nglaura/hal-summarization huggingface dataset:
L’élevage allaitant a aujourd’hui pour défi de produire en quantité et en qualité tout en étant davantage respectueux de l’environnement. Les travaux conduits dans ce projet s’inscrivent dans cette problématique et visent à caractériser les différents bilans « production- environnement » en fonction des différents fonctionnements mis en œuvre dans les principaux systèmes bovin viande de la zone charolaise du Centre de la France. Ces travaux ont mis en évidence les impacts des pratiques mises en œuvre par les éleveurs (systèmes fourragers et types d’animaux produits) et des structures (parcellaire) sur les trois principaux facteurs de consommation d’énergie et qui contribuent aux émissions de GES dans les exploitations bovin viande (carburant, alimentation et fertilisation). Ils ont montré que les systèmes bovins viande, qu’ils soient naisseurs ou naisseurs engraisseurs, basés sur l’herbe dans un même contexte pédoclimatique, pouvaient avoir des impacts environnementaux différents (consommations d’énergie, émissions de GES et occupation de l’espace) en lien avec les stratégies de gestion animale et fourragère mises en œuvre, elles-mêmes dépendantes de la surface disponible pour le troupeau et de la nature des couverts.

The present challenge of suckling cows operations is to produce in quantity and quality while being more respectful of the environment. The work carried out in this project fit into this issue and aimed to characterize the different trade-offs 'production-environment' based on different operations being implemented in major beef cattle systems of the Charolais area of the Centre of France. This work highlighted the impacts of the practices implemented by farmers (feed systems and types of animal products) and field structures on the three main factors of energy consumption and emissions of GHG in farms bovine meat (fuel, food and fertilizer). They showed that beef cattle systems, breeder or breederfattener, based on grassland in the same soil context, could have different environmental impacts (energy consumption, emissions of GHG and occupation of space) in connection with animal and feed management strategies, themselves depending on the area available for the flock and the nature of the swards.
Les acteurs des filières laitières bovine, caprine et ovine françaises se sont regroupés dans le programme PhénoFinlait autour d’un but commun : caractériser la composition du lait en Acides Gras (AG) et protéines afin de la maîtriser. La quantification des AG et des protéines devait être possible à grande échelle et à moindre coût avant d’identifier des leviers permettant d’adapter cette composition à la demande. PhénoFinlait s’est organisé autour de trois objectifs : i) caractériser précisément la composition du lait, ii) phénotyper et génotyper une large population de femelles sur l’ensemble du territoire français et iii) identifier les leviers génétiques et alimentaires permettant de maîtriser cette composition. La spectrométrie dans le Moyen InfraRouge (MIR) a été choisie comme méthode de quantification à haut débit des composants du lait. Elle permet la quantification précise en routine de 15 à 27 AG, des quatre caséines et des deux protéines majeures du lactosérum. Une collecte de données de grande ampleur a été mise en oeuvre dans plus de 1 500 élevages bovins, caprins et ovins. Les données de production laitière, les spectres MIR du lait, les informations sur le stade physiologique des femelles et sur la composition de l’alimentation des troupeaux ont été recueillies. Plus de 12 000 vaches, chèvres et brebis ont été génotypées. Finalement, plus de 800 000 données représentatives des situations de l’élevage français ont été stockées dans une base de données destinée à l’étude du déterminisme génétique de la composition en AG et en protéines du lait, et des facteurs d’élevage l’influençant.

PhénoFinlait gathers together the actors of dairy industries including cattle, sheep and goats; around a common goal: monitoring milk Fatty Acid (FA) and protein composition. Quantifying FA and proteins by a reliable and cheap large-scale method is necessary before identifying the ways to adapt this composition to consumers’ and dairy processors’ demand. The objectives of the project were i) to characterize precisely the milk composition, ii) to phenotype and genotype a large population of females all over France, and iii) to identify the genetic and feeding levers to control this composition. Mid infrared (MIR) spectrometry has been chosen to quantify milk FA and proteins. With this method, the four caseins, the two main whey proteins, and 15 to 27 FA can be quantified routinely and precisely. A large-scale data collection has been carried out in more than 1,500 commercial dairy cattle, goat and sheep farms. Dairy production, MIR spectra, female physiological stages, and composition of the diet were collected. More than 12,000 cows, goats and ewes were also genotyped. Finally, more than 800,000 representative data are stored in a database for the study of the genetic determinism of milk FA and protein composition, and the impact of husbandry.
Après un rappel de l’origine digestive et métabolique des acides gras et des composés vitaminiques du lait, cet article relate l’effet des principaux facteurs alimentaires sur leur concentration. L’herbe pâturée, par rapport à des rations hivernales, diminue les teneurs du lait en acides gras saturés au profit des acides gras trans et polyinsaturés dont le C18:3n-3 et le CLA-c9t11. Les supplémentations des rations des vaches laitières en lin ou en colza augmentent les teneurs du lait en acides gras trans et légèrement en CLA-c9t11, à court terme et aussi à long terme. Le lin produit des laits plus riches en C18:3n-3 et plus pauvres en C18:1-c9 que le colza. Des réponses différentes existent en fonction de l’interaction entre la nature des fourrages, la teneur de la ration en amidon et le type d’oléagineux. Les tannins ou les huiles essentielles ont peu d’influence sur la composition en acides gras du lait. Hormis la vitamine B12, l’ensemble des vitamines dans le lait peut provenir des fourrages ou du concentré et/ou du complément minéral contenant les vitamines A, E et D3. Le ruminant peut également synthétiser les vitamines A, C, B3, et D à partir de précurseurs apportés dans la ration. Les vitamines B et K sont synthétisées par les bactéries ruminales. Les facteurs nutritionnels influençant les concentrations en vitamines dans le lait sont peu documentés, à l’exception de la vitamine A. L’alimentation est néanmoins un levier important permettant d’augmenter la qualité nutritionnelle du lait.

