nglaura/hal-summarization huggingface dataset:
Dans cet article, nous présentons un outil permettant la prédiction et la visualisation de l’activité cérébrale locale d’un individu au cours d’une conversation. Cet outil a été utilisé en particulier pour comparer l’activité cérébrale de conversation d’individu suivant que l’interlocuteur est un humain ou une tête parlante. Le module de prédiction de cet outil est construit à partir de classifieurs entraînés sur un corpus de conversations humain-humain et humain-machine incluant des données comportementales et neurophysiologiques. Le module prend en entrée des variables comportementales calculées à partir de données brutes, principalement la parole du participant et de l’interlocuteur, la vidéo de l’interlocuteur et les mouvements oculaires du participant, et permet de prédire l’activité cérébrale de l’individu. Le module de visualisation montre en temps réel la dynamique des zones actives cérébrales synchronisées avec les données comportementales brutes, permettant ainsi de faire un lien entre les comportements et l’activité cérébrale. De plus, il montre quelles variables comportementales permettent de prédire l’activité des zones cérébrales.
Les marqueurs génétiques, qu’ils soient anonymes (microsatellites) ou responsables de phénotypes (gènes de la coloration, par exemple), constituent des outils efficaces pour identifier les individus ou les populations (races) et pour assurer leur traçabilité. On montre ici l’intérêt du gène extension pour le génotypage des bovins.
L’influence du polymorphisme au locus Prnp sur la sensibilité des animaux aux Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) est très bien documentée pour l’espèce ovine, avec la mise en évidence d’allèles associés à une plus grande sensibilité des animaux aux EST ou au contraire à une plus grande résistance. Cela a résulté dans la mise en place de nouvelles stratégies de sélection afin de diminuer l’incidence de cette maladie chez cette espèce. Chez d’autres espèces, des études sont en cours, notamment chez la chèvre où plusieurs allèles du gène Prnp ont été trouvés. En dehors du locus Prnp, d’autres facteurs génétiques influencent la sensibilité des animaux. Le développement des études de cartographie du génome des animaux de ferme a permis la recherche de QTL (Locus agissant sur un caractère quantitatif). Cela a conduit à la mise en évidence de gènes influençant la sensibilité des animaux aux EST, autres que Prnp, chez les bovins et les ovins, ainsi que chez la souris, même si l’identification et la validation des gènes concernés restent à déterminer.
La transgenèse permet d’introduire dans le génome d’un animal un fragment d’ADN qui sera ensuite transmis de génération en génération. Elle utilise différentes approches méthodologiques. Certaines, encore limitées à peu d’espèces, permettent des modifications très fines du génome. La transgenèse, associée au développement de la biologie moléculaire, offre des applications multiples tant dans la recherche fondamentale qu’appliquée. Elle est de fait devenue un outil indispensable pour l’analyse de la régulation de l’expression des gènes et la compréhension de leur fonction.
Les prairies ont pour la faune sauvage une triple fonction en tant que lieu d'alimentation, de reproduction ou de refuge. Elles contribuent au maintien de la biodiversité animale, sous réserve de pratiques agricoles conciliables avec le maintien de ces fonctions, vitales pour la faune sauvage... Les prairies alimentent et accueillent le gibier herbivore. Mais par leur richesse en lombrics, elles contribuent également à l'alimentation de nombreuses autres espèces (oiseaux, mammifères, reptiles et amphibiens). Certaines pratiques agricoles compromettent la présence de la faune sauvage : disparition des prairies permanentes, des haies et de bordures de haies, drainage... Certains itinéraires techniques expérimentés, qui respectent mieux le milieu de vie de certaines espèces sauvages, sont présentés : semis direct de prairies avec utilisation d'un herbicide non toxique pour la faune lombricienne, pâturage extensif, fauche tardive en commençant par le centre de la parcelle...

