nglaura/hal-summarization huggingface dataset:
L’analyse et la quantification des performances de la petite agriculture familiale (PAF) constituent un enjeu au regard de la transition agroécologique. Cet article utilise une méthode combinant enquêtes auprès d’agriculteurs de la PAF de Guadeloupe, typologie et évaluation, à l’échelle de l’exploitation, des avantages qu’ils tirent de pratiques agroécologiques en termes de production de biomasse, de couverture des besoins caloriques de la famille, d’efficience azotée, d’économie d’intrants ou de production de valeur ajoutée. Il montre que la PAF est diverse et hybride usage de pratiques agroécologiques et d’intrants de synthèse. En fonction du nombre de pratiques agroécologiques mises en œuvre et de l’orientation de la production, on observe des synergies entre le nombre d’espèces domestiquées, la diminution des charges intermédiaires et la couverture des besoins de la famille. Des tensions ont en revanche été observées entre ces indicateurs et la valeur ajoutée brute commerciale. Des synergies sont néanmoins possibles entre la majorité des indicateurs lorsque le producteur intègre des espèces à haute valeur ajoutée, ce qui permet d’identifier des pistes pour favoriser la transition agroécologique de ces systèmes.

The analysis and quantification of the performance of small family agriculture (SFA) is an issue with regard to the agroecological transition. This article uses a methodology combining surveys with SFA farmers in Guadeloupe, typology and assessment, at the farm level, of the benefits associated with the use of agroecological practices in terms of biomass production, supply of calories for the family, nitrogen efficiency, input saving, or production of added value. It shows that SFA in Guadeloupe is diverse and uses both agroecological practices and chemical inputs. According to the number of agroecological practices they use and to the orientation of the production, synergies were observed between domestic specific diversity, input saving, and caloric self-sufficiency of the family; trade-offs were observed between these indicators and gross value added. However, synergies are possible between the majority of the indicators when farmers use species with high economic value, which makes it possible to identify ways for agroecological transition.
Alors que l'amélioration génétique a été un des facteurs principaux du développement des filières laitières, elle doit aujourd'hui se renouveler notamment pour davantage contribuer à la durabilité de l'agriculture. Un virage vers une prise en compte des caractères de robustesse des animaux (fertilité, résistance aux mammites, longévité des animaux...) a été pris à la fin des années 1990 mais les résultats sont insuffisants. Aujourd'hui, la sélection génomique est une formidable opportunité que les schémas de sélection saisissent pour augmenter fortement le progrès génétique sur les caractères de robustesse tout en maintenant le progrès constant sur la production laitière. En parallèle nous assistons actuellement à un foisonnement de projets dont le but est de permettre à terme la sélection sur de nouveaux caractères. Les deux premiers domaines concernés sont la santé animale et la composition fine du lait. L'efficacité alimentaire et l'empreinte environnementale sont également une perspective réelle mais complexe, qui nécessitera plus de temps et des collaborations à l'échelle nationale ou internationale. Ces avancées passent par une phase dite de phénotypage (collecte de mesures relatives aux caractères liés au phénotype d'intérêt) plus ou moins complexe et coûteuse. Les dispositifs de phénotypage sont des axes stratégiques majeurs pour les acteurs des schémas de sélection. La révolution génomique induit d'autres changements dans le monde de la sélection, de type organisationnel, avec des réorganisations, des compétitions et des alliances nouvelles entre acteurs historiques (organisations en charge de la mise en œuvre du dispositif génétique français selon la loi sur l'élevage de 1966) ou émergents (entreprises étrangères et/ou d'autres secteurs). La génétique est une carte essentielle à jouer pour atteindre les objectifs de durabilité des élevages et filières de demain.
105 Depuis sa création en 1964, l'académie d'Amiens 1 reste confrontée à des difficultés qui lui semblent spécifiques en termes de scolarisation et de diplomation, à savoir un taux d'échec scolaire important aux niveaux primaire, secondaire, comme supérieur, une surreprésentation des formations professionnelles courtes, dans le secondaire comme dans le supérieur. La persistance de ces difficultés sur le temps long a engendré un discours tendant à associer le qualificatif de « retard culturel picard » à l'académie d'Amiens. Or, un tel vocable, destiné à marquer les esprits, ne saurait constituer une fin en soi ou une notion opérationnelle pour qui souhaite remédier à une telle situation. Cet article a donc pour ambition de proposer des pistes nouvelles destinées à mieux percevoir les origines et les symptômes des problèmes éducatifs de l'académie de Picardie, dans le cadre d'une démarche au croisement de l'histoire et de la sociologie. Pour ce faire, nous avons notamment cherché à confronter des rapports d'inspection mobilisant des statistiques sur le temps court d'une part, avec une démarche statistique plus élaborée et sur une période plus étendue d'autre part. D epuis plus d'une quarantaine d'années, l'expression de « retard culturel picard » revient régulièrement dans les discours journalistiques, universitaires, ainsi que dans les propos des élites locales, administratives et politiques, pour qualifier les difficultés que connaît la région Picardie dans le domaine de l'éducation [Cahon, 2018]. Les hommes politiques locaux parlent, dans un premier temps, de « sous-développement » scolaire pour 1. Dans cet article, nous parlerons de « région » ou d'« académie » pour qualifier l'ensemble formé par les trois départements : Somme, Oise et Aisne. L'académie d'Amiens, créée en 1808, a été supprimée en 1848, avant d'être recréée en 1964. Même si cet ensemble formé par trois départements a été refondu, le 1 er janvier 2016, dans le cadre du nouveau découpage régional, au sein de la région Hauts-de-France, nous continuerons, dans cet article, à parler de la « région » Picardie car, durant quasiment toute la période envisagée dans cet article, les limites de la région administrative de Picardie et de l'académie d'Amiens coïncident.