This paper, after summarising the digestive and metabolic origins of milk fatty acids and vitamins, presents the effects of the main nutritional factors on their concentration. Grazed grass, when compared to winter diets, decreased the milk content of saturated fatty acids, in favor of trans and polyunsaturated fatty acids, including C18:3n-3 and c9t11-CLA. Short- and long-term supplementation of dairy cow diets with linseed or rapeseed increased the milk content of trans fatty acids and slightly c9t11-CLA. Cows fed linseed produced milks richer in C18:3n-3 and poorer in c9-C18:1 than those fed rapeseed. The responses depend on interactions among the nature of the forage, starch content and oilseed nature. The addition of tannins or essential oils has little influence on milk fatty acid composition. Except for the B12 vitamin, all vitamins present in milk can originate from forages or concentrate, and/or mineral premix containing A, E and D3 vitamins. The ruminant can also synthesize A, C, B3, and D vitamins from dietary precursors. The B and K vitamins are synthesized by rumen bacteria. The nutritional factors altering milk vitamin concentrations are not well documented, except for vitamin A. Nevertheless, feeding is an important tool to improve milk nutritional quality.
Les avancées technologiques récentes en biologie permettent la production de grandes quantités de données capables de décrire de plus en plus finement les phénotypes. Pour traiter en masse ces informations à l’aide de programmes informatiques et comparer les phénotypes provenant d’études différentes, il est indispensable de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les caractères phénotypiques auxquels pourront se référer des utilisateurs variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, producteurs…). L’absence d’un tel référentiel pour les animaux d’élevage a conduit l’Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, à mettre en place une ontologie nommée ATOL (« Animal Trait Ontology for Livestock »). Celle-ci vise à définir les caractères phénotypiques des animaux d’élevage en les organisant en catégories, autour des performances (efficacité alimentaire, fer- tilité), des produits (production laitière, de viande, d’œufs, de foie gras) et des préoccupations sociétales (bien-être animal) se rappor- tant aux productions animales. Cet article explique les motivations à l’origine du projet, les objectifs poursuivis, la démarche adop- tée et son originalité, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en accès libre sur la toile, soit largement utilisée pour référencer les caractères utilisés dans les publications et les bases de données, et ce pour favoriser une fouille bibliographique précise, facilitant ainsi l’intégration des informations à des fins de biologie systémique et prédictive.

Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes more accurate the description of phenotypes. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The absence of such a language/reference for livestock species led Inra, in collaboration with its international partners, to develop an ontology that was called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims were to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available on the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.
Cette étude a été menée dans le cadre du projet ECOLAGNO s’intéressant à la production de viande d’agneau selon des pratiques agro-écologiques. Deux essais conduits sur deux années consécutives par le Centre Interrégional d’Information et de Recherche en Production Ovine (CIIRPO) avaient pour objectif de mesurer l’impact du mode de finition des agneaux, à l’herbe ou en bergerie, sur les qualités gustatives et nutritionnelles de la viande, ainsi que sur les aspects zootechniques. En 2016 et 2017, trois lots de 30 agneaux à l’herbe, allaités puis sevrés à 125 jours, ont été comparés. Le témoin était fini en bergerie avec un aliment concentré, les deux autres au pâturage dans l’objectif de finir les agneaux exclusivement avec de l’herbe : l’un en pâturage continu sur des parcelles multi-espèces composées de graminées, légumineuses et plantes riches en tanins ; l’autre en pâturage cellulaire. Les performances zootechniques et les qualités de la carcasse des agneaux sont peu différentes entre les trois lots. L’économie de concentré s’est située en moyenne à 50 kg brut par agneau avec une finition à l’herbe. Il n’y a pas eu de dégradation de l’odeur ou de la flaveur des côtelettes lors des finitions au pâturage ; en revanche, le profil en acides gras des viandes a été amélioré.

