人文社会ビジネス科学学術院
 人文社会科学研究群(3学位プログラム)
 ビジネス科学研究群(2学位プログラム)
 専門職大学院
 法曹専攻(法科大学院)
 国際経営プロフェッショナル専攻

理工情報生命学術院
 数理物質科学研究群(5学位プログラム)
システム情報工学研究群(8学位プログラム)
生命地球科学研究群(12学位プログラム)
 国際連携専攻
 国際連携持続環境科学専攻

人間総合科学学術院
 人間総合科学研究群(26学位プログラム)
 共同専攻
 スポーツ国際開発学共同専攻
 大学体育スポーツ高度化共同専攻
 国際連携専攻
 国際連携食料健康科学専攻

2019年度入学生までの組織 
それまでの8研究科85専攻は、学生の在学中は新組織と併存する。
 教育研究科(修士課程)

 スクールリーダーシップ開発専攻
 教科教育専攻
 国語教育コース
 社会科教育コース
 数学教育コース
 理科教育コース
 英語教育コース
 保健体育教育コース
 芸術科教育コース
 特別支援教育専攻

 人文社会科学研究科(特に記さぬ限り、博士前期課程・博士後期課程)

 哲学・思想専攻(一貫制博士課程・5年制)
 分野:哲学分野、倫理学分野、宗教学・比較思想学分野
 歴史・人類学専攻(一貫制博士課程・5年制)
 分野:歴史学分野、人類学分野、複合分野
 文芸・言語専攻(一貫制博士課程・5年制)
 分野:文学分野、言語学分野
 現代語・現代文化専攻
 分野:現代文化分野、言語情報分野
 国際公共政策専攻
 分野:国際関係分野、社会学分野
 経済学専攻(2015年度に募集停止)
 法学専攻(2015年度に募集停止)
 国際地域研究専攻(修士課程)
 標準プログラムのコース:東アジア研究、東南アジア研究、中央ユーラシア研究、中東・北アフリカ研究、ヨーロッパ研究、北アメリカ研究、ラテンアメリカ研究
 英語特別プログラム:「国際関係論短期特別プログラム」(1.5年制)、「アフリカの若者のための産業人材育成イニシアティブ」(1.5年制)、「中央アジア国際関係・公共政策プログラム」(1年制)、「人文社会科学に立脚した日本研究・ユーラシア地域研究者育成プログラム」(1+3年制)、経済・公共政策プログラム
 地域研究イノベーション学位プログラム
 国際日本研究専攻(博士前期課程・後期課程)
 国際日本複合研究学位プログラム
 国際日本社会科学学位プログラム
 国際日本人文科学学位プログラム
 日本語教育学学位プログラム

 数理物質科学研究科(特に記さぬ限り、博士前期課程・博士後期課程)

 数学専攻
 教員の研究分野:代数学、幾何学、解析学、情報数学、数理科学
 物理学専攻
 3年制博士課程「物質・材料工学専攻」に対応する前期課程の履修コース「物質・材料工学コース」を設置
 教員の研究分野:素粒子物理学(理論)、素粒子物理学(実験)、宇宙物理学(理論)、宇宙物理学(観測)、原子核物理学(理論)、原子核物理学(実験)、物性物理学(理論)、物性物理学(実験)、生命物理学(理論)、プラズマ物理学(実験)、材料物理分野、先進学際物理学分野、核融合・プラズマ分野、物質物理フロンティア分野
 化学専攻
 3年制博士課程「物質・材料工学専攻」に対応する前期課程の履修コース「物質・材料工学コース」を設置
 教員の研究分野:無機・分析化学、物理化学、有機化学、境界領域化学、ナノ材料化学、材料無機化学、固体化学、材料有機化学、機能性高分子化学、製薬科学
 電子・物理工学専攻
 3年制博士課程「物質・材料工学専攻」に対応する前期課程の履修コース「物質・材料工学コース」を設置
 教員の研究分野:光量子工学、計測数理工学、量子ビーム・プラズマ工学、ナノテクノロジー、半導体エレクトロニクス(パワーエレクトロニクス)、光・電子素子(パワーエレクトロニクス)、パワーエレクトロニクス、光・電子ナノ材料工学
 物性・分子工学専攻
 3年制博士課程「物質・材料工学専攻」に対応する前期課程の履修コース「物質・材料工学コース」を設置
 教員の研究分野:量子物性、量子理論、材料物性、物質化学・バイオ
 ナノサイエンス・ナノテクノロジー専攻(博士後期課程。2012年に物質創成先端科学専攻を改組)
 教員の研究分野:ナノサイエンス、ナノテクノロジー
 物質・材料工学専攻(博士後期課程。物質・材料研究機構と連携して運営)
 教員の研究分野:金属・セラミック材料工学、ナノ材料工学、有機・生体材料工学、物理工学、半導体材料工学

