natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Pro účely programů pro dozor a za účelem potvrzení přítomnosti infekce Bonamia ostreae nebo vyloučení podezření na ni v souladu s požadavky stanovenými v příloze I části 5 oddíle II musí diagnostické metody a příslušné postupy, které se použijí, odpovídat pokynům stanoveným v tabulce 5.1 níže.
Sections shall be covered with in-situ plastic cover-slips and placed on a heating block at 95 °C for five minutes.
Tabulka 5.1
Slides shall then be cooled on ice for one minute before overnight hybridisation at 42 °C in a humid chamber.
Pokyny k použití diagnostických metod pro účely programů pro dozor a potvrzení nebo vyloučení přítomnosti infekce Bonamia ostreae
Sections shall be washed twice for five minutes in 2 × SSC at room temperature, and once for 10 minutes in 0,4 × SSC at 42 °C.
Otisky srdce nebo žaber
The detection steps shall be performed according to the manufacturer's instructions.
PODROBNÉ DIAGNOSTICKÉ METODY A POSTUPY ZA ÚČELEM DOZORU NAD BĚLOSKVRNITOSTÍ (WSD) A JEJÍHO POTVRZENÍ
The slides shall then be rinsed in sterile distilled water (dH2O).
Diagnostické postupy za účelem zjištění WSSV
The sections shall be counter-stained with Bismarck Brown Yellow, rinsed in dH2O, and cover-slips shall be applied using an aqueous mounting medium.
Při odběru vzorků a laboratorním vyšetření pro účely programů pro dozor a eradikaci podle přílohy I části 6 oddílu I a za účelem potvrzení přítomnost infekce WSSV nebo vyloučení podezření na tuto infekci v souladu s čl. 57 písm. b) směrnice 2006/88/ES pomocí diagnostických metod stanovených v příloze I části 6 oddílu II se použijí podrobné diagnostické metody a postupy stanovené v bodech 2–7 této části.
Positive and negative controls shall be sections from known infected and non-infected hosts respectively.
Metody a postupy popsané v této části přílohy II jsou přejaty z akreditovaného testu ISO 17025, jenž se používá v referenční laboratoři Evropské unie pro nákazy korýšů.
A positive result shall be demonstrated by the purple-black labelling of M. refringens cells within known target tissues, with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
Lze uplatnit alternativní přístupy a obdobné podmínky nebo použít sady jiných výrobců, které vzhledem k těm, jež se v této části popisují, nabízejí obdobnou citlivost a specifičnost.
Sequencing
Ve všech případech je třeba k potvrzení identity WSSV amplifikovaný produkt PCR sekvenovat.
Sequencing shall be carried out as one of the final steps for confirmatory diagnostic.
Tkáň (pleopody a žábry) obsahující WSSV infikovaných korýšů lze skladovat v etanolu, v přípravku RNAlater nebo zmrazenou při teplotě – 80 °C.
Targeted regions are the SSU rDNA and ITS1.
Identifikace WSSV ze vzorků tkáně by měla probíhat v těchto fázích: homogenizace tkáně, extrakce DNA, specifická amplifikace DNA WSSV za použití PCR, vizualizace amplifikovaného produktu na gelu, purifikace DNA a sekvenování k potvrzení identity patogenu.
Detailed diagnostic methods and procedures for surveillance and confirmation of infection with Marteilia refringens
Homogenizace tkáně
For the purpose of surveillance programmes and to confirm the presence of an infection with Marteilia refringens or to rule out a suspicion of that listed disease, in accordance with the requirements laid down in Section II of Part 4 to Annex I, the diagnostic methods and corresponding procedures to be used shall be in accordance with the guidelines laid down in Table 4.1 as follows:
Rozrušení tkání a příprava homogenátu ve vhodném pufru probíhá za použití přístroje k rozrušení tkání Fast Prep a zkumavek s lyzační maticí A (společnosti MP Biomedicals).
Table 4.1
Tkáň se zváží, umístí do zkumavek s lyzační maticí A, zředí se v poměru 1: 10 hm./obj. nebo podle pokynů výrobce ve vhodném pufru (G2 a 10 μl proteinázy K, jež se používá se sadou pro extrakci DNA z tkáně (společnosti Qiagen)) a homogenizuje homogenizátorem Fast Prep 24 po dobu dvou minut.
Guidelines for the use of diagnostic methods for the surveillance programmes and to confirm or rule out infection with Marteilia refringens
Homogenizované vzorky se inkubují při 56 °C po dobu minimálně čtyř hodin nebo přes noc.
