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Si les travaux érudits ne manquent pas sur le thème du café, rares sont les auteurs qui se sont attardés sur la tasse à café, à l'exception de H. Desmet-Grégoire qui lui a consacré un chapitre entier dans sa monographie sur Les objets du café, examinés du point de vue de l'anthropologue. Aussi complète que soit son approche, elle s'appuie sur d'abondantes sources écrites et sur les fonds des musées des arts et traditions populaires mais ne prend pas en compte la réalité matérielle livrée par le terrain archéologique. Or cette dernière est différente, voire même en opposition avec ce que les textes rapportent sur la façon de boire le café; c'est ce que montrera cette étude. À partir de la confrontation des sources écrites et des données matérielles, cet article propose une histoire de la tasse à café dans les mondes arabe et turco-ottoman.

Although we are not short of well informed studies concerning coffee, very few authors have dealt with the coffee cup, except H. Desmet-Grégoire who devoted a whole chapter on the subject in her monography, Les objets du café, studied from an anthropologist point of view. Yet, however comprehensive, her approach relies on many written sources and on Art and Popular Tradition Museum collections, but does not take into account the actual reality offered by archaeology. As a matter of fact, the latter is different, even in contradiction with what the written texts tell us about the drinking coffee ways. This is the subject of this study. Starting with a comparison of written sources and actual archaeological data we propose a history of the coffee cup in Arab and Turco-Ottoman worlds.
Les fragments de céramique présentés proviennent, en majorité, d'un ramassage de surface effectué lors de la prospection intensive de la plaine de Malia. L'intérêt de ces tessons, souvent très endommagés, réside dans leur origine : graffita arcaica provenant des ateliers médiévaux de la plaine du Pô et céramiques ottomanes des Dardanelles et de Thrace.
Dans le cadre du programme de recherche « Potamia-Hagios Sozomenos, la constitution des paysages dans l'Orient médiéval », les céramiques recueillies au cours de la récente prospection ont, malgré leur état très fragmentaire, livré de nouvelles informations à l'échelle du site mais aussi à l'échelle de l'île pour les époques franque et ottomane. Leur étude renseigne à la fois sur la fabrication de céramiques chypriotes locales ou régionales et sur la circulation de vaisselles originaires des bassins occidental et oriental de la Méditerranée. L'état fragmentaire du matériel est compensé par son volume important et par l'aspect répétitif des différentes catégories de céramiques, identifiées par types et par périodes chronologiques. Cet article propose un nouveau bilan du faciès céramologique chypriote au vu des recherches antérieures et des découvertes récentes.
Une étude de la flore et de la végétation lichéniques de la réserve naturelle des gorges du Gardon, menée en décembre 2008, a permis de recenser 209 taxons dont : 195 lichens, 8 champignons lichénicoles non lichénisés, 6 champignons non lichénisés non lichénicoles. Huit taxons sont considérés comme très rares ou rares en région méditerranéenne ou en France : Agonimia opuntiella (Buschardt et Poelt) Vezda, Diplolaeviopsis ranula Giralt et Hawksw., Hypotrachyna revoluta (Flörke) Hale, Leptogium subtile (Schrader) Torss., Parmotrema crinitum (Ach.) Choisy, Ramonia subsphaeroides (Trav.) Vezda, Stigmidium lecidellae Roux, Triebel et Le Cœur, Verrucaria carnea (Arnold) Servit. 30 peuplements lichéniques saxicoles, terricoles et muscicoles, corticoles et lignicoles sont analysés brièvement. L'intérêt de l'étude des lichens pour la réserve naturelle, des remarques environnementales ainsi que des perspectives sont présentés.
En cette année où le prix Nobel de Chimie a récompensé trois éminents chimistes théoriciens, dont Martin Karplus de l'Université de Strasbourg, ce champ disciplinaire, la Chimie théorique, vit un paradoxe. Comme l'illustrent plusieurs articles de ce numéro spécial de l'Actualité Chimique, elle reste un point central dans le développement de nouvelles connaissances fondamentales et apporte un éclairage précieux sur de nombreux travaux expérimentaux ; elle délivre représentation et interprétation des phénomènes à l'échelle moléculaire ; elle s'adapte à la puissance des outils numériques actuels ; des développements méthodologiques permanents permettent de repousser les limites de son applicabilité, aussi bien en termes de dimension des systèmes étudiés que de leur complexité physico-chimique. Il n'est pratiquement pas de structure de recherche, académique ou industrielle, qui n'ait en son sein une équipe de modélisation-simulation. Les besoins en experts qualifiés en la matière ne cessent de progresser, compte tenu du nombre croissant de sujets de recherche requérant d'une part de savoir utiliser avec recul et esprit critique les nombreux logiciels conviviaux et robustes disponibles et d'autre part de savoir construire des modèles théoriques capturant l'essence de la complexité expérimentale.
