対象の専攻・学域:
システムデザイン研究科 機械システム工学域
理学研究科 生命科学専攻
人間健康科学研究科 ヘルスプロモーションサイエンス学域

超高齢社会 学際プログラム
 2021年度より開設(10月募集)。
 対象の専攻・学域:
人文科学研究科 社会行動学専攻 社会福祉学分野 
都市環境科学研究科 建築学域 
都市環境科学研究科 都市政策科学域 
人間健康科学研究科 作業療法科学域

過去の開設プログラム(履修中学生の修了までは継続):
 超電導理工学プログラム
 2018年度より開設、2022年度4月以降の新規募集停止。
 対象の専攻・学域:
理学研究科 物理学専攻
理学研究科 化学専攻
システムデザイン研究科 電子情報システム工学域

2017年度入学生までの大学院構成 
以下、特記していない専攻は博士前期課程・博士後期課程である。

人文科学研究科

社会行動学専攻
社会学分野
社会人類学分野
修了者には日本唯一(2014年現在)の博士(社会人類学)が授与される
社会福祉学分野
人間科学専攻
心理学分野
臨床心理学分野(博士前期課程のみ)
教育学分野
言語科学分野
日本語教育学分野

文化基礎論専攻
哲学分野
歴史・考古学分野
表象文化論分野
文化関係論専攻
日本・中国文化論分野
欧米文化論分野

社会科学研究科
法学政治学専攻
法律学分野
政治学分野
法曹養成専攻(専門職学位課程、法務博士課程、法科大学院)
2年履修課程(法学既修者)
3年履修課程(法学未修者および社会人)

経営学専攻
研究者養成プログラム
高度職業人養成プログラム(MBA)ビジネススクール
高度金融専門人材養成プログラム(MF)

理工学研究科
 数理情報科学専攻
研究分野
基盤数理科学
解析系、代数系、幾何系
広域数理科学
解析系、代数系、幾何系、応用数理系
応用数理科学
応用数理系、代数系
物理学専攻
研究分野
素核宇宙理論
素粒子理論、高エネルギー理論、原子核理論、宇宙理論
物性基礎理論
非線形物理、量子凝縮系理論、強相関電子論
粒子宇宙物理
高エネルギー物理実験、原子物理実験、宇宙物理実験
物性物理
電子物性、粒子ビーム物性、ナノ物性、表界面光物性、ソフトマター物性
連携客員教員の分野
原子物理、宇宙物理、ナノ物性
分子物質化学専攻
 研究分野
無機化学、環境・地球化学、宇宙化学、有機構造生物化学、有機化学、生物化学、物性物理化学、分子集合系物理化学、反応物理化学、有機合成化学、理論・計算化学、同位体化学
連携客員教員の分野
生物科学

生命科学専攻
研究分野
生命デザイン
神経分子機能、発生生物学、細胞生化学、細胞遺伝学、分子遺伝学、植物発生生理学
進化多様性・環境応答
神経生物学、進化遺伝学、植物環境応答、環境微生物学、動物生態学、植物生態学、動物系統分類学、植物系統分類学
光合成複合微生物寄附講座
連携客員教員の分野
神経分子機能、細胞遺伝学、分子遺伝学、植物発生生理学、環境微生物学
電気電子工学専攻
研究分野
電子回路・システム
 電気エネルギ・電磁応用
 電子材料・デバイス
機械工学専攻
 研究分野
機械構造物性工学
弾性塑性力学、材料評価工学、航空宇宙材料工学、複合材料工学、表面・界面工学
熱流体工学
エネルギー環境システム、流体工学、流体力学、流体工学・医用工学、伝熱工学
機械システム工学
振動工学、人間機械システム、制御工学、設計工学(前期課程のみ)
兼担教員の分野
バイオメカニクス
連携客員教員の分野
エネルギーシステム(流体工学)
都市環境科学研究科 都市環境科学専攻

