また、『醜い韓国人』の著者が韓国人ではなく日本人ではないかと言われた際にも、当時公然の秘密であったイザヤ・ベンダサンの事例が韓国側から提示され(雑誌SAPIO)、日本の出版界の体質が批判された。

著書

日本論 
『存亡の条件 日本文化の伝統と変容』ダイヤモンド社、1975年 のち講談社学術文庫
『比較文化論の試み』富山県教育委員会、1975年 のち講談社学術文庫
『「空気」の研究』文藝春秋、1977年 のち文庫、同改版
『受容と排除の軌跡』主婦の友社、1978年
『日本人の人生観』講談社学術文庫、1978年
『日本資本主義の精神 なぜ、一生懸命働くのか』光文社カッパブックス、1979年 のち文庫、PHP文庫、ビジネス社
『勤勉の哲学 日本人を動かす原理』PHP研究所、1979年 のち文庫
『日本人的発想と政治文化』日本書籍、1979年
『「あたりまえ」の研究』ダイヤモンド社、1980年 のち文春文庫
『日本的革命の哲学 日本人を動かす原理』PHP研究所、1982年 のち文庫
『現人神の創作者たち』文藝春秋、1983年、ちくま文庫(上下) 2007年
『一九九〇年の日本』福武書店、1983、「一九九〇年代の日本」PHP文庫 1987
『危機の日本人 日本人の原像と未来』角川書店、1986、のち角川ワンテーマ21
『日本型リーダーの条件』講談社 1987 のち文庫
『日本人とは何か。神話の世界から近代まで、その行動原理を探る』PHP研究所、1989 のち文庫
『日本人の土地神話』日本経済新聞社 1990
『日本人とアメリカ人』PHP研究所 1993/増補版・祥伝社 2005
『日本はなぜ敗れるのか 敗因21か条』角川ワンテーマ21、2004 - 小松真一「虜人日記」
『日本人と組織』角川ワンテーマ21、2007
『なぜ日本は変われないのか 日本型民主主義の構造』さくら舎、2011
『日本人には何が欠けているのか タダより高いものはない』さくら舎、2012
『日本はなぜ外交で負けるのか 日米中露韓の国境と海境』さくら舎、2014
『戦争責任と靖国問題 誰が何をいつ決断したのか』さくら舎、2014
『戦争責任は何処に誰にあるか 昭和天皇・憲法・軍部』さくら舎、2016

自らの軍隊経験を中心に述べたもの 
『ある異常体験者の偏見』文藝春秋、1974年 のち文庫
『私の中の日本軍』文藝春秋、1975年 のち文庫、新版文庫
『一下級将校の見た帝国陸軍』朝日新聞社、1976年 のち文春文庫

評伝 
『洪思翊中将の処刑』文藝春秋、1986/ちくま文庫(上下) 2007
『小林秀雄の流儀』新潮社、1986、のちPHP文庫、新潮文庫、文春学藝ライブラリー
『近代の創造 渋沢栄一の思想と行動』PHP研究所、1987/祥伝社、2009
『乱世の帝王学 山本七平の武田信玄』徳間文庫、1988、のち角川ワンテーマ21
『昭和天皇の研究 その実像を探る』祥伝社、1989、のち文庫、新装単行版/祥伝社新書 2015
『江戸時代の先覚者たち 近代への遺産・産業知識人の系譜』PHP研究所 1990
『徳川家康』プレジデント社、1992/ちくま文庫(上下)、2010
『田中角栄の時代』祥伝社、2016
『池田大作と日本人の宗教心』さくら舎、2017

中国古典に関するもの 
『論語の読み方 いま活かすべきこの人間知の宝庫』祥伝社ノンブック、1981年、のち新版
『帝王学 -「貞観政要」の読み方』日本経済新聞社、1983年 のち文春文庫、日経ビジネス人文庫
『参謀学 -「孫子」の読み方』日本経済新聞社、1986年 のち文庫
『指導力 -「宋名臣言行録」の読み方』日本経済新聞社、1986年 のち文庫
『現代の処世 飽食時代の菜根譚』講談社 1986年

コラム・時事評論 
『無所属の時間 新しい視点を生む物の見方・考え方』旺史社、1975年 のちPHP文庫
『「常識」の研究』日本経済新聞社、1981年 のち文春文庫
『時評「にっぽん人」』読売新聞社、1981年
『派閥 なぜそうなるのか』南想社 1985年、のち「「派閥」の研究」文春文庫
『「御時世」の研究』文藝春秋 1986年
『「常識」の非常識』日本経済新聞社、1986年 のち文春文庫
『「常識」の落とし穴』日本経済新聞社、1989年 のち文春文庫

