しかしつくばエクスプレス開通前後のセンター地区での分譲マンション建設ラッシュ時の購入者層などに見られるように、公務員住宅や民間賃貸住宅に住む人がマンションや一軒家などを購入して市内に永住することも多い。

科学技術関係機関

大学など 
 国立大学法人
 筑波大学(旧図書館情報大学を含む)
 筑波技術大学
 総合研究大学院大学高エネルギー加速器科学研究科
 学校法人
 学校法人筑波研究学園 筑波研究学園専門学校 - ただし、本都市外に立地している。
 学校法人筑波学院大学(元学校法人東京家政学院) 筑波学院大学

国など 

 内閣府
 独立行政法人国立公文書館 つくば分館
 文部科学省
 研究交流センター(科学技術・学術政策局産業連携・地域支援課研究交流管理官)
 国立研究開発法人物質・材料研究機構
 国立研究開発法人防災科学技術研究所
 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構 筑波宇宙センター
 国立研究開発法人理化学研究所 筑波事業所
 国立研究開発法人科学技術振興機構 情報資料館筑波資料センター
 独立行政法人国立科学博物館 筑波研究資料センター、筑波実験植物園
 独立行政法人教職員支援機構
 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構
 厚生労働省
 国立研究開発法人医薬基盤研究所 霊長類医科学研究センター、薬用植物資源研究センター筑波研究部
 農林水産省
 農林水産技術会議 事務局 筑波産学連携支援センター
 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
 国立研究開発法人国際農林水産業研究センター
 国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所

 経済産業省
 国立研究開発法人産業技術総合研究所
 国土交通省
 国土技術政策総合研究所
 国土地理院
 気象研究所
 高層気象台
 気象測器検定試験センター
 国立研究開発法人土木研究所
 国立研究開発法人建築研究所
 環境省
 国立研究開発法人国立環境研究所
 外務省
 独立行政法人国際協力機構 筑波国際センター

公益法人 

 社団法人
 科学技術国際交流センター 筑波事務所
 農林水産先端技術産業振興センター 農林水産先端技術研究所
 予防衛生協会
 日本測量協会 つくば事務所
 財団法人
 建設技術研究所 筑波試験所
 建築保全センター 筑波事務所
 国際科学振興財団
 シップ・アンド・オーシャン財団 筑波研究所
 つくば科学万博記念財団
 土木研究センター 技術研究所
 日本自動車研究所
 日本地図センター つくば事務所
 日本農業研究所 実験農場
 ベターリビング 筑波建築試験センター

