natgillin/translations-raw huggingface dataset:
Tyto analýzy tudíž obcházejí mnohá ze stávajících omezení spojených se studiem genových mutací in vivo u endogenních genů (např. omezení na tkáně vhodné pro analýzu, negativní/pozitivní selekce proti mutacím).
Quality control plate is a 24 well plate containing two concentrations of the positive and negative controls to monitor the performance of a new batch of cells or to provide the positive controls for the assay when testing chemicals.
Posouzení závažnosti důkazů naznačuje, že transgeny reagují na mutageny podobně jako endogenní geny, zejména pokud se týká detekce substituce párů bází, posunových mutací a malých delecí a insercí (24).
Run is an independent experiment characterised by a new set of solutions and controls.
Mezinárodní semináře o zkoušení genotoxicity (International Workshops on Genotoxicity Testing, IWGT) schválily zařazení zkoušek genových mutací u TGR mezi metody zjišťování genových mutací in vivo a doporučily postup pro jejich provádění (15) (29).
Stock medium is the base for the preparation of other reagents.
Tato zkušební metoda (B.58) se opírá o tato doporučení.
It consists of a 1:1 mixture of Dulbecco's Modified Eagle's Medium and Ham's F-12 Nutrient mixture (DMEM/F12) in 15 mM HEPES buffer without phenol red or sodium bicarbonate.
Další analýzu podporující používání tohoto postupu lze najít v (16).
Sodium bicarbonate is added as the buffer, see Appendix II to the validation report (4).
Předpokládá se, že v budoucnu bude možné zkombinovat zkoušky genových mutací u TGR se studií toxicity při opakované aplikaci (kapitola B.7 této přílohy).
Supplemented medium consist of stock medium plus BD Nu-Serum and ITS+ premium mix, see Appendix II to the validation report (4).
Je však třeba mít další údaje, aby bylo zajištěno, citlivost zkoušek genových mutací u TGR nebude ovlivněna kratším, jednodenním intervalem mezi ukončením aplikace a odběrem vzorků, jak je tomu u studie toxicity s opakovanou aplikací v porovnání s třídenním intervalem používaným při zkouškách genových mutací u TGR.
Steroidogenesis is the synthetic pathway leading from cholesterol to the various steroid hormones.
Je také nutné mít údaje o tom, že provedení studie s opakovaným podáváním látky nebude negativně ovlivněno použitím transgenního kmene namísto tradičních kmenů hlodavců.
Several intermediates in the steroid synthesis pathway such as progesterone and testosterone are important hormones in their own right but also serve as precursors to hormones farther down the synthetic pathway.
Až tyto údaje budou k dispozici, bude tato zkušební metoda aktualizována.
T stands for testosterone, one of the two most important androgens in mammalian systems.
Definice nejdůležitějších výrazů jsou uvedeny v dodatku.
Test chemical is any substance or mixture tested using this test method.
Zkoušky genových mutací u TGR, pro které je k dispozici dostatek údajů, aby mohly být zařazeny v této zkušební metodě, jsou tyto:
Test plate is the plate on which H295R cells are exposed to test chemicals.
myš s bakteriofágem lacZ (Muta™Mouse);
Test plates contain the solvent control and the test chemical at seven concentration levels in triplicate.
Kromě toho lze pro posouzení mutací v modelech Big Blue® a Muta™Mouse použít zkoušku pozitivní selekce cII.
Trypsin 1X is a dilute solution of the enzyme trypsin, a pancreatic serine protease, used to loosen cells from a cell cultivation plate, see Appendix III to the validation report (4).
Mutageneze v modelech TGR se zpravidla posuzuje jako četnost mutací;
B.58 TRANSGENIC RODENT SOMATIC AND GERM CELL GENE MUTATION ASSAYS
v případě potřeby však může další informace dodat molekulární analýza mutací (viz odstavec 24).
This test method is equivalent to OECD Test Guideline (TG) 488 (2013).
