natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Amplifikations-fragment-længde-polymorfisme-analyse (AFLP-analyse) (Van der Wolf et al., 1998).
Amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis (Van der Wolf et al., 1998).
Specifikke PCR-primere (Pastrik et al., 2002; jf. tillæg 6) kan anvendes til at differentiere stammer tilhørende gruppe 1 (biovar 3, 4 og 5) og gruppe 2 (biovar 1, 2A og 2T) af R. solanacearum, som oprindelig defineret ved RFLP-analyse (Cook et al., 1989) og 16S rDNA-sekventering (Taghavi et al., 1996).
Specific PCR primers (Pastrik et al, 2002; see Appendix 6) can be used to differentiate strains belonging to division 1 (biovars 3, 4 and 5) and division 2 (biovars 1, 2A and 2T) of R. solanacearum, as originally defined by RFLP analysis (Cook et al., 1989) and 16S rDNA sequencing (Taghavi et al., 1996).
Patogenitetstesten skal gennemføres som endelig bekræftelse af en R. solanacearum-diagnose og til vurdering af, i hvilket omfang kulturer, der er identificeret som R. solanacearum, er virulente.
The pathogenicity test must be performed as final confirmation of a diagnosis of R. solanacearum and for assessment of virulence of cultures identified as R. solanacearum.
Der forberedes et inokulum på ca. 106 celler pr. ml fra en 24-48 dage gammel kultur af det isolat, der skal testes, og en passende positiv kontrolstamme af R. solanacearum (f.eks. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; jf. tillæg 3).
Prepare an inoculum of approximately 106 cells per ml from a 24 to 48 hour culture of the isolate to be tested and an appropriate positive control strain of R. solanacearum (e.g. NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857; see Appendix 3).
Der podes på 5-10 modtagelige tomat- eller ægplantestiklinger på bladstadium 3 (afsnit VI, del A, punkt 9).
Inoculate 5 to 10 susceptible tomato or eggplant seedlings at the third true leaf stage (see Section VI.A.9).
Planterne inkuberes i op til 2 uger ved 25-28 °C og høj relativ fugtighed, og de vandes i passende omfang, således at såvel overvanding som vandmangel undgås.
Incubate for up to two weeks at 25 to 28 °C and high relative humidity with appropriate watering to avoid waterlogging or drought stress.
For rene isolater bør der indtræde karakteristisk visnen efter højst 15 dages forløb.
With pure cultures typical wilting should be obtained within 14 days.
Er der ingen symptomer efter denne periode, kan det ikke bekræftes, at kulturen er en patogen form af R. solanacearum.
If after this period symptoms are not present, the culture cannot be confirmed as being a pathogenic form of R. solanacearum.
Der observeres for symptomer på visnen og/eller epinasti, klorose og nedsat vækst.
Observe for symptoms of wilting and/or epinasty, chlorosis and stunting.
Der foretages isolering fra planter med symptomer, ved at der ca. 2 cm over indpodningsstedet fjernes et stykke stængel.
Isolate from symptomatic plants by removing a section of stem about 2 cm above the inoculation point.
Der foretages findeling og suspension i en lille mængde sterilt destilleret vand eller 50 mM fosfatbuffer (tillæg 4).
Comminute and suspend in a small volume of sterile distilled water or 50 mM phosphate buffer (Appendix 4).
Der foretages isolering fra suspensionen ved udpladning eller afstrygning på et passende medie, helst et selektivt medie (tillæg 2), og der inkuberes i 48-72 timer ved 28 °C, og der observeres, om der forekommer typiske R. solanacearum-kolonier.
Isolate from the suspension by dilution spreading or streaking on a suitable medium, preferably onto a selective medium (Appendix 2), incubate for 48 to 72 hours at 28 °C and observe the formation of colonies typical of R. solanacearum.
Jf. Lelliott og Stead (1987).
See Lelliott and Stead (1987)
Laboratorium [201]
Laboratory [201]
Wien og Linz
Vienna and Linz
Kontaktpersoner: se webstedet http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.
Contact scientists: see web site http://forum.europa.eu.int/Public/irc/sanco/Home/main.
Medier til isolering og dyrkning af Ralstonia solanacearum
Media for isolation and culture of R. solanacearum
Generelle vækstmedier
General growth media
Næringsagar (NA)
Nutrient Agar (NA)
Næringsagar (Difco)
Nutrient Agar (Difco)
Destilleret vand
Distilled water
Ingredienserne opløses, og der steriliseres ved autoklavering ved 121 °C i 15 min.
