natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Æld prøven ved opbevaring under aerobe betingelser ved testtemperatur og i mørke eller diffus belysning.
(‡) Or other agreed control selection
I ringtesten (3) blev der ikke påvist forskel mellem ældede og frisk opsamlede havvandsprøvers nedbrydningspotentiale.
After arcsin square-root transform
Inden brug forbehandles havvandet for at fjerne grove partikler, f.eks. ved filtrering gennem et nylonfilter eller groft papirfilter (ikke membran- eller GF-C-filtre) eller ved sedimentering og dekantering.
(+) With fewer than 5 experimental units per treatment exact J-T or M-W test should be used if available
Registrer den anvendte fremgangsmåde.
Combine controls
Forbehandl eventuelt efter ældning.
Drop water control (‡)
Fremstil følgende stamopløsninger ud fra reagenser af analysekvalitet:
Compare controls using t-Test.
Tilsæt 1 ml af hver af de ovennævnte stamopløsninger pr. liter forbehandlet havvand.
Is solvent used?
Denne mættede koncentration af opløst ilt som funktion af saltindhold og temperatur kan aflæses af det nomogram, der er vedføjet denne testmetode (tillæg 4).
Appendix 9
Bestem (valgfrit) antallet af kolonidannende heterotrofer i havvandstestmediet (og helst også i den oprindelige havvandsprøve), f.eks. ved pladetælling ved hjælp af en marin agar.
Guidance for tissue sampling for genetic sex determination and for genetic sex determination by PCR-method
Klargøring af testkolber
Tissue sampling, preparation and storage before determination of genetic sex by PCR-method in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG)
Udfør alle nødvendige modifikationer, bl.a. ældning og forbehandling af havvandet ved den valgte testtemperatur på 15-20 °C, idet alt glasudstyr skal være rengjort, men ikke sterilt.
With fine scissors the anal or the dorsal fin will be cut off in each individual fish and placed into a tube filled with 100 μl of extraction-buffer 1 (details on buffer preparation see below).
Klargør parallelle grupper af BOD-kolber til samtidige forsøg med bestemmelse af BOD i test- og referencestoffer.
The scissors will be cleaned after each single fish in a beaker filled up with distilled H2O and dried with a paper tissue.
Foretag alle analyser på to kolber (blind-, reference- og teststoffer), dvs. klargør to kolber til hver bestemmelse.
Now the fin-tissues will be homogenised by a micro tube teflon pistil for the lysis of cells.
Til iltanalyser kræver fire bestemmelser i alt 3 × 2 × 4 = 24 kolber (blind-, reference- og teststof) og således omkring 8 liter testmedium (til en koncentration af teststoffet).
The pistils will be placed overnight in 0,5 M NaOH, rinse for 5 minutes in distilled H2O and stored in ethanol or sterile after autoclave until use.
Fremstil separate opløsninger af test- og referencestoffer i store kolber med tilstrækkeligt volumen (punkt 11) ved først at tilsætte test- og referencestoffer enten direkte eller ved at benytte en koncentreret stamopløsning til delvist fyldte store kolber.
It is also possible to store the fin tissue without any extraction-buffer 1 on dry-ice and then at – 80 °C refrigerator to prevent any degeneration of the DNA.
Tilsæt yderligere testmedium for at opnå de ønskede slutkoncentrationer.
But the extraction runs better, if you extract the DNA at the same time (handling see above; samples should be thawed on ice after storaging at – 80 °C before the buffer will be filled in the tubes).
Hvis der anvendes stamopløsninger af test- og/eller referencestoffer, skal det sikres, at saltindholdet af havvandsmediet ikke ændres væsentligt.
After homogenizing all tubes will be placed in a water bath and boiled for 15 minutes at 100 °C.
