natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Containers with cassettes are gently agitated for 5 seconds to ensure adequate penetration of formalin into cassettes.
Äraspidine praimer
Tissues remain in Bouins fixative for 24 h, followed by transfer to 70 % ethanol.
2,0 μM
Tissue Processing
Molekulaarbioloogias vajaliku puhtusega vesi
Dehydrate tissue for adequate penetration of paraffin.
GoTaq polümeraas
Impregnate the tissue with paraffin to maintain tissue integrity and create a firm surface for microtomy.
Viige 47,5 μl märgistatud õhukeseseinalisse 0,5 ml PCR-viaali.
Labelled tissue cassettes are removed from formalin/ethanol storage and the cassettes are placed in the processing basket(s).
Lisage asjakohase märgisega viaali 2,5 μl puhastatud DNAd.
The processing basket is loaded in the tissue processor.
Korrake sama kõikide proovide ja negatiivse kontrolli puhul.
The processing schedule is selected.
Lisage selle peale 2 tilka mineraalõli.
After the tissue processor has completed the processing cycle, the basket(s) may be transferred to the embedded station.
Teise võimalusena võite kasutada kuumutatud kaanega termotsüklerit.
Embedding
Sulgege kaaned.
Objective:
Proovid denatureeriti Peltier PTC-225 termotsükleris 5 minutit temperatuuril 94 ± 2 °C, millele järgnes 39 tsüklit temperatuuril 94 ± 2 °C 1 minut, 55 ± 2 °C 1 minut, 72 ± 2 °C 1 minut ning lõplik pikendamine temperatuuril 72 ± 2 °C 10 minutit.
Properly orient the specimen in solidified paraffin for microtomy.
Agaroosgeeli (2 %) ettevalmistamine:
The basket(s) of cassettes is/are removed from the processor and immersed in the paraffin-filled front chamber of the embedding station thermal console or the cassettes are moved to a separate paraffin heater.
Tavaliselt lahutatakse PCR-reaktsiooni saadusi 20 % agaroosgeeliga, mis sisaldab etiidiumbromiidi.
The first cassette to be embedded is removed from the front chamber of the thermal console or the paraffin heater.
Samuti võib kasutada kapillaaridel põhinevat elektroforeesisüsteemi.
The cassette lid is removed and discarded, and the cassette label is checked against the animal records to resolve potential discrepancies prior to embedding.
Kaaluge 2 g agaroosi 100 ml-sse 1 × TAE-puhvrisse
An appropriately sized embedding mould is selected.
Kuumutage mikrolaineahjus (ligikaudu 2–3 min), et agaroos lahustuks.
The mould is held under the spout of the dispensing console and filled with molten paraffin.
Lisage 2 tilka etiidiumbromiidi lõpliku kontsentratsiooni 0,5 μg/ml saamiseks
The specimen is removed from the cassette and placed in the molten paraffin in the mould.
Kandke kuum lahus üle geelivalamisseadmesse.
This is repeated with 4-8 specimens for each paraffin mould.
Laske geelil tarduda
The position of individual fish is marked by putting fish no 1 in 180 degrees to fish 2-4/8.
Geel-elektroforees:
Additional paraffin is added to cover the specimen.
Viige agaroosgeel üle elektroforeesiseadmesse ja katke see 1 × TAE-puhvriga
The mould with the cassette base is placed on the cooling plate of the cryo console.
Laadige 20 μl igast proovist eraldi süvendisse, lisage molekulmassimarker (100 aluspaari DNA-redel, Promega) kasutamata süvendisse.
After the paraffin has solidified, the block (i.e., the hardened paraffin containing the tissues and the cassette base) is removed from the mould.
Tehke elektroforeesi 120 V juures 30–45 minutit.
Microtomy
Amplifikatsioonisaaduste nähtavakstegemine
Cut and mount histological sections for staining.
Kui kasutatakse etiidiumbromiidilisandiga agaroosgeeli, nagu on kirjeldatud eespool, on DNA-saadused nähtavad UV-lambi all.
