natgillin/translations-raw huggingface dataset:
In this thesis segmentation applications are demonstrated in analyzing genomic sequences.
Väitöskirjassa käsitellään esimerkinomaisesti segmentoinnin soveltamista genomisekvenssien analysoinnissa.
Applying segmentation on certain features of a sequence is shown to yield segmentations that are significantly close to the known underlying structure.
Voidaan näyttää, että segmentoimalla sekvenssi sen tiettyjen ominaisuuksien suhteen saadaan tulokseksi segmentointeja, joiden samankaltaisuus tunnetun rakenteen kanssa on merkitsevä.
Standard model selection techniques are shown to perform well for the sequence segmentation task.
Olemassa olevien mallinvalintamenetelmien näytetään soveltuvan hyvin segmenttien lukumäärän valitsemiseen.
The focus in this thesis is on piecewise-constant segments, where the most likely description for each segment and the most likely segmentation into some number of blocks can be computed efficiently.
Tällaisille rakenteille kunkin segmentin paras kuvaus sekä koko sekvenssin paras jako segmentteihin voidaan laskea tehokkaasti.
The former is concerned with segmentations where the segment descriptions first increase and then decrease, and the latter with the interplay between different dimensions and segments in the sequence.
Yksihuippuisessa segmentoinnissa segmenttien kuvaukset saavat arvoja, jotka ensin kasvavat ja sitten vähenevät.
The experimentation is extensive and, due to using several different devices, also provides a glimpse of what the performance of these systems may look like in the future.
Tulosten analyysissa otetaan myös huomioon, miten järjestelmän eri ominaisuudet sopivat kuhunkin mobiililaitteiden tukemaan ympäristöön, sekä tarkastellaan, miltä tulevaisuuden mobiililaitteiden suorituskyky saattaisi näyttää.
Such devices are battery-powered, their network connections are based on wireless technologies, and their processing capabilities are typically much lower than those of stationary computers.
Laitteiden pieni koko, niiden tarjoamat ohjelmointimahdollisuudet ja langattomat verkkoyhteydet mahdollistavat Internet- ja muiden verkkosovellusten käytön kaikkialla.
This work identifies four areas of improvement in XML messaging systems: the programming interfaces to the system itself and to XML processing, the serialization format used for the messages, and the protocol used to transmit the messages.
Keskeiset tutkimuskohteet ovat tiivis ja tehokkaasti käsiteltävä XML-esitysmuoto, XML:n käsittelyyn paremmin sopivat ohjelmointirajapinnat ja mobiiliympäristön viestiprotokollat.
The experimentation is performed on actual devices and real networks using the messaging system implemented as a part of this work.
Tulevaisuuden verkkosovelluksissa suoran päätelaitteiden välisen viestinnän odotetaan olevan keskeinen osa sovelluksen toimintaa.
This popularity is helped by the excellent support for XML processing in many programming languages and by the variety of XML-based technologies for more complex needs of applications.
XML-kielen ongelmina ovat kuitenkin sen vaatimat suuret tiedonsiirto- ja käsittelyajat, jotka ovat olleet esteenä XML:n laajalle käytölle mobiiliympäristöissä.
Concurrently with this rise of XML, there has also been a qualitative expansion of the Internet's scope.
Nyky-Internetissä tällaisessa viestinnässä käytetään yhä useammin XML-kieltä, joka laajennettavuutensa ja helppokäyttöisyytensä ansiosta vähentää sovelluskehittäjän taakkaa.
This dissertation presents work performed to try to reconcile these two developments.
Järjestelmälle on suoritettu kattavat mittaukset, jotka osoittavat järjestelmän sopivuuden käyttötarkoitukseensa.
Every algorithm or method is studied from different perspectives: optimality of protocols, selfishness of end users, fairness of the protocol for end users.
Kaikkia algoritmeja tutkitaan useammasta näkökulmasta: protokollien optimaalisuus, käyttäjien itsekkyys, protokollan reiluus käytäjiä kohtaan.
On the other hand, the future Internet predictions dictate new rules for the optimality we should take into account and new properties of the networks that cannot be neglected anymore.
