natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Inoculate 5 to 10 susceptible tomato or eggplant seedlings at the third true leaf stage (see Section VI.A.9).
Inokuleeritakse 5–10 tundlikku tomati- või baklažaaniseemikut, millel on välja kasvanud kolmas pärisleht (vt VI jao punkt A.9).
Incubate for up to two weeks at 25 to 28 °C and high relative humidity with appropriate watering to avoid waterlogging or drought stress.
Inkubeeritakse kuni kaks nädalat temperatuuril 25–28 °C ning kõrge suhtelise niiskuse juures ja kastetakse parajal määral, et oleks välditud ülekastmine ja kuivamine.
With pure cultures typical wilting should be obtained within 14 days.
Puhaskultuuriga taimedel peaksid tekkima tüüpilised närbumissümptomid 15 päeva jooksul.
If after this period symptoms are not present, the culture cannot be confirmed as being a pathogenic form of R. solanacearum.
Kui selle aja jooksul ei ole sümptomeid, ei saa kultuuri pidada R. solanacearum’i patogeenseks vormiks.
Observe for symptoms of wilting and/or epinasty, chlorosis and stunting.
Jälgitakse närbumise ja/või lehtede keerdumise, kloroosi ja kängumise tundemärke.
Isolate from symptomatic plants by removing a section of stem about 2 cm above the inoculation point.
Isoleeritakse sümptomitega taimedest, eraldades varreosa umbes 2 cm kõrguselt inokulatsioonipunktist.
Comminute and suspend in a small volume of sterile distilled water or 50 mM phosphate buffer (Appendix 4).
Purustatakse ja lahustatakse väikeses koguses steriilses destilleeritud vees või 50 mM fosfaatpuhvris (4. liide).
Isolate from the suspension by dilution spreading or streaking on a suitable medium, preferably onto a selective medium (Appendix 2), incubate for 48 to 72 hours at 28 °C and observe the formation of colonies typical of R. solanacearum.
Isoleeritakse suspensioonist, lahjendused hõõrutakse spaatliga laiali või tehakse joonkülv sobival söötmel, eelistatavalt selektiivsöötmel (2. liide), inkubeeritakse 48–72 tundi temperatuuril 28 °C ja jälgitakse bakterile R. solanacearum tüüpiliste kolooniate tekkimist.
See Lelliott and Stead (1987)
Vt Lelliott ja Stead (1987).
Laboratory [201]
Labor [201]
Vienna and Linz
Viin ja Linz
Contact scientists: see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.
Kontaktteadurid – vt veebileht http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.
General growth media
Üldised kasvusöötmed
Nutrient Agar (NA)
Toiteagar
Nutrient Agar (Difco)
Toiteagar (Difco)
Distilled water
Destilleeritud vesi
Dissolve ingredients and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 min.
Ained lahustatakse ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.
Yeast Peptone Glucose Agar (YPGA)
Pärmiekstraktiga glükoospeptoonagar (YPGA)
Yeast extract (Difco)
Pärmiekstrakt (Difco)
Bacto-Peptone (Difco)
Bacto-peptoon (Difco)
D(+) Glucose (monohydrate)
D(+)-glükoos (monohüdraat)
pH 7,2 – 7,4
pH 7,2–7,4
Dissolve ingredients and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes.
Ained lahustatakse ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.
Kelman’s Tetrazolium Medium
Kelmani tetrasooliumsööde
Casamino acids (Difco)
Kasaminohapped (Difco)
Cool to 50 °C and add a filter-sterilised solution of 2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride (Sigma) to obtain a final concentration of 50 mg per l.
Jahutatakse temperatuurini 50 °C ning läbi steriilse filtri lisatakse 2,3,5-trifenüültetrasooliumkloriidi (Sigma) vesilahust, nii et lõplik kontsentratsioon lahuses on 50 mg/l.
