四国地方
 八釜の甌穴群〔愛媛県上浮穴郡久万高原町〕1934年天然記念物指定、1952年特別天然記念物指定、地9。

天然記念物

北海道、東北地方 
北海道
 エゾミカサリュウ化石〔三笠市〕
 オンネトー湯の滝マンガン酸化物生成地〔足寄郡足寄町〕
 名寄鈴石〔名寄市〕
 名寄高師小僧〔名寄市〕
 根室車石〔根室市〕
 夕張岳の高山植物群落および蛇紋岩メランジュ帯〔夕張市・空知郡南富良野町〕
青森県
 仏宇多(仏ヶ浦)〔下北郡佐井村〕
岩手県
 安家洞〔下閉伊郡岩泉町〕
 岩泉湧窟およびコウモリ〔下閉伊郡岩泉町〕
 厳美渓〔一関市〕
 浪打峠の交叉層〔二戸郡一戸町〕
 姉帯小鳥谷根反の珪化木地帯〔二戸郡一戸町〕
 葛根田の大岩屋〔岩手郡雫石町〕
 館ヶ崎角岩岩脈〔大船渡市〕
 樋口沢ゴトランド紀化石産地〔大船渡市〕
 碁石海岸〔大船渡市〕
 崎山の潮吹穴〔宮古市〕
 崎山の蝋燭岩〔宮古市〕
宮城県
 十八鳴浜及び九九鳴き浜〔気仙沼市〕
 歌津館崎の魚竜化石産地および魚竜化石〔本吉郡南三陸町〕
 球状閃緑岩〔白石市〕
 小原の材木岩〔白石市〕
 姉滝〔仙台市太白区〕
秋田県
 象潟〔にかほ市〕
 鳥海山獅子ヶ鼻湿原植物群落及び新山溶岩流末端崖と湧水群〔にかほ市〕
 千屋断層〔仙北郡美郷町〕
 男鹿目潟火山群一ノ目潟〔男鹿市〕
 筑紫森岩脈〔秋田市〕
 鮞状珪石および噴泉塔〔湯沢市〕 - 「鮞」は魚へんに而
福島県
 鹿島神社のペグマタイト岩脈〔郡山市〕
 入水鍾乳洞〔田村市〕
 塔の岪(ヘツリ)〔南会津郡下郷町〕 - 「岪」は山かんむりに弗
 見祢の大石〔耶麻郡猪苗代町〕

関東地方 
栃木県
 湯沢噴泉塔〔日光市〕
群馬県 
 三波石峡〔群馬県藤岡市・埼玉県児玉郡神川町〕
 岩神の飛石〔前橋市〕
 生犬穴〔多野郡上野村〕
 上野村亀甲石産地〔多野郡上野村〕
 川原湯岩脈(臥龍岩および昇龍岩)〔吾妻郡長野原町〕
 吹割渓ならびに吹割瀑〔沼田市〕
 六合チャツボミゴケ生物群集の鉄鉱生成地〔吾妻郡中之条町〕
埼玉県
 長瀞〔秩父郡長瀞町・皆野町〕
 三波石峡〔群馬県藤岡市・埼玉県児玉郡神川町〕
 古秩父湾堆積層及び海棲哺乳類化石群〔秩父市・長瀞町・皆野町・小鹿野町・横瀬町〕
千葉県
 犬吠埼の白亜紀浅海堆積物〔銚子市〕
 屏風ケ浦〔銚子市〕
 木下貝層〔印西市〕
 養老川流域田淵の地磁気逆転地層〔市原市〕
東京都
 小笠原南島の沈水カルスト地形〔小笠原村〕
神奈川県 
 諸磯の隆起海岸〔三浦市〕
 旧相模川橋脚〔茅ヶ崎市〕