Vælg koncentrationer af test- og referencestoffer ved at tage følgende i betragtning:
Then 100 μl of the extraction buffer 2 (details on buffer preparation see below) will be pipetted into each tube.
opløseligheden af opløst ilt i havvand ved den givne testtemperatur og det givne saltindhold (se vedføjede nomogram — tillæg 4)
The samples will be stored at room temperature for 15 minutes and in the meantime they will be sometimes gently shaken by hand.
teststoffets forventede bionedbrydelighed.
Afterwards all tubes will be placed in the water bath again and boiled for another 15 minutes at 100 °C.
Ved 15 °C og 20 °C og et saltindhold på 32 promille (havvand) ligger opløseligheden af opløst ilt på omkring henholdsvis 8,1 og 7,4 mg/l.
Until further analysis the tubes will be frozen at – 20 °C.
For at sikre, at der er en signifikant iltkoncentration tilbage efter iltning af teststoffet, bruges der derfor en startkoncentration af teststoffet på omkring 2-3 mg/l (afhængigt af ThOD) for de stoffer, som forventes at blive helt nedbrudt under testbetingelserne (såsom referencestoffer).
PCR-buffer 1:
Test mindre nedbrydelige stoffer ved højere koncentrationer, op til ca. 10 mg/l, forudsat at der ikke forekommer toksiske virkninger.
500 mg N-Lauroylsarcosine (e.g. Merck KGaA, Darmstadt, GE)
Det kan være en fordel at foretage parallelle test med en lav (ca. 2 mg/l) og en høj (ca. 10 mg/l) koncentration af teststoffet.
ad 100 ml dest.
Der skal sideløbende bestemmes en ren værdi for ilt i kolber, som hverken indeholder test- eller referencestof.
→ autoclave
Hvis der skal bestemmes inhibitoriske virkninger, klargøres følgende serie opløsninger i separate store kolber (punkt 13):
PCR-buffer 2:
2 mg pr. liter af et letnedbrydeligt stof, f.eks. et af de nævnte referencestoffer
20 g Chelex (e.g. Biorad, Munich, GE)
x mg pr. liter teststof (x er normalt 2)
To swell in 100 ml dest.
2 mg pr. liter af det letnedbrydelige stof plus x mg pr. liter teststof
Determination of genetic sex (by PCR-method) in medaka (Prepared by the Laboratory for Aquatic Organisms of Bayer CropScience AG and Universität Würzburg Biozentrum)
Hvis muligheden for at bruge specifikke analyser benyttes, kan der foretages en fysisk-kemisk test for at kontrollere, om teststoffet fjernes ved abiotiske mekanismer, såsom hydrolyse eller adsorption.
The prepared and frozen tubes (described in the above section) will be thawed on ice.
En fysisk-kemisk kontroltest kan foretages ved at tilsætte kviksølv(II)chlorid (HgCl2) [11] (50-100 mg/l) til to kolber med teststof med henblik på at standse mikrobiel aktivitet.
After that, they will be centrifuged using an Eppendorf centrifuge (30 sec at max. speed, at room temperature).
Et signifikant fald i specifik stofkoncentration i løbet af testen viser abiotiske fjernelsesmekanismer.
For the PCR, the clear supernatant separated from the precipitate will be used.
Antal BOD-kolber i en typisk testrække
It has absolutely to be avoided that any traces of Chelex (localized in the precipitate) are transferred to the PCR reaction, because this will interfere with the “Taq”-polymerase activity.
I en typisk testrække anvendes følgende antal kolber:
The supernatant will be used directly or can be stored frozen (at – 20 °C) and rethawed again in several cycles without negative impact on the DNA for later analyses.
mindst 8, som indeholder teststof
Preparation of the “Reaction Mix” (25 μl per sample):
mindst 8, som kun indeholder næringsberiget havvand
Volume
mindst 8, som indeholder referencestof, og når det er nødvendigt
Final Concentration
6 kolber, som indeholder test- og referencestoffer (toksicitetskontrol).
