natgillin/translations-raw huggingface dataset:
The information provided for in paragraph 1 shall be kept up-to-date and made available through the internet-based information pages established in accordance with Article 10 of Decision 2009/177/EC.
Edellä 1 kohdassa säädetyt tiedot on pidettävä ajantasaisina ja toimitettava saataville päätöksen 2009/177/EY 10 artiklan mukaisesti perustettujen internetpohjaisten tietosivujen avulla.
By 1 October 2010 at the latest, Member States shall submit a report to the Commission on programmes declared in accordance with Article 5(2).
Jäsenvaltioiden on toimitettava komissiolle viimeistään 1 päivänä lokakuuta 2010 raportti 5 artiklan 2 kohdan mukaisesti ilmoitetuista ohjelmista.
The report shall be in conformity with the model form set out in Annex VI to Decision 2009/177/EC.
Raportin on oltava päätöksen 2009/177/EY liitteessä VI vahvistetun mallilomakkeen mukainen.
It shall apply from 15 March 2010 to 31 December 2010.
Sitä sovelletaan 15 päivästä maaliskuuta 201031 päivään joulukuuta 2010.
Sampling for the purposes of Article 2
Edellä 2 artiklassa tarkoitettu näytteenotto
Samples as provided for in Article 2 shall consist of at least 12 individuals of Crassostrea gigas oysters.
Edellä 2 artiklassa tarkoitetuissa näytteissä on oltava vähintään 12 kappaletta Crassostrea gigas -lajin yksilöitä.
When selecting those animals weak, gaping or freshly dead (not decomposed) individuals shall be sampled and they shall be collected from the compartment where the mortality is observed.
Valittaessa eläimiä näytteeksi otetaan heikot, kuori auki olevat ja juuri kuolleet (ei hajonneet) yksilöt siitä osastosta, jossa kuolleisuutta on havaittu.
Sampling for the purposes of Article 3(2)(b), 5(1)(b) and 5(2)
Näytteenotto 3 artiklan 2 kohdan b alakohdassa, 5 artiklan 1 kohdan b alakohdassa ja 5 artiklan 2 kohdassa tarkoitettuja toimia varten
Sampling for the purposes of Article 3(2)(b) shall consist of:
Edellä 3 artiklan 2 kohdan b alakohdassa tarkoitettu näytteenotto:
in the case of larvae, five pools of at least 50 mg of whole animals collected between 4 and 8 days after fecundation including shell per consignment;
Toukista on otettava lähetystä kohti viisi kokoomanäytettä, joissa kussakin on vähintään 50 mg kokonaisista eläimistä otettua materiaalia, jotka on kerätty 4–8 päivää hedelmöittymisen jälkeen, kuori mukaan lukien.
in the case of spat smaller than 6 mm, 30 pools of 300 mg of whole animals including shell per consignment;
Alle 6 mm kokoisista eläimistä on otettava lähetystä kohti 30 kokoomanäytettä, joissa kussakin on 300 mg kokonaisista eläimistä otettua materiaalia, kuori mukaan lukien.
in the case of oysters bigger than 6 mm, 150 individuals per consignment.
Yli 6 mm kokoisista eläimistä on otettava näytteeksi 150 yksilöä lähetystä kohti.
When selecting those animals, all parts of the consignment must be proportionally represented in the sample.
Eläimet on valittava niin, että lähetyksen kaikki osat ovat suhteellisesti edustettuina näytteessä.
If weak, gaping or freshly dead (not decomposed) animals are present, primarily such animals shall be selected.
Näytteeseen on valittava ensisijaisesti heikkoja, kuori auki olevia tai juuri kuolleita (mutta ei hajonneita eläimiä, jos niitä on lähetyksessä).
Sampling for the purposes of Article 5(2) shall consist of at least 150 individuals of Crassostrea gigas per sampling points.
Edellä 5 artiklan 2 kohdassa tarkoitetussa näytteenotossa näytteeksi on otettava vähintään 150 Crassostrea gigas -lajin yksilöä näytteenottokohtaa kohti.
All farms or mollusc farming areas in the Member State or compartment covered by the programme shall be sampled.
