熊本商工会議所の百貨店審議会で地元の強い反対で進出当初は百貨店としての営業が禁じられたため、ショッピングセンターとしての開業に追い込まれると共にライバルの地元百貨店鶴屋百貨店や大洋デパートなどが増床し、家賃もやや割高であるなど当初から問題を抱え、1974年(昭和49年)7月に百貨店に切替えたものの業績低迷が続き、1993年(平成5年)3月には伊勢丹が撤退して熊本岩田屋として単独で抱えることになり、久留米岩田屋(現:岩田屋三越)に営業を移管した2000年(平成12年)2月までに100億円の累積赤字を抱えるほど損失が膨らんでいた。

その後は久留米岩田屋熊本店として営業し、九州産業交通が家賃を年10億円から9億円に減額するなどの対応をした結果2001年(平成13年)2月期には1.85億円、2002年(平成14年)2月期には家賃を年9億円から8億円にさらに減額するなどの対応をした結果約3億円の経常黒字を計上して単年度収支では黒字転換し、2002年3月初旬「中牟田健一・岩田屋社長が建物を所有する九州産業交通(熊本市)に閉鎖方針を伝えた」との一部報道があった後に開かれた岩田屋の第1回債権者会議後の会見で中牟田・岩田屋社長が「熊本店の閉鎖は選択肢の1つに過ぎない」と述べていたが、結局4月9日に岩田屋が正式に熊本店の閉店を発表し、経営再建計画の一環として2003年(平成15年)2月11日に閉店した。

くまもと阪神の誕生 
岩田屋の撤退表明時にはMBOによる独立する案も模索され、ビルのオーナーである九州産業交通が同案を強力に支持していたが岩田屋側が拒否して実現せず、20億円近い保証金を償還しなければならないとされた九州産業交通も窮地に陥ることが心配された。

しかし、2002年(平成14年)3月5日に熊本岩田屋を閉店する方針であることが報じられると、熊本市出身で1988年(昭和63年)から1995年(平成7年)までと1997年(平成9年)から2000年(平成12年)までの通算10年間、熊本岩田屋に勤務した経験を持ち、当時久留米岩田屋経営計画部部長だったため経営内容についてある程度把握していた松本烝治が「もし現行のシステムと人材を新たな百貨店受け皿会社にスムーズに移行できれば、売上高150億円でも十分利益を出して存続できる」と考え、2002年(平成14年)3月28日に高校時代の同級生でもある印刷協同組合・サンカラー社長の橋本雅史に会って話をしたのが県民百貨店設立の始まりである。

橋本は「岩田屋本体など周囲の協力が得られ現有の資産が活用でき、居抜きに近い形で出店できるのならば利益は出していけるのではないか」と判断し、2日後の3月30日にかねてから業界最後発ながら地場屈指の住宅会社に成長した経営手腕を評価していたシアーズホームの創業者で社長の丸本文紀と松本の3人で会って松本の再建案の細部を説明を受け、丸本も松本の熱意に負けて動き出すことになった。

4月9日の閉店の正式発表前後からは、岩田屋が地元への影響を考えて、大丸、三越、阪急百貨店などに水面下で打診をしたが上手く行かず、ビルのオーナーである九州産業交通も東急百貨店など電鉄系百貨店に接触したが具体化できず招致を事実上断念し、熊本商工会議所も8月13日の専門家会議で地元出資での百貨店再開は困難とするなど、後継店舗招致が暗礁に乗り上げてしまった
(九州産業交通が後継店舗の招致断念を熊本県と熊本市に正式に伝えたのは9月24日だった)。

熊本県は従来から取引先の経営や従業員の雇用など地元経済への多大な悪影響を避けるため、岩田屋本社や熊本商工会議所と接触してきたが、7月4日に自ら受け皿会社を設立する案を持っていると聞いていた橋本などとも会って構想を確認し、熊本商工会議所が地元出資での百貨店再開は困難と結論付けた翌日の8月14日に商工観光労働部次長・村田信一が、部長の片岡楯夫とも協議した上で橋本などの構想に県としても支援する旨を橋本に伝え、官民一体で後継店舗招致に乗り出すこととなった。

それを受けて、まず大家の九州産業交通の承諾を取り付けると共に岩田屋本社からも営業譲渡・譲受の内諾を得た上で、9月には橋本が懇意にしていた北山創造研究所・北山孝雄を通して接触した阪神百貨店の幹部と面談する為に大阪の阪神百貨店本社へ松本・橋本・丸本の3人で訪問し、10月1日に阪神百貨店社長の三枝輝行が熊本を訪問する約束を取り付けることに成功し、訪問当日には片岡と村田の仲介で、熊本県知事・潮谷義子、熊本市長・三角保之、熊本商工会議所会頭・宮嶋昭二、九州産業交通会長・岡洋一という地元政財界のトップが顔をそろえて地元の熱意を訴え、実際に熊本岩田屋の店内を見て社員の様子を確認し、訪問時には決断していなかった三枝がその場で支援を決断した。

この決断を受けて橋本・松本・丸本の3人は受け皿会社の設立の動きを本格化し、県などの協力を受けていたことを踏まえて県民百貨店という名称で10月25日に資本金1100万円の新会社を設立した。