Template DNA
Efter klargøringen opsuges straks hver opløsning fra den nederste fjerdedel (ikke fra bunden) af den relevante store kolbe for at fylde den respektive gruppe af BOD-kolber.
0,5μl-2μl
Analyser straks nulkontrollerne (tid nul) for opløst ilt (punkt 33) eller opbevar dem til senere kemisk analyse ved udfældning med MnCl2 (mangan(II)chlorid) og NaOH (natriumhydroxid).
buffer with MgCl2
Inkuber de resterende parallelle BOD-kolber ved testtemperatur (15-20 °C), opbevar i mørke og fjern fra inkubationsområdet med passende tidsintervaller (f.eks. efter 5, 15 og 28 dage som minimum) og analyser for opløst ilt (punkt 33).
2,5μl
Membranfiltrer (0,2-0,45 μm) eller centrifuger prøverne i 15 minutter til specifikke analyser (valgfrit).
Nucleotides (each of dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
Opbevar i op til 48 timer ved 2-4 °C eller i længere perioder ved – 18 °C, hvis de ikke analyseres straks (hvis det vides, at teststoffet vil forblive upåvirket, foretages forsuring til pH 2 før opbevaring).
Forward Primer (10μM) (see below 3-5)
Bestemmelse af opløst ilt
0,5μl
Bestem koncentrationen af opløst ilt ved hjælp af et kemikalie eller en elektrokemisk metode, der er nationalt eller internationalt anerkendt.
Reverse Primer (10μM) (see below 3-5)
Behandling af resultater
Water (PCR grade)
Registrer analyseresultater på de vedføjede resultatskemaer (tillæg 5).
up to 25μl
Beregn BOD som forskellen i ilttab mellem en ren prøve og en opløsning af teststoffet under testbetingelserne.
Taq E- Polymerase
Divider netto-ilttabet med koncentrationen (vægtprocent) af stoffet for at udtrykke BOD som mg BOD/mg teststof.
0,3μl
Nedbrydningen defineres som forholdet mellem det biokemiske iltforbrug og enten, fortrinsvis, det teoretiske iltforbrug (ThOD) eller det kemiske iltforbrug (COD) og udtrykkes i procent (se punkt 36).
buffer with MgCl2:
Beregn bionedbrydningsværdierne for hvert prøvetagningstidspunkt for både test- og referencestoffer under anvendelse af en af følgende to ligninger:
Tris/HCl (pH8,8 at 25 °C), 160mM (NH4)2SO4, 25mM MgCl2, 0,1 %Tween 20
ThOD teoretisk iltforbrug (beregning, tillæg 3)
For each PCR (see below 3-5) the special primer as a new combination of “Reaction-Mix” and the adequate needed amount of template DNA for each sample (see above) is needed.
COD kemisk iltforbrug, bestemt ved forsøg.
The respective volumes will be transferred into new tubes using pipettes.
Illustrer forløbet af nedbrydningstesten grafisk i et diagram (se eksempel i afsnittet om »Validitet og fortolkning af resultater«).
After that all tubes will be closed, stirred (ca.
Hvis der er tilstrækkelige data, beregnes lag-fasen (tL) og tiden til at nå 50 % fjernelse fra afslutningen af lag-fasen (t50) ud fra bionedbrydningskurven.
10 sec) and centrifuged (10 sec, at room temperature).
Såfremt der benyttes specifik analyse (valgfrit), anføres procentdelen af primær nedbrydning som en procentdel specifik stoffjernelse inden for testperioden (korrigeret for resultater af analyse af rene kontroller).
