基部被子植物  
 アムボレラ目 
 アムボレラ科 
 スイレン目 
 ヒダテラ科 
 ハゴロモモ科 
 スイレン科 
 アウストロバイレヤ目 
 アウストロバイレヤ科 
 トリメニア科 
 マツブサ科

モクレン類  
 カネラ目 
 カネラ科 
 シキミモドキ科 
 コショウ目 
 ドクダミ科 
 コショウ科 
 ウマノスズクサ科  * (旧カンアオイ科・旧ヒドノラ科・旧ラクトリス科を含む)
 モクレン目 
 ニクズク科 
 モクレン科 
 デゲネリア科 
 ヒマンタンドラ科 
 エウポマティア科 
 バンレイシ科 
 クスノキ目 
 ロウバイ科 
 シパルナ科 
 ゴモルテガ科 
 アセロスペルマ科 
 ハスノハギリ科 
 モニミア科 
 クスノキ科

独立した系統: 包括するクレードに属していない 
 センリョウ目 
 センリョウ科

単子葉類  
 ショウブ目 
 ショウブ科 
 オモダカ目 
 サトイモ科 
 チシマゼキショウ科 
 オモダカ科 
 ハナイ科 
 トチカガミ科 
 ホロムイソウ科 
 レースソウ科 
 シバナ科  *
 マウンディア科  *
 アマモ科 
 ヒルムシロ科 
 ポシドニア科 
 カワツルモ科 
 シオニラ科 
 サクライソウ目 
 サクライソウ科 
 ヤマノイモ目 
 キンコウカ科 
 ヒナノシャクジョウ科  (単系統ではない)
 ヤマノイモ科 
 タコノキ目 
 ホンゴウソウ科 
 ウェロジア科 
 ビャクブ科 
 パナマソウ科 
 タコノキ科 
 ユリ目 
 カンピネマ科 
 コルシア科 
 メランチウム科 
 ペテルマニア科 
 ユリズイセン科 
 イヌサフラン科 
 フィレシア科 
 リポゴヌム科 
 サルトリイバラ科 
 ユリ科 
 キジカクシ目 
 ラン科 
 ボリア科 
 ブランドフォルディア科 
 アステリア科 
 ラナリア科 
 キンバイザサ科 
 ドリアンテス科 
 イキシオリリオン科  ('' のスペルでも間違いではない)
 テコフィレア科 
 アヤメ科 
 キセロネマ科 
 ツルボラン科  (旧ススキノキ科を含む)
 ヒガンバナ科 
 キジカクシ科 
 ヤシ目 
 ダシポゴン科 
 ヤシ科   (=)
 ツユクサ目 
 ハングアナ科 
 ツユクサ科 
 タヌキアヤメ科 
 ミズアオイ科 
 ハエモドルム科 
 ショウガ目 
 ゴクラクチョウカ科 
 ロウイア科 
 オウムバナ科 
 バショウ科 
 カンナ科 
 クズウコン科 
 オオホザキアヤメ科 
 ショウガ科 
 イネ目 
 ガマ科 
 パイナップル科 
 ラパテア科 
 トウエンソウ科 
 ホシクサ科 
 マヤカ科 
 トゥルニア科 
 イグサ科 
 カヤツリグサ科 
 サンアソウ科  * (旧アナルスリア科・旧カツマダソウ科を含む)
 トウツルモドキ科 
 ヨインウィレア科 
 エクデイオコレア科 
 イネ科  (= )

真正双子葉類の推定姉妹群 
 マツモ目 
 マツモ科

真正双子葉類  
 キンポウゲ目 
 フサザクラ科 
 ケシ科 
 キルカエアステル科 
 アケビ科 
 ツヅラフジ科 
 メギ科 
 キンポウゲ科 
 ヤマモガシ目 
 アワブキ科 
 ハス科 
 スズカケノキ科 
 ヤマモガシ科 
 ヤマグルマ目 
 ヤマグルマ科 
 ツゲ目 
 ツゲ科  * (旧ハプタントゥス科を含む)

コア真正双子葉類  
 グンネラ目 
 ミロタムヌス科 
 グンネラ科 
 ビワモドキ目  †
 ビワモドキ科

バラ上群  
 ユキノシタ目 
 ペリディスクス科 
 ボタン科 
 フウ科 
 マンサク科 
 カツラ科 
 ユズリハ科 
 ズイナ科 
 スグリ科 
 ユキノシタ科 
 ベンケイソウ科 
 アファノペタルム科 
 テトラカルパエア科 
 タコノアシ科 
 アリノトウグサ科 
 オシャグジタケ科