Näytteet on otettava kaikista ohjelmaan kuuluvista kalanviljelylaitoksista ja nilviäisten viljelyalueista jäsenvaltioissa tai osastoissa.
Sampling for the purposes of Article 5(1)(b) shall consist of at least 150 individuals of Crassostrea gigas oysters per compartment.
Edellä 5 artiklan 1 kohdan b alakohdassa tarkoitetussa näytteenotossa näytteeksi on otettava vähintään 150 Crassostrea gigas -lajin yksilöä osastoa kohti.
When selecting those animals, the following criteria shall be taken into account:
Seuraavat kriteerit olisi otettava huomioon näitä eläimiä valittaessa:
If such animals are not present, the animals selected shall include healthy molluscs less than 12 months old.
Jos tällaisia eläimiä ei ole, näytteeseen on valittava alle 12 kuukauden ikäisiä terveitä nilviäisiä.
When sampling in farms in which more than one water source is utilised for production, animals representing all water sources must be included for sampling in such a way that all parts of the farm are proportionally represented in the sample.
Kalanviljelylaitoksilta, joissa tuotantoon käytetään enemmän kuin yhtä vesilähdettä, otettaviin näytteisiin on sisällytettävä eläimiä jokaisesta vesilähteestä niin, että kaikki laitoksen osat ovat suhteellisesti edustettuina näytteessä.
When sampling in mollusc farming areas, animals from a sufficient number of sampling points, at least three sampling points, shall be included in the sample in such a way that all parts of the mollusc farming area are proportionally represented in the sample, including natural beds present in the mollusc farming area.
Otettaessa näytteitä nilviäisten viljelyalueelta, näytteeseen on sisällytettävä eläimiä riittävästä määrästä näytteenottopisteitä (vähintään kolme) niin, että kaikki nilviäisten viljelyalueen osat ovat suhteellisesti edustettuina näytteessä, mukaan lukien nilviäisten viljelyalueella olevat luonnolliset esiintymät.
The main factors to be considered for the selection of these sampling points are: previous detection of OsHV-1 μvar in the area, stocking density, water flows, bathymetry and management practices.
Näytteenottopisteiden valintaan vaikuttavat tärkeimmät tekijät ovat: OsHV-1 μvar -viruksen aikaisemmin havaittu esiintyminen alueella, eläintiheys, vesien virtaukset, veden syvyys ja viljelykäytännöt.
The sampling provided for in Article 5(2) shall be carried out in the period of the year when prevalence of OsHV-1 μvar in the Member State or compartment is known to be maximal.
Edellä 5 kohdan 2 alakohdassa tarkoitettu näytteenotto on suoritettava sellaisena vuodenaikana, jona OsHV-1 μvar -viruksen esiintyvyyden tiedetään kyseisessä jäsenvaltiossa tai kyseisessä osastossa olevan korkeimmillaan.
When such data is not available, sampling shall be carried out just after the period when the water temperature exceeds 16 °C or at the time of the year when the temperature normally reaches its yearly maximum.
Jos tällaista tietoa ei ole saatavilla, näytteenotto on suoritettava heti kun veden lämpötila nousee yli 16 °C asteen tai vuodenaikana, jona lämpötila yleensä on korkeimmillaan.
The sampling provided for in Article 5(1)(b) shall preferably be carried out in the period of the year described in point c. If samples are collected outside that period of the year, the sampled oysters must be maintained under conditions equivalent to those described in point c for a period suitable for the detection of OsHV-1 μvar, before being tested.
Edellä 5 artiklan 1 alakohdan b alakohdassa säädetty näytteenotto on mieluiten suoritettava edellä c kohdassa tarkoitettuna vuodenaikana. Jos näytteitä kerätään muuna vuodenaikana, näytteeseen otettuja ostereita on ennen niiden testaamista säilytettävä c kohdan olosuhteita vastaavissa oloissa siihen asti, kunnes OsHV-1 μvar -virus voidaan osoittaa.
Diagnostic methods of detecting OsHV-1 μvar
Diagnostiset menetelmät OsHV-1 μvar -viruksen osoittamista varten
This procedure explains a standard diagnostic method to be used for OsHV-1 μvar detection and identification by Polymerase Chain Reaction (hereinafter PCR).