Validated selective growth media
Valideeritud selektiivsed kasvusöötmed
SMSA medium (Englebrecht, 1994 as modified by Elphinstone et al., 1996)
SMSA-sööde (Engelbrecht, 1994, muudetud Elphinstone et al., 1996).
Basal medium
Põhisööde
Bacto-Agar (Difco); see Note 2.
Bacto-agar (Difco); vt Märkus 2.
Cool to 50 °C and add filter-sterilised aqueous stock solutions of the following ingredients to obtain the specified final concentrations:
Jahutatakse temperatuurini 50 °C ning läbi steriilse filtri lisatakse järgmiste koostisosade põhivesilahust, et saada täpselt määratletud lõppkontsentratsioonid.
Crystal Violet (Sigma)
Kristallviolett (Sigma)
5 mg per l
5 mg/l
1250 U (approximately 25 mg) per l
1250 U (ligikaudu 25 mg)/l
Chloramphenicol (Sigma C-3175)
Klooramfenikool (Sigma C-3175)
Penicillin-G (Sigma P-3032)
Penitsiliin-G (Sigma P-3032)
825 U (approximately 0,5 mg) per l
825 U (ligikaudu 0,5 mg)/l
2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride (Sigma)
2,3,5-trifenüültetrasooliumkloriid (Sigma)
50 mg per l
50 mg/l
Use of reagents other than those specified above may affect growth of R. solanacearum.
Muude reaktiivide kasutamine peale ülalloetletute võib mõjutada R. solanacearum’i kasvu.
Oxoid Agar #1 can be used in place of Bacto-Agar (Difco).
Bacto-agari (Difco) asemel võib kasutada Oxoid-agarit nr 1.
In this case growth of R. solanacearum will be slower, although growth of competing saprophytes may also be reduced.
Sel juhul on R. solanacearum’i kasv aeglasem, ehkki võib redutseeruda ka võistlevate saprofüütbakterite kasv.
Typical colonies of R. solanacearum may take 1 to 2 days longer to form and the red colouration may be lighter and more diffuse than on Bacto-Agar.
solanacearum’i tüüpilised kolooniad võivad kujuneda 1–2 päeva hiljem ning punane värvus võib olla heledam ja hajusam kui Bacto-agaril.
Increasing bacitracin concentration to 2500 U per l may reduce populations of competing bacteria without affecting growth of Ralstonia solanacearum.
Batsitratsiini kontsentratsiooni suurendamine kuni 2500 U/l võib vähendada võistlevate bakterite populatsioone, mõjutamata Ralstonia solanacearum’i kasvu.
Store media and stock solutions of antibiotics at 4 °C in the dark and use within one month.
Söötmeid ja antibiootikumide põhilahuseid säilitatakse temperatuuril 4 °C pimedas ja kasutatakse kuu aja jooksul.
Plates should be free from surface condensation before use.
Söötmeplaatidel pinnal ei tohi enne kasutamist olla kondenseerumist.
Avoid excess drying of plates.
Välditakse söötmeplaatide liigset kuivamist.
Quality control should be performed after preparation of each new batch of medium by plating a suspension of a reference culture of R. solanacearum (see Appendix 3) and observing formation of typical colonies after incubation at 28 °C for two to five days.
Pärast iga uue söötmepartii valmistamist tuleb teha kvaliteedikontroll, tehes R. solanacearum’i referentskultuuri väljakülvi söötmeplaadile (vt 3. liide) ja jälgides tüüpiliste kolooniate kujunemist pärast 2–5päevast inkubeerimist temperatuuril 28 °C.
Validated enrichment media
Valideeritud rikastussöötmed
SMSA Broth (Elphinstone et al., 1996)
SMSA-puljong (Elphinstone et al., 1996)
Prepare as for SMSA selective agar medium but omit Bacto-Agar and 2,3,5-tetrazolium chloride.
Valmistatakse samamoodi kui SMSA-selektiivsööde, kuid jäetakse välja Bacto-agar ja 2,3,5-tetratsooliumkloriid.
