※はラムサール条約登録湿地(一部指定地域が異なるものを含む)

北海道地方

石狩・空知・後志管内 
 雨竜沼湿原(恵岱岳湿原、群馬岳湿原などを含む)※
 美唄湿原
 月ヶ湖湿原
 幌向湿原(東野幌湿原、越後沼湿原)
 旧長都沼
 石狩川流域湖沼群(宮島沼、袋地沼、手形沼、三日月沼、浦臼沼、浦臼新沼、茶志内沼など)※
 石狩川河口
 千歳川
 篠路福移湿原
 後志山地湿原群(中山湿原、京極湿原、大蛇ヶ原湿原など)
 ニセコ連山湿原群(神仙沼湿原、パンケ目国内湿原、鏡沼、ニセコ湯本温泉、五色温泉など)
 朱太川水系
 歌才湿原
 泊村盃地区地先沿岸

渡島・檜山管内 
 静狩湿原
 大沼と周辺湿地(大沼、小沼、じゅんさい沼)
 横津岳湿原群(雲井沼湿原、前沼湿原、烏帽子沼湿原、アヤメ湿原など)
 汐首岬周辺沿岸
 函館湾周辺沿岸

胆振・日高管内 
 襟裳岬周辺沿岸
 勇払原野湿原群(美々川、美々湿原、ウトナイ湖、トキサタマップ湿原、弁天沼、柏原東湿原、平木沼湖沼群朝日沼など)※(ウトナイ湖)
 厚真水田および鵡川水田
 鵡川河口
 ホロホロ湿原
 倶多楽湖
 ヨコスト湿原
 キウシト湿原

上川・留萌・宗谷管内 
 利尻島湿地群(オタドマリ沼、沼浦湿原、南浜湿原)
 利尻島・礼文島周辺沿岸
 久種湖
 メグマ沼湿原、声問大沼・声問川
 猿払原野(ポロ沼、カムイト沼、猿骨沼、浅茅野湿原、モケウニ沼、猿払川など)
 サロベツ原野(サロベツ湿原、長沼湖沼群、ペンケ沼、パンケ沼、兜沼)※
 天塩川
 中峰の平湿原
 松山湿原およびピヤシリ湿原
 朱鞠内湖
 浮島湿原
 大雪山系旭岳周辺湿原群(天人ヶ原湿原、沼ノ平湿原、雲井ヶ原など)
 大雪山系トムラウシ山周辺湿原群(高根ヶ原、忠別沼、五色ヶ原、沼ノ原、ヒサゴ沼、銀杏ヶ原湿原、トムラウシ南麓湿原など)
 原始ヶ原湿原
 かなやま湖

釧路・根室管内 
 知床半島山稜湿原(羅臼湖、二ツ池、知床沼高山湿原)
 知床半島東部沿岸
 野付半島・野付湾・尾岱沼 ※
 標津湿原
 茨散沼湿原、兼金沼・西別川湿原
 根室半島湿原群(歯舞の台地、ホロニタイ・フレシマ湿原、丹根沼・オンネ沼、南部沼、長節沼、落石岬湿原、落石西湿原、落石湿原、ヒキウス沼、沖根辺沼)
 根室湾干潟
 知床半島サケ・カラフトマス遡上河川群
 風蓮湖・春国岱・温根沼および周辺湿原群 ※
 ユルリ島湿原
 霧多布湿原・幌戸湿原および地先沿岸(琵琶瀬湾、浜中湾、琵琶瀬川)※
 火散布沼および藻散布沼
 厚岸湖 ※(「厚岸湖・別寒辺牛湿原」として登録)
 厚岸湾
 別寒辺牛湿原 ※(「厚岸湖・別寒辺牛湿原」として登録)
 屈斜路湖周辺および釧路川源流域
 阿寒湖と流入・流出河川(パンケトー、ペンケトーを含む)※
 釧路湿原(赤沼、塘路湖、達古武沼、遠矢採草地、シラルトロ湖などを含む)※
 馬主来沼
 キナシベツ湿原および音別川・尺別川

十勝管内 
 然別湖
 十勝海岸湖沼群(十勝川河口湿原、長節沼、湧洞沼、キモントウ、生花苗沼、当縁湿原、ホロカヤントウ沼など)
 十勝川下流域湖沼群(三日月沼、育素多沼、池田キモントウ、幌岡大沼など)
 更別湿原

