絵画 
仏画
○千手観音像 絹本著色
准胝観音像 絹本著色
准胝仏母像 絹本著色
○普賢菩薩像 絹本著色
○虚空蔵菩薩像 絹本著色
虚空蔵菩薩像 絹本著色
般若菩薩像 絹本著色
○孔雀明王像 絹本著色
一字金輪像 絹本著色
○十六羅漢像 絹本著色 16幅
仏涅槃図 絹本著色
玄奘三蔵像 絹本著色
先徳図像 紙本白描
十二天図像(珍海本) 紙本白描 6幅
十六羅漢像 絹本著色 10幅 金大受筆
羅漢図 絹本著色 蔡山筆

絵巻物・大和絵
○扇面法華経冊子 紙本著色
○地獄草紙 紙本著色
○餓鬼草紙 紙本著色
白描絵料紙金光明経 巻第四断簡
白描絵料紙金光明経 巻二、四断簡
華厳五十五所絵断簡(普賢菩薩)紙本著色
華厳五十五所絵断簡(文殊菩薩)紙本著色
華厳五十五所絵巻残欠 紙本著色
○一遍聖人絵伝 巻第七 絹本著色 法眼円伊筆 正安元年(1299年)
北野天神縁起絵巻(弘安本)紙本著色 2巻(断簡8図)
不動利益縁起 紙本著色
法然上人絵伝 紙本著色
法然上人絵伝 紙本著色
遊行上人絵伝(巻第三残巻、巻第七)紙本著色2巻
因幡堂縁起 紙本著色
佐竹本三十六歌仙絵巻断簡(住吉明神図) 紙本著色
佐竹本三十六歌仙絵巻断簡(壬生忠峯像) 紙本著色
東北院歌合 紙本淡彩
時代不同歌合絵 紙本白描
釈教三十六歌仙図断簡 紙本白描 1巻、1幅
馬医草紙 紙本著色
馬医草紙断簡 紙本著色
駿牛図断簡 紙本淡彩
鳥獣人物戯画甲巻断簡 紙本墨画
後三年合戦絵詞 紙本著色 3巻
○平治物語絵詞(六波羅行幸巻)紙本著色
住吉物語絵巻 紙本著色 1巻、2幅
天狗草紙 紙本著色 2巻(東寺・醍醐寺・高野山巻、延暦寺巻)附:天狗草紙模本2巻(東大寺巻、興福寺巻)狩野養信筆、紙本墨書天狗草紙詞書(延暦寺巻)1巻
土蜘蛛草紙 紙本著色
男衾三郎絵詞 紙本著色
紫式部日記絵巻断簡 紙本著色
狭衣物語絵巻断簡 紙本著色 5幅

室町水墨画・室町期大和絵	
芭蕉夜雨図 紙本墨画 応永17年(1410年) 朝鮮国奉礼使梁需等14名賛(附 紙本墨書画賛 円伊外1名筆 2枚)
蜆子和尚図 紙本墨画 可翁
○竹斎読書図 紙本墨画 伝周文 文安4年(1447)年竺雲等連の序並びに江西龍派等五僧の賛あり
四季山水図 紙本墨画淡彩 六曲一双 伝 周文
四季山水図 紙本墨画淡彩 六曲一双 伝 周文
寒山拾得図 紙本墨画 2幅 春屋宗園賛
文殊菩薩図 紙本墨画金彩 霊彩筆 龍崗真圭賛
山水図 紙本墨画 岳翁蔵丘
一休和尚像 紙本淡彩 墨斎
○秋冬山水図 紙本墨画 2幅 雪舟
○山水図(破墨山水図)紙本墨画 雪舟 明応4年(1495年)自序並びに月翁周鏡等六僧の賛あり
四季山水図 絹本淡彩 4幅 雪舟
四季花鳥図 紙本著色 六曲一双 伝 雪舟
松鷹図 紙本墨画 2幅 雪村
旧大仙院方丈障壁画 紙本墨画淡彩 24幅
禅宗祖師図 狩野元信筆 6幅(衣鉢の間)
故事人物図 14幅(書院の間)
果子図 4幅(書院の間天袋)
山水図 紙本淡彩 黙雲龍沢賛
達磨図 紙本墨画淡彩 一山一寧賛
観音図 絹本淡彩 良全
山水図 紙本墨画 享徳4年(1455年)竺雲等連賛
四季山水図 紙本墨画淡彩 六曲一双 楊月
蘭蕙同芳図 紙本墨画 玉畹梵芳 自賛あり
商山採芝図 紙本墨画 一庵一如賛
浜松図 紙本著色 六曲一双
浜松図 紙本著色 六曲一双
月次風俗図 紙本著色 八曲一隻
桃井直詮像 絹本著色 伝土佐光信
伝足利義政像 絹本著色 伝土佐光信
星光寺縁起 紙本著色 2巻 詞三条西実隆筆
清水寺縁起 紙本著色 3巻 絵土佐光信、詞三条西実隆等筆
牡丹花肖柏像 絹本著色 大永七年常庵竜崇賛
孔子像 絹本著色
日月山水図 紙本著色 六曲屏風二隻
厩図 紙本著色 六曲一双
松図 紙本金地著色 六曲一隻