Now the respective PCR-programmes can be started.
beliggenhed og beskrivelse af prøvetagningsstedet:
Additionally a positive control (exemplary DNA sample with known activity and clear results) and a negative control (1 μl dest.
prøvens karakteristika (dato for prøvetagning, dybde, udseende, temperatur, saltindhold, DOC (valgfrit), frist mellem opsamling og brug i testen
H2O) will be used in each PCR-programme.
anvendt metode til COD-bestemmelse (hvis den foretages)
Preparation of the agarose gel (1 %) — During running PCR-programmes:
anvendt metode til iltmålinger
Solve 3 g agarose in 300 ml 1 × TAE-buffer (1 % agarose gel)
dispersionsprocedure for stoffer, som er tungt opløselige under testbetingelserne
This solution should be boiled using an microwave (ca.
anvendt metode til bestemmelse af antallet af heterotrofer i havvandet (pladetællingsmetode eller alternativ fremgangsmåde)
2-3 min)
anvendt metode til bestemmelse af DOC i havvand (valgfrit)
Transfer the hot solution into a special casting box, which lies on ice
andre valgfrie metoder anvendt til at karakterisere havvandet (ATP-målinger osv.).
After ca.
Lag-fasen kan anslås grafisk som vist i vedføjede figur eller kan med fordel tages som den tid, det kræver at nå 10 % nedbrydning
Actin-PCR-programme:
Respirationen i en ren kontrol må ikke overstige 30 % af ilten i testkolben.
Special primer:
Hvis det ikke er muligt at opfylde dette kriterium med frisk opsamlet havvand, skal havvandet ældes (stabiliseres) før brug.
“Mact1(upper/forward)” → TTC AAC AGC CCT GCC ATG TA
Teststoffet kan betragtes som hæmmende for bakterier (ved den anvendte koncentration), hvis BOD for referenceblandingen og teststofferne ligger under summen af BOD i de separate opløsninger af de to stoffer.
Cycle (35-times):
Et eksempel på et teoretisk nedbrydningsforsøg, som illustrerer en gennemførlig måde, hvorpå man kan anslå de værdier for tL (»lag-fasens« længde) og t50 tidsintervallet (der starter ved tL)), som er nødvendige for at nå 50 % af den endelige iltoptagelse forårsaget af iltning af teststoffet, er anført i nedenstående figur: Yderligere opløsningsmiddelkontrol?
Annealing
Kapitel C.4-B i dette bilag:
→ 45 sec at 56 °C
Biologisk nedbrydning — Aktiveret slam — respirationshæmningstest.
→ 1 min at 68 °C
Bestemmelse af organisk kulstof i havvand
The samples with intact DNA will be used in this PCR-programme to detect the X- and Y-Genes.
Til bestemmelse af organisk kulstofindhold i en vandprøve iltes de organiske forbindelser i prøven til kuldioxid normalt ved hjælp af en af følgende tre teknikker:
Male DNA should show one double-band and female DNA should show one single band (after staining and gel-electrophoresis).
vådoxidering med persulfat/UV-bestråling
For this programme-run one positive control for males (XY-sample) and one for females (XX-sample) should be included.
vådoxidering med persulfat/forhøjet temperatur (116-130 °C);
“PG 17,5” (upper/forward) → CCG GGT GCC CAA GTG CTC CCG CTG
forbrænding.
“PG 17,6” (lower/reverse) → GAT CGT CCC TCC ACA GAG AAG AGA
Alternativt reduceres CO2 til methan, som bestemmes kvantitativt på en infrarød flammeiondetektor (FID-analysator).
→ 45 sec at 55 °C
Persulfat-/UV-metoden benyttes normalt til analyse af »rent« vand med lavt partikelindhold.
→ 1 min 30 sec at 68 °C
Sidstnævnte to metoder kan anvendes på de fleste former for vandprøver, idet iltning med persulfat-/forhøjet temperatur er mest egnede til prøver med lavt niveau, og forbrændingsteknikken anvendes til prøver med et ikkeflygtigt organisk kulstofindhold (NVOC) noget over 1 mg C/l.
Y-Gene-PCR-programme as “control” for X- and Y-Gene-PCR-programme:
Indvirkninger
This PCR-programme verifies the results of the “X- and Y-Gene-PCR-programme”.