Cet article décrit un dispositif expérimental nommé « Hydrogirouette », conçu pour mesurer la direction des courants dans des milieux peu profonds (mangroves, lagunes, …). Il a été réalisé par Robert Vartkès Hamparian, technicien au laboratoire de biologie marine de l’Université des Antilles et de la Guyane et Murielle Mantran, doctorante à l’Université des Antilles sous convention d’accueil avec le centre INRA Antilles-Guyane. Il est constitué d’une perche en bois ou en métal (acier galvanisé), de rubans de chantier rouge et blanc en plastique et d’un bloc de mousse
Les démarches de conception et d’évaluation de systèmes d’élevage innovants en régions chaudes doivent prendre en compte les spécificités de ces systèmes. Outre les caractéristiques des milieux, ces spécificités tiennent à l’importance des fonctions non productives des troupeaux et à la complexité des modes de gestion de l’accès aux ressources (mobilité notamment). Nous discutons les démarches de conception en utilisant les notions de cristallisation, de plasticité et de développement des systèmes innovants et présentons les bases de l’évaluation (environnementale, filière, technico-économique) et ses fonctions dans le processus de conception. Nous illustrons la conception réglée ou innovante appuyée sur de la modélisation à l’aide d’exemples aux Antilles (élevage caprin, polyculture-élevage, avec une composante biotechnique forte), à la Réunion (élevage laitier avec une démarche participative de construction du modèle avec les agriculteurs) et en Amazonie (composante décisionnelle incluant les équilibres et interaction entre activités d’élevage et culture - démarche participative avec les acteurs territoriaux). La diversité des cas souligne les enjeux de la conception et de l’évaluation : prise en compte de la diversité des systèmes dans leurs composantes techniques et humaines, participation des acteurs à la démarche, développements biotechniques et clarification des processus décisionnels, réflexion sur des indicateurs adaptés et pertinents pour les éleveurs et les territoires dans lesquels ils s’insèrent.

The processes for designing and evaluating innovative livestock systems in warm regions must take the specificities of these systems into account. In addition to the characteristics of the surrounding environment, these specific features are due to the non-productive functions of the livestock (savings bank on the hoof) and the complexity of management methods (in particular mobility) and are about who is « at the helm ». We discuss approaches to design, with notions of crystallisation, plasticity and development and we present the bases of the evaluation (environmental, chain, technico-economic) and its functions in the design process. We illustrate rule-based or innovative design supported by modelling, using examples in the West Indies (goat farming, mixed crop-livestock far-ming, with a strong biotechnical component), in La Réunion (dairy farming with a participative approach with farmers for building the model) and in Amazonia (decisional component including balances and interaction between farming and cropping activities- parti-cipative approach with territorial players). The diversity of cases underlines the stakes involved in design and evaluation : taking account of the diversity of systems in their technical and human components, participation of players in the approach, bio-technical developments and clarification of decisional processes, and thought given to indicators that are appropriate and relevant for livestock farmers.
La sélection génomique est une méthode de sélection qui s’appuie sur une évaluation du potentiel des candidats à partir de marqueurs moléculaires couvrant tout le génome. Elle a connu un développement spectaculaire dans les grandes races de bovins laitiers car cette filière rassemblait toutes les conditions favorables. Tout d’abord, l a séquence du génome bovin est disponible depuis 2006 et de bons outils de génotypage depuis 2007. Le phénotypage est largement développé en élevages commerciaux et les données correspondantes sont rassemblées dans des bases de données nationales. La sélection des taureaux reposait auparavant sur un testage sur descendance long et coûteux alors que la sélection génomique permet une diminution importante de l’intervalle de génération et un doublement du progrès génétique potentiel. Surtout, la disponibilité de milliers de taureaux testés a permis d’établir des populations de référence à un coût limité à leur génotypage. La sélection génomique présente d’autres avantages, comme un progrès plus équilibré entre caractères, l’adaptation plus facile de l’objectif de sélection aux nouvelles contraintes, ou une meilleure gestion de la variabilité génétique. Des populations de référence femelles sont constituées pour de nouveaux caractères. La sélection multiraciale, permettant de mutualiser les populations de référence reste un défi, abordé principalement par la prise en compte des données de séquence de génome complet
La mise en œuvre de principes agroécologiques repose sur une meilleure connaissance des processus biologiques et biogéochimiques et non plus exclusivement chimiques. C’est un changement profond dans l’approche des agro-écosystèmes, associé à un changement d’échelle, de la parcelle au paysage. Comment la valorisation de la biodiversité peut-elle améliorer la résilience des systèmes agricoles ? Comment de nouvelles combinaisons d’espèces ou de variétés permettent-elles de valoriser des ressources limitées ? Cette synthèse s’appuie sur des exemples concrets illustrant comment réintroduire ou gérer autrement la biodiversité cultivée ou associée. La modélisation est au cœur des recherches à entreprendre. Les technologies de l’information ouvrent de nouvelles voies pour le partage d’informations, la mise à disposition d’outils de diagnostic de la biodiversité et pour l’aide à la décision. Mieux utiliser la biodiversité suppose de renforcer la concertation entre acteurs et de faire évoluer les parcours de formation et les métiers du conseil agricole.

