natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Afhængigt af fiskens størrelse kan der generelt indsamles 5-60 μl blod pr. individ hos tykhovedet elritse og 5-15 μl pr. individ hos zebrafisk.
This can be done visually from a scatter plot of the replicate means against test concentration.
Plasma separeres fra blodet ved centrifugering og opbevares med proteaseinhibitorer ved – 80 °C, indtil det skal undersøges for VTG.
It will be helpful to overlay that scatter plot with a piecewise linear plot connecting the concentration means weighted by replicate sample size.
Alternativt bruges leveren hos japansk risfisk og hoved-/halehomogenat hos zebrafisk som kilde til væv til bestemmelse af VTG (tillæg 6).
Great deviation of this piecewise linear plot from monotonicity would indicate a possible need to use non-trend tests.
VTG-målingen skal være baseret på en valideret homolog ELISA-metode, og der skal anvendes en homolog VTG-standard og homologe antistoffer.
Alternatively, formal tests can be used.
Det anbefales at bruge en metode, hvor der kan påvises VTG-niveauer så lave som nogle få ng/ml plasma (eller ng/mg væv), som er baggrundsniveauet hos ikke-eksponerede hanfisk.
A simple formal test is to compute linear and quadratic contrasts of the concentration means.
Kvalitetskontrol af VTG-analyse sker ved brug af standarder, blindprøver og mindst duplikate analyser.
If the quadratic contrast is significant and the linear contrast is not significant that is an indication of a possible problem with monotonicity which should be further evaluated from plots.
For hver ELISA-metode gennemføres en test for matrixeffekt (effekt af prøveopløsning) for at bestemme minimumsfaktoren for prøveopløsningen.
Where normality or variance homogeneity may be an issue, these contrasts can be constructed from rank-order transformed data.
Der analyseres mindst to alikvoter (duplikater i brønde) af hver prøveopløsning.
Alternative procedures, such as Bartholomew's test for monotonicity can be used, but add complexity.
Duplikater i brønde, som afviger med mere end 20 %, analyseres igen.
Figure 2
Korrelationskoefficienten (R2) for kalibreringskurverne bør være større end 0,99.
NOEC Flow-Chart Size Measurements (length and weight)
En høj korrelation er imidlertid ikke nok til at garantere tilstrækkelig forudsigelse af koncentrationen i alle intervaller.
Variances stabilising transform?
Ud over at have en tilstrækkelig høj korrelation for kalibreringskurven, bør koncentrationen for hver standard, som beregnet på grundlag af kalibreringskurven, være 70-120 % af den nominelle koncentration.
Normalising transform?
Hvis de nominelle koncentrationer afviger fra kalibreringsregressionslinjen (f.eks. ved lavere koncentrationer), kan det være nødvendigt at opdele kalibreringskurven i lave og høje intervaller eller bruge en ikke-lineær model til en passende fitning af absorbansdataene.
Tamhane-Dunnett test
Hvis kurven er opdelt, bør R2 for begge linjesegmenter være > 0,99.
Dunnett test
Detektionsgrænsen (LOD) defineres som koncentrationen af den laveste analytiske standard, og kvantificeringsgrænsen (LOQ) defineres som den laveste analytiske standard ganget med den laveste fortyndingsfaktor.
Transform to normal, homogenous?
På hver dag, hvor der gennemføres VTG-assay, analyseres en spiket prøve, der fremstilles med en referencestandard for assayet (tillæg 7).
Step-down Williams or Jonckherre
Forholdet mellem den forventede koncentration og den målte koncentration registreres i rapporten sammen med resultaterne af hvert assaysæt gennemført på den pågældende dag.
Rep means normal, homogenous?
Histopatologisk evaluering af kønskirtlerne
Yes
Tilsynsmyndighederne kan stille krav om en histopatologisk undersøgelse for at undersøge målorganet på HPG-aksen efter eksponering for kemikaliet.
Are data consistent with monotone concentration-response?
I denne henseende fikseres kønskirtlerne enten som helhed eller dissekerede.
Rep means normal?
