natgillin/translations-raw huggingface dataset:
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH MARTEILIA REFRINGENS
DETALJNE DIJAGNOSTIČKE METODE I POSTUPCI ZA NADZIRANJE I POTVRĐIVANJE ZARAZE MARTEILIJOM REFRINGENS
I. Detailed diagnostic methods and procedures for the diagnosis of infection with Marteilia refringens
I. Detaljne dijagnostičke metode i postupci za nadziranje i potvrđivanje zaraze Marteilijom refringens
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a health status with regard to infection with Marteilia refringens as set out in Section I of Part 4 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 4 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in points I.1, I.2 and I.3 of this Part shall apply.
Pri uzorkovanju i laboratorijskom pretraživanju koja se provode u svrhu postizanja i održavanja određenog zdravstvenog statusa u pogledu zaraze Marteilijom refringens kako je utvrđeno u odjeljku I. dijela 4. Priloga I. ili u svrhu potvrđivanja prisutnosti te bolesti s popisa ili otklanjanja sumnje na njezinu prisutnost u skladu s člankom 57. točkom (b) Direktive 2006/88/EZ upotrebom dijagnostičkih metoda utvrđenih u odjeljku II. dijela 4. Priloga I. primjenjuju se detaljne metode i postupci utvrđeni u točkama I.1., I.2. i I.3. ovog dijela.
Sampling procedure
Postupak uzorkovanja
Gaping or freshly dead individual molluscs shall be sampled by priority, to increase the chances of finding infected animals.
Otvoreni ili svježe uginuli pojedinačni mekušci uzorkuju se u skladu s prioritetima kako bi se povećale šanse pronalaska zaraženih životinja.
Once sampled, oysters or mussels shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and no more than 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters or mussels.
Kamenice ili dagnje se nakon uzorkovanja održavaju na temperaturi od 4 °C ili na rashlađenom ledu najviše 24 sata ako su u uzorke uključeni otvoreni mekušci i najviše 72 sata ako nisu, u plastičnoj vrećici s etiketom na kojoj su navedene pojedinosti u pogledu vrste i podrijetla kamenica ili dagnji.
Gaping or freshly dead molluscs shall be maintained separately from other molluscs.
Otvorene ili svježe uginule mekušce drži se odvojeno od ostalih mekušaca.
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Marteilia refringens by histology.
Dio tkiva debljine od 3 do 5 mm, uključujući tkivo škrgi i srca, upotrebljava se za histološku dijagnozu Marteilije refringens.
A piece of digestive gland shall be used for some tests, including imprints and polymerase chain reaction (PCR).
Dio probavne žlijezde upotrebljava se u određenim ispitivanjima, uključujući otiske i lančanu reakciju polimeraze (PCR).
Microscopic techniques
Mikroskopske tehnike
Cytology (imprint cytology)
Citologija (citologija otiska)
After drying digestive gland tissues on absorbent paper, several imprints shall be made on a glass slide.
Nakon sušenja tkiva probavne žlijezde na upijajućem papiru na staklenim pločicama radi se nekoliko otisaka.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit such as Diff-Quik®/Hemacolor®, in accordance with the manufacturer's instructions.
Pločice se suši na zraku, fiksira metanolom ili čistim etanolom te oboji upotrebom komercijalno dostupnog kompleta za bojenje krvi kao što je Diff-Quik®/Hemacolor®, u skladu s uputama proizvođača.
After rinsing in tap water and drying, the slides shall be mounted with a cover-slip using an appropriate synthetic resin.
Nakon ispiranja u vodi iz slavine i sušenja pločice se postavlja na mikroskop s pokrovnim stakalcem upotrebom odgovarajućeg sintetičkog ljepila.
The slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
Pločice se promatra prvo pri povećanju od 200 puta, a zatim uranjanjem u ulje pri povećanju od 1000 puta.
A positive result shall be the observation of cells ranging in size up to between 30 to 40 μm.
Rezultat je pozitivan ako se uoče stanice najveće veličine od između 30 i 40 μm.
