natgillin/translations-raw huggingface dataset:
At present, the main stent types in clinical practice are non expandable plastic stents (NEPS) and self-expandable metallic stents (SEMS), with an up to tenfold cost for the latter.
Lisäksi leikkausta edeltävässä stenttihoidossa metalliverkkostentit eivät tuo merkittävää hyötyä halvempiin muovisiin stentteihin nähden ja vierekkäisten muovistenttien käyttö kroonisen haimatulehduksen sappitieahtaumassa on tehokas, joskin työläämpi vaihtoehto metalliverkkostentille.
There were two recurrences, but eventual stricture resolution was achieved in all patients after restenting.
Kahdella potilaalla käytettiin hyväksi jo olemassa olevaa reittiä vatsanpeitteistä sappiteihin.
However, the number of unscented patients with biliary obstruction was very small.
Muovistenttien käyttö oli kuitenkin työläämpää.
Applied to phosphate groups, we identified a surprisingly high number of phosphate non-polar replacements as well as some mechanisms allowing positively charged replacements.
Tätä fosfaattiryhmiin soveltaessani tunnistin yllättävän paljon poolittomia fosfaattiryhmän korvikkeita ja joitakin positiivisesti varautuneita korvikkeita mahdollistavia mekanismeja.
The performance of pockets estimated on apo or holo proteins is better than that previously reported in the literature (Publication I).
Apo- ja holoproteiinien taskujen ennustaminen toimii paremmin kuin alan kirjallisuudessa on aiemmin kuvattu (Julkaisu I).
This thesis is divided into five sub-projects.
Väitöskirjassa työkalut kuvataan viitenä eri alahankkeena.
PockDrug is made available through a web server, PockDrug-Server (http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr), which additionally includes many tools for protein pocket analysis and characterization (Publication II).
PockDrug on vapaasti käyttäjien saatavilla PockDrug-verkkopalvelimelta (http://pockdrug.rpbs.univ-paris-diderot.fr), jossa on lisäksi useita työkaluja proteiinin sitoutumiskohdan analyysiin ja karakterisointiin (Julkaisu II).
This thesis presents the development of computational methods and tools using as input three-dimensional structures data of protein-ligand complexes.
Tässä väitöskirjassa esitetään tietokoneavusteisia menetelmiä ja työkaluja, jotka perustuvat proteiini-ligandikompleksien kolmiulotteisiin rakenteisiin.
I investigated the prevalence of salt bridges at protein-ligand complexes in the PDB for five basic functional groups.
Tutkin PDB:n proteiini-ligandikompleksien suolasiltojen yleisyyttä viidelle emäksiselle toiminnalliselle ryhmälle.
I developed a statistical model, PockDrug, which combines three properties (hydrophobicity, geometry and aromaticity) to predict the druggability of protein pockets, with results that are not dependent on the pocket estimation methods.
Kehitin PockDrugiksi kutsumani tilastollisen mallin, joka yhdistää kolme ominaisuutta – hydrofobisuuden, geometrian ja aromaattisuuden – proteiinitaskujen lääkekehityskohteeksi soveltuvuuden ennustamista varten siten, että tulokset ovat riippumattomia sitoutumistaskun sijoitusmenetelmästä.
In addition, we observed that ligands adopted a U-shape conformation at nucleotide binding pockets across phylogenetically unrelated proteins (Publication III).
Lisäksi havaitsin, että ligandit omaksuivat U muotoisen konformaation fylogeneettisesti riippumattomien proteiinien nukleotidien sitoutumistaskuissa (Julkaisu III).
I developed a customizable computational workflow based on the superimposition of homologous proteins to mine the structural replacements of functional groups in the Protein Data Bank (PDB).
Kehitin myös muokattavissa olevan tietokoneavusteisen prosessin, joka perustuu samankaltaisten proteiinien päällekkäin asetteluun, louhiakseni Protein Data Bankista (PDB) toiminnallisten ryhmien rakenteellisia korvikkeita.
The tool was applied to analyse the docking poses of active ligands at the orexin-1 and orexin-2 receptors found as a result of a combined virtual and experimental screen (Publication V).
