natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Store media and stock solutions of antibiotics at 4 °C in the dark and use within one month.
Kasvualustat ja antibioottien kantaliuokset on varastoitava 4 °C:ssa pimeässä ja käytettävä kuukauden kuluessa.
Plates should be free from surface condensation before use.
Levyillä ei saa olla tiivistynyttä kosteutta ennen niiden käyttöä.
Avoid excess drying of plates.
Levyjen liiallista kuivumista on vältettävä.
Quality control should be performed after preparation of each new batch of medium by plating a suspension of a reference culture of R. solanacearum (see Appendix 3) and observing formation of typical colonies after incubation at 28 °C for two to five days.
Jokaisen uuden alustaerän valmistuksen jälkeen olisi toteutettava laadunvarmistustoimia maljaamalla R. solanacearum -bakteerin viiteviljelmän suspensio (ks. lisäys 3) ja tarkkailemalla tyypillisten pesäkkeiden muodostumista, kun levyä on inkuboitu 28 °C:ssa 2–5 päivän ajan.
Validated enrichment media
Validoitu rikastusalusta
SMSA Broth (Elphinstone et al., 1996)
SMSA-ravintoliuos (Elphinstone et al., 1996)
Prepare as for SMSA selective agar medium but omit Bacto-Agar and 2,3,5-tetrazolium chloride.
Valmistetaan kuten selektiivinen SMSA-agaralusta, mutta jätetään pois Bacto-Agar ja 2,3,5-tetratsoliumkloridi.
Modified Wilbrink broth (Caruso et al., 2002)
Muunnettu Wilbrinkin ravintoliuos (Caruso et al., 2002)
Sucrose
Sakkaroosi
Proteose peptone
Proteoosipeptoni
K2HPO4
0,5 g MgSO4
Sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes and cool to 50 °C
Steriloidaan autoklavoimalla 121 °C:ssa 15 minuutin ajan ja jäähdytetään 50 °C:seen.
Add antibiotic stock solutions as for SMSA broth.
Lisätään antibioottien kantaliuokset kuten SMSA-ravintoliuoksessa.
Bacterial isolates
Bakteeri-isolaatit
The following bacterial isolates are recommended for use as standard reference material either as positive controls (Table 1) or during optimisation of tests to avoid cross-reactions (Table 2).
Seuraavia bakteerien isolaatteja suositellaan käytettäviksi standardoituina viitemateriaaleina joko positiivisina kontrolleina (taulukko 1) tai testien optimoinnin aikana ristireaktioiden välttämiseksi (taulukko 2).
All strains are commercially available from:
Kaikki kannat ovat kaupallisesti saatavilla seuraavista lähteistä:
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, UK
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, UK.
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, the Netherlands.
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, the Netherlands.
Table 1 SMT reference panel of isolates of R. solanacearum
Taulukko 1 R. solanacearum -isolaattien SMT-viitepaneeli
NCPPB code
NCPPB-koodi
Other codes
Muut koodit
Note: Authenticity of the above strains can be guaranteed only if obtained from an authentic culture collection.
Huomautus: Edellä lueteltujen kantojen aitous voidaan taata ainoastaan, jos ne on saatu aidosta viljelmäkokoelmasta.
Table 2: SMT reference panel of serologically- or genetically-related bacteria for use in optimisation of detection tests
Taulukko 2 Serologisesti tai geneettisesti toisiaan muistuttavien bakteerien SMT-viitepaneeli käytettäväksi toteamistestien optimoinnissa.
Other code
Muu koodi
The following standard control material is available from the NCPPB culture collection.
Seuraavat standardoidut kontrollimateriaalit ovat saatavilla NCPPB-viljelmäkokoelmasta.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers as negative control for all tests.
Pakastekuivattuja perunauutepellettejä 200:sta terveestä mukulasta kaikissa testeissä käytettäviksi negatiivisiksi kontrolleiksi.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers containing 103 to 104 and 104 to 106 cells R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) as positive controls for serological and PCR tests.
200:sta terveestä mukulasta saatuja pakastekuivattuja perunauutepellettejä, jotka sisältävät 103–104 ja 104–106R. solanacearum -bakteerin biovarin 2 solua (kanta NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) positiivisiksi kontrolleiksi serologisiin ja PCR-testeihin.