Modified Wilbrink broth (Caruso et al., 2002)
Modifitseeritud Wilbrinki puljong (Caruso et al., 2002)
Proteose peptone
Proteoospeptoon
Sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes and cool to 50 °C
Steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit ja jahutatakse maha 50 °C.
Add antibiotic stock solutions as for SMSA broth.
Lisatakse antibiootilised põhilahused nagu SMSA-puljongi puhul.
Bacterial isolates
Bakterikolooniad
The following bacterial isolates are recommended for use as standard reference material either as positive controls (Table 1) or during optimisation of tests to avoid cross-reactions (Table 2).
Positiivsete kontrollidena (tabel 1) või analüüside optimeerimisel (tabel 2) soovitatakse ristreaktsioonide vältimiseks kasutada standardse võrdlusmaterjalina järgmisi isoleeritud bakteritüvesid.
All strains are commercially available from:
Kõiki tüvesid saab osta järgmistest kohtadest:
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, UK
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, Ühendkuningriik
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, the Netherlands.
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, Madalmaad
Collection Française de Bactéries Phytopathogènes (CFBP), INRA Station Phytobactériologie, Angers, France.
Collection française de bactéries phytopathogènes (CFBP), INRA – Station de phytobactériologie, Angers, Prantsusmaa
Table 1 SMT reference panel of isolates of R. solanacearum
Tabel 1. R. solanacearum’i tüvede SMT viitenumbrid
NCPPB code
NCPPB-kood
Other codes
Muud koodid
Note: Authenticity of the above strains can be guaranteed only if obtained from an authentic culture collection.
Märkus: eelloetletud tüvede autentsus on tagatud vaid siis, kui need saadakse autentsest kultuuride kogust.
Table 2: SMT reference panel of serologically- or genetically-related bacteria for use in optimisation of detection tests
Tabel 2. Määramisanalüüside optimeerimisel kasutatavate seroloogiliselt võigeneetiliselt seotud bakterite SMT viitenumber.
Other code
Muu kood
Identification
Eristus
The following standard control material is available from the NCPPB culture collection.
Järgmisi standardiseeritud kontrollmaterjale saab NCPPB kultuuride kogust.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers as negative control for all tests.
200 terve kartulimugula kartuliekstrakti külmkuivatatud kontsentreeritud bakterisade külmutatakse kõikide analüüside negatiivseks kontrolliks.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers containing 103 to 104 and 104 to 106 cells R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) as positive controls for serological and PCR tests.
200 terve kartulimugula kartuliekstrakti külmkuivatatud kontsentreeritud bakterisade, mis sisaldab R. solanacearum’i biotüüp 2 (tüvi NCPPB 4156 või PD 2762 või CFBP 3857) 103 kuni 104 ja 104 kuni 106 rakku seroloogiliste ja PCR-analüüside positiivseks kontrolliks.
Since cell viability is affected during freeze-drying, these are not suitable as standard controls for isolation or bioassay tests.
Kuna külmkuivatamise käigus mõjutatakse rakkude eluvõimelisust, ei sobi need isolatsiooni- ja biotesti standardkontrollideks.
Formalin-fixed suspensions of R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) at 106 cells per ml as positive controls for serological tests.
Seroloogiliste analüüside positiivseteks kontrollideks on R. solanacearum’i biotüüp 2 (tüvi NCPPB 4156 või PD 2762 või CFBP 3857) formaliiniga fikseeritud suspensioonid 106 rakku milliliitri kohta.
Preparation of positive and negative controls for the core screening tests PCR/IF and FISH
Positiivsete ja negatiivsete kontrollide valmistamine
Produce a 48 hour culture of a virulent strain of R. solanacearum race3/biovar2 (e.g. strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) on basal SMSA medium and suspend in 10 mM phosphate buffer to obtain a cell density of approximately 2 × 108 cfu per ml.
