natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Single cells/nuclei embedded in agarose on a slide are lysed with detergent and high salt concentration.
U međunarodnom validacijskom ispitivanju koje je proveo JaCVAM upotrijebljeni su jetra i želudac.
This lysis step digests the cellular and nuclear membranes and allows the release of coiled DNA loops generally called nucleoids and DNA fragments.
Jetra zbog toga jer je najaktivniji organ u metabolizmu kemikalija i jer je često ciljni organ za karcinogenost.
Electrophoresis at high pH results in structures resembling comets, which, by using appropriate fluorescent stains, can be observed by fluorescence microscopy; DNA fragments migrate away from the “head” into the “tail” based on their size, and the intensity of the comet tail relative to the total intensity (head plus tail) reflects the amount of DNA breakage (13) (14) (15).
Želudac zato jer je obično prvo mjesto kontakta s kemikalijama nakon unosa oralnim putem, iako bi i druge dijelove gastrointestinalnog trakta, poput duodenuma i jejunuma, trebalo isto tako smatrati mjestima kontakta koja su, kad je riječ o ljudima, možda bitnija od žljezdanog želuca štakora.
The in vivo alkaline comet assay is especially relevant to assess genotoxic hazard in that the assay's responses are dependent upon in vivo ADME (absorption, distribution, metabolism and excretion), and also on DNA repair processes.
Potrebno je pobrinuti se da takva tkiva ne budu izložena previsokim koncentracijama ispitivane kemikalije (21.).
These may vary among species, among tissues and among the types of DNA damage.
Ova se tehnika može u načelu primijeniti na svako tkivo iz kojeg se mogu dobiti suspenzije pojedinačnih stanica/jezgri koje je moguće analizirati.
The use of non-rodent species should be scientifically and ethically justified on a case-by-case basis and it is strongly recommended that the comet assay only be performed on species other than rodents as part of another toxicity study and not as a standalone test.
S obzirom na to da su u pregledu literature o primjeni komet-testa u istraživanju genotoksičnosti na zametnim stanicama zabilježene visoke i promjenjive pozadinske razine kod oštećenja DNK (33.), smatra se potrebnim izmijeniti protokol te provesti poboljšane standardizacijske i validacijske studije prije nego što se u ispitnu metodu uključi komet-test na zrelim zametnim stanicama (npr. spermijima).
The selection of route of exposure and tissue(s) to be studied should be determined based on all available/existing knowledge of the test chemicals e.g. intended/expected route of human exposure, metabolism and distribution, potential for site-of-contact effects, structural alerts, other genotoxicity or toxicity data, and the purpose of the study.
Osim toga, preporučeni režim izlaganja koji je opisan u ovoj ispitnoj metodi nije optimalan pa bi stoga za smislenu analizu lomova lanaca DNK u zrelim spermijima bila potrebna dulja vremena izlaganja ili uzorkovanja.
Thus, where appropriate, the genotoxic potential of the test chemicals can be assayed in the target tissue(s) of carcinogenic and/or other toxic effects.
U literaturi su opisani genotoksični učinci izmjereni komet-testom u testikularnim stanicama u različitim fazama diferencijacije (34., 35.).
The assay is also considered useful for further investigation of genotoxicity detected by an in vitro system.
Međutim, potrebno je napomenuti da spolne žlijezde sadržavaju mješavinu somatskih i zametnih stanica.
It is appropriate to perform an in vivo comet assay in a tissue of interest when it can be reasonably expected that the tissue of interest will be adequately exposed.
Zbog toga pozitivni rezultati dobiveni za spolnu žlijezdu kao cjelinu (sjemenik) ne moraju nužno upućivati na oštećenje zametnih stanica; međutim, pokazuju da su ispitana kemikalija (ispitane kemikalije) i/ili njezini (njihovi) metaboliti došli u spolnu žlijezdu.
The assay has been most extensively validated in somatic tissues of male rats in collaborative studies such as the JaCVAM trial (12) and in Rothfuss et al., 2010 (10).
