(葦原中国平定・天孫降臨)
 第十段、山幸彦と海幸彦の話
 第十一段、神日本磐余彦尊(かむやまといはれびこのみこと)誕生
 ※卷第三より以降の漢風諡号は、『日本書紀』成立時にはなく、その後の人が付け加えたものと推定されている。
 卷第三
 神日本磐余彦天皇(かむやまといはれびこのすめらみこと)神武天皇
 東征出発
 五瀬命の死
 八咫烏
 兄猾(えうかし)、弟猾(おとうかし)
 兄磯城(えしき)、弟磯城(おとしき)
 長髄彦と金鵄(きんし)
 宮殿造営
 橿原即位
 卷第四
 神渟名川耳天皇(かむぬなかはみみのすめらみこと)綏靖天皇
 磯城津彦玉手看天皇(しきつひこたまてみのすめらみこと)安寧天皇
 大日本彦耜友天皇(おほやまとひこすきとものすめらみこと)懿徳天皇
 観松彦香殖稲天皇(みまつひこかえしねのすめらみこと)孝昭天皇
 日本足彦国押人天皇(やまとたらしひこくにおしひとのすめらみこと)孝安天皇
 大日本根子彦太瓊天皇(おほやまとねこひこふとにのすめらみこと)孝霊天皇
 大日本根子彦国牽天皇(おほやまとねこひこくにくるのすめらみこと)孝元天皇
 稚日本根子彦大日日天皇(わかやまとねこひこおほひひのすめらみこと)開化天皇
 卷第五
 御間城入彦五十塑殖天皇(みまきいりびこいにゑのすめらみこと)崇神天皇
 天皇即位
 大物主大神を祀る
 四道将軍
 御肇国天皇の称号
 神宝
 卷第六
 活目入彦五十狭茅天皇(いくめいりびこいさちのすめらみこと)垂仁天皇
 即位
 任那、新羅抗争の始まり
 狭穂彦王の謀反
 角力の元祖
 鳥取の姓
 伊勢の祭祀
 野見宿禰と埴輪
 石上神宮
 天日槍と神宝
 田道間守
 卷第七
 大足彦忍代別天皇(おほたらしひこおしろわけのすめらみこと)景行天皇
 天皇即位
 諸賊、土蜘蛛
 熊襲征伐
 日本武尊出動
 日本武尊の再征
 弟橘媛
 日本武尊病没
 稚足彦天皇(わかたらしひこのすめらみこと)成務天皇
 天皇即位と国、県の制
 卷第八
 足仲彦天皇(たらしなかつひこのすめらみこと)仲哀天皇
 天皇即位
 熊襲征伐に神功皇后同行
 神の啓示
 卷第九
 気長足姫尊(おきながたらしひめのみこと)神功皇后
 神功皇后の熊襲征伐
 新羅出兵
 麛坂王、忍熊王の策謀
 誉田別皇子(ほむたわけのみこ)の立太子
 百済、新羅の朝貢
 新羅再征
 卷第十
 誉田天皇(ほむだのすめらみこと)応神天皇
 天皇の誕生と即位
 武内宿禰に弟の讒言(ざんげん)
 髪長媛(かみながひめ)と大鷦鷯尊(おおさざきのみこと)
 弓月君、阿直岐、王仁
 兄媛の歎き
 武庫の船火災
 卷第十一
 大鷦鷯天皇(おほさざきのすめらみこと)仁徳天皇
 菟道稚郎子の謙譲とその死
 仁徳天皇の即位
 民の竈の煙
 池堤の構築
 天皇と皇后の不仲
 八田皇女の立后
 鷹甘部(たかかいべ)の定め
 新羅、蝦夷などとの抗争
 卷第十二
 去来穂別天皇(いざほわけのすめらみこと)履中天皇
 仲皇子(なかつみこ)黒媛を犯す
 磐余(いわれ)の稚桜宮(わかさくらのみや)
 瑞歯別天皇(みつはわけのすめらみこと)反正天皇
 卷第十三
 雄朝津間稚子宿禰天皇(をあさづまわくごのすくねのすめらみこと)允恭天皇