中部地方 
新潟県
 青海川の硬玉産地及び硬玉岩塊〔糸魚川市〕
 小滝川硬玉産地〔糸魚川市〕
 清津峡〔南魚沼郡湯沢町・十日町市〕
 田代の七ツ釜〔中魚沼郡津南町・十日町市〕
 笹川流〔村上市〕
 佐渡小木海岸〔佐渡市〕
 平根崎の波蝕甌穴群〔佐渡市〕
 糸魚川市根知の糸魚川-静岡構造線〔糸魚川市〕
富山県
 飯久保の瓢箪石〔氷見市〕
 猪谷の背斜・向斜〔富山市〕
 真川の跡津川断層〔富山市〕
 横山楡原衝上断層〔富山県富山市・岐阜県飛騨市〕
 称名滝〔中新川郡立山町〕
 立山の山崎圏谷〔中新川郡立山町〕
 新湯の玉滴石産地〔富山市〕
石川県
 曽々木海岸〔輪島市〕
 山科の大桑層化石産地と甌穴〔金沢市〕
 手取川流域の珪化木産地〔白山市〕
福井県
 東尋坊〔坂井市〕
 勝山恐竜化石群及び産地〔勝山市〕
山梨県
 燕岩岩脈〔甲府市〕
 新倉の糸魚川-静岡構造線〔南巨摩郡早川町〕
 雁ノ穴〔富士吉田市〕
 吉田胎内樹型〔富士吉田市〕
 神座風穴 附 蒲鉾穴および眼鏡穴〔南都留郡鳴沢村〕
 大室洞穴〔南都留郡鳴沢村〕
 鳴沢氷穴〔南都留郡鳴沢村〕
 忍野八海〔南都留郡忍野村〕
 西湖蝙蝠穴およびコウモリ〔南都留郡富士河口湖町〕
 船津胎内樹型〔南都留郡富士河口湖町〕
 富岳風穴〔南都留郡富士河口湖町〕
 富士風穴〔南都留郡富士河口湖町〕
 本栖風穴〔南都留郡富士河口湖町〕
 龍宮洞穴〔南都留郡富士河口湖町〕
長野県
 横川の蛇石〔上伊那郡辰野町〕
 四阿山の的岩〔上田市〕
 高瀬渓谷の噴湯丘と球状石灰石〔大町市〕
 渋の地獄谷噴泉〔下高井郡山ノ内町〕
 中房温泉の膠状珪酸および珪華〔安曇野市〕
 大鹿村の中央構造線(北川露頭・安康露頭)〔下伊那郡大鹿村〕
岐阜県
 鬼岩〔可児郡御嵩町・瑞浪市〕
 美濃の壺石〔土岐市〕
 傘岩〔恵那市〕
 飛水峡の甌穴群〔加茂郡七宗町〕
 福地の化石産地〔高山市〕
 横山楡原衝上断層〔富山県富山市・岐阜県飛騨市〕
静岡県
 印野の熔岩隧道〔御殿場市〕
 駒門風穴〔御殿場市〕
 楽寿園〔三島市〕
 柿田川〔駿東郡清水町〕
 丹那断層〔田方郡函南町〕
 地震動の擦痕〔伊豆の国市〕
 手石の弥陀ノ岩屋〔賀茂郡南伊豆町〕
 堂ヶ島天窓洞〔賀茂郡西伊豆町〕
 白糸ノ滝〔富士宮市〕
 万野風穴〔富士宮市〕
 白羽の風蝕礫産地〔御前崎市〕
 大室山〔伊東市〕
愛知県
 阿寺の七滝〔新城市〕
 乳岩および乳岩峡〔新城市〕
 馬背岩〔新城市〕
 鳳来寺山〔新城市〕
 猿投山の球状花崗岩〔豊田市〕