近世絵画
○洛中洛外図 紙本金地著色(舟木本) 六曲一双 岩佐勝以
琴棋書画図 紙本著色 六曲一双 海北友松
山水図 紙本淡彩 六曲一双 雲谷等顔
伝名和長年像 紙本著色 長谷川信春
牧馬図 紙本著色 六曲一双 長谷川信春(等伯)
○松林図 紙本墨画 六曲一双 長谷川等伯
○観楓図 紙本著色 六曲一隻 狩野秀頼
○花下遊楽図 紙本著色 六曲一双 狩野長信
○檜図 紙本金地著色 四曲一双 伝狩野永徳 
許由巣父図 紙本墨画 2幅 狩野永徳
車争図 紙本著色 四曲一隻 伝狩野山楽
○納涼図 紙本淡彩 久隅守景
竹梅図 紙本金地墨画 二曲一隻 尾形光琳
風神雷神図 紙本金地著色(尾形光琳)・風雨草花図 紙本銀地著色(酒井抱一)※もと二曲一双屏風の表裏
蔦の細道図 紙本金地著色 六曲一隻 深江芦舟
秋草図 紙本金地著色 六曲一双 俵屋宗雪 
関屋図 紙本金地著色 六曲一隻 伝俵屋宗達
○楼閣山水図 紙本金地著色 六曲一双 池大雅
西湖春景・銭塘観潮図 紙本淡彩 六曲一双 池大雅
山野行楽図 紙本淡彩 六曲一双 与謝蕪村
公余探勝図 絹本著色 2巻 谷文晁 寛政5年(1793年)
○鷹見泉石像 絹本淡彩 渡辺崋山
佐藤一斎像 絹本著色 渡辺崋山 文政4年(1821年)
山中結廬図 絹本淡彩 浦上玉堂 寛政4年(1792年)
松巒古寺図 紙本淡彩 田能村竹田 天保4年(1833年)の賛あり
葡萄図 絹本淡彩 立原杏所 天保6年(1835年)
兎道朝噋図 紙本著色 青木木米 文政7年(1824年)
山水図 紙本淡彩 六曲一双 彭城百川 延享4年(1747年)
浅間山図 紙本著色 六曲一隻 亜欧堂田善
歌舞伎図 紙本金地著色 六曲一双 菱川師宣(推定)
風俗図 紙本著色 1巻 宮川長春
市川團十郎の竹ぬき五郎図 版画 鳥居清倍
寛政六年五月興行江戸三座役者似顔絵 版画 27枚 東洲斎写楽(「市川鰕蔵の竹村定之進図」「大谷鬼次の奴江戸兵衛図」等を含む。明細は後出)
娘日時計図 版画5枚 喜多川歌麿
婦人相学十躰浮気之相図 版画 喜多川歌麿
遊色三福つい図 版画 奥村政信
青楼芸者撰図 版画3枚 鳥文斎栄之
井筒中居かん芸子あふきやふせや図 版画 栄松斎長喜