Alle tre metoder afhænger af, at det uorganiske kulstof (IC) i prøven fjernes, eller at der kompenseres for det.
The “male-samples” should show one band and the “female-samples” shouldn't show any band (after staining and gel-electrophoresis).
Udskilning af CO2 fra den forsurede prøve er den oftest anvendte metode til at fjerne IC, skønt dette også resulterer i et tab af flygtige organiske forbindelser (1).
“DMTYa (upper/forward)” → GGC CGG GTC CCC GGG TG
Den fuldstændige fjernelse af eller kompensation for IC skal sikres for hver enkelt prøvematrix, og flygtigt organisk kulstof (VOC) skal bestemmes ud over NVOC afhængigt af prøvetype.
“DMTYd (lower/reverse)” → TTT GGG TGA ACT CAC ATG G
Høje chloridkoncentrationer resulterer i lavere iltningseffektivitet ved hjælp af persulfat-/UV-metoden (2).
Staining of the PCR-samples:
Anvendelse af en iltningsreagens modificeret ved tilsætning af kviksølv(II)nitrat kan dog fjerne denne indvirkning.
Staining solution:
Det anbefales, at det maksimalt tolererede prøvevolumen benyttes til at vurdere hver enkelt type chloridholdige prøve.
50 % Glycerol
Høje saltkoncentrationer i prøver, som analyseres ved hjælp af forbrændingsmetoden, kan forårsage saltbelægning af katalysatoren og for stor ætsning af forbrændingsrøret.
0,25 % Bromphenolblue
Der skal tages forholdsregler ifølge producentens manual.
0,25 % Xylenecyanol
Stærkt uklare prøver samt partikelholdige prøver kan være ufuldstændigt iltede, når persulfat-/UV-metoden anvendes.
Pipette 1 μl of the staining solution into each single tube
Et eksempel på en egnet metode
Start of the Gel-Electrophoresis:
Ikkeflygtigt organisk kulstof bestemmes ved iltning med persulfat og UV-bestråling og efterfølgende kvantitativ bestemmelse af den udviklede CO2 under anvendelse af ikkedispersiv infrarød spektrometri.
The prepared 1 % agarose gel will be transferred into a gel-electrophoresis-chamber filled with 1 × TAE-Buffer
Iltningsreagensen modificeres i overensstemmelse med forslagene i (2) som beskrevet i producentens manual:
10 - 15 μl of each stained PCR-sample will be pipetted into an agarose gel slot
8,2 g HgCl2 og 9,6 g Hg(NO3)2 · H2O opløses i flere hundrede milliliter reagensvand med lav kulstofkoncentration
Also 5 - 15 μl of the 1kb-“Ladder”(Invitrogen) will be pipetted into a separate slot
20 g K2S2O8 opløses i kviksølvsaltopløsningen
Start the electrophoresis by 200 V
5 ml HNO3 (konc.) tilsættes blandingen
Stop after 30-45 min
reagensen fortyndes til 1000 ml.
Determination of the bands:
Indvirkningen fra chlorid fjernes ved hjælp af et 40 μl prøvevolumen til 10 % chlorid og 200 μl prøvemængde til 1,9 % chlorid.
Clean the agarose gel in distilled H2O
Også af interesse (giver en beskrivelse af et automatiseret analysesystem):
Now transfer the agarose gel into Ethidium bromide for 15 - 30 min
Bionedbrydning i havvand
After that, a picture of the agarose gel should be taken in an UV-light-box
RESULTATSKEMA
Finally the samples are analysed in comparison to the positive control-band (or bands) and the ladder
LABORATORIUM:
Appendix 10
DATO VED TESTENS BEGYNDELSE:
Guidance on tissue sampling for genetic sex determination by PCR method in the three-spined stickleback
TESTSTOF:
Tissue sampling and DNA extraction
Navn:
DNA can be extracted using a variety of commercially available reagents and both manual and automated extraction systems.
