natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Remove the supernatant and dissolve the pellet in 200 µl of fixative prepared < 24 hours previously.
Avlägsna supernatanten och lös pelleten i 200 µl fixeringsvätska som preparerats 24 timmar tidigare.
Vortex and incubate for one hour in the refrigerator.
Skaka och inkubera under 1 timme i kylskåp.
Centrifuge for 7 minutes at 7000 g, remove the supernatant and resuspend the pellet in 75 µl 0,01M PB (see Appendix 7).
Centrifugera under 7 minuter på 7000 g, avlägsna supernatanten och återsuspendera pelleten i 75 µl 0,01 M fosfatbuffert (se tillägg 7).
The remaining sample solution (49 µl) can be stored at –20 °C after addition of one volume of 96 % ethanol.
Den återstående provlösningen (49 µl) kan lagras vid –20 °C efter tillsats av 1 volym 96-procentig etanol.
In case the FISH assay requires repeating, remove the ethanol by centrifugation and add an equal volume of 0,01 PB (mix by vortexing).
Om FISH-testet skall upprepas, avlägsna etanolen genom centrifugering, och tillsätt en lika stor volym 0,01 fosfatbuffert (omskakas). Fig.
Hybridisation
Hybridisering
Prepare a moist incubation chamber by covering the bottom of an air-tight box with tissue or filter paper soaked in 1x hybmix (Appendix 7).
Preparera en fuktkammare för inkubation genom att täcka botten av en lufttät behållare med mjuk- eller filterpapper doppat i 1 x hybmix (tillägg 7).
Pre-incubate the box in the hybridisation oven at 45 °C for at least 10 minutes.
Preinkubera behållaren i hybridiseringsugn vid 45 °C under minst 10 minuter.
Apply 10 μl of hybridisation solution (Appendix 7) to eight windows (windows 1, 2, 4, 5, 6, 7, 9 and 10; see Fig 7.1) of each slide leaving the two centre windows (3 and 8) empty.
Tillsätt 10 μl hybridiseringslösning (tillägg 7) till 8 fönster (fönstren 1, 2, 4, 5, 6, 7, 9 och 10; se figur 7.1) på varje glas och lämna de två mittfönstren (3 och 8) tomma.
Apply coverslips (24 × 24 mm) to the first and last four windows without trapping air.
Anbringa täckglass (24 × 24 mm) på det första och de 4 sista fönstren utan att låta någon luft komma emellan.
Place the slides in the pre-warmed moist chamber and hybridise for five hours in the oven at 45 °C in the dark.
Placera glasen i den redan uppvärmda fuktkammaren och hybridisera under 5 timmar i ugn i 45 °C i mörker.
Prepare three beakers containing 1 l of Milli Q (molecular grade) water, 1 l of 1x hybmix (334 ml 3x hybmix and 666 ml Milli Q water) and 1 l of 1/8x hybmix (42 ml 3x hybmix and 958 ml Milli Q water).
Preparera 3 bägare innehållande 1 l Milli Q-vatten (av molekylärbiologisk kvalitet), 1 l av 1 x hybmix (334 ml 3 x hybmix och 666 ml Milli Q-vatten) och 1 l av 1/8 x hybmix (42 ml 3 x hybmix och 958 ml Milli Q-vatten).
Pre-incubate each in a waterbath at 45 °C.
Preinkubera var och en i vattenbad vid 45 °C.
Wash away excess probe by incubation for 15 minutes in the beaker with 1x hybmix at 45 °C.
Tvätta bort överskott av probe genom inkubation under 15 minuter i bägaren med 1 x hybmix vid 45 °C.
Transfer the slide holder to 1/8 hybmix washing solution and incubate for a further 15 minutes.
För över hållaren för objektglas till 1/8 hybmix tvättlösning och inkubera under ytterligare 15 minuter.
Dip the slides briefly in Milli Q water and place them on filter paper.
Doppa glasen hastigt i Milli Q-vatten och placera dem på filterpapper.
Pipette 5 to 10 μl of anti-fading mountant solution (e.g. Vectashield, Vecta Laboratories, CA, USA or equivalent) on each window and apply a large coverslip (24 × 60 mm) over the whole slide.
