natgillin/translations-raw huggingface dataset:
There is no need to report the frequency of non-scorable cells.
Därför bör antalet objektglas från varje djur i undersökningen vara detsamma och prover från olika doseringsgrupper och negativa och positiva kontroller bör inbegripas.
The frequency of hedgehogs should be determined based on the visual scoring (since the absence of a clearly-defined head will mean they are not readily detected by image analysis) of at least 150 cells per sample (see paragraph 56 for further discussion) and separately documented.
Analysplattformarna bör lämnas i minst 20 minuter så att DNA:s kan lösa upp sig och sedan genomgå elektrofores under kontrollerade förhållanden som maximerar känsligheten och försökets dynamiska intervall (dvs. leda till godtagbara nivåer av procentandelen DNA i kometsvansar för negativa och positiva kontroller som maximerar sensitiviteten).
All slides for analysis, including those of positive and negative controls, should be independently coded and scored “blinded” so the scorer is unaware of the treatment condition.
Graden av DNA-migration associeras linjärt med elektroforesens varaktighet, och även med potentialen (V/cm).
For each sample (per tissue per animal), at least 150 cells (excluding hedgehogs — see paragraph 56) should be analysed.
Baserat på JaCVAM-testet kan detta vara 0,7 V/cm i minst 20 minuter.
Scoring 150 cells per animal in at least 5 animals per dose (less in the concurrent positive control — see paragraph 29) provides adequate statistical power according to the analysis of Smith et al., 2008 (5).
Elektroforesens varaktighet anse vara en kritisk variabel och tiden bör därför ställas in för att optimera det dynamiska intervallet.
If slides are used, this could be from 2 or 3 slides scored per sample when five animals per group are used.
Längre elektroforestider (t.ex.
Several areas of the slide should be observed at a density that ensures there is no overlapping of tails.
30 eller 40 minuter för att maximera sensitiviteten) leder vanligen till starkare positiva responser med kända mutagener.
Scoring at the edge of slides should be avoided.
Längre elektroforestider kan dock även leda till överdriven migration i kontrollproverna.
DNA strand breaks in the comet assay can be measured by independent endpoints such as % tail DNA, tail length and tail moment.
Spänningen bör hållas konstant i varje försök och variationen i andra parametrar bör hållas inom ett snävt fastställt intervall.
All three measurements can be made if the appropriate image software analyser system is used.
I JaCVAM-testet gav t.ex.
However, the % tail DNA (also known as % tail intensity) is recommended for the evaluation and interpretation of results (12) (40) (41) (42), and is determined by the DNA fragment intensity in the tail expressed as a percentage of the cell's total intensity (13).
0,7 V/cm en startström på 300 mA.
Tissue damage and cytotoxicity
Buffertdjupet bör justeras för att uppnå erforderliga betingelser och upprätthållas under försöket.
Positive findings in the comet assay may not be solely due to genotoxicity, target tissue toxicity may also result in increases in DNA migration (12) (41).
Strömmen i början och slutet av elektroforesperioden bör registreras.
Conversely, low or moderate cytotoxicity is often seen with known genotoxins (12), showing that it is not possible to distinguish DNA migration induced by genotoxicity versus that induced by cytotoxicity in the comet assay alone.
Elektroforeslösningens temperatur under upplösning och elektrofores bör hållas låg, vanligen 2–10 °C (10).
However, where increases in DNA migration are observed, it is recommended that an examination of one or more indicators of cytotoxicity is performed as this can aid in interpretation of the findings.
Elektroforeslösningens temperatur bör registreras i början av upplösningen, när elektroforesen inleds och i slutet av elektroforesen.
Increases in DNA migration in the presence of clear evidence of cytotoxicity should be interpreted with caution.
När elektroforesen har slutförts sänks analysplattformarna ned/sköljs i neutraliseringsbufferten i minst fem minuter.
Many measures of cytotoxicty have been proposed and of these histopathological changes are considered a relevant measure of tissue toxicity.
Ny gel kan färgas in och registreras som ”ny” (t.ex. inom 1–2 dagar) eller torkas ut för senare registrering (t.ex. inom 1–2 veckor efter infärgning) (56).
Observations such as inflammation, cell infiltration, apoptotic or necrotic changes have been associated with increases in DNA migration, however, as demonstrated by the JaCVAM validation trial (12) no definitive list of histopathological changes that are always associated with increased DNA migration is available.
Betingelserna bör dock valideras under kvalifikationsprocessen och historiska data bör inhämtas och registreras separat för varje betingelse.
