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2010年(平成22年)1月、愛知県名古屋市の河村たかし市長(当時)が「住基ネットの安全性に対する懸念を理由に、名古屋市を離脱させる意向である」との主張が報じられ、1月19日に原口一博総務大臣(当時)に対し、ネット切断を含めた対応を検討中であることを伝えたが、同年2月2日には1年間かけて安全性などを検証・議論し、離脱はしない方針を表明した。
裁判までは起こさなかったが、プライバシー侵害について、神奈川県藤沢市と東京都目黒区の個人情報保護審査会では選択制の導入などを求める答申が出された。
東京都杉並区 は、山田宏区長(当時)が個人情報保護法の成立後に横浜方式の市民選択制度を求めていたが実現しなかったため、法の下の平等に反するなどとし、2004年 (平成16年)8月24日 に国および東京都に対して訴えを起こした。
東京都国立市が接続していないことに起因する市の経費支出について、国立市民が市長に対する住民訴訟を起こしており、2011年(平成23年)2月4日、東京地裁は、住基ネットからの離脱は違法と指摘した上で、一部経費の支出差し止めと支出の一部を市に返還することを市長に命じた。
2015年(平成27年)3月30日、住基ネットに13年間で唯一未接続だった矢祭町は「セキュリティに関する不安が完全に払拭されたわけではないが、住基ネットにまつわるセキュリティ事故はほとんど起きていない。住基ネットは、マイナンバー制度施行後に町が行う法定受託事務の前提になる。接続しないという選択肢はなかった」と住基ネットへ接続。
訴訟と最高裁合憲判決 
これまで、住基ネットを巡って各地で憲法訴訟が提起されたほか、関係経費の費用返還を求める住民監査請求、個人情報を外部に提供しないよう求める提供中止請求、個人個人に割り当てられた住民票コードの削除請求などの行政訴訟などが提起されていた。これに対し、後述のとおり、2008年3月6日、最高裁判所第一小法廷は、住基ネットを管理、利用等する行為は憲法13条に違反しないとの判決を行った。
なお、石川県・愛知県の訴訟ともほぼ共通の訴えとなっており(細部では異なる部分もある)、「住民基本台帳ネットワークシステムはプライバシーの権利などを侵害し憲法違反である」などとして、石川県のケースでは同県の市民団体メンバー28人が、愛知県のケースでは住民13人が、それぞれ国や県・市などに個人情報削除や損害賠償などを求めた訴訟である。
 2006年(平成18年)12月11日、名古屋高等裁判所金沢支部は、正当な理由による公共の福祉による制限として許されると判示し、2005年(平成17年)5月30日の金沢地方裁判所の判決を取り消し、原告の請求を棄却した。
 2006年(平成18年)11月30日、前記の大阪訴訟の控訴審判決として大阪高等裁判所は、住基ネットは個人情報保護対策に欠陥があり、拒否する人への運用はプライバシー権を著しく侵害し憲法13条に違反する、として箕面市、守口市、吹田市に原告の住民票コードの削除を命じる原告勝訴判決を言い渡した。
箕面市役所の総務部情報政策課では、アイネスが提供する現行システムではデータを削除できるのは住民が死亡した場合か、日本国籍を離脱した場合だけであるところ、どちらの入力もないまま1人少ないデータで府のサーバと交信すると、市のサーバがダウンしてしまうおそれがある。
さらに、削除できたとしても、その後の運用方法は原告のデータを削除して原告だけ文書で管理するか、原告を除く全市民のシステムを作り直し改めて接続する、の2通りであり、前者では住民票や納税通知書の交付について原告の分だけ手作業で行う必要があるし、後者ではシステム再構築に1500万円から3500万円の費用が発生する、と主張している(読売新聞12月9日)。なお、藤沢市長は12月12日に、高裁判決後、原告とは別の市民2人からコード削除を求められていることを明らかにしたうえで「こうした人たちの意に沿うため選択制導入の可能性について検討したい」と述べた(読売新聞 2006年12月12日)。
 2006年(平成18年)12月28日から2007年(平成19年)3月30日までの間、「平成18年度箕面市一般会計」予備費の充当により、江澤義典関西大学教授、秋田仁志弁護士、園田寿弁護士・甲南大学法科大学院教授、黒田充自治体情報政策研究所代表による住民基本台帳ネットワークシステム検討専門員が設置され、原告の住民票コードの削除方法、原告以外の住民からの削除要求への対応が2007年(平成19年)3月31日までをめどに調査された。
2007年(平成19年)3月7日の住民基本台帳ネットワークシステム検討専門員合議で、原告の住民票の職権消除と、住基ネットの選択制が検討されていることが報道され、2007年(平成19年)3月30日開催の専門員合議において、「控訴人について、住民票を改製し住民票コードを削除する」「控訴人に係る本人確認情報に異動事由として「職権消除コード」を記録し、当該コードを含む本人確認情報を、住基ネットにより大阪府サーバに送信するとともに、住民票コード削除に係る本人確認情報を「文書」により府知事に通知する」「住基ネットでの自己情報の運用を希望しない他の住民についても、控訴人と同一の方法により、住民票コードを削除する」とする、原告以外からの削除要求についても受け入れ、全国初の選択制を導入するよう市長に答申された。
 答申を受けて藤沢純一市長は、2007年(平成19年)5月29日、箕面市役所内での記者会見において、2007年(平成19年)11月に実施される予定のRKK情報サービスの提供する新住基システムへの移行時を期に住基ネット参加の選択制を導入すると表明した。
2007年(平成19年)6月12日開催の箕面市議会総務常任委員会において日本共産党議員から、先の記者会見での選択制導入報道と5月29日実施の議会各会派への説明内容との齟齬および会見内容の真否についての質問に対し、藤沢は「否定も肯定もしない」、「議員はどういう報道になれば納得するのか」と答弁した。
 2007年(平成19年)9月6日、大阪府知事から、住民基本台帳法第31条第2項の規定により、箕面市長に対し、「住民票コードを削除すること、すなわち住民票コードの記載を住民の選択に委ねることについては、住民基本台帳法第7条第13号の規定に違反するものである」「現に区域内に住所を有する住民の住民票を、改製と称して職権で消除することは、住民基本台帳法第3条第1項及び第8条に違反するものである。さらに、府知事に対し、職権で消除した旨を住民基本台帳ネットワークシステムにより通知するとともに、本人確認情報から住民票コードを削除したものを文書により通知することは、住民基本台帳法第30条の5第1項及び第2項に違反する」「住民基本台帳事務を適正に執行するよう法第31条第2項の規定により勧告する」と3項目の勧告がされた。
 2007年(平成19年)12月20日、箕面市議会は、最高裁判所において大阪高等裁判所判決が見直される公算が大きいこと、顧問弁護士らが住民票コード削除の実施は最高裁判決まで待つよう求めていることなどから、最高裁判決まで「選択制」を進めないことを求める「住民基本台帳ネットワークシステムの適正な運営を求める決議」(自民党同友会、民主・市民クラブ、公明党の3会派の議員が提出)を賛成多数で採択した(市民派ネット・日本共産党が反対)。
 2008年(平成20年)2月14日、最高裁判所判決を待たずに、原告の住民票を磁気ディスクから、書面による住民票に「改製」し、住民票コードを削除を実施したと発表した。
2008年(平成20年)3月6日、第1小法廷は、「法令等の根拠」に基づき、正当な「行政目的の範囲内」で行われて、「具体的な危険」が生じていないとの要件を示し、個人の私生活上の自由の一つとして、何人も、個人に関する情報をみだりに第三者に開示又は公表されない自由を有するものの、当該個人がこれに同意していないとしても、憲法13条により保障された自由を侵害するものではないとし、『住民基本台帳ネットワークは憲法に違反しない』と初の合憲判断を下した。
2008年(平成20年)8月28日、埼玉県民5人が求めた個人情報削除や損害賠償をさいたま地裁の「情報漏洩に危険はなく、ネットワークのサービスも正当な行政の範囲」とした判決を東京高裁が支持、原告の控訴を棄却した。

最高裁判決 
2008年(平成20年)3月6日、最高裁判所第一小法廷(涌井紀夫裁判長)は、住基ネットを管理、利用等する行為は、日本国憲法第13条に違反しないとして、大阪訴訟の高裁判決を破棄するとともに、石川訴訟他3件の上告を棄却したが、その理由の要旨は以下のとおりである。
 憲法第13条は、国民の私生活上の自由が公権力の行使に対しても保護されるべきことを規定しているものであり、個人の私生活上の自由の一つとして、何人も、個人に関する情報をみだりに第三者に開示又は公表されない自由を有する。
 住基ネットによって管理、利用等される本人確認情報は、氏名、生年月日、性別及び住所から成る4情報に、住民票コード及び変更情報を加えたものにすぎない。このうち4情報は、人が社会生活を営む上で一定の範囲の他者には当然開示されることが予定されている個人識別情報であり、変更情報も、転入、転出等の異動事由、異動年月日及び異動前の本人確認情報にとどまるもので、これらはいずれも、個人の内面に関わるような秘匿性の高い情報とはいえない。住民票コードは、住基ネットによる本人確認情報の管理、利用等を目的として、都道府県知事が無作為に指定した数列の中から市町村長が一を選んで各人に割り当てたものであるから、上記目的に利用される限りにおいては、その秘匿性の程度は本人確認情報と異なるものではない。
 住基ネットによる本人確認情報の管理、利用等は、法令等の根拠に基づき、住民サービスの向上及び行政事務の効率化という正当な行政目的の範囲内で行われているものということができる。住基ネットのシステム上の欠陥等により外部から不当にアクセスされるなどして本人確認情報が容易に漏洩する具体的な危険はないこと、受領者による本人確認情報の目的外利用又は本人確認情報に関する秘密の漏洩等は、懲戒処分又は刑罰をもって禁止されていること、住基法は、都道府県に本人確認情報の保護に関する審議会を、指定情報処理機関に本人確認情報保護委員会を設置することとして、本人確認情報の適切な取扱いを担保するための制度的措置を講じていることなどに照らせば、住基ネットにシステム技術上又は法制度上の不備があり、そのために本人確認情報が法令等の根拠に基づかずに又は正当な行政目的の範囲を逸脱して第三者に開示又は公表される具体的な危険が生じているということもできない。
 また、行政機関個人情報保護法8条2項2号、3号によれば、行政機関の裁量により利用目的を変更して個人情報を保有することが許容されているし、行政機関は、法令に定める事務等の遂行に必要な限度で、かつ、相当の理由のあるときは、利用目的以外の目的のために保有個人情報を利用し又は提供することができるとしているが、住基法30条の34等の本人確認情報の保護規定は行政機関個人情報保護法に優先して適用されるし、システム上、住基カード内に記録された住民票コード等の本人確認情報が行政サービスを提供した行政機関のコンピュータに残る仕組みになっておらず、データマッチングは懲戒処分、刑事罰の対象となり、現行法上、本人確認情報の提供が認められている行政事務において取り扱われる個人情報を一元的に管理することができる機関又は主体は存在しないことなどにも照らせば住基ネットにより、個々の住民の多くのプライバシー情報が住民票コードを付されてデータマッチングされ、本人の予期しないときに予期しない範囲で行政機関に保有され、利用される具体的な危険が生じているとはいえない。
 したがって、行政機関が住基ネットにより住民の本人確認情報を管理、利用等する行為は、個人に関する情報をみだりに第三者に開示又は公表するものということはできず、当該個人がこれに同意していないとしても、憲法13条により保障された上記の自由を侵害するものではなく、自己のプライバシーに関わる情報の取扱いについて、自己決定する権利ないし利益が違法に侵害されたとする被上告人ら(原告ら)の主張にも理由がない。
概説

総務省設置法第3条第1項に規定する任務を達成するため、行政組織、地方自治、地方公務員制度、選挙、政治資金、情報通信、郵便、統計、消防など、国家の基本的な仕組みに関わる諸制度、国民の政治活動・経済活動・社会活動を支える基本的なシステムを所管する。
総務省は全国の地方公共団体に対して強い影響力を保持し、2020年(令和2年)10月1日現在で都道府県庁に部長級以上を44名うち副知事が9名、次長などを7名、課長などを59名出向させ、市町村に部長級以上を77名うち副市長が27名、次長などを6名、課長などを18名出向させている。
総務省の設置に関与した元内閣官房副長官の石原信雄は、総務省は巨大組織の官庁で「戦前の内務省を彷彿とさせる」などの見解に、「戦前の内務省は、ずば抜けた権限を持つマンモス官庁だったが、(中略)なかでも警察力を握っていることがスーパー官庁としての決定的な要素だった」と総務省は旧内務省のようなパワー官庁ではないと語る。
総務省の内部部局として大臣官房、人事・恩給局、行政管理局、行政評価局、自治行政局、自治財政局、自治税務局、情報通信政策局、総合通信基盤局、郵政企画管理局、統計局、政策統括官、郵政公社統括官が設置される。
2007年(平成19年)10月1日:郵政民営化により、日本郵政公社が解散して、日本郵政株式会社および日本郵政グループの4社(郵便局株式会社、郵便事業株式会社、株式会社ゆうちょ銀行、株式会社かんぽ生命保険)が設立される。
2022年(令和4年)4月1日:デジタル社会形成整備法による個人情報保護法、行政機関個人情報保護法、独立行政法人等個人情報保護法の統合により、行政管理局の所掌する個人情報保護関係事務が個人情報保護委員会に移管される。