Pipettera 5-10 μl av inbäddningslösning som motverkar blekning (t.ex. Vectashield, Vecta Laboratories, CA, USA eller liknande) på varje fönster och lägg ett stort täckglas (24 × 60 mm) över hela glaset.
Reading the FISH test
Avläsning av FISH-testet
Observe the slides immediately with a microscope fitted for epifluorescence microscopy at 630 or 1000 × magnification under immersion oil.
Observera glasen omedelbart i ett mikroskop utrustat för epifluorescensmikroskopi vid 630 eller 1000 × förstoring under oljeimmersion.
Using a filter for tetramethylrhodamine-5-isothiocyanate, Cy3-stained cells of R. solanacearum appear fluorescent red.
Med ett filter för tetrametylrodamin-5-isotiocyanat framträder Cy3-infärgade celler av R. solanacearum som fluroscerande röda. Jämför cellmorfologin med de positiva kontrollernas cellmorfologi.
Cells must be bright fluorescent and completely stained The FISH test (Section VI.A.7.) must be repeated if the staining is aberrant.
FISH-testet (avsnitt VI.A.7.) skall återupprepas om färgningen är avvikande.
Observe for bright fluorescing cells with characteristic morphology of R. solanacearum in the test windows of the test slides (see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Sök efter ljusa fluorescerande celler med morfologi som är karakteristisk för R. solanacearum i testfönstren på testglasen (se webbplats: http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
This may be the case when all slides in a batch show positive cells due to the contamination of buffer or if positive cells are found (outside of the slide windows) on the the slide coating.
Detta kan vara fallet om alla glas i ett parti uppvisar positiva celler på grund av nedsmittning av en buffert eller om positiva celler påträffas (utanför glasets fönster) på objektglasöverdraget.
Background populations of fluorescing cells with atypical morphology and cross reacting saprophytic bacteria with size and morphology similar to R. solanacearum may occur, although much less frequent as in the IF test, in potato heel end core and stem segment pellets.
Bestånd av fluorescerande celler med atypisk morfologi och korsreagerande saprofytiska bakterier som har en liknande storlek och morfologi som R. solanacearum kan förekomma hos potatisar, dels i naveländarna, dels i pelletar av stjälksegmentet, även om de är mycket mer lågfrekventa än i IF-test.
Consider only fluorescing cells with typical size and morphology.
Endast fluorescerande celler med typisk storlek och morfologi tas i beaktande.
Interpretation of the FISH test result:
Tolkning av FISH-resultaten:
Valid FISH test results are obtained if bright green fluorescent cells of size and morphology typical of R. solanacearum are observed using the FITC filter and bright red fluorescent cells using the rhodamine filter in all positive controls and not in any of the negative controls.
Giltiga resultat från FISH-test erhålls om klart fluorescerande gröna celler med storlek och morfologi som är typiskt för R. solanacearum observeras när ett FITC-filter används respektive klart fluorescerande röda celler när ett rodamin-filter används i alla positiva kontroller och inte i någon av de negativa kontrollerna.
If bright fluorescing cells with characteristic morphology are found, estimate the average number of typical cells per microscope field and calculate the number of typical cells per ml of resuspended pellet (Appendix 4).
För varje prov med ljusa fluorescerande celler med karakteristisk morfologi: bestäm medeltalet typiska celler per mikroskopfält och beräkna antal typiska celler per ml återsuspenderad pellet (tillägg 4).
Samples with at least 5 × 103 typical cells per ml of resuspended pellet are considered potentially contaminated.
Prover som innehåller minst 5 × 103 typiska celler per ml återsuspenderad pellet betraktas som potentiellt nedsmittade.
Samples with less than 5 × 103 typical cells per ml of resuspended pellet are considered negative.
Prover som innehåller färre än 5 x 103 typiska celler per ml återsuspenderad pellet betraktas som negativa.
The FISH test is negative if bright red fluorescent cells with size and morphology typical of R. solanacearum are not observed using the rhodamine filter, provided that typical bright red fluorescent cells are observed in the positive control preparations when using the rhodamine filter.
