国宝 
太刀 銘久国
太刀 銘正恒
太刀 銘正恒
刀 金象嵌銘正宗本阿(花押)本多中務所持(名物中務正宗)
短刀 無銘貞宗(名物寺沢貞宗)
金剛場陀羅尼経 飛鳥時代
花厳経音義 巻上下 奈良時代
世説新書 巻第六残巻
宋高宗書徽宗文書序 南宋時代

重要文化財

絵画 
智光曼荼羅図 絹本著色 鎌倉時代 2018年指定
熊野曼荼羅図 絹本著色 鎌倉時代 2018年指定
孔雀明王像 絹本著色 平安時代 2006年指定
仏涅槃図 絹本著色 鎌倉時代 和歌山・長保寺旧蔵
五部心観(智証大師本)紙本墨画 建久五年禅覚書写奥書
胎蔵旧図様(智証大師本)紙本墨画 建久四年禅覚書写奥書
病草紙断簡(背骨の曲がった男) 紙本著色 鎌倉時代 2015年指定
駿牛図断簡 紙本著色 鎌倉時代 2005年指定
西行物語絵巻 紙本著色 鎌倉時代
歓喜天霊験記 紙本著色2巻 鎌倉時代
藤原元真像(佐竹本三十六歌仙切) 紙本著色
坂上是則像(佐竹本三十六歌仙切) 紙本著色
源宗于像(上畳本三十六歌仙切) 紙本著色
山水図 紙本墨画淡彩 1巻 藝愛 室町時代 2009年指定
浜松図 紙本著色 六曲一双 室町時代
哦松図 紙本墨画淡彩 文明四年瑞谿周鳳賛 室町時代 2010年指定
白衣観音図 絹本墨画淡彩 応仁二年能阿弥 室町時代
叭々鳥図 紙本墨画 雪村
布袋図 紙本淡彩 狩野正信 周麟賛 室町時代
名所風俗図 紙本著色 六曲一双 桃山時代
犬追物図 紙本金地著色 六曲一双 桃山時代
野郎歌舞伎婦女遊楽図 紙本著色 六曲一双 江戸時代
宮島八景図 絹本淡彩 1帖 長沢芦雪
前後赤壁図 紙本淡彩 六曲一双 池大雅 寛延二年
新緑杜鵑図 絹本著色 与謝蕪村
八橋図 紙本著色 尾形乾山
群仙図 紙本著色 六曲一双 曾我蕭白 2005年指定
西行法師行状絵詞 6巻 紙本著色 画俵屋宗達 詞烏丸光広
梓弓図 紙本著色 岩佐勝以 2008年指定
与謝蕪村関係資料 一括(明細は後出)
洞庭秋月図 紙本墨画 玉澗筆自賛 南宋時代

 「与謝蕪村関係資料」の明細
 与謝蕪村関係資料
 絹本著色寒林野馬図 1幅
 絹本著色四季山水図 明和九年の記がある 4幅
 絹本著色山林引駒図 安永七年五月の年記がある 1幅
 紙本墨画淡彩寒山拾得図 天明元年八月の年記がある 2幅
 紙本墨画淡彩寿老図 天明二年一月の年記がある 1幅
 絹本著色郭子儀図 1幅・絹本墨書郭子儀図賛 雨森章廸筆 1幅
 紙本淡彩万歳図 1幅
 紙本淡彩踊図 1幅
 紙本墨画淡彩弁慶図 1幅
 紙本淡彩新宅祝賀図 2幅
 紙本墨画十一俳仙図 1幅
 紙本墨画案山子図 扇面 1幅
 紙本淡彩門松図 天明三年一月一日の年記がある 扇面 1幅
 紙本淡彩三俳人図及寺村百池宛書状等 1幅
 紙本淡彩銭亀図賛 絵円山応挙筆 賛与謝蕪村筆 扇面 1幅
 短冊(春雨や、青海の) 1幅
 句稿断簡等 1巻
 蓑虫説 1幅
 二見形文台記 1幅
 早野巴人書状及自筆回想 1幅
 書状(四十二通) 1巻