Since cell viability is affected during freeze-drying, these are not suitable as standard controls for isolation or bioassay tests.
Koska pakastekuivaus vaikuttaa solujen elinkelpoisuuteen, ne eivät sovellu standardikontrolleiksi eristystesteihin tai biologiseen määritykseen.
Formalin-fixed suspensions of R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) at 106 cells per ml as positive controls for serological tests.
Formaliinikiinnitetyt suspensiot (106 solua/ml) R. solanacearum -bakteerin biovarista 2 (kanta NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) positiivisiksi kontrolleiksi serologisiin testeihin.
Preparation of positive and negative controls for the core screening tests PCR/IF and FISH
Positiivisten ja negatiivisten kontrollien valmistaminen napapäiden seulontatestejä PCR/IF ja FISH varten
Produce a 48 hour culture of a virulent strain of R. solanacearum race3/biovar2 (e.g. strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) on basal SMSA medium and suspend in 10 mM phosphate buffer to obtain a cell density of approximately 2 × 108 cfu per ml.
Tuotetaan 48 tunnin viljelmä R. solanacearum -bakteerin rodun 3 / biovarin 2 virulentista kannasta (esim. kanta NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) SMSA-kasvualustalle ja suspendoidaan 10 mM fosfaattipuskuriin, jotta saataisiin solutiheydeksi noin 2 × 108 PMY/ml.
This is usually obtained by a faintly turbid suspension equivalent to an optical density of 0,15 at 600 nm.
Tämä saadaan tavallisesti hieman samealla suspensiolla, joka vastaa 0,15:n optista tiheyttä 600 nanometrissä.
Remove the heel end cores of 200 tubers taken from a white skin variety production known to be free from R. solanacearum.
Poistetaan 200 mukulan napapäästä kappaleet, jotka on otettu valkokuorisesta osasta, jonka tiedetään olevan R. solanacearum -bakteerista vapaa.
Process the heel ends as usual and resuspend the pellet in 10 ml.
Käsitellään napapäät tavalliseen tapaan ja suspendoidaan sakka uudelleen 10 ml:aan.
Prepare 10 sterile 1,5 ml microvials with 900 µl of the resuspended pellet.
Valmistetaan 10 steriiliä 1,5 ml:n mikroampullia, joissa on 900 µl uudelleen suspendoitua sakkaa.
Transfer 100 µl of the suspension of R. solanacearum to the first microvial.
Siirretään 100 µl R. solanacearum -bakteerin suspensiosta ensimmäiseen mikroampulliin.
Vortex.
Sekoitetaan vorteksilla.
Establish decimal levels of contamination by further diluting in the next five microvials.
Saastumisaste määritetään laimennussarjan (seuraavat 5 ampullia) avulla.
The six contaminated microvials will be used as positive controls.
Kuutta mikroampullia, jotka sisältävät bakteerinäytettä, käytetään positiivisina kontrolleina.
The four non-contaminated microvials will be used as negative controls.
Neljää mikroampullia, jotka eivät sisällä bakteerinäytettä, käytetään negatiivisina kontrolleina.
Label the microvials accordingly.
Ampullit merkitään vastaavasti.
Prepare aliquots of 100 µl in sterile 1,5 ml microvials thus obtaining nine replicas of each control sample.
Valmistetaan 100 µl:an osanäytteitä steriileihin 1,5 ml:n mikroampulleihin, jolloin saadaan 9 toisintoa kustakin kontrollinäytteestä.
Store at –16 to –24 °C until use.
Varastoidaan –16––24 °C:ssa käyttöön saakka.
The presence and quantification of R. solanacearum in the control samples should be first confirmed by IF.
solanacearum -bakteerin esiintyminen ja määrä kontrollinäytteissä olisi ensin varmistettava IF-testillä.
For the PCR test perform DNA extraction from positive and negative control samples with each series of test samples.
PCR-testiä varten DNA uutetaan positiivisista ja negatiivisista kontrollinäytteistä kullakin testinäytesarjalla.
For IF and FISH tests perform assays on positive and negative control samples with each series of test samples.
IF- ja FISH-testejä varten tehdään määritykset positiivisista ja negatiivisista kontrollinäytteistä kullakin testinäytesarjalla.
