natgillin/translations-raw huggingface dataset:
In resting and quiescent cells, HMGB1 is usually localized in the intracellular compartment, with the exception of motile cells that express HMGB1 on their outer surface to mediate cell migration.
Aktivoimattomissa soluissa HMGB1 esiintyy yleensä solun sisällä, poikkeuksena aktiivisesti liikkuvat solut, jotka käyttävät solun ulkoista HMGB1-proteiinia liikkumiseen.
HMGB1 was detected in platelets, leukocytes, and endothelial cells.
HMGB1 on valkuaisaine, jota veri- ja endoteelisolut ilmentävät.
Extracellular HMGB1 can then participate in regulation of the immune response and under some conditions it can mediate lethality in systemic inflammatory response.
Solun ulkoinen HMGB1 säätelee elimistön puolustusmekanismeja, mutta voi joissakin olosuhteissa esim. verenmyrkytyksessä olla myös haitallinen.
The aim of this study was to evaluate the expression and functions of HMGB1 in cells of the vascular system and to investigate the prognostic value of circulating HMGB1 in severe sepsis and septic shock.
Lisäksi tarkoituksena on ollut tutkia plasman HMGB1-tasojen määrityksen käyttökelpoisuutta vakaviin infektioihin sairastuneiden potilaiden ennusteen laatimisessa.
Under normal circumstances, HMGB1 is virtually absent from plasma, but during inflammation or trauma its level in plasma is increased.
Solun vaurioituessa tai valkosolun aktivoituessa ne vapauttavat HMGB1-valkuaisainetta ulos soluista, joten tulehduksen tai kudosvaurion yhteydessä plasman HMGB1-taso kohoaa.
In conclusion, HMGB1 is expressed in the cells of the vascular system, and it participates in inflammatory mechanisms by activating platelets and leukocytes and by mediating monocyte migration.
Väitöskirjatyön tulokset tuovat lisätietoa HMGB1-valkuaisaineen merkityksestä tulehdustaudeissa ja auttavat kliinisten HMGB1- analyysimenetelmien kehitystyötä.
HMGB1 was released from platelets and leukocytes, and it was found to mediate their adhesive and migratory functions.
Väitöskirjatutkimukseni tarkoituksena on ollut selvittää HMGB1:n ilmentymistä ja sen välittämiä toimintoja verenkiertoelimistön soluissa.
Effects of oxygen provision on the physiology of baker's yeast Saccharomyces cerevisiae
Hapen vaikutus leivinhiiva Saccharomyces cerevisiaen aineenvaihduntaan
The yeast Saccharomyces cerevisiae is able to adapt its metabolism for growth in different conditions of oxygen provision, and to grow even under complete lack of oxygen.
Toisin kuin useimmat aitotumalliset eliöt, leivinhiiva Saccharomyces cerevisiae pystyy kasvamaan erilaisissa happipitoisuuksissa, jopa täysin hapettomissa oloissa.
This study compared the physiology of S. cerevisiae in conditions of five levels of oxygen provision (0, 0.5, 1.0, 2.8 and 20.9% O2 in feed gas) by using measurements on metabolite, transcriptome and proteome levels.
Työssä käytettiin viittä eri happipitoisuutta (0; 0,5; 1,0; 2,8 ja 20,9 % happea kasvatukseen syötetyssä kaasuseoksessa) sekä olosuhteita, joissa hapen syötttöä muutettiin äkillisesti.
Further, a global upregulation of genes related to respiratory pathways was observed in the oxygen-limited conditions and the same trend was seen in the proteome analysis and in the activities of enzymes of the TCA cycle.
Tässä työssä havaittiin myös, että suurin osa hengitykseen liittyistä geeneistä ilmentyi voimakkaammin happirajoitteisissa kuin normaalin hapen olosuhteissa, ja sama tulos näkyi myös kyseessä olevien proteiinien tasoissa ja sitruunahappokierron entsyymien aktiivisuuksissa.
The genes related to growth and cell proliferation were transiently downregulated whereas the genes related to protein degradation and phosphate uptake were transiently upregulated.
Hapen loppuessa kasvuun ja solujen uudistumiseen liittyvien geenien ilmentymistasot laskivat, kun taas proteiinien hajotukseen liittyvien geenien ilmentymistasot nousivat.