U standardnim pokusnim uvjetima komet-testa ne mogu se pouzdano otkriti unakrsne veze.
The liver and stomach were used in the JaCVAM international validation trial.
U određenim modificiranim pokusnim uvjetima mogla bi se otkriti unakrsna povezivanja DNK-DNK i DNK-protein te druge modifikacije baza poput oksidiranih baza (23., 36., 37., 38., 39.).
The liver, because it is the most active organ in metabolism of chemicals and also frequently a target organ for carcinogenicity.
Međutim, da bi se mogle na odgovarajući način utvrditi potrebne izmjene protokola, potreban je daljnji rad.
The stomach, because it is usually first site of contact for chemicals after oral exposure, although other areas of the gastro-intestinal tract such as the duodenum and jejunum should also be considered as site-of-contact tissues and may be considered more relevant for humans than the rodent glandular stomach.
Stoga, otkrivanje agensa odgovornih za stvaranje unakrsnih veza nije primarna svrha testa koji se ovdje opisuje.
Care should be taken to ensure that such tissues are not exposed to excessively high test chemical concentrations (21).
Ovaj test nije primjeren, čak ni uz izmjene, za otkrivanje aneugena.
The technique is in principle applicable to any tissue from which analysable single cell/nuclei suspensions can be derived.
S obzirom na trenutačne spoznaje, još je nekoliko ograničenja (vidjeti Dodatak 3.) povezano s komet-testom in vivo.
Proprietary data from several laboratories demonstrate its successful application to many different tissues, and there are many publications showing the applicability of the technique to organs or tissues other than liver and stomach, e.g. jejunum (22), kidney (23) (24), skin (25) (26), or urinary bladder (27) (28), lungs and bronchoalveolar lavage cells (relevant for studies of inhaled chemicals) (29) (30), and tests have also been performed in multiple organs (31) (32).
Očekuje se da će u budućnosti ova ispitna metoda biti preispitana i ako bude potrebno, izmijenjena na temelju stečenog iskustva.
Whilst there may be an interest in genotoxic effects in germ cells, it should be noted that the standard alkaline comet assay as described in this test method is not considered appropriate to measure DNA strand breaks in mature germ cells.
NAČELO METODE
Since high and variable background levels in DNA damage were reported in a literature review on the use of the comet assay for germ cell genotoxicity (33), protocol modifications together with improved standardization and validation studies are deemed necessary before the comet assay on mature germ cells (e.g. sperm) can be included in the test method.
Detaljan opis doziranja i uzorkovanja naveden je u stavcima od 36. do 40.
In addition, the recommended exposure regimen described in this test method is not optimal and longer exposures or sampling times would be necessary for a meaningful analysis of DNA strand breaks in mature sperm.
U izabrano vrijeme (vremena) uzorkovanja tkiva koja se želi analizirati diseciraju se te se pripremaju suspenzije pojedinačnih stanica/jezgri (može se izvesti in situ perfuzija ako se smatra korisnom, npr. za jetru), koje se potom uklapaju u agarozni gel kako bi se imobilizirale na predmetnom stakalcu.
Genotoxic effects as measured by the comet assay in testicular cells at different stages of differentiation have been described in the literature (34) (35).
Stanice/jezgre obrađuju se puferom za lizu kako bi se uklonila stanična i/ili jezgrina membrana te se izlažu jakoj lužini, npr. pH ≥ 13 kako bi se omogućilo odmotavanje DNK i otpuštanje odmotanih petlji i fragmenata DNK.
However, it should be noted that gonads contain a mixture of somatic and germ cells.
Potom se nuklearni DNK u agaru podvrgava elektroforezi.
For this reason, positive results in whole gonad (testis) are not necessarily reflective of germ cell damage; nevertheless, they indicate that tested chemical(s) and/or its metabolites have reached the gonad.
Normalne nefragmentirane molekule DNK ostaju na mjestu na kojemu se nuklearni DNK nalazio u agaru, a svi fragmenti DNK i odmotane petlje DNK kreću se prema anodi.