Tehakse bakteri R. solanacearum’i rassi 3/biotüübi 2 virulentse tüve (nt tüvi NCPPB 4156 või PD 2762 või CFBP 3857) 48tunnine kultuur SMSA-põhisöötmel ja suspendeeritakse 10 mM fosfaatpuhvris, et saada rakkude tiheduseks umbes 2 × 108 kolooniaid moodustavat osakest milliliitris.
This is usually obtained by a faintly turbid suspension equivalent to an optical density of 0,15 at 600 nm.
See saadakse tavaliselt veidi häguses suspensioonis, mis vastab 0,15 optilisele tihedusele 600 nanomeetris.
Remove the heel end cores of 200 tubers taken from a white skin variety production known to be free from R. solanacearum.
Eemaldatakse basaalsed tipusüdamikud 200 mugulalt, mis on pärit valgekoorelise sordi saagist, mille kohta on teada, et selles ei ole bakterit R. solanacearum.
Process the heel ends as usual and resuspend the pellet in 10 ml.
Basaalseid tipusüdamikke töödeldakse tavaliselt ja bakterisade resuspendeeritakse 10 milliliitris.
Prepare 10 sterile 1,5 ml microvials with 900 µl of the resuspended pellet.
Valmistatakse 10 steriilset 1,5 ml mikroampulli 900 µl resuspendeeritud bakterisademega.
Transfer 100 µl of the suspension of R. solanacearum to the first microvial.
100 µl bakteri R. solanacearum suspensiooni pannakse esimesse mikroampulli.
Vortex.
Loksutatakse vorteksil.
Establish decimal levels of contamination by further diluting in the next five microvials.
Saastetase määratakse lahjenduste kümnendreaga järgmises viies mikroampullis.
The six contaminated microvials will be used as positive controls.
Kuut saastunud mikroampulli kasutatakse positiivsete kontrollidena.
The four non-contaminated microvials will be used as negative controls.
Nelja saastumata mikroampulli kasutatakse negatiivsete kontrollidena.
Label the microvials accordingly.
Mikroampullid märgistatakse vastavalt.
Prepare aliquots of 100 µl in sterile 1,5 ml microvials thus obtaining nine replicas of each control sample.
Steriilsetes 1,5 ml mikroampullides valmistatakse 100 µl alikvoodid ning saadakse seega iga kontrollproovi 9 replikoni.
Store at –16 to –24 °C until use.
Säilitatakse –16 kuni –24 °C juures kuni kasutamiseni.
The presence and quantification of R. solanacearum in the control samples should be first confirmed by IF.
Bakteri R. solanacearum olemasolu ja kvantifikatsioon kontrollproovides tuleks esmalt kinnitada IF-analüüsiga.
For the PCR test perform DNA extraction from positive and negative control samples with each series of test samples.
PCR-analüüsiks ekstraheeritakse DNA positiivsetest ja negatiivsetest kontrollproovidest iga katseproovide seeria puhul.
For IF and FISH tests perform assays on positive and negative control samples with each series of test samples.
IF- ja FISH-analüüsideks analüüsitakse positiivseid ja negatiivseid kontrollproove iga analüüsitavate proovide seeria puhul.
For IF, FISH and PCR assays R. solanacearum must be detected in at least the 106 and 104 cells/ml of the positive controls and not in any of the negative controls.
IF-, FISH- ja PCR-analüüsides tuleb avastada bakteri R. solanacearum vähemalt 106 ja 104 rakku milliliitris positiivsetes kontrollides ning bakterit ei tohi olla üheski negatiivses kontrollis.
Use as standard reference strain of R. solanacearum biovar 2 (race 3).
Kasutatakse R. solanacearum’i biotüübi 2 (rassi 3) standardse referenttüvena.
Potential cross-reacting strain in serological tests (IF and/or ELISA) with polyclonal antisera.
Seroloogilistes analüüsides (IF ja/või ELISA) võimalik tüve ristuv reageerimine polüklonaalsete antiseerumitega.
Strain from which PCR product can be amplified in some laboratories of a similar size to that expected using specific primers OLI-1 and Y-2 (see Appendix 6).