Tässä menettelyssä kuvataan diagnostinen vakiomenetelmä, jota käytetään OsHV-1 μvar -viruksen osoittamiseen ja tunnistamiseen polymeraasiketjureaktiomenetelmällä (jäljempänä ’PCR’).
It allows distinguishing between OsHV-1 and OsHV-1 μvar.
Tällä menetelmällä OsHV-1 ja OsHV-1 μvar -virukset voidaan erottaa toisistaan.
When appropriate, in order to optimise the reaction conditions and to suit the equipment and conditions in their own laboratory, the laboratories may apply modifications to the methods described in this Annex, provided that an equal sensitivity and specificity can be demonstrated.
Laboratoriot voivat modifioida tässä liitteessä esitettyjä menetelmiä optimoidakseen reaktio-olosuhteita ja mukauttaakseen esitettyjä menetelmiä omiin laitteisiinsa ja laboratorioihinsa edellyttäen, että mukautetun menetelmän herkkyys ja tarkkuus voidaan osoittaa.
OsHV-1 μvar is defined in Article 1 of this Regulation.
OsHV-1 μvar -virus määritellään tämän asetuksen 1 artiklassa.
Equipment and environmental conditions
Laitteet ja ympäristöolosuhteet
The diagnostic test used for OsHV-1 μvar detection and identification by PCR requires the equipment and environmental conditions classically used for PCR assays as follows:
OsHV-1 μvar -viruksen osoittamiseen ja tunnistamiseen PCR-menetelmällä käytettävät diagnostiset testit edellyttävät seuraavia PCR-testeissä perinteisesti käytettäviä laitteistoja ja ympäristöolosuhteita:
A closed hood equipped with an UV producing system to eliminate potential contaminations when preparing PCR mix.
Suljettu kupu, jossa voidaan käyttää UV-säteilyä mahdollisen kontaminaation estämiseksi PCR-seosta valmistettaessa.
Two complete sets of pipettes (2 μl; 20 μl; 200 μl and 1000 μl), the first one for DNA extraction, and the second one for PCR mix preparation.
Kaksi täydellistä pipettisarjaa (2 μl; 20 μl; 200 μl ja 1000 μl), joista ensimmäinen on DNA:n uuttoa ja toinen PCR-seoksen valmistusta varten.
Three different pipettes: one pipette (2 μl) to dispense samples in PCR mix, one pipette (20 μl) for EB sampling and another pipette (20 μl) to load PCR products in agarose gels.
Kolme erilaista pipettiä: yksi pipetti (2 μl) näytteiden annostelemiseksi PCR-seokseen, yksi pipetti (20 μl) etidiumbromidinäytteenottoa varten ja yksi pipetti (20 μl) PCR-tuotteiden aplikoimiseksi agaroosigeeleihin.
Filter pipette tips (2 μl; 20 μl; 200 μl and 1000 μl) for DNA extraction, PCR mix preparation and sample dispensing.
Pipetinkärjet, suodattimella varustetut (2 μl; 20 μl; 200 μl ja 1000 μl) DNA:n uuttoa, PCR-seoksen valmistusta ja näytteen annostelua varten.
Pipette tips (20 μl) to collect EB and to load amplification products in agarose gel.
Pipetinkärjet (20 μl) etidiumbromidin keruuta varten sekä amplifiointituotteiden aplikoimiseksi agaroosigeeliin.
A thermal cycler to perform amplifications.
Lämpösyklilaite amplifiointia varten.
A horizontal electrophoresis system for PCR products electrophoresis.
Horisontaalinen elektroforeesijärjestelmä PCR-tuotteiden elektroforeesia varten.
An UV table to observe PCR products after agarose gel electrophoresis.
UV-pöytä, jolla PCR-tuotteita voidaan tarkastella agaroosigeelielekotroforeesin jälkeen.
A system to acquire pictures of the gels.
Järjestelmä, jolla geeleistä otetaan kuvia.
The manipulator must wear a lab coat and some gloves during all the different steps described bellow.