Pastures constitute a feeding place and a habitat for herbivorous wild animals. Moreover, as they provide shelter to an abundant earthworm fauna, they contribute also to the feeding of numerous other species such as birds, mammals, reptiles, amphibia. A number of agricultural practices are harmful to this wild fauna : disappearance of permanent pastures, of hedgerows and their margins, drainage, etc. A few technical processes have been tested, that ensure a better preservation of some wild species' habitats ; they are presented here : direct seeding of pastures with the use of a herbicide harmless to earthworms, extensive autumn grazing, mowing at a late date, starting from the centre of the plots, etc
Au Royaume-Uni, le choix du leader est maîtrisé par les partis. Cette dési- gnation a le plus souvent lieu après une défaite aux élections législatives, le parti décidant alors de choisir un leader chargé de garantir l’unité du parti, de devenir chef du cabinet fantôme et de remporter les prochaines élections en vue d’être chef du gouvernement. La procédure de sélection des deux principaux partis s’est quant à elle démocratisée, mais elle reste limitée au cadre partisan, démontrant ainsi que le Royaume-Uni n’est pas seulement un régime parlementaire, mais aussi un régime de partis.
La santé mobile constitue un enjeu de recherche émergent et un enjeu de santé publique. Inscrite dans les SIC et le design, cette communication porte sur une expérience de recherche-projet menée en collaboration avec le CHU de Nîmes pour améliorer la prise en charge des troubles du sommeil, en impliquant des patients et professionnels de santé dans la coconception d’un réseau d’acteurs basé sur un service numérique. À partir des méthodes visuelles et créatives, l’objectif est de montrer comment susciter la créativité des participants pour développer des actions et outils innovants socialement, au service de l’éducation à l’hygiène du sommeil.
Chaque chromosome contient une seule molécule d’ADN. L’ADN déroulé d’un noyau de cellule humaine mesurerait environ 1,8 m : chaque molécule d’ADN est enroulée et compactée en plusieurs étapes, grâce à l’association de différentes protéines, et loge dans le noyau de 6 µm de diamètre. Le degré de condensation de l’ADN est variable selon les régions chromosomiques et les régions les moins condensées sont les plus riches en gènes. L’ADN est composé d’une variété de séquences codantes ou non et répétées ou non dont l’organisation dans le chromosome est caractéristique de la métaphase. Certaines séquences peuvent être corrélées en partie avec les motifs de bandes spécifiques de chaque paire chromosomique produits par les techniques de marquage chromosomique.
Tous les qualificatifs les plus péjoratifs ont été apposés à l'oeuvre beckettienne, taxée tour à tour de « cauchemar philosophique », d'effondrement du sens, ou encore de « suspension systématique de la positivité » 1. Évelyne Grossman a pourtant exemplairement montré la force ambivalente et ambiguë qui anime l'oeuvre beckettienne, en utilisant notamment le concept de « décréation » que Beckett, lui-même avait peut-être déjà employé.
Texte préparatoire de l'article paru dans BIBLIOthèque(s), ABF-Association des Bibliothécaires de France, 2015 Si nous entrons aujourd'hui dans les rayons d'un espace culturel (du type de la Fnac ou des centres Leclerc), on découvre bien des types d'ouvrages mettant en jeu une logique correspondant à une poétique sérielle. Une collection éditoriale de récits à la présentation standardisée (de Chair de poule à Harelquin) ; une série de romans à personnages récurrents (de Oui Oui à SAS) ; un roman de genre (comme la série fantasy Eragon ou un roman policier d'Agatha Christie) ; un produit dérivé tiré d'une licence à succès de l'industrie culturelle (comme les romans Barbie diffusés en France par Hemma ou les novellisations d'Indiana Jones) ; une oeuvre s'inscrivant dans un projet transmédia (comme les comics ou les romans exploitant l'univers de fiction de Star Wars)… tous ces types d'ouvrages possèdent, malgré leur hétérogénéité, des traits communs : ils obéissent à une esthétique sérielle. On peut parler d'esthétique sérielle quand une oeuvre est conçue (par ses créateurs) ou déchiffrée (par ses lecteurs) dans la médiation d'un ensemble plus large d'oeuvres qui en définissent très largement la signification. Pour le comprendre, on peut reprendre les exemples cités précédemment. Quand on lit un roman de la collection Oui Oui, on l'appréhende à partir de compétences préexistantes : on connaît Potiron, le taxi jaune ou le pays des jouets, parce qu'on a lu d'autres épisodes de la série, et l'appréciation de l'oeuvre en dépend. De même, le simple fait de tenir un récit de fantasy comme Eragon entre ses mains suppose d'accepter par exemple la présence de dragons ou de sorciers comme naturelle, parce que les conventions du genre rendent leur présence acceptable. Le plaisir de manipuler des produits franchisés, comme ceux tirés des licences Barbie et Indiana Jones, tient quant à lui au charme de retrouver déclinés dans le support du livre, les personnages et les figurines que nous connaissons sur d'autres médias ou sous forme de jouets. C'est le cas aussi des séries transmédias prolongeant l'univers de Star Wars, mais elles y ajoutent le charme d'un approfondissement du monde à travers de nouveaux prolongements, comme si l'unité de l'oeuvre correspondait à celle de l'univers que compose l'ensemble des récits. Enfin, lorsqu'on lit un livre dans une collection insistant sur sa cohérence, comme Harlequin, on souhaite en partie retrouver certaines caractéristiques esthétiques et narratives présentes dans
La littérature pour la jeunesse s'inscrit très largement dans des logiques sérielles, au sens où la production et la réception des oeuvres est médiatisée par une série d'autres textes avec lesquels elles interagissent. On lit dans une collection (« Bibliothèque rose » ou « J'aime Lire »), dans un genre (du roman d'aventures du XIXe siècle à la science-fiction Young adults), dans un ensemble de récits à personnages récurrents (du Gamin de Paris à Harry Potter), dans un massif transmédiatique (Tarzan, Hello Kitty) parfois aussi dans un format (livraisons, fascicules, comics). A chaque fois l'oeuvre est conçue par les producteurs, et appréhendée par les consommateurs dans la relation aux architextes de la série qui la porte. L'hypothèse que nous voudrions faire ici, c'est que ces phénomènes sont l'expression saillante d'une logique plus profonde de sérialisation, liée à la dynamique même de communication propre à la littérature pour la jeunesse. Pour le montrer, nous voudrions prendre l'exemple des productions pour la jeunesse proposées entre les années 1870 et les années 1930, au moment où se développe et s'industrialise d'une manière nouvelle l'édition pour la jeunesse 1. Si nous avons choisi cette période ancienne, c'est qu'il nous semble que s'y jouent bien des traits définitoires de la littérature pour la jeunesse. C'est à cette époque que s'accélère l'industrialisation de ce champ éditorial dans une négociation complexe entre des logiques de transmission et des logiques de consommation. Le rôle joué par l'école et la pratique des étrennes ont contribué à dessiner cette identité : directement, en imposant dans le discours social l'idée que le livre pour la jeunesse était le résultat d'une transaction symbolique entre des adultes et des enfants encadrée par des moments symboliques (le changement d'année, la remise de prix) ; indirectement, en soutenant tout ce secteur de l'édition, en diffusant de plus en plus largement ce type de productions dans les différentes strates sociales, en banalisant le livre pour enfants, et en facilitant du même coup des pratiques de lecture plus désinvoltes.
Les méthodes usuelles de gestion de la variabilité génétique des populations reposent sur la connaissance des généalogies des animaux et sur un contrôle de la structure familiale de ces populations. Les marqueurs permettent d’affilier les animaux à des familles dans les situations où il est malaisé ou impossible d’enregistrer un état civil, donnant ainsi accès aux méthodes classiques de gestion de la variabilité. Ils procurent des outils de suivi de la variabilité intra-population, fondés sur les fréquences alléliques. Enfin, on peut choisir les reproducteurs présentant le plus de variabilité pour un ensemble de marqueurs. Les études effectuées dans ce sens montrent qu’une telle sélection est très efficace pour les régions du génome proches des marqueurs employés, mais qu’elle doit être réalisée en complément des méthodes usuelles si l’on s’intéresse à l’ensemble du génome.
La connexion génétique entre pays est un élément essentiel de la fiabilité d’une évaluation génétique internationale. Un faible niveau de connexion peut biaiser la comparaison d’individus de pays différents et fausser le classement général des reproducteurs. Cet article présente une nouvelle méthode pour mesurer la connexion : des différences de niveau génétique entre pays sont simulées, puis un BLUP est réalisé utilisant les pedigree réels afin de réestimer les différences introduites initialement. Plus deux pays échangent de gènes et plus leurs niveaux génétiques seront proches. D’autre part, plus ces deux pays sont connectés, mieux on réestime les différences initiales. Cette méthode a été testée sur les populations qui participent aux évaluations conjointes Interbull en race Simmental et Montbéliarde : l’Italie est un des pays le mieux connecté, tandis que la Slovénie apparaît comme le pays le moins bien connecté. L’Irlande et les Pays-Bas utilisent principalement des taureaux Montbéliards français. Cette méthode est très simple et rapide à mettre en application en routine.

