著作

エッセイ 
 われら動物みな兄弟 愛と生命の科学 共同企画出版部, 1967 のち角川文庫
 海中公園 館石昭写真 畑正憲文、朝日新聞社 1969年
 日本の海洋動物 海深90メートルまで 益田一写真 ; 畑正憲文 学習研究社 1969年
 続・日本の海洋動物 南海の生態 益田一写真 畑正憲文 学習研究社 1970年
 生きる アメーバから人まで 筑摩書房 ちくま少年図書館 1970 のち文庫
 ムツゴロウの博物志 正・続・続々 毎日新聞社, 1970 のち文春文庫
 もの言わぬスターたち 記録映画と動物と 経済往来社, 1970 のち中公文庫
 ムツゴロウの青春記 文藝春秋、1971 のち文庫
 どんべえ物語 1-2 朝日新聞社、1972 のち角川文庫
 ムツゴロウの無人島記 正続 毎日新聞社、1972 のち文春文庫
 ムツゴロウの絵本1-4 毎日新聞社 1972-75 のち文春文庫
 ムツゴロウの結婚記 文藝春秋、1972 のち文庫
 ムツゴロウの大勝負 同、1972 のち文庫
 海 文・構成:畑正憲  写真:益田海洋グループ 筑摩書房(ちくま少年図書館 . 別巻2) 1972
 ムツゴロウの獣医修業 毎日新聞社、1973 のち文春文庫
 ムツゴロウの大漁旗 文藝春秋、1973 のち文庫
 ムツゴロウの動物巷談 同、1973 のち文庫
 ムツゴロウの動物王国 正続 毎日新聞社、1973 のち文春文庫
 ムツゴロウのため息 毎日新聞社、1974 のち文春文庫
 ムツゴロウの愛馬行進曲 毎日新聞社、1975 のち文春文庫
 ムツゴロウの雑居家族 毎日新聞社、1975 のち文春文庫
 学校さよならよ 文藝春秋、1975
 無頼の船 ムツゴロウの海洋活劇 徳間書店, 1975 のち角川文庫
 ムツゴロウのゆうびん箱 いんなあとりっぷ社, 1975 のち角川文庫
 ムツゴロウの雑食日記 読売新聞社、1976 のち文春文庫
 ムツゴロウの玉手箱 角川書店、1976 のち文庫
 ムツゴロウの事件簿 毎日新聞社、1976
 ムツゴロウの大対談 毎日新聞社, 1976
 ムツゴロウの間奏曲 毎日新聞社, 1976
 ムツゴロウの純情詩集 中央公論社、1976 のち文庫
 ムツゴロウの大悦声 徳間書店、1976 のち文庫
 ムツゴロウの千変万化 毎日新聞社、1977
 ムツゴロウの麻雀記 徳間書店、1977 のち文庫
 畑正憲作品集 1-18 文藝春秋, 1977-79
 根釧原野 朝日新聞社, 1978 「ムツゴロウの根釧原野」文春文庫
 さよならどんべえ 毎日新聞社、1978 のち角川文庫
 ムツゴロウの素顔 読売新聞社、1978
 ムツゴロウの本音 同
 ムツゴロウの少年期 文藝春秋、1979 のち文庫
 ムツゴロウの放浪記 同 のち文庫
 ムツゴロウの野性教育 広済堂出版 1979 のち文庫
 ムツゴロウ動物記ヒグマ再び 毎日新聞社、1979
  のち文庫
 象使いの弟子 ムツゴロウ世界漫遊記之内 中央公論社、1980 のち文庫
 
