clusters, puis les choix d'infrastructure pour les clusters eux-mêmes : équilibrage de charge L2, reverse proxy, provisioning dynamique des volumes, métriques, monitoring et alertes. Enfin nous aborderons les bonnes pratiques que les outils présentés permettent de mettre en place. La configuration déclarative des clusters nous permet de tendre vers une infrastructure programmable et de développer les méthodes GitOps. Nous présenterons succinctement ces méthodes et les outils utilisés pour les mettre en oeuvre.
L'injection de fer zéro-valent (ZVI) à l'échelle nanométrique constitue la base d'une nouvelle génération de techniques de dépollution in situ des sols et des eaux souterraines. Le projet NANOFREZES est un projet de recherche collaboratif ayant pour objectif de développer une formulation optimisée de nanoparticules de fer zéro valent en utilisant un enrobage spécifique permettant de maximiser dans le même temps la réactivité et le potentiel de migration en milieu poreux. L’innocuité des nanoparticules enrobées pour l’homme et le milieu récepteur a également été étudiée. Une dernière tâche du projet a consisté à développer et optimiser les méthodes d’injection in situ sur un site atelier dans le cadre d’un essai de traitement d’une zone source mixte de TCE et Cr(VI). Les résultats obtenus au droit de la zone source de pollution sont très satisfaisants : - Un potentiel redox, représentatif du caractère réactif et réductif des nano-Fe(0), très électronégatif (jusqu’à – 700 mV) pendant 4 mois, - Un abattement de 89 à 98 % des teneurs en TCE sans production détectable de chlorure de vinyle et de DCE, - Un abattement total des teneurs en Cr(VI), - Pas d’effet rebond jusqu’à présent.
Dans le contexte économiques difficile que traverse les territoires viticoles, nous cherchons à explorer les conséquences de l'existence d'une structure récurant dans les territoires de montagne: la coopérative. Au travers de simulations basé sur des systèmes multi-agents nous explorerons les implications sociales et paysagères d'une viticulture socialement structurée.

In the actual economic and social difficulty through the wine regions, we seek to explore the consequences of the existence of a recurrent structure in mountain areas: the cooperative. Through simulations based on agents based modeling we explore the social and landscapist implications of a social structuration of wine societies.
A partir des années 1980, la plupart des pays en développement adoptent des politiques commerciales ouvertes. Ils abaissent leurs droits de douane, adhérent à l’OMC et, pour certains d’entre eux, négocient des accords de libre échange.
L’ochracine, métabolite isolé de filtrats de culture de Septoria nodorum Berk., a un effet prononcé sur l’assimilation nette et la résistance stomatique de plantules de blé, Triticum aestivum L. (cv « Etoile de Choisy »). Des augmentations à la fois de la résistance stomatique et de la résistance intracellulaire étaient soupçonnées. Il a été établi depuis que l’ochracine n’a pas d’action directe sur les stomates. En reprenant l’argumentation de WONG et al. (1979), nous montrons que la fermeture stomatique serait provoquée par la baisse de photosynthèse. Ces résultats suggèrent donc une action de l’ochracine sur le cycle de Calvin lui-même ou sur les réactions qui interfèrent directement avec lui.

Ochracin, a metabolite synthesized by Septoria nodorum Berk., gives a great reduction in Co2 net assimilation and an increase in stomatal resistance in seedling leaves of wheat - Triticum aestivum L. (cv « Etoile de Choisy »). Both stomated resistance and intracellular resistance have been implicated, but it now seems that ochracin has no direct effect on stomata. Stomatal closure seems to be a consequence of reduced photosynthesis, and ochracin appears to have a direct inhibition effect on the Calvin cycle or on reactions linked to it.
Le développement très important de l'Internet et du commerce électronique s'est accompagné de l'émergence de modes électroniques de résolution des litiges. L'objectif du article est d'évaluer expérimentalement l'efficacité économique d'une procédure novatrice, la négociation électronique, qui intègre la technologie comme acteur actif dans le traitement des conflits : les propositions des parties sont reçues et évaluées par un logiciel informatique qui introduit un mécanisme de convergence dans la négociation et détermine les modalités d'un accord selon une règle prédéfinie. Les résultats montrent que les parties sont incitées à exploiter stratégiquement ce mécanisme de convergence afin d'accroître leurs gains, ce qui limite largement l'efficacité de la procédure. Cependant, la menace de désaccord liée à un accroissement du degré de conflit opposant les parties semble limiter cet effet pervers, incitant ces dernières à la conciliation. Les implications de ces résultats permettent de discuter du rôle potentiel de la régulation publique et des mécanismes de réputation dans le monde virtuel.
