基本理念
 使命指向型教育研究―美しい地球持続のための全学的努力 (MORE SENSE:Mission Oriented Research and Education giving Synergy in Endeavors toward a Sustainable Earth)

教育および研究

組織

学部

農学部 
 生物生産学科(旧農学科・旧植物防疫学科(一部))
 学科系科目
 生産技術環境系:農業生産技術学、土壌学、植物栄養学
 植物生産系:園芸学、作物学、植物育種学、国際生物資源学、遺伝子細胞工学
 動物生産系:畜産学、動物生化学(哺乳類型・昆虫系)、昆虫機能生理化学、蚕学
 農業経営経済系:農業経済学、農業経営・生産組織学、農業市場学、国際地域開発政策学
 応用生物科学科(旧農芸化学科・旧植物防疫学科(一部))
 講座
 分子生命化学講座:生物化学分野、遺伝子機能制御学分野、構造生化学分野、発酵学分野、植物工学分野、遺伝子工学分野、細胞組織生化学分野
 生物機能化学講座:生物制御化学分野、生物有機化学分野、食品化学分野、栄養生理化学分野、応用蛋白質化学分野、応用植物生化学分野
 生物制御学講座:植物病理学分野、応用昆虫学分野、応用遺伝生態学分野、相関分子生物学分野、細胞分子生物学分野
 環境資源科学科(旧林産学科と旧環境保護学科)
 分野
 環境修復分野
 植物環境分野
 環境汚染解析分野
 環境物質科学分野
 生物圏変動解析分野
 生活環境分野
 バイオマス・リサイクル分野
 テニュアトラック
 地域生態システム学科(旧林学科と旧農業工学科)
 部門
 自然環境保全学部門
 旧生態系保全学分野:生物多様性保全学、植生管理学、森林生態学、動物生態学、樹木学、造園学、野生動物保全技術論、景観生態学、植生学、野生動物保全学
 旧森林科学分野:水文学、森林計画学、山地保全学、森林生態学、森林生産システム学、森林施設工学、森林立地学、森林施業論、持続的森林管理論、砂防工学
 共生持続社会学部門:環境哲学、環境文化史、比較心理学、環境工法、環境経済学、環境教育学、環境倫理学、共生社会思想、国際協力論、国際開発論
 農業環境工学部門:土壌物理学、構造解析学、地盤工学、水利施設工学、農業機械学、農村地域計画学、農地工学、農産プロセス工学、灌漑排水工学、バイオマス利用論
 国際環境農学部門:国際生物生産資源学、水利環境保全学、環境地盤工学、流域環境修復保全学、国際比較経済開発論、人口社会学、農薬動態学
 共同獣医学科(6年制)
 分野
 基礎獣医学:獣医解剖学、獣医生理学、動物行動学、獣医薬理学
 病態獣医学:獣医病理学、獣医微生物学、獣医伝染病学
 応用獣医学:獣医毒性学、獣医衛生学、獣医公衆衛生学
 臨床獣医学:獣医内科学、獣医分子病態治療学、獣医外科学、獣医画像診断学、獣医臨床繁殖学、獣医臨床腫瘍学、比較動物医学

工学部 
2019年(平成31年)4月より、以下の学科に改組される。
 生命工学科
 分野
 生体機能工学:細胞機能工学、生命分子情報科学、生体分子構造学、細胞分子工学、植物情報工学、バイオビジネス、ナノ生命工学
 応用生物工学:生命分子工学、海洋生命工学、生体電子工学、分子生命工学、生命有機化学、生命環境工学
 生体医用システム工学科
 分野
 生体情報計測システム、生体医用フォトニクス、生体医用工学、半導体量子科学、生物物理学、光エレクトロニクス
 応用化学科
 分野
 応用化学:分子変換化学、光電子材料科学、分子設計化学、無機個体化学、電子エネルギー化学、分子触媒化学、高分子物理化学、有機・高分子素材化学、有機物性化学、バイオ高分子材料、超分子・分子集積構造材料
 化学物理工学科
 分野
 化学物理工学:化学工学、物理工学、応用物理学、化学エネルギー工学、環境バイオエンジニアリング、反応工学、分離工学、物性工学、異相界面工学、微粒子工学、プロセスシステム工学、量子機能工学、基礎電子工学、電子機能集積工学、量子過程工学、量子光工学、エネルギーシステム工学
 機械システム工学科
 分野
 流体力学、機械材料学、材料力学、弾塑性解析、機械要素解析、機械システム設計、熱流体システム設計、車両システム工学、精密計測工学、制御システム、機械電子工学、生産システム工学、機械解析幾何学、機械解析代数学、メカノフォトニクス、メカノビジネス、宇宙工学
 知能情報システム工学科
 分野
 数理情報工学:システムソフトウェア、ネットワーク、セキュリティ、パターン認識、人工知能、ロボティクス、コンピュータグラフィックス・VR、ヒューマンインターフェース、計算機アーキテクチャ、アルゴリズム
 電子情報工学:計測・制御工学、信号処理、画像工学、通信工学、電子材料・物性工学、ナノデバイス、パワーエレクトロニクス、ワイヤレス通信、電磁気学、電子回路、電子デバイス

