Repository: pre-commit/pre-commit

Issue:
Stalls on hooks checkout
When trying to use some hook repositories I am getting hangs while fetching hooks. Tried pre-commit clean and rm -rf ~/.cache/pre-commit, but nothing changed. This is happening on both Windows 10 and Ubuntu 18.04.4 LTS.

pre-commit.log

> ### version information
> 
> ```
> pre-commit version: 2.4.0
> sys.version:
>     3.6.9 (default, Apr 18 2020, 01:56:04)
>     [GCC 8.4.0]
> sys.executable: /usr/bin/python3
> os.name: posix
> sys.platform: linux
> ```
> 
> ### error information
> 
> ```
> Interrupted (^C): KeyboardInterrupt:
> ```
> 
> ```
> Traceback (most recent call last):
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/error_handler.py", line 56, in error_handler
>     yield
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/main.py", line 388, in main
>     return install_hooks(args.config, store)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/commands/install_uninstall.py", line 153, in install_hooks
>     install_hook_envs(all_hooks(load_config(config_file), store), store)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/repository.py", line 206, in all_hooks
>     for repo in root_config['repos']
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/repository.py", line 207, in <genexpr>
>     for hook in _repository_hooks(repo, store, root_config)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/repository.py", line 182, in _repository_hooks
>     return _cloned_repository_hooks(repo_config, store, root_config)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/repository.py", line 148, in _cloned_repository_hooks
>     manifest_path = os.path.join(store.clone(repo, rev), C.MANIFEST_FILE)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/store.py", line 183, in clone
>     return self._new_repo(repo, ref, deps, clone_strategy)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/store.py", line 140, in _new_repo
>     make_strategy(directory)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/store.py", line 179, in clone_strategy
>     self._shallow_clone(ref, _git_cmd)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/store.py", line 162, in _shallow_clone
>     git_cmd('checkout', 'FETCH_HEAD')
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/store.py", line 176, in _git_cmd
>     cmd_output_b('git', *args, cwd=directory, env=env)
>   File "/home/morgana/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/util.py", line 155, in cmd_output_b
>     stdout_b, stderr_b = proc.communicate()
>   File "/usr/lib/python3.6/subprocess.py", line 863, in communicate
>     stdout, stderr = self._communicate(input, endtime, timeout)
>   File "/usr/lib/python3.6/subprocess.py", line 1534, in _communicate
>     ready = selector.select(timeout)
>   File "/usr/lib/python3.6/selectors.py", line 376, in select
>     fd_event_list = self._poll.poll(timeout)
> KeyboardInterrupt

Added to  ~/.local/lib/python3.6/site-packages/pre_commit/util.py line 143

```python
print(cmd)
print(kwargs)
```