バラ類  
 ブドウ目 
 ブドウ科 
 ハマビシ目 
 クラメリア科 
 ハマビシ科 
 マメ目 
 キラヤ科 
 マメ科  (=)
 スリアナ科 
 ヒメハギ科 
 バラ目 
 バラ科 
 バルベヤ科 
 ディラクマ科 
 グミ科 
 クロウメモドキ科 
 ニレ科 
 アサ科 
 クワ科 
 イラクサ科 
 ブナ目 
 ナンキョクブナ科 
 ブナ科 
 ヤマモモ科 
 クルミ科 
 モクマオウ科 
 ティコデンドロン科 
 カバノキ科 
 ウリ目 
 アポダンテス科  *
 アニソフィレア科 
 コリノカルプス科 
 ドクウツギ科 
 ウリ科 
 テトラメレス科 
 ナギナタソウ科 
 シュウカイドウ科

COMクレード; マメ群かアオイ群か未確定なクレード 
 ニシキギ目 
 カタバミノキ科 
 ニシキギ科 
 カタバミ目 
 フア科 
 マメモドキ科 
 カタバミ科 
 クノニア科 
 ホルトノキ科 
 フクロユキノシタ科 
 ブルネリア科 
 キントラノオ目 
 パンダ科 
 イルウィンギア科  * (Allantospermumを含む)
 クテノロフォン科 
 ヒルギ科 
 コカ科 
 オクナ科 
 ボンネティア科 
 フクギ科  (=)
 テリハボク科 
 カワゴケソウ科 
 オトギリソウ科 
 バターナット科 
 ロフォピクシス科 
 ツゲモドキ科 
 ケントロプラクス科 
 ミゾハコベ科 
 キントラノオ科 
 バラノプス科 
 トリゴニア科 
 カイナンボク科 
 エウフロニア科 
 クリソバラヌス科 
 フミリア科 
 アカリア科 
 スミレ科 
 ゴウピア科 
 トケイソウ科 
 ラキステマ科 
 ヤナギ科 
 ペラ科  *
 ラフレシア科 
 トウダイグサ科  *
 アマ科 
 イクソナンテス科  *
 ピクロデンドロン科 
 コミカンソウ科

バラ類アオイ群  
 フウロソウ目 
 フウロソウ科 
 フランコア科  * (旧ベルサマス科・旧グレイアス科・旧レドカルプス科・旧メリアントゥス科・旧リンコテカス科・旧 ウィウィアニアス科を含む)
 フトモモ目 
 シクンシ科 
 ミソハギ科 
 アカバナ科 
 ウォキシア科 
 フトモモ科 
 ノボタン科 
 クリプテロニア科 
 アルザテア科 
 ペナエア科 
 クロッソソマ目 
 アフロイア科 
 ゲイッソロマ科 
 ストラスブルゲリア科 
 ミツバウツギ科 
 グアマテラ科 
 キブシ科 
 クロッソソマ科 
 ピクラムニア目 
 ピクラムニア科 
 フエルテア目 
 ゲラルディナ科 
 ペテナエア科  *
 タピスキア科 
 ディペントドン科 
 ムクロジ目 
 ビーベルスタイニア科 
 ソウダノキ科 
 キルキア科 
 カンラン科 
 ウルシ科 
 ムクロジ科  (旧ブンカンカ科を含む)
 ミカン科 
 ニガキ科 
 センダン科 
 アオイ目 
 キティヌス科 
 ナンヨウザクラ科 
 ネウラダ科 
 アオイ科 
 スファエロセパルム科 
 ジンチョウゲ科 
 ベニノキ科 
 ハンニチバナ科  * (旧パカライマエア科を含む)
 サルコラエナ科 
 フタバガキ科  *
 アブラナ目 
 アカニア科 
 ノウゼンハレン科 
 ワサビノキ科 
 パパイア科 
 リムナンテス科 
 セッチェラントゥス科 
 ケーベルリニア科 
 バティス科 
 サルウァドラ科 
 エンブリンギア科 
 トウァリア科 
 ペンタディプランドラ科 
 ギロステモン科 
 モクセイソウ科  * (旧ボルトウィキア科・旧スティクシス科を含む)
 フウチョウボク科  *
 フウチョウソウ科 
 アブラナ科  (=)