The initial phase of microtomy termed “facing” is conducted as follows:
Teise võimalusena võib agaroosgeeli värvida:
The paraffin block is placed in the chuck of the microtome.
geel kaetakse etiidiumbromiidi lahja lahusega (0,5 μg/ml vees) 30 minutiks enne tulemuste vaatlemist.
The chuck is advanced by rotating the microtome wheel and thick sections are cut from the paraffin surface of the block until the knife reaches the embedded tissues.
liide
The section thickness on the microtome is set between 3 - 5 microns.
Juhend ogaliku marja kunstliku viljastamise kohta
The chuck is advanced and multiple sections are cut from the block to remove any artefacts created on the cut surface of the tissue during rough trimming.
Käesolevas liites kirjeldatakse meetodit ogaliku viljastatud marjaterade saamiseks, et kasutada neid kalade sugulise arengu katses.
The block can be removed from the chuck and placed facedown on ice to soak the tissue.
Töö käik
The next phase of microtomy is final sectioning and mounting of tissue sections on slides.
Seemnevedeliku kogumine isaskaladelt
These procedures are conducted as follows:
Soovitud populatsioonist valitud hästi värvunud isaskala surmatakse valutult.
If the block has been placed on ice, the block is removed from the ice and replaced in the chuck of the microtome.
Niisk lõigatakse kala kummaltki küljelt välja.
With the section thickness on the microtome set to 3 - 5 microns, the chuck is advanced by rotating the microtome wheel.
Niisk on üldiselt tugevasti pigmenteerunud pulgakujuline elund, mis on kergesti nähtav keha külgjoonel.
Sections are cut from the block until a “ribbon” containing at least one acceptable section including the gonads has been produced.
Kasutatakse üht järgmistest meetoditest:
(As necessary during sectioning, the block may be removed from the chuck, placed on ice to soak the tissue, and replaced in the chuck.)
Väikeste kääridega tehakse üks 1–1,5 cm pikkune sisselõige alates kloaagist umbes 45° nurga all.
The sections are floated flat on the surface of the water in the water bath.
Skalpelliga tehakse väike sisselõige kala küljesse veidi tagapool kõhuuime ja kõhu pool küljeplaate.
An attempt is made to obtain at least one section that contains no wrinkles and has no air bubbles trapped beneath it.
Niisk eemaldatakse peente näpitsatega ja pannakse Petri tassile.
A microscope slide is immersed beneath the best section, which is lifted out of the water using the slide.
Kumbki niisk kaetakse 100 μl värskelt valmistatud Hanki lõpliku lahusega.
This process is referred to as “mounting” the section on the slide.
Niisad lõigatakse žiletitera või skalpelliga väikesteks kuubikuteks.
Three sections are prepared for a set of fish.
See vabastab seemnevedeliku, mis muudab Hanki lahuse piimjaks.
The second and third sections are taken at 50 micron intervals following the first section.
Seemnevedelikku sisaldav lahus viiakse üle viaali, püüdes pipeteerimisel mitte kaasa võtta koetükke.
If the fish are not embedded with their gonads in the same sectioning level, more sections are to be made to ensure that at least six sections including the gonads are obtained from each fish.
Viaali lisatakse 800 μl Hanki lõplikku lahust ja segatakse hoolikalt.
With a slide-marking pen, the block number from which the slide was produced is recorded on the slide.
Vajaduse korral võib isaskala säilitada; selleks fikseeritakse ta 100 % etanooli või muu soovitud fikseeriva lahusega.
The slide is placed in a staining rack.
See on eriti oluline juhul, kui uuringuga hinnatakse järglaste vanemlikku päritolu.
The block is removed from the chuck and placed facedown for storage.
kuigi enamiku vajaminevatest põhilahustest võib varem valmis teha, tuleb põhilahus 5 ja seejärel lõplik lahus valmistada värskelt kasutamise päeval.