Stamopløsningens koncentration:
The protocol used at the Cefas Weymouth laboratory is outlined below, and the alternative approaches have been added where appropriate.
mg/l som stof
With fine scissors, a small piece of tissue (10-20 mg) from the dorsolateral area (after removing the head and tail for VTG analysis), is removed from each individual fish.
Startkoncentration i mediet, to:
The tissue is added into a tube and either placed directly in liquid nitrogen (for storage at – 80 °C) or filled with 70 % ethanol (for transport and subsequent storage at 4 °C).
HAVVAND:
The scissors are cleaned after each single fish in 70 % ethanol then in distilled water and dried with tissue paper.
Kilde:
The ethanol (if present) is removed by aspiration and the tissue is digested overnight with proteinase K in 400 μl of ATL buffer (Qiagen).
Opsamlingsdato:
An aliquot (200 μl) of the digest is transferred to a 96-well S-block (Qiagen) and the DNA extracted in a 96-well format using the Qiagen Universal BioRobot and the QIamp Investigator BioRobot kit.
Prøvetagningsdybde:
The DNA is eluted in a 50 μl of DNase and RNase free water.
Udseende på prøvetagningstidspunktet (f.eks. uklar osv.):
If using hard tissues to extract DNA (such as a spine or a pectoral fin) it may be necessary to homogenise the sample in the lysis buffer using a FastPrep® tissue lyser or equivalent tissue disruption system.
Saltindhold ved prøvetagningen:
Alternatively,
Temperatur ved prøvetagningen:
the tissue is digested overnight with proteinase K in 400 μl of G2 lysis buffer (Qiagen) and DNA is extracted from 200 μl of the digest using either the EZ-1 DNA easy tissue kit and the EZ-1 biorobot or the DNA easy tissue mini kit.
DOC »x« timer efter prøvetagningen:
The DNA is eluted in a 50 μl volume.
Forbehandling forud for testning (f.eks. filtrering, sedimentering, ældning osv.):
The tissues are processed using the DNAzol reagent.
Kimtal
Briefly, tissue samples are lysed in 1ml of DNAzol for 10 minutes in a 1,5 ml micro centrifuge tube and then centrifuged at 13000 rpm for 5 minutes to remove any particulate matter.
oprindelig prøve:
The lysed sample is then transfered to a new 1,5 ml micro centrifuge tube containing 500 μl of 100 % molecular grade ethanol and then centrifuged at 13000 rpm for 10 minutes to precipitate the DNA.
kolonier/ml
The ethanol is removed and replaced with 400 μl of 70 % molecular grade ethanol, centrifuged at 13000 rpm for 5 minutes and the DNA pellet is dissolved in 50 μl molecular DNase and RNase free water.
ved testens begyndelse:
Again, when using the hard tissues (pectoral fin) it may be necessary to homogenise the sample in the lysis buffer using a FastPrep® tissue lyser or equivalent tissue disruption system prior to extracting the DNA.
Andre karakteristika:
The DNA is stored at – 20 °C until required.
KULSTOFBESTEMMELSER:
gloves must be worn during the procedures.
Kulstofanalysator:
Polymerase chain reaction (PCR) analysis
Kolbe nr.
Amplifications were performed using 2,5 μl of the DNA extract in a 50 μl reaction volume using the Idh locus primers (as described by Peichel et al., 2004.
DOC efter n dage (mg/l)
Current Biology 1:1416-1424):
næringsberiget havvand med teststof
Forward primer
middel, Ca(t)
Reverse primer
middel, Cb(t)
There are numerous suppliers of suitable PCR reagents.
Blindprøve:
The method outlined below is that currently used at the Cefas Weymouth laboratory.
næringsberiget havvand uden teststof
Preparation of the “Reaction Mix” (50 μl per sample):
middel, Cc(t)
A mastermix is prepared as follows.
middel, Cd(t)
This can be prepared in advance and stored frozen at – 20 °C until required.
middel,Cblt
Make sufficient mastermix for a negative control (molecular biology grade water only).