彫刻 
木造釈迦如来立像(清凉寺式)
銅造薬師如来坐像 奈良・興福寺伝来
木造阿弥陀如来坐像 久安三年(1147年)銘
木造聖観音立像 奈良・瑞景寺旧蔵
木造聖観音立像 奈良・伝香寺旧蔵
木造准胝観音立像(指定名称は木造千手観音立像)奈良・新薬師寺旧蔵
木造文殊菩薩騎獅像 奈良・額安寺旧蔵
木造文殊菩薩騎獅像・普賢菩薩騎象像 奈良・圓證寺旧蔵
木心乾漆虚空蔵菩薩半跏像 奈良・額安寺旧蔵
木造四天王立像 滋賀・冷泉寺旧蔵
木造四天王立像 大阪・個人旧蔵
木造天王立像 京都・大宮神社伝来 2012年指定
厨子入木造大黒天立像 貞和三年(1347年)快兼作
木造不動明王坐像
木造不動明王立像 福井・大谷寺旧蔵
木造倭迹々日百襲姫命坐像 香川・水主神社旧蔵
木造泰澄及二行者坐像 明応二年(1493年)銘 福井・大谷寺旧蔵
木造雲中供養菩薩像 2018年指定
木造伎楽面 1面 2014年指定
乾漆伎楽面 1面 2015年指定

工芸品 
草花孔雀文磬
孔雀文磬 建保元年(1213年)銘
梵鐘 貞元二年(977年)銘
松竹双雀芦手鏡
銅鏡(秋草松喰鶴文)
芦屋浜松図真形釜 鎌倉時代
桜螺鈿鞍
蓮池蒔絵経箱 平安時代 2000年指定
朱漆輪花天目盆 享徳四年
漆塗菜桶 徳治二年銘 2019年指定
珠洲草樹文壺 鎌倉時代
巴文大壺 珠洲 平安時代 2014年指定
檜垣文壺 信楽 2013年指定
古丹波秋草文四耳壺 室町時代
古越前広口壺 嘉元四年八月十七日刻銘
古九谷牡丹獅子文銚子
絵唐津芦文大皿 2012年指定
鼠志野草花文鉢 桃山時代 2010年指定
黒楽茶碗(ムキ栗)長次郎作 2013年指定
色絵若松図茶壺 仁清
灰被天目茶碗(虹)(附 梅鉢文螺鈿稜花天目台) 2012年指定
青白磁瓜形水注 北宋時代
能装束 繍箔紫陽花小花文 長尾美術館旧蔵
能装束 摺箔扇面散文 長尾美術館旧蔵
能装束 繍箔籠目柳文 長尾美術館旧蔵
小袖 繍箔風景四季花文 長尾美術館旧蔵
紺黄染分綸子地竹栗鼠梅文様振袖
白地若松模様辻が花染胴服
舞楽装束類(天野社伝来)(亀甲花菱文半臂、花輪違文半臂、蝶鳥瓜文向鳥丸散表袴、花輪違文絬袴、花兎牡丹文絬袴、千鳥文切平緒残欠)
緋威五十二間四方白星兜 南北朝時代
色々威胴丸 室町時代
色々威腹巻 大袖付 日向飫肥藩伊東家伝来 室町時代 1995年指定
松藤文兵庫鎖太刀拵 鎌倉時代
太刀 銘安綱
太刀 銘正恒
短刀 銘吉光(博多藤四郎)
太刀 銘包永
太刀 銘備州長船住景光 元亨二年□月日
太刀 銘備前国長船住守家造 文永九年壬申二月廿五日
脇指 銘備州長船元重
太刀 銘包次
太刀 銘守次・革包太刀拵
太刀 銘則重
太刀 銘豊後国行平作
刀 無銘 伝志津(分部志津) 附 打刀拵2口
剣 銘江州甘呂俊長 延文五年庚子
刀 銘繁慶
刀 銘於南紀重国造之