This study was carried out within the framework of the ECOLAGNO project which focuses on lamb meat production according to agro ecological practices. Two experiments were conducted for two successive years by the interregional center of information and research on ovine production (CIIRPO) in order to measure the effect of the type of lamb fattening on sensory and nutritional qualities of their meat, and on breeding performances. In 2016 and 2017, three groups of 30 suckled lambs on pasture, weaned at 125 days of age, were compared. The control group was fattened with concentrated feed indoors and the other two groups were grass-fed in order to finish lambs only on grass, either within a continuous grazing system on plots with multispecies crops such as grass, legumes and tannin-rich plants or with cellular grazing. There were little differences between the three groups for lamb breeding performances and carcass qualities. On average 50 kg RM of concentrated feed were saved per lamb fattened on pasture. Grazing did not alter odor or flavor of lamb chops. However, the fatty acid profile of meat was improved for grass-fed animals.
Le Teagasc (institut irlandais de recherche-développement en agriculture) a organisé un workshop de la Commission Economique des Nations Unies pour l’Europe (CEE-ONU) sur la qualité sensorielle de la viande et la classification des carcasses ovines et bovines pour une meilleure satisfaction des consommateurs et la diffusion des normes de la CEE-ONU. Le workshop a également été soutenu par le “Meat Livestock Australia” (MLA). Par ailleurs et en parallèle, une formation a été organisée pour les participants intéressés par les marchés de la viande, la qualité de la production et les normes (de la CEE-ONU notamment) pour le commerce international. Ce workshop a eu lieu avant le 63ème Congrès International de la Science et de la Technologie des Viandes (ICoMST) et est, en partie, la continuité de workshops comparables préalablement organisés en Corée du Sud et en France à l’occasion des 56ème et 61ème ICoMST respectivement. Ce workshop a rassemblé 118 experts du secteur public ou du secteur privé (chercheurs, professionnels de la viande, etc) intéressés par le classement de la viande bovine et ovine selon son niveau de qualité. Les présentations des orateurs invités sont disponibles sur le site http://www.unece.org/index.php?id=45629. Les objectifs de ce workshop étaient de faciliter les collaborations internationales à venir sur l’évaluation de la qualité sensorielle et les initiatives professionnelles permettant le classement des carcasses afin de satisfaire les consommateurs de viande bovine et ovine. Ce workshop avait aussi pour objectif de faciliter le développement des marchés durables et l’intégration des pays d’Asie centrale ou des Balkans dans le marché mondial.

Teagasc (Irish R&D institute in agriculture) hosted a United Nations Economic Commission for Europe (UNECE) workshop focusing on eating quality, beef and lamb carcass grading to underpin consumer satisfaction and the implementation of UNECE standards. The workshop was also supported by Meat Livestock Australia (MLA). In addition and in parallel, a training workshop was organized for participants interested in meat markets, quality production and standards for international meat trade particularly, the UNECE standards. This workshop took place before the 63rd International Congress of Meat Science and Technology (ICoMST) and is, in part, a follow up to similar workshops held in the Republic of Korea and France associated with the 56th and 61st ICoMST respectively. This workshop provided a dedicated forum bringing together researchers with an interest in beef and lamb grading for eating quality. The Conference gathered 118 public and private experts including regulators, scientists and meat professionals. The presentations by the note speakers are available on http://www.unece.org/index.php?id=45629. The objectives of the workshop were to facilitate further the international collaboration on sensory evaluation and industry systems underpinning carcass grading for consumer satisfaction of cooked beef and lamb. It also aimed to facilitate the development of sustainable meat markets and the integration of Central Asian and Balkan countries into international meat trade.
Analysis. The young rabbit, like all young mammals, has to deal with digestive disorders around the weaning period. In breeding, it is desirable to reduce the risk of digestive disorders (diarrhoea) without using drugs, including preventive antibiotic practices. INRA has conducted an ambitious research program in collaboration with ITAVI and the main animal feed companies (federated in a group "GEC"). These works have shown that a good control of the post-weaning feed intake reduces the risk of digestive diseases while improving feed efficiency. In terms of impacts, this lead in both a reduction in the losses of rabbits growing (720000 rabbits saved / year or 30M€ over 2005-2015), a reduction in the use of drugs (-50% antibiotics used against digestive disorders) and by a reduction in food costs (+ 5% of feed efficiency, or 40M€ in savings between 2005-2015). This temporary restriction of the intake after weaning also impacted favourably the environment (-9% of global warming potential,-11% of eutrophication potentials and-12% of acidification, and-10% occupation of agricultural areas). This practice therefore combines economic, environmental and social benefits. Contexte et introduction Chez le jeune mammifère, la réussite du sevrage déterminera sa santé et sa croissance ultérieure. Mais le sevrage est aussi une phase de forte sensibilité aux troubles digestifs, que ce soit chez l'homme, le porcelet, le veau, ou le jeune lapin entre 4 et 9 semaines d'âge. Les pathologies digestives infectieuses sont en effet la principale cause de mortalité post-sevrage chez le lapin (Marlier et al. 2003). En outre, depuis la première épidémie d'entéropathie épizootique du lapin (EEL) en 1997, le contrôle des maladies digestives autour du sevrage est devenu encore plus difficile en cuniculture. Pour lutter contre ce risque, les vétérinaires ont souvent recours aux antibiotiques, en approche métaphylactique (traitement d'un lot d'animaux dans lequel un ou quelques individus sont malades, risquant ainsi de contaminer leurs congénères) voire prophylactique ("préventif": traitement d'un lot d'animaux, qui ont un risque élevé de maladie, avant apparition des premiers symptômes. La recherche d'alternatives aux antibiotiques est spécialement importante en filière cunicole, car du fait de son faible poids économique (2% des productions animales), elle est très sensible au contexte économique et sociétal, et ne reçoit aucune subvention nationale ou Européenne. Cette filière en France concerne actuellement environ 1000 professionnels (+ environ 500 emplois indirects), et permet une réelle diversification de l'offre en produits animaux de haute qualité nutritionnelle. La question de l'usage de médicaments vétérinaires, déjà au coeur des préoccupations de la filière cunicole, s'est renforcée ces dernières années face à une forte demande sociétale. En effet, en 2009, l'ANSES a montré que la consommation de médicaments vétérinaires (Chevance et Moulin 2009) était particulièrement élevée en cuniculture, sachant qu'environ la moitié des antibiotiques sont dirigés pour les pathologies digestives du lapin en croissance.
La viande et la chair de poisson constituent une source essentielle de protéines, de vitamines et de micronutriments pour l’alimentation humaine. Les produits carnés représentent une activité économique importante au niveau mondial ; le niveau et l’évolution de leur consommation varient fortement selon les espèces et les zones géographiques. Le volume des productions doit répondre à l’accroissement de la population mondiale, tout en considérant les composantes environnementales, sociétales et économiques du développement durable. Cet article constitue une introduction générale au numéro spécial « Le muscle et la viande ». Il définit les principales composantes de qualité des carcasses, de la viande ou de la chair communes aux différentes espèces animales. Dans les articles suivants les principales filières (bovin, ovin, porc, poulet, poisson) sont présentées : production, consommation, problèmes de qualité spécifiques et attentes des acteurs, enjeux et questions de recherche prioritaires.

