連合艦隊 
 司令長官:豊田副武大将
 参謀長:草鹿龍之介中将
 参謀副長:小林謙五少将
 首席参謀:高田利種少将
 先任参謀:神重徳大佐
 航空甲参謀:淵田美津雄大佐

第一遊撃部隊 
第二艦隊を基幹に第三艦隊所属の第十戦隊を加えて編成
 司令長官:栗田健男中将
 参謀長:小柳冨次少将
 先任参謀:山本祐二大佐
 航空参謀:添田啓次郎中佐
 作戦参謀:大谷藤之助少佐
 砲術参謀:宮本鷹雄少佐
 水雷参謀:森卓次少佐
 機関参謀:大迫隼夫中佐
 航海参謀兼副官:八塚清少佐

第一部隊 
 指揮官:栗田健男中将(兼務)
 第四戦隊 重巡洋艦 愛宕、高雄、摩耶、鳥海
 第二艦隊司令部直率
 第一戦隊 戦艦 大和、武蔵、長門
 司令官:宇垣纏中将
 参謀:野口六郎大佐、矢口良雄中佐、末松虎雄少佐
 司令部附:伊藤敦夫少佐、神崎浩太郎中尉
 第五戦隊 重巡洋艦 妙高、羽黒
 司令官:橋本信太郎中将
 参謀:中尾熊太郎大佐、大橋欣三中佐、秋元延浩少佐
 司令部附:松島龍夫大尉、宮崎清文主計中尉、岩崎吉恵兵曹長
 第二水雷戦隊  軽巡洋艦 能代、駆逐艦島風
 司令官:早川幹夫少将
 参謀:松原瀧三郎大佐、結城祐雄中佐、本間広中佐、鈴木安照少佐
 第二駆逐隊 駆逐艦 早霜、秋霜
 司令:大島一太郎大佐
 第三十一駆逐隊 駆逐艦 岸波、沖波、朝霜、長波
 司令:福岡徳治郎大佐
 第三十二駆逐隊 駆逐艦 浜波、藤波
 司令:大島一太郎大佐

第二部隊 
 指揮官:鈴木義尾第三戦隊司令官
 第三戦隊 戦艦 金剛、榛名
 司令官:鈴木義尾中将
 参謀:杉藤馬中佐、松本三郎少佐
 第七戦隊 重巡洋艦 鈴谷、熊野、利根、筑摩
 司令官:白石萬隆中将
 参謀:西川亨大佐、入谷清明少佐、貞閑勝見少佐、梅津修少佐
 司令部附:武田春雄少佐、新井二郎主計中尉、赤井幸夫兵曹長
 第十戦隊 軽巡洋艦 矢矧
 司令官:木村進少将
 参謀:南六右衛門大佐、朝田一利少佐、𠮷村一友少佐、岩井正二少佐
 司令部附:佐原亨主計中尉、庄司清七兵曹長
 第十七駆逐隊 駆逐艦 浦風、磯風、雪風、浜風
 司令:谷井保大佐
 第三隊※臨時編成 駆逐艦清霜、野分
 指揮官:梶本顗少佐

第三部隊 
 指揮官:西村祥治第二戦隊司令官
 第二戦隊 戦艦 山城、扶桑
 司令官:西村祥治中将
 参謀:安藤憲栄中佐、福山寅雄少佐
 重巡洋艦 最上
 駆逐艦 時雨
 第四駆逐隊 駆逐艦 山雲、満潮、朝雲
 司令:高橋亀四郎大佐

補給部隊 
随行する油槽船
 萬栄丸、御室山丸、日栄丸、厳島丸、日邦丸、良栄丸
 この6隻はブルネイまで随行の予定であったが実際には部隊と合流できなかった。
 雄鳳丸、八紘丸
 この2隻はブルネイ進出の予定はなかったが、上記6隻が間に合わないと予想した栗田長官の独断でブルネイ進出が指示され、予定の1日遅れで到着し艦隊に補給を行う。

機動部隊本隊 
第三艦隊を基幹に連合艦隊直轄の第三十一戦隊を加えて編成
司令長官:小沢治三郎中将
 参謀長:大林末雄少将
 先任参謀:大前敏一大佐
 参謀:青木武中佐
 参謀:有馬高泰中佐
 参謀:辻本毅少佐

主隊 
 第三航空戦隊 航空母艦  瑞鶴、瑞鳳、千歳、千代田
 第三艦隊司令部直率
 第六〇一海軍航空隊 (零戦28機、爆装零戦16機、彗星7機、天山14機)
 司令:鈴木正一中佐
 第六五三海軍航空隊 (零戦24機、爆装零戦12機、天山11機、九七式艦攻4機)
 司令:木村軍治中佐
 第四航空戦隊 航空戦艦 伊勢、日向
 司令官:松田千秋少将
 参謀:吉井道教大佐、吉住幸男少佐、
 巡洋艦戦隊 軽巡洋艦 多摩、五十鈴
 指揮官:山本岩多大佐
警戒隊
 第一駆逐連隊 軽巡洋艦 大淀 駆逐艦 槇、杉、桐、桑
 指揮官:江戸兵太郎少将
 参謀:池田民生少佐
 第二駆逐連隊
 指揮官:第六十一駆逐隊司令(兼務)
 第六十一駆逐隊 駆逐艦 初月、若月、秋月
 司令:天野重隆大佐
 第四十一駆逐隊 駆逐艦 霜月
 司令:脇田喜一郎大佐、