FISH-testet är negativt om klart fluorescerande röda celler med storlek och morfologi som är typiskt för R. solanacearum inte observeras när rodamin-filtret används, förutsatt att typiska klart fluorescerande röda celler observeras i de positiva kontrollpreparaten när rodamin-filtret används.
ELISA tests
ELISA-test
ELISA can only be used as an optional test in addition to IF, PCR or FISH due to a relatively low sensitivity of this test.
ELISA kan endast användas som ett frivilligt test som komplement till IF, PCR eller FISH på grund av den relativt sett låga känsligheten hos detta test.
When DAS ELISA is used enrichment and the use of monoclonal antibodies are compulsory (see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Om DAS ELISA används är anrikning och monoklonala antikroppar obligatoriskt (se webbplats: http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main).
Enrichment of the samples before using ELISA may be useful in order to increase the sensitivity of the test, but it can fail due to competition by other organisms in the sample.
Anrikning av proverna för ELISA kan vara användbart för att öka testets känslighet, men den kan misslyckas på grund av konkurrens från andra organismer i provet.
Note: Use an validated source of antibodies to R. solanacearum (see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main) It is recommended that the titre is determined for each new batch of antibodies.
Anmärkning: Använd antikroppar mot R. solanacearum med validerat ursprung (se webbplats http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main). Det rekommenderas att titer bestäms för varje nytt parti antikroppar.
The titre is defined as the highest dilution at which optimum reaction occurs when testing a suspension containing 105 to 106 cells per ml of the homologous strain of R. solanacearum and using appropriate secondary antibody conjugates according to the manufacturer’s recommendations.
Titern definieras som den högsta utspädning vid vilken en optimal reaktion sker när en suspension av 105 to 106 celler per ml av den homologa stammen av R. solanacearum testas och när lämpliga sekundära antikroppkonjugat i överensstämmelse med tillverkarens rekommendationer används.
During testing, the antibodies should be used at a working dilution close to or at the titre of the commercial formulation.
Vid testningen bör antikropparna användas vid en arbetsutspädning nära eller vid titern i den kommersiellt tillgängliga blandningen.
Determine the titre of the antibodies on a suspension of 105 to 106 cells per ml of the homologous strain of R. solanacearum.
Bestäm titern av antikroppar i en suspension av 105 till 106 celler per ml av den homologa stammen av R. solanacearum.
Include a sample extract that previously tested negative for R. solanacearum and a suspension of a non-cross reacting bacterium in phosphate buffered saline (PBS) as negative controls.
Ta med ett provextrakt som tidigare gett negativt svar när det testats för R. solanacearum och en suspension av icke-korsreagerande bakterier i en fosfatbuffrad saltlösning (PBS) som negativa kontroller.
As positive control use aliquots of sample extract, that previously tested negative, mixed with 103 to 104 cells per ml of R. solanacearum biovar 2 (e.g. strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857, see Appendix 2 A and B).
Som positiv kontroll använd portioner av provextrakt som tidigare gett negativt svar när de testats, blandade med 103 till 104 celler per ml R. solanacearum biovar 2 (t.ex. stam NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857, se tillägg 2 A och B).
For comparison of results on each plate use a standard suspension of 105 to 106 cells per ml in PBS of R. solanacearum.
För jämförelse av resultaten på varje platta, använd en standardsuspension av celler per ml i PBS av solanacearum.
Ensure positive controls are well separated on the microtitre plate from the sample(s) under test.
Säkerställ att de positiva kontrollerna är väl åtskilda på mikrotiterplattan från provet (proven) under testet.
Standardised positive and negative control materials available for use with this test are listed in Appendix 3 A.
Standardiserade positiva och negativa kontrollmaterial som kan användas i detta test förtecknas i tillägg 3 A.
Two ELISA protocols have been validated.
Två ELISA-protokoll har validerats:
Indirect ELISA (Robinson Smith et al., 1995)
Indirekt ELISA (Robinson-Smith m.fl., 1995)
Use 100 to 200 µl aliquots of sample extract.
Använd 100–200 µl portioner av provextraktet.
