natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Series on Testing and Assessment, No. 54.
Parametriska tester såsom Williams och Dunnett är inte lämpliga för sådana data.
Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris..
Om det inte finns bevis på allvarlig icke-monotonicitet är ett Jonckheere-Terpstra-test av step-down-typ mycket kraftfullt för att upptäcka effekter av testkemikalien.
STATISTICAL GUIDANCE FOR REGRESSION ESTIMATES
Annars kan Dunns test användas.
The observations used to fit a model are replicate means (length and weight) or replicate proportions (egg hatch and larval mortality) (OECD 2006).
Abnormiteter hos yngel
Weighted regression using replicate sample size as weight is generally advised.
Responsen är antalet yngel som befunnits vara onormala på något sätt.
Other weighting schemes are possible, such as weighting by predicted mean response or a combination of this and replicate sample size.
Denna respons har ofta låg incidens och kan uppvisa samma problem som första kläckningsdatumet.
Weighting by reciprocal of within-concentration sample variance is not recommended (Bunke et al.
Oregelbunden koncentrationsrespons kan också förekomma.
1999, Seber and Wild, 2003, Motulsky and Christopoulos 2004, Huet et al.
Om data åtminstone grovt liknar en monoton koncentrationsform är ett Jonckheere-Terpstra-test av step-down typ kraftfullt för att upptäcka effekter.
2003).
Series on Testing and Assessment. nr 54.
Any transformation of responses prior to analysis should preserve the independence of the observations and ECx and its confidence bounds should be expressed in the original units of measurement, rather than in transformed units.
Organisationen för ekonomiskt samarbete och utveckling (OECD), Paris.
For example, a 20 % change in the logarithm of length is not equivalent to a 20 % change in length (Lyles et.al 2008, Draper and Smith 1999).
STATISTISK VÄGLEDNING FÖR REGRESSIONUPPSKATTNINGAR
The flowchart in figure 4 gives an overview for ECx estimations.
De observationer som används för att anpassa modellen är replikatets medelvärden (längd och vikt) eller replikatets proportioner (kläckta ägg och dödlighet hos yngel) (OECD 2006).
The details are described in the text below.
Viktad regression med användning av replikatets urvalsstorlek som vikt rekommenderas allmänt.
Figure 4
Andra viktningssystem är dock möjliga, såsom viktning genom förutsagd genomsnittlig respons eller en kombination av detta och replikatets urvalsstorlek.
Flow chart for ECx Estimation of Replicate Mean Length, Weight, or Proportion of Egg Hatch or Larval Mortality, see text for more details Select a larget value of x or a different model
Viktning genom ömsesidig urvalsvarians inom koncentrationen rekommenderas inte (Bunke m.fl.
Compare models using AICc criteria or professional judgement and select best fit
Oberoende observationer bör bevaras vid eventuell transformation av responser före analys, och ECx och dess konfidensgränser bör uttryckas i de ursprungliga mätenheterna, inte i transformerade enheter.
Assess goodness of fit of models: (a) visually, (b) compare predicted % effect to observed % effect, (c) compare control mean response to predicted mean response, (d) compare regression residual SS to pure error SS using F-test.
En förändring på 20 % i logaritmen för längd motsvarar t.ex. inte en förändring på 20 % i längd (Lyles m.fl.
Reject poorly fitting models.
2008, Draper och Smith 1999).
8 or more concentrations plus control 6 or 7 concentrations plus control 5 concentrations plus control
Flödesdiagrammet i figur 4 ger en översikt av ECx-uppskattningar.
Report model, ECx and its CI If no model and acceptable x can be found, report NOEC No Yes
Detaljerna beskrivs i texten nedan.
If no indication of extra-binominal variance, probit model can be fit to proportion data Also fit Brain-Cousins Hormetic model
Fig-4
Also fit OECD 4 & 5, Hill, Michaelis-Menton or other 3-5 parm model
(OECD2), enkel exponentiell w/formparameter (OECD3) eller annan 2-3-parm-modell.