Method
Vzorky se vortexují, odstřeďují se dvě minuty při rychlosti 9000 otáček za minutu, poté se do zkumavky pro extrakci DNA přidá supernatant v objemu 50 μl nebo v objemu odpovídajícím 5 mg tkáně (což je optimální váha tkáně pro sadu pro extrakci DNA) a až do objemu 200 μl se doplní pufr G2.
Targeted surveillance
Celková DNA se extrahuje za použití sady pro extrakci DNA a přístroje EZ1 Advanced XL Biorobot (společnosti Qiagen) podle pokynů výrobce.
Presumptive diagnosis
S každou dávkou vzorků se zároveň zpracovává vzorek ke kontrole extrakce (telecí thymová DNA) a negativní vzorek (pufr G2).
Confirmatory diagnosis
DNA by měla být eluována do objemu 50 μl.
Digestive gland imprints
K ověření toho, že extrakce byla úspěšně dokončena, se určí koncentrace DNA u všech vzorků a kontrolních vzorků za použití přístroje Nano Drop.
X, or
Extrahovanou DNA je třeba, pokud není bezprostředně zapotřebí, zmrazit na – 20 °C.
Histopathology
Polymerázová řetězová reakce (PCR) u WSSV
In situ hybridisation
Jako metoda ke zjištění WSSV se použije protokol ke zjištění tohoto viru technikou „zahnízděné“ (nested) PCR, jež se popisuje v následujících odstavcích a která v prvním a druhém kole PCR amplifikuje amplikon o velikosti 1447 bp, respektive amplikon o velikosti 848 bp genu 18S rRNA.
X, and
Pro reakci PCR v prvním kole se připraví 50 μl směsi, která obsahuje konečné koncentrace pufru GoTaq (1×, společnost Promega), 5 mM MgCl2, 1 pmol/μl primeru WSSV 146 F1, 1 pmol/μl primeru WSSV 146 R1 (viz tabulka 1), 0,25 mM dNTP, 1,25 jednotek Taq polymerázy a 2,5 μl DNA.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR THE SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF INFECTION WITH BONAMIA OSTREAE
Každý vzorek by měl být zpracován duplicitně spolu s negativním vzorkem ke kontrole extrakce, negativním vzorkem ke kontrole PCR (místo DNA se přidá 2,5 μl H2O) a pozitivními kontrolními vzorky.
I. Procedures for diagnosis of Infection with Bonamia ostreae
Pozitivní kontrolní vzorek tvoří zředěný plazmid WSSV vyrobený a potvrzený k internímu použití (k dispozici z referenční laboratoře EU).
When sampling and laboratory examination are carried out for the purpose of obtaining or maintaining a certain health status with regard to Bonamia ostreae as set out in Section I of Part 5 of Annex I or to confirm or rule out the presence of that listed disease in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 5 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in following points I.1, I.2 and I.3 shall apply.
Pro druhé kolo reakce PCR u WSSV se připraví totéž, co v kole prvním, použije se však primerová sada WSSV 146 F2/R2 a druhý pozitivní kontrolní vzorek, kterým se ověří, že tato fáze PCR fungovala.
Sample process
Gelová elektroforéza
Once sampled, oysters shall be maintained at 4 °C or on refrigerated ice for no more than 24 hours if samples include gaping molluscs and 72 hours if not, in a plastic bag including a label with details related to the nature and the origin of the oysters.
Amplifikované produkty PCR z prvního i druhého kola PCR je třeba vizualizovat na 2 % agarózovém gelu za použití pufru TAE.
A 3 to 5 mm thick section of tissues including gills and heart tissue shall be used for the diagnostic of Bonamia ostreae by histology.
Pozitivní vzorky vytvoří pás o velikosti 1447 bp v prvním kole PCR a 848 bp ve druhém kole PCR.
Slides shall be air-dried, fixed in methanol or in absolute ethanol and stained using a commercially available blood-staining kit (namely such as Diff- Quik®/Hemacolor®.), in accordance with the manufacturer's instructions.
Vzorky této velikosti se vyříznou a umístí do mikroodstředivkové zkumavky o objemu 1,5 ml.
Slides shall be observed first at × 200 magnification and then under oil immersion at × 1000 magnification.
DNA obsažená v proužcích gelu se purifikuje pomocí systému „Promega Wizard® SV Gel and PCR clean-Up System“, a to podle pokynů výrobce.
