natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Containers with cassettes are gently agitated for 5 seconds to ensure adequate penetration of formalin into cassettes.
Odložte si niekoľko vajíčok z poslednej dávky a zafixujte ich v 10 % kyseline octovej.
Tissues remain in Bouins fixative for 24 h, followed by transfer to 70 % ethanol.
Počítanie a rozdelenie vajíčok do testovacích akvárií
Tissue Processing
Vajíčka by sa mali rovnomerne rozdeliť medzi jednotlivé úrovne koncentrácie chemikálie, aby sa zabránilo genetickému skresleniu.
Dehydrate tissue for adequate penetration of paraffin.
Každá dávka oplodnených vajíčok by sa mala rozdeliť na skupiny rovnakej veľkosti (v rovnakom počte ako úrovne koncentrácie chemikálie) pomocou tupého nástroja (t. j. entomologickej pinzety s tupou čepeľou alebo inokulačnej kľučky).
Impregnate the tissue with paraffin to maintain tissue integrity and create a firm surface for microtomy.
Ak chcete použiť štyri replikáty na testovanú koncentráciu po 20 vajíčkach, musíte do každého expozičného akvária umiestniť 80 vajíčok.
Labelled tissue cassettes are removed from formalin/ethanol storage and the cassettes are placed in the processing basket(s).
Odporúča sa pridať ďalších 20 % (t. j. celkovo 96 vajíčok na úroveň koncentrácie chemikálie), aby ste si boli istí, že dosiahnete 100 % mieru oplodnenia.
The processing basket is loaded in the tissue processor.
Vajíčka pichľavky sú mimo hniezda stráženého otcom veľmi náchylné na plesňové infekcie.
The processing schedule is selected.
V tejto súvislosti má rozhodujúci význam ošetrovanie všetkých vajíčok metylénovou modrou počas prvých piatich dní testu.
After the tissue processor has completed the processing cycle, the basket(s) may be transferred to the embedded station.
Zásobný roztok metylénovej modrej sa pripraví v koncentrácii 1 mg/ml a pridá sa do expozičných akvárií, aby sa dosiahla maximálna konečná koncentrácia 2,125 mg/l.
Embedding
Pichľavky by sa po vyliahnutí nemali vystavovať metylénovej modrej, takže v 6. deň by ju systém už nemal obsahovať.
Objective:
Vajíčka sa každý deň kontrolujú a všetky mŕtve alebo neoplodnené vajíčka sa zaznamenajú.
Properly orient the specimen in solidified paraffin for microtomy.
Vajíčka sa až do vyliahnutia nikdy nesmú dostať mimo vodu, a to ani na veľmi krátke obdobie.
The basket(s) of cassettes is/are removed from the processor and immersed in the paraffin-filled front chamber of the embedding station thermal console or the cassettes are moved to a separate paraffin heater.
Hankov tlmený soľný roztok (HBSS):Roztok HBSS je potrebný na uchovanie spermií počas prípravy na oplodnenie.
The first cassette to be embedded is removed from the front chamber of the thermal console or the paraffin heater.
C.42 BIODEGRADOVATEĽNOSŤ V MORSKEJ VODE
The cassette lid is removed and discarded, and the cassette label is checked against the animal records to resolve potential discrepancies prior to embedding.
VŠEOBECNÝ ÚVOD
An appropriately sized embedding mould is selected.
Táto testovacia metóda je rovnocenná s usmernením OECD na vykonávanie testov (TG) 306 (1992).
The mould is held under the spout of the dispensing console and filled with molten paraffin.
Keď sa vyvíjali pôvodné testovacie metódy, nebolo známe, do akej miery možno výsledky skríningových testov ľahkej biodegradovateľnosti s použitím pitnej vody a výtoku splaškových vôd alebo aktivovaného kalu ako inokula uplatniť v morskom prostredí.
The specimen is removed from the cassette and placed in the molten paraffin in the mould.