Tyto zkoušky genových mutací in vivo u hlodavců jsou při posuzování mutagenního rizika důležité zejména proto, že účinky zjištěné v těchto zkouškách jsou závislé na metabolismu in vivo, farmakokinetice, procesech opravy DNA a translézní syntéze DNA, ačkoli ty se mohou u jednotlivých druhů, tkání a typů poškození DNA lišit.
EU test methods are available for a wide range of in vitro mutation assays that are able to detect chromosomal and/or gene mutations.
Zkouška in vivo pro genové mutace je užitečná pro další šetření mutagenního účinku zjištěného systémem in vitro a pro následné monitorování výsledků testů pomocí jiných cílových parametrů in vivo (24).
There are test methods for in vivo endpoints (i.e. chromosomal aberrations and unscheduled DNA synthesis);
Vedle toho, že jsou genové mutace příčinným vztahem spojeny se vznikem rakoviny, jsou také významným parametrem pro predikci nezhoubných onemocnění způsobených mutacemi v somatických tkáních (12) (13), jakož i pro onemocnění přenášená zárodečnými buňkami.
however, these do not measure gene mutations.
Proces zahrnuje extrakci genomické DNA ze sledované tkáně hlodavců, zpracování genomické DNA in vitro (tj. sbalování vektorů λ nebo ligace a elektroporace plazmidů pro obnovu shuttle vektoru) a následné zjištění mutací v bakteriálních hostitelích za vhodných podmínek.
They use transgenic rats and mice that contain multiple copies of chromosomally integrated plasmid or phage shuttle vectors.
Zkoušky využívají neutrální transgeny, které lze snadno znovu získat z většiny tkání.
The transgenes contain reporter genes for the detection of various types of mutations induced in vivo by test chemicals.
Základní experiment zkoušky genových mutací u TGR zahrnuje podávání chemické látky hlodavcům po určité časové období.
Mutations arising in a rodent are scored by recovering the transgene and analysing the phenotype of the reporter gene in a bacterial host deficient for the reporter gene.
Chemické látky mohou být podávány jakýmkoli vhodným způsobem, včetně implantace (např. zkoušení lékařských přístrojů).
TGR gene mutation assays measure mutations induced in genetically neutral genes recovered from virtually any tissue of the rodent.
Celkové období, během kterého je zvířeti látka podávána, se nazývá doba aplikace.
These assays, therefore, circumvent many of the existing limitations associated with the study of in vivo gene mutation in endogenous genes (e.g. limited tissues suitable for analysis, negative/positive selection against mutations).
Po aplikaci obvykle následuje období před utracením, během kterého není chemická látka podávána a kdy jsou neopravené léze DNA fixovány do stálých mutací.
The weight of evidence suggests that transgenes respond to mutagens in a similar manner to endogenous genes, especially with regard to the detection of base pair substitutions, frameshift mutations, and small deletions and insertions(24).
V literatuře je toto období označováno různě: jako doba manifestace, doba fixace nebo doba exprese;
The International Workshops on Genotoxicity Testing (IWGT) have endorsed the inclusion of TGR gene mutation assays for in vivo detection of gene mutations, and have recommended a protocol for their implementation (15) (29).
toto období končí odběrem vzorků(15) (29).
This test method is based on these recommendations.
Po utracení zvířete je genomická DNA izolována ze sledované tkáně (tkání) a vyčištěna.
Further analysis supporting the use of this protocol can be found in (16).
Údaje pro jednu tkáň z jednoho zvířete z více sbalení/ligací jsou obvykle agregovány a četnost mutací je obecně hodnocena pomocí celkového počtu cca 105 až 107 jednotek tvořících plak nebo kolonii.
It is anticipated that in the future it may be possible to combine a TGR gene mutation assay with a repeat dose toxicity study (Chapter B.7 of this Annex).
Při používání metod pozitivní selekce počet jednotek tvořících plak určen pomocí samostatného souboru neselektivních destiček.
However, data are required to ensure that the sensitivity of TGR gene mutation assays is unaffected by the shorter one day period of time between the end of the administration period and the sampling time, as used in the repeat dose toxicology study, compared to 3 days used in TGR gene mutation assays.