キク上群  
 ベルベリドプシス目 
 アエクストキシコン科 
 ベルベリドプシス科 
 ビャクダン目 
 オラクス科  (単系統ではない)
 ボロボロノキ科 
 ミソデンドルム科 
 オオバヤドリギ科 
 カナビキボク科 
 ビャクダン科  (単系統ではない)
 ツチトリモチ科 
 ナデシコ目 
 フランケニア科 
 ギョリュウ科 
 イソマツ科 
 タデ科 
 モウセンゴケ科 
 ウツボカズラ科 
 ドロソフィルム科 
 ディオンコフィルム科 
 ツクバネカズラ科 
 ラブドデンドロン科 
 シモンジア科 
 フィセナ科 
 アステロペイア科 
 マカルトゥリア科  *
 ミクロテア科  *
 ナデシコ科 
 アカトカルプス科 
 ヒユ科 
 ステグノスペルマ科 
 リメウム科  *
 ロフィオカルプス科 
 ケワ科  *
 バルベウイア科 
 ギセキア科 
 ハマミズナ科 
 ヤマゴボウ科  *
 ペティウェリア科  * (旧リウィナ科を含む)
 サルコバトゥス科 
 オシロイバナ科 
 ザクロソウ科  *
 ヌマハコベ科 
 ディディエレア科 
 ツルムラサキ科 
 ハロフィトゥム科 
 ハゼラン科 
 スベリヒユ科 
 アナカンプセロス科 
 サボテン科

キク類  
 ミズキ目 
 ヌマミズキ科 
 ヒドロスタキス科 
 アジサイ科 
 シレンゲ科 
 クルティシア科 
 グルッビア科 
 ミズキ科 
 ツツジ目 
 ツリフネソウ科 
 マルクグラフィア科 
 テトラメリスタ科 
 フーキエリア科 
 ハナシノブ科 
 サガリバナ科 
 スラデニア科 
 ペンタフィラクス科 
 アカテツ科 
 カキノキ科 
 サクラソウ科 
 ツバキ科 
 ハイノキ科 
 イワウメ科 
 エゴノキ科 
 サラセニア科 
 ロリドゥラ科 
 マタタビ科 
 リョウブ科 
 キリラ科 
 ツツジ科 
 ヤッコソウ科 (目内の位置は不明)
 クロタキカズラ目  †
 オンコテカ科 
 クロタキカズラ科  *
 メッテニウサ目  †
 メッテニウサ科  *
 ガリア目 
 トチュウ科 
 ガリア科 
 リンドウ目 
 アカネ科 
 リンドウ科 
 マチン科 
 ゲルセミウム科  * (旧プテレオカルパ科を含む)
 キョウチクトウ科 
 ムラサキ目  †
 ムラサキ科  (旧Codonaceae科を含む)
 ヴァーリア目  †
 ヴァーリア科 
 ナス目 
 ヒルガオ科 
 ナス科 
 モンティニア科 
 ナガボノウルシ科 
 セイロンハコベ科 
 シソ目 
 プロコスペルマ科 
 カルレマニア科 
 モクセイ科 
 テトラコンドラ科 
 キンチャクソウ科 
 イワタバコ科  * (ペルタンテラ属の分類群の位置には問題があるため除外)
 オオバコ科 
 ゴマノハグサ科 
 スティルベ科 
 アゼナ科 
 ビブリス科 
 ツノゴマ科 
 ゴマ科 
 キツネノマゴ科 
 ノウゼンカズラ科 
 タヌキモ科 
 シュレーゲリア科 
 トマンデルシア科 
 クマツヅラ科 
 シソ科  (=)
 サギゴケ科 
 ハエドクソウ科  *
 キリ科 
 ハマウツボ科  * (旧リンデンベルギア科・旧アカヤジオウ科を含む)
 モチノキ目 
 ステモヌルス科 
 ヤマイモモドキ科 
 フィロノマ科 
 ハナイカダ科 
 モチノキ科 
 キク目 
 ロウセア科 
 キキョウ科 
 ユガミウチワ科 
 スティリディウム科 
 アルセウオスミア科 
 フェリネ科 
 アルゴフィルム科 
 ミツガシワ科 
 クサトベラ科 
 カリケラ科 
 キク科  (=)
 エスカロニア目 
 エスカロニア科 
 ブルニア目 
 コルメリア科 
 ブルニア科 
 パラクリフィア目 
 パラクリフィア科 
 マツムシソウ目 
 レンプクソウ科  (=)
 スイカズラ科 
 セリ目 
 ペンナンティア科 
 トリケリア科 
 グリセリニア科 
 トベラ科 
 ウコギ科 
 ミオドカルプス科 
 セリ科  (=)

系統  
APG IVが基づいた被子植物の系統樹を下記に示す。