V tejto súvislosti sa získali rôznorodé výsledky [napr. (1)].
This is repeated with 4-8 specimens for each paraffin mould.
Mnohé priemyselné odpadové vody obsahujúce rôzne chemikálie sa dostávajú do mora buď priamym vypúšťaním, alebo prostredníctvom ústí riek, v ktorých je čas zotrvania nízky v porovnaní s časom potrebným na úplnú biodegradáciu mnohých chemických látok.
The position of individual fish is marked by putting fish no 1 in 180 degrees to fish 2-4/8.
Vzhľadom na rastúcu informovanosť o potrebe chrániť morské prostredie pred zvyšovaním chemickej záťaže a o potrebe odhadnúť pravdepodobnú koncentráciu chemikálií v mori sa vyvinuli testovacie metódy týkajúce sa biodegradovateľnosti v morskej vode.
Additional paraffin is added to cover the specimen.
Opísané metódy využívajú prírodnú morskú vodu ako vodnú fázu aj ako zdroj mikroorganizmov.
The mould with the cassette base is placed on the cooling plate of the cryo console.
V snahe dosiahnuť súlad s metódami stanovenia ľahkej biodegradovateľnosti v sladkej vode sa skúmalo použitie ultrafiltrovanej a odstredenej morskej vody, ako aj použitie morských sedimentov ako inokula.
After the paraffin has solidified, the block (i.e., the hardened paraffin containing the tissues and the cassette base) is removed from the mould.
Tieto skúmania boli neúspešné.
Microtomy
Testovacím médiom je teda prírodná morská voda, ktorá sa predupravila odstránením hrubých častíc.
Cut and mount histological sections for staining.
Na posúdenie úplnej biodegradovateľnosti metódou trepačkovej banky je nutné použiť pomerne vysoké koncentrácie testovanej látky vzhľadom na nízku citlivosť analytickej metódy využívajúcej rozpustený organický uhlík (DOC).
The initial phase of microtomy termed “facing” is conducted as follows:
To si následne vyžaduje, aby sa do morskej pridali minerálne živiny (N a P), ktorých nízke koncentrácie by inak obmedzili elimináciu DOC.
The paraffin block is placed in the chuck of the microtome.
Živiny sa musia pridať aj v prípade metódy uzavretej fľaše z dôvodu koncentrácie pridanej testovanej látky.
The chuck is advanced by rotating the microtome wheel and thick sections are cut from the paraffin surface of the block until the knife reaches the embedded tissues.
Z toho vyplýva, že metódy nie sú testy ľahkej biodegradovateľnosti, lebo okrem mikroorganizmov, ktoré sú už prítomné v morskej vode, sa nepridáva žiadne inokulum.
The section thickness on the microtome is set between 3 - 5 microns.
Testy ani nesimulujú morské prostredie, lebo sa pridávajú živiny a koncentrácia testovanej látky je oveľa vyššia, ako by bola v mori.
The chuck is advanced and multiple sections are cut from the block to remove any artefacts created on the cut surface of the tissue during rough trimming.
Z týchto dôvodov sa metódy uvádzajú v novom pododdiele s názvom ‚Biodegradovateľnosť v morskej vode‘.
The block can be removed from the chuck and placed facedown on ice to soak the tissue.
UPLATŇOVANIE
The next phase of microtomy is final sectioning and mounting of tissue sections on slides.
Prvé informácie o biodegradovateľnosti v morskej vode poskytujú výsledky testov, ktoré by sa použili v prípade, keď model používania a likvidácie predmetnej látky nasvedčuje dráhe do mora.
These procedures are conducted as follows:
Ak je výsledok kladný (> 70 % eliminácia DOC, > 60 % ThOD – teoretická spotreba kyslíka), možno dospieť k záveru, že existuje potenciál pre biodegradáciu v morskom prostredí.
If the block has been placed on ice, the block is removed from the ice and replaced in the chuck of the microtome.