 システム情報工学研究科(特に記さぬ限り、博士前期課程・博士後期課程)

 社会工学専攻(2014年4月に行われた改組以前の社会システム工学専攻(博士前期課程)、経営・政策科学専攻(博士前期課程)、社会システム・マネジメント専攻(博士後期課程)に対応する)
 社会工学学位プログラム(博士前期課程・後期課程)
 サービス工学学位プログラム(博士前期課程)
 リスク工学専攻
 教員の研究分野:トータルリスクマネジメント、サイバーリスク、都市リスク、環境・エネルギーリスク
 コンピュータサイエンス専攻
 教員の研究分野:数理情報工学、知能ソフトウェア、ソフトウェアシステム、計算機工学、メディア工学、知能・情報工学
 知能機能システム専攻
 教員の研究分野:システムデザイン、人間・機械・ロボットシステム、計測・制御工学、コミュニケーションシステム
 構造エネルギー工学専攻
 教員の研究分野:固体力学・材料工学、構造・防災・信頼性工学、流体・環境工学、熱流体・エネルギー工学

 生命環境科学研究科

 博士前期課程
 地球科学専攻
 地球環境科学領域
 教員の研究分野:人文地理学、地誌学、地形学、水文科学、大気科学、空間情報科学、陸域水循環システム、海洋・大気相互システム
 地球進化科学領域
 教員の研究分野:生物圏変遷科学、地圏変遷科学、地球変動科学、岩石学、惑星資源科学、鉱物学、地球史解析科学
 生物科学専攻
 教員の専攻分野:系統分類・進化学、生態学、植物発生・生理学、動物発生・生理学、分子細胞生物学、ゲノム情報学、先端細胞生物学、先端分子生物科学
 生物資源科学専攻
 農林生物学領域
 教員の研究分野:植物育種学、作物生産学、蔬菜・花卉学、果樹生産利用学、動物資源生産学、生物生産システム学、食資源利用科学、植物寄生菌学、応用動物昆虫学、森林生態環境学、地域資源保全学、植物遺伝情報解析学、代謝ネットワーク科学、媒介動物制御学、植物細胞遺伝情報学、植物環境応答学、生産昆虫機能利用学、食資源機能解析学 
 農林社会経済学領域
 教員の研究分野:生物資源経済学、国際資源開発経済学、農業経営学及び関連産業経営学、農村社会・農史学、森林資源経済学、森林資源社会学、国際農林業開発学、地域森林資源開発学
 生物環境工学領域
 教員の研究分野:先端技術開発学、乾燥地工学、生態構造工学、流域保全工学、水利環境工学、生産基盤システム工学、生物生産機械学、保護地域管理学、農産食品プロセス工学、生物材料化学、生物材料工学、農村環境整備学、生物圏情報計測学、地域食品開発科学、食品品質評価工学、国際生物資源循環学、地域森林資源開発学
 応用生命化学領域
 教員の研究分野:生体成分化学、ゲノム情報生物学、構造生物化学、微生物育種工学、生物反応工学、微生物機能利用学、細胞機能開発工学、生体模倣化学、分子発生制御学、生体情報制御学、負荷適応微生物学、食品機能化学、食機能探査科学、土壌環境化学、植物環境生化学、分子情報解析学、動物リソース工学、植物機能高分子科学、時間細胞生物学、共生進化生物学、機能性神経素子工学、複合生物系利用工学
 バイオシステム学コース
 教員の研究分野:遺伝資源産業科学、バイオ産業科学、生態システム工学、資源開発技術学、資源総合評価工学、環境共生科学
 環境科学専攻
 博士後期課程
 地球環境科学専攻