Metody pozitivního selektivního výběru byly vyvinuty s cílem usnadnit zjišťování mutací v genu gpt [myš a potkan gpt, fenotyp gpt– (20) (22) (28)] a genu lacZ [Muta™Mouse nebo myš s plazmidem lacZ (3) (10) (11) (30)];
Data are also required to indicate that the performance of the repeat dose assay is not adversely affected by using a transgenic rodent strain rather than traditional rodent strains.
zatímco mutace genu lacI ve zvířatech Big Blue® jsou zjišťovány prostřednictvím neselektivní metody, která identifikuje mutace pomocí tvorby barevných (modrých) plaků.
When these data are available, this test method will be updated.
Metodika pozitivní selekce se používá i k zjišťování bodových mutací vznikajících v genu cII shuttle vektoru bakteriofágu λ [myš nebo potkan Big Blue® a Muta™Mouse (17)] a mutací vyvolaných delecí v genech λ red a gam [selekce Spi – u delta myši a potkana gpt (21) (22) (28)].
Definitions of key terms are set out in the Appendix.
Četnost mutacíse vypočítá vydělením počtu plaků/plazmidů obsahujících mutace v transgenu celkovým počtem plaků/plazmidů získaných z téhož vzorku DNA.
TGR gene mutation assays for which sufficient data are available to support their use in this test method are:
Ve studiích genových mutací TGR je četnost mutací výsledným parametrem.
lacZ bacteriophage mouse (Muta™Mouse); lacZ plasmid mouse;
Četnost mutací lze navíc určit jako frakci buněk nesoucích nezávislé mutace;
gpt delta (gpt and Spi–) mouse and rat;
pro tento výpočet je požadována korekce pro klonální expanzisekvenováním obnovených mutací (24).
lacI mouse and rat (Big Blue®), as performed under standard conditions.
Mutace hodnocené v zkouškách bodových mutací lacI, lacZ, cII a gpt jsou tvořeny primárně mutacemi substitucí páru bází, posunovými mutacemi a malými insercemi/delecemi.
In addition, the cII positiveselection assay can be used for evaluating mutations in the Big Blue® and Muta™Mouse models.
Relativní podíl těchto typů mutací mezi spontánními mutacemi je podobný podílu, který je pozorován u endogenního genu Hprt.
Mutagenesis in the TGR models is normally assessed as mutant frequency;
Velké delece jsou zjišťovány pouze u selekce Spi – genu a zkoušek plazmidů lacZ (24).
if required, however, molecular analysis of the mutations can provide additional information (see paragraph 24).
Předmětem zájmu jsou zde mutace in vivo, které vznikají u myší nebo potkanů.
These rodent in vivo gene mutation tests are especially relevant to assessing mutagenic hazard in that the assays' responses are dependent upon in vivo metabolism, pharmacokinetics, DNA repair processes, and translesion DNA synthesis, although these may vary among species, among tissues and among the types of DNA damage.
Mutace in vitro a ex vivo, které mohou vzniknout během znovuzískávání, replikace nebo opravy fágu/plazmidu, jsou relativně vzácné a v některých systémech mohou být speciálně identifikovány nebo vyloučeny systémem pozitivní selekce u bakteriálního hostitele.
An in vivo assay for gene mutations is useful for further investigation of a mutagenic effect detected by an in vitro system, and for following up results of tests using other in vivo endpoints (24).
Přípravy
In addition to being causally associated with the induction of cancer, gene mutation is a relevant endpoint for the prediction of mutation-based non-cancer diseases in somatic tissues (12) (13) as well as diseases transmitted through the germline.
V současné době je k dispozici široká paleta modelů pro zjištění genových mutací u transgenních myší a tyto systémy se používají častěji než modely transgenních potkanů.
If there is evidence that the test chemical, or a relevant metabolite, will not reach any of the tissues of interest, it is not appropriate to perform a TGR gene mutation assay.
Pokud je potkan jasně vhodnějším modelem než myš (např. pokud je při šetření mechanismu karcinogeneze pozorován nádor pouze u potkanů, pro korelaci se studií toxicity u potkanů, nebo pokud je o metabolismu potkanů známo, že je podobnější lidskému metabolismu), mělo by být zváženo použití modelů transgenních potkanů.