> $ pre-commit install-hooks
> ('git', 'rev-parse', '--show-toplevel')
> {'stdin': -1, 'stdout': -1, 'stderr': -1}
> [INFO] Initializing environment for https://github.com/psf/black.
> ('git', 'init', '/home/morgana/.cache/pre-commit/repohg1s5b7b')
> {'env': {'LS_COLORS': 'rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:mi=00:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arc=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lha=01;31:*.lz4=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.tzo=01;31:*.t7z=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lrz=01;31:*.lz=01;31:*.lzo=01;31:*.xz=01;31:*.zst=01;31:*.tzst=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.alz=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.cab=01;31:*.wim=01;31:*.swm=01;31:*.dwm=01;31:*.esd=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.mjpg=01;35:*.mjpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.m4a=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.oga=00;36:*.opus=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:', 'SSH_CONNECTION': '10.30.48.92 50335 10.30.48.87 22', 'LESSCLOSE': '/usr/bin/lesspipe %s %s', 'LANG': 'en_US.UTF-8', 'PERL_MB_OPT': '--install_base "/home/morgana/perl5"', 'XDG_SESSION_ID': '10', 'USER': 'morgana', 'PWD': '/home/morgana/projects/git-hooks', 'HOME': '/home/morgana', 'SSH_CLIENT': '10.30.48.92 50335 22', 'XDG_DATA_DIRS': '/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop', 'PERL_MM_OPT': 'INSTALL_BASE=/home/morgana/perl5', 'PERL_LOCAL_LIB_ROOT': '/home/morgana/perl5', 'SSH_TTY': '/dev/pts/0', 'MAIL': '/var/mail/morgana', 'TERM': 'xterm', 'SHELL': '/bin/bash', 'PERL5LIB': '/home/morgana/perl5/lib/perl5', 'SHLVL': '1', 'LANGUAGE': 'en_US:', 'MANPATH': '/home/morgana/.git/subrepo/man:', 'LOGNAME': 'morgana', 'DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS': 'unix:path=/run/user/17173/bus', 'XDG_RUNTIME_DIR': '/run/user/17173', 'PATH': '/home/morgana/.local/bin:/home/morgana/bin:/home/morgana/perl5/bin:/home/morgana/.git/subrepo/lib:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin', 'LESSOPEN': '| /usr/bin/lesspipe %s', 'OLDPWD': '/home/morgana', '_': '/home/morgana/.local/bin/pre-commit'}, 'stdin': -1, 'stdout': -1, 'stderr': -1}
> ('git', 'remote', 'add', 'origin', 'https://github.com/psf/black')
> {'cwd': '/home/morgana/.cache/pre-commit/repohg1s5b7b', 'env': {'LS_COLORS': 'rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:mi=00:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arc=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lha=01;31:*.lz4=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.tzo=01;31:*.t7z=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lrz=01;31:*.lz=01;31:*.lzo=01;31:*.xz=01;31:*.zst=01;31:*.tzst=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.alz=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.cab=01;31:*.wim=01;31:*.swm=01;31:*.dwm=01;31:*.esd=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.mjpg=01;35:*.mjpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.m4a=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.oga=00;36:*.opus=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:', 'SSH_CONNECTION': '10.30.48.92 50335 10.30.48.87 22', 'LESSCLOSE': '/usr/bin/lesspipe %s %s', 'LANG': 'en_US.UTF-8', 'PERL_MB_OPT': '--install_base "/home/morgana/perl5"', 'XDG_SESSION_ID': '10', 'USER': 'morgana', 'PWD': '/home/morgana/projects/git-hooks', 'HOME': '/home/morgana', 'SSH_CLIENT': '10.30.48.92 50335 22', 'XDG_DATA_DIRS': '/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop', 'PERL_MM_OPT': 'INSTALL_BASE=/home/morgana/perl5', 'PERL_LOCAL_LIB_ROOT': '/home/morgana/perl5', 'SSH_TTY': '/dev/pts/0', 'MAIL': '/var/mail/morgana', 'TERM': 'xterm', 'SHELL': '/bin/bash', 'PERL5LIB': '/home/morgana/perl5/lib/perl5', 'SHLVL': '1', 'LANGUAGE': 'en_US:', 'MANPATH': '/home/morgana/.git/subrepo/man:', 'LOGNAME': 'morgana', 'DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS': 'unix:path=/run/user/17173/bus', 'XDG_RUNTIME_DIR': '/run/user/17173', 'PATH': '/home/morgana/.local/bin:/home/morgana/bin:/home/morgana/perl5/bin:/home/morgana/.git/subrepo/lib:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin', 'LESSOPEN': '| /usr/bin/lesspipe %s', 'OLDPWD': '/home/morgana', '_': '/home/morgana/.local/bin/pre-commit'}, 'stdin': -1, 'stdout': -1, 'stderr': -1}
