natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Nárůst počtu polyploidních buněk / endoreduplikovaných buněk může znamenat, že zkoušená chemická látka má schopnost potlačit mitotické procesy nebo progresi buněčného cyklu (viz odstavec 3).
Evaluation and Interpretation of Results
Závěrečná zpráva
Providing that all acceptability criteria are fulfilled, a test chemical is considered clearly positive if:
Souhrn
At least one of the treatment groups exhibits a statistically significant increase in the frequency of cells with structural chromosomal aberrations (excluding gaps) compared with the concurrent negative control,
zdroj, číslo šarže a je-li k dispozici, datum použitelnosti,
This increase is dose-related at least at one sampling time when evaluated with an appropriate trend test, and
stabilita zkoušené chemické látky, je-li známa.
Any of these results are outside the distribution of the historical negative control data (e.g. Poisson-based 95 % control limits).
Příprava zkoušené chemické látky:
If only the highest dose is examined at a particular sampling time, a test chemical is considered clearly positive if there is a statistically significant increase compared with the concurrent negative control and the results are outside the distribution of the historical negative control data (e.g. Poisson-based 95 % control limits).
zdůvodnění volby vehikula,
Recommendations for appropriate statistical methods can be found in the literature (13).
rozpustnost a stabilita zkoušené chemické látky v rozpouštědle/vehikulu, je-li známa,
When conducting a dose-response analysis, at least three treated dose groups should be analysed.
příprava potravy, pitné vody nebo inhalačních aplikačních forem,
Statistical tests should use the animal as the experimental unit.
analytická stanovení aplikační formy (např. stabilita, homogenita, nominální koncentrace), jsou-li prováděna.
Positive results in the chromosomal aberration test indicate that a test chemical induces structural chromosomal aberrations in the bone marrow of the species tested.
použitý druh/kmen a odůvodnění jeho použití,
Providing that all acceptability criteria are fulfilled, a test chemical is considered clearly negative if in all experimental conditions examined:
počet, stáří a pohlaví zvířat,
None of the treatment groups exhibits a statistically significant increase in the frequency of cells with structural chromosomal aberrations (excluding gaps) compared with the concurrent negative control,
zdroj, podmínky chovu, strava atd.,
There is no dose-related increase at any sampling time when evaluated by an appropriate trend test,
metoda jednoznačného označení zvířat,
All results are inside the distribution of the historical negative control data (e.g. Poisson-based 95 % control limits), and
pozitivní a negativní (vehikulum/rozpouštědlo) kontroly,
Bone marrow exposure to the test chemical(s) occurred.
údaje ze studie pro zjištění rozsahu dávek, pokud byla provedena,
Recommendations for the most appropriate statistical methods can be found in the literature (13).
zdůvodnění zvolených úrovní dávek,
Evidence of exposure of the bone marrow to a test chemical may include a depression of the mitotic index or measurement of the plasma or blood levels of the test chemical(s).
podrobnosti o přípravě zkoušené chemické látky,
In the case of intravenous administration, evidence of exposure is not needed.
podrobné údaje o podávání zkoušené chemické látky,
Alternatively, ADME data, obtained in an independent study using the same route and same species can be used to demonstrate bone marrow exposure.
zdůvodnění způsobu a trvání podávání,
Negative results indicate that, under the test conditions, the test chemical does not induce structural chromosomal aberrations in the bone marrow of the species tested.
metody k ověření, že se zkoušená chemická látka (látky) dostala (dostaly) do obecné cirkulace nebo kostní dřeně,
There is no requirement for verification of a clear positive or clear negative response.
skutečná dávka (v mg na kg tělesné hmotnosti za den) vypočtená z koncentrace zkoušené chemické látky v potravě / pitné vodě (v ppm) a případně ze spotřeby,
In cases where the response is not clearly negative or positive and in order to assist in establishing the biological relevance of a result (e.g. a weak or borderline increase), the data should be evaluated by expert judgement and/or further investigations of the existing experiments completed.
podrobné údaje o kvalitě krmiva a vody.
