Ud over nogle af ovennævnte ændringer er følgende EP-ændringer fra førstebehandlingen indarbejdet som helhed i den fælles holdning: nødvendigheden af at gennemføre andre politikker og foranstaltninger, ligeledes af bindende art, for sektorer, der ikke er omfattet af direktivet (ændring 10); direktivet bør bidrage til opfyldelse af Kyoto-protokollen med den mindst mulige negative følger for den økonomiske udvikling og beskæftigelsessituationen (ændring 15); kvoteordningen bør være særdeles gennemsigtig med hensyn til indehavere samt overførsel og annullering af kvoter (ændring 35); emissioner fra hvert enkelt anlæg kan rapporteres til den kompetente myndighed efter (og ikke inden) udgangen af det pågældende år (ændring 39); pligt til at offentliggøre navnene på driftsledere, der ikke opfylder deres forpligtelser (ændring 40); bøder for manglende overholdelse fastsættes til 40 euro i den første periode og 100 euro i den anden periode (ændring 41 og 42); offentlighedens adgang til miljøoplysninger sker på grundlag af det nye direktiv 2003/4/EF (ændring 46); der kan kun indgås aftaler om gensidig anerkendelse af kvoter mellem Fællesskabets emissionshandelsordning og ordninger i de tredjelande, der har ratificeret Kyoto-protokollen (ændring 51 og 103); emissionshandelsordningen og energiafgifter bør betragtes som supplerende instrumenter (ændring 9 og 69); Kommissionen udarbejder en rapport om direktivets anvendelse under hensyntagen til dets forhold til den internationale emissionshandelsordning, der starter i 2008, nødvendigheden af at harmonisere kvotetildelingsmetoden og tilpasningen af ordningen til en udvidet Europæisk Union (ændring 55, 56, 57 og 59); den nationale tildelingsplan skal indeholde en udtømmende fortegnelse over de anlæg, der er omfattet af direktivet, og deres emissionstilladelser (ændring 73); anerkendelse af de emissionsreduktioner, virksomhederne tidligere har gennemført (ændring 96), og nødvendigheden af at inddrage alle interesserede parter i udviklingen af standardiserede metoder for overvågning af drivhusgasemissioner (ændring 74).
Apart from some of the amendments referred to in the previous point the common position also incorporates the following proposals made by Parliament at first reading: the need to implement other policies and measures, likewise binding, for the sectors not covered by the Directive (amendment 10); the Directive should contribute towards ensuring compliance with the Kyoto Protocol, while causing as little damage as possible to employment and the economy (amendment 15); the registration system should be more transparent as regards the ownership, transfer and cancellation of emission allowances (amendment 35);information regarding emissions from each installation should be forwarded after (and not before) the end of the relevant year (amendment 39); the names of operators who have failed to comply with their obligations should be published (amendment 40); sanctions for non-compliance should be a fixed sum – EUR 40 in the first period and EUR 100 in the second (amendments 41 and 42); public access to environmental information should be processed in accordance with the new law 2003/4/EC (amendment 46); the European emission trading scheme can only be linked to schemes in third countries which have ratified the Kyoto Protocol (amendments 51 and 103); emission trading and energy taxation must be seen as complementary instruments (amendments 9 and 69); the Commission will have to produce a report on the implementation of the Directive, bearing in mind its relationship with the international emission trading due to start in 2008, the need to harmonise the method for allocating emission allowances; the adaptation of the scheme to an enlarged Europe (amendments 55, 56, 57 and 59); the national allocation plan should contain a complete list of the installations covered by the Directive and the quantity of emission allowances to be allocated (amendment 73); the emission reductions carried out previously by businesses should be recognised (amendment 96); stakeholders should be involved in the process of developing harmonised methods for monitoring greenhouse gas emissions (amendment 74).