Toisaalta, tulevaisuuden verkkoratkaisut määrittelevät uusia optimointisääntöjä, sekä verkkojen uusia ominaisuuksia, jotka molemmat pitää ottaa tulevaisuudessa huomioon.
In this thesis we study a series of multi-user resource-sharing problems for the Internet, which involve distribution of a common resource among participants of multi-user systems (servers or networks).
Tässä väitöskirjassa tutkimme useita Internetin resurssienjako-ongelmia, jotka liittyvät yhteisten resurssien käyttöön ja jakamiseen monen käyttäjän järjestelmissä.
For all kinds we suggest a separate algorithm or a modification of common reputation scheme.
Ratkaisuna ehdotamme joko uutta algoritmia tai muutoksia olemassaoleviin tunnettuihin mainejärjestelmiin.
On the one hand the multifaceted analysis allows us to select the most suited protocols among a set of various available ones based on trade-offs of optima criteria.
Tämä monikantainen analyysi mahdollistaa sopivimman protokollan valinnan, ottaen huomioon erilaiset optimointikriteerit.
We study concurrently accessible resources, which for end-users may be exclusively accessible or non-exclusively.
Tutkimme rinnakkain käytettäviä resursseja, jotka voidaan antaa käyttäjille omaan tai jaettuun käyttöön.
XML documents are becoming more and more common in various environments.
XML on yleistynyt tekstidokumenttien formaattina monessa ympäristössä.
Similar improvements are reported when related content is associated with the indexed full-text including titles, captions, and references.
Sama vaikutus on otsikkojen, kuvatekstien ja viitteiden analysoinnilla ja painotuksella.
Therefore, we focus on content that is stored in XML format as we develop such indexing methods.
Keskitymme siis XML-muodossa tallennetun sisällön indeksointiin tekstihakua varten.
As a result, we are able to both reduce the size of the index by 5-6\% and improve the retrieval precision as we select the XML fragments to be indexed.
Kun datan jättää indeksoimatta, saavutetaan n. 5-6% pienempi indeksi sekä tarkemmat hakutulokset.
The growing number of XML documents increases the importance of appropriate indexing methods and search tools in keeping the information accessible.
Dokumenttien määrän voimakas kasva korostaa indeksointi- ja hakumenetelmien tärkeyttä, koska dokumenttien sisältämä tietomäärä ei ole hallittavissa ilman tiedonhakujärjestelmää.
In particular, enterprise-scale document management is commonly centred around XML, and desktop applications as well as online document collections are soon to follow.
Erityisesti konsernitason dokumenttienhallinta perustuu juuri XML:ään, mutta myös kotikoneilla ja WWW-ympäristössä XML on yleinen tallennusmuoto sekä tekstille että datalle.
Even when we know nothing about the document structure but the XML syntax, we are able to take advantage of the XML structure when the content is indexed for full-text search.
Dokumenttiformaattina XML ei mitenkään rajoita itse tallennetun sisällön laatua, vaan XML-dokumenteista löytää kaikkea mahdollista tietokoneiden raakadatasta kaunokirjalliseen proosaan.
For example, authors often tag the content they want to emphasise by using a typeface that stands out.
Sisältö, jota kirjoittaja haluaa korostaa esim. toisella kirjasintyypillä, on erikseen merkitty XML-koodiin.
Besides being challenging, XML comes with many unexplored opportunities which are not paid much attention in the literature.
XML-dokumenteilla on myös muita ominaisuuksia, joita ei aikaisemmin ole hyödynnetty tekstin indeksointimenetelmissä.
Nonetheless, the search results seem to improve when the detected phrases are given additional weight in the index.
Antamalla sille enemmän painoarvoa indeksissä kuin korostamattomalle sisällölle, saadaan hakutuloksia ohjattua parempaan suuntaan.
Experimental results show that for certain types of document collections, at least, the proposed methods help us find the relevant answers.
Alustavien testitulosten mukaan esitetyt indeksointimenetelmät auttavat relevantin tiedon löytämisessä XML-dokumenteista.
In response to this challenge, we analyse the relation of character content and XML tags in XML documents in order to separate the full-text from data.