Connectedness between countries is a critical point for a reliable international evaluation. Weak genetic links between countries can affect predicted genetic values and ranking of the animals. A new method is presented here to measure connectedness between countries: a systematic difference between true genetic levels of countries is introduced by simulation, a BLUP is performed based on true pedigree, then the percentage of the initial difference that can be found between the estimated genetic levels of the corresponding countries is measured. The more 2 countries exchange genes, the closer are their true genetic levels. The better 2 countries are connected, the higher is the percentage of true re-estimated genetic difference. It was then shown that among countries involved in the Interbull Simmental and Montbéliard breed evaluation, Italy is one of the best connected countries and Slovenia probably the worst connected one. Ireland and the Netherlands use only Montbéliard French bulls. This method was very easy and rapid to implement and could be used in routine.
Cet article présente une extension de la méthodologie développée par Gilmour et al. [19] dans le cas de variables qualitatives ordonnées, prenant en compte l’hétérogénéité des variances résiduelles des variables latentes. L’hétérogénéité des variances résiduelles est décrite par un modèle linéaire structurel sur les logarithmes des variances. Cette méthode comprend deux étapes principales : i) une « marginalisation » par rapport aux effets aléatoires qui conduit, grâce aux équations de quasi-score, à l’estimation des paramètres ; ii) une approximation de la matrice de variance-covariance des observations qui aboutit à un système analogue aux équations du modèle mixte d’Henderson dans le cas de variables continues gaussiennnes. Cette méthodologie est illustrée par un exemple sur la forme des pieds chez le mouton.

This article presents an extension of the methodology developed by Gilmour et al. [19], for ordered categorical data, taking into account the heterogeneity of residual variances of latent variables. Heterogeneity of residual variances is described via a structural linear model on log-variances. This method involves two main steps: i) a ’marginalization’ with respect to the random effects leading to quasi-score estimators; ii) an approximation of the variance-covariance matrix of the observations which leads to an analogue of the Henderson mixed model equations for continuous Gaussian data. This methodology is illustrated by a numerical example of footshape in sheep.
Cet article présente les connaissances acquises sur la physiologie des fibres musculaires en relation avec l’exercice physique chez le cheval-athlète. La vitesse et la force de contraction développée par un muscle dépendent à la fois de la quantité de fibres actives et de leurs propriétés contractiles. Le muscle étant le moteur de l’athlète, de nombreuses études de physiologie de l’exercice ont porté sur la typologie musculaire afin d’en connaître le déterminisme et les potentialités adaptatives en réponse à un travail d’entraînement. Les méthodes d’investigation, les caractéristiques fonctionnelles, les facteurs de variation et les relations avec la performance physique sont présentés et discutés dans le cas du cheval pour envisager une application à la sélection.