オホーツク管内 
 クッチャロ湖 ※
 コムケ湖
 シブノツナイ湖
 サロマ湖
 能取湖
 網走能取岬周辺沿岸
 網走湖
 藻琴湖および濤沸湖(小清水原生花園)※
 ガッタンコ湿原

東北地方

青森県 
 下北半島大間崎周辺沿岸
 下北半島沿岸北部
 小川原湖湖沼群(尾駮沼、鷹架沼、市柳沼、田面木沼、高瀬川、小川原湖など)
 仏沼 ※
 陸奥湾(大湊湾、原別海岸、小湊浅所海岸、青森湾東岸)
 宇曽利山湖
 猿ヶ森砂丘と後背湿地
 十三湖・岩木川(河口域)
 屏風山湿原池沼群(平滝沼・ベンセ沼湿原、コケヤチ湿原など)
 津軽平野湖沼群(廻堰溜池、狄ガ館溜池、砂沢溜池)
 八甲田山湿原群(田代平湿原、睡蓮沼周辺、八甲田山高層湿原・雪田草原、黄瀬沼周辺、蔦沼周辺)
 十和田湖(青森県、秋田県)

岩手県 
 安家川
 八幡平周辺湿原群(赤川源流域湿原、八幡平湿原、八幡沼、黒谷地、夜沼、蒸ノ湯大谷地、長沼、大沼、大場谷地、熊谷地、前谷地など)
 春子谷地湿原
 焼石岳北面雪田
 陸中リアス海岸の湾奥沿岸湿地群(宮古湾、山田湾、船越湾、大槌湾、釜石湾など)
 三陸沿岸の外洋性藻場
 南八幡平山稜湿原群(大深岳北面雪田、上倉山周辺湿原、丸森周辺湿原、三ツ石湿原、三ツ沼、栗木ヶ原、〔岩手〕大白森湿原、八瀬森、〔秋田〕大白森湿原、小白森湿原、乳頭山、田代平湿原、千沼ヶ原、笊森山雪田、熊見平、湯森山、秋田駒ヶ岳など)(岩手県、秋田県)
 栗駒山湿原群(栗駒山雪田、世界谷地、ゴザコバシリ、須川湖周辺、竜泉ヶ原、田代沼など)(岩手県、秋田県、宮城県)
 広田湾(岩手県、宮城県)

秋田県 
 米代川河口湖沼群(小友沼、一ノ沢堤、能代大堤、落合沼、須田湿地など)
 男鹿半島沿岸
 秋田平野湖沼群(八郎潟調整池・天王出戸湿原、男潟、女潟、国花苑堤、小立花堤、福田堤、赤平潟、宝竜崎ため池、古川)
 雄物川中流域湖沼群(高屋敷低層湿原、大浦沼、乙越沼、湯の台・小方角沢湿原)
 横手市~仙北郡にかけてのため池群
 仙北・平鹿地方の湧水群
 田代岳湿地
 和賀岳・朝日岳雪田
 苔沼
 加田喜沼
 虎毛山湿地
 鳥海山北麓湿地群(南由利原の湿地、冬師のハンノキ林、桑ノ木台湿原、仁賀保高原湖沼群〔平石堤など〕)
 鳥海山湿原群(竜ヶ原湿原、稲倉岳北面雪田、鳥海山雪田群、御浜扇子森雪田群、千畳ヶ原、荒神岳北面、心字雪田群、飯ヶ森湿原、河原宿湿原、大清水湿原など)(秋田県、山形県)

宮城県 
 南三陸海岸沿岸(御伊勢浜ほか)
 志津川湾
 万石浦
 仙台湾および仙台海浜(松島湾、蒲生干潟、井戸浦潟、広浦、鳥の海など)
 伊豆沼周辺湖沼群(伊豆沼、内沼、長沼など)※
 蕪栗沼 ※
 相野沼
 化女沼 ※
 旧品井沼周辺ため池群
 北上川(河口域)・長面浦
 田谷地沼・かば谷地・すげ沼湿地池沼群
 蔵王山周辺湿原群(芝草平、イロハ沼湿原群、御田の神湿原、地蔵岳雪田、熊野岳雪田など)(宮城県、山形県)