Implementing agroecological principles needs a better understanding of biological and biogeochemical processes, beyond the exclusive use of chemical processes. It requires a radical change in the approach of agroecosystems, together with a change in scale, from field to landscape. How to improve resilience of agricultural systems by a better use of biodiversity? How new combinations of species or varieties may cope with limited resources? This synthesis is based upon case studies where biodiversity is reintroduced or where new management practices are proposed for cultivated or associated biodiversity. Research to be undertaken will rely heavily on modelling. Information technologies open new ways to share information, to set up diagnostic tools for a better knowledge of biodiversity as well as for decision-making. A better use of biodiversity also requires a stronger consultation among stakeholders together with a change in training programs and a renovation of professional advice in agriculture.
Le choix du matériel végétal pour le reboisement ou l’afforestation est essentiel pour assurer une bonne adaptation du peuplement aux conditions pédo-climatiques locales et atteindre un niveau de production et une qualité correspondants aux objectifs fixés. La première étape consiste généralement à explorer la diversité interspécifique avant de mettre en place un programme de sélection génétique dont l’objectif est de fournir régulièrement du matériel amélioré. Dans les landes de Gascogne, le choix s’est porté, au cours du XIXème siècle, sur le pin maritime puis un programme d’amélioration a été initié dans les années soixante à partir de la provenance locale. L’utilisation de matériel amélioré a permis d’augmenter sensiblement la productivité et la qualité des peuplements. Aujourd’hui, les variétés permettent un gain génétique supérieur à 30% pour la croissance et la rectitude du tronc. Le contexte nouveau de la forêt landaise, où une intensification durable de la production est demandée, a relancé les travaux d’exploration de la variabilité inter- et intra- spécifique. Le pin maritime restera l’espèce de choix dans le massif landais. Toutefois, des stratégies pour infuser de la variabilité intraspécifique dans le programme d’amélioration sont en cours de développement afin que les futures variétés soient adaptées aux évolutions économiques et environnementales.

Plant material for reforestation or afforestation is of first importance to ensure adaptation of stands to local environmental conditions and to reach goals of wood productivity and quality. Generally the first step focuses on an exploration of between species diversity; then a breeding programme is set up to produce improved genetic material. Maritime pine was chosen for afforestation in the Landes forest (south west of France) during the XIXth century. Later on, a breeding programme was established during the 60’ies based on the local provenance. Development of improved material made it possible to increase stand productivity and quality. Genetic gains of current varieties reach more than 30% for growth and stem straightness. Exploration of diversity between and within species becomes again a key issue in the new context of Landes forest where sustainable intensification is required. Maritime pine will stay the main species in the Landes forest. Nevertheless, strategies are under development to implement new genetic diversity in the breeding programme for adapting futures varieties to environmental and economic changes.
127 Depuis 2016, un projet régional de recherche intitulé le projet « Preuve » (Picardie réussite éducative) vise à mieux comprendre les origines des difficultés persistantes en Picardie grâce à une approche croisée. Des données d'enquête sont recueillies dans le but de mieux cerner les particularités territoriales. L'un des axes de recherche de ce projet est focalisé sur une perspective sociocognitive, qui vise à mesurer le sentiment d'efficacité personnelle des élèves [Bandura, 2003], indicateur fortement lié à la réussite scolaire. Nous présentons ici une démarche territorialisée à partir d'une enquête menée dans le bassin de Doullens situé dans la Somme, auprès de 367 élèves du CM2 à la classe de seconde. À partir d'outils méthodologiques validés par la recherche [Blanchard, lieury et alii, 2013], nous questionnons le sentiment d'efficacité des élèves au plan scolaire, social et lié à l'autorégulation pour observer son évolution au fil de la scolarité et ses éventuelles relations avec les pratiques culturelles des élèves. Les résultats les plus saillants orientent notre attention sur le passage du collège au lycée, moment qui semble délicat dans la mesure où les croyances des élèves en leur efficacité s'amenuisent largement. B ien que de nombreuses études aient permis d'interroger l'origine des difficultés scolaires qui caractérisent les élèves de Picardie, les performances scolaires, obtenues notamment aux examens, évoluent peu par rapport aux moyennes nationales. Par exemple, selon l'Insee en 2006, 60 % des jeunes de Picardie en âge de passer le baccalauréat l'ont obtenu contre 64,3 % en France métropolitaine. La Picardie se situe dans les derniers rangs des indicateurs de formation, elle est placée en 2009 au dernier rang concernant le taux d'illettrisme des jeunes de 17 ans [Renne, 2006]. De nombreuses analyses ont déjà fait part d'un cumul de difficultés qui persistent. Les causes sont multiples : l'étude de l'Insee [op. cit.] affirme que le contexte social difficile explique une part des difficultés avérées (par exemple, 30 % des picards sont ouvriers pour 23 % au plan national ; le taux de pauvreté des enfants et
