natgillin/translations-raw huggingface dataset:
The cells are normally solitary, and cell density measurements can easily be performed using an electronic particle counter or microscope.
Längre sonikering än vad som krävs för att bryta sönder kedjorna i småfragment kan dock förstöra cellerna.
Various growth media may be used for keeping a stock culture.
Sonikeringens intensitet och varaktighet ska vara densamma för varje testlösning.
It is particularly important to avoid allowing the batch culture to go past log phase growth when renewing, recovery is difficult at this point.
Räkna tillräckligt många fält på hemocytometern (minst 400 celler) för att kompensera för variabiliteten.
Anabaena flos-aquae develops aggregates of nested chains of cells.
På så vis ökar tillförlitligheten hos de mikroskopiska täthetsbestämningarna.
The size of these aggregates may vary with culturing conditions.
Den totala cellvolymen för Anabaena kan bestämmas med hjälp av en elektronisk partikelräknare.
It may be necessary to break up these aggregates when microscope counting or an electronic particle counter is used for determination of biomass.
Först måste dock cellkedjorna brytas sönder genom försiktig sonikering.
Sonication of sub-samples may be used to break up chains to reduce count variability.
Anpassa sonikeringsenergin så att cellerna inte sprängs.
Longer sonication than required for breaking up chains into shorter lengths may destroy the cells.
Använd vortexblandare eller liknande för att se till att den algsuspension som används för att ympa testkärlen är väl blandad och har homogen konsistens.
Sonication intensity and duration must be identical for each treatment.
Testkärlen placeras i ett skakbord med rund- eller längsgående rörelse, hastighet ca 150 rpm.
Count enough fields on the hemocytometer (at least 400 cells) to help compensate for variability.
Ett alternativ är att man med jämna mellanrum skakar kärlen för att undvika att Anabaena bildar klumpar.
This will improve reliability of microscopic density determinations.
Om klumpar ändå bildas måste man se till att de prov som tas för mätning av biomassa är representativa.
An electronic particle counter can be used for determination of total cell volume of Anabaena after breaking up the cell chains by careful sonification.
Det kan vara nödvändigt att skaka kärlen kraftigt före provtagning för att klumparna ska lösas upp.
The sonification energy has to be adjusted to avoid disruption of the cells.
Synechococcus leopoliensis växer som enskilda, stavformiga celler.
Use a vortex mixer or similar appropriate method to make sure the algae suspension used to inoculate test vessels is well mixed and homogeneous.
Cellerna är mycket små, vilket försvårar bestämning av biomassan genom räkning av celler i mikroskop.
Test vessels should be placed on an orbital or reciprocate shaker table at about 150 revolutions per minute.
Elektroniska partikelräknare anpassade för partiklar ned till ung.
Vigorous agitation before sampling may be necessary to disintegrate algal clumps.
Detta beror på att fett som producerats av algerna ibland ansamlas i en ytfilm till vilken de enskilda algcellerna lätt vidhäftas.
Synechococcus leopoliensis grows as solitary rod-shaped cells.
Uppmätt med elektronisk partikelräknare.
The cells are very small, which complicates the use of microscope counting for biomass measurements.
Beräknat på grundval av storleken.
Note that silicate is required in the medium.
Odlingsmedier
Navicula pelliculosa may form aggregates under certain growth conditions.
Man kan välja mellan två odlingsmedier:
Due to production of lipids the algal cells sometimes tend to accumulate in the surface film.
OECD-medium:
Under those circumstances special measures have to be taken when sub-samples are taken for biomass determination in order to obtain representative samples.
originalmedium enligt OECD TG 201, samt enligt ISO 8692
Vigorous shaking, e.g. using a vortex mixer may be required.
Vid beredning av medierna ska kemikalier av reagenskvalitet eller p.a.-kvalitet användas, och vattnet ska vara avjonat.
Measured with electronic particle counter
Sammansättningen av AAP-medium (enl.
Calculated from size
EPA) och OECD TG 201-medium
Most frequently observed growth rate in OECD medium at light intensity approx.
