natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Cycling conditions: 50 °C for 30 minutes, 95 °C for 15 minutes, 40 cycles of 94 °C for 15 seconds, 60 °C for 40 seconds, 72 °C for 20 seconds; adjust if necessary.
Uvjeti za cikluse: 30 minuta na 50 °C, 15 minuta na 95 °C, 40 ciklusa 15 sekundi na 94 °C, 40 sekundi na 60 °C, 20 sekundi na 72 °C; prilagoditi prema potrebi.
Other RT-PCR or RT-qPCR versions of proven similar efficacy may be used instead.
Umjesto njega mogu se upotrijebiti i druge verzije metoda RT-PCR ili RT-qPCR dokazane slične učinkovitosti.
RT-qPCR for IHNV
RT-qPCR za virus IHN-a
For IHNV, amplification shall be performed using the following primers and probe:
Za virus IHN-a umnožavanje se provodi upotrebom sljedećih početnica i sonde:
Forward primer: 5′- AGA-GCC-AAG-GCA-CTG-TGC-G-3′;
Prednja početnica: 5′- AGA-GCC-AAG-GCA-CTG-TGC-G-3′;
Reverse primer: 5′- TTCTTTGCGGCTTGGTTGA - 3′;
Stražnja početnica: 5′- TTCTTTGCGGCTTGGTTGA – 3′;
and probe: 5′ 6FAM-TGAGACTGAGCGGGACA-NFQ/MGB.
i sonda: 5′ 6FAM-TGAGACTGAGCGGGACA-NFQ/MGB.
Two-step RT-qPCR:
RT-qPCR u dva koraka:
As the following assay depends on a two-step amplification, extra care shall be taken when handling the tubes from one reaction to the other in order to prevent contamination.
Budući da sljedeći test ovisi o umnožavanju u dva koraka, potrebno je obratiti posebnu pozornost pri rukovanju epruvetama u prelasku iz jedne reakcije na drugu kako bi se spriječila kontaminacija.
Cycling conditions (after RT-step): 50 °C for 2 minutes, 95 °C for 10 minutes, followed by 40 cycles of 95 °C for 15 seconds and 60 °C for 1 minutes; adjustments shall be made if necessary.
Uvjeti za cikluse (nakon koraka RT): 2 minute na 50 °C, 10 minuta na 95 °C, nakon čega slijedi 40 ciklusa 15 sekundi na 95 °C i 1 minutu na 60 °C; prilagođava se prema potrebi.
Detailed diagnostic methods and procedures for the confirmation of or to rule out the suspicion of VHS or IHN or both in suspected outbreaks
Detaljne dijagnostičke metode i postupci za potvrđivanje ili otklanjanje sumnje na VHS ili IHN ili obje te bolesti u slučaju sumnje na pojavu
When a laboratory examination is required to confirm or rule out the presence of IHN or VHS or both in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC using the diagnostic methods set out in point II.3 of Part 1 of Annex I, the following detailed diagnostic methods and procedures shall apply:
Kad su potrebna laboratorijska pretraživanja radi potvrđivanja prisutnosti IHN-a ili VHS-a ili obiju tih bolesti ili otklanjanja sumnje na njihovu prisutnost u skladu s člankom 57. točkom (b) Direktive 2006/88/EZ upotrebom dijagnostičkih metoda utvrđenih u točki II.3. dijela 1. Priloga I., primjenjuju se sljedeće detaljne dijagnostičke metode i postupci:
conventional virus isolation with subsequent seroneutralisation, immune-chemical or molecular virus identification;
uobičajeno izdvajanje virusa nakon kojeg slijedi identifikacija serum neutralizacijskim testom, imunokemijskim testom ili molekularna identifikacija virusa;
virus detection by RT-PCR or RT-qPCR;
otkrivanje virusa metodom RT-PCR ili RT-qPCR;
other diagnostic techniques such as IFAT, ELISA, RT-PCR, IHC.
druge dijagnostičke tehnike poput IFAT-a, ELISA-e, RT-PCR-a, IHC-a.
Conventional virus isolation with subsequent virus identification
Uobičajeno izdvajanje virusa nakon kojeg slijedi identifikacija virusa
Selection of samples
Odabir uzoraka
At least 10 fish showing typical signs of IHN or VHS shall be selected for examination.
Za pretraživanje se uzima najmanje 10 riba koje pokazuju tipične znakove IHN-a ili VHS-a.
The preparation and shipment for the purpose of conventional virus isolation shall follow the methods and procedures laid down in point I.2.
