natgillin/translations-raw huggingface dataset:
flake food
Mogu se primijeniti Tukeyev test netipičnih vrijednosti i vizualni pregled istih gore opisanih dijagrama reziduala.
BSN, flake food (or protozoa or rotifers)
Treba imati na umu da su zapažanja čitavi ponovljeni uzorci, pa se ispuštanje netipičnih vrijednosti iz analize može učiniti tek nakon pomnog razmatranja.
BSN48, flake food (or rotifers)
Statistički testovi u kojima se primjenjuju značajke plana ispitivanja i biološka očekivanja su testovi trenda postupnim snižavanjem, primjerice Williamsov i Jonckheere-Terpstraov test.
BSN once daily; flake food twice daily or flake food and rotifers once daily
U tim se testovima pretpostavlja monotoničan odnos između koncentracije i odgovora, a dosljednost podataka treba ocijeniti vodeći računa o toj pretpostavci.
not applicable
To se može učiniti vizualno na temelju dijagrama rasipanja srednje vrijednosti ponovljenih uzoraka u odnosu na ispitnu koncentraciju.
6-7 days post spawn
Pritom je korisno prekriti taj dijagram rasipanja djelomično linearnim dijagramom i povezati srednje vrijednosti koncentracije ponderirane veličinom ponovljenog uzorka.
Cyprinodon varieqatus
Veliko odstupanje tog djelomično linearnog dijagrama od monotoničnosti ukazivalo bi na moguću potrebu primjene testova koji nisu testovi trenda.
2-3 feeds per day
Kao druga mogućnost mogu se primijeniti formalna ispitivanja.
1 day post hatch/swim-up
Jednostavan formalni test je izračun linearnih i kvadratnih kontrasta srednjih vrijednosti koncentracije.
Food should be given to satiation.
Ako je kvadratni kontrast značajan, a linearni kontrast nije značajan, to ukazuje na mogući problem s monotoničnošću koju bi trebalo dodatno ocijeniti na temelju dijagrama.
Surplus food and faeces should be removed, as necessary to avoid accumulation of waste
Ako bi normalnost ili homogenost varijance mogla predstavljati problem, ti se kontrasti mogu konstruirati na temelju transformiranja apsolutnih podataka u raspored.
yolk-sac larvae require no food
Mogu se primijeniti i alternativni postupci, primjerice Bartholomewov test monotoničnosti, no njima se ispitivanje čini složenijim.
filtered from mixed culture
Slika 2.
granules from fermentation process.
NOEC – dijagram toka za mjerenja veličine (dužine i težine)
STATISTICAL GUIDANCE FOR NOEC DETERMINATION
Ti odgovori nikad ne udovoljavaju pretpostavkama za parametarsku analizu ili modele.
General
Osim ako podaci nisu u skladu sa zahtjevima za te testove, NOEC se određuje primjenom Williamsova ili Jonckheere-Terpstraova testa trenda postupnim snižavanjem.
The replicate tank is the unit of analysis.
Detaljni opis tih postupaka nalazi se u dokumentu OECD-a iz 2006.
Thus, for continuous measurements, such as size, the replicate mean or median should be calculated and these replicate values are the data for analysis.
Za podatke koji nisu u skladu sa zahtjevima za testove trenda postupnim snižavanjem može se primijeniti Dunnettov test ili Tamhane-Dunnettov test (T3); oba testa imaju ugrađene prilagodbe za multiplicitet.
The power of the tests used should be demonstrated, preferably based on an adequate historical database for each lab.
U tim se testovima pretpostavlja normalnost i, u slučaju Dunnettova testa, homogenost varijance.
The size effect that can be detected with 75-80 % power should be provided for each endpoint with the statistical test to be used.
Ako ti uvjeti nisu ispunjeni, može se primijeniti Dunnov neparametarski test.
The databases available at the time of development of this test method establish the power possible under the recommended statistical procedures.
Detaljni opis svih tih testova nalazi se u dokumentu OECD-a iz 2006.
An individual lab should demonstrate its ability to meet this power requirement either by conducting its own power analysis or by demonstrating that the Coefficient of Variation (CV) for each response does not exceed the 90th percentile of CVs used in developing the TG.