Záporný výsledok však nevylučuje tento potenciál, ale naznačuje, že je potrebná ďalšia štúdia, napríklad s použitím čo najnižšej koncentrácie testovanej látky.
With the section thickness on the microtome set to 3 - 5 microns, the chuck is advanced by rotating the microtome wheel.
V každom prípade, ak sa vyžaduje presnejšia hodnota miery alebo stupňa biodegradácie v morskej vode na konkrétnom mieste, je nutné použiť ďalšie zložitejšie a dokonalejšie, a teda aj nákladnejšie metódy.
Sections are cut from the block until a “ribbon” containing at least one acceptable section including the gonads has been produced.
Napríklad by bolo možné použiť simulačný test s použitím koncentrácie testovanej látky bližšej predpokladanej koncentrácii v životnom prostredí.
(As necessary during sectioning, the block may be removed from the chuck, placed on ice to soak the tissue, and replaced in the chuck.)
Takisto je možné použiť neobohatenú a nepredupravenú morskú vodu z miesta záujmu a po primárnej biodegradácii sa môže vykonať špecifická chemická analýza.
The sections are floated flat on the surface of the water in the water bath.
Na stanovenie úplnej biodegradovateľnosti by bolo potrebné použiť látky označené uhlíkom 14C, aby bolo možné odmerať mieru zániku rozpustného organického uhlíka 14C a produkciu 14CO2 v realistických koncentráciách v životnom prostredí.
An attempt is made to obtain at least one section that contains no wrinkles and has no air bubbles trapped beneath it.
VÝBER METÓD
A microscope slide is immersed beneath the best section, which is lifted out of the water using the slide.
Výber použitej metódy závisí od viacerých faktorov.
This process is referred to as “mounting” the section on the slide.
Ako pomôcku pri výbere možno použiť nasledujúcu tabuľku.
Three sections are prepared for a set of fish.
Látky s rozpustnosťou vo vode nižšou ako ekvivalent približne 5 mg C/l síce nemožno testovať metódou trepačkovej banky, ale v zásade možno tieto slabo rozpustné látky testovať aspoň metódou uzavretej fľaše.
The second and third sections are taken at 50 micron intervals following the first section.
Tabuľka
If the fish are not embedded with their gonads in the same sectioning level, more sections are to be made to ensure that at least six sections including the gonads are obtained from each fish.
Výhody a nevýhody testu trepačkovej banky a testu uzavretej fľaše
With a slide-marking pen, the block number from which the slide was produced is recorded on the slide.
METÓDA
The slide is placed in a staining rack.
VÝHODY
The block is removed from the chuck and placed facedown for storage.
NEVÝHODY
Staining, Cover slipping, and Slide Labelling
TREPAČKOVÁ BANKA
Stain the sections for histopathological examination
jednoduché prístroje okrem analyzátora C
Permanently seal mounted and stained tissues.
dĺžka trvania 60 dní nie je problém
Permanently identify stained sections in a manner that allows complete traceability.
žiadny vplyv nitrifikácie
Staining
možno upraviť pre prchavé látky
Slides are air-dried overnight before staining.
potreba analyzátora C
Cover slipping
stanovenie DOC je ťažké pri nízkych koncentráciách v morskej vode (chloridový efekt)
Cover slips can be applied manually or automatically.
koncentrácia DOC v morskej vode je niekedy vysoká
A slide is dipped in xylene or TissueClear, and the excess xylene/TissueClear is gently knocked off the slide.
UZAVRETÁ FĽAŠA
Approximately 0,1 ml of mounting medium is applied near the end of the slide opposite to the frosted end or on the cover slip.
jednoduché prístroje
The cover slip is tilted at a shallow angle as it is applied to the slide.
jednoduché konečné stanovenie
Labelling
použitie nízkej koncentrácie testovanej látky (2 mg/l), takže menšie riziko inhibície
Each slide label should contain the following information.
