あ行
安楽寿院、円光寺、黄梅院

か行
勧修寺、北野天満宮、北村美術館、京都国立博物館、京都府立京都学・歴彩館、清水寺、鞍馬寺、建勲神社(→「た行」)、建仁寺、高山寺、高台寺、高桐院、広隆寺、金地院

さ行
三十三間堂(所有者は妙法院)、三千院、聖護院、相国寺、勝持寺、承天閣美術館(所有者は相国寺)、正伝寺、上品蓮台寺、青蓮院、神光院、神護寺、真珠庵、真正極楽寺、随心院、清凉寺、泉屋博古館、泉涌寺、禅林寺

た行
大覚寺、退耕庵、醍醐寺、大仙院、退蔵院、大徳寺、大報恩寺、建勲神社、檀王法林寺、知恩院、知恩寺、智積院、長福寺、月輪寺、天授庵、天龍寺、東寺、東福寺、豊国神社

な行
南禅寺、西本願寺、二尊院、仁和寺、野村美術館

は行
東本願寺(所有者は真宗大谷派)、毘沙門堂、平等寺、藤井斉成会有鄰館、峰定寺、法界寺、法金剛院、細見美術館(細見美術財団)、本禅寺、本能寺、本法寺

ま行
曼殊院、万寿寺、壬生寺、妙顕寺、妙心寺、妙法院、妙蓮寺

やらわ行
八坂神社、陽明文庫、来迎院 (京都市左京区)、龍光院、霊雲院(東山区)、冷泉家時雨亭文庫、鹿王院、鹿苑寺、六波羅蜜寺、廬山寺

一覧 (2) 
一覧 (1) に記載した以外の社寺等所有の文化財については本欄に記載する。

京都府
京都府立京都学・歴彩館保管分については同館の項を参照
京都府(京都文化博物館管理)
紙本淡彩柳下童子図 池大雅筆 八曲一隻
京都府(京都府埋蔵文化財調査研究センター保管)
京都府聚楽第跡出土金箔瓦
京都府奈具岡遺跡出土品(弥生時代)
京都府(京都府立盲学校・京都府立聾学校保管)
京都盲唖院関係資料
京都市(京都国立博物館寄託)
紙本金地著色舞踊図 六曲小屏風一隻
木造地蔵菩薩立像 永仁三年銘
銅造不動明王立像 建治二年銘
毛詩正義(秦風残巻)4枚
宋版纂図互註尚書(普門院本)4冊
京都市(京都市考古資料館保管)
平安宮豊楽殿跡出土品
京都市(京都市歴史資料館保管)
兵庫北関入船納帳
岩倉具視関係資料
京都市(二条城所在)
二条城二之丸御殿障壁画
京都市(京都市京セラ美術館保管)
絵になる最初 竹内栖鳳筆 大正2年 絹本著色
京都国立博物館(国立文化財機構)
京都国立博物館所蔵文化財一覧を参照。
玉鳳院 右京区花園妙心寺町
木造玩具船(豊臣棄丸所用)
天授院 右京区花園妙心寺町
法華経譬喩品
龍泉庵 右京区花園妙心寺町
紙本墨画猿猴図 長谷川等伯筆 2幅
東海庵 右京区花園妙心寺町
紙本水墨瀟湘八景図 伝狩野元信筆 4幅
絹本著色十六羅漢像
絹本淡彩花鳥図 陳子和筆 2幅
孝明天皇宸翰徽号勅書
霊雲院 右京区花園妙心寺町
紙本水墨淡彩山水花鳥図 伝狩野元信筆 49幅
後奈良天皇宸翰円満本光国師号勅書
聖沢院 右京区花園妙心寺町
絹本著色摩利支天像
天球院 右京区花園妙心寺町
方丈障壁画 152面
紙本金地著色竹虎図 襖貼付16、戸襖貼付4(室中)
紙本金地著色梅遊禽図 襖貼付8、戸襖貼付10(上二之間)
紙本金地著色籬草花図 襖貼付8、戸襖貼付10(下二之間)
紙本金地著色牡丹・槇図 襖貼付2(仏壇之間)
紙本金地著色牡丹唐獅子図 仏壇小襖貼付4(仏壇之間)
紙本墨画竹叭々鳥図 襖貼付8(仏壇之間)
紙本墨画山水人物図 襖貼付7、障子腰貼付4、壁貼付1、床貼付4、違棚貼付7、同天袋貼付4、附書院貼付3、同障子腰貼付4(上一之間)
紙本墨画山水人物図 襖貼付9、戸襖貼付4、壁貼付1、床貼付4(下一之間)
紙本墨画山水人物図 襖貼付2(眠蔵)
著色杉戸絵牡丹図4、枯木鳥図2、瀑布楓図2、梅鷹図4、人物図2、草花図1、盆栽図1、鶏図2、林和靖図2、雪雀図2、竹図2、竹鶏図2、花籠図2、附:杉戸絵4面
法華経陀羅尼品
春光院 右京区花園妙心寺町
銅鐘(南蛮寺鐘)
絹本著色東方朔奪桃図
隣華院 右京区花園妙心寺町
紙本墨画山水図(方丈室中襖貼付)伝長谷川等伯筆 20面
