natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Digestive gland imprints
Vzorky sú denaturované v termocykleri počas piatich minút pri 94 °C, potom nasleduje 30 cyklov (94 °C počas 1 minúty, 55 °C počas 1 minúty, 72 °C počas jednej minúty), a potom nasleduje záverečná extenzia počas 10 minút pri teplote 72 °C.
X, or
Za pozitívny výsledok sa považuje pozitívna amplifikácia PCR s očakávanou veľkosťou (konkrétne 300 bp), pričom všetky negatívne kontrolné vzorky sú negatívne a všetky pozitívne kontrolné vzorky sú pozitívne;
Histopathology
druhým protokolom PCR je test PCR v reálnom čase pomocou farbiva SYBR® Green (SYBR® Green Real time PCR).
In situ hybridisation
Umožňuje špecifickú detekciu B. ostreae (opísanú ďalej) a môže sa kombinovať s testom PCR v reálnom čase pomocou farbiva SYBR® Green umožňujúcim špecifickú detekciu B. exitiosa (Ramilo et al. 2013).
X, and
Primery BOSTRE-F (5′- TTACGTCCCTGCCCTTTGTA-3′) a BOSTRE-R (5′- TCGCGGTTGAATTTTATCGT-3′) amplifikujú produkt s veľkosťou 208 bp.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH BONAMIA OSTREAE
Zmesi PCR obsahujú SYBR® Green Master Mix (1X), 0,3 μM priamych a reverzných primerov a 200 ng extrahovanej DNA.
I. Procedures for diagnosis of Infection with Bonamia ostreae
Vzorky sú denaturované v systéme umožňujúcom detekciu v reálnom čase (Real Time Detection System) počas 10 minút pri 95 °C, potom nasleduje 35 cyklov (95 °C počas 30 sekúnd, 55 °C počas 45 sekúnd a 72 °C počas jednej minúty).
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a certain health status with regard to Bonamia ostreae as set out in Section I of Part 5 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 5 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in following points I.1, I.2 and I.3 shall apply.
Analýza krivky teploty topenia sa vykonáva so zvýšeniami teploty 0,5 °C/s, pričom sa začína na 55 °C a končí na 95 °C a fluorescencia sa zaznamenáva pri každej zmene teploty.
Sample process
Pozitívne kontrolné vzorky sa skladajú z genómovej DNA vysoko infikovanej hostiteľskej alebo plazmidovej DNA obsahujúcej cieľovú oblasť.
Once sampled, oysters shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters.
Negatívne kontrolné vzorky sa skladajú z genómovej DNA neinfikovaných hostiteľov a reakčných činidiel PCR bez cieľovej DNA.
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Bonamia ostreae by histology.
Za pozitívny výsledok sa považuje pozitívna amplifikácia PCR s jedinečnou hornou teplotou topenia (78,25 ± 0,25 °C v podmienkach, ktoré uverejnil Ramilo et al. 2013), pričom všetky negatívne kontrolné vzorky sú negatívne a všetky pozitívne kontrolné vzorky sú pozitívne.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit (namely such as Diff- Quik®/Hemacolor®.), in accordance with the manufacturer's instructions.
Rezy tkaniva, ktoré zahŕňajú žiabre a tráviacu žľazu, sa fixujú aspoň počas 24 hodín v Davidsonovom fixačnom prostriedku, a potom nasleduje normálne spracovanie na účely parafínovej histológie.
Slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
Rezy sa inkubujú so 100 μl hybridizačného tlmivého roztoku (4 × SSC [štandarný soľný roztok citrátu sodného], 50 % formamid, 1 × Denhardtov roztok, 250 μg ml–1 kvasinkovej tRNA, 10 % dextran sulfát) s obsahom 20 ng (2 μl reakcie PCR pripravenej podľa opisu v bode I.3.2 s použitím primerov Bo a Boas) sondy označenej digoxigeninom.
A positive result shall be the presence of small spherical or ovoid organisms (2 to 5 μm wide) within haemocytes.
Rezy sa premyjú dvakrát počas piatich minút v 2 × SSC pri izbovej teplote, a raz počas 10 minút v 0,4 × SSC pri 42 °C.
However, the parasite might also occur extracellularly.
Pri pozitívnom výsledkom sú paraziti vo vnútri hemocytov označení, pričom všetky negatívne kontrolné vzorky sú negatívne a všetky pozitívne kontrolné vzorky sú pozitívne.