Työkalua sovellettiin oreksiini-1- ja oreksiini-2-reseptoreille yhdistetyllä virtuaalisella ja kokeellisella seulonnalla löydettyjen aktiivisten ligandien sitoutumisasentojen analyysiin (Julkaisu V).
In the absence of strong carboxylate-mediated salt bridges, the environment around the basic functional groups studied appeared enriched in functional groups with acidic properties such as hydroxyl, phenol groups or water molecules (Publication IV).
Mikäli tarkastellut emäksiset ryhmät eivät osallistuneet vahvoihin karboksylaattivälitteisiin suolasiltoihin, niiden ympäristössä vaikutti olevan runsaasti happamia toiminnallisia ryhmiä, kuten hydroksi- ja fenoliryhmiä sekä vesimolekyylejä (Julkaisu IV).
I developed a tool that allows the analysis of binding poses obtained by docking.
Lopuksi kehitin työkalun, joka mahdollistaa telakoinnista saatujen sitoutumisasentojen analyysin.
The prevalence ranges from around 70% for guanidinium to 16% for tertiary ammonium cations, in this latter case appearing to be connected to a smaller volume available for interacting groups.
Suolasiltojen yleisyys vaihteli guanidinium-ionin 70 prosentista tertiääristen ammoniumkationien 16 prosenttiin.
In addition, unpublished results about positioning water molecules in binding pockets are also presented.
Lisäksi esitetään toistaiseksi julkaisemattomia tuloksia vesimolekyylien asemoinnista proteiinien sitoutumistaskuihin.
The tool compares a set of docked ligands to a reference bound ligand (may be different molecule) and provides a graphic output that plots the shape overlap and a Jaccard score based on comparison of molecular interaction fingerprints.
Työkalu vertaa telakoitua ligandisarjaa sitoutuneeseen vertailuligandiin, joka voi olla eri molekyyli.
The tools are useful to mine, profile and predict data from protein-ligand complexes to improve the modeling and the understanding of the protein-ligand recognition.
Ne soveltuvat proteiini-ligandikompleksien rakennetiedon louhimiseen, optimointiin ja ennustamiseen.
The review of literature focusses on protein-ligand recognition, presenting different concepts and current challenges in drug discovery.
Tavoitteena on parantaa sekä mallinnusta että käsitystä proteiini-liganditunnistuksesta.
Western diet and genetic predisposition as risk factors of colon cancer
Länsimainen ruokavalio ja peritty syöpäalttius paksusuolen syövän riskitekijöinä
Moreover, methylation was found to increase in LS adenomas and carcinomas along with dysplasia.
Tutkimuksessa havaittiin metylaation lisääntymistä esiasteissa ja karsinoomissa.
CRC develops via multiple steps which involve genetic changes, such as mutations in growth-regulatory genes, and epigenetic alterations, such as CpG island hypermethylation.
Osassa paksusuolisyöpäkasvaimia havaitaan yksittäisten geenien hypermetyloitumista, osassa taas useiden geenien samanaikaista säätelyalueiden hypermetylaatiota, jota kutsutan CIMP-ilmiöksi (CpG island hypermethylator phenotype).
Lifestyle and diet have a major effect on the development of colorectal cancer (CRC).
Syövän kehittymiseen vaikuttavat perimän ohella monet elintapoihin liittyvät tekijät kuten ravitsemus ja liikunta.
It is caused by inherited defects of the DNA mismatch repair genes (MMR), which together with other genetic and epigenetic changes are known to accelerate tumorigenesis.
Syövän kehittyminen on seurausta monien geneettisten ja epigeneettisten muutosten kasautumisesta solun perimään.
However, the mechanisms that mediate the effects of Western-style diet (WD) on colorectal tumor development are largely unknown.
Suurin osa paksusuolen kasvaimista havaittiin länsimaista ruokavaliota mallintavissa ryhmissä.
Finally, proteomic data coupled with measurement of bile acids in tissue specimens indicated that WD induces downregulation of intracellular bile acid transport, resulting in disrupted bile acid homeostasis which may provide a possible mechanism underlying the tumor-promoting effects of the diet. Studies on sporadic CRC have demonstrated that promoter hypermethylation leading to gene silencing can act as an alternative mechanism to mutations in early stages of tumor development but its importance in hereditary CRC remains unknown.