Dissolve ingredients and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 min.
Gær-pepton-glucose-agar (YPGA)
Yeast Peptone Glucose Agar (YPGA)
Gærekstrakt (Difco)
Yeast extract (Difco)
Bacto-Pepton (Difco)
Bacto-Peptone (Difco)
D(+)-glucose (monohydrat)
D(+) Glucose (monohydrate)
Ingredienserne opløses, og der steriliseres ved autoklavering ved 121 °C i 15 min.
Dissolve ingredients and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes.
Kelmans tetrazolium-medie
Kelman’s Tetrazolium Medium
Casaminosyrer (Difco)
Casamino acids (Difco)
Der afkøles til 50 °C, og der tilsættes en filtersteriliseret opløsning af 2,3,5-triphenyltetrazoliumchlorid (Sigma), så der opnås en slutkoncentration på 50 mg/l.
Cool to 50 °C and add a filter-sterilised solution of 2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride (Sigma) to obtain a final concentration of 50 mg per l.
Validerede selektive vækstmedier
Validated selective growth media
SMSA-medie (Englebrecht, 1994, som ændret ved Elphinstone et al., 1996)
SMSA medium (Englebrecht, 1994 as modified by Elphinstone et al., 1996)
Grundmedie
Basal medium
Bacto-agar (Difco) (jf. note 2)
Bacto-Agar (Difco); see Note 2.
Der afkøles til 50 °C, og der tilsættes filtersteriliserede vandige stamopløsninger af følgende ingredienser, så de angivne slutkoncentrationer opnås:
Cool to 50 °C and add filter-sterilised aqueous stock solutions of the following ingredients to obtain the specified final concentrations:
Krystalviolet (Sigma)
Crystal Violet (Sigma)
1250 U (ca. 25 mg) pr. l
1250 U (approximately 25 mg) per l
825 U (ca. 0,5 mg) pr. l
825 U (approximately 0,5 mg) per l
2,3,5-triphenyltetrazoliumchlorid (Sigma)
2,3,5-triphenyl tetrazolium chloride (Sigma)
Anvendelse af andre reagenser end de nedenfor angivne kan have konsekvenser for R. solanacearums vækst.
Use of reagents other than those specified above may affect growth of R. solanacearum.
Oxoid-agar nr. 1 kan anvendes i stedet for Bacto-agar (Difco).
Oxoid Agar #1 can be used in place of Bacto-Agar (Difco).
I dette tilfælde vil R. solanacearum vokse langsommere, samtidig med at konkurrerende blødrådsakteriers vækst dog også vil kunne blive reduceret.
In this case growth of R. solanacearum will be slower, although growth of competing saprophytes may also be reduced.
Karakteristiske R. solanacearum-kolonier kan tage 1-2 dage længere om at dannes, og den røde farve, der fremkommer, kan være lysere og mere diffus end på Bacto-agar.
Typical colonies of R. solanacearum may take 1 to 2 days longer to form and the red colouration may be lighter and more diffuse than on Bacto-Agar.
Ved at øge bacitracin-koncentrationen til 2500 U pr. l vil det i visse tilfælde være muligt at reducere antallet af konkurrerende bakterier, uden at Ralstonia solanacearums vækst påvirkes.
Increasing bacitracin concentration to 2500 U per l may reduce populations of competing bacteria without affecting growth of Ralstonia solanacearum.
Medier og stamopløsninger af antibiotika opbevares ved 4 °C i mørke og anvendes inden for en måned.
Store media and stock solutions of antibiotics at 4 °C in the dark and use within one month.
Det sikres, at pladernes overflade er kondensfri, når de tages i brug.
Plates should be free from surface condensation before use.
Overdreven tørring af pladerne bør undgås.
Avoid excess drying of plates.
Der bør foretages kvalitetskontrol efter tilberedning af hver ny batch af medie, ved at der udstryges en suspension af en R. solanacearum-referencekultur (jf. tillæg 3) og observeres for dannelse af karakteristiske kolonier efter inkubation ved 28 °C i 2-5 dage.
Quality control should be performed after preparation of each new batch of medium by plating a suspension of a reference culture of R. solanacearum (see Appendix 3) and observing formation of typical colonies after incubation at 28 °C for two to five days.