Yksi menetelmä datan erottamiseen tekstistä on XML-dokumenttien sisäisen rakenteen analysointi: data vaatii tiukasti säännöllisen ja määrämuotoisen rakenteen, kun taas tekstidokumenttien XML-rakenteessa on paljon vaihtelua.
The tagged content constitutes phrases that are descriptive of the content and useful for full-text search.
Korostettu sisältö on siten helppo paikallistaa.
The model proposes a clear separation of operator roles: (i) access operator, (ii) service operator, and (iii) inter-connection and roaming provider.
Mallin mukaisessa ehdotuksessa verkko-operaattorin roolit jaetaan selkeästi (i) verkko-operaattoriin, (ii) palveluoperaattoriin ja (iii) yhteys- sekä verkkovierailuoperaattoriin.
Consequently, the terminal may send and receive packets through multiple networks simultaneously.
Näin ollen päätelaite voi lähettää ja vastaanottaa tietoliikennepaketteja yhtäaikaisesti lukuisia verkkoja pitkin.
Depending on the networking environment, the mobile terminal may be attached to the network through multiple access technologies.
Verkkoympäristöstä riippuen liikkuvat päätelaitteet voivat liittyä verkkoon useiden verkkoyhteyksien kautta.
We also present results of standardization efforts in IP-based wireless architectures.
Työssä näytetään lisäksi standardointituloksia Internet-kykyisissä langattomissa arkkitehtuureissa.
Wireless network access is gaining increased heterogeneity in terms of the types of IP capable access technologies.
Erilaiset langattomat verkkoyhteydet lisääntyvät Internet-kykyisten teknologioiden muodossa.
The separation allows each type of an operator to have their own development path and business models without artificial bindings with each other.
Roolijako mahdollistaa sen, että kukin operaattorityyppi voi kehittyä itsenäisesti, ja että teennäiset verkkoteknologiasidonnaisuudet poistuvat palveluiden tuottamisessa.
We also propose minimum requirements for the new model.
Työssä esitetään myös alustava vaatimuslista ehdotetulle mallille, esimerkiksi yhteysoperaattorien laatuvaatimukset.
This dissertation addresses the introduction of IP Mobility paradigm into the existing mobile operator network infrastructure that have not originally been designed for multi-access and IP Mobility.
Käsiteltäviä verkkoinfrastruktuureita ei alun perin ole suunniteltu Internet-teknologian liikkuvuuden ja monien yhtäaikaisten yhteyksien ehdoilla.
We propose a model for the future wireless networking and roaming architecture that does not require revolutionary technology changes and can be deployed without unnecessary complexity.
Tässä työssä ehdotetaan tulevaisuuden langattomien verkkojen arkkitehtuurimallia ja ratkaisuja verkkovierailujen toteuttamiseksi.
Typically there is no economical reason to replace the existing infrastructure when building a new one.
Olemassa olevaa verkkoinfrastruktuuria ei kaupallisista syistä kannata korvata uudella teknologialla yhdellä kertaa, vaan vaiheittainen siirtymävaihe kestää tyypillisesti useita vuosia.
The recent success of multi-radio terminals drives both building a new infrastructure and implicit deployment of heterogeneous access networks.
Useita radioteknologioita (kuten WLAN, GSM ja UMTS) sisältävien päätelaitteiden (kuten älypuhelimet ja kannettavat tietokoneet) viimeaikainen kaupallinen menestys edesauttaa uuden verkkoinfrastruktuurin rakentamista, sekä mahdollisesti johtaa verkkoteknologioiden kirjon lisääntymiseen.
We present the state of the art of IP Mobility.
Väitöskirja esittelee myös liikkuvien Internet-teknologioiden viimeisimmän kehityksen.
The access network heterogeneity is an outcome of incremental and evolutionary approach of building new infrastructure.
Lukuisten eri teknologioiden päällekkäinen käyttö johtuu vähitellen ja tarpeen mukaan rakennetusta verkkoinfrastruktuurista.
IP-based mobility across different access networks may involve both horizontal and vertical handovers.