For Bruce-Versteeg, simple exponential (OECD2), simple exponential w/shape parameter (OECD3) or other 2-3 parm model
Överväganden rörande antalet kläckta ägg och dödlighet hos yngel
Considerations for Egg Hatch and Larval Mortality
För kläckta ägg och dödlighet hos yngel är det i regel bäst att anpassa en minskande modell om man inte anpassar en probitmodell såsom beskrivs nedan.
For egg hatch and larval mortality, it is generally best to fit a decreasing model unless one is fitting a probit model as described below.
Det innebär att man bör modellera andelen ägg som inte kläcks eller andelen döda yngel.
That is, one should model the proportion of eggs that do not hatch or larvae that die.
Anledningen till detta är att ECx avser en koncentration vid vilken det finns en förändring som motsvarar x % av kontrollens responsmedelvärde.
The reason for this is that ECx refers to a concentration at which there is a change equal to x % of the control mean response.
Om 5 % av kontrolläggen inte kläcks och man modellerar antalet misslyckade kläckningar, avser EC20 en koncentration vid vilken det sker en förändring som motsvarar 20 % ej kläckta ägg och 5 % kläckta ägg i kontrollen, vilket i sin tur motsvarar en förändring på 0,2 × 0,05 = 0,01 eller 1 procentenhet mot 6 % ej kläckta ägg.
If there are 5 % control eggs that fail to hatch and one models failure to hatch, then EC20 refers to a concentration at which there is a change equal to 20 % of the 5 % control failure to hatch, and that is a change of 0,2 × 0,05 = 0,01 or 1 percentage point to 6 % failure to hatch.
En sådan liten förändring kan inte beräknas på något meningsfullt sätt från tillgängliga data och är inte biologiskt viktig.
Such a small change cannot be estimated in any meaningful way from the data available and is not biologically important.
Om man däremot modellerar andelen kläckta ägg skulle kontrollandelen i detta exempel motsvara 95 % och en minskning på 20 % av kontrollmedelvärdet skulle motsvara en förändring på 0,95 × 0,2 = 0,18, dvs. 95 % kläckta ägg till 77 % (= 95-18) kläckta ägg.
Whereas if one models the proportion of eggs that hatch, the control proportion would be 95 % in this example and a 20 % reduction from the control mean would be a change of 0,95 × 0,2 = 0,18, so from 95 % hatch success to 77 % (= 95 – 18) hatching success and that effects concentration can be estimated and is presumably of greater interest.
Denna effektkoncentration kan uppskattas och är förmodligen av större intresse.
This is not an issue with size measurements, though adverse effects on size generally mean a decrease in size.
Detta problem förekommer inte i storleksmätningar, men negativa effekter på storleken innebär i regel minskad storlek.
Models for Size (length or weight) and Egg Hatch Success or Larval Survival.
Modeller för storlek (längd eller vikt) och kläckta ägg eller överlevande yngel.
Except for the Brain-Cousens hormetic model, all of these models are described and recommended in OECD (2006).
Med undantag för Brain-Cousins hormetiska modell beskrivs och rekommenderas alla dessa modeller i OECD (2006).
What are called OECD 2-5, are also discussed for ecotoxicity experiments in Slob (2002).
Den så kallade OECD 2-5 diskuteras också i samband med ekotoxicitetsförsök i Slob (2002).
There are, of course, many other models that might be useful.
Det finns naturligtvis många andra modeller som kan vara användbara.
Bunke, et al.
Bunke, m.fl.
lists numerous models not included here and references to other models are plentiful.
anger ett antal modeller som inte ingår här och det finns många hänvisningar till andra modeller.
Those listed below are suggested as particularly appropriate in ecotoxicity experiments and widely used.
De metoder som anges nedan anses vara särskilt lämpliga för ekotoxicitetsförsök och är allmänt vedertagna.
With 5 test concentrations plus control
Metod med fem testkoncentrationer plus kontroll.