Työntekijän on käytettävä laboratoriotakkia ja käsineitä kaikkien edellä kuvattujen vaiheiden aikana.
Lab coat and gloves must be changed preferably after each main step: DNA extraction, preparation of PCR mix, sample dispensing, amplification and gel loading.
Laboratoriotakki ja käsineet on vaihdettava mielellään jokaisen päävaiheen jälkeen, joita ovat DNA:n uutto, PCR-seoksen valmistelu, näytteen annostelu, amplifiointi ja näytteiden applikointi geeliin.
It is recommended to perform these different steps in different rooms.
On suositeltavaa suorittaa eri vaiheet eri huoneissa.
More particularly, amplification and gel loading/electrophoresis should take place in a room separate from DNA extraction, PCR mix preparation and DNA dispensing.
Erityisesti amplifioinnin ja näytteiden applikoinnin/elektroforeesin olisi tapahduttava eri huoneessa kuin DNA:n uutto, PCR-seoksen valmistus ja DNA:n annostelu.
Live or freshly dead (not decomposed) oysters, which can be previously frozen, are processed for DNA extraction.
Elävät tai äskettäin kuolleet (ei hajonneet) osterit, jotka ovat voineet olla aikaisemmin jäädytettyinä, käsitellään DNA:n uuttoa varten.
Samples are processed differently according to their size:
Näytteet käsitellään eri tavoin niiden koon mukaan:
For larvae, pools of 50 mg of the whole animals (including the shell) completed with 200 μl of distilled water are crushed and centrifuged at 1000 g for 1 minute.
Toukat: yhdistetään kokonaisista eläimistä otetut näytteet yhdeksi 50 mg:n kokoomanäytteeksi (kuori mukaan lukien), lisätään 200 μl tislattua vettä, murskataan ja sentrifugoidaan 1000 g yhden minuutin ajan.
For spat smaller than or of 6 mm, pools of 300 mg of the whole animals (including the shell) completed with 1200 μl of distilled water are crushed and centrifuged at 1000 g for 1 minute.
Alle 6 mm:n ja 6 mm kokoiset eläimet: yhdistetään kokonaisista eläimistä otetut näytteet yhdeksi 300 mg:n kokoomanäytteeksi (kuori mukaan lukien), lisätään 1200 μl tislattua vettä, murskataan ja sentrifugoidaan 1000 g yhden minuutin ajan.
For spat between 6 and 15 mm in size, all the soft tissues of each animal are crushed individually.
Suuruudeltaan 6–15 mm välillä olevat eläimet: kunkin eläimen pehmeät kudokset murskataan erikseen.
For animals bigger than 15 mm, pieces of gills and mantle are isolated.
Yli 15 mm kokoiset eläimet: eristetään osia kiduksista ja vaipasta.
DNA extraction is performed using the QIAamp® DNA Mini Kit (QIAGEN) and following the instructions for Tissue Test Protocol.
DNA:n uutto suoritetaan QIAamp® DNA Mini Kit (QIAGEN) -reagenssisarjalla ja noudatetaan kudostestiohjeita.
The further sample preparation is performed in the following order:
Näytteen valmistusta jatketaan seuraavasti:
Place 100 μl of supernatant for samples referred to in (a) and (b) or 10 to 50 mg of tissues for samples referred to point (c) and (d) in a 1,5 ml microcentrifuge tube and add 180 μl of Buffer ATL.
100 μl supernatanttia edellä a ja b kohdassa tarkoitetuista näytteistä tai 10–50 mg kudosta c ja d kohdassa tarkoitetuista näytteistä annostellaan 1,5 ml:n mikrosentrifuugiputkiin ja lisätään 180 μl ATL-puskuria.
Add 20 μl Proteinase K, mix by vortexing and incubate at 56 °C until the tissue is completely lysed (overnight).
Lisää 20 μl Proteinase K:ta, sekoita vortex-sekoittimella (täristäen) ja inkuboi 56 °C:ssa, kunnes kudos on täysin hajonnut (yön yli).
Vortex occasionally during incubation to disperse sample.
Vortexoi ajoittain inkubaation kuluessa, jotta näyte dispergoituu.