> ('git', '-c', 'protocol.version=2', 'fetch', 'origin', 'stable', '--depth=1')
> {'cwd': '/home/morgana/.cache/pre-commit/repohg1s5b7b', 'env': {'LS_COLORS': 'rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:mi=00:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arc=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lha=01;31:*.lz4=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.tzo=01;31:*.t7z=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lrz=01;31:*.lz=01;31:*.lzo=01;31:*.xz=01;31:*.zst=01;31:*.tzst=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.alz=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.cab=01;31:*.wim=01;31:*.swm=01;31:*.dwm=01;31:*.esd=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.mjpg=01;35:*.mjpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.m4a=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.oga=00;36:*.opus=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:', 'SSH_CONNECTION': '10.30.48.92 50335 10.30.48.87 22', 'LESSCLOSE': '/usr/bin/lesspipe %s %s', 'LANG': 'en_US.UTF-8', 'PERL_MB_OPT': '--install_base "/home/morgana/perl5"', 'XDG_SESSION_ID': '10', 'USER': 'morgana', 'PWD': '/home/morgana/projects/git-hooks', 'HOME': '/home/morgana', 'SSH_CLIENT': '10.30.48.92 50335 22', 'XDG_DATA_DIRS': '/usr/local/share:/usr/share:/var/lib/snapd/desktop', 'PERL_MM_OPT': 'INSTALL_BASE=/home/morgana/perl5', 'PERL_LOCAL_LIB_ROOT': '/home/morgana/perl5', 'SSH_TTY': '/dev/pts/0', 'MAIL': '/var/mail/morgana', 'TERM': 'xterm', 'SHELL': '/bin/bash', 'PERL5LIB': '/home/morgana/perl5/lib/perl5', 'SHLVL': '1', 'LANGUAGE': 'en_US:', 'MANPATH': '/home/morgana/.git/subrepo/man:', 'LOGNAME': 'morgana', 'DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS': 'unix:path=/run/user/17173/bus', 'XDG_RUNTIME_DIR': '/run/user/17173', 'PATH': '/home/morgana/.local/bin:/home/morgana/bin:/home/morgana/perl5/bin:/home/morgana/.git/subrepo/lib:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin', 'LESSOPEN': '| /usr/bin/lesspipe %s', 'OLDPWD': '/home/morgana', '_': '/home/morgana/.local/bin/pre-commit'}, 'stdin': -1, 'stdout': -1, 'stderr': -1}
> ('git', 'checkout', 'FETCH_HEAD')
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.pre-commit-config.yaml

```yaml
repos:
  - repo: https://github.com/psf/black
    rev: stable
    hooks:
      - id: black
        language_version: python3.6
        stages: [commit]
  - repo: https://github.com/shellcheck-py/shellcheck-py
    rev: v0.7.1.1
    hooks:
    -   id: shellcheck
        stages: [commit]
  - repo: local
    hooks:
      # Add a ChangeID tag to commit messages that don't have one
      -   id: Change-Id
          name: Add a ChangeID tag to commit messages that don't have one
          entry: change-id
          always_run: true
          language: script
          stages: [commit-msg]
```

Discussion:

Patch:
diff --git a/pre_commit/git.py b/pre_commit/git.py
index 7e757f2..576bef8 100644
--- a/pre_commit/git.py
+++ b/pre_commit/git.py
@@ -158,7 +158,8 @@ def init_repo(path: str, remote: str) -> None:
         remote = os.path.abspath(remote)
 
     env = no_git_env()
-    cmd_output_b('git', 'init', path, env=env)
+    # avoid the user's template so that hooks do not recurse
+    cmd_output_b('git', 'init', '--template=', path, env=env)
     cmd_output_b('git', 'remote', 'add', 'origin', remote, cwd=path, env=env)
 
 


Test patch:
diff --git a/tests/git_test.py b/tests/git_test.py
index e73a6f2..fafd4a6 100644
--- a/tests/git_test.py
+++ b/tests/git_test.py
@@ -186,3 +186,8 @@ def test_no_git_env():
         'GIT_SSH': '/usr/bin/ssh',
         'GIT_SSH_COMMAND': 'ssh -o',
     }
+
+
+def test_init_repo_no_hooks(tmpdir):
+    git.init_repo(str(tmpdir), remote='dne')
+    assert not tmpdir.join('.git/hooks').exists()