The cytoplasm stains basophilic, whereas the nucleus stains eosinophilic.
Citoplazma se boji bazofilno, a jezgra eozinofilno.
Pale halos around large, strongly stained (refringent) granules and, in larger cells, cell within cell arrangements are observed.
Zapaženi su blijedi krugovi oko velikih, jako obojenih (refringentnih) zrnaca i, u većim stanicama, stanice unutar stanica.
The technique is not parasite species specific.
Tehnika nije specifična za parazitne vrste.
Sections of tissue that include gills, digestive gland, mantle, and gonad shall be fixed for at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
Dijelovi tkiva u koje su uključene škrge, probavna žlijezda, pokrov i gonade fiksiraju se najmanje 24 sata u Davidsonovu fiksiru nakon čega slijedi uobičajena obrada za parafinsku histologiju i bojenje, na primjer hematoksilinom i eozinom.
Observations shall be made at increasing magnifications up to × 1000.
Uzorak se promatra uvećavanjem povećanja do 1000 puta.
A positive result shall be the observation of cells ranging in size from 4 up to 40 μm.
Rezultat je pozitivan ako se uoče stanice veličine u rasponu od 4 do najviše 40 μm.
Early stages consist of multinucleate, spheric to elongated cells.
Rane se faze sastoje od multinuklearnih stanica čiji je oblik u rasponu od sferičnog do izduljenog.
These are mainly found in the epithelium of oesophagus and stomach and sometimes of labial palps.
One se uobičajeno nalaze u epitelu jednjaka i želuca, a ponekad u labijalnim zaliscima.
Sporulation involves divisions of cells within cells and takes place in the digestive gland tubules and ducts.
U sporulaciju je uključena podjela stanica unutar stanica i odvija se u tubulusima i duktusima probavne žlijezde.
Refringent granules appear in the course of sporulation, but are not observed in early stages.
Refringentna zrnca pojavljuju se tijekom sporulacije, ali ne primjećuje ih se u ranim fazama.
In late phases of infection, sporangia are observed free in the lumen of the digestive tract.
U kasnim fazama zaraze primjećuju se slobodni sporangiji u šupljini probavnog trakta.
The granules can range from deep orange to deep red.
Boja zrnaca može biti u rasponu od intenzivno narančaste do intenzivno crvene.
Molecular techniques
Molekularne tehnike
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as described in point I.3.2, may be used.
Mogu se upotrebljavati kompleti za ekstrakciju DNA koji su komercijalno dostupni i kojima se uobičajeno dobiva DNA visoke kvalitete prikladan za upotrebu u protokolima za PCR navedenima u točki I.3.2.
Polymerase chain reaction (PCR)
Lančana reakcija polimerazom (PCR)
Several PCR protocols have been developed and published.
Razvijeno je i objavljeno nekoliko protokola za PCR.
PCR primers that target the internal transcribed spacer (ITS1) region shall be used as they are able to amplify only M. refringens.
Upotrebljavaju se PCR početnice usmjerene na područje unutarnje prepisujuće razmaknice (ITS1) jer je s pomoću njih moguće umnožiti samo M. refringens.
PCR shall be carried out in a 50 μl volume.
PCR se provodi u volumenu od 50 μl.
PCR mixtures shall contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 10 to100 ng of extracted DNA.
Mješavine za PCR sadržavaju pufer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 pri 25 °C] i 1 %-tni Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, mješavinu 0,2 mM dNTP, 1 μM prednjih i stražnjih početnica, 0,02 jedinice μl– 1 Taq DNA polimeraze i 10 do 100 ng ekstrahirane DNA.
After denaturation of DNA at 94 °C for five minutes, 30 cycles shall be run as follows: denaturation at 94 °C for one minute, annealing at 55 °C for one minute, and elongation at 72 °C for one minute per kilo-base pair.
Nakon denaturacije DNA pet minuta na temperaturi od 94 °C, provodi se 30 ciklusa kako slijedi: denaturacija jednu minutu na 94 °C, prianjanje jednu minutu na 55 °C te produživanje jednu minutu na 72 °C po paru kilobaze.