For IF, FISH and PCR assays R. solanacearum must be detected in at least the 106 and 104 cells/ml of the positive controls and not in any of the negative controls.
IF-, FISH- ja PCR-määrityksissä R. solanacearum -bakteeri on on osoitettava ainakin niistä positiivisista kontrolleista, joissa on 106 ja 104 solua/ml, eikä sitä saa esiintyä yhdessäkään negatiivisessa kontrollissa.
Use as standard reference strain of R. solanacearum biovar 2 (race 3).
Käytetään R. solanacearum -bakteerin biovarin 2 (rotu 3) standardoituna viitekantana.
Potential cross-reacting strain in serological tests (IF and/or ELISA) with polyclonal antisera.
Serologisissa testeissä (IF ja/tai ELISA), joissa käytetään polyklonaalisia antiseerumeita, potentiaalisesti ristiin reagoiva kanta.
Strain from which PCR product can be amplified in some laboratories of a similar size to that expected using specific primers OLI-1 and Y-2 (see Appendix 6).
Kanta, josta joissakin laboratorioissa voidaan monistaa PCR-tuote, joka on vastaavan kokoinen kuin spesifisiä OLI-1- ja Y-2-alukkeita käytettäessä odotettava tulos (ks. lisäys 6).
Likely to cross-react in most tests but known to occur only on banana in Indonesia.
Aiheuttaa todennäköisesti ristireaktion useimmissa testeissä mutta esiintyy tunnetusti ainoastaan banaanissa Indonesiassa.
General: Unopened sterilised buffers can be stored for up to one year
YLEISTÄ: Avaamattomia steriloituja puskuriliuoksia voidaan säilyttää enintään vuoden ajan.
Buffers for extraction procedure
Puskurit uuttamismenettelyä varten
Extraction buffer (50 mM phosphate buffer, pH 7,0)
Uuttopuskuri (50 mM fosfaattipuskuri, pH 7,0)
This buffer is used for extraction of the bacterium from plant tissues by homogenisation or shaking.
Tätä puskuriliuosta käytetään bakteerin uuttamiseen kasvisolukoista homogenoimalla tai ravistamalla.
(anhydrous)
(vedetön)
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 min.
Liuotetaan ainesosat, tarkastetaan pH ja steriloidaan autoklavoimalla 121 °C:ssa 15 minuutin ajan.
Additional components may be useful as follows:
Muita aineksia voidaan lisätä seuraavasti:
Purpose
Päämäärät
Quantity (per l)
Määrä (litraa kohden)
Lubrol flakes
Lubrol-hiutaleita
Deflocculant [501]
Höytelöitymisenestoaine [501]
DC silicone antifoam
DC-silikoni-vaahdonesto
Anti-foam agent [501]
Vaahdonestoaine [501]
Tetrasodium pyrophosphate
Tetranatriumpyrofosfaatti
Anti-oxidant
Hapettumisenestoaine
Binding of PCR inhibitors
PCR:n inhibiittorien sidonta-aine
Pellet buffer (10 mM phosphate buffer, pH 7,2)
Sakkapuskuri (10 mM fosfaattipuskuri, pH 7,2)
This buffer is used for resuspension and dilution of potato tuber heel-end core extracts following concentration to a pellet by centrifugation.
Tätä puskuria käytetään perunan mukulan napapääuutteiden uudelleen suspendointiin ja laimentamiseen, kun ne on ensin konsentroitu sakaksi sentrifugoimalla.
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes.
Liuotetaan ainesosat, tarkastetaan pH ja steriloidaan autoklavoimalla 121 °C:ssa 15 minuutin ajan.
Buffers for the IF test
Puskurit IF-testiä varten
IF-Buffer (10 mM phosphate buffered saline (PBS), pH 7.2)
IF-puskuri (10 mM fosfaattipuskuroitu suolaliuos (PBS), pH 7,2)
This buffer is used for dilution of antibodies
Tätä puskuria käytetään vasta-aineiden laimentamiseen.
IF-buffer-Tween
IF-puskuri-Tween
This buffer is used to wash slides.
Tätä puskuria käytetään levyjen pesuun.
Add 0,1 % Tween 20 to the IF buffer.