L’émergence d’une communauté de recherche francophone multidisciplinaire GecSO (Gestion des Connaissances, Société et Organisation) autour du management des connaissances donne lieu à la production d’une centaine de contributions depuis 2008. L’objet de cet article est de proposer une structuration du champ à partir de cette production. Il est possible de dégager six programmes de recherche qui sont à la fois distincts mais reliés entre eux. Ces programmes constituent des attracteurs propres à structurer le champ. Ces programmes de recherche ont la particularité de traverser largement les disciplines. Ces programmes de recherche convergent sur la nécessité de distinguer information et connaissance, d’appréhender la connaissance comme une activité cognitive plutôt qu’un objet.

The emergence of a French speaking research community in Knowledge Management (through the annual GeCSO congress), produced more than one hundred contributions since 2008. This article proposes a structure for that domain, based on that production. It is possible to extract six research programs that are distinct but tightly linked. Those programs are attractors liable to structure the domain. Those research programs are widely multidisciplinary. They converge on the necessity of making a distinction between information and knowledge, and considering knowledge more as a cognitive process than an object.
Introduction La veille en santé animale a pour objectif l’alerte précoce vis-à-vis de dangers sanitaires connus ou émergents. Elle repose sur le recueil, le suivi et l’analyse quotidienne d’infor- mations issues de sources officielles, telles que l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), et de sources non-officielles telles que les médias ou les réseaux sociaux (Hartley et al. (2010)). Plusieurs systèmes de biosurveillance, tels que MedISys (Mantero et al. (2011)), GPHIN (Blench (2008)) ou HealthMap (Freifeld et al. (2008)), sont ainsi dédiés à l’acqui- sition et à la diffusion de données issues de sources informelles. Ces systèmes s’intéressent à un large éventail de risques sanitaires (maladies infectieuses humaines, animales ou végé- tales, risques environnementaux, etc.), mais aucun d’entre eux n’est spécifiquement dédié à la santé animale. De plus, tous reposent sur une modération humaine à une ou plusieurs étapes de leur processus. Dans ce contexte, nous présentons PADI-web 1 (Platform for Automated extraction of Disease Information from the web), un outil de biosurveillance des médias digi- taux pour la détection de foyers de maladies animales (Arsevska et al. (2018)). PADI-web est intégré dans la thématique de Veille sanitaire internationale, au sein de la plateforme d’Epi- démiosurveillance en santé animale 2 (plateforme ESA). Depuis sa première version, dédiée à la veille de sources en anglais, PADI-web a été enrichi d’un nouveau classifieur reposant sur de l’apprentissage automatique et intègre les documents multilingues.
La modélisation 3D de la géométrie des granites Stéphaniens du Massif du Pelvoux a permis de mettre en évidence le contexte cisaillant associé à leur mise en place. Dans les Massifs Cristallins Externes Français, ces cisaillements se répartissent selon deux directions, N50 et N135, respectivement dextre et sénestre. Ce système décrochant Carbonifère s'intègre dans un contexte d'extension N-S connu dans l'ensemble de la chaîne Varisque.
La connaissance du littoral, sa protection, son aménagement nécessitent un suivi des changements qui s'y produisent. Toutefois, en France, devant l'étendue des façades maritimes à couvrir, les techniques de mesures in situ ne peuvent être appliquées de façon systématique. Dans ce cas, les techniques de télédétection spatiale ou aérienne sont des approches complémentaires. A partir de ces plates-formes, des images stéréoscopiques multi-temporelles sont, après une série de traitements photogrammétriques appropriés, directement exploitables sous formes d'orthophotographies et de Modèles Numériques de Terrain (MNT). Ce type de produits permet notamment la quantification des changements morphosédimentaires à l'interface Terre-Mer (transport transversal et longitudinal de sédiments, érosion,...). Actuellement, la résolution spatiale des MNT générés à partir d'images aériennes ou satellitaires (<50 cm) est insuffisante pour la plupart des applications sur la frange littorale. En outre, dans le cas d'interventions consécutives à un événement extrême (tempête, raz de marée, pollution...), ces systèmes manquent de souplesse (trajectoires prédéfinies, contraintes d'altitude, de vitesse, coût de mise en oeuvre...) L'utilisation de drones constitue donc une alternative intéressante pour des suivis de précision ou des interventions rapides.