A final elongation step of 10 minutes at 72 °C shall be performed.
Provodi se konačni korak produživanja od 10 minuta na 72 °C.
For the detection of M. refringens, PCR shall be performed with primers that target the ITS1 region (5′-CCG-CAC-ACG-TTC-TTC-ACT-CC-3′ and 5′-CTC-GCG-AGT-TTC-GAC-AGA-CG-3′).
Za otkrivanje M. refringens PCR se provodi s početnicama koje su usmjerene na područje ITS1 (5′-CCG-CAC-ACG-TTC-TTC-ACT-CC-3′ i 5′-CTC-GCG-AGT-TTC-GAC-AGA-CG-3′).
Positive controls shall consist of genomic DNA from a highly infected host or plasmidic DNA including the target region.
Pozitivne se kontrole sastoje od genomske DNA iz vrlo zaraženog domaćina ili plazmidne DNA, uključujući ciljano područje.
Negative controls shall consist of genomic DNA from non-infected hosts and PCR reactives without target DNA.
Negativne se kontrole sastoje od genomske DNA iz nezaraženih domaćina i PCR reaktanata bez ciljane DNA.
A positive result shall be positive PCR amplification at the expected size (412 bp), with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Pozitivan rezultat čini pozitivno umnažanje PCR-om na očekivanoj veličini (412 bp), pri čemu su negativne kontrole negativne, a pozitivne kontrole pozitivne.
In-situ hybridisation (ISH)
Hibridizacija in situ (ISH)
Several ISH protocols have been developed and published.
Razvijeno je i objavljeno nekoliko protokola za ISH.
Probe that targets the SSU of the rRNA gene complex shall be used because it has been validated against histology.
Upotrebljava se sonda koja je usmjerena na malu podjedinicu genskog kompleksa ribosomskog RNA jer je validirana u odnosu na histologiju.
Sections of tissue that include gills, digestive gland, shall be fixed for at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology.
Dijelovi tkiva u koje su uključene škrge i probavna žlijezda fiksiraju se najmanje 24 sata u Davidsonovu fiksiru nakon čega slijedi uobičajena obrada za parafinsku histologiju.
Sections of 5 μm shall be cut and placed on aminoalkylsilane-coated slides, which shall then be baked overnight in an oven at 40 °C.
Dijelovi od 5 μm režu se i stavljaju na pločice premazane aminoalkilsilanom koje se zatim preko noći zagrijava u pećnici na 40 °C.
The sections shall be dewaxed by immersing in xylene for 10 minutes.
Dijelove se deparafinira uranjanjem u ksilen na 10 minuta.
This step shall be repeated once and then the solvent shall be eliminated by immersion in two successive absolute ethanol baths for 10 minutes each.
Taj se korak ponavlja jednom, a zatim se otapalo uklanja uranjanjem u dvije zastupne kupke od čistog etanola od po 10 minuta.
The sections shall then be dehydrated by immersion in a graded ethanol series.
Dijelove se zatim dehidrira uzastopnim uranjanjem u etanol rastuće koncentracije.
The sections shall be treated with proteinase K (100 μg ml– 1) in TE buffer (Tris [50 mM], EDTA [10 mM]), at 37 °C for 30 minutes.
Dijelove se tretira proteinazom K (100 μg ml– 1) u TE puferu (Tris [50 mM], EDTA [10 mM]), 30 minuta na 37 °C.
Slides shall be dehydrated by immersion in a graded ethanol series and then air dried.
Pločice se dehidrira uzastopnim uranjanjem u etanol rastuće koncentracije te zatim suši na zraku.
Sections shall be incubated with 100 μl of hybridisation buffer (4 × SSC [standard saline citrate], 50 % formamide, 1 × Denhardt's solution, 250 μg ml– 1 yeast tRNA, 10 % dextran sulphate) containing 10 ng (1 μl of the PCR reactants prepared as described in point I.3.2 using primers CCG-GTG-CCA-GGT-ATA-TCT-CG and TTC-GGG-TGG-TCT-TGA-AAG-GC) of the digoxigenin-labelled probe.
