natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Rekonstituováno v:
If a commercial test kit is being used to measure the hormone production, the hormone analysis should be conducted as specified in the manuals provided by the test kit manufacturer.
250 μl zkušebního pufru
Most manufacturers have a unique procedure by which the hormone analyses are conducted.
Ředění při zkoušce:
Dilutions of samples need to be adjusted such that expected hormone concentrations for the solvent controls fall within the centre of the linear range of the standard curve of the individual assay (Appendix III to the validation report (4)).
1:10 (s cílem zajistit, aby se vzorek dostal do lineárního rozmezí standardní křivky)
Values outside of the linear portion of the standard curve should be rejected.
150 pg/ml (již přizpůsobena koncentraci na 1 ml zkoušeného vzorku)
Example:
Výtěžnost:
Extracted:
Konečná koncentrace hormonů =
450 μl medium
(Koncentrace hormonů (na 1 ml) ÷ výtěžnost) (faktor ředění)
Reconstituted in:
(150 pg/ml) ÷ (0,89) × (250 μl/450 μl) × 10 = 936,3 pg/ml
250 μl assay buffer
Výběr zkušebních koncentrací
Dilution in Assay:
V rámci zkoušky by měly být provedeny minimálně dva nezávislé pokusy.
1:10 (to bring the sample within the linear range of the standard curve)
Pokud jsou výsledky prvního pokusu nejednoznačné (tj. násobek efektu je statisticky významně odlišný od kontrolní hodnoty pouze při jedné koncentraci) nebo pozitivní (tj. násobná změna je při dvou nebo více následujících koncentracích statisticky významná), zkouška by se měla zopakovat s upřesněním vybraných koncentrací, jak ukazuje tabulka 7.
Hormone Concentration in Assay:
Aby se zjistil účinek, měly by být zkušební koncentrace v pokusech 2 a 3 (uskuteční-li se) upraveny na základě výsledků hraničních koncentrací úvodního pokusu, které vyvolaly účinek s použitím koncentrací v intervalech 1/2-log (např. pokud původní pokus 0,001, 0,01, 0,1, 1, 10, 100, 1000 μM vyústil v indukce při 1 a 10 μM, koncentrace zkoušené ve druhém pokusu by měly být 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 μM), pokud pro dosažení LOEC nemusí být uplatněny nižší koncentrace.
150 pg/ml (already adjusted to concentration per ml sample assayed)
Ve druhém uvedeném případě by ve druhém pokusu, při kterém se použije stupnice 1/2-log, mělo být použito nejméně pět koncentrací pod nejnižší koncentrací zkoušenou v prvním pokusu.
Recovery:
Pokud druhý pokus nepotvrdí výsledky prvního pokusu (tj. při dříve pozitivně zkoušené koncentraci ± 1 přírůstek koncentrace neprokáže statistickou významnost), je nutné provést třetí experiment za původních zkušebních podmínek.
Final hormone concentration =
Nejednoznačné výsledky v prvním pokusu jsou považovány za negativní, pokud pozorovaný účinek nemohl být potvrzen v žádném ze dvou následných pokusů.
(Hormone concentration (per ml) ÷ recovery) (dilution factor)
Nejednoznačné výsledky jsou považovány za pozitivní odpovědi (účinek), pokud lze odpověď potvrdit v nejméně jednom dalším pokusu v rámci ± 1 přírůstku koncentrace (viz oddíl 55 postupu při interpretaci údajů).
(150 pg/ml) ÷ (0,89) × (250 μl/450 μl) × 10 = 936,3 pg/ml
Tabulka 7
Selection of test concentrations
Matice rozhodnutí pro možné výsledné scénáře
A minimum of two independent runs of the assay should be conducted.
Pokus 1
Unless prior information such as information on solubility limits or cytotoxicity provides a basis for selecting test concentrations, it is recommended that the test concentrations for the initial run be spaced at log10 intervals with 10–3 M being the maximum concentration.
Pokus 2
If the chemical is soluble, and not cytotoxic at any of the tested concentrations, and the first run was negative for all concentrations, then it is to be confirmed in one more run using the same conditions as the first run was conducted (Table 7).