In general, the genome-wide transcriptional responses to oxygen depletion were highly similar when two different initial conditions of oxygen provision (20.9 and 1.0% O2) were compared.
Geenien ilmentymisen ja solunulkoisten aineenvaihduntatuotteiden perusteella näytti siltä, että leivinhiivan aineenvaihdunta on hyvin samankaltaista rajoitetun hapen olosuhteissa (0,5; 1,0 ja 2,8 O2) mutta eroaa niissä selvästi hapettomista (0 % O2) ja normaalin hapen olosuhteista (20,9 % O2).
As a response to sudden oxygen depletion, concentrations of the metabolites of central carbon metabolism responded faster than the corresponding levels of gene expression.
Lopetettaessa hapensyöttö äkillisesti kokonaan aineenvaihdunnan muutokset näkyivät nopeammin solunsisäisten aineenvaihduntatuotteiden määrissä kuin geenien ilmentymisessä.
Although the specific glucose uptake rate was highest in fully anaerobic conditions, none of the hxt genes showed highest expression in anaerobic conditions.
Lisäksi havaittiin, että vaikka glukoosin sisäänottonopeus on suurin hapettomissa olosuhteissa, glukoosinkuljettajaproteiineja koodaavien geenien ilmentyminen ei ole tällöin voimakkaimmillaan.
However, the expression of genes encoding the moderately low affinity transporters decreased with the decreasing oxygen level.
Sen sijaan hapen määrän laskiessa keskimääräisen affiniteetin omaavia glukoosinkuljettajia koodaavien geenien tasot laskivat.
The availability of oxygen has a major effect on all organisms.
Tätä ominaisuutta on hyödennetty laajasti erilaisissa bioprosesseissa.
Thus it was concluded that there is a relative increase in high affinity transport in anaerobic conditions supporting the high uptake rate.
Edellä mainittu aiheuttaa todennäköisesti sen, että solukalvolla on hapettomissa olosuhteissa suhteellisesti enemmän proteiineja, joilla on korkea affiniteetti glukoosia kohtaan, kuin hapellisissa olosuhteissa.
The responses of intracellular metabolites related to central carbon metabolism and transcriptional responses to change in oxygen availability were studied.
Työssä mitattiin solunsisäisiä ja -ulkoisia aineenvaihduntatuotteita ja geenien ilmentymistä.
Although the physiology of S. cerevisiae has mainly been studied under fully aerobic and anaerobic conditions, less is known of metabolism under oxygen-limited conditions and of the adaptation to changing conditions of oxygen provision.
Proteiinitasoja vertailtaessa kuitenkin havaittiin, että aineenvaihdunta ei ole täysin samanlaista happirajoitetuissa olosuhteissa.
On the transcriptional level, the main differences were observed between the three level groups, 0, 0.5 2.8 and 20.9% O2 which led to fully fermentative, respiro-fermentative and fully respiratory modes of metabolism, respectively.
Erityisesti 0,5 ja 1,0 % hapensyötön välillä nähtiin eroja, mikä kertoo todenäköisesti geenitason yläpuolella tapahtuvasta säätelystä.
Additionally, this work analysed the effect of oxygen on transcription of genes belonging to the hexose transporter gene family.
Tässä väitöskirjatyössä tutkittiin leivinhiivan aineenvaihduntaa olosuhteissa, joissa syötetyn hapen määrä oli tarkasti määritetty.
Because of the multiple roles of cytokines in the immune system, the cytokine network needs to be tightly regulated.
Lukuisten tehtäviensä vuoksi on tärkeää, että sytokiinijärjestelmä on tiukan säätelyn alainen.
Salmonella-induced macrophages and DCs were found to produce multiple cytokines including interferon (IFN) -gamma, which is conventionally produced by T and natural killer (NK) cells.
Salmonella sai aikaan makrofageissa ja dendriittisoluissa useiden sytokiinien tuotannon mukaan lukien interferoni (IFN)- gamman, jota yleensä tuottavat luonnolliset tappajasolut ja T solut.
We found that the promoters of CCL19 and type III IFNs contain similar regulatory elements that bind nuclear factor kappaB (NF-kappaB) and interferon regulatory factors (IRFs), which could mediate transcriptional activation of the genes.