Cross-links cannot be reliably detected with the standard experimental conditions of the comet assay.
Nakon elektroforeze DNK se vizualizira s pomoću odgovarajuće fluorescentne boje.
Under certain modified experimental conditions, DNA-DNA and DNA-protein crosslinks, and other base modifications such as oxidized bases might be detected (23) (36) (37) (38) (39).
Preparate bi trebalo analizirati s pomoću mikroskopa i automatskih ili poluautomatskih sustava za analizu slike.
But further work would be needed to adequately characterize the necessary protocol modifications.
Stupanj migracije DNK tijekom elektroforeze i udaljenost migracije odražavaju količinu i veličinu fragmenata DNK.
Thus detection of cross linking agents is not the primary purpose of the assay as described here.
U komet-testu postoji nekoliko krajnjih točaka.
The assay is not appropriate, even with modifications, for detecting aneugens.
Udio DNK u repu ( % DNK u repu ili % intenziteta repa) preporučeni je parametar za procjenu oštećenja DNK (12., 40., 41., 42.).
Due to the current status of knowledge, several additional limitations (see Appendix 3) are associated with the in vivo comet assay.
Nakon što se analizira dostatan broj jezgri, dobiveni se podaci analiziraju odgovarajućim metodama kako bi se protumačili rezultati testa.
It is expected that the test method will be reviewed in the future and if necessary revised in light of experience gained.
Potrebno je napomenuti da provedena istraživanja upućuju na to da promjena pojedinih aspekata metodologije, uključujući pripremu uzoraka, uvjete elektroforeze, parametre vizualne analize (npr. intenzitet boje, intenzitet svjetlosti mikroskopske žarulje, upotreba filtera za mikroskop i dinamika kamere) te okolne uvjete (npr. pozadinsko osvjetljenje), može utjecati na migraciju DNK (43., 44., 45., 46.).
PRINCIPLE OF THE METHOD
Svaki bi laboratorij trebao utvrditi osposobljenost za izvođenje komet-testa dokazivanjem sposobnosti dobivanja dovoljno kvalitetnih suspenzija pojedinačnih stanica ili jezgri za svako ciljno tkivo ili tkiva svake upotrijebljene vrste.
A detailed description of dosing and sampling is given in paragraphs 36-40.
Kvaliteta preparata prvo se ocjenjuje prema postotku DNK u repu kometa za životinje tretirane nosačem, čije su vrijednosti unutar ponovljivog niskog raspona.
At the selected sampling time(s), the tissues of interest are dissected and single cells/nuclei suspensions are prepared (in situ perfusion may be performed where considered useful e.g. liver) and embedded in soft agar so as to immobilize them on slides.
Trenutačni podaci upućuju na to da skupinski srednji postotak DNK u repu kometa (na temelju srednje vrijednosti medijana – vidjeti stavak 57. za pojedinosti o ovim izrazima) u jetri štakora po mogućnosti ne bi trebao premašiti 6 %, što bi bilo u skladu s vrijednostima validacijskog ispitivanja koje je proveo JaCVAM (12.) te s drugim objavljenim i vlasničkim podacima.
Cells/nuclei are treated with lysis buffer to remove cellular and/or nuclear membrane, and exposed to strong alkali e.g. pH ≥13 to allow DNA unwinding and release of relaxed DNA loops and fragments.
U ovom trenutku nema dovoljno podataka da bi se mogle dati preporuke o optimalnim ili prihvatljivim rasponima za druga tkiva.
The nuclear DNA in the agar is then subjected to electrophoresis.
Time se ne isključuje mogućnost upotrebe drugih tkiva ako je takva upotreba opravdana.
Normal non-fragmented DNA molecules remain in the position where the nuclear DNA had been in the agar, while any fragmented DNA and relaxed DNA loops would migrate towards the anode.
U izvješću o ispitivanju trebalo bi na odgovarajući način izvijestiti o provođenju komet-testa na tim tkivima pozivajući se na objavljenu literaturu ili vlasničke podatke.