Insee 53 Les notes au baccalauréat d'un élève sont-elles influencées par le niveau de ses camarades de classe de terminale ? Nous utilisons des données administratives exhaustives anonymisées permettant un suivi longitudinal de la scolarité des élèves pour évaluer les effets de pairs en classe de terminale sur les résultats au baccalauréat entre 2010 et 2016. Nous autorisons l'effet des pairs à varier en fonction du niveau initial de l'élève, tel que mesuré par sa note au brevet des collèges, et nous avons recours à une typologie de classes pour étudier l'effet de la composition globale de la classe. Nous nous appuyons sur la variabilité entre classes et entre cohortes à lycée et série donnés, et nous restreignons l'analyse à un échantillon de lycées au sein desquels nous n'identifions pas de politique de classes de niveau. Une proportion élevée de bons élèves dans la classe est surtout profitable aux plus faibles, et peut même être défavorable pour les autres pairs de niveau élevé. Nous simulons l'effet d'une réallocation des élèves tendant vers plus de mixité scolaire dans les classes pour un établissement, une série et une année donnés. Cet effet est globalement positif, quoique limité. D ans quelle mesure la réussite d'un élève dépend-elle des camarades côtoyés durant sa scolarité ? Peut-on améliorer le niveau général des élèves en composant les classes différemment ? Et si oui, quelle composition d'élèves dans la classe bénéficie aux élèves de différents niveaux initiaux ? Ces questions liées aux effets de pairs sont au coeur des politiques d'éducation, notamment celles visant à agir sur la mixité scolaire. Mesurer et comprendre les effets de pairs est un enjeu essentiel pour lutter contre les inégalités scolaires. D'une part, les effets de pairs peuvent en théorie conduire à un renforcement des inégalités. Si être scolarisé dans une meilleure classe a toujours un effet positif, en présence de ségrégation scolaire les meilleurs élèves, bénéficiant des compositions
DARES, département formation professionnelle et insertion professionnelle des jeunes Anna Testas MENJ-DEPP, bureau des études statistiques sur la formation des adultes, l'apprentissage et l'insertion des jeunes (lors de la rédaction de cet article) 145 Les apprentis s'insèrent mieux que les lycéens professionnels à la sortie de la formation. Cela s'expliquerait au moins en partie par les avantages de la formation en entreprise (réseau professionnel, acquisition de savoir-être, proximité au monde de l'entreprise, etc.). L'accès à l'apprentissage est également sélectif. Les apprentis présentent à l'entrée de la formation des caractéristiques qui les distinguent de leurs homologues de la voie scolaire et qui pourraient expliquer les meilleures chances d'insertion à la sortie. Les différences socio-démographiques entre apprentis et lycéens professionnels sont déjà bien connues : l'apprentissage accueille moins de filles, moins d'élèves issus de famille immigrée et davantage d'enfants d'artisan, commerçant ou chef d'entreprise. Mais les différences en termes de compétences socio-comportementales entre lycéens professionnels et apprentis à l'entrée en CAP n'ont pas encore été analysées. La recherche d'un contrat d'apprentissage s'apparente à une recherche d'emploi. L'apprentissage pourrait donc en outre sélectionner les élèves les plus motivés pour poursuivre dans cette formation, dotés d'une meilleure aptitude à la recherche d'emploi que les lycéens professionnels. Cette étude mobilise le panel 2007 de la DEPP qui comporte pour la première fois des mesures de compétences conatives au collège. Elle montre que les élèves ayant un sentiment d'efficacité personnelle dans la sphère sociale plus élevé ont davantage de chances d'entrer en apprentissage plutôt que dans la voie professionnelle scolaire.
L'oxydation Directe d'un Alliage Précurseur permet de préparer des poudres céramiques homogènes par atomisation et trempe d'un alliage homogène fondu. En utilisant cette approche, de nouvelles varistances à base de dioxyde d'étain ont été préparées. Ces composants présentent des propriétés électriques similaires voire supérieures aux varistances à base de monoxyde de zinc et ceci malgré un dopage de la matrice 10 fois plus faible.
L'exécution performante d'applications parallèles sur grappes de calcul interconnectées par des réseaux hautes performances nécessite des communications efficaces entre les processus de calcul mais aussi des accès rapides au système de stockage. Cependant, comme l'interface logicielle des réseaux rapides a été optimisée plus particulièrement pour les communications interprocessus, elle ne répond pas bien aux besoins particuliers des systèmes de fichiers distribués. Dans cet article, nous proposons et étudions plusieurs solutions pour améliorer l'accès distants aux fichiers via les réseaux hautes performances de grappe. Ces idées ont été intégrées à l'interface GM des réseaux Myrinet puis à la nouvelle interface MX. Nous réalisons les premières comparaisons entre les performances relatives de MX et GM puis de leur utilisation dans un système de fichiers distribué. Nos premiers résultats montrent qu'il est possible d'interfacer efficacement les systèmes de fichiers distribués avec le réseau rapide des grappes.