The purpose of this paper is to present the state of knowledge about the relationship between the muscle fibres types and the exercise ability in horse. The strength and contractile speed of a muscle is related to the total number of twitching fibres and their contractile properties. Skeletal muscles are the engine of the athlete and lot of studies have been made in exercise physiology to determine the properties and the adaptations of the muscle fibres in response to chronic exercise. The technics of investigation, the physiological characteristics of slow and fast twitch fibres and factors which may affect the contractile properties are presented, successively. It is concluded that immunoenzymatic method of muscle fibre typing may be apply to selection.
Cet article donne, à partir du théorème de Bayes, l’expression de la probabilité qu’un taureau non caryotypé soit porteur de la translocation 1-29 sachant qu’on a observé S descendants porteurs parmi N caryotypés. Les formules sont illustrées par un exemple concret et des tables indiquant le nombre minimum de porteurs requis pour conclure avec un risque de décision erronée inférieure à 10-3 ou 10-6

Using Bayes theorem, this paper presents the expression of the probability that a non-karyotyped bull can carry the 1-29 translocation when Y carriers have been observed among N-karyotyped progeny. The formulas have been illustrated by concrete examples, and the tables show the minimum number of carriers needed to reach correct decision with a risk of less than 10-3 or 10-6
Cet article n’a pas pour but de faire une présentation exhaustive du secteur bovins laitiers dans l’économie nationale, son historique et ses perspectives, mais de tenter de dégager les points essentiels permettant de mieux comprendre les motivations et priorités des recherches effectuées par les généticiens quantitatifs concernés.
L'étude menée en Basse-Normandie montre qu'il existe des relations fortes entre la nature de la végétation prairiale et certaines caractéristiques des laits dérivés, évaluées par analyse sensorielle, olfactométrique ou chimique. La végétation diversifiée des prairies, en particulier certaines plantes aromatiques, est à l'origine de laits présentant des spécificités (composition en acides gras et en terpènes). Certains de ces terpènes pourraient servir de traceur de l'origine géographique des laits. Mais cette étude ne met pas en évidence de liens entre diversité de la végétation prairiale et caractéristiques sensorielles des laits dérivés, vraisemblablement en raison de la faible amplitude de variation en plaine des descripteurs utilisés et du fait que le lait est un produit difficile à déguster.

Various studies, particularly in upland regions, have shown the existence of a relationship between the botanical make-up of pastures and some characteristic features of milk-derived products such as cheeses. Is there some similar effect in lowland regions, e.g. in Normandy, on the quality of milk ? The study made in Normandy shows the existence of close relationships between the type of pasture vegetation and certain characteristics of the products derived from the milk, as determined by organoleptic, olfactometric or chemical analyses. A diversified vegetation, particularly when certain aromatic plants are present, is linked to some characteristic features of the milk (composition of fatty acids and of terpenes). Some of the terpenes could be used as tracers of the geographical origin of the milk. This study did however not find any linkage between the diversity of the pasture vegetation and the organoleptic characteristics of the derived products, probably because of the small amplitude of variation of the describing factors used in the lowlands and also because of the difficulty of testing differences in a product such as milk.
Le calcul numérique d’intégrales de lois multinormales est souvent rendu nécessaire dans les études de génétique quantitative : c’est en particulier le cas pour l’évaluation des effets génétiques d’une sélection à niveaux indépendants sur plusieurs caractères corrélés, pour certaines méthodes d’analyse de caractères discontinus ou pour certaines études de sélection portant sur des effectifs limités. Les méthodes de Dutt et de Deak peuvent satisfaire une grande partie des besoins des généticiens. Celles-ci sont présentées dans cet article et leur précision est analysée de façon détaillée. Il apparaît que la méthode de Dutt est remarquablement précise pour les dimensions 1 à 5, sauf lorsque les seuils de troncature ou les corrélations entre variables sont très élevés en valeur absolue. La méthode de Deak, moins précise, convient mieux pour les dimensions supérieures (de 6 à 20) et d’une manière générale pour toutes les situations où la méthode de Dutt est inadéquate.

Numerical computation of multivariate normal probability integrals is often required in quantitative genetic studies. In particular, this is the case for the evaluation of the genetic superiorities after independent culling levels selection on several correlated traits, for certain methods used to analyse discrete traits and for some studies on selection involving a limited number of candidates. Dutt’s and Deak’s methods can satisfy most of the geneticist’s needs. They are presented in this paper and their precision is analysed in detail. It appears that Dutt’s method is remarkably precise for dimensions 1 to 5, except when truncation points or correlation coefficients between traits are very high in absolute value. Deak’s method, less precise, is better suited for higher dimensions (6 to 20) and more generally for all the situations where Dutt’s method is no longer adequate.
Le diagnostic génétique appliqué à la sélection animale n’est pas récent, mais des progrès fantastiques ont été réalisés ces dernières années grâce à l’émergence des techniques de biologie moléculaire. L’évolution du nombre d’analyses réalisées par LABOGENA, 45 000 en 1988 pour plus de 100 000 en 1998, est bien la preuve de cet essor. Si deux tiers des activités demeurent traditionnelles, 30 % sont réalisées grâce aux marqueurs de l’ADN et la tendance va encore s’accentuer. La biologie moléculaire permet de réaliser des progrès et d’augmenter les possibilités de diagnostic : les supports biologiques utilisables sont nombreux (sang, poil, peau, viande, embryon, sperme …) ; l’émergence de nouveaux marqueurs polymorphes comme les marqueurs microsatellites de l’ADN permet l’identification et le contrôle de filiations pour de nouvelles espèces (Porc, Chien, Turbot …) ; les diagnostics peuvent être réalisés très précocement par l’analyse directe des variations des gènes impliqués (exemple de la qualité fromagère du lait déterminée sur les futurs reproducteurs mâles) ; les pathologies d’origine génétique peuvent être recherchées par les mutations causales (hyperthermie maligne, tremblante …). Ces informations sur les génotypes aident les sélectionneurs à définir leurs stratégies et permettent d’assurer une bonne gestion des reproducteurs et des populations animales.
Des résultats préliminaires concernant les relations entre les gènes des locus Sla-A, SLA-B et SLA-C du complexe majeur d’histocompatibilité (SLA) du Porc et des caractères de production sont présentés. Cette étude porte sur 344 mâles et 195 femelles des races Large White, Landrace Français et Landrace Belge. Ces trois races diffèrent à la fois par la fréquence des gènes SLA étudiés et par la fréquence de certaines associations gamétiques (haplotypes). Un petit nombre d’associations significatives entre haplotypes SLA et performances de croissance et de carcasse sont mises en évidence : elles concernent en particulier l’haplotype 5.20.4, associé à de moins bonnes performances de croissance chez le Large White, et l’haplotype 1.15.18, associé à une adiposité accrue de la carcasse chez les Landrace Français et Belge.