Pokus 3
If the results of the first run are equivocal (i.e. the fold-change is statistically significant from the SC at only one concentration) or positive (i.e. the fold change at two or more adjacent concentrations is statistically significant), the test should be repeated as indicated in Table 7 by refining the selected test concentrations.
Rozhodnutí
Test concentrations in runs two and three (if applicable) should be adjusted on the basis of the results of the initial run bracketing concentrations that elicited an effect using 1/2-log concentration spacing (e.g. if the original run of 0,001, 0,01, 0,1, 1, 10, 100, 1000 μM resulted in inductions at 1 and 10 μM, the concentrations tested in the second run should be 0,1, 0,3, 1, 3, 10, 30, 100 μM), unless lower concentrations need to be employed to achieve a LOEC.
Scénář
In the latter case, at least five concentrations below the lowest concentration tested in the first run should be used in the second run using a 1/2-log scale.
Pozitivní
If the second run does not confirm the first run (i.e. statistical significance does not occur at the previously positively tested Live/Deadconcentration ± 1 concentration-increment), a third experiment is to be conducted using the original testing conditions.
Potvrdit [26]
Equivocal results in the first run are considered negative if the observed effect could not be confirmed in any of the two subsequent runs.
Konec
Equivocal results are considered as positive responses (effect) when the response can be confirmed in at least one more run within a ± 1 concentration increment (see section 55 for the Data Interpretation Procedure).
Upřesnit [27]
Table 7
Nejednoznačné [28]
Decision matrix for possible outcome scenarios
Kontrola kvality testu
Run 1
Kromě splnění kritérií pro QC-destičky by měla být splněna i další kritéria kvality, která jsou stanovena v tabulce 8 a která se týkají přijatelných variací mezi replikovanými jamkami, opakovanými experimenty, linearity a citlivosti systémů měření hormonů, rozdílu mezi opakovanými měřeními hormonů téhož vzorku, a procentní výtěžnosti standardního přídavku hormonů po extrakci média (je-li to použitelné; viz odstavec 30 ohledně požadavků extrakce).
Run 2
Aby údaje mohly být použity pro další hodnocení, měly by spadat do přijatelných rozmezí definovaných pro každý parametr.
Run 3
Pokud tato kritéria nejsou splněna, mělo by být do pracovního formuláře poznamenáno, že kritéria kontroly kvality nebyla u daného vzorku splněna a že je nutné vzorek analyzovat znovu nebo ho vypustit ze souboru údajů.
Decision
Tabulka 8
Scenario
Přijatelná rozmezí a/nebo variace (%) pro parametry zkušební destičky pro zkoušku H295R.
Positive
LOQ: mez kvantifikace systému měření hormonů.
Confirm [26]
CV:
Stop
variační koeficient;
Refine [27]
rozpady za minutu Srovnání mezi T E2
Equivocal [28]
Bazální produkce hormonů při SC O násobek větší než LOQ
Quality Control of the Test Plate
≥ 5násobek
In addition to meeting the criteria for the QC plate, other quality criteria that pertain to acceptable variation between replicate wells, replicate experiments, linearity and sensitivity of hormone measurement systems, variability between replicate hormone measures of the same sample, and percentage recovery of hormone spikes after extraction of medium (if applicable; see Paragraph 30 regarding extraction requirements) should be met and are provided in Table 8.
≥ 2,5násobek
Data should fall within the acceptable ranges defined for each parameter to be considered for further evaluation.
Absolutní koncentrace
Table 8
Experimenty v oblasti expozice – mezi destičkami CV pro SC (opakované experimenty)
Acceptable ranges and/or variation (%) for H295R assay test plate parameters.
Násobná změna
(LOQ: Limit of Quantification of the hormone measurement system.