In some cases, analysing more cells or performing a repeat experiment using modified experimental conditions could be useful.
způsob utracení,
In rare cases, even after further investigations, the data will preclude making a conclusion that the test chemical produces either positive or negative results, and the study will therefore be concluded as equivocal.
podrobný popis harmonogramů aplikace a odběru vzorků a odůvodnění výběru konkrétního schématu,
An increase in the number of polyploid/endoreduplicated cells may indicate that the test chemical has the potential to inhibit mitotic processes or cell cycle progression (see paragraph 3).
metody přípravy preparátů,
Test Report
metody stanovení toxicity,
Summary
identita chemické látky zastavující metafázi, její koncentrace, dávka a čas podání před odběrem vzorků,
source, lot number, limit date for use if available;
postupy izolace a uchovávání vzorků,
stability of the test chemical, if known.
počet buněk v metafázi analyzovaných u každého zvířete a počet buněk analyzovaných za účelem stanovení mitotického indexu,
Test chemical preparation:
kritéria přijatelnosti studie,
justification for choice of vehicle;
kritéria klasifikace studie na pozitivní, negativní nebo neprůkaznou.
solubility and stability of the test chemical in solvent/vehicle, if known;
stav zvířat před zkouškou a během zkoušky, včetně známek toxicity,
preparation of dietary, drinking water or inhalation formulations;
mitotický index uvedený odděleně pro každé zvíře,
analytical determinations on formulations (e.g. stability, homogeneity, nominal concentrations), when conducted.
typ a počet aberací a buněk s aberacemi uvedený odděleně pro každé zvíře,
species/strain used and justification for use;
celkový počet aberací ve skupině se středními hodnotami a směrodatnými odchylkami,
number, age and sex of animals;
počet buněk s aberacemi ve skupině se středními hodnotami a směrodatnými odchylkami,
source, housing conditions, diet, etc.;
změny ploidie, byly-li pozorovány, včetně četností polyploidie a/nebo endoreduplikovaných buněk,
method for uniquely identifying the animals;
podle možnosti závislost účinku na dávce,
for short-term studies: individual weight of the animals at the start and end of the test; for studies longer than one week: individual body weights during the study and food consumption.
případné statistické analýzy a metoda,
Body weight range, mean and standard deviation for each group should be included.
údaje dokládající, že došlo k expozici kostní dřeně,
positive and negative (vehicle/solvent) controls;
údaje o souběžných negativních a pozitivních kontrolách s rozpětími, středními hodnotami a směrodatnými odchylkami,
data from range-finding study, if conducted;
dosavadní údaje o negativních a pozitivních kontrolách s rozpětími, středními hodnotami, směrodatnými odchylkami a 95 % rozmezí distribuce a rovněž časové období, na které se údaje vztahují, a počet pozorování,
rationale for dose level selection;
splněná kritéria pro pozitivní nebo negativní odpověď.
details of test chemical preparation;
Závěr.
details of the administration of the test chemical;
Odkazy.
rationale for route and duration of administration;
, „Cytogenetic Tests in Mammals“, in Mutagenicity Testing: A Practical Approach, Venittand, S., J.M.
methods for verifying that the test chemical(s) reached the general circulation or bone marrow;
Parry (eds.), IRL Press, Washington, DC, s. 275-306.
actual dose (mg/kg body weight/day) calculated from diet/drinking water test chemical concentration (ppm) and consumption, if applicable;
, „In Vivo Cytogenetics Assays“, in Basic Mutagenicity Tests, UKEMS Recommended Procedures.
details of food and water quality;
(ed.), Cambridge University Press, Cambridge, s. 115-141.
method of euthanasia;
OECD (2000), „Guidance Document on the Recognition, Assessment and Use of Clinical Signs as Humane Endpoints for Experimental Animals Used in Safety Evaluation“, OECD Environment, Health and Safety Publications (EHS), Series on Testing and Assessment, No19, OECD Publishing, Paris.