山形県 
 飛島周辺沿岸
 最上川河口
 最上川および赤川水系のウケクチウグイ生息地
 河島山麓堤群
 乱川扇状地湧水地
 上池・下池
 月山・湯殿山湿原群(月山山頂東側一帯、弥陀ヶ原湿原、念仏ヶ原、皮松谷地、田代沢湿原群など)
 朝日連峰湿原群
 吾妻山周辺湿原群(西吾妻山、東大巓、弥兵衛平、中大巓、矢筈山馬場谷地、明月・明星湖湿原、谷地平、景場平など)(山形県、福島県)
 飯豊連峰湿原群(山形県、福島県、新潟県)

福島県 
 松川浦
 雄国沼湿原
 裏磐梯湖沼群(桧原湖、小野川湖、秋元湖、五色沼など)
 猪苗代湖と流入河川
 赤井谷地湿原
 矢ノ原湿原
 駒止・宮床湿原
 田代山湿原
 小名浜、塩屋崎周辺沿岸
 会津駒ヶ岳周辺湿原群
 尾瀬ヶ原・尾瀬沼(福島県、群馬県、新潟県)※

関東地方

茨城県 
 涸沼
 霞ヶ浦・北浦水系の河川・湖沼群(霞ヶ浦・北浦・浮島湿原を含む)
 菅生沼
 北茨城市地先海岸
 伊師浜、小貝浜、高磯
 那珂湊地先沿岸(大洗、平磯、阿字ヶ浦)
 利根川下流部(茨城県、千葉県)

栃木県 
 那須山麓湿地群(高久甲、高久丙、小深堀、寺子丙、戸能など)
 大田原市の湧水湿地
 鬼怒川河川敷(上沢前湿地)
 鬼怒沼湿原
 上河戸・河戸新田のため池群
 中禅寺湖
 湯の湖・戦場ヶ原・小田代ヶ原湿原 ※
 弁天沼湿原
 長岡湿地
 駒生湿地
 渡良瀬遊水地(栃木県、群馬県、埼玉県)

群馬県 
 草津周辺湿原群(芳ヶ平、富貴原ノ池、弓池など)※
 八瀬川
 大峰沼湿原
 利根川源流山稜高層湿原群(平ヶ岳~巻機山~朝日岳)(群馬県、新潟県)

埼玉県 
 杉戸町の遊水池
 見沼代用水
 宝蔵寺沼
 狭山丘陵の湿地(埼玉県、東京都)
 白子川流域の湧水群
 妙音沢の大沢・小沢

千葉県 
 犬吠埼周辺沿岸
 小野川
 はきだし沼
 九十九里浜(栗山川~新川)
 ジュンサイ池
 北総地域の谷津田、水路、湧水
 成東湿原
 房総半島中部の谷戸(谷津)群
 房総丘陵の谷津田、湧水地
 一宮川ならびに夷隅川河口干潟
 館山湾
 館山波佐間、坂田
 鵜原地先沿岸・鯛ノ浦
 東京湾の干潟・浅瀬(盤洲干潟、富津干潟、三番瀬、谷津干潟、小櫃川河口、葛西、東京港野鳥公園、中央海浜公園、森ヶ崎、多摩川河口、野島海岸など)(千葉県、東京都、神奈川県)※(谷津干潟)

東京都 
 多摩丘陵地帯の湧水湿地
 八丈島周辺沿岸
 式根島足附港周辺
 父島・母島の河川
 小笠原諸島周辺の砂浜海岸および周辺浅海域

神奈川県 
 芦ノ湖
 仙石原湿原
 三浦半島の湾・入江干潟および沿岸(小田和湾、諸磯湾、油壺湾、小網代湾、江奈湾、大浦海岸、城ヶ島、剱崎、三浦海岸、観音崎など)
 相模川河口(干潟)
 真鶴岬周辺沿岸

中部地方

新潟県 
 佐渡島北部沿岸
 佐渡島南部沿岸
 地本湧水
 信濃川および阿賀野川の最下流域
 魚沼地方のシナイモツゴ生息地
 妙高高原周辺湿原(イモリ池湿原、高谷池湿原など)
 佐潟 ※
 三和村ため池群
 朝日池・鵜の池
 鳥屋野潟
 福島潟
 瓢湖 ※
 柏崎沿岸(宮川~椎谷)
 苗場山周辺湿原(苗場山湿原、小松原湿原など)(新潟県、長野県)
 白馬岳周辺湿地群(朝日岳~唐松岳の雪田、白馬大池、八方池、長池などの高山湖沼、かもしか平、兵馬の平、天狗原湿原、栂池湿原、八方尾根湿原など)(新潟県、長野県、富山県)