Za pripremanje i slanje za potrebe uobičajenog izdvajanja virusa slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.2.
The collection of supplementary material for the purpose of conventional virus isolation shall follow the methods and procedures laid down in point I.3.
Za prikupljanje dodatnog dijagnostičkog materijala za potrebe uobičajenog izdvajanja virusa slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.3.
Preparation of samples for cell culture examination
Pripremanje uzoraka za pretraživanje stanične kulture
The preparation of samples for cell culture examination for the purpose of conventional virus isolation shall follow the methods and procedures laid down in point I.4.
Za pripremanje i slanje uzoraka za pretraživanje stanične kulture za potrebe uobičajenog izdvajanja virusa slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.4.
The virological examination for the purpose of conventional virus isolation shall follow the methods and procedures laid down in point I.5.
Za virološka pretraživanja na staničnoj kulturi za potrebe uobičajenog izdvajanja virusa slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.5.
The virus identification for the purpose of conventional virus isolation shall follow the methods and procedures laid down in point I.6.
Za identifikaciju virusa za potrebe uobičajenog izdvajanja virusa slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.6.
Virus detection by RT-qPCR
Otkrivanje virusa metodom RT-qPCR
The selection of samples for the purpose of virus detection by RT-qPCR shall follow the methods and procedures laid down in point I.1.2.
Za odabir uzoraka za potrebe otkrivanja virusa metodom RT-qPCR slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.1.2.
The preparation and shipment for the purpose of virus detection by RT-qPCR shall follow the methods and procedures laid down in point I.2.
Za pripremanje i slanje uzoraka riba za potrebe otkrivanja virusa metodom RT-qPCR slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.2.
The collection of supplementary diagnostic material for the purpose of virus detection by RT-qPCR shall follow the methods and procedures laid down in point I.3.
Za prikupljanje dodatnog dijagnostičkog materijala za potrebe otkrivanja virusa metodom RT-qPCR slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.3.
Sample preparation for RT-qPCR
Pripremanje uzorka za metodu RT-qPCR
The sample preparation for the purpose of virus detection by RT-qPCR shall follow the methods and procedures laid down in point I.6.4.1.
Za pripremanje uzoraka za potrebe otkrivanja virusa metodom RT-qPCR slijede se metode i postupci utvrđeni u točki I.6.4.1.
The virus detection by RT-qPCR shall follow the methods and procedures laid down in points I.6.4.1, I.6.4.3 and I.6.4.4.
Za otkrivanje virusa metodom RT-qPCR slijede se metode i postupci utvrđeni u točkama I.6.4.1, I.6.4.3 i I.6.4.4.
Other diagnostic techniques
Druge dijagnostičke tehnike
Supernatant prepared as described in point I.4.3 may be submitted to ELISA, Indirect fluorescent antibody test (IFAT), or RT-PCR in accordance with point I.6.1, point I.6.2 or point I.6.4 respectively.
Supernatant pripremljen kako je opisano u točki I.4.3. može se podvrgnuti ELISA-i, indirektnom testu fluorescentnim protutijelima (IFAT) ili RT-PCR-u u skladu s točkom I.6.1., točkom I.6.2. odnosno točkom I.6.4.
Tissue material may be subjected to other diagnostic techniques, such as IFAT on frozen sections, immunohistochemistry on formalin fixed tissue material.
Materijal tkiva može se podvrgnuti drugim dijagnostičkim tehnikama, kao što su IFAT na zamrznutim rezovima, imunohistokemija na formalinom fiksiranom materijalu tkiva.
Those rapid techniques shall be supplemented with a virological examination in accordance with either point II(a) or point II(b) within 48 hours after sampling, if:
Ove se brze tehnike trebaju dopuniti virološkim pretraživanjem u skladu s točkom II. podtočkom (a) ili (b) u roku od 48 sati od uzorkovanja ako se dobije:
a negative result is obtained; or
negativan rezultat ili
a positive result is obtained with material representing the first case of IHN or VHS.
pozitivan rezultat iz materijala koji predstavlja prvi slučaj IHN-a ili VHS-a.
Procedure for titration to verify the susceptibility of the cell cultures to infection
Postupak titracije za provjeru osjetljivosti staničnih kultura na infekciju
When titration to verify the susceptibility of the cell cultures to infection as referred to in point I.5.3 is carried out, the procedures set out in the following paragraphs of this point shall be followed.
Kad se provodi titracija radi provjere prijemljivosti staničnih kultura na zarazu kako je navedeno u točki I.5.3., slijede se postupci utvrđeni u stavcima ove točke u nastavku.