Qu'ils le célèbrent ou le maudissent, certains auteurs présentent le Big Data comme l'avènement d'un nouveau monde statistique où la causalité et la méthode scientifique seraient remplacées par de puissants algorithmes statistiques capables d'inférer des modèles prédictifs à partir des corrélations entre les masses de nos empreintes numériques quotidiennes. Dans cette réflexion, nous proposons de nous intéresser à ce phénomène en mobilisant les outils de la science économique et en confrontant, dans le cadre de la mesure de la justice socio-spatiale, les avantages et inconvénients normatifs de 'l'Ancien monde' de la statistique traditionnelle, hiérarchisé et déductif et ceux du 'Nouveau monde' du Big Data, décentralisé et inductif. Finalement, ni magie noire ni magie blanche, le Big data ne semble être qu'un outil statistique de plus, un construit social qui peut et doit être soumis à la critique des Sciences sociales. Selon le point de vue conséquentialiste des économistes, pour qui dire le juste implique la meilleure mesure du bien-être possible, le monde du Big Data apparaît comme une réelle amélioration par rapport à la pénurie de données de l'Ancien monde statistique… dont il reste à déterminer, d'un point de vue procédural, la régulation.
Les peintres de vases sont devenus, par le hasard des découvertes archéologiques, les créateurs d'images les mieux connus du vI e siècle av. J.-C. Ils inventent des représentations où ils se focalisent sur les hommes à tel point que l'espace dans lequel ceux-ci évoluent n'est pour ainsi dire pas pris en considération. Rares sont les images où l'action est installée dans un paysage (réduit alors à un arbre) ou dans une ville (une colonne tout au plus). Ce sont avant tout les êtres animés qui sont mis en scène et l'on insiste sur les relations qu'ils entretiennent entre eux. Ce n'est pas un hasard si pendant plus d'un siècle, ces personnages sont présentés de profil au spectateur : ils sont entre eux, se regardent les uns les autres, se positionnent les uns par rapport aux autres. Le spectateur de ces images devient une sorte de témoin « objectif » de ces scènes, qui ne le concerneraient aucunement si ce n'est par le biais d'une de ces astuces figuratives au succès longuement affirmé : bien que de profil, ces personnages ont l'oeil de face et permettent ainsi qu'un lien se construise avec celui qui regarde, une sorte de face à face indispensable qui établit l'identité de chacun par rapport aux autres.
Dans le secteur de la formation linguistique de base, à l'identité mal définie, la problématique de la transmission s'articule autour de questions essentielles, qui ont guidé notre étude, telles que ce qu'est un formateur, ce qu'il transmet, comment et à qui il le transmet. Au travers d'entretiens avec les formateurs du secteur de la formation linguistique de base, et d'observations des séances de formation conduites par ces mêmes personnes, cette étude cherche à mettre en évidence la place et le rôle du formateur en situation de transmission. Prenant en compte le parcours des formateurs, leurs discours sur leurs pratiques et les mises en oeuvre réellement observées, elle analyse la manière dont les formateurs transmettent, et les facteurs de variation de cette transmission.
Parasites intracellulaires obligatoires, les virus dépendent d’un grand nombre de facteurs cellulaires pour accomplir leur cycle de multiplication. Parmi ceux-ci, les microARN (miARN) ont récemment émergé comme d’importants modulateurs des infections virales. Ces petites molécules régulatrices agissent comme des répresseurs de l’expression des gènes. Au cours de l’infection, ils peuvent agir sur des ARN cibles d’origine cellulaire mais aussi virale. Cette synthèse fait le point sur les différents mécanismes, directs et indirects, impliquant ces miARN dans la régulation des virus et aborde les possibles applications thérapeutiques qui peuvent en découler.
Cette note propose une réévaluation de la diagnose sexuelle et de la détermination de l'âge au décès de l'individu azilien Le Peyrat 5 (LP5) [Dordogne, France] daté directement à 11430 ± 150 BP (GifA-99117 ; 13566-13017 cal. BP) à partir de méthodes fiables appliquées à l'os coxal. Cette étude confirme que le squelette LP5 est celui d'un homme adulte vraisemblablement décédé entre 30 et 49 ans. La détermination fiable du sexe de vestiges du Paléolithique supérieur est notamment importante pour la construction d'un corpus de référence visant à mieux appréhender le dimorphisme sexuel extra-pelvien des individus de cette période. Mots clés Diagnose sexuelle • Os coxal • Épipaléolithique • Âge au décès • Méthode
Dès l’apparition des fibres optiques il y a près de 40 ans, leur utilisation dans le domaine des capteurs et de l’instrumentation a constitué un thème majeur et particulièrement inventif de la recherche aussi bien académique qu’industrielle. Sans atteindre le volume de marché des télécoms et des réseaux, les capteurs à fibres optiques n’en sont pas moins devenus une réalité industrielle dans des domaines très variés (génie civil, énergie, aéronautique, automobile, médical, sécurité, production industrielle …). Cet article expose les principes et les applications des capteurs à fibres optiques les plus utilisés.
Devant l’essor considérable des nanotechnologies dans de nombreux secteurs industriels, dont l’agroalimentaire, les conséquences pour l’homme d’une exposition quotidienne aux nanoparticules (particules solides de dimension inférieure à 100 nm), utilisées comme additif (e.g. pigments, agents anti-mottants) ou incorporées à un matériau (e.g. emballage alimentaire), soulèvent des questions de santé publique. Les propriétés physico-chimiques particulières des nanoparticules, liées notamment à leur aire surfacique importante, diffèrent de celles des substances de plus grande dimension, notamment en termes d’absorption et d’effets systémiques. Dans le secteur alimentaire, face aux applications actuelles ou promises des nanoparticules dans les aliments et les matériaux au contact des aliments (MCDA), en tant que colorant, agent anti-microbien ou encore texturant, il est nécessaire d’évaluer l’exposition du consommateur et les risques sanitaires liés à leur ingestion. Cette évaluation du risque passe par la compréhension des mécanismes de franchissement des nanoparticules au travers des barrières biologiques, en particulier dans l’intestin.