Na slici 2. nalazi se pregled kako pronaći odabrani test.
Table 1 provides these CVs.
Valjenje iz jajašaca i preživljavanje ličinaka
1988, Jonckheere 1954, Dunn 1964).
On se može promatrati kao prilagođeni test hi-kvadratom, no ograničene simulacije snage koje je proveo Tarone pokazale su da je snažniji od testa hi-kvadratom.
Dunnett's test has a built-in multiplicity adjustment and its false positive and false negative rates are adversely affected by using the F-test as a gatekeeper.
Slika 3.
Similarly, the step-down Williams and Jonckheere-Terpstra tests using a 0,05 significance level at every step preserve an overall 5 % false positive rate and that rate and the power of the tests are adversely affected by using the F- or Kruskal-Wallis test as a gatekeeper.
Podaci su udio ponovljenih uzoraka
Mann-Whitney and Dunn's test have to be adjusted for multiplicity and the Bonferroni-Holm adjustment is advised.
Ako nema značajnih dokaza u pogledu ekstrabinomne varijance, može se primijeniti Cochran-Armitageov test trenda postupnim snižavanjem.
A thorough discussion of most of the recommendations on hypothesis testing and verification of assumptions underlying these tests is given in OECD (2006), which also contains an extensive bibliography.
U tom se testu zanemaruju ponovljeni uzorci, pa ako postoje takvi dokazi, Rao-Scottova prilagodba Cochran-Armitageova testa (RSCA) uzima u obzir ponovljene uzorke, veličine ponovljenih uzoraka i ekstrabinomnu varijancu te se preporučuje.
Treatment of Controls when a Solvent is Used
Alternativni testovi su Williamsov i Jonckheere-Terpstraov test trenda postupnim snižavanjem te Dunnettov test kako je opisano za mjerenje veličine.
If a solvent is used, then both a dilution water control and a solvent control should be included.
Ti se testovi primjenjuju bez obzira na to postoji li ekstrabinomna varijanca ili ne, no njihova je snaga nešto niža (Agresti 2002, Morgan 1992, Rao i Scott 1992, 1999, Fung et al.
The two controls should be compared for each response and combined for statistical analysis if no significant difference is found between the controls.
1994, 1996).
Otherwise, the solvent control should be used for NOEC determination or ECx estimation and the water control is not used.
Prvi ili zadnji dan valjenja ili isplivavanja
See restriction in the validity criteria (Paragraph 7)
Odgovor je cijeli broj koji se odnosi na broj dana od početka ispitivanja do trenutka kad je primijećeno predmetno zapažanje za određeni akvarij s ponovljenim uzorkom.
For length, weight, proportion of egg hatch or larval mortality or abnormal larvae, and first or last day of hatch or swim-up, a T-test or Mann-Whitney test should be used to compare the dilution water- control and the solvent control at the 0,05 significance level, ignoring all treatment groups.
Raspon vrijednosti općenito je vrlo malen i čest je velik udio povezanih vrijednosti, npr. isti prvi dan valjenja primjećuje se u svim kontrolnim ponovljenim uzorcima i možda u jednoj ili dvije niske ispitne koncentracije.
The results of these tests should be reported.
Parametarski testovi kao što su Williamsov ili Dunnettov test nisu primjereni za takve podatke.
In either case, the replicate mean values tend to be normally distributed by virtue of the Central Limit Theorem and confirmed from data from well over 100 ELS studies of three freshwater species.
Abnormalnosti ličinaka
Alternatively, where the data or historical databases suggest a log-normal distribution for individual fish size values, the replicate mean logarithm of the individual fish values can be calculated and the data for analysis can then be the anti-logs of these replicate mean logarithms.
Odgovor je broj ličinaka u kojih je utvrđen neki oblik abnormalnosti.
Data should be evaluated for consistency with a normal distribution and variance homogeneity.
Taj je odgovor često niske pojavnosti i kod njega se pojavljuju neki problemi kao i za prvi dan valjenja, a ponekad i nepredvidivost u odnosu između koncentracije i odgovora.
For this purpose, the residuals from an ANOVA model with concentration as the single explanatory class variable should be used.
