English: Key Description allele a related individual or strain contains stable, alternative forms of the same gene which differs from the presented sequence at this location (and perhaps others) attenuator (1) region of DNA at which regulation of termination of transcription occurs, which controls the expression of some bacterial operons; (2) sequence segment located between the promoter and the first structural gene that causes partial termination of transcription C_region constant region of immunoglobulin light and heavy chains, and T-cell receptor alpha, beta, and gamma chains; includes one or more exons depending on the particular chain CAAT_signal CAAT box; part of a conserved sequence located about 75 bp up-stream of the start point of eukaryotic transcription units which may be involved in RNA polymerase binding; consensus=GG (C or T) CAATCT CDS coding sequence; sequence of nucleotides that corresponds with the sequence of amino acids in a protein (location includes stop codon); feature includes amino acid conceptual translation conflict independent determinations of the "same" sequence differ at this site or region D-loop displacement loop; a region within mitochondrial DNA in which a short stretch of RNA is paired with one strand of DNA, displacing the original partner DNA strand in this region; also used to describe the displacement of a region of one strand of duplex DNA by a single stranded invader in the reaction catalyzed by RecA protein D-segment diversity segment of immunoglobulin heavy chain, and T-cell receptor beta chain enhancer a cis-acting sequence that increases the utilization of (some) eukaryotic promoters, and can function in either orientation and in any location (upstream or downstream) relative to the promoter exon region of genome that codes for portion of spliced mRNA; may contain 5’UTR, all CDSs, and 3’UTR GC_signal GC box; a conserved GC-rich region located upstream of the start point of eukaryotic transcription units which may occur in multiple copies or in either orientation; consensus=GGGCGG gene region of biological interest identified as a gene and for which a name has been assigned iDNA intervening DNA; DNA which is eliminated through any of several kinds of recombination intron a segment of DNA that is transcribed, but removed from within the transcript by splicing together the sequences (exons) on either side of it J_segment joining segment of immunoglobulin light and heavy chains, and T-cell receptor alpha, beta, and gamma chains LTR long terminal repeat, a sequence directly repeated at both ends of a defined sequence, of the sort typically found in retroviruses mat_peptide mature peptide or protein coding sequence; coding sequence for the mature or final peptide or protein product following post-translational modification; the location does not include the stop codon (unlike the corresponding CDS) misc_binding site in nucleic acid which covalently or non-covalently binds another moiety that cannot be described by any other Binding key (primer_bind or protein_bind) misc_difference feature sequence is different from that presented in the entry and cannot be described by any other Difference key (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele, or modified_base) misc_feature region of biological interest which cannot be described by any other feature key; a new or rare feature misc_recomb site of any generalized, site-specific or replicative recombination event where there is a breakage and reunion of duplex DNA that cannot be described by other recombination keys (iDNA and virion) or qualifiers of source key (/insertion_seq, /transposon, /proviral) misc_RNA any transcript or RNA product that cannot be defined by other RNA keys (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5’clip, 3’clip, 5’UTR, 3’UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, rRNA, tRNA, scRNA, and snRNA) misc_signal any region containing a signal controlling or altering gene function or expression that cannot be described by other Signal keys (promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator, and rep_origin) misc_structure any secondary or tertiary structure or conformation that cannot be described by other Structure keys (stem_loop and D-loop) modified_base the indicated nucleotide is a modified nucleotide and should be substituted for by the indicated molecule (given in the mod_base qualifier value) mRNA messenger RNA; includes 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon) and 3’ untranslated region (3’UTR) mutation a related strain has an abrupt, inheritable change in the sequence at this location N_region extra nucleotides inserted between rearranged immunoglobulin segments old_sequence the presented sequence revises a previous version of the sequence at this location polyA_signal recognition region necessary for endonuclease cleavage of an RNA transcript that is followed by polyadenylation; consensus=AATAAA polyA_site site on an RNA transcript to which will be added adenine residues by post-transcriptional polyadenylation precursor_RNA any RNA species that is not yet the mature RNA product; may include 5’ clipped region (5’clip), 