Cette étude vise à tester l'automaticité du traitement sémantique durant la perception de la parole grâce à la situation de cocktail party. Les participants devaient effectuer une tâche de décision lexicale sur un item cible inséré dans un cocktail de parole. Celui-ci était composé de voix prononçant des mots sémantiquement liés à la cible (voix amorces) , et d'autres voix prononçant des mots sémantiquement indépendants les uns des autres (voix masquante). L'analyse des résultats a montré qu'un effet d'amorçage n'apparaissait que lorsque le nombre de voix amorces était strictement supérieur au nombre de voix masquantes, mettant en évidence un besoin d'intelligibilité de l'amorce et la nature stratégique de l'effet d'amorçage observé.
Démarré en 2015, GénoSanté est un projet collaboratif qui rassemble des entreprises de sélection (EVOLUTION, ELITEST et AURIVA), des entreprises de conseil en élevage (BCEL-Ouest, Seenergi et EILYPS), , une entreprise agro-alimentaire (Agrial) et des organismes de recherche (INRA, ALLICE et IDELE). L’objectif de ce projet est de produire des outils de sélection et d’apporter du conseil sur de nouveaux caractères pour améliorer la santé productive, c’est-à-dire l’aptitude à produire dans le milieu d’élevage dans de bonnes conditions de santé . Les premiers résultats concernent l’acétonémie, un des troubles de santé les plus fréquents chez la vache laitière, dû le plus souvent à un déficit énergétique en début de lactation. Sa prévalence est estimée à 4 % pour les formes cliniques et 12 à 20 % pour les formes sub-cliniques. Les dosages de beta-hydroxybutyrate (BHB), d’acétone et un indicateur d’acétonémie (Cetodetect®) réalisés sur le lait de 887 000 vaches Holstein (à partir de 3 millions d’échantillons) et de 148 000 vaches Normande (487 000 échantillons), collectés entre 2012 et 2015, ont été utilisés pour développer cette évaluation génétique. Les analyses prises en compte sont réalisées entre 7 et 120 jours de lactation. Les dosages de BHB et d’acétone subissent une transformation logarithmique pour normaliser leur distribution. Les valeurs génétiques estimées et les effets d’environnement permanent (ou effet non génétique de la vache) sont prédits à partir d’un modèle animal unicaractère avec prise en compte de la répétabilité intra et inter lactation. L’héritabilité des caractères a été estimée à 0,12 et 0,15 en race Holstein et Normande pour le BHB et à 0,10 et 0,16 pour l’acétone. Les corrélations génétiques entre caractères varient entre 0,72 et 0,85 en race Holstein et entre 0,85 et 0,98 en race Normande. Une évaluation génomique a été développée à partir de 31 213 mâles et femelles Holstein et 6 870 animaux de race Normande pour lesquels nous disposions à la fois de génotypes et de phénotypes. Ces nouveaux index sont inclus dans une synthèse Santé Productive, en combinaison avec la santé de la mamelle, la fertilité et la longévité. Une évaluation génétique et génomique sur les lésions podales est en préparation.
Cette étude réalisée dans le cadre du programme PhénoFinlait vise à identifier les gènes et les mutations responsables de la variabilité génétique de la composition du lait en acides gras (AG) et protéines dans les trois races bovines laitières Holstein, Montbéliarde et Normande. Pour 23 AG et 6 protéines, le phénotype analysé est la moyenne des mesures par moyen infra rouge à chaque contrôle, corrigées pour les effets de milieu. Les séquences du génome complet de 8746 vaches génotypées avec la puce Illumina 50k ont été reconstituées avec le logiciel FImpute, en utilisant comme référence la séquence de 1147 taureaux du projet « 1000 génomes bovins ». Au total, 28 millions de polymorphismes ont été prédits. L’analyse GWAS a été conduite intra-race avec le logiciel GCTA, le modèle incluant un effet marqueur et un effet polygénique. Cette approche a permis de caractériser 30 à 40 régions par caractère sur tout le génome. On retrouve la majorité des régions déjà détectées avec la puce 50k, mais les intervalles de localisation sont plus précis. Cette première analyse a permis de définir des régions de l’ordre de 500 kb à 3 Mb, analysées par BayesC. Cette méthode multi-marqueurs réduit considérablement l’effet du déséquilibre de liaison à grande distance et permet de proposer des mutations causales candidates. La comparaison entre races et l’annotation des variants aident au choix entre ces propositions. Ce travail est illustré avec 10 exemples sur les chromosomes 5, 14, 17, 19 et 27 pour les AG et 1, 2, 6, 11, et 20 pour les protéines. Cette étude montre l’intérêt du séquençage de génomes entiers pour identifier les mutations responsables du déterminisme génétique des caractères.