ľahko upraviteľné pre prchavé látky
Laboratory name
môže byť ťažké zachovať vzduchotesnosť fliaš
Specimen No./Slide No.
rast baktérií na stenách môže viesť k nesprávnym hodnotám
Chemical/Treatment group
možný vplyv spotreby O2 nitrifikáciou
Statistical Flow Chart for vitellogenin analysis
METÓDA TREPAČKOVEJ BANKY
Dunnett test
Táto metóda je variantom modifikovaného skríningového testu OECD opísaného v kapitole C.4 B tejto prílohy (2), v ktorom sa používa morská voda.
variances stabilising transform?
Vypracovala sa na základe kruhového testu, ktorý pre Európsku komisiu (EK) uskutočnil dánsky Ústav pre kvalitu vody (3).
Variances unequal Variances equal No Yes
Tak ako v prípade sprievodnej metódy uzavretej fľaše pre morskú vodu, výsledky tohto testu sa nepovažujú za ukazovatele ľahkej biodegradovateľnosti, ale majú sa použiť najmä na získanie informácií o biodegradovateľnosti látok v morskom prostredí.
Yes Step-down trend test on replicate means
Vopred stanovené množstvo testovanej látky sa rozpustí v testovacom médiu, aby sa získala koncentrácia 5 – 40 mg rozpusteného organického uhlíka (DOC)/l.
<=3 reps per conc
Ak sa limity citlivosti analýz organického uhlíka zlepšia, môže byť výhodné použiť nižšie koncentrácie testovanej látky, najmä v prípade inhibujúcich látok.
Normalising transform?
Roztok testovanej látky v testovacom médiu sa inkubuje za pretrepávania v tme alebo pri difúznom osvetlení v aeróbnych podmienkach pri stabilnej teplote (regulovanej na ± 2 °C), ktorá zvyčajne bude v rozsahu 15 – 20 °C.
Nested ANOVA not normal
V prípadoch, keď je cieľom štúdie simulovať situácie v životnom prostredí, sa testy môžu uskutočniť aj mimo tohto zvyčajného rozsahu teplôt.
Nested ANOVA normal Monotone
Odporúčaná maximálna dĺžka trvania testu je približne 60 dní.
Drop water control
Po degradácii nasledujú merania DOC (úplná degradácia) a v niektorých prípadoch aj špecifická analýza (primárna degradácia).
Dunn test
Na to, aby bolo možné určiť, či sa test môže použiť na konkrétnu látku, musia byť známe niektoré jej vlastnosti.
Step-down Jonckheere or Williams' test
Musí sa stanoviť obsah organického uhlíka látky, jej prchavosť musí byť taká, aby v priebehu testu nedochádzalo k významným stratám, a jej rozpustnosť vo vode musí byť vyššia ako ekvivalent 25 – 40 mg C/l.
Rep means not normal or not homogenous
Testovaná látka by sa navyše nemala výrazne adsorbovať na sklenené povrchy.
Rep means not normally distributed
Potrebné sú informácie o čistote alebo pomernom zastúpení hlavných zložiek testovanej látky, aby bolo možné interpretovať získané výsledky, a to najmä v prípade, že výsledok je blízko ‚úspešnej‘ úrovne.
Combine controls, retains subgroups
Informácie o toxicite testovanej látky pre baktérie, napríklad údaje namerané v krátkodobých testoch rýchlosti spotreby kyslíka (4), môžu byť užitočné pri výbere vhodných testovaných koncentrácií a môžu byť rozhodujúce pre správnu interpretáciu nízkych hodnôt biodegradácie.
Compare controls using Wilcoxon or T-test.
Tieto informácie však nie sú vždy dostatočné na interpretáciu výsledkov získaných v teste na biologickú odbúrateľnosť a vhodnejší je postup opísaný v bode 18.
Do controls differ?