Changes in clinical chemistry measures (e.g. AST, ALT), can also provide useful information on tissue damage and additional indicators such as caspase activation, TUNEL stain, Annexin V stain, etc. may also be considered.
I det senare fallet torkas analysplattformarna ut genom nedsänkning i absolut etanol i minst fem minuter.
However, there are limited published data where the latter have been used for in vivo studies and some may be less reliable than others.
Låt dem lufttorka.
Hedgehogs (or clouds, ghost cells) are cells that exhibit a microscopic image consisting of a small or non-existent head, and large diffuse tails and are considered to be heavily damaged cells, although the etiology of the hedgehogs is uncertain (see Appendix 3).
Därefter lagras de, antingen i rumstemperatur eller i en behållare i kylskåp, tills de registreras.
Due to their appearance, % tail DNA measurements by image analysis are unreliable and therefore hedgehogs should be evaluated separately.
Mätmetoder
The occurrence of hedgehogs should be noted and reported and any relevant increase thought to be due to the test chemical should be investigated and interpreted with care.
Kometer bör registreras kvantitativt med ett automatiskt eller halvautomatiskt bildanalyssystem.
Knowledge of the potential mode of action of the test chemicals may help with such considerations.
Analysplattformarna färgas in med lämplig fluorescerade färg, t.ex.
The animal is the experimental unit and therefore both individual animal data and summarized results should be presented in tabular form.
SYBR Gold, Green I, propidiumjodid eller etidiumbromid, och mäts vid en lämplig förstoring (t.ex.
Due to the hierarchical nature of the data it is recommended that the median %tail DNA for each slide is determined and the mean of the median values is calculated for each animal (12).
200 x) i ett mikroskop med epi-fluorescens och lämpliga detektorer eller en digital kamera (t.ex.
The mean of the individual animal means is then determined to give a group mean.
CCD).
All of these values should be included in the report.
Cellerna kan klassificeras i tre kategorier enligt beskrivningen i atlasen över kometbilder (57), nämligen registrerbara, icke-registrerbara och ”hedgehog” (diskuteras närmare i punkt 56).
Alternative approaches (see paragraph 53) may be used if scientifically and statistically justified.
För att undvika artefakter bör endast registrerbara celler (tydligt definierade komethuvuden och kometsvansar utan störning från närliggande celler) klassificeras för procentandel DNA i kometsvans.
Statistical analysis can be done using a variety of approaches (58) (59) (60) (61).
Frekvensen av icke-registrerbara celler behöver inte redovisas.
When selecting the statistical methods to be used, the need for transformation (e.g. log or square root) of the data and/or addition of a small number (e.g. 0,001) to all (even non-zero) values to mitigate the effects of zero cell values, should be considered as discussed in the above references.
Frekvensen av hedgehogs bör bestämmas baserat på visuell registrering (eftersom avsaknad av tydligt definierade komethuvuden och kometsvansar innebär att de inte kan upptäckas ordentligt med bildanalys) av minst 150 celler per prov (diskuteras närmare i punkt 56) och dokumenteras separat.
Details of analysis of treatment/sex interactions when both sexes are used, and subsequent analysis of data where either differences or no differences are found is given in Appendix 2.
Alla analysplattformar, inklusive analysplattformar med positiva och negativa kontroller, bör ges en oberoende kodning och klassificeras ”blindade” så att bedömaren inte känner till behandlingsbetingelserna.
Data on toxicity and clinical signs should also be reported.
Minst 150 celler bör analyseras för varje prov (per vävnad per djur) (exklusive hedgehogs – se punkt 56).
The concurrent negative control is considered acceptable for addition to the laboratory historical negative control database as described in paragraph 16
Klassificering av 150 celler per djur för minst fem djur per dos (färre i den parallella positiva kontrollen – se punkt 29) ger lämplig statistisk kraft enligt analysen av Smith m.fl.
Concurrent positive controls (see paragraph 29) should induce responses that are compatible with those generated in the historical positive control database and produce a statistically significant increase compared with the concurrent negative control.
2008 (5).
Adequate numbers of cells and doses have been analysed (paragraphs 52 and 36-38).
Om analysplattformar används kan cellerna komma från två eller tre analysplattformar som klassificerats per prov om fem djur per grupp används.
The criteria for the selection of highest dose are consistent with those described in paragraph 36.
Flera områden av analysplattformarna bör observeras vid en täthet som säkerställer att ingen överlappning av kometsvansarna förekommer.