Systém měření hormonů – citlivost
CV: Coefficient of variation; SC: Solvent Control; DPM: Disintegrations per minute)
Zjistitelný násobný pokles poměrný k SC
Comparison Between
Systém měření hormonů – opakovaná měření CV pro SC [29]
Basal hormone production in SCs
Extrakce média – výtěžnost interního 3H standardu (použije-li se)
Fold-greater than LOQ
≥ 65 % nominální
≥ 5-fold
ANALÝZA ÚDAJŮ A ZPRÁVY
≥ 2,5-fold
Analýza údajů
Exposure Experiments — Within Plate CV for SCs (Replicate Wells)
Pro vyhodnocení relativního nárůstu/poklesu chemicky změněné produkce hormonů by se výsledky měly normalizovat na střední hodnotu kontroly s rozpouštědlem (solvent control, SC) u každé zkušební destičky a výsledky by se měly vyjádřit jako změny relativní k SC v každé zkušební destičce.
Absolute Concentrations
Veškeré údaje musí být vyjádřeny jako střední hodnoty ± 1 směrodatná odchylka (standard deviation, SD).
Exposure Experiments — Between Plate CV for SCs (Replicate Experiments)
Do analýzy údajů by měly být zahrnuty pouze údaje o hormonech z jamek, v nichž byla cytotoxicita nižší než 20 %.
Fold-Change
Relativní změny by se měly vypočítat takto:
Hormone Measurement System — Sensitivity
Relativní změna = (koncentrace hormonů v každé jamce) ÷ (střední koncentrace hormonů ve všech jamkách pro kontrolu s rozpouštědlem).
Detectable fold-decrease relative to SC
Pokud se na základě vizuální prohlídky jamky nebo dle důkazů ze zkoušky životaschopnosti/cytotoxicity popsané v odstavci 42 zdá, že narostl počet buněk, je nutné zdánlivý nárůst ověřit.
Hormone Measurement System — Replicate Measure CV for SCs [29]
Před provedením statistických analýz by měly být vyhodnoceny předpoklady normality rozdělení a homogenity rozptylu.
Medium Extraction — Recovery of Internal 3H Standard (If Applicable)
Normalita by se měla hodnotit pomocí standardních grafů pravděpodobnosti (probability plot) nebo jiné vhodné statistické metody (např. Shapiro-Wilkův test).
DPM
Pokud nejsou údaje (násobné změny) distribuovány normálně, měl by být pro účely aproximace normální distribuce učiněn pokus o jejich transformaci.
≥ 65 % Nominal
Pokud jsou údaje distribuovány normálně nebo se přibližují normální distribuci, měly by být rozdíly mezi exponovanými skupinami a kontrolou s rozpouštědlem analyzovány pomocí parametrického testu (např. Dunnettův test), kde koncentrace je nezávislá a reakce (násobná změna) závislá proměnná.
DATA ANALYSIS AND REPORTING
Pokud údaje nejsou normálně distribuovány, měl by se použít neparametrický test (např. Kruskal Wallisův test, Steelův srovnávací ‚Many-one rank‘ test).
Data Analysis
Rozdíly jsou považovány za významné, když platí p ≤ 0,05.
To evaluate the relative increase/decrease in chemically altered hormone production, the results should be normalised to the mean SC value of each test plate, and results expressed as changes relative to the SC in each test plate.
Statistická hodnocení se provádějí na základě průměrných hodnot pro každou jamku, které představují nezávislé replikované údaje.
All data are to be expressed as mean ± 1 standard deviation (SD).
Předpokládá se, že z důvodu velkých intervalů mezi dávkami v prvním pokusu (škála dekadických logaritmů) v mnoha případech nebude možné popsat jasné vztahy mezi koncentrací a odpovědí, tak aby dvě největší dávky byly v lineární části S křivky.
Only hormone data from wells where cytotoxicity was less than 20 % should be included in the data analysis.
Z tohoto důvodu budou pro první pokus nebo jakékoli jiné soubory údajů, kde nastane tato podmínka (např. tam, kde nelze odhadnout maximální účinnost), použity statistiky pevných proměnných typu I popsané výše.
Relative changes should be calculated as follows:
Pokud více než dva údaje leží v lineární části křivky a pokud lze vypočítat maximální účinnost (jak se předpokládá u některých z druhých pokusů, které se provádějí pomocí semilogaritmických intervalů expozičních koncentrací), měl by být pro výpočet účinných koncentrací použit probitový, logitový nebo jiný vhodný regresní model (např. EC50 a EC20).
Relative Change = (Hormone concentration in each well) ÷ (Mean hormone concentration in all solvent control well).