Komponent
Appendix 3
CaCl2 · 2(H2O)
Growth Media
MgSO4 · 7(H2O)
One of the following two growth media may be used:
FeCl3 · 6(H2O)
Original medium of OECD TG 201, also according to ISO 8692
MnCl2 · 4(H2O)
EPA medium AAP also according to ASTM.
CoCl2 · 6(H2O)
When preparing these media, reagent or analytical-grade chemicals should be used and deionised water.
MoO4 · 2(H2O)
Composition of the AAP-medium (US.
CuCl2 · 2(H2O)
EPA) and the OECD TG 201 medium.
Det molara förhållandet mellan EDTA och järn ska vara något större än 1.
Component
På så vis förhindras utfällning av järn samtidigt som kelateringen av tungmetalljoner minimeras.
OECD
I testet med kiselalgen Navicula pelliculosa berikas båda medierna med Na2SiO3 · 9H2O så att koncentrationen av kisel (Si) blir 1,4 mg/l.
MgCl2·6(H2O)
Mediets pH hålls i jämvikt genom karbonatsystemet i mediet och partialtrycket för CO2 i den omgivande luften.
CaCl2·2(H2O)
Ett ungefärligt förhållande mellan pH vid 25 °C och den molara koncentrationen av bikarbonat ges av formeln
MgSO4·7(H2O)
Med 15 mg NaHCO3/l är pHeq = 7,5 (AAP-medium enl.
FeCl3·6(H2O)
EPA), och med 50 mg NaHCO3/l är pHeq = 8,1 (OECD-medium).
EDTA·2(H2O)
Testmediernas grundämnessammansättning
MnCl2·4(H2O)
Grund-ämne
CoCl2·6(H2O)
Beredning av OECD-medium
MoO4·2(H2O)
Näringsämne
CuCl2·2(H2O)
Koncentration i stamlösningen
The molar ratio of EDTA to iron slightly exceeds unity.
Stamlösning 1:
This prevents iron precipitation and at the same time, chelation of heavy metal ions is minimised.
makro-näringsämnen
In test with the diatom Navicula pelliculosa both media must be supplemented with Na2SiO3 ·9H20 to obtain a concentration of 1,4 mg Si/l.
1,5 g/l
The pH of the medium is obtained at equilibrium between the carbonate system of the medium and the partial pressure of CO2 in atmospheric air.
MgCl2 · 6H2O
An approximate relationship between pH at 25 oC and the molar bicarbonate concentration is:
1,2 g/l
With 15 mg NaHCO3/l, pHeq = 7,5 (U.S. EPA medium) and with 50 mg NaHCO3/l, pHeq = 8,1 (OECD medium).
CaCl2 · 2H2O
Element composition of test media
1,8 g/l
Element
MgSO4 · 7H2O
Preparation of OECD medium
0,16 g/l
Nutrient
Stamlösning 2:
Concentration in stock solution
järn
Stock solution 1:
FeCl3 · 6H2O
macro nutrients
EDTA · 2H2O
1,5 g/l
Stamlösning 3:
MgCl2·6H2O
mikro-näringsämnen
1,2 g/l
MnCl2 · 4H2O
1,8 g/l
1,5 mg/l
0,16 g/l
0,01 mg/l
Stock solution 2:
MoO4 · 2H2O
FeCl3·6H2O
bikarbonat
100 mg/l
Sterilisera stamlösningarna genom membranfiltrering (genomsnittlig pordiameter 0,2 μm) eller autoklavering (120 °C, 15 min).
Stock solution 3:
Lösningarna förvaras i mörker vid 4 °C.
trace elements
Stamlösningarna 2 och 4 autoklaveras inte, utan steriliseras genom membranfiltrering.
185 mg/l
Odlingsmediet bereds genom att man tillsätter lämpliga volymer av stamlösningarna 1–4 till vatten.
MnCl2·4H2O
Till 500 ml steriliserat vatten tillsätts:
3 mg/l
1 ml av stamlösning 2
CoCl2·6H2O
1 ml av stamlösning 3
1,5 mg/l
1 ml av stamlösning 4
CuCl2·2H2O
Späd till 1000 ml med steriliserat vatten.