This study, part of the PhénoFinlait project, was aimed at identifying the genes and mutations responsible for the genetic variability of milk fatty acids (FA) and proteins in Holstein, Montbéliarde and Normandy dairy cattle breeds. For 23 FA and 6 proteins, the analyzed phenotype was the mean of mid infra-red test-day measurements, adjusted for environmental effects. Whole genome sequences (WGS) of 8746 cows genotyped with the 50k Illumina chip were imputed with FImpute software, using 1147 sequenced bulls of the “1000 bull genomes” project as a reference. Over 28 million polymorphisms were predicted. GWAS analysis was carried out within breed with GCTA software and the model included a marker effect and a polygenic effect. Overall, 30 to 40 QTL regions were detected per trait over the genome. Many regions already detected with the 50k chip were confirmed but location confidence intervals were smaller. From this first analysis, several 500kb – 3Mb long regions were defined and analyzed by BayesC. This multi-marker method strongly reduces the effect of long distance linkage disequilibrium and pinpoints a limited number of candidate mutations. Breed comparison and functional annotation of variants also provide information. This work is illustrated by 10 examples on chromosomes 5, 14, 17, 19 and 27 for FA and 1, 2, 6, 11, and 20 for proteins. This study shows the value of WGS to identify candidate causal variants underlying the genetic variation of complex traits.
L'évaluation génomique est une nouvelle méthodologie d'estimation de la valeur génétique des animaux d'élevage. Son principe est de subdiviser le génome en un très grand nombre de segments chromosomiques (SC) déterminés par un ou plusieurs marqueurs SNP (Single Nucleotide Polyrphism), d'estimer l'effet de chacun de ces SC sur les caractères d'intérêt dans une population de référence (PR) phénotypée et génotypée pour ces marqueurs, puis de calculer la valeur génomique d'individus non phénotypés en sommant les effets estimés des SC portés par ces individus. Les méthodes d'estimation des effets des SC sont nombreuses et variables en termes de précision et de temps de calculs. L'efficacité d'une sélection fondée sur cette méthodologie augmente avec l'héritabilité du caractère considéré, la taille de la PR et le niveau de déséquilibre de liaison entre marqueurs adjacents, mais est plus faible dans les populations de grand effectif génétique ou lorsque la distance génétique entre la PR et les individus évalués est grande. Chez le porc, la sélection génomique pourrait permettre d'améliorer les populations pour des caractères non mesurables en routine, d'augmenter la précision des valeurs génétiques estimées, et de sélectionner les individus de l'étage de sélection pour leur valeur en croisement et en milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre d'une sélection génomique chez le porc seraient élevés, en raison principalement de la taille des PR nécessaires à une évaluation précise et du nombre élevé de candidats à génotyper. Le partage de PR par les différentes Organisations de Sélection et le recours aux techniques d'imputation génotypiques permettraient de maîtriser ces coûts.
Au sein des espéces d'élevage, c'est sans nul doute dans le secteur des bovins latiers que l'expérience de l'usage des outils moléculairesà des fins de sélection est la plus longue. Bien qu'aujourd'hui la plupart des grands pays d'élevage laitier réalisent des évaluationsgénomiques, l'introduction de ces outils ne se fait pas de façon uniforme. Ceci peut s'expliquer par des conditions de mise en oeuvredifférentes entre pays. Nous dressons ici un panorama de l'utilisation qui est faite des outils de la sélection génomique en bovinslaitiers au niveau international.