L'aquaculture mondiale se développe (+8% par an) pour répondre à une demande croissante des consommateurs que les captures de pêche ne peuvent plus couvrir. Les besoins en aliments piscicoles et donc en matières premières s'accroissent, alors que les volumes de farines et huiles de poisson, ingrédients traditionnels des aliments aquacoles, ne peuvent augmenter. Selon les espèces, 80 à 95% de la farine de poisson peut être substituée par un mélange de sources protéiques végétales apportant les acides aminés indispensables en quantité suffisante pour couvrir les besoins des poissons. Au-delà de ce taux de remplacement, on observe une baisse de la consommation d'aliment, de l'efficience alimentaire et de la croissance, bien que les aliments contiennent les nutriments nécessaires aux poissons. Quant à l'huile de poisson, elle peut être remplacée jusqu'à 80 ou 100% par des huiles végétales sans effet délétère sur la croissance et la santé des poissons, à condition que le régime apporte en quantité suffisante les acides gras essentiels à la couverture des besoins, qui diffèrent selon l'espèce : contrairement aux poissons marins, les salmonidés disposent en effet d'une relative capacité de synthèse d'acides gras longs polyinsaturés omega 3 à partir de l'acide linoléique. La conséquence majeure est une baisse de la teneur de ces acides gras dans la chair. Les recherches doivent se poursuivre pour affranchir encore davantage l'aquaculture des produits de la pêche, en choisissant des matières premières alternatives qui garantissent une production piscicole efficace, des produits de haute qualité et des impacts environnementaux limités
Les DFA n’échappent pas, à l’instar de nombreuses régions dans le monde, à la remise en question de leur modèle de production agricole. Le passage d’un modèle agroindustriel à un modèle de production fondé sur la diversification et l’intensification écologique pour une meilleure satisfaction de la demande alimentaire locale et la production de services écosystémiques est désormais incontournable. La recherche agronomique se penche sur des solutions alternatives depuis des décennies, de même que des initiatives originales sont prises par des producteurs autour de la conception de systèmes innovants. L’objectif de cet article est de poser les bases d’une meilleure compréhension partagée des priorités, des modes d’organisation et des méthodes nécessaires pour co-construire les systèmes innovants du futur dans les Outre-Mer. Cette démarche est confortée par un choix d’exemples locaux ou régionaux visant à asseoir une vision partagée. Elle propose en sortie des options pour l’émergence de systèmes agricoles durables aux Antilles-Guyane.

Following the example of numerous regions in the world, the French West Indies Departments, in turn, cannot avoid challenging their own model of agricultural production. The transition, from an agroindustrial model to a model based on diversification and ecological intensification for a better satisfaction of the local food demand and the production of ecosystemic services, is henceforth inescapable. Alternative solutions have been studied by the agronomic research for decades, just as original initiatives have been taken by producers in the prospect of innovative system design. The aim of this article is to set up the basis for a better shared understanding of priorities, organizational patterns and necessary methods to co-design the innovative systems of the future in the Overseas. This approach is reinforced by a choice of local or regional examples intended to build a shared vision. It eventually proposes some options for the emergence of sustainable agricultural systems in the French West Indies and Guyana.
Le but de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de signes cliniques observés en élevage de sélection et leurs corrélations avec des caractères de production. Les signes cliniques de maladies et le poids vifs sont enregistrés en routine à 63 ou 70 jours dans des lignées du sélectionneur français Hypharm (souches HYPLUS), sur plus de 150 000 lapins des deux lignées. Les caractères de santé étudiés sont les troubles digestifs non spécifiques, la mortalité digestive, les diarrhées, et les troubles respiratoires non spécifiques. Les caractères de production sont le poids vif et le rendement carcasse en fin d’engraissement. Les héritabilités sont faibles pour les caractères de santé (de 0,02 à 0,04 ± 0,004) et modérées pour les caractères de production. Les caractères de santé digestive sont génétiquement corrélés entre eux et ne sont que faiblement négativement corrélés aux troubles respiratoires. Les corrélations génétiques entre les caractères de santé et de production sont soit nulles, soit favorables.