Briefly centrifuge the 1,5 ml microcentrifuge tube to remove drops from the lid.
Sentrifugoi 1,5 ml:n mikrosentrifugiputkea hetki, jotta pisarat häviävät kannelta.
Add 200 μl Buffer AL to the sample, mix by pulse-vortexing for 15 s and incubate at 70 °C for 10 minutes.
Lisää näytteeseen 200 μl AL-puskuriliuosta, sekoita täristäen 15 sekunnin ajan ja inkuboi 10 minuutin ajan 70 °C:ssa.
Add 200 μl ethanol (96-100 %) to the sample, and mix by pulse-vortexing for 15 s. Briefly centrifuge the 1,5 ml microcentrifuge tube to remove drops from the lid.
Lisää näytteeseen 200 μl etanolia (96–100 %), sekoita 15 sekunnin ajan täristäen. Sentrifugoi 1,5 ml:n mikrosentrifugiputkea hetki, jotta pisarat häviävät kannelta.
Carefully apply the mixture from step 4 to the QIAamp Spin Column (in a 2 ml collection tube) without wetting the rim.
Applikoi huolellisesti vaiheesta 4 saatu seos QIAamp Spin Column:iin (2 ml:n keruuputkessa) kastelematta reunaa.
Close the cap and centrifuge at 10000 rpm for 1 min. Place the QIAamp Spin Column in a clean 2 ml collection tube (provided in the kit) and discard the tube containing the filtrate.
Sulje kansi ja sentrifugoi 1 minuutin ajan 10000 rpm. Laita QIAamp Spin Column puhtaaseen 2 ml:n keruuputkeen (joka kuuluu välinesarjaan) ja heitä suodoksen sisältävä putki pois.
Carefully open the QIAamp Spin Column and add 500 μl Buffer AW1 without wetting the rim.
Avaa huolellisesti QIAamp Spin Column ja lisää 500 μl AW1 puskuriliuos kastelematta reunaa.
Close the cap and centrifuge at 10000 rpm for 1 min. Place the QIAamp Spin Column in a clean 2 ml collection tube (provided in the kit) and discard the collection tube containing the filtrate.
Sulje kansi ja sentrifugoi 1 minuutin ajan 10000 rpm. Laita QIAamp Spin Column puhtaaseen 2 ml:n keruuputkeen (joka kuuluu välinesarjaan) ja heitä suodoksen sisältävä keruuputki pois.
Carefully open the QIAamp Spin Column and add 500 μl Buffer AW2 without wetting the rim.
Avaa huolellisesti QIAamp Spin Column ja lisää 500 μl puskuriliuos AW2 kastelematta reunaa.
Close the cap and centrifuge at full speed (14000 rpm) for 3 min.
Sulje kansi ja sentrifugoi maksiminopeudella (14000 rpm) kolmen minuutin ajan.
(Optional) Place the QIAamp Spin Column in a new 2ml collection tube (not provided in the kit) and discard the collection tube containing the filtrate.
(Vapaaehtoinen) Aseta QIAamp Spin Column uuteen 2 ml:n keruuputkeen (joka ei kuulu välinesarjaan) ja heitä suodoksen sisältävä keruuputki pois.
Centrifuge at full speed (14000 rpm) for 1 min.
Sentrifugoi maksiminopeudella (14000 rpm) 1 minuutin ajan.
Place the QIAamp Spin Column in a clean 1,5 ml microcentrifuge tube (not provided in the kit) and discard the collection tube containing the filtrate.
(Vapaaehtoinen) Aseta QIAamp Spin Column puhtaaseen 1,5 ml:n mikrosentrifugiputkeen (ei kuulu välinesarjaan) ja heitä suodoksen sisältävä keruuputki pois.
Carefully open the QIAamp Spin Column and add 100 μl of distilled water.
Avaa huolellisesti QIAamp Spin Column ja lisää 100 μl tislattua vettä.
Incubate 5 minutes at room temperature and centrifuge at 10000 rpm for 1 min.
Inkuboi viisi minuuttia huoneenlämmössä ja sentrifugoi yhden minuutin ajan 10000 rpm.
Control the quality and efficacy of the extraction (for example by measuring OD (260 nm) under spectrophotometer or after electrophoresis in agarose gel).