Meat and fish flesh are important suppliers of proteins, vitamins and micronutrients in the human diet. Meat and fish products play an important economic role at the world level. The level and evolution of consumption highly differs according to species and geographical areas. Production level needs to fulfill the increasing population worldwide, while considering the environmental, societal and economic components of sustainable development. This manuscript presents a general introduction of the main common quality components of carcasses, meat and fish flesh. In the next papers, each main meat/flesh chain (cattle, sheep, pork, poultry and fish), is described: production, consumption, specific meat quality components and expectations of chain actors, main issues and research topics.
Les exigences de la qualité relèvent des mêmes droits des consommateurs au Sud comme au Nord. Toutefois le contexte des pays du Sud tant en termes de conditions climatiques que sociologiques ou économiques induit des positionnements différenciés. Les contextes du Sud renvoient à la nécessité de mettre en place des systèmes de contrôle parfois spécifiques et de réfléchir à l’obligation d’établir des normes en fonction des marchés visés. La caractérisation des produits animaux spécifiques aux pays tropicaux (par exemple la viande des animaux créoles aux Antilles ou lait de chamelle au Moyen-Orient) est une étape pour aborder justement la question des normes applicables dans les pays du Sud. La qualité devient dès lors une construction sociale pouvant efficacement s’appuyer sur une approche participative impliquant tous les acteurs d’une filière. Enfin, il convient de distinguer les niches du marché visé, international, local ou régional, les pays du Sud sachant s’adapter en fonction de ceux-ci comme le montre l’exemple du marché du bétail de l’Afrique Australe.