CCL19- ja tyypin III IFN -geenien promoottorialueilta löydettiin samankaltaisia säätelyelementtejä, joiden havaittiin sitovan NF-kappaB- ja IRF-transkriptiotekijöitä välittäen myös geenien aktivaatiota.
Salmonella enterica serovar Typhimurium served as a model for an intracellular bacterium, whereas Sendai virus was used in virus experiments.
Mikrobi-infektion mallintamisessa käytettiin Salmonella enterica sevorar Typhimurium -bakteeria sekä Sendai-virusta.
Taken together, this work identifies new details about the interaction of Salmonella with its phagocytic host cells of human origin.
Tämä väitöskirjatyö tuo esille uutta tietoa Salmonella-bakteerin ja sen isäntäsolujen, makrofagien ja dendriittisolujen, välisestä vuorovaikutuksesta.
In this work, the induction of innate immune responses was studied using human primary macrophages or DCs as cell models.
Tässä työssä tutkittiin synnynnäisen immuniteetin aktivoitumista ihmisen makrofageissa ja dendriittisoluissa.
Phenotypic maturation of DCs as characterized by upregulation of costimulatory and human leukocyte antigen (HLA) molecules, and production of CCL19 chemokine, were also detected upon infection with Salmonella.
Lisäksi CCL19-kemokiinin erittyminen ja tiettyjen antigeeniesittelyssä tarvittavien molekyylien ilmentyminen solun pinnalla kuvastivat dendriittisolujen kypsymistä Salmonella-infektion aikana.
The induction of type I and type III IFNs was also observed in response to bacterial infection.
Tyypin I ja III IFN -tuotantoa on aiemmin tutkittu pääasiallisesti virusinfektion aikana, mutta tuloksemme osoittavat, että niitä ilmennetään myös bakteeri-infektion seurauksena.
In addition, studies provide information on the regulatory events controlling the expression of CCL19 and the most recently identified IFN family genes, type III IFN genes.
Lisäksi tutkimukset syventävät tietämystämme miten dendriittisolujen biologiassa tärkeiden CCL19- ja tyypin III IFN geenien aktivaatiota säädellään mikrobi-infektion aikana.
They play an important role in regulating host immune responses during microbial infection.
Kehomme immuunijärjestelmä on jakautunut synnynnäiseen ja hankittuun immuniteettiin, jotka yhdessä vastaavat mikrobi-infektioiden torjunnasta.
Through recognition of conserved microbial patterns, they are able to detect the invading pathogens.
Makrofagit ja dendriittisolut tunnistavat evoluutiossa säilyneitä mikrobirakenteita, jotka toimivat varoitussignaalina puolustusjärjestelmien aktivoitumiselle.
Chemotactic cytokines, chemokines, are involved in migratory events of immune cells.
Monet sytokiineistä ohjaavat T-soluvasteiden erilaistumista, kemokiinien päätehtävänä on puolestaan säädellä valkosolujen liikennettä kudoksissa.
The regulation of type III IFNs in virus infection resembled that of type I IFNs a cytokine class traditionally regarded as antiviral.
Osoitimme myös, että tyypin I ja tyypin III IFN -geenien säätely muistuttavat toisiaan virusinfektiossa.
The starting point of this study was that DCs of mouse origin had recently been characterized as host cells for Salmonella.
Työ aloitettiin, koska haluttiin selvittää toimivatko ihmisen dendriittisolut Salmonella-bakteerin isäntäsoluna, ja miten erityisesti sytokiinituotanto aktivoituu infektion aikana.
However, only little was known about the immune responses initiated in Salmonella-infected human DCs.
Vertailukohtana käytettiin makrofageja, joiden toiminnasta Salmonella-infektiossa tiedettiin jo paljon ennen tätä tutkimusta.
Two types of antigen-presenting cells (APCs), macrophages and dendritic cells (DCs), function at the interface of innate and adaptive immunity.
Luonnollinen ja hankittu immuniteetti ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa antigeeniä esittelevien solujen kuten makrofagien ja dendriittisolujen välityksellä.
Both macrophages and DCs also promoted the intracellular survival of the bacterium.
Salmonella pystyi selviytymään paitsi makrofagien myös dendriittisolujen sisällä.
The purpose of this thesis project is to study changes in the physical state of cell membranes during cell entry, including how these changes are connected to the presence of ceramide.