Preliminary results on the relationships between the SLA-A, SLA-B and SLA-C genes of the pig major histocompatibility complex (SLA) and production traits are presented. The study is based on 334 males and 195 females from the Large White, French Landrace and Belgian Landrace breeds. These three breeds differ both by the frequency of the SLA genes under study and by the frequency of some gametic associations between them (haplotypes). A small number of significant associations between SLA haplotypes and growth and carcass traits are found : they particularly involve the haplotype 5.20.4, associated with a lower growth performance in the Large White breed, and the haplotype 1.15.18, associated with a higher carcass fatness in the French and Belgian Landrace breeds.
Cet article fait le point sur un certain nombre de problèmes qui surviennent lors de l’estimation de variances hétérogènes dans des modèles linéaires mixtes gaussiens. On considère le cas d’un ou plusieurs facteurs d’hétéroscédasticité. On développe des algorithmes EM-REML et bayésiens. On propose également un modèle linéaire mixte structurel des logarithmes des variances qui permet de mettre en évidence des sources significatives de variation des variances résiduelles et génétiques et d’appréhender leur importance et leur mode d’action.

This paper reviews some problems encountered in estimating heterogeneous variances in Gaussian linear mixed models. The one-way and multiple classification cases are considered. EM-REML algorithms and Bayesian procedures are derived. A structural mixed linear model on log-variance components is also presented, which allows identification of meaningful sources of variation of heterogeneous residual and genetic components of variance and assessment of their magnitude and mode of action.
On décrit l’approche adoptée pour gérer la variabilité génétique au moment de la procréation des jeunes taureaux, (phase amont), la mise en testage, de l’utilisation des taureaux de service (phase aval) et du choix des taureaux à l’issue du testage (phase agrément). L’objectif est de minimiser la parenté moyenne deux à deux dans la population existante augmentée des produits à naître des accouplements programmés, tout en fixant le niveau génétique moyen de ceux-ci à une valeur souhaitée. Des tests a posteriori en vraie grandeur sont effectués sur les races Holstein, Montbéliarde, Normande. Par rapport aux accouplements effectivement réalisés, l’optimisation permet de réduire les parentés moyennes de l’ordre de 20 à 30 % (phases amont et aval), en gardant le niveau génétique moyen observé. L’agrément optimisé rejette une fraction importante des taureaux déjà agréés et par contre admet des taureaux qui n’ont pas reçu l’agrément. On analyse également les possibilités offertes par l’utilisation d’un index de synthèse pénalisé pour la parenté.

This paper describes the methodological approach followed for managing genetic variability in selected dairy cattle populations, whenprocreating young bulls (upward step), using service bulls (downward step) and selecting recently progeny-tested bulls (approval step).The objective was to minimize the average pairwise kinship coefficient in the existing population augmented by the individuals to be bornfrom the planned matings, while setting their average genetic level to a pre-defined value. A posteriori full scale tests are carried out onthe Holstein, Montbéliard, Norman breeds. In comparison with the most recent actual matings, the optimization method reduced the averagekinship coefficients by about 20 to 30 % (upward and downward steps), while maintaining the average genetic level to its observedvalue. Optimized approval rejects an important proportion of the bulls already approved and accepts some new bulls, previously dismissed.The potential of using an overall EBV penalized for coancestry was investigated.
Parmi les aptitudes bouchères, la vitesse de croissance musculaire représente le principal objectif de sélection pour améliorer l’efficacité de la production de viande bovine au niveau de l’éleveur, de l’engraisseur et du boucher. A cette fin, il est possible d’utiliser les races à viande spécialisées qui possèdent simultanément une forte vitesse de croissance et une teneur en muscle élevée. Vu l’importante variabilité génétique intra-race (coefficients d’héritabilité élevés) il est également possible d’améliorer la croissance musculaire par sélection, si toutefois la composition corporelle des animaux peut être estimée correctement. Les qualités de la viande font partie des objectifs d’amélioration des seuls transformateur et consommateur et ne sont pas prises en considération, jusqu’à présent, dans les programmes d’amélioration génétique des aptitudes bouchères. Les études de comparaison de races ou les estimations d’héritabilité intra-race montrent qu’il existe une variabilité génétique non négligeable des qualités de la viande, bien que nettement plus faible que celle de la croissance musculaire. Parmi les différents critères de qualité, ceux liés à la tendreté expriment la plus grande variabilité génétique. Les relations génétiques entre les qualités de la viande et la croissance musculaire estimées entre races ou intra-race ne permettent pas de conclure sur une possible modification de la tendreté lors d’une sélection sur la croissance musculaire.
Cet article présente des techniques d’estimation des paramètres intervenant dans des modèles mixtes ayant des rapports de variance constants et des variances résiduelles décrites par un modèle linéaire de leurs logarithmes. Les paramètres de dispersion sont estimés par le maximum de vraisemblance classique (ML) et restreint (REML). Les équations à résoudre pour obtenir ces estimations sont établies à partir de l'algorithme d’espérance-maximisation conditionnelle (ECM) et d’une version simplifiée dite du gradient ECM. Des approches directe et indirecte sont proposées, cette dernière conduisant à un test d’hypothèse sur le rapport de variances. La théorie est illustrée par l’analyse numérique d’un petit exemple.