Cet article présente la sélection bovine dans les deux filières bovines laitière allaitante qui ont chacune leurs particularités, en particulier la place de l’insémination animale ou le développement de la base de sélection, mais aussi des propriétés communes, pour la plupart issues de la Loi sur l’Élevage qui a défini l’organisation de la sélection. Progressivement, les objectifs de sélection ont évolué vers la prise en compte d’un nombre croissant de caractères et la diminution du poids de la productivité au profit des caractères fonctionnels. La Loi d’orientation agricole de 2006 et l’émergence de la sélection génomique à partir de 2009 ont profondément modifié l’organisation de la sélection avec l’abandon du testage sur descendance, la mise en place de populations de référence, la concentration des acteurs économiques, une mutualisation nationale moindre au profit d’initiatives d’entreprises mais aussi d’accords internationaux. Un nouveau changement majeur est attendu avec la mise en application en 2018 du Règlement Zootechnique Européen qui modifie le cadre organisationnel de la sélection

This paper presents an overview of selection in both dairy and beef cattle in France. Both branches have their own particularities such as the extent of insemination use or the level of performance recording development, but also common properties derived from the Breeding Law (1966) which defined the major management characteristics of cattle breeding in France. Gradually, breeding objectives have included an increasing number of traits and been reoriented from productivity to functional traits. The Agriculture Orientation Law in 2006 and the emergence of genomic selection in 2009 deeply modified the selection procedures with the end of progeny testing, the implementation of reference populations for accurate genomic prediction, but also larger companies, a lower national influence replaced by company driven strategies and some international initiatives. A new major change is expected with the application of the European Regulation on Animal Selection in 2018
Cet article présente la méthodologie utilisée pour identifier la mutation responsable d’une anomalie génétique à partir de cas d’animaux affectés. Dans un premier temps, une collection de cas aussi homogènes que possible est constituée, de la même race et avec les mêmes signes cliniques, complétée par une population témoin apparentée mais non atteinte. Une analyse de pedigree est possible pour rechercher l’ancêtre commun qui a pu transmettre l’anomalie à chacun des cas. Le génotypage par puce permet de mettre en évidence très rapidement une petite région du génome homozygote et identique à tous les marqueurs qui contient la mutation recherchée. La mutation est ensuite identifiée par séquençage du génome de quelques cas, filtrage des variants observés sur la base d’une part, de leur présence chez d’autres animaux, et d’autre part, de leur annotation fonctionnelle. Une validation statistique est ensuite pratiquée par génotypage à grande échelle, pour vérifier l’association totale entre génotype et phénotype. Enfin, la causalité de la mutation est étudiée par analyse fonctionnelle, incluant l’analyse des ARN et des protéines, l’imagerie cellulaire, voire la création de modèles transgéniques.

This article presents the methodology used to identify the mutation responsible for a genetic defect from the observation of cases. In the first step, a set of homogeneous cases are collected, from the same breed and with the same clinical signs. This collection is completed by a related but unaffected control population. A pedigree analysis is possible to point towards a common ancestor who may have transmitted the defect to all cases. A genotyping step using a SNP chip is used to display a small genomic region homozygous and identical at all markers and including the mutation. The mutation is then identified by genome sequencing of a few cases followed by the filtering of the variants against a large sequence database of unaffected animals. The best candidate variants are retained on the basis of their functional annotation. The mutation is then statistically confirmed on the basis of large scale genotyping, to verify the complete association between the mutation and the phenotype. Finally, the causality of the mutation is proven by functional analysis, including RNA and protein analysis, cellular imaging, and even through transgenic models carrying the mutation.
L’agroécologie, vue ici comme un ensemble de pratiques, est une alternative prometteuse face aux nouveaux enjeux de l’agriculture. Dans cette étude un indicateur de pratiques agroéologiques (PAE) a été construit et une méthode a été élaborée afin de caractériser des exploitations à partir de leurs facteurs et de leurs stratégies de production, de leur performance et de la mise en place de PAE. Ce cadre méthodologique a été appliqué à 92 exploitations de Guadeloupe et 123 de Martinique. Dans chacune des deux îles, 5 types d’exploitations ayant des stratégies différentes vis-à-vis des pratiques agroécologiques ont été observées. Il apparait que 50% des exploitations de l’échantillon étudié ont des animaux. De ce fait, 48% des exploitations utilisent des co-produits des cultures comme aliments du bétail et 46,5% fertilisent leurs cultures avec du fumier. Les logiques d’intégration cultures élevage et les besoins en accompagnement et en recherches dépendent du type de ferme.

Agroecology, see here as a set of practices, is a promising alternative to the new challenges facing agriculture. In this study an agroecological practices (PAE) indicator was constructed and a method developed to characterize farms based on their production factors and strategies, their performance and the implementation of PAE. This methodological framework was applied to 92 farms in Guadeloupe and 123 farms in Martinique. In each of the 2 islands, 5 types of farms with different strategies towards agroecological practices were observed. It appears that 50% of the farms in the sample studied have animals. As a result, 48% of farms use crop by-products as animal feed and 46.5% fertilize their crops with manure. The rationale for crop livestock integration and the need for support and researches would depend on the type of farm.