0,01 mg/l
Vänta tills mediet befinner sig i jämvikt med den omgivande luften med avseende på CO2.
MoO4·2H2O
Vid behov kan processen påskyndas genom att mediet bubblas med steril, filtrerad luft i några timmar.
7 mg/l
Tillsätt 1 ml av var och en av stamlösningarna i 2.1–2.7 till ung.
Stock solution 4:
900 ml avjonat eller destillerat vatten och späd till 1 liter.
bicarbonate
Stamlösningar med makronäringsämnen bereds genom att kemikalierna nedan löses i 500 ml avjonat eller destillerat vatten.
50 g/l
Reagensen 2.1, 2.2, 2.3 och 2.4 kan kombineras till en stamlösning.
SiO3·9H20
Stamlösning med mikronäringsämnen (se 3)
Sterilise the stock solutions by membrane filtration (mean pore diameter 0,2 μm) or by autoclaving (120 °C, 15 min).
SiO3 · 9H2O
Store the solutions in the dark at 4 °C.
Se anm.
Do not autoclave stock solutions 2 and 4, but sterilise them by membrane filtration.
1.
Prepare a growth medium by adding an appropriate volume of the stock solutions 1-4 to water:
Anmärkning 1:
1 ml of stock solution 2
Slutkoncentrationen av kisel (Si) i mediet ska i båda fallen vara 20 mg/l.
1 ml of stock solution 3
Stamlösningen med mikronäringsämnen bereds genom att kemikalierna nedan löses i 500 ml avjonat eller destillerat vatten.
1 ml of stock solution 4
SeO4 · 5H2O
Make up to 1000 ml with sterilised water.
0,005 mg.
Allow sufficient time for equilibrating the medium with the atmospheric CO2, if necessary by bubbling with sterile, filtered air for some hours.
Se anm.
Preparation of U.S.
2.
EPA medium
Anmärkning 2:
Add 1 ml of each stock solution in 2.1–2.7 to approximately 900 ml of deionised or distilled water and then dilute to 1 litre.
Används bara för stamkulturer av kiselalger.
Macronutrient stock solutions are made by dissolving the following into 500 ml of deionised or distilled water.
Justera pH till 7,5 ± 0,1 med 0,1 N eller 1,0 N NaOH eller HCl.
Reagents 2.1, 2.2, 2.3, and 2.4 can be combined into one stock solution.
Om man använder sig av en elektronisk partikelräknare ska mediet filtreras över till ett sterilt kärl genom ett membranfilter med en pordiameter på 0,22 μm.
SiO3·9H2O
Mediet lagras i mörker vid ung.
See Note 1.
4 °C tills det används.
Note 1:
Tillägg 4
Use for diatom test species only.
Exempel på en metod för algodling
May be added directly (202,4 mg) or by way of stock solution to give 20 mg/l Si final concentration in medium.
Allmänna påpekanden
The micronutrient stock solution is made by dissolving the following into 500 ml of deionised or distilled water:
Syftet med odling enligt följande metod är att få fram algkulturer för toxicitetstester.
[Disodium (Ethylenedinitrilo) tetraacetate].
Man måste vidta lämpliga åtgärder för att förhindra att algkulturerna kontamineras med bakterier.
SeO4·5H2O
Utgångsmaterialet ska bestå av monokulturer, och helst axeniska sådana.
0,005 mg See Note 2.
Alla moment ska utföras under sterila förhållanden för att undvika kontaminering med bakterier eller andra alger.
Note 2:
Utrustning och material
Use only in medium for stock cultures of diatom species.
Se under testmetod:
Adjust pH to 7,5 ± 0,1 with 0,1 N or 1,0 N NaOH or HCl.
Utrustning
Filter the media into a sterile container through either a 0,22 μm membrane filter if a particle counter is to be used or a 0,45 μm filter if a particle counter is not to be used.
Odling av algkulturer
Store medium in the dark at approximately 4 °C until use.
Beredning av näringslösningar (näringsmedier):
Appendix 4
Alla närsalter i mediet bereds som koncentrerade stamlösningar och lagras i mörker vid låg temperatur.