In the assays described in paragraph 8, the target gene is bacterial or bacteriophage in origin, and the means of recovery from the rodent genomic DNA is by incorporation of the transgene into a λ bacteriophage or plasmid shuttle vector.
Teplota v místnosti s pokusnými zvířaty by měla být v ideálním případě 22 °C (± 3 °C).
The procedure involves the extraction of genomic DNA from the rodent tissue of interest, in vitro processing of the genomic DNA (i.e. packaging of λ vectors, or ligation and electroporation of plasmids to recover the shuttle vector), and subsequent detection of mutations in bacterial hosts under suitable conditions.
Ačkoli by relativní vlhkost vzduchu měla být minimálně 30 % a pokud možno by, kromě doby úklidu místnosti, neměla přesáhnout 70 %, cílem by mělo být dosažení relativní hodnoty 50–60 %.
The assays employ neutral transgenes that are readily recoverable from most tissues.
Osvětlení by mělo být umělé s každodenním střídáním 12 hodin světla a 12 hodin tmy.
The basic TGR gene mutation experiment involves treatment of the rodent with a chemical over a period of time.
Výběr druhu potravy může být ovlivněn její dostatečnou mísitelností se zkoušenou chemickou látku, je-li látka podávána touto cestou.
Chemicals may be administered by any appropriate route, including implantation (e.g. medical device testing).
Zvířata by měla být umístěna v klecích v malých skupinkách (maximálně pět zvířat) stejného pohlaví, pokud se neočekává agresivní chování.
The total period during which an animal is dosed is referred to as the administration period.
Je-li to z vědeckého hlediska důvodné, mohou být zvířata v klecích individuálně.
Administration is usually followed by a period of time, prior to sacrifice, during which the chemical is not administered and during which unrepaired DNA lesions are fixed into stable mutations.
Zdravá mladá pohlavně zralá dospělá zvířata (8–12 týdnů stará na začátku aplikace) jsou náhodně rozdělena do kontrolních a experimentálních skupin.
In the literature, this period has been variously referred to as the manifestation time, fixation time or expression time;
Zvířata se jednoznačně identifikují.
the end of this period is the sampling time (15) (29).
Nechají se v laboratorních podmínkách alespoň pět dní aklimatizovat.
After the animal is sacrificed, genomic DNA is isolated from the tissue(s) of interest and purified.
V okamžiku zahájení studie by měla být odchylka v hmotnosti zvířat minimální a neměla by u obou pohlaví překročit ± 20 % střední hodnoty hmotnosti.
Data for a single tissue per animal from multiple packaging/ligations are usually aggregated, and mutant frequency is generally evaluated using a total of between 105 and 107 plaque-forming or colony-forming units.
Příprava dávek
When using positive selection methods, total plaque-forming units are determined with a separate set of non-selective plates.
Pevné zkoušené chemické látky by se měly rozpustit nebo suspendovat ve vhodných rozpouštědlech nebo vehikulech nebo by měly být přimíchány do potravy nebo pitné vody před podáním dávky zvířatům.
Positive selection methods have been developed to facilitate the detection of mutations in both the gpt gene [gpt delta mouse and rat, gpt– phenotype (20) (22) (28)] and the lacZ gene [Muta™Mouse or lacZ plasmid mouse (3) (10) (11) (30)];
Kapalné zkoušené chemické látky mohou být podávány přímo nebo mohou být před podáním zředěny.
whereas, lacI gene mutations in Big Blue® animals are detected through a non-selective method that identifies mutants through the generation of coloured (blue) plaques.
Pro účely expozice inhalací lze zkoušené chemické látky v závislosti na jejich fyzikálně-chemických vlastnostech podávat jako plyn, páru nebo pevný/kapalný aerosol.
Positive selection methodology is also in place to detect point mutations arising in the cII gene of the λ bacteriophage shuttle vector [Big Blue® mouse or rat, and Muta™Mouse (17)] and deletion mutations in the λ red and gam genes [Spi– selection in gpt delta mouse and rat (21) (22) (28)].