Når der stilles krav om histopatologisk undersøgelse, søges der efter specifikke endokrinrelaterede responser i kønskirtlerne i forbindelse med vurderingen af testkemikaliets hormonforstyrrende virkning.
Variances equal?
Disse diagnostiske responser omfatter hovedsagelig forekomsten af oocyter i testiklerne, Leydig-cellehyperplasi, reduceret blommedannelse, øgede spermatogonier og perifollikulær hyperplasi.
If % effect at NOEC is large of % effect at LOEC is small, then try ECx
Andre kønskirtellæsioner som oocytatresi, beskadigelse af testiklerne og fasebetingede ændringer kan have forskellige årsager.
Step-down Jonckherre
I vejledningen om histopatologiske undersøgelser af fisk beskrives de fremgangsmåder, der anvendes til dissekering, fiksering, udtagning af snit og histopatologisk undersøgelse af kønskirtlerne (22).
Dunn or Mann-Whitney test
Evaluering af biomarkørresponser ved variansanalyse (ANOVA)
Dashed figures are paths for 1st and last day of hatch or swimup (*) or abnormal larvae
For at identificere et kemikalies potentielle virkning sammenlignes responser for henholdsvis behandlinger og kontrolgrupper ved variansanalyse (ANOVA).
These responses never satisfy assumptions for parametric analysis or models.
Når der bruges en opløsningsmiddelkontrol, udføres en passende statistisk test til sammenligning af fortyndingsvand og opløsningsmiddelkontroller for hvert endepunkt.
Unless the data are not consistent with the requirements for these tests, the NOEC is determined by a step-down application of Williams' or the Jonckheere-Terpstra test.
Vejledning i hvordan data om fortyndingsvand og opløsningsmiddel håndteres i den efterfølgende statistiske analyse, findes i OECD, 2006c (28).
OECD (2006) provides details on these procedures.
Dunnetts test (parametrisk) på flere parvise sammenligninger eller Mann-Whitney-testen med Bonferroni-justering (ikke-parametrisk) kan bruges til ikke-monotont dosis/respons-forhold.
Where those conditions are not satisfied, Dunn's non-parametric test can be used.
Der kan bruges andre statistiske test (f.eks. Jonckheere-Terpstra-testen eller Williams' test), hvis dosis/respons-forholdet omtrent er monotont.
OECD (2006) contains details for all of these tests.
Tillæg 8 indeholder et statistisk flowdiagram, som kan hjælpe med at træffe beslutning om, hvilken statistisk test der er mest egnet.
Figure 2 is giving an overview, how to find the test of choice.
Der kan desuden findes yderligere oplysninger i OECD Document on Current Approaches to Statistical Analysis of Ecotoxicity Data (28).
Egg Hatch and Larval Survival
Rapportering af testresultater
The data are proportions of eggs that hatch or larvae that survive in individual replicates.
Undersøgelsesdataene skal omfatte:
These proportions should be assessed for extra-binomial variance, which is common but not universal for such measurements.
Testlaboratorium
The flowchart in figure 3 is guidance for the test of choice; see text for detailed descriptions.
Ansvarligt personale og deres undersøgelsesansvar
Two tests are commonly used.
Hvert laboratorium skal have dokumenteret kendskab til en række repræsentative kemikalier.
These are Tarone's C(α) test (Tarone, 1979) and chi-squared tests, each applied separately to every test concentration.
Karakterisering af testkemikalie
If extra-binomial variance is found in even one test concentration, then methods that accommodate that should be used.
Fysisk form og relevante fysisk-kemiske egenskaber
Formula 1
Klargøring af testkoncentrationer: metode og frekvens
Tarone's C (α) test (Tarone 1979)
Information om stabilitet og bionedbrydelighed.
Where ̂ is the mean proportion for a given concentration, m is the number of replicate tanks, nj is the number of subjects in replicate j, and xj is the number of subjects in that replicate responding, e.g. not hatched or dead.
Karakterisering af opløsningsmiddel (form, anvendt koncentration)
This test is applied to each concentration separately.
Begrundelse for valg af opløsningsmiddel (hvis andet end vand).
This test can be seen as an adjusted chi-squared test, but limited power simulations done by Tarone have shown it to be more powerful than a chi-squared test.
