natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Differentially methylated gene promoter regions between the Ewing sarcoma cell lines and the patient tumour samples were 56.
Eri tavalla metyloituneita geenien promoottorialueita oli Ewing sarkooma solulinjojen ja potilas kasvainnäytteiden välillä 56.
By comparing the methylation level of the DNA in gene promoter regions in ESFT cancer cells to the methylation level of DNA in gene promoter regions in normal cells it could be possible to discover genes and signalling pathways that are important in the development of ESFT and that could be potential drug target molecules.
Vertaamalla Ewing sarkooma perheen kasvaimien syöpäsolujen geenien promoottorialueiden DNA:n metylaatiotasoa normaalin solun geenien promoottorialueiden DNA:n metylaatiotasoon voisi olla mahdollista löytää geenejä ja signaalireittejä, jotka ovat tärkeitä Ewing sarkooma perheen kasvaimien synnyssä ja ne voisivat olla myös mahdollisia lääkekohdemolekyylejä.
The log2 fold change value was also calculated between the Ewing Sarcoma cell line cancer samples and the Ewing Sarcoma patient tumor samples.
Log2ratio arvon muutos laskettiin myös Ewing sarkooma solulinjojen ja Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteiden välille.
Genome-wide measurement of the DNA methylation levels at the gene promoter areas showed that the Ewing sarcoma cell lines had more DNA methylation at the gene promoter regions than the patient tumour samples and the normal reference sample.
Genomin laajuinen geenien promoottorien DNA metylaatiotason mittaus osoitti, että Ewing sarkooma solulinjoissa oli enemmän metylaatiota geenien promoottorialueilla kuin potilas kasvainnäytteissä ja normaalissa referenssinäytteessä.
The treatment protocol depends on the presence of tumour metastases at the time of diagnosis.
Ewing sarkooma perheen kasvaimien hoito-ohjeet riippuvat siitä, löytyykö kasvaimien etäpesäkkeitä diagnoosihetkellä.
Detection of genome-wide DNA methylation levels at the gene promoter regions in the Ewing sarcoma cell line samples and the Ewing sarcoma patient tumour samples compared to the normal reference sample was performed by averaging log2 fold change values.
Koko genomin laajuisen geenien promoottorialueiden DNA metylaatiotason määrittäminen Ewing sarkooma solulinjoista ja Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteistä verrattuna normaaliin referenssinäytteeseen suoritettiin laskemalla keskiarvo log2ratio arvojen muutoksista.
Another aim is to find gene promoter regions that are differentially methylated in the Ewing sarcoma cell line samples and the Ewing sarcoma patient tumour samples compared to the normal reference sample.
Lisäksi tavoitteena on löytää geenien promoottorialueita, jotka ovat eri tavoin metyloituneita Ewing sarkooma solulinjanäytteissä ja Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteissä verrattuna normaaliin referenssinäytteeseen.
To find gene promoter regions that were differently methylated, a log2 fold change value was calculated from the log2ratio values between the Ewing Sarcoma cell line cancer samples and the normal reference sample and between the Ewing sarcoma patient tumor samples and the normal reference sample for each gene promoter region.
Jotta saataisiin selville eri tavalla metyloituneita geenien promoottorialueita, jokaiselle geenin promoottorialueelle laskettiin log2ratio arvon muutos (=log2 fold change value) sekä Ewing sarkooma solulinjanäytteiden ja normaalin referenssinäytteen välille, että Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteiden ja normaalin referenssinäytteen välille.
The patient tumour samples showed less DNA methylation at the gene promoter regions compared to the Ewing sarcoma cell lines and the normal reference sample.
Potilas kasvainnäytteissä oli vähiten geenien promoottorialueiden metylaatiota verrattuna Ewing sarkooma solulinjoihin ja normaaliin referenssinäytteeseen.
The aim of this study is to find out the genome-wide gene promoter DNA methylation status in Ewing sarcoma cell line samples and Ewing sarcoma patient tumour samples compared to a normal reference sample.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on määrittää koko genomin laajuisesti geenien promoottorialueiden DNA:n metylaatiotaso Ewing sarkooma solulinjanäytteissä ja Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteissä verrattuna normaaliin referenssinäytteeseen.