After electrophoresis, the DNA is visualized using an appropriate fluorescent stain.
Prvo, da bi se dobio dovoljan dinamički raspon za otkrivanje pozitivnog učinka, poželjan je nizak raspon postotaka DNK u repu kometa u kontrolama.
Preparations should be analysed using a microscope and full or semi-automated image analysis systems.
Drugo, svaki bi laboratorij trebao biti sposoban reproducirati očekivane odgovore za izravne mutagene i promutagene, s različitim načinima djelovanja kako su predloženi u tablici 1. (stavak 29.).
The extent of DNA that has migrated during electrophoresis and the migration distance reflects the amount and size of DNA fragments.
Pozitivne tvari mogu se izabrati primjerice iz validacijskog ispitivanja koje je proveo JaCVAM (12.) ili drugih objavljenih podataka (vidjeti stavak 9.), prema potrebi, uz obrazloženje te dokazujući jasne pozitivne odgovore u tkivima od interesa.
There are several endpoints for the comet assay.
Trebalo bi dokazati i sposobnost otkrivanja slabih učinaka poznatih mutagena, npr.
The DNA content in the tail ( % tail DNA or % tail intensity) has been recommended to assess DNA damage (12) (40) (41) (42).
EMS-a u malim dozama, na primjer utvrđivanjem odnosa između doze i odgovora na temelju odgovarajućeg broja doza i razmaka među dozama.
After analysis of a sufficient number of nuclei, the data are analysed with appropriate methods to judge the assay results.
Početna nastojanja trebala bi biti usredotočena na utvrđivanje osposobljenosti s najčešće upotrebljavanim tkivima, npr. jetrom glodavaca, za koja je moguće izvršiti usporedbu s postojećim podacima i očekivanim rezultatima (12.).
It should be noted that altering various aspects of the methodology, including sample preparation, electrophoresis conditions, visual analysis parameters (e.g. stain intensity, microscope bulb light intensity, and use of microscope filters and camera dynamics) and ambient conditions (e.g. background lighting), have been investigated and may affect DNA migration (43) (44) (45) (46).
Trebalo bi prikupiti podatke o kontroli s nosačem / negativnoj kontroli kako bi se dokazala obnovljivost negativnih odgovora te osiguralo da su tehnički aspekti testa ispravno kontrolirani ili ukazalo na potrebu za ponovnim utvrđivanjem raspona prijašnjih kontrola (vidjeti stavak 22.).
Each laboratory should establish experimental competency in the comet assay by demonstrating the ability to obtain single cell or nuclei suspensions of sufficient quality for each target tissue(s) for each species used.
Potrebno je napomenuti da iako se više tkiva može prikupiti pri obdukciji te obraditi za analizu kometa, laboratorij mora biti osposobljen za izdvajanje različitih tkiva od jedne životinje, čime se osigurava da ni jedna eventualna lezija DNK neće biti zanemarena te da analiza kometa neće biti ugrožena.
The quality of the preparations will be evaluated firstly by the % tail DNA for vehicle treated animals falling within a reproducible low range.
Duljina vremenskog intervala između eutanazije i uzimanja tkiva za obradu može biti od ključne važnosti (vidjeti stavak 44.).
Current data suggest that the group mean % tail DNA (based on mean of medians — see paragraph 57 for details of these terms) in the rat liver should be preferably not exceed 6 %, which would be consistent with the values in the JaCVAM validation trial (12) and from other published and proprietary data.
Kod osposobljavanja za ovaj test mora se voditi računa o dobrobiti životinja te se stoga pri razvoju sposobnosti za različite aspekte testa mogu upotrijebiti tkiva životinja upotrijebljenih u drugim ispitivanjima.
There are not enough data at this time to make recommendations about optimum or acceptable ranges for other tissues.
Nadalje, možda neće biti potrebno provesti cjelokupnu studiju tijekom faza uvođenja nove ispitne metode u laboratorij te se pri razvoju potrebnih vještina može upotrijebiti manji broj životinja ili ispitnih koncentracija.