Providing that all acceptability criteria are fulfilled, a test chemical is considered to be clearly positive if:
Klassificering vid analysplattformarnas kanter bör undvikas.
at least one of the test doses exhibits a statistically significant increase compared with the concurrent negative control,
Brott på DNA-strängar i kometmetoden kan mätas med oberoende endpoints, t.ex. procentandel DNA i kometsvans, kometsvanslängd och kometsvansmoment.
any of the results are outside the distribution of the historical negative control data for a given species, vehicle, route, tissue, and number of administrations.
Samtliga tre mätningar kan göras om lämplig bildanalysprogramvara används.
When all of these criteria are met, the test chemical is then considered able to induce DNA strand breakage in the tissues studied in this test system.
Procentandelen DNA i kometsvans (även benämnd % tail intensity, % intensitet i kometsvans) rekommenderas för utvärdering och tolkning av resultaten (12) (40) (41) (42) och bestäms av DNA-fragmentens intensitet i kometsvansen, uttryckt som procentandel av cellens totala intensitet (13).
If only one or two of these criteria are satisfied, see paragraph 62.
Vävnadsskada och cytotoxicitet
Providing that all acceptability criteria are fulfilled, a test chemical is considered clearly negative if:
Positiva resultat i kometmetoden kanske inte enbart beror på gentoxicitet.
there is no concentration-related increase when evaluated with an appropriate trend test.
Toxicitet i målvävnaderna kan även leda till ökad DNA-migration (12) (41).
all results are inside the distribution of the historical negative control data for a given species, vehicle, route, tissue, and number of administrations.
Omvänt förekommer låg eller måttlig cytotoxicitet ofta i samband med kända gentoxiner (12), vilket visar att det inte är möjligt att skilja mellan DNA-migration som inducerats av genotoxicitet och DNA-migration som inducerats av cytotoxicitet enbart i kometmetoden.
direct or indirect evidence supportive of exposure of, or toxicity to, the target tissue(s) has been demonstrated.
Om ökningar i DNA-migrationen observeras bör man dock undersöka en eller flera indikatorer för cytotoxicitet, eftersom detta kan underlätta tolkningen av resultaten.
The test chemical is then considered unable to induce DNA strand breakage in the tissues studied in this test system.
Ökningar i DNA-migrationen bör tolkas med försiktighet om det finns tydliga bevis för cytotoxicitet.
In case the response is neither clearly negative nor clearly positive (i.e. not all the criteria listed in paragraphs 59 or 60 are met) and in order to assist in establishing the biological relevance of a result, the data should be evaluated by expert judgement and/or further investigations conducted, if scientifically justified.
Det finns många förslag på mått för cytotoxicitet, och bland dessa anses histopatologiska ändringar vara ett relevant mått på vävnadstoxicitet.
Scoring additional cells (where appropriate) or performing a repeat experiment possibly using optimised experimental conditions (e.g. dose spacing, other routes of administration, other sampling times or other tissues) could be useful.
Observationer såsom inflammation, cellinfiltrering och apoptotiska och nekrotiska ändringar har kopplats till ökningar i DNA-migrationen.
In rare cases, even after further investigations, the data set will preclude making a conclusion of positive or negative results, and will therefore be concluded as equivocal.
Såsom visats av JaCVAM:s valideringsförsök (12) finns det dock ingen definitiv förteckning över histopatologiska ändringar som alltid kan kopplas till ökad DNA-migration.
To assess the biological relevance of a positive or equivocal result, information on cytotoxicity at the target tissue is required (see paragraphs 54-55).
Förändringar av de kliniska kemimåtten (t.ex.
Where positive or equivocal findings are observed solely in the presence of clear evidence of cytotoxicity, the study would be concluded as equivocal for genotoxicity unless there is enough information that is supportive of a definitive conclusion.
AST, ALT) kan också ge användbar information om vävnadsskador och kompletterande indikatorer som kaspasaktivering, TUNEL-infärgning, Annexin V-infärgning osv. kan övervägas.
In cases of a negative study outcome where there are signs of toxicity at all doses tested, further study at non-toxic doses may be advisable.
Det finns dock begränsade publicerade data om användningen av det sistnämnda alternativet i in vivo-undersökningar och uppgifterna är inte alltid tillförlitliga.
source, lot number if available;
Hedgehogs (eller moln, spökceller) är celler som uppvisar en mikroskopisk bild bestående av ett litet eller obefintligt huvud och långa diffusa kometsvansar.
stability of the test chemical, limit date for use, or date for re-analysis if known.
Dessa celler anses vara allvarligt skadade, även om etiologin för hedgehogs är osäker (se tillägg 3).
