芦浦観音寺、石馬寺、石山寺、永源寺、延暦寺、近江神宮、大嶋神社奥津嶋神社、小槻大社、園城寺、木之本地蔵院(浄信寺)、鶏足寺、金剛輪寺、金勝寺、西教寺、西明寺、石道寺、舎那院、浄厳院、聖衆来迎寺、常楽寺、善水寺、長寿寺、長命寺、飯道寺、彦根城博物館、日牟禮八幡宮、百済寺、宝厳寺、MIHO MUSEUM(神慈秀明会、秀明文化財団)、明王院、櫟野寺

以下の寺院(延暦寺の里坊)については、延暦寺の項を参照
恵光院、恵日院、求法寺、玉蓮院、弘法寺、実蔵坊、寿量院、乗実院、大林院、妙行院、明徳院
(以上の各寺院の住所は大津市坂本。各寺院について、宗教法人延暦寺が文化財保護法に規定する管理団体に指定されている。)

一覧 (2) 
一覧 (1) に記載した以外の社寺等所有の文化財については以下に記載する。

滋賀県
紙本著色近江名所図 六曲一双(滋賀県立近代美術館保管)
袈裟襷文銅鐸2口・突線袈裟襷文銅鐸7口・流水文銅鐸1口 滋賀県野洲町小篠原大岩山出土(滋賀県立安土城考古博物館保管)
近江新開古墳出土品(滋賀県立安土城考古博物館保管)
滋賀県雪野山古墳出土品(東近江市埋蔵文化財センター保管)
滋賀県西河原遺跡群出土木簡64点(滋賀県立安土城考古博物館保管)
東寺文書(107通)7巻、3冊、94通(滋賀県立琵琶湖博物館保管)
大津市(大津市歴史博物館保管)
鴟尾4箇 滋賀県山ノ神4号窯跡出土
大津百艘船関係資料
地主神社 大津市葛川坊村町
木造国常立尊坐像
木造男神坐像(五)・女神坐像(一)・僧形坐像(一)7躯
慈眼庵 大津市伊香立北在地町 
木造仏像(寺伝聖観音立像)
新知恩院 大津市伊香立下在地町
絹本著色阿弥陀二十五菩薩来迎図
絹本著色六道絵 6幅
西勝寺 大津市真野谷口町
木造阿弥陀如来立像 建仁三年作(附:像内納入品)
満月寺 大津市本堅田
木造聖観音坐像
真迎寺 大津市仰木 
木造地蔵菩薩立像(飛地地蔵堂所在)
専念寺 大津市仰木
木造薬師如来坐像
東光寺 大津市仰木
木造千手観音立像(下仰木観音堂所在)
福領寺 大津市雄琴
木造阿弥陀如来坐像
 日吉大社  大津市坂本 
日吉山王金銅装神輿 7基
盛安寺 大津市坂本
木造十一面観音立像
宝光寺 大津市坂本
木造阿弥陀如来立像
金台院 大津市坂本
絹本著色天台三祖師像
安楽律院 大津市坂本本町 
絹本著色弥陀三尊二十五菩薩来迎図
絹本著色千手観音像
真光寺 大津市下阪本
木造地蔵菩薩半跏像
銅造観音菩薩立像
木下美術館 大津市比叡平
京都府法住寺殿跡出土品
大練寺 大津市三井寺町
絹本著色十六羅漢像 12幅
 関蝉丸神社  大津市逢坂 
石燈籠
安養寺 大津市逢坂
木造阿弥陀如来坐像
乗念寺 大津市京町
木造聖観音立像
九品寺 大津市京町
木造観音菩薩立像
上京町月宮会 大津市京町
四宮祭月宮殿山飾毛綴
太間町竜門会 大津市中央
四宮祭鯉山飾毛綴
石坐神社 大津市西の庄
木造天命開別命坐像
木造伊賀采女宅子媛坐像
木造弘文天皇坐像
木造彦坐王坐像
平野神社 大津市松本
木造猿田彦命坐像
難波家蹴鞠関係資料
清徳院 大津市膳所
木造阿弥陀如来坐像
建部大社 大津市神領
木造女神坐像(附 小女神坐像2躯)
石燈篭 文永七年銘
円福院 大津市富士見台
木造釈迦如来坐像
正法寺 大津市石山内畑町
木造地蔵菩薩立像
木造不動明王二童子立像
若松神社 大津市大江
木造獅子狛犬