Na kontrolu mikrobiálnej činnosti vo vzorke morskej vody sa musia použiť vhodné referenčné látky.
Both solvent and non-solvent control are present
Príkladmi látok, ktoré možno použiť na tieto účely, sú benzoan sodný, octan sodný a anilín.
Statistical Flow Chart for sex ratio analysis
Referenčné látky sa musia degradovať v primerane krátkom čase, v opačnom prípade sa odporúča, aby sa test zopakoval s použitím inej vzorky morskej vody.
Apply step-down Jonckheere-Terpstra test (+) to determine NOEC
V kruhovom teste EK, v ktorom sa vzorky morskej vody odobrali z rôznych miest a v rôznych obdobiach roka (3), trvala lag fáza (tL) jeden až štyri dni a čas na dosiahnutie 50 % degradácie (t50) okrem lag fázy bol jeden až sedem dní pre benzoan sodný.
Dunn or Mann-Whitney U-test w/Bonferroni-Holm adjustment to determine NOEC
Pre anilín sa hodnota tL pohybovala od nula do desať dní, kým hodnota t50 bola v rozsahu jeden až desať dní.
Use Dunnett test if homogenous variances (*), Tamhane-Dunnett (T3) test otherwise, to determine NOEC
OPAKOVATEĽNOSŤ A CITLIVOSŤ METÓDY
Are data normally distributed?
Opakovateľnosť metódy sa stanovila v kruhovom teste (3).
Are data consistent with monotone dose-response?
Najnižšiu koncentráciu testovanej látky, pre ktorú možno túto metódu použiť s analýzou DOC, vo veľkej miere určuje detekčný limit analýzy organického uhlíka (v súčasnosti približne 0,5 mg C/l) a koncentrácia rozpusteného organického uhlíka v použitej morskej vode (zvyčajne rádovo 3 – 5 mg/l pre vodu z otvoreného mora).
(‡) Or other agreed control selection
Koncentrácia DOC v pozadí by nemala presiahnuť približne 20 % celkovej koncentrácie DOC po pridaní testovanej látky.
After arcsin square-root transform
Ak to nie je uskutočniteľné, koncentráciu DOC v pozadí možno niekedy znížiť tak, že morská voda sa pred testom nechá zrieť.
(+) With fewer than 5 experimental units per treatment exact J-T or M-W test should be used if available
Ak sa metóda používa len so špecifickou chemickou analýzou (ktorou sa meria primárna degradácia), výskumník musí uviesť dodatočné informácie o tom, či možno očakávať úplnú degradáciu.
Combine controls
Tieto dodatočné informácie môžu zahŕňať výsledky iných testov ľahkej alebo inherentnej biodegradovateľnosti.
Drop water control (‡)
Bežné laboratórne zariadenie a:
Compare controls using t-Test.
trepačka prispôsobená na pollitrové až dvojlitrové Erlenmeyerove banky, buď s automatickou reguláciou teploty, alebo umiestnená v miestnosti so stabilnou teplotou 15 – 20 °C regulovanou v rozmedzí ± 2 °C;
Is solvent used?
pollitrové až dvojlitrové Erlenmeyerove banky s úzkym hrdlom;
Appendix 9
zariadenie na membránovú filtráciu alebo odstredivka;
Guidance for tissue sampling for genetic sex determination and for genetic sex determination by PCR-method
membránové filtre 0,2 – 0,45 μm;
Tissue sampling, preparation and storage before determination of genetic sex by PCR-method in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG)
analyzátor uhlíka;
With fine scissors the anal or the dorsal fin will be cut off in each individual fish and placed into a tube filled with 100 μl of extraction-buffer 1 (details on buffer preparation see below).
zariadenie na špecifickú analýzu (voliteľné).
The scissors will be cleaned after each single fish in a beaker filled up with distilled H2O and dried with a paper tissue.
Morská voda
Now the fin-tissues will be homogenised by a micro tube teflon pistil for the lysis of cells.