Valvo uuton laatua ja tehokkuutta (esimerkiksi mittaamalla optinen tiheys spektrofotometrillä (260 nm)) tai agaroosigeelissä ajetun elektroforeesin jälkeen.
Prepare dilution of your samples in order to have a final DNA concentration of 50-100 ng/μl.
Laimenna mittausnäytteet, jotta lopulliseksi DNA-pitoisuudeksi saadaan 50–100 ng/μl.
DNA solutions are kept at 4 °C until PCR analyses are performed.
DNA-liuokset pidetään 4 °C lämpötilassa siihen asti kunnes PCR-analyysit tehdään.
Other commercial kits may be used for the DNA extractions provided they have been demonstrated to give similar results.
DNA-uuttoon voidaan käyttää muita kaupallisia välinesarjoja edellyttäen, että niiden on osoitettu antavan samanlaisia tuloksia.
Reactives
Reagenssit
10 X Buffer (furnished with the Taq DNA polymerase)
10 X puskuriliuos (toimitetaan yhdessä Taq DNA-polymeraasin kanssa)
MgCl2 (furnished with the DNA polymerase) (25 mM)
MgCl2 (toimitetaan yhdessä DNA-polymeraasin kanssa) (25 mM)
Taq DNA Polymerase (Goldstar, Eurogentec) 5 U/μl
Taq DNA-Polymeraasi (Goldstar, Eurogentec) 5 U/μl
dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTT) Master Mix (20mM) must be diluted 10 fold (at 2 mM) before use
dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTT) Master Mix (20 mM) on laimennettava 10-kertaiseksi (2 mM) ennen käyttöä
d H2O (distilled H2O free of DNA and RNA)
d H2O (tislattu vesi, jossa ei ole DNA:ta ja RNA:ta).
Primers
Alukkeet
The following primers [1] must be used:
On käytettävä seuraavia alukkeita [1]:
PCR mix
PCR-seos
PCR mix for each tube is:
PCR-seos kutakin putkea kohti:
Volume per tube
Tilavuus/putki
Buffer (10 X)
Puskuriliuos (10 X)
MgCl2 (25 mM)
MgCl2 (25 mM) 5 μl
Taq polymérase (5U/μl)
Taq polymeraasi (5 U/μl)
49 μl of this PCR mix is dispensed in each PCR tube
49 μl tästä PCR-seoksesta annostellaan kuhunkin PCR-putkeen
1 μl of extracted DNA (50-100 ng/μl) is added to each tube
1 μl uutettua DNA:ta (50 – 100 ng/μl) annostellaan kuhunkin PCR-putkeen.
Two types of control are used:
Käytetään kahdenlaisia kontrolleja:
Negative controls consist of dH2O (1 μl for 49 μl of PCR mix).
Negatiiviset kontrollit koostuvat dH2O:sta (1 μl + 49 μl:aa PCR-seosta kohti).
They aim at detecting potential reactive contamination or working environment.
Niillä pyritään havaitsemaan mahdollinen työympäristön reaktiivinen kontaminaatio.
One negative control should be included every 10 samples or after each batch of samples.
Yksi negatiivinen kontrolli olisi lisättävä aina 10 näytteen jälkeen tai jokaisen näyte-erän jälkeen.
Positive controls consist of plasmidic DNA containing the OsHV-1 target genome region CF-CR.
Positiiviset kontrollit koostuvat plasmidi-DNA:sta, joka sisältää OsHV-1:n kohdegenomialueen CF–CR.
They aim at checking the efficacy of the PCR reaction.
Niiden tarkoituksena on tarkastaa PCR-reaktion tehokkuus.
One positive control should be included for each PCR analysis.
Yksi positiivinen kontrolli olisi sisällytettävä jokaiseen PCR-analyysiin.
Positive controls are available from the Community Reference Laboratory.
Yhteisön vertailulaboratoriosta saa positiivisia kontrolleja.
Amplification
Amplifiointi
Amplification cycles are performed in a thermal cycle apparatus.
Amplifiointisyklit tehdään lämpösyklilaitteella.
