出光美術館、永青文庫、大倉集古館(大倉文化財団)、寛永寺、国立科学博物館、国立公文書館、護国寺、五島美術館、金剛寺 (日野市)、サントリー美術館(サントリー芸術財団)、静嘉堂文庫、總持寺、増上寺、 台東区立書道博物館、東京国立近代美術館(独立行政法人国立美術館)、東京国立博物館(国立文化財機構)、東京大学史料編纂所、東京大学総合研究博物館、東京都江戸東京博物館、東洋文庫、根津美術館、 畠山記念館(荏原畠山記念文化財団)、日枝神社、平木浮世絵財団、前田育徳会、三井記念美術館(三井文庫)、武蔵御嶽神社、山種美術館(山種美術財団)、霊雲寺

文化庁保管分については「文化庁保管文化財一覧」を参照
東京国立博物館保管分(国立文化財機構所有)については「東京国立博物館所蔵文化財一覧」を参照

一覧 (2) 
一覧 (1) に記載した以外の社寺等所有の文化財については以下に記載する。

日本国所有(文化庁保管)
文化庁保管文化財一覧を参照
日本国所有(国立国会図書館保管)
天台山記
満済准后日記
宋版姓解
師守記 自筆本 63巻(附:応安四年同七年記、目録)
釈氏往来 正安四年書写奥書
対馬宗家倭館関係資料 1593点
新修浄土往生伝 巻上下 2帖 大治三、五年書写奥書
弘安礼節
小野蘭山関係資料 24点 附 小野蘭山像1幅
銘尽(工芸品部門の指定)
日本国所有(外務省外交史料館保管)
日米和親条約批准書交換証書 安政二年正月五日 1通 附:老中阿部正弘委任状草稿 安政元年十二月 2通
日米条約調印書 安政四年五月二十六日 1冊
日米修好通商条約(条約調印書・貿易章程 安政五年六月十九日、米国大統領批准書 一八六〇年四月十二日 1冊、批准書交換証書 安政七年四月三日 1冊、改税約書 慶応二年五月十三日 2冊)
日英修好通商条約(条約調印書・貿易章程 安政五年七月十八日 1冊、英国女王批准書 一八五八年十一月二十二日 1冊、批准書交換証書 安政六年六月十二日 1冊、ロンドン覚書 一八六三年六月六日 1冊、改税約書 慶応二年五月十三日 2冊)
日仏修好通商条約(条約調印書・貿易章程 安政五年九月三日 1冊、仏国皇帝批准書 一八五九年三月三十日 1冊、批准書交換証書 安政六年八月二十六日 1冊、第七条第十九条説明書 安政六年九月二十二日 1冊、改税約書 慶応二年五月十三日 1冊)
通信全覧320冊・続通信全覧1,784冊
日本国所有(日本学士院保管)
藤田貞資関係資料
東京国立博物館(国立文化財機構)
東京国立博物館所蔵文化財一覧を参照
東京都
東京都江戸東京博物館保管分については同館の項を参照
江戸城造営関係資料(甲良家伝来)(東京都立中央図書館保管)
土製耳飾 東京都調布市布田町下布田遺跡出土(江戸東京たてもの園保管)
東京都前田耕地遺跡出土品(東京都埋蔵文化財センター保管)
東京府・東京市行政文書33807点(東京都公文書館保管)
東京市営乗合自動車(円太郎バス)(東京都交通局西高島平駅倉庫保管)
日本郵政(株) 千代田区霞が関(墨田区押上 郵政博物館保管)
エレキテル 平賀家伝来
エンボッシング・モールス電信機 2台(附:木箱2合)
ブレゲ指字電信機 4台
読売新聞東京本社 千代田区大手町
木造聖観音立像(東京都稲城市 よみうりランド保管)
木造妙見菩薩立像 正安三年、仏師院命銘(東京都稲城市 よみうりランド保管)
絹本著色一休宗純像 寛正三年自賛
明治大学 千代田区神田駿河台
岩宿遺跡出土品
下野出流原遺跡出土品
埼玉県砂川遺跡出土品(旧石器時代)
神奈川県夏島貝塚出土品
専修大学 千代田区神田神保町
長秋詠藻 上中下 永仁四年藤原為世書写奥書
古今和歌集 上下2帖 宝治三年藤原師継書写奥書
石川武美記念図書館 千代田区神田駿河台
古葉略類聚鈔 建長二年書写奥書
秘府略 巻第八百六十四
医心方 巻第廿二
古律書残篇・不空三蔵表制集 巻第六(紙背)