Tarkoituksena oli selvittää solukalvon fysikaalisen tilan muutoksia ja muutosten vaikutuksia solun sisäänmenon yhteydessä.
The hypothesis is that sphingomyelin is needed for host cell entry in the infection of C. pneumonia.
Toisessa osatyössä esiteltiin sfingomyelinaasi-entsyymiaktiivisuus Chlamydia pneumonian solun ulkoisesta muodosta ja tutkittiin sfingomyelinaasi aktiivisuuden mahdollista osuutta C. pneumonian sisäänmenoprosessissa infektion yhteydessä.
The first aim of this study is to develop a system where the localized sphingomyelinase membrane interaction could be observed on the surface of the giant vesicle and the effects could be monitored with microscopy.
Väitöskirjan ensimmäisessä osatyössä kehitettiin metodi, jolla voidaan havainnoida paikallisesti muodostuneen keramidin vaikutusta mallikalvossa.
The role of enzymatical manipulation of lipids in bacterial internalization is also studied.
Erityisesti tutkittiin keramidin roolia internalisaatioprosessissa.
The goal of the third project is to study a role of phosphatidylserine as a target for a membrane binding protein.
Kolmannessa osatyössä tutkittiin fosfatidyyliseriinin ja endostatiinin interaktiota mallikalvolla.
Lipid assisted membrane entry in specific phospholipid targeted protein systems
Väitöskirjatyössä tutkittiin lipidien ja proteiinien yhteisvaikutusta solun sisäänmenotapahtumien yhteydessä käyttäen kahta eri esimerkkitapausta.
Composting refers to aerobic degradation of organic material and is one of the main waste treatment methods used in Finland for treating separated organic waste.
Kompostoinnilla tarkoitetaan biologisesti hajoavan orgaanisen jätteen hajotusta ja se on yksi tärkeimmistä biojätteen käsittelytavoista Suomessa.
The developed microarray can be used to monitor composting processes or the hygienisation of the compost end product.
Mikrosirua voidaan siksi hyödyntää kompostointiprosessin seuraamisessa tai kompostin lopputuotteen hygieenisyyden varmentamisessa.
The results provide valuable information on microbial community composition during industrial scale composting processes.
Tämän väitöskirjatyön tulokset tuovat tärkeää tietoa teollisen kompostointiprosessin mikrobiyhteisöstä.
Thus 41% of the clones in the studied clone libraries were sequenced.
Menetelmän avulla havaittiin, että 41 % kloonikirjastojen klooneista oli harvinaisia ja vain ne sekvensoitiin.
The microbial communities detected in this study were found to differ from the compost microbes observed in previous research with cultivation based methods or with molecular methods from processes of smaller scale, although there were similarities as well.
Sekä bakteerien että sienten havaittiin eroavan aiemmissa tutkimuksissa löydetyistä mikrobeista, vaikka yhteneväisyyksiäkin löytyi.
It is known that with the traditional, culturing-based methods only a small fraction, below 1%, of the species in a sample is normally detected.
Aiemmin on havaittu, että maljakasvatuksiin perustuvilla menetelmillä saadaan selville vain noin 1 % näytteen mikrobiyhteisöstä.
The composting process allows converting organic waste to a humus-like end product which can be used to increase the organic matter in agricultural soils, in gardening, or in landscaping.
Mullan kaltaista lopputuotetta voidaan käyttää lannoitteena maataloudessa ja puutarhanhoidossa sekä materiaalina viherrakentamisessa ja maisemoinnissa.
The platform for the microarray is universal and the method can easily be adapted for studying microbes from environments other than compost.
Suunniteltua mikrosirumenetelmää voidaan soveltaa myös muiden ympäristöjen mikrobien tutkimiseen.
Microbes play a key role as degraders during the composting-process, and the microbiology of composting has been studied for decades, but there are still open questions regarding the microbiota in industrial composting processes.
Vaikka kompostoinnin mikrobiologiaa onkin tutkittu jo vuosikymmeniä, mikrobisto teollisessa suuren mittakaavan kompostointilaitoksessa on suurelta osin tuntematon.
In this thesis the presence of fungi and bacteria in full-scale and pilot-scale composting processes was characterised with cloning and sequencing.
