のち中公文庫・日本図書センター
『金閣と水俣』筑摩書房 1974
『恋愛指南』角川文庫 1975
『禅の道紀行 歴史と文学の旅』平凡社 1975
『良寛 正三 白隠』秋田書店 1975
『日本紀行』正・続 平凡社 1975-76
『草ぐさの心』毎日新聞社(日本の心シリーズ)1975
『わが草木記』光風社書店 1975(エッセイ、『自然と盆栽』1970年4月-1972年1月号)
『自選作家の旅』山と渓谷社 1976
『足もとと提灯』正続 家の光協会 1976-77(随筆集) のち集英社文庫
『虫のいのちにも』大和出版(わが人生観)1977
『いまもむかしも愛別ばなし』文化出版局 1977 のち角川文庫
『花守の記』毎日新聞社 1977(『草月』1974年8月-1976年6月「育てる思想」改題)
『流旅の人々』実業之日本社 1977
『片しぐれの記』講談社 1978(随筆集)
『草の碑』現代史出版会 1978
『土を喰ふ日々』文化出版局 1978(随筆集) のち新潮文庫
『今生の人びと』構想社 1978
『水の幻想 現代の随想』日本書籍 1979
『片陰の道』現代史出版会 1979
『わが読書・一期一会』潮出版社 1979
『落葉帰根』小沢書店 1979
『軽井沢日記』三月書房 1979(随筆集、『婦人画報』1977年1-12月)
『骨肉の絆』筑摩書房 1980
『私版京都図絵』作品社 1980(『ボイス』1979年4月-1980年3月) のち福武文庫、小学館
『京都古寺逍遥』平凡社 1980
『草木の声』文化出版局 1980
『ものの聲ひとの聲 自伝的教育論』小学館 1980 のちライブラリー(随筆集)
『停車場有情』角川書店 1980(『婦人画報』1978年1月-1979年12月) のち朝日文芸文庫(随筆集)
『女ごころ風景』集英社文庫 1982(エッセイ集)
『水上勉による水上勉』青銅社(試みの自画像)1982
『竹の精霊』小学館 1982(エッセイ集、写真中矢代憲子)
『わが文学 わが作法 文学修行三十年』中央公論社 1982(新書判)のち文庫
『働くことと生きること』東京書籍 1982(随筆集)
『「般若心経」を読む』PHP研究所(新書判)1983 のち文庫、単行判、中公文庫
『わが女ひとの記』平凡社 1983(『太陽』1981年8月-1983年3月) のち文春文庫
『京の思い出図絵 画文集』平凡社 1984
『閑話一滴』正続 PHP研究所 1986-1988 のち文庫(随筆集)、新編
『絵のある風景』中央公論社 1986(画文集)
『良寛を歩く』日本放送出版協会 1986 のち集英社文庫(紀行文集)
『破鞋 雪門玄松の生涯』岩波書店 1986(『世界』1985年5月-1986年6月) のち同時代ライブラリー
『達磨の縄跳び 画文集』実業之日本社 1986
『絵ごよみ わが旅』実業之日本社 1986
『若狭憂愁 わが旅』実業之日本社 1986
『旅の思い出図絵 画文集』ミリオン書房 1987 	
『風の来る道 わが旅』実業之日本社 1987
『一休・正三・白隠 高僧私記』ちくま文庫 1987、新版・ちくま学芸文庫(『水上勉仏教文集』から抜粋・補筆)
『若狭日記』主婦の友社 1987
『芝居ごよみ』いかだ社 1987
『一休文芸私抄』朝日出版社 1987 のち中公文庫
『一休を歩く』日本放送出版協会 1988 のち集英社文庫
『禅とは何か それは達磨から始まった』新潮選書 1988 のち中公文庫
『私の履歴書』筑摩書房 1989 のち日経ビジネス人文庫
『若狭海辺だより』文化出版局 1989 のち新編「若狭がたり」アーツアンドクラフツ
『木の声 草の声』家の光協会 1990
『谷崎先生の書簡 ある出版社社長への手紙』中央公論社 1991、新版2008(嶋中雄作への手紙)
『在所の桜』立風書房 1991
『年々の竹』立風書房 1991
『京都古寺』立風書房 1994
『京都遍歴』立風書房 1994(各・新編エッセイ)
『折々の散歩道 画文集』全3巻 小学館サライブックス 1993-1997
『心筋梗塞の前後』文藝春秋 1994 のち文庫(随筆集)
『骨壷の話』集英社 1994 のち文庫(エッセイ集)
『わが別辞 導かれた日々』小沢書店 1995
『文芸遠近』小沢書店 1995
『私版 東京図絵』朝日新聞社 1996(『朝日新聞(東京版、多摩版)』1994年6月5日-1995年9月10日) のち文庫
『一日暮し』角川書店 1996 のち文庫
『立往生のすすめ』倫書房 1996
『精進百撰』岩波書店 1997 のち現代文庫(写真随筆集)、田畑書店 2022
『文壇放浪』毎日新聞社 1997 のち新潮文庫、中公文庫(随筆集)
『京都花暦』立風書房 1998
『電脳暮し』哲学書房 1999 改題『老いてこそ電脳暮し』光文社知恵の森文庫 2002
『説経節を読む』新潮社 1999 のち岩波現代文庫
『泥の花 「今、ここ」を生きる』河出書房新社 1999 のち文庫
『仰臥と青空 「老・病・死」を超えて』河出書房新社 2000
『竹紙を漉く』文春新書 2001
『植木鉢の土』小学館 2003(新編随想)
『ただいまを生きる 禅の生き方』アーツアンドクラフツ 2022(新編随想)