These organisms show a basophilic cytoplasm and an eosinophilic nucleus (colours may vary with the stain used) and, because they spread on the slide, they can appear wider on imprints than on histological examination.
Cieľovými oblasťami sú SSU rDNA a ITS1.
Multinucleated cells may be observed.
Postupy na účely dohľadu nad bonamiózou (Bonamia ostreae) a jej potvrdenia
Sections of tissue that include gills and digestive gland, shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
Na účely dohľadu nad bonamiózou (Bonamia ostreae) a na potvrdenie jej prítomnosti alebo na vylúčenie podozrenia na ňu v súlade s požiadavkami stanovenými v oddiele II časti 5 prílohy I musia byť diagnostické metódy a zodpovedajúce postupy, ktoré sa majú použiť, v súlade s týmito usmerneniami stanovenými v tejto tabuľke 5.1.
A positive result shall be the presence of parasites as very small cells of 2 to 5 μm wide within the haemocytes or free in the connective tissue or sinuses of gill, gut and mantle epithelium, often associated with an intense inflammatory reaction.
Tabuľka 5.1
To avoid any doubt, the parasite shall be observed inside the haemocyte for a positive diagnosis.
Usmernenia na používanie diagnostických metód, pokiaľ ide o programy dohľadu, a na vylúčenie alebo potvrdenie bonamiózy (Bonamia ostreae)
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as detailed below, may be used.
Srdcové alebo žiabrové odtlačky
Two PCR protocols targeting the small subunit (SSU) rDNA may be used:
PODROBNÉ DIAGNOSTICKÉ METÓDY A POSTUPY V PRÍPADE DOHĽADU NAD CHOROBOU BIELYCH ŠKVŔN A POTVRDENIA CHOROBY BIELYCH ŠKVŔN (WSD)
the first one is a conventional PCR that amplify several members of the Haplosporidia including Bonamia spp.
Diagnostické postupy na detekciu WSSV
Primers designated Bo and Boas are 5′-CAT-TTA-ATT-GGT-CGG-GCC-GC-3′ and 5′-CTG-ATC-GTC-TTC-GAT-CCC-CC-3′ respectively, and amplify a 300 bp product.
Ak sa vykonáva odber vzoriek a laboratórne vyšetrenie na účely programov dohľadu a eradikačných programov uvedených v oddiele I časti 6 prílohy I a na účely potvrdenia prítomnosti infekcie vírusom WSSV alebo vylúčenia podozrenia na ňu v súlade s článkom 57 písm. b) smernice 2006/88/ES s použitím diagnostických metód uvedených v oddiele II časti 6 prílohy I, uplatňujú sa podrobné diagnostické metódy a postupy stanovené v bodoch 2 až 7 tejto časti.
PCR mixtures contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 0,2 ng μl– 1 of the DNA template in a total volume of 50 μl.
Metódy a postupy opísané v tejto časti prílohy II sú prevzaté z akreditovaného testu ISO 17025, ktorý sa používa v Referenčnom laboratóriu Európskej únie pre choroby kôrovcov.
Samples shall be denatured in a thermocycler for five minutes at 94 °C before being submitted to 30 cycles (94 °C for one minute, 55 °C for one minute, 72 °C for one minute) followed by a final extension of 10 minutes at 72 °C.
Môžu sa použiť alternatívne prístupy, pri ktorých sa využívajú ekvivalentné podmienky alebo súpravy vyrábané rôznymi výrobcami, ale ktoré ponúkajú rovnocennú citlivosť a špecificitu ako tie, ktoré sú opísané v tejto časti.
A positive result shall be positive PCR amplification at the expected size (namely, 300 bp), with all negative controls being negative and all positive controls being positive;
Vo všetkých prípadoch sa produkt amplifikovaný PCR sekvenuje na účely potvrdenia identity vírusu choroby bielych škvŕn (WSSV).
the second PCR protocol is a SYBR® Green Real time PCR assay.
Tkanivo (pleopody a žiabre) obsahujúce WSSV z kôrovcov sa môže skladovať v etanole, RNAlater alebo zmrazené pri teplote – 80 °C.
It allows the specific detection of B. ostreae (described below) and may be combined with a SYBR® Green Real time PCR assay allowing the specific detection of B. exitiosa (Ramilo et al.
Na indentifikáciu WSSV zo vzoriek tkaniva sa vyžadujú tieto fázy: homogenizácia tkaniva, extrakcia DNA, špecifická amplifikácia DNA WSSV prostredníctvom PCR, vizualizácia amplifikovaného produktu v géle, purifikácia DNA a sekvenovanie na potvrdenie identitity patogénu.