Simple Exponential (OECD 2)
Enkel exponentiell metod (OECD 2).
Exponential with shape parameter (OECD 3)
Exponentiell metod med formparameter (OECD 3).
Simple Exponential with Lower Bound (OECD 4)
Enkel exponentiell metod med nedre gräns (OECD 4).
With 6 or more test concentrations plus control
Metod med sex eller fler testkoncentrationer plus kontroll.
Exponential with shape parameter and lower bound (OECD 5)
Exponentiell metod med formparameter och nedre gräns (OECD 5).
Where there is visual evidence of hormesis (unlikely with egg hatch success or larval survival, but sometimes observed in size observations)
Om det finns synliga tecken på hormesis (osannolikt vad gäller kläckningsframgång och yngelöverlevnad, men förekommer ibland i storleksobservationer).
Brain-Cousens Hormetic; Brain and Cousens (1989)
Brain-Cousins Hormetic, Brain and Cousens (1989).
Alternative models for egg hatch failure and larval mortality
Alternativa modeller för misslyckade kläckningar och dödlighet hos yngel
Increasing models for these responses can be fit by probit (or logistic) models if there is no evidence of extra-binomial variance and control incidence is estimated in the model fit.
Ökande modeller för dessa responser kan anpassas med hjälp av probitmodeller (eller logistiska modeller) om det inte finns några belägg för extrabinomial varians och kontrollincidensen uppskattas i modellanpassningen.
This is not the preferred method, as it treats the individual, not the replicate, as the unit of analysis (Morgan 1992, O'Hara Hines and Lawless 1993, Collett 2002, 2003).
Denna metod är dock inte att föredra eftersom den behandlar individen, inte replikaten, som analysenheter (Morgan 1992, O'Hara Hines och Lawless 1993, Collett 2002, 2003).
Goodness of fit of a single model
Anpassningsgraden (”goodness of fit”) för en enskild modell
Visually compare observed and predicted percent decrease at each test concentration (Motulsky and Christopoulos 2004, Draper and Smith 1999).
Gör en visuell jämförelse av observerade och förutsagda procentuella minskningar för varje testkoncentration (Motulsky och Christopoulos 2004, Draper och Smith 1999).
Compare regression error mean square against the pure error mean square using an F-test (Draper and Smith 1999).
Jämför regressionens medelkvadratsumma och den rena medelkvadratsumman genom användning av F-test (Draper och Smith 1999).
Check that every term in the model is significantly different from zero (i.e., determine whether all model terms are important), (Motulsky and Christopoulos 2004).
Kontrollera att varje term i modellen avviker nämnvärt från 0 (fastställ om alla modelltermer är viktiga) (Motulsky och Christopoulos 2004).
Plots of residuals from regression vs. test concentration, possibly on a log(conc) scale.
Residualdiagram från regressionen mot testkoncentrationen, möjligen enligt en log(konc.)skala.
There should be no pattern to this plot; the points should be randomly scattered about a horizontal line at zero height.
Diagrammet bör inte ha något mönster, utan punkterna bör vara slumpmässigt utspridda längs en horisontell linje vid nollhöjd.
The data should be evaluated for normality and variance homogeneity in the same way as indicated in Appendix 5.
Uppgifterna bör utvärderas för normalitet och variansens homogenitet på samma sätt som anges i tillägg 5.
In addition, normality of the residuals about the regression model should be assessed using the same methods indicated in Appendix 5 for the residuals from ANOVA
Dessutom bör residualernas normalitet i regressionsmodellen bedömas med hjälp av samma metoder som anges i tillägg 5 för residualer från ANOVA.
Compare models
Jämför modellerna.
Use Akiake's AICc criteria.
Använd Akiakes AICC-kriterier.
Smaller AICc values denote better fits and if AICc(B)-AICc(A)≥10, the model A is almost certainly better than model B (Motulsky and Christopoulos (2004).
Mindre AICC värden anger bättre anpassningar.
