新規指定校

国公立高校
 北海道旭川西高等学校
 北海道札幌啓成高等学校
 青森県立三本木高等学校
 宮城県仙台第三高等学校
 秋田県立横手清陵学院高等学校
 福島県立会津学鳳高等学校
 埼玉県立春日部高等学校
 千葉県立長生高等学校
 横浜市立横浜サイエンスフロンティア高等学校
 長野県飯山北高等学校
 京都府立桃山高等学校
 大阪府立生野高等学校
 大阪府立千里高等学校
 大阪府立豊中高等学校
 兵庫県立明石北高等学校
 山口県立徳山高等学校
 徳島県立脇町高等学校
 高松第一高等学校
 福岡県立城南高等学校

新規指定校(2005年(平成17年)度指定校)

国公立高校
 青森県立八戸北高等学校
 東京工業大学附属科学技術高等学校
 山梨県立都留高等学校
 長野県諏訪清陵高等学校
 京都教育大学附属高等学校
 京都市立堀川高等学校
 兵庫県立尼崎小田高等学校
 奈良女子大学附属中等教育学校
 岡山県立倉敷天城高等学校
 広島県立広島国泰寺高等学校
 愛媛県立松山南高等学校
 福岡県立小倉高等学校
 長崎県立長崎西高等学校
 大分県立大分舞鶴高等学校
 鹿児島県立錦江湾高等学校

私立高校
 早稲田大学本庄高等学院(埼玉県)
 立命館高等学校(京都府)

2011年(平成23年)度指定校 
指定期間は2011年(平成23年)度 - 2015年(平成27年)度まで。

国公立高校
 岩手県 岩手県立盛岡第三高等学校
 福島県 福島県立磐城高等学校
 茨城県 茨城県立水戸第二高等学校 ※
 埼玉県 埼玉県立川越高等学校 ※
 埼玉県 埼玉県立川越女子高等学校 ※
 埼玉県 埼玉県立熊谷高等学校 
 埼玉県 埼玉県立不動岡高等学校 
 千葉県 千葉県立柏高等学校  *
 東京都 東京都立小石川中等教育学校 ※
 神奈川県 神奈川県立西湘高等学校  *
 石川県 石川県立金沢泉丘高等学校 ※
 石川県 石川県立小松高等学校 ※
 福井県 福井県立若狭高等学校 
 長野県 長野県屋代高等学校 ※
 静岡県 静岡県立磐田南高等学校 ※
 愛知県 名古屋大学教育学部附属高等学校 ※
 愛知県 愛知県立刈谷高等学校
 愛知県 愛知県立明和高等学校
 滋賀県 滋賀県立膳所高等学校 ※
 大阪府 大阪府立岸和田高等学校 
 大阪府 大阪市立東高等学校 
 兵庫県 神戸市立六甲アイランド高等学校 
 奈良県 奈良県立青翔高等学校 
 和歌山県 和歌山県立向陽高等学校 ※
 香川県 香川県立観音寺第一高等学校 
 福岡県 福岡県立香住丘高等学校
 福岡県 福岡県立嘉穂高等学校 
 福岡県 福岡県立八幡高等学校  
 佐賀県 佐賀県立致遠館高等学校 ※
 熊本県 熊本県立熊本北高等学校 
 熊本県 熊本県立第二高等学校 ※
 大分県 大分県立日田高等学校

私立高校
 栃木県 作新学院高等学校 
 茨城県 茗溪学園高等学校
 東京都 早稲田大学高等学院 ※
 愛知県 名城大学附属高等学校 ※
 岡山県 金光学園高等学校
 岡山県 ノートルダム清心学園 清心女子高等学校 ※