2013).
Homogenizácia tkaniva
Primers BOSTRE-F (5′- TTACGTCCCTGCCCTTTGTA-3′) and BOSTRE-R (5′- TCGCGGTTGAATTTTATCGT-3′) amplify a 208 bp product.
Narušenie tkanív a príprava homogenátu vo vhodnom tlmivom roztoku sa vykonáva s použitím zariadenia Fast Prep a skúmaviek Lysing matrix A (MP Biomedicals).
PCR mixtures contain SYBR® Green Master Mix (1X), 0,3 μM forward and reverse primers, and 200 ng of extracted DNA.
Tkanivo sa odváži, vloží do skúmaviek Lysing Matrix A, zriedi v pomere 1:10 w/v alebo podľa pokynov výrobcov, vo vhodnom tlmivom roztoku [G2 a 10 μl proteinázy K na použitie s extrakčnou súpravou DNA Tissue (Qiagen)] a homogenizuje s použitím homogenizátora Fast Prep 24 počas dvoch minút.
Samples shall be denatured in a Real Time Detection System for 10 minutes at 95 °C before being submitted to 35 cycles (95 °C for 30 seconds, 55 °C for 45 seconds and 72 °C for one minute).
Homogenizované vzorky sa inkubujú pri teplote 56 °C minimálne počas štyroch hodín alebo cez noc.
Melting temperature curve analysis shall be carried out with temperature increments of 0,5 °C/s starting at 55 °C and ending at 95 °C and recording fluorescence at each change of temperature.
Vzorky sa vortexujú, centrifugujú pri 9000 rpm počas dvoch minút, do skúmavky so vzorkou na extrakciu DNA sa pridá supernatant s objemom 50 μl alebo objem ekvivalentný 5 mg tkaniva (hmotnosť tkaniva optimálna pre súpravu na extrakciu) a až do objemu 200 μl sa doplní tlmivý roztok G2.
Positive controls shall consist in genomic DNA from a highly infected host or plasmidic DNA including the target region.
Celková DNA sa extrahuje použitím extrakčnej súpravy DNA Tissue a prístroja EZ1 Advanced XL Biorobot (Qiagen) podľa pokynov výrobcov.
Negative controls shall consist in genomic DNA from non-infected hosts and PCR reactives without target DNA.
Pri každej dávke vzoriek sa zároveň vykonáva kontrola extrakcie (Calf Thymus DNA) a negatívna kontrola (tlmivý roztok G2).
A positive result shall be positive PCR amplification with a unique melting temperature peak (78,25 ± 0,25 °C in the conditions published by Ramilo et al.
DNA sa eluuje do objemu 50 μl.
2013), with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Na overenie úspešnosti extrakcie sa zmeria koncentrácia DNA všetkých vzoriek a kontrolných vzoriek použitím prístroja Nano Drop.
A probe that targets the SSU of the rDNA gene complex shall be used although it was shown to cross react with some other members of the family Haplosporidia.
Extrahovaná DNA, pokiaľ nie je potrebná okamžite, sa zmrazí pri – 20 °C.
Sections of tissue that include gills and digestive gland shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology.
Polymerázová reťazová reakcia (PCR) pri WSSV
Sections shall be incubated with 100 μl of hybridisation buffer (4 × SSC [standard saline citrate], 50 % formamide, 1 × Denhardt's solution, 250 μg ml– 1 yeast tRNA, 10 % dextran sulphate) containing 20 ng (2 μl of the PCR reaction prepared as described in point I.3.2 using primers Bo and Boas) of the digoxigenin-labelled probe.
Metóda, ktorá sa má použiť na detekciu WSSV, je protokol na detekciu WSSV prostredníctvom vnorenej PCR, ktorý je uvedený v týchto odsekoch a ktorý amplifikuje 1447bp a 848bp amplikón génu 18 s rRNA v prvom a druhom kole PCR (v uvednom poradí).
Sections shall be washed twice for five minutes in 2 × SSC at room temperature, and once for 10 minutes in 0,4 × SSC at 42 °C.
Prvé kolo PCR reakcie prebieha v objeme 50 μl a obsahuje konečné koncentrácie 1 × tlmivý roztok GoTaq (Promega), 5mM MgCl2, 1pmol/μl primeru WSSV 146 F1, 1pmol/μl primeru WSSV 146 R1 (tabuľka 1), 0,25mM dNTPs, 1,25U Taq polymerázy a 2,5μl DNA.