Internet-kykyiset päätelaitteet voivat liikkua joko saman verkkoteknologian sisällä tai eri verkkoteknologioiden välillä.
Computing the Stochastic Complexity of Simple Probabilistic Graphical Models
Tässä väitöskirjassa esitetään tehokkaita normalisoidun suurimman uskottavuuden laskentamenetelmiä kolmelle yksinkertaiselle graafisiin malleihin kuuluvalle mallityypille.
Minimum Description Length (MDL) is an information-theoretic principle that can be used for model selection and other statistical inference tasks.
Yksi mallinvalintamenetelmistä on informaatioteoriaan pohjautuva, erityisesti lyhimmän kuvauspituuden periaatteeseen ja stokastisen kompleksisuuden käsitteeseen pohjautuva normalisoidun suurimman uskottavuuden kriteeri.
None of the presented algorithms rely on asymptotic analysis and with the first two model classes we also discuss how to compute exact rational number solutions.
Nämä mittarit, joita kutsutaan mallinvalintakriteereiksi, ovat yleisiä mallijoukosta riippumattomia periaatteita, joskin ne joudutaan käytännössä usein sovittamaan tiettyyn mallijoukkoon soveltuviksi.
There are various ways to use the principle in practice.
Koneoppimismenetelmät sisältävät useita erilaisia mittareita mallien hyvyyden määrittämiseksi.
The dissertation then proposes an information theoretic criterion that avoids the problem.
Uusi tapa perustuu informaatioteoriaan, eikä se vaadi aineistoa edeltävien ennakkokäsitysten määrittelyä.
This doctoral dissertation introduces an algorithm for constructing the most probable Bayesian network from data for small domains.
Tässä väitöskirjassa esitetään menetelmä todennäköisimmän verkon löytämiseksi.
The algorithm is used to show that a popular goodness criterion for the Bayesian networks has a severe sensitivity problem.
Bayesverkko on havainnollinen verkkokaavio, jossa verkon solmut kuvaavat ongelmakentän asioita ja solmujen väliset kaaret kuvaavat asioiden välisiä tilastollisia yhteyksiä.
This problem is important as the direct measurement of haplotypes is difficult, whereas the genotypes are easier to quantify.
Haplotyyppien mittaaminen suoraan on vaikeaa, mutta genotyypit ovat helpommin mitattavia.
Haplotypes are the key-players when studying for example the genetic causes of diseases.
Haplotyyppiaineistoja käytetään yleisesti esimerkiksi genettisten tautien tutkimiseen.
Computational Techniques for Haplotype Inference and for Local Alignment Significance
Laskennallisia menetelmiä haplotyypien ennustamiseen ja paikallisten rinnastusten merkittävyyden arviointiin
Unlike the previous methods, the presented framework is not affeced by so-called edge-effects and can handle gaps (deletions and insertions) without troublesome sampling and curve fitting.
Lähestymistavan etuna on, että sen avulla rinnastuksen aukot (poistot ja lisäykset) voidaan mallintaa suoraviivaisella tavalla.
HIT (Haplotype Inference Technique) uses a hidden Markov model for haplotypes and efficient algorithms are presented to learn this model from genotype data.
Näistä tarkin menetelmä, nimeltään BACH, käyttää vaihtuva-asteista Markov-mallia ja bayesilaista tilastotiedettä haplotyyppien ennnustamiseen genotyyppiaineistosta.
In this thesis, a general framework is sketched that allows one to compute a tight upper bound for the p-value of a local pairwise alignment score.
Väitöskirjan menetelmä paikallisten rinnastusten merkittävyyden laskemiseksi laskee sekvenssien paikalliselle rinnastukselle odotusarvon, joka antaa yleisesti käytettävälle p‐arvolle tiukan ylärajan.
In this thesis, three methods are presented for the haplotype inference problem referred to as HaploParser, HIT, and BACH.
Tässä väitöskirjassa esitetään kolme menetelmää haplotyypien määritykseen.
This thesis which consists of an introduction and four peer-reviewed original publications studies the problems of haplotype inference (haplotyping) and local alignment significance.