Ako podaci barem ugrubo slijede monotoničan oblik koncentracije, Jonckheere-Terpstraov test trenda postupnim snižavanjem snažan je test za otkrivanje učinaka.
Visual determination from scatterplots and histograms or stem-and-leaf plots can be used.
Series on Testing and Assessment, No.
Alternatively, a formal test such as the Shapiro-Wilk or Anderson-Darling can be used.
Organizacija za gospodarsku suradnju i razvoj (OECD), Pariz.
Consistency with variance homogeneity can be assessed from a visual examination of the same scatter plot or formally from Levene's test.
STATISTIČKE SMJERNICE ZA PROCJENE REGRESIJE
Only parametric tests (e.g. Williams, Dunnett) need be evaluated for normality or variance homogeneity.
Zapažanja koja se upotrebljavaju za prilagodbu modela su srednje vrijednosti ponovljenih uzoraka (dužina i težina) ili udio ponovljenih uzoraka (valjenje iz jajašaca i smrtnost ličinaka) (OECD 2006).
Attention should be paid to possible outliers and their effect on analysis.
Općenito se savjetuje primjena ponderirane regresije u kojoj je ponder veličina ponovljenog uzorka.
Tukey's outlier test and visual inspection of the same plots of residuals described above can be used.
Moguće su i druge sheme ponderiranja kao što su ponderiranje predviđenom srednjom vrijednošću odgovora ili kombinacija toga i veličine ponovljenog uzorka.
It should be recalled that observations are entire replicates, so omitting an outlier from analysis should be done only after careful consideration.
Ne preporučuje se ponderiranje recipročnom vrijednošću varijance uzorka unutar koncentracije (Bunke et al.
The statistical tests that make use of the characteristics of the experimental design and biological expectation are step-down trend tests, such as Williams and Jonckheere-Terpstra.
1999, Seber i Wild 2003, Motulsky i Christopoulos 2004, Huet et al.
These tests assume a monotone concentration-response and the data should be assessed for consistency with that assumption.
2003).
This can be done visually from a scatter plot of the replicate means against test concentration.
U eventualnim transformacijama odgovora prije analize trebala bi se sačuvati neovisnost zapažanja, a vrijednost ECx i njezine granice pouzdanosti trebalo bi izraziti u izvornim mjernim jedinicama umjesto u transformiranim jedinicama.
It will be helpful to overlay that scatter plot with a piecewise linear plot connecting the concentration means weighted by replicate sample size.
Primjerice, promjena od 20 % u logaritmu dužine nije istovjetna promjeni od 20 % dužine (Lyles et al.
Great deviation of this piecewise linear plot from monotonicity would indicate a possible need to use non-trend tests.
2008, Draper i Smith 1999).
Alternatively, formal tests can be used.
U dijagramu toka prikazanom na slici 4. nalazi se pregled procjena vrijednosti ECx.
A simple formal test is to compute linear and quadratic contrasts of the concentration means.
Pojedinosti su opisane u tekstu u nastavku.
If the quadratic contrast is significant and the linear contrast is not significant that is an indication of a possible problem with monotonicity which should be further evaluated from plots.
Slika 4.
Where normality or variance homogeneity may be an issue, these contrasts can be constructed from rank-order transformed data.
Razmatranja u pogledu valjenja iz jajašaca i smrtnosti ličinaka
Alternative procedures, such as Bartholomew's test for monotonicity can be used, but add complexity.
Za podatke o valjenju iz jajašaca i smrtnosti ličinaka općenito je najbolje prilagoditi model smanjenja osim ako se prilaagodi probit model kako je opisano u nastavku.
Figure 2
Drugim riječima, treba modelirati udio jajašaca iz kojih se ne izvale ličinke ili ličinaka koje uginu.
NOEC Flow-Chart Size Measurements (length and weight)
Razlog tome je da se vrijednost ECx odnosi na koncentraciju kod koje postoji promjena jednaka x % srednje vrijednosti odgovora u kontroli.
Variances stabilising transform?
Ako se iz 5 % kontrolnih jajašaca ne izlegnu ličinke i modelira se izostanak valjenja, tada se vrijednost EC20 odnosi na koncentraciju pri kojoj je promjena jednaka 20 % od 5 % izostanaka valjenja u kontroli, a to je promjena od 0,2 × 0,05 = 0,01 ili jedan postotni bod na 6 % izostanaka valjenja.
