natgillin/translations-raw huggingface dataset:
A test sample section shall only be regarded as positive if such clear, intranuclear red staining of endothelial cells is found;
Suurte tugevalt värvunud (valgust murdvate) graanulite ümber täheldatakse heledat valgusrõngast ja suuremate rakkude sees on näha väiksemaid rakke.
control sections shall be considered as negative if they don't have any significant colour reaction.
See parasiidi tuvastamise meetod ei ole liigispetsiifiline.
Since the intranuclear localisation is particular to the orthomyxovirus nucleoprotein during a stage of virus replication but concurrent cytoplasmic staining is often dominant, cytoplasmic and other staining patterns without intranuclear localisation shall be considered as nonspecific or inconclusive.
Muu hulgas lõpustest, seedenäärmest, mantlist ja gonaadist saadud koelõikude fikseerimiseks hoitakse neid vähemalt 24 tundi Davidsoni fikseerimislahuses ning töödeldakse seejärel tavapärasel viisil parafiinlõikude histoloogiliseks analüüsimiseks ja värvimiseks näiteks hematoksüliini ja eosiiniga.
The strongest positive staining reactions are usually obtained in endothelial cells of heart and kidney.
Lõike vaadeldakse järk-järgult suuremaks muudetaval kuni 1000-kordsel suurendusel.
Endothelial staining reactions within very extensive haemorrhagic lesions may be slight or absent, possibly because of lysis of infected endothelial cells.
Tulemus on positiivne, kui leitakse rakke suurusega 4–40 μm.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH MARTEILIA REFRINGENS
Nakkuse varajases staadiumis on rakud mitmetuumalised ning nende kuju varieerub kerakujulisest piklikuni.
I. Detailed diagnostic methods and procedures for the diagnosis of infection with Marteilia refringens
Neid leidub peamiselt söögitoru ja mao ning mõnikord ka huulejätkete epiteelis.
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a health status with regard to infection with Marteilia refringens as set out in Section I of Part 4 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 4 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in points I.1, I.2 and I.3 of this Part shall apply.
Spoorid moodustuvad suurema raku sees asuvate rakkude jagunemise teel ning see leiab aset seedenäärme kanalites ja juhades.
Sampling procedure
Spooride moodustumise käigus tekivad valgust murdvad graanulid, kuid nakkuse varajases staadiumis neid ei täheldata.
Gaping or freshly dead individual molluscs shall be sampled by priority, to increase the chances of finding infected animals.
Nakkuse hilises staadiumis täheldatakse vabade sporangiumide esinemist seedekulgla valendikus.
Once sampled, oysters or mussels shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and no more than 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters or mussels.
Graanulite värvus võib varieeruda sügavoranžist sügavpunaseni.
Gaping or freshly dead molluscs shall be maintained separately from other molluscs.
Molekulaarsed meetodid
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Marteilia refringens by histology.
Võib kasutada turul kättesaadavat DNA eraldamise komplekti, mille abil saadakse tavaliselt kvaliteetne DNA, mida on võimalik kasutada punktis I.3.2 kirjeldatud PCRi meetodite puhul.
A piece of digestive gland shall be used for some tests, including imprints and polymerase chain reaction (PCR).
Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR)
Microscopic techniques
Välja on töötatud mitu avaldatud PCRi meetodit.
Cytology (imprint cytology)
Kasutatakse PCRi praimereid, mille sihtjärjestus on sisemine transkribeeritav vahejärjestus ITS1, kuna need võimaldavad amplifitseerida üksnes M. refringens'i DNAd.
After drying digestive gland tissues on absorbent paper, several imprints shall be made on a glass slide.
PCR viiakse läbi ruumalas 50 μl.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit such as Diff-Quik®/Hemacolor®, in accordance with the manufacturer's instructions.
PCRi segu sisaldab puhvrit (500 mM KCl, 100 mM Tris-HCl (pH 9,0 temperatuuril 25 °C) ja 1 % Triton X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP-de segu, päripidist ja äraspidist praimerit kontsentratsioonis 1 μM, Taq DNA polümeraasi kontsentratsioonis 0,02 ühikut mikroliitri kohta ning 10–100 ng eraldatud DNAd.
