国立高等学校 
東京大学教育学部附属高等学校(2000年東京大学教育学部附属中学校と統合し東京大学教育学部附属中等教育学校へ)
東京学芸大学附属高等学校大泉校舎(2007年東京学芸大学附属大泉中学校と統合し東京学芸大学附属国際中等教育学校へ)

公立高等学校

特別区

千代田区 
東京都立今川高等学校(1950年神田高と統合し東京都立一橋高等学校へ)
東京都立神田高等学校(1950年今川高と統合し一橋高へ)
東京都立上野高等学校一橋分校(2006年)
東京都立小石川高等学校一橋分校(2008年)
東京都立九段高等学校(2008年千代田区立九段中等教育学校に校舎、一橋高に証明書発行手続きを継承)

中央区 
東京都立紅葉川高等学校中央校舎(1994年)
東京都立京橋高等学校(1996年京橋商業高と統合し東京都立晴海総合高等学校へ)
東京都立京橋商業高等学校(1996年京橋高と統合し晴海総合高へ)
東京都立墨田工業高等学校月島分校(2004年)

港区 
東京都立城南高等学校(2005年同校全日制課程と日比谷高校・三田高校・芝商業高校・青山高校・第一商業高校の各定時制課程と統合し、城南高校跡地に、昼夜間定時制(3部制)総合学科の東京都立六本木高等学校を設置)
東京都立港工業高等学校(2004年羽田高・羽田工業高の各定時制課程と統合し東京都立六郷工科高等学校〈いずれも大田区〉へ)
東京都立赤坂高等学校(2009年市ヶ谷商業高と統合し大田区の南高跡地に進学型商業高校の東京都立大田桜台高等学校を設置)

新宿区 
東京都立赤城台高等学校(1991年廃校となり東京都立国際高等学校が証明書発行手続きを継承、跡地に東京都立新宿山吹高等学校を設置)
東京都立小石川工業高等学校(2008年閉校、世田谷工業高と統合し世田谷工業高跡地に東京都立総合工科高等学校を設置)
東京都立市ヶ谷商業高等学校(2009年赤坂高と統合し大田区の南高跡地に大田桜台高を設置)

台東区 
東京都立上野忍岡高等学校(2006年東京都立忍岡高等学校へ統合)
東京都立台東商業高等学校(2006年同校全日制・定時制課程と上野高校・両国高校・墨田川高校・小松川高校・小岩高校の各定時制課程と統合し、台東商業高跡地に、昼夜間定時制(3部制)普通科の東京都立浅草高等学校を設置)

墨田区 
東京都立墨田川高等学校小梅分校(1950年)
東京都立墨田川高等学校堤校舎(2003年)
東京都立向島工業高等学校(2007年向島商業高と統合し向島工業高跡地に東京都立橘高等学校を設置。2010年閉校)
東京都立向島商業高等学校(2007年向島工業高と統合し向島工業高跡地に橘高を設置。2010年閉校)

文京区 
東京都立小石川高等学校(2006年中高一貫化・東京都立小石川中等教育学校を設置)

江東区 
東京都立江東工業高等学校(2001年化学工業高と統合し江東工業高跡地に東京都立科学技術高等学校を設置)
東京都立化学工業高等学校(2001年江東工業高と統合し江東工業高跡地に科学技術高を設置。化学工業高跡地は、深川高校・東高校・深川商業高校の各定時制課程と統合した、昼夜間定時制(3部制)総合学科の東京都立大江戸高等学校を設置)
東京都立深川商業高等学校 (2004年東京都立東高、深川高の各定時制課程と統合し、化学工業高の跡地に大江戸高を設置)

目黒区 
東京都立大学附属高等学校(2006年中高一貫化・東京都立桜修館中等教育学校を設置、2011年閉校)
東京都立芸術高等学校(2012年)

大田区 
東京都立雪谷高等学校糀谷分校(1967年)
東京都立羽田高等学校(2002年全日制課程は羽田工業高校と統合し東京都立つばさ総合高等学校へ、定時制課程は六郷工科高へ)
東京都立羽田工業高等学校(2002年全日制課程は羽田高と統合しつばさ総合高へ、定時制課程は六郷工科高へ)
東京都立大森東高等学校(2005年南高と統合し、旧大森東高の校舎を改装して、単位制普通科の東京都立美原高等学校を設置)
東京都立南高等学校(2005年大森東高と統合し、旧大森東高の校舎を改装して、単位制普通科の美原高を設置。跡地には大田桜台高が移転)
東京都立鮫洲工業高等学校(2007年六郷工科高へ統合)