所掌事務 
上記の総務省設置法第3条第1項に規定する任務を達成するため、同法第4条第1項は計96号の所掌事務を規定している。
総務課
 企画課
 政策評価課
 行政相談企画課
 評価監視官7名
 行政相談管理官1名
 自治行政局 - 地方行政制度、地方公務員制度、選挙制度に関する事務を所掌。
 行政課(政令第45条)
 住民制度課
 市町村課
 地域政策課
 地域自立応援課
 参事官1名
 公務員部(政令第2条第2項)
 公務員課(政令第45条第2項)
 福利課
 選挙部
 選挙課(政令第45条第3項)
 管理課
 政治資金課
 自治財政局 - 地方財政制度、地方交付税制度、地方債制度など地方公共団体の財源の保障および調整に関する事務を所掌。
国際戦略課
 技術政策課
 通信規格課
 宇宙通信政策課
 国際展開課
 国際経済課
 国際協力課
 参事官1名
 情報流通行政局 - 情報(コンテンツ)の流通・利用、日本放送協会の適正な運営、放送事業などに関する事務を所掌。
総務課(政令第76条)
 情報通信政策課
 情報流通振興課
 情報通信作品振興課
 地域通信振興課
 放送政策課
 放送技術課
 地上放送課
 衛星・地域放送課
 参事官1名
 郵政行政部(政令第2条第2項)
 企画課(第76条第2項)
 郵便課
 信書便事業課
 総合通信基盤局 - 電気通信事業、電波の利用などに関する事務を所掌。
 総務課(政令第91条)
 電気通信事業部(政令第2条第2項)
 事業政策課(政令第91条第2項)
 料金サービス課
 データ通信課
 電気通信技術システム課
 安全・信頼性対策課
 基盤整備促進課
 利用環境課
 電波部
 電波政策課(政令第91条第3項)
 基幹・衛星移動通信課
 移動通信課
 電波環境課
 統計局 - 公的統計制度に関する事務を所掌。
国の行政機関の政策評価、業務実施状況の評価および監視、独立行政法人、地方公共団体の法定受託事務の実施状況の調査、各行政機関・地方公共団体の業務に関する苦情の申出についてのあっせん、行政相談委員、地方自治および民主政治の普及徹底、国と地方公共団体および地方公共団体相互間の連絡調整など、総務省設置法第4条に列記された所掌事務のうち、第16号から第22号までに掲げる事務を所掌する。
 北海道管区行政評価局(政令第133条)
 東北管区行政評価局
 関東管区行政評価局
 中部管区行政評価局
 近畿管区行政評価局
 中国四国管区行政評価局
 九州管区行政評価局

総合通信局 
前身は地方電波管理局(1985年から地方電気通信監理局)。不法無線局の取締り(無線局の周波数逸脱運用を含む。ただし職員は特別司法警察職員ではないので、日本の警察と共同で取締る)や無線局・放送局・有線放送の許認可および検査、電波伝搬(伝播)路指定の許認可、高周波ウェルダーなどの高周波利用設備の許可、無線従事者免許証や無線局免許状の発給、インターネットサービスプロバイダーなどの電気通信事業者に係る許認可、地方公共団体の情報通信インフラ整備の支援、情報通信分野の研究開発や同分野に関わるベンチャー企業の支援、信書便事業の民間開放に伴う許認可など、総務省設置法第4条に列記された所掌事務のうち、第57号から第66号まで、第68号から第70号まで、第75号、第91号および第96号に掲げる事務を所掌する。
 北海道総合通信局(政令第138条)
 東北総合通信局
 関東総合通信局
 信越総合通信局
 北陸総合通信局
 東海総合通信局
 近畿総合通信局
 中国総合通信局
 四国総合通信局
 九州総合通信局

外局 
 公害等調整委員会(国家行政組織法第3条第2項、法律第30条)
 消防庁(国家行政組織法第3条第2項、法律第30条)

所管法人 
独立行政法人(計4法人)
 単独主管(計3法人。独立行政法人統計センターは行政執行法人であり、役職員は国家公務員の身分を有する)
 国立研究開発法人情報通信研究機構
 独立行政法人統計センター
 独立行政法人郵便貯金簡易生命保険管理・郵便局ネットワーク支援機構
 他官庁との共管(計1法人)
 国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構(内閣府、文部科学省、経済産業省と共管)

特殊法人(計7法人)
 単独主管(計6法人。日本放送協会を除き、すべて株式会社の形態で設立された特殊法人(特殊会社)である)
 日本電信電話株式会社
 東日本電信電話株式会社
 西日本電信電話株式会社
 日本放送協会
 日本郵政株式会社
 日本郵便株式会社
 他官庁との共管(計1法人)
 放送大学学園(文部科学省と共管)

特別民間法人(計4法人)
 日本消防検定協会
 危険物保安技術協会
 消防団員等公務災害補償等共済基金
 日本行政書士会連合会

地方公共団体が主体となって業務運営を行う法人(計3法人)
 地方公務員災害補償基金
 地方公共団体金融機構
 地方税共同機構

国及び地方公共団体が共同して運営する法人(計1法人)
 地方公共団体情報システム機構(デジタル庁と共管)

共済組合類型の法人(計17法人)

 地方公務員共済組合連合会
 全国市町村職員共済組合連合会
 地方職員共済組合
 東京都職員共済組合
 札幌市職員共済組合
 横浜市職員共済組合
 川崎市職員共済組合
 名古屋市職員共済組合
 京都市職員共済組合

 大阪市職員共済組合
 神戸市職員共済組合
 広島市職員共済組合
 北九州市職員共済組合
 福岡市職員共済組合
 都道府県議会議員共済会
 市議会議員共済会
 町村議会議員共済会

警察共済組合は警察庁が、公立学校共済組合は文部科学省がそれぞれ所管する。
国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省および防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。
特別職について、予算定員と行政機関職員定員令の定員に大きな差異があるのは、行政機関職員定員令の定員には、大臣、副大臣、大臣政務官、公害等調整委員会委員、地方財政審議会委員などを含まないためである。

総務省の一般職職員は非現業の国家公務員なので、労働基本権のうち争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として、国公法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる(国公法第108条の2第3項)。
総務事務次官:内藤尚志
 総務審議官(行政制度担当):堀江宏之
 総務審議官(郵政・通信担当):竹内芳明
 総務審議官(国際担当):吉田博史
 大臣官房長:竹村晃一
 行政管理局長:松本敦司
 行政評価局長:菅原希
 自治行政局長:山野謙
 自治財政局長:大沢博
 自治税務局長:池田達雄
 国際戦略局長:田原康生
 情報流通行政局長:小笠原陽一
 総合通信基盤局長:今川拓郎
 統計局長:岩佐哲也
 政策統括官(統計制度担当、恩給担当):阪本克彦
 サイバーセキュリティ統括官:山内智生
 公害等調整委員会事務局長:山内達矢
 消防庁長官:原邦彰

総務事務次官

関連紛争や諸問題

関連紛争 
 地方交付税 - 地方分権 - 三位一体の改革
 郵政民営化におけるかんぽの宿売却問題
 電波オークション - 放送利権
 情報銀行(個人情報を企業に信託するパーソナルデータ・サービス) - 第二期政府共通プラットフォームの外資系Amazon Web Services上での運用問題 - LINEの個人情報漏洩や中国・韓国などへの情報漏洩問題

不祥事 
2005年、鈴木康雄郵政行政局長(のちに総務事務次官)が、総合通信基盤局電気通信事業部長時代に許認可権限で利害関係者にあたるNTTコミュニケーションズから接待を受けタクシー券を束で受け取っていたことが明らかになり、国家公務員倫理法の倫理規定に違反したとして戒告の懲戒処分。
2019年12月20日、鈴木茂樹総務事務次官が、かんぽ生命保険不正販売問題による日本郵政に対する行政処分案の検討状況を、日本郵政副社長鈴木康雄元総務事務次官らに漏洩したとして停職の懲戒処分。
2021年2月24日、菅義偉内閣総理大臣の長男菅正剛が勤務する東北新社から13人の職員が接待を受けた問題で国家公務員倫理法の倫理規定に違反したとして、谷脇康彦・吉田眞人両総務審議官・秋本芳徳局長以下9人を減給などの懲戒処分、一部を更迭し、山田真貴子前総審も引責辞任。
同年3月5日、上記東北新社接待問題に絡み、「東北新社外資規制放送法違反問題」が、参議院予算委員会において、元総務官僚で立憲民主党議員小西洋之より指摘された。
外資規制に絡む問題では、2011年にフジテレビ抗議デモなどがあったが、同2021年3月には、フジテレビジョンと日本テレビ放送網が、2010年代を通じて外国人の株主議決権比率が外資規制に違反した状態にあったことが同東北新社の問題に続いて発覚した。これに対して、武田良太総務大臣は、過去の件だとして何らの処分をしない旨を明らかにしたが、一方の東北新社がBS4Kで免許を取り消され、他方のフジテレビと日本テレビが処分を見逃されている点で、法の下の平等、公平性、公正性、明確性などの観点から疑義が呈されている。
関連項目 

 内務省
 総務庁 - 郵政省 - 自治省(直接の前身の行政官庁)
 地方交付税
 連邦通信委員会(米国における情報通信業の規制機関)- Ofcom(英国における情報通信業の規制機関)- 視聴覚最高評議会(フランスにおける情報通信業の規制機関)
 個人番号 - 住民基本台帳ネットワークシステム - 2020年特別定額給付金
 マイナポイント事業の委託、再委託などの流れ
 環境共創イニシアチブ - 電通(代表取締役に元次官桜井俊ら)- 電通ライブ、電通国際情報サービスなど - トランスコスモスなど
 キャリア - 準キャリア
 総務省行政管理局管理官は、人事院給与局給与第二課長と共に財務官僚の指定席であり、主計官や内閣法制局参事官などと同様に官僚組織内で強い権限を有する。
内部部局 

 大臣官房(政令第2条)
 秘書課(政令第13条)
 文書課
 会計課
 地方課
 総合政策課
 政策金融課
 信用機構課
 厚生管理官
 主計局
 総務課(政令第22条)
 司計課
 法規課
 給与共済課
 調査課
 主計官(11人)
 主計監査官
 主税局
 総務課(政令第30条)
 調査課
 税制第一課
 税制第二課
 税制第三課
 参事官
 関税局
 総務課(政令第37条)
 管理課
 関税課
 監視課
 業務課
 調査課
 理財局
 総務課(政令第45条)
 国庫課
 国債企画課
 国債業務課
 財政投融資総括課
 国有財産企画課
 国有財産調整課
 国有財産業務課
 管理課
 計画官(2人)
 国際局
 総務課(政令第56条)
 調査課
 国際機構課
 地域協力課
 為替市場課
 開発政策課
 開発機関課

審議会等 
 財政制度等審議会(法律第6条第1項)
 関税・外国為替等審議会(法律第6条第1項)
 関税等不服審査会(政令第65条)

施設等機関 
 財務総合政策研究所(政令第66条)
 会計センター
 関税中央分析所
 税関研修所

地方支分部局 
財務省の地方支分部局には財務局と税関、沖縄地区税関の3種類がある(法律第12条)。
財務局
 財務支局(法律第14条)
 財務事務所(法律第15条)
 出張所
 税関
 支署(法律第17条)
 出張所
 監視署
 沖縄地区税関
 支署(法律第17条)
 出張所
 監視署

財務局 
 北海道財務局(政令第80条)
 東北財務局
 関東財務局
 北陸財務局
 東海財務局
 近畿財務局
 中国財務局
 四国財務局
 九州財務局
 福岡財務支局

税関 
 函館税関(政令第84条)
 東京税関
 横浜税関
 名古屋税関
 大阪税関
 神戸税関
 門司税関
 長崎税関

外局 
 国税庁(国家行政組織法、法律第18条)
 国税審議会(法律第21条)
 国税不服審判所(法律第22条)
 国税局(法律第23条第1項)
 沖縄国税事務所(法律第23条第2項)

所管法人 
独立行政法人(2023年4月1日現在、計3法人)
単独主管
酒類総合研究所
行政執行法人、役職員は国家公務員の身分を有する。
造幣局
国立印刷局
他省庁との共管
農林漁業信用基金(農林水産省と共管)
住宅金融支援機構(国土交通省と共管)
国際協力機構(外務省と共管)

財務省が主管していた日本万国博覧会記念機構は、2014年4月1日に解散し、公園事業については大阪府が、基金事業については公益社団法人関西・大阪21世紀協会が承継した。

特殊法人(2023年4月1日現在、計5法人。すべて株式会社の形態で設立された特殊会社)
日本たばこ産業(JT)
日本政策金融公庫
日本政策投資銀行
輸出入・港湾関連情報処理センター(NACCSセンター)
国際協力銀行

特別の法律により設立される民間法人(特別民間法人、2023年4月1日現在)
日本税理士会連合会

認可法人
単独主管
日本銀行
他省庁との共管
預金保険機構(金融庁と共管)
銀行等保有株式取得機構(金融庁と共管)
農水産業協同組合貯金保険機構(農林水産省と共管)

共済組合

 国家公務員共済組合連合会
特別の法律により設立される法人

 生命保険契約者保護機構(金融庁と共管)

財務省が主管する地方共同法人は存在しない。
前年度5兆円を計上した新型コロナウイルス感染症対策予備費は、引き続き「新型コロナウイルス感染症及び原油価格・物価高騰対策予備費」として4兆円、「ウクライナ情勢経済緊急対応予備費」として1兆円を計上することとなった。

組織別の内訳では財務本省が34兆6796億1587万8千円と全体の約97.8%を占めており、以下、財務局が568億8214万8千円、税関が981億2992万4千円、国税庁が6416億5170万6千円となっている。本省予算のうち25兆2503億4024万9千円が国債費、4兆円が新型コロナウイルス感染症及び原油価格・物価高騰対策予備費、1兆円がウクライナ情勢経済緊急対応予備費、5000億円が予備費である。

歳入予算は111兆3333億6275万円と国全体の歳入予算(114兆3812億3556万9千円)のうち約97%を所管しているが、これは財務省が内国税の徴収や国債発行、国有財産の管理など国の歳入となる主要な事務をすべて所掌しているためである。主な内訳は「租税及印紙収入」が69兆4400億円、「公債金」が35兆6230億円、雑収入の「防衛力強化特別会計受入金」が3兆7319億1724万7千円となっている。

財務省は、地震再保険特別会計、国債整理基金特別会計及び外国為替資金特別会計の3つの特別会計を所管しており、また内閣府及び総務省と交付税及び譲与税配付金特別会計を、国土交通省と財政投融資特別会計を共管している。さらに、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。
職員の競争試験による採用は主に国家公務員採用総合職試験(院卒者試験)、国家公務員採用総合職試験(大卒程度試験)、国家公務員採用一般職試験(大卒程度試験)、国家公務員採用一般職試験(高卒程度試験)、財務専門官採用試験、国税専門官採用試験及び税務職員採用試験の合格者の中から行われる。
事務次官:茶谷栄治
 財務官:神田眞人
 大臣官房長:宇波弘貴
 総括審議官:坂本基
 主計局長:新川浩嗣
 主税局長:青木孝徳
 関税局長:江島一彦
 理財局長:奥達雄
 国際局長:三村淳
 財務総合政策研究所長:渡部晶
 国税庁長官:住澤整