The same calculation method was used to detect the differences in the genome-wide DNA methylation levels at the gene promoter regions between the Ewing sarcoma cell lines and the Ewing Sarcoma patient tumour samples.
Samaa laskukaavaa käytettiin selvitettäessä koko genomin laajuisen geenien promoottorialueiden DNA metylaatiotason muutos Ewing sarkooma solulinjanäytteissäverrattuna potilas kasvainnäytteisiin Tulokset Geenien promoottorialueiden DNA:n metylaatiotasoissa Ewing sarkooma solulinjojen, Ewing sarkooma potilas kasvainnäytteiden ja normaalin referenssinäytteen välillä löytyi eroja.
Differentially methylated gene promoter regions between the Ewing sarcoma cell lines and the reference sample were found 16.
Eri tavalla metyloituneita geenien promoottorialueita oli Ewing sarkooma solulinjanäytteissä verrattuna normaaliin referenssinäytteeseen 16 kappaletta.
Visualization of the DNA methylation data was performed by using Chipster analysis software provided by CSC. To measure the level of DNA methylation at the gene promoter regions, a log2ratio value was calculated for every gene promoter region in all the sample types.
Jokaisen näytetyypin, solulinja-, kasvain- ja referenssinäytteen, jokaiselle geenin promoottorialueelle laskettiin log2ratio arvo, joka kuvasti geenin promoottorialueen metylaatiotasoa.
Antibiotic resistance tends to increase after the use of antibiotics.
Antibioottiresistenssillä on taipumus lisääntyä antibioottien käytön seurauksena.
When antibiotic use disrupts the gut microbiota, the changes can persist for years.
Kun antibioottien käyttö häiritsee suolistomikrobiotaa, muutokset voivat kestää vuosien ajan.
If so, the follow-up questions would be how much change in the abundance of bacteria is due to the use of certain antibiotics and how much is caused by environmental factors.
Mikäli näin on, jatkokysymyksiä ovat, kuinka paljon bakteerin runsauden muutos johtuu tiettyjen antibioottien käytöstä ja kuinka paljon vaikuttavat ympäristötekijät.
Multivariate analysis did not give any strong suggestions of definite biologically meaningful differences between the study groups.
Monimuuttuja-analyysit eivät tuottaneet mitään vahvaa näyttöä siitä, että tutkittujen ryhmien välillä olisi biologisesti merkittävää eroa.
Next-generation sequencing techniques have enabled studying also those microbe species that cannot be cultured at the moment.
Uuden sukupolven sekvensointitekniikat ovat mahdollistaneet myös sellaisten mikrobilajien tutkimuksen, joita ei tällä hetkellä pystytä viljelemään.
Metagenomics provides information on all genetic material collected from a given environment and enables searching for any sequences of interest within it, e.g. ARG sequences.
Metagenomiikka tarjoaa tietoa kaikesta tietystä elinympäristöstä kerätystä geneettisestä materiaalista ja mahdollistaa minkä tahansa kiinnostavien sekvenssien (esim. ARG-sekevenssit) etsimisen siitä.
While this study did not concentrate its efforts into finding novel ARGs, the metagenomics dataset could also in the future be applied for that purpose.
Siinä missä tämä tutkimus ei keskittynyt etsimään uusia resistenssigeenejä, käytettyä metagenomidataa voitaisiin tulevaisuudessa soveltaa myös siihen tarkoitukseen.
Understanding the composition, functions and the causes and effects of changes in the microbiota is invaluable for understanding diseases that are connected to the microbiota and developing better treatments to the diseases.
Mikrobiotan koostumuksen, toimintojen sekä sen muutosten syiden ja seurauksien ymmärtäminen on tärkeää siihen yhteydessä olevien sairauksien ymmärtämiseksi ja parempien hoitokeinojen kehittämiseksi.
The human gut is inhabited by gut microbiota, a complex and diverse ecological community of trillions of microbes that affect both the normal human physiology and countless disease states and susceptibilities.
Ihmisen suolistomikrobiota on monimutkainen ja monimuotoinen biljoonien mikrobien ekologinen yhteisö, joka vaikuttaa niin ihmisen normaaliin fysiologiaan kuin lukuisiin sairauksiin ja sairausalttiuksiinkin.