(Heating at 100 °C for four minutes in a waterbath or heating block may reduce non-specific results in some cases).
(Upphettning till 100 °C under 4 minuter i vattenbad eller värmeblock kan minska icke-specifika resultat i vissa fall.)
Add an equal volume of double strength coating buffer (Appendix 4) and vortex.
Tillsätt en motsvarande volym coatingbuffert av dubbel styrka (tillägg 4) och skaka.
Apply 100 µl aliquots to each of at least two wells of a microtitre plate (e.g. Nunc-Polysorp or equivalent) and incubate for one hour at 37 °C or overnight at 4 °C.
Tillsätt 100 µl portioner till var och en av de sista två brunnarna på en mikrotiterplatta (t.ex. Nunc-Polysorp eller motsvarande) och inkubera under 1 timme i 37 °C eller över natten i 4 °C.
Flick out the extracts from the wells.
Häll ut extrakten från brunnarna.
Wash the wells three times with PBS-Tween (Appendix 4), leaving the last washing solution in the wells for at least five minutes.
Tvätta brunnarna tre gånger med PBS-Tween (tillägg 4), varvid den sista tvättlösningen får vara kvar i brunnarna minst 5 minuter.
Prepare the appropriate dilution of antibodies against-R. solanacearum in blocking buffer (Appendix 4).
Bered den tillämpliga utspädningen av antikroppar mot R. solanacearum i blockeringsbuffert (tillägg 4).
For validated commercial antibodies, use the recommended dilutions (usually twice as concentrated as the titre).
För validerade antikroppar som finns i handeln används de rekommenderade utspädningarna (vanligtvis dubbelt så hög koncentration som titern).
Add 100 µl to each well and incubate for one hour at 37 °C.
Tillsätt 100 µl till varje brunn och inkubera under 1 timme i 37 °C.
Flick out the antibody solution from the wells and wash as before (4).
Häll ut antikroppslösningen från brunnarna och tvätta som ovan (4).
Prepare the appropriate dilution of secondary antibody-alkaline phosphatase conjugate in blocking buffer.
Bered den tillämpliga utspädningen av sekundär antikropp-alkalin fosfatas konjugat i blockeringsbuffert.
Flick out conjugated antibody from wells and wash as before (4).
Häll ut antikroppskonjugatet från brunnarna och tvätta som ovan (4).
Add 100 µl alkaline phosphatase substrate solution (Appendix 4) to each well.
Tillsätt 100 µl alkalisk fosfatassubstratlösning (tillägg 4) till varje brunn.
Incubate in the dark at ambient temperature and read absorbance at 405 nm at regular intervals within 90 minutes.
Inkubera i mörker vid omgivande temperatur och läs av absorptionen vid 405 nm vid regelbundna intervaller inom 90 minuter.
Prepare the appropriate dilution of anti-R. solanacearum polyclonal immunoglobulins in coating buffer pH 9.6 (Appendix 4).
Preparera lämplig utspädning av anti-R. solanacearum polyklonala immunoglobuliner i coatingbuffert pH 9,6 (tillägg 4).
Add 200 µl to each well.
Tillsätt 200 µl till varje brunn.
Incubate at 37 °C for four to five hours or at 4 °C for 16 hours.
Inkubera vid 37 °C under 4–5 timmar eller vid 4 °C under 16 timmar.
Wash the wells three times with PBS-Tween (Appendix 4).
Tvätta brunnarna tre gånger med PBS-Tween (tillägg 4).
Add 190 µl of sample extract to at least two wells.
Tillsätt 190 µl provextrakt till minst 2 brunnar.
Also add positive and negative controls in two wells each per plate.
Tillsätt också positiva och negativa kontroller i två brunnar på varje platta.
Incubate for 16 hr at 4 °C.
Inkubera under 16 timmar vid 4 °C.
Prepare an appropriate dilution of R. solanacearum-specific monoclonal antibodies in PBS (Appendix 4) also containing 0,5 % bovine serum albumin (BSA) and add 190 µl to each well.
Preparera en lämplig utspädning av R. solanacearum-specifika monoklonala antikroppar i PBS (tillägg 4) som även innehåller 0,5 % bovint serumalbumin (BSA) och tillsätt 190 µl till varje brunn.