研究科

研究組織 
 農学研究院
 生物生産科学部門
 共生持続社会学部門
 応用生命化学部門
 生物制御科学部門
 環境資源物質科学部門
 物質循環環境科学部門
 自然環境保全学部門
 農業環境工学部門
 国際環境農学部門
 動物生命科学部門 
 生物システム科学部門
 工学研究院
 生命機能科学部門
 応用化学部門
 先端機械システム部門
 先端物理工学部門
 先端電気電子部門
 先端情報科学部門
 先端健康科学部門
 数理科学部門
 言語文化科学部門

教育組織 
 工学府
博士前期課程
 生命工学専攻
 主要教育研究分野
 生体機能工学専修
 応用生物工学専修
 生命環境工学
 身体運動システム学
 人間行動システム学
 生物言語学
 環境ゲノム工学(産業技術総合研究所との連携分野)
 応用化学専攻
 主要教育研究分野
 物質応用化学専修
 有機材料化学専修
 システム化学工学専修
 化学情報コミュニケーション学
 非平衡プロセス工学(三菱ケミカルホールディングスとの連携分野)
 機械システム工学専攻
 主要教育研究分野
 システム基礎解析専修
 設計生産システム専修
 宇宙工学
 機械情報コミュニケーション学
 機械解析幾何学
 交通輸送システム工学(鉄道総合技術研究所との連携分野)
 宇宙航空工学(宇宙航空研究開発機構との連携分野)
 交通安全環境工学(交通安全環境研究所との連携分野)
 ヒューマノイド工学(産業技術総合研究所との連携分野)
 自動車予防安全工学(日本自動車研究所との連携分野)
 物理システム工学専攻
 主要教育研究分野
 量子系工学専修
 複雑系工学専修
 物理情報コミュニケーション学
 電気電子工学専攻
 主要教育研究分野
 電気電子システム工学専修
 電子メディア工学専修
 先端電子情報システム工学(日立製作所中央研究所との連携分野)
 情報通信工学(情報通信研究機構との連携分野)
 バイオメディカルエレクトロニクス(理化学研究所との連携分野)
 情報工学専攻
 主要教育研究分野
 情報工学専修
 ユビキタス&ユニバーサル情報環境専修
 注:「専修」は複数の教育研究分野で構成
 博士後期課程
 生命工学専攻
 主要教育研究分野
 生体機能工学専修
 バイオビジネス
 植物情報工学
 応用生物工学専修
 バイオソサエティ工学講座(教育研究分野:生命環境工学)
 生物言語学
 環境ゲノム工学(産業技術総合研究所との連携分野)
 応用化学専攻
 主要教育研究分野
 精密分子化学専修
 有機材料化学専修
 システム化学工学専修
 化学情報コミュニケーション学
 非平衡プロセス工学(三菱ケミカルホールディングスとの連携分野)
 機械システム工学専攻
 主要教育研究分野
 機械物理工学専修
 システム設計工学専修
 宇宙工学
 交通輸送システム工学(鉄道総合技術研究所との連携分野)
 宇宙航空工学(宇宙航空研究開発機構との連携分野)
 交通安全環境工学(交通安全環境研究所との連携分野)
 ヒューマノイド工学(産業技術総合研究所との連携分野)
 自動車予防安全工学(日本自動車研究所との連携分野)
 電子情報工学専攻
 主要教育研究分野
 物理応用工学専修
 物理情報コミュニケーション学
 電子応用工学専修
 知能・情報工学専修
 先端電子情報システム工学(日立製作所中央研究所との連携分野)
 情報通信工学(情報通信研究機構との連携分野)
 バイオメディカルエレクトロニクス(理化学研究所との連携分野)
 注:「専修」は複数の教育研究分野で構成
 産業技術専攻(専門職大学院課程 (MOT)・旧技術経営研究科技術リスクマネジメント専攻)
 生命産業技術コース
 環境・材料産業技術コース
 先端機械産業技術コース
 情報処理産業技術コース
 農学府(修士課程)
 生物生産科学専攻
 教育研究分野:生産環境科学、植物生産科学、動物生産科学
 共生持続社会学専攻
 教育研究分野:共生人間学、環境社会関係学、食糧環境経済学
 応用生命化学専攻
 教育研究分野:生体分子化学、生理生化学、分子生物学、環境老年学
 生物制御科学専攻
 教育研究分野:生物機能制御学、生物適応制御学
 環境資源物質科学専攻
 教育研究分野:環境資源材料学、資源機能制御学
 物質循環環境科学専攻
 教育研究分野:環境生物学、環境化学
 自然環境保全学専攻
 教育研究分野:生態系保全学、森林環境保全学
 農業環境工学専攻
 教育研究分野:地域環境工学、生物生産工学
 国際環境農学専攻
 教育研究分野:国際環境修復保全学、国際生物生産資源学、国際地域開発学
 生物システム応用科学府 (BASE)
 生物機能システム科学専攻(博士前期課程、博士後期課程、2015年入学生以降)
 教育研究分野:物質機能設計、物質機能応用、物質機能分析、生体医用フォトニクス、生体モデル知覚システム、環境機械システム、生体・環境応用システム、資源生物創製科学、物質エネルギーシステム、物質エネルギー設計、エネルギーシステム解析、生物情報計測システム、生態系型環境システム、生物応答制御科学、食料安全科学、環境モニタリングシステム
 食料エネルギーシステム科学専攻(一貫制博士課程、2015年入学生以降)
 共同先進健康科学専攻(博士課程のみ。早稲田大学との連携による共同専攻)
 生物システム応用科学専攻(博士前期課程、博士後期課程、2014年入学生以前)
 物質機能システム学専修
 生体機構情報システム学専修
 循環生産システム学専修
 注:「専修」は複数の教育研究分野で構成
 連合農学研究科(博士課程。茨城大学、宇都宮大学と連携して設置。基幹校は東京農工大学)
 生物生産科学専攻
 大講座:植物生産科学、動物生産科学、生物制御科学
 応用生命科学専攻
 大講座:応用生物化学、生物機能化学
 環境資源共生科学専攻
 大講座:森林資源物質科学、環境保全学
 農業環境工学専攻
 大講座:農業環境工学
 農林共生社会科学専攻
 大講座:農林共生社会科学
 連合獣医学研究科
 岐阜大学大学院連合獣医学研究科(博士課程)
 獣医学専攻
 連合講座:基礎獣医学、病態獣医学、応用獣医学、臨床獣医学