木造豊臣棄丸坐像
大心院 右京区花園妙心寺町
絹本著色羅漢像
春浦院 右京区花園坤南町
紙本著色福富草紙 2巻
智勝院 右京区花園妙心寺町
絹本著色稲葉一鉄像 天正十七年玉甫紹琮賛
壽聖院 右京区花園妙心寺町
絹本著色石田正継像 文禄三年伯蒲慧稜賛
 桂春院  右京区花園寺ノ中町 
無明慧性墨蹟 
地蔵院 右京区花園扇野町
木造地蔵菩薩坐像
袋中庵 右京区花園円成寺町
琉球神道記 上下(袋中自筆本)
西光寺 右京区太秦多藪町
木造阿弥陀如来坐像
法雲院 右京区太秦蜂岡町
寂室元光消息
 龍安寺  右京区竜安寺御陵下町 
太平記12冊
遍照寺 右京区嵯峨広沢西裏町
木造不動明王坐像
木造十一面観音立像
宝筐院 右京区嵯峨釈迦堂門前南中院町
絹本著色足利義詮像
 愛宕念仏寺  右京区嵯峨鳥居本深谷町 
木造千観内供坐像
妙智院 右京区嵯峨天龍寺芒ノ馬場町
絹本著色夢窓国師像 無等周位筆
絹本著色策彦和尚像
策彦入明記録及送行書画類 14種
三秀院 右京区嵯峨天龍寺芒ノ馬場町
白地二重蔓牡丹文金襴九条袈裟
慈済院 右京区嵯峨天龍寺芒ノ馬場町
絹本著色足利義持像
絹本著色夢窓疎石像(観応二年自賛)・絹本著色無極志玄像(延文四年自賛(空谷明応筆))
蘇芳地連雲文金襴袈裟
弘源寺 右京区嵯峨天龍寺芒ノ馬場町
木造毘沙門天立像
福田美術館 右京区嵯峨天龍寺芒ノ馬場町
絹本著色于公高門図 渡辺崋山筆
紙本著色草花図 六曲一隻 深江芦舟筆
 愛宕神社  右京区嵯峨愛宕町 
革包太刀(笹丸)則宗の銘あり
 妙光寺  右京区宇多野上ノ谷町 
黄地花入菱花鳥文唐綾九条袈裟(無本覚心所用)永仁二年墨書
慰称寺 右京区梅ヶ畑檜社町
木造地蔵菩薩立像
西明寺 右京区梅ケ畑槇尾町
木造釈迦如来立像
木造千手観音立像
 常照皇寺  右京区京北井戸町丸山 
木造阿弥陀如来及両脇侍坐像
中道寺 京都市右京区京北上中町筒江口
木造増長天立像
福徳寺 京都市右京区京北下中町寺ノ下
木造薬師如来坐像
木造持国天・増長天立像
 法輪寺  西京区嵐山虚空蔵山町 
木造持国天・多聞天立像
 松尾大社  西京区嵐山宮町 
木造神像 3躯(男神坐像1、女神坐像2)
 西芳寺  西京区松尾神ケ谷町 
絹本著色夢窓疎石像
 地蔵院  西京区山田北ノ町 
銅造千手観音坐像
本願寺西山別院 西京区川島北裏町
本堂障壁画 8面
紙本金地著色松に藤図 襖貼付4
紙本金地著色桜に牡丹図 襖貼付4
 善峯寺  西京区大原野小塩町 
絹本著色大元帥明王像
 正法寺  西京区大原野南春日町 
木造千手観音立像
願徳寺(宝菩提院) 西京区大原野南春日町
○木造菩薩半跏像
木造薬師如来立像
喜春庵 西京区大原野上里南町
木造十一面観音立像
 大蓮寺  左京区二条通東大路西入一筋目下る正往寺町 
木造薬師如来立像
西方寺 左京区東大路通二条下る北門前町
木造阿弥陀如来坐像
 頂妙寺  左京区仁王門通川端東入大菊町 
紙本墨画牛図 双幅 俵屋宗達筆 烏丸光広賛
 要法寺  左京区新高倉通孫橋上る法皇寺町 
金銅蓮華唐草文透彫経箱
南禅院 左京区南禅寺福地町
木造亀山法皇坐像
木造一山一寧坐像
聴松院 左京区南禅寺福地町
絹本著色細川蓮丸像
絹本著色天境霊致像
牧護庵 左京区南禅寺福地町
絹本著色約翁徳倹像
平安神宮 左京区岡崎西天王町
京都電気鉄道電車(京都市交通局二号電車)明治44年、梅鉢鉄工場製
満願寺 左京区岡崎法勝寺町
絹本著色三仏諸尊集会図 趙璚(王偏に「矞」)筆
神慈秀明会 左京区鹿ケ谷下宮ノ前町
MIHO MUSEUM(滋賀県)の項を参照。
金戒光明寺 左京区黒谷町
紙本著色山越阿弥陀図・地獄極楽図
木造千手観音立像
積善院 左京区聖護院中町
木造不動明王立像
善導院 左京区田中門前町
木造善導大師立像
京都大学 左京区吉田本町
京都大学総合博物館保管分は同館の項を参照。