Example of a procedure for the culturing of algae
Lösningarna steriliseras genom filtrering eller autoklavering.
General observations
Mediet bereds genom att man tillsätter angiven mängd stamlösning till sterilt destillerat vatten.
The purpose of culturing on the basis of the following procedure is to obtain algal cultures for toxicity tests.
Kontaminering med mikroorganismer måste undvikas.
Use suitable methods to ensure that the algal cultures are not infected with bacteria.
För fasta medier tillsätts 0,8 % agar.
Axenic cultures may be desirable but unialgal cultures must be established and used.
Stamkultur:
All operations must be carried out under sterile conditions in order to avoid contamination with bacteria and other algae.
Stamkulturerna är små algkulturer som regelbundet överförs till färskt medium och som används som utgångstestmaterial.
Equipment and materials
Om kulturerna inte används regelbundet ska de strykas ut på böjda agarrör.
See under test method:
Dessa överförs till färskt medium minst en gång varannan månad.
Apparatus.
Stamkulturerna odlas i E-kolvar med lämpligt medium (volym ca 100 ml).
Procedures for obtaining algal cultures
Om algerna inkuberas vid 20 °C i kontinuerligt ljus måste överföringar göras en gång i veckan.
Preparation of nutrient solutions (media):
Vid detta moment överför man med hjälp av en steril pipett en viss mängd ’gammal’ kultur till en kolv med färskt medium så att initialkoncentrationen för snabbväxande arter är ca 100 gånger lägre än i den gamla kulturen.
All nutrient salts of the medium are prepared as concentrated stock solutions and stored dark and cold.
Tillväxttakten för en viss art kan bestämmas utifrån tillväxtkurvan.
These solutions are sterilised by filtration or by autoclaving.
Med hjälp av detta värde kan man sedan räkna fram vid vilken celltäthet kulturen ska överföras till nytt medium.
The medium is prepared by adding the correct amount of stock solution to sterile distilled water, taking care that no infection occurs.
Detta måste göras innan kulturen når deklinationsfasen.
For solid medium 0,8 per cent of agar is added.
Förkultur:
Stock culture:
Avsikten med förkulturen är att få en mängd alger som är lämpliga för ympning av testkulturer.
The stock cultures are small algal cultures that are regularly transferred to fresh medium to act as initial test material.
Förkulturen inkuberas under testbetingelser och används medan den ännu växer exponentiellt, vanligen efter en inkuberingsperiod på 2–4 dagar.
If the cultures are not used regularly they are streaked out on sloped agar tubes.
Algkulturer som innehåller deformerade eller avvikande celler kastas bort.
These are transferred to fresh medium at least once every two months.
Tillägg 5
The stock cultures are grown in conical flasks containing the appropriate medium (volume about 100 ml).
Analys Av Data Med Icke-Linjär Regression
When the algae are incubated at 20 °C with continuous illumination, a weekly transfer is required.
Allmänna överväganden
During transfer an amount of “old” culture is transferred with sterile pipettes into a flask of fresh medium, so that with the fast-growing species the initial concentration is about 100 times smaller than in the old culture.
Responsen i algtester och andra tester som gäller mikrobiell tillväxt (tillväxt av biomassa) är per definition en kontinuerlig, eller metrisk, variabel.
The growth rate of a species can be determined from the growth curve.
Det rör sig om hastigheten hos en process i de fall man mäter tillväxthastighet, och integralen av motsvarande kurva om man i stället mäter biomassa.
If this is known, it is possible to estimate the density at which the culture should be transferred to new medium.
Båda variablerna jämförs sedan med motsvarande genomsnittsrespons för icke-exponerade kontrollreplikat som uppvisar maximal respons under de rådande förhållandena – med ljus och temperatur som viktigaste faktorer i algtestet.
This must be done before the culture reaches the death phase.
Systemet kan vara uppdelat eller homogent, och biomassan kan anses utgöra en helhet där man inte behöver ta hänsyn till enskilda celler.