Dijelove se inkubira sa 100 μl pufera za hibridizaciju (4 × SSC [citrat standardne fiziološke otopine], 50 % formamida, 1 × Denhardtove otopine, 250 μg ml– 1 tRNA kvasca, 10 % dekstran sulfata) koji sadržava 10 ng (1 μl PCR reaktanta pripremljenog kako je opisano u točki I.3.2. upotrebom početnica CCG-GTG-CCA-GGT-ATA-TCT-CG i TTC-GGG-TGG-TCT-TGA-AAG-GC) sonde označene dioksigeninom.
Sections shall be covered with in-situ plastic cover-slips and placed on a heating block at 95 °C for five minutes.
Dijelove se prekriva in-situ plastičnim pokrovnim stakalcima i stavlja na zagrijani blok pet minuta na 95 °C.
Slides shall then be cooled on ice for one minute before overnight hybridisation at 42 °C in a humid chamber.
Pločice se zatim hladi na ledu jednu minutu prije hibridizacije preko noći na 42 °C u vlažnoj komori.
Sections shall be washed twice for five minutes in 2 × SSC at room temperature, and once for 10 minutes in 0,4 × SSC at 42 °C.
Dijelove se zatim dvaput ispire po pet minuta u 2 × SSC na sobnoj temperaturi i jednom 10 minuta u 0,4 × SSC na 42 °C.
The detection steps shall be performed according to the manufacturer's instructions.
Koraci za otkrivanje provode se u skladu s uputama proizvođača.
The slides shall then be rinsed in sterile distilled water (dH2O).
Pločice se zatim ispire u sterilnoj destiliranoj vodi (dH2O).
The sections shall be counter-stained with Bismarck Brown Yellow, rinsed in dH2O, and cover-slips shall be applied using an aqueous mounting medium.
Dijelove se protuboji bojom Bismarck Brown Yellow, ispire u dH2O te se na njih stavljaju pokrovna stakalca upotrebom vodenog medija za uklapanje uzoraka.
Positive and negative controls shall be sections from known infected and non-infected hosts respectively.
Pozitivne i negativne kontrole čine dijelovi iz domaćina koji su provjereno zaraženi odnosno nezaraženi.
A positive result shall be demonstrated by the purple-black labelling of M. refringens cells within known target tissues, with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Pozitivan rezultat dokazuje se ljubičastocrnim označivanjem stanica M. refringens bez poznatih ciljanih tkiva, pri čemu su sve negativne kontrole negativne, a sve pozitivne kontrole pozitivne.
Sequencing
Sekvenciranje
Sequencing shall be carried out as one of the final steps for confirmatory diagnostic.
Sekvenciranje se provodi kao jedan od završnih koraka potvrdne dijagnostike.
Targeted regions are the SSU rDNA and ITS1.
Ciljana su područja SSU rDNA i ITS1.
Detailed diagnostic methods and procedures for surveillance and confirmation of infection with Marteilia refringens
Detaljne dijagnostičke metode i postupci za nadziranje i potvrđivanje zaraze Marteilijom refringens
For the purpose of surveillance programmes and to confirm the presence of an infection with Marteilia refringens or to rule out a suspicion of that listed disease, in accordance with the requirements laid down in Section II of Part 4 to Annex I, the diagnostic methods and corresponding procedures to be used shall be in accordance with the guidelines laid down in Table 4.1 as follows:
Za potrebe programa nadziranja i radi potvrđivanja prisutnosti zaraze Marteilijom refringens ili radi otklanjanja sumnje na tu bolest s popisa, u skladu sa zahtjevima utvrđenima u odjeljku II. dijela 4. Priloga I., dijagnostičke metode i odgovarajući postupci koji se upotrebljavaju u skladu su sa smjernicama utvrđenima u tablici 4.1. u nastavku.
Table 4.1
Tablica 4.1.