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon), intervening sequences (intron), 3’ untranslated region (3’UTR), and 3’ clipped region (3’clip) prim_transcript primary (initial, unprocessed) transcript; includes 5’ clipped region (5’clip), 5’ untranslated region (5’UTR), coding sequences (CDS, exon), intervening sequences (intron), 3’ untranslated region (3’UTR), and 3’ clipped region (3’clip) primer_bind non-covalent primer binding site for initiation of replication, transcription, or reverse transcription; includes site(s) for synthetic, for example, PCR primer elements promoter region on a DNA molecule involved in RNA polymerase binding to initiate transcription protein_bind non-covalent protein binding site on nucleic acid RBS ribosome binding site repeat_region region of genome containing repeating units repeat_unit single repeat element rep_origin origin of replication; starting site for duplication of nucleic acid to give two identical copies rRNA mature ribosomal RNA; the RNA component of the ribonucleoprotein particle (ribosome) which assembles amino acids into proteins S_region switch region of immunoglobulin heavy chains; involved in the rearrangement of heavy chain DNA leading to the expression of a different immunoglobulin class from the same B-cell satellite many tandem repeats (identical or related) of a short basic repeating unit; many have a base composition or other property different from the genome average that allows them to be separated from the bulk (main band) genomic DNA scRNA small cytoplasmic RNA; any one of several small cytoplasmic RNA molecules present in the cytoplasm and (sometimes) nucleus of a eukaryote sig_peptide signal peptide coding sequence; coding sequence for an N-terminal domain of a secreted protein; this domain is involved in attaching nascent polypeptide to the membrane; leader sequence snRNA small nuclear RNA; any one of many small RNA species confined to the nucleus; several of the snRNAs are involved in splicing or other RNA processing reactions source identifies the biological source of the specified span of the sequence; this key is mandatory; every entry will have, as a minimum, a single source key spanning the entire sequence; more than one source key per sequence is permissable stem_loop hairpin; a double-helical region formed by base-pairing between adjacent (inverted) complementary sequences in a single strand of RNA or DNA STS Sequence Tagged Site; short, single-copy DNA sequence that characterizes a mapping landmark on the genome and can be detected by PCR; a region of the genome can be mapped by determining the order of a series of STSs TATA_signal TATA box; Goldberg-Hogness box; a conserved AT-rich septamer found about 25 bp before the start point of each eukaryotic RNA polymerase II transcript unit which may be involved in positioning the enzyme for correct initiation; consensus=TATA(A or T)A(A or T) terminator sequence of DNA located either at the end of the transcript or adjacent to a promoter region that causes RNA polymerase to terminate transcription; may also be site of binding of repressor protein transit_peptide transit peptide coding sequence; coding sequence for an N-terminal domain of a nuclear-encoded organellar protein; this domain is involved in post-translational import of the protein into the organelle tRNA mature transfer RNA, a small RNA molecule (75-85 bases long) that mediates the translation of a nucleic acid sequence into an amino acid sequence unsure author is unsure of exact sequence in this region V_region variable region of immunoglobulin light and heavy chains, and T-cell receptor alpha, beta, and gamma chains; codes for the variable amino terminal portion; can be made up from V_segments, D_segments, N_regions, and J_segments V_segment variable segment of immunoglobulin light and heavy chains, and T-cell receptor alpha, beta, and gamma chains; codes for most of the variable region (V_region) and the last few amino acids of the leader peptide variation a related strain contains stable mutations from the same gene (for example, RFLPs, polymorphisms, etc.) which differ from the presented sequence at this location (and possibly others) 3’clip 3’-most region of a precursor transcript that is clipped off during processing 3’UTR region at the 3’ end of a mature transcript (following the stop codon) that is not translated into a protein 5’clip 5’-most region of a precursor transcript that is clipped off during processing 5’UTR region at the 5’ end of a mature transcript (preceding the initiation codon) that is not translated into a protein -10_signal pribnow box; a conserved region about 10 bp upstream of the start point of bacterial transcription units which may be involved in binding RNA polymerase; consensus=TAtAaT -35_signal a conserved hexamer about 35 bp upstream of the start point of bacterial transcription units; consensus=TTGACa [ ] or TGTTGACA [ ] Table 6: List of Feature Keys Related to Protein Sequences