The requirements of quality concern the same regulations for the consumers of the South as well as the North. However, the contextof southern countries in terms of climatic conditions as well as sociological or economic leads to differentiated positions. The contextof the South returns to the need for setting up specific control systems, and for establishing standards according to the concernedmarkets. The characterization of the livestock products specific to tropical countries (for example creole animal meat in the WestIndies or camel milk in the Middle East) is a step to precisely tackle the question of the standards applicable in southern countries. Quality consequently becomes a social construction effectively being be based on a participative approach implying all the stakeholdersof a sector. Lastly, it is advisable to distinguish the niches from the market concerned, international, local or regional, withsouthern countries being able to adapt accordingly as with the cattle market in southern Africa.
Après un aperçu des cheptels de ruminants élevés en France et dans l'Union Européenne, les caractéristiques des espèces qui influent sur les possibilités de mettre en oeuvre des programmes d'amélioration génétique et sur leur efficacité sont mentionnées. L'accent est mis sur les conséquences des paramètres de la reproduction, sur la nécessité d'une organisation rigoureuse et sur la diversité des situations rencontrées, entre espèces, races, territoires et filières. Les perspectives offertes par le développement en cours de la sélection génomique sont brièvement évoquées.
Avec l’objectif de compléter ses outils actuels, le Cati Sicpa a décidé de faire une enquête sur les conditions d’ambiance, au sein des Installations et Unités Expérimentales de l’Inra des Départements GA (Génétique Animale) et Phase (Physiologie Animale et Systèmes d’Élevage), pour mieux connaître l’existant et commencer l’analyse des besoins. Deux campagnes d’enquête se sont ainsi déroulées lors de ces derniers mois. Ces visites sur les sites montrent une grande diversité de situations. Elles révèlent aussi des besoins à couvrir pour mieux prendre en charge cette thématique. Les développements à mettre en oeuvre sont ensuite évoqués.
L'innovation est souvent mise en avant comme une réponse attendue aux grandes questions sociétales. Dans les faits, le processus est plus complexe. Il mobilise un réseau d'acteurs qui, à partir d'un élément de créativité, élabore une réponse dans un contexte donné et destinée à une population bien ciblée. Qu'en est-il lorsqu'il s'agit de l'appliquer aux systèmes fourragers ? A partir de l'analyse i) des enjeux technico-économiques et environnementaux et ii) de l'évolution du contexte global (climatique, socio-économique), un exercice de réflexion ciblé sur les systèmes fourragers a permis de dégager quelques pistes en rupture avec l'existant. Une meilleure compréhension du fonctionnement des écosystèmes naturels ouvre des pistes d'innovation. Par exemple, la diversification des services rendus par les systèmes fourragers permet d'aborder sous un angle nouveau les questions d'autonomie fourragère, d'utilisation plus parcimonieuse des ressources ou de réduction de la vulnérabilité aux aléas (climatiques ou économiques). Les démarches à privilégier pour conduire et évaluer l'innovation dans ce domaine doivent reposer sur des références scientifiques solides et intégrer sur une co-construction précoce avec les acteurs concernés.
Le début de la cryoconservation d’embryons de mammifères remonte aux années 70. Depuis, les techniques se sont multipliées et diversifiées pour essayer de répondre aux problèmes que posaient certaines espèces, certains stades de développement embryonnaire et les embryons fragilisés comme les embryons produits in vitro, issus de clonage ou encore les embryons biopsiés. Sont principalement utilisées, la congélation lente qui est basée sur l’équilibration progressive entre les cryoprotecteurs et le compartiment aqueux de l’embryon, la vitrification qui transforme rapidement la phase liquide du cytoplasme embryonnaire en phase solide amorphe appelée « état vitreux », et l’OPS (Open Pulled Straw) qui est une vitrification très rapide. Chaque technique a ses avantages et ses inconvénients, mais la congélation lente est actuellement la technique de référence sur le terrain en ovin, caprin et bovin avec des embryons produits in vivo. Par contre, pour les porcins, seule la technique d’OPS permet une bonne cryconservation des embryons. Dans l’espèce équine, aucune technique ne donne de très bons résultats : les poulains nés après transfert d’embryons cryoconservés sont encore rares.

Cryopreservation of mammalian embryos was developed during the late 1970s. Since then, the cryopreservation techniques have been diversified and improved to try to cryopreserve embryos from most species, at different developmental stages, and more sensitive embryos such as in vitro produced, cloned or biopsied embryos. Slow freezing (or equilibrium freezing) and vitrification are the main cryopreservation techniques commonly used. Slow freezing attempts to maintain a delicate balance between cryoprotectants and the aqueous embryo compartment, whereas the strategy of the vitrification method is a rapid solidification of liquid without ice crystal formation. The OPS technique (Open Pulled Straw) is a faster vitrification process. All techniques offer advantages and disadvantages, but slow freezing is currently the most used on farm applications in sheep, goats and cattle with embryos produced in vivo. In pigs, only the OPS technique allows to cryopreserve embryos with good success. In the equine, none of these different techniques gives good results : only a few foals have been born after transfer of cryopreserved embryos.
Le colostrum joue un rôle indispensable dans la survie du porcelet nouveau-né en lui apportant de l’énergie et une protection immunitaire. La production de colostrum par la truie est très variable et les facteurs l’influençant n’ont pas encore été clairement identifiés. La sécrétion du colostrum intervient autour de la parturition et est susceptible d’être contrôlée par les différentes hormones régulant la gestation, la parturition et l’initiation de la lactation. Chez d’autres espèces, l’influence prépondérante de la prolactine, de la progestérone et du cortisol dans l’initiation de la lactation a déjà été démontrée. L’avancement des connaissances sur la régulation hormonale de la colostrogenèse est une voie prometteuse pour trouver des solutions concrètes en terme de conduite d’élevage qui permettront d’augmenter la production de colostrum de la truie et de réduire la mortalité précoce du porcelet.