Pre-culture:
Variansfördelningen för responsen i ett sådant system beror uteslutande på experimentella faktorer (där felen vanligen är lognormalfördelade eller normalfördelade).
The pre-culture is intended to give an amount of algae suitable for the inoculation of test cultures.
Detta ska jämföras med typiska responser i biologiska tester med dikotoma data där toleransen (som vanligen är binomialfördelad) hos enskilda organismer ofta antas vara det dominerande elementet i variansen.
The pre-culture is incubated under the conditions of the test and used when still exponentially growing, normally after an incubation period of 2 to 4 days.
Responsen i kontrollerna är i detta fall noll eller har samma värde som bakgrundsnivån.
When the algal cultures contain deformed or abnormal cells, they must be discarded.
I det enklaste fallet minskar den normaliserade eller relativa responsen r monotont från värdet 1 (ingen tillväxthämning) till 0 (100 % tillväxthämning).
Appendix 5
Man bör vara medveten om att alla responser innehåller fel, och att uppenbar negativ hämning vid beräkningen uteslutande anses bero på slumpmässiga fel.
Data analysis by nonlinear regression
Regressionsanalys
General considerations
Modeller
The response in algal tests and other microbial growth tests — growth of biomass — is by nature a continuous or metric variable — a process rate if growth rate is used and its integral over time if biomass is selected.
Syftet med en regressionsanalys är att kvantitativt beskriva dos-respons-kurvan i form av en matematisk regressionsfunktion, Y = f (C) eller – vanligare – F (Z), där Z = log C. Använd på motsatt sätt kan funktionen C = f– 1 (Y) utnyttjas för beräkning av ECx-värden, t.ex.
Both are referenced to the corresponding mean response of replicate non-exposed controls showing maximum response for the conditions imposed — with light and temperature as primary determining factors in the algal test.
EC50, EC10 och EC20, samt motsvarande 95-procentiga konfidensgränser.
The system is distributed or homogenous and the biomass can be viewed as a continuum without consideration of individual cells.
Ett flertal enkla matematiska funktioner har visat sig vara lämpliga för att beskriva förhållandet mellan koncentration och respons vid bestämning av tillväxthämning hos alger.
The variance distribution of the type of response for a such system relate solely to experimental factors (described typically by the log-normal or normal distributions of error).
Dessa funktioner innefattar t.ex. den logistiska ekvationen, den icke-symmetriska Weibull-ekvationen samt funktionen för lognormalfördelning.
This is by contrast to typical bioassay responses with quantal data for which the tolerance (typically binomially distributed) of individual organisms are often assumed to be the dominant variance component.
De är alla sigmoida kurvor som asymptotiskt närmar sig värdet noll för C → 0 och värdet ett då C → oändligheten.
Control responses are here zero or background level.
Ett nyligen framlagt alternativ till asymptotiska modeller är modeller som bygger på kontinuerliga tröskelfunktioner (t.ex.
In the uncomplicated situation, the normalised or relative response, r, decreases monotonically from 1 (zero inhibition) to 0 (100 per cent inhibition).
Kooijman-modellen för tillväxthämning avseende populationer, se Kooijman m.fl.
Note, that all responses have an error associated and that apparent negative inhibitions can be calculated as a result of random error only.
1996).
Regression analysis
Modellen bygger på antagandet att det inte förekommer några effekter under ett visst tröskelvärde EC0+ som bestäms genom extrapolation av dos-respons-kurvan till den punkt där den korsar koncentrationsaxeln.
Models
Man använder sig då av en enkel kontinuerlig funktion som inte är differentierbar i startpunkten.
A regression analysis aims at quantitatively describing the concentration response curve in the form of a mathematical regression function Y = f (C) or more frequently F(Z) where Z = log C. Used inversely C = f– 1 (Y) allows the calculation of, ECx figures, including the EC50, EC10 and EC20, and their 95 % confidence limits.
Observera att analysen kan bestå av en enkel minimering av residualkvadratsummor (om man antar att variansen är konstant) eller av viktade kvadrater, om man kompenserar för variansens heterogenitet.
Several simple mathematical functional forms have proved to successfully describe concentration — response relationships obtained in algal growth inhibition tests.