In the light of an ongoing, unpublished epidemiological study of the connection between PD and the use of antibiotics it would seem that only three ARGs (msrB, mefC and dfrE) might be somehow relevant in PD development, but their effects, if any, are most likely minor.
Meneillään olevan, vielä julkaisemattoman epidemiologisen PD:n ja antibioottien yhteyttä selvittävän tutkimuksen valossa vain kolmella ARG:llä (msrB, mefC ja dfrE) näyttäisi olevan jonkinlaista merkitystä PD:n kehittymisessä, mutta niiden vaikutukset, mikäli niitä on, ovat mitä todennäköisimmin vähäisiä.
BepE, cmeA, cmlv, dfrE, mefC, msrB, opcM, oprM and RbpA seemed to have increased abundance, and arnC, BN537_02049, dfrK, mgrA, murA, tet35 and tetT were suggested to have decreased abundance in PD patients compared to the healthy controls.
BepE, cmeA, cmlv, dfrE, mefC, msrB, opcM, oprM ja RbpA -geenien runsauden havaittiin kasvaneen, ja arnC, BN537_02049, dfrK, mgrA, murA, tet35 ja tetT -geenien runsauden todettiin vähentyneen PD-sairaissa verrattuna terveisiin.
The development of Parkinson’s disease (PD) is suspected to begin in the enteric nervous system and spread from there toward the central nervous system.
Parkinsonin taudin (Parkinson’s disease, PD) kehittymisen oletetaan alkavan enteerisestä (ruoansulatuskanavaa ohjaavasta) hermostosta ja etenevän sieltä kohti keskushermostoa.
Behind the variability are e.g. the person’s age, genetics, diet, environment, and especially diseases and the use of antibiotics.
Suolistomikrobiotassa on ihmisten välillä yksilöllisiä eroja ja siinä tapahtuu ajan kuluessa muutoksia, joiden takana ovat esim. henkilön ikä, genetiikka, ruokavalio, ympäristö ja erityisesti sairaudet ja antibioottien käyttö.
The change in the abundance of a certain ARG could reflect change in the abundance of the bacteria carrying that resistance gene.
Muutos tietyn ARG:n runsaudessa voi heijastella muutosta niiden bakteerien runsaudessa, jotka ko. resistenssigeeniä kantavat.
The statistical data analyses, including alpha diversity, multivariate analyses, and differential abundance analysis, were performed with the R statistical programming language in RStudio.
Tilastollinen analyysi (alfadiversiteetti, monimuuttuja-analyysi ja runsausanalyysi) suoritettiin R-ohjelmointia RStudiossa käyttäen.
Since antibiotic resistance in bacterial pathogens is considered a major health threat, the characterization of the human gut resistome (the antibiotic resistance genes (ARGs) found in the gut microbiota) is of great medical interest.
Koska patogeenisten bakteerien antibioottiresistenssiä pidetään merkittävänä terveysuhkana, ihmisen suolistoresistomin (suolistomikrobiotasta löytyvät antibioottiresistenssigeenit eli ARG:t) luonnehdinta on lääketieteen kannalta erittäin kiinnostavaa.
Antibiotic Resistance Genes in Human Gut Microbiota
Ihmisen suolistomikrobiotan antibioottiresistenssigeenit
DeepARG found 840 different ARGs in 192 samples.
DeepARG löysi 192 näytteestä 840 erilaista antibioottiresistenssigeeniä, jotka kuuluivat 29 eri ARG-luokkaan.
The results of this thesis study are later to be combined with and further studied alongside information coming from ongoing studies on antibiotics use in general population and in PD patients.
Tämän tutkimuksen tulokset yhdistetään myöhemmin tietoon, jota saadaan meneillään olevista antibioottien käyttöä väestössä ja PD-potilailla selvittävistä tutkimuksista.
These ARGs do not appear interconnected in any other way except for some sharing antibiotic types to which they offer resistance, and some having similar resistance mechanisms.
Nämä ARG:t eivät vaikuta liittyvän toisiinsa muuten kuin siten, että osalla on keskenään sama resistenssin kohde tai resistenssimekanismi.
The alpha diversity analysis showed a small estimated difference between PD and control groups indicating a possible slightly higher ARG diversity in the PD group.