附属機関 
 先端産学連携研究推進センター
 大学教育センター
 図書館
 府中図書館
 小金井図書館
 国際センター
 保健管理センター
 総合情報メディアセンター
 学術研究支援総合センター
 東京農工大学科学博物館(旧繊維博物館)
 環境安全管理センター
 放射線研究室
 女性未来育成機構
 環境リーダー育成センター
 イノベーション推進機構
 テニュアトラック推進機構
 学部附属施設
 農学部附属広域都市圏フィールドサイエンス教育研究センター(FSセンター)
 フィールドミュージアム府中(FM府中、府中キャンパス内)
 農工夢市場
 FM本町(東京都府中市本町、水田生態系)
 FM津久井(神奈川県相模原市・旧津久井町、物質循環、地域密着型生産技術体系)
 FM多摩丘陵(東京都八王子市堀之内、気象観測、波丘地利用研究)
 FM大谷山(群馬県みどり市、物質循環)
 FM草木(群馬県みどり市)
 FM唐沢山(栃木県田沼町・佐野市、栃木県立自然公園の一部)
 FM秩父(埼玉県秩父、秩父多摩甲斐国立公園の一部)
 農学部附属動物医療センター(旧家畜病院)
 農学部附属硬蛋白質利用研究施設
 農学部附属フロンティア農学教育研究センター
 先進植物工場研究施設
 農学部附属国際家畜感染症防疫研究教育センター
 工学部附属ものづくり創造工学センター(旧機械工場)

農工夢市場 
農工夢市場は、FSセンターで生産された農産物や加工品などを一般向けに販売するアンテナショップである。