Měly by být použity čerstvě připravené aplikační formy zkoušené chemické látky, pokud údaje o stálosti neprokazují možnost skladování.
Mutant frequencyis calculated by dividing the number of plaques/plasmids containing mutations in the transgene by the total number of plaques/plasmids recovered from the same DNA sample.
Zkušební podmínky
In TGR gene mutation studies, the mutant frequency is the reported parameter.
Rozpouštědlo/vehikulum
In addition, a mutation frequency can be determined as the fraction of cells carrying independent mutations;
Rozpouštědlo/vehikulum by nemělo mít při použitých objemech dávek toxické účinky a mělo by být vyloučeno podezření, že reaguje se zkoušenou chemickou látkou.
this calculation requires correction for clonal expansionby sequencing the recovered mutants (24).
Jsou-li použita jiná než známá rozpouštědla/vehikula, mělo by být jejich zařazení podloženo údaji o jejich kompatibilitě.
The mutations scored in the lacI, lacZ, cII and gpt point mutation assays consist primarily of base pair substitution mutations, frameshift mutations and small insertions/deletions.
Doporučuje se pokud možno nejprve zvážit použití vodného rozpouštědla nebo vehikula.
The relative proportion of these mutation types among spontaneous mutations is similar to that seen in the endogenous Hprt gene.
Pozitivní kontroly
Large deletions are detected only with the Spi– selectionand the lacZ plasmid assays (24).
Měly by se zpravidla používat zvířata pro současnou pozitivní kontrolu.
Mutations of interest are in vivo mutations that arise in the mouse or rat.
Avšak u laboratoří, které prokázaly způsobilost (viz odstavec 23) a tyto zkoušky používají běžně, lze do každé studie pro potvrzení úspěšného provedení metody zařadit DNA zvířat, která byla součástí předchozích pozitivních kontrol.
In vitro and ex vivo mutations, which may arise during phage/plasmid recovery, replication or repair, are relatively rare, and in some systems can be specifically identified, or excluded by the bacterial host/positive selection system.
Vzorky DNA z předchozích experimentů by měly být pořízeny ze stejných druhů a požadovaných tkání a měly by být náležitě skladovány (viz odstavec 36).
Preparations
Pokud se využívají souběžné pozitivní kontroly, není nutné podávat je stejným způsobem jako zkoušenou chemickou látku.
A variety of transgenic mouse gene mutation detection models are currently available, and these systems have been more widely used than transgenic rat models.
O těchto pozitivních kontrolách by však mělo být známo, že indukují mutace v jedné nebo více sledovaných tkáních pro zkoušenou chemickou látku.
If the rat is clearly a more appropriate model than the mouse (e.g. when investigating the mechanism of carcinogenesis for a tumour seen only in rats, to correlate with a rat toxicity study, or if rat metabolism is known to be more representative of human metabolism) the use of transgenic rat models should be considered.
Dávky pozitivních kontrolních chemických látek by měly být vybrány tak, aby vyvolaly slabé nebo mírné účinky, které nejlépe dokládají správné provedení a citlivost zkoušky.
The temperature in the experimental animal room ideally should be 22 °C (± 3 °C).
Příklady pozitivních kontrolních chemických látek a některé z jejich cílových tkání jsou uvedeny v tabulce 1.
Although the relative humidity should be at least 30 % and preferably not exceed 70 % other than during room cleaning, the goal should be to maintain a relative humidity of 50-60 %.
Příklady pozitivních kontrolních látek a některé z jejich cílových tkání
Lighting should be artificial, with a daily sequence of 12 hours light, followed by 12 hours dark.
Chemická látka a číslo CAS
The choice of diet may be influenced by the need to ensure a suitable admixture of a test chemical when administered by this route.
Název a číslo Einecs
Animals should be housed in small groups (no more than five) of the same sex if no aggressive behaviour is expected.
Charakteristika
Animals may be housed individually if scientifically justified.
Cílová tkáň pro mutace
Healthy young sexually mature adult animals (8-12 weeks old at start of treatment) are randomly assigned to the control and treatment groups.