Art og stamme
Figure 3
Leverandør og særlig leverandør
NOEC Flow Chart for Egg Hatch and Larval Mortality Yes Yes Yes No
Fiskens alder ved begyndelsen af testen og reproduktiv tilstand/gydningstilstand
Are data (*) consistent with a monotone concentration-response?
Oplysninger om procedure for akklimatisering af dyr
Step-down Rao-Scott Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
Fiskenes kropsvægt ved eksponeringsperiodens start (fra en delprøve af fiskebestanden).
Step-down Cochran-Armitage or Jonckheere test or, after arc-sin square-root transform, Williams test
Anvendt testprocedure (testtype, belastningsgrad, bestandtæthed osv.)
Dunnett test Dunn test or Mann-Whitney No
Metode til fremstilling af stamopløsning og gennemstrømningshastighed
Data normally distributed, homogenous after arc-sin square-root transform?
De nominelle testkoncentrationer, ugentligt målte koncentrationer af testopløsningerne og anvendte analysemetoder, de målte værdiers gennemsnit og standardafvigelser i testbeholderne samt dokumentation for, at målingerne refererer til testkemikaliets faktiske koncentration i opløsning
C(α) or chi-squared Test for extra-binominal Variance significant?
Fortyndingsvandets karakteristika (herunder pH, hårdhedsgrad, alkalinitet, temperatur, koncentration af opløst ilt, restindhold af chlor, samlet mængde organisk kulstof, opslæmmet tørstof og samtlige andre udførte målinger)
Data are replicate proportion.
Vandkvalitet i testbeholderne: pH, hårdhedsgrad, temperatur og koncentration af opløst ilt
Where there is no significant evidence of extra-binomial variance, the step-down Cochran-Armitage test can be used.
Detaljerede oplysninger om fodring (f.eks. foderets type og kilde samt fodermængde og fodringshyppighed såvel som analyser for relevante kontaminanter, hvis de foreligger (f.eks. PCB'er, PAH'er og organochlorpesticider).
This test ignores replicates, so where there is such evidence, the Rao-Scott adjustment to the Cochran-Armitage test (RSCA) takes replicates, replicate sizes, and extra-binomial variance into account and is recommended.
Bevis for, at kontrollerne opfylder testens acceptkriterier
Alternative tests include the step-down Williams and Jonckheere-Terpstra tests and Dunnett's test as described for size measurements.
Data om eventuel dødelighed ved enhver testkoncentration og kontrol
These tests apply whether or not there is extra-binomial variance, but have somewhat lower power (Agresti 2002, Morgan 1992, Rao and Scott 1992, 1999, Fung et al.
Anvendte statistiske analyseteknikker, behandling af data og begrundelse for de anvendte teknikker
1994, 1996).
Data om biologiske observationer af makromorfologi, herunder sekundære kønskarakteristika, ægproduktion og VTG
First or Last Day of Hatch or Swim-up
Resultater af dataanalyserne, fortrinsvis i tabelform og grafisk form
The response is an integer, giving the test day on which the indicated observation is observed for a given replicate tank.
Forekomst af eventuelle usædvanlige reaktioner hos fiskene samt eventuelle synlige virkninger frembragt af testkemikaliet.
The range of values is generally very limited and there are often high proportions of tied values, e.g. the same first day of hatch is observed in all control replicates and, perhaps in one or two low test concentrations.
VEJLEDNING I FORTOLKNING OG GODKENDELSE AF TESTRESULTATER
Parametric tests such as Williams and Dunnett are not appropriate for such data.
Denne del beskriver overvejelser, der bør tages i betragtning i forbindelse med fortolkningen af testresultaterne for de forskellige målte endepunkter.
Unless there is evidence on serious non-monotonicity, the step-down Jonckheere-Terpstra test is very powerful for detecting effects of the test chemical.
Resultaterne bør fortolkes med forsigtighed, når testkemikaliet tilsyneladende forårsager åbenlys toksicitet eller har indvirkning på testdyrets generelle tilstand.
Otherwise, Dunn's test can be used.