Kolmannessa osatyössä syöpäalttiuteen liittyviä DNA:n metylaatiomuutoksia tutkittiin perinnölliselle paksusuolensyövälle altistuneiden mutaationkantajien (Lynchin oireyhtymä) paksusuolen tähystyksissä otetuista limakalvonäytteistä, esiasteista ja karsinoomista.
Overall, 21 out of 26 colonic tumors were detected in mice fed with WD. Proteomic analysis indicated disrupted lipid metabolism and increased oxidative stress in the normal-appearing tissue in association with WD.
Yli 50 vuotta vanhoilla henkilöillä, joilla oli diagnosoitu paksusuolen syöpä, lisääntynyt metylaatio näkyi myös normaalilimakalvolla.
These findings emphasize the importance and early appearance of epigenetic alterations in LS-associated tumorigenesis.
Jo varhaisissa esiasteissa todettiin paksusuolen syöpäkasvaimille tyypillistä CIMP-ilmiötä.
Moreover, proteome analyses revealed increased cell proliferation and decreased apoptotic processes in the normal colon mucosa of mice fed with WD, which may promote colorectal tumorigenesis.
Ensimmäisessä ja toisessa osatyössä tutkittiin paksusuolen normaalilimakalvon proteiini-ilmentymien profiilia perinnöllisen suolistosyövän hiirimallia hyödyntäen.
Results indicate that the expression of the MMR protein corresponding to the gene mutated in the germline decreases along with dysplasia but occurs as a relatively late event in the tumor progression sequence, suggesting the presence of other somatic events that drive neoplastic transformation.
Geenisäätelyyn vaikuttavia epigeneettisiä muutoksia tapahtuu suolen epiteelisoluissa jo hyvin varhaisessa syövän kehitysvaiheessa ennen varsinaisen esiasteen muodostumista.
Indeed, significant increase in the average degree of methylation of two candidate genes (SFRP1 and SLC5A8) was observed in normal colonic mucosa biopsies from patients with CRC (high-risk mucosa) when compared to those without (low-risk mucosa), indicating a possible carcinogenic field.
Paljon energiaa, tyydyttyneitä rasvoja ja punaista lihaa sekä vähän kuituja, D-vitamiinia, kalsiumia ja folaattia sisältävän länsimaisen ruokavalion (WD, Western diet) on todettu altistavan paksusuolen syövälle.
A long-term feeding experiment with mouse models for LS and sporadic CRC was conducted to characterize tumor-promoting changes in normal colonic mucosa caused by WD and/or genetic predisposition.
Tutkimuksissa havaittiin merkittäviä muutoksia paksusuolen limakalvon proteiini-ilmentymien profiilissa länsimaista ravintoa mallintavan dieettiryhmän ja verrokkiryhmän välillä.
Methylation changes at different stages of tumor progression were analyzed in relation to MMR gene expression, and normal tissue biopsies were studied for carcinogenic fields .
Geneettisellä muutoksella tarkoitetaan geenin emäsjärjestyksen rakenteellista mutaatiota, kun taas epigeneettinen muutos vaikuttaa geenien toiminnan säätelyyn DNA:n emäsjärjestyksen pysyessä ennallaan.
Dietary habits of Western populations in particular are recognized as a risk factor for CRC.
Ruokavalion tiedetään olevan ikääntymisen ohella yksi tärkeä DNA:n metyloitumiseen vaikuttava tekijä.
MMR defects are known to accelerate tumor progression in LS but the early events leading to polyp formation and the timing and order of the molecular hits remain unknown.
Geenisäätelyyn vaikuttavaa DNA:n metyloitumista tiedetään tapahtuvan suolen limakalvolla jo hyvin varhaisessa syövän kehitysvaiheessa.
The research method adopted was ethnomethodological conversation analysis.
Tutkimusmetodi on etnometodologinen keskustelunanalyysi.