Incubate at 37 °C for two hours.
Inkubera vid 37 °C under 2 timmar.
Prepare an appropriate dilution of anti-mouse immunoglobulins conjugated with alkaline phosphatase in PBS.
Preparera en lämplig utspädning av antimus-antikroppar som konjugerats med alkaliskt fosfatas i PBS.
Prepare an alkaline phosphatase substrate solution containing 1 mg p-nitrophenyl phosphate per ml of substrate buffer (Appendix 4).
Preparera en alkalisk fosfatassubstratlösning som innehåller 1 mg p-nitrofenylfosfat per ml substratbuffert (tillägg 4).
Incubate in the dark at ambient temperature and read absorbance at 40 nm at regular intervals within 90 minutes.
Inkubera i mörker vid omgivande temperatur och läs av absorptionen vid 40 nm vid regelbundna intervaller inom 90 minuter.
Interpretation of ELISA test results:
Tolkning av resultaten av ELISA-testet:
The ELISA test is negative if the average optical density (OD) reading from duplicate sample wells is < 2x OD of that in the negative sample extract control well, providing the OD for the positive controls are all above 1,0 (after 90 minutes incubation with the substrate) and are greater than twice the OD obtained for negative sample extracts.
ELISA-testet är negativt om den genomsnittliga optiska densiteten (OD) i duplicerade provbrunnar är < 2 x OD för den i kontrollbrunnen med det negativa provextraktet, förutsatt att OD för samtliga positiva kontroller är över 1,0 (efter 90 minuter inkubation med substratet) och är mer än dubbelt så hög som den OD som erhålls för de negativa provextrakten.
The ELISA test is positive if the average OD readings from duplicate sample wells is > 2x OD in the negative sample extract well provided that OD readings in all negative control wells are < 2x those in the positive control wells.
ELISA-testet är positivt om den genomsnittliga OD i duplicerade provbrunnar är > 2 x OD i brunnen med det negativa provextraktet, förutsatt att OD för samtliga negativa kontroller är < 2 x den i de positiva kontrollbrunnarna.
Negative ELISA readings in positive control wells indicate that the test has not been performed correctly or that it has been inhibited.
Negativa ELISA-resultat i positiva kontrollbrunnar antyder att testet inte har utförts korrekt eller har inhiberats.
Positive ELISA readings in negative control wells indicate that cross-contamination or non-specific antibody binding has occurred.
Positiva ELISA-resultat i negativa kontrollbrunnar antyder att korskontaminering eller icke-specifik antikroppsbindning har inträffat.
Note: Preliminary testing with this method should permit reproducible detection of 103 to 104 colony-forming units of R. solanacearum per ml added to sample extracts that previously tested negative (preparation see Appendix 3).
Anmärkning: Preliminär testning med denna metod bör möjliggöra reproducerbar upptäckt av 103–104 kolonibildande enheter av R. solanacearum per ml som tillsätts till provextrakt som tidigare testats och gett negativt svar (information om prepareringen finns i tillägg 3).
The following protocol is based upon Janse (1988):
Nedanstående protokoll grundar sig på Janse (1988):
Use 10 test plants of a susceptible tomato cultivar (e.g. Moneymaker or cultivar with equivalent susceptibility as determined by the testing laboratory) at the third true leaf stage for each sample.
Använd 10 testplantor av mottagliga tomatsorter (t.ex. Moneymaker eller sorter med motsvarande mottaglighet enligt testlaboratoriet) Detaljerad information om odling finns i tillägg 8.
For cultural details, see Appendix 8. Alternatively, use eggplants (e.g. cultivar Black Beauty or cultivars with equivalent susceptibility), use only plants at leaf stage two to three up to full expansion of the third true leaf.
Alternativt, använd äggplantor (t.ex. sorten Black Beauty eller sorter med motsvarande mottaglighet), och använd endast plantor på bladstadierna 2–3 upp till full utveckling av trebladsstadiet.
Symptoms have been show to be less severe and to develop more slowly in eggplant.