Ved fastsættelse af testkoncentrationsintervallet skal det sikres, at den maksimalt tolererede koncentration ikke overskrides, for at give mulighed for en relevant fortolkning af dataene.
Larval Abnormalities
Det er vigtigt at have mindst en behandling, hvor der ikke er nogen tegn på toksiske virkninger.
The response is the count of larvae found to be abnormal in some way.
Tegn på sygdom og tegn på toksiske virkninger bør vurderes nøje og anføres i rapporten.
This response is frequently of low incidence and has some of the same problems as first day of hatch, as well as sometimes exhibiting erratic in concentration-response.
Det er f.eks. muligt, at produktion af VTG hos hunner også kan påvirkes af generel toksicitet og ikke-hormonforstyrrende toksiske virkemåder, f.eks. levertoksicitet.
If the data at least roughly follow a monotone concentration shape, the step-down Jonckheere-Terpstra test is powerful for detecting effects.
Fortolkningen af virkningerne kan dog styrkes af andre behandlingsniveauer, som ikke konfunderes af systemisk toksicitet.
Series on Testing and Assessment, No. 54.
Nogle få aspekter skal overvejes, hvis testresultaterne skal godkendes.
Organisation for Economic Co-operation and Development, OECD, Paris..
Som hovedregel skal VTG-niveauerne måles hos kontrolgrupper af hanner og hunner hver for sig og være adskilt med omkring tre størrelsesordener hos tykhovedet elritse og zebrafisk og omkring en størrelsesorden hos japansk risfisk.
STATISTICAL GUIDANCE FOR REGRESSION ESTIMATES
Eksempler på værdiintervallerne i kontrol- og behandlingsgrupperne findes i valideringsrapporterne (1, 2, 3, 4).
The observations used to fit a model are replicate means (length and weight) or replicate proportions (egg hatch and larval mortality) (OECD 2006).
Høje VTG-værdier hos hanner i kontrollerne kan kompromittere assayets respons og evne til at påvise svage østrogenagonister.
Weighted regression using replicate sample size as weight is generally advised.
Lave VTG-værdier hos hunner i kontrollerne kan kompromittere assayets respons og evne til at påvise aromataseinhibitorer og østrogenagonister.
Other weighting schemes are possible, such as weighting by predicted mean response or a combination of this and replicate sample size.
Valideringsundersøgelserne dannede udgangspunkt for vejledningen.
Weighting by reciprocal of within-concentration sample variance is not recommended (Bunke et al.
Hvad angår beregningen af ægproduktionen, er den forbundet med store forskelle [variationskoefficienten (CV) kan variere fra 20 til 60 %], som påvirker assayets evne til at spore et signifikant fald i ægproduktionen på under 70 %, fordi variationskoefficienten nærmer sig 50 % eller mere.
1999, Seber and Wild, 2003, Motulsky and Christopoulos 2004, Huet et al.
Når variationskoefficienten er begrænset til lavere værdier (ca. 20-30 %), har assayet acceptabel power (80 %) til at spore fald på 40-50 % i ægproduktionen.
2003).
Testdesignet for tykhovedet elritse, som omfatter fire replikater pr. behandlingsniveau, bør tillægge frugtbarhedsendepunktet større power end ved et testdesign med kun to replikater.
Any transformation of responses prior to analysis should preserve the independence of the observations and ECx and its confidence bounds should be expressed in the original units of measurement, rather than in transformed units.
Hvis et laboratorium ikke har udført assayet før, eller der er foretaget væsentlige ændringer (f.eks. ny fiskestamme eller leverandør) anbefales det at undersøge dets tekniske kompetence.
For example, a 20 % change in the logarithm of length is not equivalent to a 20 % change in length (Lyles et.al 2008, Draper and Smith 1999).
Det anbefales at bruge kemikalier med en række virkemåder eller indvirkning på en række testendepunkter.
The flowchart in figure 4 gives an overview for ECx estimations.