Un programme de détection de QTL est conduit dans les races bovines Prim’Holstein, Normande et Montbéliarde. Ce dispositif dit ‘petites-filles’ implique 1554 taureaux d’insémination artificielle, fils de 14 pères et indexés sur descendance pour 24 caractères de production laitière, conformation, fertilité, résistance aux mammites et facilité de traite. Ces taureaux sont génotypés pour 169 marqueurs répartis sur le génome. La recherche de QTL est réalisée par régression linéaire intra père, en prenant en compte toute l’information marqueurs par groupe de liaison. Des QTL sont détectés pour chaque caractère, y compris pour les caractères peu héritables. L’effet de substitution allélique est souvent compris entre 0,6 et 1 écart type génétique. Une minorité de pères (entre 1 et 5 seulement sur 14) apparaissent hétérozygotes pour chaque QTL identifié. La localisation des QTL est peu précise, l’intervalle de confiance étant toujours supérieur à 20 cM. Ce travail se poursuit d’une part avec la mise en place d’une sélection assistée par marqueurs, d’autre part avec la caractérisation de certains QTL dans le cadre du programme européen Euribdis.
Les cartes porcines sont maintenant bien développées : près de 1200 microsatellites sont cartographiés sur les familles de référence et 2000 nouveaux sont en cours de développement ; environ 400 gènes ou EST (expressed sequence tags) et 400 marqueurs génétiques sont positionnés sur les cartes cytogénétiques ; les cartes d’irradiation sont en plein essor ; près de 1000 marqueurs et gènes sont ordonnés avec une résolution 10 à 20 fois supérieure à la carte génétique. L’estimation de la taille physique du génome du porc est de 2700 Mb organisées en 38 (2x18 + XY) chromosomes, les cartes génétiques couvrent 2300 cM, et les cartes d’irradiation de 30 à 40000 cR7000. La réalisation d’un contig de BAC global du génome et l’établissement d’un catalogue des gènes sont les deux prochains développements importants de la génomique porcine.
Cet article présente le cadre méthodologique de l’Analyse de Cycle de Vie (ACV) et illustre sa mise en oeuvre en présentant un exemple d’une comparaison de systèmes de production de lait contrastés. L’ACV évalue l’impact environnemental d’un produit, d’un service ou d’un système en relation à une voire plusieurs fonctions et ceci en considérant toutes les étapes de son cycle de vie. La méthode quantifie les émissions de polluants et les utilisations de ressources pour chaque étape du cycle de vie du produit pour établir un inventaire environnemental. Ces données d’inventaire sont agrégées en un nombre limité d’indicateurs d’impact (eutrophisation, changement climatique, utilisation d’énergie, …). L’ACV propose un cadre méthodologique qui permet une évaluation environnementale multicritère des systèmes de production agricoles et des produits et services rendus par ces systèmes. De par son caractère multicritère l’ACV permet de mettre en évidence d’éventuels transferts de pollution, notamment entre impacts régionaux et globaux. La méthode est transparente, normalisée et basée sur un consensus international. Le cadre méthodologique de l’ACV impose une rigueur à son utilisateur, qui est obligé de réfléchir aux fonctions de son système, à ses limites ainsi qu’aux impacts environnementaux qui seront pris en compte. Cet exercice oblige l’utilisateur à porter un nouveau regard sur « son » système, ce s’avère être une expérience souvent salutaire.

This article presents the methodological framework of Life Cycle Assessment (LCA) and illustrates its application to the comparison of two different milk-production systems. LCA assesses the environmental impacts of a product, service, or system according to one or several functions by considering all steps of its life cycle. The method quantifies the emissions of pollutants and use of resources for each stage of the product’s life cycle to create an environmental inventory. The inventory data are aggregated into a few impact indicators (e.g., eutrophication, climate change, energy use). LCA proposes a framework for the multicriteria environmental assessment of agricultural production systems and the products and services provided by these systems. Its multicriteria approach allows LCA to identify potential transfers of pollution between impact categories, notably between impacts at regional and global levels. The method is transparent, normalised, and based on international consensus. LCA’s methodological framework requires users to reflect on the functions of the system studied, its limits, and the environmental impacts that will be considered. This exercise requires the user to take a new look at “her” system, which often can be a beneficial experience.
En s'appuyant sur l'implication d'un groupe d'agriculteurs du Pays Thouarsais et de leurs coopératives en amont et en aval, et grâce à l'utilisation d'outils d'évaluation environnementale appropriés, les partenaires du programme PaRMEELI ont pu retracer le cycle de vie du lait de vache et du lait de chèvre jusqu'à la distribution des produits finis (beurre et fromages de Poitou-Charentes). Il ressort de l'étude des cas concrets rencontrés dans les filières de Poitou-Charentes que l'éco-conception des produits laitiers est une démarche qui nécessite une répartition des efforts et une concertation entre les acteurs de la filière. Sans négliger les possibilités d'améliorer les performances environnementales des élevages, il ne faut pas se focaliser uniquement sur l'étape de production pour engager une démarche de progrès probante. Ce travail contribue à formuler une proposition d'évolution des plans d'actionsenvironnementaux d'une part, et des pistes pour l'amélioration de l'aide à la décision et de l'information environnementale sur les produits d'autre part.