A positive result shall be the presence of small spherical or ovoid organisms (2 to 5 μm wide) within haemocytes.
Provede se odhad koncentrace DNA pomocí přístroje Nano Drop.
However, the parasite might also occur extracellularly.
Pokud se purifikovaná DNA nepoužije okamžitě, zmrazí se na – 20 °C.
These organisms show a basophilic cytoplasm and an eosinophilic nucleus (colours may vary with the stain used) and, because they spread on the slide, they can appear wider on imprints than on histological examination.
Sekvenování produktů PCR
Multinucleated cells may be observed.
DNA se sekvenuje za použití sady Big Dye Terminator v.
Sections of tissue that include gills and digestive gland, shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology and staining, for example with haematoxylin and eosin.
3.1 (společnosti Applied Biosystems).
A positive result shall be the presence of parasites as very small cells of 2 to 5 μm wide within the haemocytes or free in the connective tissue or sinuses of gill, gut and mantle epithelium, often associated with an intense inflammatory reaction.
Celkový objem při každé reakci činí 20 μl, konečné koncentrace přitom tvoří Big Dye terminator (1 ×), pufr na sekvenování (1 ×), 10 pmol/μl přímého nebo reverzního primeru a 10 μl purifikované DNA (zředěné na přibližně 10 ng/μl), přičemž reakce probíhá na termocykleru DNA Engine Tetrad 2 s Peltierovými články (nebo obdobném zařízení) za těchto podmínek cyklování: 30 sekund při 94 °C, 10 sekund při 96 °C, 10 sekund při 50 °C a čtyři minuty při 60 °C, přičemž u posledních tří kroků probíhá cyklování 30krát.
To avoid any doubt, the parasite shall be observed inside the haemocyte for a positive diagnosis.
Produkty PCR se vysráží sodno-acetátovou metodou: 20 μl DNA se přidá do 10 μl NaAc, 70 μl H20 a 250 μl etanolu, následně se vortexuje a odstřeďuje při 13000 otáčkách za minutu po dobu 20 minut, supernatant se odstraní a peleta se opláchne 200 μl absolutního etanolu, přičemž se odstřeďuje při 13000 otáčkách za minutu po dobu pěti minut.
DNA extraction kits, which are available commercially and usually produce high quality DNA suitable for use with the PCR protocols as detailed below, may be used.
Peleta se následně suší pět minut při 37 °C.
Two PCR protocols targeting the small subunit (SSU) rDNA may be used:
K peletám se přidá dvacet 25 μl Hi-Di formamidu, vše se na dvě minuty zahřeje na 95 °C a důkladně vortexuje.
the first one is a conventional PCR that amplify several members of the Haplosporidia including Bonamia spp.
Vzorky se sekvenují pomocí analyzéru ABI3130xl Avant Genetic podle pokynů výrobce.
Primers designated Bo and Boas are 5′-CAT-TTA-ATT-GGT-CGG-GCC-GC-3′ and 5′-CTG-ATC-GTC-TTC-GAT-CCC-CC-3′ respectively, and amplify a 300 bp product.
Výsledky sekvenování se analyzují softwarem Sequencher, přičemž sekvence se porovnají se sekvencemi v databázi NCBI pomocí algoritmu BLAST.
PCR mixtures contain buffer (500 mM KCl, 100 mM Tris/HCl [pH 9,0 at 25 °C] and 1 % Triton® X-100), 2,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTP mix, 1 μM forward and reverse primers, 0,02 units μl– 1 Taq DNA polymerase, and 0,2 ng μl– 1 of the DNA template in a total volume of 50 μl.
METODY DOZORU A TLUMENÍ NÁKAZY V PŘÍPADĚ VIROVÉ HEMORAGICKÉ SEPTIKÉMIE (VHS) A INFEKČNÍ NEKRÓZY KRVETVORNÉ TKÁNĚ (IHN)
Samples shall be denatured in a thermocycler for five minutes at 94 °C before being submitted to 30 cycles (94 °C for one minute, 55 °C for one minute, 72 °C for one minute) followed by a final extension of 10 minutes at 72 °C.
I.
A positive result shall be positive PCR amplification at the expected size (namely, 300 bp), with all negative controls being negative and all positive controls being positive;
Požadavky na programy pro dozor a eradikaci za účelem získání a zachování statusu území prostého nákazy, pokud jde o VHS a IHN, a opatření k zamezení šíření těchto nákaz uvedených na seznamu
the second PCR protocol is a SYBR® Green Real time PCR assay.