富山県 
 立山周辺湿原群(弥陀ヶ原湿原、五色ヶ原、大日平湿原など)※
 富山湾
 氷見市周辺の河川・ため池群
 能登半島の低地湿原(富山県、石川県)

石川県 
 七尾湾
 能登半島西海岸および湖沼群(邑知潟、高松~河北海岸、河北潟)
 片野鴨池 ※
 内浦町地先沿岸
 舳倉島・七ツ島周辺沿岸
 能登半島西部沿岸
 ガンの池
 白山の湿原・雪田草原(石川県、岐阜県)

福井県 
 大野市の湧水
 武生市の湧水
 武生市周辺のアベサンショウウオ生息地
 北潟湖
 九頭竜川下流域および流域湖沼(九頭竜川、大堤)
 中池見
 池ノ河内湿原
 三方五湖 ※

山梨県 
 河口湖
 山中湖
 忍野村湧水群

長野県 
 木崎湖周辺湖沼・湿地群(落倉湿原、居谷里湿原、唐花見湿原、姫川源流(親海湿原)、木崎湖、中綱湖、青木湖、農具川など)
 霧ヶ峰湿原群(八島ヶ原湿原、踊場湿原、車山湿原など)
 志賀高原周辺湿原群(四十八池湿原、田ノ原湿原、高天ヶ原・一ノ瀬湿原、焼額山湿原、北ドブ湿原、一沼など)
 乗鞍岳湿原
 安曇野蓼川周辺湧水河川
 黒姫山湖沼・湿原群(黒姫山大池、種池、古池、御鹿池、古池湿原、大だるみ湿原、御鹿池湿原、赤谷地湿原など)
 逆サ川
 茶臼山周辺ため池群

岐阜県 
 養老地域の湧水群
 天生湿原
 沖ノ洞・上ノ洞
 大湫
 津保川流域の農業用水系
 前沢湿地・須衛湿地
 長良川・木曽川水系のサツキマス、ネコギギ生息地
 木曽三川合流域の河川・水路・ため池群(岐阜県、愛知県)

静岡県 
 初島周辺沿岸
 伊豆半島南東部(白浜~田牛)沿岸
 逢瀬が浜
 伊豆ヒリド、トナイ、中木港付近
 伊豆半島西部沿岸
 柿田川
 麻機湿地
 大井川中流域
 御前崎周辺沿岸
 桶ヶ谷沼・鶴ヶ池
 浜名湖
 遠州灘海岸(静岡県、愛知県)
 葦毛湿原・湖西地方の湿地(静岡県、愛知県)

愛知県 
 伊良湖岬周辺沿岸
 濃尾平野外縁部のウシモツゴ生息地(愛知県、岐阜県)
 三河湾(伊川津、汐川干潟、神野新田、矢作古川河口、一色干潟、矢作川河口、佐奈川河口など)
 作手中間湿原群(長ノ山湿原など)
 西三河周辺中間湿原群(北山湿地、矢並湿地、伊保湿地など)
 伊勢湾(藤前干潟、常滑沖、鈴鹿川・雲出川・櫛田川・祓川・愛宕川・金剛川の各河口)(愛知県、三重県)※

近畿地方

三重県 
 祓川
 志摩半島南部沿岸(大王町~南島)

滋賀県 
 彦根~米原地域の湧水群
 木之本町(現在は長浜市の一部)の農業用水系
 山門湿原
 饗庭野湿原
 琵琶湖(内湖を含む)※
 河内風穴
 淀川水系(淀川、宇治川、木津川など)(滋賀県、京都府、大阪府)

京都府 
 丹後半島沿岸~若狭湾(西部)
 八丁平湿原
 深泥池湿地
 由良川源流域(芦生・知井・安掛)
 大フケ湿原およびその周辺湿地
 丹後・但馬地方低山地湧水域のアベサンショウウオ生息地(京都府、兵庫県)

大阪府 
 大阪湾南部(紀淡海峡)
 大阪南港野鳥園
 男里川河口
 生駒・信貴山麓のため池群

兵庫県 
 浜甲子園
 淡路島中南部の農業用水系
 洲本地先沿岸
 家島周辺沿岸
 砥峰高原湿地
 氷上地方水系(加古川・由良川分水嶺)
 六甲山北面沢地群
 岸田川支流の最上流域
 東播磨北部地域の農業用水系
 明石市大久保町周辺のため池群
 加古川河口
 新舞子海岸
 千種川河口
 円山川河辺