若王寺 大津市大石中
木造仏像(寺伝弥勒菩薩立像)
法楽寺 大津市大石東
木造薬師如来坐像
正願寺 大津市大石竜門
木造地蔵菩薩坐像
常信寺 大津市大石富川町
木造釈迦如来及両脇侍像
安楽寺 大津市枝
木造薬師如来坐像
正法寺 大津市黒津
木造帝釈天立像
西岸寺 大津市和邇中
木造阿弥陀如来立像
天満神社 大津市北比良
木造天王立像
宝光寺 草津市北大萱町
木造薬師如来立像
西遊寺 草津市木川町 
木造薬師如来坐像(木川薬師堂所在)
木造毘沙門天立像(木川薬師堂所在)
常善寺 草津市草津
木造阿弥陀如来及両脇侍像
蓮海寺 草津市志那町
木造地蔵菩薩立像
 三大神社  草津市志那町 
石燈籠 正応四年銘
常教寺 草津市下寺町
木造聖観音立像
光伝寺 草津市矢倉
木造阿弥陀如来坐像
敬恩寺 栗東市荒張
木造阿弥陀如来立像
金胎寺 栗東市荒張
木造阿弥陀如来及両脇侍像 中尊永治二年銘
木造四天王立像 康治元年(持国天)・永治元年(増長天)銘
正徳寺 栗東市荒張
木造阿弥陀如来立像
安養寺 栗東市安養寺
木造薬師如来坐像
浄光寺 栗東市下鈎
木造阿弥陀如来立像
蓮台寺 栗東市下鈎(管理団体:延暦寺)
木造阿弥陀如来及両脇侍像(延暦寺保管)
新善光寺 栗東市林
木造阿弥陀如来立像
大宝神社 栗東市綣
木造狛犬 一対
善勝寺 栗東市御園
木造薬師如来坐像(栗東市東坂 阿弥陀寺所在)
木造千手観音立像(栗東市東坂 阿弥陀寺所在)
福正寺 栗東市六地蔵
木造地蔵菩薩立像
 小槻大社  栗東市下戸山
木造男神坐像(伝落別命)・木造男神坐像(伝大己貴命)
安楽寺 守山市勝部
木造千手観音立像
福林寺 守山市木浜町
木造十一面観音立像
小津神社 守山市杉江町
木造宇迦乃御魂命坐像
東福寺 守山市立入町
木造薬師如来坐像
蓮生寺 守山市三宅町
木造仏頭(飛地薬師堂所在)
東門院 守山市守山
木造不動明王及二童子像
真光寺 守山市矢島町
木造聖観音坐像(普門院観音堂所在)
 佐川美術館  守山市水保町北川(所有者:京都市南区上鳥羽角田町 佐川急便) 
○梵鐘
野洲市
滋賀県西河原遺跡群出土木簡31点(野洲市歴史民俗博物館保管)
岩蔵寺 野洲市大篠原
木造薬師如来立像
円光寺 野洲市久野部
木造阿弥陀如来坐像
真福寺 野洲市小篠原
木造地蔵菩薩立像
来迎寺 野洲市小南
木造聖観音立像
常念寺 野洲市永原
木造阿弥陀如来立像
聖応寺 野洲市南桜
木造阿弥陀如来坐像
報恩寺 野洲市南桜
銅造観音菩薩立像
安楽寺 野洲市市三宅
木造阿弥陀如来坐像
木造聖観音立像
 御上神社  野洲市三上 
木造狛犬 一対
宗泉寺 野洲市妙光寺
木造薬師如来坐像
木造毘沙門天立像
木造不動明王及二童子立像
観音寺 野洲市永原
芦浦観音寺の項を参照。
仏法寺 野洲市井口
木造聖観音立像
仏性寺 野洲市乙窪
木造阿弥陀如来坐像
西徳院 野洲市須原
木造薬師如来坐像
蓮乗寺 野洲市比江
木造毘沙門天立像
西得寺 野洲市比留田
木造薬師如来坐像
蓮長寺 野洲市比留田
木造十一面観音立像
法蔵寺 野洲市六条
絹本著色如意輪観音像
木造毘沙門天立像
 兵主大社  野洲市五条
白絹包腹巻 1具(附:鍍銀籠手金具、鍍銀臑当、茜威喉輪、白生絹袷小袖、萌黄地白茶格子生絹袷小袖、緂帯、唐櫃)
正福寺 湖南市正福寺
木造大日如来坐像
木造十一面観音立像
木造十一面観音立像3躯