世田谷区 
東京都立烏山工業高等学校(2002年明正高定時制課程・渋谷区の代々木高と統合し東京都立世田谷泉高等学校へ)
東京都立千歳高等学校(2002年明正高と統合し東京都立芦花高等学校へ)
東京都立明正高等学校(2002年全日制課程は千歳高と統合し芦花高へ、定時制課程は烏山工業高・代々木高と統合し世田谷泉高へ)
東京都立玉川高等学校(2008年砧工業高と統合し砧工業高跡地に総合学科の東京都立世田谷総合高等学校を設置)
東京都立砧工業高等学校(2008年玉川高と統合し砧工業高跡地に総合学科の世田谷総合高を設置)
東京都立世田谷工業高等学校(2009年閉校、小石川工業高と統合し世田谷工業高跡地に総合工科高を設置)

渋谷区 
東京都立代々木高等学校(2004年明正高定時制課程・烏山工業高と統合し世田谷泉高〈いずれも世田谷区〉へ)

中野区 
東京都立四谷商業高等学校(2007年同校全日制・定時制課程と鷺宮高校・石神井高校・大泉高校・第四商業高校の各定時制課程と統合し、四谷商業高跡地に、昼夜間定時制(3部制)総合学科の東京都立稔ヶ丘高等学校を設置。2010年閉校)

杉並区 
東京都立桜水商業高等学校(2004年永福高と統合し、桜水商業高跡地に、総合学科の東京都立杉並総合高等学校を設置)
東京都立永福高等学校(2004年桜水商業高と統合し杉並総合高へ)

豊島区 
東京都立牛込商業高等学校(2004年北区の池袋商業高と統合し、牛込商業高跡地に、進学型商業高校の東京都立千早高等学校を設置)

北区 
東京都立北高等学校(1997年廃校。1996年跡地に単位制普通科の東京都立飛鳥高等学校を設置)
東京都立城北高等学校(1999年同校全日制・定時制課程と北園高校・赤羽商業高校・池袋商業高校の各定時制課程と統合し、城北高校跡地に、昼夜間定時制(3部制)総合学科の東京都立桐ケ丘高等学校を設置)
東京都立王子工業高等学校(2009年3月閉校後、2011年4月総合学科の東京都立王子総合高等学校へ改編)
東京都立池袋商業高等学校(2004年豊島区の牛込商業高と統合し千早高へ)池袋商業高跡地はフランス政府に売却され、東京国際フランス学園となる
東京都立赤羽商業高等学校(2020年閉校後、2021年東京都立赤羽北桜高等学校へ改編)

板橋区 
東京都立北野高等学校(2006年志村高と統合し、北野高跡地に、単位制普通科の東京都立板橋有徳高等学校を設置)
東京都立志村高等学校(2006年北野高と統合し、2007年北野高跡地に、単位制普通科の板橋有徳高を設置)

練馬区 
東京都立大泉北高等学校(2005年大泉学園高と統合し、大泉北高跡地に、単位制普通科の東京都立大泉桜高等学校を設置)
東京都立大泉学園高等学校(2005年大泉北高と統合し大泉桜高へ)

足立区 
東京都立江北高等学校蒲原分校(1951年)
東京都立荒川商業高等学校(2022年閉校後、2022年東京都立小台橋高等学校へ改編)

葛飾区 
東京都立水元高等学校(2007年東京都立本所工業高等学校全日制課程と統合し、東京都立葛飾総合高等学校へ、本所工業高は定時制課程のみに)

八王子市 
東京都立館高等学校(2004年八王子高陵高と統合し東京都立翔陽高等学校を設置)
東京都立八王子高陵高等学校(2004年館高と統合し翔陽高を設置))
東京都立第二商業高等学校(2007年全日制課程は同校と八王子工業高全日制課程と統合し、八王子工業高跡地に東京都立八王子桑志高等学校を設置。定時制課程は同校と南多摩高校・富士森高校・八王子工業高校の各定時制課程と統合し、第二商業高校跡地に、昼夜間定時制(3部制)普通科の東京都立八王子拓真高等学校を設置。