*...過去にも指定を受けている学校

※...平成18年度指定で、平成23年度新規指定に採択された学校

2012年(平成24年)度指定校 
指定期間は2012年(平成24年)度 - 2016年(平成28年)度まで。

国公立高校
 北海道 北海道釧路湖陵高等学校
 北海道 北海道札幌西高等学校 
 北海道 北海道札幌開成高等学校 
 岩手県 岩手県立釜石高等学校
 岩手県 岩手県立水沢高等学校  *
 宮城県 宮城県仙台第一高等学校 
 宮城県 宮城県古川黎明高等学校
 山形県 山形県立鶴岡南高等学校 
 山形県 山形県立米沢興譲館高等学校  *
 福島県 福島県立福島高等学校  ※
 茨城県 茨城県立並木中等教育学校 
 茨城県 茨城県立日立第一高等学校  ※
 栃木県 栃木県立足利高等学校 
 栃木県 栃木県立栃木高等学校 
 群馬県 群馬県立桐生高等学校  ※
 埼玉県 埼玉県立浦和第一女子高等学校  ※
 埼玉県 埼玉県立熊谷女子高等学校 
 埼玉県 埼玉県立熊谷西高等学校 
 埼玉県 埼玉県立松山高等学校
 千葉県 千葉市立千葉高等学校  *
 東京都 筑波大学附属駒場高等学校  ※
 東京都 東京学芸大学附属高等学校 
 東京都 東京都立科学技術高等学校  ※
 東京都 東京都立多摩科学技術高等学校 
 東京都 東京都立日比谷高等学校  ※
 石川県 石川県立七尾高等学校  ※
 山梨県 山梨県立甲府南高等学校 ※
 山梨県 山梨県立巨摩高等学校
 山梨県 山梨県立韮崎高等学校
 山梨県 山梨県立日川高等学校
 山梨県 北杜市立甲陵高等学校
 岐阜県 岐阜県立恵那高等学校 ※
 岐阜県 岐阜県立岐阜農林高等学校
 静岡県 静岡県立清水東高等学校 ※
 愛知県 愛知県立岡崎高等学校 ※
 三重県 三重県立伊勢高等学校
 滋賀県 滋賀県立虎姫高等学校
 滋賀県 滋賀県立彦根東高等学校 ※
 京都府 京都府立嵯峨野高等学校
 京都府 京都府立洛北高等学校 ※
 大阪府 大阪府立園芸高等学校
 大阪府 大阪府立四條畷高等学校
 大阪府 大阪府立住吉高等学校 ※
 大阪府 大阪府立泉北高等学校 *
 大阪府 大阪府立天王寺高等学校 ※
 兵庫県 兵庫県立加古川東高等学校 *
 兵庫県 兵庫県立豊岡高等学校 *
 奈良県 奈良県立奈良高等学校 ※
 和歌山県 和歌山県立海南高等学校 ※
 和歌山県 和歌山県立日高高等学校 ※
 島根県 島根県立益田高等学校 ※
 岡山県 岡山県立玉島高等学校 ※
 岡山県 岡山県立津山高等学校
 広島県 広島大学附属高等学校 ※
 広島県 広島県立西条農業高等学校
 山口県 山口県立宇部高等学校 ※
 高知県 高知県立高知小津高等学校 ※
 福岡県 福岡県立鞍手高等学校
 福岡県 福岡県立明善高等学校
 宮崎県 宮崎県立宮崎北高等学校 *

私立高校
 北海道 学校法人札幌日本大学学園 札幌日本大学高等学校
 北海道 学校法人立命館 立命館慶祥高等学校
 茨城県 学校法人清真学園 清真学園高等学校 ※
 東京都 学校法人東海大学 東海大学付属高輪台高等学校 ※
 東京都 学校法人文京学園 文京学院大学女子高等学校
 静岡県 学校法人静岡理工科大学 静岡北高等学校 ※
 滋賀県 学校法人立命館 立命館守山高等学校 *
 兵庫県 学校法人武庫川学院 武庫川女子大学附属高等学校 *
 奈良県 学校法人奈良学園 奈良学園高等学校
 奈良県 学校法人西大和学園 西大和学園高等学校 ※
 岡山県 学校法人加計学園 岡山理科大学附属高等学校
 広島県 学校法人安田学園 安田女子高等学校
 鹿児島県 学校法人池田学園 池田学園池田高等学校 *

*...過去にも指定を受けている学校

※...平成19年度指定で、平成24年度新規指定に採択された学校

2017年(平成29年)度指定校 
指定期間は2017年(平成29年)度 - 2021年(令和3年)度まで。

国公立高校
 北海道 北海道岩見沢農業高等学校
 北海道 北海道滝川高等学校
 北海道 北海道旭川西高等学校
 北海道 北海道札幌啓成高等学校
 北海道 北海道室蘭栄高等学校
 北海道 北海道北見北斗高等学校
 北海道 市立札幌開成中等教育学校
 北海道 北海道釧路湖陵高等学校
 大分県 大分県立佐伯鶴城高等学校

私立高校
 北海道 学校法人札幌日本大学学園 札幌日本大学高等学校
 北海道 学校法人立命館 立命館慶祥中学校・高等学校
神奈川県 聖光学院中学校・高等学校

2018年(平成30年)度指定校

2019年(平成31年)度指定校 
平成31年度基礎枠内定校 及び 科学技術人材育成重点枠内定校

基礎枠・開発型 
 岩手県 公立 岩手県立一関第一高等学校・附属中学校
 福島県 公立 福島県立安積高等学校
 栃木県 公立 栃木県立大田原高等学校
 群馬県 公立 群馬県立前橋高等学校
 東京都 国立 国立大学法人 お茶の水女子大学附属高等学校
 神奈川県 公立 神奈川県立相模原高等学校
 神奈川県 公立 神奈川県立多摩高等学校
 愛知県 公立 愛知県立旭丘高等学校
 三重県 公立 三重県立上野高等学校
 三重県 公立 三重県立桑名高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立小野高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立宝塚北高等学校
 徳島県 公立 徳島県立富岡西高等学校
 沖縄県 公立 沖縄県立向陽高等学校