After rinsing in tap water and drying, the slides shall be mounted with a cover-slip using an appropriate synthetic resin.
Pärast DNA denatureerimist viie minuti jooksul 94 °C juures viiakse läbi 30 tsüklit järgmistes tingimustes: denatureerimine – üks minut 94 °C juures; anniilimine – üks minut 55 °C juures; elongatsioon – üks minut tuhande aluspaari kohta 72 °C juures.
The slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
Sellele järgneb viimane elongatsioonietapp – 10 minutit 72 °C juures.
A positive result shall be the observation of cells ranging in size up to between 30 to 40 μm.
M. refringens'i tuvastamiseks kasutatakse PCRi praimereid, mille sihtjärjestus on ITS1 (5′-CCGCACACGTTCTTCACTCC-3′ ja 5′-CTCGCGAGTTTCGACAGACG-3′).
The cytoplasm stains basophilic, whereas the nucleus stains eosinophilic.
Positiivse kontrollina kasutatakse raskelt nakatunud peremeesorganismist pärit genoomset DNAd või sihtjärjestust hõlmavat plasmiidi DNAd.
Pale halos around large, strongly stained (refringent) granules and, in larger cells, cell within cell arrangements are observed.
Negatiivsete kontrollidena kasutatakse nakatumata peremeesorganismist pärit genoomset DNAd ja PCRi segu, millest on välja jäetud sihtjärjestust sisaldav DNA.
The technique is not parasite species specific.
Tulemus on positiivne, kui PCRi abil saadakse eeldatava pikkusega amplikon (412 bp) ning kõik negatiivsed kontrollid on negatiivsed ja positiivsed kontrollid on positiivsed.
Sections of tissue that include gills, digestive gland, mantle, and gonad shall be fixed for at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
In situ hübridiseerimine
Observations shall be made at increasing magnifications up to × 1000.
Välja on töötatud mitu avaldatud in situ hübridiseerimise meetodit.
A positive result shall be the observation of cells ranging in size from 4 up to 40 μm.
Kasutatakse sondi, mille sihtjärjestus on rRNA geenide klastris asuv ribosoomi väikese subühiku rRNA geen, kuna kõnealune sond on histoloogilise analüüsiga valideeritud.
Early stages consist of multinucleate, spheric to elongated cells.
Muu hulgas lõpustest ja seedenäärmest saadud koelõikude fikseerimiseks hoitakse neid vähemalt 24 tundi Davidsoni fikseerimislahuses ning töödeldakse seejärel parafiinlõikude histoloogilises analüüsis tavapäraselt kasutataval viisil.
These are mainly found in the epithelium of oesophagus and stomach and sometimes of labial palps.
Lõigatakse 5 μm paksused lõigud ja pannakse need aminoalküülsilaaniga kaetud alusklaasile, mida soojendatakse seejärel öö läbi 40 °C juures.
Sporulation involves divisions of cells within cells and takes place in the digestive gland tubules and ducts.
Lõikude deparafiinimiseks inkubeeritakse neid 10 minutit ksüleenis.
Refringent granules appear in the course of sporulation, but are not observed in early stages.
Seda etappi korratakse üks kord ning lahusti eemaldamiseks hoitakse lõike järjest kahes absoluutse etanooli vannis, kummaski 10 minutit.
In late phases of infection, sporangia are observed free in the lumen of the digestive tract.
Seejärel lõigud rehüdreeritakse reas eri kontsentratsiooniga etanoolilahustes.
The granules can range from deep orange to deep red.
Lõike töödeldakse proteinaasiga K (100 μg/ml) puhvris TE (50 mM Tris, 10 mM EDTA) 30 minutit 37 °C juures.
Molecular techniques
Lõigud veetustatakse reas eri kontsentratsiooniga etanoolilahustes ja neil lastakse õhu käes kuivada.
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as described in point I.3.2, may be used.