Výsledky by měly být prezentovány v grafickém (sloupcové diagramy vyjadřující střední hodnotu ± 1 SD) a tabulkovém formátu (LOEC/NOEC, směr účinku a síla maximální odpovědi, která je součástí údajů typu dávka–reakce) (viz např. obrázek 3).
If by visual inspection of the well or as demonstrated by the viability/cytotoxicity assay described in paragraph 42 there appears to be an increase in cell number, the apparent increase needs to be verified.
Posouzení údajů se považuje za platné pouze v případě, že se opírá nejméně o dva nezávisle provedené pokusy.
Prior to conducting statistical analyses, the assumptions of normality and variance homogeneity should be evaluated.
Experiment nebo pokus se považuje za nezávislý, pokud byl proveden v jiný den za pomoci nového souboru roztoků a kontrol.
Normality should be evaluated using standard probability plots or other appropriate statistical method (e.g. Shapiro-Wilk's test).
Příklad prezentace a hodnocení údajů získaných během zkoušky H295R v grafickém a tabulkovém formátu
If data are not normally distributed, an appropriate non-parametric test should be used (e.g. Kruskal Wallis, Steel's Many-one rank test).
Hvězdičky označují statisticky významné rozdíly od kontroly s rozpouštědlem (p< 0,05).
Differences are considered significant at p ≤ 0,05.
nejnižší koncentrace s pozorovaným účinkem;
Statistical evaluations are done based on average values for each well that represent independent replicate data points.
max. změna:
It is anticipated that due to the large spacing of doses in the first run (log10 scale) in many cases it will not be possible to describe clear concentration-response relationships where the two greatest doses will be on the linear portion of the sigmoid curve.
maximální síla reakce pozorovaná při jakékoli koncentraci ve vztahu k průměrné reakci SC (= 1)
Therefore, for the first run or any other data sets where this condition occurs (e.g. where no maximum efficacy can be estimated) type I fixed variable statistics as described above will be applied.
Progesteron
Results should be provided both in graphical (bar graphs representing mean ± 1 SD) and tabular (LOEC/NOEC, direction of effect, and strength of maximum response that is part of the dose-response portion of the data) formats (see Figure 3 for an example).
OH Progesteron
Data assessment is only considered valid if it has been based on at least two independently conducted runs.
Androstenedion
An experiment or run is considered independent if it has been conducted at a different date using a new set of solutions and controls.
Testosteron Estron
The concentration range used in runs 2 and 3 (if necessary) may be tailored on the basis of the results of run 1 to better define the dose response range containing the LOEC (see paragraph 47).
eoxykortikosteron
Figure 3
Deoxykortisol
Example of the presentation and evaluation of data obtained during the conduct of the H295R Assay in graphical and tabular format.
Kortisol
Lowest observed effective concentration;
Aldosteron
Max Change:
Chemická látka
Maximum strength of the response observed at any concentration relative to the average SC response (= 1).
0,15 násobek
Cholesterol
Letrozol
Pregnenolone
29 násobek
OH Pregnenolone
Postup při interpretaci údajů
Progesterone
Má se za to, že zkoušená chemická látka je pozitivní, pokud se násobná indukce statisticky liší (p ≤ 0,05) od kontroly s rozpouštědlem při dvou sousedních koncentracích nejméně ve dvou nezávislých pokusech (tabulka 7).
OH Progesterone
Má se za to, že zkoušená chemická látka je negativní po dvou nezávislých negativních pokusech nebo při třech pokusech, které zahrnují dva negativní pokusy a jeden dvojznačný nebo pozitivní pokus.
Androstenedione
Pokud údaje získané při třech nezávislých experimentech nesplňují kritéria rozhodnutí uvedená v tabulce 7, nelze výsledky pokusů interpretovat.
Testosterone
Do interpretace výsledků by neměly být zahrnuty výsledky při koncentracích překračujících limity rozpustnosti nebo při cytotoxických koncentracích.
estradiol
Závěrečná zpráva
eoxycorticosterone
název a adresa zařízení,
Cortisol
vedoucí studie a další pracovníci a jejich povinnosti v rámci studie,
Aldosterone
data zahájení a ukončení studie.