書跡・典籍 
月燈三昧経 奈良時代
大般若経 巻第二百三十二(天平十一年石川年足願経)
根本説一切有部百一羯磨 巻第八(天平十二年五月一日光明皇后願経)
十誦律第六 巻第三十八(天平十二年五月一日光明皇后願経)
央掘魔羅経 巻第四(天平十二年五月一日光明皇后願経)
首楞厳経 巻第一(天平勝宝九歳善光朱印経)
大般若経 巻第五十六(天平十九年十一月八日唐僧善意願経)
倶舎論 巻第廿二残巻(神護景雲二年孝謙天皇勅願経)
大乗掌珍論 巻上 宝亀三年書写奥書
是法非法経 奈良時代
舎利弗阿毘曇論 巻第一 奈良時代
大般涅槃経集解 巻第十四、第三十二残巻 奈良時代
三戒経 巻下 奈良時代
華厳略疏刊定記 巻第八本残巻 奈良時代
開元釈教録 巻第十八残巻 奈良時代
五分律 巻第十五 奈良時代
発菩提心経論 巻上 奈良時代
紫紙金字金光明最勝王経 巻第七 奈良時代
順正理論述文記 巻第十八 平安時代
法華経 巻第二、四 平安時代
大毘盧遮那成仏経 巻第六 平安時代
孔雀経単字音義 上巻 紙背文治六年具注暦 鎌倉時代
法華経 巻第六残巻 六朝時代
菩薩瓔珞本業経 巻下残巻(大統十七年比丘恵襲願経)西魏時代
成実論 巻第十二残巻 西魏時代
律序 巻上残巻 梁普通四年奥書 梁時代
大和物語(彩牋墨書)1帖 藤原為家の奥書に弘長元年書写、同二年校合の記あり 鎌倉時代
源氏物語(平瀬本)53帖 鎌倉時代
源氏物語 行幸 2018年指定
彩箋墨書古今和歌集 巻第十三残巻 平安時代
後撰和歌集上巻(片仮名本)
金葉和歌集(二奏本)2帖 鎌倉時代 2002年指定
和泉式部続集残巻 1帖 鎌倉時代
寂蓮無題百首(附:扇面蒔絵箱) 鎌倉時代
伏見天皇宸翰詠草百首(広沢切)
近代秀歌(藤原定家筆)
八雲御抄 6帖(附:秋野蒔絵箱) 鎌倉時代 2003年指定
躬恒集 1帖 平安時代 1999年指定
九条殿御集 1帖 鎌倉時代 2008年指定
成尋阿闍梨母集
亭子院歌合
住吉社歌合 大治三年九月二十八日
内大臣家歌合 永久三年十月廿六日
元久元年北野宮歌合 2011年指定
松尾社法楽和歌 観応二年九月十一日足利尊氏外3筆 2013年指定
新撰和歌髄脳 2帖(藤原俊成筆本、冷泉為相筆本)2016年指定
顕注密勘
和漢朗詠集残巻(色紙) 2巻 平安時代
継色紙(よしのかは)平安時代
古筆手鑑「かりがね帖」 平安・鎌倉時代
続本朝往生伝 1帖 2011年指定
醍醐山寺院本仏記 元弘元年九月廿六日実禅書写奥書
扶桑略記 巻第二十 鎌倉時代
扶桑略記 巻第二残巻(真福寺本)平安時代
文選集注 巻第六十三、第八十八残巻、第九十三 3巻 平安時代
文撰集注 巻第五十六 平安時代
晋書列伝 巻五十一零巻 奈良時代 2004年指定
曹勛迎鑾記 南宋時代
伝尸病肝心抄并痩病治方 1巻 鎌倉時代 2007年指定
福井崇蘭館本医学書154点 2020年指定
清拙正澄墨蹟 秉払謝語 建武四年臘月旦 
一山一寧墨蹟 阿弥陀経語 正和五年七月十五日

古文書 
太政官符 宝亀三年五月廿日大伴家持自署
太政官符 宝亀三年正月十三日大伴家持自署
写経料紙充帳
阿波国板野郡田上郷延喜二年戸籍残巻 紙背に成就妙法蓮華経王瑜伽観智儀軌巻第一の書写あり
墾田立券文(延暦二十一年正月十日)
家地立券文(嘉祥二年十一月廿日)
校生勘紙帳(籤に天平十一年七月とあり)
銭納帳(籤に神護景雲四年とあり)
奉写一切経所紙納帳 自宝亀三年正月至同四年四月 2006年指定
後伏見天皇宸翰消息(北山逗留之間)
慈円消息(残欠7通)
平清盛請文 2018年指定
小早川家文書(306通)31巻
皆川家文書(61通) 7巻9通 2000年指定
古文書手鑑(楢のくち葉)(50通)

考古資料 
壺形土器 青森県十和田市滝沢字川原出土 縄文時代
壺形土器 附 器台形土器2箇 岡山県倉敷市上東出土 弥生時代
壺形土器 出土地不明 弥生時代
流水文銅鐸 徳島県阿南市山口町末広出土
金錯銘直刀身 古墳時代
筑前国筑紫郡宝満山経塚出土品 平安時代
山城国花脊別所経塚群出土品
石製経筒 承徳三年銘
大和額安寺五輪塔納置品

国が保有した埋蔵文化財 
指定年度の後の括弧内は、実際の保管先

国宝 
武蔵埼玉稲荷山古墳出土品(金錯銘鉄剣など)1983年指定(埼玉県立さきたま史跡の博物館)
島根県荒神谷遺跡出土品 銅剣358口、銅矛16口、横帯文銅鐸1口、袈裟襷文銅鐸5口 1998年指定(島根県立古代出雲歴史博物館)
奈良県藤ノ木古墳出土品 2004年指定(奈良県立橿原考古学研究所附属博物館)
福岡県平原方形周溝墓(ひらばるほうけいしゅうこうぼ)出土品 2006年指定(伊都国歴史博物館)
島根県加茂岩倉遺跡出土銅鐸 39口 2008年指定(島根県立古代出雲歴史博物館)
群馬県綿貫観音山古墳出土品 2020年指定(群馬県立歴史博物館)