Tässä väitöskirjatyössä selvitettiin sienten ja bakteerien esiintymistä teollisessa kompostointilaitoksessa ja pienemmässä tutkimuskäyttöön rakennetussa kompostointirummussa molekyylibiologisin menetelmin.
Since microbes play a central role in composting and in many other biotechnological processes, rapid methods for characterization of microbial diversity would be of value, both scientifically and commercially.
Koska kaikkien mikrobien kloonaaminen ja sekvensointi on aikaa vievää ja kiinnostuksen kohteena on usein vain muutama sekvenssityyppi, kehitettiin näiden sekvenssien havainnointia varten mikrosirudiagnostiikkaan perustuva menetelmä.
Microarrays have been used in microbial ecology for a decade to study the presence or absence of certain microbes of interest in a multiplex manner.
Mikrosiruja on käytetty lajiston selvittämiseen jo vuosikymmeniä, mutta käytetyt menetelmät ovat olleet puutteellisia herkkyydeltään ja tarkkuudeltaan.
Several clone libraries were constructed and altogether nearly 6000 clones were sequenced.
Yli 6000 mikrobien tunnistusalueiden DNA-fragmenttia sekvensoitiin ja tuloksena oli yli 500 erilaista bakteerien tunnistussekvenssiä ja 127 erilaista sienten sekvenssiä.
A large compost microbe sequence dataset was collected and analysed in this thesis.
Säästö sekvensoinnissa ja käsiteltävän datan määrässä oli täten huomattava.
The enzyme assisted detection method, ligation-detection-reaction (LDR) based microarray, was adapted for species-level detection of microbes characteristic of each stage of the composting process.
Väitöskirjassa kehitetyn mikrosirumenetelmän avulla saavutettiin tarkkuus, jolla kaksi lähisukuista mikrobilajia voitiin erottaa toisistaan.
The fungal diversity was found to be high and phylotypes similar to yeasts were abundantly found in the full-scale drum and tunnel processes.
Väitöskirjatyössä kehitettiin menetelmä, jolla runsaslukuiset sekvenssit merkitään ennen sekvensointia ja vain harvalukuiset sekvensoidaan.
The microarray method was developed based on the sequence database collected in this study.
Näitä sekvenssejä verrattiin kansainvälisiin sekvenssitietokantoihin.
The method can be utilised in following the fate of interesting microbes during composting process in an extremely sensitive and specific manner.
Menetelmä osoittautui hyvin herkäksi ja myös pieninä määrinä esiintyvät mikrobit voitiin havainnoida.
With the use of a specially designed control probe it was established that a species specific probe can detect target DNA representing as little as 0.04% of total DNA in a sample.
Tällöin tietyt yleiset sekvenssityypit eivät estä harvalukuisempien sekvenssityyppien havainnointia.
The sequence database collected in this thesis was used as basis for probe design and microarray development.
Menetelmä perustuu kahden DNA-koettimen liittämiseen ja työssä suunnitellun kontrollikoettimen käyttöön.
Sequences similar to Lactobacillus and Acetobacteria were frequently detected in the early stages of drum composting.
Kloonikirjastoissa on usein monta kappaletta samaa sekvenssiä.
Double-stranded RNA (dsRNA) viruses perform the synthesis of their RNA genome within a proteinacous viral particle containing an RdRP as a minor constituent.
Phi6 virus infektoi kasvipatogeenisia Pseudomonas syringae bakteereita ja sen geneettinen materiaali koostuu kaksijuosteisista RNA-juosteista, joita ympäröi kaksi virusproteiineista koostuvaa vaippaa sekä uloimpana isäntäsolun fosfolipideistä koostuva kalvo.
The phi6 bacteriophage is the best-studied dsRNA virus, providing an excellent background for studies of its RNA synthesis.
Bakteereita infektoivat virukset ovat nimeltään bakteriofaageja.Phi6 virusta on tutkittu pitkään ja se on kaksijuosteisten RNA-virusten malliorganismi.
For most RNA viruses RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) encoded by the virus are responsible for the entire RNA metabolism.
Lisäksi tutkittiin, miten viruksen RNA:sta riippuvainen RNA-polymeraasi toimii substraatista riippumattomana entsyyminä.
Finally, in this work terminal nucleotidyl transferase (TNTase) activity of the phi6 RdRP was documented in the isolated polymerase as well as in the viral particle.