I praksis opfordres hvert laboratorium til at opbygge sine egne historiske kontroldata for hanner og hunner og teste et positivt kontrolkemikalie for østrogenaktivitet (f.eks. østradiol-17β ved 100 ng/l eller en kendt svag agonist), som fører til øget VTG hos hanfisk, et positivt kontrolkemikalie for aromataseinhibering (f.eks. fadrozol eller prochloraz ved 300 μg/l), som fører til reduceret VTG hos hunfisk, og et positivt kontrolkemikalie for androgen aktivitet (f.eks. trenbolon-17β ved 5 μg/l), som fører til induktion af sekundære kønskarakteristika hos tykhovedet elritse- og japansk risfisk-hunner.
The details are described in the text below.
Alle disse data kan sammenlignes med tilgængelige data fra valideringsundersøgelserne (1, 2, 3), for at sikre at laboratoriet har den fornødne tekniske kompetence.
Figure 4
Generelt betragtes VTG-målinger som positive, hvis der er en statistisk signifikant stigning i VTG hos hanner (p < 0,05) eller et statistisk signifikant fald hos hunner (p < 0,05), som minimum ved den højeste testede dosis, sammenlignet med kontrolgruppen, og hvis der ikke er tegn på generel toksicitet.
Flow chart for ECx Estimation of Replicate Mean Length, Weight, or Proportion of Egg Hatch or Larval Mortality, see text for more details Select a larget value of x or a different model
Et positivt resultat underbygges yderligere af påvisningen af et biologisk sandsynligt forhold mellem dosis- og responskurven.
Is (a) predicted response at ECx within CI for control, or (b) predicted response within CI for predicted response at ECx or (c) CI for ECx too wide?
Som nævnt tidligere har faldet i VTG muligvis ikke udelukkende endokrin oprindelse; et positivt resultat bør dog generelt fortolkes som bevis for hormonforstyrrende virkning in vivo og bør normalt give anledning til yderligere afklaring.
Compute 95 % CI for predicted response at control and at Ecx, Compute 95 % CI for ECx.
Histopatologisk undersøgelse af kønskirtlerne kan være et krav fra tilsynsmyndighederne med henblik på at vurdere forsøgsdyrenes formeringsevne og give testresultaterne større vægt (“weight of evidence”).
Compare models using AICc criteria or professional judgement and select best fit
Histopatologisk undersøgelse af kønskirtlerne er måske ikke nødvendig i tilfælde med et positivt resultat for VTG eller sekundære kønskarakteristika (dvs. stigning eller fald i VTG eller induktion af sekundære kønskarakteristika).
Assess goodness of fit of models: (a) visually, (b) compare predicted % effect to observed % effect, (c) compare control mean response to predicted mean response, (d) compare regression residual SS to pure error SS using F-test.
OECD (2006b).
Reject poorly fitting models.
OECD (2007).
8 or more concentrations plus control 6 or 7 concentrations plus control 5 concentrations plus control
US EPA (2007).
Report model, ECx and its CI If no model and acceptable x can be found, report NOEC No Yes
OECD (2008).
If no indication of extra-binominal variance, probit model can be fit to proportion data Also fit Brain-Cousins Hormetic model
Sumpter J.P. and S. Jobling (1995).
Also fit OECD 4 & 5, Hill, Michaelis-Menton or other 3-5 parm model
Pawlowski S., et al.
For Bruce-Versteeg, simple exponential (OECD2), simple exponential w/shape parameter (OECD3) or other 2-3 parm model
Andersen L., et al (2006).
Considerations for Egg Hatch and Larval Mortality
Ankley G.T., et al.
For egg hatch and larval mortality, it is generally best to fit a decreasing model unless one is fitting a probit model as described below.
Panter G.H., et al.
That is, one should model the proportion of eggs that do not hatch or larvae that die.
Parks L.G., et al.
The reason for this is that ECx refers to a concentration at which there is a change equal to x % of the control mean response.
Fenske M., et al.
If there are 5 % control eggs that fail to hatch and one models failure to hatch, then EC20 refers to a concentration at which there is a change equal to 20 % of the 5 % control failure to hatch, and that is a change of 0,2 × 0,05 = 0,01 or 1 percentage point to 6 % failure to hatch.
Holbech H., et al.
Such a small change cannot be estimated in any meaningful way from the data available and is not biologically important.