Stakeholders of the Poitou-Charentes region (central western France) worked together to analyse the environmental impacts of regional dairy chains so as to identify improvement options. We analysed fifteen dairy farms of the pays Thouarsais using life cycle analysis. Results for post-farm dairy chains are based on data for several dairy plants in Poitou-Charentes, which process cow and goat milk into butter, soft white cheese and traditional goat cheese. The ongoing analysis of dairy systems enlightened the necessity to take into account the multifonctionality of agriculture to compare different situations and to identify the best practices. Obviously agricultural activities generate flows of biomass and energy linked with farming processes and ecosystems. But in the other hand, they provide products and services, including non trade concerns. A new challenge for LCA consists in making clear if advantages and disadvantages are evenly balanced. For this purpose, the authors propose an integrated approach which opens a new perspective for environmental strategies in supply chains.
Devant l’essor considérable des nanotechnologies dans de nombreux secteurs industriels, dont l’agroalimentaire, les conséquences pour l’homme d’une exposition quotidienne aux nanoparticules (particules solides de dimension inférieure à 100 nm), utilisées comme additif (e.g. pigments, agents anti-mottants) ou incorporées à un matériau (e.g. emballage alimentaire), soulèvent des questions de santé publique. Les propriétés physico-chimiques particulières des nanoparticules, liées notamment à leur aire surfacique importante, diffèrent de celles des substances de plus grande dimension, notamment en termes d’absorption et d’effets systémiques. Dans le secteur alimentaire, face aux applications actuelles ou promises des nanoparticules dans les aliments et les matériaux au contact des aliments (MCDA), en tant que colorant, agent anti-microbien ou encore texturant, il est nécessaire d’évaluer l’exposition du consommateur et les risques sanitaires liés à leur ingestion. Cette évaluation du risque passe par la compréhension des mécanismes de franchissement des nanoparticules au travers des barrières biologiques, en particulier dans l’intestin.

Given the considerable growth of nanotechnology in many industries, including food sector, the question of their safety for human populations daily exposed to nanoparticles (solid particles smaller than 100 nm), used as additives (e.g. pigments, anti-caking agents) or incorporated to a material (e.g. foodpackaging), raises public health concerns. The physico-chemical characteristics of nanoparticles, such as their large surface area differ from those of larger substances, particularly in terms of absorption and systemic effects. In the food sector, faced with actual or promised applications of nanoparticles in food and food contact materials (FCM), as dye, anti-microbial or texturing agent, it is necessary to assess the exposure of consumer and the health risks associated with their intake. This risk assessment requires an understanding of the mechanisms of nanoparticle crossing through biological barriers, particularly in the intestine.
En décembre 2004, soit trois ans seulement après celle de l’homme, la première version de la séquence du génome de la poule a été publiée. Ce travail est le résultat de plus de dix années de recherches en génomique. Celles-ci ont débuté par la réalisation des premières cartes génétiques, puis de banques de clones BAC*, de cartes cytogénétiques incluant les microchromosomes, de cartes d’hybrides irradiés et la production de séquences d’EST. En effet, c’est la mise en commun de l’ensemble de ces données disponibles qui a contribué à l’assemblage final de la séquence. Bien entendu, comme la première version de celle du génome humain, la séquence de la poule n’est pas parfaite et des travaux de vérification et de corrections, notamment des microchromosomes, seront nécessaires. De plus, un effort d’annotation* est maintenant à réaliser. Cependant, le fait de disposer de la séquence du génome d’un nombre croissant de vertébrés va permettre d’affiner nos connaissances grâce aux études comparatives. La disponibilité de la séquence de la poule va permettre de remplacer une bonne partie des longs et fastidieux travaux de biologie moléculaire nécessaires à la détermination de la structure, de la fonction et du polymorphisme des gènes par des analyses in silico. Ceci devrait accélérer la mise au point de marqueurs moléculaires utilisables pour la sélection de phénotypes intéressants pour les productions animales.

In December 2004, the first version of the chicken genome sequence was published three years only after the human one. This work is theresult of more than ten years of research in the field of chicken genomics, started by the realisation of the first genetic maps, followed bythat of BAC clone libraries, cytogenetic maps including the microchromosomes, radiation hybrid maps and the production of EST.Indeed, all the mapping data available help in the assembly of the final sequence. Of course, similar to the first version of the humansequence assembly, the chicken one is not perfect and improvements, in particular for the microchromosomes, will be necessary. Also, thetask of annotating the genome will have to be pursued. However, the fact of having the genome sequence of an increasing number of vertebrateanimals will enable to refine our knowledge through comparative studies. The availability of the chicken genome sequence willenable to replace much of the molecular biology work that was necessary for the determination of the structure, function and polymorphismof genes by performing in silico analyses. This should accelerate the development of molecular markers usable for the selection ofphenotypes of interest in livestock production systems.
L’objectif est ici de partir de la fonction pour identifier les gènes d’intérêt. Cette identification passe par le séquençage des extrémités des ADN complémentaires pour donner des « étiquettes ». Cette stratégie est très efficace, même si, compte tenu des mécanismes de transcription et des contraintes expérimentales, des étiquettes différentes peuvent correspondre à un même gène. L’analyse de l’expression différentielle entre des animaux extrêmes pour un caractère permet d’accéder directement aux gènes d’intérêt pour ce caractère. Les analyses peuvent être ciblées sur les gènes régulés ou être systématiques ; c’est le cas des filtres haute densité et des microréseaux qui permettent d’étudier un répertoire très large de transcrits. Le projet Asteroger lancé par l’INRA a pour objectif d’établir un tel répertoire dans quatre espèces animales. Ce répertoire va constituer un outil précieux aussi bien en physiopathologie qu’en génétique où il facilitera la mise en oeuvre de la stratégie d’identification des gènes majeurs et des QTL par l’approche ‘candidat positionnel’.
