ただし、国立中学校や私立中学校、都道府県立中学校などに進学する者や連携小学校以外からも児童が入学してくるため、他のタイプに比べて大幅なカリキュラムの変更ができないという欠点がある。

日本の小中一貫校の一覧

国立学校

北海道 
 北海道教育大学附属旭川小学校・中学校
 北海道教育大学附属釧路義務教育学校
 北海道教育大学附属札幌小学校・中学校
 北海道教育大学附属函館小学校・中学校

福井県 
 福井大学教育学部附属義務教育学校(義務教育学校)

山梨県 
 山梨大学教育学部附属小学校・中学校

岐阜県 
 岐阜大学教育学部附属小中学校(義務教育学校)

京都府 
 京都教育大学附属京都小中学校(義務教育学校)
 京都教育大学附属桃山小学校・京都教育大学附属桃山中学校※小中連携

岡山県 
 岡山大学教育学部附属小学校・中学校

広島県 
 広島大学附属東雲小学校・中学校
 広島大学附属三原幼稚園・小学校・中学校

島根県 

 島根大学教育学部附属義務教育学校(義務教育学校)

公立学校

北海道 
 石狩市立厚田学園(義務教育学校)
 伊達市立大滝徳舜瞥学校(義務教育学校)
 七飯町立大沼岳陽学校(義務教育学校)
 七飯町立大沼岳陽学校鈴蘭谷分校(義務教育学校)
 占冠村立トマム学校(義務教育学校)
 斜里町立知床ウトロ学校(義務教育学校)
 湧別町立芭露学園(義務教育学校)
 北見市立おんねゆ学園(義務教育学校)
 白糠町立庶路学園(義務教育学校)
 白糠町立白糠学園(義務教育学校)
 根室市立歯舞学園(義務教育学校)
 中標津町立計根別学園(義務教育学校)
 沼田町立沼田中学校・沼田町立沼田小学校
 歌志内市立歌志内学園(義務教育学校)
 由仁町立由仁中学校・由仁町立由仁小学校
 雨竜町立雨竜中学校・雨竜町立雨竜小学校
 当別町立とうべつ学園(義務教育学校)
 当別町立西当別中学校・当別町立西当別小学校
 北広島市立東部中学校・北広島市立東部小学校・北広島市立北の台小学校
 北広島市立西部中学校・北広島市立西部小学校
 北広島市立大曲中学校・北広島市立大曲小学校・北広島市立大曲東小学校
 北広島市立西の里中学校・北広島市立西の里中学校陽香分校・北広島市立西の里小学校・北広島市立西の里小学校陽香分校
 北広島市立広葉中学校・北広島市立双葉小学校
 北広島市立緑陽中学校・北広島市立緑ヶ丘小学校
 白老町立白老中学校・白老町立白老小学校
 安平町立追分中学校・安平町立追分小学校
 安平町立早来中学校・安平町立早来小学校
 厚真町立厚真中学校・厚真町立中央小学校
 厚真町立厚南中学校・厚真町立上厚真小学校
 様似町立様似中学校・様似町立様似小学校
 松前町立松前中学校・松前町立大島小学校・松前町立小島小学校・松前町立松城小学校
 八雲町立落部中学校・八雲町立落部小学校
 八雲町立野田生中学校・八雲町立東野小学校・八雲町立山越小学校・八雲町立野田生小学校
 八雲町立八雲中学校・八雲町立浜松小学校・八雲町立八雲小学校・八雲町立山崎小学校
 八雲町立熊石中学校・八雲町立熊石小学校
 江差町立江差北中学校・江差町立江差北小学校
 占冠村立占冠中学校・占冠村立占冠中央小学校
 名寄市立智恵文中学校・名寄市立智恵文小学校
 東神楽町立東神楽中学校・東神楽町立東神楽小学校・東神楽町立東聖小学校・東神楽町立忠栄小学校・東神楽町立志比内小学校
 比布町立比布中央学校(義務教育学校)
 小清水町立小清水中学校・小清水町立小清水小学校
 置戸町立置戸中学校・置戸町立置戸小学校
 幕別町立幕別中学校・幕別町立幕別小学校
 幕別町立糠内中学校・幕別町立糠内小学校・幕別町立明倫小学校
 幕別町立札内中学校・幕別町立札内南小学校・幕別町立途別小学校・幕別町立古舞小学校
 幕別町立札内東中学校・幕別町立白人小学校・幕別町立札内北小学校
 幕別町立忠類中学校・幕別町立忠類小学校
 陸別町立陸別中学校・陸別町立陸別小学校
 白糠町立白糠中学校・白糠町立白糠小学校
 白糠町立茶路中学校・白糠町立茶路小学校
 中標津町立広陵中学校・中標津町立中標津東小学校
 中標津町立中標津中学校・中標津町立中標津小学校・中標津町立丸山小学校
 音威子府村立音威子府小中学校
 音威子府村立音威子府小学校
 音威子府村立音威子府中学校
 函館市立戸井学園(義務教育学校)
 富良野市立樹海学校(義務教育学校)
 帯広市立大空学園義務教育学校(義務教育学校)
 新得町立富村牛小中学校(義務教育学校)