La multiplicité des critères susceptibles d’être utilisés pour évaluer l’adaptation comportementale d’un animal à son environnement a motivé l’étude des relations entre réponses physiologiques et comportementales, dans l’espoir que l’identification de telles relations puisse simplifier l’évaluation du bien-être animal. La comparaison d’animaux placés dans des environnements différents et la comparaison d’animaux aux génotypes extrêmes suggèrent l’existence de relations entre certaines réponses physiologiques et comportementales. La possibilité de catégoriser certains animaux selon leur stratégie de réponse adaptative, caractérisée par des associations répétables entre réponses comportementales et physiologiques, conforte cette hypothèse. Cependant, les relations ainsi suggérées semblent difficilement généralisables : il n’existe pas de relation univoque entre les réponses physiologiques et comportementales d’un animal face à une situation perçue comme menaçante. En l’état actuel des connaissances, la prise en compte de manière concomitante de critères physiologiques et comportementaux est essentielle pour apprécier le bien-être d’un animal. A l’avenir, des investigations en génomique fonctionnelle et en neurobiologie pourraient améliorer notre compréhension de ces relations.

Assessing the behavioural adaptation of an animal to its environment is complex, notably because numerous criteria can be taken into consideration. A better understanding of the relationships between criteria, particularly between behavioural and physiological responses, might help reduce the number of parameters required to assess animal welfare. The existence of relationships between behavioural and physiological responses of animals to potentially threatening situations has been suggested both by studies comparing animals reared in different environments and by those comparing animals with extreme genotypes. Moreover, the identification of coping styles in various species has strengthened the idea that physiological and behavioural responses could be related, although the precise laws governing such relationships are still difficult to establish and generalise. Thus, considering the complexity of these relationships, it appears reasonable to consider these two groups of responses as partially independent and as giving complementary information about animal welfare. In the future, the development of complex trait analyses as well as investigation at the level of the brain should improve understanding of the relationships between physiological and behavioural responses.
Une vingtaine d’espèces de mammifères ou d’oiseaux ont été domestiquées par l’homme à des fins d’élevage, à partir de l’époque néolithique. Les mots ‘génétique’, ‘gène’ et ‘génotype’ apparaissent dans les premières années du XXe siècle mais l’idée d’amélioration des animaux domestiques vient de beaucoup plus loin. Une forme de sélection empirique a été opérée par les premières communautés d’éleveurs, portant sur des caractères favorisant le processus de domestication lui-même, comme la docilité.

After briefly recalling the steps that led to the outbreak of quantitative genetics, i.e. the main theoretical framework of animal breeding, we survey the principal landmarks of the story of animal genetics at the National Institute for Agricultural Research, since the first recruitment of scientists working in this field in 1950. This story has included organizational changes, among which the creation of the Animal Genetics Division occurred in 1963. On scientific grounds, major innovations have dealt with statistical methods for predicting breeding values and the use of an increasing amount of genomic data, these changes being allowed by the dramatic increase in computing power.
L’origine de la grande diversité actuelle de l'espèce bovine est intimement liée à l’histoire des peuplements humains depuis les premiers événements de domestication. Si les nouveaux outils génomiques (puces de génotypage de SNP à moyenne et haute densité, séquençage à haut-débit) aident à retracer cette histoire complexe, à travers la caractérisation génétique fine des races actuelles, ils permettent également d'identifier dans le génome de ces races les empreintes laissées par les contraintes exercées par l'homme (pressions de sélection artificielle) et plus généralement par l'environnement (pressions de sélection naturelle). [br/] Après un bref état des lieux des connaissances actuelles sur les origines probables de la diversité observée dans l'espèce bovine, présentant la caractérisation de la diversité génétique neutre des races bovines, nous proposons d'illustrer dans cet article l’étude des traces de sélections naturelle et artificielle dans le génome à partir d'exemple de travaux menés sur les races bovines tropicales africaines et du nouveau monde, et sur les races laitières hautes productrices françaises.