Staining, Cover slipping, and Slide Labelling
Põhilahus 1
Stain the sections for histopathological examination
Destilleeritud vesi (DV)
Permanently seal mounted and stained tissues.
Põhilahus 2
Permanently identify stained sections in a manner that allows complete traceability.
HPO4 (veevaba)
Staining
Põhilahus 3
Slides are air-dried overnight before staining.
Põhilahus 4
The sections are stained by Hematoxylin-Eosin.
MgSO4 · 7H2O
Cover slipping
Põhilahus 5 (värskelt valmistatud)
Cover slips can be applied manually or automatically.
Kui teil on mõni eespool nimetatud sooladest juba olemas, kuid erineva veesisaldusega (nt 2H2O veevaba asemel), võite seda kasutada, olles koguse molekulmassi alusel ümber arvutanud.
A slide is dipped in xylene or TissueClear, and the excess xylene/TissueClear is gently knocked off the slide.
Hanki lõpliku lahuse valmistamiseks võtke põhilahuseid järgmises järjekorras:
Approximately 0,1 ml of mounting medium is applied near the end of the slide opposite to the frosted end or on the cover slip.
põhilahus 1
The cover slip is tilted at a shallow angle as it is applied to the slide.
põhilahus 2
Labelling
põhilahus 3
Each slide label should contain the following information.
põhilahus 4
Laboratory name
põhilahus 5
Specimen No./Slide No.
Enne kasutamist segada korralikult.
Chemical/Treatment group
Viljastamine
Statistical Flow Chart for vitellogenin analysis
Soovitud populatsiooni hulgas tehakse kindlaks suured marja heitmiseks valmis emaskalad;
Dunnett test
emaskala on selleks valmis üksnes siis, kui marjateri võib näha kloaagist välja tungimas.
variances stabilising transform?
Valmis emaskalad on iseloomulikus „pea ülespoole” asendis.
Variances unequal Variances equal No Yes
Libistage sõrme või pöidlaga ettevaatlikult mööda kala külge saba suunas, et stimuleerida marjakoti heitmist värskele Petri tassile.
Yes Step-down trend test on replicate means
Korrake sama ka teise küljega ja pange kala oma nõusse tagasi.
<=3 reps per conc
Peene pintsliga võib marjaterad lükata laiali, nii et need moodustaksid ühekordse kihi.
Normalising transform?
Oluline on püüda luua marjateradele võimalikult hea kokkupuude seemnevedelikuga; marjaterade pinna maksimeerimine tuleb seepärast kasuks.
Nested ANOVA not normal
marjateri tuleb hoida niiskena nende ümber oleva niiske lapi abil (on oluline, et need ei puutuks otse kokku veega, kuna see põhjustaks koorioni kõvastumise, mis teeks viljastumise võimatuks).
Nested ANOVA normal Monotone
Emaskala koetavate marjaterade arv võib suuresti erineda, aga keskmiselt peaks ühelt kudemisvalmis emaskalalt saama 150 marjatera.
Drop water control
25 μl seemnevedelikku Hanki segus määritakse pintsliga ühtlaselt laiali üle kõigi marjaterade.
Dunn test
Marjaterad muutuvad kiiresti (ühe minutiga) kõvaks ja muudavad värvi, kui viljastumine on alanud.
Step-down Jonckheere or Williams' test
Kui marjateri on hinnanguliselt rohkem kui 150, tuleb seda etappi korrata.
Rep means not normal or not homogenous
Kui munad ei kõvene ühe minuti jooksul, lisatakse veidi rohkem seemnevedelikku.
Rep means not normally distributed
seemnevedeliku koguse suurendamine ei paranda tingimata viljastumismäära.
Combine controls, retains subgroups
Marjaterad ja seemnevedeliku lahus tuleks jätta vastastikku mõjuma vähemalt 15 minutiks ja viljastatud mari tuleks paigutada kemikaaliga kokkupuute akvaariumidesse 1,5 tunni jooksul pärast viljastamist.
Compare controls using Wilcoxon or T-test.