Lisätään 0,1 % Tween 20:tä IF-puskuriin.
Phosphate buffered glycerol, pH 7,6
Fosfaattipuskuroitu glyseroli, pH 7,6
This buffer is used as a mountant fluid on the windows of IF slides to enhance fluorescence.
Tätä puskuria käytetään peittausliuoksena IF-levyjen syvennyksissä fluoresenssin tehostamiseksi.
Anti-fading mountant solutions are commercially available e.g. Vectashield® (Vector Laboratories) or Citifluor® (Leica).
Haalistumiselta suojaavia peittausaineita on saatavana kaupallisesti, esim. Vectashield® (Vector Laboratories) tai Citifluor® (Leica).
Buffers for the Indirect ELISA test
Puskurit epäsuoraa ELISA-testiä varten
Double strength coating buffer, pH 9,6.
Väkevyydeltään kaksinkertainen kiinnityspuskuri, pH 9,6
Sodium sulphite (0.2 %) may be added as antioxidant if required to prevent build up of oxidised aromatic compounds.
Natriumsulfiittia (0,2 %) voidaan lisätä antioksidanttina, jos halutaan estää hapettuneiden aromaattisten molekyylien muodostuminen.
Phosphate buffered saline (PBS), pH 7,4
fosfaattipuskuroitu suolaliuos (PBS), pH 7,4
Blocking (antibody) buffer (must be freshly prepared).
Estopuskuri (valmistettava juuri ennen käyttöä)
Polyvinylpyrrolidone-44000 (PVP-44)
Polyvinyylipyrrolidoni-44000 (PVP-44)
make up to 100 ml
100 ml:aan asti
Alkaline phosphatase substrate solution, pH 9,8
Emäksinen fosfataasisubstraattiliuos, pH 9,8
Diethanolamine
Dietanolamiini
Mix and adjust to pH 9,8 with concentrated HCl.
Sekoitetaan ja säädetään pH:ksi 9,8 väkevällä HCI:llä.
Make up to 1 L with distilled water.
Täytetään 1 l:ksi tislatulla vedellä.
Add 0,2 g MgCl2.
Lisätään 0,2 g MgCl2:a.
Dissolve 2 phosphatase substrate 5 mg tablets (Sigma) per 15 ml of solution.
Liuotetaan 2 × 5 mg fosfataasisubstraattitablettia (Sigma) 15 ml liuosta kohden.
Buffers for DASI ELISA test
Puskurit DASI ELISA -testiä varten
Coating buffer, pH 9,6
Kiinnityspuskuri, pH 9,6
Dissolve ingredients and check pH 9,6
Liuotetaan ainesosat ja tarkastetaan pH 9,6.
Phosphate saline buffer(PBS) pH 7,2 to 7,4
fosfaattipuskuroitu suolaliuos (PBS), pH 7,2–7,4
Substrate buffer, pH 9,8
Substraattipuskuri, pH 9,8
For use with homogenisation extraction method
Käytetään homogenoimalla tapahtuvassa uuttamismenettelyssä.
Count the mean number of typical fluorescent cells per field of view (c).
Lasketaan tyypillisten fluoresoivien solujen määrä kenttää kohden (c).
Calculate the number of typical fluorescent cells per microscope slide window (C).
Lasketaan tyypillisten fluoresoivien solujen määrä kuoppaa kohden (C).
surface area of window of multispot slide
monikuoppatestilevyn yhden kuopan pinta-ala
surface area of objective field
objektiivikentän pinta-ala
field coefficient (varies from 8 to 24 depending upon ocular type)
kentän kerroin (8-24 okulaarin tyypin mukaan)
tube coefficient (1 or 1,25)
putken kerroin (1 tai 1,25)
magnification of objective (100 ×, 40 × etc.).
objektiivin suurennos (100-kertainen, 40-kertainen jne.).
Calculate the number of typical fluorescent cells per ml of re-suspended pellet (N).
Lasketaan tyypillisten fluoresoivien solujen määrä uudelleen suspendoidun sakan millilitraa kohti (N):
volume of re-suspended pellet on each window
uudelleen suspendoidun sakan tilavuus kuopassa
dilution factor of re-suspended pellet.
uudelleen suspendoidun sakan laimennuskerroin.