児童向け 
『父の舟子の舟』文潮社 1949年(童話集)
『世界の文豪』あかね書房 1952(世界伝記文庫)1952
『蛙よ木からおりてこい』新潮社(新潮少年文庫)1972
 改題『ブンナよ、木からおりてこい』三蛙房 1980 のち新潮文庫
『あひるの子-アンデルセン幻想』集英社 1976 「あひるの靴」文庫
『さすらい山河・地底の声』ソノラマ文庫 1977(「地底の声」は『高校進学』1962年5月-1963年3月連載「燃えよダイヤモンド」改題、「さすらい山河」は『りぼん』1966年6月-1967年12月連載)
『鬼のやま水 現代民話集』小学館 1982(民話集)
『小さな山の家にて』毎日新聞社 1999

現代語訳
『日本の古典12 心中天網島』世界文化社 1975年
『くさらなかった舌 日本霊異記』平凡社名作文庫 1977年
『平家物語 現代語訳 日本の古典10』学習研究社 1981年 のち学研文庫

共著
『若狭路』淡交社 1968、小原直久・今駒清則写真
『末世を生きる』山田無文対談 講談社 1974、のち立風書房、学研M文庫
『宗教と人間を問う』 柳田邦男 ヘップ出版 1974
『ふるさとの山河』 前田真三写真、田宮虎彦共著 毎日新聞社 1976
『京の寺』平凡社カラー新書 1977-1978
『人生と宗教と文学と』 柳田聖山対談 日本実業出版社 1977
『水上勉対談集』毎日新聞社 1978
『濁世の仏教』 中村元対談 朝日出版社 1980(Lecture books) のち立風書房、学研M文庫
『戦国合戦図』 日〓貞夫 保育社カラーブックス 1983
『人の世は情けの貸し借り』 藤山寛美 小学館 1984
『素心・素願に生きる』 広中平祐 小学館 1989
『マサテル』河出書房新社(メルヘンの森)1990。デービッド・マッキー絵
『いのちの小さな声を聴け』 灰谷健次郎 新潮社 1990 のち文庫
『文章修業』 瀬戸内寂聴対談 岩波書店 1997 のち知恵の森文庫
『青空哲学 信州水玉問答』玉村豊男 岩波書店 1999
『一滴の力水』不破哲三 光文社 2000、増補『同じ世代を生きて 水上勉・不破哲三往復書簡』新日本出版社 2007
『辞世の辞』ヘンリ・ミトワ ビジネス社 2003
『「雁の寺」の真実』司修 朝日新聞社 2004

作品集
『日本推理小説大系15 水上勉・樹下太郎・笹沢左保集』東都書房 1961
『現代長篇推理小説全集 水上勉集』東都書房 1961
『現代の文学35 水上勉集』河出書房新社 1964
『水上勉選集』全6巻 新潮社 1968
『日本短篇文学全集 38 岡本かの子・武田泰淳・水上勉』筑摩書房 1968
「桑の子」「棺」「北野踊り」「こおろぎの壺」収録
『歴史文学全集 23 水上勉』新人物往来社 1968 
『現代長篇文学全集 39 水上勉』講談社 1968
『国民の文学 25 水上勉集』河出書房新社 1969
『日本文学全集 23 水上勉集』河出書房新社 1969
『新潮日本文学59 水上勉集』新潮社 1972
『水上勉社会派傑作選』全5巻 朝日新聞社 1972-1973
『昭和国民文学全集 29 水上勉集』筑摩書房 1973
『水上勉全集』全26巻 中央公論社 1976-1978
『水上勉社会派小説シリーズ』全10巻 実業之日本社 1978
『銀の川・赤い灯台』『海の墓標』『黒壁・黒い穽』『虫の宴』『鷹の鈴』
『鼻・若狭湾の悲劇』『眼』『砂の紋章』『野の鈴』『薔薇海溝』
『新潮現代文学45 水上勉 雁の寺・金閣炎上』新潮社 1980
『水上勉戯曲集』中央公論社 1980
『水上勉仏教文集』全3巻 筑摩書房 1982 -「名僧評伝」「仏教随想」「仏教小説」
『水上勉紀行文集』全8巻 平凡社 1982-1983
『日本歴史文学館14  水上勉 湖笛』講談社 1988
『新編 水上勉全集』全16巻 中央公論社 1995-1997
『日本の風景を歩く』河出書房新社 2000
『越の道』『若狭』『丹波・丹後』『近江・大和』『京都』
『水上勉自選仏教文学全集』全5巻 河出書房新社 2002
『仏教とは何か』『一休のすべて』『良寛のすべて』
『禅と人生』『流離の仏教者たち』
『水上勉作品集 日本の戦争』新日本出版社 2008
『水上勉作品集 城/蓑笠の人』新日本出版社 2008
『水上勉社会派短編小説集 無縁の花』田畑書店 2021
『水上勉社会派短編小説集 不知火海沿岸』田畑書店 2021

ゆかりの場所・記念館 
 若州一滴文庫 - 水上勉が主宰していた若州人形座の拠点として、また宗教・美術・文学などの資料を展示する施設として水上を戸主として故郷の福井県に建設され、水上の蔵書が所蔵されている。