The origin of the currently observed cattle species diversity is intimately related to human population history since first domestication events. While new genomic tools (medium to high density SNP chips, next generation sequencing) provide insights into this complex history through the genetic characterisation of cattle breeds, they also allow identifying footprints left in their genome by human (artificial selection pressures) and more generally by environmental constraints (natural selection pressures). [br/] After a brief report on current knowledge of possible origins of cattle diversity, based on the characterization of cattle breeds neutral genetic diversity, we illustrate, in this article, studies of natural and artificial selection footprints in bovine genome from analyses carried out in African and New World tropical cattle breeds and in high-producing dairy cattle.
L'élevage porcin concerne plus de 1 900 exploitations agricoles de la Guadeloupe (16% du total). Le modèle technique inspiré par l'élevage métropolitain et importé à la fin des années 70, ne concerne que 2% des élevages. Ces derniers sont caractérisés par une taille relativement modeste (20 à 70 truies-mères), une alimentation essentiellement industrielle et une conduite en bandes. Les autres éleveurs (98% de l'effectif) entreprennent rarement la production porcine comme une activité agricole principale mais détiennent néanmoins plus de 81% du troupeau de truies-mères. L'élevage porcin est mal connu principalement parce que la plupart des éleveurs n'ont pas d'enregistrements et sont dans l'informel. Dans le cadre d'une opération de modélisation de l'agriculture, une équipe d'économistes et de zootechniciens a entrepris d'identifier les systèmes d'élevage porcin existants grâce à une enquête légère auprès d'un échantillon raisonné d'agriculteurs. Après avoir présenté les différentes pratiques techniques et leurs variantes, le texte porte sur la caractérisation technico-économique des systèmes d'élevage identifiés : revenu, coût de production et temps de travail nécessaire. Dans le contexte d'information limitée caractérisant la Guadeloupe, cette première étude aboutit à une évaluation technico-économique qui devra être discutée et certainement validée par des suivis d'élevage. Cependant le niveau de revenu dégagé par les types d'élevage de moins de 20 truies-mères confirme leur importance dans la pérennité des nombreuses exploitations agricoles concernées. Ceci allié, au fait qu'ils assurent plus de 40% de l'approvisionnement du marché guadeloupéen en viande fraîche, les désigne comme une cible pour la recherche et le développement.
Les évaluations génomiques sont aujourd’hui disponibles pour les principales races bovines laitières françaises. Cependant, construire une population de référence, ensemble des individus génotypés avec performances, de taille suffisante pour mettre en place des évaluations génomiques précises, s’avère un réel challenge pour les races laitières à effectifs limités. Pour contourner cette contrainte et développer des évaluations génomiques pour les races régionales, il a été initialement proposé de créer une population de référence commune entre races. Cette approche nécessite cependant, de disposer d’une densité en marqueurs suffisamment élevée pour que le lien QTL-marqueur soit conservé entre races. Les premiers travaux d’évaluations génomiques multiraciales ont démontré qu’une population de référence multiraciale génotypée sur une puce haute densité permettait d’augmenter la précision des valeurs génétiques estimées. Cependant, le gain observé est très dépendant de la proximité des races incluses dans la population de référence multiraciale. Ceci suggère que les évaluations multiraciales ne sont pas l’unique solution à la mise en place d’une sélection génomique dans les races à effectifs limités. D’autres stratégies basées à la fois sur l’augmentation de la population de référence intra-race (grâces aux échanges internationaux et au génotypage de femelles) et l’identification de mutations causales sont étudiées afin de mettre en place un prototype d’évaluations génomiques adapté à chacune des races régionales.

Within-breed genomic selection is now implemented in a number of large cattle breeds. However, building large enough reference populations (ie animals with both phenotypes and genotypes) remains a major challenge for smaller breeds. Combining reference populations and implementing a multi-breed genomic evaluation initially appeared to be an appealing alternative for small breeds. Such an approach requires a chip dense enough to maintain associations between QTL and markers. The first results of multi-breed genomic evaluations using highdensity genotypes show that using a multi-breed reference population slightly increases the accuracy of genomic estimated breeding value. However the gain in accuracy was rather low suggesting that multi-breed reference population cannot be the unique solution to implement genomic selection in breeds with a limited population size. An alternative strategy is to increase within-breed reference population size through international exchange and female genotyping. The use of results from whole genome sequencing is also an appealing tool to improve the accuracy of genomic evaluation in breeds with limited reference population size.