民間 

 化学
 アクアス つくば総合研究所
 荒川化学工業 筑波研究所
 ウシオライティング つくばテクニカルセンター(ウシオ電機の子会社)
 エス・ディー・エス バイオテック つくば研究所
 キヤノン化成 本社・筑波事業所(キヤノンの子会社)
 クラレ つくば研究所
 昭和電工マテリアルズ 先端技術研究開発センタ
 住友化学 筑波研究所(閉鎖予定)
 積水化学工業 R&Dテクノロジーセンター
 東亞合成 先端科学研究所
 東洋インキSCホールディングス マテリアルサイエンスラボ(閉鎖予定)
 トクヤマ つくば研究所
 日油 筑波研究所
 保土谷化学工業 筑波研究所
 三菱ケミカル 筑波事業所
 JSR 筑波研究所
 製薬
 アステラス製薬 つくば研究センター、つくばバイオ研究センター
 エーザイ 筑波研究所
 小野薬品工業 筑波研究所
 共立製薬 先端技術開発センター
 キリンホールディングス キリン中央研究所(閉鎖予定)
 興和 興和先端科学研究所
 日本ジェネリック つくば研究所
 日本新薬 東部創薬研究所
 大鵬薬品工業 つくば研究所
 バスクリン つくば研究所
 久光製薬 筑波研究所(閉鎖予定)
 建設
 アイ・エヌ・エー筑波研究所
 青木あすなろ建設 研究所
 安藤ハザマ 技術研究所
 応用地質 技術本部
 奥村組 技術研究所
 熊谷組 技術研究所
 建設技術研究所 研究センターつくば
 鴻池組 技術研究所
 佐藤工業 技術センターSOU
 ショーボンド建設 補修工学研究所
 新菱冷熱工業 中央研究所
 長大 総合研究所
 東京ニュークリア・サービス つくば開発センター
 戸田建設 技術研究所
 日特建設 技術本部筑波研究所
 日本工営 中央研究所
 日本国土開発 つくば未来センター
 情報技術
 ソフトイーサ
 NTT 筑波研究開発センタ
 食品
 日清製粉 つくば穀物科学研究所
 日本農産工業 研究開発センター
 日本ハム 中央研究所
 マルハニチロ 中央研究所
 その他
 共和技術 つくば学園研究所
 江東微生物研究所 微研中央研究所つくば
 城南電子研究所
 住友林業 筑波研究所
 ツクバ技研
 東京理化器械 プロテオミクス研究所
 日本紙パルプ研究所(王子製紙、日本製紙の子会社)
 全国農業協同組合連合会 飼料畜産中央研究所
 古河機械金属 素材総合研究所、半導体装置事業室
 ミツトヨ つくば研究所
 ヤマザキマザック 東京筑波テクノロジーセンタ
 理想科学工業 理想開発センター
 ロレアル 筑波センター
 つくば研究コンソーシアム
 アルバック 筑波超材料研究所
 ジャパン・エア・ガシズ 筑波テクノロジーセンター
 スタンレー電気 筑波研究所
 浜松ホトニクス 筑波研究所
 ハリマ化成 筑波研究所
 安川電機 開発研究所
 つくば研究支援センター

過去に立地していた研究機関 

 日本建設機械化協会 建設機械化研究所筑波支所
 神戸製鋼所 筑波研究所
 オムロン 筑波研究所(2003年閉鎖)
 三洋電機 研究開発本部筑波研究所
 NOK 筑波技術研究所(2005年閉鎖)
 三菱ガス化学 総合研究所(2005年閉鎖)
 アイ・シー・アイ・ジャパン 技術研究所
 ダイセル化学工業 筑波研究所 - 2006年9月末閉鎖
 トーキン 筑波研究所
 ほくさん 中央研究所つくば分室
 東ソー 筑波研究所
 日本触媒 研究所(筑波地区)(2017年3月末閉鎖)
 島津製作所 ライフサイエンス研究所
 物産ナノテク研究所(三井物産の子会社)
 ホソカワミクロン つくば粉体技術開発センター
 グラクソ・スミスクライン 筑波研究所(2007年閉鎖)
 ノバルティスファーマ 筑波研究所(2008年末閉鎖)
 万有製薬 つくば研究所(2009年12月末閉鎖)
 昭和産業 総合研究所
 武田薬品工業 筑波リサーチセンター(2011年10月閉鎖)
 日本板硝子 筑波事業所(2012年3月閉鎖)
 テキサス・インスツルメンツ 筑波テクノロジー・センター(2009年6月末閉鎖)
 東京エレクトロン テクノロジーセンターつくば(2014年3月末閉鎖) 
 インテル 筑波本社(2017年1月閉鎖)
 独立行政法人情報通信研究機構 つくばリサーチセンター
 NEC 筑波研究所(2020年3月末閉鎖)
 三菱製紙 つくばR&Dセンター(2021年9月末閉鎖)

架空の研究機関 
 新世紀エヴァンゲリオン 戦略自衛隊技術研究所技術研究本部
 FNS地球特捜隊ダイバスター ダイバスター秘密研究所
 ゴジラvsメカゴジラ 国連G対策センター

つくばWAN 
つくばWANは、財団法人国際科学振興財団が運営している筑波研究学園都市の研究機関を結ぶネットワーク。大学や研究機関のスーパーコンピュータ等を10Gbpsの高速ネットワークで結び、計算機資源の相互利用による有効活用や高速ネットワークに関する共同研究を行うほか、大規模データベースの構築による知的資源の一体化などを目的としている。