学部 

文学部
 人文学科
2016年入学生以降
哲学・倫理学分野
哲学領域、倫理学領域
芸術学・美術史分野
芸術学領域、美術史領域
地理学・社会学・文化人類学・社会文化学分野
地理学領域、社会学領域、文化人類学領域、社会文化学領域
心理学・社会心理学分野
心理学領域、社会心理学領域
歴史学・考古学分野
日本史学領域、東洋史学領域、西洋史学領域、考古学領域
言語学・現代日本語学分野
言語学領域、現代日本語学領域
日本語・日本文学分野
日本語学領域、日本文学領域
外国語・外国文学分野
中国言語文化学領域、英米言語文化学領域、フランス言語文化学領域、ドイツ言語文化学領域
2015年入学生まで
哲学芸術学専修コース
教育研究領域:哲学、芸術学
行動科学専修コース
教育研究領域:心理学、地理学、社会学、社会文化学、文化人類学
歴史文化学専修コース
教育研究領域:日本史、東洋史、西洋史、考古学
言語科学専修コース
教育研究分野:言語学、日本語学、英語学、フランス語学
言語文化学専修コース
教育研究領域:日本言語文化、中国言語文化、英米言語文化、ドイツ言語文化、フランス言語文化

教育学部
学校教員養成課程
小学校教育コース
教育学専修
教育心理学専修
国語教育専修
社会科教育専修
数学教育専修
理科教育専修
音楽教育専修
美術教育専修
保健体育専修
家政教育専修
英語教育専修
ものづくり・情報教育専修
特別支援教育専修
中学校教育コース
国語教育専修
社会科教育専修
数学教育専修
理科教育専修
音楽教育専修
美術教育専修
保健体育専修
技術教育専修
家政教育専修
英語教育専修
特別支援教育コース
幼児教育コース
養護教諭養成課程

法学部
法学科
昼間コース
夜間主コース

経済学部
経済学科
昼間コース(下記4コースへの所属は2年次から)
現代経済分析コース
国際比較経済コース
組織経営コース
会計プロフェッションコース
夜間主コース(下記2コースへの所属は2年次から)
経済学コース
政策学コース

理学部
数学科
教員の研究部門:代数学、幾何学、解析学
物理学科
教員の研究部門:基礎物理学、物性物理学、量子物理学
化学科
教員の研究部門:分子化学、反応化学、物質化学
生物学科
教員の研究部門:生体分子機能科学、生体制御科学
地球科学科
教員の研究部門:地球惑星科学、地球物質循環学

医学部
医学科(6年制)
保健学科
看護学専攻
放射線技術科学専攻
検査技術科学専攻

歯学部
歯学科(6年制)

薬学部
薬学科(6年制)
創薬科学科

工学部
機械システム系
機械工学コース
ロボティクス・知能システムコース
環境・社会基盤系
都市環境創成コース
環境マネジメントコース
情報・電気・数理データサイエンス系
情報工学コース
ネットワーク工学コース
エネルギー・エレクトロニクスコース
数理データサイエンスコース
化学・生命系
応用科学コース
生命工学コース
※ 注:コース所属は2年次から

農学部
 総合農業科学科
農芸化学コース
応用植物科学コース
応用動物科学コース
環境生態学コース - 研究ユニットは緑地生態学・森林生態学、土壌環境管理学、水系保全学、昆虫生態学・進化生態学、生物生産システム工学、食料生産システム管理学・資源管理学の9ユニット 
※ 注:コース所属は2年次から
グローバル・ディスカバリー・プログラム

研究科 
教育学研究科
学校教育学専攻(修士課程)
発達支援学専攻(修士課程)
幼児教育コース
特別支援教育コース
養護教育コース
教科教育学専攻(修士課程)
国語教育コース
社会科教育コース
数学教育コース
理科教育コース
音楽教育コース
美術教育コース
保健体育コース
技術教育コース
家政教育コース
英語教育コース
教育臨床心理学専攻(修士課程、臨床心理士第1種指定大学院)
教職実践専攻(専門職学位課程、教職大学院)

社会文化科学研究科
博士前期課程
社会文化基礎学専攻
講座:哲学・思想文化論講座、表象文化論講座、人間行動論講座、法政理論講座、経済理論・統計講座
比較社会文化学専攻
講座:日本・アジア文化論講座、欧米言語文化論講座、言語情報論講座、比較国際法政講座、比較経済講座、歴史文化論講座
公共政策科学専攻
講座:公共法政講座、政策科学講座、司法政策講座
公務員を志望する学生のほか、政策立案能力向上を目指す現役の公務員や地方議会議員を対象とした「地域公共政策コース」が設けられている
組織経営専攻(MBA課程、経営大学院)
講座:経営学講座、会計学講座、組織経済学講座
博士後期課程
社会文化学専攻
文化共生学講座
教育・研究分野:人間文化論、社会文化論
人間社会科学講座
教育・研究分野:日本文化論、比較社会発展論
政策科学講座
教育・研究分野:公共政策論、現代企業論