Compare the two models visually by how well they meet the single model criteria above.
Om AICc(B)-AICc(A)≥10 är modell A nästan säkert bättre än modell B (Motulsky och Christopoulos (2004).
The parsimony principal is advised, whereby the simplest model that fits the data reasonably well is used (Ratkowsky 1993, Lyles et.al 2008).
Jämför de två modellerna visuellt genom att titta på hur väl de uppfyller det enskilda modellkriteriet ovan.
Quality of ECx estimate
Sparsamhetsprincipen rekommenderas, vilket innebär att den enklaste modellen som passar uppgifterna rimligt väl används (Ratkowsky 1993, m.fl.
The confidence interval (CI) for ECx should not be too wide.
Lyles 2008).
Statistical judgment is needed in deciding how wide the confidence interval can be and ECx still be useful.
ECx-skattningens kvalitet
Simulations for regression models fit to egg hatching and size data show that about 75 % of confidence intervals for ECx (x = 10, 20 or 30) span no more than two test concentrations.
Konfidensintervallet (KI) för ECx bör inte vara för brett.
This provides a general guide for what is acceptable and a practical guide for what is achievable.
Det krävs en statistisk bedömning för att avgöra hur stort konfidensintervallet får vara för att ECx fortfarande ska vara användbart.
Numerous authors assert the need to report confidence intervals for all model parameters and that wide confidence intervals for model parameters indicate unacceptable models (Ott and Longnecker 2008, Alvord and Rossio 1993, Motulsky and Christopoulos 2004, Lyles et al.
Simuleringar för regressionsmodeller som är anpassade till antal kläckta ägg och storleksdata visar att ett konfidensintervall på cirka 75 % för ECx (X = 10, 20 eller 30) inte sträcker sig över fler än två testkoncentrationer.
2008, Seber and Wild 2003, Bunke et al.
Detta ger allmän vägledning om vad som är acceptabelt och praktiska råd om vad som är möjligt.
1999, Environment Canada 2005).
Ett flertal författare hävdar att det är nödvändigt att rapportera konfidensintervall för alla modellparametrar och att breda konfidensintervall för modellparametrar tyder på att modellen är oacceptabel (Ott och Longnecker 2008, Alvord och Rossio 1993 Motulsky och Christopoulos 2004, Lyles m.fl.
The CI for ECx (or any other model parameter) should not contain zero (Motulsky and Christopoulos 2004).
2008, Seber och Wild 2003, Bunke m.fl.
This is the regression equivalent the minimum significant difference that is often cited in hypothesis testing approaches (e.g. Wang et al 2000).
1999, Environment Canada 2005).
It also corresponds to the confidence interval for the mean responses at the LOEC not contain the control mean.
KI för ECx (eller någon annan modellparameter) får inte innehålla noll (Motulsky och Christopoulos 2004).
One should wonder whether the parameter estimates are scientifically plausible.
Detta är motsvarigheten i regressionsmodeller till den minsta signifikanta skillnad som ofta citeras i hypotestestmetoder (t.ex.
E.g. if the confidence interval for y0 is ± 20 %, no EC10 estimate is plausible.
Wang m.fl.
If the model predicts a 20 % effect at a concentration C and the maximum observed effect at C and lower concentrations is 10 %, then the EC20 is not plausible (Motulsky and Christopoulos 2004, Wang et al.
2000).
2000, Environment Canada 2005).
Det motsvarar också konfidensintervallet för de genomsnittliga LOEC-responser som inte innehåller kontrollmedelvärdet.
ECx should not require extrapolation outside the range of positive concentrations (Draper and Smith 1999, OECD 2006).
Man bör fråga sig om parameterskattningarna är vetenskapligt trovärdiga.
For example, a general guide might be for ECx to be no more than about 25 % below the lowest tested concentration or above the highest tested concentration.
Om konfidensintervallet för y0 är ± 20 % är t.ex. ingen EC10-skattning rimlig.