Estrone
Zkoušená chemická látka, chemická činidla a kontroly
Deoxycortisol
totožnost (název, příp. číslo CAS), zdroj, číslo šarže, čistota, dodavatel a charakterizace zkoušené chemické látky, chemických činidel a kontrol,
Corticosterone
fyzikální povaha a příslušné fyzikálně-chemické vlastnosti zkoušené chemické látky,
LOEC Max Change
podmínky uskladnění a metoda a četnost přípravy zkoušených chemických látek, chemických činidel a kontrol,
0,15 fold
stabilita zkoušené chemické látky.
Letrozole
Buňky
29 fold
zdroj a typ buněk,
Data Interpretation Procedure
počet buněčných pasáží (identifikátor buněčné pasáže) buněk použitých při zkoušce,
A test chemical is judged to be positive if the fold induction is statistically different (p ≤ 0,05) from the solvent control at two adjacent concentrations in at least two independent runs (Table 7).
popis postupů uchovávání buněčných kultur.
A test chemical is judged to be negative following two independent negative runs, or in three runs, comprising two negative runs and one equivocal or positive run.
Požadavky před zkouškou (je-li to relevantní)
If the data generated in three independent experiments does not meet the decision criteria listed in Table 7, the experimental results are not interpretable.
popis a výsledky testu chemické interference hormonů,
Results at concentrations exceeding the limits of solubility or at cytotoxic concentrations should not be included in the interpretation of results.
popis a výsledky měření účinnosti extrakce hormonů,
Test Report
standardní a kalibrační křivky pro všechny analytické zkoušky, které budou provedeny,
Name of facility and location;
limity detekce pro vybrané analytické zkoušky.
Study director and other personnel and their study responsibilities;
Zkušební podmínky
Dates the study began and ended;
složení média,
Test chemical, reagents and controls
koncentrace zkoušené chemické látky,
Identity (name/CAS No as appropriate), source, lot/batch number, purity, supplier, and characterisation of test chemical, reagents, and controls;
hustota buněk (odhadované nebo změřené buněčné koncentrace během 24 hodin a 48 hodin),
Physical nature and relevant physicochemical properties of test chemical;
rozpustnost zkoušené chemické látky (limit rozpustnosti, je-li určen),
Storage conditions and the method and frequency of preparation of test chemicals, reagents and controls;
inkubační doba a podmínky.
Stability of test chemical;
Výsledky zkoušek
Cells
prvotní údaje týkající se jednotlivých jamek pro kontroly a testované látky – každé opakované měření ve formě původních údajů získaných z přístroje použitého k měření produkce hormonů (např. OD, fluorescenční jednotky, DPM atd.),
Source and type of cells;
prokázání normality rozdělení nebo vysvětlení transformace údajů,
Number of cell passages (cell passage identifier) of cells used in test;
průměrná odpověď ± 1 SD pro každou měřenou jamku,
Description of procedures for maintenance of cell cultures;
údaje o cytotoxicitě (zkoušené koncentrace, které způsobily cytotoxicitu),
Pre-test requirements (if applicable)
potvrzení, že byly splněny požadavky kontroly kvality,
Description and results of chemical hormone-assay interference test;
relativní účinek v porovnání s kontrolou s rozpouštědlem po korekci na cytotoxicitu,
Description and results of hormone extraction efficiency measurements;
sloupcový graf ukazující vztah (násobnou změnu) při každé koncentraci, SD a statistickou významnost, jak je uvedeno v odstavcích 49–54.
Standard and calibration curves for all analytical assays to be conducted;
Interpretace údajů
Detection limits for the selected analytical assays;
uplatnění postupu pro interpretaci údajů na výsledky a diskuse o nálezech.
Test conditions
Diskuse
Composition of media;
Vyplývají ze studie nějaké známky týkající se toho, že by údaje o T/E2 mohly být ovlivněny nepřímými účinky na dráhy gluko- a mineralokortikoidů?
Concentration of test chemical;
Závěry
Cell density (estimated or measured cell concentrations at 24 hours and 48 hours)
OECD (2002), OECD Conceptual Framework for the Testing and Assessment of Endocrine Disrupting Chemicals, v dodatku 2 kapitoly B.54 této přílohy.