聖書・キリスト教関連 
『日本人と聖書 対談集』TBSブリタニカ、1977
『聖書の常識』講談社、1980 のち文庫、講談社+α文庫、文春学藝ライブラリー
『聖書の旅』白川義員写真 文藝春秋、1981 のち文庫
『旧約の風景』善養寺康之写真 講談社 1982
『ガリラヤの道』善養寺康之写真 講談社 1984
『山本七平の旧約聖書物語』三省堂、1984 のち徳間文庫、ビジネス社(上下)
『十字架への道』善養寺康之写真 講談社 1984
『人間としてみたブッダとキリスト 山本七平・宗教を語る』原書房 1984
『歴史の都エルサレム』善養寺康之写真 講談社 1984
『ビジネスマンのためのマーシャール』講談社 1988
『禁忌の聖書学』新潮社 1992 のち文庫
『山本家のイエス伝』山本れい子、山本良樹共著 山本書店、1996、新編「すらすら読めるイエス伝」講談社+α文庫
『山本七平とゆく聖書の旅』山本良樹編 山本書店 1997

その他 
『現代の超克』ダイヤモンド社、1977年
『空想紀行』講談社、1981年
『人間集団における人望の研究 二人以上の部下を持つ人のために』祥伝社ノンブック、1983年
『一つの教訓・ユダヤの興亡』講談社 1987年
『経営人間学 「資本主義の精神」の先駆者たち』日本経済新聞社 1988
『昭和東京ものがたり』全2巻 読売新聞社 1990、のち日経ビジネス人文庫
『静かなる細き声』PHP研究所、1992年
『人生について』PHP研究所、1994年 のち文庫
『宗教について』PHP研究所、1995年
『指導者の帝王学 歴史に学ぶ現状打破の思想』PHP研究所 1996年
『宗教からの呼びかけ』山本書店 2000年
『山本七平の日本の歴史』ビジネス社、2005年、新版2015年
『「知恵」の発見』さくら舎、2014年
『精神と世間と虚偽 混迷の時代に知っておきたい本』さくら舎、2016年

作品集 
『山本七平ライブラリー』全16巻 文藝春秋、1997年
『山本七平全対話』全8巻 学習研究社、1984-1985年

イザヤ・ベンダサンの著作 
『日本人とユダヤ人』山本書店、1970年 のち角川文庫、のち角川ワンテーマ
『日本教について あるユダヤ人への手紙』文藝春秋、1972年 のち文庫
『にっぽんの商人』文藝春秋、1975年 のち文庫
『日本教徒 その開祖と現代知識人』角川書店、1976年 のち文庫、角川ワンテーマ
『日本人と中国人 なぜ、あの国とまともに付き合えないのか』祥伝社 2005年、のち祥伝社新書
『中学生でもわかるアラブ史教科書 日本人のための中東世界入門』祥伝社 2007年。共著表記 
『日本教は日本を救えるか ユダヤ教・キリスト教と日本人の精神構造』さくら舎 2013年

共編著
『日本人と原子力 核兵器から核の平和利用まで』対話:小松左京、今井隆吉、秦郁彦 ワールドフォトプレス 1976
『イスラムの発想 アラブ産油国のホンネがわかる本』対話:加瀬英明 徳間書店 1979、祥伝社新書 2015
『日本人と「日本病」について』岸田秀対談 文藝春秋、1980 のち文庫、文春学藝ライブラリー
『日本教の社会学』小室直樹対談 講談社 1981、ビジネス社 2016
『日本人の社会病理』小此木啓吾対談 講談社 1982 のち文庫
『天皇陛下の経済学―日本の繁栄を支える神聖装置』ベン=アミー・シロニーと共著(監訳)、光文社カッパ・ビジネス 1982、光文社文庫 1986
『夏彦・七平の十八番づくし 私は人生のアルバイト』山本夏彦対談 サンケイ出版、1983 のち中公文庫、産経新聞出版
『意地悪は死なず』山本夏彦対談、講談社、1984年 のち中公文庫、ワック
『「色即是空」の研究 般若心経の読み方』増原良彦共著 日本経済新聞社 1984
『近代日本の虚像と実像』大濱徹也対談 同成社 1984
『西暦2000年そのとき日本は』柳田邦男共編 講談社 1984
『誤訳される日本―なぜ、世界で除け者にされるのか』ベン=アミー・シロニーと共著(監訳)、光文社カッパ・ビジネス、1986
『千年期の発想 ミレニアムからの警告―愛国心が日本を亡ぼす』ベン=アミー・シロニーと共著(監訳)、光文社カッパ・ビジネス 1989
『人を動かす人を活かす』星野仙一対話 かんき出版 1989
『父と息子の往復書簡 東京-ニューヨーク』山本良樹 日本経済新聞社 1991
『漢字文化を考える』中西進共編著 大修館書店 1991
『民族とは何か』村松剛、渡部昇一対談 徳間書店 1992。回想評伝も収録

翻訳 
人間の歴史 ミハイル・イリーン 岩崎書店 1954
文明の歴史 イリーン 岩崎書店 1954
ルネッサンス イリーン 岩崎書店 1955
からだの科学 頭から足のさきまで A.ノヴィコフ 山本書店 1956
生物の生態 N.J.ベリール 山本書店 1956
歴史としての聖書 ウェルネル・ケラー 山本書店 1958
聖書の生いたち F.ケニヨン 山本書店 1959
概説聖書考古学 G.アーネスト・ライト 山本書店 1964
旧約聖書の人びと  F.ジェイムズ 山本書店 1967-1968。