Seejärel inkubeeritakse lõike 100 μl hübridiseerimispuhvris (4 × SSC (standardne naatriumtsitraadi lahus), 50 % formamiidi, 1 × Denhardti lahus, 250 μg/ml pärmi tRNA-d, 10 % dekstraansulfaati), mis sisaldab 10 ng digoksigeniiniga märgistatud sondi (1 μl punktis I.3.2 kirjeldatu kohaselt valmistatud PCRi regente, kasutades praimereid 5′-CCGGTGCCAGGTATATCTCG-3′ ja 5′-TTCGGGTGGTCTTGAAAGGC-3′).
Polymerase chain reaction (PCR)
Lõigud kaetakse in situ hübridiseerimiseks ette nähtud plastist katteklaasiga ja pannakse viieks minutiks kuumutusplokile temperatuuriga 95 °C.
Several PCR protocols have been developed and published.
Alusklaas pannakse jahutamiseks üheks minutiks jääle ja seejärel hoitakse lõike hübridiseerimiseks öö läbi niiskes kambris 42 °C juures.
PCR primers that target the internal transcribed spacer (ITS1) region shall be used as they are able to amplify only M. refringens.
Lõike pestakse kaks korda toatemperatuuril lahuses 2 × SSC, kummalgi korral 5 minutit, ning üks kord 10 minutit lahuses 0,4 × SSC temperatuuril 42 °C.
PCR shall be carried out in a 50 μl volume.
Sondi tuvastamine viiakse läbi vastavalt tootja juhistele.
PCR mixtures shall contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 10 to100 ng of extracted DNA.
Seejärel loputatakse alusklaasi steriilse destilleeritud veega (dH2O).
After denaturation of DNA at 94 °C for five minutes, 30 cycles shall be run as follows: denaturation at 94 °C for one minute, annealing at 55 °C for one minute, and elongation at 72 °C for one minute per kilo-base pair.
Lõikudele tehakse kontrastvärvimine kollase Bismarcki pruuniga, alusklaasi loputatakse dH2O-ga ning lõigud kaetakse veepõhise kattevedeliku abil katteklaasiga.
A final elongation step of 10 minutes at 72 °C shall be performed.
Positiivse ja negatiivse kontrollina kasutatakse lõike, mis on saadud teadaolevalt vastavalt nakatunud ja nakatumata peremeesorganismilt.
For the detection of M. refringens, PCR shall be performed with primers that target the ITS1 region (5′-CCG-CAC-ACG-TTC-TTC-ACT-CC-3′ and 5′-CTC-GCG-AGT-TTC-GAC-AGA-CG-3′).
Tulemus on positiivne, kui teadaolevas sihtkoes täheldatakse lillakasmustaks värvunud M. refringens'i rakke ning kõik negatiivsed kontrollid on negatiivsed ja kõik positiivsed kontrollid on positiivsed.
Positive controls shall consist of genomic DNA from a highly infected host or plasmidic DNA including the target region.
Sekveneerimine
Negative controls shall consist of genomic DNA from non-infected hosts and PCR reactives without target DNA.
Ühena viimastest diagnoosi kinnitamise etappidest viiakse läbi sekveneerimine.
A positive result shall be positive PCR amplification at the expected size (412 bp), with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Sihtjärjestused on ribosoomi väikese subühiku rRNA geen (SSU rDNA) ja ITS1.
In-situ hybridisation (ISH)
Marteilia refringens'i nakkuse seire ja nakkuse esinemise kinnitamise üksikasjalikud diagnostikameetodid ja nende kohaldamise kord
Several ISH protocols have been developed and published.
Marteilia refringens'it hõlmavate seireprogrammide puhul ja kõnealuse loetletud taudi esinemise kinnitamiseks või sellekohase kahtluse ümberlükkamiseks vastavalt I lisa 4. osa II jaos sätestatud nõuetele kasutatakse diagnostikameetodeid ja nende kohaldamise korda, mis on kooskõlas järgmiste tabelis 4.1 esitatud juhistega.
Probe that targets the SSU of the rRNA gene complex shall be used because it has been validated against histology.
Tabel 4.1
Sections of tissue that include gills, digestive gland, shall be fixed for at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology.
Juhised Marteilia refringens'i nakkuse seire programmide raames ja nakkuse esinemise või puudumise kinnitamiseks kasutatavate diagnostikameetodite kohaldamiseks
Sections of 5 μm shall be cut and placed on aminoalkylsilane-coated slides, which shall then be baked overnight in an oven at 40 °C.