Keywords: question-answer sequences, Finnish-as-foreign-language, classroom interaction, conversa-tion analysis, moral communication
Avainsanat: kysymys vastaus -sekvenssi, suomi vieraana -kielenä, luokkahuone, keskustelunanalyysi, moraalinen kommunikaatio
Student-initiated question sequences as learning potential in Finnish-as-foreign-language classes This dissertation examines sequences of student-initiated questions in classes of Finnish-as-a-foreign-language at a French university.
Opiskelijoiden aloittamat kysymyssekvenssit suomi vieraana kielenä -oppitunnin voimavarana Tutkimus käsittelee opiskelijoiden aloittamia kysymyssekvenssejä suomi vieraana kielenä -oppitunneilla.
The interactional dynamics in epistemicity, affectivity and morality creates shared learning spaces.
Vuorovaikutuksen dynamiikka, johon kuuluvat episteemisyys, tunteet ja moraali, luo oppimismahdollisuuksia kytkemällä kielen opiskelun sosiaaliseen toimintaan.
This research offers new information on the construction of intersubjectivity and its relationship to learning opportunities.
Tutkimus tuo uutta tietoa oppimistilanteiden ja intersubjektiivisuuden yhteydestä.
By posing a question the student can take the floor and introduce a topic that is personally relevant.
Kysymyksellä opiskelija osallistuu keskusteluun ja tuo esille itselleen tärkeitä asioita.
A detailed sequential analysis demonstrated that these questions also activated issues of right and wrong that were connected to social and moral order.
Analyysi osoittaa, että kysymykset aktivoivat episteemisen epäsymmetrian lisäksi väärän ja oikean tuntemuksia, joihin liittyy sosiaalinen ja moraalinen ulottuvuus.
Student questions interrupt the on-going classroom activity so that they simultaneously engage in individual epistemic search sequences and a collective knowledge co-construction.
Opiskelijan kysymys keskeyttää meneillään olevan toiminnan, luo tilanteeseen tiedollisen epäsymmetrian ja aloittaa samalla yhteisen tiedon rakentamisen.
The question sequences also provide tools that aid the students in structuring their personal linguistic understanding and in advancing their collective language learning.
Kysymyssekvenssit tarjoavat opiskelijoille mahdollisuuden jäsentää kielellistä tietämystään sekä osoittaa affektiivista asennoitumistaan.
The analysis focuses on sequences in which students express their surprise concerning a grammatical detail.
Analyysin keskiössä ovat sekvenssit, joissa opiskelijat ottavat esille hämmentävän tai epäselvän kieliopillisen yksityiskohdan.
The specific question sequences identified were those initiated by negatively formatted declaratives, adversative declaratives and question-word question that imply a contrast.
Analyysi keskittyy kausaalisiin, adversatiivisiin sekä kielteisesti muotoiltuihin kysymysrakenteisiin.
The study illustrates how these questions acquire a challenging quality and morality.
Kysymyksiä käsitellään osittain haastavina, mikä näyttäytyy moraalisena kommunikaationa.
The student s question is connected to a noticing that is based on mutually shared grammatical knowledge.
Opiskelijan kysymys kyseenalaistaa osallistujien yhteistä arviointia kontekstista eli opiskeltavasta asiasta, tietämisen tarpeesta ja yhteisen tiedon pohjasta.
Concretely, when a student asked a question, the other participants considered issues of epistemic primacy and territory, and evaluated the legitimacy of the question.
Osallistujat arvioivat kysymyksiä niiden legitiimiyden ja relevanssin kannalta, jolloin osallistujat arvioivat myös asiantuntijuutta sekä tietämisen mahdollisuuksia ja oikeutusta.
The data were videotaped during two two-week periods separated by five years.
Otoskausia oli kaksi ja ryhmiä yhteensä neljä.
The re-examination of expectations regarding linguistic issues creates opportunities to test and re-establish linguistic knowledge.
Kysymyssekvenssit ovat ympäristö, jossa osallistujat voivat testata omia odotuksiaan ja kielioppikäsityksiään sekä saavuttaa uutta ymmärrystä jostakin kieliopin yksityiskohdasta.
Nonetheless, the question sequences constitute a positive potential for the ongoing collective learning activity.
Siten ne tukevat yhdessä koettua oppimisprosessia.
The question formulations related to previous norm violations and in this sense, to moral issues.