 即位の躊躇
 闘鶏(つげ)の国造り
 氏、姓を糾す
 殯(もがり)の玉田宿禰(たまたのすくね)と最古の地震記録
 衣通郎姫(そとおしのいらつめ)
 阿波の大真珠
 木梨軽皇子と妹
 穴穂天皇(あなほのすめらみこと)安康天皇
 木梨軽皇子の死
 大草香皇子の災厄
 卷第十四
 大泊瀬幼武天皇(おほはつせのわかたけるのすめらみこと)雄略天皇
 眉輪王の父の仇
 市辺押磐皇子を謀殺
 即位と諸妃
 吉野の猟と宍人部の貢上
 葛城の一事主
 嶋王(武寧王)誕生
 少子部蜾蠃(ちいさこべのすがる)
 吉備臣(きびのおみ)たち
 今来(いまき)の才伎(てひと)
 高麗軍の撃破
 新羅討伐
 月夜の埴輪馬
 鳥養部(とりかいべ)、韋那部(いなべ)
 根使王(ねのおみ)の科(とが)
 秦のうずまさ
 朝日郎
 高麗、百済を降す
 天皇の遺言
 第十五
 白髪武広国押稚日本根子(しらかのたけひろくにおしわかやまとねこのすめらみこと)清寧天皇
 星川皇子の叛
 天皇の即位と億計(おけ)、弘計(をけ)の発見
 飯豊皇女
 弘計天皇(をけのすめらみこと)顕宗天皇
 弘計、億計兄弟の苦難
 二皇子身分を明かす
 皇位の譲り合い
 弘計王の即位
 老婆置目の功績
 復讐の思い
 任那、高麗との通交
 億計天皇(おけのすめらみこと)仁賢天皇
 億計天皇の即位
 日鷹吉士高麗に使す
 卷第十六
 小泊瀬稚鷦鷯天皇(おはつせのわかさざきのすめらみこと)武烈天皇
 影媛(かげひめ)と鮪(しび)
 武烈天皇の暴虐
 卷第十七
 男大迹天皇(おほどのすめらみこと)継体天皇
 継体天皇の擁立
 任那四県の割譲
 己汶(こもん)帯沙(たさ)をめぐる争い
 磐井の反乱
 近江毛野の派遣
 近江毛野の死
 継体天皇の崩御
 卷第十八
 広国押武金日天皇(ひろくにおしたけかなひのすめらみこと)安閑天皇
 天皇即位と屯倉(みやけ)の設置
 大河内味張の後悔
 武蔵国造の争い及び屯倉
 武小広国押盾天皇(たけをひろくにおしたてのすめらみこと)宣化天皇
 那津(筑紫)官家(みやけ)の整備
 卷第十九
 天国排開広庭天皇(あめくにおしはらきひろにはのすめらみこと)欽明天皇
 秦大津父(はたのおおつち)
 大伴金村の失脚
 聖明王(せいめいおう)、任那(みまな)復興の協議
 任那日本府の官人忌避
 任那復興の計画
 日本への救援要請
 仏教公伝
 聖明王の戦死
 任那の滅亡
 調伊企儺の妻大葉子
 難船の高麗使人
 卷第二十
 渟中倉太珠敷天皇(ぬなくらのふとたましきのすめらみこと)敏達天皇
 烏羽(からすば)の表
 吉備海部直難波の処罰
 日羅の進言
 蘇我馬子の崇仏
 物部守屋の排仏
 卷第二十一
 橘豊日天皇(たちばなのとよひのすめらみこと)用明天皇
 用明即位
 三輪逆の死
 天皇病む
 泊瀬部天皇(はつせべのすめらみこと)崇峻天皇
 穴穂部皇子の死
 物部守屋敗北と捕鳥部万
 法興寺の創建
 天皇暗殺
 卷第二十二
 豊御食炊屋姫天皇(とよみけかしきやひめのすめらみこと)推古天皇
 額田部皇女(ぬかたべのひめみこ)
 聖徳太子の摂政
 新羅征伐
 地震で舎屋倒壊、地震の神の祭
 冠位十二階の制定と憲法十七条
 名工鞍作鳥
 遣隋使