Meetod
The sections shall be dewaxed by immersing in xylene for 10 minutes.
Suunatud seire
This step shall be repeated once and then the solvent shall be eliminated by immersion in two successive absolute ethanol baths for 10 minutes each.
Eeldatav diagnoos
The sections shall then be dehydrated by immersion in a graded ethanol series.
Kinnitav diagnoos
The sections shall be treated with proteinase K (100 μg ml– 1) in TE buffer (Tris [50 mM], EDTA [10 mM]), at 37 °C for 30 minutes.
Seedenäärme koejäljendid
Slides shall be dehydrated by immersion in a graded ethanol series and then air dried.
X või
Sections shall be incubated with 100 μl of hybridisation buffer (4 × SSC [standard saline citrate], 50 % formamide, 1 × Denhardt's solution, 250 μg ml– 1 yeast tRNA, 10 % dextran sulphate) containing 10 ng (1 μl of the PCR reactants prepared as described in point I.3.2 using primers CCG-GTG-CCA-GGT-ATA-TCT-CG and TTC-GGG-TGG-TCT-TGA-AAG-GC) of the digoxigenin-labelled probe.
Histopatoloogiline analüüs
Sections shall be covered with in-situ plastic cover-slips and placed on a heating block at 95 °C for five minutes.
In situ hübridiseerimine
Slides shall then be cooled on ice for one minute before overnight hybridisation at 42 °C in a humid chamber.
X ja
Sections shall be washed twice for five minutes in 2 × SSC at room temperature, and once for 10 minutes in 0,4 × SSC at 42 °C.
Proovide töötlemine
The detection steps shall be performed according to the manufacturer's instructions.
Valitud austreid hoitakse nende andmeid ja päritoluteavet sisaldava märgisega kilekotis jahutatult 4 °C juures või jääl kuni 24 tundi, kui valim hõlmab avatud kojapoolmetega molluskeid, või muul juhul kuni 72 tundi.
The slides shall then be rinsed in sterile distilled water (dH2O).
Bonamia ostreae nakkuse diagnoosimisel kasutatakse histoloogiliseks analüüsiks muu hulgas lõpustest ja südamest saadud 3–5 mm paksust koelõiku.
The sections shall be counter-stained with Bismarck Brown Yellow, rinsed in dH2O, and cover-slips shall be applied using an aqueous mounting medium.
Pärast lõpuse- või südamekudede kuivatamist imava paberiga tehakse neist alusklaasile mitu jäljendit.
Positive and negative controls shall be sections from known infected and non-infected hosts respectively.
Alusklaasil lastakse õhu käes kuivada, koed fikseeritakse metanooli või absoluutse etanooliga ning värvitakse turul kättesaadava vererakkude värvimise komplekti, näiteks komplekti Diff-Quik® või Hemacolor® abil vastavalt tootja juhistele.
A positive result shall be demonstrated by the purple-black labelling of M. refringens cells within known target tissues, with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Alusklaasi vaadeldakse esmalt 200-kordsel suurendusel ja seejärel õliimmersiooniga 1000-kordsel suurendusel.
Sequencing
Tulemus on positiivne, kui hemotsüütides leitakse väikseid kera- või munakujulisi organisme laiusega 2–5 μm.
Sequencing shall be carried out as one of the final steps for confirmatory diagnostic.
Kõnealust parasiiti võib leiduda ka rakkudest väljaspool.
Targeted regions are the SSU rDNA and ITS1.
Nende organismide tsütoplasma on basofiilne ja tuum eosinofiilne (värvus võib kasutatavast värvainest olenevalt varieeruda) ning alusklaasil lamenemisest tingituna võivad need koejäljendis näha välja laiemad kui histoloogilise analüüsi puhul.
Detailed diagnostic methods and procedures for surveillance and confirmation of infection with Marteilia refringens
Võidakse täheldada mitmetuumalisi rakke.
Method
Võib kasutada turul kättesaadavat DNA eraldamise komplekti, mille abil saadakse tavaliselt kvaliteetne DNA, mida on võimalik kasutada allpool kirjeldatud PCRi meetodite puhul.