Validerede berigelsesmedier
Validated enrichment media
SMSA-bouillon (Elphinstone et al., 1996)
SMSA Broth (Elphinstone et al., 1996)
Tilberedningen foregår som for det selektive SMSA-agarmedie, men Bacto-agaren og 2,3,5-tetrazoliumchloridet udelades.
Prepare as for SMSA selective agar medium but omit Bacto-Agar and 2,3,5-tetrazolium chloride.
Modificeret Wilbrink-bouillon (Caruso et al., 2002)
Modified Wilbrink broth (Caruso et al., 2002)
Proteosepepton
Proteose peptone
Der steriliseres ved autoklavering ved 121 °C i 15 minutter og afkøles til 50 °C.
Sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes and cool to 50 °C
Stamopløsningen af antibiotika tilsættes som beskrevet for SMSA-bouillon.
Add antibiotic stock solutions as for SMSA broth.
Bakterieisolater
Bacterial isolates
Det anbefales at anvende nedenstående bakterieisolater som standardreferencemateriale, enten som positive kontroller (skema 1) eller under optimeringen af test, så krydsreaktioner undgås (skema 2).
The following bacterial isolates are recommended for use as standard reference material either as positive controls (Table 1) or during optimisation of tests to avoid cross-reactions (Table 2).
Alle stammer findes i handelen og kan købes hos:
All strains are commercially available from:
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, Det Forenede Kongerige
National Collection of Plant Pathogenic Bacteria (NCPPB), Central Science Laboratory, York, UK
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, Nederlandene.
Culture Collection of the Plant Protection Service (PD), Wageningen, the Netherlands.
Collection Française de Bactéries Phytopathogènes (CFBP), INRA — Station de phytobactériologie, Angers, Frankrig.
Collection Française de Bactéries Phytopathogènes (CFBP), INRA Station Phytobactériologie, Angers, France.
Skema 1: SMT-referenceliste over isolater af R. solanacearum
Table 1 SMT reference panel of isolates of R. solanacearum
NCPPB-kode
NCPPB code
Andre koder
Other codes
NB: Der er kun sikkerhed for ovenstående stammers ægthed, hvis de kommer fra en autentisk stammesamling.
Note: Authenticity of the above strains can be guaranteed only if obtained from an authentic culture collection.
Skema 2: SMT-referenceliste over serologisk eller genetisk beslægtede bakterier til brug ved optimering af påvisningstest.
Table 2: SMT reference panel of serologically- or genetically-related bacteria for use in optimisation of detection tests
Anden kode
Other code
Nedenstående standardkontrolmateriale er tilgængeligt fra NCPPB-stammesamlingen.
The following standard control material is available from the NCPPB culture collection.
Frysetørret kartoffelekstraktpellet fra 200 sunde kartoffelknolde som negativ kontrol i alle test.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers as negative control for all tests.
Frysetørret kartoffelekstraktpellet fra 200 sunde kartoffelknolde indeholdende 103-104 og 104-106 celler af R. solanacearum, biovar 2 (stamme NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857), som positive kontroller i serologiske test og PCR-test.
Freeze dried pellet of potato extract from 200 healthy potato tubers containing 103 to 104 and 104 to 106 cells R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) as positive controls for serological and PCR tests.
Da frysetørring påvirker cellernes levedygtighed, egner disse sig ikke som standardkontroller ved isolering eller i biotest.
Since cell viability is affected during freeze-drying, these are not suitable as standard controls for isolation or bioassay tests.
Formalinfikserede suspensioner af 106 celler pr. ml af R. solanacearum, biovar 2 (stamme NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857), som positive kontroller i serologiske test.
Formalin-fixed suspensions of R. solanacearum biovar 2 (strain NCPPB 4156 = PD 2762 = CFBP 3857) at 106 cells per ml as positive controls for serological tests.
Forberedelse af positive og negative kontroller til de principielle screeningstest PCR/IF og FISH
Preparation of positive and negative controls for the core screening tests PCR/IF and FISH
Navleender udskæres fra 200 knolde af en lys sort, som vides at være fri for R. solanacearum.
Remove the heel end cores of 200 tubers taken from a white skin variety production known to be free from R. solanacearum.
Navleenderne behandles som sædvanlig, og pellet resuspenderes i 10 ml.
Process the heel ends as usual and resuspend the pellet in 10 ml.
Der forberedes 10 sterile 1,5 ml eppendorfrør med 900 µl af den resuspenderede pellet.
Prepare 10 sterile 1,5 ml microvials with 900 µl of the resuspended pellet.