At least two VHSV isolates and one isolate of IHNV shall be used.
Treba upotrebljavati najmanje dva izolata virusa VHS-a i jedan izolat virusa IHN-a.
The isolates shall represent the major group of viruses within the European Union, namely for VHSV one pathogenic isolate from rainbow trout in freshwater and one marine isolate pathogenic for turbot, and for IHNV one rainbow trout pathogenic strain from the European Union.
Izolati predstavljaju glavnu skupinu virusa unutar Europske unije, točnije, za virus VHS-a treba odabrati jedan patogeni izolat koji potječe od kalifornijske pastrve iz slatke vode i jedan izolat koji je patogen za romba iz morske vode, a za virus IHN-a treba odabrati jedan soj koji je patogen za kalifornijsku pastrvu u Europskoj uniji.
Well-defined isolates from the Member States shall be used.
Upotrebljavaju se dobro definirani izolati podrijetlom iz država članica.
Batches of virus in low cell culture passage numbers shall be propagated in cell culture flasks on BF-2 or RTG-2 cells for VHSV and on EPC or FHM cells for IHNV.
Serije virusa u staničnim kulturama niske pasaže umnažaju se u bocama sa staničnom kulturom na stanicama BF-2 ili RTG-2 za virus VHS-a i na stanicama EPC ili FHM za virus IHN-a.
Cell culture medium with at least 10 % serum shall be used.
Upotrebljava se medij za staničnu kulturu s najmanje 10 % seruma.
Low MOI for inoculation (< 1) shall be used.
Za inokulaciju se upotrebljava niski MOI (< 1).
At total CPE, the virus shall be harvested by centrifugation of cell culture supernatant at 2000 × g for 15 minutes, filter sterilised through 0,45 μm membrane filter and distributed in labelled cryotubes.
Kod punog citopatogenog učinka (CPU) virus se sakuplja centrifugiranjem supernatanta stanične kulture na 2000 × g 15 minuta, sterilizira se filtriranjem kroz membranski filtar od 0,45 μm te raspodijeli u označene krioepruvete.
The virus shall be kept at – 80 °C.
Virus se drži na – 80 °C. Tjedan dana nakon zamrzavanja, pod mlazom hladne vode otope se po tri epruvete svakog virusa te se titriraju na odgovarajućim staničnim linijama. Svaki izolat virusa se odmrzava i titrira najmanje svakih šest mjeseci ili ako se sumnja da je osjetljivost stanične linije smanjena. Postupci titracije moraju se detaljno opisati i svaki se put mora primijeniti isti postupak. Titracija s razrjeđenjem do završne točke uključuje najmanje šest ponavljanja u svakoj fazi razrjeđenja. Titri se uspoređuju s prethodno dobivenim titrima.
Records shall be kept for a period of at least 10 years.
DIO 2. DETALJNE DIJAGNOSTIČKE METODE I POSTUPCI ZA NADZIRANJE I POTVRĐIVANJE KHV-a
When a laboratory examination is required for the purpose of confirmation of the presence of or to rule out the suspicion of KHVD in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section III of Part 2 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in points I.1 – I.2 of this Part shall apply.
Kad su potrebna laboratorijska pretraživanja radi potvrđivanja prisutnosti KHV-a ili otklanjanje sumnje na njezinu prisutnost u skladu s člankom 57. točkom (b) Direktive 2006/88/EZ upotrebom dijagnostičkih metoda utvrđenih u odjeljku III. dijela 2. Priloga I., primjenjuju se detaljne dijagnostičke metode i postupci utvrđeni u točkama I.1. i I.2. ovog dijela:
Preparation of samples from fish
Priprema uzoraka od riba
For diagnostic purposes the fish (sent alive or killed and packed separately in sealed aseptic containers) or alternatively frozen organs or organ pieces preserved in 80 % to absolute ethanol or viral transport medium (to be processed within 48 hours after collection) may be used for testing with conventional PCR or qPCR based methods.
Za dijagnostičke se potrebe riba (poslana živa ili usmrćena i pakirana odvojeno u zapečaćenim aseptičnim posudama) ili, u alternativnom slučaju, zamrznuti organi ili dijelovi organa sačuvani u 80 %-tnom ili čistom etanolu ili transportnom mediju za viruse (radi obrade u roku od 48 sati od prikupljanja) mogu upotrijebiti za ispitivanje uobičajenim metodama temeljenima na PCR-u ili qPCR-u.