Targeted surveillance
Võib kasutada kahte PCRi meetodit, mille puhul sihtjärjestus on SSU rDNA:
Presumptive diagnosis
PCRi segu üldmahuga 50 μl sisaldab puhvrit (500 mM KCl, 100 mM Tris-HCl (pH 9,0 temperatuuril 25 °C) ja 1 % Triton X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP-de segu, päripidist ja äraspidist praimerit kontsentratsioonis 1 μM, Taq DNA polümeraasi kontsentratsioonis 0,02 ühikut mikroliitri kohta ning matriits-DNAd kontsentratsioonis 0,2 ng/μl.
Confirmatory diagnosis
Proov denatureeritakse termotsükleris viie minuti jooksul 94 °C juures ning sellega tehakse 30 PCRi tsüklit (üks minut 94 °C juures, üks minut 55 °C juures ja üks minut 72 °C juures), millele järgneb viimane elongatsioonietapp – 10 minutit 72 °C juures.
Digestive gland imprints
Tulemus on positiivne, kui PCRi abil saadakse eeldatava pikkusega amplikon (300 bp) ning kõik negatiivsed kontrollid on negatiivsed ja positiivsed kontrollid on positiivsed;
X, or
teine PCRi meetod on värvainel SYBR® Green põhinev reaalajas jälgitav PCR.
Histopathology
See meetod võimaldab spetsiifiliselt tuvastada B. ostreae't (kirjeldatud allpool) ja seda võib kasutada koos B. exitiosa spetsiifilist tuvastamist võimaldava värvainel SYBR® Green põhineva reaalajas jälgitava PCRiga (Ramilo et al., 2013).
In situ hybridisation
Praimeritega BOSTRE-F (5′-TTACGTCCCTGCCCTTTGTA-3′) ja BOSTRE-R (5′-TCGCGGTTGAATTTTATCGT-3′) amplifitseeritakse fragment pikkusega 208 bp.
X, and
PCRi segu sisaldab lahust SYBR® Green Master Mix (1 X), päripidist ja äraspidist praimerit kontsentratsioonis 0,3 μM ning 200 ng eraldatud DNAd.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH BONAMIA OSTREAE
Proov denatureeritakse reaalajas jälgimise süsteemis 10 minuti jooksul 95 °C juures ning sellega tehakse 35 PCRi tsüklit (30 sekundit 95 °C juures, 45 sekundit 55 °C juures ja üks minut 72 °C juures).
I. Procedures for diagnosis of Infection with Bonamia ostreae
Viiakse läbi sulamistemperatuuri kõvera analüüs, mille puhul temperatuuri tõstetakse astmeliselt kiirusega 0,5 °C/s algväärtuselt 55 °C lõppväärtuseni 95 °C ning iga temperatuurimuutuse puhul registreeritakse fluorestsentssignaal.
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a certain health status with regard to Bonamia ostreae as set out in Section I of Part 5 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 5 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in following points I.1, I.2 and I.3 shall apply.
Positiivse kontrollina kasutatakse raskelt nakatunud peremeesorganismist pärit genoomset DNAd või sihtjärjestust hõlmavat plasmiidi DNAd.
Sample process
Negatiivsete kontrollidena kasutatakse nakatumata peremeesorganismist pärit genoomset DNAd ja PCRi segu, millest on välja jäetud sihtjärjestust sisaldav DNA.
Once sampled, oysters shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters.
Tulemus on positiivne, kui PCRi abil amplifitseerimisel täheldatakse spetsiifilist sulamistemperatuuri piiki (Ramilo et al.
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Bonamia ostreae by histology.
(2013) avaldatud tingimustes 78,25 ± 0,25 °C) ning kõik negatiivsed kontrollid on negatiivsed ja positiivsed kontrollid on positiivsed.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit (namely such as Diff- Quik®/Hemacolor®.), in accordance with the manufacturer's instructions.
Muu hulgas lõpustest ja seedenäärmest saadud koelõikude fikseerimiseks hoitakse neid vähemalt 24 tundi Davidsoni fikseerimislahuses ning töödeldakse seejärel parafiinlõikude histoloogilises analüüsis tavapäraselt kasutataval viisil.
Slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
Seejärel inkubeeritakse lõike 100 μl hübridiseerimispuhvris (4 × SSC (standardne naatriumtsitraadi lahus), 50 % formamiidi, 1 × Denhardti lahus, 250 μg/ml pärmi tRNA-d, 10 % dekstraansulfaati), mis sisaldab 20 ng digoksigeniiniga märgistatud sondi (2 μl punktis I.3.2. kirjeldatu kohaselt praimeritega Bo ja Boas läbi viidud PCRi segu).
A positive result shall be the presence of small spherical or ovoid organisms (2 to 5 μm wide) within haemocytes.
Lõike pestakse kaks korda toatemperatuuril lahuses 2 × SSC, kummalgi korral 5 minutit, ning üks kord 10 minutit lahuses 0,4 × SSC temperatuuril 42 °C.
However, the parasite might also occur extracellularly.
Tulemus on positiivne, kui hemotsüütides täheldatakse märgistatud parasiite ning kõik negatiivsed kontrollid on negatiivsed ja positiivsed kontrollid on positiivsed.
These organisms show a basophilic cytoplasm and an eosinophilic nucleus (colours may vary with the stain used) and, because they spread on the slide, they can appear wider on imprints than on histological examination.
Sihtjärjestused on SSU rDNA ja ITS1.
Multinucleated cells may be observed.
Bonamia ostreae nakkuse seire ja nakkuse esinemise kinnitamise kord
Sections of tissue that include gills and digestive gland, shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
Bonamia ostreae nakkuse seireks ja nakkuse esinemise kahtluse kinnitamiseks või ümberlükkamiseks vastavalt I lisa 5. osa II jaos sätestatud nõuetele kasutatakse diagnostikameetodeid ja nende kohaldamise korda, mis on kooskõlas järgmiste tabelis 5.1 esitatud juhistega.
A positive result shall be the presence of parasites as very small cells of 2 to 5 μm wide within the haemocytes or free in the connective tissue or sinuses of gill, gut and mantle epithelium, often associated with an intense inflammatory reaction.
Tabel 5.1
To avoid any doubt, the parasite shall be observed inside the haemocyte for a positive diagnosis.
Juhised Bonamia ostreae nakkuse seire programmide raames ja nakkuse esinemise või puudumise kinnitamiseks kasutatavate diagnostikameetodite kohaldamiseks
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as detailed below, may be used.
Südame või lõpuste koejäljendid
Two PCR protocols targeting the small subunit (SSU) rDNA may be used:
VIIRUSLIKU VALGELAIKSUSE SEIREKS JA SELLE TAUDI ESINEMISE KINNITAMISEKS KASUTATAVAD ÜKSIKASJALIKUD DIAGNOSTIKAMEETODID JA NENDE KOHALDAMISE KORD
the first one is a conventional PCR that amplify several members of the Haplosporidia including Bonamia spp.
Diagnostikameetodid valgelaiksust tekitava viiruse tuvastamiseks
Primers designated Bo and Boas are 5′-CAT-TTA-ATT-GGT-CGG-GCC-GC-3′ and 5′-CTG-ATC-GTC-TTC-GAT-CCC-CC-3′ respectively, and amplify a 300 bp product.
Proovivõtmisel ja laborianalüüsi tegemisel vastavalt I lisa 6. osa II jaos sätestatud diagnostikameetoditele järgitakse nimetatud lisa 6. osa I jao kohaste seire- ja likvideerimisprogrammide puhul ning direktiivi 2006/88/EÜ artikli 57 punkti b kohaseks valgelaiksust tekitava viiruse esinemise kinnitamiseks või sellekohase kahtluse ümberlükkamiseks käesoleva osa punktides 2–7 sätestatud üksikasjalikke diagnostikameetodeid ja nende kohaldamise korda.
PCR mixtures contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 0,2 ng μl– 1 of the DNA template in a total volume of 50 μl.
II lisa käesolevas osas kirjeldatud meetodid ja nende kohaldamise kord põhinevad koorikloomade haiguste Euroopa Liidu referentlaboris kasutataval standardi ISO 17025 kohaselt akrediteeritud meetodil.