Guidelines for the use of diagnostic methods for the surveillance programmes and to confirm or rule out infection with Marteilia refringens
Smjernice za upotrebu dijagnostičkih metoda za programe nadziranja i za potvrđivanje ili otklanjanje sumnje na zarazu Marteilijom refringens
Targeted surveillance
Ciljano nadziranje
Presumptive diagnosis
Vjerojatna dijagnoza
Confirmatory diagnosis
Potvrđena dijagnoza
Digestive gland imprints
Otisci probavne žlijezde
X, or
X, ili
In situ hybridisation
Hibridizacija in situ
X, and
X i
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH BONAMIA OSTREAE
DETALJNE DIJAGNOSTIČKE METODE I POSTUPCI ZA NADZIRANJE I POTVRĐIVANJE ZARAZE BONAMIJOM OSTREAEOM
I. Procedures for diagnosis of Infection with Bonamia ostreae
I. Postupci za dijagnozu zaraze Bonamijom ostreaeom
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a certain health status with regard to Bonamia ostreae as set out in Section I of Part 5 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 5 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in following points I.1, I.2 and I.3 shall apply.
Pri uzorkovanju i laboratorijskom pretraživanju koja se provode u svrhu postizanja i održavanja određenog zdravstvenog statusa u pogledu Bonamije ostreae kako je utvrđeno u odjeljku I. dijela 5. Priloga I. ili u svrhu potvrđivanja prisutnosti te bolesti s popisa ili otklanjanja sumnje na njezinu prisutnost u skladu s člankom 57. točkom (b) Direktive 2006/88/EZ upotrebom dijagnostičkih metoda utvrđenih u odjeljku II. dijela 5. Priloga I. primjenjuju se detaljne metode i postupci utvrđeni u točkama I.1., I.2. i I.3. u nastavku.
Sample process
Postupak uzorkovanja
Once sampled, oysters shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters.
Kamenice se nakon uzorkovanja održavaju na temperaturi od 4 °C ili na rashlađenom ledu najviše 24 sata ako su u uzorke uključeni otvoreni mekušci i 72 sata ako nisu, u plastičnoj vrećici s etiketom na kojoj su navedene pojedinosti u pogledu vrste i podrijetla kamenica.
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Bonamia ostreae by histology.
Dio tkiva debljine od 3 do 5 mm, uključujući tkivo škrgi i srca, upotrebljava se za histološku dijagnozu Bonamije ostreae.
After drying gills or heart tissues on absorbent paper, several imprints shall be made on a glass slide.
Nakon sušenja tkiva škrgi ili srca na upijajućem papiru na staklenim pločicama radi se nekoliko otisaka.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit (namely such as Diff- Quik®/Hemacolor®.), in accordance with the manufacturer's instructions.
Pločice se suši na zraku, fiksira metanolom ili čistim etanolom te oboji upotrebom komercijalno dostupnog kompleta za bojenje krvi (kao što je Diff-Quik®/Hemacolor®) u skladu s uputama proizvođača.
Slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
Pločice se promatra prvo pri povećanju od 200 puta, a zatim uranjanjem u ulje pri povećanju od 1000 puta.
A positive result shall be the presence of small spherical or ovoid organisms (2 to 5 μm wide) within haemocytes.
Rezultat je pozitivan ako su prisutni mali sferični ili jajoliki organizmi (široki od 2 do 5 μm) unutar hemocita.
However, the parasite might also occur extracellularly.
Međutim, parazit se može pojaviti i izvan stanice.
These organisms show a basophilic cytoplasm and an eosinophilic nucleus (colours may vary with the stain used) and, because they spread on the slide, they can appear wider on imprints than on histological examination.
Ti organizmi imaju bazofilnu citoplazmu i eozinofilnu jezgru (boje mogu varirati ovisno o upotrijebljenom bojilu) te se, zbog toga što se šire po pločici, mogu činiti širima na otiscima nego u histološkim pretraživanjima.
Multinucleated cells may be observed.
Mogu se primijetiti i stanice s više jezgri.