method of analgesia (where used);
, „Statistical Analysis of in vivo Cytogenetic Assays“, in Statistical Evaluation of Mutagenicity Test Data.
detailed description of treatment and sampling schedules and justifications for the choices;
(ed.), Cambridge University Press, Cambridge, s. 184-232.
methods of slide preparation;
jakákoli odchylka od normálního diploidního (nebo haploidního) počtu chromozómů o jeden nebo více chromozómů, avšak nikoli o násobky celé sady (nebo více sad) chromozómů (viz polyploidie).
methods for measurement of toxicity;
Centromera
identity of metaphase arresting chemical, its concentration, dose and time of administration before sampling;
oblast (oblasti) chromozómu, k níž (k nimž) se během dělení buněk připojí dělící vřeténko umožňující uspořádaný pohyb dceřiných chromozómů k pólům dceřiných buněk.
procedures for isolating and preserving samples;
strukturní poškození chromozómu v podobě zlomu jedné chromatidy nebo zlomu a opětného spojení chromatid.
number of metaphase cells analysed per animal and the number of cells analysed for mitotic index determination;
strukturní poškození chromozómu v podobě zlomu nebo zlomu a spojení obou chromatid v tomtéž místě.
criteria for acceptability of the study;
proces, při kterém v jádře po S-fázi replikace DNA nedojde k mitóze, nýbrž následuje další S-fáze.
criteria for considering studies as positive, negative or inconclusive.
Výsledkem jsou chromozómy se 4, 8, 16 … chromatidami.
animal condition prior to and throughout the test period, including signs of toxicity;
Mitotický index
type and number of aberrations and of aberrant cells, given separately for each animal;
podíl počtu buněk, které se nacházejí v mitóze, z celkového počtu buněk v populaci, který je mírou proliferace této populace.
total number of aberrations per group with means and standard deviations;
odchylka počtu chromozómů od normálního počtu obvyklého u použitého druhu zvířat (aneuploidie).
number of cells with aberrations per group with means and standard deviations;
Strukturní chromozómové aberace
dose-response relationship, where possible;
mikroskopicky pozorovatelné změny struktury chromozómů při buněčném dělení ve stadiu metafáze; jeví se jako delece a fragmenty, intrachromozómální nebo interchromozómální změny.
statistical analyses and method applied;
FAKTORIÁLNÍ POKUS KE ZJIŠTĚNÍ ROZDÍLŮ MEZI POHLAVÍMI VE ZKOUŠCE NA CHROMOZÓMOVÉ ABERACE IN VIVO
data supporting that exposure of the bone marrow occurred;
Faktoriální pokus a jeho analýza
concurrent negative control and positive control data with ranges, means and standard deviations;
Při tomto pokusu se na každé úrovni koncentrace testuje minimálně 5 samců a 5 samic a výsledkem je uspořádání s použitím minimálně 40 zvířat (20 samců a 20 samic plus příslušné pozitivní kontroly).
historical negative and positive control data with ranges, means, standard deviations, and 95 % control limits for the distribution, as well as the time period covered and number of observations;
Tento pokus, který je jedním z nejjednodušších faktoriálních pokusů, je rovnocenný dvoucestné analýze rozptylu, přičemž hlavními efekty jsou úroveň koncentrace a pohlaví.
criteria met for a positive or negative response.
Údaje je možné analyzovat pomocí mnoha standardních statistických počítačových programů, např. SPSS, SAS, STATA, Genstat a také pomocí programu R.
Conclusion.
Analýza dělí variabilitu v souboru údajů na variabilitu mezi pohlavími, variabilitu mezi úrovněmi koncentrace a variabilitu interakce mezi pohlavími a koncentracemi.
References.
Veškeré podrobnosti základní metodiky jsou dostupné v mnoha standardních učebnicích statistiky (viz odkazy) a v „nápovědě“ statistických programů.