Normalising transform?
Takva se mala razlika ne može procijeniti ni na kakav smisleni način na temelju raspoloživih podataka i nije biološki značajna.
Tamhane-Dunnett test
Međutim, ako se modelira udio jajašaca iz kojih se izvale ličinke, kontrolni bi udio u ovom primjeru iznosio 95 %, a smanjenje od 20 % u odnosu na kontrolnu srednju vrijednost bila bi promjena od 0,95 × 0,2 = 0,18, dakle od uspješnosti valjenja od 95 % na 77 % (= 95 – 18) uspješnosti valjenja; ta se koncentracija s učinkom može procijeniti i pretpostavlja se da je od većeg interesa.
Dunnett test
To ne predstavlja problem u mjerenjima duljine, iako negativni učinci na veličinu općenito znače smanjenje veličine.
Transform to normal, homogenous?
Modeli za veličinu (dužinu ili težinu) i uspješnost valjenja odnosno preživljavanje ličinaka
Step-down Williams or Jonckherre
Svi su modeli, osim Brain-Cousensova modela hormeze, opisani i preporučeni u OECD (2006).
Rep means normal, homogenous?
Slob (2002) razmatra Smjernice OECD-a od 2. do 5. i za pokuse u pogledu ekotoksičnosti.
Yes
Naravno, postoje i mnogi drugi modeli koji bi mogli biti korisni.
Are data consistent with monotone concentration-response?
Modeli navedeni u nastavku osobito su primjereni i često se upotrebljavaju za pokuse u pogledu ekotoksičnosti.
Rep means normal?
S pet ispitnih koncentracija plus kontrola
Variances equal?
jednostavan eksponencijalni model (OECD 2),
If % effect at NOEC is large of % effect at LOEC is small, then try ECx
eksponencijalni model s parametrom oblika (OECD 3),
Step-down Jonckherre
jednostavan eksponencijalni model s donjom granicom (OECD 4).
Dunn or Mann-Whitney test
Sa šest ili više ispitnih koncentracija plus kontrola
Dashed figures are paths for 1st and last day of hatch or swimup (*) or abnormal larvae
eksponencijalni model s parametrom oblika i donjom granicom (OECD 5),
These responses never satisfy assumptions for parametric analysis or models.
Ako postoje vizualni dokazi hormeze (što je malo vjerojatno kad se radi o uspješnosti valjenja ili preživljavanju ličinaka, no ponekad se bilježi u zapažanjima o veličini)
Unless the data are not consistent with the requirements for these tests, the NOEC is determined by a step-down application of Williams' or the Jonckheere-Terpstra test.
Brain-Cousensov model hormeze; Brain i Cousens (1989).
OECD (2006) provides details on these procedures.
Alternativni modeli za neuspješno valjenje i smrtnost ličinaka
For data not consistent with the requirements for a step-down trend test, Dunnett's test or the Tamhane-Dunnett (T3) test can be used, both of which have built-in adjustments for multiplicity.
Modeli povećavanja za te odgovore mogu se prilagoditi probit (ili logističkim) modelima ako nema dokaza o ekstrabinomnoj varijanci i ako se pojavnost kontrole procjenjuje u prilagođavanju modela.
These tests assume normality and, in the case of Dunnett, variance homogeneity.
To nije najbolja metoda jer se u njoj kao jedinica analize uzima jedinka, a ne ponovljeni uzorak (Morgan 1992, O'Hara Hines i Lawless 1993, Collett 2002, 2003).
Where those conditions are not satisfied, Dunn's non-parametric test can be used.
Kakvoća prilagodbe pojedinog modela
OECD (2006) contains details for all of these tests.
Vizualno usporedite zapaženo i predviđeno smanjenje u postocima pri svakoj ispitnoj koncentraciji (Motulsky i Christopoulos 2004, Draper i Smith 1999).
Figure 2 is giving an overview, how to find the test of choice.