Solubility of test chemical (limit of solubility, if determined);
Res., 14, 23–30.
Incubation time and conditions;
OECD (2010), Multi-Laboratory Validation of the H295R Steroidogenesis Assay to Identify Modulators of Testosterone and Estradiol Production, OECD Series of Testing and Assessment No.
Test results
132, ENV/JM/MONO(2010)31, Paris.
Raw data for each well for controls and test chemicals--each replicate measure in form of the original data provided by the instrument utilised to measure hormone production (e.g. OD, fluorescence units, DPM, etc.);
OECD (2010), Peer Review Report of the H295R Cell-Based Assay for Steroidogenesis, OECD Series of Testing and Assessment No.
Validation of normality or explanation of data transformation;
133, ENV/JM/MONO(2010)32, Paris.
Mean responses ± 1 SD for each well measured;
Hershbergerova biologická zkouška na potkanech:
Confirmation that QC requirements were met;
Krátkodobá screeningová zkouška androgenních/antiandrogenních vlastností.
Relative change compared with solvent control corrected for cytotoxicity;
Dodatek
A bar graph showing relative (fold change) at each concentration, SD and statistical significance as stated in paragraph 49-54;
CV se rozumí variační koeficient, který je definován jako poměr směrodatné odchylky distribuce k jejímu aritmetickému průměru.
Data interpretation
Je to počet atomů v daném množství radioaktivního materiálu, u něhož bylo zjištěno, že se rozpadne za jednu minutu.
Are there any indications from the study regarding the possibility that the T/E2 data could be influenced by indirect effects on the gluco-, and mineral-corticoid pathways?
E2 je 17β-estradiol, nejdůležitější estrogen v těle savců.
Conclusions
Lze je získat ze sbírky ATCC.
OECD (2002), OECD Conceptual Framework for the Testing and Assessment of Endocrine Disrupting Chemicals, in Appendix 2 to Chapter B.54 of this Annex
Chemickou látkou se rozumí látka nebo směs.
Res., 14, 23-30.
Konfluencí se rozumí pokrytí nebo množství buněk, které je u buněk povoleno nad kultivačním médiem nebo v něm.
OECD (2010), Multi-Laboratory Validation of the H295R Steroidogenesis Assay to Identify Modulators of Testosterone and Estradiol Production, OECD Series of Testing and Assessment No 132, ENV/JM/MONO(2010)31, Paris.
Kontrola kvality, zkráceně QC, označuje opatření nezbytná k zajištění platných údajů.
OECD (2010), Peer Review Report of the H295R Cell-Based Assay for Steroidogenesis, OECD Series of Testing and Assessment No 133, ENV/JM/MONO(2010)32, Paris.
Některé meziprodukty v dráze steroidní syntézy, např. progesteron a testosteron, jsou důležitými hormony samy o sobě, ale slouží také jako prekurzory hormonů dále v syntetické dráze.
E2 is 17β-oestradiol, the most important oestrogen in mammalian systems.
T představuje testosteron, jeden ze dvou nejdůležitějších androgenů v těle savců.
H295R cells are human adreno-carcinoma cells which have the physiological characteristics of zonally undifferentiated human foetal adrenal cells and which express all of the enzymes of the steroidogenesis pathway.
Zkoušky mutací u transgenních hlodavců (Transgenic Rodent, TGR) splňují potřebu praktických a obecně dostupných zkoušek in vivo pro genové mutace.
NOEC is the No Observed Effect Concentration, which is the highest concentration tested if the assay does not provide a positive response.
O zkouškách mutací u TGR existují rozsáhlé přehledové dokumenty (24) (33).
Passage is the number of times that cells are split after initiation of a culture from frozen stock.
Tyto zkoušky používají transgenní potkany a myši, jejichž organismy obsahují velké množství kopií chromozomově integrovaných plazmidových nebo fágových shuttle vektorů.
The initial passage that was started from the frozen stock is assigned the number one (1).
Transgeny obsahují reporterové geny pro zjišťování různých typů mutací indukovaných in vivo zkoušenými chemickými látkami.
Cells that were split 1 time are labelled passage 2, etc.