Preliminary testing should permit reproducible detection of 103 to 104 cells of R. solanacearum per ml of sample extract.
Huomautus: Alustavan testauksen pitäisi mahdollistaa se, että voidaan todeta R. solanacearum -bakteerin solut, joiden pitoisuus on 103–104 näyteuutteen millilitraa kohden. Testi on voitava toistaa.
Preliminary testing should also show no false positive results with a panel of selected bacterial strains (see Appendix 3).
Alustavassa testauksessa ei myöskään pitäisi näkyä vääriä positiivisia tuloksia valikoiduilla bakteerikannoilla (ks. lisäys 3).
PCR protocol of Seal et al.
PCR-protokolla: Seal et al.
Oligonucleotide primers
Oligonukleotidialukkeet
Forward primer OLI-1
Koodaavan suunnan aluke OLI-1
Reverse primer Y-2
Vastakkaisen suunnan aluke Y-2
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 288 bp
solanacearum -bakteerin templaatti-DNA:sta odotettu amplikonikoko = 288 bp.
PCR reaction mix
PCR-reaktioseos
Quantity per reaction
Määrä reaktiota kohden
Final concentration
Lopullinen pitoisuus
Sterile UPW
Steriiliä ultrapuhdasta vettä
PCR buffer [701] (15 mM MgCl2)
PCR-puskuri [701] (15 mM MgCl2)
dNTP mix (20 mM)
dNTP-seos (20 mM)
Taq polymerase (5U/µl) [701]
Taq-polymeraasi (5 U/µl) [701]
Sample volume
Näytteen tilavuus
Total volume
Kokonaistilavuus:
PCR reaction conditions
PCR-reaktion olosuhteet
Run the following programme:
Ajetaan seuraava ohjelma:
1 cycle of:
1 sykli
2 minutes at 96 °C (denaturation of template DNA)
2 minuuttia 96 °C:ssa (templaatti-DNA:n denaturointi)
35 cycles of:
35 sykliä
20 seconds at 94 °C (denaturation of template DNA)
20 sekuntia 94 °C:ssa (templaatti-DNA:n denaturointi)
20 seconds at 68 °C (annealing of primers)
20 sekuntia 68 °C:ssa (alukkeiden pariutuminen)
30 seconds at 72 °C (extension of copy)
30 sekuntia 72 °C:ssa (kopioiden lisääminen)
10 minutes at 72 °C (final extension)
10 minuuttia 72 °C:ssa (lisääminen edelleen)
hold at 4 °C.
pidetään 4 °C:ssa.
This programme was optimised for use with a Perkin Elmer 9600 thermal cycler.
Huomautus: Tämä ohjelma on optimoitu käytettäväksi Perkin Elmer 9600 -lämpösyklilaitteella.
Modification of the duration steps of cycles (ii), (iii) and (iv) may be required for use with other models.
Muut mallit saattavat vaatia syklien ii, iii ja iv keston muuttamisen.
Restriction enzyme analysis of amplicon.
Amplikonin restriktio-entsyymianalyysi
PCR products amplified from R. solanacearum DNA produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Ava II after incubation at 37 °C.
solanacearum -bakteerin DNA:sta monistetut PCR-tuotteet tuottavat entsyymillä Ava II tyypillistä restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa, kun niitä on inkuboitu 37 °C:ssa.
PCR protocol of Pastrik and Maiss (2000)
PCR-protokolla: Pastrik ja Maiss (2000)
Forward primer Ps-1
Koodaavan suunnan aluke Ps-1
5′- agt cga acg gca gcg ggg g -3′
5′-agt cga acg gca gcg ggg g-3′
Reverse primer Ps-2
Vastakkaisen suunnan aluke Ps-2
5′- ggg gat ttc aca tcg gtc ttg ca -3′
5′-ggg gat ttc aca tcg gtc ttg ca-3′
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 553 bp.
solanacearum -bakteerin templaatti-DNA:sta odotettu amplikonikoko = 553 bp.
Originally optimised for MJ Research PTC 200 thermocycler with Gibco Taq Polymerase.
Huom: Alun perin optimoitu käytettäväksi MJ Research PTC 200 -lämpösyklilaitteella Gibcon Taq -polymerasilla.