 菟田野(うだの)の薬猟(くすりがり)
 太子と飢人
 聖徳太子の死
 新羅征伐の再開
 寺院僧尼の統制
 蘇我馬子の葛城県(かずらきのあがた)の要請とその死
 天皇崩御
 卷第二十三
 長足日広額天皇(おきながたらしひひぬかのすめらみこと)舒明天皇
 皇嗣問題難航
 山背大兄王の抗議
 境部摩理勢(さかいべのまりせ)の最期
 天皇の即位
 遣唐使
 災異多発
 卷第二十四
 天豊財重日足姫天皇(あめとよたからいかしひたらしひめのすめらみこと)皇極天皇
 皇后即位
 百済と高句麗の政変
 異変頻発
 上宮大娘(かみつみやのいらつめ)の怒り
 蘇我入鹿、斑鳩急襲
 中大兄皇子(なかのおおえのみこ)と中臣鎌子(なかとみのかまこ)
 謡歌流行
 秦河勝と常世の神
 蘇我蝦夷、入鹿の滅亡
 卷第二十五
 天万豊日天皇(あめよろづとよひのすめらみこと)孝徳天皇
 皇位の互譲
 新政権の発足
 東国国司の派遣
 鐘匱及び男女の法
 古人大兄皇子の死
 大化の改新の詔
 鐘匱の反応
 朝集使
 厚葬と旧俗の廃止
 品部(しなじなのとものお)の廃止
 新冠位制
 蘇我倉山田麻呂(そがのくらのやまだのまろ)
 白雉の出現
 皇太子、飛鳥に移る
 卷第二十六
 天豊財重日足姫天皇(あめとよたからいかしひたらしひめのすめらみこと)斉明天皇
 斎明天皇重祚
 岡本宮造営
 阿倍比羅夫の遠征
 有馬皇子の変
 伊吉博徳の書
 安倍臣と粛慎(みしはせ)
 百済滅亡と遺臣
 西征と天皇崩御
 卷第二十七
 天命開別天皇(あめみことひらかすわけのすめらみこと)天智天皇
 救援軍渡海
 白村江の戦い
 冠位の増設
 西海防備
 近江遷都と天智天皇の即位
 藤原鎌足の死
 大友皇子(おおとものみこ)太政大臣に
 天智天皇崩御
 卷第二十八
 天渟中原瀛真人天皇(あまのぬなはらおきのまひとのすめらみことのかみのまき)天武天皇 上
 大海人皇子(おおあまのみこ)吉野入り
 挙兵決意
 東国への出発
 近江朝廷の対応
 大伴吹負の奇計
 大津京陥落
 大和の戦場
 大海人皇子の大和回復
 卷第二十九
 天渟中原瀛真人天皇(あまのぬなはらおきのまひとのすめらみことのしものまき)天武天皇 下
 天武天皇即位
 広瀬、竜田の神祭り
 論功行賞と東漢氏
 十市皇女の突然の薨去
 筑紫大地震
 吉野の会盟
 律令編纂と帝紀の記録
 銀の停止と銅銭使用の令
 服装その他の改定
 彗星の出現
 八色の姓と新冠位制
 諸国大地震と伊予温泉停止、土佐の田畑海没
 天皇の発病と崩御
 卷第三十
 高天原広野姫天皇(たかまのはらひろのひめのすめらみこと)持統天皇
 皇后称制
 大津皇子の変
 殯(もがり)の宮、国忌
 天武天皇の葬送
 草壁皇子の死
 浄御原令の施行
 持統天皇の即位
 朝服礼儀の制
 捕虜大伴部博麻(おおともべのはかま)の帰還
 食封(へひと)の加増
 藤原宮造営
 大三輪高市麻呂の諫言(かんげん)と伊勢行幸
 班田大夫(たたまいのまえつきみ)の派遣
 益須(やす)の醴(こさけ)の泉
 金光明経
 藤原宮に遷る
 天皇譲位

現存本 
現存する最古のものは平安極初期のもの(田中本巻第十ならびにその僚巻に相当する巻第一の断簡)。