Yksityiskohta suhteutetaan tavallisesti aiemmin opittuun eli yhteiseen tietoon.
This has meant the opening of a whole new market for many small open economies.
Tämä on avannut kokonaan uuden markkinan monelle pienelle avoimelle taloudelle.
Weakening of the krone against the euro for the past years has brought additional interest on the topic.
Viime vuosina koettu Ruotsin kruunun heikkeneminen suhteessa euroon on tuonut erityistä lisämielenkiintoa aiheeseen.
Forest industries of many forest-rich Nordic nations have traditionally been highly export oriented, where domestic demand is not sufficient to guarantee the existing production capacity.
Metsäteollisuudet monissa metsävarannoiltaan rikkaissa pohjoismaissa ovat perinteisesti olleet hyvin vientisuuntautuneita, joissa kotimainen kysyntä ei riitä kattamaan olemassa olevaa tuotantokapasiteettia.
Under these circumstances the exchange rate, the value of the domestic currency relative to that of the trading partners, becomes then one of the most important macroeconomic considerations.
Näissä oloissa valuuttakurssi, kotimaan valuutan arvo suhteessa kauppakumppanimaan valuutan arvoon, muodostuu yhdeksi tärkeimmäksi huomioon otettavaksi makroekonomiseksi tekijäksi.
Moreover, exchange rate effects, and hence exchange rate risks, have exclusively been vanished from intra-EMU trade.
Lisäksi valuuttakurssivaikutukset ja sitä myöten myös valuuttakurssiriskit ovat poistuneet kokonaan EMU:n sisäisestä kaupasta.
At the same time, a change in the business environment could have caused severe adaptation problems to some Finnish forest industry firms.
Muutos liiketoimintaympäristössä on samalla kuitenkin myös merkinnyt mahdollisia sopeutumisongelmia suomalaisille metsäteollisuusyrityksille.
Previous studies concerning Finnish forest product exports have reported the use of exchange rate changes to alter prices in the buyer’s currency, especially as a consequence of deliberate currency fixing.
Aiemmat tutkimukset koskien Suomen metsäteollisuustuotteiden vientiä ovat raportoineet valuuttakurssimuutosten käyttöä vientihinnan muuntamiseen ostajamaan valuutassa, erityisesti valuutan arvon tarkoituksellisen muuntamisen seurauksena.
Realization of the third phase of the European Economic and Monetary Union (EMU) on the beginning of 1999 merged the participating countries’ currencies into the euro at an irrevocable fixed rate, which then eliminated the possibility to independently realign the currency value.
Euroopan talous- ja rahaliiton (EMU) kolmannen vaiheen realisoituminen myötä vuoden 1999 alusta sitoi jäsenmaiden valuutat yhteiseen valuuttaan, euroon, peruuttamattomalla kiinteällä kurssilla, mikä samalla poisti mahdollisuuden itsenäiseen kurssin arvon muuntelemiseen.
The aim of the present study is to examine the effects of Finland’s EMU participation on its sawnwood exports to the main export markets in United Kingdom and Germany.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tarkastella EMU:un liittymisen vaikutuksia Suomen sahatavaran vientiin sen päämarkkinoille Iso-Britannian ja Saksaan.
Nevertheless, Swedish exporters have been able to achieve higher profits, which seems to have been an important consideration behind some recent shifts of production from Finland to Sweden.
Kuitenkin, ruotsalaiset sahatavaran viejät ovat pystyneet saavuttamaan korkeampia voittoja, mikä on osaltaan ollut vaikuttamassa viimeaikaisiin tuotannon siirtoihin Suomesta Ruotsiin.
This has meant both a more stable price for Swedish sawnwood importers and export demand faced by Swedish exporters.
Tämä on tarkoittanut sekä vakiintuneempaa hintaa sahatavaran tuojille Ruotsista että kysyntää ruotsalaisille viejille.
In the long run, firms may e.g. hedge against unfavourable currency fluctuations or anticipate future currency developments and stipulate them in their long-term sales contracts.
Pidemmällä aikavälillä yritykset voivat esimerkiksi suojautua epäedullista valuuttakurssikehitystä vastaan tai ottaa huomioon ennustetun kehityksen pitkäaikaisissa myyntisopimuksissa.