La pasteurellose une maladie bactérienne parmi les plus répandues en élevage cunicole. Le projet RELAPA a pour objectif d’étudier le déterminisme de la résistance à la pasteurellose. Un total de 955 lapins de 6 semaines, issus de 28 mâles appartenant à 6 lignées commerciales, ont été inoculés avec une pasteurelle pyogène et 2 semaines plus tard une note de résistance de 0 à 4 leur a été attribuée après sacrifice. Ces notes ont servi à classer les 28 mâles en 2 groupes,14 résistants et 14 sensibles, d'après la note moyenne de résistance de leur descendance. Par ailleurs ces 28 mâles, dans des élevages commerciaux, ont engendré 5164 lapereaux contrôlés pour leur croissance et 884 femelles reproductrices qui ont elles-mêmes fourni 3568 portées contrôlées. Le seul caractère qui présentait une différence significative entre les descendants de 14 mâles résistants et de14 mâles sensibles était la fertilité, avec une différence de 7 points en faveur du groupe des mâles résistants. Les corrélations résiduelles entre la note de résistance et les caractères de production étaient toutes faibles et non significativement différentes de zéro. Les corrélations génétiques entre la résistance et les caractères pondéraux étaient positives mais non significativement différentes de zéro (0,32 ± 0,51 pour le poids au sevrage et 0,27 ±0,49 pour le poids final). Les corrélations génétiques entre la note de résistance moyenne et les caractères de reproduction étaient défavorables mais non significativement différentes de zéro (-0,43 ± 0,45, -0,68 ± 0,40, 0,70 ± 0,65 respectivement pour le nombre de nés totaux par portée, le nombre de nés vivants par portée et la mortinatalité). Ces valeurs de corrélations génétiques sont données pour information mais elles doivent être interprétées avec beaucoup de prudence car leur précision est très faible.
Cette synthèse présente les travaux effectués en génétique du lapin sur la résistance aux maladies. Ces travaux s’intéressent à différentes maladies, de la myxomatose et la maladie hémorragique virale à la pasteurellose et à l’Entéropathie Epizootique du Lapin, en passant par des maladies moins spécifiques, telles que les troubles digestifs ou respiratoires. Il existe une composante génétique à la variabilité des caractères de résistance à ces maladies. Les caractères de résistance aux maladies étudiés jusqu’à présent chez les lapins sont la présence ou l’absence de signes cliniques de maladie, la mortalité ou la survie et la croissance (normale ou anormale). L’héritabilité des caractères de résistance aux maladies est faible à modérée, elle varie entre 0,02 et 0,40. Les corrélations génétiques estimées jusqu’ici entre résistance aux maladies et caractères de production sont soit nulles, soit favorables. L’utilisation de l’information provenant de l’ADN de l’animal est prometteuse, mais reste encore à développer chez le lapin. La sélection génétique est une alternative intéressante à l’utilisation d’intrants médicamenteux.
Les automatismes commerciaux dans les élevages de l’Inra représentent bon nombre de matériels, utilisés notamment pour des mesures sur l’animal ; quelques automatismes d’auto‑conception viennent compléter ces dispositifs. Les données collectées automatiquement peuvent alors être utilisées à la fois pour de la gestion d’élevage, mais aussi pour des recherches scientifiques. Cet article présente cinq de ces automatismes, qui permettent de contrôler l’alimentation des bovins et des porcs, de réaliser le contrôle laitier des chèvres et des vaches allaitantes, et d’avoir un suivi continu du poids des vaches laitières.
Avec l’émergence des nouvelles technologies d’acquisition de données, les solutions actuelles de stockage et d’interrogation vont très vite atteindre leurs limites. Les Catis (centres automatisés de traitement de l’information) Sicpa (systèmes d’informations et calcul pour le phénotypage animal) et Codex (connaissances et données expérimentales) s’intéressent donc aux différentes technologies autour du Big Data.
Les informaticiens du Cati Sicpa utilisent des méthodes et outils communs pour l’analyse, le développement et la gestion de projets informatiques. Ces pratiques uniformisées ont pour but d’apporter une cohérence de nos applications, sécuriser les bases de données et permettre l’interconnexion des systèmes d’informations. Mais aussi, pour les utilisateurs, l’objectif est d’améliorer leur prise en main des applications et faciliter la gestion de l’assistance. Ainsi, les informaticiens du Cati Sicpa ont à leur disposition une valise méthodologique et technique contenant une forge, une charte ergonomique, des langages de programmations, des frameworks, une méthode d’analyse, des serveurs sécurisés…
L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.

The last development of sequencing technologies and of novel genomic approaches have revolutionized our knowledge of livestock genomes and have significantly improved the selection of some domestic species, especially dairy cattle. With the full sequencing of the rabbit genome, achieved by the Broad Institute (Boston, USA), together with the development of a commercial high-density SNP (single-nucleotide polymorphism) markers chip, achieved in 2016 in the frame of a European project (COST Action TD1101 "A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology- RGB-Net), the rabbit entered the genomic era. This aim of this review is to provide updated knowledge on the rabbit genome and to make an inventory of published genes or genomic regions associated with functions or traits of interest. We are describing here the principle of genomic tools (genetic maps, SNP chip, and sequencing) and methods (QTL detection, candidate gene analyses, and identification of causal mutations) already applied in the rabbit. These novel approaches give a new insight into the evolution and domestication of rabbits. We also describe two research projects based on these methodologies to investigate disease resistance and feed efficiency. A prospective view of the genomic selection (a new method based on high-density molecular information) is also proposed. This review was previously published in the Journees de la Recherche Cunicole congress in November 2017.
Les progrès technologiques réalisés dans les domaines de l’imagerie offrent de nouveaux outils transpo‑ sables sur le terrain au service du phénotypage de précision, au niveau des élevages.