For the detection of KHV, gill and kidney shall be collected; in addition spleen, encephalon and intestine may be included in an additional separated sample.
Za otkrivanje KHV-a prikupljaju se škrge i bubrezi. Nadalje, u dodatnom odvojenom uzorku mogu se uključiti i slezena, encefalon i crijeva.
In acute cases, tissue material of up to five fish may be pooled.
U akutnim slučajevima može se objedinjavati materijal tkiva od najviše pet riba.
Furthermore, non-lethal samples such as blood, gill swabs, gill biopsy, mucus scrape may be used in certain cases (namely very valuable fish may be used in the case of the suspicion of the presence of KHV).
Nadalje, uzorci radi kojih nije potrebno usmrtiti ribu, poput krvi, brisa škrgi, biopsije škrgi, brisa sluznice, mogu se upotrijebiti u određenim slučajevima (točnije, u slučaju sumnje na prisutnost KHV-a moguće je upotrijebiti vrlo vrijedne ribe).
DNA extraction
Ekstrakcija DNA
DNA shall be extracted in accordance with standard procedures.
DNA se ekstrahira u skladu sa standardnim postupcima.
The commercially available DNA extraction kits that produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols referred to in point I.2 may be used.
Mogu se upotrebljavati komercijalno dostupni kompleti za ekstrakciju DNA kojima se dobiva DNA visoke kvalitete prikladan za upotrebu u protokolima za PCR navedenima u točki I.2.
Agent detection and identification by Polymerase chain reaction (PCR) based methods
Otkrivanje i identifikacija uzročnika metodama koje se temelje na lančanoj reakciji polimeraze (PCR)
I.2.1. qPCR for KHV detection
I.2.1. qPCR za otkrivanje KHV-a
For qPCR detection of KHV, the following qPCR assay shall be used:
Za otkrivanje KHV-a metodom qPCR upotrebljava se sljedeći test qPCR:
Forward primer (KHV-86f): 5′- GACGCCGGAGACCTTGTG -3′;
Prednja početnica (KHV-86f): 5′- GACGCCGGAGACCTTGTG -3′;
Reverse primer (KHV-163r): 5′- CGGGTTCTTATTTTTGTCCTTGTT -3′;
Stražnja početnica (KHV-163r): 5′- CGGGTTCTTATTTTTGTCCTTGTT -3′;
and probe (KHV-109p): 5′-FAM- CTTCCTCTGCTCGGCGAGCACG -3′.
i sonda (KHV-109p): 5′-FAM- CTTCCTCTGCTCGGCGAGCACG -3′.
Cycling conditions: one cycle of 95 °C at 15 minutes, followed by 40 cycles of 94 °C at 15 seconds and 60 °C for 60 seconds.
Uvjeti za cikluse: jedan ciklus od 15 minuta na 95 °C nakon kojeg slijedi 40 ciklusa od 15 sekundi na 94 °C i 60 sekundi na 60 °C.
However, other qPCR versions of proven similar efficacy may be used instead.
No umjesto nje mogu se upotrijebiti i druge verzije metode qPCR dokazane slične učinkovitosti.
Conventional PCR for KHV detection
Uobičajena metoda PCR za otkrivanje KHV-a
The assay described in this point targeting the Thymine kinase (TK) gene of KHV shall be used.
Upotrebljava se test opisan u ovoj točki koji je usmjeren na gen timidin kinaze (TK) KHV-a.
However, other PCR assays with demonstrated similar sensitivities and specificities to the described assay may be used instead.
No umjesto njega mogu se upotrijebiti drugi PCR testovi s osjetljivostima i posebnostima koje su dokazano slične opisanome testu.
Forward primer (KHV-TKf): 5′-GGGTTACCTGTAC GAG-3′;
Prednja početnica (KHV-TKf): 5′-GGGTTACCTGTAC GAG-3′;
Reverse primer (KHV-TKr): 5′-CACCCAGTAGATTA TGC-3′.
Stražnja početnica (KHV-TKr): 5′-CACCCAGTAGATTA TGC-3′.
Cycling conditions: one cycle of 95 °C for 5 minutes followed by 35 cycles of 95 °C for 30 seconds, 52 °C for 30 seconds, 72 °C for one minute and one cycle of 72 °C for 10 minutes.
Uvjeti za cikluse: jedan ciklus od 5 minuta na 95 °C nakon kojeg slijedi 35 ciklusa od 30 sekundi na 95 °C, 30 sekundi na 52 °C, jednu minutu na 72 °C i jedan ciklus od 10 minuta na 72 °C.
