履修コースの選択も2年進級時

医学部
医学科
看護学科

工学部
機械工学科
電気電子工学科
環境建設工学科
土木工学コース
社会デザインコース
機能材料工学科
応用化学科
創成化学コース
生命科学コース
注:コースに分かれるのは3年後学期
情報工学科
専修コース
一般コース
注:コースに分かれるのは2年後学期

農学部
2016年入学生から
食料生産学科
農業生産学コース
注:教育分野は作物学、果樹学、蔬菜花卉学、畜産学、植物病学、環境昆虫学、分子生物資源学、土壌肥料学、比較農学
植物工場システム学コース
注:教育分野は環境情報制御学、植物工場情報システム学、緑化環境工学、環境植物生理学、環境植物学、植物育種学、農業機械システム工学、流通工学、植物工場設計工学
食料生産経営学コース
知能的食料生産科学特別コース
注:6年一貫。知能的食料生産科学、食料生産の情報化・知能化の推進、情報システム化によるフードイノベーションに関する教育研究
生命機能学科
応用生命化学コース
健康機能栄養科学特別コース
注:6年一貫。
生物環境学科
森林資源学コース
地域環境工学コース
環境保全学コース
注:教育分野は大気環境科学、農生態学、生態系保全学、水族保全学、水族繁殖生理学、海洋分子生態学、分子細胞生物学、環境産業応用化学、環境計測学、環境産業科学
水環境再生科学特別コース
注:6年一貫。水環境再生科学、水処理工学や分子生物学を基礎とする環境修復・保全の技術や手法に関する教育研究
2015年入学生まで
生物資源学科
専門教育コース
生物生産システム学専門教育コース
施設生産システム学専門教育コース
資源・環境政策学専門教育コース
応用生命化学専門教育コース
森林資源学専門教育コース
地域環境工学専門教育コース
生物環境保全学専門教育コース
特別コース
農山漁村地域マネジメント特別コース
海洋生産科学特別コース

スーパーサイエンス特別コース (SSC)
環境科学コース
地球惑星科学コース
生命科学工学コース

研究科 
法文学研究科(修士課程)
総合法政策専攻
教育研究領域:公共法政策、産業経営法務、国際比較
人文科学専攻
教育研究領域:人間文化研究、言語文化研究

教育学研究科(修士課程)
教育実践高度化(教職大学院)
リーダーシップ開発コース
教育実践開発コース
教科教育専攻
人文社会科学コース
自然科学コース
生活健康科学コース
芸術コース
特別支援教育専攻
特別支援学校教育専修(2年課程)
特別支援教育コーディネーター専修(1年課程)
学校臨床心理専攻
学校臨床学コース
臨床心理学コース

医学系研究科
医学専攻(博士課程、4年制)
 分子・機能領域
器官・形態領域
病因・病態領域
社会・健康領域
看護学専攻(修士課程、2年制)
領域: 地域健康システム看護学、基盤・実践看護学

理工学研究科
博士前期課程
生産環境工学専攻
機械工学コース
分野:機械システム学、エネルギー変換学、生産システム学
環境建設工学コース
分野:土木施設工学、都市環境工学、海洋環境工学
船舶工学特別コース
物質生命工学専攻
 機能材料工学コース
分野:材料物性工学、材料開発工学
応用化学コース
分野:反応化学、物性化学、生物工学
 電子情報工学専攻
電気電子工学コース
分野:電気エネルギー工学、電子物性デバイス工学、通信システム工学
情報工学コース
分野:情報システム工学、知能情報工学、応用情報工学
ICTスペシャリスト育成コース
数理物質科学専攻
 数理科学コース
分野:数理科学
物理科学コース
分野:基礎物理科学、物性科学
地球進化学コース
分野:地球進化学
環境機能科学専攻
分子科学コース
分野:物質機能科学、生命物質科学
生物環境科学コース
分野:生物機能科学、生態環境科学
アジア防災学特別コース(東南アジア・南アジア・アフリカ圏からの留学生向け)
アジア環境学特別コース(アジア圏からの留学生向けだが、現在は募集停止。在籍者がいなくなった時点で廃止)
博士後期課程
生産環境工学専攻
機械工学講座
分野:機械システム学、エネルギー変換学、生産システム学
環境建設工学講座
分野:社会基盤工学、都市経営工学、水圏環境工学
物質生命工学専攻
機能材料工学講座
分野:材料物性工学、材料開発工学
応用化学講座
分野:反応化学、物性化学、生物工学
電子情報工学専攻
電気電子工学講座
分野:電気エネルギー工学、電子物性デバイス工学、通信システム工学
情報工学講座
分野:情報システム工学、知能情報工学、応用情報工学
数理物質科学専攻
数理科学講座
分野:数理科学
物理科学講座
分野:基礎物理科学、物性科学
地球進化学講座
分野:地球進化学
環境機能科学専攻
分子科学講座
分野:物質機能科学、生命物質科学
生物環境科学講座
分野:生物機能科学、生態環境科学
アジア防災学特別コース(東南アジア・南アジア・アフリカ圏からの留学生向け)
先端科学特別コース(2013年4月に設置。博士後期課程のみ)
分野:環境科学、地球・宇宙科学、生命科学
アジア環境学特別コース(アジア圏からの留学生向けだが、先端科学特別コースの設置に伴い募集停止。在籍者がいなくなった時点で廃止)
地球深部物質学特別コース(博士後期課程のみ。アジア圏からの留学生向けだが、先端科学特別コースの設置に伴い募集停止。在籍者がいなくなった時点で廃止)