歴代の財務事務次官等は財務事務次官#歴代の財務事務次官を参照。
老朽化のため官公庁の耐震基準を下回っており、2007年には政府の有識者会議(後述)が、国有財産の有効活用の観点から財務省庁舎と中央合同庁舎第4号館を1棟の高層ビルに集約して合同庁舎にする案を提言していた。当初は2014年に建て替え工事に着工する予定であり、総工費は577億円を見込んでいたが、2011年当時は東日本大震災の復興費用確保のために10兆円規模の大型増税を検討している最中であり、国民感情を考慮して庁舎の建て替えは先送りとなり、耐震化工事により対応することになった。
財務省の「国有財産に関する検討・フォローアップ有識者会議」の案では、老朽化した財務省庁舎と中央合同庁舎第4号館を、1棟の高層合同庁舎に建て替えて、海上保安庁海洋情報部や総務省統計局なども集約させた合同庁舎にする計画だった。
 千代田区は「戦中・戦後を生き延びた都内の代表的な近代建築の1つ」として、財務省庁舎の維持を求めており、千代田区の「美観地区ガイドラインプラン」では、財務省庁舎を「日本の近代建築史において重要な位置を占める歴史的建築物」としている。
出身著名人

関連紛争や諸問題

関連紛争 

日本の財政問題に関する議論 - 日本の財政再建に関する議論 - 国の借金(政府の借金) - 失われた20年 - 失われた30年

政治との関係

消費税 

財務省高官による消費税に関する「ご説明」というものがあり、発信力の高い個人や、大学、NPO、地方の経済団体に対象を広げた活動を展開している。「社会保障が膨れ上がる中、消費税率がこんなに低いのは、国民を甘やかすことになる。経済が厳しくても10%に上げるべきだ」として、自民党議員に「ご説明」に回ったが、これに対して官邸サイドは、「増税容認」で固めてしまおうとする動きだとして激怒し、当時の内閣総理大臣安倍晋三が衆議院解散・第47回衆議院議員総選挙を決意した遠因になったとされる。
この増税3%分を利用すれば、大学教育の無償化や医療・介護の負担軽減などに繋げることが可能であったとの指摘がされていたなか、実際の消費増税分のうち8割は国の借金の穴埋めに回され、残りの2割弱が医療・介護・年金・子育てという社会保障関係費に広く薄く用いられただけであったとされている。

森友学園問題その他 
森友学園問題では、地方の財務局OB6名が実名を公表した上で政府関係者と本省を批判する事態となった。
民間との関係

天下り 
旧日本政策投資銀行や旧日本開発銀行の総裁職は、旧大蔵省事務次官経験者の指定席だったが、日本政策投資銀行発足後の2007年、天下り批判が高まったため、元伊藤忠商事社長の室伏稔が社長に就任した。
社会的責任を負うべき大企業による「違法ではないが不適切な」この手の会計処理の手法に対し、2020年度税制改正大綱で政府・財務省が打ち出した対策が「子会社を買った時の簿価の1割を超える配当を出した場合は、その分だけ簿価を下げる」というものであった。また、トヨタ自動車は受取配当等の益金不算入(外国子会社配当益金不算入を含む)、欠損金の繰越控除、外国税額控除、試験研究費の特別控除等を利用し、租税回避を行っている。

外国との関係

外為法 
北朝鮮に対する経済制裁(現在経済制裁を受けている国も参照) - 北朝鮮による瀬取り等制裁回避問題

不祥事など

森友学園問題 
 決裁文書改ざん問題 
2018年3月2日、朝日新聞は、財務省が作成した土地取引に関わる決裁文書が契約当時の文書と後に開示された文書とで内容が異なることを指摘し、文書が「(森友学園)問題発覚後に書き換えられた疑い」があると報じた。
前の文書や修正後の文書などがファイリングされていて、これを見たら、われわれがどういう過程でやったのかが全部わかる」と音声データに語っているが、国はファイルの確認を拒否して訴訟で争われた。

 口裏合わせの依頼 
2018年4月9日の参議院決算委員会で、財務省は森友学園側に「口裏合わせ」の依頼をしていたことを認め、理財局長の太田充は「大変恥ずかしい、大変申し訳ない、深くおわびします」と謝罪した。

 文書の隠蔽 
2018年5月23日、衆院予算委員会理事懇談会で、財務省は組織的な隠蔽を目的とした森友学園との交渉記録の破棄を認めた。公表された資料は、1,000ページ近い交渉記録と約3,000ページにも及ぶ決裁文書だが、2014年4月28日の学園側と財務局側との打ち合わせが抜けおちているのではないかという批判があがり、再調査となった。

骨太方針への1000億円隠しキャップ継続設定事件 
骨太方針2015に判りにくい表現で財務省が埋め込んだ「社会福祉予算以外の一般歳出予算の3年間の増分の上限が1000億円」は、安倍内閣から岸田内閣まで気付かないままでいた。
「安倍内閣のこれまで3年間の経済再生や改革の成果と合わせ、社会保障関係費の実質的な増加が高齢化による増加分に相当する伸び(1.5兆円程度)となっていること、経済・物価動向等を踏まえ、その基調を2018年度(平成30年度)まで継続していくことを目安とし、効率化、予防等や制度改革に取り組む。この点も含め、2020年度(平成32年度)に向けて、社会保障関係費の伸びを、高齢化による増加分と消費税率引上げとあわせ行う充実等に相当する水準におさめることを目指す。
「国の一般歳出の水準の目安については、安倍内閣のこれまでの3年間の取組では一般歳出の総額の実質的な増加が 1.6兆円程度となっていること、経済・物価動向等を踏まえ、その基調を 2018年度(平成30年度)まで継続させていくこととする。地方の歳出水準については、国の一般歳出の取組と基調を合わせつつ、交付団体をはじめ地方の安定的な財政運営に必要となる一般財源の総額について、2018年度(平成30年度)までにおいて、2015年度地方財政計画の水準を下回らないよう実質的に同水準を確保する。」
【骨太方針2022まで骨太方針2015の上記1000億円隠しキャップを継承させている仕組み】

 骨太方針2022の第36ページに「令和5年度予算において、本方針及び骨太方針2021に基づき、経済・財政一体改革 を着実に推進する。」との文言を設定。
骨太方針2019の第75ページに「令和2年度予算は、骨太方針2018及び本方針に基づき、経済・財政一体改革を着 実に推進するとともに、引き続き、新経済・財政再生計画で定める目安に沿った予算編成を行う。」との文言を設定。
政調会長25兆円了承との首相への嘘報告事件 
2022年10月26日に、自民党の政調全体会議において補正予算の規模などを討議していた最中に、財務省(午後2時39分、鈴木俊一財務相、財務省の茶谷栄治事務次官、新川浩嗣主計局長。)が岸田首相を訪問して、岸田首相に対して「経済対策の規模は一般歳出で25.1兆円。与党とも合意がとれている」との嘘の報告をするという偽計を用いて、岸田首相を騙して補正予算規模を縮小しようとした。しかし、2022年10月26日の自民党の政調全体会議の最中に、岸田首相が萩生田政調会長に対して電話をして、「(経済対策について)財務省が与党と一致したと報告しに来たけど、政調会長は知っているの?」と状況を確認した。
複数の省庁にまたがる重要な政策を総合調整し、行政各部の統一を図るための企画立案を任されるため、他の12省庁よりも上位に位置付けられた。

内閣府は、皇室、栄典及び公式制度に関する事務、男女共同参画社会の形成の促進、消費生活及び市民活動に関係する施策を中心とした国民生活の安定及び向上、沖縄の振興及び開発、北方領土問題の解決の促進、災害からの国民の保護、国の治安の確保、金融の適切な機能の確保、政府の施策の実施を支援するための基盤の整備並びに経済その他の広範な分野に関係する施策などを所管している。
ただし、地方分権改革推進室、消費者委員会事務局、国際平和協力本部事務局等は千代田区霞が関三丁目1-1の中央合同庁舎第4号館に、大臣官房番号制度担当室等は千代田区霞が関二丁目1-2の中央合同庁舎第2号館に、地方創生推進事務局等は千代田区永田町一丁目11-39の永田町合同庁舎に所在し、その他にも大手町合同庁舎第3号館や経済産業省別館、民間ビル等に分かれて所在している。
その他に、外局である消費者庁が国民生活センターを、こども家庭庁が、福祉医療機構(厚生労働省との共管。主管は厚生労働省)及び日本スポーツ振興センター(文部科学省との共管。主管は文部科学省)をそれぞれ所管している。

所管する特殊法人は、2023年4月1日現在、沖縄振興開発金融公庫及び沖縄科学技術大学院大学学園の2法人である。
組織別の内訳は、内閣本府が3700億6536万6千円、地方創生推進事務局が1046億3518万2千円、知的財産戦略推進事務局が2億1860万4千円、科学技術・イノベーション推進事務局が575億9885万2千円、健康・医療戦略推進事務局が2億5378万8千円、宇宙開発戦略推進事務局が199億6854万4千円、北方対策本部が17億146万7千円、総合海洋政策推進事務局が52億3522万4千円、国際平和協力本部が6億8254万7千円、日本学術会議が9億4868万9千円、官民人材交流センターが2億5136万8千円、沖縄総合事務局が106億401万6千円、宮内庁が115億7744万2千円、公正取引委員会が111億3198万4千円、警察庁が2901億6851万1千円、個人情報保護委員会が34億2451万1千円、カジノ管理委員会が36億2464万1千円、金融庁が231億9308万円、消費者庁が115億9281万3千円、こども家庭庁が3兆9690億8085万8千円となっている。

内閣府は、総務省及び財務省と交付税及び譲与税配付金特別会計を、文部科学省、経済産業省及び環境省とエネルギー対策特別会計を、厚生労働省と年金特別会計を共管している。また、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。
機関別内訳は内閣府本府が1,354人、地方創生推進事務局7人、知的財産戦略推進事務局2人、科学技術・イノベーション推進事務局67人、健康・医療戦略推進事務局2人、宇宙開発戦略推進事務局18人、北方対策本部12人、総合海洋政策推進事務局7人、国際平和協力本部23人、日本学術会議50人、官民人材交流センター17人、沖縄総合事務局872人、宮内庁:1,052人、公正取引委員会:929人、警察庁:8,662人、個人情報保護委員会:226人、カジノ管理委員会:169人、金融庁:1,649人、 消費者庁:405人、こども家庭庁:383人となっている。特別職について、予算定員と行政機関職員定員令の定員に大きな差異があるのは、公正取引委員会等の独立行政委員会の場合、行政機関職員定員令の定員は事務(総)局(国家公安委員会の場合は警察庁)の定員であり、委員会の委員を含まないこと、宮内庁の場合、行政機関職員定員令の定員は長官、侍従長等を含まないのに対し、予算定員にはこれらの者を含むためである。また行政機関職員定員令の国家公安委員会(警察庁職員)の定員と予算定員の警察庁の定員の差異は、地方警務官の定員は、警察法第57条第1項に基づき警察法施行令第6条により631人と定められており、これが予算定員にのみ含まれていることが主な原因である。

内閣府の一般職の職員は非現業の国家公務員なので、労働基本権のうち争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として国家公務員法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる(国家公務員法第108条の2第3項)。
概説

上記の文部科学省設置法第3条に示された任務を達成するため、文部科学省は、教育、科学技術、学術、文化、および健常者スポーツ(障害者スポーツは厚生労働省の所管)の振興に関する事項をつかさどる。

2001年(平成13年)1月6日、中央省庁再編に伴い、学術・教育・学校等に関する行政機関だった旧文部省と、科学技術行政を総合的に推進する行政機関で旧総理府の外局だった旧科学技術庁とが統合されて誕生した(歴代の文部大臣、歴代の科学技術庁長官を参照)。

科学技術庁は、長官に国務大臣が充てられる大臣庁であり、府省庁の垣根を超えた横断的な行政機関として機能し、他府省庁からの出向者も多かった。
沿革
1871年9月2日(明治4年7月18日)- 文部省設置
1950年(昭和25年)8月29日 - 文部省の外局として、文化財保護委員会設置
1956年(昭和31年)5月19日 - 科学技術庁設置
1968年(昭和43年)6月15日 - 文化財保護委員会を廃止して、文部省の外局として文化庁を設置
2001年(平成13年)1月6日 - 中央省庁再編により文部省と科学技術庁を廃止した後、これらを統合した文部科学省を設置
2012年(平成24年)9月19日 - 原子力規制委員会の設置により、原子力安全に係る事務が原子力規制委員会に移管
2015年(平成27年)2月6日 - 文部科学大臣補佐官が置かれ、初代補佐官として鈴木寛が任命
2015年(平成27年)10月1日 - 文部科学省の外局としてスポーツ庁設置
2018年(平成30年)10月1日 - 文化庁の組織改正により、長官官房及び部が廃止され、次長2名、文化財鑑査官1名が各課(9課)の事務を分担
2018年(平成30年)10月16日 - 生涯学習政策局を総合教育政策局に改組、文教施設企画部を文教施設企画・防災部に改組等の組織改正実施
2021年(令和3年)10月1日 - 初等中等教育局及び科学技術系部局再編

所掌事務
文部科学省設置法第4条は計97号に及ぶ所掌事務をつかさどると規定している。
幹部
文部科学大臣(法律第2条第2項)
文部科学副大臣(国家行政組織法第16条)(2名)
文部科学大臣政務官(国家行政組織法第17条)(2名)
文部科学大臣補佐官(国家行政組織法第17条の2) (1名、必置ではない)
文部科学事務次官(国家行政組織法第18条)
文部科学審議官(法律第5条)(2名)
文部科学大臣秘書官