I.1 Obecné požadavky na kontroly zdravotní nezávadnosti a odběr vzorků v případě VHS a IHN:
It allows the specific detection of B. ostreae (described below) and may be combined with a SYBR® Green Real time PCR assay allowing the specific detection of B. exitiosa (Ramilo et al.
I.2 Konkrétní požadavky na získání statusu území prostého nákazy (kategorie I), pokud jde o VHS a IHN
2013).
I.2.1 Programy dozoru:
Primers BOSTRE-F (5′- TTACGTCCCTGCCCTTTGTA-3′) and BOSTRE-R (5′- TCGCGGTTGAATTTTATCGT-3′) amplify a 208 bp product.
I.2.2 Programy eradikace
PCR mixtures contain SYBR® Green Master Mix (1X), 0,3 μM forward and reverse primers, and 200 ng of extracted DNA.
I.2.2.1 Obecné požadavky
Samples shall be denatured in a Real Time Detection System for 10 minutes at 95 °C before being submitted to 35 cycles (95 °C for 30 seconds, 55 °C for 45 seconds and 72 °C for one minute).
I.2.2.2 Požadavky na opětovné získání statusu území prostého nákazy v případě kontinentálních jednotek zahrnujících jedno jediné hospodářství, které bylo dříve prohlášeno za prosté nákazy buď IHN, nebo VHS, nebo obou nákaz
Melting temperature curve analysis shall be carried out with temperature increments of 0,5 °C/s starting at 55 °C and ending at 95 °C and recording fluorescence at each change of temperature.
I.3 Konkrétní požadavky na zachování statusu území prostého nákazy (kategorie I), pokud jde buď o VHS, nebo o IHN
Positive controls shall consist in genomic DNA from a highly infected host or plasmidic DNA including the target region.
I.4 Požadavky na zrušení opatření k zamezení šíření nákazy stanovených v článku 39 směrnice 2006/88/ES, tedy změny nákazového statusu kategorie V na nákazový status kategorie III
Negative controls shall consist in genomic DNA from non-infected hosts and PCR reactives without target DNA.
podezřelé hospodářství se podrobí alespoň jedné kontrole zdravotní nezávadnosti a jednomu odběru vzorků 10 ryb, jsou-li pozorovány klinické nebo postmortální příznaky odpovídající infekci buď VHS, nebo IHN, či oběma nákazami, nebo minimálně 30 ryb, nejsou-li pozorovány klinické ani postmortální příznaky.
A positive result shall be positive PCR amplification with a unique melting temperature peak (78,25 ± 0,25 °C in the conditions published by Ramilo et al.
Vzorky jsou vyšetřeny pomocí jedné nebo více diagnostických metod stanovených v bodech i) a ii) v souladu s podrobnými diagnostickými metodami a postupy stanovenými v příloze II části 1 oddíle II:
2013), with all negative controls being negative and all positive controls being positive.
I.1 Obecné požadavky
A probe that targets the SSU of the rDNA gene complex shall be used although it was shown to cross react with some other members of the family Haplosporidia.
I.2 Konkrétní požadavky na získání statusu území prostého nákazy (kategorie I), pokud jde o KHV
Sections of tissue that include gills and digestive gland shall be fixed for a period of at least 24 hours in Davidson's fixative followed by normal processing for paraffin histology.
I.2.1 Programy dozoru
Sections shall be incubated with 100 μl of hybridisation buffer (4 × SSC [standard saline citrate], 50 % formamide, 1 × Denhardt's solution, 250 μg ml– 1 yeast tRNA, 10 % dextran sulphate) containing 20 ng (2 μl of the PCR reaction prepared as described in point I.3.2 using primers Bo and Boas) of the digoxigenin-labelled probe.
I.2.2.2 Požadavky na opětovné získání statusu území prostého nákazy v případě kontinentálních jednotek zahrnujících jedno jediné hospodářství, které bylo dříve prohlášeno za prosté nákazy KHV
Sections shall be washed twice for five minutes in 2 × SSC at room temperature, and once for 10 minutes in 0,4 × SSC at 42 °C.
I.3 Konkrétní požadavky na zachování statusu kategorie I, pokud jde o KHV
A positive result shall correspond to labelled parasites inside the haemocytes, with all negative controls negative and all positive controls positive.
I.4 Konkrétní požadavky na zrušení opatření k zamezení šíření nákazy stanovených v článku 39 směrnice 2006/88/ES s cílem získat nákazový status kategorie III, pokud jde o KHV, v členských státech, jednotkách nebo oblastech, které mají nákazový status kategorie V
Targeted regions shall be the SSU rDNA and ITS1.