Perkin Elmer AmpliTaq and buffer can also be used at the same concentrations.
Myös Perkin Elmerin AmpliTaqia ja puskuria voidaan käyttää samoina pitoisuuksina.
PCR buffer [702]
PCR-puskuri [702]
BSA (fraction V) (10 %)
BSA (fraktio V) (10 %)
d-nTP mix (20 mM)
dNTP-seos (20 mM)
Taq polymerase (5U/µl) [702]
Taq-polymeraasi (5 U/µl) [702]
Total volume:
Kokonaistilavuus:
5 minutes at 95 °C (denaturation of template DNA)
5 minuuttia 95 °C:ssa (templaatti-DNA:n denaturointi)
30 seconds at 95 °C (denaturation of template DNA)
30 sekuntia 95 °C:ssa (templaatti-DNA:n denaturointi)
30 seconds at 68 °C (annealing of primers)
30 sekuntia 68 °C:ssa (alukkeiden pariutuminen)
45 seconds at 72 °C (extension of copy)
45 sekuntia 72 °C:ssa (kopioiden lisääminen)
5 minutes at 72 °C (final extension)
5 minuuttia 72 °C:ssa (lisääminen edelleen)
This programme is optimised for use with an MJ Research PTC 200 thermal cycler.
Huomautus: Tämä ohjelma on optimoitu käytettäväksi MJ Research PTC 200 -lämpösyklilaitteella.
PCR products amplified from R. solanacearum DNA produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Taq I after incubation at 65 °C for 30 minutes.
solanacearum -bakteerin DNA:sta monistetut PCR-tuotteet tuottavat entsyymillä Taq I tyypillistä restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa, kun niitä on inkuboitu 65 °C:ssa 30 minuutin ajan.
The restriction fragments obtained from R. solanacearum-specific fragment are 457 bp and 96 bp in size.
solanacearum -spesifisestä fragmentista saadut restriktiofragmentit ovat kooltaan 457 ja 96 emäsparia.
Multiplex PCR protocol with internal PCR control (Pastrik et al., 2002)
Moninkertaiseen reaktioon perustuva PCR-testausprotokolla, johon kuuluu sisäinen PCR-kontrolli (Pastrik et al., 2002)
Forward primer RS-1-F
Koodaavan suunnan aluke Rs-1-F
5′- ACT AAC GAA GCA GAG ATG CAT TA -3′
5′-ACT AAC GAA GCA GAG ATG CAT TA-3′
Reverse primer RS-1-R
Vastakkaisen suunnan aluke Rs-1-R
5′- CCC AGT CAC GGC AGA GAC T -3′
5′-CCC AGT CAC GGC AGA GAC T-3′
Forward primer NS-5-F
Koodaavan suunnan aluke Ns-5-F
5′- AAC TTA AAG GAA TTG ACG GAA G -3′
5′-AAC TTA AAG GAA TTG ACG GAA G-3′
Reverse primer NS-6-R
Vastakkaisen suunnan aluke Ns-6-R
5′- GCA TCA CAG ACC TGT TAT TGC CTC -3′
5′-GCA TCA CAG ACC TGT TAT TGC CTC-3′
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 718 bp (RS-primer set)
solanacearum -bakteerin templaatti-DNA:sta odotettu amplikonikoko = 718 bp (Rs-alukesarja).
Expected amplicon size from the 18S rRNA internal PCR control = 310 bp (NS-primer set).
rRNA sisäisestä PCR-kontrollista odotettu amplikonikoko = 310 emäsparia (Ns-alukesarja).
PCR buffer [703] (15 mM MgCl2)
PCR-puskuri [703] (15 mM MgCl2)
Primer RS-1-F (10 µM)
Aluke Rs-1-F (10 µM)
Primer RS-1-R (10 µM)
Aluke Rs-1-R (10 µM)
Primer NS-5-F (10 µM) [704]
Aluke Ns-5-F (10µM) [704]
Primer NS-6-R (10 µM) [704]
Aluke Ns-6-R (10µM) [704]
Taq polymerase (5 U/µl) [703]
Taq-polymeraasi (5 U/µl) [703]
30 seconds at 58 °C (annealing of primers)
30 sekuntia 58 °C:ssa (alukkeiden pariutuminen)
PCR products amplified from R. solanacearum DNA produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Bsm I or an Isoschizomere (e.g. Mva 1269 I) after incubation at 65 °C for 30 minutes.