内部部局

大臣官房(政令第2条第1項)
人事課(政令第16条第1項)
総務課
会計課
政策課
国際課
文教施設企画・防災部(政令第2条第2項)
施設企画課(政令第16条第2項)
施設助成課
計画課
参事官
総合教育政策局
政策課(政令第25条)
調査企画課
教育人材政策課
国際教育課
生涯学習推進課
地域学習推進課
男女共同参画共生社会学習・安全課
初等中等教育局
初等中等教育企画課(政令第33条)
財務課
教育課程課
児童生徒課
幼児教育課
特別支援教育課
修学支援・教材課
教科書課
健康教育・食育課
参事官
高等教育局
高等教育企画課
大学教育・入試課
専門教育課
医学教育課
学生支援課
国立大学法人支援課
参事官(国際担当)
私学部(政令第2条第2項)
私学行政課(政令第44条第2項)
私学助成課
参事官
科学技術・学術政策局
政策課(政令第54条)
研究開発戦略課
人材政策課
研究環境課
産業連携・地域支援課
参事官
研究振興局
振興企画課(政令第61条)
基礎·基盤研究課
大学研究基盤整備課
学術研究助成課
ライフサイエンス課
参事官 (2)
研究開発局
開発企画課(政令第70条)
地震・防災研究課
海洋地球課
環境エネルギー課
宇宙開発利用課
原子力課
参事官
国際統括官

審議会等
科学技術・学術審議会(法律第6条第1項)
国立大学法人評価委員会(国立大学法人法、法律第6条第2項)
中央教育審議会(政令第75条)
教科用図書検定調査審議会
大学設置・学校法人審議会
国立研究開発法人審議会
原子力損害賠償紛争審査会(原子力損害の賠償に関する法律)

施設等機関
国立教育政策研究所(政令第80条第1項)
科学技術・学術政策研究所(政令第80条第2項)

特別の機関
日本学士院(法律第9条第1項)
地震調査研究推進本部(地震防災対策特別措置法、法律第9条第2項)
日本ユネスコ国内委員会(ユネスコ活動に関する法律、法律第9条第2項)

地方支分部局
文部科学省は他省の「○○地方~局」に相当する、全国を分割網羅する地方支分部局を持たない。かつて、地方にある大学や地方教育委員会の施設整備に関する補助金交付事務を行う「○○地方工事事務所」が国立大学の敷地内に存在したが、国立大学の法人化に伴い廃止された。
元科学技術庁の機関であった水戸原子力事務所が唯一の地方支分部局であったが原子力規制委員会設置法(平成24年法律第47号)により平成25年3月31日に廃止された。

外局

スポーツ庁(国家行政組織法、法律第13条)
政策課(政令第85条)
健康スポーツ課
地域スポーツ課
競技スポーツ課
参事官
スポーツ審議会(政令第92条第1項)
文化庁(国家行政組織法、法律第13条)
 政策課(政令第96条)
 企画調整課(政令第97条)
 文化経済・国際課(政令第98条)
 国語課(政令第99条)
 著作権課(政令第100条)
 文化資源活用課(政令第101条)
 文化財第一課(政令第102条)
 文化財第二課(政令第103条)
 宗務課(政令第104条)
 参事官
文化審議会(法律第20条第1項)
宗教法人審議会(法律第20条第2項)
日本芸術院(法律第23条)

所管法人
文部科学省が主管する独立行政法人(2023年4月1日現在、計22法人)
国立特別支援教育総合研究所
大学入試センター
国立青少年教育振興機構
国立女性教育会館
国立科学博物館
物質・材料研究機構
防災科学技術研究所
量子科学技術研究開発機構
国立美術館
国立文化財機構
教職員支援機構
科学技術振興機構
日本学術振興会
理化学研究所
宇宙航空研究開発機構
日本スポーツ振興センター
日本芸術文化振興会
日本学生支援機構
海洋研究開発機構
国立高等専門学校機構
大学改革支援・学位授与機構
日本原子力研究開発機構
国立大学法人:全国85法人
大学共同利用機関法人(計4法人)
人間文化研究機構
自然科学研究機構
高エネルギー加速器研究機構
情報・システム研究機構
主管する特殊法人(2023年4月1日現在、計2法人)
日本私立学校振興・共済事業団
放送大学学園(総務省と共管)

特別の法律により設立される民間法人、特別の法律により設立される法人および認可法人は所管しない。
組織別の内訳では文部科学本省が5兆1498億504万6千円、文部科学本省所轄機関が44億9374万円、スポーツ庁が322億8694万2千円、文化庁が1075億5252万円となっている。本省予算のうち義務教育費国庫負担金が1兆5215億5300万円、国立大学法人運営費が1兆783億5305万4千円と大きな比重をしめる。
また、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管 の東日本大震災復興特別会計を共管する。
文部科学省職員は一般職の国家公務員なので、労働基本権のうち、争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として国公法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる(国公法第108条の2第3項)。
広報
文部科学省が編集する白書には「文部科学白書」及び「科学技術白書」があり、後者は科学技術基本法の規定により、政府が毎年国会に提出する「政府が科学技術の振興に関して講じた施策に関する報告書」(年次報告書、同法第8条)を収録している。
関連紛争や諸問題

教育全般に関わる問題
 同和教育 - 人権教育

外国との関係
 歴史教科書問題

民間との関係

天下り問題
2017年に発覚した組織的な天下りのあっせん(文部科学省天下り問題)への対策として、2019年4月から国立大学法人へ理事として出向する文科省幹部を半減させる事になった。
加計学園問題で注目された前川喜平は次官として天下りあっせんで処分されており、加計学園理事であった木曽功も元国際統括官である。

アートプラットフォーム関係者の抗議、辞任
あいちトリエンナーレ2019に対する補助金不交付問題にからんで、2019年10月1日に文化庁が取り組む「アートプラットフォーム事業」のメンバーから撤回を求める声明文が出され、副座長が辞表を提出した。
平成19年の閣議決定「強制連行を直接示すような記述も見当たらなかった」、平成28年国会答弁「性奴隷の事実はない」、最高裁判決の、朝日新聞記者による”慰安婦強制連行記事”は捏造とするのが相当である、との令和2年(2020年)判決、それぞれに反している。
「以前の教科書認定で用いられた記述と同じ記述が、今回はどういう理由か分からないけれども否定されている。これも複数箇所あるんですよね。これは、教科書認定制度を実行している文科省としては、これが発覚したらやっぱりおかしいですよね。そういうこともあり得るんですか。以前はこれはオーケーだった、全く同じ文章なのに今回は駄目だ。そりゃ歴史がすごく変わったり状況が変わったりしたら別ですよ。だって、昔の出来事のことを同じ表現でしていて、今回は駄目だ。これは、教科書認定制度としてこういうことをやるのは不正じゃないですか、欠陥じゃないですか。どうですか。」これに対して文部科学省(大臣官房総括審議官 串田 俊巳)は、「検定の一般論といたしまして、以前の検定で合格した教科書の記述とたとえ同じ表現であったといたしましても、学習指導要領の改訂あるいは学説状況の変化といったものがあった場合、記述の文脈が変わった場合などについては、いわゆる欠陥箇所として指摘するということは十分あり得ることでございます。また、教科書検定につきましては、学習指導要領あるいは教科用図書検定基準などの規則に基づきまして、教科用図書検定調査審議会の学術的、専門的な審議により執り行われているものでございまして、審議は申請者の名前を明かさずに行っていることからいたしましても、全く同じ記述について特定の教科書についてのみ欠陥を指摘するといったことは考えにくいものと認識しております。」と答弁した。さらに松沢議員は「今回のつくる会のこの記者発表を見ていても、報道を見ていても、どう見ても今回のやり方は異常ですよ。四百五件と、があっと増やしているんです。これどうして増やしたかというと、一発で不合格にしたいからと思われても仕方がないでしょう。実はこれが三百五十以下ぐらいの欠陥箇所だと反論権が与えられて、そこから交渉が始まって、また教科書、よし、ここの、この辺りを直したならばいいでしょうといって教科書として検定が合格できる可能性もあるのに、それをさせない分量までがあっと積み上げているんですよね。」「過去通っているのが今回は駄目だ、ほかの教科書でオーケーなのがこの教科書だけは駄目だ、こんな不公平な検定をやるような文科省の検定制度を我々国民は検定しなきゃいけないんですよ。おかしいでしょう。」と発言した
 2020年 - 週刊アサヒ芸能、産経新聞は下記の記事を掲載した。
2021年 - 当時文部科学副大臣だった亀岡偉民と官房長だった藤原誠が、国から補助金を受けている学校法人から繰り返し接待を受けていたと、しんぶん赤旗が報じた。文部科学大臣の萩生田光一は、しんぶん赤旗の報道翌日の会見で、補助金を受けている学校法人との会合に藤原氏が同席したことを認めた。
 2022年8月 - 全日本私立幼稚園連合会をめぐる業務上横領事件に関連し、供応接待を受けるなど国家公務員法や倫理規程違反があったとして、矢野和彦官房長ら6人を減給とする懲戒処分を発表した。
木場貞長 - 元文部次官、元行政裁判所評定官、元図書編纂審査会委員長、貴族院議員、正三位、勲一等、錦鶏間祗候
濱尾新 - 東京美術学校初代校長、元文部省専門学務局長、東京帝大第三代・第八代総長
菊池大麓 - 元文部次官、東京帝大第五代総長、学習院院長、京都帝大第三代総長、元文部大臣、理研初代所長
岡田良平 - 元文部次官、京都帝大第二代総長、元文部大臣
澤柳政太郎 - 元文部次官、東北帝大初代総長、京都帝大第五代総長、大正大学初代学長、成城学園創立者
上田萬年 - 東京帝大国語研究室初代主任教授、元文部省専門学務局長、臨時仮名遣調査委員会委員
南弘 - 元文部次官、元内閣書記官長、元台湾総督、元逓信大臣、元国語審議会会長
内藤誉三郎 - 元文部事務次官、元文部大臣 / 放送大学創設に関わった
天城勲 - 元文部事務次官 / のちの大学審議会設置に連なった
木田宏 - 元文部事務次官、元臨時教育審議会第一部会委員
遠山敦子 - 元文化庁長官、元文部科学大臣 / 女性文部官僚の草分け。
高石邦男 - 元文部事務次官
寺脇研 - 元文科省大臣官房広報調整官、コメンテーター / ゆとり教育推進者のひとり
井上啓次郎 - 元科学技術事務次官、元技術院参技官 / 原子力船むつの基本設計に関わる
伊原義徳 - 元科学技術事務次官、元通産技官官僚
生田豊朗 - 元科学技術庁原子力局長、原産会議常任理事、元通産官僚
尾身幸次 - 元科学技術庁総務課長、元財務大臣。
生活衛生課と水道課は、8年ぶりに戻ったことになった

 医薬局(旧医薬・生活衛生局、旧医薬食品局)
 総務課(政令第49条第1項)
 医薬品審査管理課
 医療機器審査管理課
 医薬安全対策課
 監視指導・麻薬対策課
 血液対策課
 医薬品・医療機器等の承認審査や安全対策、薬物乱用対策などを所管。
もとは医薬食品局という名称だったが、2015年(平成27年)10月1日に健康局の生活衛生課と水道課を食品安全部に移管して改称するとともに、食品安全部も生活衛生・食品安全部に改称した。
 2016年(平成28年)6月21日に審査管理課が医療品審査管理課に改称するとともに、「医療機器審査管理課」が新設され、そこに医療機器などの審査管理事務が旧審査管理課より移管された。2017年(平成29年)8月1日に生活衛生・食品安全企画課、食品基準審査課、食品監視安全課、生活衛生課、水道課の上に置かれていた「生活衛生・食品安全部」が廃止され、5課は医薬・生活衛生局に直属する課となった。
労働基準局
 総務課(政令第59条第1項)
 労働条件政策課
 監督課
 労働関係法課
 賃金課
 労災管理課
 労働保険徴収課
 補償課
 労災保険業務課
 安全衛生部(政令第2条第2項)
 計画課(政令第59条第2項)
 安全課
 労働衛生課
 化学物質対策課
 2014年(平成26年)7月11日に労災管理課、労働保険徴収課、補償課、労災保険業務課の上に置かれていた「労災補償部」が廃止され、4課は労働基準局に直属する課となった。
職業安定局
 総務課(政令第73条第1項)
 雇用政策課
 雇用保険課
 需給調整事業課
 外国人雇用対策課
 雇用開発企画課
 高齢者雇用対策課
 障害者雇用対策課
 地域雇用対策課
 2019年(令和元年)4月1日に雇用開発企画課、高齢者雇用対策課、障害者雇用対策課、地域雇用対策課の上に置かれていた「雇用開発部」が廃止され、4課は職業安定局に直属する課となった。

 雇用環境・均等局
 総務課
 雇用機会均等課
 有期・短期間労働課
 職業生活両立課
 在宅労働課
 勤労者生活課

 社会・援護局
 総務課(政令第100条第1項)
 保護課
 地域福祉課
 福祉基盤課
 援護企画課
 援護課
 業務課
 障害保健福祉部(政令第2条第2項)
 企画課(政令第100条第2項)
 障害福祉課
 精神・障害保健課
生活保護制度や災害救援などの社会福祉、および中国残留邦人や戦没者遺族などに対する援護を所管。

 老健局
 総務課(政令第112条)
 介護保険計画課
 高齢者支援課
 認知症施策・地域介護推進課
 老人保健課
介護保険制度など高齢者の健康・福祉に係る事務を所管。