基礎枠・実践型 
 北海道 公立 北海道滝川高等学校
 宮城県 公立 宮城県古川黎明中学校・高等学校
 茨城県 公立 茨城県立竜ヶ崎第一高等学校
 埼玉県 公立 埼玉県立熊谷西高等学校
 千葉県 公立 千葉県立佐倉高等学校
 千葉県 公立 千葉県立船橋高等学校
 千葉県 私立 学校法人市川学園 市川高等学校・市川中学校
 東京都 国立 東京学芸大学附属国際中等教育学校
 東京都 公立 東京都立戸山高等学校
 富山県 公立 富山県立富山中部高等学校
 福井県 公立 福井県立藤島高等学校
 静岡県 公立 静岡県立浜松工業高等学校
 静岡県 私立 学校法人静岡理工科大学 静岡北中学校・高等学校
 大阪府 私立 学校法人大阪医科薬科大学 高槻高等学校・中学校
 兵庫県 私立 学校法人武庫川学院 武庫川女子大学附属中学校・高等学校 
 岡山県 公立 岡山県立岡山一宮高等学校
 徳島県 公立 徳島県立徳島科学技術高等学校
 宮崎県 公立 宮崎県立宮崎北高等学校

科学技術人材育成重点枠(基礎) 
12校応募
 京都府 私立 立命館高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立神戸高等学校
 香川県 公立 香川県立観音寺第一高等学校
 宮崎県 公立 宮崎県立宮崎北高等学校

科学技術人材育成重点枠(高大接続) 
3コンソーシアム応募

 千葉県 公立 
 幹事校 - 千葉県立船橋高等学校
 参画校 - 千葉県立柏高等学校、千葉県立木更津高等学校、千葉県立佐倉高等学校、千葉県立長生高等学校
接続大学 - 千葉大学

2020年(令和2年)度指定校 
スーパーサイエンスハイスクール(SSH)令和2年度基礎枠 及び 科学技術人材育成重点枠 内定校

基礎枠・開発型 

 北海道 公立 北海道函館中部高等学校
 神奈川県 公立 神奈川県立平塚江南高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立姫路西高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立姫路東高等学校
 兵庫県 国立 国立大学法人神戸大学附属中等教育学校 
 島根県 公立 島根県立松江南高等学校
 宮崎県 公立 宮崎県立延岡高等学校
 宮崎県 公立 宮崎県立宮崎西高等学校 宮崎県立宮崎西高等学校附属中学校
 鹿児島県 公立 鹿児島県立甲南高等学校

基礎枠・実践型 

 北海道 公立 北海道札幌啓成高等学校 
 埼玉県 公立 埼玉県立春日部高等学校 
 神奈川県 公立 神奈川県立厚木高等学校
 京都府 公立 京都府立桃山高等学校
 大阪府 公立 大阪府立生野高等学校
 大阪府 公立 大阪府立豊中高等学校
 兵庫県 公立 兵庫県立明石北高等学校
 奈良県 国立 国立大学法人奈良女子大学附属中等教育学校
 岡山県 公立 岡山県立倉敷天城高等学校
 山口県 公立 山口県立徳山高等学校
 徳島県 公立 徳島県立脇町高等学校
 香川県 公立 高松第一高等学校
 福岡県 公立 福岡県立城南高等学校
 長崎県 公立 長崎県立長崎西高等学校
 大分県 公立 大分県立大分舞鶴高等学校
 神奈川県 横浜市 公立 横浜市立横浜サイエンスフロンティア高等学校
 愛知県 名古屋市 公立 名古屋市立向陽高等学校

基礎枠・先導的改革型 

 京都府 私立 学校法人立命館 立命館高等学校
 愛媛県 公立 愛媛県立松山南高等学校

科学技術人材育成重点枠 

 北海道 私立 学校法人札幌日本大学学園 札幌日本大学高等学校
 山形県 公立 山形県立米沢興譲館高等学校
 京都府 公立 京都府立嵯峨野高等学校
 大阪府 公立 大阪府立天王寺高等学校
 奈良県 公立 奈良県立奈良高等学校

2021年(令和3年)度指定校 
スーパーサイエンスハイスクール(SSH)令和3年度基礎枠 及び 科学技術人材育成重点枠 内定校

基礎枠・開発型・実践型 
38校応募・指定20校。