Parry (eds.), IRL Press, Washington, DC, pp. 275-306.
Analýza se provádí zkoumáním znaku interakce pohlaví x koncentrace v tabulce ANOVA [1].
, “In Vivo Cytogenetics Assays”, in Basic Mutagenicity Tests, UKEMS Recommended Procedures.
Neexistuje-li význačný znak interakce, kombinované hodnoty za obě pohlaví nebo za všechny úrovně koncentrace poskytují validní statistické testy variability mezi úrovněmi založené na zkoumání kumulovaného znaku vnitroskupinové variability pomocí analýzy ANOVA.
Part I revised, Kirkland, D.J.
Analýza pokračuje rozdělením odhadu variability mezi koncentracemi na kontrasty, což vede k testování lineárních a kvadratických kontrastů odezev na všech úrovních koncentrace.
(ed.), Cambridge University Press, Cambridge, pp. 115-141.
Pokud existuje významná interakce pohlaví x koncentrace, lze tento znak také rozdělit na kontrasty interakce lineární x pohlaví a kvadratický x pohlaví.
OECD (2000), “Guidance Document on the Recognition, Assessment and Use of Clinical Signs as Humane Endpoints for Experimental Animals Used in Safety Evaluation”, OECD Environment, Health and Safety Publications (EHS), Series on Testing and Assessment, No19, OECD Publishing, Paris.
Pomocí těchto členů se testuje, zda jsou odpovědi na koncentraci u obou pohlaví paralelní, nebo zda je odpověď u každého pohlaví odlišná.
, “Statistical Analysis of in vivo Cytogenetic Assays”, in Statistical Evaluation of Mutagenicity Test Data.
Odhad kumulované vnitroskupinové variability může být použit k párovému testování rozdílu mezi středními hodnotami.
UKEMS SubCommittee on Guidelines for Mutagenicity Testing, Report, Part III, Kirkland, D.J.
Tato srovnání by mohla být provedena mezi středními hodnotami u obou pohlaví a mezi středními hodnotami u různých úrovní koncentrace, např. za účelem porovnání s úrovněmi negativní skupiny.
(ed.), Cambridge University Press, Cambridge, pp. 184-232.
V případech, kdy existuje významná interakce, lze provádět srovnání mezi středními hodnotami při různých koncentracích v rámci jednotlivých pohlaví nebo mezi středními hodnotami každého pohlaví při stejné koncentraci.
Any deviation from the normal diploid (or haploid) number of chromosomes by one or more chromosomes, but not by multiples of entire set(s) of chromosomes (cf. polyploidy).
Odkazy
Centromere
Existuje množství učebnic statistiky, které se zabývají teorií, uspořádáním, metodikou, analýzou a interpretací faktoriálních pokusů od nejjednodušších dvoufaktorových analýz až po složitější formy používané v metodice experimentálního uspořádání.
Region(s) of a chromosome with which spindle fibers are associated during cell division, allowing orderly movement of daughter chromosomes to the poles of the daughter cells.
Následující seznam není úplný.
Structural chromosome damage expressed as breakage of single chromatids or breakage and reunion between chromatids.
V některých pracích jsou uvedeny vypracované příklady srovnatelných uspořádání, v některých případech i s kódem pro provádění analýz pomocí různých počítačových programů.
Structural chromosome damage expressed as breakage, or breakage and reunion, of both chromatids at an identical site.
Statistikové, kteří používají metodu modelování, např. pomocí obecných lineárních modelů (GLM), mohou k této analýze přistupovat odlišným, byť srovnatelným způsobem, ale nebudou nutně odvozovat tradiční tabulku ANOVA, což se datuje zpět k algoritmickým postupům statistických výpočtů vyvinutým před érou počítačů.
A process in which after an S period of DNA replication, the nucleus does not go into mitosis but starts another S period.
V části B se kapitola B.12 nahrazuje tímto:
The result is chromosomes with 4,8,16…chromatids.