 保険局
 総務課(政令第118条)
 保険課
 国民健康保険課
 高齢者医療課
 医療介護連携政策課
 医療課
 調査課
医療保険制度を所管。
審議会等 
 社会保障審議会(法律第6条第1項)
 厚生科学審議会
 労働政策審議会
 医道審議会
 薬事・食品衛生審議会
 がん対策推進協議会(がん対策基本法、法律第6条第2項)
 アレルギー疾患対策推進協議会(アレルギー疾患対策基本法、法律第6条第2項)
 肝炎対策推進協議会(肝炎対策基本法、法律第6条第2項)
 循環器病対策推進協議会(健康寿命の延伸等を図るための脳卒中、心臓病その他の循環器病に係る対策に関する基本法、法律第6条第2項)
 医薬品等行政評価・監視委員会(医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律、法律第6条第2項)
 中央最低賃金審議会(最低賃金法、法律第6条第2項)
 過労死防止対策推進協議会(過労死等防止対策推進法、法律第6条第2項)
 労働保険審査会(労働保険審査官及び労働保険審査会法、法律第6条第2項)
 特定石綿被害建設業務労働者等認定審査会(特定石綿被害建設業務労働者等に対する給付金等の支給に関する法律、法律第6条第2項)
 アルコール健康障害対策関係者会議(アルコール健康障害対策基本法、法律第6条第2項)
 中央社会保険医療協議会(社会保険医療協議会法、法律第6条第2項)
 社会保険審査会(社会保険審査官及び社会保険審査会法、法律第6条第2項)
 ハンセン病元患者家族補償金認定審査会(ハンセン病元患者家族に対する補償金の支給等に関する法律、法律第6条第2項)
 国立研究開発法人審議会(政令第132条)
 疾病・障害認定審査会
 援護審査会

施設等機関 
当省の施設等機関は以下の7区分がある。
検疫所(法律第16条)
 国立ハンセン病療養所
 国立医薬品食品衛生研究所(政令第135条)
 国立保健医療科学院
 国立社会保障・人口問題研究所
 国立感染症研究所
 国立障害者リハビリテーションセンター

検疫所 
厚生労働省検疫所は以下の13検疫所の下に14支所と80出張所が置かれている。
国立ハンセン病療養所

国立障害者リハビリテーションセンター 
 管理部(省令第625条)
総務課
会計課
医事管理課
 企画・情報部
企画課
情報システム課
高次脳機能障害情報・支援センター
発達障害情報・支援センター

 自立支援局
総合相談支援部
第一自立訓練部
第二自立訓練部
理療教育・就労支援部
 国立光明寮
 函館視力障害センター(省令第651条)
 塩原視力障害センター
 神戸視力障害センター
 福岡視力障害センター
 国立保養所
 伊東重度障害者センター(省令第658条)
 別府重度障害者センター
 国立知的障害児施設
 秩父学園(省令第665条)
 病院
 研究所
 学院

特別の機関 
 自殺総合対策会議(自殺対策基本法第23条)
 死因究明等推進本部(死因究明等推進基本法第20条)
 中央駐留軍関係離職者等対策協議会(駐留軍関係離職者等臨時措置法、法律附則2)

地方支分部局 
地方支分部局は地方厚生局と都道府県労働局の2区分がある。
介護施設 
各都道府県知事、市区町村の区役所管轄である(参考)
特別養護老人ホーム
介護老人保健施設
介護医療院(介護療養型医療施設)
ケアハウス

地域連携室  
各都道府県知事、市区町村の区役所や保健所等において地域の医療サービスを連携させるのが目的の部署。名称は必ずしも「地域連携室」ではなく厚生労働省の機関ではない(参考)

所管法人 
主管する独立行政法人は2023年4月1日現在、以下に示す通り、中期目標管理法人10、国立研究開発法人7の計17法人である。
国立高度専門医療研究センターの6法人
 国立がん研究センター
 国立循環器病研究センター
 国立精神・神経医療研究センター
 国立国際医療研究センター
 国立成育医療研究センター
 国立長寿医療研究センター

主管する特殊法人は2023年(令和5年)4月1日現在、日本年金機構(年金局)のみである>。
厚生労働本省 - 32兆9777億4991万7千円
 検疫所 - 242億3308万円
 国立ハンセン病療養所 - 315億582万4千円
 厚生労働本省試験研究機関 - 150億609万1千円
 国立障害者リハビリテーションセンター - 76億7250万4千円
 地方厚生局 - 173億9662万3千円
 都道府県労働局 - 935億6643万4千円
 中央労働委員会 - 14億9305万4千円
 円

主管する一般会計の歳入予算は9515億7159万4千円であり、その大部分は弁償及返納金7396億677万7千円である。
また、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。

労働保険特別会計は、労災勘定、雇用勘定及び徴収勘定に、年金特別会計は基礎年金勘定、国民年金勘定、厚生年金勘定、健康勘定、子ども・子育て支援勘定及び業務勘定に区分して経理されている。
全厚生職員労働組合(全厚生)、全日本国立医療労働組合(全医労)、全労働省労働組合(全労働)、東京職業安定行政職員労働組合(東京職安労組)、大阪労働局職業安定行政職員労働組合、沖縄非現業国家公務員労働組合労働支部、および中央労働委員会事務局労働組合(中労委労組)などが現存する。
中でも年金・保険・労働政策を所管する職員は、他省庁よりも残業時間が長く「強制労働省」や「拘牢省」などと揶揄されているが、一般職(事務職)の国家公務員に対して労働基準法や労働安全衛生法は拘束力がなく、厚労省の出先機関である労働基準監督署による立ち入り調査もない。
東京大学医科学研究所公共政策研究分野教授の武藤香織によれば、新型コロナウイルス感染症の流行において、日本国政府の情報発信が遅れた理由として、厚労省のマンパワーが常態的に不足するなか、各種の対応で職員の仕事量が許容量を超え、情報発信に手が回らなかったことが原因としている。

過酷な業務に耐えかねた若手や中堅のキャリア官僚が退職し人手不足が深刻化したことから、2022年には総合職の課長補佐級を中途採用すると発表した。
翁久次郎 - 元厚生事務次官、元内閣官房副長官(事務担当)
 横尾和子 - 元社会保険庁長官、元最高裁判所裁判官
 羽毛田信吾 - 元厚生事務次官、元宮内庁長官
 浅野史郎 - 元厚生省生活衛生局企画課長、元宮城県知事、コメンテーター
 宮本政於 - 元厚生省横浜検疫所課長、元医系技官、作家
 山川菊栄 - 初代労働省婦人少年局長(1947年 - 1951年)。評論家、作家、婦人運動家
 斎藤邦吉 - 元労働事務次官、元自由民主党幹事長
 道正邦彦 - 元労働事務次官、元内閣官房副長官(事務担当)
 高橋久子 - 元労働省婦人少年局長、元最高裁判所裁判官
 佐藤ギン子 - 元労働省婦人局長、元駐ケニア大使、元証券取引等監視委員会委員長
 松原亘子 - 元労働事務次官、元駐伊大使。
2019年、毎月勤労統計調査における統計不正問題で、国会での不正確な答弁等が問題となり、官房長から格下ポストの人材開発統括官に異動となり、事実上更迭され退官。

関連紛争や諸問題

諸問題 
 日本の少子化 - 日本における産児制限 - 新エンゼルプラン
 日本の年金問題 - 年金積立金管理運用独立行政法人に関する政策
 日本における医療崩壊問題 - 旭川医科大学における新型コロナ騒動 - 世界最多規模の病床数を有するなか新型コロナ対応の受診・病床提供拒否蔓延の問題及び就労制限など緊急事態宣言等の発動を求める日本医師会の問題
 四大公害病 - 森永ヒ素ミルク中毒事件 - 薬害サリドマイド禍 - 薬害肝炎
 日本のハンセン病問題 
 新型コロナウイルス接触確認アプリCOCOAの不具合
 遺伝子組み換え作物 - グリホサート含有除草剤ラウンドアップ問題 - モンサント(現在はバイエルに統合し消滅)
 中国残留邦人帰国者問題

不祥事等 
 薬害エイズ事件
 特別養護老人ホーム汚職事件
 公的年金流用問題:公的年金のお金が別の用途に流用されていた問題。
 障害者郵便制度悪用事件
 情報漏洩
 厚生労働省パワハラ相談員パワハラ事件
 統計不正調査問題:毎月勤労統計調査にて不適切な手法を用い、対応をしていた問題。
 障害者雇用水増し問題:当省だけでなく行政機関、立法機関、司法機関、独立行政法人、地方公共団体等で起きた、資格を満たさない者を障害者と認定していた問題。
 職員暴行事件:韓国に旅行にいった課長(当時)が金浦空港にて泥酔状態で搭乗をしようとしたが拒否され空港職員2人を暴行、一時拘束されるも釈放されたが自身のSNSにて「何故か拘束された」「韓国の警察はおかしい」と投稿、事実確認をし2019年(令和元年)3月20日付けで課長を更迭した。帰国後の取材に前課長は「お酒は飲んでいない、もみ合いの後謝罪をした」と答えた、この職員は私的な海外渡航を上司よりするなと命じられていたが無断で渡航していた。
深夜まで送別会を開いたことにより新型コロナウイルスのクラスター(集団感染)が発生した疑い:老健局の職員23人は、東京都が午後9時までの営業時間短縮を要請していた2021年(令和3年)3月24日に東京・銀座で送別会を開催した。
概説 
経済産業省設置法第3条の定める任務である「民間の経済活力の向上及び対外経済関係の円滑な発展を中心とする経済及び産業の発展並びに鉱物資源及びエネルギー資源の安定的かつ効率的な供給の確保を図ること」を達成するため、マクロ経済政策、産業政策、通商政策、貿易管理業務、産業技術政策、流通政策、エネルギー政策などを所管する。
それ以外にも、技術革新に応じた科学技術研究開発、貿易、特許、エネルギー政策、中小企業政策など幅広い権限を保持していたほか、日本銀行政策委員会に複数の委員を送り出すなど、事実上、金融政策にも関与していた。

しかし、日本の高度経済成長期が終わると、幅広い権限を保持する割りに、「現業官庁」など他省庁と比較して許認可行政・補助金行政ができないことから、否応なしに単発の政策アイディアが主なものとなった。
一方、通産省時代には「政治家を出せない役所」とも言われており、事実、戦前の商工省出身の者には岸信介や椎名悦三郎がいたものの、戦後の通産省出身の者としては林義郎が目立つくらいで、大蔵省や旧内務省系官庁など出身の者に比して見劣りがした。
経産省(通産省)出身の都道府県知事が増えた理由について、経産省は「企業誘致に経産省時代に培った企業人脈が生きている。産業振興による税収増への期待もあるのだろう」と分析しているが、対する総務省からは「経産省は規制緩和で仕事が減り、知事志向が強まっているのでは」と皮肉る声も出ている。
発足当初の通商産業省には、吉田茂 - 白洲 - 牛場信彦らの「外交派」・「通商派」ラインとして、時に「永山天皇」と呼ばれた永山時雄初代官房長らがおり、主流である「産業派」・「統制派」には岸信介 - 椎名悦三郎 - 美濃部洋次 - 山本高行ラインとして、玉置敬三や平井富三郎、佐橋滋、今井善衛などが名を連ね、その他「商務派」には豊田雅孝らがいた。
また、旧保安院の産業保安系5課(保安課、ガス安全課、液化石油ガス保安課、電力安全課、鉱山保安課)は商務情報政策局の3組織(保安課、電力安全課、鉱山・火薬類監理官付)に、産業保安監督部は本省の地方支分部局に再編された。

所掌事務 
上記の経済産業省設置法3条に示された任務を達成するため、同法4条は計60号にわたって所掌事務を規定する。
なお、他の省の外局の多くや経済産業省でも資源エネルギー庁や特許庁はそれぞれの省の設置法に規定されているが、中小企業庁は中小企業庁設置法という個別の法律に基づいている。

幹部 
 経済産業大臣(国家行政組織法第5条、法律2条2項)
 経済産業副大臣(国家行政組織法16条)(2人)
 経済産業大臣政務官(国家行政組織法17条)(2人)
 経済産業大臣補佐官(国家行政組織法第17条の2)(1人、必置ではない)
 経済産業事務次官(国家行政組織法18条)
 経済産業審議官(法律5条1項)
 経済産業大臣秘書官

内部部局 

 大臣官房(政令2条1項)
 総括審議官(政令12条1項)
 政策立案総括審議官
 サイバーセキュリティ・情報化審議官
 地域経済産業審議官
 技術総括・保安審議官
 審議官(19人)
 参事官(政令13条)(14人)
 秘書課(政令14条)
 総務課
 会計課
 業務改革課
 調査統計グループ
 福島復興推進グループ
 経済産業政策局
 総務課(政令21条)
 調査課
 産業構造課
 産業組織課
 産業創造課
 産業資金課
 企業行動課
 産業人材課
地域経済産業グループ
 地域経済産業政策課
 地域経済産業調査室
 地方調整室
 地域企業高度化推進課
 地域未来投資促進室
 地域産業基盤整備課
 統括地域活性化企画官
 地域活性化企画官
 中心市街地活性化室
 通商政策局
 総務課(政令35条1項)
 国際経済課
 経済連携課
 米州課
 欧州課
 中東アフリカ課
 アジア大洋州課
 北東アジア課
 通商機構部(政令2条2項)
 参事官(政令35条2項)(3人)
 貿易経済協力局
 総務課(政令45条1項)
 通商金融課
 貿易振興課
 技術・人材協力課
 投資促進課
 貿易管理部(政令2条2項)
 貿易管理課(政令45条2項)
 貿易審査課
 安全保障貿易管理政策課
 安全保障貿易管理課
 安全保障貿易審査課
 産業技術環境局
 総務課(政令55条)
 技術振興・大学連携推進課
 研究開発課
 基準認証政策課
 国際標準課
 国際電気標準課
 環境政策課
 資源循環経済課
 製造産業局
 総務課(政令66条)
 金属課
 化学物質管理課
 素材産業課
 生活製品課
 産業機械課
 自動車課
 航空機武器宇宙産業課
 商務情報政策局
 総務課(政令80条)
 情報経済課
 サイバーセキュリティ課
 情報技術利用促進課
 情報産業課
 コンテンツ産業課
商務・サービスグループ
参事官(3人)
消費・流通政策課
商取引監督課
サービス政策課
クールジャパン政策課
ヘルスケア産業課
生物化学産業課
 産業保安グループ
保安課
 電力安全課
 鉱山・火薬類監理官
 製品安全課

審議会等 
 産業構造審議会(法律6条1項)
 消費経済審議会 
 日本工業標準調査会(工業標準化法、法律6条2項)
 計量行政審議会(計量法、法律6条2項)
 中央鉱山保安協議会(鉱山保安法、法律6条2項)
 輸出入取引審議会(政令98条)
 国立研究開発法人審議会
 化学物質審議会
 電力・ガス取引監視等委員会(電気事業法66条の2)