Alfadiversiteettianalyysi osoitti pienen arvioidun eron PD- ja kontrolliryhmien välillä, mikä tarkoittaa, että ARG-monimuotoisuus on mahdollisesti hieman korkeampi PD-sairaiden keskuudessa kuin terveillä henkilöillä.
The use of antibiotics could be linked to PD through their effects on gut microbiota, and since these effects are modified by the gut resistome, the aim of this study was to find gene sequences coding antibiotic resistance in human gut metagenomics data originating from stool samples of PD patients and healthy controls, and to find out potential differences in the occurrence of antibiotic resistance genes in the gut microbes of the two study groups.
Antibioottien käyttö saattaa liittyä PD:n kehittymiseen suolistomikrobiotavaikutusten kautta, ja koska suolistoresistomi muokkaa näitä vaikutuksia, tämän tutkimuksen tarkoituksena oli etsiä antibioottiresistenssigeenejä koodaavia sekvenssejä ihmisen suoliston metagenomidatasta, joka oli peräisin PD-sairaiden ja terveiden kontrollien ulostenäytteistä.
Bacitracin, fosfomycin and polymyxin classes showed decrease and chloramphenicol, fosmidomycin, puromycin, rifampin and sulfonamide classes showed increase in abundance in PD compared to controls.
Basitrasiini-, fosfomysiini- ja polymyksiiniluokat osoittivat alentunutta ja kloramfenikoli-, fosmidomysiini-, puromysiini-, rifampisiini- ja sulfonamidiluokat lisääntynyttä runsautta PD-sairaissa verrattuna terveisiin.
Eight ARG classes were shown to have differential abundance between PD patients and healthy controls.
Kahdeksan ARG-luokan runsauden osoitettiin poikkeavan toisistaan PD-sairaiden ja terveiden välillä.
It also remains to be studied whether specific antibiotics associated with the ARGs that in this study showed differential abundance in PD patients and healthy controls might have an actual role in PD development.
Vaatii myös lisätutkimusta selvittää, onko tässä tutkimuksessa kiinnostaviksi osoittauneihin resistenssigeeneihin assosioituneilla antibiooteilla todellinen rooli PD:n kehittymisessä.
DeepARG was the chosen method for searching antibiotic resistance gene sequences in the metagenomics data.
ARG-sekvenssien etsimiseen metagenomidatasta käytettiin DeepARG-ohjelmaa.
16 ARGs were deemed differentially abundant in the study groups.
16 ARG:n runsauden havaittiin poikkeavan toisistaan PD-sairaiden ja terveiden välillä.
Insects of marine environments
Meriympäristöjen hyönteiset
Such a multi-faceted review of the topic has not previously been written.
Vastaavaa monitahoista katsausta aiheeseen ei ole aiemmin tehty.
The ocean covers over 70 % of the earths surface, but less than 2 000 marine insect species are known.
Vaikka meret kattavat maapallon pinta-alasta yli 70 %, mereisiä hyönteisiä tunnetaan alle 2 000 lajia.
However, approximately 90 % of the over 1 000 000 insect species described are terrestrial.
Yli 1 000 000 tunnetusta hyönteislajista n. 90 % on kuitenkin terrestrisiä.
Due to their vast biodiversity, insects are found in almost every environment.
Valtavan monimuotoisuuden ansiosta hyönteisiä löytyy lähes kaikenlaisista ympäristöistä.
Marine species have emerged in several insect clades and these species have adapted to their environment in numerous ways.
Mereisiä lajeja on syntynyt monessa hyönteisten kehityslinjassa, ja nämä lajit sopeutuvat ympäristöönsä lukuisin eri tavoin.
Insects (Insecta) are the most species-rich class of organisms on earth.
Hyönteiset (Insecta) ovat tunnetulta lajistoltaan maapallon runsaslukuisin luokka.
In addition, seven insect orders are noted to include an unknown number of marine species.
Näiden lisäksi seitsemästä lahkosta tavataan tuntematon määrä mereisiä lajeja.
Even though marine habits are uncommon among insects, they are not unheard of.
Vaikka mereisyys on lahkossa poikkeuksellista, ei se ole läheskään ennenkuulumatonta.