French: Tableau 5 : liste des clés de caractérisation concernant les séquences de nucléotides Clé Description allele Individu ou souche apparenté contenant des formes stables différentes d'un même gène, qui se distingue de la séquence présentée à cet emplacement (et éventuellement à d'autres emplacements) attenuator 1) région d'ADN où se produit une régulation de la terminaison de la transcription qui contrôle l'expression de certains opérons bactériens; 2) segment de séquence situé entre le promoteur et le premier gène de structure, qui provoque une terminaison partielle de la transcription C_region Région constante de la chaîne lourde et de la chaîne légère de l'immunoglobuline et des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T; comprend un ou plusieurs exons, selon la chaîne CAAT_signal Séquence CAAT; partie d'une séquence conservée située environ 75 paires de bases en amont du site d'initiation des unités de transcription eucaryotes, qui peut jouer un rôle dans la fixation de l'ARN polymérase; consensus=GG (C ou T) CAATCT CDS Séquence codante ("coding sequence"); séquence de nucléotides correspondant à celle des acides aminés dans une protéine (l'emplacement comprend le codon d'arrêt); contient la traduction conceptuelle des acides aminés conflict les déterminations indépendantes de la "même" séquence diffèrent sur ce site ou dans cette région D-loop Boucle de déplacement ("displacement loop"); région au sein de l'ADN mitochondrial où une petite partie d'ARN est appariée à un brin d'ADN, entraînant le déplacement du brin original d'ADN dans cette région; désigne aussi le déplacement d'une région d'ADN double brin sous l'effet d'un envahisseur simple brin dans la réaction catalysée par la protéine RecA D-segment Segment de diversité ("diversity segment") de la chaîne lourde de l'immunoglobuline et de la chaîne bêta du récepteur d'un lymphocyte T enhancer Séquence en cis entraînant l'utilisation accrue de (certains) promoteurs eucaryotes et dont l'action s'exerce quelle que soit l'orientation et l'emplacement (en amont ou en aval) par rapport au promoteur exon Région du génome codant une partie de l'ARN messager épissé; peut contenir la région 5'UTR, tous les CDS et la région 3'UTR GC_signal Séquence GC; région conservée riche en GC, située en amont du site d'initiation des unités de transcription eucaryotes, qui peut prendre la forme de copies multiples et se produire dans les deux sens; consensus=GGGCGG gene Région présentant un intérêt biologique, identifiée comme étant un gène et à laquelle un nom a été attribué iDNA AND intercalaire; ADN éliminé par l'un des types de recombinaison. intron Segment d'ADN qui est transcrit, puis éliminé par aboutement des séquences (exons) situées de part et d'autre J_segment Segment de jonction ("joining segment") de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l'immunoglobuline, ainsi que des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T LTR Répétition terminale longue ("long terminal repeat"); séquence directement répétée aux deux extrémités d'une séquence définie, du type de celle que l'on trouve dans les rétrovirus mat_peptide Séquence codante d'un peptide mature ou d'une protéine mature; séquence codante du peptide ou de la protéine à l'état mature ou final, qui suit la modification post-traductionnelle; l'emplacement ne comprend pas le codon d'arrêt (contrairement au CDS correspondant) misc_binding site d'un acide nucléique fixant, par covalence ou non, un autre fragment de molécule, qui ne peut être décrit par aucune autre clé de fixation (primer_bind ou protein_bind) misc_difference séquence de caractérisation différente de celle qui est présentée dans l'entrée et ne pouvant pas être décrite par une autre clé de différence (conflict, unsure, old_sequence, mutation, variation, allele ou modified_base) misc_feature région présentant un intérêt biologique, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de caractérisation; nouvelle caractéristique ou caractéristique rare misc_recomb site de toute recombinaison généralisée, spécifique d'un site ou réplicative, où se produit la cassure et la réunion de l'ADN double brin et qui ne peut pas être décrite par une autre clé de recombinaison (iDNA ou virion) ou par un autre qualificateur de clé source (/insertion_seq, /transposon, /proviral) misc_RNA tout transcrit ou produit de l'ARN qui ne peut pas être défini par une autre clé de l'ARN (prim_transcript, precursor_RNA, mRNA, 5'clip, 3'clip, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig_peptide, transit_peptide, mat_peptide, intron, polyA_site, rRNA, tRNA, scRNA ou snRNA) misc_signal toute région contenant un signal qui commande ou modifie une fonction ou l'expression d'un gène, qui ne peut pas être décrite par une autre clé de signal (promoter, CAAT_signal, TATA_signal, -35_signal, -10_signal, GC_signal, RBS, polyA_signal, enhancer, attenuator, terminator ou rep_origin) misc_structure toute structure ou conformation secondaire ou tertiaire qui ne peut pas être décrite par une autre clé de structure (stem_loop ou D-loop) modified_base le nucléotide indiqué est un nucléotide modifié, qui doit être remplacé par la molécule indiquée (donnée dans la valeur qualificative mod_base) mRNA ARN messager; comprend la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon) et la région non traduite en 3' (3'UTR) mutation la souche apparentée présente un changement brusque et transmissible dans la séquence, à cet