Tässä väitöskirjassa esitetään uusia, tarkkoja ja tehokkaita laskennallisia menetelmiä populaation haplotyyppien ennustamiseen genotyypeistä sekä sekvenssien paikallisten rinnastusten merkittävyyden arviointiin.
The model structure of HIT is analogous to the mosaic model of HaploParser with founder haplotypes.
Tämä kytkentä näkyy haplotyyppijonojen lokaalina samankaltaisuutena.
Haplotype inference is a computational problem where the goal is to estimate haplotypes from a sample of genotypes as accurately as possible.
Syötteenä ongelmassa on siis näyte tietyn populaation genotyypeistä, joista tulisi ennustaa haplotyypit jokaiselle näytteen yksilölle.
HaploParser is based on a combinatorial mosaic model and hierarchical parsing that together mimic recombinations and point-mutations in a biologically plausible way.
Organismin genomi on yleensä koodattu solun sisään DNA:han, yksinkertaistaen jonoon (sekvenssiin) emäksiä A, C, G ja T. Genomi on jäsentynyt kromosomeihin, jotka sisältävät tietyissä paikoissa esiintyviä muutoksia, merkkijaksoja.
Local alignment significance is used routinely for example in homology searches.
Paikallista rinnastusta käytetään esimerkiksi etsittäessä eri organismien genomien sekvensseistä samankaltaisia kohtia, esimerkiksi vastaavia geenejä.
Similarity of sequences is measured by their best local alignment score and from that, a p-value is computed.
Paikallisen rinnastuksen hakualgoritmit löytävät vain samankaltaisimman kohdan, mutta eivät kerro, onko löydös tilastollisesti merkittävä.
BACH (Bayesian Context-based Haplotyping) utilizes a context tree weighting algorithm to efficiently sum over all variable-length Markov chains to evaluate the posterior probability of a haplotype configuration.
Haplotyyppi on yksilön tietyissä paikoissa esiintyvien merkkijaksojen jono tietyssä kromosomiparin kromosomissa.
Algorithms are presented that find haplotype configurations with high posterior probability.
Vaikka malli on yksinkertainen, empiirisissä testeissä menetelmän antaman odotusarvon yksinkertainen johdannainen osoittautuu sangen tarkaksi p‐arvon estimaatiksi.
The problems studied here belong to the broad area of bioinformatics and computational biology.
Menetelmän malli pystyy mallintamaan tarkasti geneettistä kytkentää eli fyysisesti lähekkäin sijaitsevien merkkijaksojen riippuvuutta.
Textual question answering systems are an important research problem because as the amount of natural language text in digital format grows all the time, the need for novel methods for pinpointing important knowledge from the vast textual databases becomes more and more urgent.
Tekstuaaliset kysymysvastausjärjestelmät ovat tärkeä tutkimusongelma, sillä digitaalisessa muodossa olevien tekstidokumenttien määrä lisääntyy jatkuvasti.
A textual question answering system is a system that seeks answers to natural language questions from unstructured text.
Tekstuaalinen kysymysvastausjärjestelmä on tietokoneohjelma, joka vastaa käyttäjän esittämiin kysymyksiin tekstidokumenteista eristämillään vastauksilla.
In this thesis we present and evaluate two pattern matching based methods for answer extraction in textual question answering systems.
Väitöskirjassa on kehitetty kaksi uutta menetelmää vastausten eristämiseksi tekstistä ja tekstuaalinen kysymysvastausjärjestelmä, joka käyttää molempia menetelmiä.
Publicly available datasets in English are used as training and evaluation data for the methods.
Menetelmät on arvioitu julkisesti saatavilla olevalla testidatalla.
The the new methods developed in this thesis require no manual creation of answer extraction patterns.
Oppivuudella tarkoitetaan sitä, että vastausten eristämiseen käytettäviä hahmoja ei tarvitse ohjelmoida, vaan ne tuotetaan automaattisesti esimerkkidatan perusteella.
We concentrate on developing methods for the automatic creation of answer extraction patterns.
Oppivuudella tehostetaan uusien kysymysvastausjärjestelmien kehittämistä.