Der overføres 100 µl af suspensionen af R. solanacearum til det første eppendorfrør.
Transfer 100 µl of the suspension of R. solanacearum to the first microvial.
Eppendorfrøret vortexes.
Vortex.
Der laves tifoldsniveauer af kontaminering ved yderligere fortynding i de næste fem eppendorfrør.
Establish decimal levels of contamination by further diluting in the next five microvials.
De seks kontaminerede eppendorfrør anvendes som positive kontroller.
The six contaminated microvials will be used as positive controls.
De fire ikke-kontaminerede eppendorfrør anvendes som negative kontroller.
The four non-contaminated microvials will be used as negative controls.
Eppendorfrørene mærkes med de relevante oplysninger.
Label the microvials accordingly.
Der forberedes delprøver på 100 µl i sterile 1,5 ml eppendorfrør, hvorved man får 9 replikater af hver kontrolprøve.
Prepare aliquots of 100 µl in sterile 1,5 ml microvials thus obtaining nine replicas of each control sample.
De opbevares ved –16 til –24 °C, indtil de skal anvendes.
Store at –16 to –24 °C until use.
Forekomst og kvantificering af R. solanacearum i kontrolprøverne bør først bekræftes med IF.
The presence and quantification of R. solanacearum in the control samples should be first confirmed by IF.
Med henblik på PCR-testen foretages dna-ekstraktion fra positive og negative kontrolprøver for hver testprøverække.
For the PCR test perform DNA extraction from positive and negative control samples with each series of test samples.
Ved rutinetestning med IF-test og FISH-test inkluderes der altid assays af positive og negative kontrolprøver.
For IF and FISH tests perform assays on positive and negative control samples with each series of test samples.
Med henblik på IF-, FISH- og PCR-assays skal R. solanacearum mindst påvises i de positive kontroller med 106 og 104 celler pr. ml og ikke i nogen af de negative kontroller.
For IF, FISH and PCR assays R. solanacearum must be detected in at least the 106 and 104 cells/ml of the positive controls and not in any of the negative controls.
Anvendes som standardreferencestamme af R. solanacearum, biovar 2 (race 3).
Use as standard reference strain of R. solanacearum biovar 2 (race 3).
Stamme, som i serologiske test (IF og/eller ELISA) vil kunne krydsreagere med polyklonale antisera.
Potential cross-reacting strain in serological tests (IF and/or ELISA) with polyclonal antisera.
Stamme, hvorfra PCR-produktet i visse laboratorier kan amplificeres i den størrelse, der forventes ved anvendelse af de specifikke primere OLI-1 og Y-2 (jf. tillæg 6).
Strain from which PCR product can be amplified in some laboratories of a similar size to that expected using specific primers OLI-1 and Y-2 (see Appendix 6).
Kan forventes at ville krydsreagere i de fleste test, men vides kun at forekomme på bananer i Indonesien.
Likely to cross-react in most tests but known to occur only on banana in Indonesia.
GENERELT: Uåbnede steriliserede buffere kan opbevares i op til et år.
General: Unopened sterilised buffers can be stored for up to one year
Buffere til ekstraktionsprocedure
Buffers for extraction procedure
Ekstraktionsbuffer (50 mM fosfatbuffer, pH 7,0)
Extraction buffer (50 mM phosphate buffer, pH 7,0)
Denne buffer anvendes til ekstraktion af bakterien fra plantevæv ved homogenisering eller rystning.
This buffer is used for extraction of the bacterium from plant tissues by homogenisation or shaking.
(vandfri)
(anhydrous)
Ingredienserne opløses, pH-værdien kontrolleres, og der steriliseres ved autoklavering ved 121 °C i 15 min.
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 min.
Følgende supplerende komponenter kan tilsættes efter behov:
Additional components may be useful as follows:
Mængde (pr. l)
Quantity (per l)
Lubrolflager
Lubrol flakes
Antiflokkuleringsmiddel [501]
Deflocculant [501]
DC-siliconeantiskum
DC silicone antifoam
Antiskummiddel [501]
Anti-foam agent [501]
Tetranatriumpyrophosphat
Tetrasodium pyrophosphate
Antioxidant
Anti-oxidant
Binding af PCR-inhibitorer
Binding of PCR inhibitors
Pelletbuffer (10 mM fosfatbuffer, pH 7,2)
Pellet buffer (10 mM phosphate buffer, pH 7,2)
Denne buffer benyttes til resuspension og fortynding af ekstrakter af kerner af navleenden fra kartoffelknolde efter opkoncentrering til en pellet ved centrifugering.