I.2 Konkrétní požadavky na dosažení nákazového statusu kategorie I, pokud jde o nákazu ISA
Procedures for surveillance and confirmation of infection with Bonamia ostreae
I.2.2.2 Požadavky na opětovné získání statusu území prostého nákazy v případě kontinentálních jednotek zahrnujících jedno jediné hospodářství, které bylo předtím prohlášeno za území s nákazovým statusem kategorie I
For the purpose of surveillance and confirmation of the presence of or to rule out a suspicion of infection with Bonamia ostreae in accordance with the requirements laid down in Section II of Part 5 to Annex I, the diagnostic methods and corresponding procedures to be used shall be in accordance with the guidelines laid down in the following Table 5.1.
I.3 Minimální opatření k tlumení nákazy za účelem zachování statusu kategorie I, pokud jde o nákazu ISA
Table 5.1
I.4 Konkrétní požadavky na dosažení nákazového statusu kategorie III, pokud jde o infekci ISAV s HPR s delecí, v členských státech, oblastech nebo jednotkách, které dříve měly nákazový status kategorie V
Guidelines for the use of diagnostic methods for the surveillance programmes and to rule out or confirm infection with Bonamia ostreae
jsou-li ve výrobní jednotce nebo produkční oblasti přítomny ústřice (Ostrea spp.) a slávky (Mytilus spp.), jsou oba rody zastoupeny v odebraném vzorku rovnoměrně.
Heart or gill imprints
Je-li přítomen pouze jeden z uvedených rodů, odebere se vzorek uvedeného rodu.
DETAILED DIAGNOSTIC METHODS AND PROCEDURES FOR SURVEILLANCE AND CONFIRMATION OF WHITE SPOT DISEASE (WSD)
Není-li přítomen rod Ostrea ani Mytilus, musí být ve vzorku zastoupeny všechny ostatní přítomné vnímavé druhy;
Diagnostic procedures for detection of WSSV
jsou-li ve výrobních jednotkách přítomni slabí, rozevření nebo čerstvě uhynulí, ale nerozkládající se měkkýši, jsou v prvé řadě vybráni oni.
When sampling and laboratory examination for the purpose of the surveillance and eradication programmes set out in Section I of Part 6 of Annex I and for the confirmation of the presence of or to rule out a suspicion of infection with WSSV are carried out in accordance with Article 57(b) of Directive 2006/88/EC, using the diagnostic methods set out in Section II of Part 6 of Annex I, the detailed diagnostic methods and procedures set out in points 2 to 7 of this Part shall apply.
Nejsou-li tito měkkýši přítomni, zahrnují vybraní měkkýši nejstarší zdravé měkkýše;
The methods and procedures described in this Part of Annex II are adapted from the ISO 17025 accredited test applied at the European Union Reference Laboratory for Crustacean Diseases.
pokud se vzorky odebírají v hospodářstvích, kde se k produkci používá více vodních zdrojů, musí být součástí vzorků měkkýši ze všech vodních zdrojů, aby byly ve vzorku poměrně zastoupeny všechny části hospodářství;
Alternative approaches, using equivalent conditions or kits produced by different manufacturers, but which offer equivalent sensitivity and specificity to those described in this Part may be applied.
při odběru vzorků v chovných oblastech měkkýšů jsou do vzorku zařazeni měkkýši z dostatečného počtu míst odběru vzorků tak, aby byly ve vzorku poměrně zastoupeny všechny části chovné oblasti měkkýšů.
In all instances, PCR amplified product shall be sequenced to confirm identity as White spot syndrome virus (WSSV).
Hlavními faktory, které je při výběru těchto míst odběru vzorků třeba vzít v úvahu, jsou předchozí místa odběru vzorků, kde byla zjištěna marteilióza (Marteilia refringens), intenzita chovu, vodní toky, přítomnost vnímavých druhů, přítomnost druhů přenašečů, hloubkové poměry a řídicí postupy.
Tissue (pleopods and gills) containing WSSV from crustaceans may be stored in ethanol, RNAlater or snap frozen at – 80 °C.
Vzorky se odebírají také na místech, kde se měkkýši vyskytují přirozeně.
The stages required for the identification of WSSV from tissue samples shall be as follows: Homogenisation of the tissue, extraction of the DNA, specific amplification of WSSV DNA using PCR, visualisation of the amplified product on a gel, purification of the DNA and sequencing to confirm the identity of the pathogen.