百貨店の営業存続を願う13万6500人の署名や潮谷名義で送付された誘致要請文、否決された場合には三枝自身が個人的に支援する意気込みを受けて、同じ日に開かれた阪神百貨店の取締役会で提携が承認され、無事支援が受けられることになった。

この決定後、自らの会社経営があったため、本格的な事業開始時には他の人に経営を任せて身を引くことを考えていた創業メンバーである丸本と橋本は三枝など周囲の説得もあって経営陣として残り、丸本が社長、橋本が副社長として引き続き経営に関与し、みずほ銀行を主幹事に、みずほ銀行5億円、三井住友銀行3億円、肥後銀行3億円、東京三菱銀行1億5000万円、熊本ファミリー銀行1億5000万円の総額14億円の協調融資を受ける契約を結んで運転資金調達の目処を付け、2003年(平成15年)1月16日には阪神百貨店による7.5%3000万円の出資を含め、4億円に増資するなど資金面での準備も進め、2月11日に岩田屋が閉店したわずか12日間後の23日に早くもくまもと阪神として店舗と従業員の大半を引継いで開業した。

くまもと阪神としての営業 
阪神百貨店は社長の三枝輝行自身が非常勤取締役に就任したほか、仕入れ担当などの役員、幹部社員として3人を出向させ、友の会業務も子会社の阪神みどり会が熊本営業所を店内に設置して引き受けるなど「阪神」の商標だけでなく人事教育、商品仕入を含む営業活動などの支援を行った。

継続的なコミュニケーションの確保して顧客との絆を深めることを目的に入会金や年会費が無料のくまもと阪神カードが、申込者全員にもれなく1000円の商品券を進呈するキャンペーンを展開したところ開業初日だけで1万人の会員を集まり、初年度に阪神タイガースの18年ぶりのリーグ優勝のセールで30万人を集めて売上で4億円、利益で1億円の上乗せを実現する幸運にも恵まれ、2004年(平成16年)1月期は売上高166億円、経常利益5.3億円と順調に立ち上げることに成功した。

初年度から食品に強い阪神百貨店との提携を活かして食品売場の強化を行い、地下が狭い建物構造の影響で1階フロアに和洋菓子の有名店を集めたデパ地下代わりの「デパイチ」を設置するなど売場の改装を進め、この「デパイチ」が好調でタイガース優勝セールがなかった2年目の2005年(平成17年)1月期も対前期比0.6%増の売上高166.74億円と優勝セールの分の減少をカバーして増収を確保し、経常利益7300万円、当期利益1.04億円と連続黒字を実現して経営が軌道に乗ったため、2005年(平成17年)4月19日の取締役会で「県民百貨店は会社としてひとり立ちができてきた。今後は本業に専念したい」として橋本雅史代表取締役副社長が退任して非常勤取締役となり、代わりに岩田屋出身でこの百貨店構想を立てた松本烝治が常務に昇格するなど徐々に経営体制のシフトを始めた。

また、同月には2月にかつて岩田屋の子会社だった食品スーパーのサニーが地下食品売り場から撤退したあとを改修してデパ地下の強化を行ったり、婦人服売場のブランドの入れ替えなど改装を進め、2008年(平成20年)まで5年間経常黒字を継続するなどの財務基準をクリアしたため、経済産業省から直営の認可を受け、2008年(平成20年)9月1日から県民百貨店が100%出資した県民百貨店友の会が阪神百貨店子会社の阪神みどり会の熊本営業所から友の会業務を引継ぐなど、リーマンショックによる景気低迷前までは黒字経営を維持し続けた。

2009年(平成21年)1月期には売上高が前期比6.1%減の148.07億円と大きく落ち込んで開業以来初の経常・当期赤字となったが、2010年(平成22年)1月期には売上高こそ前期比8.4%減の135.63億円と引き続き大きく落ち込みが続いたものの、販売費や一般管理費を削減して経常利益1800万円、当期純利益600万円の黒字に転換し、2011年(平成23年)1月期も売上高は一部売り場で営業時間を30分短縮したことが影響して前期比4.2%減の129.093億円と引き続き落ち込みが続いたものの、時間短縮により水道光熱費や残業代削減などのコストダウンが売上減少のマイナスを上回り、経常利益が42.8%増の2584万円となるなど増益となって2期連続で経常黒字を実現したが税金の関係で当期純利益272万円と減少して辛うじて黒字を確保するなど営業開始以来1期を除いて黒字を維持し続けている。

2009年(平成21年)4月には創業以来社長を務めてきた丸本も退任し、この百貨店構想の立案者であった松本烝治が社長に昇格すると共に丸本が取締役相談役となり、岩田屋から県民百貨店創立に加わった近藤純男と高崎久矢が新たに取締役に就任し、2010年(平成22年)2月からは阪神百貨店からの出向者無しでプロパーの社員だけで店を運営する
など創業時の体制からプロパーによる百貨店経営への移行が図られていった。

店名も県民百貨店へ 
阪神百貨店との業務提携契約は当初5年だったものを県民百貨店側の要望で3年間延長していたが、阪神百貨店が阪急百貨店と経営統合してから徐々に支援が減少し、2010年(平成22年)2月からは阪神百貨店からの出向者無しの体制でプロパーの社員だけで店を運営して独立できると判断した。