Vitellogenin induction by 17b-estradiol and 17a-ethinylestradiol in male zebrafish (Danio rerio).
Whereas if one models the proportion of eggs that hatch, the control proportion would be 95 % in this example and a 20 % reduction from the control mean would be a change of 0,95 × 0,2 = 0,18, so from 95 % hatch success to 77 % (= 95 – 18) hatching success and that effects concentration can be estimated and is presumably of greater interest.
Brion F., et al.
This is not an issue with size measurements, though adverse effects on size generally mean a decrease in size.
Yokota H., et al.
Models for Size (length or weight) and Egg Hatch Success or Larval Survival.
OECD (2010).
Except for the Brain-Cousens hormetic model, all of these models are described and recommended in OECD (2006).
OECD (2000) Guidance Document on Aquatic Toxicity Testing of Difficult Substances and Mixtures.
What are called OECD 2-5, are also discussed for ecotoxicity experiments in Slob (2002).
Hutchinson T.H., et al.
There are, of course, many other models that might be useful.
Miles-Richardson S.R., et al.
Bunke, et al.
Martinovic D., et al.
lists numerous models not included here and references to other models are plentiful.
OECD (2012), OECD Conceptual Framework for Testing and Assessment of Endocrine Disrupters, OECD Environmental Health and Safety Publications, Series on Testing and Assessment No. 150, OECD, Paris.
Those listed below are suggested as particularly appropriate in ecotoxicity experiments and widely used.
FORKORTELSER OG DEFINITIONER
With 5 test concentrations plus control
et stof eller en blanding
Simple Exponential (OECD 2)
variationskoefficient
Exponential with shape parameter (OECD 3)
enzymkoblet immunadsorptionsteknik
Simple Exponential with Lower Bound (OECD 4)
HPG-akse
With 6 or more test concentrations plus control
hypothalamus-hypofyse-gonadeakse
Exponential with shape parameter and lower bound (OECD 5)
Belastningsgrad
Where there is visual evidence of hormesis (unlikely with egg hatch success or larval survival, but sometimes observed in size observations)
fiskenes vådvægt pr. vandvolumen
Brain-Cousens Hormetic; Brain and Cousens (1989)
maksimalt tolereret koncentration, som udgør ca. 10 % af LC50
Alternative models for egg hatch failure and larval mortality
Bestandtæthed
Increasing models for these responses can be fit by probit (or logistic) models if there is no evidence of extra-binomial variance and control incidence is estimated in the model fit.
antallet af fisk pr. vandvolumen
This is not the preferred method, as it treats the individual, not the replicate, as the unit of analysis (Morgan 1992, O'Hara Hines and Lawless 1993, Collett 2002, 2003).
vitellogenin er en phospholipid-glycoprotein-precursor for æggeblommeprotein, der normalt forekommer hos seksuelt aktive hunner af alle æglæggende arter
Goodness of fit of a single model
TESTBETINGELSER FOR ASSAY TIL SCREENING AF DET ENDOKRINE SYSTEM HOS FISK
Visually compare observed and predicted percent decrease at each test concentration (Motulsky and Christopoulos 2004, Draper and Smith 1999).
Testtype
Compare regression error mean square against the pure error mean square using an F-test (Draper and Smith 1999).
Gennemstrømning
Check that every term in the model is significantly different from zero (i.e., determine whether all model terms are important), (Motulsky and Christopoulos 2004).
Vandtemperatur
Plots of residuals from regression vs. test concentration, possibly on a log(conc) scale.
Belysningskvalitet
There should be no pattern to this plot; the points should be randomly scattered about a horizontal line at zero height.
Fluorescerende pærer (bredspektrede)
The data should be evaluated for normality and variance homogeneity in the same way as indicated in Appendix 5.
Lysintensitet
In addition, normality of the residuals about the regression model should be assessed using the same methods indicated in Appendix 5 for the residuals from ANOVA
10-20 μE/m2/s, 540-1000 lux eller 50-100 ft-c (rumniveauer i laboratoriet)
Compare models
12-16 t. lys, 12-8 t. mørke
Use Akiake's AICc criteria.