自然科学研究科
博士前期課程
数理物理科学専攻
講座:数理科学講座、物理科学講座
分子科学専攻
講座:物質基礎科学講座
生物科学専攻
講座:生物科学講座
地球科学専攻
講座:地球システム科学講座
機械システム工学専攻
講座:先端機械学講座、知能機械システム学講座
電子情報システム工学専攻
講座:電気電子機能開発学講座、計算機科学講座、情報通信システム学講座
応用化学専攻
講座:応用化学講座
生命医用工学専攻
講座:生命工学講座
博士後期課程
数理物理科学専攻
講座:数理科学講座、物理科学講座、連携講座(X線先端物理学)
地球生命物質科学専攻
講座:物質基礎科学講座、生物科学講座、地球システム科学講座
産業創成工学専攻
講座:計算機科学講座、情報通信システム学講座、電気電子機能開発学講座、知能機械システム学講座、先端機械学講座
応用化学専攻
講座:応用化学講座
生命医用工学専攻
講座:生命工学講座、連携講座(生体材料機能設計学)
5年一貫制博士課程
地球惑星物質科学専攻
講座:分析地球惑星化学講座、実験地球惑星物理学講座、有機地球惑星科学講座(連携講座)

保健学研究科
保健学専攻(博士前期課程・博士後期課程)
看護学分野
領域:基礎看護学、成育看護学、臨床応用看護学、コミュニティヘルス看護学
放射線技術科学分野
領域:医用情報理工学、放射線健康支援科学
検査技術科学分野
領域:病態情報科学、生体情報科学
コース
一般コース
CNSコースがん看護
助産学コース
放射線安全・医療応用学コース
医学物理士コース

環境生命科学研究科
博士前期課程
社会基盤環境学専攻
講座:都市環境創成学講座、農村環境創成学講座
生命環境学専攻
講座:環境生態学講座、人間生態学講座
資源循環学専攻
講座:循環型社会形成学講座、物質エネルギー学講座
生物資源科学専攻
講座:生物機能化学講座、植物ストレス科学講座
生物生産科学専攻
講座:植物機能開発学講座、動物機能開発学講座
博士後期課程
環境科学専攻
講座:都市環境創成学講座、農村環境創成学講座、環境生態学講座、人間生態学講座、循環型社会形成学講座、物質エネルギー学講座
農生命科学専攻
講座:生物機能化学講座、植物ストレス科学講座、植物機能開発学講座、動物機能開発学講座

医歯薬学総合研究科
修士課程
医歯科学専攻
一般コース
国際医療保健コース
衛生・公衆衛生人材育成コース
分子イメージング技術修得コース
公衆衛生学コース([公衆衛生学修士|MPH課程])
4年制博士課程
生体制御科学専攻
大講座:生体機能制御学、生体薬物制御学、脳神経制御学
病態制御科学専攻
大講座:病態機構学、腫瘍制御学、臨床応用薬学
機能再生・再建科学専攻
大講座:生体機能再生・再建学、口腔・顎・顔面機能再生制御学
社会環境生命科学専攻
大講座:国際環境科学、総合社会医科学
連携講座
教育研究分野:分子イメージング科学(連携機関:理化学研究所)、総合感染症学(連携機関:国立感染症研究所)、長寿医療科学(連携機関:国立長寿医療研究センター)、レギュラトリーサイエンス学(連携機関:医薬品医療機器総合機構)、実践総合診療学(連携機関:岡山市立市民病院)、総合循環器病学(連携機関:国立循環器病研究センター)
履修コース
 一般コース、臨床専門医コース(医学系)、臨床専門医コース(歯学系)、がんプロフェッショナルコース(医学系)、がんプロフェッショナルコース(薬学系)、分子イメージング教育コース、アカデミックGP養成コース(2014年度に設置)
博士前期課程
薬科学専攻(2010年に創薬生命科学専攻博士前期課程を廃止して設置)
薬品合成解析学講座
分野:薬品合成学、物質情報解析学
生命反応解析学講座
分野:分子生命解析学、病態代謝解析学
薬効解析応用学講座
分野:薬効評価解析学、薬物療法応用学
環境因子応用解析学講座講座
分野:環境解析学、微生物応用学
博士後期課程
薬科学専攻(2012年に創薬生命科学専攻博士後期課程を廃止して設置)
創薬分子生命科学講座

ヘルスシステム統合科学研究科(独立研究科)
ヘルスシステム統合科学専攻
バイオ・創薬部門
医療機器・医療材料部門
ヘルスケアサイエンス部門
ヒューマンケアイノベーション部門

法務研究科(専門職学位課程、法科大学院)
法務専攻

兵庫教育大学大学院連合学校教育学研究科
学校教育実践学専攻(後期3年のみの博士課程)
先端課題実践開発専攻(後期3年のみの博士課程)
教科教育実践学専攻(後期3年のみの博士課程)

専攻科 
特別支援教育特別専攻科

別科 
養護教諭特別別科

学術研究院 
 2021年(令和3年)4月1日に設置された組織。従前の教育研究組織としての研究科と学部について、教員が所属する教員組織と学生が所属する教育組織に分離(「教教分離」)する観点から見直して、前者に相当する組織として「学術研究院」が設けられた。