Tüvi, millest mõnes laboris võib amplifitseerida sama suurusega PCR produkte kui spetsiifiliste praimerite OLI-1 ja Y-2 kasutamisel (vt 6. liide).
Likely to cross-react in most tests but known to occur only on banana in Indonesia.
Reageerib ristuvalt tõenäoliselt enamikus analüüsides, kuid teadaolevalt esineb vaid banaanidel Indoneesias.
General: Unopened sterilised buffers can be stored for up to one year
ÜLDNÕUE: avamata steriilseid puhvreid võib säilitada kuni ühe aasta.
Buffers for extraction procedure
Ekstraktsioonimenetluse puhvrid
Extraction buffer (50 mM phosphate buffer, pH 7,0)
Ekstraktsioonipuhver (50 mM fosfaatpuhver, pH 7,0)
This buffer is used for extraction of the bacterium from plant tissues by homogenisation or shaking.
Seda puhvrit kasutatakse bakteri eraldamiseks taimekudedest homogeenimise või loksutamise teel.
(anhydrous)
(veevaba)
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 min.
Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.
Additional components may be useful as follows:
Võib lisada muid aineid järgmiselt.
Quantity (per l)
Kogus (liitri kohta)
Lubrol flakes
Lubrol-helbed
Deflocculant [501]
Deflokulant [501]
DC silicone antifoam
DC-silikooniga vahutamisvastane aine
Anti-foam agent [501]
Vahutamisvastane aine [501]
Tetrasodium pyrophosphate
Tetranaatriumpürofosfaat
Anti-oxidant
Antioksüdant
Binding of PCR inhibitors
PCR-inhibiitorite siduja
Pellet buffer (10 mM phosphate buffer, pH 7,2)
Bakterisademe puhver (10 mM fosfaatpuhver, pH 7,2)
This buffer is used for resuspension and dilution of potato tuber heel-end core extracts following concentration to a pellet by centrifugation.
Seda puhvrit kasutatakse kartulimugula basaalsete tipusüdamike ekstraktide resuspendeerimiseks pärast kontsentreerimist bakterisademeks tsentrifuugimise teel.
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes.
Ained lahustatakse, kontrollitakse pH ja steriliseeritakse autoklaavis 121 °C juures 15 minutit.
Buffers for the IF test
IF-analüüsi puhvrid
IF-Buffer (10 mM phosphate buffered saline (PBS), pH 7.2)
IF-puhver (10 mM fosfaatpuhvri lisandiga keedusoolalahus (PBS), pH 7,2)
This buffer is used for dilution of antibodies
Seda puhvrit kasutatakse antikehade lahjendamiseks.
IF-buffer-Tween
IF-puhver Tweeniga
This buffer is used to wash slides.
Seda puhvrit kasutatakse objektiklaaside pesemiseks.
Add 0,1 % Tween 20 to the IF buffer.
IF-puhvrile lisatakse 0,1 % Tween 20.
Phosphate buffered glycerol, pH 7,6
Fosfaatpuhvri lisandiga glütserool, pH 7,6
This buffer is used as a mountant fluid on the windows of IF slides to enhance fluorescence.
Seda puhvrit kasutatakse kattevedelikuna fluorestseerumise suurendamiseks IF-objektiklaaside aknaväljades.
Anti-fading mountant solutions are commercially available e.g. Vectashield® (Vector Laboratories) or Citifluor® (Leica).
Pleekimisvastased kattevedelikud on müügil, näiteks Vectashield® (Vector Laboratories) või Citifluor® (Leica).
Buffers for the Indirect ELISA test
Kaudse ELISA-analüüsi puhvrid
Double strength coating buffer, pH 9,6.
Kahekordne kattepuhver, pH 9,6
Sodium sulphite (0.2 %) may be added as antioxidant if required to prevent build up of oxidised aromatic compounds.