施設等機関 
 経済産業研修所(政令101条)

地方支分部局 
経済産業省の地方支分部局には以下の3区分がある。
北海道産業保安監督部(政令103条の3)
 関東東北産業保安監督部
  東北支部(規則254条の9)
 中部近畿産業保安監督部
 近畿支部
 中国四国産業保安監督部
  四国支部
 九州産業保安監督部
 那覇産業保安監督事務所(法律9条2項)(位置:那覇市)

外局 

 資源エネルギー庁(国家行政組織法3条2項、法律14条1項)
 長官官房(105条)
 省エネルギー・新エネルギー部
 資源・燃料部
 電力・ガス事業部
 総合資源エネルギー調査会(法律18条1項)
 調達価格等算定委員会(電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法)
 特許庁
 総務部(政令135条)
 審査業務部
 審査第ー部
 審査第二部
 審査第三部
 審査第四部
 審判部
 工業所有権審議会(政令144条1項)
 中小企業庁(国家行政組織法3条2項、中小企業庁設置法、法律14条2項)
 長官官房(政令147条)
 事業環境部
 経営支援部
 中小企業政策審議会(中小企業基本法、中小企業庁設置法)

所管法人 

2023年4月1日現在、経済産業省が所管する独立行政法人は下記のとおりである。
経済産業省単独(2023年4月1日現在、計9法人)
経済産業研究所
工業所有権情報・研修館
産業技術総合研究所
製品評価技術基盤機構
新エネルギー・産業技術総合開発機構
日本貿易振興機構
情報処理推進機構
エネルギー・金属鉱物資源機構
中小企業基盤整備機構
他省庁と共管する独立行政法人
水資源機構(厚生労働省・農林水産省・国土交通省と共管)

経済産業省が所管する特殊法人は、2023年4月1日現在、次の3法人である。
日本アルコール産業
日本貿易保険
商工組合中央金庫

経済産業省が所管する特別の法律により設立される民間法人は、2023年4月1日現在、次の9法人である。
日本商工会議所
全国商工会連合会
日本弁理士会
全国中小企業団体中央会
東京中小企業投資育成
名古屋中小企業投資育成
大阪中小企業投資育成
高圧ガス保安協会
日本電気計器検定所

特別の法律により設立される法人。
統計 
経済産業省の所管する統計調査のうち、経済産業省生産動態統計、ガス事業生産動態統計、石油製品需給動態統計、商業動態統計調査、経済産業省特定業種石油等消費統計、経済産業省企業活動基本統計及び鉱工業指数の7統計が総務大臣により基幹統計に指定されている。
全産業
 加工統計調査
全産業活動指数
全産業供給指数
 企業活動
 基幹統計調査
経済産業省企業活動基本調査
経済センサス活動調査
 一般統計調査
外資系企業動向調査
海外事業活動基本調査
海外現地法人四半期調査
経済産業省企業金融調査(旧経済産業省設備投資調査)
工場立地動向調査
情報処理実態調査
 加工統計
産業向け財・サービスの内外価格調査
 中小企業
 一般統計調査
中小企業実態基本調査
 加工統計
規模別製造工業生産指数(中小企業製造工業生産指数)
規模別輸出額・輸入額
規模別国内企業物価指数 (規模別国内CGPI)
倒産の状況
信用保証協会の業務状況
中小企業の企業数・事業所数
 鉱工業
 基幹統計調査
工業統計調査
経済産業省生産動態統計調査
 一般統計調査
製造工業生産予測調査
鉄鋼需給動態統計調査
鉄鋼生産内訳月報
機能性化学品動向調査
砕石等動態統計調査
生コンクリート流通統計調査
建設機械動向調査
金属加工統計調査
繊維流通統計調査
本邦鉱業のすう勢調査
 加工調査
鉱工業指数
鉱工業出荷内訳表
鉱工業総供給表
 資源・エネルギー
 基幹統計調査
経済産業省特定業種石油等消費統計
石油製品需給動態統計調査
埋蔵鉱量統計調査
ガス事業生産動態統計調査
 一般統計調査
エネルギー消費統計
石油輸入調査
石油設備調査
灯油及びプロパンガス消費実態調査
非鉄金属等需給動態統計調査
貴金属流通統計調査
非鉄金属海外鉱等受入調査
 加工統計
総合エネルギー統計
 業務統計
電力調査統計
石油備蓄の現況
LPガス備蓄の現況
 商業
 基幹統計調査
商業統計
商業動態統計調査
 サービス業
 一般統計調査
特定サービス産業動態統計調査
加工統計調査
第3次産業活動指数
 情報通信業
 一般統計調査
情報通信業基本調査
 環境・産業保安
 一般統計調査
公害防止設備投資調査
水質汚濁物質排出量総合調査
容器包装利用・製造等実態調査
 業務統計
電気保安統計
鉱山保安統計月報
 工業所有権
 一般統計調査
知的財産活動調査
 業務統計
特許行政年次報告書(統計・資料編)
 産業連関表
 一般統計調査
鉱工業投入調査
商品流通調査
資本財販売先調査
 加工統計
延長産業連関表
簡易延長産業連関表
地域間産業連関表
国際産業連関表

広報 
経済産業省が毎年、執筆・編集する白書には「通商白書」、「製造基盤白書」(ものづくり白書)、「中小企業白書」および「エネルギー白書」がある。
具体的には、製造基盤白書は「政府がものづくり基盤技術の振興に関して講じた施策に関する報告書」(ものづくり基盤技術振興基本法8条)が、中小企業白書は「中小企業の動向及び政府が中小企業に関して講じた施策に関する報告」(中小企業基本法第11条1項)及び「中小企業の動向を考慮して講じようとする施策を明らかにした文書」(2項)、エネルギー白書は「エネルギーの需給に関して講じた施策の概況に関する報告」(エネルギー政策基本法11条)がそれぞれ収録される。
「不公正貿易報告書―WTO協定及び経済連携協定・投資協定から見た主要国の貿易政策」は、経済産業大臣の諮問機関である産業構造審議会に設置された通商・貿易分科会不公正貿易政策・措置小委員会によって取りまとめられた年次報告書であり、1992年以来、毎年公表されており2022年で31度目の公表となっている。WTO協定をはじめとする国際的に合意されたルールを基準として、主要国の貿易政策・措置の問題点を指摘し、撤廃や改善を促することを目的とする

定期刊行の広報誌としては、隔月刊で『METI Journal : 経済産業ジャーナル』が電子媒体により発行されている。
継続前誌は月刊の『経済産業ジャーナル』で、経済産業調査会が発行所(大臣官房広報室が編集協力)であったが、2008年8月号をもって休刊し、2008年11月・12月号から現在のタイトル、刊行頻度及び発行主体に改められた。
経済産業省総合庁舎 

 本省庁舎は千代田区霞が関1丁目3番1号の「経済産業省総合庁舎本館」と「経済産業省総合庁舎別館」で、地下に連絡通路がある。本館の南側には日本郵政株式会社旧本社が、北東側には東京メトロ千代田線の霞ケ関駅が隣接し、桜田通りを挟んで西側に財務省庁舎がある。
 大臣等幹部や大半の内部部局の執務スペースは本館に置かれ、別館には産業技術環境局と3つの外局と所管独法の経済産業研究所と産業技術総合研究所が入居している。
元通産省技官官僚
棚橋祐治 - 石油資源開発会長 / 畠山襄らと日米構造協議に関わった
堺屋太一 - 作家、経済企画庁長官(民間人閣僚)
内藤正久 - 伊藤忠商事副会長 / 「通産省4人組事件」と巷間言われた派閥争いで次官昇格前に退官
坂本春生 - 愛知万博事務総長、副会長 / 女性通産官僚の草分け(1962年組には文部省の遠山敦子がいる)。
黒田直樹 - 国際石油開発帝石会長 / 日米自動車交渉の最前線で関わった
一柳良雄 - コメンテーター、経営コンサルタント
八幡和郎 - 評論家、歴史作家、徳島文理大学教授
太田房江 - 参議院議員、タレント、大阪府知事(2000-2008年) / 女性初の知事
守谷治 - 日本アルコール販売取締役、日本合成アルコール・日伯エタノール社長 / 守谷慧の父
古賀茂明 - コメンテーター、元国家公務員制度改革推進本部事務局審議官
川本明 - 評論家、投資ファンド経営者
今井尚哉 - 安倍晋三内閣総理大臣首席秘書官・内閣総理大臣補佐官 / 上記今井善衛及び今井敬の甥
村上世彰 - 村上ファンド代表
岸博幸 - コメンテーター、タレント、内閣官房参与、慶應義塾大学大学院教授
中野剛志 - 評論家・経済評論家、京都大学大学院工学研究科准教授
朝比奈一郎 - 青山社中株式会社代表
石坂弘紀 - LDH社長
星島郁洋 - 高松ファイブアローズ社長兼GM

幹部職員 
一般職の幹部は以下のとおりである。
国際原子力開発 - 東芝のウェスティングハウス買収に伴う巨額負債

福島第一原発事故における問題 

原子力発電を推進する資源エネルギー庁と、規制する原子力安全・保安院とが同じ経済産業省内にあったことが、2011年3月11日に起きた福島第一原子力発電所事故の原因の一つと考えられた。
委託事業に関わる問題 
 電通による丸投げ問題
日本における2019年コロナウイルス感染症による社会・経済的影響により、2020年持続化給付金事業を緊急支援的に実施するにあたり、経済産業省にはいくつかの選択肢があった。いずれも予算手当てをつけて行う直轄事業、独立行政法人による実施事業、地方自治体による実施事業、委託事業、そして補助金事業の5つである。
さらに、コロナ禍により今後も過去最大級の景気対策が求められるため、委託事業の形によるとはいえ新規事業の創出をアピールしやすい状況があったという。バブル崩壊後、「官から民へ」の旗印の下、中央省庁再編等一連の行政改革で、国家公務員数はこの20年で6割減の30万人に、また民主党政権の下、事業仕分けにより独立行政法人による受注が削られ多くの業務で民間委託が進んだ。
のみならず、経産省にとって切れない存在にまでなった足下を見る形で、環境共創イニシアチブはじめ諸トンネル法人を通し、2015年度からの6年間で再委託事業数72件、事務委託費計1585億円の89%に相当する再委託額1415億円もの多額の公金ないし税金が、実態の裏付けの乏しい事業で、あるいは実体の無い事業で電通とそのグループ会社に流れた。

当時の中小企業庁長官であった前田泰宏と、委託先のサービスデザイン推進協議会業務執行理事平川健司(前電通社員)との親密な関係が疑念を持たれて週刊文春で報じられたように、再委託ないし丸投げに関する制約がなく、経産省側に大きな裁量があったことと、経産省のルールが他省庁に比べて企業・団体側に有利になっていることが明らかとなった。
) 
 同2019年新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行に伴う中小企業庁による家賃支援給付金事業の受託をめぐる独占禁止法違反・下請法違反問題
 電通#家賃支援給付金事業の受託をめぐる問題を参照。

その他 
 通産省4人組事件
 特許庁#関連紛争や諸問題
 資源エネルギー庁#諸問題

不祥事など 
 経済産業省審議官インサイダー取引事件
 2018年4月11日、経産省情報システム厚生課係長が、偽造の健康保険証を示して携帯電話を購入し現金をだまし取ったとして、詐欺容疑で警視庁捜査2課に逮捕された。2016年9月下旬から同年12月中旬ごろにかけて、品川区内にある携帯電話販売店で、身分確認の際に偽造の健康保険証を提示し、携帯電話6台を詐取。
2021年6月25日、2019年新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の流行の影響で売り上げが減少した個人事業主らを対象とする、国の家賃支援給付金、約550万円を詐取したとして、経産省経済産業政策局産業資金課係長と同局産業組織課員の2人が詐欺容疑で警視庁捜査2課に逮捕された。
2017年(平成29年)7月14日 - 総合環境政策局の廃止及び環境保健部の大臣官房への移管、大臣官房廃棄物・リサイクル対策部の廃止、環境再生・資源循環局の新設などを柱とした組織改編を行う。

組織 

環境省の内部組織は一般的に、法律の環境省設置法、政令の環境省組織令及び省令の環境省組織規則が階層的に規定している。
幹部 
 環境大臣(法律第5条)
 環境副大臣(国家行政組織法第16条)(2人)
 環境大臣政務官(国家行政組織法第17条)(2人)
 環境大臣補佐官(国家行政組織法第17条の2)(1人以内、必置ではない)
 環境事務次官(国家行政組織法第18条)
 地球環境審議官(法律第6条)
 環境大臣秘書官

内部部局 

 大臣官房(政令第2条第1項)
 秘書課(政令第12条第1項)
 総務課
 会計課
 政策立案総括審議官
 サイバーセキュリティ・情報化審議官
 審議官(6)
 参事官(3)
 環境保健部
 環境保健企画管理課
 環境安全課
 参事官
 地球環境局
 総務課(政令第26条)
 地球温暖化対策課
 国際連携課
 参事官
 水・大気環境局
 総務課(政令第30条)
 海洋環境課
 環境管理課
 モビリティ環境対策課
 自然環境局
 総務課(政令第36条)
 自然環境計画課
 国立公園課
 自然環境整備課
 野生生物課
環境再生・資源循環局
次長
審議官(2)
総務課
リサイクル推進室
循環型社会推進室
廃棄物適正処理推進課
浄化槽推進室
放射線物質汚染廃棄物対策室
廃棄物規制課
参事官(4)
 総合環境政策統括官
 総合政策課
 環境計画課
 環境経済課
 環境影響評価課

審議会等 
 中央環境審議会(地球環境法、法律第7条)
 公害健康被害補償不服審査会(公害健康被害の補償等に関する法律)
 有明海・八代海総合調査評価委員会(有明海及び八代海等を再生するための特別措置に関する法律)
 国立研究開発法人審議会
 臨時水俣病認定審査会(政令第41条)

施設等機関 
 環境調査研修所(政令第42条)

特別の機関 
 公害対策会議(環境基本法、法律第11条)

地方支分部局 
地方支分部局として地方環境事務所をおく(法律第12条)。
 北海道地方環境事務所(政令第43条)
 東北地方環境事務所
 福島地方環境事務所
 関東地方環境事務所
 中部地方環境事務所
 近畿地方環境事務所
 中国四国地方環境事務所
 九州地方環境事務所