Colostrum intake is one of the main factors determining piglets' survival. Colostrum provides to piglet energy and immune protection. However, colostrum production is very variable among sows and factors controlling this production have not been yet clearly identified. Colostrum secretion occurs during parturition and may be influenced by hormones which control pregnancy, parturition and lactation initiation. In other species, the major role of prolactin, progesterone and cortisol in lactation initiation has been yet determined. Understanding the origin of colostrum production variability and hence finding management solutions to increase colostrum production and decrease piglet mortality, may be provided by further research on the endocrine and physiological control of colostrum secretion.
Dans cet article, les principaux stades du développement embryonnaire de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) ont été photographiés et commentés. Plusieurs tables de développement sont déjà disponibles pour cette espèce mais les stades précoces qu’elles décrivent ne correspondent pas exactement à nos observations. Cet article propose une nouvelle table du développement embryonnaire de la truite arc-en-ciel élevée à 10°C en photos.
Dans les Alpes du Nord, une proportion importante de la production laitière est valorisée sous forme de fromages bénéficiant d’une Indication Géographique (AOP ou IGP). Le succès de cette valorisation se traduit de façon nette sur la valorisation du lait à la production, qui est une des plus élevées de France. Au-delà de cet effet net, et dans le cadre de l’évolution du contexte de l’agriculture tant au niveau national (réforme de la Pac) que local (forte urbanisation des Alpes du Nord), nous nous sommes interrogés sur les conséquences directes et indirectes de la présence de ces filières sur les caractéristiques et les évolutions de l’activité laitière et agricole des zones considérées. La présence des filières fromagères, si elle ne semble pas avoir eu d’effets notables sur la dynamique agricole globale, a engendré une très forte spécialisation laitière de l’activité agricole ainsi qu’un meilleur maintien de l’activité laitière dans les contextes à forte urbanisation. Ces effets sont discutés en fonction des modifications actuelles du contexte tant local que national.

In the French northern Alps, a large part of dairy production is processed in cheeses recognized with a Protected Designation of Origin (PDO, PGI). Even though this recognition leads to a well-established value of the bovine milk paid to the producers (it is one of the highest currently paid in France), questions remain on the direct and indirect consequences of the establishment of such PDO supply chains on the local characteristics of milk-production organisation and on its evolution. These questions are to be answered in order to help these chains to maintain their position since global changes (Common Agricultural Policy reform) and local changes (intense urbanisation in the northern Alps) are currently occurring. The establishment of cheese-production chains does not lead to notable consequences on the dynamics of common agriculture (i.e network of farms). Nevertheless, it has brought about a high specialisation of agricultural activity towards milk production as well as a higher preservation of milk farms in highly urbanised areas. These facts concerning the predefined global and local changes are discussed in the subsequent paper.
L'objectif de l'étude était de proposer et évaluer une méthode d'estimation de la qualité de la détection des chaleurs dans un troupeau laitier en se basant sur de l'information objective facilement accessible (dates de vêlage et d'insémination). La première étape a reposé sur le développement d'un modèle de simulation de troupeau laitier. Celui-ci représente les processus biologiques de reproduction (reprise de cyclicité, détectabilité des ovulations, fertilité, mortalité embryonnaire et foetale, ...) ainsi que les éléments de conduite d'élevage (détection des chaleurs, délai postpartum minimum pour inséminer, stratégie de réforme, ...). Ce simulateur a permis de générer des résultats de reproduction (tels que ceux qu'on peut trouver dans les bilans de reproduction) pour des scénarios où avaient été choisis des niveaux variables de sensibilité et de spécificité de la détection en combinaison avec des niveaux variables d'autres paramètres (comme la fertilité, la production laitière, et/ou les règles de conduite du troupeau). La deuxième étape a consisté en une analyse des sorties des simulations par régression multiple pas à pas pour exprimer des équations de prédiction de critères de qualité de détection en fonction des critères présents dans les bilans classiques et de quelques critères supplémentaires exprimés à partir des données permettant de calculer ces bilans. Les critères de qualité de détection prédits sont le % de chaleurs détectables détectées (avant 1ère IA, et après 1ère IA) et le % d'inséminations en l'absence de chaleurs. La troisième étape a consisté à appliquer ces formules de prédiction à un jeu de données provenant de plusieurs milliers d'exploitations pour examiner de manière critique la distribution des résultats estimés. La méthode utilisée a effectivement permis de produire des estimations largement plausibles. Un test d'évaluation complémentaire de la méthode est en cours. D'ores et déjà, une évaluation sur une échelle semi-quantitative semble être l'utilisation à préconiser pour les intervenants en exploitation plutôt que l'usage de valeurs chiffrées très précises. Cette méthode peut aussi servir à cibler des exploitations pouvant faire l'objet de propositions d'analyse-diagnostic plus approfondi.
Cet article est le second de deux articles constituant un état des lieux de la production d’ovins-viande en France. Ils sont tirés du chapitre consacré aux « Ovins viande » dans l’ouvrage collectif « Productions Animales de A à Z » à paraître aux Editions Lavoisier. Afin de présenter une synthèse centrée sur la production de viande, nous avons retiré les passages relatifs à la reproduction et aux principales pathologies et traitements figurant dans le texte original. Le premier article est consacré aux différents systèmes de production et aux races, à la sélection et la génétique, à la conduite du troupeau, ainsi qu’aux animaux produits et à la qualité de la viande et de la carcasse selon les modalités d’élevage des agneaux. Ce deuxième article est consacré à l’organisation des échanges d’animaux vivants et de viande, à l’abattage et au commerce des viandes, ainsi qu’à la consommation et à la segmentation du marché.