Brain P. and Cousens R. (1989); An equation to describe dose responses where there is stimulation of growth at low doses.
Om modellen förutsäger en effekt på 20 % vid koncentration C och den maximala observerade effekten vid C och lägre koncentrationer är 10 %, är EC20 inte rimlig (Motulsky och Christopoulos 2004, Wang m.fl.
Weed res.
2000, Environment Canada 2005).
29: 93-96.
ECx bör inte kräva extrapolering utanför positiva koncentrationer (Draper och Smith 1999, OECD 2006).
OECD (2006); Current approaches in the statistical analysis of ecotoxicity data: A guidance to application.
En allmän vägledning kan t.ex. vara att ECx inte är mer än omkring 25 % lägre än den lägsta testade koncentrationen eller över den högsta testade koncentrationen.
Series Testing and Assessment, No. 54, Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris.
Brain, P. och Cousens, R. (1989), An equation to describe dose responses where there is stimulation of growth at low doses.
C.48 Fish Short Term Reproduction Assay
Weed res.
This test method is equivalent to OECD test guideline (TG) 229 (2012).
29: 93–96.
The need to develop and validate a fish assay capable of detecting endocrine active chemicals originates from the concerns that environmental levels of chemicals may cause adverse effects in both humans and wildlife due to the interaction of these chemicals with the endocrine system.
OECD (2006), Current approaches in the statistical analysis of ecotoxicity data: A guidance to application.
In 1998, the OECD initiated a high-priority activity to revise existing guidelines and to develop new guidelines for the screening and testing of potential endocrine disruptors.
Series Testing and Assessment, nr 54, Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris.
One element of the activity was to develop a test guideline for the screening of chemicals active on the endocrine system of fish species.
C.48 Korttidstest av reproduktion hos fisk
The Fish Short Term Reproduction Assay underwent an extensive validation programme consisting of inter-laboratory studies with selected chemicals to demonstrate the relevance and reliability of the assay for the detection of chemicals that impact reproduction in fish by various mechanisms including endocrine modalities (1, 2, 3, 4, 5).
Denna testmetod motsvarar OECD:s testriktlinje (TG) 229 (2012).
All endpoints of the OECD test guideline have been validated on the fathead minnow, and a subset of endpoints has been validated in the Japanese medaka (i.e. vitellogenin and secondary sex characteristics) and the zebrafish (i.e. vitellogenin).
Behovet av att utveckla och validera ett test på fisk som kan påvisa endokrint aktiva kemikalier härrör från farhågor att koncentrationen av kemikalier i miljön kan orsaka negativa effekter både hos människor och vilda djur på grund av samspelet mellan dessa kemikalier och det endokrina systemet.
The validation work has been peer-reviewed by a panel of experts nominated by the National Coordinators of the OECD Test Guideline Programme (6) in part, and by an independent panel of experts commissioned by the United States Environmental Protection Agency (29).
OECD inledde 1998 en högprioriterad verksamhet för att se över befintliga riktlinjer och utveckla nya riktlinjer för undersökning och testning av potentiellt endokrinstörande ämnen.
The assay is not designed to identify specific mechanisms of hormonal disruption because the test animals possess an intact hypothalamic-pituitary-gonadal (HPG) axis, which may respond to chemicals that impact on the HPG axis at different levels.
Ett inslag i verksamheten var att utveckla en testmetod för undersökning av kemikalier som är verksamma på det endokrina systemet hos fiskarter.
This test method describes an in vivo screening assay where sexually mature male and spawning female fish are held together and exposed to a chemical during a limited part of their life-cycle (21 days).
Det kortvariga reproduktionstestet på fisk genomgick ett omfattande valideringsprogram bestående av interlaborativa studier med utvalda kemikalier för att demonstrera testets relevans och tillförlitlighet för påvisning av kemikalier som påverkar reproduktionen hos fisk genom flera olika mekanismer, inklusive endokrina modaliteter (1, 2, 3, 4, 5).