Tidigare studier har visat att symtomen hos äggplantor är mindre påtagliga och utvecklas långsammare.
Where possible, it is therefore recommended to use tomato seedlings.
Därför rekommenderas att tomatplantor används där så är möjligt.
Distribute 100 µl of sample extract between the test plants.
Fördela 100 µl provextrakt mellan testplantorna.
Syringe inoculation
Inympning med en spruta
Inoculate the plant stems just above the cotyledons using a syringe fitted with a hypodermic needle (not less than 23G).
Inokulera plantornas stjälkar just ovanför hjärtbladen med en spruta som är försedd med injektionsnål (minst 23 G).
Distribute the sample between the test plants.
Fördela provet mellan testplantorna.
Slit inoculation
Inokulation genom skåra Håll plantan mellan två fingrar, droppa med hjälp av en pipett en droppe (ca 5–10 µl) av det uppslammade koncentrerade extraktet på stjälken mellan hjärtbladen och det första bladet.
Holding the plant between two fingers, pipette a drop (approximately 5 - 10 µl) of the suspended pellet on the stem between the cotyledons and the first leaf.
Gör med en steril skalpell en diagonal skåra ungefär 1,0 cm lång och ungefär lika djup som två tredjedelar av stjälkens diameter med början vid droppen med det koncentrerade extraktet. Förslut skåran med sterilt vaselin från en spruta.
Grow the test plants in quarantine facilities for up to four weeks at 25 to 30 °C and high relative humidity with appropriate watering to prevent waterlogging or wilting through water deficiency.
Odla testplantorna i karantänsanläggningar upp till 4 veckor vid 25–30 °C och med hög relativ luftfuktighet och med lämplig bevattning för att undvika vattenmättnad eller vissnande på grund av vattenbrist.
Observe for symptoms of wilting, epinasty, chlorosis and/or stunting.
Sök efter symtom på vissning, epinasti, kloros och/eller försvagad tillväxt.
Isolate from infected plants (Section II.3.) and identify purified cultures of presumptive R. solanacearum (Section VI.B.).
Isolera från infekterade plantor (avsnitt II.3) och identifiera renkulturer av förmodad R. solanacearum (avsnitt VI. B).
If no symptoms are observed after three weeks perform IF/PCR/Isolation on a composite sample of 1 cm stem sections of each test plant taken above the inoculation site.
Om inga symtom observeras efter 3 veckor, utför IF/PCR/isolering på ett blandprov av 1 cm stjälksegment från varje testplanta taget ovanför inokulationsstället.
If the test is positive perform dilution plating (section 4.1).
Om testet är positivt, utför plattspridning från spädningsserie (se avsnitt 4.1).
Identify any purified cultures of presumptive R. solanacearum (Section VI.B.).
Identifiera och rena kulturerna av förmodad R. solanacearum (avsnitt VI.
Interpretation of the bioassay test results
Tolkning av resultaten av biotestet:
Valid Bioassay test results are obtained when plants of the positive control show typical symptoms, the bacteria can be reisolated from these plants and no symptoms are found on the negative controls.
Giltiga resultat från biotest erhålls om plantor från den positiva kontrollen uppvisar typiska symtom, bakterier kan omisoleras från dessa plantor och inga symtom återfinns på de negativa kontrollerna.
The bioassay test is negative if test plants are not infected by R. solanacearum, and provided that R. solanacearum is detected in positive controls.
Biotestet är negativt om testplantorna inte är infekterade av R. solanacearum och under förutsättning att R. solanacearum detekterats i de positiva kontrollerna.
The bioassay test is positive if the test plants are infected by R. solanacearum.
Biotestet är positivt om testplantorna är infekterade av R. solanacearum.
IDENTIFICATION TESTS
IDENTIFIERINGSTEST
Identify pure cultures of presumptive R. solanacearum isolates using at least two of the following tests based on different biological principles.
Identifiera renkulturer av presumtiva R. solanacearum-isolat genom att utföra minst två av följande tester baserade på olika biologiska principer.
Include known reference strains where appropriate for each test performed (see Appendix 3).
Ta med kända referensstammar när så är lämpligt vid varje test som utförs (se tillägg 3).