Si la présence des mycotoxines dans les denrées destinées à l’alimentation de l’homme et de l’animal a été largement étudiée au cours de ces dernières années, les données concernant le danger associé à l’exposition par inhalation sont encore très parcellaires. Ce danger concerne notamment les populations exposées de façon chronique comme les professionnels manipulant des fourrages contaminés (ex. agriculteurs, palefreniers).
Prendre en compte l’échelle du paysage permet de mieux appréhender les différents niveaux d’interaction entre les activités agricoles, l’environnement et les ressources qu’il fournit (sol, eau, biodiversité), et d’explorer ainsi de nouvelles voies pour la transition agroécologique. Prendre en compte le territoire permet de traiter des interactions entre différents systèmes de production, les espaces non cultivés, non agricoles et leurs interfaces, entre les professionnels agricoles et les autres acteurs du territoire. L’objectif est de repenser l’agriculture dans un nouveau rapport aux ressources naturelles, aux acteurs et filières du territoire qu’ils soient ou non liés à l’agriculture. La transition agroécologique à l’échelle des paysages et des territoires met en œuvre des innovations de nature techniques, comme celles associées à la gestion des espaces interstitiels et des infrastructures écologiques mais également sociales pour mettre en place des formes nouvelles de gestion collective et de gouvernance territoriale.

Landscape level makes it possible for us to consider the interactions between agricultural activities, environment and resources it provides (water, soil, biodiversity), and therefore to explore new ways for agroecological transition. Territory level makes it possible to consider the interactions between different agricultural systems, cultivated and uncultivated domains, agricultural and non agricultural actors. The objective is to think agriculture development in a new way, considering its relationships with natural resources, agricultural or non agricultural actors and activities. Agroecological transition at landscape and territory levels requires technical innovation such as those related to interstitial areas or ecological infrastructures, but also socio-economic innovations such as collective management and territorial governance.
L’utilisation de l’information portée par l’ADN nécessite une étape de transcription des gènes en ARN et, dans certains cas, une phase de traduction en protéine. La transcription est un phénomène complexe, régulé (un gène eucaryote contient des séquences régulatrices permettant l’initiation et la régulation de la transcription) qui produit trois types d’ARN : les ARN messagers (ARNm), les ARN de transfert (ARNt) et les ARN ribosomiques (ARNr). Les ARNt et les ARNr sont des constituants de la machinerie de traduction des ARNm. En effet, après la transcription, l’ARNm va être maturé (épissage, polyadénylation ...) puis va sortir du noyau pour aller dans le cytoplasme où sa séquence nucléotidique sera traduite en séquence d’acides aminés. Les protéines acquièrent ensuite leur structure définitive après des modifications posttraductionnelles diverses. La régulation de l’expression des gènes peut intervenir à chacune des étapes (transcription, maturation et/ou traduction).
Les bases de données en biologie doivent permettre le stockage d’une quantité croissante d’informations dont la nature est hétérogène. Des entités parfois très différentes sont à représenter, ainsi que leurs relations. De plus, les techniques variées utilisées pour générer les données doivent être prises en compte. De ce fait, il existe un foisonnement de bases de données spécialisées, dont nous décrivons ici les principales, ainsi que leurs interrelations.
Les cartes géniques des espèces domestiques sont restées très rudimentaires, voire inexistantes, jusqu’au début des années 1990. La situation a évolué à cette période avec la mise en place de vastes programmes de cartographie du génome, aussi bien au plan national (programmes de cartographie de l’INRA, programmes Génome Français) qu’européen (programmes Bridge) pour quelques espèces majeures dont les espèces bovine et porcine. Il est en effet apparu clairement que la connaissance du génome, indispensable pour l’isolement et le clonage des gènes d’intérêt agronomique, passait par la construction des cartes génétique (mise en place d’un réseau de marqueurs polymorphes par analyse de liaison sur des familles de référence) et cytogénétique (localisation de marqueurs et de gènes sur les chromosomes). Les principales méthodes mises au point pour établir, dans un premier temps, la carte cytogénétique puis, dans un deuxième temps, la carte physique à haute résolution sont présentées.
Les techniques les plus couramment utilisées en génétique moléculaire font l’objet de cet article. La première partie présente les outils de base, fondés sur des principes de physique, de chimie ou de biologie. Différentes combinaisons de ces outils sont ensuite développées pour aborder les techniques utilisées dans différents domaines de la biologie moléculaire : fragmentation, séparation, repérage, multiplication et lecture de l’ADN. L’accent est mis sur la diversité des techniques pouvant être mises en oeuvre et sur la vitesse d’évolution de ces techniques.
La cartographie comparée des génomes consiste à étudier le plus précisément possible les homologies existantes dans la structure des génomes des organismes vivants. Ces informations sont très utiles notamment pour l’étude des animaux domestiques. Elles permettent d’accélérer l’acquisition et l’exploitation des données de cartographie génétique dans chaque espèce. Les méthodes et les techniques utilisées sont présentées dans un cadre historique et les résultats les plus marquants sont résumés. Cette présentation permet de comprendre pourquoi cette activité évolue rapidement aujourd’hui dans le cadre du développement des cartes génétiques dites à haute densité. Dans ce contexte sont précisées les limites de ces études et les méthodes d’analyse à privilégier ou à développer.