At termination of the 21-day exposure period, two biomarker endpoints are measured in males and females as indicators of endocrine activity of the test chemical; these endpoints are vitellogenin and secondary sexual characteristics.
Alla endpoints i OECD:s testriktlinje har validerats för knölskallelöja, och en underordnad uppsättning endpoints har validerats för medaka (japansk risfisk) (dvs. vitellogenin och sekundära könskaraktärer) samt för sebrafisk (dvs vitellogenin).
Vitellogenin is measured in fathead minnow, Japanese medaka and zebrafish, whereas secondary sex characteristics are measured in fathead minnow and Japanese medaka.
Valideringsarbetet har granskats av en expertpanel utsedd av de nationella samordnarna för OECD:s testmetodprogram (Test Guideline Programme) (6) och dels av en oberoende expertpanel på uppdrag av Förena staternas Environmental Protection Agency (29).
Additionally, quantitative fecundity is monitored daily throughout the test.
Testet är inte utformat för att upptäcka särskilda hormonstörande mekanismer eftersom försöksdjuren har en intakt hypotalamus-hypofys-gonad-axel (HPG-axel), som kan reagera på kemikalier som påverkar HPG-axeln på olika nivåer.
Gonads are also preserved and histopathology may be evaluated to assess the reproductive fitness of the test animals and to add to the weight of evidence of other endpoints.
Denna metod beskriver ett screeningtest in vivo där könsmogna lekande hanar och honor hålls tillsammans och exponeras för en kemikalie under en begränsad del av deras livscykel (21 dagar).
This bioassay serves as an in vivo reproductive screening assay and its application should be seen in the context of the “OECD Conceptual Framework for the Testing and Assessment of Endocrine Disrupting Chemicals” (30).
Vid slutet av den 21 dagar långa exponeringstiden mäts en eller två biomarkörer som endpoints hos hanar och honor som indikatorer på testkemikaliens endokrina aktivitet.
In this Conceptual Framework the Fish Short Term Reproduction Assay is proposed at Level 3 as an in vivo assay providing data about selected endocrine mechanism(s)/pathway(s).
Dessa endpoints är vitellogenin och sekundära könskaraktärer.
Vitellogenin (VTG) is normally produced by the liver of female oviparous vertebrates in response to circulating endogenous oestrogen.
Vitellogenin mäts hos knölskallelöja, medaka och sebrafisk, medan de sekundära könskaraktärerna mäts hos knölskallelöja och medaka.
It is a precursor of egg yolk proteins and, once produced in the liver, travels in the bloodstream to the ovary, where it is taken up and modified by developing eggs.
Dessutom övervakas kvantitativ fruktsamhet (fekunditet) dagligen under hela testet.
Vitellogenin is almost undetectable in the plasma of immature female and male fish because they lack sufficient circulating oestrogen; however, the liver is capable of synthesising and secreting vitellogenin in response to exogenous oestrogen stimulation.
Könskörtlar bevaras också och histopatologi kan utvärderas för att bedöma försöksdjurens reproduktiva lämplighet och komplettera den sammanvägda bedömningen av andra endpoints.
The measurement of vitellogenin serves for the detection of chemicals with various oestrogenic modes of action.
Denna bioanalys tjänar som en reproduktiv in vivo-screeninganalys och dess tillämpning bör ses mot bakgrund av OECD:s konceptuella ramverk för testning och bedömning av endokrinstörande kemikalier (30).
The detection of oestrogenic chemicals is possible via the measurement of vitellogenin induction in male fish, and it has been abundantly documented in the scientific peer-reviewed literature (e.g. (7)).
I denna begreppsram föreslås det kortvariga reproduktionstestet på fisk på nivå 3 som en in vivo-analys som ger data om valda endokrina mekanismer eller vägar.
Vitellogenin induction has also been demonstrated following exposure to aromatisable androgens (8, 9).
Vitellogenin (VTG) produceras vanligen i levern hos honor av äggläggande ryggradsdjur som respons på cirkulerande endogent östrogen.