地理環境科学域
研究分野:地形・地質学、気候学、環境地理学、地理情報学、都市・人文地理学
都市基盤環境学域
研究分野:社会基盤、環境システム、安全防災
建築学域
基盤研究コース
研究分野:建築計画・都市計画、建築歴史・意匠、建築生産、建築構造、建築環境
プロジェクト研究コース
研究分野:プロジェクト14

都市システム科学域
研究分野:都市情報・空間システム系、都市人間・社会システム系
分子応用化学域
研究分野:先端機能物質、先端物質デザイン、エネルギーデバイス、環境分子化学、分子計測化学、環境調和化学
観光科学域
研究分野:観光科学

システムデザイン研究科 システムデザイン専攻

知能機械システム学域
研究分野:制御・ロボット工学、人間・システム工学、材料・加工・計測工学
情報通信システム学域
研究分野:情報システム、通信システム、メディア情報処理
航空宇宙システム工学域
研究分野:航空宇宙流体力学、航空宇宙材料・構造工学、航空宇宙構造制御工学、推進システム工学、宇宙利用工学

経営システムデザイン学域
研究分野:マネジメント工学、人間工学、社会システム工学
インダストリアルアート学域
研究分野:プロダクトデザイン、メディア創生

人間健康科学研究科 人間健康科学専攻

看護科学域
研究分野
育成期看護学
助産学、リプロダクティブヘルス看護学(博士前期課程のみ)、小児看護学
成熟期看護学
成人看護学、高齢者看護学
広域看護学
在宅看護学、公衆衛生看護学、地域精神看護学
 看護倫理・管理学分野
「看護倫理学、看護管理学」(博士前期課程)、看護倫理・管理学(博士後期課程)
 理学療法科学域
 研究分野
運動障害分析理学療法学分野
発達障害理学療法学、障害予防理学療法学、内部障害理学療法学、認知運動科学理学療法学、神経系障害理学療法学
身体機能回復理学療法学分野
固有受容性神経筋促通学、筋骨格系理学療法学、徒手理学療法学
地域理学療法学分野
作業療法科学域
研究分野
心身機能作業療法科学
認知作業療法学、精神神経機能障害学、児童青年発達期作業療法学(前期課程のみ)、老年心理行動分析学、脳機能障害支援学(前期課程のみ)
作業行動科学
作業行動学、老年地域参加支援学、精神作業療法学(前期課程のみ)
作業生活環境科学
作業生活支援学、福祉機器関連適用学、生活環境分析学

放射線科学域
研究分野:放射線治療物理学、核医学物理学・保健物理学、医用計測システム学、画像診断システム学、医用画像診断学、放射線計測学、医用画像情報学、放射線診断物理学
フロンティアヘルスサイエンス学域
研究分野:脳機能解析科学、臨床神経科学、生体運動解析科学、機能形態解析科学、地域保健活動評価論
ヘルスプロモーションサイエンス学域
研究分野
適応科学
専門分野(博士前期課程):運動生理学・行動生理学、分子生物学、生体機能・神経-筋生理学、細胞生物学・味覚生理学
行動科学
専門分野(博士前期課程):知覚運動制御、スポーツ文化論・オリンピック研究、認知科学・実験心理学
栄養・食品科学
専門分野(博士前期課程):栄養生化学、衛生学・公衆衛生学、公衆栄養学・スポーツ栄養

研究センター 
以下の研究センターを有する
宇宙理学研究センター
生命情報研究センター
金の化学研究センター
言語の脳遺伝学研究センター
水道システム研究センター
コミュニティ・セントリック・システム研究センター
子ども・若者貧困研究センター
ソーシャルビッグデータ研究センター
気候学国際研究センター
金融工学研究センター
水素エネルギー社会構築推進研究センター
ナノ工学・メカノバイオロジー融合医工連携研究センター
超伝導理工学研究センター
エネルギーインテグリティーシステム研究センター
火山災害研究センター
地域共創科学研究センター

センター・機関 
大学教育センター
国際センター
学術情報基盤センター
図書館(大学の総蔵書数(2021年3月31日現在):合計2,193,352冊、うち和書1,467,508冊・洋書:725,844冊)
本館(南大沢キャンパス)
図書館本館を参照。