第二補給部隊 
司令:山崎仁太郎少佐(秋風艦長と兼務)
 駆逐艦 秋風
 油槽船 仁栄丸 たかね丸
 海防艦 22号 29号 31号 33号 43号 132号

先遣部隊(第六艦隊基幹) 
司令長官:三輪茂義中将
 参謀長:仁科宏造少将
 甲潜水部隊(ミンダナオ島東方海域哨戒)、伊26、伊41、伊45、伊46、伊54、伊56
 乙潜水部隊(レイテ・サマール島東方海域哨戒):伊38、伊53、呂41、呂43、呂46
 丙潜水部隊(ルソン島東方海域哨戒)、呂109

南西方面部隊(南西方面艦隊基幹) 
司令長官:三川軍一中将
 参謀長:西尾秀彦少将
 参謀副長:北川政少将
 参謀:大谷稲穂大佐

第五基地航空部隊(第一航空艦隊基幹) 
 司令長官:大西瀧治郎中将
 参謀長:小田原俊彦大佐

 第一五三航空隊 - 月光夜間戦闘機一一型×1機
 第二〇一航空隊 - 零式艦上戦闘機二二型×16機
 第七六一航空隊 - 銀河陸上爆撃機一一型×2機、天山艦上攻撃機一二型甲×7機、一式陸上攻撃機二四型×3機
 第一〇二一航空隊 - 九六式陸上輸送機一一型×1機

第二遊撃部隊 
第五艦隊を基幹に南西方面艦隊直轄の第十六戦隊を加えて編成
 司令長官:志摩清英中将
 参謀長:松本毅少将
 首席参謀:天野盛高大佐
 砲術参謀:松永力大佐、貞閑勝見少佐
 機関参謀:岩部六郎中佐、佐藤良明中佐(副官も兼務)
 水雷参謀:森幸吉中佐
 航空参謀:大野義高少佐
 通信参謀:津田威德少佐
 艦隊軍医長:赤木武夫中佐
 艦隊主計長:山本藤平主計中佐

 第二十一戦隊(司令官:司令長官直率)重巡洋艦 那智、足柄
 第一水雷戦隊 軽巡洋艦 阿武隈
 司令官:木村昌福少将
 参謀:広瀬弘大佐、板谷隆一少佐、関重美少佐、星野清三郎少佐
 司令部附:鈴木義雄兵曹長、長尾勝行技術中尉、周防安次中尉、小西喜代治少尉
 第七駆逐隊 駆逐艦 曙、潮
 司令:古閑孫太郎大佐
 第十八駆逐隊 駆逐艦 霞、不知火
 司令:井上良雄大佐
 第二十一駆逐隊 駆逐艦 初春、若葉、初霜
 司令: 石井汞大佐
 第十六戦隊 重巡洋艦 青葉、軽巡洋艦 鬼怒、駆逐艦 浦波
 司令官:左近允尚正少将

第六基地航空部隊(第二航空艦隊基幹) 
 司令長官:福留繁中将
 参謀長:杉本丑衛大佐
 第一四一航空隊(月光12機、二式艦上偵察機6機:ルソン島二コルス飛行場)
 第二二一航空隊(零式艦上戦闘機70機:ルソン島クラーク、アンヘレス飛行場)
 第三四一航空隊(紫電約40機:ルソン島マルコット飛行場)
 第六三四航空隊(彗星12機、瑞雲31機:ルソン島キャビテ飛行場)
 第六五三航空隊(零式艦上戦闘機約40機、天山21機:ルソン島クラーク、マバラカット飛行場)
 第七〇一航空隊(彗星8機、九九式艦上爆撃機34機、一式陸上攻撃機24機:ルソン島マバラカット飛行場)
 第七六二航空隊戦闘三〇三、戦闘三〇四飛行隊(零式艦上戦闘機約30機:ルソン島バムバム、マバラカット飛行場)
 第七六三航空隊(銀河10機:ルソン島クラーク飛行場)
 第一〇二二航空隊(輸送機8機:本作戦には不参加)

南方軍

第四航空軍 
第四航空軍 司令官:富永恭次中将

第十四方面軍 
第十四方面軍 司令官:山下奉文大将

第三十五軍 
第三十五軍 司令官:鈴木宗作中将
レイテ島
 第十六師団主力(司令官:牧野四郎中将)
ミンダナオ島
 ダバオ地区
 第三十師団(司令官:両角業作中将)
 中・北部
 第百師団(司令官:原田次郎中将)
 ザンボアンガ地区
 独立混成第五十四旅団(司令官:北条藤吉中将)
 パナイ、ネグロス、セブ、パラワン島
 第百二師団(司令官:福栄真平中将)
 ホロ島
 独立混成第五十五旅団(司令官:鈴木鉄三少将)

戦闘序列(連合軍) 
総計862隻(戦闘艦艇157隻、輸送船420隻、特務艦船157隻、その他128隻)。

第二次ケベック会談でレイテ攻略を最終決定した1944年9月、連合幕僚長会議の決定によりダグラス・マッカーサー大将指揮の第7艦隊が上陸作戦の指揮を執ることとなった。この際、ウィリアム・ハルゼー・ジュニア大将の上陸部隊移管の進言もあり太平洋艦隊からはウィルキンスン中将の両用戦部隊が移管されたが、第3艦隊を中心とする空母機動部隊とその補給部隊はチェスター・ニミッツ大将の指揮下の太平洋艦隊にとどめ置かれ、その任務は第7艦隊を支援し、日本艦隊が出現した場合にはその撃滅を優先するものとなっていた。