This paper presents techniques of parameter estimation in heteroskedastic mixed models having constant variance ratios and heterogeneous log residual variances that are described by a linear model. Estimation of dispersion parameters is by standard (ML) and residual (REML) maximum likelihood. Estimating equations are derived using the expectation-conditional maximization (ECM) algorithm and simplified versions of it (gradient ECM). Direct and indirect approaches are proposed with the latter allowing hypothesis testing about the variance ratios. The analysis of a small example is outlined to illustrate the theory.
Les études floristiques des prairies permanentes de Basse-Normandie ont été très nombreuses depuis 50 ans. Alors que les travaux de la recherche montrent l'impact de la flore prairiale sur la qualité des produits laitiers, il a semblé important de dresser l'inventaire des espèces et des communautés végétales prairiales rencontrées dans cette région qui produit 5 AOC laitières. En rassemblant relevés phytosociologiques et agronomiques par une méthode propre de conversion, une base de données de 2 436 relevés floristiques a été constituée. Les prairies permanentes bas-normandes présentent une forte diversité floristique : 612 espèces prairiales dont 61 espèces de graminées, 45 de légumineuses et 506 de "diverses". Il existe un "fonds prairial" commun aux différents bassins de production laitière de cette région (11 espèces présentent une fréquence comprise entre 50 et 80%), mais la diversité floristique peut être considérable dans certaines zones (le nombre d'espèces y étant voisin de 300). 45 communautés végétales ont été identifiées. Certaines communautés d'amplitude écologique large sont répandues sur tout le territoire bas-normand. C'est surtout par le cortège très riche de plantes diverses que la Basse-Normandie peut se singulariser.

There has been a large number of studies of the floristic diversity in the permanent pastures of Lower Normandy during the latter half of the past century. Presently, when the consumers show a strong renewed interesting the products linked to local peculiarities and when the quality of dairy products has been shown by recent research work to be influenced by the grassland flora, it seemed useful to sum up all past studies and set up an inventory of the species and grassland communities present regionally; Lower Normandy has five dairy labels of origin ('AOC') for dairy products; the present study makes objective data available on the specific features of the pastures of Lower Normandy. By collecting phytosociological and agronomical surveys with a specific conversion method, it was possible to set up a data base with 2436 floristic surveys. The floristic diversity of the permanent pastures in Lower Normandy is large, with a total of 612 pasture species, viz. 61 grasses, 45 legumes, and 506 'forbs', the latter comprising both monocotyledons and dicotyledons. There is indeed a common 'botanical background' in the various dairy production basins of this region (11 species have a frequency between 50 and 80 %); nevertheless, there is a considerable floristic diversity in certain zones (with a number of species approaching 300 there). A total of 45 different plant communities were identified. Some of them, with a wide ecological range, are to be found on the whole of Lower Normandy. It is mainly the very rich accompaniment of forbs which gives Lower Normandy its singular character.
Cet article compare 3 procédures statistiques en vue de la formulation d’énoncés probabilistes relatifs à la valeur génétique transmise de pères testés sur descendance pour un caractère polygénique tout-ou-rien. La méthode I repose sur le modèle bêta binômial alors que les méthodes II et III découlent d’approches bayésiennes du modèle à seuils de S. Wright. Une application concernant la borne inférieure de la valeur génétique transmise de pères d’élite présentant un taux de gémellité élevé chez leurs filles est présentée. Une bonne concordance des résultats entre méthodes est observée. La flexibilité de ces différentes méthodes vis-à-vis de structures de données plus complexes est abordée en discussion.

This paper compares three statistical procedures for making probability statements about the true transmitting ability of progeny-tested sires for an all-or-none polygenic trait. Method I is based on the beta binomial model whereas methods II and III result from Bayesian approaches to the threshold-liability model of Sewall Wright. An application to lower bounds of the transmitting ability of superior sires with a high twinning rate in their daughter progeny is presented. Results of different methods are in good agreement. The flexibility of these different methods with respect to more complex structures of data is discussed.
Cet article présente la théorie et les principales caractéristiques du modèle multiplicatif d’action des gènes. Une décomposition formelle de la moyenne et de la variance génotypique permet d’établir les relations entre les paramètres statistiques de ce modèle et ceux issus de la décomposition factorielle de l’effet des gènes en effets additifs, de dominance et d’épistasie. Une formule générale de la covariance entre apparentés dans une population consanguine en équilibre de liaison est proposée. On montre que les composantes épistatiques de la variabilité génétique peuvent être négligées ; le modèle multiplicatif devient alors un modèle pseudo-additif, l’approximation ne supprimant pas la forte liaison entre moyenne et variance. Les similitudes et les différences entre le modèle polygénique « additif-dominance » classique et le modèle multiplicatif d’action des gènes sont discutées et illustrées par des exemples dans le cas biallélique.