I.2 Konkrétní požadavky na dosažení nákazového statusu kategorie I, pokud jde o marteiliózu (Marteilia refringens)
Tissue homogenisation
Pokud ústřice jedlé (Ostrea edulis) přítomny nejsou, musí být ve vzorku zastoupeny všechny ostatní přítomné vnímavé druhy;
Samples shall be vortexed, centrifuged at 9000 rpm for two minutes and 50 μl of supernatant or a volume equivalent to 5 mg of tissue (weight of tissue optimal for extraction kit) shall be added to a sample tube for DNA extraction and volume made up to 200 μl using G2 buffer.
jsou-li přítomni slabí, rozevření nebo čerstvě uhynulí, ale nerozkládající se měkkýši, jsou přednostně vybráni oni.
Total DNA shall be extracted using a DNA tissue extraction kit and the EZ1 Advanced XL Biorobot (Qiagen) following the manufacturers' instructions.
pokud se vzorky odebírají v hospodářstvích, kde se k produkci používá více vodních zdrojů, musí být součástí vzorků měkkýši ze všech vodních zdrojů, aby byly ve vzorku poměrně zastoupeny všechny části hospodářství;
An extraction control (Calf Thymus DNA) and a negative control (G2 buffer) shall run with each batch of samples.
při odběru vzorků v chovných oblastech měkkýšů se do vzorku zařadí měkkýši z dostatečného počtu míst odběru vzorků.
DNA shall be eluted into 50 μl volume.
Hlavními faktory, které je při výběru míst odběru vzorků třeba vzít v úvahu, jsou předchozí místa, kde byla zjištěna bonamióza (Bonamia ostreae), intenzita chovu, vodní toky, přítomnost vnímavých druhů, přítomnost druhů přenašečů, hloubkové poměry a řídicí postupy.
To ensure that the extraction has completed successfully, the DNA concentration for all samples and controls shall be determined using a Nano Drop machine.
Vzorky se odebírají na místech, kde se měkkýši vyskytují přirozeně, v rámci chovných oblastí nebo oblastí s nimi sousedících.
Extracted DNA shall be frozen at – 20 °C if not required immediately.
I.2 Konkrétní požadavky na dosažení nákazového statusu kategorie I, pokud jde o bonamiózu (Bonamia ostreae)
WSSV Polymerase Chain Reaction (PCR)
I.3 Konkrétní požadavky na zachování statusu území prostého nákazy (kategorie I), pokud jde o infekci bonamiózou (Bonamia ostreae)
The method to be used for the detection of WSSV shall be the protocol for the detection of WSSV by nested PCR set out in the following paragraphs which amplifies a 1447 bp and an 848 bp amplicon of the 18s rRNA gene in the first and second round PCRs respectively.
I.4 Požadavky na zrušení opatření k zamezení šíření nákazy stanovených v článku 39 směrnice 2006/88/ES (změna nákazového statusu z kategorie V na nákazový status kategorie III), pokud jde o infekci bonamiózou (Bonamia ostreae).
The 1st round PCR reaction shall be set up in a 50 μl volume which contains final concentrations of 1 × GoTaq Buffer (Promega), 5 mM MgCl2, 1 pmol/μl WSSV 146 F1 primer, 1 pmol/μl WSSV 146 R1 primer (Table 1), 0,25 mM dNTPs, 1,25U Taq polymerase and 2,5 μl of DNA.
I.1 Obecné požadavky na kontroly a odběr vzorků
Each sample shall be run in duplicate alongside a negative extraction control, a negative PCR control, (2,5 μl H2O added instead of DNA) and a positive control.
I.2 Konkrétní požadavky na dosažení nákazového statusu kategorie I, pokud jde o běloskvrnitost
The positive control shall be diluted WSSV plasmid made and validated for use in-house (available from the EURL).
I.2.2.2 Požadavky na opětovné získání statusu území prostého nákazy, pokud jde o běloskvrnitost, pro kontinentální jednotky zahrnující jedno jediné hospodářství, které bylo dříve prohlášeno za prosté nákazy běloskvrnitostí
The 2nd round WSSV PCR reaction shall be set up in the same way as the first round but using the WSSV 146 F2/R2 primer set and using a second positive control to check that this stage of the PCR has worked.
I.3 Konkrétní požadavky na zachování statusu území prostého nákazy (kategorie I), pokud jde o běloskvrnitost
Primer