Mikronukleus test v savčích erytrocytech
Gap
Tato zkušební metoda je rovnocenná Pokynu OECD pro zkoušení (TG) č. 474 (2016).
An achromatic lesion smaller than the width of one chromatid, and with minimum misalignment of the chromatids.
Mikronukleus test v savčích erytrocytech in vivo je zvláště významný k posouzení genotoxicity, neboť zde probíhá aktivní metabolismus in vivo, farmakokinetika a procesy reparace DNA, které přispívají k účinku testované látky, jakkoli mohou být různé u různých druhů.
Mitotic index
Mikronukleus test v savčích erytrocytech in vivo je používán k detekci poškození chromozómů nebo mitotického aparátu erytroblastů, které je indukováno zkoušenou chemickou látkou.
The ratio between the number of cells in mitosis and the total number of cells in a population, which is a measure of the proliferation status of that cell population.
V tomto testu se hodnotí tvorba mikrojader v erytrocytech odebraných z kostní dřeně nebo z buněk periferní krve, obvykle hlodavců.
A change in the number of chromosomes from the normal number characteristic of the animals utilised (aneuploidy).
Účelem mikronukleus testu v savčích erytrocytech je identifikovat chemické látky, které způsobují cytogenetické poškození, jehož výsledkem je tvorba mikrojader obsahujících nereplikující se (lagging) chromozómové fragmenty nebo celé chromozómy.
A numerical chromosomal aberration involving a change in the number of the entire set of chromosomes, as opposed to a numerical change in part of the chromosome set (cf. aneuploidy).
Když se erytroblast kostní dřeně mění na nezralý erytrocyt (někdy též označovaný jako polychromatický erytrocyt nebo retikulocyt), hlavní jádro je vypuzeno a mikrojádra, která při tom mohou vzniknout, zůstávají v cytoplasmě.
Structural chromosomal aberration
Zviditelnění nebo detekce mikrojader jsou v těchto buňkách usnadněny tím, že neobsahují hlavní jádro.
A change in chromosome structure detectable by microscopic examination of the metaphase stage of cell division, observed as deletions and fragments, intrachanges or interchanges.
Nárůst výskytu nezralých erytrocytů s mikrojádry v exponovaných zvířatech je známkou indukovaných strukturních nebo numerických chromozómových aberací.
THE FACTORIAL DESIGN FOR IDENTIFYING SEX DIFFERENCES IN THE IN VIVO CHROMOSOMAL ABERRATION ASSAY
Nově vytvořené erytrocyty s mikrojádry se zjišťují a kvantifikují obarvením a poté následuje buď vizuální hodnocení pomocí mikroskopu, nebo automatizovaná analýza.
The factorial design and its analysis
Počítání dostačujícího počtu nezralých erytrocytů v periferní krvi nebo kostní dřeni dospělých zvířat se značně usnadní použitím automatizovaného hodnotícího systému.
In this design, a minimum of 5 males and 5 females are tested at each concentration level resulting in a design using a minimum of 40 animals (20 males and 20 females, plus relevant positive controls).
Tyto systémy jsou přijatelnými alternativami manuálního hodnocení (2).
The design, which is one of the simpler factorial designs, is equivalent to a two-way analysis of variance with sex and concentration level as the main effects.
Z komparativních studií vyplývá, že tyto metody, při nichž se používají vhodné kalibrační standardy, mohou zajistit lepší mezilaboratorní a vnitrolaboratorní reprodukovatelnost a větší citlivost než manuální hodnocení pomocí mikroskopu (3) (4).
The data can be analysed using many standard statistical software packages such as SPSS, SAS, STATA, Genstat as well as using R.
Automatizované systémy pro měření četnosti erytrocytů s mikrojádry zahrnují kromě jiného průtokové cytometry (5), platformy pro analýzu obrazu (6)(7) a laserové skenovací cytometry (8).
The analysis partitions the variability in the dataset into that between the sexes, that between the concentrations and that related to the interaction between the sexes and the concentrations.