木造薬師如来坐像
木造地蔵菩薩半跏像
永照院 湖南市三雲
木造十一面観音立像
上乗寺 湖南市三雲
木造十一面観音立像
菩提禅寺 湖南市菩提寺
木造阿弥陀如来立像
 吉御子神社  湖南市石部西 
木造吉彦命坐像(附:木造随身坐像2躯)
阿弥陀寺 甲賀市甲賀町櫟野
木造阿弥陀如来坐像
木造聖観音立像
大福寺 甲賀市甲賀町岩室
木造聖観音立像
常光寺 甲賀市甲賀町大原上田
木造十一面観音立像
長福寺(大原中) 甲賀市甲賀町大原中
木造阿弥陀如来坐像
木造仏頭
大岡寺(隠岐) 甲賀市甲賀町隠岐
木造薬師如来坐像(椿神社薬師堂所在)
妙音寺 甲賀市甲賀町小佐治
木造聖観音立像
安楽寺 甲賀市甲賀町小佐治
木造地蔵菩薩立像(妙音寺保管)
光明寺 甲賀市甲賀町五反田
木造十一面観音立像
龍福寺 甲賀市甲賀町滝
木造薬師如来坐像
長福寺(田堵野) 甲賀市甲賀町田堵野
木造聖観音坐像
大鳥神社 甲賀市甲賀町鳥居野
木造神像(社伝素盞嗚尊坐像)
誓光寺 甲賀市信楽町上朝宮
木造十一面観音立像・像内納入品
浄顕寺 甲賀市信楽町多羅尾
木造聖観音立像
清凉寺 甲賀市土山町青土
木造釈迦如来坐像
長松寺 甲賀市土山町黒川
木造大日如来坐像
見性庵 甲賀市土山町鮎河
大般若経(和銅五年十一月十五日長屋王願経)43帖
太平寺 甲賀市土山町鮎河
○大般若経(和銅五年十一月十五日長屋王願経)142帖
常明寺 甲賀市土山町南土山
○大般若経(和銅五年十一月十五日長屋王願経)27帖
泉福寺 甲賀市水口町泉
木造地蔵菩薩坐像
永昌寺 甲賀市水口町宇川
木造地蔵菩薩立像
千光寺 甲賀市水口町嶬峨
木造千手観音立像
持宝寺 甲賀市水口町酒人
木造如意輪観音坐像
福照寺 甲賀市水口町貴生川
木造大日如来坐像
智禅院 甲賀市水口町伴中山
木造地蔵菩薩半跏像
願隆寺 甲賀市水口町松尾
木造阿弥陀如来坐像
木造日光月光菩薩立像
大岡寺(水口町京町) 甲賀市水口町京町
木造千手観音立像(所在不明)
木造阿弥陀如来立像(所在不明)
水口神社 甲賀市水口町宮ノ前
木造女神坐像
西栄寺 甲賀市水口町八田
木造阿弥陀如来坐像
木造薬師如来坐像
誓蓮寺 甲賀市甲南町上馬杉
木造薬師如来坐像
福竜寺 甲賀市甲南町下馬杉
木造十一面観音立像
伊勢廻寺 甲賀市甲南町野川
木造十一面観音及両脇侍立像
浄福寺 甲賀市甲南町深川
木造千手観音坐像
嶺南寺 甲賀市甲南町竜法師
木造地蔵菩薩坐像
檜尾寺 甲賀市甲南町池田
木造千手観音立像
正福寺 甲賀市甲南町杉谷
木造十一面観音立像
木造釈迦如来坐像
金剛寺 蒲生郡日野町大谷
木造聖観音立像
法光寺 蒲生郡日野町北脇
木造薬師如来立像
西明寺 蒲生郡日野町西明寺
木造十一面観音立像
安楽寺 蒲生郡日野町下駒月
木造薬師如来坐像・阿弥陀如来坐像
木造増長天立像
光明院 蒲生郡日野町中山
木造阿弥陀如来坐像
金剛定寺 蒲生郡日野町中山
木造聖観音立像
木造不動明王二童子立像
正明寺 蒲生郡日野町松尾
木造千手観音及脇侍不動明王毘沙門天立像
長福寺 蒲生郡日野町松尾
木造十一面観音立像
 苗村神社 竜王町綾戸 
木造不動明王立像
正覚院 蒲生郡竜王町綾戸 
木造阿弥陀如来坐像
木造地蔵菩薩立像
吉祥寺 蒲生郡竜王町岡屋
木造阿弥陀如来坐像
浄満寺 蒲生郡竜王町田中 
木造薬師如来坐像
正光寺 蒲生郡竜王町西川
木造阿弥陀如来立像