 教員の研究分野:人文地理学、地誌学、地形学、水文科学、大気科学、空間情報科学、陸域水循環システム、海洋・大気相互システム
 地球進化科学専攻
 教員の研究分野:生物圏変遷科学、地圏変遷科学、地球変動科学、岩石学、惑星資源科学、鉱物学、地球史解析科学
 生物科学専攻
 教員の専攻分野:系統分類・進化学、生態学、植物発生・生理学、動物発生・生理学、分子細胞生物学、ゲノム情報学、先端細胞生物学、先端分子生物科学
 国際地縁技術開発科学専攻
 エコリージョン基盤開発学領域
 教員の研究分野:乾燥地工学、生態構造工学、流域保全工学、水利環境工学、生物生産機械学、生産基盤システム工学、保護地域管理学、農村環境整備学、生物圏情報計測学
 食料・バイオマス科学領域
 教員の研究分野:先端技術開発学、農産食品プロセス工学、食機能探査科学、生物材料化学、生物材料工学、地域食品開発科学、食品品質評価工学、国際生物資源循環学、地域森林資源開発学
 地域システム経済学領域
 教員の研究分野:生物資源経済学、国際資源開発経済学、農業経営学及び関連産業経営学、農村社会・農史学、森林資源経済学、森林資源社会学、国際農林業開発学、地域森林資源開発学
 生物圏資源科学専攻
 生物資源生産学領域
 教員の研究分野:植物育種学、作物生産学、蔬菜・花卉学、果樹生産利用学、動物資源生産学、生物生産システム学、食資源利用科学、植物遺伝情報解析学、代謝ネットワーク科学、媒介動物制御学、植物細胞遺伝情報学、国際生物資源開発学、植物環境応答学、食資源機能解析学
 生物圏環境学領域
 教員の研究分野:植物寄生菌学、応用動物昆虫学、土壌環境化学、植物環境生化学、森林生態環境学、地域資源保全学、森林多様性解析学、生産昆虫機能利用学
 生物機能科学専攻
 生命機能情報工学領域
 教員の研究分野:生体成分化学、ゲノム情報生物学、微生物育種工学、構造生物化学、分子発生制御学、生体情報制御学、分子情報解析学、動物リソース工学、植物機能高分子科学
 生物機能利用工学領域
 教員の研究分野:生物反応工学、微生物機能利用学、細胞機能開発工学、生体模倣化学、負荷適応微生物学、食品機能化学、時間細胞生物学、共生進化生物学、機能性神経素子工学、複合生物系利用工学
 生命産業科学専攻
 教員の教育・研究領域:遺伝資源産業科学、バイオ産業科学、生態システム工学、資源開発技術学、資源総合評価工学、環境共生科学
 持続環境学専攻
 教員の研究分野:大気循環環境論、水循環持続論、土壌環境持続論、微生物機能循環論、生物資源持続循環論、有機地球化学、多様性・保全生態学、生態系生態学、予防環境医学、生命倫理学、文化生態共生論、都市環境景観創成学、環境社会経済政策論、生態環境解析評価論、総合流域管理論、土壌環境保全学、文化・社会・生態共生論、食薬資源環境学、植物代謝生理学、環境防災学、地域大気汚染学、地域環境保健学
 先端農業技術科学専攻(独立連携専攻)
 教員の研究分野:フィールドインフォマティクス研究分野、生産・管理システム研究分野、家畜生産機能制御研究分野、作物ゲノム育種研究分野、果樹ゲノム育種研究分野、花き新育種資源作出・利用研究分野
 5年一貫制博士課程
 環境バイオマス共生学専攻
 教員の研究分野:環境藻類、光合成代謝制御、環境植物生理、環境分子微生物、水循環資源、水環境