Antioksüdandina võib lisada naatriumsulfitit (0,2 %), et vältida oksüdeerunud aromaatsete ühendite tekkimist.
Phosphate buffered saline (PBS), pH 7,4
10 X fosfaatpuhvri lisandiga keedusoolalahus (PBS), pH 7,4
Blocking (antibody) buffer (must be freshly prepared).
Blokeeriv (antikeha) puhver (puhver tuleb valmistada vahetult enne töö alustamist)
Polyvinylpyrrolidone-44000 (PVP-44)
Polüvinüülpürrolidoon-44000 (PVP-44)
make up to 100 ml
Täiendatakse 100 ml-ni
Alkaline phosphatase substrate solution, pH 9,8
Leeliseline fosfataassubstraadi lahus, pH 9,8
Diethanolamine
Dietanoolamiin
Mix and adjust to pH 9,8 with concentrated HCl.
Segatakse ja kontsentreeritud HCl-ga reguleeritakse pH 9,8ni.
Make up to 1 L with distilled water.
Maht täiendatakse destilleeritud veega 1 liitrini.
Add 0,2 g MgCl2.
Lisatakse 0,2 g MgCl2.
Dissolve 2 phosphatase substrate 5 mg tablets (Sigma) per 15 ml of solution.
Kaks fosfataassubstraadi 5 mg tabletti (Sigma) lahustatakse 15 ml lahuses.
Buffers for DASI ELISA test
DASI ELISA analüüsi puhvrid
Coating buffer, pH 9,6
Kattepuhver, pH 9,6
Dissolve ingredients and check pH 9,6
Ained lahustatakse ja kontrollitakse pH 9,6.
Phosphate saline buffer(PBS) pH 7,2 to 7,4
10 X fosfaatpuhvri lisandiga keedusoolalahus (PBS), pH 7,2–7,4
Substrate buffer, pH 9,8
Substraatpuhver, pH 9,8
For use with homogenisation extraction method
Kasutamiseks ekstraktsioonimenetluses homogeenimise teel.
Count the mean number of typical fluorescent cells per field of view (c).
Loendatakse keskmine tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv välja kohta (c).
Calculate the number of typical fluorescent cells per microscope slide window (C).
Arvutatakse tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv objektiklaasi akna kohta (C).
surface area of window of multispot slide
mitmekohalise objektiklaasi aknavälja pindala
surface area of objective field
objektiivi pindala
field coefficient (varies from 8 to 24 depending upon ocular type)
välja koefitisient (sõltub okulaari tüübist ja on 8-24)
tube coefficient (1 or 1,25)
toru koefitsient (1 või 1,25)
magnification of objective (100 ×, 40 × etc.).
objektiivi suurendus (100 korda, 40 korda jne).
Calculate the number of typical fluorescent cells per ml of re-suspended pellet (N).
Arvutatakse tüüpiliste fluorestseeruvate rakkude arv milliliitri resuspendeeritud bakterisademe kohta (N).
volume of re-suspended pellet on each window
resuspendeeritud bakterisademe maht igas aknas
dilution factor of re-suspended pellet.
resuspendeeritud bakterisademe lahjendustegur.
Preliminary testing should permit reproducible detection of 103 to 104 cells of R. solanacearum per ml of sample extract.
Märkus: eelanalüüsid peaksid võimaldama reprodutseeritavalt avastada vähemalt 103 kuni 104 bakteri R. solanacearum rakku prooviekstrakti milliliitris.
Preliminary testing should also show no false positive results with a panel of selected bacterial strains (see Appendix 3).
Eelanalüüsid ei tohiks anda valepositiivseid tulemusi valitud bakteritüvedega (vt 3. liide).
Oligonucleotide primers
Oligonukleotiidpraimerid
Forward primer OLI-1
Päripidine praimer OLI-1
Reverse primer Y-2
Äraspidine praimer Y-2
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 288 bp
Bakteri R. solanacearum maatriks-DNA eeldatav amplikonipikkus on 288 aluspaari.