Usporedite kvadratnu srednju vrijednost regresijske pogreške s kvadratnom srednjom vrijednošću čiste pogreške primjenom F-testa (Draper i Smith 1999).
Egg Hatch and Larval Survival
Provjerite razlikuje li se svaki termin u modelu znatno od nule (tj. odredite jesu li svi termini modela važni) (Motulsky i Christopoulos 2004).
The data are proportions of eggs that hatch or larvae that survive in individual replicates.
Izradite graf reziduala regresije u odnosu na ispitnu koncentraciju, po mogućnosti na logaritamskoj skali za koncentraciju.
These proportions should be assessed for extra-binomial variance, which is common but not universal for such measurements.
Na tom grafu ne bi smio biti vidljiv uzorak; točke bi trebale biti nasumično raspršene oko horizontalne linije na nultoj visini.
The flowchart in figure 3 is guidance for the test of choice; see text for detailed descriptions.
Trebalo bi ocijeniti normalnost podataka i homogenost varijance na isti način kako je opisano u Dodatku 5.
Two tests are commonly used.
Dodatno, trebalo bi ocijeniti normalnost reziduala u odnosu na regresijski model primjenom istih metoda navedenih u Dodatku 5. za reziduale iz ANOVA-e.
These are Tarone's C(α) test (Tarone, 1979) and chi-squared tests, each applied separately to every test concentration.
Usporedba modela
If extra-binomial variance is found in even one test concentration, then methods that accommodate that should be used.
Primijenite Akaikeove kriterije (AIC).
Formula 1
Manje vrijednosti kriterija AIC ukazuju na bolju prilagodbu i ako je AICc(B) – AICc(A) ≥ 10, model A skoro je sigurno bolji od modela B (Motulsky i Christopoulos 2004).
Tarone's C (α) test (Tarone 1979)
Vizualno usporedite dva modela s obzirom na to koliko dobro ispunjavaju gore navedene kriterije pojedinog modela.
Where ̂ is the mean proportion for a given concentration, m is the number of replicate tanks, nj is the number of subjects in replicate j, and xj is the number of subjects in that replicate responding, e.g. not hatched or dead.
Preporučuje se princip štedljivosti, prema kojem se primjenjuje najjednostavniji model koji se u razumnoj mjeri prilagođava podacima (Ratkowsky 1993, Lyles et al.
This test is applied to each concentration separately.
2008).
This test can be seen as an adjusted chi-squared test, but limited power simulations done by Tarone have shown it to be more powerful than a chi-squared test.
Kvaliteta procjene vrijednosti ECx
Figure 3
Interval pouzdanosti (CI) za vrijednost ECx ne bi smio biti preširok.
NOEC Flow Chart for Egg Hatch and Larval Mortality Yes Yes Yes No
Pri odlučivanju o tome koliko može biti širok interval pouzdanosti, a vrijednost ECx još uvijek korisna, potrebna je statistička procjena.
Are data (*) consistent with a monotone concentration-response?
Simulacije prilagodbe regresijskih modela podacima o valjenju iz jajašaca i o veličini pokazuju da oko 75 % intervala pouzdanosti za vrijednost ECx (x = 10, 20 ili 30) ne obuhvaća više od dvije ispitne koncentracije.
Step-down Rao-Scott Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
To može poslužiti kao općenita uputa u pogledu prihvatljivosti i kao praktična smjernica o tome što se može postići.
Step-down Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
Brojni autori naglašavaju potrebu za izvješćivanjem o intervalu pouzdanosti za sve parametre modela i napominju da široki intervali pouzdanosti za parametre modela ukazuju na neprihvatljive modele (Ott i Longnecker 2008, Alvord i Rossio 1993, Motulsky i Christopoulos 2004, Lyles et al.
Dunnett test Dunn test or Mann-Whitney No
2008, Seber i Wild 2003, Bunke et al.
Data normally distributed, homogenous after arc-sin square-root transform?
1999, Environment Canada 2005).
C(α) or chi-squared Test for extra-binominal Variance significant?
Interval pouzdanosti (CI) za vrijednost ECx (ili bilo koji drugi parametar modela) ne bi smio sadržavati nulu (Motulsky i Christopoulos 2004).
Data are replicate proportion.