emplacement N_region des nucléotides supplémentaires sont insérés entre des segments d'immunoglobuline réarrangés old_sequence la séquence présentée est la version modifiée d'une ancienne séquence à cet emplacement polyA_signal site de reconnaissance indispensable à la coupure d'un transcrit par endonucléase, suivie d'une polyadénylation; consensus=AATAAA polyA_site site d'un transcrit auquel sont ajoutés des résidus d'adénine par polyadénylation post-transcriptionnelle precursor_RNA ARN précurseur, c'est-à-dire tout type d'ARN qui n'est pas encore mature; peut comprendre la région coupée en 5' (5'clip), la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon), les séquences intercalaires (intron), la région non traduite en 3' (3'UTR) et la région coupée en 3' (3'clip) prim_transcript transcrit primaire (initial, non remanié); comprend la région coupée en 5' (5'clip), la région non traduite en 5' (5'UTR), les séquences codantes (CDS, exon), les séquences intercalaires (intron), la région non traduite en 3' (3'UTR) et la région coupée en 3' (3'clip) primer_bind site de fixation non covalent pour amorces dans l'initiation de la réplication, de la transcription ou de la transcription inverse; comprend les sites pour les éléments de synthèse, par exemple les amorces de l'amplification en chaîne par polymérase (PCR) promoter région d'une molécule d'ADN jouant un rôle dans la fixation de l'ARN polymérase en vue de l'initiation de la transcription protein_bind site de fixation non covalent des protéines sur un acide nucléique RBS site de fixation du ribosome ("ribosome binding site") repeat_region région du génome contenant des unités de répétition repeat_unit unité d'un élément de répétition rep_origin origine de la réplication; site de départ pour la duplication d'un acide nucléique en vue de l'obtention de deux copies identiques rRNA ARN ribosomique mature; molécule d'ARN de la particule ribonucléoprotéique (ribosome) qui assemble les acides aminés en protéines S_region région de commutation ("switch region") des chaînes lourdes de l'immunoglobuline; joue un rôle dans le réarrangement de la chaîne lourde de l'ADN, qui conduit à l'expression d'une classe d'immunoglobuline différente à partir du même lymphocyte B satellite nombreuses séquences répétées en tandem (identiques ou apparentées) d'une courte unité de répétition de base; nombre d'entre elles ont une composition de base ou une propriété différente de la moyenne du génome, qui leur permet d'être séparées du reste de l'ADN génomique (bande principale) scRNA petit ARN cytoplasmique ("small cytoplasmic RNA"); l'une des nombreuses petites molécules d'ARN cytoplasmique présentes dans le cytoplasme et (parfois) dans le noyau d'un eucaryote sig_peptide séquence codante d'un peptide-signal; séquence codante d'un N-terminal de protéine sécrétée; ce domaine joue un rôle dans l'intégration du polypeptide naissant dans la membrane; séquence leader snRNA petit ARN nucléaire ("small nuclear RNA"); l'une des nombreuses petites espèces d'ARN confinées au noyau; plusieurs snRNA jouent un rôle dans l'excision-épissage ou dans d'autres réactions de maturation moléculaire de l'ARN source permet d'identifier la source biologique de l'intervalle de séquence indiqué; cette clé est obligatoire; chaque entrée doit comporter, au minimum, une clé source unique couvrant la séquence tout entière; il est possible d'utiliser plus d'une clé source par séquence stem_loop épingle à cheveux; région d'une double hélice formée par l'appariement de bases entre des séquences contiguës (inversées) complémentaires appartenant à un même brin d'ARN ou d'ADN STS site de séquence étiqueté; séquence d'ADN courte et unique caractérisant un point de repère de la cartographie du génome et qui peut être détectée moyennant une amplification en chaîne par polymérase (PCR); la carte d'une région du génome peut être dressée par détermination de l'ordre d'une série de STS TATA_signal séquence TATA; séquence de Goldberg-Hogness; heptamère conservé, riche en A et T, situé environ 25 paires de bases en amont du site d'initiation de chaque unité transcrite par l'ARN polymérase II des eucaryotes, qui peut jouer un rôle dans le positionnement de l'enzyme aux fins d'une initiation correcte; consensus=TATA(A ou T)A(A ou T) terminator séquence d'ADN située soit à l'extrémité du transcrit, soit à côté d'un promoteur qui conduit l'ARN polymérase à terminer la transcription; peut aussi être le site de fixation d'un répresseur transit_peptide séquence codante d'un peptide-transit; séquence codante d'un N-terminal de protéine d'un organite codée par le noyau; ce domaine joue un rôle dans l'importation post-traductionnelle de la protéine dans l'organite tRNA ARN de transfert mature; courte molécule d'ARN (75-85 bases) qui permet la traduction d'une séquence d'acides nucléiques en une séquence d'acides aminés unsure l'auteur n'est pas certain de l'exactitude de la séquence dans cette région V_region région variable de la chaîne légère et de la chaîne lourde de l'immunoglobuline et des chaînes alpha, bêta et gamma du récepteur d'un lymphocyte T; codes applicables à la portion variable du terminal amino; peut être composée des segments suivants :