Later on, possible factors to prevent a similarily successful diversification in marine environments are presented, such as issues with osmoregulation and breathing systems, the typical features of insect reproduction and life cycles, and the fact that transitions between physically contrasting habitats are rare.
Työn loppupuolella siirrytään tarkastelemaan tekijöitä, jotka ovat estäneet vastaavan rikastumisen merissä, kuten osmoottiseen säätelyyn ja hengitysjärjestelmiin liittyvät ongelmat, hyönteisten lisääntymisen ja elinkierron ominaispiirteet, sekä yksinkertaisesti se, että siirtymät fysiologisesti erilaisten habitaattien välillä ovat harvinaisia.
The first aim of this review is to catalogue all insect taxons containing marine species, and to examine the habitat choices and ecology of these species.
Katsauksen ensimmäinen tavoite on määritellä ja listata hyönteistaksonit, jotka sisältävät mereisiä lajeja, sekä tarkastella näiden lajien habitaattivalintoja ja elintapoja.
Based mostly on WoRMS, the number of marine insect species is determined to be 1 318, divided between 10 insect orders.
Pääasiassa WoRMS-tietokannan perusteella mereisiksi on määritelty 1 318 hyönteislajia kymmenestä lahkosta.
The second aim of this review is to investigate the lack of insects in marine environments as a phenomenon.
Katsauksen toinen tavoite on käsitellä mereisten hyönteisten vähäisyyttä ilmiönä.
The groundwork is laid at the beginning of the review with an examination of why and how insects have diversified so successfully.
Aiheen pohjustamiseksi lukijalle selvitetään työn alussa miksi ja miten hyönteisten valtava lajirikkaus on syntynyt.
As well as examining marine insect biodiversity order-by-order, this work considers the littoral and pelagic habitats in which marine insects live, and the adaptations that are required of insects living in these environments.
Lajiston lahkokohtaisen tarkastelun lisäksi työssä käydään läpi mereisten hyönteisten asuttamat elinympäristöt litoraalissa ja pelagiaalissa, ja millaisia sopeumia näissä ympäristöissä eläminen hyönteisiltä vaatii.
Ultimately insect species in the oceans are few, because insects are a terrestrial evolutionary branch of Pancrustacea.
Pohjimmiltaan mereisten hyönteislajien vähäisyys johtuu siitä, että hyönteiset ovat Pancrustacea-kladin maalle suuntautunut kehityslinja.
For this purpose, marine insect species have been researched using the World Register of Marine Species (WoRMS) and reference literature, as well as reviews and other articles.
Tässä tarkoituksessa mereisten hyönteisten lajikirjo ja elintavat on kartoitettu World Register of Marine Species -tietokannan (WoRMS), sekä mereisiä hyönteisiä käsittelevien yleisteosten, katsausartikkeleiden ja tutkimusartikkeleiden avulla.
This work will hopefully offer a point of reference for more detailed future studies and reviews of marine insect biodiversity and the factors that have led to the near-exclusion of insects from the seas.
Tämä katsaus tarjoaa toivottavasti tulevaisuudessa perustan tarkemmille selvityksille mereisestä hyönteislajistosta, sekä mereisten hyönteisten vähäisyyttä selittävistä tekijöistä.
Pertaining to this the evolutionary history of insects, which has produced the aforementioned features impeding radiation to the seas is also explored.
Tätä varten käydään läpi myös hyönteisten kehityshistoria, jonka tuloksena lahkon levittäytymistä meriin haittaavat ominaisuudet ovat syntyneet.
The purpose of this thesis is to give the reader a comprehensive understanding of marine insect biodiversity and what has caused its sparceness in the seas.
Tämän työn tarkoitus on antaa mahdollisimman kokonaisvaltainen käsitys mereisestä hyönteislajistosta, sekä tekijöistä, jotka ovat aiheuttaneet hyönteisten vähäisyyden merissä.
For the purposes of further analyses and research on the radiation and biodiversity of marine insects, further surveying of the species and their habits and adaptations is recommended.
Hyönteisten levittäytymistä meriin koskevien jatkoselvitysten ja analyysien kannalta mereiset hyönteislajit, sekä niiden elintavat ja sopeumat meriympäristöihin tulisi kartoittaa vielä yksityiskohtaisemmin.