近畿地方 
三重県
 瀞八丁〔和歌山県新宮市・三重県熊野市・奈良県吉野郡十津川村〕
 熊野の鬼ケ城 附 獅子巖〔熊野市〕
 月出の中央構造線〔松阪市〕
 須賀利大池及び小池〔尾鷲市〕
滋賀県
 鎌掛の屏風岩〔蒲生郡日野町〕
 別所高師小僧〔蒲生郡日野町〕
 綿向山麓の接触変質地帯〔蒲生郡日野町〕
 石山寺硅灰石〔大津市〕
 アケボノゾウ化石多賀標本〔犬上郡多賀町〕
京都府 
 郷村断層〔京丹後市〕
 琴引浜〔京丹後市〕
 東山洪積世植物遺体包含層〔京都市東山区〕
 薭田野の菫青石仮晶〔亀岡市〕
兵庫県
 鎧袖〔美方郡香美町〕
 但馬御火浦〔美方郡新温泉町・香美町〕
 玄武洞〔豊岡市〕
 神戸丸山衝上断層〔神戸市長田区〕
 觜崎ノ屏風岩〔たつの市〕
 野島断層〔淡路市〕
奈良県
 屏風岩、兜岩および鎧岩〔宇陀郡曽爾村〕
 瀞八丁〔和歌山県新宮市・三重県熊野市・奈良県吉野郡十津川村〕
和歌山県
 瀞八丁〔和歌山県新宮市・三重県熊野市・奈良県吉野郡十津川村〕
 橋杭岩〔東牟婁郡串本町〕
 古座川の一枚岩〔東牟婁郡古座川町〕
 高池の虫喰岩〔東牟婁郡古座川町〕
 栗栖川亀甲石包含層〔田辺市〕
 神島〔田辺市〕
 鳥巣半島の泥岩岩脈〔田辺市〕
 白浜の化石漣痕〔西牟婁郡白浜町〕
 白浜の泥岩岩脈〔西牟婁郡白浜町〕
 門前の大岩〔日高郡由良町〕

中国地方 
鳥取県
 浦富海岸〔岩美郡岩美町〕
 鳥取砂丘〔鳥取市〕
島根県
 隠岐海苔田ノ鼻〔隠岐郡隠岐の島町〕
 隠岐国賀海岸〔隠岐郡西ノ島町〕
 隠岐知夫赤壁〔隠岐郡知夫村〕
 隠岐白島海岸〔隠岐郡隠岐の島町〕
 岩屋寺の切開〔仁多郡奥出雲町〕
 鬼舌振〔仁多郡奥出雲町〕
 唐音の蛇岩〔益田市〕
 石見畳ヶ浦〔浜田市〕
 三瓶小豆原埋没林〔大田市〕
 松代鉱山の霰石産地〔大田市〕
 波根西の珪化木〔大田市〕
 立久恵〔出雲市〕
 潜戸〔松江市〕
 多古の七ツ穴〔松江市〕
 大根島第二熔岩隧道〔松江市〕
 築島の岩脈〔松江市〕
 琴ヶ浜〔大田市〕
 青野山〔鹿足郡津和野町〕
岡山県 
 白石島の鎧岩〔笠岡市〕
 象岩〔倉敷市〕
 大賀の押被〔高梁市〕
 草間の間歇冷泉〔新見市〕
 羅生門〔新見市〕
広島県
 押ヶ垰断層帯〔山県郡安芸太田町・廿日市市〕
 久井・矢野の岩海〔三原市・府中市〕
 船佐・山内逆断層帯〔安芸高田市・三次市・庄原市〕
 雄橋〔庄原市〕
山口県
 岩屋観音窟〔岩国市〕
 吉部の大岩郷〔宇部市〕
 景清穴〔美祢市〕
 大正洞〔美祢市〕
 万倉の大岩郷〔美祢市〕
 中尾洞〔美祢市〕
 須佐高山の磁石石〔萩市〕
 須佐湾〔萩市〕
 青海島〔長門市〕
 俵島〔長門市〕
 龍宮の潮吹〔長門市〕
 石柱渓〔下関市〕
 大吼谷蝙蝠洞〔下関市〕