梅沢記念館 千代田区神田駿河台
紙本著色山水図 浦上玉堂筆
絹本墨画石菖蒲図 子庭祖柏筆
紙本墨画布袋図 偃谿黄聞賛
紙本墨画淡彩陶淵明愛菊図 応永三十二年惟肖得巌賛
古瀬戸黄釉巴文壺
釉裏紅草花文大壺(元時代)
絵唐津松樹文大皿
南浦紹明墨蹟 法語 正安三初冬
書芸文化院 千代田区神田小川町
伝藤原行成筆仮名消息
太子刷護経(天平十二年三月十五日藤原夫人願経)
日本大学 千代田区九段南
法華経 巻第一(白点本)
後撰和歌集 上下(天福本)冷泉為相書写校合奥書
大斎院御集
拾遺和歌集 上下 寛元三年真観書写本奥書
長秋詠藻
土御門院御集
六百番歌合 4帖
明月記 嘉禄元年夏 天福元年十一・十二月
法政大学 千代田区富士見
謡本 百二十番(車屋本)鳥養道晰筆 21帖
曲舞 三十番(車屋本)鳥養道晰筆 1帖
アーティゾン美術館(石橋財団) 中央区京橋(法人所在地は港区麻布永坂町)
絹本淡彩四季山水図 4幅 伝雪舟筆
紙本金地著色孔雀葵花図 尾形光琳筆 二曲一双
○紙本墨画禅機図断簡(丹霞焼仏図)因陀羅筆
天平の面影 藤島武二筆 油絵、麻布1902年
黒扇 藤島武二筆 油絵、麻布
海の幸 青木繁筆 油絵、麻布1904年
わだつみのいろこの宮 青木繁筆 油絵、麻布1907年
古今和歌集第一断簡(高野切)(さくらのはな)
飛青磁花瓶
丸紅 中央区日本橋
染分縮緬地襷菊青海波文様友禅染振袖
国立印刷局 港区虎ノ門
スタンホープ印刷機(北区王子 お札と切手の博物館保管)
慶應義塾 港区三田
○秋草文壺 神奈川県川崎市南加瀬出土
大かうさまくんきのうち 太田牛一筆
後鳥羽院御抄並越部禅尼消息 
相良家文書(1,253通、30巻、84冊、1帖、21鋪 附:鎧小札残欠209枚、鉄二枚胴具足残欠2枚)
解剖存真図 2巻 南小柿寧一筆
対馬宗家関係資料(朝鮮通信使記録417点、記録類478点) 
武蔵国日吉矢上古墳出土品 
岩偶・岩版 秋田県鹿角郡小坂町小坂鉱山尾樽部出土
台北駐日経済文化代表処 港区白金台
銅造釈迦如来坐像(北魏)
絹本著色観音曼荼羅図(後晋)
松岡美術館 港区白金台(所有者は新宿区西新宿 松岡地所株式会社)
紙本墨画淡彩竹林閑居図 永享七年竹庵大縁賛に周文筆とあり
大師会 港区芝公園
絹本著色弘法大師像
崔子玉座右銘断簡
天真寺 港区南麻布
絹本著色十六羅漢像
 善福寺  港区元麻布
木造了海坐像
(株)東芝 港区芝浦
万年自鳴鐘 田中久重作 嘉永四年(国立科学博物館保管)
 乃木神社  港区赤坂
刀 銘備前国住長船次郎左衛門尉勝光子次郎兵衛尉治光 一期一腰作之佐々木伊予守
常盤山文庫 港区南青山
紙本淡彩送海東上人帰国図
紙本淡彩帰郷省親図
絹本著色柿本人麿像 詫磨栄賀筆
紙本墨画拾得図 虎巌浄伏賛
絹本著色茉莉花図
○馮子振墨蹟 画跋(附 千利休添状(正月六日))
○清拙正澄墨蹟 遺偈 暦応二年正月十七日
蘭渓道隆墨蹟 諷誦文
大休正念墨蹟 尺牘
宗峰妙超墨蹟 十一月八日 祐公庵主宛
退耕徳寧墨蹟 上堂語 景定壬戌
竺仙梵僊墨蹟 与潜渓処謙入祖堂語 壬午(康永元年)五月四日
剱門妙深墨蹟 与聖一国師尺牘 淳祐己酉四年望日
断谿妙用墨蹟 白雲雅号偈 咸淳己巳
無等恵融墨蹟 与簡上人法語
済川若楫墨蹟 与山叟慧雲尺牘(附 文英清韓添状)
中峰明本墨蹟 与済侍者警策
石室善玖墨蹟 拈香語 貞治二年二月廿五日
友雲士思・月江正印墨蹟 唱和偈
仏鑑禅師墨蹟 禅院額字「巡堂」 東福寺伝来
無学祖元墨蹟 重陽詩 弘安二年臘八
古剱智訥墨蹟 拈香語 癸卯歳結制之後十五日
足利尊氏自筆願文 建武三年八月十七日清水寺宛
早稲田大学 新宿区戸塚町
○玉篇 巻第九残巻
○礼記子本疏義 巻第五十九
大槻玄沢関係資料 169点
崇光天皇宸翰願文 永和二年十一月十一日 伊勢太神宮宛
尾張国解文
東大寺文書(15通)10巻
近江国香庄文書(31通)6巻