Deux lignées de lapins ont été créées pour améliorer leur efficacité alimentaire (EA) entre le sevrage et 63 jours d'âge, selon 2 critères i) la consommation résiduelle (lignée ConsoResiduelle), ii) le gain moyen quotidien en alimentation restreinte (lignée GMQRestreint). La digestion et les rejets de ces lignées ont été comparés à une lignée témoin (G0), en alimentation ad-libitum (AL) ou restreinte de 20% (R). Après 9 générations de sélection, l'indice de consommation est réduit de 0,1 à 0,2 pts (resp. pour ConsoResiduelle et GMQRestreint), et est associé à une meilleure rétention de l'azote (réduction du rejet urinaire). Entre 29 et 63j. d'âge, le rejet azoté est réduit d'environ 12% chez les 2 lignées sélectionnées, alors que le rejet de phosphore n'est pas modifié. La restriction alimentaire produit une meilleure digestion de l'aliment et une meilleure rétention de l'azote (+5pts), et conduit à une réduction de 35% du rejet azoté, et de 50% du rejet de phosphore.

Two lines of rabbits were created to improve feed efficiency (FE) between weaning and 63 days of age, according to two criteria i) residual intake (ConsoResiduelle line), ii) the average daily gain with restricted feeding (line GMQRestreint). Digestion and slurry output of these lines were compared to a control line (G0), under ad-libitum feeding (AL) or restricted by 20% (R). After nine generations of selection, the feed conversion ratio is reduced from 0.1 to 0.2 pts (resp. for ConsoResiduelle and GMQRestreint), and is associated with a better nitrogen retention (decreased urine output). Between 29 and 63d old, nitrogen output is reduced by about 12% in the two selected lines, while the output of phosphorus remained unchanged. The feed restriction improved the digestion and the retention of nitrogen (+5 points), and led to a 35% reduction of the nitrogen output and to 50% less phosphorus output.
Des outils électroniques ont été développés/adaptés et rendus opérationnels pour étudier de façon automatisée le comportement des animaux en Unités ou Installations Expérimentales. Leur validation repose sur la confrontation des résultats fournis par les outils à des analyses du comportement observé de visu ou analysé à partir d’enregistrements vidéo sur des truies, vaches, chèvres, canards et oies. Ces mises au point facilitent grandement l’analyse du comportement (CPT) animal et octroient un gain de temps important aux chercheurs qui traitent ces thématiques dans l’acquisition des données, tout en leur permettant d’accéder à des phénotypes plus fins et parfois originaux.
L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact d’expositions courtes et répétées à un aliment naturellement contaminé avec des mycotoxines et notamment de la déoxynivalénol (DON) sur les performances et la composition microbienne fécale de porcs en finition. Au total, 160 porcs issus de deux bandes successives ont été répartis aléatoirement entre quatre traitements expérimentaux. Le groupe témoin a reçu un aliment finition standard (non contaminé) entre 99 et 154 jours d’âge. Les groupes expérimentaux ont reçu un aliment formulé à partir de maïs naturellement contaminé par DON (3,02 mg DON/kg) pendant 7 jours à partir de 113, 134 et à partir à la fois de 113 et 134 jours. Une exposition à DON a entraîné une réduction de l’ingéré (1,90 vs 2,64 kg/j suite à la première période d’exposition et 2,27 vs 3,27 kg/j suite à la deuxième période d’exposition, P < 0,05). Il en résulte une diminution du gain de poids mesuré sur l’ensemble de la période de test (0,94 kg/j vs 1,05 kg/j, P < 0,05). La composition du microbiote a été analysée par séquençage du gène de l’ARN 16S dans des fèces collectées à 99, 119, 140 et 154 jours d’âge. Une exposition à DON entraîne une modification temporaire de la composition microbienne et des fonctions bactériennes, notamment celles associées à la dégradation de DON dans le tube digestif. Après une période de récupération de 2 semaines, aucune différence n’est observée entre les animaux exposés et les témoins suggérant une forte résilience du microbiote suite à une perturbation liée à l’ingestion d’un aliment contaminé.

The objective of this study was to evaluate the impact of acute and repeated exposure to a diet naturally contaminated with mycotoxins (deoxynivalenol, DON) on the performance and fecal microbiota composition of finishing pigs. In total, 160 pigs raised in two successive batches were randomly distributed between four experimental groups. The control group received a standard finishing diet (uncontaminated) from 99 to 154 days of age. The experimental groups were fed a diet formulated with naturally DON-contaminated maize (3.02 mg DON/kg) for 7 days beginning on 113, 134, or both 113 and 134 days of age. Microbiota composition was analyzed using 16S rRNA sequencing applied to fecal samples collected at 99, 119, 140, and 154 days of age. DON exposure decreased daily feed intake (1.90 vs 2.64 kg/d following the first challenge period, 2.27 vs 3.27 kg/d following the second challenge period, P < 0.05). This resulted in a decrease in average daily gain measured over the entire experiment (0.94 vs 1.05 kg/d, P < 0.05). The DON challenge resulted in short-term modification of microbiota composition and bacterial functions, particularly those related to DON detoxification in the intestinal tract. After a 2-week recovery period, no difference in microbiota composition was observed between control and challenged pigs, suggesting resilience of the microbiota after perturbation caused by ingestion of a contaminated diet.