Sama tegevust korratakse teiste emaskaladega, kuni on kogutud vajalik arv marjateri.
Do controls differ?
Mõned marjaterad viimasest partiist jäetakse alles ja fikseeritakse 10 % äädikhappelahuses.
Both solvent and non-solvent control are present
Marjaterade loendamine ja jaotamine katseakvaariumidesse
Statistical Flow Chart for sex ratio analysis
Marjaterad tuleks kontsentratsioonitasemete vahel jaotada ühtlaselt, et vältida geneetikast tingitud kõrvalekallet.
Apply step-down Jonckheere-Terpstra test (+) to determine NOEC
Viljastatud marjaterade iga partii tuleb jaotada võrdse suurusega rühmadesse (mille arv vastab kontsentratsioonitasemete arvule), kasutades nüri instrumenti (nagu laia otsaga entomoloogipintsetid või bakterikülvide tegemisel kasutatav silmus).
Dunn or Mann-Whitney U-test w/Bonferroni-Holm adjustment to determine NOEC
Kui kavatsete iga kontsentratsiooniga teha neli paralleelkatset à 20 marjatera, tuleks teil iga kontsentratsiooni akvaariumide vahel jaotada 80 marjatera.
Use Dunnett test if homogenous variances (*), Tamhane-Dunnett (T3) test otherwise, to determine NOEC
soovitatav on lisada täiendavalt 20 % marjateri (st 96 marjatera kontsentratsioonitaseme kohta), kui te ei ole veendunud, et saavutate viljastumismäära 100 %.
Are data normally distributed?
Ogaliku marjaterad on väga tundlikud seenenakkuse suhtes väljaspool pesa, mida kaitseb isakala.
Are data consistent with monotone dose-response?
Seepärast on kõigi marjaterade töötlemine metüleensinisega esimese viie päeva jooksul äärmiselt oluline.
(‡) Or other agreed control selection
Metüleensinise põhilahus valmistatakse kontsentratsiooniga 1 mg/ml ning seda lisatakse kemikaaliga kokkupuute akvaariumidesse, kuni saavutatakse lõppkontsentratsioon 2,125 mg/l.
After arcsin square-root transform
pärast koorumist ei tohiks ogalikud metüleensinisega enam kokku puutuda, nii et süsteem peaks 6. päevaks olema metüleensinisest vaba.
(+) With fewer than 5 experimental units per treatment exact J-T or M-W test should be used if available
Marjateri kontrollitakse iga päev ja kõik surnud või viljastamata marjatera leidmise juhtumid registreeritakse.
Combine controls
marjaterad ei tohiks kuni koorumiseni isegi väga lühikest aega olla väljaspool vett.
Drop water control (‡)
Hanki puhverdatud soolalahus (HBSS):HBSS on vajalik seemnevedeliku säilitamiseks, kui seda valmistatakse ette viljastamiseks.
Compare controls using t-Test.
C.42 BIOLAGUNDATAVUS MEREVEES
Is solvent used?
ÜLDINE SISSEJUHATUS
Appendix 9
Käesolev katsemeetod on samaväärne OECD katsejuhendiga nr 306 (1992).
Guidance for tissue sampling for genetic sex determination and for genetic sex determination by PCR-method
Esialgsete katsemeetodite väljatöötamise ajal ei olnud teada, millises ulatuses võib kiire biolagundatavuse sõelkatse tulemusi, mis on saadud magevee, reoveepuhastite väljavoolu ja aktiivmuda inokulumi abil, laiendada merekeskkonnale.
Tissue sampling, preparation and storage before determination of genetic sex by PCR-method in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG)
Selle kohta on teatatud erinevaid tulemusi (vt näiteks (1)).
With fine scissors the anal or the dorsal fin will be cut off in each individual fish and placed into a tube filled with 100 μl of extraction-buffer 1 (details on buffer preparation see below).