正念寺 蒲生郡竜王町薬師
木造天部形立像
鏡神社 蒲生郡竜王町鏡
石灯籠 応永廿八年銘(飛地境内西光寺跡所在)
龍王寺 蒲生郡竜王町川守
木造十二神将立像
梵鐘
近江八幡市
安土山下町中掟書 天正五年六月日(附:八幡山下町中掟書)
東光寺 近江八幡市浅小井町
木造薬師如来立像
上野神社 近江八幡市安養寺町
木造素盞男尊坐像・大巳貴命立像・菅原道真坐像3躯
荘厳寺 近江八幡市安養寺町
木造釈迦如来立像
木造聖観音像(寺伝山越観音像)
木造空也上人立像
小田神社 近江八幡市小田町
木造大日如来坐像(近江八幡市十王町大日堂所在)
願福寺 近江八幡市加茂町
木造薬師如来坐像
生蓮寺 近江八幡市加茂町
木造阿弥陀如来坐像
専称寺 近江八幡市島町
木造阿弥陀如来立像
願成就寺 近江八幡市小船木町
木造十一面観音立像
木造地蔵菩薩立像
西来寺 近江八幡市千僧供町
木造阿弥陀如来立像
冷泉寺 近江八幡市千僧供町
木造千手観音立像
木造薬師如来坐像
木造地蔵菩薩立像
円満寺 近江八幡市多賀町
木造十一面観音立像
善性寺 近江八幡市田中江町 
木造薬師如来坐像(飛地薬師堂所在)
西光寺 近江八幡市中村町
木造地蔵菩薩坐像
西願寺 近江八幡市野村町
木造阿弥陀如来立像
真光寺 近江八幡市馬淵町
木造聖観音立像
福寿寺 近江八幡市馬淵町
木造千手観音立像 嘉応二年、仏師僧長順銘(附:像内納入品)
馬見岡神社 近江八幡市馬淵町
木造天津日子根命坐像・天戸間見命坐像2躯
木造女神坐像(四)・僧形神坐像(二)6躯
宝珠寺 近江八幡市円山町
木造毘沙門天立像
光照寺 近江八幡市森尻町 
木造薬師如来坐像
伊崎寺 近江八幡市白王町
木造不動明王坐像(附:木造二童子立像)
 捴見寺  近江八幡市安土町下豊浦
木造金剛力士立像 2躯
鉄鐔 永楽銭据文銀象嵌 伝織田信長所用
石部神社 近江八幡市安土町下豊浦
厨子入木造薬師如来坐像 厨子明徳二年銘
会勝寺 近江八幡市安土町下豊浦 
木造千手観音立像
東南寺 近江八幡市安土町下豊浦
木造地蔵菩薩立像
善徳寺 近江八幡市安土町常楽寺
梵鐘
 桑実寺  近江八幡市安土町桑実寺 
紙本著色桑実寺縁起絵巻 2巻
慈眼寺 東近江市瓜生津町 
銅造聖観音立像
興福寺 東近江市五智町
木造大日如来坐像
木造聖観音立像
生蓮寺 東近江市八日市清水
木造地蔵菩薩立像
光明寺 東近江市下羽田町
木造薬師如来坐像
木造大黒天立像
 今堀日吉神社  東近江市今堀町 
今堀日吉神社文書(947通)66冊
瓦屋寺 東近江市建部瓦屋寺町
木造千手観音立像
長楽寺 東近江市平田町
木造薬師如来坐像
 梵釈寺  東近江市蒲生岡本町
木造観音菩薩坐像
高木神社 東近江市蒲生岡本町
石灯籠 正和□年銘
竹田神社 東近江市鋳物師町
木造男神坐像 2躯
法雲寺 東近江市上麻生町
木造帝釈天立像
誓安寺 東近江市合戸町
木造阿弥陀如来坐像
 河桁御河邊神社  東近江市神田町 
石燈籠 延慶二二年(四年)銘
慈恩寺 東近江市五個荘清水鼻町
木造十一面観音立像
善明寺 東近江市横溝町
木造阿弥陀如来坐像
木造阿弥陀如来坐像 快俊作、長承二年銘	
八幡神社 東近江市政所町
能装束 紅地花唐草入菱繋文唐織(附:白地草花色紙散文縫箔肩裾)
退蔵寺 東近江市青野町
寂室元光墨蹟 越谿字号幷説 貞治五年 2幅
彦根市	
彦根城博物館保管分については同博物館の項を参照。