This buffer is used for resuspension and dilution of potato tuber heel-end core extracts following concentration to a pellet by centrifugation.
Ingredienserne opløses, pH-værdien kontrolleres, og der steriliseres ved autoklavering ved 121 °C i 15 min.
Dissolve ingredients, check pH and sterilise by autoclaving at 121 °C for 15 minutes.
Buffere til IF-testen
Buffers for the IF test
IF-buffer (10 mM fosfatbufferet saltopløsning (PBS), pH 7,2)
IF-Buffer (10 mM phosphate buffered saline (PBS), pH 7.2)
Denne buffer benyttes til fortynding af antistoffer.
This buffer is used for dilution of antibodies
Denne buffer benyttes til skylning af objektglas.
This buffer is used to wash slides.
Der tilsættes 0,1 % Tween 20 til IF-bufferen.
Add 0,1 % Tween 20 to the IF buffer.
Glycerol med fosfatbuffer, pH 7,6
Phosphate buffered glycerol, pH 7,6
Denne buffer benyttes som indlejringsmiddel på vinduerne i IF-objektglassene for at intensivere fluorescensen.
This buffer is used as a mountant fluid on the windows of IF slides to enhance fluorescence.
Der fås indlejringsopløsninger, der modvirker falmning, i handelen, f.eks. Vectashield® (Vektor Laboratories) eller Citifluor® (Leica).
Anti-fading mountant solutions are commercially available e.g. Vectashield® (Vector Laboratories) or Citifluor® (Leica).
Buffere til den indirekte ELISA-test
Buffers for the Indirect ELISA test
Coatingbuffer af dobbelt styrke, pH 9,6
Double strength coating buffer, pH 9,6.
Der kan om nødvendigt tilsættes natriumsulfit (0,2 %) som antioxidant for at forhindre udvikling af oxiderede aromatiske forbindelser.
Sodium sulphite (0.2 %) may be added as antioxidant if required to prevent build up of oxidised aromatic compounds.
10 x saltvand med fosfatbuffer (PBS), pH 7,4
Phosphate buffered saline (PBS), pH 7,4
Blokerende (antistof) buffer (skal være frisklavet)
Blocking (antibody) buffer (must be freshly prepared).
Polyvinylpyrrolidon-44000 (PVP-44)
Polyvinylpyrrolidone-44000 (PVP-44)
der fyldes op til 100 ml
make up to 100 ml
Alkalisk phosphatasesubstratopløsning, pH 9,8
Alkaline phosphatase substrate solution, pH 9,8
Der blandes og justeres til pH 9,8 med koncentreret HCl.
Mix and adjust to pH 9,8 with concentrated HCl.
Der fyldes op til 1 l med destilleret vand.
Make up to 1 L with distilled water.
Der tilsættes 0,2 g MgCl2.
Add 0,2 g MgCl2.
2 phosphatasesubstrattabletter (5 mg) (Sigma) opløses pr. 15 ml opløsning.
Dissolve 2 phosphatase substrate 5 mg tablets (Sigma) per 15 ml of solution.
Buffere til DASI ELISA-test
Buffers for DASI ELISA test
Coatingbuffer, pH 9,6
Coating buffer, pH 9,6
Ingredienserne opløses, og det kontrolleres, at pH-værdien er 9,6.
Dissolve ingredients and check pH 9,6
10 x fosfatbufferet saltopløsning (PBS), pH 7,2-7,4
Phosphate saline buffer(PBS) pH 7,2 to 7,4
Substratbuffer, pH 9,8
Substrate buffer, pH 9,8
Til anvendelse i forbindelse med homogeniseringsekstraktionsmetoden.
For use with homogenisation extraction method
Optælling: middelantallet af typisk fluorescerende celler pr. synsfelt (c).
Count the mean number of typical fluorescent cells per field of view (c).
Beregning: antal typisk fluorescerende celler pr. objektglasvindue (C).
Calculate the number of typical fluorescent cells per microscope slide window (C).
overfladearealet af vindue på multispot-objektglas
surface area of window of multispot slide
synsfeltets overfladeareal
surface area of objective field
synsfeltkoefficienten (afhænger af okulartype og varierer fra 8 til 24)
field coefficient (varies from 8 to 24 depending upon ocular type)
rørkoefficienten (1 eller 1,25)
tube coefficient (1 or 1,25)
objektivets forstørrelse (100 ×, 40 × etc.).
magnification of objective (100 ×, 40 × etc.).