Paljud mitmesuguseid kemikaale sisaldavad tööstuslikud reoveed jõuavad merre kas reovee otsese keskkonda juhtimisega või suudmealade ja jõgede kaudu, milles reovesi viibib vähe aega, võrreldes nendes esinevate kemikaalide täielikuks biolagunemiseks kuluva ajaga.
The scissors will be cleaned after each single fish in a beaker filled up with distilled H2O and dried with a paper tissue.
Kuna saab üha selgemaks, et merekeskkonda on vaja kaitsta suureneva kemikaalireostuse eest ja on vaja hinnata kemikaalide võimalikku kontsentratsiooni merevees, on välja töötatud meetodid biolagunduvuse määramiseks merevees.
Now the fin-tissues will be homogenised by a micro tube teflon pistil for the lysis of cells.
Siin kirjeldatud meetodites on kasutatud looduslikku merevett nii veefaasina kui ka mikroorganismide allikana.
For each tube a new pistil will be used to prevent any contaminations.
Selleks et lähendada seda meetodit kiire biolagunduvuse määramise meetoditele magevee jaoks, uuriti ultrafiltritud ja tsentrifuugitud merevee kasutamist; inokulumina kasutati meresetteid.
The pistils will be placed overnight in 0,5 M NaOH, rinse for 5 minutes in distilled H2O and stored in ethanol or sterile after autoclave until use.
Need uuringud ei andnud tulemusi.
It is also possible to store the fin tissue without any extraction-buffer 1 on dry-ice and then at – 80 °C refrigerator to prevent any degeneration of the DNA.
Seepärast on katsekeskkonnaks looduslik merevesi, mida on eelnevalt töödeldud suuremate osakeste eemaldamiseks.
But the extraction runs better, if you extract the DNA at the same time (handling see above; samples should be thawed on ice after storaging at – 80 °C before the buffer will be filled in the tubes).
Täieliku biolagunduvuse hindamiseks tuleb loksutatava kolvi meetodi puhul kasutada uuritava aine suhteliselt suurt kontsentratsiooni, kuna lahustunud orgaanilise süsiniku määramise meetod on vähetundlik.
After homogenizing all tubes will be placed in a water bath and boiled for 15 minutes at 100 °C.
See omakorda nõuab merevee mineraalsete toitainete (N ja P) lisamist, kuna muidu piiraks nende kontsentratsioon lahustunud orgaanilise süsiniku eemaldamist.
Then 100 μl of the extraction buffer 2 (details on buffer preparation see below) will be pipetted into each tube.
Ka suletud pudeli meetodi puhul tuleb lisatava uuritava aine kontsentratsiooni tõttu lisada toitaineid.
The samples will be stored at room temperature for 15 minutes and in the meantime they will be sometimes gently shaken by hand.
Seega ei uurita kõnealuste meetoditega kiiret biolagunduvust, kuna inokulumi lisaks merevees juba olemasolevatele mikroorganismidele ei lisata.
Afterwards all tubes will be placed in the water bath again and boiled for another 15 minutes at 100 °C.
Samuti ei modelleerita nende katsete abil merekeskkonda, kuna lisatakse toitaineid ja uuritava aine kontsentratsioon on palju suurem, kui see oleks merevees.
Until further analysis the tubes will be frozen at – 20 °C.
Seetõttu esitatakse need meetodid uues alljaotises „Biolagunduvus merevees”.
Buffer preparation
KOHALDAMINE
PCR-buffer 1:
Need katsed, mida tehakse, kuna kõnealuse kemikaali kasutamis- ja kõrvaldamisviis osutavad kemikaali sattumisele merre, annavad tulemuseks esialgse pildi biolagundatavusest merevees.
500 mg N-Lauroylsarcosine (e.g. Merck KGaA, Darmstadt, GE)
Kui tulemus on positiivne (üle 70 % lahustunud orgaanilisest süsinikust kõrvaldatud; hapnikukulu üle 60 % teoreetilisest hapnikutarbest), võib teha järelduse, et biolagunduvus merekeskkonnas on võimalik.
ad 100 ml dest.