Banded mongooses are small co-operatively breeding mammals living in family groups of 10-30 individuals across sub-Saharan Africa.
Seepramangustit ovat pieniä yhteispesiviä nisäkkäitä, jotka elävät 10-30 lähisukuisen yksilön laumoissa Saharan eteläpuolisessa Afrikassa.
Breeding is extremely synchronized within groups and in most cases all pregnant females give birth on the same day.
Lisääntyminen ryhmien sisällä on erittäin synkronoitua, ja useimmissa tapauksissa kaikki raskaana olevat naaraat synnyttävät poikasensa saman vuorokauden aikana.
Early life conditions have long-term effects on the fitness and survival of individuals.
Varhaisen elämän aikaisilla olosuhteilla on pitkäaikaisia vaikutuksia yksilöiden selviytymiseen ja kelpoisuuteen.
Foetal development is an especially crucial period and even small changes may have large impacts on the development of individuals.
Yksilönkehitys on erityisen herkkä ajanjakso, ja pienilläkin muutoksilla on suuria vaikutuksia yksilön kasvuun ja kehitykseen.
Adults escort the pups until three months of age, providing the pup with food, grooming and protection.
Aikuiset saattavat poikasia noin kolmen kuukauden ikään saakka tarjoten poikaselle muun muassa ruokaa ja suojaa.
When the competition faced by breeding females is more intense, they compensate by investing more resources to their foetuses, making them bigger.
Kun lisääntymiskilpailu naaraiden kesken on intensiivisempää, naaraat panostavat enemmän kehittyviin sikiöihinsä, jolloin niiden koko kasvaa.
I studied the effects of additional prenatal androgen exposure on weight and important life-history traits in banded mongooses (Mungos mungo) with data from a long-term study.
Tutkin ylimääräisen sikiöaikaisen hormonialtistuksen vaikutuksia painoon ja tärkeisiin kelpoisuudesta kertoviin piirteisiin seepramangusteilla (Mungos mungo), hyödyntäen pitkäaikaisessa tutkimuksessa kerättyjä tietoja.
This additional prenatal androgen exposure leads to masculinization of female features and behavior.
Ylimääräinen altistus androgeeneille johtaa naaraille tyypillisten piirteiden ja käyttäytymisen maskulinisoitumiseen.
The anogenital distance, defined as the distance between the anus and genitalia, has been used to determine the sex of young mammals since males have longer anogenital distances than females.
Anogenitaalietäisyys tarkoittaa anuksen ja genitaalien välistä etäisyyttä, ja sitä on perinteisesti käytetty nuorten nisäkkäiden sukupuolen määrittämiseen, sillä uroksen anogenitaalietäisyys on pidempi kuin naaraan.
I hypothesized that a longer anogenital distance may be an indicator of increased competitiveness in the banded mongoose.
Hypoteesini oli, että pidempi anogenitaalietäisyys kertoo poikasen kilpailukyvystä.
Using the anogenital distance as a proxy for additional prenatal androgen exposure, I measured its effects on weight at early life and maturity, the amount of care received as pups and whether the individual reproduced in its lifetime or not.
Käytin anogenitaalietäisyyttä ylimääräisen sikiöaikaisen hormonialtistuksen mittana ja tutkin sen vaikutuksia yksilön painoon nuorena ja sukukypsänä, sekä vaikutuksia poikasena saadun hoivan määrään ja elinikäiseen lisääntymismenestykseen.
An elongated anogenital distance is an indicator of additional prenatal androgen exposure in females, and in some species also in males.
Ylimääräinen sikiöaikainen androgeenialtistus aiheuttaa anogenitaalietäisyyden pidentymistä naarailla, sekä joillain lajeilla myös uroksilla.
Future research should focus on confirming the connection between additional prenatal androgen exposure and longer anogenital distance in this species, as well as assessing the effects of prenatal androgen exposure on survival, puberty and growth of especially female individuals.
Tulevaisuuden tutkimuksen tehtäväksi jää vahvistaa sikiöaikaisen hormonialtistuksen ja pidemmän anogenitaalietäisyyden yhteys seepramangusteilla, sekä tutkia tarkemmin niiden vaikutuksia etenkin naaraiden murrosikään ja hedelmällisyyteen.