四国地方 
徳島県
 阿波の土柱〔阿波市〕
 宍喰浦の化石漣痕〔海部郡海陽町〕
 坂州不整合〔那賀郡那賀町〕
 大歩危小歩危〔三好市〕
香川県
 円上島の球状ノーライト〔観音寺市〕
 屋島〔高松市〕
 絹島および丸亀島〔東かがわ市〕
 鹿浦越のランプロファイヤ岩脈〔東かがわ市〕
愛媛県
 砥部衝上断層〔伊予郡砥部町〕
 八幡浜市大島のシュードタキライト及び変成岩類〔八幡浜市〕
高知県
 千尋岬の化石漣痕〔土佐清水市〕
 唐船島の隆起海岸〔土佐清水市〕
 五色ノ浜の横浪メランジュ〔土佐市〕
 大引割・小引割〔高岡郡仁淀川町・津野町〕
 小鶴津の興津メランジュ及びシュードタキライト〔高岡郡四万十町〕
 龍河洞〔香美市〕

九州、沖縄地方 
福岡県
 鷹巣山〔福岡県田川郡添田町・大分県中津市〕
 青龍窟〔京都郡苅田町〕
 千仏鍾乳洞〔北九州市小倉南区〕
 平尾台〔北九州市小倉南区〕
 夜宮の大珪化木〔北九州市戸畑区〕
 長垂の含紅雲母ペグマタイト岩脈〔福岡市西区〕
 名島の檣石〔福岡市東区〕
 芥屋の大門〔糸島市〕
 水縄断層〔久留米市〕
 東峰村の阿蘇4火砕流堆積物及び埋没樹木〔朝倉郡東峰村〕
佐賀県 
 屋形石の七ツ釜〔唐津市〕
 八藤丘陵の阿蘇4火砕流堆積物及び埋没林〔三養基郡上峰町〕
長崎県
 七釜鍾乳洞〔西海市〕
 斑島玉石甌穴〔北松浦郡小値賀町〕
 平成新山〔島原市・雲仙市〕
熊本県
 妙見浦〔天草市〕
 米塚及び草千里ヶ浜〔阿蘇市阿蘇郡南阿蘇村〕
 布田川断層帯〔上益城郡益城町〕
大分県 
 狩生鍾乳洞〔佐伯市〕
 小半鍾乳洞〔佐伯市〕
 風連洞窟〔臼杵市〕
 大岩扇山〔玖珠郡玖珠町〕
 小野川の阿蘇4火砕流堆積物及び埋没樹木群〔日田市〕
 竹田の阿蘇火砕流堆積物〔竹田市〕
 姫島の黒曜石産地〔東国東郡姫島村〕
 耶馬渓猿飛の甌穴群〔中津市〕
 鷹巣山〔福岡県田川郡添田町・大分県中津市〕
宮崎県
 関の尾の甌穴〔都城市〕
 青島の隆起海床と奇形波蝕痕〔宮崎市〕
 七折鍾乳洞〔西臼杵郡日之影町〕
 柘の滝鍾乳洞〔西臼杵郡高千穂町〕
 五箇瀬川峡谷(高千穂峡谷)〔西臼杵郡高千穂町〕
 猪崎鼻の堆積構造〔日南市〕
 日向岬の柱状節理〔日向市〕
鹿児島県
 志布志市夏井海岸の火砕流堆積物〔志布志市〕
 天降川流域の火砕流堆積物〔霧島市〕
 甑島長目の浜及び潟湖群の植物群落〔薩摩川内市〕
 溝ノ口洞穴〔曽於市〕
沖縄県 
 塩川〔国頭郡本部町〕
 喜屋武海岸及び荒崎海岸〔糸満市〕
 名護市嘉陽層の褶曲〔名護市〕
 下地島の通り池〔宮古島市〕
 八重干瀬〔宮古島市〕
 宮古島保良の石灰華段丘〔宮古島市〕
 石垣島東海岸の津波石群〔石垣市〕
 久米島町奥武島の畳石〔島尻郡久米島町〕

過去に指定されていた天然記念物 
 田辺の鬼橋岩〔和歌山県田辺市〕:昭和60年指定解除。