Les marqueurs génétiques les plus utilisés actuellement en génétique animale sont présentés, sans que soient développées dans le détail toutes les techniques mises en oeuvre. Nous distinguons les marqueurs utilisés avant la PCR (Polymerase Chain Reaction) et ceux qui sont employés depuis. Les marqueurs actuels sont également présentés en deux groupes : ceux qui sont utilisés pour une approche globale du génome et ceux que l’on emploie dans des approches ponctuelles, en distinguant la mise en évidence d’un polymorphisme et son exploitation à grande échelle. Nous évoquons enfin les SNP (Single Nucleotide Polymorphism), qui seront probablement des marqueurs très utilisés dans l’avenir grâce à la technologie des ’puces à ADN’.
Un schéma de sélection est une opération complexe qui fait intervenir, par cycles successifs, l’évaluation des valeurs génétiques des reproducteurs ou des candidats à la reproduction, le tri des meilleurs d’entre eux et leurs accouplements. Des modèles mathématiques ont été mis au point pour en décrire le fonctionnement. Ces modèles sont des outils d’aide à la décision pour les sélectionneurs et pour l’Etat qui les subventionne. A partir d’un exemple concret, nous décrivons ici la structure et l’utilisation de ces modèles. Quelques indications sont également données sur les méthodes d’estimation a posteriori du gain génétique réalisé grâce à ces schémas de sélection.
Les perturbateurs endocriniens potentiellement associés à des problèmes de santé publique présentent une multitude d’enjeux sociétaux, législatifs et sanitaires. Actuellement aucune définition officiellement validée ne précise la nature de ces substances et leur cadre d’évaluation peut varier en fonction de leurs usages. Les systèmes endocriniens participent à la régulation de la plupart des fonctions biologiques et ils sont des acteurs clefs du développement et du maintien de l’homéostasie de l’organisme. Des perturbations de leur fonctionnement seront donc associées à de multiples effets sur la santé y compris de façon transgénérationnelle. La complexité de la régulation des différents systèmes hormonaux, de leurs interactions et de leurs effets pour maintenir l’homéostasie de l’organisme est une source de défis scientifiques majeurs. A ceci viennent s’ajouter les notions de faibles doses, de fenêtre de susceptibilité, de relation dose/réponse peu classiques dites non monotones (courbes dose/ réponse en U par exemple) et d’effets différés dans le temps rendant les investigations toxicologiques et épidémiologiques encore plus complexes et parfois en marge des approches de toxicologie classiques. Cette complexité souligne la nécessité d’élaborer des stratégies d’études pluridisciplinaires intégrant tous les niveaux de régulation du vivant jusqu’aux approches de populations.

Endocrine disruptors are very likely to be associated to public health concerns and to numerous society, sanitary and reglementary issues. Currently, the official definition that would give the exact nature and properties of this type of substances is still debated. Furthermore, the rules for reglementary risk assessment are defined according to the uses of the substances and not to their potential deleterious effects so that endocrine disruptors can be evaluated through different instances. Endocrine systems are involved in the regulation of all biological functions and they are key actors of the organism development and the maintenance of its homeostasis. Disruption of their regulation will thus have multiple effects on health. The complexity of the endocrine regulatory pathways as well as of their interactions and their mechanisms of action on other biological functions rise many challenges for the scientific community. This is all the more complicate as scientists have to deal with so far poorly investigated concepts such as low doses, non classical, non monotonic dose/response relationship (for example U shape dose/response curve) and window of susceptibility. All these factors of complexity highlight the need for multidisciplinary research strategies integrating all the levels of regulation of the living animals and up to the population level.
La barrière intestinale est la plus grande surface du corps en contact avec le milieu extérieur. Elle assure 2 fonctions principales: l'absorption d'ions, de nutriments et d'électrolytes et la protection contre l'entrée de pathogènes et/ou de substances luminales toxiques. Une altération de la perméabilité intestinale peut conduire à une entrée massive d'antigènes luminaux soupçonnés d'être impliqués dans la pathogenèse de maladies intestinales ou extra intestinales comme les maladies auto-immunes et le syndrome métabolique.
Le sol joue un rôle majeur dans le cycle de l’eau, assurant le partage entre infiltration et ruissellement avec des conséquences sur la qualité et le temps de transfert de l’eau. Le sol régule les transferts d’eau entre l’atmosphère, le sous-sol et la surface, et constitue un réservoir pour les écosystèmes terrestres. Intégrer l’état hydrique et les propriétés physiques des sols est important dans les modèles de gestion de l’eau et de prévision des phénomènes de sécheresse et d’inondation.