A positive result shall correspond to labelled parasites inside the haemocytes, with all negative controls negative and all positive controls positive.
Každá vzorka je spracovaná duplicitne zároveň popri negatívnej kontrole extrakcie, negatívnej kontrole PCR (2,5μl H2O pridané namiesto DNA) a pozitívnej kontrole.
Targeted regions shall be the SSU rDNA and ITS1.
Pozitívnu kontrolu tvorí plazmid WSSV, vyrobený a validovaný na interné použitie (k dispozícii z referenčného laboratória EÚ).
Procedures for surveillance and confirmation of infection with Bonamia ostreae
Druhé kolo reakcie PCR sa uskutoční rovnakým spôsobom ako prvé kolo, ale použije sa primerová súprava WSSV 146 F2/R2 a druhá pozitívna kontrola na overenie, či táto fáza PCR fungovala.
For the purpose of surveillance and confirmation of the presence of or to rule out a suspicion of infection with Bonamia ostreae in accordance with the requirements laid down in Section II of Part 5 to Annex I, the diagnostic methods and corresponding procedures to be used shall be in accordance with the guidelines laid down in the following Table 5.1.
Pri prvom aj druhom kole PCR sa použijú tieto podmienky cyklovania na termocykléri DNA Engine Tetrad 2 Peltier (alebo ekvivalentnom zariadení).
Table 5.1
Počiatočná denaturácia pri 94 °C počas dvoch minút, potom nasleduje 94 °C počas 30 sekúnd, 62 °C počas 30 sekúnd, 72 °C počas 30 sekúnd s opakovaním počas 30 cyklov, následne dve minúty elongácie pri 72 °C a potom sa teplota udržuje pri 4 °C.
Guidelines for the use of diagnostic methods for the surveillance programmes and to rule out or confirm infection with Bonamia ostreae
Gélová elektroforéza
Heart or gill imprints
Amplifikované produkty PCR z 1. aj 2. kola PCR sa vizualizujú v 2 % agarózovom géli vyrobenom použitím tlmivého roztoku TAE.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF WHITE SPOT DISEASE (WSD)
15 μl každej vzorky sa vystaví 120 voltom na približne 20 minút a sleduje pod UV svetlom.
Diagnostic procedures for detection of WSSV
Pozitívne vzorky vytvoria pás s veľkosťou 1447bp v 1. kole PCR a 848bp v 2. kole PCR.
When sampling and laboratory examination for the purpose of the surveillance and eradication programmes set out in Section I of Part 6 of Annex I and for the confirmation of the presence of or to rule out a suspicion of infection with WSSV are carried out in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 6 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in points 2 to 7 of this Part shall apply.
Vzorky uvedenej veľkosti sa vyrežú a umiestnia do 1,5 ml mikroskúmavky.
The methods and procedures described in this Part of Annex II are adapted from the ISO 17025 accredited test applied at the European Union Reference Laboratory for Crustacean Diseases.
DNA obsiahnutá v plátkoch gélu sa purifikuje pomocou systému Promega Wizard® SV Gel a PCR clean-Up System podľa pokynov výrobcov.
Alternative approaches, using equivalent conditions or kits produced by different manufacturers, but which offer equivalent sensitivity and specificity to those described in this Part may be applied.
Koncentrácie DNA sa odhadujú prostredníctvom prístroja Nano Drop.
In all instances, PCR amplified product shall be sequenced to confirm identity as White spot syndrome virus (WSSV).
Purifikovaná DNA, pokiaľ sa nepoužije okamžite, sa zmrazí pri – 20 °C.
Tissue (pleopods and gills) containing WSSV from crustaceans may be stored in ethanol, RNAlater or snap frozen at – 80 °C.
Sekvenovanie produktov PCR
The stages required for the identification of WSSV from tissue samples shall be as follows: Homogenisation of the tissue, extraction of the DNA, specific amplification of WSSV DNA using PCR, visualisation of the amplified product on a gel, purification of the DNA and sequencing to confirm the identity of the pathogen.
DNA sa sekvenuje pomocou súpravy Big Dye Terminator Kit v3,1 (Applied Biosystems).