VURDERING AF RÅDATA:
Volume (stock conc.)/ sample
Kolbe nr.
® Reaction Buffer
Beregning af resultaterne
Nucleotides (dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
% nedbrydning efter n dage
0,5 μl (25 mM each)
Der kan benyttes lignende opstillinger, når nedbrydning efterfølges af specifik analyse, og til referencestof og toksicitetskontroller.
250 μM each
ABIOTISK NEDBRYDNING (valgfri)
Forward Primer
DOC-koncentration (mg/l) i sterilkontrol
0,5μl (0,1 nmol/μl)
Der beregnes ikke gennemsnit af D1 og D2, hvis der er en betydelig forskel.
Reverse Primer
Beregning af teoretisk biokemisk iltforbrug
2,0μM
CLOSED BOTTLE-METODEN
Molecular biology grade water
ThOD for stoffet CcHhClclNnNanaOoPpSs med molekylvægten MW beregnes ifølge:
GoTaq polymerase
Denne beregning indebærer, at C mineraliseres til CO2, H til H2O, P til P2O5 og Na til Na2O.
Dispense 47,5 μl to a labelled 0,5 ml thin walled PCR tube.
Halogen fjernes som hydrogenhalid og kvælstof som ammoniak.
Add 2,5 μl of the purified DNA to the appropriately labelled tube.
Eksempel:
Repeat for all samples and the negative control.
Glukose C6H12O6, MW = 180
Over lay with 2 drops of mineral oil.
Molekylvægt af andre salte end alkalimetallers beregnes ud fra antagelsen om, at saltene er blevet hydroliseret.
Alternatively, use a thermal cycler with a heated lid.
Svovl antages at blive iltet til + 6.
Close the lids.
Natrium n-dodecylbenzensulfonat C18H29SO3Na, MW = 348
Samples were denatured in a Peltier PTC-225 thermal cycler at 94 ± 2 °C for 5 minutes followed by 39 cycles of 94 ± 2 °C for 1 minute, 55 ± 2 °C for 1 minute, 72 ± 2 °C for 1 minute, and a final extension of 72 ± 2 °C for 10 minutes.
I tilfælde af kvælstofholdige stoffer kan kvælstoffet fjernes som ammoniak, nitrit eller nitrat svarende til forskelligt teoretisk biokemisk iltforbrug.
Preparation of the agarose gel (2 %):
Hvis en fuldstændig nitratdannelse var observeret ved analyse i tilfælde af et sekundært amin:
Traditionally the PCR products are resolved on a 20 % agarose gel containing ethidium bromide.
ThOD eller COD:
Weigh 2 g agarose in 100 ml 1 × TAE-buffer
mg O2/mg teststof
Heat in a microwave (ca.
Forbehandling forud for testning (f.eks. filtrering, sedimentering, ældning osv.):
2-3 min) to dissolve the agarose.
TESTMEDIE:
Add 2 drops of ethidium bromide final concentration 0,5 μg/ml
Temperatur efter beluftning:
Transfer the hot solution into the gel casting equipment.
O2-koncentration efter beluftning og henstand før påbegyndelse af testen:
Allow the gel to harden
DO-BESTEMMELSE:
Gel-Electrophoresis:
Metode:
Transferred the agarose gel to the electrophoresis equipment and submerge in 1 × TAE-buffer
Winkler/elektrode
Load 20 μl of each sample to a separate well, adding a molecular weight marker (100 bp DNA ladder, Promega) to a spare well.
mg O2/l efter n dage
Electrophoresis is performed at 120 V for 30-45 minutes.
næringsberiget havvand med teststof
Visualisation of the amplification products
Gennemsnit test-værdi
If the ethidium bromide was incorporated in to the agarose gel as described above, the DNA products are visualised under a UV source.