Initial denaturation: 2 min at 94 °C
Alkudenaturaatio: 2 min 94 °C:n lämpötilassa
Amplification: 35 cycles (1 min at 94 °C, 1 min at 50 °C and 1 min at 72 °C)
Amplifiointi: 35 sykliä (1 min 94 °C:n lämpötilassa, 1 min 50 °C:n lämpötilassa ja 1 min 72 °C:n lämpötilassa)
Final elongation: 5 min at 72 °C
Lopullinen (ketjun) pidennys: 5 min 72 °C:n lämpötilassa.
Electrophoresis
Elektroforeesi
50 X TAE (can be bought directly ready for use):
50 X TAE (voidaan ostaa käyttövalmiina):
Tris base (40 mM) 242 g
Tris-emäs (40 mM) 242 g
Acetic glacial acid (40 mM) 57,1 ml
Jääetikka (40 mM) 57,1 ml
dH2O for 1 liter
dH2O yhteen litraan saakka
Ajust at pH 8
Säädetään pH 8:aan
Agarose gel 2,5 % in 1 X TAE
Agaroosigeeli 2,5 % 1X TAE:ssa
Ethidium bromide (0,5 μg/ml) added after cooling the gel.
Etidiumbromidi (0,5 μg/ml), joka lisätään geelin jäähdyttämisen jälkeen
Loading blue dye:
Sinisen väriaineen annostelu:
Bromophenol blue 0,25 %
Bromifenolisininen 0,25 %
Cyanol xylene FF 0,25 %
Syanoliksyleeni FF 0,25 %
Sucrose 40 %
Sakkaroosi 40 %
Keep at 4 °C.
Pidetään 4 °C:n lämpötilassa.
Use diluted 6 times (2 μl of loading blue buffer for 10μl of PCR products).
Käytetään laimennettuna 6-kertaiseksi (2 μl sinistä puskuriliuosta 10 μl:aa PCR-tuotteita kohti).
Molecular weight marker:
Molekyylipainomarkkeri:
SmartLadder SF (Eurogentec): a ready-to-use molecular weight marker including 9 regularly spaced bands from 100 to 1000 bp.
SmartLadder SF (Eurogentec): käyttövalmis molekyylipainomarkkeri, joka sisältää 9 tasaisin välein sijoitettua juovaa 100:sta 1000 emäspariin.
Agarose gel preparation
Agaroosigeelin valmistus
Weight 2,5 g of agarose, add 100 ml of 1 X TAE and heat until the mix is melted.
Punnitse 2,5 g agaroosia, lisää 100 ml 1X TAE-puskuria ja kuumenna, kunnes seos on sulanut.
After cooling the solution, ethidium bromide is added (5 μl for 100 ml of agarose gel) and the solution is disposed in a specific mould equipped with combs (to form slots).
Liuoksen jäähtymisen jälkeen lisätään etidiumbromidia (5 μl:aa 100 ml:aan agaroosigeeliä) ja liuos kaadetaan erityiseen muottiin, joka on varustettu kammoilla (kuoppien muodostamiseksi).
When gel is polymerised, combs are removed and gel is placed in a horizontal electrophoresis system containing enough 1 X TAE to the cover agarose gel.
Kun geeli on polymerisoitunut, kammat poistetaan ja geeli sijoitetaan horisontaaliseen elektroforeesijärjestelmään, joka sisältää tarpeeksi 1X TAE:ta, jotta agaroosigeeli peittyy.
10 μl of PCR products are mixed with 2 μl of blue dye (6 X) and disposed in the slots.
10 μl PCR-tuotteita ja 2 μl sinistä väriainetta (6X) sekoitetaan ja annostellaan kuoppiin.
One whole is dedicated to the molecular weight marker (5 μl).
Yksi kuoppa on tarkoitettu molekulaaripainomarkkerille (5 μl).
A voltage of 50 to 150 volts is applied during 30 min to 1 hour depending on the gel size and thickness.
Ajetaan 50–150 voltin jännitteellä 30 min – 1 tunnin ajan geelin koosta ja paksuudesta riippuen.
Gel is observed under UV.
Geeliä tarkastellaan UV-valon alla.