PCR reaction mix
PCR-reaktsioonisegu
Quantity per reaction
Kogus reaktsiooni kohta
Sterile UPW
Steriilne ultrapuhas vesi
PCR buffer [701] (15 mM MgCl2)
PCR puhver [701] (15 mM MgCl2)
dNTP mix (20 mM)
dNTP-segu (20 mM)
Taq polymerase (5U/µl) [701]
Taq-polümeraas (5 U/µl) [701]
Sample volume
Proovi maht
Total volume
Kogumaht
PCR reaction conditions
PCR-reaktsiooni tingimused
Run the following programme:
Järgitakse järgmist menetlust:
1 cycle of:
1 tsükkel:
2 minutes at 96 °C (denaturation of template DNA)
2 minutit 96 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)
35 cycles of:
35 tsüklit:
20 seconds at 94 °C (denaturation of template DNA)
20 sekundit 94 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)
20 seconds at 68 °C (annealing of primers)
20 sekundit 68 °C juures (praimerite anniilimine)
30 seconds at 72 °C (extension of copy)
30 sekundit 72 °C juures (koopia ekstensioon)
10 minutes at 72 °C (final extension)
10 minutit 72 °C juures (lõplik ekstensioon)
hold at 4 °C.
hoitakse 4 °C juures
This programme was optimised for use with a Perkin Elmer 9600 thermal cycler.
Märkus: see programm optimeeriti termotsükleri Perkin Elmer 9600 kasutamiseks.
Modification of the duration steps of cycles (ii), (iii) and (iv) may be required for use with other models.
Muude mudelite kasutamisel võib olla vaja muuta tsüklite ii, iii ja iv kestust.
Restriction enzyme analysis of amplicon.
Amplikoni restriktsioonensüümi analüüs
PCR products amplified from R. solanacearum DNA produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Ava II after incubation at 37 °C.
Bakteri R. solanacearum DNAst amplifitseeritud PCR-produktid võivad ensüümiga Ava II anda tüüpilise pikkusega restriktsioonifragmentide polümorfismi, kui neid on inkubeeritud 37 °C juures.
PCR protocol of Pastrik and Maiss (2000)
PCR-protokoll, Pastrik ja Maiss (2000)
Forward primer Ps-1
Päripidine praimer Ps-1
Reverse primer Ps-2
Äraspidine praimer Ps-2
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 553 bp.
Bakteri R. solanacearum maatriks-DNA eeldatav amplikonipikkus on 553 aluspaari.
Originally optimised for MJ Research PTC 200 thermocycler with Gibco Taq Polymerase.
Märkus: Algselt optimeeritud kasutamiseks Gibco Taq-polümeraasiga termotsükleris MJ Research PTC 200.
Perkin Elmer AmpliTaq and buffer can also be used at the same concentrations.
Kasutada võib ka Perkin Elmer AmpliTaqi ja puhvrit samades kontsentratsioonides.
PCR buffer [702]
PCR puhver [702]
BSA (fraction V) (10 %)
BSA (fraktsioon V) (10 %)
d-nTP mix (20 mM)
dNTP-segu (20 mM)
Taq polymerase (5U/µl) [702]
Taq-polümeraas (5 U/µl) [702]
Total volume:
Kogumaht
5 minutes at 95 °C (denaturation of template DNA)
5 minutit 95 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)
30 seconds at 95 °C (denaturation of template DNA)
30 sekundit 95 °C juures (maatriks-DNA denaturatsioon)
30 seconds at 68 °C (annealing of primers)
30 sekundit 68 °C juures (praimerite anniilimine)
45 seconds at 72 °C (extension of copy)
45 sekundit 72 °C juures (koopia ekstensioon)
5 minutes at 72 °C (final extension)
5 minutit 72 °C juures (lõplik ekstensioon)
This programme is optimised for use with an MJ Research PTC 200 thermal cycler.
Märkus: programm on optimeeritud kasutamiseks termotsükleriga MJ Research PTC 200.