Tissue homogenisation
Celkový objem v každej reakcii je 20 μl, s konečnými koncentráciami 1 × Big Dye terminator, 1 × tlmivý roztok na sekvenovanie, 10pmol/μl priamy alebo reverzný primer a 10μl purifikovanej DNA (riedenej na približne 10ng/μl), pričom reakcia prebieha pri týchto podmienkach cyklovania na termocykléri DNA Engine Tetrad 2 Peltier (alebo ekvivalentnom zariadení): 94 °C počas 30 sekúnd, potom nasleduje 96 °C počas 10 sekúnd, 50 °C počas 10 sekúnd a 60 °C štyroch minút, pričom pri posledných troch krokoch prebieha cyklovanie 30-krát.
The tissue shall be weighed, placed in Lysing Matrix A tubes, diluted 1 in 10 w/v or according to manufacturer's instructions, in an appropriate buffer (G2 and 10 μl Proteinase K for use with DNA Tissue kit (Qiagen)) and homogenised using the Fast Prep 24 homogeniser for two minutes.
Sediment sa suší počas piatich minút pri 37 °C.
Homogenised samples shall be incubated at 56 °C for a minimum period of four hours or overnight.
K sedimentom sa pridá 25 μl Hi-Di formamidu, zahreje sa na 95 °C počas dvoch minút a dôkladne vortexuje.
Samples shall be vortexed, centrifuged at 9000 rpm for two minutes and 50 μl of supernatant or a volume equivalent to 5 mg of tissue (weight of tissue optimal for extraction kit) shall be added to a sample tube for DNA extraction and volume made up to 200 μl using G2 buffer.
Vzorky sa sekvenujú pomocou genetického analyzátora ABI3130xl Avant Genetic podľa pokynov výrobcov.
Total DNA shall be extracted using a DNA tissue extraction kit and the EZ1 Advanced XL Biorobot (Qiagen) following the manufacturers' instructions.
Výsledky sekvenovania sa analyzujú prostredníctvom softvéru Sequencher a sekvencie sa priradia k sekvenciám v databáze NCBI použitím funkcie BLAST.
An extraction control (Calf Thymus DNA) and a negative control (G2 buffer) shall run with each batch of samples.
METÓDY DOHĽADU A KONTROLY, POKIAĽ IDE O VÍRUSOVÚ HEMORAGICKÚ SEPTIKÉMIU (VHS) A INFEKČNÚ HEMATOPOETICKÚ NEKRÓZU (IHN)
DNA shall be eluted into 50 μl volume.
I. Požiadavky týkajúce sa programov dohľadu a eradikačných programov na účely získania a udržania zdravotného štatútu oblasti bez výskytu chorôb, pokiaľ ide o VHS a IHN, a opatrení na zabránenie šíreniu daných chorôb uvedených v zozname
To ensure that the extraction has completed successfully, the DNA concentration for all samples and controls shall be determined using a Nano Drop machine.
farma, ktoré je predmetom podozrenia, sa podrobí najmenej jednej veterinárnej kontrole a jednému odberu vzoriek 10 rýb, ak sú pozorované klinické príznaky ani príznaky post-mortem zodpovedajúce infekcii buď VHS alebo IHN alebo obomi chorobami, alebo najmenej 30 rýb, ak nie sú pozorované klinické príznaky alebo príznaky post-mortem.
Extracted DNA shall be frozen at – 20 °C if not required immediately.
Vzorky sa testujú s použitím jednej alebo viacerých diagnostických metód stanovených v písm. i) a ii) v súlade s podrobnými diagnostickými metódami a postupmi uvedenými v oddiele II časti 1 prílohy II:
WSSV Polymerase Chain Reaction (PCR)
ak sú vo výrobných jednotkách alebo v oblasti produkcie prítomné Ostrea spp. a Mytilus spp., z oboch rodov sa odoberie rovnaká veľkosť vzorky.
The method to be used for the detection of WSSV shall be the protocol for the detection of WSSV by nested PCR set out in the following paragraphs which amplifies a 1447 bp and an 848 bp amplicon of the 18s rRNA gene in the first and second round PCRs respectively.
Ak je prítomný len jeden z uvedených rodov, odoberú sa vzorky daného rodu.
The 1st round PCR reaction shall be set up in a 50 μl volume which contains final concentrations of 1 × GoTaq Buffer (Promega), 5 mM MgCl2, 1 pmol/μl WSSV 146 F1 primer, 1 pmol/μl WSSV 146 R1 primer (Table 1), 0,25 mM dNTPs, 1,25U Taq polymerase and 2,5 μl of DNA.
