※大学・機関名(締結年)
アジア

韓国海洋大学校 2003年10月6日
漢陽大学校 2001年2月23日
高麗大学校 2012年5月15日
群山大学校 2003年10月1日
済州大学校 2017年7月10日
全南大学校 2005年2月22日
成均館大学校 2002年10月15日
ソウル大学校 2015年10月19日
釜山大学校 2001年7月20日
木浦大学校 2002年5月20日

華中師範大学 2019年1月3日
厦門大学 2015年1月23日
内蒙古農業大学 2015年3月10日
華中科技大学 2011年10月12日
華東師範大学 2000年8月31日
吉林大学 2016年8月24日
合肥工業大学 2018年9月14日
山東大学 2000年5月8日
四川大学 2017年3月13日
上海海事大学 2003年10月1日
上海交通大学 2009年4月9日
清華大学 2016年5月18日
浙江大学 2008年1月27日
西安交通大学 2018年8月21日
大連海事大学 2003年12月1日
大連理工大学 2018年6月11日
中国医科大学 2000年9月23日
中国海洋大学 2006年9月6日
中国科学院大学 2018年2月6日
中国人民大学 2014年3月21日
中国農業大学 2018年6月28日
中山大学 2000年7月17日
中南財経政法大学 2001年3月16日
東北大学 2016年3月17日
南開大学 2008年11月3日
南京工業大学 2018年5月11日
南京大学 2017年2月17日
武漢大学 2016年4月26日
復旦大学 2008年3月12日
北京外国語大学 2019年1月15日
北京師範大学 2018年1月18日
北京大学 2000年10月10日
香港大学 2016年6月28日
香港中文大学 2019年2月18日

国立清華大学 2017年7月11日
国立成功大学 2016年9月29日
国立政治大学 2017年7月21日
国立台湾海洋大学 2003年10月1日
国立台湾大学 2002年2月27日
台北医学大学 2015年5月20日
中央研究院 2016年7月27日
東呉大学 2017年2月20日

ウランバートル大学 2001年1月31日
モンゴル国立大学 2014年9月29日

フィリピン大学ディリマン校 2014年8月25日
フィリピン大学ロスバニョス校 2016年4月21日

国民経済大学 2007年2月2日
ダナン大学 2013年8月7日
日越大学 2018年4月12日
ハノイ科学技術大学 2018年4月16日
フエ農林大学 2018年1月3日
ベトナム国家大学ハノイ人文社会科学大学 2016年11月22日
ベトナム国家大学ホーチミン市 2014年4月17日
貿易大学 2019年3月11日

トゥンク・アブドゥル・ラーマン大学 2014年12月6日
マレーシア国民大学 2017年12月6日

南洋理工大学 2016年12月1日

アイルランガ大学 2018年7月17日
インドネシア大学 2004年10月27日
ガジャ・マダ大学 2014年12月11日
シアクアラ大学 2016年1月29日
スラバヤ工科大学 2003年12月29日
ボゴール農業大学 2017年4月4日
ランプン大学 2015年7月10日

王立プノンペン大学 2016年9月15日

ラオス国立大学 2001年5月10日

タンマサート大学 2000年5月23日
マヒドン大学 2012年10月1日
ラジャモンコン工科大学タンヤブリ校 2018年9月26日

ヤンゴン経済大学 2015年2月4日

バングラデシュ農業大学 2013年5月20日

ヘブライ大学 2019年4月11日

イスタンブール工科大学 2004年1月15日
ハラン大学 2017年7月21日

トビリシ国立大学
アフリカ

カイロ大学 2009年7月16日

リロングウェ農業自然資源大学 2019年2月5日オセアニア

ウーロンゴン大学 2017年7月24日
クイーンズランド大学 2015年11月5日
ニューサウスウェールズ大学 2018年6月29日
西オーストラリア大学 2015年10月5日
北アメリカ

エモリー大学 1983年9月19日
カリフォルニア海事大学 2003年10月1日
カリフォルニア大学サンディエゴ校 2015年12月16日
ジョージア工科大学 2017年10月30日
ニューヨーク市立大学クイーンズ校 2015年2月2日
ネブラスカ大学リンカーン校 2018年9月7日
ハワイ大学マノア校 2017年3月25日
ピッツバーク大学 2016年4月4日
南カリフォルニア大学 2018年2月6日
南フロリダ大学 2011年4月11日
メーン海事大学 2003年10月1日
ワシントン大学 2003年8月1日