Förfarande
Functions include for instance the logistic equation, the nonsymmetrical Weibul equation and the log normal distribution function, which are all sigmoid curves asymptotically approaching zero for C → 0 and one for C → infinity.
Förfarandet är i korthet följande:
The use of continuous threshold function models (e.g. the Kooijman model “for inhibition of population growth” Kooijman et al.
Välj en lämplig funktion, Y = f(C), och anpassa den till data genom icke-linjär regression.
1996) is a recently proposed or alternative to asymptotic models.
För att man ska kunna få ut så mycket information som möjligt från mätdata bör man använda mätvärden från varje enskild kolv i stället för medelvärden för samtliga replikat.
This model assumes no effects at concentrations below a certain threshold EC0+ that is estimated by extrapolation of the response concentration relationship to intercept the concentration axis using a simple continuous function that is not differentiable in the starting point.
Om variansen å andra sidan är hög visar erfarenheten att medelvärden för replikaten troligen kan ge en matematisk uppskattning som är mer tillförlitlig och mindre påverkad av slumpmässiga fel i data än en metod där man behåller varje enskild datapunkt.
Note that the analysis can be a simple minimisation of sums of residual squares (assuming constant variance) or weighted squares if variance heterogeneity is compensated.
Plotta den anpassade kurvan och erhållna mätdata, och kontrollera att kurvans anpassning är godtagbar.
Procedure
Analys av residualer kan vara ett särskilt användbart verktyg för detta ändamål.
The procedure can be outlined as follows:
Om den valda funktionen för anpassning av dos-respons-kurvan ger en otillfredsställande beskrivning av hela kurvan eller en väsentlig del av denna, t.ex. responsen vid låga koncentrationer, bör man välja en annan typ av kurvanpassning som inte är symmetrisk, t.ex.
Select an appropriate functional equation, Y = f(C), and fit it to the data by non-linear regression.
Weibull-funktionen.
Use preferably the measurements from each individual flask rather than means of replicates, in order to extract as much information from the data as possible.
Negativ hämning kan ge problem då man använder sig av t.ex. funktionen för lognormalfördelning.
If the variance is high, on the other hand, practical experience suggests that means of replicates may provide a more robust mathematical estimation less influenced by systematic errors in the data, than with each individual data point retained.
Också i detta fall bör man välja en alternativ regressionsfunktion.
Plot the fitted curve and the measured data and examine whether the curve fit is appropriate.
Det är inte lämpligt att sådana negativa värden tilldelas värdet noll eller ett lågt positivt värde eftersom detta rubbar felfördelningen.
Analysis of residuals may be a particular helpful tool for this purpose.
Det kan vara befogat att göra separata anpassningar för olika delar av kurvan.
If the chosen functional relationship to fit the concentration response does not describe well the whole curve or some essential part of it, such as the response at low concentrations, choose another curve fit option — e.g., a non-symmetrical curve like the Weibul function instead of a symmetrical one.
Exempelvis kan värdet på EClow x uppskattas från den del av kurvan där tillväxthämningen är låg.
Negative inhibitions may be a problem with for instance the log — normal distribution function likewise demanding an alternative regression function.
Beräkna från den anpassade ekvationen (genom ’omvänd uppskattning’, C = f– 1 (Y)) karaktäristiska punktskattningar för ECx-värden.
It is not recommended to assign a zero or small positive value to such negative values because this distorts the error distribution.
I rapporten ska åtminstone EC50 samt en eller två uppskattningar av EClow x tas med.
It may be appropriate to make separate curve fits on parts of the curve such as the low inhibition part to estimate EClowx figures.
Den praktiska erfarenheten har visat att algtestet vanligen medger en rimligt noggrann uppskattning vid 10 % tillväxthämning, förutsatt att det finns tillräckligt många datapunkter.
Calculate from the fitted equation (by “inverse estimation”, C = f– 1(Y)), characteristic point estimates ECx's, and report as a minimum the EC50 and one or two EClow x estimates.
Undantaget är de fall då tillväxtstimulering skett vid låga koncentrationer av testkemikalien.