中国画
樹下人物図(紙本著色)伝アスターナ出土、西州柳中県高寧郷開元四年籍断簡及び交河県名山郷差料簿断簡(旧裏貼)
二祖調心図 紙本墨画 2幅 伝 石恪
猿図 絹本著色 伝 毛松
○紅白芙蓉図 絹本著色 2幅 李迪
○瀟湘臥遊図 紙本墨画
洞山渡水図 絹本著色 馬遠
寒江独釣図 絹本淡彩 伝 馬遠
梅花双雀図 絹本著色 伝 馬麟
○出山釈迦図・雪景山水図・雪景山水図 絹本墨画淡彩 梁楷
李白吟行図 紙本墨画 梁楷
六祖截竹図 紙本墨画 梁楷
竹鶏図 絹本淡彩 蘿窓 自賛あり
竹虫図 絹本著色 伝 趙昌
雛雀図 絹本墨画淡彩 伝 宋汝志
竹塘宿雁図 絹本著色
蓮池水禽図 絹本著色 2幅 伝 顧徳謙 
五龍図巻 紙本墨画 伝 陳容
寒山拾得図 絹本著色 伝 顔輝
○禅機図(寒山拾得図) 紙本墨画 因陀羅筆 楚石梵琦賛
高士遠眺図 絹本墨画淡彩 伝孫君沢
雪景山水図(寒江独釣図)絹本墨画 朱端
山水書画冊 絹本淡彩及墨画 董其昌
山水図 紙本墨画 2幅 杜貫道賛
草虫図 絹本著色 2幅
四睡図 絹本墨画 平石如砥等三僧の賛
雪汀遊禽図 絹本著色 羅稚川
放犢図 絹本墨画 伝高然暉筆 平山処林賛
四万山水図 紙本墨画 4幅 文伯仁筆、董其昌題記 嘉靖30年(1551年)
四季花鳥図 絹本著色 4幅 呂紀
山水図 絹本淡彩 李在
竹裡泉声図 絹本著色 李士達
秋山行旅図 紙本淡彩 蕭雲従
唐絵手鑑筆耕園 2帖(60図)

近代日本絵画	
近江八景 紙本著色 8幅 今村紫紅 1912年
熱国の巻 紙本著色 2巻 今村紫紅 1914年
春畝 麻布油彩 浅井忠 1888年
麗子微笑 麻布油彩 岸田劉生 1921年
瀟湘八景 絹本著色 8幅 横山大観 1912年
弱法師 絹本金地著色 六曲一双 下村観山 1915年
(黒田清輝の作品は「黒田記念館」の項に掲載)
 指定物件の明細(絵画)
 寛政六年五月興行江戸三座役者似顔絵 27枚 東洲斎写楽
 三代目瀬川菊之丞の田辺文蔵妻おしづ
 三代目沢村宗十郎の大岸蔵人
 三代目坂田半五郎の藤川水右衛門
 三代目市川八百蔵の田辺文蔵
 三代目佐野川市松の祇園町の白人おなよ
 二代目坂東三津五郎の石井源蔵
 二代目瀬川富三郎の大岸蔵人妻やどり木
 大谷徳次の奴袖助
 三代目佐野川市松の祇園町の白人おなよと市川富右衛門の蟹坂藤馬(指定名称は「市川富右衛門の蟹坂藤太と佐野川市松の祇園町白人おなよ」)
 二代目嵐龍蔵の金貸石部金吉
 二代目瀬川富三郎の大岸蔵人妻やどり木と中村万世の腰元若草
(以上都座)

 二代目市川高麗蔵の志賀大七
 中山富三郎の宮城野
 松本米三郎の化粧坂の少将実はしのぶ
 尾上松助の松下造酒之進
 四代目松本幸四郎の山谷の肴屋五郎兵衛
 中島和田右衛門のぼうだら長左衛門と中村此蔵の船宿かな川やの権
 八代目森田勘弥の賀籠舁鶯の治郎作
(以上桐座)

 市川鰕蔵の竹村定之進
 四代目岩井半四郎の乳人重の井
 三代目坂東彦三郎の鷺坂左内
 谷村虎蔵の鷲塚八平次
 二代目市川門之助の伊達与作
 二代目小佐川常世の一平姉おさん(指定名称は「小佐川常世の竹村定之進妻桜木」)
 市川男女蔵の奴一平
 三代目大谷鬼治の奴江戸兵衛
 二代目沢村淀五郎の川連法眼と坂東善次の鬼佐渡坊
(以上河原崎座)

彫刻 
日本彫刻
乾漆日光菩薩半跏像
木造大日如来坐像
木造不動明王立像
木造天王立像
木造毘沙門天立像 応保2年(1162年) 附 像内納入品(紙本毘沙門天摺仏110枚、絹本著色毘沙門天像28体分)
木造阿弥陀如来立像 正嘉3年(1259年)永仙作
銅造阿弥陀如来及び両脇侍立像 建長6年(1254年)
木造菩薩立像
木造十二神将立像(辰神未神)2躯
木造十二神将立像(巳神戌神)2躯
木造十二神将立像(申神)
厨子入木造愛染明王坐像
木造文殊菩薩及び脇侍像 5躯 康円作 文永10年(1273年)
木造持国天眷属・増長天眷属立像 康円作 文永4年(1267年)
木造伝源頼朝坐像
金春宗家伝来能面 47面(明細は後出)
能面伝山姥(伝赤鶴作)
能面翁(黒色尉)(伝日光作)

※高野山天野社伝来の舞楽面・行道面は、工芸品部門の「法会所用具類(高野山天野社伝来)」の一部として指定されている。