This does not preclude the use of other tissues if justified.
Tijekom istraživanja u svrhu dokazivanja tehničke osposobljenosti laboratorij bi trebao uspostaviti bazu s prijašnjim podacima kako bi mogao utvrditi raspone i distribucije vrijednosti pozitivnih i negativnih kontrola za odgovarajuća tkiva i vrste.
The test report should provide appropriate review of the performance of the comet assay in these tissues in relation to the published literature or from proprietary data.
Preporuke o tome kako uspostaviti i upotrebljavati prijašnje podatke (tj. kriteriji prema kojima se podaci uključuju u bazu s prijašnjim podacima te isključuju iz nje, kao i kriteriji prihvatljivosti za određeni pokus) mogu se pronaći u literaturi (47.).
Firstly, a low range of % tail DNA in controls is desirable to provide sufficient dynamic range to detect a positive effect.
Različita tkiva i različite vrste, kao i različiti nosači i putovi primjene, mogu u negativnim kontrolama dati različite vrijednosti postotaka DNK u repu.
Secondly, each laboratory should be able to reproduce expected responses for direct mutagens and pro-mutagens, with different modes of action as suggested in Table 1 (paragraph 29).
Stoga je važno utvrditi raspone vrijednosti negativnih kontrola za svako tkivo i vrstu.
Positive substances may be selected, for example from the JaCVAM validation trial (12) or from other published data (see paragraph 9), if appropriate, with justification, and demonstrating clear positive responses in the tissues of interest.
Laboratoriji bi trebali primjenjivati metode kontrole kvalitete, kao što su kontrolni dijagrami (npr.
The ability to detect weak effects of known mutagens e.g. EMS at low doses, should also be demonstrated, for example by establishing dose-response relationships with appropriate numbers and spacing of doses.
C-dijagrami (C-charts) ili X-stupčasti dijagrami (X-bar charts) (48.)), kako bi utvrdili varijabilnost svojih podataka te pokazali da je u njihovu laboratoriju metodologija ‚pod kontrolom’.
Initial efforts should focus on establishing proficiency with the most commonly used tissues e.g. the rodent liver, where comparison with existing data and expected results may be made (12).
Za otkrivanje slabih učinaka (vidjeti stavak 17.) možda će isto tako biti potrebno optimizirati odabir odgovarajućih tvari koje se upotrebljavaju za pozitivnu kontrolu, raspone doza i uvjete pokusa (npr. uvjete elektroforeze).
Data from other tissues e.g. stomach/duodenum/jejunum, blood etc. could be collected at the same time.
Obično se upotrebljavaju laboratorijske subpopulacije zdravih, mladih odraslih glodavaca (starih od 6 do 10 tjedana na početku tretiranja, iako su prihvatljive i nešto starije životinje).
The laboratory needs to demonstrate proficiency with each individual tissue in each species they are planning to study, and will need to demonstrate that an acceptable positive response with a known mutagen (e.g. EMS) can be obtained in that tissue.
Odabir vrste glodavca trebao bi se temeljiti na: i. vrstama upotrijebljenima u drugim studijama toksičnosti (kako bi se podaci mogli povezivati i kako bi se omogućile integrirane studije), ii. vrstama kod kojih su se razvili tumori u studiji karcinogenosti (kada se istražuje mehanizam karcinogeneze) ili iii. vrstama čiji je metabolizam najbliži metabolizmu ljudi, ako su poznate.
Vehicle/negative control data should be collected so as to demonstrate reproducibility of negative data responses, and to ensure that the technical aspects of the assay were properly controlled or to suggest the need to re-establish historical control ranges (see paragraph 22).
Za ovaj se test obično koriste štakori.
It should be noted, that whilst multiple tissues can be collected at necropsy and processed for comet analysis, the laboratory needs to be proficient in harvesting multiple tissues from a single animal, thereby ensuring that any potential DNA lesion is not lost and comet analysis is not compromised.