Product size should be 409 bp.
Veličina produkta trebala bi iznositi 409 bp.
Furthermore, false-positive results may occur because of false primer annealing or contamination.
Nadalje, mogu se pojaviti lažni pozitivni rezultati zbog lažnog prianjanja početnica ili kontaminacije.
However, other PCR versions of proven similar efficacy may be used instead.
No umjesto nje mogu se upotrijebiti i druge verzije metode PCR dokazane slične učinkovitosti.
The first detection in an area shall be confirmed by sequencing or sent to a to a national reference laboratory or to the EU reference laboratory for fish diseases referred to in Annex VI to Directive 2006/88/EC, for immediate identification.
Prvo otkrivanje u određenom području mora se potvrditi sekvenciranjem ili poslati u nacionalni referentni laboratorij ili u referentni laboratorij Europske unije za bolesti riba naveden u Prilogu VI. Direktivi 2006/88/EZ kako bi se virus odmah identificirao.
Detailed diagnostic methods and procedures for the surveillance of KHVD
Detaljne dijagnostičke metode i postupci za nadziranje KHV-a
When sampling and laboratory examination for the purpose of obtaining or maintaining certain health statuses with regard to KHVD as set out in Section I of Part 2 of Annex I are carried out using the diagnostic methods set out in Sections II or III of Part 2 of that Annex, the detailed diagnostic methods and procedures set out in the following points II.1 and II.2 of this Part shall apply.
Pri uzorkovanju i laboratorijskom pretraživanju koji se provode u svrhu postizanja i održavanja određenih zdravstvenih statusa u pogledu KHV-a kako je utvrđeno u odjeljku I. dijela 2. Priloga I. upotrebom dijagnostičkih metoda utvrđenih u odjeljku II. ili III. dijela 2. tog Priloga primjenjuju se detaljne dijagnostičke metode i postupci utvrđeni u točkama I.1. i I.2. ovog dijela.
If possible, fish that have been kept for a prolonged time period at the virus permissive temperature range (namely, 2 to 3 weeks at 15 °C to 26 °C) shall be sampled.
Ako je moguće uzorkuju se ribe koje se drži dulje vrijeme na rasponu temperatura koji je povoljan za virus (točnije dva do tri tjedna na temperaturi od 15 °C do 26 °C).
If possible, samples shall be collected 24 hours but not later than 72 hours after management practices that may reactivate the virus in fish with a carrier status, such as netting or transport, in order to enhance the chance of KHV detection.
Ako je moguće, uzorke se prikuplja 24 sata, a najkasnije 72 sata, nakon gospodarenja zbog kojeg bi moglo doći do reaktivacije virusa u ribi koja ima status nositelja, poput stavljanja u kaveze ili prijevoza, radi poboljšanja mogućnosti otkrivanja KHV-a.
For the purpose of the surveillance of KHVD, the fish may be sent alive or killed and packed separately in sealed aseptic containers or alternatively frozen organs or organ pieces preserved in 80 % to 100 % alcohol or viral transport medium (to be processed within 48 hours after collection) may be used for testing PCR based methods.
Za potrebe nadziranja KHV-a riba može biti poslana živa ili usmrćena i pakirana odvojeno u zapečaćenim aseptičnim posudama ili, u alternativnom slučaju, zamrznuti organi ili dijelovi organa sačuvani u 80 %-tnom ili 100 %-tnom alkoholu ili transportnom mediju za viruse (radi obrade u roku od 48 sati od prikupljanja) mogu se upotrijebiti za ispitivanje metodama temeljenima na PCR-u.
For the surveillance of KHVD, gill and kidney tissue shall be collected.
Za nadziranje KHV-a prikupljaju se tkiva škrgi i bubrega.
For the purpose of surveillance of KHVD, pooling shall be avoided where possible.
Za potrebe nadziranja KHV-a potrebno je izbjegavati objedinjavanje kad god je to moguće.
If pooling is necessary, tissue material from a maximum of two fish may be pooled.
Ako je objedinjavanje potrebno, može se objediniti materijal tkiva od najviše dviju riba.
Larger samples shall be homogenised in mortar and pestle or stomacher, and subsamples retrieved for DNA extraction before clarification.
Veće uzorke potrebno je homogenizirati u tarioniku i tučku ili homogenizatoru Stomacher te uzeti poduzorke radi ekstrakcije DNA prije bistrenja.
Alternatively, subsamples may be collected from each tissue included in the sample and placed in ‘lysis-tubes’.