重要文化財 
太安万侶墓誌 1981年指定(奈良県立橿原考古学研究所附属博物館)
出雲神原神社古墳出土品(景初三年銘神獣鏡など) 1981年指定(島根県立古代出雲歴史博物館)
紀伊大谷古墳出土品 1982年指定(和歌山市立博物館)
摂津東奈良遺跡出土鎔笵関係遺物 弥生時代 1983年指定(茨木市立文化財資料館)
土偶頭部 盛岡市繋萪内遺跡 1984年指定(岩手県立博物館)
上野塚廻り古墳群出土埴輪 1985年指定(群馬県立歴史博物館)
子持壺形須恵器 5箇 脚付子持壺形須恵器 20箇 鳥取県倉吉市三江上野遺跡出土 1985年指定(倉吉博物館)
銅矛 12口 佐賀県北茂安町(現・みやき町)検見谷出土 1986年指定(佐賀県立博物館)
筑前吉武高木遺跡出土品 弥生時代 1987年指定(福岡市博物館)
土面 附:石器類一括 北海道千歳市真々地町ママチ遺跡第三一〇号土壙墓出土 縄文時代 1988年指定(北海道立埋蔵文化財センター)
和歌山県磯間岩陰遺跡出土品 古墳時代 1988年指定(田辺市立歴史民俗資料館)
土偶 岩手県紫波郡都南村(現・盛岡市)手代森出土 1989年指定(岩手県立博物館)
三重県縄生廃寺塔心礎納置品 1989年指定(朝日町歴史博物館)
袈裟襷文銅鐸 大阪府羽曳野市西浦出土 1991年指定(羽曳野市立陵南の森総合センター)
佐賀県吉野ヶ里遺跡墳丘墓出土品 1991年指定(佐賀県立博物館)
岩手県八天遺跡土壙出土品 縄文時代 1992年指定(北上市立博物館)
大阪府長原高廻り古墳出土埴輪 1992年指定(大阪歴史博物館)
兵庫県箕谷2号墳出土品(戊辰年銘鉄刀など)1992年指定(兵庫県立歴史博物館)
佐賀県安永田遺跡出土鎔笵 弥生時代 1992年指定(佐賀県立博物館)
群馬県舞台一号墳出土品 1994年指定(群馬県立歴史博物館)
福岡県栗田遺跡祭祀遺構出土土器 弥生時代 1994年指定(九州歴史資料館、九州国立博物館ほか)
北海道元江別1遺跡土壙墓出土品 続縄文時代 1995年指定(江別郷土資料館)
家形埴輪2箇・壺形埴輪3箇 大阪府八尾市美園町美園古墳出土 1995年指定(大阪府立近つ飛鳥博物館)
彩漆土器 6箇 附:残欠4箇分 山形県押出遺跡出土 縄文時代 1996年指定(山形県立うきたむ風土記の丘考古資料館)
佐賀県柚比本村遺跡墳墓出土品 弥生時代 1996年指定(佐賀県立博物館)
奈良県島の山古墳出土品 1998年指定(奈良県立橿原考古学研究所附属博物館)
福岡県小郡若山遺跡土坑出土品 弥生時代 1998年指定(小郡市埋蔵文化財調査センター)
大阪府安満宮山古墳出土品 青龍三年銘鏡など 2000年指定(高槻市教育委員会)
岡山県大飛島祭祀遺跡出土品 奈良 - 平安時代 2003年指定(岡山県立博物館)
北海道有珠モシリ遺跡出土品 続縄文時代 2004年指定(伊達市開拓記念館)
奈良県黒塚古墳出土品 三角縁神獣鏡など 2004年指定(奈良県立橿原考古学研究所附属博物館)
白磁水注 岩手県志羅山遺跡出土 平安時代 2005年指定(平泉文化遺産センター)
深鉢形土器 2箇 新潟県堂平遺跡出土 縄文時代 2006年指定(津南町歴史民俗資料館)
奈良県キトラ古墳出土品 飛鳥時代 2018年指定(キトラ古墳壁画体験館四神の館)

その他 
上記のほか宮城県多賀城市所在の「多賀城碑」(1998年、古文書部門の重要文化財に指定)の所有者は「国(文化庁保管)」となっている。