 
 ムツゴロウのアルバム 1-6 サンケイ出版, 1980-83
 オーストラリ愛 ムツゴロウの世界漫遊記之内 広済堂出版 1981 「ムツゴロウのオーストラリアふしぎ旅」文春文庫
 ムツゴロウの人間飛行 PHP研究所, 1982
 ムツゴロウの大交遊日記 広済堂出版, 1982
 ムツゴロウのにっぽん大旅行 日本交通公社出版事業局 1982
 ムツゴロウの娘よ 1-2 読売新聞社、1982 のち文春文庫
 わが王国の住人たち 光文社、1982
 ムツゴロウのブッシュマンを訪ねて 広済堂出版, 1983
 ムツゴロウのさわやか日記 同
 ムツゴロウの人間旅行 PHP研究所, 1983
 動物王国ラプソディ 角川書店、1984 のち文庫
 ムツゴロウの人間紀行 PHP研究所, 1984
 ムツゴロウ麻雀物語 角川書店, 1984
 ムツゴロウの人生航海術 広済堂出版, 1984 のち文庫
 ムツゴロウの碁好き六好き 広済堂出版, 1985
 ムツゴロウの人生読本 同
 ムツゴロウの世界博物志 1-2 読売新聞社、1985 のち文春文庫
 ムツゴロウの人間歩行 PHP研究所, 1985
 ムツゴロウの猫読本 文藝春秋、1986 のち文庫
 ムツゴロウの自然を食べる 読売新聞社、1986 のち文春文庫
 子猫物語 講談社, 1986
 ムツゴロウの馬読本 文藝春秋、1988
 動物王国ノクターン 文春文庫、1988
 ムツゴロウとゆかいな仲間たち 畑正憲珠玉の写真集 1-10 朝日出版社 1988-89
 ムツゴロウの図書館  1-7 朝日出版社、1990-91
 ムツゴロウ動物王国の四季 日本経済新聞社, 1993
 森からの警告 畑正憲vs.C・W・ニコル対談集 ソニー・マガジンズ 1994
 ムツゴロウの馬を訪ねて地球一周 最愛の友、馬を訪ねて、ムツゴロウ先生、世界を駆ける 1-3 日本中央競馬会弘済会、1995-97 
 クルタ ムツゴロウの写真絵本 キャロリン・ジョーンズ写真 フジテレビ出版、1995
 夢大陸の子犬クルタ 小学館, 1995
 ムツゴロウとゆかいな仲間たちシリーズ
 真説動物王国物語 フジテレビ出版, 1995
 ムツゴロウの犬めぐり フジテレビ出版, 1995
 ムツさんジェルミ魔の島漂流記 ジェルミ・エンジェル フジテレビ出版, 1996
 動物王国オフィシャルハンドブック フジテレビ出版, 1997
 自然界の建築家たち 1・2 ミサワホーム総合研究所 1996
 「家族の幸せ」ちょっとした法則―人生って素晴らしい!ことがわかる47の妙薬 講談社、1995(編)
 ムツゴロウのどこ吹く風 潮出版社、1998
 ムツゴロウの人生上達の術 マガジンハウス、1998
 ムツゴロウの動物交際術 文藝春秋、1999 のち文庫
 命に恋して―さよなら「ムツゴロウとゆかいな仲間たち」フジテレビ出版、2001
 ムツゴロウとゆかいな動物たち 畑正憲画集 朝日出版社 2004
 人という動物と分かりあう ソフトバンク新書、2006
 犬はどこから...そしてここへ 学習研究社、2007
ムツゴロウの東京物語 柏艪舎、2008
ムツゴロウのニッポン物語 柏艪舎、2009
ムツゴロウの地球を食べる 文春文庫、2011
ムツゴロウ先生の犬と猫の気持ちがわかる本 ベストセラーズ、2012
生きるよドンどん ムツゴロウさんが遺したメッセージ 毎日新聞出版、2023
ムツゴロウさんの最後のどうぶつ回顧録 集英社、2023

小説 
 海からきたチフス(ISBN 4797491957、『ゼロの怪物ヌル』改題)金の星社, 1969 ジュブナイルSF小説 現在、新風舎文庫
 青い闇の記録 毎日新聞社、1973
 ムツ・ゴーロの怪事件 サンケイ新聞社、1973 のち角川文庫
 深海艇F7号の冒険 角川文庫、1977
 純潔夫婦 光文社カッパ・ノベルス 1979
 ムツゴロウの馬 ショートショート 文藝春秋、1985 のち文庫
 ムツゴロウの名人ブルース ユーモア麻雀小説 ムツゴロウ著 畑正憲訳 実業之日本社 1986
 チャトランの冒険 小学館, 1986
 恐竜物語〜奇跡のラフティ(上・中・下)角川文庫、1987
 ぼくのそり犬ブエノ 学習研究社, 1999

天然記念物の動物たち 
 (天然記念物に指定された動物の置かれた現状を鋭く描写したルポルタージュシリーズ)
 天然記念物の動物たち 月刊ペン社, 1969 のち角川文庫
 梟の森 角川書店、1978 のち文庫
 馬の岬 角川書店、1979 のち文庫
 北の鷲 角川書店、1980 のち文庫
 北限の猿 角川書店、1981 のち文庫
 オロロンの島 角川書店、1982 のち文庫
 雷鳥の山 角川書店、1984 のち文庫
 オオサンショウウオの川 角川書店、1986 のち文庫
 人魚の国 角川書店、1986 のち文庫
 海亀の浜 角川文庫、1993
 ムツゴロウ世界動物紀行(角川書店刊)1993
 南米・モーリシャス篇(以下SB文庫、ソフトバンク、2006)
 アフリカ篇
 ニュージーランド・中国篇
 アラスカ篇
 シルクロード篇
 インド・トルコ篇

麻雀 
 畑正憲の精密麻雀 : 二倍勝つためのテクニック 実業之日本社, 1979 のち『ムツゴロウ畑正憲の精密麻雀』に改題 マイナビ出版、2016

翻訳 
 ドクター・ヘリオットの愛犬物語 ジェイムズ・ヘリオット ジェルミ・エンジェル共訳 集英社、1988 のち文庫
 輝ける日々 ダニエル・スティール 朝日出版社、2003
 びっくりどうぶつフレンドシップ ジェニファー・S・ホランド 飛鳥新社、2013

カセットブック 
 ムツゴロウの動物トーク イヌづきあい
 ムツゴロウの動物トーク ネコづきあい

漫画原作 
 ムツゴロウの箱舟 (作画:山本まさはる、矢代まさこ 秋田書店「週刊少年チャンピオン」)
 ムツゴロウが征く(作画:川崎のぼる、小学館「月刊コロコロコミック」1980年4月 - 1985年2月連載)。