Negatiivne tulemus siiski ei välista biolagunduvuse võimalikkust, kuid näitab, et on vaja täiendavaid uuringuid, näiteks uuritava aine võimalikult madala kontsentratsiooni juures.
→ autoclave
Juhul kui on vaja täpsemalt teada biolagunduvuse kiirust või määra merevees kusagil konkreetses kohas, tuleks kasutada keerukamaid ja täiuslikumaid ning seetõttu ka kulukamaid meetodeid.
PCR-buffer 2:
Näiteks modelleerimiskatset võib teha ka uuritava aine kontsentratsiooniga, mis on lähemal oletatavale kontsentratsioonile keskkonnas.
20 g Chelex (e.g. Biorad, Munich, GE)
Kasutada võib ka toitainetega rikastamata ja eelnevalt töötlemata merevett, mis on võetud huvi pakkuvast kohast ja uurida primaarset biolagunduvust spetsiifilise keemilise analüüsiga.
To swell in 100 ml dest.
Täieliku biolagunduvuse uurimiseks tuleks kasutada C-märgistatud ainet, nii et oleks võimalik mõõta lahustuva orgaanilise 14C kadumist ja14CO2 tekkimist keskkonna seisukohast realistlikel kontsentratsioonidel.
Determination of genetic sex (by PCR-method) in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG and Universität Würzburg Biozentrum)
MEETODITE VALIMINE
The prepared and frozen tubes (described in the above section) will be thawed on ice.
Kasutatava meetodi valimine sõltub paljudest teguritest;
After that, they will be centrifuged using an Eppendorf centrifuge (30 sec at max. speed, at room temperature).
järgmine tabel peaks hõlbustama valiku tegemist.
For the PCR, the clear supernatant separated from the precipitate will be used.
Kuigi aineid, mille lahustuvus vees on väiksem kui 5 mg C/l vastav kontsentratsioon, ei saa uurida loksutatava kolvi meetodiga, võib vähelahustuvaid aineid siiski uurida kinnise pudeli meetodiga.
It has absolutely to be avoided that any traces of Chelex (localized in the precipitate) are transferred to the PCR reaction, because this will interfere with the “Taq”-polymerase activity.
Tabel
The supernatant will be used directly or can be stored frozen (at – 20 °C) and rethawed again in several cycles without negative impact on the DNA for later analyses.
Loksutatava kolvi ja kinnise pudeli katse eelised ja puudused
Preparation of the “Reaction Mix” (25 μl per sample):
MEETOD
Volume
EELISED
Final Concentration
PUUDUSED
Template DNA
LOKSUTATAV KOLB
0,5μl-2μl
lihtne aparatuur, välja arvatud C analüsaator
buffer with MgCl2
kestus 60 päeva ei ole probleem
2,5μl
nitrifikatsioon ei sega uuringut
Nucleotides (each of dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
võib kasutada lenduvate ainete puhul
Forward Primer (10μM) (see below 3-5)
on vaja C analüsaatorit
0,5μl
kasutatakse kontsentratsioone 5–40 mg lah. org.
Reverse Primer (10μM) (see below 3-5)
C /1, mis võib olla inhibeeriva toimega
Water (PCR grade)
lah. org. süsiniku määramine madalatel kontsentratsioonidel merevees on keeruline (kloriidi mõju)
up to 25μl
lah. org. süsiniku kontsentratsioon on merevees mõnikord suur
Taq E- Polymerase
KINNINE PUDEL
0,3μl
lihtsad seadmed
buffer with MgCl2:
lihtne määramine lõpus
Tris/HCl (pH8,8 at 25 °C), 160mM (NH4)2SO4, 25mM MgCl2, 0,1 %Tween 20
kasutatakse madalat uuritava aine kontsentratsiooni (2 mg/l), seega on vähem inhibeerimise võimalusi
For each PCR (see below 3-5) the special primer as a new combination of “Reaction-Mix” and the adequate needed amount of template DNA for each sample (see above) is needed.
kerge on kasutada ka lenduvate ainete puhul
The respective volumes will be transferred into new tubes using pipettes.