Le développement spectaculaire de l’aquaculture est aujourd’hui confronté au défi du développement durable. Une approche par les types d’éco-innovations est mobilisée ici à propos de nouvelles logiques de production, relevant de l’intensification écologique. L’objectif est de caractériser quelques-uns des facteurs déterminants des changements en faveur de l’intensification écologique dans le cas de l’aquaculture d’étang en France et au Brésil. La revue de la littérature nous a permis d’identifier trois profils d’éco-innovation : i) maîtrise des rejets et substitution des intrants ; ii) changements organisationnels et institutionnels des modes de production et iii) prise en compte des services écosystémiques. Ces profils ont été croisés avec la typologie des aquaculteurs d’étang élaborée à partir d’enquêtes en France (Brenne et Lorraine) et au Brésil (dans la Province de Santa Catarina dans la Haute Vallée de l’Itajai et à Chapeco). Les trois groupes identifiés caractérisent différents itinéraires d’appropriation des éco-innovations. Ces itinéraires sont fonction des apprentissages à la fois techniques, informationnels et organisationnels, mais aussi des pratiques initiales, du niveau d’information des exploitants et du contexte institutionnel.

The spectacular development of aquaculture is currently faced with the challenge of sustainability. An approach drawing on the different types of eco-innovation is used here to address the new production systems resulting from ecological intensification. The objective is to characterise some of the factors determining change towards ecological intensification in the case of pond fish farming in France and Brazil. A literature review revealed three eco-innovation profiles: (i) discharge control and input substitution; (ii) organizational and institutional changes in production systems and (iii) integration of ecosystem services. These profiles were compared with the typology of pond fish farmers developed from surveys undertaken in France (Brenne and Lorraine) and in Brazil (the Santa Catarina region in the Itajai Higher Valley and in Chapeco). The three identified groups represent different trajectories for the appropriation of eco-innovations. These trajectories depend on technical, informational and organisational learning as well as on the level of producer information and on the institutional context.
La carte génétique de la poule est développée depuis plusieurs années à l’aide de deux familles de référence de type rétro-croisement. Plus récemment, une troisième famille a été utilisée pour affiner la carte. La structure actuelle est d’environ 1800 locus répartis en 50 groupes de liaison couvrant 3800 cM, dont 785 repérés par des marqueurs de type microsatellite. La carte contient 350 marqueurs dans des séquences exprimées, dont 235 représentent des gènes identifiés, permettant de mettre en évidence des synténies conservées avec les génomes de mammifères. La particularité du génome de la poule, composé de macrochromosomes et de microchromosomes, complique la nécessaire intégration avec la carte cytogénétique.
La recherche de gènes ovariens hormono-régulés a été entreprise par l’hybridation différentielle de 40 000 clones d’ADNc d’une génothèque de cellules de granulosa porcine en culture et par des expériences de Differential Display. Environ 150 clones exprimés différentiellement, selon qu’il s’agit de cellules traitées par la FSH ou de cellules témoins, ont été séquencés et 59 d’entre eux ont été identifiés. La régulation de ces gènes a été étudiée in vitro et in vivo par des techniques de Northern blot, RT-PCR comparative et hybridation sur coupes d’ovaires. Environ cinquante gènes ont été localisés sur le génome porcin. Ces données fonctionnelles et génétiques permettent de considérer certains de ces gènes comme des candidats intéressants pour la fonction de reproduction.
Reconnu comme un agent infectieux à impact sanitaire et éconnomique très important, le virus de la Diarrhée Virale Bovine (bdv) a une réparatition ubiquiste mondiale (2). Quelle est donc l'importance du BVD en atelier d'engraissement?
Les maladies métaboliques telles que l'acidose ruminale chronique ou subaiguë et la cétose subclinique, sont des troubles majeurs en élevage laitier. Leur évolution est souvent chronique et leur diagnostic parfois difficile. L'analyse des composants du lait (taux butyreux et taux protéique) est une méthode diagnostique reconnue, elle permet d'estimer les prévalences de ces troubles.
Chez les ruminants ayant accès au pâturage, le contrôle de l’infestation par les strongles gastrointestinaux repose essentiellement sur les traitements anthelminthiques, mais leur usage insuffisamment raisonné représente des risques. Pour rationaliser et rendre plus durable l’utilisation de ces traitements, des outils et des indicateurs devraient permettre de mieux cibler les troupeaux ou les lots et les périodes à risque et de mieux identifier les animaux à traiter.
Cet article aborde la question du traitement de la néologie technique au sein du répertoire bien particulier que constitue le Dictionnaire de l'Académie Française, ouvrage caractérisé par un rythme de publication particulièrement prudent, mais ayant aussi historiquement fait le choix de ne pas traiter les lexiques spécialisés.
La tokénisation est une étape essentielle dans tout système de traitement automatique des langues, d’autant plus que de nombreux outils dépendent du découpage obtenu. La tâche est particulièrement ardue pour les textes qui ne respectent pas les conventions orthotypographiques ou les langues pour lesquelles ces conventions ne sont pas stabilisées. Nous nous intéressons ici aux cas de deux langues régionales de France, l’alsacien et le picard. Nous présentons les défis posés par ces deux langues, et proposons des critères de découpage implémentés dans des tokéniseurs.
Picartext est une base de données textuelles, construite depuis près de 10 ans à l'Université de Picardie à Amiens. Elle présente des caractéristiques de premier intérêt pour la recherche sur les traitements automatiques. La langue picarde, d'une vitalité non négligeable, dispose d'une littérature assez abondante et de très nombreux dictionnaires et glossaires. Mais elle ne possède pas de standard, ni linguistique, ni graphique. La langue est donc très variante. La base de données, de nature littéraire, d'environ 5 millions d'occurrences, est accessible en ligne au moyen d'un outil d'interrogation paramétrable : non seulement il permet la restriction du corpus de travail (lieux, dates, genres), mais il permet une recherche tenant compte d'équivalences phonétiques et d'équivalences dialectales. Il est ouvert à des évolutions en termes de balisage, en particulier dans le cadre d'un projet ANR portant sur trois langues régionales simultanément (picard, alsacien, occitan). Abstract.