Odoberte vzorku morskej vody do dôkladne vyčistenej nádoby a dopravte ju do laboratória najlepšie do jedného alebo dvoch dní od odberu.
For each tube a new pistil will be used to prevent any contaminations.
Počas prepravy nedovoľte, aby teplota vzorky výrazne presiahla teplotu, aká sa použije v teste.
The pistils will be placed overnight in 0,5 M NaOH, rinse for 5 minutes in distilled H2O and stored in ethanol or sterile after autoclave until use.
Presne identifikujte miesto odberu vzorky a opíšte jeho stav z hľadiska znečistenia a živín.
It is also possible to store the fin tissue without any extraction-buffer 1 on dry-ice and then at – 80 °C refrigerator to prevent any degeneration of the DNA.
Najmä v prípade pobrežných vôd zahrňte do tejto charakterizácie počet heterotrofných mikrobiálnych kolónií a stanovenie koncentrácie rozpustených dusičnanov, amónnych iónov a fosforečnanov.
But the extraction runs better, if you extract the DNA at the same time (handling see above; samples should be thawed on ice after storaging at – 80 °C before the buffer will be filled in the tubes).
O samotnej vzorke morskej vody uveďte tieto informácie:
After homogenizing all tubes will be placed in a water bath and boiled for 15 minutes at 100 °C.
dátum odberu,
Then 100 μl of the extraction buffer 2 (details on buffer preparation see below) will be pipetted into each tube.
hĺbka odberu,
The samples will be stored at room temperature for 15 minutes and in the meantime they will be sometimes gently shaken by hand.
vzhľad vzorky – zakalená atď.,
Afterwards all tubes will be placed in the water bath again and boiled for another 15 minutes at 100 °C.
teplota v čase odberu,
Until further analysis the tubes will be frozen at – 20 °C.
slanosť,
Buffer preparation
čas medzi odberom a použitím v teste.
PCR-buffer 1:
Ak sa zistí vysoký obsah DOC vo vzorke morskej vody (bod 8), odporúča sa, aby sa morská voda nechala pred použitím zrieť približne jeden týždeň.
500 mg N-Lauroylsarcosine (e.g. Merck KGaA, Darmstadt, GE)
Nechajte ju zrieť za aeróbnych podmienok pri testovacej teplote a v tme alebo pri difúznom osvetlení.
ad 100 ml dest.
Ak je to potrebné, udržiavajte aeróbne podmienky jemným prevzdušňovaním.
→ autoclave
Počas zretia sa zníži obsah ľahko degradovateľného organického materiálu.
PCR-buffer 2:
V kruhovom teste (3) sa nezistili žiadne rozdiely medzi degradačným potenciálom vyzretých a čerstvo odobratých vzoriek morskej vody.
20 g Chelex (e.g. Biorad, Munich, GE)
Pred použitím predupravte morskú vodu tak, aby sa odstránili hrubé častice, napr. filtráciou cez nylonový filter alebo hrubý papierový filter (nie membránový ani GF-C filter) alebo sedimentáciou a dekantáciou.
To swell in 100 ml dest.
Použitý postup sa musí uviesť do správy.
Determination of genetic sex (by PCR-method) in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG and Universität Würzburg Biozentrum)
Ak nechávate vzorku zrieť, túto predúpravu vykonajte až potom.
The prepared and frozen tubes (described in the above section) will be thawed on ice.
Zásobné roztoky minerálnych živín
After that, they will be centrifuged using an Eppendorf centrifuge (30 sec at max. speed, at room temperature).
Pripravte tieto zásobné roztoky s použitím reaktantov analytickej čistoty:
For the PCR, the clear supernatant separated from the precipitate will be used.
Dihydrogénfosforečnan draselný, KH2PO4
It has absolutely to be avoided that any traces of Chelex (localized in the precipitate) are transferred to the PCR reaction, because this will interfere with the “Taq”-polymerase activity.