This paper reviews basic theory and features of the multiplicative model of gene action. A formal decomposition of the mean and of the genotypic variance is presented. Connections between the statistical parameters of this model and those of the factorial decomposition into additive, dominance and epistatic effects are also emphasized. General formulae for the genotypic covariance among inbred relatives are given in the case of linkage equilibrium. It is shown that neglecting the epistatic components of variation makes the multiplicative model a pseudo-additive one, since this approximation does not break the strong dependency between mean and variance effects. Similarities and differences between the classical polygenic ’additive-dominance’ and the multiplicative gene action approaches are outlined and discussed. Numerical examples for the biallelic case are produced to illustrate that comparison.
Des critères de précision globale d’une évaluation génétique utilisant la méthodologie du modèle linéaire mixte sont présentés. Leur dérivation utilise une extension du coefficient de détermination à des combinaisons linéaires d’estimées, ainsi que l’information de Kullback. Un parallèle entre inestimabilité de contrastes pour les effets fixés et existence de contrastes à coefficient de détermination nul pour les effets aléatoires est établi. La procédure est illustrée par 2 petits exemples ,fictifs, un modèle animal et un modèle père.

Some criteria for measuring the overall precision of a genetic evaluation using linear mixed-model methodology are presented. They are derived via an extension of the coefficient of determination to linear combinations of estimates and via the use of the Kullback information. A parallel is drawn between inestimability of fixed-effects contrasts and the zero coefficient of determination for contrasts of random effects. The procedure is illustrated with 2 minor hypothetical examples of genetic evaluation based on an animal model and on a sire model.
L’amélioration de la santé des cheptels est une composante essentielle du développement durable des filières aquacoles. La sélection d’animaux résistants aux différents organismes pathogènes rencontrés en élevage est une des stratégies possibles, complémentaire des approches prophylactiques, médicamenteuses ou vaccinales qui sont parfois difficiles à mettre en œuvre. L’analyse de la littérature scientifique permet en effet de conclure qu’il existe, dans les espèces et populations de mollusques et de poissons, une variabilité génétique de la résistance potentiellement exploitable par sélection. Les conditions d’exploitation de ce potentiel sont analysées. Pour des caractères complexes comme la résistance aux maladies, la mise au point de « marqueurs » susceptibles de fournir de l’information sur la valeur génétique des individus sans recourir à l’épreuve par le pathogène serait une aide précieuse pour mettre la sélection en pratique. Les travaux et perspectives dans ce domaine sont présentés, et leurs répercussions sur les stratégies possibles d’amélioration génétique discutées dans le contexte des filières aquacoles françaises.

Controlling health of livestock has become of considerable importance to the aquaculture industry. Selective breeding of animals with increased resistance to pathogens is likely to complete efficiently the use of drugs, vaccines or prophylactic approaches that may be difficult to implement. A review of the scientific literature shows that the prospect of selecting for increased resistance is quite hopeful in both molluscs and fish. Yet, selecting for disease resistance is hampered by the difficulty to measure the resistance of individuals. Prospects for the development of « markers » that would predict the genetic merit of individuals without pathogen challenge are presented. The breeding schemes that may be implemented for fish and molluscs in the French industry are discussed.
Cet article généralise la méthode donnée par OLLIVIER (1974) pour estimer la régression parent-descendant au cas où plusieurs mesures du même caractère, en nombre variable, sont prises par parent. La méthode proposée repose sur un changement de variable parentale. Une application numérique est présentée.