青森県 
 むつ市立川内小学校・むつ市立川内中学校 
 むつ市立大湊小学校・むつ市立大湊中学校
 小中一貫三戸学園
 三戸町立斗川小学校
 三戸町立三戸小学校
 三戸町立三戸中学校
 東通学園
 東通村立東通小学校
 東通村立東通中学校

岩手県 
 大槌町立大槌学園(義務教育学校)
 大槌町立吉里吉里学園
 吉里吉里学園小学部
 吉里吉里学園中学部
 盛岡西峰学園
盛岡市立土淵小学校
盛岡市立土淵中学校

宮城県 
 名取市立閖上小中学校(義務教育学校)
 白石市立小原小学校・白石市立小原中学校(愛称・小原学園)
 登米市立豊里小中学校
 栗原市立金成小中学校
 大崎市立古川西小中学校(義務教育学校)
 色麻町立色麻学園(義務教育学校)

秋田県 
 小坂町立小坂小学校・小坂町立小坂中学校
 井川町立井川義務教育学校
 上小阿仁村立上小阿仁小中学校

山形県 
新庄市立萩野学園(義務教育学校)
新庄市立明倫学園(義務教育学校)
山形市立蔵王第三小学校・山形市立蔵王第二中学校
山形市立山寺小学校・山形市立山寺中学校
小国町立叶水小中学校
戸沢村立戸沢学園(義務教育学校)

福島県 
 郡山市立西田学園(義務教育学校)
 郡山市立湖南小中学校(義務教育学校)
 須賀川市立小中一貫教育校稲田学園
 飯舘村立いいたて希望の里学園(義務教育学校)
 檜枝岐村立檜枝岐小学校・檜枝岐村立檜枝岐中学校
 大熊町立学び舎ゆめの森(義務教育学校)

茨城県 
 水戸市立国田義務教育学校
 ひたちなか市立美乃浜学園(義務教育学校)
 つくば市立春日学園義務教育学校
 つくば市立秀峰筑波義務教育学校
 つくば市立学園の森義務教育学校
 つくば市立みどりの学園義務教育学校
大穂学園
つくば市立大穂中学校
つくば市立大曽根小学校
つくば市立要小学校
つくば市立前野小学校
つくば市立吉沼小学校
桜学園
つくば市立桜中学校
つくば市立栗原小学校
つくば市立九重小学校
つくば市立栄小学校
桜並木学園
つくば市立並木中学校
つくば市立桜南小学校
つくば市立並木小学校
高崎学園
つくば市立高崎中学校
つくば市立茎崎第一小学校
高山学園
つくば市立高山中学校
つくば市島名小学校
つくば市真瀬小学校
吾妻学園
つくば市立吾妻中学校
つくば市立吾妻小学校
茎崎学園
つくば市立茎崎中学校
つくば市立茎崎第二小学校
つくば市立茎崎第三小学校
輝翔学園
つくば市立谷田部中学校
つくば市立谷田部小学校
つくば市立谷田部南小学校
つくば市立柳橋小学校
竹園学園
つくば市立竹園東中学校
つくば市立竹園東小学校
つくば市立竹園西小学校
洞峰学園
つくば市立谷田部東中学校
つくば市立小野川小学校
つくば市立東小学校
つくば市立二の宮小学校
豊里学園
つくば市立豊里中学校
つくば市立今鹿島小学校
つくば市立上郷小学校
つくば市立沼崎小学校
光輝学園
つくば市立手代木中学校
つくば市立葛城小学校
つくば市立手代木南小学校
つくば市立松代小学校
 土浦市立土浦第一中学校・土浦市立土浦小学校・土浦市立土浦第二小学校
 土浦市立土浦第二中学校・土浦市立真鍋小学校
 土浦市立土浦第三中学校・土浦市立荒川沖小学校・土浦市立中村小学校・土浦市立乙戸小学校・土浦市立東小学校
 土浦市立土浦第四中学校・土浦市立下高津小学校・土浦市立土浦第二小学校・土浦市立東小学校
 土浦市立土浦第五中学校・土浦市立上大津東小学校・土浦市立神立小学校・土浦市立菅谷小学校
 土浦市立土浦第六中学校・土浦市立大岩田小学校・土浦市立右籾小学校
 土浦市立都和中学校・土浦市立都和小学校・土浦市立都和南小学校
 土浦市立新治学園義務教育学校
 笠間市立みなみ学園義務教育学校
 桜川市立桃山学園(義務教育学校)
 河内町立かわち学園(義務教育学校)