8,50 g
The supernatant will be used directly or can be stored frozen (at – 20 °C) and rethawed again in several cycles without negative impact on the DNA for later analyses.
Hydrogénfosforečnan didraselný, K2HPO4
Preparation of the “Reaction Mix” (25 μl per sample):
21,75 g
Volume
Dihydrát hydrogénfosforečnanu disodného, Na2HPO4 · 2H2O
Final Concentration
33,30 g
Template DNA
Chlorid amónny, NH4Cl
0,5μl-2μl
0,50 g
buffer with MgCl2
Rozpustite a doplňte destilovanou vodou do objemu 1 liter.
2,5μl
Chlorid vápenatý, CaCl2
Nucleotides (each of dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
27,50 g
Forward Primer (10μM) (see below 3-5)
Heptahydrát síranu horečnatého, MgSO4 · 7H2O
0,5μl
22,50 g
Reverse Primer (10μM) (see below 3-5)
Hexahydrát chloridu železitého, FeCl3 · 6H2O
Water (PCR grade)
0,25 g
up to 25μl
Zrazeninám v roztoku d) možno predísť pridaním jednej kvapky koncentrovanej HCl alebo 0,4 g kyseliny etyléndiamíntetraoctovej (EDTA, disodná soľ) na liter.
Taq E- Polymerase
Ak sa v zásobnom roztoku vytvorí zrazenina, nahraďte ho čerstvo pripraveným roztokom.
0,3μl
Príprava testovacieho média
buffer with MgCl2:
Pridajte 1 ml každého z uvedených zásobných roztokov na liter predupravenej morskej vody.
Tris/HCl (pH8,8 at 25 °C), 160mM (NH4)2SO4, 25mM MgCl2, 0,1 %Tween 20
Okrem mikroorganizmov, ktoré sú už prítomné v morskej vode, nepridávajte osobitné inokulum.
For each PCR (see below 3-5) the special primer as a new combination of “Reaction-Mix” and the adequate needed amount of template DNA for each sample (see above) is needed.
Stanovte (voliteľne) počet heterotrofov tvoriacich kolónie v testovacom médiu morskej vody (a podľa možnosti aj v pôvodných vzorkách morskej vody), napr. spočítaním na miske s použitím morského agaru.
The respective volumes will be transferred into new tubes using pipettes.
To je potrebné najmä pre vzorky z pobrežných alebo znečistených oblastí.
After that all tubes will be closed, stirred (ca.
Skontrolujte heterotrofnú mikrobiálnu činnosť v morskej vode vykonaním testu s referenčnou látkou.
10 sec) and centrifuged (10 sec, at room temperature).
Príprava baniek
Now the respective PCR-programmes can be started.
Zabezpečte, aby bolo všetko sklo pred použitím dôkladne čisté, nie nevyhnutne sterilné (napr. s použitím alkoholovej kyseliny chlorovodíkovej), opláchnuté a vysušené, aby sa zabránilo kontaminácii zvyškami z predchádzajúcich testov.
Additionally a positive control (exemplary DNA sample with known activity and clear results) and a negative control (1 μl dest.
Banky sa takisto pred prvým použitím musia vyčistiť.
H2O) will be used in each PCR-programme.
Testované látky v duplicitných bankách vyhodnocujte spolu s jednou bankou pre referenčnú látku.
Preparation of the agarose gel (1 %) — During running PCR-programmes:
Vykonajte slepý test v duplikáte bez testovanej či referenčnej látky s cieľom stanoviť analytické slepé vzorky.
Solve 3 g agarose in 300 ml 1 × TAE-buffer (1 % agarose gel)
Rozpustite testované látky v testovacom médiu – možno ich pohodlne pridať prostredníctvom koncentrovaného zásobného roztoku – aby sa dosiahla požadovaná počiatočná koncentrácia zvyčajne 5 – 40 mg DOC/l.