This paper extends the method given by OLLIVIER (1974) for estimating the parentoffspring regression when different numbers of records on the parents are available. The method presented is based on a change of the parent variable. A numerical application is given.
Il est maintenant bien établi que le vieillissement est lié à l’apparition de troubles cognitifs. Ces altérations mnésiques liées à l’âge peuvent être mises en évidence à la fois chez l’Homme et l’animal. Plusieurs études ont évoqué le rôle bénéfique des polyphénols sur les fonctions mnésiques et en particulier sur le déclin cognitif lié à l’âge. Le projet Neurophenols a permis de mettre au point un mélange de polyphénols extraits de raisins et de bleuets (PEGB) et d’objectiver son rôle bénéfique sur le déclin cognitif lié à l’âge au niveau préclinique et clinique. Au niveau préclinique, chez la souris, la consommation de PEGB par voie alimentaire permet de normaliser les performances d’apprentissage et de mémoire dépendant de l’hippocampe, altérées au cours du vieillissement. Cet effet bénéfique est aussi mis en évidence sur l’expression de marqueurs moléculaires impliqués dans la plasticité synaptique et la neurogenèse hippocampique, processus qui sous-tendent les processus mnésiques. Ces résultats précliniques prometteurs ont été prolongés par une étude d’intervention nutritionnelle chez l’homme pour l’évaluation des effets de PEGB sur la mémoire de sujets âgés.
Les initiatives individuelles qui ont vu le jour dans le domaine d'Internet ces derni?res ann?es en papyrologie prennent un aspect particuli?rement int?ressant d?s lors qu'elles sont mises en relation entre elles. J'en veux pour preuve l'exemple de la base de donn?es en ligne Mertens-Pack3 d?velopp?e ? Li?ge par le CEDOPAL que dirige Mme Marie-H?l?ne Marganne, et qui int?gre d?sormais des liens vers les sites web proposant la consultation en ligne des photographies de papyrus. C'est sur ce site que je consultais comme on feuillette un livre, que j'ai cliqu? sur le lien menant ? la photographie du P. Genav. inv. 95. L? encore, il faut reconna?tre l'admirable travail r?alis? par l'?quipe de chercheurs qui a mis en place le catalogue informatis? de la Biblioth?que Publique et Universitaire de Gen?ve sous la direction du Prof. Paul Schubert. J'ai ainsi d?couvert que le fragment MP3 571 (P. Genav. inv. 95)1 n'?tait autre que l'un des fragments constituant le MP3 572 que j'avais ?dit? en 20032. Il convient donc de combler d?s aujourd'hui cette lacune. Par ce raccord, l'ensemble des fragments de ce rouleau restitue d?sormais les restes de 312 vers des 611 qui composent le chant I. Par ailleurs, l'ensemble connu sous le num?ro MP3 572 rejoint maintenant le fragment de Gen?ve sous le num?ro MP3 5713. Ce fragment trouve sa place dans la colonne 2 parmi les fragments de Paris et de Berlin ainsi que le montre le sch?ma suivant :
Une sélection à niveaux indépendants est souvent pratiquée dans les programmes génétiques, parce que les animaux extrêmes pour certains caractères sont rejetés, ou parce que les données qui servent à l’évaluation génétique des animaux sont recueillies séquentiellement. L’optimisation,pour un objectif donné, de ces règles de sélection équivaut à la recherche des seuils de troncature qui maximisent l’espérance de I objectif de sélection pour les animaux retenus. Un algorithme général de type Newton est établi pour effectuer cette maximisation pour un nombre quelconque de caractères distribués selon une loi mulinormale et lorsque la probabilité finale d’être retenu est fixée. A partir d’une méthode puissante de calcul d’intégrales de lois multinormales, il a été possible d’entreprendre numériquement le calcul des seuils de troncature quand jusqu’à 6 caractères ou étapes de sélection corrélés sont considérés simultanément. L’extension de cet algorithme à des situations plus complexes, comme la maximisation du progrès génétique annuel sous plusieurs contraintes non linéaires, est illustrée à travers le calcul de règles optimales de sélection des mères à taureau, pères à taureau et pères de service pour la production laitière et pour un caractère secondaire tel que le pointage laitier dans un schéma de sélection typique des bovins laitiers.

Independent culling level selection is often practiced in breeding programs because extreme animals for some particular traits are rejected by breeders or because records on which genetic evaluation is based are collected sequentially. Optimizing these selection procedures for a given overall breeding objective is equivalent to finding the combination of truncation thresholds or culling levels which maximizes the expected value of the overall genetic value for selected animals. A general Newton-type algorithm has been derived to perform this maximization for any number of normally distributed traits and when the overall probability of being selected is fixed. Using a powerful method for the computation of multivariate normal probability integrals, it has been possible to undertake the numerical calculation of the optimal truncation points when up to 6 correlated traits or stages of selection are considered simultaneously. The extension of this algorithm to the more complex situation of maximizing annual genetic response subject to nonlinear constraints is demonstrated using a dairy cattle model involving milk production and a secondary trait such as type. Consideration is given to three of the four pathways of selection: dams of bulls; sires of bulls; and sires of cows.
Cet article décrit une approche permettant d’estimer les composantes de variance-covariance entre milieux dans le cas de corrélation intra-classe homogènes entre milieux, sans faire d’hypothèse sur les corrélations génétiques entre milieux pris 2 à 2. Un algorithme itératif d’espérance-maximisation (EM), comparable à celui décrit par Foulley et Quaas (1994), est proposé pour calculer les estimations du maximum de vraisemblance restreinte (REML) des composantes résiduelles et familiales de variance covariance. Trois paramétrisations différentes (coordonnées cartésiennes, polaires et sphériques) sont proposées pour calculer les estimateurs EM-REML sous le modèle réduit (les corrélations intra-classe sont supposées toutes égales à une même constante). Cette procédure est illustrée par l’analyse de données simulées.

This paper describes a further contribution to the problem of testing homogeneity of intra-class correlations among environments in the case of univariate linear models, without making any assumption about the genetic correlation between environments. An iterative generalized expectation-maximization (EM) algorithm, as described in Foulley and Quaas (1994), is presented for computing restricted maximum likelihood (REML) estimates of the residual and between-family components of variance and covariance. Three different parameterizations (cartesian, polar and spherical coordinates) are proposed to compute EM-REML estimators under the reduced (constant intra-class correlation between environments) model. This procedure is illustrated with the analysis of simulated data.
Nous décrivons l'intérêt de l'utilisation des référentiels pour décrire et organiser des métadonnées de documents d'archives. Après avoir défini les termes, nous étudions plusieurs exemples de référentiels de plusieurs types de données. Enfin, nous regardons comment, grâce aux outils (et leurs liens), il est possible d'envisager une nouvelle manière d'utiliser les archives.