外局 
 原子力規制委員会(国家行政組織法、原子力規制委員会設置法)
 原子炉安全専門審査会(第13条第1項)
 核燃料安全専門審査会
 放射線審議会(放射線障害防止の技術的基準に関する法律、同条第2項)
 国立研究開発法人審議会
 原子力規制庁(第27条第1項)(原子力規制委員会の事務局)
 原子力安全人材育成センター(原子力規制委員会の施設等機関)

所管法人 
環境省が主管する独立行政法人は2023年4月1日現在、国立環境研究所、環境再生保全機構の2法人である。
組織別の内訳は本省が2704億8671万5千円、地方環境事務所が75億910万4千円、原子力規制委員会が477億5833万8千円となっている。共通費を除く主な科目は「石油石炭税財源エネルギー需給構造高度化対策費エネルギー対策特別会計へ繰入」(本省)が1290億500万円、「廃棄物処理施設整備費」(本省)が376億437万4千円、「電源開発促進税財源原子力安全規制対策費エネルギー対策特別会計へ繰入」(原子力規制委員会)が335億3500万円などとなっている。
また、国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。
広報 
環境省の編集する白書には「環境白書」、「循環型社会白書」、「生物多様性白書」の3つがあり、それぞれ、環境基本法、循環型社会形成推進基本法および生物多様性基本法の規定により、毎年、政府が国会に提出することが定められた報告書と今後の施策文書を収録している。その内「環境白書」には環境基本法第12条に定められた「環境の状況及び政府が環境の保全に関して講じた施策に関する報告」と「環境の状況を考慮して講じようとする施策を明らかにした文書」が収録される。
事務次官:和田篤也
 地球環境審議官:松澤裕
 大臣官房長:上田康治
 大臣官房政策立案総括審議官:大森恵子
 大臣官房環境保健部長:神ノ田昌博
 総合環境政策統括官:鑓水洋
 地球環境局長:秦康之
 水・大気環境局長:土居健太郎
 自然環境局長:白石隆夫
 環境再生・資源循環局長:前仏和秀
 同次長:角倉一郎

不祥事 
 障害者雇用水増し
2018年8月28日、菅義偉内閣官房長官は、中央省庁の障害者雇用の水増し数を発表、全省庁水増し3,460人中、環境省は48人不足していた。 
 懇親会でクラスター発生
2022年4月5日、当省は「リバウンド警戒期間中」だった3月28日に環境経済課の職員12人が東京都内の飲食店で開催した懇親会で、うち20~30代の9人が新型コロナウイルス感染症に感染し、クラスターが発生したと発表した。
任務は「法務省は、基本法制の維持および整備、法秩序の維持、国民の権利擁護、国の利害に関係のある争訟の統一的かつ適正な処理ならびに出入国の公正な管理を図ること」である(法務省設置法第3条)。司法制度、民事行政(国籍、戸籍、登記、供託)、刑事、民事制度の企画、立案、検察、矯正、更生保護、行政訴訟、人権擁護、出入国管理、破壊的団体の規制、司法書士および土地家屋調査士に関することなどを管轄する。
人権への配慮 
1954年(昭和29年)に初めて国会に提出された人権委員会設置法案は、日本が人種差別撤廃条約に加入したのちの、2002年、2005年には人権擁護法案、2012年には人権委員会設置法案として新たに提出されたが、衆院解散などの理由により未だ成立していない。

ただし、少年犯罪に対する加害者への人権には配慮しており、1997年の神戸連続児童殺傷事件の際、実名報道をした『FOCUS』などの複数の雑誌に対し法務省が削除要請を行った。
1940年前後には、「司法権の独立」は、軍部の「統帥権の独立」と並ぶ政治的イデオロギーとなり、陸軍三長官会議をモデルに、司法大臣、大審院院長、検事総長による三長官会議の設置まで提唱されるようになる。

1947年(昭和22年)4月の裁判所法及び検察庁法の成立、また三権分立体制を謳った日本国憲法の施行、また12月の法務庁設置法の成立に伴い、司法官僚は、司法省、検察庁、最高裁判所事務総局など、大きく分けて3つに分散し、裁判所関係の司法行政事務は最高裁判所事務総局の所管に移されることになった。

翌1948年(昭和23年)2月15日、司法省は廃止され、内閣法制局を統合して、法律問題に関する政府の最高顧問とされる法務総裁を長とする法務庁が設置された。
1995年に日本が人種差別撤廃条約に加入したのち、2002年、2005年には人権擁護法案、2012年には人権委員会設置法案として新たに提出された。

2001年(平成13年)1月6日の中央省庁再編により、法務省設置法(昭和22年法律第193号)に基づく法務省が廃止され、法務省設置法(平成11年7月16日法律第93号)及び法務省組織令(平成12年6月7日政令第248号)に基づく法務省が設置され、各種の部局や審議会、施設機関が再設置された。
同法案の趣旨は、同委員会は、(1) 政府からの独立性を有する立場で、公権力による人権侵害行為を始めとする人権侵害行為についてより実効的な救済を図る、(2) 新たに調停・仲裁の制度を取り入れて救済を推進する、(3) 国内の人権状況等を踏まえ、内閣総理大臣、関係行政機関の長又は国会に対し意見を提出することができるというものであったが、同月16日の衆議院の解散により廃案となり、国内人権機関は未だ設置されていない。
法務事務次官(国家行政組織法18条)
 法務大臣秘書官

内部部局 

 民事局
 参事官(4人)
 総務課(政令22条)
 民事一課
 民事二課
 商事課
 民事法制管理官
 刑事局
 参事官(3人)
 総務課
 刑事課
 公安課
 刑事法制管理官
 国際刑事管理官
 矯正局
 参事官
 総務課
 成人矯正課
 少年矯正課
 更生支援管理官
 矯正医療管理官
 保護局
 参事官
 総務課
 更生保護振興課
 観察課
 人権擁護局
 参事官
 総務課
 調査救済課
 人権啓発課
 訟務局
 参事官
 訟務企画課
 民事訟務課
 行政訟務課
 租税訟務課
 訟務支援管理官

審議会等 
 司法試験委員会(司法試験法、法律5条)
 検察官適格審査会(検察庁法、法律5条)
 中央更生保護審査会(更生保護法、法律5条)
 日本司法支援センター評価委員会(総合法律支援法、法律5条)
 法制審議会(政令55条)
 検察官・公証人特別任用等審査会

施設等機関 
法務省の施設等機関には以下の8区分がある。
検察庁には最高検察庁、高等検察庁、地方検察庁及び区検察庁の4区分に分かれ、それぞれ最高裁判所、高等裁判所、地方裁判所(と家庭裁判所)及び簡易裁判所に対応して置かれている(検察庁法2条1項)。
 最高検察庁(検察庁法1条2項)
 高等検察庁(8)
 支部(検察庁法2条4項)(6)
 地方検察庁(50)
 支部(検察庁法2条4項)(203)
 区検察庁(438)

高等検察庁 
 東京高等検察庁
 大阪高等検察庁
 名古屋高等検察庁
 広島高等検察庁
 福岡高等検察庁
 仙台高等検察庁
 札幌高等検察庁
 高松高等検察庁

地方検察庁 

 東京地方検察庁
 横浜地方検察庁
 さいたま地方検察庁
 千葉地方検察庁
 水戸地方検察庁
 宇都宮地方検察庁
 前橋地方検察庁
 静岡地方検察庁
 甲府地方検察庁
 長野地方検察庁
 新潟地方検察庁
 大阪地方検察庁
 京都地方検察庁
 神戸地方検察庁
 奈良地方検察庁
 大津地方検察庁
 和歌山地方検察庁
 名古屋地方検察庁
 津地方検察庁
 岐阜地方検察庁
 福井地方検察庁
 金沢地方検察庁
 富山地方検察庁
 広島地方検察庁
 山口地方検察庁
 岡山地方検察庁
 鳥取地方検察庁
 松江地方検察庁
 福岡地方検察庁
 佐賀地方検察庁
 長崎地方検察庁
 大分地方検察庁
 熊本地方検察庁
 鹿児島地方検察庁
 宮崎地方検察庁
 那覇地方検察庁
 仙台地方検察庁
 福島地方検察庁
 山形地方検察庁
 盛岡地方検察庁
 秋田地方検察庁
 青森地方検察庁
 札幌地方検察庁
 函館地方検察庁
 旭川地方検察庁
 釧路地方検察庁
 高松地方検察庁
 徳島地方検察庁
 高知地方検察庁
 松山地方検察庁

地方支分部局 
法務省の地方支分部局には以下の5区分がある。

 矯正管区(法律15条)(8)
 一部(政令62条1項)
 二部
 三部
 地方更生保護委員会(8)
 事務局(更生保護法20条1項)
 法務局(8)
 訟務部(政令65条1項)
 民事行政部
 人権擁護部
 支局(法律19条)
 出張所(法律20条)
 地方法務局(42)
 支局
 出張所
 保護観察所(50)
 支部(法律25条)

地方法務局 

 函館地方法務局(政令66条)
 旭川地方法務局
 釧路地方法務局
 青森地方法務局
 盛岡地方法務局
 秋田地方法務局
 山形地方法務局
 福島地方法務局
 水戸地方法務局
 宇都宮地方法務局
 前橋地方法務局
 さいたま地方法務局
 千葉地方法務局
 横浜地方法務局
 新潟地方法務局
 甲府地方法務局
 長野地方法務局
 静岡地方法務局
 富山地方法務局
 金沢地方法務局
 福井地方法務局
 岐阜地方法務局
 津地方法務局
 大津地方法務局
 京都地方法務局
 神戸地方法務局
 奈良地方法務局
 和歌山地方法務局
 鳥取地方法務局
 松江地方法務局
 岡山地方法務局
 山口地方法務局
 徳島地方法務局
 松山地方法務局
 高知地方法務局
 佐賀地方法務局
 長崎地方法務局
 熊本地方法務局
 大分地方法務局
 宮崎地方法務局
 鹿児島地方法務局
 那覇地方法務局

保護観察所 

 札幌保護観察所(政令68条)
 函館保護観察所
 旭川保護観察所
 釧路保護観察所
 青森保護観察所
 盛岡保護観察所
 仙台保護観察所
 秋田保護観察所
 山形保護観察所
 福島保護観察所
 水戸保護観察所
 宇都宮保護観察所
 前橋保護観察所
 さいたま保護観察所
 千葉保護観察所
 東京保護観察所
 横浜保護観察所
 新潟保護観察所
 甲府保護観察所
 長野保護観察所
 静岡保護観察所
 富山保護観察所
 金沢保護観察所
 福井保護観察所
 岐阜保護観察所
 名古屋保護観察所
 津保護観察所
 大津保護観察所
 京都保護観察所
 大阪保護観察所
 神戸保護観察所
 奈良保護観察所
 和歌山保護観察所
 鳥取保護観察所
 松江保護観察所
 岡山保護観察所
 広島保護観察所
 山口保護観察所
 徳島保護観察所
 高松保護観察所
 松山保護観察所
 高知保護観察所
 福岡保護観察所
 佐賀保護観察所
 長崎保護観察所
 熊本保護観察所
 大分保護観察所
 宮崎保護観察所
 鹿児島保護観察所
 那覇保護観察所

外局 

 出入国在留管理庁(旧、入国管理局)
 総務課
 政策課
 出入国管理部
 在留管理支援部
 入国者収容所(2)
 地方出入国在留管理局(8) - 支局、出張所

公安調査庁(国家行政組織法、公安調査庁設置法、法律26条)
 総務部(政令88条)
 調査第一部
 調査第二部
 公安調査庁研修所(政令94条)
 公安調査局(政令95条)(8)

公安審査委員会(国家行政組織法、公安審査委員会設置法、法律26条)
 事務局(公安審査委員会設置法14条)

その他会議 
 法曹有資格者の活動領域の拡大に関する有識者懇談会
 企業における法曹有資格者の活動領域の拡大に関する分科会
 国、自治体、福祉等の分野における法曹有資格者の活動領域の拡大に関する分科会
 法曹有資格者の海外展開に関する分科会
 法曹養成制度改革連絡協議会
 外国弁護士制度研究会
 成年年齢引下げを見据えた環境整備に関する関係府省庁連絡会議
 若年者に対する刑事法制の在り方に関する勉強会
 法教育推進協議会
 「国民の声」を聴く会議
 出入国管理政策懇談会

所管法人 
法務省が主管する独立行政法人は2023年4月1日現在、存在しないが、総合法律支援法にもとづいて設置され、独立行政法人通則法を準用する日本司法支援センターを主管している。
機関別の内訳は法務本省が1701億628万8千円、法務総合研究所が21億6623万8千円、検察庁が1135億233万8千円、矯正官署が2351億217万3千円、更生保護官署が272億567万3千円、法務局が1057億9057万4千円、出入国在留管理庁が546億3003万円、公安審査委員会が6270万4千円、公安調査庁が164億3812万5千円となっている。
現在は国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省及び防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管するのみである。
特別職8人は、すべて法務本省であり、一般職の機関別内訳は法務本省が829人、法務総合研究所が84人、検察庁が11,865人、矯正官署が23,595人、更生保護官署が1,829人、法務局が8,926人、出入国在留管理庁が6,314人、公安審査委員会(事務局)が4人、公安調査庁が1,768人となっている。
任用 
職員の競争試験による採用は国家公務員採用総合職試験(院卒者試験)、国家公務員採用総合職試験(大卒程度試験)、国家公務員採用一般職試験(大卒程度試験)、国家公務員採用一般職試験(高卒程度試験)、刑務官採用試験、法務省専門職員(人間科学)採用試験の合格者の中から行われる。
ただし、検察官には検察官の俸給等に関する法律が適用され、検事総長、次長検事及び検事長は特別職の職員の給与に関する法律、検事及び副検事については一般職給与法の規定に準じた給与制度が設けられている。俸給表は基本的に行政職俸給表(一)および指定職俸給表が適用されるが、人事院規則九―二の規定により、入国者収容所及び地方出入国在留管理局の入国警備官(4条2号)と刑務所、少年刑務所、拘置所又は矯正管区に勤務する者並びに矯正研修所支所に勤務する教頭及び教官(4条3号)には公安職俸給表(一)が、検察事務官及び公安調査官(5条1号)と少年院、少年鑑別所又は婦人補導院に勤務する者(5条2号)には公安職俸給表(二)が適用され、検察官は検察官の俸給等に関する法律2条に規定された俸給表が適用される。
矯正施設や更生保護施設には被収容者の矯正医療のために、厚生労働省と並んで多数の医療従事者が勤務していることから、医療職俸給表(一)の適用を受ける定員が334人、医療職俸給表(二)が181人、医療職俸給表(三)が522人となっている。
事務次官:川原隆司
 大臣官房長:佐藤淳
 政策立案総括審議官:上原龍
 司法法制部長:坂本三郎
 民事局長:竹内努
 刑事局長:松下裕子
 矯正局長:花村博文
 保護局長:宮田祐良
 人権擁護局長:鎌田隆志
 訟務局長:春名茂
 出入国在留管理庁長官:菊池浩
 公安調査庁長官:浦田啓一