オタワ大学 2015年1月13日
中央アメリカ、南アメリカ

ノルテ大学 2011年10月9日

サンパウロ大学 2018年5月24日
リオデジャネイロ州立大学 2004年2月26日

グアダラハラ大学 2007年2月9日
ヨーロッパ

アイルランド国立大学ゴールウェイ校 2018年7月31日

エセックス大学 2001年4月3日
オックスフォード大学 2011年3月2日
グラスゴー大学 1999年8月10日
ケント大学 2016年2月25日
シェフィールド大学 1989年2月24日
ダンディー大学 2013年3月25日
バーミンガム大学 1999年10月28日
東洋アフリカ研究学院 2017年3月30日

エクス=マルセイユ大学 2017年3月23日
エセック・ビジネススクール 2016年11月30日
グルノーブル・アルプ大学 2018年7月12日
ストラスブール大学 2013年3月14日
トゥールーズ国立工科大学 2018年2月27日
パリ第7大学 2016年1月5日
パリ第10大学 2006年4月6日
パリ第13大学 2011年7月8日
パリ第2大学(パンテオン・アサス大学)2005年7月14日
リール大学 2018年7月24日
リヨン高等師範学校 2015年4月10日

アーヘン工科大学 2018年7月10日
カールスルーエ工科大学 2017年12月11日
クリスティアン・アルブレヒト大学キール 2016年5月12日
ダルムシュタット工科大学 2018年4月3日
トリーア大学 2015年6月2日
ハンブルク工科大学 2018年2月28日
ベルリン経済法科大学 2015年10月5日
ホーエンハイム大学 2010年10月25日
ミュンヘン工科大学 2018年3月1日

ヴェネツィア大学 2011年5月10日
トリノ大学 2016年12月20日
ボッコーニ大学 2015年1月26日
ボローニャ大学 2016年3月18日

バルセロナ大学 2016年9月30日

サンルイ大学 2014年4月1日
ブリュッセル自由大学(フランス語系) 2017年9月25日
ブリュッセル自由大学(オランダ語系) 2010年9月3日
ヘント大学 2009年12月4日
モンス大学 2016年10月12日
リエージュ大学 2014年1月30日
ルーヴェン大学 2010年1月18日

ライデン大学 2014年10月15日

オーフス大学 2000年8月30日

バーゼル大学 2017年7月27日

リュブリャナ大学 2016年6月24日

ベオグラード大学 2017年6月19日

世界海事大学 2003年10月1日
リンショピン大学 2011年4月7日

インスブルック大学 2017年10月24日
FHヨアネウム応用科学大学 2015年10月6日
グラーツ医科大学 2015年8月28日
グラーツ大学 2018年5月4日
マネジメントセンターインスブルック 2018年3月23日

カレル大学 2006年11月2日

アダム・ミツキェヴィチ大学 2016年10月26日
ニコラウス・コペルニクス大学 2017年5月31日
ヤゲウォ大学 2013年10月10日
ワルシャワ大学 2013年10月9日

コメンスキー大学 2017年5月23日

エトヴェシュ・ロラーンド大学 2016年11月10日
ブダペスト商科大学 2018年5月30日

7研究機関(プロブディフ農科大学他6件)2005年7月1日
ソフィア大学 2012年7月25日

バベシュ・ボヨイ大学 1998年11月18日
ブカレスト大学 2016年12月15日

リガ工科大学 2015年2月25日

ヴィリニュス・ゲディミナス工科大学

ウラル連邦大学 2018年6月8日
サンクトペテルブルク大学 2016年11月25日

附属学校園 
神戸大学附属幼稚園(明石地区・明石市)
神戸大学附属小学校(明石地区・明石市)
神戸大学附属中等教育学校(住吉地区・神戸市東灘区)
神戸大学附属特別支援学校(大久保地区・明石市)

改組前は以下の附属学校が存在した。
住吉地区
神戸大学附属住吉小学校
神戸大学附属住吉中学校(附属中等教育学校の前身)
明石地区
神戸大学附属明石小学校(附属小学校の前身)
神戸大学附属明石中学校・神戸大学附属中等教育学校明石校舎

不祥事 
 学生に対するハラスメント事件 - 2022年3月4日、神戸大は、指導するゼミの学生に暴言を吐くなどしたとして、いずれも40代の男性准教授2人を停職1カ月の懲戒処分にしたと発表した。