農学研究科(修士課程)
2016年入学生から
食料生産学専攻
農業生産学コース
植物工場システム学コース
食料生産経営学コース
地域イノベーションコース
水圏生産学コース
知能的食料生産科学特別コース
生命機能学専攻
応用生命化学コース
健康機能栄養科学特別コース
生物環境学専攻
森林資源学コース
森林環境管理学サブコース
バイオマス資源学コース
地域環境工学コース
環境保全学コース
水環境再生科学特別コース
2015年入学生まで
生物資源学専攻
生物生産システム学専門教育コース
施設生産システム学専門教育コース
資源・環境政策学専門教育コース
応用生命化学専門教育コース
森林資源学専門教育コース
地域環境工学専門教育コース
生物環境保全学専門教育コース
海洋生産科学専門教育コース
農山漁村地域イノベーション専門教育コース
紙産業特別コース
森林環境管理特別コース
社会人リフレッシュコース

連合農学研究科(博士後期課程)
 生物資源生産学専攻
 生物資源生産科学連合講座
分野:植物生産学分野、施設生産学分野、動物生産学分野、農業経営学分野
 海洋深層水科学連携講座
 生物資源利用学専攻
 生物資源利用科学連合講座
分野:食糧科学分野、資源科学分野
 生物環境保全学専攻
 生物環境保全科学連合講座
分野:土地管理学分野、生産環境学分野
 香川大学・愛媛大学連合法務研究科(別名「四国ロースクール」専門職学位課程、法科大学院)

附属機関 

教育・学生支援機構
共通教育センター
英語教育センター
アドミッションセンター
学生支援センター
教職総合センター
教育企画室
社会連携推進機構
産学連携推進センター
知的財産センター
地域創成研究センター
防災情報研究センター
南予水産研究センター
植物工場研究センター
紙産業イノベーションセンター
地域協働センター西条
社会連携企画室
先端研究推進支援機構
沿岸環境科学研究センター (CMES)
地球深部ダイナミクス研究センター (GRC)
プロテオサイエンスセンター(プロテオ医学研究センターと無細胞生命科学工学研究センターが統合し2013年4月に設置)
東アジア古代鉄文化研究センター
宇宙進化研究センター
学術支援センター
総合情報メディアセンター
埋蔵文化財調査室
教育研究高度化支援室
学術企画室
国際連携推進機構
国際連携企画室
国際教育支援センター
アジア・アフリカ交流センター
共同利用・共同研究拠点
先進超高圧科学研究拠点
愛媛大学化学汚染・沿岸環境研究拠点
学部附属機関
法文学部
附属四国遍路・世界の巡礼研究センター
教育学部
附属教育実践総合センター
附属幼稚園
附属小学校
附属中学校
附属特別支援学校
医学部
医学部附属病院
附属総合医学教育センター
附属手術手技研修センター
附属Aiセンター
附属看護実践教育研究サポートセンター
附属国際化推進センター
農学部
附属農場
附属演習林
農学研究科
附属環境先端技術センター
附属食品健康科学研究センター
その他
附属高等学校
図書館
医学部分館
農学部分館
愛媛大学ミュージアム
実験実習教育センター
総合健康センター 
女性未来育成センター

研究

21世紀COEプログラム 
21世紀COEプログラムとして、1件のプロジェクトが採択された。