solanacearum -bakteerin DNA:sta monistetut PCR-tuotteet tuottavat entsyymillä Bsm I tyypillistä restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa tai isoskitsomeerin (esim. Mva 1269 I), kun niitä on inkuboitu 65 °C:ssa 30 minuutin ajan.
solanacearum biovar-specific PCR protocol (Pastrik et al., 2001)
solanacearum -bakteerin biovarispesifinen PCR-protokolla (Pastrik et al., 2001)
Forward primer Rs-1-F
Koodaavan suunnan aluke Rs-1-F
Reverse primer Rs-1-R
Vastakkaisen suunnan aluke Rs-1-R
Reverse primer Rs-3-R
Vastakkaisen suunnan aluke Rs-3-R
5′- TTC ACG GCA AGA TCG CTC -3′
5′-TTC ACG GCA AGA TCG CTC-3′
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA:
solanacearum -bakteerin templaatti-DNA:sta odotettu amplikonikoko:
with Rs-1-F/Rs-1-R = 718 bp
Rs-1-F/Rs-1-R = 718 bp
with Rs-1-F/Rs-3-R = 716 bp.
Rs-1-F/Rs-3-R = 716 bp.
Biovar 1/2-specific PCR
Biovari 1/2 -spesifinen PCR
PCR Buffer [705]
PCR-puskuri [705]
d-NTP mix (20mM)
dNTP-seos (20mM)
Taq polymerase (5U/µl) [705]
Taq-polymeraasi (5 U/µl) [705]
Biovar 3/4/5-specific PCR
Biovari 3/4/5 -spesifinen PCR
PCR Buffer [706]
PCR-puskuri [706]
Taq polymerase (5 U/µl) [706]
Taq-polymeraasi (5 U/µl) [706]
Run the following programme for both biovar 1/2- and biovar 3/4/5-specific reactions:
Ajetaan seuraava ohjelma sekä biovari 1/2- että biovari 3/4/5-spesifisiä reaktioita varten:
This programme was optimised for use with an MJ Research PTC 200 thermal cycler.
Huomautus: Tämä ohjelma optimoitiin käytettäväksi MJ Research PTC 200 -lämpösyklilaitteella.
PCR products amplified from R. solanacearum DNA using primers Rs-1-F and Rs-1-R produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Bsm I or an Isoschizomere (e.g. Mva 1269 I) after incubation at 65 °C for 30 minutes.
solanacearum -bakteerin DNA:sta alukkeita Rs-1-F ja Rs-1-R käyttämällä monistetut PCR-tuotteet tuottavat entsyymillä Bsm I tyypillistä restriktiofragmenttien pituuspolymorfiaa tai isoskitsomeerin (esim. Mva 1269 I), kun niitä on inkuboitu 65 °C:ssa 30 minuutin ajan.
PCR products amplified from R. solanacearum DNA using primers Rs-1-F and Rs-3-R have no restriction sites.
solanacearum -bakteerin DNA:sta alukkeita Rs-1-F ja Rs-1-R käyttämällä monistetuilla PCR-tuotteilla ei ole restriktiokohtia.
Preparation of the loading buffer
Latauspuskurin valmistaminen
Bromphenol blue (10 %-stock solution)
Bromifenolisininen (10-prosenttinen kantaliuos)
Bromphenol blue
Bromifenolisininen
Distilled water (bidest)
Kahteen kertaan tislattua vettä
Loading buffer
Latauspuskuri
Bromphenol blue (5,1)
Bromifenolisininen (5.1)
Distilled Water (bidest)
Kahteen kertaan tislattua vettä
Tris Acetate EDTA (TAE) buffer, pH 8.0
trisasetaatti-EDTA-puskuri (TAE), pH 8,0
Tris buffer
Tris-puskuri
Dilute to 1X before use.
Laimennetaan 1X:ään ennen käyttöä.
Also commercially available (e.g. Invitrogen or equivalent).
Saatavana myös kaupallisesti (esim. Invitrogen tai vastaava).