To je, u regresijskim modelima, ekvivalent minimalnoj značajnoj razlici koja se često citira u pristupima testiranju hipoteze (npr.
Where there is no significant evidence of extra-binomial variance, the step-down Cochran-Armitage test can be used.
Wang et al.
This test ignores replicates, so where there is such evidence, the Rao-Scott adjustment to the Cochran-Armitage test (RSCA) takes replicates, replicate sizes, and extra-binomial variance into account and is recommended.
2000).
Alternative tests include the step-down Williams and Jonckheere-Terpstra tests and Dunnett's test as described for size measurements.
On odgovara i intervalu pouzdanosti za srednje vrijednosti odgovora pri vrijednosti LOEC koja ne sadržava kontrolnu srednju vrijednost.
These tests apply whether or not there is extra-binomial variance, but have somewhat lower power (Agresti 2002, Morgan 1992, Rao and Scott 1992, 1999, Fung et al.
Pitanje je jesu li procjene parametara znanstveno vjerodostojne.
1994, 1996).
Primjerice, ako interval pouzdanosti za y0 iznosi ± 20 %, nijedna procjena vrijednosti EC10 nije vjerodostojna.
First or Last Day of Hatch or Swim-up
Ako se modelom predviđa učinak od 20 % pri koncentraciji C, a najveći zapaženi učinak pri koncentraciji C i nižim koncentracijama je 10 %, tada vrijednost EC20 nije vjerodostojna (Motulsky i Christopoulos 2004, Wang et al.
The response is an integer, giving the test day on which the indicated observation is observed for a given replicate tank.
2000, Environment Canada 2005).
The range of values is generally very limited and there are often high proportions of tied values, e.g. the same first day of hatch is observed in all control replicates and, perhaps in one or two low test concentrations.
Vrijednost ECx ne bi smjela zahtijevati ekstrapolaciju izvan raspona pozitivnih koncentracija (Draper i Smith 1999, OECD 2006).
Parametric tests such as Williams and Dunnett are not appropriate for such data.
Na primjer, opća bi uputa mogla biti da vrijednost ECx ne smije biti niža od oko 25 % ispod najniže ispitane koncentracije ili iznad najviše ispitane koncentracije.
Unless there is evidence on serious non-monotonicity, the step-down Jonckheere-Terpstra test is very powerful for detecting effects of the test chemical.
Brain P. and Cousens R. (1989); An equation to describe dose responses where there is stimulation of growth at low doses.
Otherwise, Dunn's test can be used.
Weed res.
Larval Abnormalities
29: 93-96.
The response is the count of larvae found to be abnormal in some way.
OECD (2006); Current approaches in the statistical analysis of ecotoxicity data: A guidance to application.
This response is frequently of low incidence and has some of the same problems as first day of hatch, as well as sometimes exhibiting erratic in concentration-response.
Series Testing and Assessment, No.
If the data at least roughly follow a monotone concentration shape, the step-down Jonckheere-Terpstra test is powerful for detecting effects.
54, Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Pariz.
Series on Testing and Assessment, No. 54.
C.48.
Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris..
Kratkoročni reprodukcijski test na ribama
STATISTICAL GUIDANCE FOR REGRESSION ESTIMATES
Ova ispitna metoda odgovara Smjernici OECD-a za ispitivanje 229 (2012.).
The observations used to fit a model are replicate means (length and weight) or replicate proportions (egg hatch and larval mortality) (OECD 2006).
Potreba za razvojem i validacijom testa na ribama s pomoću kojeg je moguće otkriti endokrino aktivne kemikalije pojavila se zbog zabrinutosti da razine kemikalija u okolišu mogu štetno utjecati na ljude i životinje zbog interakcije tih kemikalija i endokrinog sustava.
Weighted regression using replicate sample size as weight is generally advised.
OECD je 1998. pokrenuo aktivnost visokog prioriteta radi revizije postojećih smjernica te razvoja novih smjernica za probir i ispitivanje potencijalnih endokrinih disruptora.
Other weighting schemes are possible, such as weighting by predicted mean response or a combination of this and replicate sample size.
Jedan element te aktivnosti bio je razvoj smjernice za test probira kemikalija koje djeluju na endokrini sustav riba.