English: PCT/AI/6 page 85 [Annex C, Appendix 2, Table 5, continued] Key mat_peptide Description mature peptide or protein coding sequence; coding sequence for the mature or final peptide or protein product following post-translational modification; the location does not include the stop codon (unlike the corresponding CDS) site in nucleic acid which covalently or non-covalently binds another moiety that cannot be described by any other Binding key (primer_bind or protein_bind) feature sequence is different from that presented in the entry and cannot be described by any other Difference key (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele, or modified_base) region of biological interest which cannot be described by any other feature key; a new or rare feature site of any generalized, site-specific or replicative recombination event where there is a breakage and reunion of duplex DNA that cannot be described by other recombination keys (iDNA and virion) or qualifiers of source key (/insertion_seq, /transposon, /proviral) any transcript or RNA product that cannot be defined by other RNA keys (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5’clip, 3’clip, 5’UTR, 3’UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, rRNA, tRNA, scRNA, and snRNA) any region containing a signal controlling or altering gene function or expression that cannot be described by other Signal keys (promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator, and rep_origin) any secondary or tertiary structure or conformation that cannot be described by other Structure keys (stem_loop and D-loop) the indicated nucleotide is a modified nucleotide and should be substituted for by the indicated molecule (given in the mod_base qualifier value) messenger RNA; includes 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon) and 3’ untranslated region (3’UTR) a related strain has an abrupt, inheritable change in the sequence at this location extra nucleotides inserted between rearranged immunoglobulin segments the presented sequence revises a previous version of the sequence at this location recognition region necessary for endonuclease cleavage of an RNA transcript that is followed by polyadenylation; consensus=AATAAA site on an RNA transcript to which will be added adenine residues by posttranscriptional polyadenylation any RNA species that is not yet the mature RNA product; may include 5’ clipped region (5’clip), 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon), intervening sequences (intron), 3’ untranslated region (3’UTR), and 3’ clipped region (3’clip) primary (initial, unprocessed) transcript; includes 5’ clipped region (5’clip), 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon), intervening sequences (intron), 3’ untranslated region (3’UTR), and 3’ clipped region (3’clip)
French: PCT/AI/6 page 89 [Annexe C, appendice 2, tableau 5, suite] Clé J_segment Description Segment de jonction ("joining segment") de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l’immunoglobuline, ainsi que des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d’un lymphocyte T Répétition terminale longue ("long terminal repeat"); séquence directement répétée aux deux extrémités d’une séquence définie, du type de celle que l’on trouve dans les rétrovirus Séquence codante d’un peptide mature ou d’une protéine mature; séquence codante du peptide ou de la protéine à l’état mature ou final, qui suit la modification post-traductionnelle; l’emplacement ne comprend pas le codon d’arrêt (contrairement au CDS correspondant) site d’un acide nucléique fixant, par covalence ou non, un autre fragment de molécule, qui ne peut être décrit par aucune autre clé de fixation (primer_bind ou protein_bind) séquence de caractérisation différente de celle qui est présentée dans l’entrée et ne pouvant pas être décrite par une autre clé de différence (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele ou modified_base) région présentant un intérêt biologique, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de caractérisation; nouvelle caractéristique ou caractéristique rare site de toute recombinaison généralisée, spécifique d’un site ou réplicative, où se produit la cassure et la réunion de l’ADN double brin et qui ne peut pas être décrite par une autre clé de recombinaison (iDNA ou virion) ou par un autre qualificateur de clé source (/insertion_seq, /transposon, /proviral) tout transcrit ou produit de l’ARN qui ne peut pas être défini par une autre clé de l’ARN (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5’clip, 3’clip, 5’UTR, 3’UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, rRNA, tRNA, scRNA ou snRNA) toute région contenant un signal qui commande ou modifie une fonction ou l’expression d’un gène, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de signal (promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator ou rep_origin) toute structure ou conformation secondaire ou tertiaire qui ne peut pas être décrite par une autre clé de structure (stem_loop ou D-loop) le nucléotide indiqué est un nucléotide modifié, qui doit être remplacé par la molécule indiquée (donnée dans la valeur qualificative mod_base) ARN messager; comprend la région non traduite en 5’ (5’UTR), les séquences codantes (CDS, exon) et la région non traduite en 3’ (3’UTR) la souche apparentée présente un changement brusque et transmissible dans la séquence, à cet emplacement des nucléotides supplémentaires sont insérés entre des segments d’immunoglobuline réarrangés