これらの単系統群間での系統関係に関しては統一した解析結果は得られていないものの、1が初期に分化した可能性が高く、2と4が最も近縁で、2と3と4は全体として単系統群だと推定されている。
アメリカヤマガメ属
イシガメ属、ハコガメ属
インドヤマガメ属
オオヤマガメ属、シロアゴヤマガメ属、ニセイシガメ属、マルガメ属、ムツイタガメ属
カンムリガメ属、コガタセタカガメ属、ニシクイガメ属、バタグールガメ属、ハミルトンガメ属、ボルネオカワガメ属、メダマガメ属
ホオジロクロガメ属
ヤマガメ属

 バタグールガメ属 
 Batagur baska バタグールガメ Four-toed terrapin
 Batagur borneoensis カラグールガメ Painted terrapin
 Batagur dhongoka オオセタカガメ Three-striped roofed turtle
 Batagur kachuga ニシキセタカガメ Red-crowned roofed turtle
 Batagur trivittata ビルマオオセタカガメ Burmese roofed turtle
 ハコガメ属 
 Cuora amboinensis マレーハコガメ Malayan box turtle
 Cuora aurocapitata コガネハコガメ Yellow-headed box turtle
 Cuora flavomarginata セマルハコガメ Yellow-margined box turtle
 Cuora galbinifrons モエギハコガメ Indochinese box turtle
 Cuora mccordi マコードハコガメ Mccord's box turtle
 Cuora mouhotii ヒラセガメ Keeled box turtle
 Cuora pani シェンシーハコガメ Pan's box turtle
 Cuora trifasciata ミスジハコガメ Three-banded box turtle
 Cuora yunnanensis ユンナンハコガメ Yunnan box turtle
 Cuora zhoui クロハラハコガメ Zhou's box turtle
 マルガメ属 
 Cyclemys atripons ニシキバラマルガメ Western black-bridged leaf turtle
 Cyclemys dentata ノコヘリマルガメ Common Asian leaf turtle
 Cyclemys enigmatica ミナミクロハラマルガメ
 Cyclemys fusca ビルマクロハラマルガメ
 Cyclemys gemeli インドクロハラマルガメ
 Cyclemys oldhamii オルダムマルガメ Oldham's leaf turtle
 Cyclemys pulchristriata ヒガシキバラマルガメ Eastern black-bridged leaf turtle
 ハミルトンガメ属 Geoclemys
 Geoclemys hamiltonii ハミルトンガメ Black pond turtle
 ヤマガメ属 
 Geoemyda japonica リュウキュウヤマガメ Ryukyu black-breasted leaf turtle
 Geoemyda spengleri スペングラーヤマガメ Black-breasted hill turtle
 カンムリガメ属 Hardella
 Hardella thurjii カンムリガメ Crowned river turtle
 オオヤマガメ属 
 Heosemys annandalii ヒジリガメ Yellow headed temple turtle
 Heosemys depressa ヒラタヤマガメ Arakan forest turtle
 Heosemys grandis オオヤマガメ Giant asian pond turtle
 Heosemys spinosa トゲヤマガメ Spiny turtle
 シロアゴヤマガメ属 Leucocephalon
 Leucocephalon yuwonoi シロアゴヤマガメ Sulawesi forest turtle
 ニシクイガメ属 Malayemys
 Malayemys macrocephala マレーニシクイガメ Malayan snail-eating turtle
 Malayemys subtrijuga インドシナニシクイガメ Indochinese snail-eating turtle
 イシガメ属 
 Mauremys annamensis アンナンガメ Anham pond turtle(Cathaiemys属とする説もあり)
 Mauremys caspica カスピイシガメ Caspian pond turtle(Emmenia属とする説もあり)
 Mauremys japonica ニホンイシガメ Japanese pond turtle(Ocadia属とする説もあり)
 Mauremys leprosa チチュウカイイシガメ Mediterranean turtle
 Mauremys mutica ミナミイシガメ Asian yellow pond turtle(Cathaiemys属とする説もあり)
 Mauremys nigricans カントンクサガメ Red-necked pond turtle(Chinemys、Ocadia属とする説もあり)
 Mauremys reevesii クサガメ Chinese pond turtle(Chinemys、Ocadia属とする説もあり)
 Mauremys rivulata ギリシャイシガメ West Caspian turtle(Emmenia属とする説もあり)
 Mauremys sinensis ハナガメ Chinese striped-necked turtle(Ocadia属とする説もあり)
 インドヤマガメ属 
 Melanochelys tricarinata ミツウネヤマガメ Tricarinate hill turtle
 Melanochelys trijuga クロヤマガメ Indian black turtle 
 メダマガメ属 
 Morenia ocellata ビルマメダマガメ Burmese eyed turtle
 Morenia petersi ピーターズメダマガメ Indian eyed turtle
 ムツイタガメ属 Notochelys
 Notochelys platynota ムツイタガメ Malayan flat-shelled turtle
 ボルネオカワガメ属 Orlitia
 Orlitia borneensis ボルネオカワガメ Bornean river turtle
 コガタセタカガメ属 
 Pangshura smithii スミスセタカガメ Brown-roofed turtle
 Pangshura sylhetensis アッサムセタカガメ Assam roofed turtle
 Pangshura tecta テクタセタカガメ Indian roofed turtle
 Pangshura tentoria テントセタカガメ Indian tent turtle
 アメリカヤマガメ属 
 Rhinoclemmys annulata ネンリンヤマガメ Brown wood turtle
 Rhinoclemmys areolata ミゾヤマガメ Furrewed wood turtle
 Rhinoclemmys diademata カンムリヤマガメ Maracaibo wood turtle
 Rhinoclemmys funerea ハラスジヤマガメ Black wood turtle
 Rhinoclemmys melanosterna クロムネヤマガメ Colombian wood turtle
 Rhinoclemmys nasta ハナトガリヤマガメ Large-nosed wood turtle
 Rhinoclemmys pulcherrima アカスジヤマガメ Painted wood turtle
 Rhinoclemmys punctularia アシポチヤマガメ Spot-legged wood turtle
 Rhinoclemmys rubida ルビダヤマガメ Mexicans spotted wood turtle
 ニセイシガメ属 
 Sacalia bealei ジャノメイシガメ Beal's eyed turtle
 Sacalia quadriocellata ヨツメイシガメ Four eyed turtle
 ホオジロクロガメ属 
 Siebenrockiella crassicollis ホオジロクロガメ Black marsh turtle
 Siebenrockiella leytensis フィリピンヤマガメ Philippine forest turtle
 ケララヤマガメ属 Vijayachelys
 Vijayachelys silvatica ケララヤマガメ Cochin forest cane turtle

生態 
クサガメやニホンイシガメといった淡水域に生息する半水棲種を多く含むが、セマルハコガメなどの陸棲種、バタグールガメなどの産卵期のメス以外陸に上がらず河口に生息する完全水棲種など、多様な環境に生息する。