Myš
The animals are identified uniquely.
thyl-1-nitrosomočovina
The animals are acclimated to the laboratory conditions for at least five days.
CAS 759-73-9]
At the commencement of the study, the weight variation of animals should be minimal and not exceed ± 20 % of the mean weight of each sex.
Přímo působící mutagen
Preparation of doses
Játra, plíce
Solid test chemicals should be dissolved or suspended in appropriate solvents or vehicles or admixed in diet or drinking water prior to dosing of the animals.
Kostní dřeň, tračník, epitel tračníku, střevo, játra, plíce, slezina, ledvina, buňky zrnité membrány na vaječnících, samčí zárodečné buňky
Liquid test chemicals may be dosed directly or diluted prior to dosing.
Ethyl-karbamát (uretan)
For inhalation exposures, test chemicals can be administered as gas, vapour or a solid/liquid aerosol, depending on their physicochemical properties.
CAS 51-79-6]
Fresh preparations of the test chemical should be employed unless stability data demonstrate the acceptability of storage.
Uretan
Test Conditions
Mutagen, vyžaduje metabolismus, ale produkuje pouze slabé účinky
Solvent/vehicle
Kostní dřeň, předžaludek, tenké střevo, játra, plíce, slezina
The solvent/vehicle should not produce toxic effects at the dose volumes used, and should not be suspected of chemical reaction with the test chemical.
2,4-diaminotoluen
If other than well-known solvents/vehicles are used, their inclusion should be supported with reference data indicating their compatibility.
CAS 95-80-7]
It is recommended that wherever possible, the use of an aqueous solvent/vehicle should be considered first.
ethyl-1,3-fenylendiamin
Positive Controls
Mutagen, vyžaduje metabolismus, také pozitivní při zkoušce Spi–
Concurrent positive control animals should normally be used.
Játra
However, for laboratories that have demonstrated competency (see paragraph 23) and routinely use these assays, DNA from previous positive control treated animals may be included with each study to confirm the success of the method.
Benzo[e]pyren
Such DNA from previous experiments should be obtained from the same species and tissues of interest, and properly stored (see paragraph 36).
[CAS č. 50-32-8]
When concurrent positive controls are used, it is not necessary to administer them by the same route as the test chemical;
Benzo[def]chrysen
however, the positive controls should be known to induce mutations in one or more tissues of interest for the test chemical.
Mutagen, vyžaduje metabolismus
The doses of the positive control chemicals should be selected so as to produce weak or moderate effects that critically assess the performance and sensitivity of the assay.
Játra, předstěra,
Examples of positive control chemicals and some of their target tissues are included in Table 1.
Kostní dřeň, prsa, tračník, předžaludek, žláznatý žaludek, srdce, játra, plíce, samčí zárodečné buňky
Examples of positive control chemicals and some of their target tissues
Negativní kontroly
Positive control chemical and CAS No
Součástí každého odběru vzorků by měly být negativní kontroly s aplikací pouze rozpouštědla nebo vehikula, které jsou jinak prováděny stejně jako u experimentálních skupin.
EINECS name and EINECS No
Nejsou-li k dispozici dosavadní nebo zveřejněné kontrolní údaje, které by ukazovaly, že vybrané rozpouštědlo/vehikulum nevyvolává žádné zhoubné nebo mutagenní účinky, měly by být do každého odběru vzorků zahrnuty i kontroly bez aplikace pro posouzení účinku vehikula.
Characteristics
Ověření způsobilosti laboratoře
Mutation Target Tissue
Způsobilost pro tyto zkoušky by měla být stanovena na základě doložení schopnosti reprodukovat očekávané výsledky ze zveřejněných údajů (24) týkajících se:
Mouse
četností mutací s chemickými látkami pozitivní kontroly (včetně slabých reakcí), např. s chemickými látkami uvedenými v tabulce 1, nemutagenů a kontrol vehikula;
N-Ethyl-N-nitrosourea
znovuzískání transgenů z genomické DNA (např. účinnost sbalování).
[CAS No 759-73-9]
Sekvenování mutací
Direct acting mutagen