栃木県 
 日光市立栗山小中学校
 日光市立湯西川小中学校

群馬県  
 みどり市立東中学校・みどり市立あずま小学校
 桐生市立黒保根学園
 太田市立北の杜学園

埼玉県 
 坂戸市立城山小中学校(愛称・城山学園)
 春日部市立江戸川小中学校(義務教育学校)
 戸田市立戸田東中学校・戸田市立戸田東小学校

東京都 

 港区立小中一貫教育校 お台場学園
 港区立小中一貫教育校 白金の丘学園
 品川区立日野学園(義務教育学校)
 品川区立伊藤学園(義務教育学校)
 品川区立八潮学園(義務教育学校)
 品川区立荏原平塚学園(義務教育学校)
 品川区立品川学園(義務教育学校)
 品川区立豊葉の杜学園(義務教育学校)
 江東区立有明西学園(義務教育学校)
 渋谷区立渋谷本町学園
 杉並区立小中一貫教育校杉並和泉学園
 杉並区立新泉和泉小学校
 杉並区立和泉中学校
 杉並区立小中一貫教育校高円寺学園
 杉並区立高円寺小学校
 杉並区立高円寺中学校
 足立区立興本扇学園
 足立区立新田学園
 葛飾区小中一貫教育校 新小岩学園
 葛飾区立松上小学校
 葛飾区立新小岩中学校
 葛飾区小中一貫教育校 高砂けやき学園
 葛飾区立高砂小学校
 葛飾区立高砂中学校
 八王子市立高尾山学園
 八王子市立みなみ野小中学校
 八王子市立加住小中学校
 八王子市立館小中学校
 八王子市立いずみの森義務教育学校(義務教育学校)
町田市立小中一貫ゆくのき学園
武蔵岡中学校
大戸小学校
 にしみたか学園
 三鷹市立第二小学校
 三鷹市立井口小学校
 三鷹市立第二中学校
 連雀学園
 三鷹市立第四小学校
 三鷹市立第六小学校
 三鷹市立南浦小学校
 三鷹市立第一中学校

 東三鷹学園
 三鷹市立第一小学校
 三鷹市立北野小学校
 三鷹市立第六中学校
 おおさわ学園
 三鷹市立大沢台小学校
 三鷹市立羽沢小学校
 三鷹市立第七中学校
 三鷹の森学園
 三鷹市立第五小学校
 三鷹市立高山小学校
 三鷹市立第三中学校
 三鷹中央学園
 三鷹市立第三小学校
 三鷹市立第七小学校
 三鷹市立第四中学校
 鷹南学園
 三鷹市立中原小学校
 三鷹市立東台小学校
 三鷹市立第五中学校
  練馬区立小中一貫教育校大泉桜学園
 練馬区立大泉学園桜小学校
 練馬区立大泉学園桜中学校
 檜原村立檜原学園
 檜原学園小学校
 檜原学園中学校
 小笠原村立母島小中学校
 三根学園
 八丈町立三根小学校
 八丈町立富士中学校
 大賀郷学園
 八丈町立大賀郷小学校
 八丈町立大賀郷中学校
 三原学園
 八丈町立三原小学校
 八丈町立三原中学校
 御蔵島村立御蔵島小中学校
 武蔵村山市立小中一貫校村山学園
 武蔵村山市立第四小学校
 武蔵村山市立第二中学校
 武蔵村山市立小中一貫校大南学園
 武蔵村山市立第七小学校
 武蔵村山市立第四中学校