Ak nie sú prítomné rody Ostrea a Mytilus, vzorka musí reprezentovať všetky ostatné prítomné vnímavé druhy;
Each sample shall be run in duplicate alongside a negative extraction control, a negative PCR control, (2,5 μl H2O added instead of DNA) and a positive control.
ak sú vo výrobných jednotkách prítomné slabé, otvorené alebo čerstvo uhynuté, ale nerozložené mäkkýše, v prvom rade sa vyberú takéto mäkkýše.
The positive control shall be diluted WSSV plasmid made and validated for use in-house (available from the EURL).
Ak takéto mäkkýše nie sú prítomné, medzi vybrané mäkkýše sa zaradia najstaršie zdravé mäkkýše;
The 2nd round WSSV PCR reaction shall be set up in the same way as the first round but using the WSSV 146 F2/R2 primer set and using a second positive control to check that this stage of the PCR has worked.
pri odbere vzoriek vo farmách s chovom mäkkýšov, v ktorých sa na produkciu mäkkýšov využíva viac ako jeden vodný zdroj, sa do odberu vzoriek zahrnú mäkkýše reprezentujúce všetky vodné zdroje tak, aby boli vo vzorke pomerne zastúpené všetky časti farmy;
Primer
pri odbere vzoriek v chovných oblastiach pre mäkkýše sa do odberu vzoriek zahrnú mäkkýše z dostatočného počtu miest odberu vzoriek tak, aby boli vo vzorke pomerne zastúpené všetky časti chovnej oblasti pre mäkkýše.
Both 1st and 2nd round PCRs shall be run using the following cycling conditions on a DNA Engine Tetrad 2 Peltier Thermal Cycler (or equivalent).
Hlavnými faktormi, ktoré je potrebné zvážiť pri výbere týchto miest odberu vzoriek, sú predchádzajúce miesta odberu vzoriek, kde sa zistil výskyt Marteilia refringens, hustota chovu, vodné toky, prítomnosť vnímavých druhov, prítomnosť prenášačov, batymetria a postupy riadenia.
An initial denaturation step of 94 °C for two minutes followed by 94 °C for 30 seconds, 62 °C for 30 seconds, 72 °C for 30 seconds repeated for 30 cycles, a 72 °C extension step for two minutes and held at 4 °C.
Do odberu vzoriek sú zahrnuté prírodné dná.
Gel electrophoresis
ak sú prítomné ustrice jedlé (Ostrea edulis), na odber vzoriek môžu byť vybraté len ustrice tohto druhu.
Amplified PCR products from both the 1st and 2nd round PCRs shall be visualised on 2 % agarose gels made using TAE buffer.
Ak nie sú prítomné ustrice jedlé (Ostrea edulis), vzorka musí reprezentovať všetky ostatné prítomné vnímavé druhy;
15 μl of each sample shall be run at 120 Volts for approximately 20 minutes and viewed under UV light.
ak sú prítomné slabé, otvorené alebo čerstvo uhynuté, ale nerozložené mäkkýše, v prvom rade sa musia vybrať takéto mäkkýše.
The PCR products shall be precipitated using a sodium acetate method where 20 μl DNA is added to 10 μl NaAc, 70 μl H2O and 250 μl ethanol, vortexed and centrifuged at 13000 rpm for 20 minutes, the supernatant shall be removed and the pellet shall be washed with 200 μl absolute ethanol, centrifuging at 13000 rpm for five minutes.
Záznamy sa uchovávajú aspoň počas obdobia 10 rokov.
The pellet shall be dried for five minutes at 37 °C.
I. Podrobné diagnostické metódy a postupy na potvrdenie prítomnosti KHVD alebo na vylúčenie podozrenia na KHVD
Council Decision (EU) 2015/1565
Rozhodnutie Rady (EÚ) 2015/1565
on the approval, on behalf of the European Union, of the Declaration on the granting of fishing opportunities in EU waters to fishing vessels flying the flag of the Bolivarian Republic of Venezuela in the exclusive economic zone off the coast of French Guiana
o schválení Vyhlásenia o udelení rybolovných možností vo vodách EÚ rybárskym plavidlám, ktoré sa plavia pod vlajkou Venezuelskej bolívarovskej republiky vo výhradnej hospodárskej zóne pri pobreží Francúzskej Guyany, v mene Európskej únie
Having regard to the Treaty on the Functioning of the European Union, and in particular Article 43(2), in conjunction with Article 218(6)(a)(v) thereof,
so zreteľom na Zmluvu o fungovaní Európskej únie, a najmä na jej článok 43 ods. 2 v spojení s jej článkom 218 ods. 6 písm. a) bodom v),