As Finland’s most important competitor Sweden decided to remain outside the monetary union, it was chosen to serve as a reference point for the possible effects the loss of an independent monetary policy has had.
Johtuen Suomen tärkeimmän kilpailijamaan, Ruotsin, jättäytymisestä rahaliiton ulkopuolelle, päätettiin sen sahateollisuuden viennin kehitystä käyttää referenssinä itsenäisen rahapolitiikan menettämisen seurausten arvioimiseen.
Firms also have the possibility to act strategically by absorbing some or all of a currency change in export prices and this way affecting traded quantities.
Viejäyritykset voivat myös toimia strategisesti absorboimalla osan tai koko valuuttakurssimuutoksen vientihintaan ja näin ollen vaikuttaa vaihdetun tavaran määrään.
Although theoretical contributions to the literature fail to conclusively validate this hypothesis and the results of empirical estimations are widely mixed, studies concerning forest products trade have often found evidence of exchange rate effects on traded quantities.
Vaikka teoria ei täysin pysty todistamaan tätä väitettä ja tulokset empiirisistä estimoinneistakin ovat moninaiset, tutkimukset metsäteollisuustuotteiden kaupasta ovat usein viitanneet valuuttakurssimuutosten vaikuttaneen vaihdettuihin määriin.
The empirical estimation is carried out by applying Johansen’s cointegration method for the separate partial equilibrium model systems, for each bilateral trade of Finland and Sweden to both destination markets.
Tutkimuksen empiirinen estimointi toteutetaan käyttämällä Johansenin yhteisintegroituvuusmenetelmää kullekin yksittäiselle, kahdenvälistä kauppaa kuvaavalle, osittaisen tasapainon mallille.
In the short run it determines the profitability and competitiveness, and thus each firm’s survival.
Valuuttakurssimuutokset näkyvät yrityksen kannattavuudessa ja kilpailukyvyssä ja näin ollen myös määrittelee kunkin viejän selviytymisen lyhyellä aikavälillä.
The effects of exchange rates in sawnwood exports from Finland and Sweden during the EMU regime
Valuuttakurssien vaikutus Suomesta ja Ruotsista suuntautuvan sahatavaran vientiin EMU:n oloissa
Depreciations of the euro have boosted export demand, whereas appreciations have, in turn, dampened imports from Finland.
Yleisesti, euron heikkeneminen on voimistanut viennin kysyntää, kun taas valuutan vahvistuminen on vaimentanut sahatavaran tuontimääriä Suomesta.
For example devaluations, often used to downsize the effect of a rising domestic cost level, have increased the price competitiveness and export quantities of Finnish forest industry firms.
Esimerkiksi devalvaatioita, joita usein käytettiin kotimaisen hintatason noustessa liian korkeaksi, hyödynnettiin metsäteollisuudessa nostamalla hintakilpailukykyä ja vientimääriä.
The emphasis is on studying relative prices and its effects on traded quantities through the long-run exchange rate pass-through phenomenon for the period 1995- 2008.
Tätä tutkitaan pitkän ajan valuuttakurssin läpimenon (pass-through) seurauksena vientihintoihin tarkasteluajanjaksolla 1995-2008.
These findings further suggest only minor negative effects of Swedish krone depreciations on Finnish sawnwood firms’ price competitiveness.
Nämä tulokset edelleen viittaavat siihen, että Ruotsin kruunun heikkeneminen ei ole vaikuttanut koko painollaan suomalaisten viejien hintakilpailukykyyn.
The pricing strategy exploited by Swedish exporters has been somewhat opposite to Finnish exporters’.
Ruotsalaiset sahatavaran viejät ovat puolestaan omaksuneet suurelta osin vastakkaisen hinnoittelustrategian.
The results give evidence that Finnish sawnwood exports have been affected to a great extent by currency movements.
Tulokset antavat viitteitä huomattavista valuuttakurssivaikutuksista Suomen sahateollisuuden vientiin.
Some of the studied sediments were either completely or partially deposited in water.
Tutkimuksen kohteina olleista sedimenteistä osa on joko kokonaan tai osittain kerrostunut veteen.