La sélection génomique repose sur l’évaluation des valeurs génétiques des candidats à la sélection par un « score moléculaire » calculé d’après leurs génotypes en un très grand nombre de marqueurs de l’ADN. Dans une première étape, les effets des marqueurs sont estimés sur une population de référence génotypée et phénotypée pour les caractères à améliorer. La table des valeurs génotypiques ainsi établie est utilisée pour calculer les valeurs génétiques des candidats au cours des générations suivantes, qui peuvent alors n’être que génotypées. En quelques années, cette stratégie a été mise en place chez les bovins laitiers. Les opérateurs de la sélection dans les autres filières animales ont assisté à cette révolution et se posent légitimement la question de l’intérêt pour eux d’entrer dans cette démarche. La disponibilité d’une puce « poule » de 600k SNP permet d’ores et déjà d’appliquer une sélection génomique dans les filières poule pondeuse et poulet de chair. Pour les autres espèces avicoles, les outils de génotypage à haut débit sont en cours de développement. Quelle que soit l’espèce, trois composantes du progrès génétique peuvent être améliorées. L’intensité de sélection peut être augmentée pour les caractères non mesurables en routine (qualités des produits, efficacité alimentaire, résistance aux maladies). La précision des valeurs génétiques peut être augmentée, notamment pour les mâles dans le cas des caractères exprimés uniquement par les femelles. Enfin, l’intervalle de génération peut être diminué grâce à une évaluation précoce des candidats, notamment en sélection des poules pondeuses. Par ailleurs, l’évaluation génomique offre pour la première fois la possibilité de sélectionner des individus de race pure de l’étage de sélection pour leur valeur en croisement et dans le milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre de la sélection génomique sont élevés, en raison de la taille de la population de référence nécessaire à une évaluation précise, du nombre élevé de candidats à génotyper et de la variété des populations à sélectionner. Toutefois, chez les volailles, l’énorme diffusion des reproducteurs pourrait permettre de compenser ces coûts.

Genomic selection is based on an evaluation of the genetic values of the candidates for selection through a «molecular score» calculated from their genotypes for a great number of DNA markers. A first step consists in estimating the effects of the markers on a reference population that has been genotyped and phenotyped for the traits that need improving. The establishment of this table of genotypic values allows for the calculation of the genetic values of the candidates in the subsequent generations, for which genotyping might then prove sufficient. This strategy was implemented in dairy cattle in just a few years. The operators in charge of selection in the other animal production sectors have witnessed this change and hence legitimately regard this approach as useful input for them. The existence of a 600k SNP chip for the chicken now allows for the application of genomic selection in layers and broilers. Tools for high-throughput genotyping in other poultry species are being developed. There are three components of genetic progress that can be improved, regardless of the species. First, selection intensity can be increased for traits non-measurable in routine (product quality, feed efficiency, resistance to diseases). Then, the accuracy of genetic values can be improved, especially for males whenever traits are expressed by females only. Finally, the generation interval can be reduced through early evaluation of candidates (egg production). What is more, genomic evaluation provides, for the first time, the opportunity to select pure-bred individuals from the selection nucleus for their usefulness in crossbreeding and production. The implementation costs of genomic selection are quite high. This is due to the size of the reference population needed for accurate evaluation, the huge number of genotyping operations to be carried out on candidates and the great diversity of populations to be selected. However, use of large numbers of breeding animals in the poultry industry could help counterbalance these costs.