 人間総合科学研究科

 修士課程
 フロンティア医科学専攻
 コース
 医科学コース
 公衆衛生学コース
 ヒューマン・ケア科学コース
 研究指導グループ
 基礎医学関連
 解剖学・発生学、神経生物学、診断病理学、実験病理学、腎血管病理学、システム神経科学、認知行動神経科学、神経生理学、行動神経科学、生化学・分子細胞生物学、生化学・遺伝子制御学、生理化学、分子神経生物学、分子ウイルス学、免疫学、遺伝医学、実験動物学、再生幹細胞生物学、幹細胞制御学、分子遺伝疫学、医学物理学、放射線生物学、分子生物学、発生遺伝学、発生生物学、生体機能材料学、環境生物学、神経科学、分子発生生物学、微生物学、麻酔科学、睡眠学習学、システムズ睡眠生物学、「創薬科学、有機化学」、分子遺伝学(理化学研究所と連携)、糖鎖生物学(産業技術総合研究所と連携)、血管マトリックス生物学
 臨床医学関連
 呼吸器内科学、呼吸器・感染症学、老年呼吸器病学、消化器・内科学、腎臓内科学、代謝内分泌学、血液学、「内科学・リウマチ学、臨床免疫学」、脳神経外科学、神経内科学、「胎児発生学、小児発育学」、消化器外科学、整形外科学、呼吸器外科学、泌尿器科学、聴覚平衡機能制御医学、小児外科学、臨床検査医学、放射線診断学、臨床薬剤学、臨床研究地域イノベーシション学、地域医療教育学、放射線腫瘍学、循環器内科学、顎顔面口腔外科学、眼科学、救急・集中治療学、睡眠医学、スポーツ医学、生体材料・再生医工学(物質・材料研究機構と連携)
 公衆衛生学、ヒューマン・ケア科学関連
 疫学、法医学、産業精神医学・宇宙医学、保健医療政策学・医療経済学、社会精神保健学、ヘルスサービスリサーチ、高齢者ケアリング学、国際社会医学、国際発達ケア:エンパワメント科学、生活支援学
 スポーツ健康システム・マネジメント専攻(夜間開講)
 スポーツプロモーションコース
 領域:スポーツプロモーション領域、スポーツマネジメント領域
 ヘルスプロモーションコース
 領域:ヘルスプロモーション領域、ストレスマネジメント領域
 博士前期課程
 教育学専攻
 教員の専門研究分野:日本教育史、生涯学習・社会教育学、教育制度学、比較・国際教育学、教育行政学、学校経営学、カリキュラム、教育方法学、道徳教育学、キャリア教育学、社会科教育学、人文科教育学、数学教育学、理科教育学、共生教育学(教育社会学)、共生教育学(教育臨床学)
 心理専攻
 心理基礎コース
 教員の研究分野:知覚・認知心理学、教育・発達心理学、社会心理学
 心理臨床コース
 教員の研究分野:発達臨床心理学、臨床心理学
 障害科学専攻
 コース
 特別支援教育学コース
 障害支援学コース
 教員の研究分野
 視覚障害学、聴覚障害学、知的・発達・行動障害学、運動・健康障害学、音声・言語障害学、障害原理論、障害福祉学、理療教育学
 生涯発達専攻(夜間開講)
 カウンセリングコース
 リハビリテーションコース
 感性認知脳科学専攻
 教員の研究領域:感性科学、行動科学、神経科学
 看護科学専攻
 研究領域:実践看護学、健康システム看護学
 体育学専攻
 コース
 スポーツ文化・経営政策コース
 健康・スポーツ教育コース
 ヘルスフィットネスコース
 アスレティックコンディショニングコース
 コーチングコース
 研究領域
 体育・スポーツ学分野
 研究領域:体育スポーツ哲学、体育史・スポーツ人類学、スポーツ社会学、武道学、体育・スポーツ経営学、スポーツ政策学、スポーツ産業学、体育科教育学、アダプテッド体育・スポーツ学、体育心理学
 健康体力学分野
 研究領域:健康教育学、環境保健学、運動生理学、運動生化学、運動栄養学、体力学、健康増進学、体育測定評価学、内科系スポーツ医学、外科系スポーツ医学、スポーツバイオメカニクス、応用解剖学
 コーチング学分野
 研究領域:コーチング論・トレーニング学、スポーツ運動学、体操コーチング論、体操競技コーチング論、陸上競技コーチング論、水泳競技コーチング論、バレーボールコーチング論、バスケットボールコーチング論、ハンドボールコーチング論、サッカーコーチング論、ラグビーコーチング論、ラケットバットスポーツコーチング論、柔道コーチング論、剣道コーチング論、野外運動論、舞踊論
 外国語
 芸術専攻
 芸術領域群
 領域:美術史、芸術支援、洋画、日本画、彫塑、書
デザイン領域群
 領域:構成、総合造形、クラフト、ビジュアルデザイン、情報デザイン、プロダクトデザイン、環境デザイン、建築デザイン
世界遺産専攻