Solvent/vehicle:
På grund av utseendet är bildanalysmätningar av procentandelen DNA i kometsvans inte tillförlitliga för hedgehogs och de bör därför utvärderas separat.
justification for choice of solvent/vehicle;
Förekomsten av hedgehogs bör registreras och redovisas.
preparation of dose formulations;
Eventuella relevanta ökningar som antas bero på testkemikalien bör undersökas och tolkas med försiktighet.
analytical determinations on formulations (e.g. stability, homogeneity, nominal concentrations).
Kunskap om testkemikaliernas eventuella verkningssätt kan vara till hjälp för sådana överväganden.
species/strain used and scientific and ethical justifications for the choice;
Djuret är försöksenheten och därför ska både individuella data för djuren och sammanfattade resultat presenteras i tabellform.
source, housing conditions, diet, enrichment, etc.;
På grund av den hierarkiska datastrukturen bör medelvärdet för procentandelen DNAi kometsvans för varje analysplattform bestämmas och genomsnittet av medelvärdena beräknas för varje djur (12).
individual weight of the animals at the start and at the end of the test, including body weight range, mean and standard deviation for each group.
Därefter bestäms medelvärden för individuella djur för att få fram ett medelvärde för gruppen.
results from the range-finding study (if conducted);
Alla dessa värden ska ingå i rapporten.
rationale for route of administration;
Alternativa metoder (se punkt 53) kan användas om de är vetenskapligt och statistiskt motiverade.
site of injection (for subcutaneous or intravenous studies);
Den statistiska analysen kan utföras med hjälp av olika metoder (58) (59) (60) (61).
methods for sample preparation, where available, histopathological analyses, especially for a chemical giving a positive comet response;
Vid valet av statistisk metod bör man överväga behovet av omvandling (t.ex. log eller kvadratrot) av uppgifterna och/eller att lägga till en låg siffra (t.ex.
rationale for tissue selection;
0,001) till alla värden (även icke-noll) för att begränsa effekten av nollcellvärden.
methods for verifying that the test chemical reached the target tissue, or general circulation, if negative results are obtained;
Detta diskuteras i ovannämnda litteraturhänvisningar.
details of diet and water quality;
Analysuppgifter för behandling/samverkan mellan könen när båda könen används samt den efterföljande dataanalysen med eller utan skillnader anges i tillägg 2.
detailed description of treatment and sampling schedules and justifications for the choices (e.g. toxicokinetic data, where available);
Uppgifter om toxicitet och kliniska tecken bör också rapporteras.
method of pain relief, analgesia;
a.
procedures for isolating and preserving tissues;
Den parallella negativa kontrollen måste anses godtagbar för registrering i laboratoriets historiska databas över negativa kontroller enligt punkt 16.
methods for preparing single cell/nucleus suspension;
b.
source and lot numbers of all reagents (where possible);
Parallella positiva kontroller (se punkt 29) bör framkalla reaktioner som överensstämmer med de kontroller som genereras i den historiska databasen över positiva kontroller och ge en statistiskt signifikant ökning jämfört med den parallella negativa kontrollen.
methods for evaluating cytotoxicity;
c.
electrophoresis conditions;
Ett tillräckligt antal celler och doser ska ha analyserats (punkterna 52 och 36–38).
staining techniques used; and
d.
methods for scoring and measuring comets.
Urvalskriterierna för högsta dos överensstämmer med de kriterier som beskrivs i punkt 36.
General clinical observations, if any, prior to and throughout the test period for each animal;
Under förutsättning att samtliga acceptanskriterier är uppfyllda anses testkemikalien vara klart positiv om följande gäller:
evidence of cytotoxicity if performed;
a.
for studies longer than one week: Individual body weights during the study, including body weight range, mean and standard deviation for each group; food consumption;
Åtminstone en av testdoserna uppvisar en statistiskt signifikant ökning jämfört med den parallella negativa kontrollen.
dose-response relationship, where evident;
c.
for each tissue/animal, the % tail DNA (or other measures, if chosen) and median values per slide, mean values per animal and mean values per group;
Resultat faller utanför distributionen för historiska negativa kontrolldata för en viss art, vehikel, administreringsväg, vävnad och antal administreringar.
concurrent and historical negative control data with ranges, means/medians and standard deviations for each tissue evaluated;
Om alla dessa kriterier är uppfyllda anses testkemikalien kunna inducera brott på DNA-strängar i de vävnader som undersöks i detta testsystem.
for tissues other than liver, a dose-response curve using the positive control.