La sélection génomique, qui a révolutionné la sélection génétique des bovins laitiers notamment, est désormais envisagée dans d’autres filières animales. Chez les caprins laitiers français, le gain de précision attendu des valeurs génomiques était un des questionnements de la filière en raison de la petite taille de la population de référence disponible (825 mâles et 1945 femelles génotypés sur une puce SNP 50K). Le but de cette étude est de tester différentes techniques d’évaluation génomique afin d’obtenir les évaluations génomiques les plus précises possibles. Une étude de la structure génétique de la population de référence caprine constituée d’animaux de races Saanen et Alpine, a révélé de faibles niveaux de déséquilibre de liaison (0,17 entre deux SNP consécutifs), de consanguinité et de parenté au sein de la population, ce qui n’est pas favorable à une bonne précision des évaluations génomiques. Les méthodes d’évaluations génomiques (GBLUP ou Bayésiennes), basées sur des performances pré-corrigées n’ont pas permis une amélioration significative des précisions des évaluations génomiques pour les caractères évalués en routine (caractères de production, de morphologie et comptages de cellules somatiques). Cependant les évaluations génomiques basées sur les performances propres des femelles ont permis d’obtenir des précisions supérieures à celles obtenues sur ascendance. La sélection génomique est donc envisageable chez les caprins laitiers français. Ces précisions peuvent également être légèrement augmentées par l’inclusion de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1.

Genomic selection, which is revolutionizing genetic selection in dairy cattle is now considered in the breeding of other animals. In French dairy goats, gain in accuracy using genomic selection has been questionned due to the small size of the reference population (825 males and 1 945 females genotyped). The aim of this study was to investigate how to reach adequate genomic evaluation accuracy in the French dairy goat population. The study of a reference population structure (Alpine and Saanen breeds) showed that the level of linkage disequilibrium (0.17 between two consecutive SNP), inbreeding and the relationship between the reference and candidate population were not ideal to maximize genomic evaluation accuracy. Two steps genomic evaluation (GBLUP, Bayesian) based on performances corrected for fixed effects did not improve genetic evaluation accuracy compared to classical evaluations for milk production traits, udder type traits and somatic cells scores. When using genomic evaluation directly based on female performances (single step), accuracy of genomic evaluation is higher than the accuracy level obtained from the ascendance. Genomic selection is feasible in French dairy goats. Accuracies could be slightly improved integrating a major gene such as αs1 casein.
Ce dossier présente les résultats d’une expertise scientifique collective sur la conscience animale réalisée par l’Inra en 2015-2017. Les experts ont produit dans un rapport de 169 pages en anglais une analyse exhaustive des connaissances scientifiques et philosophiques disponibles dans la littérature internationale. Il décrit tout d’abord les connaissances sur les humains où ont été élaborés les concepts et les outils décrivant la conscience. Les données disponibles sur les animaux sont beaucoup moins nombreuses mais elles permettent cependant de tirer des conclusions solides, même si elles demandent à être confortées. La plupart des résultats rapportés ont été obtenus sur des vertébrés de laboratoire ou sauvages et peu sur les espèces de rente. La conscience est définie comme l’expérience subjective que l’animal a de son environnement et de ses propres connaissances. La vision d’ensemble des études comportementales, cognitives et neurobiologiques analysées dans le rapport tend à montrer l’existence de contenus élaborés de conscience chez les espèces étudiées. Les conséquences pour les animaux de la présence d’une conscience sur la douleur et sur les conduites éthiques vis-à-vis d’eux sont présentées. Des recherches supplémentaires devront compléter celles existantes, particulièrement sur les espèces d’élevage.

This paper presents the outcome of a scientific multidisciplinary assessment on animal consciousness carried out by Inra from 2015 to 2017. The experts, produced in a 169 pages report in English, an exhaustive analysis of the scientific and philosophical knowledge available in the international literature. It first describes the knowledge about humans in which the concepts and tools describing consciousness have been developed. The available data on animals are much less numerous, but they make it possible to draw firm conclusions, even if they still require more data. Most of the reported results were obtained on laboratory and wild vertebrates and little on livestock species. Consciousness is defined as the subjective experience that the animal has of its environment and of its own knowledge. The overall view of the behavioral, cognitive and neurobiological studies analyzed in the report tends to show the existence of elaborate consciousness contents in the species studied. The consequences for animals of the presence of consciousness on pain and on ethical behavior towards them are presented. Additional researches should complement existing ones, particularly on farmed species.
La stéréophotométrie est une technique de scannage 3D qui consiste à prendre plusieurs photographies d’un objet sous le même angle, mais sous différents éclairages. Lorsque les éclairages sont inconnus, le problème se complique et sa résolution nécessite de faire plusieurs hypothèses, dont deux sont communes à toutes les méthodes existantes : l’hypothèse lambertienne et la contrainte d’intégrabilité. Nous proposons d’effectuer des prétraitements sur les images, afin de limiter l’influence d’éventuels écarts à ces hypothèses. Nous préconisons pour ce faire de retirer les pixels suspects. Nous validons ces améliorations sur un jeu d’images réelles de visages accessibles sur Internet.