埴輪女子像 埼玉県児玉郡児玉町出土
東洋大学 文京区白山
狭衣(伝二条為明本)4帖
東京大学 文京区本郷
東京大学史関係資料 1093点(東京大学史資料室・総合図書館保管)
東京大学総合研究博物館保管分は同館の項を参照
東京大学史料編纂所保管分は同所の項を参照
宝生会 文京区本郷
能面翁(白色尉)(伝日光作)
能面獅子口(伝赤鶴作)
能面小獅子
能面大悪尉(伝赤鶴作)
能面癋見悪尉(伝赤鶴作)
能面猿癋見(伝赤鶴作)
能面猿飛出 治部法眼康吉作
能面真蛇(伝赤鶴作)
能面般若(平型)(伝赤鶴作)
能面橋姫(伝夜叉作)
能面怪士(木汁)(伝徳若作)
能面大喝食(伝龍右衛門作)
能面喝食(伝龍右衛門作)
能面増(節木)(伝増阿弥作)
根津神社 文京区根津
太刀 銘長光
太刀 銘備州長船秀光 康暦二年二月 日
吉祥寺 文京区本駒込
絹本著色翠竹図 顧安筆
刀 無銘 伝国行
台東区
墓守 朝倉文夫作 石膏原型 1910年(台東区立朝倉彫塑館保管)
台東区
台東区立書道博物館保管分については同館の項を参照
凸版印刷(株) 台東区台東(文京区水道 印刷博物館保管)
駿河版銅活字23箱(銅大字866箇、銅小字31,300箇、木活字50,813箇)附:銅罫線88箇、銅輪廓18箇、摺板2枚
横山大観記念館 台東区池之端
木造不動明王立像
 護国院  台東区上野公園
絹本著色愛染明王像
 上野東照宮  台東区上野公園
紫地葵紋付桐文散辻が花染胴服
 東京芸術大学  台東区上野公園
○紙本著色絵因果経 巻第四下
板絵著色弁才天梵天帝釈天四天王像 7面(厨子後板及扉)
紙本著色小野雪見御幸絵詞
絹本著色羅漢図 2幅
絹本著色弥勒来迎図
板絵著色天部像(醍醐寺五重塔壁画断片)2面
紙本金地著色槙楓図 六曲一隻 尾形光琳筆
絹本著色悲母観音図 狩野芳崖筆 附:画稿1巻3幅
紙本著色不動明王 狩野芳崖筆
紙本著色白雲紅樹図 橋本雅邦筆
鮭 高橋由一筆 油絵、紙
花魁 高橋由一筆 油絵、麻布
収穫 浅井忠筆 油絵、麻布
靴屋の親爺 原田直次郎筆 油絵、麻布 1886年
序の舞 上村松園筆 絹本著色 1936年
銅造菩薩立像
日本の婦人像 ヴィンチェンツォ・ラグーザ作 石膏原型
○観世音寺資財帳 3巻
白銅鏡 鏡面蔵王権現像 背面双鳳天馬文様
瑞花双鸞八稜鏡 鏡面仏像線刻 鏡背寛弘四年銘
法隆寺裂7枚(楽天刺繍幡残欠2、蜀江錦幡残欠、蜀江錦、間道錦2、毯代残欠)
金錯狩猟文銅筒
彫金後藤家関係資料 一括(東京藝術大学附属図書館、東京藝術大学大学美術館保管)
浅草寺 台東区浅草
○法華経(開結共)10巻
大蔵経(元版)5,428巻
徳本寺 台東区西浅草
絹本著色本多正信像(附:同夫人像)
日本美術刀剣保存協会 墨田区横網
太刀 銘正恒
○太刀 銘延吉
太刀 銘兼永
短刀 銘兼氏
短刀 銘清綱
太刀 無銘福岡一文字
太刀 銘信房作
○太刀 銘国行
○太刀 銘国行
太刀 銘備前国住人雲次正和二二(四)年十月日
西光寺 品川区大井
金小札色々威胴丸
 品川寺  品川区南品川
絹本著色仏眼曼荼羅図
アルカンシエール美術財団 品川区東五反田
国宝・重要文化財は群馬県渋川市所在、関東地方の重要文化財一覧を参照。
 日本民藝館  目黒区駒場
絵唐津芦文壺
 大円寺  目黒区下目黒
木造釈迦如来立像 附:像内納入品
池上本門寺 大田区池上
木造日蓮聖人坐像
兄弟抄 日蓮筆
世田谷区
東京都野毛大塚古墳出土品(世田谷区立郷土資料館保管)
駒澤大学 世田谷区駒沢
松平家忠日記 7冊
大東急記念文庫 世田谷区上野毛
五島美術館の項を参照
世田谷山観音寺 世田谷区下馬
木造不動明王及八大童子像 9躯 康円作(附:紙本墨書造像願文 文永九年大仏師法眼康円絵仏師法橋重命とあり)
徳川ミュージアム 世田谷区等々力
重要文化財は茨城県水戸市所在、関東地方の重要文化財一覧を参照。