Beregning: antal typisk fluorescerende celler pr. ml resuspenderet pellet (N).
Calculate the number of typical fluorescent cells per ml of re-suspended pellet (N).
den resuspenderede pellets volumen på hvert vindue
volume of re-suspended pellet on each window
den resuspenderede pellets fortyndingsfaktor.
dilution factor of re-suspended pellet.
NB: Indledende test med denne metode skulle muliggøre reproducerbar påvisning af 103-104 celler af R. solanacearum pr. ml prøveekstrakt.
Preliminary testing should permit reproducible detection of 103 to 104 cells of R. solanacearum per ml of sample extract.
Indledende test bør endvidere ikke give falsk positive resultater med et udvalg af forskellige bakteriestammer (jf. tillæg 3).
Preliminary testing should also show no false positive results with a panel of selected bacterial strains (see Appendix 3).
PCR-protokol efter Seal et al.
PCR protocol of Seal et al.
Oligonukleotidprimere
Oligonucleotide primers
Forventet amplikonstørrelse fra R. solanacearum-dna-template = 288 bp.
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 288 bp
PCR-mastermix
PCR reaction mix
Mængde pr. reaktion
Quantity per reaction
Sterilt ultrarent vand
Sterile UPW
PCR-buffer [701] (15 mM MgCl2)
PCR buffer [701] (15 mM MgCl2)
dNTP-blanding (20 mM)
dNTP mix (20 mM)
Taq-polymerase (5 U/µl) [701]
Taq polymerase (5U/µl) [701]
Prøvevolumen
Sample volume
Volumen i alt
Total volume
PCR-reaktionsbetingelser
PCR reaction conditions
Følgende program køres:
Run the following programme:
1 cyklus på
1 cycle of:
2 min. ved 96 °C (denaturering af dna-template)
2 minutes at 96 °C (denaturation of template DNA)
35 cykler på
35 cycles of:
20 sek. ved 94 °C (denaturering af dna-template)
20 seconds at 94 °C (denaturation of template DNA)
20 sek. ved 68 °C (annealing af primere)
20 seconds at 68 °C (annealing of primers)
30 sekunder ved 72 °C (forlængelse af kopi)
30 seconds at 72 °C (extension of copy)
10 min. ved 72 °C (yderligere forlængelse)
10 minutes at 72 °C (final extension)
henstand ved 4 °C.
hold at 4 °C.
NB: Dette program er optimeret til anvendelse med en Perkin Elmer 9600-thermocycler.
This programme was optimised for use with a Perkin Elmer 9600 thermal cycler.
Det kan være nødvendigt at ændre varigheden af cyklerne ii), iii) og iv) ved anvendelse af andre modeller.
Modification of the duration steps of cycles (ii), (iii) and (iv) may be required for use with other models.
Restriktionsenzymanalyse af amplikon
Restriction enzyme analysis of amplicon.
PCR-produkter, der er amplificeret fra R. solanacearum-dna, giver en karakteristisk restriktionsfragmentlængde-polymorfisme med enzym Ava II efter inkubation ved 37 °C.
PCR products amplified from R. solanacearum DNA produce a distinctive restriction fragment length polymorphism with enzyme Ava II after incubation at 37 °C.
PCR-protokol efter Pastrik og Maiss (2000)
PCR protocol of Pastrik and Maiss (2000)
Forventet amplikonstørrelse fra R. solanacearum-dna-template = 553 bp.
Expected amplicon size from R. solanacearum template DNA = 553 bp.
Oprindelig optimeret for MJ Research PTC 200-thermocycler med Taq-polymerase fra Gibco.
Originally optimised for MJ Research PTC 200 thermocycler with Gibco Taq Polymerase.
Også Perkin Elmer AmpliTaq og buffer kan anvendes i samme koncentrationer.
Perkin Elmer AmpliTaq and buffer can also be used at the same concentrations.
PCR-buffer [702]
PCR buffer [702]
BSA (fraktion V) (10 %)
BSA (fraction V) (10 %)
dNTP-blanding (20 mM)
d-nTP mix (20 mM)
Taq-polymerase (5 U/µl) [702]
Taq polymerase (5U/µl) [702]
Volumen i alt
Total volume:
5 min. ved 95 °C (denaturering af dna-template)
5 minutes at 95 °C (denaturation of template DNA)