Väitöskirjatyössä kuvataan phi6 viruksen polymeraasin toimintaa ja rakennetta sen entsymaattisen toiminnan eri vaiheissa.
The crystal structure of the phi6 polymerase, solved in complex with a number of ligands, provides a working model for detailed in vitro studies of RNA-dependent RNA polymerization.
Polymeraasin aktiivisen keskuksen lähellä sijaitseva alue on välttämätön osatekijä, jotta polymeraasi voi onnistuneesti aloittaa RNA-synteesin ja kopioida tarkasti viruksen RNA-juosteet seuraaville virussukupolville.
In this thesis, the primer-independent initiation of the phi6 RdRP was studied in vitro using biochemical and structural methods.
Työn tuloksia voidaan soveltaa suunniteltaessa RNA:ta kopioivia entsyymejä bioteknisiin sovelluksiin molekyylibiologian alalla.
Based on the results on particle-mediated TNTase activity and previous structural information of the polymerase, a model for termination of the RNA-dependent RNA synthesis is suggested in this thesis.
Yksi sisimmän vaipan virusproteiineista on tässä työssä tutkittu RNA:sta riippuvainen RNA-polymeraasi.
A C-terminal, four-amino-acid-long loop protruding into the central cavity of the phi6 RdRP has been suggested to stabilize the incoming nucleotides of the initiation complex formation through stacking interactions.
Väitöskirjatyön tulokset osoittavat ja kuvaavat myös tarkasti miten phi6 viruksen RNA:sta riippuvainen RNA-polymeraasi voi lisätä epäspesifisesti nukleotideja vain viruksen nukleiinihappoketjun päähän.
The RdRP was able to add one or a few non-templated nucleotides to the 3' end of the single- or double-stranded RNA substrate.
Tämä perinnöllinen aines voi koostua joko deoksiribonukleiini- tai ribonukleiinihaposta (DNA tai RNA), joiden emäsjärjestykseen on kirjattu geneettinen koodi.
The higher the upstream lake percentage, the lower the export indicating organic matter retention in lakes.
Mitä suurempi oli valuma-alueen järviprosentti sitä pienemmät olivat huuhtoumat, mikä indikoi orgaanisen aineen pidättymistä järviin.
Moreover, most of TOC and TON was in a dissolved form.
Suurin osa orgaanisesta typestä ja hiilestä oli liuenneessa muodossa.
Organic anion dominated in rivers and streams situated in northern Finland, reflecting the higher extent of peatlands in these areas, whereas SO4 dominated in southern Finland and on western coastal areas, where the extent of fertile areas, agricultural land, urban areas, acid sulphate soils, and sulphate deposition is highest.
Orgaaninen anioni dominoi pohjoisissa puroissa ja joissa heijastaen valuma-alueiden soiden runsautta, kun taas sulfaatti dominoi Etelä-Suomessa ja rannikkoalueilla, missä on runsaasti reheviä alueita, maatalous- ja taajama-alueita, happamia sulfaattimaita sekä korkein sulfaattilaskeuma.
Additionally, the role of organic and minerogenic acidity in controlling pH levels in Finnish rivers and pristine streams was studied by measuring organic anion, sulphate (SO4) and base cation (Ca, Mg, K and Na) concentrations.
Lisäksi orgaanisen ja minerogeenisen happamuuden merkitystä veden pH-tason säätelijänä tutkittiin määrittämällä orgaanisen anionin, sulfaatin ja emäskationeiden pitoisuudet luonnontilaisissa puroissa sekä suurissa joissa.
In Finnish river basins, TOC export increased with the increasing proportion of peatland in the catchment, whereas TON export increased with increasing extent of agricultural land.
Suomalaisilla puro- ja jokivaluma-alueilla orgaanisen hiilen huuhtouma lisääntyi soiden osuuden kasvaessa.
High TOC concentrations decreased pH values in the stream and river water, whereas no correlation between SO4 concentrations and pH was observed.
Korkea orgaanisen hiilen pitoisuus laski pH arvoja puroissa ja joissa, mutta sulfaatin ja pH:n välillä ei ollut riippuvuutta, mikä korostaa orgaanisten happojen merkitystä pH tason säätelijänä suomalaisissa puroissa ja joissa.