This article is the second of a two part series providing an updated overview of the sector, from breeding and rearing to consumption. These articles were taken from the chapter on "Meat sheep production” in the collective work "Productions Animales de A à Z" to be published by the Editions Lavoisier. In order to focus on meat production, we removed the sections related to reproduction, diseases and treatments included in the original text. The first article is dedicated to the different French sheep production systems and breeds, selection and genetics, together with lamb meat and carcass qualities according to production systems. This second article is dedicated to marketing and slaughtering aspects, together with consumption and market segmentation.
L’implication relativement récente de l’INRA et de l’ITSAP-Institut de l’abeille sur la thématique « génétique de l’abeille » semble mériter quelques précisions sur les perspectives des travaux en cours. Ce texte rappelle quelques notions importantes pour aborder sereinement ce sujet et replace la démarche proposée par les instituts techniques et scientifiques dans ce contexte.
Le séquençage et l’annotation du génome des principaux animaux producteurs de viande ou de chair, ont permis l’essor des études de génomique au cours de la dernière décennie. Les techniques utilisées concernent d’une part la détection de mutations sur des régions du génome (QTL : « Quantitative Trait Loci »). Cette approche dite de génomique structurale a permis la détection de gènes majeurs (mutations ayant un effet majeur sur un caractère), comme le gène « culard » chez le bovin et le mouton, les gènes halothane et « Rendement Napole » chez le porc. Des QTL associés à une qualité, comme la vitesse de chute de pH chez le poulet, ont été identifiés. D’autre part, le niveau d’expression des gènes mesuré au travers de l’abondance relative d’ARN messagers et de protéines est analysé respectivement dans les études de transcriptomique et de protéomique. Des protéines ou des ARN messagers dont l’abondance est associée à une composante de qualité de viande, ont été identifiés chez le porc, le bovin, le poulet et la truite. Ils constituent des biomarqueurs d’intérêt pour la compréhension et la maîtrise des qualités d’intérêt pour chaque espèce. Le développement en cours d’outils d’évaluation de la qualité à destination des acteurs des filières permettra des applications sur l’animal vivant pour l’évaluation de son potentiel de qualité et l’adaptation de la conduite d’élevage à ce potentiel. Sur la carcasse, ils serviront à orienter sa destination bouchère ou celle des pièces ou morceaux de découpe. Ces biomarqueurs seront également utiles pour fournir des mesures phénotypiques pour la sélection génomique appliquée à la qualité de la viande.