Sections of tissue that include gills and digestive gland, shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
Dijelovi tkiva u koje su uključene škrge i probavna žlijezda fiksiraju se najmanje 24 sata u Davidsonovu fiksiru nakon čega slijedi uobičajena obrada za parafinsku histologiju i bojenje, na primjer hematoksilinom i eozinom.
A positive result shall be the presence of parasites as very small cells of 2 to 5 μm wide within the haemocytes or free in the connective tissue or sinuses of gill, gut and mantle epithelium, often associated with an intense inflammatory reaction.
Rezultat je pozitivan ako su prisutni paraziti vrlo malih stanica širine od 2 do 5 μm unutar hemocita ili slobodni u vezivnom tkivu ili sinusima škrgi, utrobe i epitelu pokrova, što se često povezuje s jakom upalom.
To avoid any doubt, the parasite shall be observed inside the haemocyte for a positive diagnosis.
Radi izbjegavanja sumnji, parazit se promatra unutar hemocita radi pozitivne dijagnoze.
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as detailed below, may be used.
Mogu se upotrebljavati kompleti za ekstrakciju DNA koji su komercijalno dostupni i kojima se uobičajeno dobiva DNA visoke kvalitete prikladan za upotrebu u protokolima za PCR opisanima u nastavku.
Two PCR protocols targeting the small subunit (SSU) rDNA may be used:
Mogu se upotrijebiti dva protokola za PCR usmjerena na malu podjedinicu (SSU) rDNA:
the first one is a conventional PCR that amplify several members of the Haplosporidia including Bonamia spp. Primers designated Bo and Boas are 5′-CAT-TTA-ATT-GGT-CGG-GCC-GC-3′ and 5′-CTG-ATC-GTC-TTC-GAT-CCC-CC-3′ respectively, and amplify a 300 bp product.
prvi je uobičajeni PCR kojim se umnožava nekoliko članova obitelji Haplosporidia, uključujući Bonamiju spp. Početnice označene kao Bo i Boas jesu 5′-CAT-TTA-ATT-GGT-CGG-GCC-GC-3′ odnosno 5′-CTG-ATC-GTC-TTC-GAT-CCC-CC-3′ te se njima umnožava produkt od 300 bp.
PCR mixtures contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 0,2 ng μl– 1 of the DNA template in a total volume of 50 μl.
Mješavine za PCR sadržavaju pufer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 pri 25 °C] i 1 %-tni Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, mješavinu 0,2 mM dNTP, 1 μM prednjih i stražnjih početnica, 0,02 jedinice μl– 1 Taq DNA polimeraze i 0,2 ng μl– 1 predloška DNA u ukupnom volumenu od 50 μl.
Samples shall be denatured in a thermocycler for five minutes at 94 °C before being submitted to 30 cycles (94 °C for one minute, 55 °C for one minute, 72 °C for one minute) followed by a final extension of 10 minutes at 72 °C.
Uzorke se denaturira u uređaju za PCR (thermocycler) pet minuta na 94 °C prije no što se na njima provede 30 ciklusa (jednu minutu na 94 °C, jednu minutu na 55 °C, jednu minutu na 72 °C) nakon čega slijedi konačno produljenje 10 minuta na 72 °C.
A positive result shall be positive PCR amplification at the expected size (namely, 300 bp), with all negative controls being negative and all positive controls being positive;
Pozitivan rezultat čini pozitivno umnažanje PCR-om na očekivanoj veličini (300 bp), s negativnim kontrolama koje su negativne i pozitivnim kontrolama koje su pozitivne;
the second PCR protocol is a SYBR® Green Real time PCR assay.
drugi je protokol za test PCR SYBR® Green za PCR u stvarnom vremenu.
It allows the specific detection of B. ostreae (described below) and may be combined with a SYBR® Green Real time PCR assay allowing the specific detection of B. exitiosa (Ramilo et al. 2013).
Njime se omogućuje jasno otkrivanje B. ostreae (opisano u nastavku) te ga se može kombinirati s testom PCR SYBR® Green za PCR u stvarnom vremenu kojim se omogućuje jasno otkrivanje B. exitiose (Ramilo i sur., 2013.).