Međutim, mogu se upotrijebiti i druge vrste ako je to etički i znanstveno opravdano.
The length of time from euthanasia to removal of tissues for processing may be critical (see paragraph 44).
Ako je riječ o glodavcima, temperatura u prostoriji u kojoj se drže pokusne životinje u idealnom bi slučaju trebala biti 22 °C (± 3 °C).
Animal welfare must be considered whilst developing proficiency in this test and therefore tissues from animals used in other tests can be used when developing competence in the various aspects of the test.
Relativna vlaga trebala bi u idealnom slučaju iznosi od 50 do 60 %., pri čemu bi trebala biti najmanje 30 %, a poželjno je da ne prijeđe 70 % osim tijekom čišćenja prostorije.
Furthermore, it may not be necessary to conduct a full study during the stages of establishing a new test method in a laboratory and fewer animals or test concentrations can be used when developing the necessary skills.
Glodavce bi trebalo držati u manjim skupinama (obično ne više od pet jedinki) istog spola ako se ne očekuje agresivno ponašanje.
During the course of the proficiency investigations, the laboratory should build a historical database to establish positive and negative control ranges and distributions for relevant tissues and species.
Kad god je moguće, trebalo bi upotrijebiti pune podove jer rešetkasti podovi mogu uzrokovati teške ozljede (49.).
Recommendations on how to build and use the historical data (i.e. criteria for inclusion and exclusion of data in historical data and the acceptability criteria for a given experiment) can be found in the literature (47).
Mora se osigurati odgovarajuće obogaćivanje okoliša.
Different tissues and different species, as well as different vehicles and routes of administrations, may give different negative control % tail DNA values.
Životinje se nasumično raspoređuju u kontrolne skupine i skupine koje će se tretirati.
It is therefore important to establish negative control ranges for each tissue and species.
Životinje se pojedinačno označuju jedinstvenim oznakama te se prilagođavaju laboratorijskim uvjetima najmanje pet dana prije početka tretiranja.
Laboratories should use quality control methods, such as control charts (e.g. C-charts or X-bar charts (48)), to identify how variable their data are, and to show that the methodology is ‘under control’ in their laboratory.
Za pojedinačno označivanje životinja mora se primijeniti metoda koja je najmanje invazivna.
Selection of appropriate positive control substances, dose ranges and experimental conditions (e.g. electrophoresis conditions) may need also to be optimised for the detection of weak effects (see paragraph 17).
Primjerene su metode prstenovanje, stavljanje privjesnica, mikročipiranje i biometrijska identifikacija.
Common laboratory strains of healthy young adult rodents (6-10 weeks old at start of treatment though slightly older animals are also acceptable) are normally used.
Obrezivanje prstiju ili ušiju nije znanstveno opravdano u ovim testovima.
The choice of rodent species should be based on (i) species used in other toxicity studies (to be able to correlate data and to allow integrated studies), (ii) species that developed tumours in a carcinogenicity study (when investigating the mechanism of carcinogenesis), or (iii) species with the most relevant metabolism for humans, if known.
Kaveze treba rasporediti na način da se učinci do kojih bi moglo doći zbog položaja kaveza svedu na minimum.
Rats are routinely used in this test.
Na početku studije variranje tjelesne mase životinja treba biti što manje i ne smije prelaziti ± 20 %.
However, other species can be used if ethically and scientifically justified.
Prije no što se doza daje životinjama, krute ispitivane kemikalije trebalo bi otopiti ili suspendirati u odgovarajućim nosačima ili umiješati u hranu ili vodu za piće.
For rodents, the temperature in the experimental animal room ideally should be 22 °C (± 3 °C).
U slučaju izloženosti udisanjem ispitivane kemikalije mogu se primijeniti u obliku plina, pare ili krutog/tekućeg aerosola, ovisno o njihovim fizikalno-kemijskim svojstvima (50., 51.).
The relative humidity ideally should be 50-60 %, being at least 30 % and preferably not exceeding 70 % other than during room cleaning.
Nosač