奈良県 
 お亀池
 紀伊半島のキリクチ生息地

和歌山県 
 紀の川河口、和歌川河口
 有田川河口
 沼池
 日高川河口
 田辺市~日高郡ため池群
 白浜~田辺湾
 古座町田原地区の水田・湿地
 串本錆浦、潮岬西岸 ※
 和歌山千里の浜
 新宮藺沢浮島の森

中国地方

鳥取県
 岩美地先沿岸
 唐川湿原
 菅野湿原
 多鯰ヶ池
 神戸ノ上湿地
 中海(大橋川を含む)(鳥取県、島根県)※

島根県
 宍道湖(斐伊川下流部を含む)※
 赤名湿原
 隠岐島(島後)の渓流域
 隠岐島周辺沿岸
 十六島周辺沿岸
 地倉沼

岡山県
 岡山平野のスイゲンゼニタナゴ等生息地
 永江川河口
 鯉ヶ窪・おもつぼ湿原
 邑久郡の塩性湿地
 味野湾、玉野湾

広島県 
 細ノ洲
 安芸湾三津口
 世羅台地の湧水湿地・ため池群
 賀茂台地の湧水湿地・ため池群
 東八幡原・西八幡原
 帝釈川
 宮島
 広島湾東部(江田島、能美島、倉橋島等)

山口県 
 広島湾西部(屋代島等)
 秋穂湾~山口湾(椹野川河口)
 阿知須干拓および土路石川河口
 厚東川・有帆川・厚狭川の河口
 厚狭川下流農業用水系
 秋芳洞の地下水系 ※
 油谷湾
 青海島周辺沿岸

四国地方

徳島県 
 ジョガマル池
 吉野川河口、勝浦川河口
 大津田川流域の用水路網
 蒲生田海岸
 伊島および周辺沿岸
 橘湾
 日和佐大浜海岸
 牟岐大島周辺沿岸
 出羽島の大池
 宍喰地先沿岸
 黒沢湿原
 鳴門海峡

香川県 
 香川県低地の水田、ため池などの湿地
 豊島ため池群
 満濃池周辺のため池群

愛媛県 
 加茂川河口
 皿ヶ嶺湿地
 重信川河口
 肱川下流域の農業用水系
 伊方町地先沿岸
 宇和海島嶼部周辺沿岸

高知県 
 松山地区のオオイタサンショウウオの生息地
 四万十川下流・河口域
 中村市トンボ自然公園
 土佐清水鵜碆、平碆、見残し周辺沿岸
 龍河洞の地下水系
 横碆周辺沿岸
 浦ノ内湾
 室戸岬周辺沿岸
 夜須町地先沿岸

九州地方

福岡県 
 お糸池
 曽根干潟
 筑前大島・地ノ島周辺沿岸
 長井浜~西角田漁港周辺干潟
 千鳥が池
 福岡湾(和白干潟・今津干潟)
 田主丸町の農業用水系
 筑紫平野の河川・水路など(福岡県、佐賀県)
 有明海(筑後川河口~矢部川河口、東与賀海岸、六角川河口~塩田川河口、鹿島海岸、田古里川河口、諫早湾、荒尾海岸)および筑後川(感潮域)(福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県)

佐賀県 
 樫原湿原
 星賀塩生湿地
 イロハ島一帯
 伊万里湾
 東松浦半島北部(小川島、神集島を含む)沿岸

長崎県 
 志々伎湾
 平戸海峡
 南九十九島周辺沿岸
 壱岐島の河川
 壱岐島石影浦
 対馬渓流域
 対馬・浅茅湾および綱浦
 対馬・田ノ浜
 七釜鍾乳洞の地下水系
 神代川
 島原半島南部沿岸
 平尾免地先沿岸

熊本県 
 志津川
 江津湖・上江津湖水系
 菊池川・白川・緑川河口
 不知火干潟周辺
 球磨川河口
 天草・大矢野島周辺沿岸
 天草灘通詞島周辺沿岸
 苓北町富岡地先沿岸
 天草牛深(片島、大島、桑島)周辺沿岸
 九州中央山地源流域のベッコウサンショウウオ等生息地(熊本県、宮崎県、鹿児島県)