La pisciculture est une production en plein développement au niveau mondial, où elle couvre désormais près de 50% des apports de poisson pour la consommation humaine. En France et en Europe, son développement est plus lent, en partie du fait d'une perception négative de ses impacts sur l'environnement. En premier lieu, la quantité de poissons sauvages utilisés sous forme de farines et huiles pour alimenter les poissons carnivores pose question, mais dans ce domaine d'importants progrès ont été réalisés par la substitution de ces matières premières par des protéines et huiles d'origine végétale, et l'apport de la pisciculture à la production nette de poisson est en constante amélioration. Les rejets dans le milieu naturel sont aussi une question importante, d'autant plus qu'ils sont visibles et quantifiables, étant émis directement dans l'eau. Des études sont en cours pour quantifier leurs impacts, les réduire à la source et les traiter avant rejet, ayant là aussi permis des progrès importants. Plus globalement, il est important de bien quantifier l'ensemble des impacts, par des méthodologies globales de type Analyse du Cycle de Vie (ACV). Ceci permettra d'identifier les leviers d'actions les plus importants pour aller vers une amélioration continue de l'efficience de la production piscicole, qui permettra d'une part de limiter les rejets et d'autre part d'optimiser la consommation de ressources (matières premières, énergie, eau) qui sont amenées à se renchérir à l'avenir. Contribuer au développement durable des filières piscicoles en définissant les bases d'une pisciculture à haute valeur environnementale pour des produits de qualité (nutritionnelle et organoleptique) est pour l'INRA un objectif qui va se poursuivre dans les prochaines années, en multipliant les approches disciplinaires et inter-disciplinaires.
L'évaluation génomique est une nouvelle méthode d'estimation de la valeur génétique des animaux d'élevage qui est en train de révolutionner l'organisation des schémas d'amélioration génétique bovins laitiers. La récente disponibilité d'une puce porcine de 60 000marqueurs SNP permet d'envisager la mise en place de cette méthodologie chez le porc. Dans cette espèce, les perspectives les plus intéressantes de l'évaluation génomique semblent être la possibilité d'améliorer les populations pour des caractères non mesurables en routine, d'augmenter la précision des valeurs génétiques estimées, et de sélectionner les individus de l'étage de sélection pour leur valeur en croisement et en milieu de production. Les coûts de mise en œuvre d'une sélection génomique chez le porc seraient élevés,en raison principalement de la taille des populations de référence nécessaires à une évaluation précise, du nombre élevé de candidats à génotyper, et de la variété des populations et lignées sélectionnées. Le partage de ressources entre Organisations de Sélection et le recours aux techniques d'imputation génotypiques permettraient de maîtriser ces coûts.
De nombreuses publications ont montré que la qualité de la viande porcine est fortement influencée par l’effet du type génétique (notamment les gènes Hal et RN) et les conditions d’élevage et d’abattage des animaux. Les critères de jugement de cette qualité sont généralement le pH de la viande, mesuré à différents moments post mortem, la couleur et l’exsudat. Une métaanalyse a été conduite sur 11 publications pour évaluer plus précisément l’effet du gène halothane, du sexe, de la race et du poids à l’abattage des animaux sur trois paramètres de qualité, le pH à 45 minutes post mortem (pH45), le pH ultime (pHu) et la luminance (valeur L*). Une comparaison de deux méthodes a été réalisée sur le pH ultime. La méthode des « effect-size » a permis de montrer un effet significatif du gène halothane et du poids à l’abattage sur la différence de pHu entre les génotypes NN et nn. En utilisant la méthode classique (analyse de variance) de méta-analyse, des différences significatives dues au gène halothane ont été montrées sans qu’aucun autre facteur n’ait d’effet sur ce paramètre. Les deux méthodes se rejoignent pour conclure à l’absence de différences significatives entre Nn et nn pour le pH ultime. Les résultats indiquent que le génotype halothane, la race et le sexe des animaux influencent significativement le pH45. Quant au critère L*, il est également influencé par le génotype halothane et la race. Cependant, la variabilité « entre études » reste élevée quel que soit le modèle utilisé.
On décrit les aspects fondamentaux de l'évaluation génétique à travers quelques grandes étapes : - l'explicitation des concepts-clés de génotype et phénotype, - le modèle polygénique de Fisher, et la formulation de la covariance entre apparentés, - les apports d'Henderson qui, couplés avec l'explosion des capacités informatiques, ont permis l'évaluation génétique simultanée de millions d'animaux. Ces concepts, modèles et méthodes s'inscrivent dans une approche instrumentaliste qui ne prétend pas refléter la réalité. Leur efficacité a été prouvée à travers la réalisation d'un progrès génétique dans toutes les espèces évaluées.