千葉県 
 市川市立塩浜学園(義務教育学校)
 市原市立加茂学園
 市原市立加茂小学校
 市原市立加茂中学校
 鴨川市立長狭学園
 鴨川市立長狭小学校
 鴨川市立長狭中学校
 成田市立下総みどり学園(義務教育学校)
成田市立大栄みらい学園(義務教育学校)
 流山市立おおたかの森小中学校
 館山市立房南学園
 館山市立房南小学校
 館山市立房南中学校
 長南町立長南小学校・長南町立長南中学校
 周南小中一貫教育校(施設分離型)
 君津市立周南小学校
 君津市立周南中学校
八千代市立阿蘇米本学園(義務教育学校)

神奈川県 
 川崎市立はるひ野中学校・川崎市立はるひ野小学校
 川崎市立子母口小学校・川崎市立東橘中学校
 横浜市立義務教育学校西金沢学園(義務教育学校)
 横浜市立義務教育学校霧が丘学園(義務教育学校)
 横浜市立緑園義務教育学校(義務教育学校)
 横浜市立市場小学校・横浜市立市場小学校けやき分校・横浜市立平安小学校・横浜市立市場中学校
 横浜市立菅田の丘小学校・横浜市立羽沢小学校・横浜市立菅田中学校
 横浜市立西前小学校・横浜市立西中学校
 横浜市立中沢小学校・横浜市立旭中学校
 横浜市立小田小学校・横浜市立小田中学校
 横浜市立高田小学校・横浜市立高田東小学校・横浜市立高田中学校
 横浜市立上郷小学校・横浜市立庄戸小学校・横浜市立上郷中学校
 相模原市立青和学園(義務教育学校)

新潟県 
 三条市立大崎学園(義務教育学校)
 三条市立嵐南小学校・三条市立第一中学校
 十日町市立下条小学校・十日町市立下条中学校
 湯沢学園
 湯沢町立湯沢小学校
 湯沢町立湯沢中学校

石川県 
 珠洲市立宝立小中学校(義務教育学校)
 珠洲市立大谷小中学校(義務教育学校)
 小松市立松東みどり学園 (義務教育学校)

長野県 
 信濃町立信濃小中学校(義務教育学校)
 佐久穂町立佐久穂小中学校
 辰野町塩尻市小学校組合立両小野小学校・塩尻市辰野町中学校組合立両小野中学校

岐阜県 
 羽島市立桑原学園(義務教育学校)
 本巣市立根尾学園(義務教育学校)
 北方町立北学園(義務教育学校)
 北方町立南学園(義務教育学校)
 白川村立白川郷学園(義務教育学校)
 飛騨市立山之村小中学校(併設型小中一貫校)
 岐阜市立藍川小学校・岐阜市立藍川北中学校(連携型小中一貫校)
 岐阜市立芥見東小学校  岐阜市立藍川東中学校(連携型小中一貫校)
 岐阜市立厚見小学校・岐阜市立厚見中学校(連携型小中一貫校)
 高山市立荘川小学校・高山市立荘川中学校(連携型小中一貫校)
 多治見市立笠原小学校・多治見市立笠原中学校(連携型小中一貫校)
 土岐市立濃南小学校・土岐市立濃南中学校(連携型小中一貫校)

静岡県 
 静岡市立井川小中学校
 静岡市立梅ケ島小中学校
 静岡市立大河内小中学校
 静岡市立大川小中学校
 静岡市立玉川小中学校
 静岡市内では2022年度を目途にすべての小中学校を一貫校化する予定。