 専門分野:国際遺産学、文化遺産の評価と保存、遺産のマネジメントとプランニング
 博士後期課程
 教育基礎学専攻
 教員の研究分野:日本教育史、生涯学習・社会教育学、教育制度学、比較・国際教育学、教育行政学、学校経営学、キャリア教育学、教育組織開発論、教育社会学 
 学校教育学専攻
 教育内容方法学分野
 教員の専門研究領域:カリキュラム、教育方法学、道徳教育学、キャリア教育学
 教科教育学分野
 教員の専門研究領域:社会科教育学、人文科教育学、数学教育学、理科教育学
心理学専攻
 教員の研究分野:知覚・認知心理学、教育・発達心理学、社会心理学
 障害科学専攻
 教員の研究分野:視覚障害学、聴覚障害学、知的・発達・行動障害学、健康・運動障害学、音声・言語障害学、障害原理論、障害福祉学、理療教育学
 生涯発達科学専攻(夜間開講)
 感性認知脳科学専攻
 教員の研究分野:感性情報学、感性デザイン学、比較認知科学、行動神経科学、精神機能障害学、システム脳科学、神経分子機能学、感性人間工学、脳型情報処理機構学
 看護科学専攻
 体育科学専攻
 研究分野:体育・スポーツ文化系、スポーツ経営・政策系、体育・スポーツ教育系、運動生命科学系、健康体力系、運動・コーチング科学系
 芸術専攻
 研究領域:芸術学、デザイン学
 世界文化遺産学専攻
 教育研究領域:政策・行政、自然保護、遺産整備、美術、景観、保存科学、観光・計画、保存哲学、建築
 3年制博士課程
 ヒューマン・ケア科学専攻
 教員の研究分野:共生教育学、発達臨床心理学、臨床心理学、生活支援学、高齢者ケアリング学、健康社会学・ストレスマネジメント、社会精神保健学、福祉医療学、保健医療政策学、ヘルスサービスリサーチ
 スポーツ医学専攻
 教員の研究分野:スポーツ医科学基礎論、生涯スポーツ医学、競技スポーツ医学、健康スポーツ医学
 コーチング学専攻
 一般コーチング学領域
 教育研究分野:コーチング原論、トレーニング学、スポーツ運動学
 個別コーチング学領域
 教育研究分野:コーチング学I(個人)、コーチング学II(球技)、コーチング学III(武道)
 4年制博士課程
 生命システム医学専攻
 研究分野
 分子医科学
 分子細胞生理学、分子生物腫瘍学、生理化学、分子神経生物学、解剖学・発生学
 システム統計医学
 モデル動物学、実験病理学、がんシグナル、診断病理学、腎・血管病理学、免疫制御医学、再生医学・幹細胞生物学、感染生物学、微生物学、寄生虫分子生物学、神経生理学、認知行動神経科学、医学物理学、放射線生物学、医工学、血管生物学
 ゲノム環境医学
 分子遺伝疫学・社会健康医学、遺伝医学、環境医学、分子発生生物学、法医学
 睡眠医科学
 「分子薬理学、機能神経解剖学」、「創薬科学、有機化学」、「生化学、ケミカルバイオロジー、行動神経科学」、睡眠学習学、システムズ睡眠生物学、分子睡眠生物学
 連携大学院方式
 ゲノム機能学、国際医療学、医学ウイルス学、蛋白質代謝学
 疾患制御医学専攻
 研究分野
 臨床病態解明学
 放射線診断学、放射線腫瘍学、精神神経医学、災害精神支援学、麻酔・蘇生学、救急・集中治療医学、臨床薬剤学、地域医療教育学、臨床試験・臨床疫学、臨床研究地域イノベーション学、
 臨床外科学
 消化器外科学、心臓血管外科学、整形外科学、呼吸器外科学、小児外科学、腎泌尿器外科学、形成外科学、乳腺内分泌外科学、婦人周産期医学、脳神経外科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、顎口腔外科学
 臨床内科学
 消化器内科学、循環器内科学、呼吸器内科学、神経内科学、腎臓内科学、血液内科学、膠原病内科学、代謝・内分泌制御医学、臨床検査学、皮膚科学、小児内科学、感染症学、臨床腫瘍学
 社会医学
 保健医療政策学・医療経済学、ヘルスサービスリサーチ、社会精神保健学
 連携大学院方式
 創薬トランスレーショナルサイエンス、生体分子機能学、分子創薬学、生体材料・再生医工学、医薬品・医療機器審査科学

 図書館情報メディア研究科(博士前期課程・博士後期課程)

 図書館情報メディア専攻
 博士前期課程のプログラム
 情報学修士プログラム
 図書館情報学修士プログラム
 図書館情報学英語プログラム(留学生を対象に英語で授業を行う)
 図書館情報学キャリアアッププログラム(社会人を対象)

社会人大学院 
筑波大学の社会人大学院は、ビジネス科学研究科 (GSBS) の3課程5専攻と人間総合科学研究科2課程4専攻を有している。