pudelite hermeetilisuse säilitamine võib olla keeruline
After that all tubes will be closed, stirred (ca.
bakterite kasv nõu seintel võib põhjustada valesid tulemusi
10 sec) and centrifuged (10 sec, at room temperature).
kontrollkatses võib O2 sidumine muutuda intensiivseks eriti pärast 28 päeva;
Now the respective PCR-programmes can be started.
sellest võib üle saada merevee vanandamisega
Additionally a positive control (exemplary DNA sample with known activity and clear results) and a negative control (1 μl dest.
segada võib nitrifikatsiooniga seotud O2 sidumine
H2O) will be used in each PCR-programme.
LOKSUTATAVA KOLVI MEETOD
Preparation of the agarose gel (1 %) — During running PCR-programmes:
Kõnealune meetod on merevee jaoks kohandatud ja muudetud OECD sõelkatse, mida on kirjeldatud käesoleva lisa peatükis C.4B (2).
Solve 3 g agarose in 300 ml 1 × TAE-buffer (1 % agarose gel)
See on lõpuni viimistletud Euroopa Komisjoni ja Taani veekvaliteedi instituudi korraldatud laboritevahelise võrdluskatsega (3).
This solution should be boiled using an microwave (ca.
Samuti kui sellele järgneva suletud pudeli meetodi mereveevariandi puhul, ei tohiks käesoleva meetodi tulemusest teha järeldust kiire biolagunduvuse kohta; meetodiga saadakse konkreetselt teavet biolagunduvuse kohta merekeskkonnas.
2-3 min)
Kindlaksmääratud kogus uuritavat ainet lahustatakse katsekeskkonnas, et saada kontsentratsioon vahemikus 5–40 mg lahustunud orgaanilist süsinikku liitri kohta.
Transfer the hot solution into a special casting box, which lies on ice
Kui orgaanilise süsiniku määramise analüüsi tundlikkust suurendatakse, siis võib olla eelistatud uuritava kemikaali madalama kontsentratsiooni kasutamine, eriti kui tegemist on inhibeeriva ainega.
After ca.
Uuritava kemikaali lahust katsekeskkonnas inkubeeritakse loksutamisega pimedas või hajutatud valguses aeroobsetes tingimustes kindlal temperatuuril (mida hoitakse täpsusega ± 2 °C), mis on tavaliselt vahemikus 15–20 °C.
Actin-PCR-programme:
Lagunemist jälgitakse lahustunud orgaanilise süsiniku mõõtmisega (täielik lagunemine) ja mõnel juhul spetsiifilise analüüsiga (primaarne lagunemine).
Special primer:
Aine orgaanilise süsiniku sisaldus peab olema kindlaks määratud, aine lenduvus peab olema selline, et katse jooksul ei tekiks suuri aine kadusid ja aine lahustuvus vees peab olema suurem kui 25–40 mg süsinikku liitris.
“Mact1(upper/forward)” → TTC AAC AGC CCT GCC ATG TA
Samuti ei tohiks uuritav aine oluliselt adsorbeeruda klaasi pinnale.
Cycle (35-times):
Selline teave ei ole siiski alati piisav biolagunduvuse katse tulemuste tõlgendamiseks ning sobivam on punktis 18 kirjeldatud meetod.
Annealing
Võrdlusaine peab lagunema sobivalt lühikese ajavahemiku jooksul; vastasel korral soovitatakse katset korrata mõne muu mereveeprooviga.
→ 45 sec at 56 °C
Euroopa Ühenduse võrdluskatses, kus merevee proovid olid võetud eri kohtadest ja eri aastaaegadel (3), olid naatriumbensoaadi puhul ootefaas (tL) ja 50 % lagunemiseks kuluv aeg (t50) ilma ootefaasita vastavalt 1–4 päeva ja 1–7 päeva.
→ 1 min at 68 °C
ANALÜÜSIMEETODI KORRATAVUS JA TUNDLIKKUS