Methods for Answer Extraction in Textual Question Answering
Väitöskirjassa kehitetyt vastauksen eristämismenetelmät ovat oppivia.
However, most answer extraction methods in the question answering systems tested with the same dataset are both hand crafted and based on a system-specific and fine-grained question classification.
Tässä väitöskirjassa kehitetyt menetelmät ovat sovellettavissa sekä avoimen että rajatun aihepiirin kysymysvastausjärjestelmiin.
As a source of knowledge, they require a dataset of sample questions and answers, as well as a set of text documents that contain answers to most of the questions.
Nämä järjestelmät käsittelevät automaattisesti osan asiakkaiden yritykselle osoittamista kysymyksistä tai toimivat asiakasneuvojan apuvälineenä hänen etsiessään tietoa asiakkaan kysymykseen.
The pattern matching based approach chosen is interesting because of its language and application independence.
Tehokas järjestelmäkehitys on erityisen tärkeää silloin kun järjestelmästä tarvitaan useita kieliversioita.
The main conclusions of the research are that answer extraction patterns consisting of the most important words of the question and of the following information extracted from the answer context: plain words, part-of-speech tags, punctuation marks and capitalization patterns, can be used in the answer extraction module of a question answering system.
Ensimmäiset järjestelmät osasivat vastata suppeaan joukkoon määrämuotoisia kysymyksiä, jotka koskivat jotakin tarkasti rajattua aihepiiriä kuten pesäpallotuloksia.
The Minimum Description Length (MDL) principle is a general, well-founded theoretical formalization of statistical modeling.
Lyhimmän kuvauspituuden (MDL) periaate on yleinen, teoreettisesti ja intuitiivisesti mielekäs lähestymistapa tähän ongelmaan.
We also show how these techniques can be used to apply MDL in two practical applications: histogram density estimation and clustering of multi-dimensional data.
Näiden laskennallisten tulosten käyttökelpoisuus osoitetaan soveltamalla menetelmiä kahteen käytännölliseen ongelmaan: histogrammi-muotoisten tiheysfunktioiden estimointiin ja kasauma-analyysiin.
In this doctoral dissertation, we present mathematical techniques for computing NML efficiently for some model families involving discrete data.
Väitöskirjassa esitetään tehokkaita laskentatapoja NML-jakaumalle kahden tärkeän malliperheen tapauksessa.
The most important notion of MDL is the stochastic complexity, which can be interpreted as the shortest description length of a given sample of data relative to a model class.
Yksi laskennallisen mallinnuksen keskeisistä ongelmista on mallinvalinta, jossa tehtävänä on valita joukosta kilpailevia matemaattisia malleja se, joka selittää annetun aineistojoukon parhaiten.
The latest instantation is based on the so-called Normalized Maximum Likelihood (NML) distribution which has been shown to possess several important theoretical properties.
Modernein formaali versio MDL-periaatteesta perustuu normalisoidun suurimman uskottavuuden (NML) jakaumaan, jonka laskeminen on matemaattisesti haastava ongelma.
The creation of this map contributed to the development of ArrayExpress by identifying and retrofitting the previously unusable and missing data and by improving the access to its data.
Tämän kartan luominen auttoi osaltaan ArrayExpressin kehittämisessä parantamalla tiedon saatavuutta tutkijoille ja korjaamalla tiedossa olevia virheitä.
It also contributed to creation of several new tools for microarray data manipulation and establishment of data exchange between GEO and ArrayExpress.
Se oli myös mukana kehittämässä laskennallisia välineitä DNA-sirudatan manipulointiin ja GEOn ja ArrayExpressin välisen tiedon vaihdon luomisessa.
The map is constructed from gene expression data from the two largest public microarray data repositories, GEO and ArrayExpress.
Kartta on luotu yhdistämällä tietoa kahdesta maailman suurimmasta DNA-sirutietokannasta (GEO ja ArrayExpress).
This thesis introduces a human transcriptome map of different biological entities and analysis of its general structure.
Tämä väitöskirja esittelee ihmisen geeniaktiviteetin tutkimukseen käytettävää karttaa sadoista solu- ja kudostyypeistä ja tarkastelee sen rakennetta.