大分県 
 姫島周辺沿岸
 野依新池
 中津海岸・宇佐海岸
 安心院町のため池群
 守江湾(八坂川河口)
 小深江漁港周辺干潟
 小田の池
 金鱗湖周辺の温泉水路
 九重火山群湿原(西千里浜、坊ガツル、タデ原)※(くじゅう坊ガツル・タデ原湿原)
 松岡・敷戸のため池群

宮崎県 
 家田・川坂湿原
 門川湾・御鉾ヶ浦(細島港)
 島浦島周辺沿岸
 宮崎市周辺の砂浜海岸
 五ヶ瀬川、祝子川、北川の感潮域
 日南市のため池群
 大淀川水系岩瀬川オオヨドカワゴロモ自生地
 宮崎市湧水地帯のオオイタサンショウウオ生息地
 青島周辺沿岸
 本城川河口~千野川河口
 都井岬周辺沿岸
 栄松地先沿岸

鹿児島県 
 志布志市のカワゴケソウ類自生地
 大隅半島のカワゴケソウ類自生地
 薩摩半島のカワゴケソウ類自生地
 川内川のカワゴケソウ類およびチスジノリ生育地
 長島周辺沿岸
 阿久根地先沿岸
 出水干拓地
 いちき串木野市羽島地先沿岸
 藺牟田池 ※
 鹿児島湾(桜島漁港・浜町・鴨池港・生見のアマモ場群落、重富海岸、天降川河口、喜入町メヒルギ林湿地、岩崎川、鈴川、米倉川など)
 志布志湾沿岸
 鰻池
 万之瀬川河口・吹上浜海岸
 大浦川河口
 種子島の砂浜海岸とサンゴ礁
 種子島のマングローブ林(湊川、大浦川)
 一湊川のカワゴケソウ類自生地
 屋久島(宮之浦川)
 屋久島西部海岸
 屋久島栗生塚崎
 栗生川
 屋久島花之江河周辺
 甑島周辺沿岸(海鼠池、貝池を含む)
 奄美大島南部の渓流域
 住用湾流入河川および河口部(住用川・役勝川河口および城内海)
 住用村の止水域
 笠利湾
 勝浦川下流域の農業用水系
 徳之島山地水域
 徳之島神之嶺、カンニシ港

沖縄地方 
 屋嘉田潟原
 億首川流域
 ヤンバル河川群
 沖縄本島東沿岸(辺野古~漢那)
 慶武原川
 東村の慶佐次マングローブと流入河川
 喜如嘉(水田地帯)
 大浦湾および大浦川
 屋我地(羽地内海を含む)
 アミスガー・ハマサ
 水納島周辺沿岸
 残波岬地先沿岸
 藪地島周辺沿岸
 中城湾(泡瀬干潟・佐敷干潟など)
 漫湖 ※
 具志干潟~大嶺岬周辺沿岸
 屋富祖井
 与根干潟
 瀬底島の小湿地および周辺沿岸
 塩川
 斎場御嶽
 渡名喜島周辺沿岸
 南大東島の池と洞窟群
 慶良間諸島渡嘉敷島の山地水域
 慶良間諸島周辺沿岸 ※
 久米島の渓流・湿地
 八重干瀬
 宮古島中北部の湿地
 宮古島の洞窟群と湧泉群
 池間島湿原と周辺サンゴ礁
 島尻入江
 宮古島東部(東平安名崎)沿岸
 嘉手刈入江
 与那覇湾およびその周辺
 伊良部島の入江
 平久保半島北東沿岸
 嘉良川
 吹通川河口域およびその沿岸
 川平湾、米原地先沿岸
 カピラ湧水および川平の水田
 御神崎~石崎地先沿岸
 名蔵湾および名蔵川集水域 ※
 宮良湾・宮良川河口域
 白保海岸とその沿岸
 石西礁湖
 西表島山地水域および平地部天然陸水域
 大正池付近
 仲間川
 後良川・相良川・前良川
 由布島および干潟
 小浜島(細崎-アカヤ崎)
 船浦湾と流入河川
 浦内川
 西表島南西部海域および河口域
 与那国島の湿地・河川

「生物多様性の観点から重要度の高い湿地」一覧 

以下は、2016年(平成28年)に選定された「生物多様性の観点から重要度の高い湿地」の一覧である。