Sequencing and annotation of the genomes of the main animals producing meat or flesh, have enabled the development of genomic studies in the last decade. The techniques developed allow the detection of mutations in the genome called QTL (Quantitative Trait Loci). These approaches allowed the detection of major genes (mutations with a major effect on a character) suche as the "double muscling" gene in cattle and sheep, RN halothane gene in pigs. QTL associated with quality, such as the speed of post-mortem pH decrease in chickens, have been revealed. Transcriptomics and proteomics allow respectively the analysis of relative abundance of mRNA and protein. Proteins or mRNA whose abundance is associated with meat quality traits have been detected in pigs, cattle, chickens and trout. They are potential biomarkers for understanding and controlling qualities of interest for each species. The ongoing development of tools for quality evaluation will allow applications on the live animal especially for the adaptation of the breeding system to its quality potential. Applied to carcasses it will help to orientate the destination of carcasses or cuts. These biomarkers will also be useful to provide phenotypic measures for application in genomic selection applied to meat quality.
Cette étude est une première approche d’estimation de paramètres génétiques de résistance à la Pasteurellose par infection expérimentale à Pasteurella multocida d’une population de lapins croisés. De nouveaux caractères de résistance ont été étudiés : une note de dissémination des abcès enregistrée à l’autopsie, une note de présence ou absence de Pasteurella dans les organes et une note globale de résistance résumant les deux précédentes. Pour ces caractères, l’héritabilité varie de 0,09 (±0,05) à 0,16 (±0,06). L’héritabilité la plus importante a été estimée pour la note de résistance. Ces estimations suggèrent la contribution d’une composante génétique à la résistance à la pasteurellose. Les corrélations génétiques entre la note de résistance et les différentes mesures de croissance sont élevées et positives, de 0,70 (±0,14) à 0,98 (±0,06). Il serait donc possible de mettre en place une sélection sur la résistance à la Pasteurellose dans les schémas de sélection de lapins de chair français basée sur un de ces critères. Des études complémentaires doivent encore être conduites sur d’autres caractères de production et de de résistance à la Pasteurellose
La sélection des pondeuses commerciales repose sur un ensemble de critères où les paramètres de qualité de l’œuf prennent une importance croissante. Les caractères tels que le poids de l’œuf, la solidité de coquille (mesurée directement ou indirectement) la proportion de jaune et la qualité du blanc (unités Haugh) présentent une assez forte variabilité génétique (héritabilité de 0,30 à 0,60). Malgré une corrélation négative entre le poids d’œuf et le nombre d’œufs, la combinaison de la sélection en lignée pure et du croisement a permis d’améliorer le nombre d’œufs tout en stabilisant le poids d’œuf à un niveau élevé (62 g en moyenne). La variabilité génétique de la couleur de coquille, de la proportion de jaune et de la composition en lipides du jaune a été explorée, chez la poule comme chez la caille, par la sélection expérimentale et l’étude de races locales. Cependant, les gènes contrôlant les caractères de ponte et de la qualité technologique de l’œuf sont encore mal connus. Quelques protocoles de détection de QTL ont permis d’identifier des régions chromosomiques contrôlant une part significative de la variabilité de ces caractères, chez la poule et la caille. Récemment des gènes majeurs ont été identifiés comme l’enzyme FMO3 responsable de l’odeur de poisson d’œufs de poule nourries au tourteau de soja. De nombreuses études portent sur la la qualité bactériologique des oeufs, avec une priorité donnée au portage de salmonelles, pour laquelle plusieurs gènes ont été identifiés (SLC11A1, TLR4). Ces perspectives sont encourageantes pour répondre aux demandes croissantes du consommateur en matière de qualité des produits.

Egg quality has gained importance in genetic improvement of laying hens. Egg weight, eggshell thickness (either directly or indirectly recorded), yolk proportion and egg albumen quality (Haugh units) exhibit moderate to high heritability values (0.30 to 0.60) but egg weight is negatively correlated with egg number. Combining within-line selection with crossbreeding has resulted in an increase in the number of eggs with a constant and rather high egg weight (62g on average). Moreover, experimental selection and exploration of genetic diversity, have given access to new genetic variability, in chickens and quails, of egg shell colour, yolk proportion and lipid composition of the yolk. Vet, the genes controlling egg laying traits and technological qualities of the egg are still poorly known. QTL controlling a significant part of genetic variability were identified in fowl and quail. Recently, major genes were identified, such as a mutation of the FMO3 enzyme responsible for the fishy taint of eggs when the hen is fed with rapeseed. Numerous studies are focussed on microbial quality of eggs, with a priority to the study of the salmonella carrier state, where the effects of several genes have been identified (SLC11A1, TLR4).
Depuis 2006, une méthode de gestion combinée du progrès génétique et de la variabilité génétique, dite de Sélection à Parenté Minimum (SPM), est mise en oeuvre dans le schéma de sélection des races Alpine et Saanen. Elle s’applique une fois par an, au moment des accouplements raisonnés, c’est-à-dire pour la procréation des jeunes boucs candidats au testage sur descendance. Cette méthode d’optimisation vise à rechercher des taux d’utilisation des pères et mères à boucs en minimisant le coefficient de parenté moyen entre tous les reproducteurs pour un progrès génétique souhaité. Le bilan des 6 premières années d’application est positif : la SPM a permis de stabiliser la parenté moyenne tout en maintenant un progrès génétique conséquent sur l’objectif de sélection. En comparaison au mode de fonctionnement précédent, le schéma de sélection géré avec la SPM est donc plus performant et durable. Sur le plan pratique, la SPM a conduit à l’utilisation d’un plus grand nombre de pères à boucs, comparé aux années précédentes, chacun pouvant avoir une contribution très déséquilibrée intra-année. Malgré cela, les différentes « familles » de pères à boucs ont toutes été conservées.

Since 2006, an optimization method accounting for genetic progress and genetic variability, called SPM, has been implemented into the breeding scheme of the two main French dairy goat breeds: Alpine and Saanen. Once a year, planned matings are proposed in order to procreate young bucks to be progeny tested. The objective of this method has been to minimize the average relationship coefficient between all the reproducers for a given genetic progress. After 6 years of implementation, this procedure was found to be successful: average relationship coefficients of young bucks remained stable whereas the genetic progress for the selection objective improved at the same rate as before. From a practical point of view, SPM used a larger number of elite bucks each year, with very dissimilar contributions. Nevertheless, no genetic “family” of elite bucks disappeared.