À défaut de livrer une étude précise sur le discours véhiculé par un théoricien du langage en tant qu'« acteur » ou « récepteur » socio-politique de son époque, nous souhaitons évoquer dans cette communication le positionnement de l'une des figures de proue du monde de l'édition du siècle des Lumières: Charles-Joseph Panckoucke.
Le nom de Charles-Joseph Panckoucke est traditionnellement connu comme étant celui de l'un des tout premiers magnats de la presse française des Lumières. Éditeur de journaux très influents tels que le Moniteur universel (1789), journal devenu "le journal parlementaire le plus important de la Révolution" , et le Gazettin (1790), "quotidien moins influent et plus radical qui sert d'antidote à la semi-officielle Gazette de France" , Panckoucke reste en revanche moins connu pour son rôle déterminant dans la diffusion de l'encyclopédisme du XVIIIe siècle .
Intensification agricole et risque de pollution azotée des ressources en eau dans les départements français d'outre-mer insulaires : surveiller en priorité les pratiques agricoles dans les périmètres irrigués Dans les départements français tropicaux insulaires (Guadeloupe, Martinique, Réunion), les roches volcaniques sont entièrement altérables. L'âge et le bilan hydrique déterminent la nature des sols argileux. Dans les zones humides à sols ferrallitiques à halloysite, ou andosols à allophane, l'impact des fertilisations azotées excessives sur les teneurs en nitrates des eaux est faible, pour deux raisons probables : (i) dilution par des flux importants ; (ii) capacité d'échange anionique des andosols. Les seules alertes concernent des cultures intensives, sur des sols jeunes peu propices à l'adsorption des nitrates. Les périmètres irrigués ont permis le développement de cultures intensives, fortement fertilisées sur les vertisols à smectite en zones sèches. Leur irrigation excessive provoque un gonflement et un stress hydrique d'anoxie des cultures, qui entretient une augmentation des fréquences d'arrosage. L'excès d'irrigation peut alors entraîner des solutés en forte concentration. La mosaïque de cultures irriguées et pluviales peu fertilisées expliquerait un impact pourtant modéré sur les nappes. Plusieurs questions de recherche concernent les formes d'azote exportées (nitrates, ammonium, ...), les voies d'exportation (drainage, ruissellement, volatilisation) selon les milieux, la dynamique des ressources en eau souterraines, et les responsabilités respectives de l'agriculture et de l'habitat qui se côtoient. Des pratiques sont préconisées dans les périmètres irrigués, les plus susceptibles d'exporter des nitrates : • fertilisation raisonnée, • pilotage de l'irrigation (THERESA pour les vertisols, tensiomètres pour les sols rigides), • rotations de cultures pluviales et irriguées, pour entretenir la réserve en eau des sols et disperser les « fuites » de nitrates
La réalisation de biopsies de prostate, le plus souvent par voie endorectale, est primordiale pour le diagnostic et l'évaluation du pronostic du cancer. La précision de la localisation des biopsies est sujette à caution. Le développement de systèmes informatiques permet d'enregistrer avec précision leur localisation et de les guider pour améliorer leur distribution. Ces mêmes dispositifs permettent de fusionner images échographiques et images IRM et de fusionner différentes séries de biopsies. L'ensemble de ces données pourrait être transféré dans les systèmes échographiques de type HIFU dans le but de rendre les protocoles de traitements focalisés plus précis.
Cet article présente une modélisation, selon une approche processus issue de la norme ISO9000:2000, d'un des deux processus clés d'une stratégie de maintenance prévisionnelle, le processus de pronostic. L'intégration du processus de pronostic au sein d'un système intégré de maintenance prévisionnelle est présentée à travers la description de l'environnement du pronostic, son contexte, et d'une description des flux échangés entre les différents acteurs de cet environnement. Le processus de pronostic est ensuite décomposé en quatre sous processus génériques pour en proposer un modèle de référence particularisable à tous cas d'application de niveau composant ou de niveau fonctionnel.
Nous présentons dans cet article une méthode de classification non supervisée de sommets d'un graphe qui est utilisée dans un contexte biologique particulier. La problématique est de détecter de manière non supervisée des micro-ARNs probables. Pour ce faire, nous utilisons une approche multi-noyaux permettant d'intégrer des informations sur le graphe de co-expression et des informations supplémentaires sur les sommets de ce graphe. Cette approche est rendue robuste par une technique de bagging de classifications. Les résultats obtenus donnent des groupes de miRNAs potentiels dont certains permettent de discriminer avec une bonne confiance les vrais miRNAs des faux positifs.
L’expression de quatorze enzymes (analyse électrophorétique) et la présence du gène de l’utéroglobine (hybridation moléculaire de l’ADN) ont été recherchées dans vingt-sept clones cellulaires hybrides lapin-hamster. Les résultats permettent de définir, chez le lapin, une nouvelle synténie, entre UGL 1 et LDHA-ACP 2.

The expression of fourteen enzymes (electrophoresis analysis) and the presence of uteroglobin gene (DNA molecular hybridization) were investigated in twenty seven rabbithamster somatic cell hybrids. UGL 1 was found to be syntenic with LDHA and ACP 2 in rabbits.