Ačkoli se to v rámci tohoto testu obvykle neprovádí, lze odlišit chromozómové fragmenty od celých chromozómů podle řady kritérií.
Each of the terms is tested against an estimate of the variability between the replicate animals within the groups of animals of the same sex given the same concentration.
Tato kritéria zahrnují identifikaci přítomnosti nebo nepřítomnosti kinetochoru nebo centromerické DNA, jež jsou obojí charakteristické pro neporušené chromozómy.
Full details of the underlying methodology are available in many standard statistical textbooks (see references) and in the ‘help’ facilities provided with statistical packages.
Nepřítomnost kinetochoru nebo centromerické DNA naznačuje, že mikrojádro obsahuje pouze fragmenty chromozómů, zatímco jejich přítomnost ukazuje na ztrátu chromozómů.
The analysis proceeds by inspecting the sex x concentration interaction term in the ANOVA table [1].
Cílovou tkání pro genetická poškození v tomto testu je kostní dřeň mladých dospělých hlodavců, protože v této tkáni vznikají erytrocyty.
In the absence of a significant interaction term the combined values across sexes or across concentration levels provide valid statistical tests between the levels based upon the pooled within group variability term of the ANOVA.
Detekce mikrojader v nezralých erytrocytech v periferní krvi je možná i u jiných druhů savců, u nichž byla prokázána dostatečná citlivost při detekci chemické látky, které v těchto buňkách způsobují strukturní nebo numerické chromozómové aberace (indukcí mikrojader v nezralých erytrocytech), a je-li uvedeno vědecké zdůvodnění.
The analysis continues by partitioning the estimate of the between concentrations variability into contrasts which provide for a test for linear and quadratic contrasts of the responses across the concentration levels.
Hlavním konečným ukazatelem je četnost výskytu nezralých erytrocytů s mikrojádry.
When there is a significant sex x concentration interaction this term can also be partitioned into linear x sex and quadratic x sex interaction contrasts.
Četnost výskytu zralých erytrocytů, jež obsahují mikrojádra v periferní krvi, může být rovněž použita jako koncový ukazatel u druhů bez silné slezinné selekce proti buňkám s mikrojádry a jsou-li zvířata trvale exponována po dobu, jež přesahuje délku života erytrocytu u použitého druhu (např. 4 týdny nebo více u myši).
These terms provide tests of whether the concentration responses are parallel for the two sexes or whether there is a differential response between the two sexes.
Zvířata se vhodným způsobem exponují zkoušené chemické látce.
The estimate of the pooled within group variability can be used to provide pair-wise tests of the difference between means.
Použije-li se kostní dřeň, zvířata se ve vhodném okamžiku po expozici humánně utratí, odebere se kostní dřeň, připraví se preparát a obarví se (9) (10) (11) (12) (13) (14) (15).
These comparisons could be made between the means for the two sexes and between the means for the different concentration level such as for comparisons with the negative control levels.
Při použití periferní krve se krev ve vhodném okamžiku (vhodných okamžicích) po expozici odebere, připraví se preparát a obarví se (12) (16) (17) (18).
In those cases where there is a significant interaction comparisons can be made between the means of different concentrations within a sex or between the means of the sexes at the same concentration.
Při akutní expozici je důležité zvolit takové časy odběru kostní dřeně nebo krve, kdy je možné detekovat indukci nezralých erytrocytů s mikrojádry související s expozicí.
References
V případě odběru periferní krve musí též uplynout dostatek času, aby se tyto jevy mohly objevit v cirkulující krvi.
There are many statistical textbooks which discuss the theory, design, methodology, analysis and interpretation of factorial designs ranging from the simplest two factor analyses to the more complex forms used in Design of Experiment methodology.
Preparáty se analyzují na přítomnost mikrojader, a to vizualizací pomocí mikroskopu, analýzou obrazu, průtokovou cytometrií nebo laserovou skenovací cytometrií.
The following is a non-exhaustive list.