Alternativno se poduzorci mogu prikupiti iz svih tkiva uključenih u uzorak i staviti u „tube za lizu”.
Commercially available DNA extraction kits that produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols set out in point II.2 may be used.
Mogu se upotrebljavati komercijalno dostupni kompleti za ekstrakciju DNA kojima se dobiva DNA visoke kvalitete prikladan za upotrebu u protokolima za PCR utvrđenima u točki II.2.
The acceptable tissue medium ratio shall be 1:9 w/v.
Prihvatljiv omjer tkiva i medija je 1:9 w/v.
20 to 25 mg tissue material shall be included in the tests.
U ispitivanja se uključuje 20 do 25 mg materijala tkiva.
Surveillance of KHVD by PCR based methods
Nadziranje KHV-a metodama koje se temelje na PCR-u
For the surveillance of KHV, a qPCR shall be used.
Za nadziranje KHV-a upotrebljava se metoda qPCR.
If positive samples appear in an area not previously confirmed positive, the test results shall be confirmed either:
Ako se pozitivni uzorci pojave u području koje prethodno nije bilo potvrđeno kao pozitivno, rezultati ispitivanja potvrđuju se:
by sequencing of a PCR or nested PCR product from the samples.
sekvenciranjem produkta PCR-a ili ugniježđenog PCR-a iz uzoraka.
The obtained clean consensus sequence shall match (by at least 98 %) with these reference sequences.
Dobiveni čisti niz podudara se (u najmanje 98 %) s tim referentnim nizovima.
or alternatively, samples may be sent to a national reference laboratory for confirmation.
ili alternativno, uzorke se može poslati u nacionalni referentni laboratorij radi potvrđivanja.
qPCR for KHV detection
qPCR za otkrivanje KHV-a
The qPCR described as follows shall be used:
Upotrebljava se metoda qPCR opisana u nastavku:
Cycling conditions: one cycle of 95 °C at 15 minutes, followed by 50 cycles of 94 °C at 15 seconds and 60 °C for 60 seconds.
Uvjeti za cikluse: jedan ciklus od 15 minuta na 95 °C nakon kojeg slijedi 50 ciklusa od 15 sekundi na 94 °C i 60 sekundi na 60 °C.
The results of the qPCR may vary depending on the conditions under which it is performed, namely the thermal protocols might need optimisation, depending on the thermal cycler in use.
Rezultati qPCR-a mogu varirati ovisno o uvjetima u kojima ga se provodi, točnije o termalnim protokolima za koje može biti potrebna optimizacija, ovisno o uređaju za PCR (thermal cycler) koji se upotrebljava.
Conventional PCR for confirmation of KHV detection
Uobičajena metoda PCR za potvrdu otkrivanja KHV-a
For confirmation of the presence of infection with KHV, the generic nested PCR described in the following Table 2.1 shall be used followed by sequencing of the amplified product.
Za potvrđivanje prisutnosti zaraze KHV-om upotrebljava se generički ugniježđeni PCR opisan u tablici 2.1. u nastavku, a nakon njega se provodi sekvenciranje umnoženog produkta.
Primers and conditions for the nested PCR assay targeting all cyprinid herpesviruses (CyHV-1, CyHV-2 and CyHV-3)
Početnice i uvjeti za test ugniježđenog PCR-a usmjerenog na sve ciprinidne herpes viruse (CyHV-1, CyHV-2 i CyHV-3).
Primer name
Naziv početnice
Sequence
Niz
Cycling conditions
Uvjeti za cikluse
Product size
Veličina produkta
CyHVpol-forward
CyHVpol-prednji
First round PCR
Prvi krug PCR-a
1 cycle:
1 ciklus:
95 °C 2 minutes
2 minute na 95 °C
40 cycles:
40 ciklusa:
95 °C for 30 seconds
30 sekundi na 95 °C
55 °C for 30 seconds
30 sekundi na 55 °C
72 °C for 45 seconds
45 sekundi na 72 °C
72 °C for 10 minutes
10 minuta na 72 °C
CyHVpol-reverse
CyHVpol-stražnji
CyHVpol-internal forward
CyHVpol-unutarnji prednji
Second round PCR
Drugi krug PCR-a
95 °C 2 minutes,
2 minute na 95 °C,
CyHVpol-internal reverse
CyHVpol-unutarnji stražnji
PCR versions of proven similar efficacy may be used instead.
Umjesto nje mogu se upotrijebiti i druge verzije metode PCR dokazane slične učinkovitosti.