法務省の事務次官や内部部局の長など一般職の要職には、一般の国の行政機関とは異なり、国家I種試験(現国家総合職試験)合格者から採用された者ではなく、検察官(判検交流により裁判官から任用された者を含む)が任用される傾向が強い。
人権に関わる問題 

 人質司法
 同和教育 - 人権教育
 北朝鮮拉致問題 - 北朝鮮による日本人拉致問題 - 北朝鮮人権侵害問題啓発週間

公安に関わる問題 

 オウム真理教事件 - オウム真理教破壊活動防止法問題
 北朝鮮による日本人拉致事件

汚職や経済犯罪など政治経済体制に関わる問題

新司法試験漏洩問題における対応 
2007年度

2007年度新司法試験における慶應義塾大学法科大学院教授による類題講義では、当該行政法教授の考査委員解任以降、司法試験委員会による調査結果により、影響が明らかでないとして何ら是正措置はとられなかった。但し、合格発表後、難問の択一行政法18問目における慶大生の正答率が5%以上高かったこと、慶大の合格率は前年の9位から3位に上昇していたことなどが明らかとなっている。

ただ、その調査方法は問題の渦中にあったと指摘された複数の慶大教授らの自己申告を調査報告とし、さらに自己申告の任意とし、申告なき者は当該調査から外されるなど不可解な点が多く指摘されている。
これは、行政法同様に漏洩が指摘されていた刑事法では現職の派遣検察官が講義を行っていたためとされ、よって法務省が当初から結論ありきに終始していたためとも指摘されている。

2015年度
2015年度司法試験において、青柳幸一明治大学法科大学院教授が、自身が同試験考査委員として作成した憲法問題を同大学法科大学院出身の女性受験者に漏洩したとして、同年5月、国家公務員法(守秘義務)違反容疑で東京地検特捜部に告発され、併せて法務省から考査委員を解任された。
概説 
外務省設置法第3条に掲げられた目標を達成するため、外交政策、外交使節、通商航海、条約等の国際法規の締結、運用、外国政府との交渉、情報収集、分析、発信、在留邦人の保護および文化広報活動など国の対外関係事務全般を司る。
同年5月、議定仁和寺宮二品嘉彰親王が外国事務総裁の宣下を受けた際に大阪におり、その後も伊達宗城が大阪で外国事務を統べていたという理由で七官のうちで唯一大阪に設置されていた外国官を、京都の太政官内に移転することを伊達宗城が奏請した。
辞表は保留されたが、5月13日に行われた外国官知事の選挙で公選されたされた際にも伊達が奉職の意思を示さなかったため、京都留守官勤務の参与・沢宣嘉が召喚され外国官知事任命の内意を示し、6月25日に伊達の辞表は受理された。
2011年(平成9年)、外務省から国会図書館に出向した職員が日本共産党を含む国会議員の図書館利用状況を本省に報告するというスパイ行為を行った疑惑について、日本共産党の市田忠義書記局長(当時)は外務省に対して資料提出を求め、関係者の証人喚問を衆院議院運営委員会に要求すると記者会見で述べた。
WTO協定、経済連携協定、投資協定等の紛争解決規定に基づく紛争解決の処理への対応を強化するため、国際法局に経済紛争処理課を設置、経済局経済安全保障課を廃止し、経済局政策課にエネルギー、鉱物資源、食料の安定供給の確保に関する事務を所掌する資源安全保障室を新設、総合外交政策局安全保障政策課新安全保障課題政策室の室名を経済安全保障政策室に変更する(所掌事務は変更なし)。
組織 
外務省の内部組織は一般的に、法律の外務省設置法、政令の外務省組織令および省令の外務省組織規則が階層的に規定している。外務大臣を長とし、内部部局として大臣官房および総合外交政策局等の10局、審議会として外務人事審議会および海外交流審議会、施設等機関として外務省研修所、特別の機関として在外公館を設置する。

次官級以上のポスト 
 外務大臣(国家行政組織法第5条、法律第2条第2項)
 外務副大臣(国家行政組織法第16条)(2人)
 外務大臣政務官(国家行政組織法第17条)(3人)
 外務大臣補佐官(国家行政組織法第17条の2)(1人)(必置ではない)
 外務事務次官(国家行政組織法第18条)
 外務審議官(法律第5条)(2人)
 外務大臣秘書官

内部部局 

 大臣官房(政令第2条)
 総務課(政令第18条)
 人事課
 情報通信課
 会計課
 在外公館課
 文化交流・海外広報課
 儀典
 外務報道官・広報文化組織
 広報文化外交戦略課
 報道課
 文化交流・海外広報課
 国際報道官
 総合外交政策局
 総務課(政令第30条)
 安全保障政策課
 経済安全保障政策室(規則12条8項)
 国連企画調整課
 国連政策課
 人権人道課
 軍縮不拡散・科学部
 軍備管理軍縮課(政令第30条第2項)
 不拡散・科学原子力課
 アジア大洋州局
 北東アジア第一課(政令第38条)
 北東アジア第二課
 中国・モンゴル第一課
 中国・モンゴル第二課
 大洋州課
 南部アジア部
 南東アジア第一課(政令第38条第2項)
 南東アジア第二課
 南西アジア課
 北米局
 北米第一課(政令第46条)
 北米第二課
 日米安全保障条約課
 日米地位協定室
 中南米局
 中米カリブ課(政令第50条)
 南米課
 欧州局
 政策課(政令第53条)
 西欧課
 中・東欧課
 ロシア課
 中東アフリカ局
 中東第一課(政令第58条)
 中東第二課
 アフリカ部
 アフリカ第一課
 アフリカ第二課
 経済局
 政策課(政令第63条)
 資源安全保障室(規則34条4項)
 国際経済課
 国際貿易課
 経済連携課
 国際協力局
 政策課(政令第69条)
 開発協力総括課
 緊急・人道支援課
 国別開発協力第一課
 国別開発協力第二課
 国別開発協力第三課
 地球規模課題審議官組織
 地球規模課題総括課
 地球環境課
 気候変動課
 国際法局
 国際法課(政令第79条)
 海洋法室(規則43条1項)
 国際裁判対策室
 条約課
 経済条約課
 経済紛争処理課
 社会条約官
 領事局
 政策課(政令第84条)
 海外邦人安全課
 旅券課
 外国人課
 国際情報統括官組織
 国際情報統括官
 国際情報官(4人、政令第89条)

現在の幹部 
一般職の幹部は以下のとおりである。
外務省の一般職職員の給与に関する法制は、基本的に国家公務員法と一般職給与法から成るが、在外公館に勤務する職員(以下、在外職員)には、特別法として在外公館の名称及び位置並びに在外公館に勤務する外務公務員の給与に関する法律(外務公務員給与法)も適用される。

外務省の一般職の職員は非現業の国家公務員なので、労働基本権のうち争議権と団体協約締結権は国家公務員法により認められていない。団結権は認められており、職員は労働組合として国家公務員法の規定する「職員団体」を結成し、若しくは結成せず、又はこれに加入し、若しくは加入しないことができる(国家公務員法第108条の2第3項)。
農林水産省設置法により、「農林水産省は、食料の安定供給の確保、農林水産業の発展、農林漁業者の福祉の増進、農山漁村および中山間地域等の振興、農業の多面にわたる機能の発揮、森林の保続培養および森林生産力の増進ならびに水産資源の適切な保存および管理を図ることを任務とする」(第3条)と規定されている。
農林水産大臣を長とし、内部部局として大臣官房、消費・安全局、食料産業局、生産局、経営局および農村振興局ならびに政策統括官を置くほか、審議会等として農業資材審議会、食料・農業・農村政策審議会、獣医事審議会、農林漁業保険審査会および農林物資規格調査会を、施設等機関として植物防疫所、動物検疫所および那覇植物防疫事務所並びに動物医薬品検査所、農林水産研修所および農林水産政策研究所 を、特別の機関として農林水産技術会議、食育推進会議および農林水産物・食品輸出本部を、地方支分部局として沖縄を除いた全国を分轄する形で、7つの地方農政局と北海道農政事務所を設置する。地方農政局と北海道農政事務所の下にはそれらの一部事務を分掌する出先機関として計81人の地方参事官、農業水利や土地改良をつかさどる事務所および計45の事業所が置かれている。

設置当初は、農林省(のうりんしょう)という名称だったが、200海里水域問題など種々の問題で水産行政の重要性が高まりつつあったため、1978年7月5日に現在の省名に改められた。
総務課
 消費者行政・食育課
 食品安全政策課
 農産安全管理課
 畜水産安全管理課
 植物防疫課
 動物衛生課 

 輸出・国際局 : 輸出関連施策の実行、省横断的に強力に指揮、指導、対外関係や国際協力などの業務の全体的な調整。
 総務課
 輸出企画課
 輸出支援課
 国際地域課
 国際経済課
 知的財産課
 参事官

 農産局 : 農産物の生産・管理。
 総務課
 穀物課
 園芸作物課
 地域対策官
 地域作物課
 農産政策部
 企画課
 貿易業務課
 技術普及課
 農業環境対策課

 畜産局 : 畜産物の生産・管理。
 総務課
 企画課
 畜産振興課
 飼料課
 牛乳乳製品課
 食肉鶏卵課
 競馬監督課

 経営局 : 農業経営安定化、農協、農業構造改善、農業者年金など。
 総務課
 経営政策課
 農地政策課
 就農・女性課
 協同組織課
 金融調整課
 保険課
 保険監理官

 農村振興局 : 農山漁村・都市農業の振興、農村景観や土地・水の農業利用の確保、都市農村間の交流(グリーン・ツーリズム)、農業関連資本整備など。
 総務課
 農村政策部
 農村計画課
 地域振興課
 都市農村交流課
 鳥獣対策・農村環境課
 整備部
 設計課
 土地改良企画課
 水資源課
 農地資源課
 地域整備課
 防災課

審議会等 
 農業資材審議会(法律第6条第1項)
 食料・農業・農村政策審議会(食料・農業・農村基本法、法律第6条第2項)
 獣医事審議会(獣医師法、法律第6条第2項)
 農漁業保険審査会(農業災害補償法、法律第6条第2項)
 農林物資規格調査会(政令第85条)
 国立研究開発法人審議会(政令第85条)

施設等機関 
農林水産省の施設等機関には以下の6区分がある。
地方農政局(法律第17条)
 事務所・事業所(法律第19条)
 北海道農政事務所(法律第17条)

地方農政局 
 東北農政局(政令第91条)
 関東農政局
 北陸農政局
 東海農政局
 近畿農政局
 中国四国農政局
 九州農政局

外局 
 林野庁(国家行政組織法第3条第2項、法律第23条)
 林政部
 森林整備部
 国有林野部
 林政審議会
 森林技術総合研修所
 森林管理局
 水産庁(国家行政組織法第3条第2項、法律第23条)
 漁政部
 資源管理部
 増殖推進部
 漁港漁場整備部
 水産政策審議会
 広域漁業調整委員会
 漁業調整事務所

所管法人 
独立行政法人(2023年4月1日現在)
主管(計9法人)
農林水産消費安全技術センター
家畜改良センター
農業・食品産業技術総合研究機構(財務省と共管)
国際農林水産業研究センター
森林研究・整備機構
水産研究・教育機構
農畜産業振興機構
農業者年金基金
農林漁業信用基金(財務省と共管)
他省庁との共管
水資源機構(厚生労働省、経済産業省および国土交通省と共管)
土木研究所(国土交通省と共管)
北方領土問題対策協会(内閣府と共管)

上記のうち行政執行法人
農林水産消費安全技術センター(役職員は国家公務員の身分を有する)

特殊法人(2023年4月1日現在)
単独主管
日本中央競馬会(JRA)
他省庁との共管
日本政策金融公庫(財務省と共管、農林漁業金融の関係による)

特別の法律により設立される民間法人(特別民間法人、計2法人、202年4月1日現在)
農林中央金庫
全国漁業共済組合連合会

認可法人
農水産業協同組合貯金保険機構

地方共同法人
地方競馬全国協会

特別の法律により設立される法人(2021年11月1日現在)
単独所管(2法人)
全国土地改良事業団体連合会
全国食肉業務用卸協同組合連合会
他省庁との共管
日本商品先物取引協会(経済産業省と共管)

財政 
2023年度(令和5年度)一般会計当初予算における農林水産省所管歳出予算は、2兆936億6754万3千円である。組織別の内訳は農林水産本省が1兆4973億8275万2千円、本省検査指導機関が 165億3511万4千円、農林水産技術会議が635億2429万2千円、地方農政局が720億7580万6千円、北海道農政事務所が37億3022万1千円、林野庁が2911億3617万7千円、水産庁が1492億8318万1千円となっている。本省予算のうち主なものは担い手育成・確保等対策費1790億3389万1千円、農業農村整備事業費1981億27万円、国産農産物生産基盤強化等対策費3811億8773万8千円である。
また国会、裁判所、会計検査院、内閣、内閣府、デジタル庁、復興庁、総務省、法務省、外務省、財務省、文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省、国土交通省、環境省および防衛省所管の東日本大震災復興特別会計を共管する。