Under förutsättning att samtliga acceptanskriterier är uppfyllda anses testkemikalien vara klart negativ om följande gäller:
This can be from data collected during the demonstration of proficiency (see paragraphs 16-17) and should be accompanied by a justification, with citations to current literature, for the appropriateness of the magnitude and scatter of the responses to the controls in that tissue;
b.
statistical analyses and methods applied; and criteria for considering a response as positive, negative or equivocal;
Det finns ingen koncentrationsrelaterad ökning vid utvärdering med ett lämpligt trendtest.
frequency of hedgehogs in each group and per animal.
c.
Durand (1990), Heterogeneity in radiation-induced DNA damage and repair in tumor and normal cells using the “Comet” assay, Radiation Research, Vol.
Alla resultat faller inom distributionen för historiska negativa kontrolldata för en viss art, vehikel, administreringsväg, vävnad och antal administreringar.
122/1, pp. 86-94.
d.
Chapter B.8 of this Annex: Subacute Inhalation Toxicity: 28-Day Study.
Det finns direkta eller indirekta bevis som stöder exponering av målvävnaden eller dess toxicitet.
Chapter B.29 of this Annex: Subchronic Inhalation Toxicity: 90-day Study.
Testkemikalien anses inte kunna inducera brott på DNA-strängar i de vävnader som undersöks i detta testsystem.
OECD (2002), “Guidance Document on the Recognition, Assessment and Use of Clinical Signs as Humane Endpoints for Experimental Animals Used in Safety Evaluation”, OECD Environment, Health and Safety Publications (EHS), Series on Testing and Assessment, No. 19, OECD Publishing, Paris.
Om responsen varken är klart negativ eller klart positiv (dvs. alla kriterier i punkt 59 eller 60 är inte uppfyllda) och för att göra det lättare att fastställa resultatets biologiska relevans bör uppgifterna fackgranskas och/eller undersökas ytterligare om det är vetenskapligt motiverat.
Alkaline single cell gel electrophoresis
Det kan även vara användbart att klassificera ytterligare celler (i förekommande fall) eller upprepa försöket, eventuellt med optimerade försöksbetingelser (t.ex. dosintervall, andra administreringsvägar, andra provtagningstillfällen eller andra vävnader).
Sensitive technique for the detection of primary DNA damage at the level of individual cell/nucleus.
I sällsynta fall är det, trots ytterligare undersökningar, inte möjligt att dra en slutsats om huruvida testkemikalien ger positiva eller negativa resultat och i dessa fall anses undersökningen vara tvetydig.
Comet
För att bedöma den biologiska relevansen av ett positivt eller tvetydigt krävs information om cytotoxicitet i målvävnaden (se punkterna 54–55).
The shape that nucleoids adopt after submitted to one electrophoretic field, due to its similarity to comets: the head is the nucleus and the tail is constituted by the DNA migrating out of the nucleus in the electric field.
Om positiva eller otvetydiga resultat endast observeras vid förekomst av tydliga bevis på cytotoxicitet anses undersökningsresultaten vara tvetydiga för gentoxicitet om det inte finns tillräckligt med information för en definitiv slutsats.
A critical variable/parameter
Vid negativa undersökningsresultat där det finns tecken på toxicitet vid alla testade doser kan en ytterligare undersökning av icke-toxiska doser behövas.
This is a protocol variable for which a small change can have a large impact on the conclusion of the assay.
Ursprung, satsnummer om sådant finns.
Critical variables can be tissue-specific.
Testkemikaliens stabilitet, sista förbrukningsdatum eller sista datum för upprepad analys, om känt.
Critical variables should not be altered, especially within a test, without consideration of how the alteration will alter an assay response, for example as indicated by the magnitude and variability in positive and negative controls.
Lösningsmedel/vehikel:
The test report should list alterations of critical variables made during the test or compared to the standard protocol for the laboratory and provide a justification for each alteration.
Motivering för valet av lösningsmedel/vehikel.
Tail intensity or % tail DNA
Beredning av doser.
This corresponds to the intensity of the comet tail relative to the total intensity (head plus tail).
Analytiska bestämningar av beredningar (t.ex. stabilitet, homogenitet, nominella koncentrationer).
It reflects the amount of DNA breakage, expressed as a percentage.
Använd art/stam och vetenskapliga och etiska motiveringar till valet.
THE FACTORIAL DESIGN FOR IDENTIFYING SEX DIFFERENCES IN THE IN VIVO COMET ASSAY
Ursprung, inhysning, foder, berikning osv.